Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2013-12-13T18:17:24Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Douglas de Souza Moreira.pdf: 7794967 bytes, checksum: 2d88472031668d7a41792b1f3ad4546e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-13T18:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Douglas de Souza Moreira.pdf: 7794967 bytes, checksum: 2d88472031668d7a41792b1f3ad4546e (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou / Transportadores ABC (ATP-binding cassette) abrangem proteínas transmembrana, que utilizam a energia resultante da hidrólise de ATP, para transportar uma variedade de moléculas através de membranas biológicas, incluindo drogas quimioterapêuticas. Alguns membros dessa superfamília ABC estão associados com quimioresistência através da superexpressão de proteínas de resistência a múltiplas drogas (multidrug resistance associated protein – MRP). Uma dessas proteínas é a Pgp (P-glicoproteína), que está relacionada à resistência através da extrusão de compostos tóxicos da célula. O gene MRPA, um transportador da subfamília ABCC, está envolvido na resistência pelo sequestro do conjugado metal-tiol em vesículas próximas da bolsa flagelar da Leishmania. Neste estudo, formas promastigotas de populações sensíveis e resistentes ao antimonial trivalente (SbIII) de quatro espécies de Leishmania, L. (V.) guyanensis, L. (L.) amazonensis, L. (V.) braziliensise L. (L.) infantum chagasi, foram analisadas quanto: a localização cromossômica, presença de amplificação extracromossomal e análise da amplificação do gene MRPA; níveis de mRNA dos genes MRPA e MRP; expressão da proteína Pgp e determinação do nível intracelular de SbIII. Ensaios de PFGE indicaram a associação de amplificação cromossomal e extracromossomal do gene MRPA com o fenótipo de resistência à droga nas espécies de Leishmania estudadas. Os resultados obtidos através dee lise alcalina dos parasitos mostraram a presença de amplificação extracromossomal apenas na amostra resistente de L. (V.) braziliensis. Análises de Southern blot com as endonucleases BamHI e HindIII indicaram a presença de polimorfismos na sequência do gene MRPA em algumas amostras de Leishmania analisadas. Adicionalmente, foi observada amplificação desse gene nas populações de Leishmania resistentes ao SbIII. Ensaios de PCR quantitativo em tempo real mostraram aumento dos níveis de mRNA do gene MRPA nas populações resistentes de L. (L.) amazonensis e L. (V.) braziliensis, comparado com seus respectivos pares sensíveis. Os níveis de mRNA do gene MRP estão aumentados em todas as populações de Leishmania resistentes ao SbIII analisadas neste estudo. Os resultados de Western blot revelaram que a proteína Pgp está mais expressa nas populações resistentes de L. (V.) guyanensis eL. (L.) amazonensis. Os dados obtidos de quantificação dos níveis intracellulares de SbIII por espectrometria de absorção atômica em forno de grafite mostraram uma redução no acúmulo de SbIII, nas populações resistentes de L. (V.) guyanensis,L. (L.) amazonensise L. (V.) braziliensis, quando comparadas às respectivas populações sensíveis. Nossos resultados indicam que os mecanismos de resistência ao antimônio são diferentes entre as espécies de Leishmania analisadas. / ATP-binding cassette (ABC) transporters comprise transmembrane proteins that use energy from ATP hydrolysis to transport a variety of molecules across biological membranes, including chemotherapeutic drugs. Some members of this ABC superfamily are associated with chemoresistance by overexpression of multidrug resistance associated proteins (MRP). One of these proteins is the Pgp (P-glycoprotein), which is associated with resistance by extruding toxic compounds outside the cell. The MRPA gene, a transporter of ABCC subfamily, is involved in the resistance by sequestering metal-thiol conjugate in vesicles close to the flagellar pocket of Leishmaniaparasite. In this study, promastigote forms of susceptible and trivalent antimony (SbIII)-resistant populations of four Leishmaniaspecies, L. (V.) guyanensis, L. (L.) amazonensis, L. (V.) braziliensis and L. (L.) infantum chagasi, were analyzed for: chromosomal location, presence of extrachromosomal amplification and analysis of amplification of the MRPA gene; the mRNA levels of MRPA and MRP genes; Pgp protein expression and determination of intracellular SbIII level. PFGE analysis indicated the association of chromosomal and extrachromosomal amplification ofMRPA gene with SbIII-resistance phenotype in Leishmania species studied. The results obtained by alkaline lysis of these Leishmanias amples showed the presence of extrachromosomal amplification only in the SbIII-resistant L. (V.) braziliensis population. Southern blot analysis with the endonucleases BamHI and HindIII indicated the presence of polymorphisms in the sequence of MRPA gene in