Introdução: Nos últimos anos têm-se demonstrado que a vitamina D desempenha um papel crucial em muitas doenças agudas e crônicas, não só afetando as condições ósseas, mas também aumentando o risco de fraturas, doenças auto-imunes e câncer. A influência da vitamina D nas doenças do fígado tem sido amplamente discutida já que esta sofre metabolismo hepático. Indivíduos com doenças hepáticas, e em especial com hepatite C crônica, apresentam maior prevalência de deficiência de vitamina D. Objetivos: Avaliar, em duas amostras distintas, a influência dos níveis séricos de vitamina D e/ou dos polimorfismos envolvidos na sua rota metabólica na progressão da doença hepática crônica causada pelo vírus C. Métodos: A primeira amostra consistiu de um estudo transversal com 132 pacientes com hepatite C crônica genótipo 1 do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA). Foi avaliada a influência de níveis séricos de vitamina D e dos polimorfismos rs7041 e rs4588 do gene GC no grau de fibrose hepática (escore METAVIR). As genotipagens foram feitas com ensaio TaqMan e as análises estatísticas foram realizadas no programa SPSS v.20.0. A segunda amostra consistiu da análise de dados extraídos da plataforma dbGaP. Foram investigados 681 pacientes com hepatite C crônica da coorte americana HALT-C, acompanhados pelo período quatro anos. Avaliou-se a relação de 40 polimorfismos dos genes DHCR7, GC, CYP2R1, CYP24A1, CYP27B1, VDR, SMAD3 e TGFB1 nos seguintes desfechos: piora da fibrose hepática; descompensação hepática (escore Child Pugh-Turcotte>7, ascite, encefalopatia hepática, peritonite bacteriana espontânea e/ou sangramento de varizes gastroesofágicas); desenvolvimento de carcinoma hepatocelular e morte do fígado. Os polimorfismos que não se encontravam disponíveis no banco de dados foram imputados com o programa Mach-Admix 2.0.203 e as análises foram no programa Plink 1.07 e foi realizada correção de Bonferroni. Nesta amostra, resultados com P<0,05 foram considerados 2 como tendência à associação. Resultados: Na amostra do HCPA, níveis diminuídos de vitamina D, bem como a deficiência grave de vitamina D, foram mais frequentes entre pacientes com fibrose intermediária/avançada (METAVIR 3 e 4). Embora os polimorfismos rs7041 e rs4588 e seus haplótipos tenham apresentado relação com os níveis séricos de vitamina D, estes não apresentaram associação com a gravidade da fibrose hepática. Na segunda amostra estudada, onze polimorfismos tiveram tendência à associação (P<0,05) com os desfechos analisados: quatro SNPs no gene DHCR7 com descompensação hepática (rs4944957, rs12800438, rs3829251 e rs4945008); dois no gene GC com piora da fibrose e morte do fígado (rs7041 e rs222020); dois no gene CYP2R1 com ascite ou carcinoma hepatocelular (rs7116978 e rs1562902); dois no gene VDR com sangramento de varizes gastresofágicas e carcinoma hepatocelular (rs4516035 e rs2239186); e um no gene SMAD3 com piora da fibrose e encefalopatia (rs2118610). Apenas um polimorfismo, rs1800469no gene TGFB1, apresentou associação com descompensação hepática após correção de Bonferroni (P<0,05/40). Conclusões: Nossos resultados demonstraram que níveis séricos menores de vitamina D estão associados à progressão da fibrose hepática na hepatite C crônica genótipo 1. Além disso, os onze polimorfismos da rota da vitamina D que apresentaram tendência à associação estatística, indicam que variantes genéticas da rota metabólica da vitamina D possuem fraca ou nenhuma relação com a progressão da hepatite C crônica, merecendo análises futuras. Já o polimorfismo rs1800469, do gene TGFB1, demonstrou potencial utilidade para auxiliar na identificação de pacientes com maior chance de descompensação hepática. / Introduction: In the past years it has been demonstrated that vitamin D plays a crucial role in many acute and chronic diseases, not only affecting bone conditions but increasing the chance of fractures, autoimmune diseases and cancer. Vitamin D influence in liver disease is also widely discussed since it undergoes trough hepatic metabolism. Subjects with liver diseases, especially chronic hepatitis C, present higher rates of vitamin D deficiency. Objectives: Evaluate, in two different samples, the influence of vitamin D serum levels and/or polymorphisms of vitamin D metabolic pathway in liver disease progression in patients with chronic hepatitis C. Methods: The first sample consisted of a transversal study with 132 patients from Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) with chronic hepatitis C genotype 1. We evaluated the influence of serum levels of vitamin D and rs7041 and rs4588 GC polymorphisms over liver fibrosis (METAVIR scoring). Genotyping was performed with TaqMan probes and statistical analyses were conducted using SPSS v.20.0. The second sample was extracted from HALT-C cohort available in dbGap plataform. It included 681 patients with chronic hepatitis C, followed for 4 years. Forty polymorphisms in DHCR7, GC, CYP2R1, CYP24A1, CYP27B1, VDR, SMAD3 and TGFB1 genes were analyzed with the following outcomes: worsening of fibrosis; hepatic decompensation (gastric/esophageal bleeding, CTP > 7, ascites, spontaneous bacterial peritonitis, and/or encephalopathy); development of hepatocellular carcinoma; and liver death. Polymorphisms not available in dbGaP data were imputed using Mach-Admix 2.0.203 software and analyses were performed in Plink v.1.07 and a Bonferroni’s correction was performed. Results with P<0.05 were considered as having tendency towards association. Results: In HCPA sample low serum vitamin D, as well as severe vitamin D deficiency, were more frequent among patients with intermediate/severe