11 |
Detecção de locos de características quantitativas nos cromossomos 16, 17 e 18 em suínos / Mapping quantitative trait locos on porcine chromosome 16, 17 and 18Paixão, Débora Martins 26 February 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:55:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 443777 bytes, checksum: aa47df0593f4494e3ed6277403324b28 (MD5)
Previous issue date: 2007-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objective of this study was mapping QTL on pig chromosomes 16, 17 and 18 and associate them to performance, carcass, internal organs, viscera, carcass cuts and meat quality traits. A F2 population was produced by crossing two naturalized Brazilian Piau sires and 18 commercial dams (Landrace x Large White x Pietrain). The population was genotyped for 11 microsatellite markers. After the genotype scoring, it was constructed the linkage map for these markers in the population. The microsatellites markers were considered appropriate for quantitative trait analysis. It was analyzed their values for observed heterogosity (Ho), expected heterozigosity (He) and polymorphic information content (PIC). The evaluation of the four loci amplified in the SSC16 found average values of Ho, He; and PIC of 0,67, 0,57 and 0,50, respectively. In the SSC17 the average values for Ho, He and PIC of 0,72, 0,61 and 0,56, respectively for the four amplified loci. And in the SSC18, average values of Ho, He and PIC were 0,67, 0,63 and 0,59, respectively for each one of three loci. Data were analyzed by multiple regressions by F2 mapping method using the QTLEXPRESS software. Eleven QTL were mapped and not yet described in the literature: teat number, cooking loss, redness, lower backfat thickness after last lumbar vertebrae, bacon depth, heart weight and lung weight on SSC16. QTL for weight at 63 and 77 days of age were assigned on chromosome 17. QTL for weight at 21 days of age and slaughter age were identified on SSC18. Four QTL Already described in another populations were also identified: weight at 21 days of age on SSC16, backfat thickness after last lumbar vertebrae and after the last rib (at 6,5 cm from the midline ) on SSC17 backfat thickness after last lumbar vertebrae and after the last rib (at 6,5 cm from the midline) and total loss on SSC18. The generated information of significant QTL is useful for future studies dealing with fine mapping to identify genes that could provide a better understanding of the production traits in pigs. / O objetivo ao realizar este trabalho foi o mapeamento de QTL nos cromossomo 16,17 e 18 de suínos e a associação destes a característica de desempenho, de carcaça, órgãos internos e vísceras, de cortes de carcaça e de qualidade de carne. Foi construída uma população F2 provenientes do cruzamento de dois varrões da raça naturalizada Brasileira Piau com 18 fêmeas da linha comercial (Landrace x Large White x Pietrain). Foram utilizados onze marcadores microssatélites distribuídos nos SSC16, SSC17 e SSC18. Com o resultado da genotipagem foi construído o mapa de ligação específico dos marcadores para a população desenvolvida. Os marcadores de microssatélites foram considerados adequados para estudos de características quantitativas, quando foram analisadios os valores de heterozigosidade observada (Ho), heterozigosidade esperada (He) e conteúdo de informação polimórfica (PIC). A avaliação dos quatro locos amplificados no SSC16 forneceu valores das médias da Heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He); e do Conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 67,62%, de 57,71% e 0,50, respectivamente. No SSC17 foram encontrados os resultados das médias de Ho, He e PIC de 72,20%, 61,40% e 0,56, respectivamente para os 4 locos utilizados. E no SSC18, o valor das médias de Ho, He e de PIC foram 67,80% 63,54% e 0,59, respectivamente utilizando 3 locos. Foi utilizado o método de regressão por intervalo de mapeamento, e as análises foram realizadas por meio do programa QTLEXPRESS. Foram detectados 11 QTL não descritos na literatura: número de tetas, índice de vermelho; perda por cozimento, menor espessura de toucinho na região acima da última vértebra lombar na linha dorso-lombar, espessura de bacon, peso do coração e do pulmão no SSC16; peso aos 63 dias de idade e peso aos 77 dias de idade no SSC 17; peso aos 21 dias e idade de abate no SSC18; e quatro QTL já descritos em outras populações foram também identificados, como para peso aos 21 dias de idade no SSC16, espessura de toucinho medida imediatamente após a última costela, a 6,5 cm da linha dorso-lombar no SSC17, espessura de toucinho medida imediatamente após a última costela, a 6,5 cm da linha dorsolombar e perda total no SSC18. As informações dos QTL significativos encontrados servem como base de estudos futuros de mapeamento fino para identificação de genes permitindo o melhor entendimento das características de produção em suínos.
|
12 |
Repetibilidade, correlações fenotípicas e mapeamento de QTLs em populações segregantes de café arábica / Repeatability, phenotypic correlations and mapping of QTLs on segregant populations of arabic coffeeMachado, Cristina de Fátima 03 November 2004 (has links)
Submitted by Cleber Casali (clebercasali@ufv.br) on 2017-06-01T18:56:32Z
No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-01T18:56:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 3178138 bytes, checksum: 36dc59dea6244885fb4b6dc4cae0f6fa (MD5)
Previous issue date: 2004-11-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Três populações de retrocruzamento 1 (RC 1 ) e uma população F 2 foram obtidas a partir do cruzamento “Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”, sendo elas: população 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)], com 28 plantas; população 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 40 plantas; população 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)], com 86 plantas; e população 4, F 2 - com 47 plantas, obtida a partir da autofecundação controlada de uma planta F 1 (H 464-2). Inicialmente foram estimados os coeficientes de repetibilidade e seus respectivos coeficientes de determinação, por meio dos métodos dos componentes principais e análise estrutural, a partir das matrizes de covariância e correlação. As características agronômicas avaliadas foram: altura da planta (ALTP), diâmetro da copa (DICP), vigor vegetativo (VIVG), posição da ramificação principal (PRAP), número de ramos laterais (NRAL), número de nós no ramo principal (NNRP), número de nós nos ramos laterais (NNRL), altura do primeiro ramo (ALPR) e diâmetro do caule (DIAC). As avaliações fenotípicas foram realizadas em cinco sucessivas épocas de avaliação (novembro de 2002 a novembro de 2003), com intervalo de três meses entre avaliações, exceto para o DIAC que foram quatro, sendo estas iniciadas a partir da segunda época de avaliação das demais características. As populações 1 e 2 (RC 1 s) e 4 (F 2 ) foram avaliadas, a partir de 17 meses e a população 3, RC 1 a partir de 50 meses. As altas estimativas de