Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-13T14:39:22Z No. of bitstreams: 1 Hozane Leite Dantas.pdf: 728024 bytes, checksum: e578bad7a4f79d4fe9d1abd9c3ccc3d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T14:39:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hozane Leite Dantas.pdf: 728024 bytes, checksum: e578bad7a4f79d4fe9d1abd9c3ccc3d9 (MD5) Previous issue date: 2010-02-09 / The São Francisco River is 2700 km long, draining areas of the States of Minas Gerais, Goias, Bahia, Pernambuco, Alagoas, and Sergipe, as well as part of the Federal District. Before the construction of Paulo Afonso Hydroeletric Power Plant, waterfalls of Paulo Afonso (north-eastern Brazil) and its respective lakes already constituted a natural obstacle to fish migration. Nowadays, the construction of hydroelectric dams between medium and submedium São Francisco River associated flooding along rivers, pollution and the introduction of exotic species can alter ecosystems and pose serious threats to native aquatic species, especially those that perform migration for reproduction. One of the most threatened fish migratory species is the Pseudoplatystoma corruscans, a catfish species, locally named surubim. The surubim is the first predator of São Francisco River and it is considered the most appreciated freshwater fish on the north-eastern Brazil. The conservation of freshwater fish species has traditionally been done thought restocking programs. Genetic variability is essential to maintain the capability of restocked fish to adapt to a changing environment. Therefore, if long term persistence of species is the goal that conservation biology is intending to achieve, genetic variability is of the utmost importance to preserve. One approach that have been successfully used in uncovering cryptic population structure in freshwater is microsatellite markers. Samples from three populations were analyzed for six different microsatellite markers. PCR products were separated by agarose gel electrophoresis and stained with silver nitrate. The results showed a wide diversity of alleles for all populations, where a total of 47 alleles were found. The expected heterozygosities showed an average of 0.7498 for the population of Remanso, 0.7142 for the population of Três Marias and 0.7372 for the population of Bom Jesus da Lapa. The average observed heterozygosity were 0.7170, 0.6643 and 0.7132 for the populations of Remanso, Três Marias and Bom Jesus da Lapa respectively. All populations showed loci in deviation from Hardy-Weinberg, but locus Pcor2 was the only one who showed deviation in all populations. The average values of FIS was 0.0348 in Remanso, 0.0583 in Três Marias and 0.0160 in Bom Jesus da Lapa. The fixation index FST obtained was 0.0246, indicating a small degree of differentiation between the populations studied. The universe of alleles shared among populations associated with the low value of FST indicates that this is a panmitic population. These results indicated that breeders can be São Francisco River basin, saving time in restocking programs in terms of growing fish. Hence, this study can now be used as a parameter for the construction of the founder stock to be used in restocking programs or in evaluating the genetic structure of existing stocks founders, as well as monitoring offspring from these programs. / O rio São Francisco apresenta 2700 km de extensão, percorre cinco estados brasileiros e é conhecido como “rio da integração nacional”. Construção de hidrelétricas associadas a outros fatores comprometem os peixes nesse ambiente, principalmente aqueles que efetuam piracema. Dentre esses se destaca o Pseudoplatystoma corruscans, conhecido como surubim ou pintado em algumas regiões, que vêm sofrendo com as problemáticas existentes nesta bacia comprometendo seriamente seus estoques naturais, especialmente na região do Submédio São Francisco. Diante disto se faz necessário investimentos em programas de propagação artificial para a recuperação deste recurso que mantenham a diversidade genética local. O presente trabalho objetivou avaliar a estrutura genética de populações selvagens de surubim do rio São Francisco, através da utilização de marcadores moleculares de microssatélite. Amostras de três populações foram analisadas para seis diferentes marcadores de microssatélite. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida e corados com nitrato de prata. Os resultados mostraram uma ampla diversidade de alelos para todas as populações sendo encontrados 47 alelos no total. As heterozigosidades esperadas apresentaram média de 0,7498 para a população de Remanso, 0,7142 para a população de Três Marias e 0,7372 para a população de Bom Jesus da Lapa. As médias da heterozigosidade observada foram 0,7170, 0,6643 e 0,7132 para as populações de Remanso, Três Marias e Bom Jesus da Lapa respectivamente. Todas as populações apresentaram loci em desvio do Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Os valores médios de FIS encontrados foram 0,0348 para Remanso, 0,0583 para Três Marias e 0,0160 para Bom Jesus da Lapa. O índice de fixação FST obtido foi de 0,0246, indicando um pequeno grau de diferenciação entre as populações estudadas. O universo de alelos compartilhados entre as populações estudadas associados ao baixo valor do FST indicam que se trata de uma população panmítica. Com esse resultado, reprodutores poderiam ser capturados ao longo de toda a extensão do São Francisco reduzindo o tempo de manejo em programas de repovoamento. Este trabalho caracterizou as populações selvagens quanto a sua variabilidade genética, podendo agora ser utilizado como paramêtro para a construção do estoque fundador que será utilizado em programas de repovoamento ou na validação de estoques fundadores já existentes, bem como no monitoramento das progênies desses advindos desses programas.