Since 2004 sequencing has undergone a revolutionary change with the advent of first the 454 sequencer, followed by the introduction of the Solexa/Illumina chemistries. This has led to the ability to sequence the whole genomes of a large number of microorganisms in a short space of time. Microbiology’s last revolution was in the introduction of PCR, which allowed for faster detection of pathogens, particularly viruses. With whole genome sequencing (WGS) many of the time-consuming steps carried out by a reference laboratory can be skipped. These include organism detection, speciation, antimicrobial susceptibility testing, typing and molecular epidemiology – all carried out in a single sequencing run followed by bioinformatics analysis. So far the merits of WGS in microbiology have only been demonstrated in highly specialised scientific laboratories in high-income countries. However, with continuingly decreasing costs and increasing throughput, many public health laboratories are now acquiring sequencers and their use will inevitably spread to middle-income countries. In this thesis I explore the use of WGS in three specific areas and include details on how to develop and assess bioinformatics pipelines. First, I shall demonstrate that WGS can be used to assess highly divergent regions within microorganisms by using the example of the weaknesses in current approaches to the molecular detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates. In particular, I shall highlight how current molecular tests have limitations in detecting drug resistance when the regions of the genome conferring resistance have significant mutations. Second, I will examine how WGS can provide insights into the biology of the current vaccine against tuberculosis, Bacillus Calmette Guerin (BCG), particularly how the continued passage of the seedlot for this vaccine has led to very different versions being used around the globe. Finally, I will demonstrate how WGS can be used to develop a more targeted public health approach to tuberculosis, in particular how antimycobacterial drug resistance evolves within a population and how not all clades of Mycobacterium tuberculosis should be treated the same. Whole genome sequencing clearly has a lot to offer the fields of microbiology and communicable disease control. The next step is in translating its use into public health policy and ensuring that global approaches are unified to best benefit the populations served.

Bakgrund: I tidigare studie har det framkommit att osäkerhet och brist på kunskap hos vårdpersonal är faktorer som kan påverka patientens upplevelse av bemötandet negativt. Om bemötandet brister kan det få negativa konsekvenser för såväl tilliten till vården som resultatet av behandlingar samt orsaka ett vårdlidande. Därför behöver vi som arbetar inom vården öka vår förståelse och kunskap kring MRSA och MRSA-bärares upplevelser så att de blir bemötta på bästa möjliga sätt. Syfte: Beskriva hur patienter med MRSA upplever bemötandet inom hälso-och sjukvård Metod: En litteraturstudie har genomförts för att sammanställa befintlig forskning. Sju kvalitativa forskningsartiklar samt en artikel med mixad metod har inkluderats i resultatet och analyserats med integrerad analys Resultat: Analysen resulterade i fyra kategorier som besvarar syftet: att känna sig pestsmittad, vårdpersonalens kunskap om MRSA, vikten av att få rätt information och att känna sig ensam Slutsats: Att vara bärare av MRSA kan påverka bemötandet i hälso- och sjukvården på många sätt. Vårdpersonal som visar rädsla och osäkerhet och går in till patienten med full skyddsutrustning leder till att det uppstår en känsla av att vara pestsmittad. Att bli bemött av vårdpersonal med okunskap och bristfällig information leder till många obesvarade frågor hos patienterna och lämnar dem ovetande om hur de ska hantera sin situation. Ökad kunskap hos vårdpersonal kan undvika detta och därmed förhindra att ett vårdlidande uppstår.

Die Innenausbauflächen von Krankentransport- bzw. Rettungswagen unterliegen dem Risiko einer Verunreinigung durch Methicillin-resistenten S. aureus (MRSA). In der vorliegenden Arbeit wurden Krankentransport- bzw. Rettungswagen unmittelbar nach dem Transport von MRSA-kolonisierten oder -infizierten Patienten auf MRSA untersucht. Zu diesem Zweck wurden an 2 Stellen der Trage und an 3 Stellen der Innenausbauflächen Proben entnommen. 89 von 100 untersuchten Transporten, welche das Einschlusskriterium einer Transportzeit von weniger als 20 Minuten erfüllten, wurden weitergehend analysiert. 8 der untersuchten Kranken- bzw. Rettungswagen (7,1%) wiesen eine Kontamination auf (90% Konfidenzintervall: 4-14 %), wobei die Transportzeit keinen Einfluss auf die Kontamination hatte. MRSA wurde nur an der Trage nachgewiesen und zwar ausschließlich am Kopfteil der Trage und an den Tragegriffen. Die beprobten Stellen der Innenausbauflächen waren nicht kontaminiert. Bei Kurzzeittransporten von MRSA-positiven Patienten sollte daher der Fokus der Desinfektion auf die Oberflächen in unmittelbarer Patientennähe gelegt werden. Eine weitere Untersuchung von 60 Transporten MRSA-negativer Patienten blieb ohne MRSA-Befund. In 12 dieser Krankentransportwagen wurde jedoch Methicillin-sensibler S. aureus nachgewiesen, der sich ebenfalls vorwiegend an Kopfteil und Handgriffen der Trage fand. Auch dieses Ergebnis unterstreicht die Bedeutung der Desinfektion patientennaher Flächen unabhängig vom MRSA-Status der transportierten Patienten. / Patients carrying MRSA provide a risk of surface contamination with MRSA in ambulance cars. This study analysed whether surfaces of ambulance cars, in which MRSA-colonised or -infected patients were transported, were contaminated with MRSA and where the contamination occurred. 89 transportation events lasting less than 20 minutes were included in the analysis. 8 ambulance cars (7,1%) were found to be contaminated with MRSA following transport (90% confidence interval: 4-14%). The transport time was not relevant for the contamination rate. MRSA was exclusively found on the stretcher, i.e. the headrest and the handles. This finding sug¬gests that disinfection measures after transport should be focused on the patients' contact surfaces. Consecutive investigation included 60 transport events in the absence of MRSA-notification and demonstrated that MSSA, but not MRSA, could be detected in 12 cars, again mostly at handles and headrests. This study shows the importance of disinfection of surfaces in the vicinity of patients transported in an ambulance irrespective of the patients' MRSA-status

I Sverige betraktas MRSA enligt smittskyddslagen som en allmänfarlig sjukdom. Spridningen av bakterien är ett ökande problem både i och utanför landets gränser och fler individer riskerar att drabbas. Antalet patienter med erfarenhet av att vara eller att ha varit bärare av MRSA har ökat. Bakterien kan ge upphov till svårbehandlade infektioner med påföljande antibiotikabehandling. Ökad användning av antibiotika påverkar resistensutvecklingen och påverkar tillgången till verksamma antibiotika. Syftet med litteraturstudien var att belysa erfarenheter av vård hos patienter som drabbats av MRSA. En litteraturöversikt valdes för att ge en överblick och sammanställa aktuellt kunskapsläge. Fjorton artiklar varav merparten var kvalitativ och några kvantitativa artiklar som publicerats de tio senaste åren granskades. Resultaten redovisas under rubrikerna ny situation- att få diagnos MRSA, erfarenhet av isolering och erfarenhet av rehabilitering och återhämtning. Resultaten visar att patientens upplevelse av vårderfarenhet är individuell samt att det kan innebära känslomässig påverkan av att vara bärare av MRSA. Känslor som oro, rädsla, förvirring, att vara smutsig, skuldkänslor, depression och att utgöra ett hot mot omgivningen upplevdes. De negativa känslorna kan förstärkas av att omgivningen agerar mer restriktivt och kan av det skälet förstärka stigmatiseringen. Positiv syn på att få eget rum på grund av MRSA upplevdes, men den sammanvägda upplevelsen av att isoleras var negativ. Det är stora skillnader i kunskap om MRSA hos både patienter och personal. Ett flertal patienter upplevde brist på information och kunskap om sitt bärarskap av MRSA. Slutsatsen är att vårderfarenheter hos patienter med MRSA till stor del upplevdes negativt. Det saknas kunskap om MRSA hos både vårdpersonal och patienter. Fortlöpande utbildningsinsatser behövs för att säkerställa att en god och säker vård bedrivs. Kunskap och ökad information om hur vi ska förhålla oss till MRSA leder till ökad patientsäkerhet och ett optimalt bemötande av patienten.

Bakgrund: Meticillinresistenta Staphylococcus Aureus är en bakterie som är resistent mot flera sorters antibiotika samtidigt, även kallat multiresistenta. Meticillinresistenta Staphylococcus Aureus smittar på olika sätt; genom direkt kontaktsmitta, indirekt kontaktsmitta samt via livsmedel. Det ingår i sjuksköterskans professionella ansvar att arbeta mot en säker vård genom att förebygga sjukdom och med denna studie identifieras preventiva åtgärder sjuksköterskor kan genomföra för att begränsa vidare spridning av Meticillinresistenta Staphylococcus Aureus. Syfte: Syftet var att beskriva preventiva åtgärder som sjuksköterskor kan genomföra för att begränsa smittspridning av Meticillinresistenta Staphylococcus Aureus och därmed främja säker vård. Metod: Metoden var litteraturöversikt. Vetenskapliga artiklar söktes i databaserna Cumulative index to nursing and allied health litterature och PubMed. Totalt inkluderades 18 artiklar som presenterades i en integrerad innehållsanalys. Resultat: I resultatet framkom huvudtemat preventiva åtgärder för att begränsa smittspridning av Meticillinresistenta Staphylococcus Aureus. Ur detta kunde underteman urskiljas vilka visade att korrekt handhygien, användande av handskar och engångsförkläden samt adekvat utbildning var effektiva preventiva åtgärder. Slutsats: Slutsatsen blev att ökad följsamhet till hygienrutiner, samt mer omfattande utbildning i vårdhygien, ledde till minskad incidens av Meticillinresistenta Staphylococcus Aureus. Även utbildning rörande följsamhet till samt rätt utförande av handhygien är en effektiv preventiv åtgärd.

