L’ontologie contemporaine, héritière de l’ancienne querelle des universaux et des contestations empiristes de la substance, se débat aujourd’hui dans les controverses sur l’individu et l’universel. Qu’est-ce qu’un individu ? Qu’est-ce qui est individuel, qu’est-ce qui en fait un individu ? Le point de départ méthodique de la philosophie analytique, l’analyse du langage, pose côte à côte les universels, les particuliers, les propriétés, les événements etc. On tâche alors de donner de toutes ces notions un compte-rendu systématique. Mais les difficultés rencontrées suggèrent, plutôt que de partir du langage, d’analyser l’objet de notre expérience commune, le particulier concret, pour se donner de ces réalités qui sont la première donnée de notre connaissance une notion satisfaisante, c’est-à-dire qui rende compte de nos perceptions et souffre la confrontation avec les problématiques contemporaines. C’est l’objet de ce travail. On trouve dans la conjonction des propriétés d’unité et de distinction une caractérisation des individus qui permet de résoudre les paradoxes posés par des théories antiques ou contemporaines telles que les divers monismes (de l’acte ou de la puissance), la question du principe d’individuation, les difficultés liées à la désignation de l’individu, la dissolution de la notion de corps matériel dans la théorie quantique, etc. Ces deux propriétés pouvant être possédées à divers degrés suggèrent de parcourir la hiérarchie des êtres en suivant l’échelle qu’elles constituent, jusqu’à l’individu par excellence d’ici-bas, la personne, dont on saisit au passage qu’elle ne peut se réduire à la simple conscience de soi ou égologie. Mais quelques considérations sur la vie politique montrent que l’individu qu’est la personne humaine ne réalise pas au maximum la raison d’individu : elle est encore trop dépendante. On peut tâcher dès lors de se représenter ce que peut être l’Individu qui se tient au sommet de cette échelle, l’individu souverain, en qui la simplicité et l’indépendance ontologiques atteignent le degré souverain. Ce parcours de l’individuation dans tous ses états permet de vérifier à quel point les concepts antiques de l’aristotélisme – substance, matière et forme, nature – demeurent pertinents / Contemporary ontology follows the old controversies about universals and particular beings. What is an individual ? What is it to be an individual ? In virtue of which principle is an thing an individual ? The methods of analytic philosophy begins with an analysis of language, and tries to give a systematic explanation of concepts like universal, particular, feature, event, and so on.But the encountered difficulties suggest rather to study the object of our common experience, the concrete particular in order to give a satisfactory account of our perceptions that succeeds in confronting contemporary problematics. That is the aim of this work. We may through the features of unity and division characterize what an individual is and resolve the paradoxes laid by ancient and contemporary theories : monism, problem of the principle of individuation, reference to individuals, quantum mechanics, and so on.These two features may be more or less possessed. The person occupies the top of the scale among the objects that we commonly meet. Our analysis shows that the person cannot be the mere self-consciousness. It must be a substance endowed with reason. Nevertheless it doesn’t fit the perfect realization of the concept of individual. There is place for another being which completely fulfills thesovereign independence that the features of simplicity and division means.This journey through the various states of individuals give by the way a proof of the relevance of aristotelian concepts like substance, matter, form, nature, even in contemporary ontology

Des états électroniques localisés apparaissent dans les liens faibles entre électrodes supraconductrices : les états d’Andreev. Les expériences présentées dans cette thèse explorent les propriétés de cohérence quantique de ces états, en utilisant comme liens faibles des contacts à un atome entre des électrodes d’aluminium. Les contacts atomiques sont intégrés dans une cavité microonde qui permet à la fois de les isoler et de les sonder.Dans une première série d’expériences, il est montré qu’on peut utiliser les états d’Andreev pour définir un bit quantique, le « qubit d’Andreev », qu’on contrôle à l’aide d’impulsions micro-onde.Les mesures des temps de vie de cohérence de ce qubit sont analysées en détail.Dans une deuxième série d’expérience,l’interaction entre le qubit d’Andreev et le résonateur micro-onde est utilisée pour quantifier le nombre de photons présents dans le résonateur en fonction de la puissance d’impulsions microonde à sa fréquence propre.Enfin, des sauts quantiques et des sauts de parités ont observés dans des mesures continues de l’état du qubit d’Andreev. / Localized electronic states, called Andreev bound states, appear in weak-links placed between superconducting electrodes. The experiments presented in this thesis explore the coherence properties of these states. Single atom contacts between aluminum electrodes are used as weak links. In order to isolate and probe these states, the atomic contacts are integrated in amicrowave cavity.In a first series of experiments, it is shown that Andreev states can be used to define a quantumbit, “the Andreev qubit”, which is controlled using microwave pulses.Measurements of the lifetime and coherence time of this qubit are thoroughly analyzed.In a second series of experiments, the interaction between the Andreev qubit and the microwave cavity are used to determine the number of photons present in the cavity as a function of the power of microwave pulses at its eigenfrequency.Finally, quantum and parity jumps are observed in continuous measurements of the state of the Andreev dot.

