Orientadores: Denise Yvonne Janovitz Norato, Carmem Silvia Bertuzzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:13:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Giovannetti_DanielaFaroro_M.pdf: 4705598 bytes, checksum: b711bd064946a2e88aee5f9552c76ffd (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: A Acidúria Glutárica tipo I (GA I) é um erro inato do metabolismo com herança autossômica recessiva, causado por mutações no gene glutaril-CoA desidrogenase (GCDH), que determina a deficiência da enzima glutaril-CoA desidrogenase, levando a comprometimento neurológico caracterizado por distonia, com início e evolução extremamente variável. Embora sua incidência estimada seja de 1/30.000 nascidos vivos, muitos pacientes permanecem sem diagnóstico pela dificuldade de suspeição e confirmação laboratorial dessa doença. Este estudo tem como objetivo a caracterização clínica e molecular de 14 casos de acidúria glutárica tipo I, seguidos em instituições brasileiras. Foram incluídos pacientes que apresentavam quadro clínico sugestivo de AGI e positividade do exame de espectrometria de massa de ácidos orgânicos urinários e/ou exame de neuroimagem compatível com esse diagnóstico. Para cada paciente foi preenchido o protocolo padronizado de avaliação clínica e obtido o consentimento informado dos responsáveis e em 13, realizado a coleta de sangue para análise molecular. Foram utilizadas as técnicas de SSCP para triagem de mutações nos 11 éxons e o posterior seqüenciamento automático do DNA para caracterização da mutação. As 13 amostras apresentaram diferentes padrões de migração no gel de eletroforese através da técnica de SSCP, sendo confirmado, através do seqüenciamento automático dos éxons alterados, a presença de nove diferentes mutações, duas delas não reportadas previamente, caracterizando a heterogeneidade molecular em nossa amostra / Abstract: Glutaric Aciduria I (GA I), is an autossomic recessive inborn error of metabolism due to mutations in the glutaryl-CoA dehydrogenase(GCDH) gene. The glutaryl-CoA desidrogenase deficiency causes neurological impairment with dystonic postures, with extremely varied beginning and evolution. Although the estimated incidence is 1/30.000 newborns, many patients are not diagnosed due to the difficulties in suspecting and confirming this disease. This study aims the clinical and molecular characterization of 14 suspected cases of AGI followed in Brazilian institutions. Patients presenting suggestive clinical picture were included if organic acids mass spectrometry was positive or a brain scan showed compatible images. Blood samples were obtained after applying a standardized clinical evaluation protocol and the informed consent was signed by parents of 13 patients. Mutation screening with SSCP for 11 exons and automatic DNA sequencer were used to detect and characterize mutations. The 13 samples showed different migration patterns in SSCP electrophoresis gel and nine different mutations were confirmed by automatic sequencing, two of them previously unreported, characterizing the molecular heterogeneity of our sample grou / Mestrado / Genetica Medica / Mestre em Ciências Médicas

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2017. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-02-16T18:16:36Z No. of bitstreams: 1 2017_JulianaMinuncioNascimento.pdf: 2253571 bytes, checksum: b4527c088c7b8285e11c0f28fe5c865e (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-02-16T18:17:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_JulianaMinuncioNascimento.pdf: 2253571 bytes, checksum: b4527c088c7b8285e11c0f28fe5c865e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-16T18:17:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_JulianaMinuncioNascimento.pdf: 2253571 bytes, checksum: b4527c088c7b8285e11c0f28fe5c865e (MD5) Previous issue date: 2018-02-16 / A Mielofibrose é a mais rara e severa das Neoplasias Mieloproliferativas Crônicas Philadelphia negativas. Caracteriza-se por fibrose medular, hematopoese extramedular e expressão anormal de citocinas inflamatórias, que resultam em citopenias, organomegalias, sintomas constitucionais, eventos trombohemorrágicos e evolução para Leucemia Aguda. Pode ocorrer de novo ou pós Policitemia Vera ou Trombocitemia Essencial, a partir da expansão clonal de uma célula tronco hematopoética desencadeada por uma mutação somática envolvendo os genes JAK2, CALR ou MPL, combinada a desregulação dos nichos hematopoéticos, a mutações e a anomalias citogenéticas adicionais. Este estudo visou caracterizar o perfil de mutações driver de portadores de Mielofibrose primária e secundária acompanhados em um serviço público terciário de Hematologia, e correlacionar este perfil aos desfechos clínicos dos doentes. A pesquisa das mutações JAK2 V617F (éxon 14) e éxon 12, CALR c.1092_1143del52 e c.1154_1155insTTGTC (éxon 9) e MPL W515K e W515L foi realizada em 31 indivíduos por meio da técnica de MLPA, método de análise de DNA que permite a pesquisa simultânea de diferentes mutações, em diferentes amostras. A mutação JAK2V617F foi encontrada em 48,4% dos pacientes, mutações indel do éxon 9 da CALR em 38,7% (em 66,7% destes a mutação del52, e em 33,3% a mutação insTTGTC), e a mutação MPL W515L em 3,2% dos pacientes. 