Cette étude s’insère dans une étude s’intitulant « Choix alimentaires d’adolescents canadiens et attitudes de leurs entraîneurs impliqués dans des activités sportives organisées ». Les objectifs étaient d’étudier chez des adolescents impliqués dans une compétition sportive provinciale où l’offre alimentaire est contrôlée 1) leur maîtrise des recommandations nutritionnelles 2) les facteurs individuels, comportementaux, socio-environnementaux influençant leurs choix alimentaires. Deux observateurs ont visité les différents sites alimentaires et de compétition pendant les Jeux du Québec de 2011 à Valleyfield. Les plateaux des athlètes ont été photographiés à table au moment des repas avec une caméra numérique et les commentaires oraux colligés par écrit. Au total, 173 photographies ont été analysées et comparées aux recommandations reconnues en nutrition sportive. Dans notre étude, les préférences alimentaires, l’offre alimentaire et la présence des coéquipiers sont les facteurs qui influencent le plus les choix alimentaires en compétition. Par contre, le sexe de l’athlète n’a pas influencé les choix alimentaires des athlètes observés. En pré-compétition, 85,4% des plateaux présentent une valeur énergétique supérieure aux recommandations et 66,3% d’entre eux ont une répartition en énergie inadéquate, peu importe le sexe. Un excès de lipides et de protéines au sein du repas précédant l’effort caractérise majoritairement les plateaux dont la répartition en énergie est non optimale (69,5%). Les recommandations en post-compétition (100%) et lors des jours de repos (95,8%) ont facilement été rencontrées. Il en est de même pour l’hydratation (99,4%). Le lait au chocolat est la boisson la plus populaire (59,5%). Les produits céréaliers (99,4%), le lait et substituts (87,3%), les légumes (85,7%), les viandes et substituts (83,2%), les aliments riches en sucres (79,8%), les fruits (70,5%) et les mets riches en gras (59,4%) sont particulièrement appréciés par les athlètes. Les commentaires recueillis font ressortir une vision dichotomique des aliments chez certains athlètes qui classifient les aliments en « bons » ou « mauvais ». Notre étude démontre que la présence d’une politique alimentaire permet de promouvoir des habitudes alimentaires saines et favorise la consommation d’aliments nutritifs lors d’une compétition sportive d’envergure. Cependant, de l’éducation en nutrition est toujours requise pour viser l’amélioration du comportement alimentaire avant l’effort. / This study was part of the project entitled "Food choices of Canadian adolescents and attitudes of coaches involved in organized sports". The objectives were to assess in athletes involved in a provincial sport competition where the food supply is controlled 1) their compliance to dietary recommendations 2) the individual, behavioural, social-environmental factors influencing their food choices. Two observers visited food services and competition sites during the 2011 Quebec Games in Valleyfield. The athletes’ trays were photographed at the table during mealtime with a digital camera. Oral comments were collected. A total of 173 photographs were analyzed and compared to recognized sport nutrition recommendations. In this study, food preferences, food supply and teammates were the factors that influence the most food choices in competition. However, the sex of the athletes observed did not influence their food choices. 85,4% of the trays of the pre-game meal showed an energy value above the recommendations and 66,3% of them showed an inadequate distribution of macronutrients, regardless of gender. An excess of lipids and proteins within the pre-game meal characterized the trays when energy distribution was not optimal (69,5%). Recommendations in the post-competition phase (100%) and during rest days (95,8%) were easily met. The same observation can be made for hydration (99,4%). Chocolate milk is the most popular drink (59,5%). Grain products (99,4%), milk and alternatives (87,3%), vegetables (85,7%), meat and alternatives (83,2%), foods rich in sugar (79,8%), fruits (70,5%) and meals rich in fat (59,4%) are especially appreciated by athletes. Comments from the athletes dividing foods into "good" or "bad" showed a dichotomous view of food. Our study shows that established food policies help to promote healthy eating habits and to encourage consumption of nutritious foods during a major sporting event. However, nutrition education is still required to reach an improved food behaviour of athletes before exercise.