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-02-16T16:50:10Z No. of bitstreams: 1 Miguel Arcanjo dos Santos Neto.pdf: 268842 bytes, checksum: ffc97fe7f597d810577265479d03c8e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T16:50:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Miguel Arcanjo dos Santos Neto.pdf: 268842 bytes, checksum: ffc97fe7f597d810577265479d03c8e2 (MD5) Previous issue date: 2008-07-29 / The surubim, Pseudoplatystoma corruscans, is one of the most important native fish species in South American hydrographic basins, especially in São Francisco River, where it is considered a top chain predator. Different aspects have contributed to the decline of this species populations, especially at the submedium São Francisco, thus raising the necessity of a restocking program to recover the resource. A basic principle in such programs is that a large number of unrelated wild fish should ideally be used as founders, when possible or, alternatively, a small number of unrelated wild fish with few genetic relatedness could be used. Therefore, the genetic structure of the founder stock constitutes an essencial information to the success of such programs. This project aimed to evaluate the genetic structure of the founder stock of the restocking program of surubim maintained by Chesf in Paulo Afonso city, through the use of microsatellite molecular markers. DNA of 80 breeders were genotyped for 5 different microsatellite markers. PCR products were separated by polyacrylamide gel electrophoresis stained with silver nitrate. Statistical analysis were carried out using GENEPOP software, in which parameters such as number of alleles (A), observed (Ho) and expected heterozygosities (He), Hardy-Weinberg deviation, linkage disequilibrium and inbreeding coefficient (FIS) were calculated. GenAlEx 6.1 was used to calculate the number of effective alleles and relatedness coefficient (rxy). Results showed that the number of alleles ranged between from 6 to 18 and the number of effective alleles, from 3.28 to 9.25. Average observed and expected heterozygosities were 0.63 and 0.84, respectively. All loci, except Pcor5, showed deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (P<0,001). Average inbreeding coefficient (FIS) for the 5 loci was 0.24. The analysis of linkage disequilibrium, when corrected by Bonferroni, were significant for loci Pcor21 and Pcor10 (P<0.05). The average relatedness coefficient (rxy) was -0.008 for a total number of 2926 possible pairwise combinations. A great genetic diversity, expressed in number of alleles and in a low value of average relatedness, was obtained despite a deficit of heterozygotes was observed in this stock. Such deficit seems to reflect the strategy adopted in the composition of this stock, in which individuals caught at the medium and lower São Francisco River, separated by two dams, were mixed together. It is feasible to conclude that this founder stock retained genetic diversity comparable to those found in the wild stocks and could be used in a restocking program. / Pseudoplatystoma corruscans (surubim) é um peixe encontrado nas principais bacias hidrográficas sul-americanas, sendo considerado o primeiro predador da bacia do Rio São Francisco. Diversos fatores vêm comprometendo seriamente as populações de surubim no São Francisco, especialmente no submédio, despertando a necessidade de se investir em programas de propagação artificial que recuperem este recurso. Uma premissa básica de tais programas é utilizar um grande número de indivíduos selvagens como estoque fundador, quando possível, ou alternativamente, um número menor de indivíduos selvagens, mas com pouca relação genética de parentesco. A estrutura genética do plantel de fundadores constitui, portanto, uma informação essencial para o sucesso de um programa de repovoamento. O presente trabalho objetivou avaliar a estrutura genética do plantel de fundadores do programa de repovoamento do surubim, a ser desenvolvido pela Chesf em Paulo Afonso, através da utilização de marcadores moleculares de microssatélite. DNA de 80 reprodutores foram analisados para 5 diferentes marcadores de microssatélite. Os produtos de PCR foram separados por eletroforese em gel de poliacrilamida corados com nitrato de prata. As análises estatísticas foram realizadas utilizando-se o programa computacional GENEPOP, onde parâmetros como número de alelos (A), heterozigosidades observada (Ho) e esperada (He), desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg, desequilíbrio de ligação e coeficiente de consangüinidade (FIS) foram calculados. O programa GenAlEx 6.1 foi utilizado para calcular o número de alelos efetivos e o estimador de relação genética (rxy). Os resultados mostraram que o número de alelos variou de 6 a 18 e o de alelos efetivos (Ae), de 3,28 a 9,25. As heterozigosidades médias observadas e esperadas encontradas foram de 0,63 e 0,84, respectivamente. Todos os loci, a exceção do Pcor5, mostraram desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<0,001). O coeficiente de consangüinidade (FIS) médio calculado para os 5 loci foi de 0,24. As análises de desequilíbrio de ligação, quando corrigidas pelo método de Bonferroni, mostraram-se significativas apenas para os loci Pcor21 e Pcor10 (P<0,05). O valor médio do coeficiente de relação genética (rxy) foi de -0,008 para um total de 2926 combinações de possíveis casais. Uma grande diversidade alélica caracterizou o estoque fundador e, muito embora um déficit de heterozigotos tenha sido registrado, uma baixa relação de parentesco foi encontrada para o plantel em questão. Tal déficit parece refletir a estratégia de composição deste plantel em que indivíduos, oriundos do médio e do baixo São Francisco, separados por duas barragens, foram unidos. É possível concluir que o plantel fundador manteve uma diversidade alélica comparável àquela encontrada em estoques selvagens e poderá ser usado em um programa de repovoamento.