repetibilidade das nove características (épocas 1 a 5) nas quatro populações segregantes de café arábica, além da existência de correlações significativas a 1% de probabilidade, apontam tais características como bons indicadores da acurácia na identificação dos locos controladores das características quantitativas (QTLs) para a seleção precoce. Neste sentido, marcadores do tipo RAPD foram utilizados para construção de dois mapas de ligação, utilizando-se LOD escore mínimo (logaritmo na base 10 da razão entre a probabilibildade de que os marcadores estejam ligados e a probabilidade de que eles não estejam ligados) de 3,0 e r (freqüência máxima de recombinação entre o QTL e o marcador) de 0,40. Para a população 3, RC 1 um dos objetivos foi aumentar o número de marcas no mapa de ligação do cafeeiro, construído pelo programa de melhoramento do cafeeiro da Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG). Tais mapas foram construídos, visando caracterizar e identificar os possíveis QTLs candidatos associados a essas características. Cinqüenta marcadores RAPD foram acrescentados ao mapa parcial da população 3, RC 1 . Um total de 137 marcadores RAPD foram obtidos, dos quais 124 (90,51%) apresentaram segregação 1:1 (P < 0,01), 13 (9,49%) segregação (2:1). Para a construção do mapa, foram utilizados os 124 marcadores, que segregaram 1:1, sendo que 26 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Noventa e oito marcadores RAPD resultaram em 10 grupos de ligação (GLs) cobrindo 789,55 cM. Os quatro primeiros grupos obtidos tiveram boa densidade de marcadores. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 33,42 cM, sendo que 88,64% dos intervalos não excederam 20 cM. Na população segregante 4, F 2 , 97 marcadores RAPD foram utilizados para construção do mapa, sendo que 35 não mostraram-se ligados aos grupos formados. Sessenta e dois marcadores RAPD resultaram em 13 GLs cobrindo 339,71 cM. O maior intervalo entre dois marcadores adjacentes foi 20,58 cM, sendo que 97,96% dos intervalos não excederam 20 cM. As metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto foram empregadas, para detectar e mapear regiões genômicas associadas às nove características agronômicas mencionadas anteriormente. A metodologia de marca simples além de indicar marcadores consistentes, que explicam as variações das características ALTP, DICP, VIVG, PRAP, NRAL, NNRL e ALPR (população 3, RC 1 ) e ALTP, DICP, PRAP, NRAL, NNRP, NNRL e ALPR (população 4, F 2 ) (épocas 1 a 5), apontaram dois e três marcadores, respectivamente, associados a mais de uma característica nessas populações. Tais marcadores são: a) OPZ09 associado ao VIVG e a ALPR; e OPAK08b associado ao NNRL e a ALPR (população 3, RC 1 ); e b) OPAL12 associado a PRAP e a ALPR; OPAX20 associado ao NRAL e ao NNRP; e OPAR02 associado ao NNRL e a ALPR (população 4, F 2 ). As metodologias de marca simples e mapeamento por intervalo composto detectaram e identificaram um QTL associado a PRAP e um outro ligado a ALPR. Tais QTLs foram consistentes (épocas 1 a 5), e estão presentes nos GLs 5 e 9 do mapa parcial de ligação da população 3, RC 1 , respectivamente, para a PRAP e a ALPR. Estes QTLs explicam de 12,25% a 16,48% e de 8,27 a 8,44% da variação fenotípica da característica PRAP, associada aos locos OPV17 e OPS10a, além da ALPR associada ao loco OPAK08b. Para a população 4, F 2 , um QTL consistente (épocas 1 a 5), associado a ALPR foi detectado e identificado por meio das metodologias de marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto. Tal QTL está presente no GL 4 do mapa parcial de ligação da população 4 (F 2 ). Este QTL explica entre 29,14% a 29,41% (épocas 1 e 2) e entre 30,32 a 30,45% (épocas 3 a 5) da variação fenotípica da característica ALPR associada aos locos OPAE05 e OPG14. O número reduzido de QTLs detectados no presente estudo é devido à baixa saturação do mapa, número reduzido das progênies e a utilização de um só tipo de marcador (dominante). O número de grupos de ligação, obtidos para as duas populações segregantes mapeadas, é inferior ao correspondente número haplóide de cromossomos (22). Sendo assim, o genoma de Coffea arabica L. foi parcialmente explorado e muitas regiões ainda não foram identificadas. / Three populations of a backcross 1 (RC 1 ) and one population F 2 were obtained from the cross between “Mundo Novo IAC 464-18” and “Híbrido de Timor UFV 440-22”. The populations obtained were: population 1, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440- 22”) x (“Mundo Novo IAC 464-18”)] with 28 plants; population 2, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18”) x (“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 40 plants; population 3, RC 1 - [(“Mundo Novo IAC 464-18 x Híbrido de Timor UFV 440-22”) x (“Híbrido de Timor UFV 440-22”)] with 86 plants; and population 4, F 2 - with 47 plants obtained from a controlled selffecundation of a plant F 1 (H 464-2). Initially, the repeatability coefficients and their respective determination coefficients were estimated by using the methods of main components and structural analysis from the matrix of covariance and correlation. The following agronomic characteristics were evaluated: height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches, height of the first branch and stem diameter. The phenotypic evaluations were done at five seasons (November 2002 to November 2003) with three months period between them except for the stem diameter which was evaluated in four seasons initiated at the second times of the other characteristics. The populations 1 and 2 (RC 1 s) and 4 (F 2 ) were evaluated from the 17 th month and the population 3, RC 1 from the 50 th month. The high stimates of repeatability coefficients of the nine characteristics (seasons 1 to 5) on the four segregant populations of arabic coffee, besides having correlations significant at 1% of probability, show that the characteristics studied were good indicators of the accuracy on the identification of quantitative trait loci (QTLs) to reach early selection. At the same trend, markers as RAPD were used to construct two maps of ligation using minimum value 3.0 for LOD score (log 10 obtained from the ratio between the probability that the markers were ligated and the probability of that they were not) and r (maximum frequency of recombination between the QTL and the marker) of 0.40. For the population 3, RC 1 , one of the goals was to increase the number of markers on the ligation map of coffee constructed in the coffee breeding program of the “Universidade Federal de Viçosa (UFV)/Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (EPAMIG)”. These maps were constructed with the goal to characterize and identify possible QTLs candidates associated with these characteristics. Fifty RAPD markers were added to the parcial map of population 3, RC 1 . A total of 137 RAPD markers were obtained with 124 (90.51%) of them showing segregation 1:1 (P < 0,01) and 13 (9.49%) with segregation 2:1. In order to construct the map, 124 markers that segregated 1:1, with 26 of them not