La déamidation est la modification post-traductionnelle de l'asparagine (Asn) et de la glutamine (Glu). Elle est communèment observée dans les peptides et les protéines. Il a été démontré que la déamidation limite la durée de vie de ces macromolécules. Dans ce travail, la déamidation de l'asparagine dans des petits peptides et dans l'enzyme triosephosphate isomérase a été modélisée. La déamidation dans la triosephosphate isomérase de mammifères a été observée sur deux sites distincts: Asn15 et Asn71. Asn71 a une vitesse de déamidation plus élevée que Asn15 et moins grande que pour un petit peptide. Il a été suggéré que la déamidation de Asn15 se produit sous l'influence de la déamidation de Asn71. Pour expliquer ces résultats expérimentaux, des simulations de dynamiques moléculaires classiques à l'échelle de la microseconde et des calculs d'énergie libre, de type umbrella sampling, à l'aide de méthodes combinées mécanique quantique/mécanique moléculaire ont été réalisés. Nous montrons que la déamidation séquentielle dans la triosephosphate isomérase est due à la fois à des effets locaux et globaux. Ces résultats apporte une nouvelle perspective sur l'impact de l'ordre structurel sur la vitesse de déamidation Nous avons également déterminé la voie la plus plausible de cette reaction ainsi que l'influence de la variation du pKa, dans la chaîne principale, de la partie amide du résidu adjacent de l'asparagine sur la vitesse de déamidation. En regard de l'importance des variations de pKa dans l'environnement protéique, nous avons élaboré un protocole informatique permettant d'évaluer de manière rapide et précise des pKa . Ce protocole a été appliqué à des petites molécules organiques et nous avons montré qu'il était également applicable à des études relatives à la prédiction de pKa dans les protéines / Deamidation is the posttranslational modification of asparagine (Asn) and glutamine (Glu) residues, which is observed in several proteins and peptides. It has been shown that deamidation limits the lifetime of these macromolecules. In this work, deamidation of asparagine in small peptides and in the enzyme triosephosphate isomerase has been modeled. Deamidation in mammalian triosephosphate isomerase has been observed at two distinct deamidation sites: Asn15 and Asn71. Asn71 deamidates faster than Asn15 and slower than a small peptide. It has been suggested that, deamidation at Asn15 occurs with the influence of deamidated Asn71. In order to explain these experimental findings, microsecond long classical molecular dynamics simulations and free energy calculations using quantum mechanics/molecular mechanics tools combined with umbrella sampling technique have been performed. The sequential deamidation in triosephosphate isomerase has been shown to be related with both global and local effects. These results bring a new perspective to the impact of the high-order structure on deamidation rate. The most plausible route of this reaction was also determined. The pKa shift of backbone amide of the residue adjacent to asparagine has been found to be one of the most crucial factor determining the rate of deamidation. Considering the importance of pKa shifts in protein environment, a computational protocol was suggested in order to obtain accurate and fast pKa predictions. This protocol was applied to small organic molecules, and it has been shown to be applicable to studies concerning aminoacid pKa predictions

Résumé: Ce travail se veut une analyse conceptuelle de certains développements récents dans les fondements mathématiques de la Mécanique Classique et de la Mécanique Quantique qui ont permis de formuler ces deux théories dans un même langage. Du point de vue algébrique, l’ensemble des observables d’un système physique, soit-il classique ou quantique, est décrit par une algèbre de Jordan-Lie. Du point de vue géométrique, l’espace des états de tout système est décrit par un espace uniforme de Poisson avec transition de probabilité. Ces deux structures mathématiques sont ici interprétées comme une manifestation du double rôle constitutif des propriétés en physique : elles sont à la fois des quantités et des transformations. Il s’agit alors de comprendre l’articulation précise entre ces deux rôles. Au cours de l’analyse, il