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les béta-rhizobia sont des symbiotes de légumineuses retrouvées principalement associés au genre Mimosa. Les études des symbiotes de Mimosa pudica révèlent différents profils de diversité au sein des alpha (Rhizobium spp) et béta-rhizobia (Burkholderia, Cupriavidus) le long de la ceinture tropicale, les béta-rhizobia étaient toujours majoritaires dans les nodosités de cette plante hôte. Dans ce travail de thèse, nous avons étudié cette spécificité d'association béta-rhizobia/Mimosa pudica, par une approche couplant l'étude des traits symbiotiques bactériens à l'analyse des profils d'expression de leurs génomes dans les premières étapes de la symbiose, et en comparaison avec les alpha-rhizobia. Nous avons analysé les traits symbiotiques (compétitivité pour la nodulation, efficience symbiotique) au niveau intra et interspécifique de 4 espèces de béta-rhizobia et 4 d'alpha-rhizobia. Si l'efficience symbiotique est similaire parmi toutes les souches testées, différents niveaux de compétitivité ont été trouvés selon l'espèce, B. phymatum et B. tuberum étant les plus compétitives. Les tests effectués sur différentes variétés de M. pudica montrent un effet variétal sur la compétitivité de C. taiwanensis. Les traits symbiotiques mesurés expliquent en partie les profils de diversité des symbiotes de M. pudica dans les zones d'origine (Amérique du Sud) ou en zone introduite (Taiwan). Les transcriptomes de trois bactéries ayant des traits symbiotiques différents (B. phymatum STM815, C. taiwanensis LMG19424 et R. mesoamericanum STM3625) ont été comparés (par RNAseq), pour relier les différentes réponses induites par les exsudats racinaires aux traits symbiotiques de chaque rhizobium. Chaque bactérie développe une stratégie spécifique liée à ses traits symbiotiques et à l'origine de la symbiose dans son groupe bactérien. / Beta-rhizobia are legume symbionts mainly found associated to the Mimosa genus. Diversity studies of Mimosa pudica symbionts in native and introduced areas reveal different diversity patterns of alpha (Rhizobium spp) and beta-rhizobia (Burkholderia, Cupriavidus), with beta-rhizobia being always the main symbionts in the nodules of this legumes species. In this thesis we have studied the symbiotic specificity between beta-rhizobia and M. pudica (and the comparison with alpha-rhizobia) by a dual approach combining the study of bacterial symbiotic traits and the analysis of their transcriptomes in the first steps of symbiosis. We analysed symbiotic traits (nodulation competitiveness, symbiotic efficiency) at intra and interspecific levels on four species of beta-rhizobia and four of alpha-rhizobia. If symbiotic efficiency is similar among all strains, different levels of competitiveness were measured with a strong strain effect largely explained by the species affiliation, B. phymatum and B. tuberum being the most competitive species. Tests on different M. pudica varieties showed an impact on the competitiveness of C. taiwanensis. Symbiotic traits explained in part the symbiont patterns observed in diversity studies in French Guiana (M. pudica native area) and Taiwan (introduced). Root-exudates induced transcriptomes of three bacteria (two beta--rhizobia: B. phymatum STM815, C. taiwanensis LMG19424 and one alpha, R. mesoamericanum STM3625) with contrasted symbiotic traits were compared (by RNAseq). Each bacterium develops a specific strategy linked to its symbiotic traits and the origin of symbiosis in its bacterial group.

Résumé : La compréhension des contraintes qui régissent l'assemblage des machineries supramoléculaires – qu'elles soient solubles ou bien ancrées dans les membranes biologiques – est un enjeu scientifique majeur.Le système de de sécrétion type VI (T6SS) est un organelle bactérien récemment mis en évidence qui a pour particularité de posséder une origine évolutive commune avec le bactériophage T4. En raison de cette origine évolutive commune, certaines sous unités du T6SS et du bactériophage T4 présentent des structures comparables. Cependant, un grand nombre des sous unités du T6SS reste à caractériser. Parmi celles-ci, les protéines SciB et SciC sont retrouvées dans tous les systèmes de sécrétion de type VI suggérant que ces deux protéines participent à la formation du "core-complexe": le complexe minimal requis pour le fonctionnement du T6SS. / The recently identified type VI secretion system has been demonstrated to be involved in most of these processes. The T6SS is a highly complex macromolecular machine that allows Gram-negative bacteria to deliver effector proteins to both prokaryotic and eukaryotic cells in a contact-dependent manner. The T6SS promotes therefore antibacterial competition, virulence towards eukaryotes or even both. The T6SS is composed of a minimal set of 13 subunits, which are currently believed to form the core apparatus. They assemble two distinct sub-complexes: one is a cytosolic contractile structure related to the tail of contractile bacteriophages, whereas the other spans the whole cell envelope. Therefore, the T6SS is generally depicted as an inverted phage tail anchored to the cell envelope through its membrane-associated complex. Contractile tails are currently thought to assemble from four structural elements: the baseplate, the internal tube, the contractile sheath and the tail terminator. The aim of my Ph.D. work was to further characterize the assembly and function of the T6SS phage tail-like complex in enteroaggregative E. coli. In this thesis document, I provide evidence that the internal tube assembles from Hcp hexamers stacked in a head-to-tail manner and that this internal cylinder is used as a template during sheath assembly. I also characterized a sub-complex of three proteins (TssEFG) that forms the baseplate of the T6SS and controls the polymerization of the tube and sheath. Finally, I recently showed that the T6SS functions like a nano-crossbow to kill target cells as the contraction of the T6SS results in prey cell death during interbacterial competition.