showing ligation with the formed groups, were used. Ninety-eight RAPD markers resulted on 10 groups of ligation (LGs) covering 789.55 cM. The four first groups obtained showed a good density of markers. The longest space between the two adjacent markers was 33.42 cM with 88.64% of the intervals not exceding 20 cM. On the segregant population 4(F 2 ), 97 RAPD markers were used to construct the map with only 35 of them not showing ligation with the formed groups. A total of 62 RAPD markers resulted in 13 LGs that covered 339.71 cM. The longest interval between two adjacent markers was 20.58 cM with 97.96% of the intervals not exceding 20 cM. The methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping were used to detect and to map genomic the regions associated with the nine agronomic characteristics cited above. The methodology of simple markers, besides to indicate consistent markers that explain the variation on the characteristics height plant, canopy diameter, vegetative vigor, position of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ) and height plant, canopy diameter, xiiiposition of the primary ramification, number of lateral branches, number of nodes on the main branch, number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ; seasons 1 to 5) indicated two and three markers, respectively, associated with more than one characteristics these populations. These markers were: OPZ09 associated with vegetative vigor and height of the first branch; and OPAK08b associated with number of nós on the lateral branches and height of the first branch (population 3, RC 1 ); and b) OPAL12 associated with the position of the primary ramification and height of the first branch; OPAX20 associated with number of lateral branches and number of nodes on the main branch; and OPAR02 associated with number of nodes on the lateral branches and height of the first branch (population 4, F 2 ). The methodologies of simple markers and the composite interval mapping detected and identified one QTL associated with the position of the primary ramification and another one ligated with the height of the first branch. These QTLs were consistent (seasons 1 to 5) and were present on LGs 5 and 9 of the parcial map of ligation for population 3, RC 1 , respectively, to position of the primary ramification and height of the first branch. This explain 12.25% to 16.48% and from 8.27% to 8.44% of the phenotypic variation of the characteristic position of primary ramification associated with the loci OPV17 and OPS10a besides the height of the first branch associated to the locus OPAK08b. Regarding population 4 (F 2 ), one consistent QTL (seasons 1 to 5) associated with the height of the first branch was detected and identified by the methodologies of simple markers, simple interval mapping and composite interval mapping. This QTL is present on LG 4 of the parcial map of ligation from population 4 (F 2 ). This explain from 29.14% to 29.41% (seasons 1 and 2) and from 30.32% to 30.45% (seasons 3 to 5) of the phenotypic variation of the characteristic height of the first branch associated to loci OPAE05 and OPG14. The reduced number of QTLs detected on this study was due to the low saturation of the map, reduced number of progenies and the use of a single kind of marker (dominant). The number of groups of ligation obtained to the two segregant populations maped is lower than the correspondent number of cromossome haploid (22). Therefore, the genome of Coffea arabica L. was parcially explored and many regions were not identified.
|
13 |
Obtenção de primers microssatélite e desenvolvimento, validação e mapeamento de marcadores SCAR em feijoeiro-comum / Obtainment of the microsatellite primers and the development, validation and mapping of SCAR markers in the common beanQueiroz, Vagner Tebaldi de 20 September 2004 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-10-05T19:00:00Z
No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 1608244 bytes, checksum: 73ced9bf50274d34a09508edd0498859 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-05T19:00:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 1608244 bytes, checksum: 73ced9bf50274d34a09508edd0498859 (MD5)
Previous issue date: 2004-09-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Embora apresente várias limitações, a técnica de RAPD ainda representa a principal ferramenta utilizada no Programa de Melhoramento Genético do Feijoeiro- comum BIOAGRO/UFV. Para contornar os problemas apresentados por esta técnica, a estratégia utilizada por vários pesquisadores tem sido a conversão dos marcadores RAPD em marcadores SCAR e o desenvolvimento de primers microssatélite. Assim, no presente trabalho foram desenvolvidos 5 primers SCAR para mancha-angular, 5 primers para ferrugem e 7 primers para antracnose. Os primers desenvolvidos para mancha-angular derivaram-se dos marcadores OPM02 425 , OPBA16 669 , OPH13 490 e OPH14+AA19 400 e foram mapeados, em acoplamento, a 5,3, 7,1, 5,6 e 10,1 cM, dos respectivos genes de resistência. Os primers desenvolvidos para ferrugem originaram-se dos marcadores OPAE19 890 , OPX11 550 , OPAJ18+AH10 700 , mas apenas o primer sAE19 foi validado. Este foi mapeado, em repulsão, a 1,0 cM do gene de resistência Ur-11. Os primers para antracnose foram desenvolvidos, a partir da seqüência dos fragmentos OPAZ20 940 , OPY20 830 , OPC08 900 , OPZ04 560 , OPB03 1800 , OPZ09 950 , OPH18 830 . Destes, apenas os primers sAZ20, sY20, sC08, sZ04 foram mapeados, em acoplamento, a 7,1, 1,2, 7,8 e 2,9 cM, dos respectivos genes de resistência. Os primers microssatélite foram desenvolvidos, a partir das seqüências de fragmentos de DNA genômico de 3 pequenas bibliotecas enriquecidas. As bibliotecas enriquecidas para as repetições GGC, CCA e AT permitiram a seleção de 79, 172 e 50 clones positivos, respectivamente. Do total de 301 clones que foram identificados, 153 já foram seqüenciados. Observou-se que 40 (26%) clones seqüenciados apresentaram fragmentos de DNA contendo microssatélite, os quais variaram quanto ao tipo, número e tamanho. As seqüências apresentaram repetições de di-, tri-, tetra- e até pentanucleotídeos. Em um mesmo fragmento, foram encontrados até 3 microssatélites. Entre as seqüências analisadas, foram observadas repetições perfeitas, imperfeitas e compostas, variarando entre 12 e 24 pb. Até o momento, foram desenhados e testados 10 pares de primers, sendo um deles originado da seqüência do marcador RAPD OPAZ20 940 . Destes, apenas 5 pares (FCctc001, FCggc001, FCccg001, FCccg002 e FCgca001) amplificaram fragmentos com tamanho esperado e bem definidos. Entretanto, esses primers foram monofórficos, quando testados entre diferentes cultivares andinos e mesoamericanos. Os primers SCAR, desenvolvidos e validados no presente trabalho, foram testados juntamente com 45 pares de primers microssatélite comerciais, entre os genitores de uma população de 154 RIL ́s. Dos primers selecionados, 7 foram mapeados em 10 grupos de um mapa parcial de ligação já existente e 1 permaneceu não-ligado. O mapa de ligação sofreu