some Leishmania samples analyzed. Additionally, we observed amplification of thisgene in all SbIII-resistant Leishmania populations analyzed. Real-time quantitative RT-PCR assays showed increased levels of mRNA MRPA gene in SbIII-resistant populations of L. (L.) amazonensis and L. (V.) braziliensis compared to their respective susceptible counterparts. The levels of mRNA MRP gene are increased in all SbIII-resistant Leishmania populations analyzed in this study. Western blot analysis revealed that Pgp protein is more expressed in SbIII-resistant L. (V.) guyanensisand L. (L.) amazonensispopulations. The intracellular level of SbIII quantified by graphite furnace atomic absorption spectrometry showed a reduction in the accumulation of Sb in SbIII-resistant L. (V.) guyanensis, L. (L.) amazonensisand L. (V.) braziliensis populations when compared to their respective susceptible populations. Our results indicate that the mechanisms of antimony-resistance are different between species of Leishmania analyzed.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação. / Made available in DSpace on 2012-10-26T07:02:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 300498.pdf: 2938637 bytes, checksum: 7398afa3a077fac745bb7fa071d4f174 (MD5) / O multiprocessamento em chip (CMP) mudou o panorama arquitetural dos servidores e computadores pessoais e agora está mudando o modo como os dispositivos pessoais móveis são projetados. CMP requer acesso a variáveis compartilhadas em hierarquias multiníveis sofisticadas onde caches privadas e compartilhadas coexistem. Ele se baseia no suporte em hardware para implicitamente gerenciar o relaxamento da ordem de programa e a atomicidade de escrita de modo a fornecer, na interface software-hardware, uma semântica de memória compartilhada bem definida, que é capturada pelos axiomas de um modelo de consistência de memória (MCM). Este trabalho aborda o problema de verificar se uma representação executável do subsistema de memória implementa um MCM especificado. Técnicas convencionais de verificação codificam os axiomas como arestas de um único grafo orientado, inferem arestas extras a partir de traces de memória e indicam um erro quando um ciclo é detectado. Usando uma abordagem diferente, esta dissertação propõe uma nova técnica que decompõe o problema de verificação em múltiplas instâncias de um problema (estendido) de emparelhamento de vértices em grafos bipartidos. Como a decomposição foi judiciosamente projetada para induzir instâncias independentes, o problema-alvo pode ser resolvido por um algoritmo paralelo de verificação. Também é proposto um gerador de sequências de instruções aleatórias distribuídas em múltiplas threads para estimular o sistema de memória sob verificação. Por ser independente do MCM sob verificação, o gerador proposto pode ser utilizado pela maioria dos verificadores. A técnica proposta, que é comprovadamente completa para diversos MCMs, superou um verificador convencional para um conjunto de 2400 casos de uso gerados aleatoriamente. Em média, o verificador proposto encontrou um maior percentual de faltas (90%) comparado ao convencional (69%) e foi, em média, 272 vezes mais rápido. / Chip multiprocessing (CMP) changed the architectural landscape of servers and personal computers and is now changing the way personal mobile devices are designed. CMP requires access to shared variables in sophisticated multilevel hierarchies where private and shared caches coexist. It relies on hardware support to implicitly manage relaxed program order and write atomicity so as to provide, at the hardware-software interface, a well-defined sharedmemory semantics, which is captured by the axioms of a memory consistency model (MCM). This dissertation addresses the problem of checking if an executable representation of the memory system complies with a specified consistency model. Conventional verification techniques encode the axioms as edges of a single directed graph, infer extra edges from memory traces, and indicate an error when a cycle is detected. Unlike them, this dissertation proposes a novel technique that decomposes the verification problem into multiple instances of an extended bipartite graph matching problem. Since the decomposition was judiciously designed to induce independent instances, the target problem can be solved by a parallel verification algorithm. To stimulate the memory system under verification, the dissertation also proposes a generator of multi-threading random-instruction sequences. It complies with an arbitrary MCM and can be used by most checkers. Our technique, which is proven to be complete for several MCMs, outperformed a conventional checker for a suite of 2400 randomly-generated use cases. On average, it found a higher percentage of faults (90%) as compared to that checker (69%) and did it, on average, 272 times faster.