fibrosis (METAVIR 3 and 4). Although rs7041 and rs4588 4 polymorphisms and its haplotypes presented association with serum levels of vitamin D, they were not associated with severity of liver fibrosis. In sample two, eleven polymorphisms presented tendency towards association (P<0.05) with the studied outcomes: four SNPs in DHCR7 with hepatic decompensation (rs4944957, rs12800438, rs3829251 and rs4945008); two in GC with worsening of fibrosis and liver death (rs7041 and rs222020); two in CYP2R1 with ascites or hepatocellular carcinoma (rs7116978 and rs1562902); two in VDR with gastric/esophageal bleeding and hepatocellular carcinoma (rs4516035 and rs2239186); and one in SMAD3 with worsening of fibrosis and encephalopathy (rs2118610). Only one polymorphism, rs1800469 in TGFB1, showed statistical significance with hepatic decompensation after Bonferroni’s correction (P<0.05/40). Conclusions: Our results demonstrated that low serum vitamin D has association with fibrosis progression in chronic hepatitis C genotype 1. Also, the eleven polymorphisms with tendency towards association indicate that genetic variants in vitamin D pathway possess weak or none relation with progression of chronic hepatitis C, deserving future analyses. Finally, polymorphism rs1800469 in TGFB1 demonstrated potential utility to help identify patients with higher odds of hepatic decompesantion.

Introdução A doença renal do diabetes (DRD) é a principal complicação clínica do Diabetes Mellitus tipo 1 e 2 (DM1 e DM2). A relação entre o dano renal e os lipídios tem sido investigada há décadas e as evidências demonstram que o acúmulo de lipídios intra renal está associado com o desenvolvimento de glomerulosclerose, fibrose túbulo intersticial e progressão da DRD. Além disso, os fatores genéticos ampliam o risco para o desenvolvimento da DRD. Evidências sugerem que o gene ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) possa estar envolvido nos danos causados pelo acúmulo do colesterol intracelular. O ABCA1 possui papel central no efluxo do colesterol celular para as moléculas aceptoras pobre em lipídios presentes no plasma. O conhecimento sobre a relação dos polimorfismos do gene ABCA1 e a DRD ainda é escasso. Dessa forma, o presente trabalho buscou investigar a associação entre os polimorfismos no gene ABCA1 e a presença de proteinúria em indivíduos com DM2. Métodos As frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos rs1800977 (C/T), rs2230806 (G/A), rs2066715 (G/A), rs4149313 (A/G) e rs2030808 (G/A) no gene ABCA1 foram analisadas em 365 pacientes com DM2 e proteinúria ou doença renal crônica terminal (DRCT) (casos) e 322 pacientes com DM2 e valores normais de excreção urinária de albumina (controles) em uma população do sul do Brasil. Os haplótipos construídos a partir da combinação dos cinco polimorfismos estudados e suas frequências foram inferidos utilizando o programa Phase 2.1, o qual implementa o método estatístico bayesiano. Resultados O polimorfismo rs1800977 (C/T) foi associado com proteinúria em indivíduos com DM2 segundo o modelo de herança dominante (C/T + T/T vs. C/C) (P = 0.038). Da mesma forma, a presença do alelo T desse polimorfismo foi associada com proteção para proteinúria (RC = 0,61; IC 95% 0,410 – 0,902; P = 0,013). Os demais polimorfismos estudados não foram associados com DRD em pacientes com DM2. As análises dos haplótipos demonstraram diferença nas distribuições dos haplótipos entre os casos e os controles (P = 0.004). Os polimorfismos estudados não se apresentaram em desequilíbrio de ligação. Conclusão O polimorfismo rs1800977 (C/T) está significativamente associado com proteção para DRD em uma população branca do sul do Brasil. / Introduction Diabetic Kidney Disease (DKD) is a major complication of Diabetes Mellitus. The relationship between renal disease and lipids has been investigated for decades and the evidences demonstrate that lipid accumulation in kidney is associated with the development of glomerulosclerosis, tubulointerstitial fibrosis and progression of DKD. Also, the genetic susceptibility is a relevant target on progression of DKD. The ATP- binding cassette transporter A1 (ABCA1) gene plays a central role in cholesterol efflux from cells to lipid-free receptors in bloodstream. Data regarding ABCA1 genetic variants and DKD are very scarce. Therefore, the aim of the present study was to investigate whether ABCA1 polymorphisms are associated with presence of proteinuria in T2DM. Methods Frequencies of the ABCA1 rs1800977 (C/T), rs2230806 (G/A), rs2066715 (G/A), rs4149313 (A/G) and rs2030808 (G/A) were analyzed 365 T2DM patients with proteinuria or end-stage renal disease (ESRD) (cases) and 322 T2DM patients with normal albumin excretion rate (controls) subjects from Brazil. Haplotypes constructed from the combination of these polymorphism were inferred using a Bayesian statistical method. Results The rs1800977 (C/T) polymorphism was associated with proteinuria in T2DM patients under a dominant inheritance model (C/T+T/T vs. C/C) (P = 0.038). The presence of the T allele was associated with proteinuria protection (OR = 0.61 95% CI 0.41- 0.902; P = 0.013). The others four polymorphisms analyzed were not associated with proteinuria. Permutations analysis showed that the distributions of inferred haplotypes were statistically different between case and controls groups (P = 0.004). The |D’| and r 2 measurements did not demonstrated any significant LD between all pairs of combination of the five analyzed polymorphisms. Conclusions The ABCA1 rs1800977 (C/T) polymorphism is significantly associated with protection to DKD in white Brazilian T2DM subjects.