apparaîtra que la Mécanique Quantique peut être vue comme se distinguant de la Mécanique Classique par une condition de compatibilité entres les quantités et les transformations.D’autre part, cette thèse met en évidence l’existence d’une tension fondamentale entre une certaine façon abstraite de concevoir les structures mathématiques, présente dans la pratique de la physique mathématique, et la nécessité de spécifier des états ou des observables particulières. Il devient alors important de comprendre comment, dans le formalisme, se construit un schéma d’indexation. La “poursuite de l’individuation” est l’analyse de différentes techniques mathématiques vues comme tentatives de résolution ce problème. En particulier,nous discuterons comment la théorie des groupes permet d’y apporter une solution partielle. / This work is a conceptual analysis of certain recent developments in the mathematical foundations of Classical and Quantum Mechanics which have allowed to formulate both theories in a common language. From the algebraic point of view, the set of observables of a physical system, be it classical or quantum, is described by a Jordan-Lie algebra. From the geometric point of view, the space of states of any system is described by a uniform Poisson space with transition probability. Both these structures are here perceived as formal translations of the fundamental two fold role of properties in Mechanics: they are at the same time quantities and transformations. The question becomes then to understand the precise articulation between these two roles. The analysis will show that Quantum Mechanics canbe thought as distinguishing itself from Classical Mechanics by a compatibility condition between properties-as-quantities and properties-as-transformations. Moreover, this dissertation shows the existence of a tension between a certain ‘abstractway’ of conceiving mathematical structures, used in the practice of mathematical physics, and the necessary capacity to specify particular states or observables. It then becomes important to understand how, within the formalism, one can construct a labelling scheme. The “Chasefor Individuation” is the analysis of diferent mathematical techniques which attempt to overcome this tension. In particular, we discuss how group theory furnishes a partial solution

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Cette thèse rassemble trois travaux sur la complexité d'information et sur la complexité en requête quantique. Ces domaines d'études ont pour points communs les outils mathématiques pour étudier ces complexités, c'est-à-dire les problèmes d'optimisation.Les deux premiers travaux concernent le domaine de la complexité en requête quantique, en généralisant l'important résultat suivant: dans l'article cite{LMRSS11}, leurs auteurs parviennent à caractériser la complexité en requête quantique, à l'aide de la méthode par adversaire, un programme semi-définie positif introduit par A. Ambainis dans cite{Ambainis2000}. Cependant, cette caractérisation est restreinte aux modèles à temps discret, avec une erreur bornée. Ainsi, le premier travail consiste à généraliser leur résultat aux modèles à temps continu, tandis que le second travail est une démarche, non aboutie, pour caractériser la complexité en requête quantique dans le cas exact et pour erreur non bornée.Dans ce premier travail, pour caractériser la complexité en requête quantique aux modèles à temps discret, nous adaptons la démonstration des modèles à temps discret, en construisant un algorithme en requête adiabatique universel. Le principe de cet algorithme repose sur le théorème adiabatique cite{Born1928}, ainsi qu'une solution optimale du dual de la méthode par adversaire. À noter que l'analyse du temps d'exécution de notre algorithme adiabatique est basée sur preuve qui ne nécessite pas d'écart dans le spectre de l'Hamiltonien.Dans le second travail, on souhaite caractériser la complexité en requête quantique pour une erreur non bornée ou nulle. Pour cela on reprend et améliore la méthode par adversaire, avec une approche de la mécanique lagrangienne, dans laquelle on construit un Lagrangien indiquant le nombre de requêtes nécessaires pour se déplacer dans l'espace des phases, ainsi on peut définir l'``action en