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Cette thèse s'inscrit dans le vaste domaine des recherches sur l'évolution des traits d'histoire de vie. Les traits d'histoire de vie sont directement impliqués dans la reproduction et la survie, et donc dans la valeur sélective, des organismes. L'intérêt pour les traits d'histoire de vie est motivé par l'immense diversité de ces traits dans le monde vivant. En particulier, il existe une grande diversité de patrons de vieillissement dans la nature. Cette thèse traite de l'évolution du vieillissement dans les populations naturelles. Comme pour la plupart des traits d'histoire de vie, les recherches théoriques sur l'évolution du vieillissement ont été menées dans le contexte d'une unique population, stable, et vivant dans un environnement constant. L'objectif de cette thèse est de prédire comment évolue le vieillissement lorsque les populations sont structurées dans l'espace et lorsque l'environnement varie dans le temps et l'espace. Mon approche a été essentiellement théorique, mais j'ai pu explorer certaines questions avec des données récoltées dans des populations naturelles. En introduction, je présente les éléments nécessaires à prendre à compte lorsqu'on s'intéresse à l'évolution des traits d'histoire de vie dans les populations structurées en âge. Je fais le constat que ces populations sont soumises à des variations environnementales et structurées dans l'espace. Dans la première partie, je montre que les variations de l'environnement, dans le temps et dans l'espace, peuvent affecter les patrons de sénescence. J'utilise des méthodes de génétique quantitative où je fais l'hypothèse que les mutations ont un effet spécifique à l'environnement et à l'âge. Dans la deuxième partie, je m'intéresse aux conséquences des dynamiques d'extinction-recolonisation sur la stratégie de partage des ressources entre la survie et la reproduction des individus en fonction de leur âge. Je montre en particulier que la dispersion est une source de variabilité pour cette stratégie et examine comment dispersants et non-dispersants diffèrent pour leur traits d'histoire de vie dans 3 jeux de données. De façon générale, mes résultats montrent que la prise en compte des conditions écologiques et environnementales complexes où vivent les organismes permet de mieux comprendre la diversité des patrons de vieillissement dans la nature. En dernier lieu, je fais un court bilan de cette thèse puis donne des perspectives possibles à mes recherches et de façon plus générale aux recherches sur l'évolution du vieillissement. / This thesis belongs to the wide field of life history evolution. Life history traits are directly involved in reproduction and survival. The interest for life-history evolution arises because organisms have evolved so many different ways of combining these traits to affect fitness. In particular, there is an important diversity of aging patterns in the wild. Aging is defined as the variation of life-history traits, such as survival or fecundity, with age. Senescence describes more precisely the idea that survival or fecundity decline with age. This synthesis deals with the question of aging in natural populations. Like most life-history traits, the evolution of aging has often been studied in the context of a single undisturbed population in a constant environment. My thesis aims at investigating how relaxing this assumption affects the evolution aging. I investigated this question mostly theoretically, but I used data from the field to investigate related questions. In introduction, I first go through evolutionary characteristics of age-structured populations. I also make the observation that age-structured populations are structured in space and live in a varying environment. In the first part, I investigate how environmental variability in space and time influences aging through the key results of Hamilton (1966) that the strength of selection declines with age. I used a quantitative genetics framework where I assumed that mutations that affect survival or fecundity have an age and environment specific effect. In the second part, I examine the role of metapopulation dynamics on the evolution of aging. I used an adaptive dynamics framework where mutations affect how a resource is shared between reproduction and survival at a given age. I show how the optimal age-specific reproductive effort is different in a metapopulation and in a single population. I then investigate how dispersal can be a source of heterogeneity in optimal age-specific reproductive effort. In this part, I went further in testing my predictions (and more generally exploring aging patterns) with data. As a general result, this thesis shows that including environmental and ecological heterogeneities helps understanding variation in aging in the wild. I finally discuss my main findings and give some perspectives to this work.