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T16:01:30Z No. of bitstreams: 1 Roberto de Albuquerque Melo.pdf: 4133229 bytes, checksum: 12298bb37ac0b402ede66a8d0330cb4b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T16:01:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roberto de Albuquerque Melo.pdf: 4133229 bytes, checksum: 12298bb37ac0b402ede66a8d0330cb4b (MD5) Previous issue date: 2007-08-17 / A large number of producers are involved in the cultivation of coriander(Coriandrum sativum L.) throughout the year in Brazil, making it a crop of social and economic importance. In order to preserve traditional varieties, it is necessary to harvest and conserve them as well as characterize them both morphologically as well as molecularly so that information may be obtained regarding diversity.Throughout nearly the entire Northeast Region, the Verdão variety is used. Genetic variability studies on coriander are important for the proper planning of genetic improvement programs. The aim of the present study for objectives to characterize morphological and molecular genotypes of coriander, to study the genetic similarity between them and to quantify the genetic variability of variety Verdão,through the evaluation of offspring from half-siblings, for agronomic characters. The following 10 varieties of coriander were used: Americano, Asteca, HTV-9299, Palmeira,Português, Santo, Supéria, Tabocas, Tapacurá and Verdão; as well as 55 offspring from half-siblings of the Verdão variety. Differences between varieties were identified through morphological characteristics. Genetic similarity between varieties was estimated based on both morphological characteristics and ISSR molecular markers. Two dendrograms were generated from the data, with the formation of two distinct clusters in each dendrogram. The ratio between the genetic variation and environmental coefficients (CVg/CVe) regarding the number of bolted plants was 0.27, indicating that selection for bolting presents more favorable conditions in terms of immediate genetic gains. / Um grande número de produtores está envolvido com o cultivo do coentro (Coriandrum sativum L.) durante todo o ano, tornando-a uma cultura de importância social e econômica. Para conservar as cultivares tradicionais é necessário não só efetuar o seu recolhimento e conservação, mas também caracterizá-las morfologicamente e molecularmente para que se obtenha informações sobre a diversidade existente. Praticamente, em toda a região Nordeste utiliza-se a cultivar Verdão. Estudos da variabilidade genética do coentro são importantes, tendo em vista o melhor planejamento de programas de melhoramento genético. Este trabalho tem por objetivos caracterizar morfologicamente e molecularmente genótipos de coentro, estudar a similaridade genética entre eles e quantificar a variabilidade genética da cultivar Verdão, através da avaliação de progênies de meios irmãos, para caracteres agronômicos. Foram utilizados neste estudo, dez cultivares de coentro, dentre eles, Americano,Asteca, HTV-9299, Palmeira, Português, Santo, Supéria, Tabocas,Tapacurá e Verdão e 55 progênies de meios irmãos de coentro cv. Verdão. Baseados nos caracteres morfológicos foram identificados diferenças entre as cultivares. A similaridade genética entre as cultivares foi estimada com base nos caracteres morfológicos e marcadores moleculares de ISSR. Através dos dados moleculares e morfológicos foram gerados dois dendrogramas, onde houve a formação de dois agrupamentos para cada um. Para a razão entre os coeficientes de variação genético e ambiental (CVg/CVe) para número de plantas pendoadas foi de 2,07, indicando que a seleção para pendoamento apresenta as condições mais favoráveis em termos de ganhos genéticos imediatos.

A análise filogenética e reconstrução dos caracteres químicos em espécies de Piper indicou clados especializados na produção de ácidos benzoicos/cromenos, amidas e lignóides. Os perfis químicos das espécies foram determinados pela análise dos extratos brutos por RMN de 1H combinados com análise de componente principal (PCA). Destacou-se a ocorrência de lignanas dibenzilbutirolactônicas e furofurânicas no clado Macrostachys, enquanto que para Schilleria foi observado o acúmulo preferencial de fenilpropanóides, lignanas tetraidrofurânicas e benzofurânicas. Espécies de localidades distintas classificadas como Piper solmsianum apresentaram diferentes perfis químicos e características morfológicas. A análise da variabilidade química e genética por PCA e microssatélites, respectivamente, indicou a segregação das populações de acordo com o local de coleta e apontou o potencial para o uso conjunto das técnicas para distinguir os espécimens de P. solmsianum. As sequências dos genes acetiltransferase, propenilfenol sintase e proteína dirigente forneceram as primeiras informações sobre os genes envolvidos na biossíntese de lignanas/fenilpropanoides em P. solmsianum. / The phylogenetic analysis and reconstruction of chemical characters in Piper species distinguished clades specialized in the production of benzoic