requête''. Or ce lagrangien s'exprime sous la forme d'un programme semi-defini, son étude classique via les équations d'Euler-Lagrange nécessite l'utilisation du théorème de l'enveloppe, un puissant outils d'économathématiques. Le dernier travail, plus éloigné, concerne la complexité en information (et par extension la complexité en communication) pour simuler des corrélations non-locales. Ou plus précisement la quantitié d'information (selon Shannon) que doive s'échanger deux parties pour obtenir ses corrélations. Dans ce but, nous définissons une nouvelle complexité, denommée la zero information complexity IC_0, via le modèle sans communication. Cette complexité a l'avantage de s'exprimer sous la forme d'une optimization convexe. Pour les corrélations CHSH, on résout le problème d'optimisation pour le cas à une seule direction où nous retrouvons un résultat connu. Pour le scénario à deux directions, on met numériquement en évidence la validité de cette borne, et on résout une forme relaxée de IC_0 qui est un nouveau résultat. / Doctorat en Sciences de l'ingénieur et technologie / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les "équations de Schrödinger stochastiques" sont des équations différentielles stochastiques de type non classique qui apparaissent dans le domaine de la mesure en mécanique quantique. Leurs solutions sont appelées "trajectoires quantiques" et décrivent l'évolution de petits systèmes quantiques ouverts soumis à une mesure continue de type indirecte (on mesure l'environnement qui interagit avec le petit système).<br /><br />Habituellement, les justifications mathématiques et physiques de ces modèles sont loin d'être intuitives et évidentes. Soit elles manquent de rigueur car basées sur des arguments heuristiques, soit elles uilisent des outils mathématiques lourds et très abstraits (Filtrage quantique, espérance conditionnelle dans les algèbres de Von Neumann...).<br /><br />Dans cette thèse, on met en place un modèle discret de mesure en mécanique quantique. Ce modèle est basé sur celui des "interactions quantiques répétées" développé par Stéphane ATTAL et Yan PAUTRAT. Le cadre est le suivant. On considère un petit système en contact avec une chaine infinie de petits systèmes (tous notés H) identiques et indépedants entre eux. Chaque copie H interagit avec le petit système pendant un temps h. Après chaque interaction, on effectue une mesure sur H. Cette série de mesures entraine une série de modifications aléatoires de l'état du petit système. Cette série de modifications est alors décrite à l'aide d'une chaine de Markov dépendante du paramètre h. On montre alors que l'on peut obtenir les trajectoires quantiques, solutions des équations de Schrödinger stochastiques, comme limite continue (h tend vers 0) à partir de ces chaines de Markov. Ce résultat de convergence nécessite, au préalable, une étude complète des problèmes d'existence et d'uncité des solutions.<br /><br />Grâce à ce résultat de convergence, à partir d'un modèle physique discret, on justifie de façon rigoureuse et intuive l'utilisation des équations de Schrödinger stochastiques. On étend ensuite ces résultats dans le cas de modèles en dimension finie quelconque et on introduit la notion de controle.

Cette thèse est consacrée à l'étude de trois modèles non linéaires issus de la mécanique quantique. Dans la première partie, nous démontrons l'existence d'un minimum et d'états excités approchés pour les modèles multi-configurations décrivant la structure électronique des molécules. Ces points critiques peuvent être calculés grâce à un nouvel algorithme. Des résultats numériques sont présentés pour le premier état excité de systèmes à deux électrons. Dans la seconde partie, nous étudions un lemme du col modélisant des réactions chimiques avec le modèle de Schrödinger indépendant du temps. Nous prouvons l'existence d'un point selle, sous l'hypothèse que les molécules à l'infini sont chargées ou polarisées. La dernière partie est consacrée à l'étude de la polarisation du vide grâce au modèle Bogoliubov-Dirac-Fock, une théorie relativiste de champ moyen issue de l'électrodynamique quantique. Nous montrons que l'énergie étudiée possède un minimum qui est le vide polarisé.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal