Les mares forestières temporaires sont de petites zones humides d’eau douce, sujettes à de fortes dégradations. Le fonctionnement des mares naturelles et restaurées a été étudié en se basant sur les taux de décomposition de la matière organique (MO) et sur l’effet de facilitation d’une plante vasculaire (Molinia caerulea, molinie) sur la croissance des sphaignes (Sphagnum palustre). Les taux de décomposition de la MO dans l’eau ne différaient pas entre les mares naturelles et restaurées mais ils étaient influencés par la teneur en carbone organique du sol, l’ouverture de la canopée forestière et le couvert en sphaignes. Dans le sol de la zone de transition mare-forêt, ces taux étaient réduits par la saturation en eau et par un couvert molinie-sphaignes. La présence de la molinie diminuait la croissance des sphaignes, suggérant une compétition. Les résultats de cette étude contribuent à l’écologie de la restauration de ces mares et questionnent leur devenir dans un contexte de changement climatique. / Vernal pools are small freshwater wetlands, subject to strong degradations. The functioning of natural and restored vernal pools was studied, based on organic matter (OM) decomposition rates and the facilitation effect of a vascular plant (Molinia caerulea, purple-moor grass) on Sphagnum growth (Sphagnum palustre). The rates of OM decomposition in water were not different between natural and restored pools, but they were influenced by soil organic carbon content, tree canopy openness and Sphagnum cover. In the soil of the pool-forest transition zone, these rates were reduced by water logging and by a Molinia-Sphagnum cover. The presence of Molinia decreased Sphagnum growth, suggesting a competition relationship. The results of this study contribute to the restoration ecology of vernal pools and raise the question of their fate in the climate change context.

Fusarium verticillioides est une moisissure phytopathogène et mycotoxinogène dont l’occurrence est fréquente dans le sol et dans de nombreux céréales et végétaux et plus particulièrement dans le maïs et le blé. La contamination des cultures par F. verticillioides conduit à des maladies variées et est souvent associée avec une accumulation de mycotoxines. Les fumonisines B1 (FB1) and B2 (FB2) sont les toxines les plus dangereuses produites par F. verticillioides. Des conséquences létales de la consommation de produits alimentaires contaminés par les fumonisines ont été reportées chez les animaux et l’homme. Différentes démarches ont été utilisées pour lutter contre cette moisissure et ses toxines mais souvent liées à l’utilisation de fongicides chimiques par ailleurs reconnus pour leurs effets néfastes pour l’homme, les animaux et l’environnement. Des pratiques alternatives ont été développées pour préserver les récoltes en respectant les écosystèmes et la santé humaine et animale. L’utilisation d’amendements organiques est apparue comme une stratégie intéressante de contrôle des maladies des plantes en assurant un apport de PGPM (Plant Growth Promoting Microorganisms) et agents de biocontrôle. Notre étude a donc eu pour but de caractériser les communautés microbiennes, et plus particulièrement celles d’intérêt pour le biocontrôle, d’amendements organiques et sols amendés ainsi que de tester leur potentiel antifongique envers F. verticillioides. Les mécanismes de biocontrôle ont été étudiés en utilisant des approches métabolomiques et transcriptomiques par séquençage haut débit. L’étude des communautés microbiennes dans les amendements et les sols amendés a été réalisée par pyroséquençage de marqueurs qui sont des portions du gène ribosomal 16S et de la séquence ITS2. Le microbiote des amendements est essentiellement constitué par les familles des Pseudonocardiaceae, Bacillaceae et Trichocomaceae qui incluent différents PGPM et agents antifongiques. Par ailleurs les amendements semblent favoriser l’installation des familles d’intérêt dans les sols tout en limitant celle des pathogènes tels les Nectriaceae qui comprennent des Fusarium pathogènes. Les tests d’antagonisme ont montré que les sols amendés réduisaient la croissance de F. verticillioides de façon plus importante que le sol de référence en inhibant la production de microconidies. La production de fumonisines a également été fortement réduite en présence des métabolites produits par le microbiote des sols amendés (plus de 68 % et 92 % pour FB1 and FB2 respectivement). Des souches d’actinomycètes isolées des amendements, et identifiées comme appartenant au genre Streptomyces, ont montré une activité antifongique envers F. verticillioides. Parmi celles-ci, Streptomyces AV05 a été sélectionnée pour les tests supplémentaires en raison de son fort potentiel d’inhibition vis-à-vis de F. verticillioides. Des comparaisons des endométabolomes et transcriptomes des 2 souches cultivées seules ou en confrontation ont été réalisées et de nombreuses différences ont été remarquées pour chacune entre les 2 modalités. Ainsi, 29 métabolites impliqués dans les modifications du métabolome de F. verticillioides en co-culture avec Streptomyces AV05 ont été identifiés et différentes voies métaboliques semblent avoir été affectées. L’étude du transcriptome des 2 souches a donné des résultats allant dans le même sens que celle du métabolome. En effet des changements significatifs de niveau d’expression ont été observés au niveau transcriptomique pour 800 gènes de F. verticillioides et 115 gènes de Streptomyces AV05 en situation de confrontation. L’identification de ces gènes est en cours et plusieurs d’entre eux semblent impliqués dans les modifications des profils métaboliques observées chez les 2 souches. L’intégration des données métabolomiques et transcriptomiques devrait permettre d’améliorer a compréhension des mécanismes mis en jeu au cours de la confrontation. / Fusarium verticillioides is a phytopathogenic and mycotoxigenic filamentous fungus that can be found with high occurrence in soils and in a wide range of cereals and vegetables, particularly in corn and wheat. The F. verticillioides contamination in crops leads to various diseases and is usually associated with an accumulation of mycotoxins. Fumonisin B1 (FB1) and fumonisin B2 (FB2) are the most dangerous mycotoxins produced by Fusarium verticillioides. Lethal consequences caused by fumonisins have been reported in animals and in human due to the consumption of contaminated food products. To deal with this pathogenic fungus and its mycotoxins, several approaches have been applied but they are usually based on the use of chemical agents that are reported to be unsafe for humans, animals and ecosystems. Alternative practices that maintain the quality and the abundance of crops while preserving the ecosystems and human and animal health have been developed. The application of organic amendments has been reported as an interesting strategy for controlling diseases by providing an abundant source of PGPM (Plant Growth Promoting Microorganisms) and biocontrol agents. The aim of our study was to characterize the microbial communities of organic amendments and amended soils focusing on the microbial families of interest for biocontrol and to assess the antifungal potential of amended soils and their microbiota towards F. verticillioides. Mechanisms of biocontrol were studied using metabolomics and transcriptomics approaches. Evaluation of microbial communities in amendments and amended soils using pyrosequencing of the 16S rDNA and the ITS genes showed that the amendments contained mainly the families of Pseudonocardiaceae, Bacillaceae and Trichocomaceae that were believed to include various PGPM and antifungal agents. Furthermore, the amendments were expected to promote the families of interest in soil and also to limit those of pathogens such as Nectriaceae that might contain many pathogenic Fusarium. Antifungal assays showed that the amended soils reduced the F. verticillioides growth better than the reference soil by inhibiting the microconidia production. The fumonisin production was strongly reduced by the metabolites produced by the amended soils’ microbiota (up to 68 % and 92 % for FB1 and FB2 respectively). Some actinomycete isolates from these amendments were identified as Streptomyces and they demonstrated antifungal activity against F. verticillioides. Among the Streptomyces strains, Streptomyces AV05 was selected for further studies because of its strong inhibition towards F. verticillioides. The interaction between the Streptomyces strain AV05 as antagonist agent and F. verticillioides was investigated. The study of the endometabolome and the transcriptome of the two microorganisms was carried out in two different conditions: strains cultivated alone or in confrontation. Many modifications have been noticed into the endometabolome of the 2 microorganisms during the direct confrontation and 29 metabolites involved in the endometabolome alteration of F. verticillioides in co-culture with Streptomyces AV05 were identified. Many fungal metabolic pathways were suggested to have been affected. The results of the study of the mRNA of the 2 strains appeared to be in accordance with the metabolomics results. A change in the transcriptomic level was observed: 800 genes of F. verticillioides and 115 genes of Streptomyces AV05 were found to be expressed differently when the strains were cultivated alone or in confrontation. The identification of these genes is in progress. Many of them are expected to be responsible for the change in the metabolic profiles observed in the bacterial-fungal interaction. The integration of the metabolomic and transcriptomic informations could improve the understanding of the mechanisms of biocontrol during direct confrontation.

Pour ajuster la rhéologie des matériaux cimentaires et modifier leurs principales propriétés d'écoulement, l'utilisation des polymères organiques est nécessaire. L'objectif de cette thèse est de définir un cadre général physique permettant de caractériser qualitativement les conséquences de l'introduction d'un ou plusieurs polymères dans une pâte de ciment. De façon à s'affranchir des spécificités chimiques de chaque molécule, nous prenons le parti d'adopter une approche physique générale dans laquelle un polymère est défini par sa localisation (en solution ou à la surface d'un grain) et par sa taille caractéristique (en solution ou à la surface d'un grain). Nous sélectionnons des polymères couvrant la gamme de molécules disponibles lors de la formulation d'un matériau cimentaire : super-plastifiants, agents de viscosité, retardateurs de prise, floculants. Dans un premier temps, nous étudions le comportement des polymères dans le fluide interstitiel d'une pâte de ciment. Nous mesurons leurs rayons hydrodynamiques en solution et leur influence sur la viscosité du fluide interstitiel d'une pâte de ciment. Nous montrons qu'au premier ordre, la conformation, en régime dilué, de la majorité des polymères étudiés ici et tirés de la littérature, peut être décrite par la même courbe maitresse en fonction de la masse molaire. Nous identifions la fraction volumique des polymères en solution comme le paramètre principal qui est à même de capturer la physique dominante et commune à la majorité des polymères étudiés ici et régissant leur comportement macroscopique en solution. Nous étudions ensuite le comportement des polymères dans une pâte de ciment. Nous mesurons leur adsorption à la surface des particules de ciment et nous analysons les résultats obtenus dans deux régimes asymptotiques de la littérature: le régime d'adsorption à faible taux de couverture de surface et le régime d'adsorption à la saturation qui nous donnent respectivement des informations sur l'affinité intrinsèque du trio polymère/surface/solvant et sur la conformation des polymères adsorbés à la saturation. Nous discutons alors les valeurs d'affinité et d'adsorption à la saturation mesurées à la lueur des paramètres et des structures moléculaires de nos polymères. Dans une troisième partie, nous rappelons les origines physiques microscopiques du comportement rhéologique d'une pâte de ciment. Nous identifions, dans le cas où les polymères n'introduisent pas de nouvelles forces dans le système deux paramètres principaux, la distance inter-particulaire et la viscosité du fluide interstitiel, qui peuvent être ajustés par l'ajout de polymères et entrainer des changements majeurs dans la rhéologie d'une pâte de ciment standard. Dans une dernière partie, nous étudions la compétition d'adsorption entre polymères à la surface des particules de ciment. Nous proposons tout d'abord un protocole expérimental basé sur des mesures de diffraction dynamique de la lumière nous permettant de distinguer les adsorptions respectives de deux polymères sur une même surface. Nous illustrons ensuite la compétition d'adsorption et l'utilisation potentielle qui peut être faite de cette technique en étudiant successivement les compétitions d'adsorption entre un super-plastifiant et trois autres espèces adsorbantes : des ions sulfates, un retardateur de prise et un agent de viscosité. Nous montrons que, selon le taux de couverture de surface, cette compétition peut être plus au moins marquée et ses conséquences rhéologiques plus au moins drastiques. L'approche physique proposée ici consistant à ignorer autant que possible les spécificités chimiques des macromolécules étudiées atteint, à plusieurs occasions, ses limites. Lorsque c'est le cas, nous regroupons à la fin des parties concernées les discussions et analyses des situations où l'introduction d'un polymère dévie de la réponse générique au premier ordre obtenue pour l‘ensemble des autres macromolécules étudiées / To fulfil the rheological requirements of cementitious materials, mix designer engineers use various polymers. Theses admixtures either stay in the suspending fluid modifying its viscosity or adsorb at the surface of cement particles modifying their surface properties and their interactions. In this work, we propose a general physical frame allowing for the description of the consequences of the addition of one or various polymers on the rheology of cement paste. We identify two main parameters affecting the rheology of cement paste, which can be modified by chemical admixtures. These parameters are the inter-particle distance and the viscosity of the suspending fluid. Our solution viscosity and hydrodynamic radii measurements in synthetic cement pore solution suggest that the volume fraction of polymers is the main parameter enhancing the viscosity of the suspending fluid. By means of rheological and adsorption measurements, we study the effects of polymers on the inter-particle distance and the rheological behavior of the suspension. Finally, we study the competitive adsorption between polymers at the surface of cement particles. We propose a technique based on dynamic light scattering measurements allowing for the measurement of the respective adsorption of two polymers at the surface of cement particles. We then study the competitive adsorption between a super-plasticizer and sulfate ions, retarder or viscosity enhancing admixtures

Ce travail examine les bénéfices d’un apprentissage par situation complexe en natation de vitesse chez des élèves de 5ème ; les soubassements théoriques sont pluriels. L’Approche Par Compétence (APC) à l’école, selon la pédagogie de l’intégration, invite à concevoir des situations complexes conduisant les élèves à intégrer leurs ressources pour résoudre des problèmes. Cette approche pédagogique se base aussi sur la psychologie sociale du développement et des acquisitions plaçant au coeur des dispositifs d’apprentissage, les interactions sociales et les échanges verbaux. Plus précisément, le dispositif étudié est construit à partir des principes socioconstructivistes de l’apprentissage coopératif. Au cours d’une séquence de douze séances d’EPS, les élèves de deux conditions d’enseignement différentes, ont été testés de façon répétée en situation complexe. Ce travail poursuit trois objectifs. En premier lieu, nous avons comparé les acquisitions sur les plans moteur, social et méthodologique, des élèves selon la condition (individuelle / interactive). Les résultats révèlent des progrès plus importants au niveau des performances chronométriques pour les élèves de la condition interactive. Ensuite, nous avons examiné le processus de « mise en synergie » des ressources, induit par la situation complexe. Etre préparé à intégrer ses ressources en situation complexe, optimise le développement de compétences motrices, cognitives et sociales. Enfin, nos observations dévoilent les effets de la compétition sur la coopération des élèves. L’apprentissage par situation complexe optimise l’exploitation des compétences individuelles au profit de la réalisation d’une performance collective. / This work examines the advantages of training in speed swimming complex situations for 8th grade pupils and there are many theoretical bases attached to it. The competencies-based approach (APC in French) at school, according to the pedagogy of integration, invites to conceive complex situations leading pupils to integrate their resources to solve problems. This teaching approach is also based on the development and acquisition social psychology putting forward training devices, social interactions and verbal exchanges. More precisely, this work is built according to the socioconstructivist principles of the co-operative learning. During a sequence of twelve PE sessions, two groups of pupils in two different teaching conditions, were tested in complex situations. This work pursues three goals. Initially, we compared pupils according to the condition (individual/interactive), their acquisitions on the physical, social and methodological levels. The results reveal more important progress on the level of chronometric performances for the pupils of the interactive condition. Then, we examined the resources, induced by the complex situation in the process of “setting in synergy”. To be prepared to integrate his complex situation resources optimizes the development of physical, cognitive and social skills. Lastly, our observations reveal the effects of competition on the pupils’ co-operation. The training by complex situation optimizes the coordination of individual skills to succeed in the collective performance.

Dans un contexte où la recherche de l’excellence universitaire est au coeur des préoccupations des institutions académiques et des pouvoirs publics, cette thèse a pour objectif de contribuer à l’étude des déterminants de la production scientifique des enseignants-chercheurs français en économie. En mobilisant les données originales issues des candidatures des enseignants-chercheurs à la ‘’Prime d’Excellence Scientifique’’, les quatre contributions proposées s’attachent à articuler deux importantes dimensions, jusqu’ici rarement traitées conjointement par la littérature : les effets d’externalités collectives dans la production scientifique, et le caractère multitâche de l’activité des enseignants-chercheurs. Le premier chapitre de la thèse analyse les déterminants de l’obtention de la Prime d’Excellence Scientifique des enseignants-chercheurs français en économie. Nous nous intéressons au caractère multitâche de la production individuelle et à la dimension dynamique de cette forme particulière de compétition académique mise en place depuis 2009. Les résultats économétriques obtenus à partir d’un modèle séquentiel montrent que les publications scientifiques constituent le facteur le plus déterminant dans les chances de succès à la PES. Nous identifions les facteurs de découragement au cours de ce tournoi dynamique. Les résultats montrent également que la promotion passée au titre du précédent dispositif PEDR augmente les chances de promotion des enseignants-chercheurs. Le second chapitre se penche sur le facteur déterminant de l’attribution de la PES et de la promotion des enseignants-chercheurs : la production scientifique. Ce chapitre met en évidence que les effets d’externalités associés à l’environnement de recherche des enseignants-chercheurs sont susceptibles d’expliquer à la fois la dynamique individuelle de la production scientifique et la concentration de celle-ci entre un petit nombre d’enseignants-chercheurs. Nos résultats économétriques par quantiles concluent à l’existence de deux régimes de production scientifiques extrêmes : les polyvalents et les spécialistes. Toutefois, nos résultats ne réfutent pas l’existence d’un cycle de production scientifique qui serait sensible au stock de compétences accumulées dans l’environnement de travail des enseignants-chercheurs. Tenant compte des interactions potentielles entre les tâches d’enseignement et de recherche mises en évidence dans le second chapitre, le troisième chapitre propose d’analyser à partir d’un modèle théorique et économétrique, les effets de l’environnement de recherche sur le choix d’activités des enseignants-chercheurs. En contrôlant la simultanéité et l’endogénéité du choix des tâches de l’enseignement et de la recherche, les résultats économétriques sur nos données confortent largement les prédictions théoriques : les effets d’externalités issus de la concentration spatiale des compétences en recherche et/ou en formation à un moment donné, conduit à des profils « typés » de spécialistes (en recherche ou en formation) ou à l’opposé de « généralistes » associant production scientifique, implications pédagogiques et responsabilités collectives. Prenant en compte l’hétérogénéité des publications scientifiques en économie, le quatrième chapitre analyse des déterminants de l’arbitrage « quantité-qualité » dans la production scientifique. Nous étudions en particulier les déterminants du choix de deux types publications définies dans le classement CNRS des revues d’économie: les publications de premier rang et les publications de second rang. Les résultats économétriques de l’estimation jointe de ces deux types de publications concluent à un arbitrage entre les publications de bonne qualité et les publications dans les revues moins bien classées, arbitrage sensible aux effets d’externalité de l’environnement de recherche des enseignants-chercheurs. / In a context where both academic institutions and government consider academic excellence as crucial, this thesis aims at contributing to the study of the determinants of scientific productivity of professors. Using an original database of French academic economists involved in the “Prime d’Excellence Scientifique” tournament, the four proposed contributions show the importance of considering two dimensions often ignored so far: first, collective externalities, and the multidimensional nature of professors’ activities.The first chapter investigates the determinants of success in a large competition among French academic economists, the “Prime d’Excellence Scientifique (PES)”. We are particularly interested in the dynamic aspects of this repeated tournament initiated by the French academic system in 2009 to select the best productive researchers for promotion. The econometric estimation of the transition probabilities using sequential-response models allows for identification of changes in weightings assigned to each criterion. Our results confirm the importance of peer-reviewed publications and identify discouraging factors in this dynamic tournament. We also find that past success influences the promotion of professors.The second chapter focuses on the most decisive factor in the award of the “Prime d’Excellence Scientifique”: the scientific production. It shows that the scientific environment can explain both the path dependency in individual scientific productivity and the high inequality and skewness of individual productivity distributions. The results of quantile regressions show the existence of two separated regimes of scientific production, namely the regime of specialists and the regime of generalists. Our results also show that life-cycle effects are not only significant for the evaluation of individual