acids/chromenes, amides and lignoids. The chemical profiles of these species were determined by analysis of crude extracts by 1H NMR combined with principal component analysis (PCA). It is remarkable that lignans of dibenzylbutyrolactone and furofurans type occur in Macrostachys while Schilleria contains dimers of propenylphenols such as tetrahydrofurans lignans and benzofuran neolignans. Piper solmsianum specimens collected from distinct sites showed differences in their morphology and chemical profiles. The assessment of chemical and genetic variability by PCA and microsatellites, respectively, indicated the segregation of populations according to the sampling site and pointed out to the potential use for the combined approaches to distinguish P. solmsianum specimens. The sequences of the genes acetyltransferase, propenylphenol synthase and dirigent protein provided the first information about the genes involved in the biosynthesis of lignans/phenylpropanoids in P. solmsianum.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6527.pdf: 2310287 bytes, checksum: 6b506abf65a5fa7b4ec9bb3b44d34a22 (MD5) Previous issue date: 2014-08-14 / Financiadora de Estudos e Projetos / Species kept in captivity are of great importance for in situ conservation of natural populations. In order to fulfill this role, they need to be properly managed with the aim to avoid the consequences of a captive environment, such as: loss of genetic diversity, inbreeding depression, accumulation of deleterious alleles and genetic adaptation to captivity (the first three due to the small number of breeding stock). Thus, with the aim to test founder effects in captive &#8213;populations&#8214;, we used as study model the spectacled bears from Brazilian zoos. This &#8213;population&#8214; consists of twenty-one bears found in eight zoos along the country, which are originated from just twelve founding individuals. To test a possible founder effect, we analyzed twelve heterologous microsatellite loci for all the specimens of the species in Brazil. Results for the number of alleles and allelic richness obtained through the rarefaction method showed that spectacled bears in captivity have reduced levels of allelic richness in relation to three natural populations (Colombia, Ecuador and Venezuela) studied by other authors; suggesting that bears from Brazilian zoos suffered the consequences of a founding effect, as they have only a fraction of the gene pool of the ancestral population. From the information present in the studbook was possible to verify that there are two families of spectacled bears, and according to the individuals´s multilocus genotypes, we found alleles that are present in a same family and absent in the other. Regarding the kinship, there was a discrepancy in the results with the molecular estimators through the softwares ML-Relate and Coancestry and the information given by the institutions. The information obtained in this work are fundamental to the ex situ conservation program in Brazil with the objective of maintain as high as possible the genetic diversity for future reintroduction plans of the species in nature. / Espécies mantidas em cativeiro são de grande importância na conservação in situ de populações naturais. A fim de que possam desempenhar este papel é necessário que sejam devidamente manejadas, para que as consequências que o cativeiro traz sejam evitadas, como por exemplo: perda de diversidade genética, depressão endogâmica, acúmulo de alelos deletérios e adaptação genética ao cativeiro (as três primeiras devido ao pequeno número de espécimes dos plantéis). No Brasil, uma espécie de mamífero que vem sendo criada em cativeiro desde 1970 e que passou por um efeito fundador, é o urso de óculos (Tremarctos ornatus). O plantel existente hoje totaliza o número de vinte e um ursos, encontrados em oito zoológicos do país, o qual se originou de apenas doze indivíduos fundadores. Para avaliar as consequências de um conhecido efeito fundador, analisamos doze locos heterólogos de microssatélites para todos os exemplares da espécie nos zoos do país, através de amostragem não-invasiva. Resultados referentes ao número de alelos e à riqueza alélica obtida por meio do método de rarefação mostraram que os ursos de óculos de cativeiro possuem valores reduzidos de riqueza alélica em relação a três populações naturais (Colômbia, Equador e Venezuela) estudadas por outros autores; sugerindo que os ursos dos zoológicos brasileiros sofreram as consequências de um efeito fundador, pois possuem apenas uma fração do pool gênico da população ancestral. A partir das informações presentes no studbook foi possível verificar que existem duas famílias de ursos de óculos, e de acordo com os genótipos multilocos dos indivíduos, encontramos alelos que estão presentes em uma mesma família e ausentes na outra. Em relação ao parentesco, houve uma discrepância nos resultados encontrados com os estimadores moleculares através dos softwares ML-Relate e Coancestry e o histórico cedido pelas instituições. As informações obtidas em nosso trabalho, portanto, são fundamentais para que os ursos encontrados nos zoológicos do Brasil possam participar na formação de casais em futuros programas de reprodução ex situ com o propósito de serem utilizados em planos de reintrodução da espécie na natureza.