Introdução A doença renal do diabetes (DRD) é a principal complicação clínica do Diabetes Mellitus tipo 1 e 2 (DM1 e DM2). A relação entre o dano renal e os lipídios tem sido investigada há décadas e as evidências demonstram que o acúmulo de lipídios intra renal está associado com o desenvolvimento de glomerulosclerose, fibrose túbulo intersticial e progressão da DRD. Além disso, os fatores genéticos ampliam o risco para o desenvolvimento da DRD. Evidências sugerem que o gene ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) possa estar envolvido nos danos causados pelo acúmulo do colesterol intracelular. O ABCA1 possui papel central no efluxo do colesterol celular para as moléculas aceptoras pobre em lipídios presentes no plasma. O conhecimento sobre a relação dos polimorfismos do gene ABCA1 e a DRD ainda é escasso. Dessa forma, o presente trabalho buscou investigar a associação entre os polimorfismos no gene ABCA1 e a presença de proteinúria em indivíduos com DM2. Métodos As frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos rs1800977 (C/T), rs2230806 (G/A), rs2066715 (G/A), rs4149313 (A/G) e rs2030808 (G/A) no gene ABCA1 foram analisadas em 365 pacientes com DM2 e proteinúria ou doença renal crônica terminal (DRCT) (casos) e 322 pacientes com DM2 e valores normais de excreção urinária de albumina (controles) em uma população do sul do Brasil. Os haplótipos construídos a partir da combinação dos cinco polimorfismos estudados e suas frequências foram inferidos utilizando o programa Phase 2.1, o qual implementa o método estatístico bayesiano. Resultados O polimorfismo rs1800977 (C/T) foi associado com proteinúria em indivíduos com DM2 segundo o modelo de herança dominante (C/T + T/T vs. C/C) (P = 0.038). Da mesma forma, a presença do alelo T desse polimorfismo foi associada com proteção para proteinúria (RC = 0,61; IC 95% 0,410 – 0,902; P = 0,013). Os demais polimorfismos estudados não foram associados com DRD em pacientes com DM2. As análises dos haplótipos demonstraram diferença nas distribuições dos haplótipos entre os casos e os controles (P = 0.004). Os polimorfismos estudados não se apresentaram em desequilíbrio de ligação. Conclusão O polimorfismo rs1800977 (C/T) está significativamente associado com proteção para DRD em uma população branca do sul do Brasil. / Introduction Diabetic Kidney Disease (DKD) is a major complication of Diabetes Mellitus. The relationship between renal disease and lipids has been investigated for decades and the evidences demonstrate that lipid accumulation in kidney is associated with the development of glomerulosclerosis, tubulointerstitial fibrosis and progression of DKD. Also, the genetic susceptibility is a relevant target on progression of DKD. The ATP- binding cassette transporter A1 (ABCA1) gene plays a central role in cholesterol efflux from cells to lipid-free receptors in bloodstream. Data regarding ABCA1 genetic variants and DKD are very scarce. Therefore, the aim of the present study was to investigate whether ABCA1 polymorphisms are associated with presence of proteinuria in T2DM. Methods Frequencies of the ABCA1 rs1800977 (C/T), rs2230806 (G/A), rs2066715 (G/A), rs4149313 (A/G) and rs2030808 (G/A) were analyzed 365 T2DM patients with proteinuria or end-stage renal disease (ESRD) (cases) and 322 T2DM patients with normal albumin excretion rate (controls) subjects from Brazil. Haplotypes constructed from the combination of these polymorphism were inferred using a Bayesian statistical method. Results The rs1800977 (C/T) polymorphism was associated with proteinuria in T2DM patients under a dominant inheritance model (C/T+T/T vs. C/C) (P = 0.038). The presence of the T allele was associated with proteinuria protection (OR = 0.61 95% CI 0.41- 0.902; P = 0.013). The others four polymorphisms analyzed were not associated with proteinuria. Permutations analysis showed that the distributions of inferred haplotypes were statistically different between case and controls groups (P = 0.004). The |D’| and r 2 measurements did not demonstrated any significant LD between all pairs of combination of the five analyzed polymorphisms. Conclusions The ABCA1 rs1800977 (C/T) polymorphism is significantly associated with protection to DKD in white Brazilian T2DM subjects.