Bakgrund Sedan 1950-talet har meticillinresistenta Staphylococcus aureus orsakat stora problem inom hälso- och sjukvården och är idag en av de vanligaste vårdrelaterade infektionerna som skapar stort lidande. Basala hygienrutiner är den enskilt viktigaste åtgärden för att förhindra smittspridning. Sjuksköterskan kan uppleva oro och rädsla vid omvårdnad av patienter med meticillinresistenta Staphylococcus aureus. Detta kan påverkas av hennes kunskap och tidigare erfarenheter. Syfte Syftet var att beskriva sjuksköterskans upplevelser av att vårda patienter med meticillinresistenta Staphylococcus aureus. Metod En kvalitativ intervjustudie valdes som metod. En halvstrukturerad intervjuguide användes som stöd vid intervjuerna. Sex intervjuer genomfördes. Analys av insamlat material genomfördes med hjälp av kvalitativ innehållsanalys med induktiv ansats. Resultat Sjuksköterskornas upplevelse påverkades av tidigare kunskap och erfarenhet. Rutiner och riktlinjer ansågs viktiga för att säkert kunna bedriva en patientsäker vård men dessa påverkade omvårdnadskvaliteten för patienten. Tillgänglig information ansågs bristfällig vilket kunde leda till osäkerhet hos sjuksköterskorna om vad som gällde. Arbetsbelastningen ökade och orsakade stress hos sjuksköterskorna när patienter med MRSA vårdades på avdelningen, kohortvård ansågs vara den främsta orsaken till detta. Slutsats Omvårdnad av patienter med MRSA är resurskrävande vilket skapar en ökad arbetsbelastning. Sjuksköterskorna saknade kortfattad information om rutiner och riktlinjer. Brister i följsamheten till rutiner och riktlinjer uppstod när det inte fanns tillräckligt med personal.

No description available.

The CDC estimates that one in 20 patients admitted to the hospital is a carrier of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). Staphylococci are commonly found on the skin and mucous membranes within the anterior nares, which provides the principle reservoir for this organism. These organisms can go on to cause surgical site infections in hospitalized patients. Mupirocin is an effective topical medication used to eliminate nasal carriage of Staphylococcus aureus (S. aureus). Based on Level A evidence, the 2007 Society of Thoracic Surgeons has made a Class I recommendation for the use of mupirocin for all patients undergoing cardiac surgery in the absence of documentation of a negative culture for staphylococcal colonization. The purpose of this before-and-after study is to examine the rates of surgical site infections (SSI) for cardiac surgery patients who came through the pre-admission testing unit prior to same-day admission (SDA) for surgery before and after providing 2% mupirocin nasal ointment. Specific aims: 1. To examine the relationship between providing mupirocin to the SDA cardiac surgery patient and the prevalence of SSI. 2. To examine the cost-effectiveness of providing mupirocin to the SDA cardiac surgery patient and SSI. 3. To examine the adherence of SDA preoperative cardiac surgery patients and the use of mupirocin preoperatively, if the medication is provided at no cost to the patient. Retrospective chart reviews were completed on 330 patients: 175 patients in the pre-provision of mupirocin and 150 in the mupirocin provided group. Chi Square and students' t-tests were used to analyze the data. There were five SSIs in the pre-provision of mupirocin group and no SSIs in the mupirocin provided group. This was a significantly statistical difference between the groups (X2 = 4.497, p > 0.5) Continued provision of 2% nasal mupirocin to prevent SSI in the cardiac surgery patients is recommended.

No description available.

RNase P is a bacterial ribozyme that catalyzes the maturation of tRNA and is conserved across Gram-positive bacteria, including methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA). RNase P consists of a RNA component and a protein component, RnpA. In Gram-positive bacteria, RnpA itself possesses ribonuclease activity. The Dunman group demonstrated that inhibition of RnpA activity alone or as part of the RNase P complex was sufficient to inhibit RNA degradation and exert antimicrobial activity in MRSA. Because of its low amino acid homology to mammalian homologs, RnpA may represent a novel, selective antimicrobial target for MRSA. A high throughput screen by the Dunman group identified a number of compounds which inhibit RnpA activity, including RNPA1000. However, RNPA1000 demonstrated cytotoxic effects at higher concentrations and required a high dose to achieve efficacy in a murine model of MRSA infection. We therefore selected another “hit” from the screen (RNPA2000), which contains metabotoxic hydrazide, thiourea and furan moieties, as the starting point for hit to lead activities. We sought to replace these groups, as well as the isopropylphenoxy group, to provide enhanced inhibitory potency against RNase P and RnpA, as well as lowered MIC values against MRSA1000. We designed and synthesized analogs posessing bioisosteres for these moieties and evaluated their effects in an RNase P assay as well as a RNA degradation assay. Compounds with acceptable results in both assays were tested for their antimicrobial effects in MRSA cultures. As a result of this work, several compounds with improved potency for RnpA inhibition were identified, although improved MIC was not seen. Two compounds demonstrated synergy with mupirocin, an isoleucyl-tRNA synthase inhibitor, which may represent a potential way to re-sensitize resistant bacteria to mupirocin. / Pharmaceutical Sciences