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-18Bitstream added on 2014-06-13T20:00:49Z : No. of bitstreams: 1 benites_c_dr_jabo.pdf: 848323 bytes, checksum: ca29ce04035d67ac212ab4464b01781b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O gênero Pseudoplatystoma pode ser encontrado nas principais bacias hidrográficas da América do Sul e é formado por algumas das espécies de maior porte da família Pimelodidae. O pintado, Pseuplatystoma corruscans, tem função ecológica muito importante em seu habitat, agindo como predador voraz. É espécie muito apreciada na pesca esportiva e atinge alto valor comercial, pela qualidade de sua carne, o que leva ao desenvolvimento de grandes esforços na elaboração de programas de reprodução em cultivo intensivo em escala industrial. Considerando que os microssatélites constituem um dos marcadores moleculares mais importantes e apropriados para o estudo de populações e visando a avaliação e preservação da variabilidade genética da espécie, o presente trabalho teve como objetivos testar esses marcadores moleculares e avaliar a estrutura e os níveis de diversidade genética das populações naturais do pintado. Foram coletadas nove populações de pintado pertencentes a rios tributários da Bacia do Paraguai, no Pantanal Mato-grossense e mais três populações da Bacia do Alto paraná. As amostras tiveram seu DNA total extraído usando a resina Chelex@. Sete primers microssatélites desenvolvidos para a espécie foram testados e utilizados nas análises. Os locos foram amplificados por PCR e submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida a 6%. Posteriormente foram corados com nitrato de prata e fotodocumentados. O tamanho dos fragmentos foi estimado por comparação com o marcador Ladder de 10 bp (Invitrogen) por meio do programa computacional Kodak Digital Science lD. As análises populacionais foram realizadas através dos programas PopGen 1.32, Arlequin 3.11, GeneClass2.0 e Structure 2.2. Os locos microssatélites mostraram-se... / The genus Pseudoplatystoma can be found in ali major river basins of South America and is composed by some of the largest species of fish of the Pimelodidae. family The pintado, P. corruscans, has a very important ecological role in their habitat acting mainly as a voracious predator. This species is highly appreciated in sport fishing reaching high commercial value due the quality of their meat, which leads to the development of huge efforts in the preparation and development of breeding programs for enhancing juvenile production to meet the demand of the industrial scale. Whereas the microsatellites are one of the most usefull molecular markers for populations studies in order to evaluate and conserve the genetic variability of the species, this work aimed to use these molecular markers in evaluating the structure and levels of genetic diversity of natural populations of the pintado. Nine sample belonging to tributaries of the Paraguay River Basin in the Pantanal Region Mato Grosso and three from Parana River Basin were coleted. Total DNA was extracted using the resin Chelex @. Seven microsatellites primers developed for the species were used in the analyses. The loci were amplified by PCR and submitted to the 6% polyacrylamide gel electrophoresis. Subsequently the gels were stained with silver nitrate and fotodocumented. The size of the fragments were estimated by comparison with the label Ladder of 10 bp (Invitrogen) by the computer program Kodak Digital Science 1D. The analyses were performed with softwares PopGen 1.32, Arlequin 3.11, GeneClass2.0 and Structure 2.2. The microsatellites locis have proved highly polymorphics with the identification of 119 allels (average of 17 per site). The observed heterozygosity (HO) ranged from 0.0370 to 0.9231. The populations showed significant deviation from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) for most of the loci, ...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4055.pdf: 2221514 bytes, checksum: 7deb1678d13ce68f90502cabfae9d5ca (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / Bees are obligatory floral visitors and are considered the main pollinators of angiosperms. The increasing interest in the services of bees has led to efforts to develop management strategies for conservation purposes. The sustainable use of pollinators requires knowledge on the regional diversity of floral visitors obtained from the identification of the agents responsible for the effective pollination of crops. Furthermore, understanding the reproductive biology and population structure of these species as well as the factors that enable the colonization of certain areas by a species of bee are necessary requirements to designing management and conservation strategies. To test the hypothesis that a certain area may be colonized by a small number of maternal lineages of female founders of a species of stingless bee, samples from 73 nests of Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) located on the Brazilian campuses of the Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), Universidade de São Paulo in São Paulo (USP-SP, n = 14) and Universidade de São Paulo in Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) were analyzed for two mitochondrial genes cytochrome b (cyt b) and cytochrome oxidase I (COI) in order to determine the number of different haplotypes. A fragment of the cytochrome b (485 bp) and cytochrome oxidase (611 bp) genes was sequenced for all nests sampled. The analysis of nucleotide sequences identified only one cyt b haplotype in samples from UFSCar and a second haplotype, distinct from the former by a base substitution, in samples from USP-SP, while samples from USP-RP exhibited three distinct haplotypes, one of which was shared by the samples from UFSCar. Among the nucleotide substitutions, some resulted in amino acid changes in the product of the cyt b gene. A similar result was observed with the COI