O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença inflamatória sistêmica autoimune caracterizada pela produção e deposição de imunocomplexos. Sua etiologia é pouco conhecida, mas há evidências da participação de fatores genéticos. Vários genes responsáveis pela síntese de proteínas do Sistema Complemento (SC) têm sido relacionados com LES. O gene MBL-2 responsável pela síntese da lectina ligadora da manose (MBL - mannose-binding lectin), uma proteína envolvida na ativação do SC, apresenta vários polimorfismos que se relacionam com a deficiência desta proteína e, conseqüentemente, estão associados com desenvolvimento de LES. Para verificar a possibilidade de alguns polimorfismos da MBL configurarem risco aumentado para LES e se há alguma interferência destes com as manifestações clínicas e laboratoriais da doença, foi conduzido um estudo de caso-controle, com 327 pacientes lúpicos e 165 controles saudáveis da mesma área geográfica, sendo avaliados os polimorfismos G57E (alelo C), G54D (alelo B), IVSnt5, R52C (alelo D) e R52H do gene MBL-2. A genotipagem foi realizada por Restriction Fragment Length Polymorphism-Polimerase Chain Reaction (RFLP-PCR) usando primers e enzimas de restrição específicas para cada polimorfismo. Os dados clínicos e laboratoriais foram coletados dos prontuários. Os resultados evidenciaram uma diferença estatisticamente significativa na freqüência do alelo D nos pacientes euro-descendentes quando comparados com os controles (9,6% versus 3,3%, P=0,001, odds ratio de 3,01, intervalo de confiança de 95%: 1,58- 6,06, P<0,05). As frequências dos alelos B e C não foram diferentes nos pacientes euro-descendentes e controles (alelo B: 15,9% versus 18,8%, P=0,317 e alelo C: 3,6% versus 3,0%, P=0,796). Os alelos IVSnt5 e R52H não foram encontrados nesta população. Achados clínicos e laboratoriais não tiveram diferença estatisticamente significativa em relação à presença ou ausência dos alelos mutantes. Os resultados apresentados apontam um aumento de cerca de três vezes no odds ratio para o desenvolvimento de LES em pessoas com a presença do alelo D. Nesta população estudada, não foi encontrada associação entre os alelos mutantes e a expressão fenotípica da doença.

Made available in DSpace on 2015-11-11T12:04:06Z (GMT). No. of bitstreams: 2 6.pdf: 1774343 bytes, checksum: 2af613e618af068cb427e382660be093 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A doença de Chagas (DC) é uma infecção causada pelo Trypanosoma cruzi, é considerada endêmica na América Latina, afetando cerca de 15 milhões de indivíduos. Estima-se que cerca de 30 por cento das pessoas infectadas desenvolvem cardiomiopatia chagásica crônica, entre 5 à 30 anos após a infecção aguda. Com o objetivo de diferenciar portadores de DC com a evolução potencial para formas clínicas crônicas graves, pesquisadores tentam estabelecer marcadores biológicos de prognóstico da evolução da doença por meio de marcadores imunológicos. Lectina de Ligação a Manose (MBL) é uma molécula de reconhecimento de que a imunidade inata que desempenha um papel fundamental na defesa do hospedeiro, mediando a fagocitose e a destruição dos agentes patogénicos mediada pelo complemento. Existem vários estudos que enfatizam a relevância da MBL em diferentes doenças infecciosas, inflamatórias e auto-imunes. A deficiência de MBL pode implicar na susceptibilidade bacteriana, fúngica, por protozoários e infecções virais. Nosso objetivo foi investigar a associação dos níveis séricos e atividade de ligação da MBL com cardiomiopatia chagásica crônica, através da formação de um índice, que inferiu as moléculas ligantes. Para isso, foi feita uma avaliação, através de ELISA, dos níveis séricos e da capacidade de ligação da MBL, para formação desse índice de relação (Mbi), em pacientes crônicos assintomáticos e cardíacos da doença de Chagas. O estudo incluiu 77 pacientes portadores DC indeterminados (n = 19), cardíaco grave (n = 29) e cardíaco leve (n = 29). Não foi observada diferença significativa nos níveis séricos de MBL entre os grupos de pacientes estudados. No entanto, em relação a atividade de ligação da MBL, houve diferença estatística entre indeterminados e cardíacos leves (p=0,02) e indeterminados e cardíacos graves (p=0,03). Com a formação do Mbi a comparação entre todos os grupos tiveram diferença estatística significante: indeterminados versus cardíacos leves p=0,02; cardíacos leves versus cardíacos graves p=0,01 e indeterminados versus cardíacos grave p < 0,0001. Com base nesses resultados concluímos que, a MBL é um possível marcador para a gravidade da cardiomiopatia chagásica crônica, visto que, o índice (Mbi) criado nesse estudo foi correlacionado com as diferentes formas estudadas. Novos estudos são necessários para confirmar da MBL como indicador da evolução/progressão para as formas mais graves da doença, para assim contribuir com a melhora na qualidade de vida dos pacientes com doença de Chagas crônica (AU)