productivity scores but also for the stock of knowledge accumulated in economics departments.Taking into account the potential interactions between teaching and research activities highlighted in the second chapter, the third chapter investigates the determinants of scientific production, including collective determinants related to the research environment, in the context of multitasking teachers. The chapter develops a principal-agent model to understand how university professors allocate their time between two substitutable tasks: publishing and teaching. The theoretical model predicts that professors devote more time to the tasks for which they have a marginal advantage. Controling for endogeneity activity choices, the econometric analysis confirm the key predictions ofthe model: these tasks are conflicting and the institutional context affects the activity choices of professors.Based on the heterogeneity of publication outlets, the fourth chapter analyzes the determinants of the quantity-quality tradeoff in scientific production. The focus is on the determinants of two types of publications identified by the journals ranking in Economics of the French National Committee for Scientific Research (CNRS): publications in high-quality journals and publications in low quality journals. The joint estimates of these two types of publications indicate that there is a tradeoff between the high quality publications and low quality publications, and this tradeoff is imputable to the scientific environment of professors. Our results confirm a negative impact of teaching and administrative duties on the publications in high quality journals.

Les activités humaines sont à l’origine de profondes modifications de la distribution naturelle des espèces. Les introductions d’espèces sont en particulier à l’origine de contacts secondaires entre espèces non isolées reproductivement et ayant divergé en allopatrie. Cette situation est un cas d’étude particulièrement intéressant pour étudier des processus éco-évolutifs, tels que la coexistence d’espèces occupant de même niches écologiques ou les flux de gènes contemporains (i.e. hybridation et introgression) entre espèces indigènes et non-indigènes. Cette thèse s’est ainsi intéressée aux interactions écologiques et génomiques entre deux ascidies congénériques et interfertiles, Ciona robusta et Ciona intestinalis. Ces deux ascidies, abondantes dans les habitats portuaires, sont en sympatrie en Manche Occidentale suite à l’introduction récente de C. robusta (supposée originaire du Pacifique Nord-Ouest) dans l’aire de distribution naturelle de C. intestinalis. Par une étude de la distribution spatiale et temporelle (inter-saisonnière et inter- annuelle) des adultes des deux espèces et de la sédentarisation de leurs juvéniles, nous avons montré que les deux espèces coexistent de façon durable, au sein de communautés similaires, à l’échelle régionale. Elles vivent en syntopie dans la majorité des habitats portuaires étudiés, bien qu’il existe une importante dynamique saisonnière de leur abondance relative : C. robusta est surtout présente en fin d’été et en automne, et toujours en moindre abondance par rapport à sa congénère indigène. Cette syntopie, l’interfertilité des deux espèces et le synchronisme de leur maturité sexuelle indiquent un potentiel d’hybridation important entre les deux espèces. L’hybridation réalisée est pourtant faible, comme montré avec quatre marqueurs moléculaires diagnostiques des deux espèces, analysés sur plus de 3000 individus : seulement 4% des individus présentent des génotypes compatibles avec de l’hybridation ou de l’introgression. Ces résultats ont été complétés par une étude de génomique des populations (310 marqueurs SNPs et 450 individus collectés dans différents océans) : ils confirment que les flux de gènes interspécifiques sont très rares. Par ailleurs, les rares locus présentant du polymorphisme partagé montrent un taux d’introgression hétérogène, et l’introgression est également observée dans des localités où seule l’une des espèces existe (ex. côtes américaines et chiliennes). L’ensemble des résultats génétiques et génomiques indiquent que le flux de gènes interspécifique observé résulte d’introgressions anciennes (probablement au Pléistocène) et non contemporaines. Une dernière étude menée à l’échelle mondiale avec des marqueurs mitochondriaux a par ailleurs permis de montrer que les processus d’introduction de C. robusta diffèrent selon les régions d’introduction et pose la question du statut réellement non-indigène des deux espèces dans certaines régions. Ainsi, cette thèse a montré la (quasi)-absence d’hybridation actuelle entre C. robusta et C. intestinalis, en situation de syntopie. Elle ouvre des perspectives quant à l’étude des mécanismes d’isolement reproductif entre ces deux espèces. La question du devenir à long terme des deux espèces, qui par leur coexistence étroite sont en compétition, est posée. Cette compétition pourrait être modulée par leurs préférences environnementales et les changements climatiques en cours dans l’Atlantique Nord. Enfin, cette thèse illustre comment des processus contemporains et anciens interagissent pour façonner la distribution et l’évolution des espèces, la structure génétique de leurs populations et l’architecture de leur génome. / Human activities severely alter species ranges that have been built on evolutionary time scales, and biological introductions promote secondary contacts between non-reproductively isolated species that were in allopatry. Such a situation is a very interesting case-study to examine eco-evolutionary processes, for instance coexistence between species sharing the same ecological niche or inter-specific gene flow (i.e. hybridization and introgression) between native and non-native species. This PhD thesis studied ecological and genomic interactions between two biologically similar, interfertile and congeneric tunicates, namely Ciona robusta and Ciona intestinalis. They are both abundant in harbours and marinas. They are sympatric in the Western English Channel because of the recent introduction of C. robusta (putatively native to Asia) in the natural range of C. intestinalis. Based on spatial and temporal (seasons and years) adult abundance data and examination of recruitment patterns of the two species, we showed that the two species are sustainably coexisting at a regional scale in Brittany, within similar communities. They live in syntopy in most of the study marinas. However, there are significant changes in their relative abundance through time: C. robusta is mostly present at the end of the summer and in the autumn, although always being less abundant than its native congener. Syntopy, interfertility between the two species and synchronous sexual maturity all indicated a high likelihood of hybridization between the two species. The realized hybridization is however very low, as shown by 4 species-diagnostic molecular markers genotyped over more than 3000 individuals: only 4% of the individuals displayed a genotype compatible with hybridization or introgression. This result has been confirmed with a population genomics study (310 SNPs; 450 individuals collected worldwide): inter-specific gene flow is very low. In addition, the few loci showing shared polymorphism displayed variable introgression rates and introgression was observed even in allopatric localities (where only one of the two species exists nowadays). Overall, the genetic and genomic results indicate that interspecific gene flow is most likely due to past introgression events (that may have occurred during the Pleistocene). Finally, a study carried out at a worldwide scale with two mitochondrial loci, showed that the introduction processes of C. robusta are different among the introduced regions. This study also questions the non-native status of the two Ciona species in some regions. This work showed the near absence of contemporary hybridization between C. robusta and C. intestinalis, even in syntopy, opening new research perspectives about the mechanisms preventing their reproduction in the wild. It also questions the fate of these two competing species; this competition may depend on the interaction between their specific environmental preferences and on on-going climatic changes in the North Atlantic. Altogether, this work illustrates the interplay between contemporary and past processes on species distribution and evolution, population genetic structure and genomic architecture.

Influence des interactions entre espèces végétales sur les relations plantes-pollinisateurs: cas de la compétition induite par la présence d'espèces anémophiles sur l'attractivité aux pollinisateurs d'espèces entomophiles Les traits d'attractivité aux pollinisateurs (fleurs et récompenses associées) d'espèces végétales entomophiles peuvent être sensibles aux variations de ressources dans le milieu (azote, phosphore). Puisque la compétition entre plantes peut modifier la disponibilité et la quantité de ces ressources, nous nous sommes intéressés à son effet sur les traits d'attractivité aux pollinisateurs, via la présence d'espèces végétales anémophiles. Nous avons démontré que la présence d'une espèce anémophile compétitive réduisait la production totale de fleurs, la vitrine florale et la quantité totale de sucre allouée au nectar chez une espèce entomophile. Cette diminution est d'autant plus forte que l'espèce anémophile est compétitive. En étudiant les visites de pollinisateurs sur une espèce entomophile en compétition avec une espèce anémophile, nous avons pu observer une diminution du nombre de visites, en relation avec une diminution de la production totale de fleurs et de la vitrine florale. Ainsi, bien que n'interagissant pas directement avec les pollinisateurs, les espèces anémophiles peuvent moduler les interactions plantes-pollinisateurs via des relations de compétition. Cette thèse soulève de nouvelles perspectives pour l'étude des réseaux plantes-pollinisateurs, qui se focalisent généralement sur les plantes entomophiles, en les ouvrants à l'ensemble de la communauté végétale. / Attractiveness traits of insect-pollinated plants to pollinators (i.e. flowers and associated rewards) can be sensitive to variations of resources (e.g. nitrogen, phosphorous). As competition between plants can modify resource availability, we studied its effect on insect-pollinated plants and their floral traits involved in attractiveness to pollinators, especially in presence of wind-pollinated plants. We showed that the presence of a competitive wind-pollinated species could reduce total flower production, floral display size and total sucrose allocated to nectar of insect-pollinated species. Especially, the stronger the competitor, the stronger is the effect on floral traits. The study of wild pollinators’ visits on an insect-pollinated plant in competition with a wind-pollinated plant revealed a decrease in the number of visits associated to the decrease of floral display size and total flower production. Therefore, even though they do not interact directly with pollinators, wind-pollinated plant species can modulate plant-pollinator interactions through competitive interactions. This thesis raises new perspectives for the study of plant-pollinator networks, which are generally focused on insect-pollinated plants, by opening them up to the whole plant community.

Les macaques sont-ils capables de prendre en compte le préjudice porté à autrui occasionné par leurs actes ? Si oui, quelles facultés leur permettent de l'appréhender et quelles variables influenceraient leurs décisions dans de tels contextes sociaux ? De la perception à la production de comportements sociaux, une multitude de processus mentaux complexes permettent aux macaques de vivre au sein d'une société dynamique, structurée et cohésive. Bien que la présence de comportements pro et antisociaux y ait déjà été décrite, leurs causes ultimes et proximales ne sont pas évidentes. Est-ce que l'empathie, définie ici comme la capacité à ressentir les émotions d'autrui, pourrait expliquer l'expression de comportements prosociaux ? Les réponses à de telles questions peuvent avoir des répercussions importantes pour les sciences, mais aussi pour la philosophie et l'éthique. L'originalité et la pertinence de notre démarche expérimentale résident dans la mesure objective des comportements sociaux à l'aide de dispositifs et protocoles novateurs conçus et validés au cours de cette thèse. Nous avons en effet entrepris de reproduire un contexte social dans un environnement contrôlé de laboratoire. Ainsi, en plaçant deux animaux face à face, nous avons mis au point un protocole de décision sociale unique permettant à un macaque acteur de choisir de délivrer soit un stimulus aversif (un jet d'air comprimé sur le visage) soit un stimulus appétitif (une goutte de jus de fruit) à son partenaire, à un espace vide ou à lui-même. Les choix étant organisés en paires, l'acteur devait sélectionner soit l'option prosociale, soit l'option antisociale ou, pour des décisions contrôles non-sociales, soit l'option rationnelle, soit l'option irrationnelle. Des analyses appropriées des mesures oculométriques (niveau de regard mutuel et fréquence de clignement des yeux) nous ont permis d'établir des relations entre réponses émotionnelles et tendances pro- (ou anti-) social et de révéler des processus homologues à ceux impliqués dans l'empathie émotionnelle humaine, car dépendants des expériences passées et des relations entretenues avec le partenaire / Do macaques are able to take into account others' welfare during social decisions-making ? If so, what capacities allow them to apprehend it and which variables would influence their decisions in such social contexts ? From perception to the production of social behavior, a multitude of complex mental processes allow macaques to live in a dynamic society, structured and cohesive. Although the presence of pro-and antisocial behavior had already been described, their ultimate and proximate causes are not known. Does empathy, defined here as the ability to feel the emotions of others, could explain the expression of pro-social behavior? The answers to such questions might have important implications for science, but also in philosophy and ethics. The originality and relevance of our experimental approach lies in the objective measurement of social behavior using innovative devices and protocols developed and validated during this thesis. Indeed, we aimed to reproduce a social context in a controlled laboratory environment. Thus, by placing two animals face to face, we have developed a unique protocol for social decision allowing a macaque to delivered either an aversive stimulus (an air puff on the face), an appetitive stimulus (drop of fruit juice) to its partner, to an empty space or to itself. The choices are organized in pairs, the actor had to select either the prosocial option or antisocial option or, for non-social controls decision the rational or irrational option. Appropriate analyzes of eye tracking measures (level of mutual gaze and blink frequency) allowed us to establish relationships between emotional responses and pro (or anti) social trends. It revealed processes dependent on past experiences and relationships with the partner, thus homologous to those involved in human emotional empathy

Durant les dernières décennies, le financement relationnel a fortement évolué. Il n’est plus considéré maintenant comme un simple mécanisme de réduction de l’asymétrie d’information. Cependant, de nombreuses questions restent non résolues. Quels sont ses déterminants ? Son utilisation impacte-t-elle de la même façon tous les agents ? Quels sont les substituts possibles ? La thèse s’organise autour de ces axes. Le premier chapitre traite de l’impact de la compétition bancaire sur la mise en place du financement relationnel. Le second chapitre s’intéresse à l’utilisation de ce financement par les minorités. Enfin, le troisième chapitre analyse la substitution potentielle entre crédit fournisseur et financement relationnel. En utilisant deux bases de données, l’une sur des PME américaines, l’autre des italiennes, nous montrons empiriquement que : 1. La concurrence interbancaire influence de manière non-linéaire le financement relationnel. Les banques favorisent un financement relationnel quand la compétition est faible, transactionnel quand elle s’intensifie avec un retour au relationnel en cas de forte compétition. Ce résultat est cohérent avec la vision du relationnel bancaire comme mécanisme de protection contre la compétition, tant qu’elle n’est pas trop intense. 2. Si l’utilisation du financement relationnel augmente dans un premier temps la discrimination subie par les minorités ethniques, celle-ci diminue avec le temps. Cela démontre la validité de la théorie psychologique du contact en finance. 