pequena variação no tamanho (247,8/252 cM) e no número de grupos de ligação (9/10 grupos). Entretanto, pela análise de variância foram constatadas associações significativas desses marcadores com diferentes características quantitativas. As associações mais significativas foram constatadas por meio de análises de regressão stepwise, as quais promoveram alteração no valor de R 2 da regressão múltipla para algumas das características. As características MAT (número de dias até a maturação), VAPLA (número médio de vagens por planta), SEPLA (número médio de sementes por planta) e PRVAG (produção média por vagem), que apresentavam valores de R 2 de 40,14; 28,99; 14,03 e 17,13 , tiveram um aumento para 44,30; 34,53; 21,92 e 26,03, respectivamente. A inclusão do marcador sH13 no GL 07 possibilitou a identificação de um novo QTL para a característica VAPLA. Este marcador também mostrou-se associado ao QTL, anteriormente, descrito para SEPLA. O marcador BM165 foi mapeado no GL 02 e mostrou-se associado a 4 QTLs diferentes, identificados para as características MAT, P100 (peso de 100 sementes), SEPLA e PRVAG. / The RAPD technique represents the major molecular tool for assisting the common bean breeding program of the BIOAGRO/UFV, in spite of its limitations. The conversion of the RAPD markers into SCAR ones, as well as the development of SSR primers are the strategy adopted by several researchers in order to relieve these problems. Therefore, 5 primers SCAR to angular leaf spot, 5 primers to rust and 7 primers to anthracnose were developed. The primers developed to angular leaf spot were derived from the RAPD markers OPM02 425 , OPBA16 669 , OPH13 490 and OPH14+AA19 400 and were mapped, in coupling phase, at 5.3, 7.1, 5.6 and 10.1 cM, from their respective resistance genes. The primers developed to rust were originated from the RAPD markers OPAE19 890 , OPX11 550 , OPAJ18+AH10 700 , although only the primer sAE19 was validated. It was mapped, in repulsion, at 1.0 cM distance from the resistance gene Ur-11. The primers developed for anthracnose were obtained from the fragment sequences of OPAZ20 940 , OPY20 830 , OPC08 900 , OPZ04 560 , OPB03 1800 , OPZ09 950 , OPH18 830 , from wich, only the primers sAZ20, sY20, sC08, sZ04 were validated. They were mapped, in coupling phase, at 7.1, 1.2, 7.8 and 2.9 cM, from their respective resistance genes. The SSR primers were developed from the sequences of the genomic DNA fragments obtained from three small enriched libraries. The libraries were enriched for the repetitions GGC, CCA and AT and made possible the selection of 79, 172 e 50 positive clones, respectively. From the total of 301 positive and identified clones, 153 were sequenced. From these clones, 40 (26%) presented DNA fragments containing microsatellite that showed variations for type, number, and size. The sequences showed repetitions of two, three, four, and five nucleotides. In the same DNA fragment, a total up to three microsatellites were found. Among the analyzed sequences, some perfect, imperfect, and compound repetitions ranging from 12 to 24 bp were found. Until this moment, only 10 pairs of primers were designed and tested; one of them was originated from the RAPD marker OPAZ20 940 . From those, only 5 pairs (FCctc001, FCggc001, FCccg001, FCccg002 e FCgca001) amplified the well-defined fragments with the expected size. However, those primers were monomorphics ones, when tested among different andean and mesoamerican cultivars. The developed and validated SCAR primers were tested together with 45 pairs of commercial SSR primers between the genitors of 154 RIL populations. From the selected primers, 7 were mapped into 10 groups of a partial linkage map already available in the lab, whereas one stayed discoupled. The linkage map was slightly altered in its size (247.8/252 cM) and number of linkage groups (9/10 groups). Variance analysis detected siginificative associations of these markers with different quantitative traits. The most significative associations were detected by stepwise regression analysis that promoted alteration in R 2 values of the multiple regression analysis for some traits. The R 2 values of the traits MAT (the number of days until the bean maturation), VAPLA (the average pod number per plant), SEPLA (the average seed number per plant) and PRVAG (the average yield per pod) increased from 40.14, 28.99, 14.03 and 17.13 to 44.30, 34.53, 21.92 and 26.03, respectively. The marker sH13 included into LG 07 allowed for the identification of a new QTL for the trait VAPLA. This marker also showed to be associated with the QTL previously described for SEPLA. The marker BM165 was mapped in LG 02 and showed to be associated with four different QTLs identified for the traits MAT, P100 (100-seed weight), SEPLA and PRVAG. / Tese importada do Alexandria
|
14 |
Efeitos do corte seletivo de árvores sobre o sistema de reprodução e dispersão de pólen em uma população de Hymenaea courbaril na Amazônia brasileiraCarneiro, Francimary da Silva [UNESP] 30 July 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Previous issue date: 2010-07-30Bitstream added on 2014-06-13T19:18:06Z : No. of bitstreams: 1
carneiro_fs_me_ilha.pdf: 693759 bytes, checksum: db6629049183f44cfd869df8b6a4a199 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este estudo investigou os efeitos do corte seletivo sobre a diversidade genética, sistema de reprodução e dispersão de pólen em uma população de Hymenaea courbaril L., situado na Floresta Nacional do Tapajós, Estado do Pará, utilizando nove locos microssatélites. A espécie é uma das mais importantes na Amazônia Brasileira devido o alto valor comercial de sua madeira. Antes do corte seletivo, todas as árvores adultas foram mapeadas, amostradas e genotipadas e 367 sementes foram coletadas de 20 árvores matrizes. Após o corte seletivo de 61% das arvores com DAP>81 cm, foram amostradas e genotipadas 250 sementes de 14 árvores reprodutivas. A análise da herança, ligação e desequilíbrio de ligação mostraram que os nove locos utilizados segregam conforme as leis mendelianas, não estão ligados e estão em equilíbrio gamético.As plantas não reprodutivas tinham maior número de alelos (122 alelos) do que as plantas reprodutivas (103) e as progênies (84). Destes alelos, 29 alelos eram exclusivos as plantas não reprodutivas, nove as plantas reprodutivas e 14 as progênies. O número médio de alelos por locos e a heterozigosidade esperada foram significativamente menores nas progênies antes ( k =16,7; Ho =0,710) e após a exploração madeireira ( k =9,33; Ho =0,555). O índice de fixação foi positivo e significativamente diferente de zero em todas as amostras ( F ad=0,111 , F juv=0,160 e F prog=0,045 ), sugerindo endogamia. A estimativa da taxa de cruzamento multilocos populacional ( tm ) foi significativamente menor do que a unidade ( tm =0,962) e a diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos ( tm−t s =0,066) sugere que ocorreram cruzamentos entre parentes. A estimativa do número efetivo de árvores doadoras de pólen antes da exploração ( Nep =3,79) foi significativamente menor que após a exploração de ( Nep =7,2). A taxa de imigração... / This study evaluated the effects of selective logging on the genetic diversity, reproductive system and pollen dispersal of a Hymenaea courbaril L. population by using nine microsatellite loci. Because of the characteristics of the wood, this species is one of the most logged in the Amazon resulting in significant reductions in its natural population. The study is located in the Tapajós National Forest, Para State, Brazil, in a 546 ha stand that is part of a governmental initiative for public forest concessions. To determine the effects of logging, both pre- and post-logging populations were analysed. Before logging, all adult trees of H. courbaril were mapped, sampled and genotyped; additionally progeny was analysed based on 367 seeds collected from 20 matrices. After logging took place (61% of the population above 81cm diameter at breast height), 250 seeds from 14 trees were collected and genotyped. Initially, tests for Mendelian inheritance, linkage and gametic disequilibrium were carried out which confirmed no linkage, deviation or disequilibrium for the used loci. The results for genetic diversity showed that the non-reproductive population presented a higher number of alleles (122) than the reproductive population (103) and progenies (84). From all alleles, 29 were exclusive to non-reproductive trees, nine to reproductive and 14 to progeny. The average number of alleles and expected heterozygosity were significantly lower for progenies in both pre- and post-logging situations ( k =16,7; Ho =0,710; k =9,33; Ho =0,555, respectively). The fixation index was positive and significantly different from zero for all sampled populations which suggests endogamy ( F ad=0,111 , F juv=0, 160 e F prog=0,045 ). The multilocus crossing rate was statistically significant ( tm =0,962) and the difference between multilocus and single-locus outcrossing rate was also significant ... (Complete abstract click electronic access below)
|
15 |
Diversidade e estrutura genética de populações suínas locais de no Estado de Pernambuco BrasilSILVA, Elizabete Cristina da 12 August 2010 (has links)
Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-10T13:19:21Z
No. of bitstreams: 1
Elizabete Cristina da Silva.pdf: 4327297 bytes, checksum: 969fe0e6e726dc739f29566fd5377097 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T13:19:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Elizabete Cristina da Silva.pdf: 4327297 bytes, checksum: 969fe0e6e726dc739f29566fd5377097 (MD5)
Previous issue date: 2010-08-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In Brazil, naturalized pigs or animals called locally adapted are endangered species due to the overvaluation of exotic pig breeds that have caused loss of genetic diversity in these populations. Thus, this study aimed to characterize diversity and genetic structure of nine pig genetics groups locally adapted: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) and mongrel (SRD; n=47) and three exotic breeds (Duroc=04, Landrace=21 and Large White=04) with 18 microsatellite markers as well as testing these markers to allocate individuals from a mongrel population and their actual population. It was detected 198 alleles with 18 loci examined in 190 pigs from 12 genetic groups, all of them were polymorphic with PIC (polymorphic information content) ranged from 0.541 (SW72) to 0.933 (S0005). The results of AMOVA showed that 3.2% of total variation came from the difference between genetic groups (P<0.0001) and 3.6% (P<0.0001) between local and commercials pigs. The average alleles and alleles effectives Nea were lower for commercial Duroc breed (3.65 and 3.008) and higher for mongrel populations (8.89 and 4.53) and Canastra (8.61, 4.58) detaching the high genetic diversity of the last ones. The nine local GG showed greater average value for the rates: alleles average number (Nam = 7.22), Nea (4.18), PIC (0.67) and the expected heterozygosis (He = 0.71), while the heterozygosis observed (Ho = 0.60) was lower due to intrapopulation inbreeding (FIS = 0.17). Using the UPGMA method, Landrace breed was grouped with Canastra, Moura, Canastrão, Baé and Caruncho populations. Another group was formed by populations Piau, Mongrel, Nilo and Mamelado, while Large White and Duroc breeds were isolated from the rest. Based on the two populations (K=2) for allocation of mongrel pigs, most (71.8%) individuals SRD was grouped into separate clusters of commercial breeds. Two clusters seem to accordingly describe the distribution of genetic variability found in 12 GG, which showed low level of differentiation, leading to a complex population genetic structure and the 18 loci were effective to allocate mongrel individuals to their actual population. / No Brasil, os suínos naturalizados ou animais ditos localmente adaptados encontramse em via de extinção devido à supervalorização das raças suínas exóticas que tem ocasionado perda de diversidade genética nessas populações. Dessa forma, objetivou-se caracterizar a diversidade e estrutura genética de nove grupos genéticos (GG) de suínos localmente adaptados: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) e Sem Raça Definida (SRD; n=47) e três raças exóticas: Duroc (n=04), Landrace (n=21) e Large White (n=04) com 22 marcadores microssatélites, e testar a viabilidade desses marcadores para alocar indivíduos de um GG SRD à sua população real. Detectou-se 198 alelos com 18 loci analisados em 190 suínos de 12 GG, todos foram polimórficos com PIC (conteúdo de informação polimórfica) variando de 0,54 (SW72) a 0,93 (S0005). Os resultados da AMOVA mostraram que 3,2% da variação total foram provenientes da diferença entre GG (P<0,0001) e 3,6% (P<0,0001) entre suínos locais e comerciais. As médias de alelos totais e efetivo de alelo (Nea) foram menores para a raça comercial Duroc (3,65 e 3,01) e maiores para os GG SRD (8,89 e 4,53) e Canastra (8,61e 4,58). Os nove GG locais apresentaram maior valor médio para os índices: número médio de alelos (Nam = 7,22), Nea (4,18), PIC (0,67) e heterozigosidade esperada (He = 0,71), enquanto, a heterozigosidade observada (Ho = 0,60) foi menor devido à consanguinidade intrapopulacional (FIS = 0,17). Com exceção da raça Large White, todos os GG apresentaram desvio significativo (P<0,05) para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Utilizando o método UPGMA a partir da distância genética padrão de Nei, a raça Landrace foi agrupada com os GG locais Canastra, Moura, Canastrão, Baé e Caruncho. Baseando-se nos dois grupamentos (K=2) para os testes de alocação dos suínos SRD, a maior parte (71,8%) dos indivíduos SRD foi agrupada em clusters separados das raças comerciais. Dois grupamentos parecem descrever adequadamente a distribuição da variabilidade genética encontrada nos 12 GG, os quais apresentaram baixo nível de diferenciação, conduzindo a uma estrutura genética populacional complexa, e os 18 loci foram eficazes para alocar os indivíduos SRD a sua população real.
|
16 |
Exploring the relationship between patients' health locus of control and perception of physician's supportRicci Twitchell, Maria F. 01 January 2008 (has links)
This study explored the relationship between patients' Health Locus of Control and their perceptions about the nature of their physician-patient relationship. The Locus of Control Scale and the Multidimensional Health Locus of Control Scale were implemented to measure the degree of personal control individuals attribute to their health. The Health Care Climate Questionnaire was used to measure the perceived physician support. The predicted result of the study was that patients who exhibit a higher degree of internal health locus of control would report better relationships with their physicians. This hypothesis was confirmed; there was a positive relationship between Internal health Locus of Control and the Health Care Climate questionnaire. Also, a significant relationship between the Powerful Others subscale of the health Locus of Control and perceived physician support was established.
|
17 |
TOLERÂNCIA AO ALUMÍNIO EM MILHO TROPICAL: HERANÇA GENÉTICA, MAPEAMENTO DE QTLs E EXPRESSÃO GÊNICACoelho, Caroline de Jesus 22 December 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-25T19:30:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Caroline Coelho D.pdf: 2827635 bytes, checksum: c705ec3ee73baeecb572d551dae9bae8 (MD5)
Previous issue date: 2015-12-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objectives of this work were to determine the genetic inheritance, map QTL Al tolerance and quantify the differential gene expression of Al tolerance genes in tropical origin maize. To determine the genetic control of Al tolerance were evaluated diallel crosses between contrasting genotypes in the hybrid maize germplasm and maize landrace germplasm. Affiliates generations of diallel crosses and parental of respective crosses were evaluated for Al tolerance through minimal solution methodology. The DIF data (root growth difference) were analyzed by diallel Griffing model (1956) Method 2 (parental, hybrid and reciprocal). Later was determined the tolerance inheritance from average analysis of segregating generations. The landrace genotypes showed overall higher DIF average to hybrid germplasm, confirming the greater tolerance in this group. The diallel crosses involving the V 06 landrace stood out by the high specific and general combining ability for Al tolerance. The results of the generation average analysis indicated, for all families studied, quantitative inheritance of Al tolerance with predominance of genetic variance explained by additive effects. The heritability in the narrow sense was of intermediate magnitude, indicating the possibility of genetic gains to artificial selection of Al tolerant genotypes in F2 generation. The QTL mapping was performed based on phenotypic analysis of 114 F2:3 progenies, evaluated at minimum solution in presence of 4 mg L-1 Al. Microsatellite and AFLPs polymorphic loci between the parental lines of the mapping population were used for construction of the linkage map with the help of MAPMAKER program version 3.0 and QTL detection performed by the composite interval mapping. Nine tolerance QTLs were mapped in eight linkage groups (chromosomes 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9 and 10), which explained 70.3% of phenotypic variation in Al tolerance. The results confirmed the three major QTL (bins 6.00, 8.05 and 10.01) described in the literature for Al tolerance, which were responsible for the most of phenotypic variation (40.3%). The high number of mapped QTLs in F2:3 segregating population confirms the quantitative inheritance of Al tolerance in the tropical maize germplasm. The molecular screening of ZmMATE1 and ZmMATE2 genes in hybrid and landraces maize germplasm showed no association of the amplified fragments with Al tolerance index. For studies of gene expression, the tolerant (H 44 and V 18) and sensitive genotypes (V H 22 and 25) were subjected to minimal solution for different exposure periods (0, 1, 3, 6, 9, 12, 24 and 48 h). After total RNA extraction from each genotype and the synthesis of cDNAs from each sample, were performed qRT-PCR assays to quantitate the expression of ZmMATE1, ZmMATE2 and ZmNrat1 genes. The results showed the highest differential expression of tolerant landrace V 18 for ZmMATE1 gene, indicating that, possibly, the exudation of citrate should be the main mechanism of Al tolerance in this genotype. The results also demonstrated the possibility of another type Al tolerance mechanism for the tolerant hybrid H 44, since showed differential expression only for ZmNrat1 gene in initial phase of exposure (1 to 3 h). The same genotypes used in the gene expression quantification were evaluated for roots differential staining with hematoxylin. The genotypes were submitted to minimal solution with Al for 6, 12, 24 and 48 h exposure times, evaluating the differential staining of roots in the respective periods. It was not possible to observe differential staining with hematoxylin among maize tolerant and sensitive genotypes to Al. / Os objetivos do trabalho foram determinar a herança genética, mapear os QTLs de tolerância ao Al e quantificar a expressão gênica diferencial de genes de tolerância ao Al em milho de origem tropical. Para determinar o controle genético da tolerância ao Al foram avaliados cruzamentos dialélicos entre genótipos contrastantes dentro do germoplasma de milho híbrido e dentro do germoplasma de milho crioulo. As gerações filiais dos cruzamentos dialélicos e os respectivos parentais dos cruzamentos foram avaliados quanto à tolerância ao Al através da metodologia de solução mínima. Os dados do DIF (diferença de crescimento radicular) foram submetidos à análise dialélica pelo modelo de Griffing (1956) método 2 (parentais, híbridos e recíprocos). Posteriormente, foi determinada a herança da tolerância a partir da análise de médias de gerações segregantes. Os genótipos de milho crioulo demonstraram média geral de DIF superior ao germoplasma híbrido, confirmando a maior tolerância neste grupo. Os cruzamentos dialélicos que envolveram a variedade crioula V 06 destacaram-se pela alta capacidade específica e geral de combinação para a tolerância ao Al. Os resultados da análise de média de gerações indicaram, para o conjunto de famílias estudadas, herança quantitativa da tolerância ao Al, com predomínio da variância genética explicada pelos efeitos aditivos. A herdabilidade no sentido restrito foi de magnitude intermediária, indicando a possibilidade de ganhos genéticos com a seleção artificial de genótipos tolerantes ao Al na geração F2. O mapeamento de QTLs foi realizado com base na análise fenotípica de 114 progênies F2:3, avaliadas em solução mínima na presença de 4 mgL-1 de Al. Os locos microssatélites e AFLPs polimórficos entre as linhagens parentais da população de mapeamento foram utilizados para a construção do mapa de ligação com o auxílio do programa MAPMAKER versão 3.0 e a detecção dos QTLs realizada pelo mapeamento por intervalo composto. Foram mapeados nove QTLs de tolerância em oito grupos de ligação (cromossomos 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9 e 10), os quais explicaram 70,3% da variação fenotípica em tolerância ao Al. Os resultados confirmaram os três principais QTLs (bins 6.00, 8.05 e 10.01) descritos na literatura para a tolerância ao Al, os quais foram responsáveis pela maior parte da variação fenotípica (40,3%). O elevado número de QTLs mapeados na população segregante F2:3 confirma a herança quantitativa da tolerância ao Al neste germoplasma de milho tropical. O screening molecular dos genes ZmMATE1 e ZmMATE2 nos germoplasmas de milho híbrido e de variedades crioulas não evidenciou associação dos fragmentos amplificados com os índices de tolerância ao Al. Para os estudos de expressão gênica, os genótipos tolerantes (H 44 e V 18) e os sensíveis (H 22 e V 25) foram submetidos à solução mínima por diferentes períodos de exposição (0, 1, 3, 6, 9, 12, 24 e 48 h). Após a extração de RNA total de cada um dos genótipos e a síntese dos cDNAs de cada amostra foram realizados ensaios de qRT-PCR para quantificar a expressão dos genes ZmMATE1, ZmMATE2 e ZmNrat1. Os resultados demonstraram a maior expressão diferencial da variedade crioula tolerante V 18 para o gene ZmMATE1, indicando que, possivelmente, a exsudação de citrato deva ser o principal mecanismo de tolerância ao Al neste genótipo. Os resultados também evidenciaram a possibilidade de outro tipo de mecanismo de tolerância ao Al para o híbrido tolerante H 44, pois apresentou expressão diferencial apenas para o gene ZmNrat1 na fase inicial da exposição (1 a 3 h). Os mesmos genótipos utilizados na quantificação da expressão gênica foram avaliados para a coloração diferencial de raízes com hematoxilina. Os genótipos foram submetidos à solução mínima com Al por períodos de exposição de 6, 12, 24 e 48 h, avaliando-se a coloração diferencial das raízes nos respectivos períodos. Não foi possível observar coloração diferencial com hematoxilina entre genótipos de milho tolerantes e sensíveis ao Al.
|
18 |
La propaganda políticaRogers, Geraldine January 1994 (has links)
No se posee.
|
19 |
Caracterização da estrutura genética de populações residentes e migradoras da espécie Salminus brasiliensis da Bacia do rio Mogi-GuaçuRossini, Bruno César 24 November 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1
3339.pdf: 3467173 bytes, checksum: 0bde7cebe4b7fdf5c09347167fc42231 (MD5)
Previous issue date: 2010-11-24 / Universidade Federal de Minas Gerais / Dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) is an excellent migratory fish, possessing large body and wide distribution in South America, with presence in Paraná, Uruguay, Paraguay and La Plata River Basins (Argentina, Brazil, Uruguay and Paraguay), in drainage of Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul state, Brazil) and the upper portion of the Mamoré and Chaparé River system (Bolivia). This fish is much appreciated in gastronomy and sport fishing. However, with increasing habitat degradation, overfishing and damming of rivers due to electric power generation, the fauna of these areas has suffered large impacts, and studies aimed at conservation are needed. In this approach, microsatellite markers have been used to assess the genetic structure of natural populations in order to provide data for management and conservation programs. Despite the microsatellite markers are extremely useful for many organisms including dourado, there are not species-specific loci described yet. Thus, in the present study we used heterologous loci, described for three species related to S. brasiliensis in eight populations of this fish (four residents and four migratory). Samples of 201 animals were collected in the Mogi-Guaçú River (Cachoeira de Emas, Pirassununga, SP) during the years 2007-2009, including reproductive periods (November-February) and non-reproductive (March-October). DNA was extracted using protocol phenol: chloroform: isoamyl alcohol. We tested 29 microsatellite loci, 16 were described for Salminus franciscanus, six for Brycon hilarii and seven for Brycon opalinus. Of this total, only ten loci (nine for S. franciscanus and one for B. opalinus) have demonstrated excellent amplification and high polymorphism, being used in population analysis of S. brasiliensis. Statistical analysis was performed in Genepop 4.0 (HWE, heterozygosity, linkage disequilibrium), FSTAT 2.9.3. (FST, genetic diversity and allelic richness, Fis), GenAlEx 6 (private alleles), Popgene 1.31. (distance and genetic identities), Micro-Checker (null alleles) and Structure 2.3.1. (assignment test and population differentiation). The number of alleles ranged from eight (Sfra18) to 48 (Sfra02), considering all populations together. The levels of observed heterozygosity ranged from 0,668 (RT- 07/2008) to 0,776 (MT-01/2009), and seven populations were out of the HWE at least for one locus. The values of Nei's distance and genetic identity varied, respectively, from 0,08 to 0,29 and 0,75 to 0,92. The data show that these populations have high intra-population genetic variability and low population differentiation between them. The FST values, together with the data of gene and genotypic differentiation and the analysis in the software Structure pointed to the existence of at least two populations outside the breeding period in the analysis. For populations sampled within the reproductive period no structure was identified. These results may help to better understand about the migratory behavior and their reproduction in the region of Cachoeira de Emas, contributing to management actions related to fisheries and conservation of this important migratory fish species. / O dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) é um excelente peixe migrador, possuindo grande porte e larga distribuição na América do Sul, com presença nas bacias dos rios Paraná, Uruguai, Prata e Paraguai (Brasil, Argentina, Uruguai e Paraguai), na drenagem da Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul, Brasil) e na porção superior do sistema do alto rio Mamoré e Chaparé (Bolívia). Este peixe é muito apreciado na pesca esportiva e gastronomia. Porém, com a crescente degradação de habitats, a sobrepesca e o represamento de rios para fins de geração de energia elétrica, a fauna dessas áreas vem sofrendo grandes impactos, sendo necessários estudos que visem sua conservação. Dentro desta abordagem, marcadores moleculares microssatélites vêm sendo utilizados para avaliar a estrutura genética de populações naturais com