Introdução A doença renal do diabetes (DRD) é a principal complicação clínica do Diabetes Mellitus tipo 1 e 2 (DM1 e DM2). A relação entre o dano renal e os lipídios tem sido investigada há décadas e as evidências demonstram que o acúmulo de lipídios intra renal está associado com o desenvolvimento de glomerulosclerose, fibrose túbulo intersticial e progressão da DRD. Além disso, os fatores genéticos ampliam o risco para o desenvolvimento da DRD. Evidências sugerem que o gene ATP-binding cassette transporter A1 (ABCA1) possa estar envolvido nos danos causados pelo acúmulo do colesterol intracelular. O ABCA1 possui papel central no efluxo do colesterol celular para as moléculas aceptoras pobre em lipídios presentes no plasma. O conhecimento sobre a relação dos polimorfismos do gene ABCA1 e a DRD ainda é escasso. Dessa forma, o presente trabalho buscou investigar a associação entre os polimorfismos no gene ABCA1 e a presença de proteinúria em indivíduos com DM2. Métodos As frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos rs1800977 (C/T), rs2230806 (G/A), rs2066715 (G/A), rs4149313 (A/G) e rs2030808 (G/A) no gene ABCA1 foram analisadas em 365 pacientes com DM2 e proteinúria ou doença renal crônica terminal (DRCT) (casos) e 322 pacientes com DM2 e valores normais de excreção urinária de albumina (controles) em uma população do sul do Brasil. Os haplótipos construídos a partir da combinação dos cinco polimorfismos estudados e suas frequências foram inferidos utilizando o programa Phase 2.1, o qual implementa o método estatístico bayesiano. Resultados O polimorfismo rs1800977 (C/T) foi associado com proteinúria em indivíduos com DM2 segundo o modelo de herança dominante (C/T + T/T vs. C/C) (P = 0.038). Da mesma forma, a presença do alelo T desse polimorfismo foi associada com proteção para proteinúria (RC = 0,61; IC 95% 0,410 – 0,902; P = 0,013). Os demais polimorfismos estudados não foram associados com DRD em pacientes com DM2. As análises dos haplótipos demonstraram diferença nas distribuições dos haplótipos entre os casos e os controles (P = 0.004). Os polimorfismos estudados não se apresentaram em desequilíbrio de ligação. Conclusão O polimorfismo rs1800977 (C/T) está significativamente associado com proteção para DRD em uma população branca do sul do Brasil. / Introduction Diabetic Kidney Disease (DKD) is a major complication of Diabetes Mellitus. The relationship between renal disease and lipids has been investigated for decades and the evidences demonstrate that lipid accumulation in kidney is associated with the development of glomerulosclerosis, tubulointerstitial fibrosis and progression of DKD. Also, the genetic susceptibility is a relevant target on progression of DKD. The ATP- binding cassette transporter A1 (ABCA1) gene plays a central role in cholesterol efflux from cells to lipid-free receptors in bloodstream. Data regarding ABCA1 genetic variants and DKD are very scarce. Therefore, the aim of the present study was to investigate whether ABCA1 polymorphisms are associated with presence of proteinuria in T2DM. Methods Frequencies of the ABCA1 rs1800977 (C/T), rs2230806 (G/A), rs2066715 (G/A), rs4149313 (A/G) and rs2030808 (G/A) were analyzed 365 T2DM patients with proteinuria or end-stage renal disease (ESRD) (cases) and 322 T2DM patients with normal albumin excretion rate (controls) subjects from Brazil. Haplotypes constructed from the combination of these polymorphism were inferred using a Bayesian statistical method. Results The rs1800977 (C/T) polymorphism was associated with proteinuria in T2DM patients under a dominant inheritance model (C/T+T/T vs. C/C) (P = 0.038). The presence of the T allele was associated with proteinuria protection (OR = 0.61 95% CI 0.41- 0.902; P = 0.013). The others four polymorphisms analyzed were not associated with proteinuria. Permutations analysis showed that the distributions of inferred haplotypes were statistically different between case and controls groups (P = 0.004). The |D’| and r 2 measurements did not demonstrated any significant LD between all pairs of combination of the five analyzed polymorphisms. Conclusions The ABCA1 rs1800977 (C/T) polymorphism is significantly associated with protection to DKD in white Brazilian T2DM subjects.