CARNEIRO, E. A. Imobilização de lipase de Candida antarctica tipo B em Toyopearl. 82 f. 2007. Dissertação (Mestrado em Engenharia Química) – Centro de Tecnologia, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Marlene Sousa (mmarlene@ufc.br) on 2016-03-23T11:42:29Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_eacarneiro.pdf: 2149712 bytes, checksum: e4976f34d95b6896d4b1f00f4a9d10dc (MD5) / Approved for entry into archive by Marlene Sousa(mmarlene@ufc.br) on 2016-03-28T18:13:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_eacarneiro.pdf: 2149712 bytes, checksum: e4976f34d95b6896d4b1f00f4a9d10dc (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-28T18:13:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_eacarneiro.pdf: 2149712 bytes, checksum: e4976f34d95b6896d4b1f00f4a9d10dc (MD5) Previous issue date: 2007-08-28 / The objective of this work was to study the immobilization of Candida antarctica type B lipase (CalB) by covalent bond using hydrophilic resin named Toyopearl as a support. The influence of activation agents (glycidol, glutaraldehyde and ethylenediamine) in the hydrolytic activity of the biocatalyst was investigated. The enzyme preparations were tested in the hydrolysis of para-nitrophenyl butyrate (PNPB) and in an esterification reaction, butyl butyrate synthesis from butyric acid and butanol. The support was previously characterized by scanning electronic microscopy (SEM), Xray diffraction (DRX) and Fourier transform infra red (FTIR). Superficial area and porosity were evaluated using BET method. Protein concentration and enzymatic activity in the supernatant were determined before and after immobilization process. Best results of hydrolytic activity were obtained using the enzyme immobilized in Toyopearl-Glyoxyl-EDA-Glutaraldehyde (Toyo-GEG), 894.17 ± 43.29 U/g of support, which is 1.56-fold higher than the hydrolytic activity of Novozym 435. The influence of different loadings of protein and the incubation time in the immobilization were also studied. The saturation of support was observed with a load of 40 mg/g of support with 2238.25 ± 27.33 U/g. A decrease in the hydrolytic activity of enzyme preparations was observed for long incubation times. However, thermal stability studies at 60° C, showed that this parameter was important for enzyme stabilization. Thermal stabilization by immobilization was achieved and the immobilized enzyme was more thermal stable than the soluble enzyme. The immobilized lipase prepared at incubation time of 72 hours was 694.59-fold more stable than soluble enzyme and 12.74 -fold than Novozym 435. In organic medium, cycles of synthesis of butyl butyrate was chosen to quantify operational stability. After the seventh cycle, Toyo-GEG retained around 76 % of the initial activity. / O objetivo deste trabalho foi estudar a imobilização da lipase de Candida antarctica tipo B (CalB) através de ligação covalente utilizando a resina hidrofílica Toyopearl como suporte. Avaliaram-se vários protocolos de ativação, utilizando como agentes ativantes: glicidol, glutaraldeído e etilenodiamina (EDA), e seu efeito na atividade hidrolítica do biocatalisador obtido. A atividade hidrolítica dos derivados foi avaliada pela hidrólise do butirato de para-nitrofenila (PNPB) e utilizou-se como reação de esterificação, a síntese do butirato de butila, empregando ácido butírico e butanol como substratos. O suporte foi previamente caracterizado pela obtenção de imagens por microscopia eletrônica de varredura (MEV), difratogramas de raio-X (DRX) e espectros de infravermelho (FTIR). A área superficial e a porosidade do suporte foram avaliadas pelo método BET. Determinaram-se a concentração de proteína e a atividade enzimática do sobrenadante antes e após os processos de imobilização. O melhor resultado de atividade hidrolítica da enzima imobilizada foi de 894,17 ± 43,29 U/g de suporte, utilizando o suporte Toyopearl-Glioxil-EDA-Glutaraldeído (Toyo-GEG). Este valor de atividade foi 1,56 vezes maior que o obtido para o derivado comercial Novozym 435. A influência de diferentes concentrações de proteína foi avaliada e observou-se a saturação do suporte com uma concentração de 40 mg/g e 2238,25 ± 27,33U/g de atividade. A influência dos tempos de incubação na imobilização indicou que longos tempos de imobilização acarretam na diminuição da atividade hidrolítica dos biocatalisadores. Nos estudos de estabilidade térmica a 60° C, conseguiu-se um elevado grau de estabilização para o derivado, com estabilidade térmica superior a da enzima solúvel. Para o derivado obtido com 72 horas de imobilização o fator de estabilização em relação à enzima solúvel e ao derivado comercial, respectivamente, foi de 694,56 e 12,74. Quanto à estabilidade operacional, após o sétimo ciclo de síntese do butirato de butila, o derivado Toyo-GEG reteve em torno de 76 % de sua atividade inicial.

Introdução: Nos últimos anos têm-se demonstrado que a vitamina D desempenha um papel crucial em muitas doenças agudas e crônicas, não só afetando as condições ósseas, mas também aumentando o risco de fraturas, doenças auto-imunes e câncer. A influência da vitamina D nas doenças do fígado tem sido amplamente discutida já que esta sofre metabolismo hepático. Indivíduos com doenças hepáticas, e em especial com hepatite C crônica, apresentam maior prevalência de deficiência de vitamina D. Objetivos: Avaliar, em duas amostras distintas, a influência dos níveis séricos de vitamina D e/ou dos polimorfismos envolvidos na sua rota metabólica na progressão da doença hepática crônica causada pelo vírus C. Métodos: A primeira amostra consistiu de um estudo transversal com 132 pacientes com hepatite C crônica genótipo 1 do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). Foi avaliada a influência de níveis séricos de vitamina D e dos polimorfismos rs7041 e rs4588 do gene GC no grau de fibrose hepática (escore METAVIR). As genotipagens foram feitas com ensaio TaqMan e as análises estatísticas foram realizadas no programa SPSS v.20.0. A segunda amostra consistiu da análise de dados extraídos da plataforma dbGaP. Foram investigados 681 pacientes com hepatite C crônica da coorte americana HALT-C, acompanhados pelo período quatro anos. Avaliou-se a relação de 40 polimorfismos dos genes DHCR7, GC, CYP2R1, CYP24A1, CYP27B1, VDR, SMAD3 e TGFB1 nos seguintes desfechos: piora da fibrose hepática; descompensação hepática (escore Child Pugh-Turcotte>7, ascite, encefalopatia hepática, peritonite bacteriana espontânea e/ou sangramento de varizes gastroesofágicas); desenvolvimento de carcinoma hepatocelular e morte do fígado. Os polimorfismos que não se encontravam disponíveis no banco de dados foram imputados com o programa Mach-Admix 2.0.203 e as análises foram no programa Plink 1.07 e foi realizada correção de Bonferroni. Nesta amostra, resultados com P<0,05 foram considerados 2 como tendência à associação. Resultados: Na amostra do HCPA, níveis diminuídos de vitamina D, bem como a deficiência grave de vitamina D, foram mais frequentes entre pacientes com fibrose intermediária/avançada (METAVIR 3 e 4). Embora os polimorfismos rs7041 e rs4588 e seus haplótipos tenham apresentado relação com os níveis séricos de vitamina D, estes não apresentaram associação com a gravidade da fibrose hepática. Na segunda amostra estudada, onze polimorfismos tiveram tendência à associação (P<0,05) com os desfechos analisados: quatro SNPs no gene DHCR7 com descompensação hepática (rs4944957, rs12800438, rs3829251 e rs4945008); dois no gene GC com piora da fibrose e morte do fígado (rs7041 e rs222020); dois no gene CYP2R1 com ascite ou carcinoma hepatocelular (rs7116978 e rs1562902); dois no gene VDR com sangramento de varizes gastresofágicas e carcinoma hepatocelular (rs4516035 e rs2239186); e um no gene SMAD3 com piora da fibrose e encefalopatia (rs2118610). Apenas um polimorfismo, rs1800469no gene TGFB1, apresentou associação com descompensação hepática após correção de Bonferroni (P<0,05/40). Conclusões: Nossos resultados demonstraram que níveis séricos menores de vitamina D estão associados à progressão da fibrose hepática na hepatite C crônica genótipo 1. Além disso, os onze polimorfismos da rota da vitamina D que apresentaram tendência à associação estatística, indicam que variantes genéticas da rota metabólica da vitamina D possuem fraca ou nenhuma relação com a progressão da hepatite C crônica, merecendo análises futuras. Já o polimorfismo rs1800469, do gene TGFB1, demonstrou potencial utilidade para auxiliar na identificação de pacientes com maior chance de descompensação hepática. / Introduction: In the past years it has been demonstrated that vitamin D plays a crucial role in many acute and chronic diseases, not only affecting bone conditions but increasing the chance of fractures, autoimmune diseases and cancer. Vitamin D influence in liver disease is also widely discussed since it undergoes trough hepatic metabolism. Subjects with liver diseases, especially chronic hepatitis C, present higher rates of vitamin D deficiency. Objectives: Evaluate, in two different samples, the influence of vitamin D serum levels and/or polymorphisms of vitamin D metabolic pathway in liver disease progression in patients with chronic hepatitis C. Methods: The first sample consisted of a transversal study with 132 patients from Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) with chronic hepatitis C genotype 1. We evaluated the influence of serum levels of vitamin D and rs7041 and rs4588 GC polymorphisms over liver fibrosis (METAVIR scoring). Genotyping was performed with TaqMan probes and statistical analyses were conducted using SPSS v.20.0. The second sample was extracted from HALT-C cohort available in dbGap plataform. It included 681 patients with chronic hepatitis C, followed for 4 years. Forty polymorphisms in DHCR7, GC, CYP2R1, CYP24A1, CYP27B1, VDR, SMAD3 and TGFB1 genes were analyzed with the following outcomes: worsening of fibrosis; hepatic decompensation (gastric/esophageal bleeding, CTP > 7, ascites, spontaneous bacterial peritonitis, and/or encephalopathy); development of hepatocellular carcinoma; and liver death. Polymorphisms not available in dbGaP data were imputed using Mach-Admix 2.0.203 software and analyses were performed in Plink v.1.07 and a Bonferroni’s correction was performed. Results with P<0.05 were considered as having tendency towards association. Results: In HCPA sample low serum vitamin D, as well as severe vitamin D deficiency, were more frequent among patients with intermediate/severe fibrosis (METAVIR 3 and 4). Although rs7041 and rs4588 4 polymorphisms and its haplotypes presented association with serum levels of vitamin D, they were not associated with severity of liver fibrosis. In sample two, eleven polymorphisms presented tendency towards association (P<0.05) with the studied outcomes: four SNPs in DHCR7 with hepatic decompensation (rs4944957, rs12800438, rs3829251 and rs4945008); two in GC with worsening of fibrosis and liver death (rs7041 and rs222020); two in CYP2R1 with ascites or hepatocellular carcinoma (rs7116978 and rs1562902); two in VDR with gastric/esophageal bleeding and hepatocellular carcinoma (rs4516035 and rs2239186); and one in SMAD3 with worsening of fibrosis and encephalopathy (rs2118610). Only one polymorphism, rs1800469 in TGFB1, showed statistical significance with hepatic decompensation after Bonferroni’s correction (P<0.05/40). Conclusions: Our results demonstrated that low serum vitamin D has association with fibrosis progression in chronic hepatitis C genotype 1. Also, the eleven polymorphisms with tendency towards association indicate that genetic variants in vitamin D pathway possess weak or none relation with progression of chronic hepatitis C, deserving future analyses. Finally, polymorphism rs1800469 in TGFB1 demonstrated potential utility to help identify patients with higher odds of hepatic decompesantion.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Comunicação e Expressão. / Made available in DSpace on 2012-10-19T08:53:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2014-09-25T21:14:58Z : No. of bitstreams: 1 177874.pdf: 1732260 bytes, checksum: 8c2ea5cf8a1cf7d4a686bdcb364c746b (MD5) / É bastante comum em qualquer registro do Português Brasileiro (PB) (e de outras línguas) um tipo de construção formado com verbos que apresentam a alternância transitivo/inacusativo, como em (1): a. José quebrou o pé da mesa. b. Quebrou o pé da mesa. c. O pé da mesa quebrou. Esse tipo de verbo permite ainda, em algumas circunstâncias, pelo menos mais uma possibilidade de construção, possibilidade essa que se encontra exemplificada em (2): A mesa quebrou o pé. O propósito desta dissertação é observar as propriedades desse tipo de estrutura, que apesar de um tanto restrito no PB escrito, é encontrado com bastante freqüência na língua oral. Desde já nos referiremos a essas construções como "sentenças genitivas". Como suporte teórico a este estudo, utilizamo-nos do quadro da Teoria Gerativa, mais especificamente de uma das abordagens do Modelo Princípios e Parâmetros - a Teoria de Regência e Ligação (TRL). Dessa forma, no primeiro capítulo, apresentamos em linhas gerais a Teoria X-barra, um dos módulos da TRL; em seguida são apresentadas a Teoria Temática e a Teoria do Caso, mais detalhadamente, pois são os dois módulos cruciais para o nosso trabalho. Adicionalmente, fazemos uma breve apresentação da Hipótese Inacusativa e desenvolvemos um estudo sobre o Caso Genitivo, mais especificamente sobre o genitivo partitivo. Tratamos também do mecanismo Mova a o qual se refere ao deslocamento de constituintes da sentença e encerramos o capítulo, demonstrando a distinção entre preposições como núcleos lexicais e núcleos funcionais. Ao expormos sobre esses tópicos, procuramos sempre enfocar os aspectos diretamente relevantes para a caracterização da estrutura considerada. No segundo capítulo, apresentamos uma revisão da literatura a respeito desse tipo de oração (cf. Pontes, 1987 & Galves, 1998). O terceiro capítulo, desenvolve a análise das sentenças genitivas relativamente a alguns dos tópicos apresentados no primeiro capítulo. Finalmente, no quarto capítulo, núcleo desta pesquisa, demonstramos algumas propriedades das sentenças genitivas que nos permitirão caracterizá-las com um pouco mais de exatidão.

Submitted by DONICER EDUARDO MONTES VERGARA null (donicer.montes@unisucre.edu.co) on 2016-04-11T17:24:33Z No. of bitstreams: 1 H.Tese-Donicer- Defensa Definitivo -08-04-2016.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-04-12T14:43:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 montesvergara_de_dr_jabo.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-12T14:43:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 montesvergara_de_dr_jabo.pdf: 1794206 bytes, checksum: a97a3f4dcd0f3e1489260272006d51af (MD5) Previous issue date: 2016-03-24 / Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de “chips” de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip “Illumina BovineHD BeadChip”. Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia “Relative Extended Haplotype Homozygosity” (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do “National Center for Biotechnology Information”- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas 2.756 regiões núcleo, com tamanho médio 27,6 ± 29,1 Kb, abrangendo 70,1 Mb dos 25 cromossomos estudados. Dos SNPs utilizados, 17.312 participaram da formação das regiões núcleo, com o mínimo de 10 no BTA27 e o máximo de 20 SNPs nos cromossomos 1, 3-7, 9-15,18-21, e 23-24. Foram identificadas 40 assinaturas de seleção recentes com diferentes níveis de significância e 56 genes A maioria dos genes localizados nas regiões de assinaturas de seleção tem relação com os processos biológicos de metabolismo mitocondrial, desenvolvimento pós-embrionário, regulação da taxa de ovulação e fertilidade, resposta imune, metabolismo de triglicerídeo, proliferação celular e neurônios receptores olfativos. A investigação de mecanismos regulatórios da expressão dos genes associados aos processos biológicos descritos pode oferecer conhecimentos sobre os mecanismos moleculares que afetam a característica ocorrências de prenhez precoce, na raça Nelore. / Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatures, with different levels of significance, and 56 positional candidate genes. Most of genes located in selection signature regions are related to biological processes of mitochondrial metabolism, post-embryonic development, ovulation rate regulation and fertility, immune response, triglyceride metabolism, cell proliferation, and olfactory receptor neurons. The investigation of regulatory mechanisms of gene expression associated with biological processes described can provide knowledge on the molecular mechanisms affecting characteristic of early pregnancy occurrences in Nellore.

Resumo: O PlanetLab é um testbed global de pesquisa que suporta a experimentação de protocolos e sistemas distribuídos. Usuários de testbeds dinâmicos de larga escala frequentemente executam experimentos que necessitam de um conjunto de nodos com um nível razoável de estabilidade. Existem ferramentas que auxiliam na seleção de nodos, monitorando-os e filtrando-os segundo critérios estabelecidos pelo usuário. Porém, nenhuma delas monitora interações fim-a-fim entre pares de nodos. Neste trabalho descrevemos uma estratégia online de monitoramento e várias estratégias de seleção de nodos focadas na comunicação entre cada par de nodos no PlanetLab. Uma das estratégias de seleção consiste em encontrar um conjunto de nodos em que todos comunicam-se entre si de forma estável, o que chamamos de uma Clique Estável, considerando o PlanetLab como um grafo em que uma aresta entre dois nodos representa uma boa comunicação entre eles. Outras estratégias de seleção de nodos, menos restritivas que a Clique Estável, também foram definidas, baseadas nos graus dos nodos. É possível selecionar nodos com um grau mínimo no grafo, ou com um grau mínimo entre si. Uma estratégia de monitoramento offline para detecção de Cliques Estáveis no PlanetLab foi implementada e é descrita. A partir da estratégia online, uma ferramenta foi implementada. Vários experimentos foram executados com a ferramenta criada e são descritos neste trabalho. Os experimentos incluem a seleção de nodos com diferentes estratégias e em diferentes períodos de tempo, a fim de compará-las e verificar seu comportamento no decorrer do tempo. Foi tamb´em realizado um experimento para comparar o desempenho dos nodos selecionados pela ferramenta criada com o desempenho de nodos selecionados por outra ferramenta de seleção de nodos, o SWORD. Esta comparação foi feita por meio da execução de uma aplicação MapReduce nos nodos selecionados com ambas as ferramentas. Estes experimentos mostraram que os nodos selecionados pela ferramenta proposta executaram o programa, na maioria dos casos, em tempo significativamente menor do que os nodos selecionados pela outra erramenta.