o objetivo de subsidiar programas de manejo e conservação. Apesar dos microssatélites serem marcadores extremamente úteis, para muitos organismos incluindo o dourado, não há locos espécie-específicos descritos. Desta forma, no presente trabalho foram utilizados locos heterólogos descritos para três espécies relacionadas à S. brasiliensis em oito populações (sendo quatro residentes e quatro migradoras). Amostras de 201 animais foram coletadas no rio Mogi-Guaçu (região da Cachoeira de Emas, município de Pirassununga, SP) durante os anos de 2007 a 2009, incluindo os períodos reprodutivos (Novembro a Fevereiro) e não reprodutivo (Março a Outubro). O DNA foi extraído utilizando protocolo fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. Foram testados 29 locos microssatélites, sendo 16 descritos para Salminus franciscanus, seis para Brycon hilarii e sete para Brycon opalinus. Deste total, apenas dez locos (nove de S. franciscanus e um de B. opalinus) demonstraram excelente padrão de amplificação e alto polimorfismo, sendo utilizados nas análises populacionais de S. brasiliensis. As análises estatísticas foram feitas nos programas Genepop 4.0 (EHW, níveis de heterozigosidade, desequilíbrio de ligação), FSTAT 2.9.3. (FST, diversidades gênica e riqueza alélica, Fis), GenAlEx 6 (alelos privados), Popgene 1.31. (distância e identidades genéticas), Micro-Checker (alelos nulos) e Structure 2.3.1. (teste de atribuição e diferenciação populacional). O número de alelos variou de oito (Sfra18) a 48 (Sfra02), considerando as oito populações conjuntamente. Os níveis de heterozigosidade média observada variaram de 0,668 (RT-07/2008) a 0,776 (MT-01/2009), sendo que sete populações apresentaram-se fora do EHW para pelo menos um loco. Os valores de distância e identidade genética de Nei variaram, respectivamente, de 0,08 a 0,29 e 0,75 a 0,92. Os dados obtidos demonstram que estas populações apresentam alta variabilidade genética intra-populacional e baixa diferenciação entre as populações aqui analisadas. Os valores de FST, juntamente com os dados de diferenciação gênica e genotípica e análises no programa Structure apontam para a provável existência de pelo menos duas populações residentes diferenciadas. Para as populações amostradas dentro do período reprodutivo nenhuma estruturação foi identificada. Estes resultados podem auxiliar a entender melhor o comportamento migratório e reprodutivo destes animais na região de Cachoeira de Emas, contribuindo para proposições de ações de manejo relacionadas à pesca e conservação desta importante espécie de peixe migrador.
|
20 |
Detecção de Locos de Características Quantitativas (QTL) nos Cromossomos 5, 7 e 8 de suínos / Detection of Quantitative Trait Loci (QTL) on Pig Chromosome 5, 7 and 8Sousa, Katiene Régia Silva 25 February 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1
texto completo.pdf: 365530 bytes, checksum: 14eb9333accf37cc0f88b5dbb33077f0 (MD5)
Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Molecular markers can be used to identify chromosomal regions harboring quantitative trait locos (QTL) that control traits of economic importance in farm animals. To study these locos in the pig, a resource population has been generated from a cross between two Naturalized Brazilian Piau grand sires and eighteen Commercial grand dams (Landrace x Large White x Piétrain). A total of 614 F2 progeny from 50 matings of F1 parents were produced. Phenotypic data on performance, carcass, internal organs, viscera, carcass cuts and meat quality traits were collected on the F2 animals. Parentals, F1 e F2 animals were genotyped for 17 microsatellite markers covering the chromosomes 5, 7 e 8. The loci were considered appropriate for quantitative analysis, when it was analysed their values for observed heterogosity (Ho), expected heterozigosity (He) and polimorfic information content (PIC). In the chromosome 5, the average values of the Ho, He; and PIC found were 0,73; 0,66 and 0,61; in the chromosome 7, the values found were 0,81, 071 and 0,67 and in the chromosome 8 had the average values for Ho, He and PIC of 0,65; 0,65 and 0,61 respectively. After the genotype scoring, it was constructed the linkage map for these markers in the population. Association analyses were performed using interval mapping by regression for QTL detection. Seventeen QTL were mapped for carcass and cuts carcass traits on the three chromosomes, while just one QTL for feed intake were found for performance trait in the eight chromosome. One QTL for Total (bone-in) loin weight (Kg) and for bacon depth were mapped and not yet described in the literature on the seven chromosome. The generated information of significant QTL will be useful for future studies dealing fine mapping with and identification of genes that could provide a better understanding of physiology and production traits of pigs. / Marcadores moleculares podem ser usados para identificar regiões cromossômicas que contêm locos de características quantitativas (QTL) que controlam fenótipos de importância econômica em animais de produção. Para estudá-los em suínos, foi gerada uma população de um cruzamento entre dois varrões da raça naturalizada Piau e dezoito fêmeas da linha comercial (Landrace x Large White x Pietrain). Uma progênie de 614 animais na F2 foi produzida de 50 acasalamentos da F1. Os dados fenotípicos de desempenho, carcaça, órgãos internos, vísceras, corte de carcaça e qualidade de carne foram coletados nos animais F2. Os animais parentais, F1 e F2 foram genotipados para 17 marcadores tipo microssatélites cobrindo os cromossomos 5, 7 e 8. Os locos foram considerados adequados para estudos de características quantitativas, quando foram analisados os valores de heterozigosidade observada (Ho), heterozigosidade esperada (He) e conteúdo de informação polimórfica (PIC). No cromossomo 5, os valores das médias de Ho, He e PIC encontrados foram 0,73; 0,66 e 0,61; no cromossomo 7, os valores encontrados foram 0,81, 071 e 0,67 e no cromossomo 8 os valores foram 0,65; 0,65 e 0,61. Com o resultado da genotipagem foi construído o mapa de ligação específico dos marcadores para a população desenvolvida. As análises de associação foram feitas utilizando mapeamento por intervalo por regressão para detecção de QTL. Foram detectados 17 QTL para características de carcaça e corte de carcaça nos três cromossomos, enquanto para característica de desempenho apenas um QTL para conversão alimentar foi encontrado no cromossomo oito. Não foram encontrados nas literaturas consultadas QTL para Peso de Carré e Espessura de Bacon no cromossomo sete. As informações dos QTL significativos encontrados servem para estudos futuros como o mapeamento fino e identificação de genes que ajudam no melhor entendimento da fisiologia e características de produção de suínos.
|
Page generated in 0.0605 seconds