gene. Fst values estimated for the mitochondrial DNA from the cyt b and COI genes were 31.8% and 36.1%, respectively. The estimated rate of nucleotide substitution for cyt b was higher than that found for COI. Thus, the former gene was found to be less conserved than the latter in stingless bees. The larger number of haplotypes observed in the samples from USP-RP may be due to the introduction of colonies from other regions of the country. To determine the occurrence of population structure for nuclear genes, the samples were also examined for several microsatellite loci. Among the 18 heterologous microsatellites loci tested, only four Mbi215, Mbi278, Mbi232 and Mbi254 exhibited genetic variation. The prospection of species-specific microsatellite loci for Partamona helleri using the enrichment method for the construction of DNA libraries allowed characterizing seven new loci. Samples from 73 nests (two workers per colony) were analyzed for eleven microsatellite loci. The populations exhibited significant differentiation (Fst = 0.129, P = 0.000). Fst values estimated for mitochondrial genes and nuclear genes (microsatellites) were compared to establish whether there is evidence for differential male and female dispersal ability in this species. No evidence was found of sex-asymmetrical dispersal (colonizing females are colonizers; males are dispersers). Analysis of phenotypic segregation in the progenies of several nests revealed the occurrence of monandry in the species studied and, consequently, a simple sociogenetic structure monogyny/monandry. The presence of 'foreign' workers was rarely observed in the nests analyzed. / As abelhas, por serem visitantes florais obrigatórios, são consideradas os principais agentes polinizadores das angiospermas. O crescente interesse pelos serviços das abelhas tem gerado esforços para o desenvolvimento de estratégias de manejo para fins conservacionistas. A utilização sustentável dos polinizadores requer o conhecimento da diversidade regional dos visitantes florais obtido mediante a identificação dos agentes efetivos responsáveis pela polinização das culturas. Além disso, conhecer a biologia reprodutiva e a estrutura populacional dessas espécies, bem como elucidar quais os fatores que tornam possível a colonização de certa área por uma espécie de abelha, são requisitos necessários para o delineamento de estratégias de manejo e conservação. Visando verificar a hipótese de que certa área pode ser colonizada por um número reduzido de linhagens maternas das fêmeas fundadoras de uma espécie de abelha sem ferrão , amostras de 73 ninhos de Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) localizados nos Campi da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), da Universidade de São Paulo em São Paulo (USP-SP, n = 14) e da Universidade de São Paulo em Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) foram analisadas para dois genes mitocondriais, citocromo B (cyt b) e citocromo oxidase I (COI), com o fim de determinar o número de diferentes haplótipos. Um fragmento dos genes citocromo b e citocromo oxidase I, de 485 pb e 611 pb, respectivamente, foram seqüenciados para todos os ninhos amostrados. A análise das seqüências nucleotídicas permitiu identificar somente um haplótipo de cyt b para as amostras da UFSCar e um haplótipo, distinto do anterior por uma substituição de base, privativo das colônias do Campus da USP-SP; ao contrário, as amostras da USP-RP apresentaram três haplótipos distintos, um dos quais compartilhado com as amostras da UFSCar. Dentre as substituições nucleotídicas identificadas, algumas resultaram em alterações de aminoácidos no produto do gene cyt b. Resultado similar foi observado para o gene COI. Os valores do Fst estimado para o DNA mitocondrial a partir dos genes cyt b e COI foram iguais a 31,8% e 36,1%, respectivamente. A taxa de substituição nucleotídica estimada foi maior para cyt b em comparação com COI; dessa forma, o primeiro gene parece ser menos conservado em relação ao outro nas abelhas sem ferrão. O maior número de haplótipos observados na USP-RP pode ser resultante da introdução no local de colônias trazidas de outras regiões do país. A fim de verificar a ocorrência de estruturação populacional para genes nucleares, estas amostras foram igualmente analisadas para vários locos microssatélites. Dentre 18 microssatélites heterólogos testados, somente quatro - Mbi215, Mbi278, Mbi232 e Mbi254 - apresentaram variação genética. A prospecção de locos microssatélites específicos para Partamona helleri, utilizando o método do enriquecimento para a construção de bibliotecas de DNA, permitiu caracterizar sete locos espécie-específicos. Amostras dos 73 ninhos (duas operárias por colônia) foram analisadas para estes onze locos microssatélites. As populações apresentaram significativa diferenciação interpopulacional (Fst = 0,129; P = 0,000). Os valores do Fst estimados para genes mitocondriais e para genes nucleares (microssatélites) foram comparados para estabelecer se há evidências de dispersão diferencial de machos e fêmeas na espécie. Não foram detectadas evidências de dispersão sexo-assimétrica (fêmeas colonizadoras, marchos dispersores). Análises da segregação fenotípica nas progênies de vários ninhos revelaram a ocorrência de monandria na espécie estudada e, portanto, uma estrutura sociogenética simples - monoginia/monandria. A presença de operárias estranhas aos ninhos analisados foi raramente observada.