Ces dernières années ont vu le développement du commerce international entraînant une accélération des mouvements intercontinentaux d'espèces. Ces multiples introductions sont à l'origine de nombreux cas d'invasion, où les espèces s'établissent et se dispersent. Dans le nouvel environnement, étudier les facteurs liés à la niche écologique permet de comprendre comment se déroule l'établissement des espèces introduites au sein de la communauté d'espèces résidentes. L'hypothèse de la niche vide, qui prédit que l'invasion est possible car un espace vide existe au sein des niches écologiques de la communauté résidente, est un des facteurs facilitants de nombreux cas d'invasion. Par ailleurs, la stratégie d'exploitation de la ressource par l'espèce invasive au sein de la niche écologique peut aussi expliquer la propension d'une espèce à envahir ou non le nouvel environnement. L'objectif de cette thèse est d'explorer l'importance de ces hypothèses dans le succès invasif, au travers de l'exemple de Drosophila suzukii. Introduite en 2008 en Europe et aux Etats-Unis, cette espèce a envahi chacun des continents en moins de 7 ans. Elle est la seule espèce européenne de drosophiles capable de pondre à l'intérieur de fruits sains omniprésents, au sein d'une niche écologique vide de tout compétiteur. Elle est à l'origine de gros problèmes pour la culture de fruits cultivés et se retrouve être l'un des ravageurs majeurs en production de fruits rouges. Mieux comprendre son invasion, sa niche écologique et sa stratégie de sélection d'habitat permet de mieux lutter contre l'insecte, notamment par des méthodes permettant de perturber la localisation des fruits dans l'environnement. Cet aspect appliqué est aussi un objectif important de cette thèse CIFRE, financée pour optimiser la lutte par piégeage massif / In the last few decades, the development of international trade has seen resulting in an acceleration of intercontinental movements of species. These multiple introductions are the cause of many cases of invasion, where species are established and spread. In the new environment, studying factors related to the ecological niche help understanding what happens during the establishment of introduced species within the community resident species. The “empty niche hypothesis”, which predicted that the invasion is possible because a gap exists in the ecological niches of the resident community, is one of the facilitating factors of many cases of invasion. In addition, the strategy of utilization of the resource by the invasive species in the ecological niche may also explain the propensity of a species to invade or not the new environment. The objective of this thesis is to explore the significance of these assumptions in the invasive success, through the example of Drosophila suzukii. Introduced in 2008 in Europe and the US, this species has invaded every continent in less than 7 years. It is the only European species of fruit flies that can lay eggs inside healthy fruits, which are omnipresent, in an ecological niche free of any competitor. It is the cause of dreadful issues for grown fruit and is one of the major pests in production of berries. Better understand its invasion, its ecological niche and habitat selection strategy help better fighting the insect, including methods to disrupt the location of fruit in the environment. This applied context is also an important aspect of this thesis, funded also to optimize the fight by mass trapping

Cette thèse s'inscrit dans une recherche visant une modélisation des organisations par une "Simulation Professionnelle". Elle est centrée sur les comportements de coopération et de compétition. Les matériaux sur lesquels elle se fonde ont été recueillis au cours de huit années de mise en œuvre du support de Simulation Professionnelle ECODEV pour la formation et le perfectionnement des cadres. Une première partie a pour objet de situer le contexte culturel dans lequel ECODEV a été construit, en donner une description structurelle et dynamique. On étudie également une bibliographie de travaux voisins, touchant directement la coopération et la compétition, ainsi que les coalitions dans les triades. Dans la seconde partie, il est proposé, en partant de la théorie des jeux, un ensemble conceptuel pouvant constituer une grille de lecture d'une Simulation Professionnelle. On est conduit à une mise en relation ternaire des actions, structures d'interaction et comportements. La troisième partie met en rapport théorie et pratique en faisant le parallèle entre un scénario rationnellement prévisible et des cas observés. On formule des hypothèses sur le développement des organisations et sur les contraintes de modélisation de leur développement. Enfin, dans une quatrième partie, une ouverture est faite sur des courants de pensée et de pratiques actuelles en matière de modélisation. Ses éléments sont puisés dans des domaines variés, allant de l'informatique à la théologie, en passant par la biologie.