3. Les entreprises opaques n’ayant pas accès au financement relationnel utilisent plus de crédit fournisseur. Celui-ci peut être vu comme un financement relationnel / Over the past decades, the definition of relationship banking has greatly evolved. It is no longer considered as a simple mechanism used to reduce information asymmetry. However, many questions remain. What are its determinants? Does its use impact all agents in the same way? What are its potential substitutes? This thesis is organized around these themes. The first chapter examines the impact of banking competition on relationship lending technology. The second chapter studies the use of relationship lending technology by minorities. Finally, the third chapter analyzes the potential substitution between relationship lending technology and trade credit. Using two different databases - the first one composed of US SMEs, the second of Italian SMEs - we empirically show that: 1. Banking competition impacts non-linearly the use of relationship lending technology. Banks favor relationship lending when competition is weak, transactional lending when it increases then return to relationship lending in case of strong competition. 2. If the use of relationship lending technology tends to first increase discrimination against minorities, this discrimination decreases with time. This result could be analyzed as an empirical validation of the psychological theory of contacts in finance. 3. Opaque firms without an access to relationship lending technology use more trade credit. Trade credit can be seen as a relationship lending technology

Il est largement admis que la composition des communautés végétales n’est pas due au hasard et dépend des conditions environnementales. Pourtant, les mécanismes qui régissent la distribution spatiale des espèces ainsi que leur coexistence au sein de communautés demeurent mal connus. Ce travail de thèse est consacré en majeure partie à l’étude de la structuration des communautés végétales prairiales distribuées le long d’un gradient d’inondation. Dans un premier temps, l’importance relative des filtres abiotique (conditions hydrologiques) et biotique (compétition) a été étudié à l’échelle spécifique. Cette analyse a montré que la réponse écologique des espèces le long du gradient d’inondation est modelée par des phénomènes interactifs entre les conditions hydrologiques et la compétition. Il a également été démontré que la compétition est un facteur plus important dans l’établissement de la limite de distribution supérieure des espèces le long du gradient (située vers l’extrémité sèche du gradient) que dans l’établissement de leur limite inférieure. Une seconde analyse, menée à l’échelle des communautés et basée sur l’utilisation de traits fonctionnels, a révélé l’existence de deux processus déterministes (l’« habitat filtering » et la « limiting similarity ») qui contrôlent l’assemblage des communautés. De plus, la détection de ces processus a été fortement améliorée en considérant la variabilité intraspécifique des traits. Ces résultats démontrent que la variabilité intraspécifique des traits fonctionnels est un élément important à considérer dans l’étude des mécanismes qui structurent les communautés végétales. Une expérimentation a été réalisée afin d’évaluer si la variabilité intraspécifique est impliquée dans la réponse à court terme de plusieurs espèces prairiales à une modification brutale des conditions hydrologiques. Cette étude a montré que les variations intraspécifiques de traits foliaires confèrent à certaines espèces la capacité de s’acclimater à une modification du régime hydrologique. Enfin, la dernière partie de ce travail porte sur une analyse protéomique réalisée sur deux espèces de Rumex prélevées en différents points du gradient d’inondation. Les différenciations intra- et interspécifique du protéome des deux espèces se sont révélées très similaires. Ces résultats démontrent ainsi l’existence d’un lien étroit entre les processus écophysiologiques d’acclimatation aux facteurs environnementaux et les processus évolutifs de spéciation / It is well recognize that the species composition of plant communities is not random and depends on environmental conditions. However, mechanisms controlling species spatial distribution as well as species coexistence within communities remain unknown. This study investigates the structure of meadow plant communities distributed along a flooding gradient. We first quantified the relative importance of abiotic (hydrolory) and biotic (competition) filters at the species level. We demonstrated that species ecological responses along the flooding gradient are shaped by interactive effects between hydrological conditions and competition. Moreover, we demonstrated that competition is more important in constraining upper distribution limits of species (dry end of the gradient) than lower limits. A traitbased approach at the community scale revealed the existence of two niche-based processes (habitat filtering and limiting similarity) that control community assembly. However, the detection of these processes was strongly improved when intraspecific trait variation was included in the analysis. These results demonstrate that intraspecific trait variation should improve our mechanistic understanding of community assembly. An experimental study was carried out to evaluate whether intraspecific variability is involved in the short-term response of meadow species to an important change in hydrological conditions. This study demonstrated that intraspecific variations of leaf traits allow some species to acclimate to a change in hydrolory. Finally, we conducted a proteomics analysis of two Rumex species among different gradient locations. We found strong similarities between intra- and interspecific differentiations of proteomes. Our results underline the link between ecological and evolutionary processes