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 289132 bytes, checksum: 74e110bc985b149f74592a1fcdd77125 (MD5) Previous issue date: 2007-08-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Aluminum (Al) toxicity is one of the major constraints for agriculture on acid soils, which occupy large regions of the world s agricultural area. At low pH values associated with these soils Al3+ is solubilized into soil solution and is toxic to plants inhibiting root growth and crop yield. Cultivars genetically adapted to acid soils may offer an environmental compatible solution. The aims of this work were (1) to estimate parameters and genetics gains in three cycles of divergent selection to aluminum tolerance and (2) to identify changes in allelic frequencies at five loci near a QTL in chromosome 5 of maize that explain 13% of the Al tolerance. The phenotypic index employed was relative seminal root length (CLR) obtained from nutrient solution. Simple sequence repeats (SSR) were used to detect linkage disequilibrium between marker and QTL. An expressive genetic gain of 49,15% was observed from base population to first generation. This evidence is characteristic from traits that have oligogenic inheritance. Shifts in allelic frequencies in 4 loci in first generation and in all loci, in second generation were exclusively due to effects of genetic drift. / A toxicidade ao alumínio (Al) é um dos maiores problemas para a agricultura em solos ácidos, que ocupam grandes áreas agricultáveis no mundo. Em condições de baixo pH associado a estes solos, o Al3+ é solubilizado e se torna tóxico para as plantas, inibindo o crescimento de suas raízes e comprometendo a produtividade das culturas. Genótipos adaptados aos solos ácidos podem oferecer uma solução sustentável a este problema. Os objetivos deste trabalho foram (1) estimar parâmetros e ganhos genéticos obtidos ao longo de três ciclos de seleção divergente para a tolerância e (2) identificar alterações nas freqüências alélicas em cinco locos próximos a um QTL no cromossomo 5 do milho que explica 13% da tolerância ao Al. O índice fenotípico empregado, foi o Crescimento Liquido Relativo (CLR) obtido a partir do cultivo em solução nutritiva. Marcadores microssatélites (SSR) foram utilizados para detectar desequilíbrio de ligação entre as marcas e o QTL. Ocorreu um ganho genético expressivo da população base à primeira geração de 49,15%, diminuindo drasticamente para os ciclos posteriores. Tal evidência é patente de caráter de herança oligogênica. Variações nas freqüências alélicas em 4 locos, na primeira geração, e em todos os locos, na segunda geração, foram explicadas exclusivamente pela deriva genética.

O veado-mão-curta (Mazama nana) é uma espécie de cervídeo que ocupa a região Sul do Brasil, norte da Argentina e leste do Paraguai, tendo sido severamente afetada pela redução drástica das áreas florestadas. Trata-se, também, da espécie de cervídeo neotropical menos estudada pela ciência. Frente a essa situação, o presente projeto propôs-se a entender como essa espécie se distribui em sua área de ocorrência, propôs áreas prioritárias para sua conservação e estimou a densidade de duas populações. Dada a raridade e a alta elusividade da espécie, propôs-se o uso de metodologias indiretas para se atingir o objetivo proposto. Assim, foram usadas metodologias baseadas na coleta de amostras fecais, extração do DNA e posterior análises molecular e genética. Foram coletadas amostras fecais com o auxílio de um cão farejador em unidades de conservação distribuídas ao longo do Sul do Brasil. Após a identificação da espécie por meio da amplificação de um fragmento do citocromo B e corte com enzimas de restrição (PCR/RFLP) e com os dados de localização das amostras, foram feitas modelagens de distribuição com o software Maxent. Foram escolhidas duas unidades de conservação, onde foram realizadas coletas de amostras fecais, baseadas em faixas, para possibilitar a estimativa da densidade de animais nestas populações. Estabeleceu-se a distribuição geográfica potencial de M. nana no Brasil para os Estados do Paraná, Santa Catarina, norte e centro do Rio Grande do Sul, extremo sul de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Porção leste do Paraguai e, na Argentina para a província de Missiones. A densidade da espécie para a região norte do Parque Nacional do Iguaçu foi de 1,9 ind/km2 e para o Parque Estadual Vila Rica do Espírito Santo foi de 5,5 ind/km2. A população potencial da espécie foi de 152.991 indivíduos, sendo 15.524 indivíduos a população dentro das áreas protegidas. Sugere-se a manutenção do estado de conservação da espécie como Vulnerável, tanto na lista Brasileira como na lista Internacional de fauna ameaçada de extinção. / The Brazilian dwarf brocket (Mazama nana) is a deer species that occupies the forests of southern Brazil, north of Argentina and east of Paraguay. It has been greatly affected by the drastic reduction of forested areas. It is also the less studied neotropical deer. Considering this situation, this project aimed to shed light on the species distribution along its range, to indicate conservation priority areas and estimate the density of two populations. Given the rarity and high elusiveness of the species, it is proposed the use of indirect methods to achieve this goal. Fecal samples collection based methodologies were used, followed by DNA extraction and subsequent molecular and genetic analysis. Fecal samples were tracked and collected in protected areas spread over south Brazil, with the help of a scat detection dog. After species identification by PCR/RFLP and samples spatialization, species distribution modeling was carried out using Maxent software suit. Two protected areas were chosen for a faecal sampling based on transects, in order to estimate the population density. Potential geographical distribution of M. nana in Brazil was stablished at states of Paraná, Santa Catarina, northern and center Rio Grande do Sul, extreme South of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Also at Eastern Paraguay and Missiones province in Argentina. Species density at the northern area of Iguaçu National Park was 1.9 ind/km2 and at the State Park of Vila Rica do Espírito Santo was 5.5 ind/km2. The species potential population was 152,991 individuals, including 15,524 individuals inside protected areas. It is suggested to maintain species conservation status as vulnerable on the Brazilian and on the International red list of threatened species.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-04-10T13:19:21Z No. of bitstreams: 1 Elizabete Cristina da Silva.pdf: 4327297 bytes, checksum: 969fe0e6e726dc739f29566fd5377097 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T13:19:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elizabete Cristina da Silva.pdf: 4327297 bytes, checksum: 969fe0e6e726dc739f29566fd5377097 (MD5) Previous issue date: 2010-08-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In Brazil, naturalized pigs or animals called locally adapted are endangered species due to the overvaluation of exotic pig breeds that have caused loss of genetic diversity in these populations. Thus, this study aimed to characterize diversity and genetic structure of nine pig genetics groups locally adapted: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) and mongrel (SRD; n=47) and three exotic breeds (Duroc=04, Landrace=21 and Large White=04) with 18 microsatellite markers as well as testing these markers to allocate individuals from a mongrel population and their actual population. It was detected 198 alleles with 18 loci examined in 190 pigs from 12 genetic groups, all of them were polymorphic with PIC (polymorphic information content) ranged from 0.541 (SW72) to 0.933 (S0005). The results of AMOVA showed that 3.2% of total variation came from the difference between genetic groups (P<0.0001) and 3.6% (P<0.0001) between local and commercials pigs. The average alleles and alleles effectives Nea were lower for commercial Duroc breed (3.65 and 3.008) and higher for mongrel populations (8.89 and 4.53) and Canastra (8.61, 4.58) detaching the high genetic diversity of the last ones. The nine local GG showed greater average value for the rates: alleles average number (Nam = 7.22), Nea (4.18), PIC (0.67) and the expected heterozygosis (He = 0.71), while the heterozygosis observed (Ho = 0.60) was lower due to intrapopulation inbreeding (FIS = 0.17). Using the UPGMA method, Landrace breed was grouped with Canastra, Moura, Canastrão, Baé and Caruncho populations. Another group was formed by populations Piau, Mongrel, Nilo and Mamelado, while Large White and Duroc breeds were isolated from the rest. Based on the two populations (K=2) for allocation of mongrel pigs, most (71.8%) individuals SRD was grouped into separate clusters of commercial breeds. Two clusters seem to accordingly describe the distribution of genetic variability found in 12 GG, which showed low level of differentiation, leading to a complex population genetic structure and the 18 loci were effective to allocate mongrel individuals to their actual population. / No Brasil, os suínos naturalizados ou animais ditos localmente adaptados encontramse em via de extinção devido à supervalorização das raças suínas exóticas que tem ocasionado perda de diversidade genética nessas populações. Dessa forma, objetivou-se caracterizar a diversidade e estrutura genética de nove grupos genéticos (GG) de suínos localmente adaptados: Baé (n=11), Caruncho (n=07), Canastra (n=29), Canastrão (n=09), Mamelado (n=07), Moura (n=18), Nilo (n=16), Piau (n=17) e Sem Raça Definida (SRD; n=47) e três raças exóticas: Duroc (n=04), Landrace (n=21) e Large White (n=04) com 22 marcadores microssatélites, e testar a viabilidade desses marcadores para alocar indivíduos de um GG SRD à sua população real. Detectou-se 198 alelos com 18 loci analisados em 190 suínos de 12 GG, todos foram polimórficos com PIC (conteúdo de informação polimórfica) variando de 0,54 (SW72) a 0,93 (S0005). Os resultados da AMOVA mostraram que 3,2% da variação total foram provenientes da diferença entre GG (P<0,0001) e 3,6% (P<0,0001) entre suínos locais e comerciais. As médias de alelos totais e efetivo de alelo (Nea) foram menores para a raça comercial Duroc (3,65 e 3,01) e maiores para os GG SRD (8,89 e 4,53) e Canastra (8,61e 4,58). Os nove GG locais apresentaram maior valor médio para os índices: número médio de alelos (Nam = 7,22), Nea (4,18), PIC (0,67) e heterozigosidade esperada (He = 0,71), enquanto, a heterozigosidade observada (Ho = 0,60) foi menor devido à consanguinidade intrapopulacional (FIS = 0,17). Com exceção da raça Large White, todos os GG apresentaram desvio significativo (P<0,05) para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg. Utilizando o método UPGMA a partir da distância genética padrão de Nei, a raça Landrace foi agrupada com os GG locais Canastra, Moura, Canastrão, Baé e Caruncho. Baseando-se nos dois grupamentos (K=2) para os testes de alocação dos suínos SRD, a maior parte (71,8%) dos indivíduos SRD foi agrupada em clusters separados das raças comerciais. Dois grupamentos parecem descrever adequadamente a distribuição da variabilidade genética encontrada nos 12 GG, os quais apresentaram baixo nível de diferenciação, conduzindo a uma estrutura genética populacional complexa, e os 18 loci foram eficazes para alocar os indivíduos SRD a sua população real.