Un peu plus de 20 ans après la découverte des supraconducteurs à haute température critique (SHTC), la physique de ces composés reste une énigme. Nous nous sommes intéressés à deux des nombreuses questions soulevées par ces composés : le spectre d'excitations magnétiques dans la phase supraconductrice du composé Bi2Sr2CaCu2O8+x (Bi-2212) et la nature de la phase de pseudogap. Les techniques de diffusion élastique et inélastique de neutrons sont des outils de choix pour cette étude. Bien que Bi-2212 soit le composé de référence pour les techniques de spectroscopie de charge (STM, ARPES), celui-ci a été peu étudié par diffusion inélastique de neutrons. Notre étude a montré l'existence de deux modes de spin S=1 avec une dispersion compatible avec la dispersion mesurée dans YBa2Cu3O6+x. Cette étude a mis en évidence le lien entre la position en énergie des excitations magnétiques et la distribution spatiale de gap observée par STM. Nous nous sommes aussi intéressés à l'étude de la phase normale (dite phase de « pseudogap ») des SHTC. Celle-ci présente de fortes déviations à la théorie du liquide de Fermi. Motivés par différentes approches théoriques, nous avons reporté l'existence d'un ordre magnétique non trivial dans la phase de pseudogap du composé YBa2Cu3O6+x. L'étude sur le composé La2-xSrxCuO4 semble également indiquer une réponse magnétique, cette réponse semble néanmoins différente de celle du composé YBa2Cu3O6+x.

L'objectif de ce travail était d'étudier la niche écologique et la croissance du sapin (Abies alba Mill.) dans les Vosges (Nord-est de la France) en fonction des conditions de milieu et de la compétition inter-spécifique. L'étude de la niche écologique a été réalisée à partir de 325 relevés phytoécologiques issus de la base de données EcoPlant. L'étude de la croissance a été effectuée avec 143 placettes réalisées dans le cadre de ce travail à partir d'un plan d'échantillonnage stratifié selon la composition du peuplement, l'altitude et le niveau trophique du sol. Les sapinières pures ou mélangées sélectionnées pour l'étude de la croissance sont adultes, régulières en âge et les essences associées au sapin sont Fagus sylvatica, Picea abies, Pinus sylvestris, Quercus petraea et Acer pseudoplatanus. La mesure de variables dendrométriques, climatiques et édaphiques ainsi que le prélèvement des carottes de 3 arbres de chaque essence ont été effectués sur chaque placette. Les analyses des carottes ont été réalisées selon les méthodes classiques de la dendrochronologie. L'indice de fertilité et un indice radial traduisant respectivement la croissance en hauteur dominante et la croissance radiale moyenne du sapin ont été calculés. La distribution des essences du Massif Vosgien est déterminée par un gradient nutritionnel (taux de saturation, rapport C/N) et par un gradient hydrique (bilan hydrique estival). La niche écologique du sapin à basse altitude recouvre celles de Quercus petraea, de Pinus sylvestris dans les milieux acides et de Carpinus betulus dans les milieux riches chimiquement. A altitude élevée, la niche du sapin recouvre celle de Picea abies dans les milieux acides et celle de Acer pseudoplatanus en milieu eutrophe. Fagus sylvatica est présent dans tous les milieux favorables au sapin. La relation milieu-croissance n'est pas identique selon qu'il s'agit de la croissance en hauteur ou de la radiale. La première est fortement corrélée aux effets climatiques (altitude, exposition, températures hivernales) et nutritifs (acidité, toxicité aluminique, azote). Le bilan hydrique de printemps et les apports en eau liés à la topographie sont en outre significatifs à basse altitude. Pour la croissance radiale, l'effet des facteurs climatiques est faible à nul, tandis que l'effet de la réserve utile et de la topographie devient important. Les effets de la composition spécifique sont significatifs et différenciés : il existe un effet stimulant des forts stocks sur pied en résineux sur la croissance en hauteur du sapin, tandis que la croissance radiale est détériorée en présence de Picea abies. Ce résultat suggère d'importants effets de compétition pour la lumière qui entraînent chez le sapin une délocalisation de la croissance secondaire vers la croissance primaire. Les déterminismes écologiques différenciés entre les deux dimensions de la croissance ont pour conséquence un changement de forme des individus avec les conditions environnementales, et conduisent à invalider la Loi de Eichhorn. L'analyse de la croissance radiale au cours du XXème siècle montre que l'effet de la nutrition azotée est très significatif au début du siècle, mais ne l'est plus à la fin. L'eutrophisation à long terme des milieux pourrait expliquer la disparition de l'effet limitant de l'azote sur la croissance du sapin dans les forêts tempérées.