O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença inflamatória sistêmica autoimune caracterizada pela produção e deposição de imunocomplexos. Sua etiologia é pouco conhecida, mas há evidências da participação de fatores genéticos. Vários genes responsáveis pela síntese de proteínas do Sistema Complemento (SC) têm sido relacionados com LES. O gene MBL-2 responsável pela síntese da lectina ligadora da manose (MBL - mannose-binding lectin), uma proteína envolvida na ativação do SC, apresenta vários polimorfismos que se relacionam com a deficiência desta proteína e, conseqüentemente, estão associados com desenvolvimento de LES. Para verificar a possibilidade de alguns polimorfismos da MBL configurarem risco aumentado para LES e se há alguma interferência destes com as manifestações clínicas e laboratoriais da doença, foi conduzido um estudo de caso-controle, com 327 pacientes lúpicos e 165 controles saudáveis da mesma área geográfica, sendo avaliados os polimorfismos G57E (alelo C), G54D (alelo B), IVSnt5, R52C (alelo D) e R52H do gene MBL-2. A genotipagem foi realizada por Restriction Fragment Length Polymorphism-Polimerase Chain Reaction (RFLP-PCR) usando primers e enzimas de restrição específicas para cada polimorfismo. Os dados clínicos e laboratoriais foram coletados dos prontuários. Os resultados evidenciaram uma diferença estatisticamente significativa na freqüência do alelo D nos pacientes euro-descendentes quando comparados com os controles (9,6% versus 3,3%, P=0,001, odds ratio de 3,01, intervalo de confiança de 95%: 1,58- 6,06, P<0,05). As frequências dos alelos B e C não foram diferentes nos pacientes euro-descendentes e controles (alelo B: 15,9% versus 18,8%, P=0,317 e alelo C: 3,6% versus 3,0%, P=0,796). Os alelos IVSnt5 e R52H não foram encontrados nesta população. Achados clínicos e laboratoriais não tiveram diferença estatisticamente significativa em relação à presença ou ausência dos alelos mutantes. Os resultados apresentados apontam um aumento de cerca de três vezes no odds ratio para o desenvolvimento de LES em pessoas com a presença do alelo D. Nesta população estudada, não foi encontrada associação entre os alelos mutantes e a expressão fenotípica da doença.

Submitted by Danielle Karla Martins Silva (danielle.martins@ufpe.br) on 2015-03-06T14:29:26Z No. of bitstreams: 2 Tese Juan Carlos Piña Velásquez.pdf: 7862572 bytes, checksum: 5f517795c3c02a2a31eb348849af0ae8 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T14:29:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Juan Carlos Piña Velásquez.pdf: 7862572 bytes, checksum: 5f517795c3c02a2a31eb348849af0ae8 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012 / Nesta tese estudamos teoricamente o comportamento de supercondutores convencionais e de duas bandas sujeitos a um confinamento mesoscópico induzido pelo tamanho da amostra ou pelo fluxo magnético não-homogêneo gerado por partículas magnéticas. O primeiro sistema estudado consiste em um filme supercondutor convencional infinito coberto por uma camada nanoestruturada contendo uma rede de partículas magnéticas com magnetização permanente orientada perpendicularmente ao plano do filme. Para esse sistema, solucionamos numericamente as equações de Ginzburg-Landau dependentes do tempo focando o estudo na criação e aniquilação de pares vórtice-antivórtice. Nós encontramos que o sistema apresenta uma variedade de fases com diferentes números de pares vórtice-antivórtice por dipolo, dependendo da intensidade do momento magnético das partículas e da distância de separação entre o filme supercondutor e o arranjo de dipolos. O principal resultado desse estudo foi a constatação da ausência do estado N=3 pares vórtice-antivórtice. A região do diagrama que seria ocupada por esse estado é de fato caracterizada por um estado contendo um vórtice com 3 quanta de fluxo localizado sob cada dipolo e uma molécula vórtice-antivórtice, composta por 4 antivórtices formando um quadrado com um vórtice no seu centro, em cada região intersticial. Interpretamos a inibição do estado N=3 como decorrente da simetria quádrupla imposta pelo arranjo de dipolos, efeito semelhante ao que ocorre em supercondutores mesoscópicos quadrados. No segundo sistema, investigamos a região de estabilidade dos estados fracionários num disco supercondutor mesoscópico de duas bandas. O estudo foi feito solucionando numericamente as equações de Ginzburg-Landau adaptadas para o caso de duas bandas usando a aproximação das variáveis de ligação. Nesta análise levamos em conta a relação entre os parâmetros do modelo e os parâmetros microscópicos do material como as densidades de estados parcial, as velocidades de Fermi e os elementos da matriz de acoplamento. Nós apresentamos uma análise detalhada da região de estabilidade dos vórtices fracionários ao variar os parâmetros microscópicos e encontramos que os estados de vorticidade fracionária podem existir na região onde as duas bandas são ativas. Dentre esses estados, destacam-se aqueles onde a vorticidade da banda mais ativa é maior e estados onde a diferença do número de vórtices entre as bandas é maior que 1. Finalmente, nós propomos uma forma eficiente de aumentar a estabilidade dos vórtices fracionários mediante o campo magnético gerado por um disco magnético localizado sobre o disco supercondutor. Este é um resultado importante, uma vez que facilita a observação experimental dos vórtices fracionários em amostras mesoscópicas.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2055_1.pdf: 2829989 bytes, checksum: 484c4da863fedb5a447b368ec28e2df7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Questões importantes podem ser levantadas sobre a possibilidade da existência de relações entre propriedades macroscópicas de materiais e os conceitos, introduzido recentemente, de polarizabilidade da região de recobrimento (PR) e o conceito de valência iônica específica (VIE). Uma proposta na qual a região de recobrimento da ligação química é considerada como uma distribuição de cargas do tipo plásmon localizado &#8208; Plásmon da Região de Recobrimento da Ligação Química (PRR) levou, recentemente, a questões sobre a possibilidade de absorção e espalhamento inelástico de radiação pela região de recobrimento. O principal objetivo deste trabalho é explorar os significados físicos dos conceitos de Plásmon e Polarizabilidade da Região de Recobrimento para o estado sólido. Objetiva&#8208;se também o uso desses conceitos para a caracterização de materiais no estado sólido, quanto aos seus graus de covalência. Os sistemas analisados foram halogenetos alcalinos MX (com M = Li, Na, K e X = F, Cl, Br), a fase &#945; do óxido de alumínio, a fase &#945;&#8208;quartzo do óxido de silício e a fase cassiterita do óxido de estanho. Estes sistemas foram escolhidos por representarem classes fundamentais de compostos no estado sólido e por apresentarem resultados experimentais disponíveis na literatura. Os resultados mostram que &#945;PR apresenta uma acentuada correlação linear com a polarizabilidade molar &#945;mol (R2 = 0.973). A equação ajustada possibilita a utilização do &#945;PR como uma ferramenta para prever a polarizabilidade do material como um todo. Uma excelente correlação (R2 = 0.959) foi encontrada para o ajuste exponencial entre &#945;PR e a energia de bandgap Eg do material. A equação ajustada torna possível a caracterização de materiais quanto ao seu grau de covalência, dado o seu Eg. Concluiu&#8208;se que o plásmon pode ser fisicamente mensurável. Além disto, as energias obtidas para este oscilador estão na faixa de 5 20 eV, região onde se observam os efeitos de éxcitons, plásmons coletivos e as primeiras transições inter e intrabanda. O PRR pode ser utilizado para caracterização de propriedades na faixa de 5 20 eV. O efeito do plásmon da região de recobrimento pode estar relacionado com algumas estruturas suaves nos espectros de absorção e de perda de energia, e pode ser uma forma alternativa de interpretar os picos atribuídos aos efeitos de éxciton nos halogenetos de alcalinos

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-07-21T15:56:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Machado CMB_Configuração Absoluta e Deslocamentos Químicos de Moléculas Organicas por GIAO DFT.pdf: 4055624 bytes, checksum: 78784f0f10b901b4372dd2e2a038b173 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T15:56:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Machado CMB_Configuração Absoluta e Deslocamentos Químicos de Moléculas Organicas por GIAO DFT.pdf: 4055624 bytes, checksum: 78784f0f10b901b4372dd2e2a038b173 (MD5) Previous issue date: 2016-04-06 / Facepe / Nesta dissertação, estudamos quatro moléculas quirais através do emprego de quatro funcionais da densidade diferentes com vinte funções de base para encontrar uma combinação que melhor descrevesse o ângulo de rotação óptica destas moléculas. Analisamos também como a ligação de hidrogênio pode influenciar no ângulo de rotação óptica e quais seriam os efeitos dessa ligação de hidrogênio nas propriedades de diferentes sistemas envolvendo compostos nitrogenados cíclicos e ácidos carboxílicos. Os funcionais empregados foram: B3LYP, PBE, PBE0 e ωB97XD; e as funções de base foram: 6-31G, 6-31+G, 6-31++G, 6-31G*, 6-31+G*, 6-31++G*, 6-31G**, 6-31+G**, 6-31++G**, cc-pVDZ, cc-pVTZ, cc-pVQZ, aug-cc-pVDZ, aug-cc-pVTZ, aug-cc-pVQZ, def2-TZVP, def2-TZVPD, def2-TZVPP, def2-TZVPPD e 6-311+G**. As moléculas quirais estudadas para a atribuição da configuração absoluta foram a R,R-dimetiloxirano, S-metiloxirano, S-halotano e (S)(+)4-fenil-2-oxazolidinona. As moléculas estudadas para a espectroscopia de RMN de 1H e cálculos GIAO foram a 1,10-fenantrolina, 2,2-bipiridina, 4,4’-difenil-2,2’-bipiridina e os ácidos carboxílicos: fórmico, acético e benzoico. As geometrias de todas as moléculas e complexos foram otimizadas para que não houvesse nenhuma frequência harmônica imaginária e, a partir delas, o ângulo de rotação óptica foi calculado. Para a molécula (S)(+)4-fenil-2-oxazolidinona, foi observada a possibilidade de formação de dímeros que podem influenciar no valor do ângulo de rotação óptica. As conformações possíveis para esse dímero foram encontradas utilizando mecânica molecular (MMFF - Merck Molecular Force Field) pelo programa SPARTAN 14, tendo suas geometrias sido na sequência otimizadas. As energias de estabilização de todos os complexos foram corrigidas levando em consideração os erros de sobreposição do conjunto de base (BSSE) e da energia do ponto zero (ZPE). O cálculo do ângulo de rotação óptica foi feito com o uso da média de Boltzmann. Todas as moléculas quirais foram estudadas no modo isolado e em clorofórmio através do método PCM. Observamos que moléculas simples, rígidas e sem possibilidade de formação de ligação de hidrogênio, não precisam de funcionais sofisticados para a otimização de sua geometria, mas precisam destes para o cálculo do ângulo de rotação óptica. Para moléculas flexíveis, é necessário um funcional mais sofisticado também para a otimização de geometria. Assim, a melhor combinação de método e base para moléculas mais rígidas para a otimização de geometria foi ωB97XD com a base 6-31G**. Já para moléculas flexíveis, para a otimização de geometria, a melhor base foi def2-TZVP. Em ambos os casos, para o cálculo do ângulo de rotação óptica, a melhor combinação foi ωB97XD com a base def2-TZVP. Para os complexos de ligação de hidrogênio estudados, o deslocamento químico do núcleo do hidrogênio ácido nos complexos envolvendo a 1,10-fenantrolina, como aceitador de elétrons foi mais fortemente afetado em comparação aos complexos correspondentes da 2,2’-bipiridina e 4,4-difenil-2,2’-bipiridina. Os cálculos GIAO estão de acordo com os experimentos de RMN de 1H na previsão da blindagem eletrônica do hidrogênio ácido durante a ligação de hidrogênio existente nos complexos estudados. / In this dissertation, we studied four chiral molecules using four distinct density functionals, and twenty basis functions, searching for a combination that could best describe the optical rotation angle of these molecules. We also analyzed how hydrogen bonding influences the optical rotation angle and what are the effects of hydrogen bonding on the properties of different systems involving cyclic nitrogenated compounds and carboxylic acids. The functionals employed were B3LYP, PBE, PBE0 and ωB97XD. The basis functions employed were: 6-31G, 6-31+G, 6-31++G, 6-31G* 6-31+G*, 6-31++G*, 6-31G**, 6-31+G**, 6-31++G**, cc-pVDZ, cc-pVTZ, cc-pVQZ, aug-cc-pVDZ, aug-cc-pVTZ, aug-cc-pVQZ, def2- TZVP, def2-TZVPD, def2-TZVPP, def2-TZVPPD and 6-311+G**. The chiral molecules studied for the assignment of their absolute configuration were R,R-dimethyloxirane, S-methyl oxirane, S-halothane and (S)(+)4-phenyl-2-oxazolidinone. The molecules studied for the GIAO calculation of 1H NMR spectroscopy were 1,10-phenanthroline, 2,2-bipyridine, 4,4'-diphenyl-2,2'-bipyridine and the carboxylic acids: formic, acetic and benzoic. The geometries of all molecules and complexes were optimized so that there were no imaginary harmonic frequencies and, from them, the optical rotation angle was calculated. For the (S)(+)4-phenyl-2-oxazolidinone molecule, the possibility of dimer formation was observed which can influence the value of the optical rotation angle. The possible conformations for this dimer were found using molecular mechanics by SPARTAN program, and their geometries optimized. The energies of stabilization of all complexes were corrected for the basis set superposition error (BSSE) and zero point energy (ZPE). The calculation of optical rotation angle was made using a Boltzmann average. All chiral molecules were studied, both isolated and in chloroform by the PCM method.We note that simple molecules, rigid and with no possibility of hydrogen bond formation, do not need sophisticated functionals for geometry optimization. However, these sophisticated functionals are indeed needed for the optical rotation angle to be calculated. For flexible molecules, more sophisticated functionals are also necessary for the geometry optimization step. Thus, the best combination method and basis set for the geometry optimization of more rigid molecules found was ωB97XD to the base 6-31G **. As for the geometry optimization of flexible molecules, the best basis set was def2-TZVP. On the other hand, for calculating the optical rotation angle in both cases, the best combination found was ωB97XD with the def2-TZVP.For the hydrogen bonding complexes studied, the chemical shift of the acidic hydrogen nucleus in the complex involving 1,10-phenanthroline as electron acceptor was more strongly affected compared to the corresponding complexes of 2,2'-bipyridine and 4,4'-diphenyl-2,2'-bipyridine. The GIAO calculations agree with the NMR 1H experiments in predicting the electronic shielding of the acidic hydrogen during hydrogen bonding in the studied complexes.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T17:54:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Tese-TamaraLima.pdf: 15100477 bytes, checksum: 79a87ae32652a2bd9c0dae960dc0a539 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T17:54:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Tese-TamaraLima.pdf: 15100477 bytes, checksum: 79a87ae32652a2bd9c0dae960dc0a539 (MD5) Previous issue date: 2012-09-21 / Em eucariotos,a proteína de ligação à cauda poli-A (PABP) se liga especificamente a seqüência de poli-adenosinas na extremidade 3’ dos mRNAs, atuando em múltiplas funções associadas ao metabolismo destes, incluindo biogênese, processamento, transporte núcleo-citoplasmático e degradação. A PABP também participa na síntese proteíca, via interações diretas com fatores de tradução, como o fator de iniciação eIF4G, parceiro da proteína de ligação ao capeIF4E. O objetivo desta Tese foi dar continuidade a caracterização de três homólogos da PABP identificados em Leishmania sp.(PABPs1,2 e 3), protozoários patogênicos de características biológicas diferenciadas. Em estudos prévios estas proteínas se mostraram abundantes e de expressão simultânea e a PABP1 se mostrou representada por isoformas associadas a sua fosforilação. Neste trabalho, foi observado que as três proteínas possuem localização citoplasmática, porém sob condições de inibição da transcrição, mas não de tradução ou processamento de mRNAs, as PABPs 2 e 3 migram para o núcleo. Esse comportamento está de acordo com ensaios de interação proteína-proteina, onde foi observada uma associação direta entre as PABPs 2 e 3, independente de RNA. A expressão de isoformas fosforiladas da PABP1 foi então analisada e observou-se que esta era afetada pela inibição dos processos de síntese de mRNAs. Investigando sua participação no processo de tradução, foram confirmadas interações específicas entre a PABP1 e um homólogo de eIF4G in vivo e interações inéditas entre esta e homólogos de eIF4E. As três proteínas se mostraram capazes de se associar com os polissomas de células em fase de crescimento exponencial, mas não de fase estacionária. Ao longo do trabalho foram mapeadosmotivos envolvidos com as interações observadas identificando características novas não descritas. Por fim, ensaios de co-imuno precipitação seguido de análise protéica por espectrometria de massa e de RNAs por RT-PCR confirmaram a presença de parceiros protéicos diferenciados para cada homólogo e mRNAs alvo para as PABPs 2 e 3 cuja tradução está associada a fase S do ciclo celular. Nossos resultados mostram que estas proteínas apresentam funções divergentes e reforça um papel mais geral da PABP1 na tradução. / In eukaryotes, the poly-A binding protein (PABP) binds specifically to a poly-adenosines sequence present in the 3' end of the mRNAs where performes multiple functions associated with their metabolism, including biogenesis, processing, nucleocytoplasmic transport, and degradation. The PABP also participates in protein synthesis, via direct interactions with translation factors such as the initiation factor eIF4G, partner of the cap binding protein eIF4E. The aim of this Thesis was to continue the characterization of the three PABP homologues identified in Leishmaniasp. (PABPs 1, 2 and 3), a pathogenic protozoan with differentiated biological characteristics. Previous studies have shown that these proteins are abundant and simultaneously expressed and that PABP1 is characterized by multiples isoformes associated to phosphorylation. In this study, it was observed that all three proteins have cytoplasmic localization, but under transcription inhibition conditions but not translation or mRNAs processing, the PABPs 2 and 3 migrate to the nucleus. This behavior is in agreement with a protein-protein interaction observed between PABPs 2 and 3, and this interaction isindependent of RNA. The expression of the phosphorylated isoforms of PABP1 was also analyzed and it was found that some of those isoforms were affected by the inhibition of the processessing of mRNAs sinthesis. When investigated their participation in thetranslation process were observed specific interactions between PABP1 and a homolog of eIF4G in vivoand a novel interaction between PABP 1 and the homologues of eIF4E. Throughout this study the motifs involved in the interactios mentioned above were mapped and new motifs not yet described were observed. All three proteins have been shown to be associated with polysomes in cells in in exponential phase, but not in stationary phase. Finally, co-immunoprecipitation assays followed by protein analysis by mass spectrometry and of RNAs by RT-PCR confirmed the presence of different protein partners and mRNAs targets to the PABPs 2 and 3 whose translation is associated with the S phase of cell cycle. Our results show that these proteins have different functions and reinforces a more general role of PABP1 in translation.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7547_1.pdf: 2738409 bytes, checksum: 5486a3099bbcbfcd76e0a19a1921ae4e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os genes de RNA ribossomal apresentam várias peculiaridades, destacando-se o fato de serem bem conservados entre as espécies e ocorrerem em arranjos em tandem com centenas a milhares de cópias. Essas características permitiram que esses genes fossem localizados por meio da FISH nos cromossomos metafásicos de um grande número de espécies. Alguns estudos prévios sugeriram que esses sítios teriam localização preferencial no cromossomo. O presente trabalho teve por objetivo analisar a distribuição desses genes nos cromossomos de uma ampla amostra de cariótipos, verificar se existe alguma tendência à distribuição não - casual, e avaliar se determinadas características cromossômicas ou cariotípicas poderiam influenciar esses padrões. Para isso, foi construída uma base de dados a partir da literatura, contendo informações de 1002 cariótipos de 53 famílias de angiospermas e quatro de gimnospermas. Entre as características analisadas estão a posição e o número de sítios de DNAr 5S e 45S, e diversas características do cariótipo, tais como morfologia e tamanho cromossômico. Nos cariótipos de angiospermas o número mais frequente de sítios de DNAr 5S e 45S foi um por complemento haploide, sendo que o número médio foi maior para o DNAr 45S. A análise da posição desses sítios revelou uma frequência de sítios no braço curto maior que a esperada. Além disso, os sítios de DNAr 45S foram observados preferencialmente em regiões cromossômicas terminais. Curiosamente, os sítios de DNAr 45S que ocorreram nos cromossomos acrocêntricos geralmente ocuparam todo o braço curto, sugerindo que seu surgimento poderia estar relacionado ao menos em parte, a rearranjos cromossômicos que geram acrocêntricos. A posição terminal dos sítios de DNAr 45S pode ser vantajosa por evitar rearranjos deletérios causados por recombinação entre sítios de diferentes cromossomos ou relacionada à organização cromossômica em intérfase. Por outro lado, o DNAr 5S ocupa geralmente a posição proximal, especialmente em cariótipos com sítios únicos, e ocorrem tanto na região proximal como na terminal para cariótipos com sítios múltiplos. Essa distribuição é similar à de DNA satélites organizados em tandem que ocorrem preferencialmente na região proximal e subtelomérica. A análise da variação intra-específica entre diplóides revelou que a posição dos sítios de DNAr 5S e 45S varia menos que o número de sítios e uma análise entre diplóides e poliplóides mostrou que há uma tendência à conservação do número de sítios de DNAr 5S e 45S por complemento monoploide. Entretanto, comparando-se cariótipos do mesmo gênero, observa-se nos poliplóides uma tendência a apresentarem um número menor que o esperado de sítios de DNAr 45S com base nos diploides. Essa redução pode estar relacionada ao processo de diploidização comum em poliploides. Por último, embora em muitos gêneros sejam encontradas espécies que apresentam os dois sítios (5S, 45S) no mesmo cromossomo, foi observado que a frequência desse arranjo não difere do esperado. Portanto, o presente trabalho revela que os padrões de distribuição dessas duas sequências repetidas em tandem são diferentes, tendo o DNAr 45S maiores restrições em relação a sua posição e maior facilidade de dispersão

Orientador: Rahoma Sadeg Mohamed. / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-23T11:06:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PessoaFilho_PedrodeAlcantara_M.pdf: 4377525 bytes, checksum: 4d5c88b6b6ce77ea5708ab3190d7a795 (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: Neste trabalho é apresentada uma modificação da equação de Soave, feita de modo a levar em conta o efeito da auto-associação que ocorre por meio de ligações de hidrogênio; tal modificação é feita considerando-se que o composto auto-associativo seja uma mistura de agregados em equilíbrio químico. O critério de equilíbrio de fases foi estabelecido como a igualdade da fugacidade do monômero em todas as fases coexistentes, não requerendo a obtenção de potenciais, ou fugacidades, que já não houvessem sido obtidos na resolução do equilíbrio químico. O modelo foi aplicado a álcoois puros, utilizando-se dados de hidrocarbonetos para aproximar os do homomorfo e obtendo-se as constantes de equilíbrio por meio do ajuste de dados de pressão de saturação. Os resultados obtidos mostraram uma melhora no cálculo da pressão de saturação, especialmente a baixas temperaturas, de 14 alcanóis e do fenol. O tratamento foi posteriormente estendido a misturas binárias que contenham um álcool e um composto inerte, e utilizado no ajuste de dados de pressão de bolha de 46 sistemas binários álcool / hidrocarboneto, totalizando 133 isotermas. A aplicação do modelo mostrou uma melhora em todos os aspectos, diminuindo sensivelmente os desvios no cálculo do ponto de bolha e composição da fase vapor saturada e correlacionando corretamente os azeótropos presentes. O desenvolvimento de um modelo para compostos que se dimerizam foi feito alterando-se minimamente as hipóteses que fundamentavam o desenvolvimento para álcoois. Dados de pressão de saturação foram bem ajustados, obtendo-se valores coerentes para a entalpia de associação, e houve um acréscimo considerável na qualidade da correlação dos 8 sistemas binários estudados (totalizando 19 isotermas) pela incorporação do efeito da associação, embora ainda haja uma clara possibilidade de melhora / Abstract: In this work, a modification of the Soave equation of state that accounts for self association occurring through hydrogen bonding is presented. The modified equation considers the self-associating fluid as a mixture of linear clusters in chemical equilibrium. The phase equilibrium criterion used was the equality of monomer fugacities in all coexisting phases. No other expressions for the chemical potentialor fugacity coefficients of multimers are required in these calculations. Using hydrocarbons as homomorphs, the model was successfully applied to pure alcohols. Equilibrium constants were obtained through fitting vapor pressure data. Results obtained revealed significant improvements in calculated vapor pressures, particularly at low temperatures, of 14 alkanols and phenol. The. model was subsequently extended to mixtures composed of a self-associating compound and inert ones, and used to correlate Pxy envelops of 46 alcoholl hydrocarbon binary systems at 133 temperatures. Bubble point pressures and vapor phase compositions obtained by the model were found in excellent quantitative agreement with experimental data. ExcelIent qualitative and quantitative description of azeotropic systems was also obtained. For systems where only dimerization occurs, a new model was developed and applied to two pure carboxilic acids and binary systems composed of those acids and inert components. The model was able to correlate pure component vapor pressures as welI as bubble points for 8 binary systems at 19 temperatures fairly well. The predictions, however, were not as accurate as those obtained in infmite linear association systems / Mestrado / Engenharia de Processos / Mestre em Engenharia Química