9,7% dos pacientes eram triplo-negativos. Os pacientes com JAK2 mutada eram mais idosos, com menor grau de anemia e maior frequência de leucocitose, enquanto os portadores de mutações da CALR apresentavam menor frequência de leucocitose e plaquetopenia. Os indivíduos triplo-negativos apresentaram a menor mediana de idade ao diagnóstico (49,3 anos) e fenótipo de falência medular semelhante a Síndrome Mielodisplásica. A estratificação de risco por DIPSS foi semelhante à relatada em outros centros. O tempo mediano de acompanhamento foi de 32 meses (variando de 10 meses a 13 anos), sendo registrados fenômenos tromboembólicos em 19,3% e evolução para LMA em 6,4% dos pacientes. A taxa de mortalidade foi de 29%, e a sobrevida média após o diagnóstico foi de 68,3 meses. Os indivíduos com mutação da CALR apresentaram maior sobrevida média. A mediana de sobrevida de acordo com o DIPSS foi superior à prevista pelo modelo prognóstico, possivelmente pela maior frequência de mutações da CALR observada nesta população. Maior tempo de seguimento e inclusão de novos pacientes são necessários para melhor avaliação de desfechos e confirmação da maior prevalência de mutações da CALR. A pesquisa de mutações driver é essencial para sustentação diagnóstica, define subgrupos de doentes com características clínicas peculiares e, aliada a pesquisa de mutações colaborativas, tem impacto prognóstico. O complexo panorama genético envolvido na iniciação e progressão das NMP, especialmente a Mielofibrose, instiga a adoção de modelos integrativos de estratificação prognóstica. Neste cenário, o MLPA é uma potente ferramenta para estudo molecular, e um promissor aliado na caracterização das NMP. / Myelofibrosis is the rarest and most severe Philadelphia-negative myeloproliferative neoplasm and can present de novo or post Polycythemia Vera or Essential Thrombocythemia. It is characterized by bone marrow fibrosis, extramedullary hematopoiesis and abnormal expression of inflammatory cytokines, which result in cytopenias, organomegaly, constitutional symptoms, thrombohemorrhagic events and progression to Acute Leukemia. The disease arises from clonal expansion of a single hematopoietic stem cell (HSC), driven by a somatic mutation of JAK2, CALR or MPL genes combined with dysregulation of hematopoietic microenvironment, additional mutations and cytogenetic abnormalities. This study aimed to assess driver mutations status in patients with primary and secondary myelofibrosis accompanied at a tertiary Brazilian public hospital, and to correlate their mutational profile with clinical outcomes. The search for JAK2V617F, exon 12 JAK2, calreticulin exon 9 c.1092_1143del52 and c.1154_1155insTTGT, MPLW515K and MPLW515L mutations was performed in 31 subjects using MLPA technique, a method of DNA analysis that allows simultaneous appraisal of different mutations in multiple samples. JAK2V617F mutation was found in 48.4% of patients, indel CALR mutations in 38.7% of patients (of these, 66.7% harbored del52 bp, 33.3% harbored insTTGTC), MPL W515L in 3.2% of patients and 9.7% of patients were triple-negative. Patients with mutated JAK2 were older, with minor degree of anemia and more leukocytosis, whereas those with CALR mutations had less frequency of leukocytosis and thrombocytopenia. Triple-negative subjects displayed the lowest median age at diagnosis (49.3 years), and bone marrow failure phenotype, similar to Myelodysplastic Syndrome. Risk stratification provided by DIPSS was similar to other centers. Median follow-up time was 32 months (ranging from 10 months to 13 years). Thromboembolic phenomena were recorded in 19.3% of patients, and evolution to AML in 6.4% of patients. Mortality rate was 29%, and mean survival after diagnosis was 68.3 months. CALR mutated individuals presented higher average survival. Median survival according to DIPSS was higher than predicted by the prognostic model, possibly due to the higher frequency of CALR mutations reported. Longer follow-up and inclusion of new patients are necessary for better evaluation of outcomes and confirmation of the higher prevalence of CALR mutations. Driver mutations assessment is essential for diagnostic support, defines subgroups with peculiar clinical characteristics and, combined with collaborative mutations evaluation, has prognostic impact. The complex genetic landscape involved in initiation and progression of MPN, especially Myelofibrosis, instigates the adoption of integrative prognostic stratification models. In this scenario, MLPA is a powerful tool for molecular study, and a promising ally for MPN molecular characterization.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Biologia, Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-08-22T18:40:41Z No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-08-28T17:10:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T17:10:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_FernandaFonsêcaFerreira.pdf: 4707883 bytes, checksum: f01efd1dfdc33b16fb2d13434b522cb3 (MD5) Previous issue date: 2018-08-22 / Fundação Universidade de Brasília (FUB); Fundação de Apoio a Pesquisa do Distrito Federal (FAP-DF) e Secretaria de Educação do Distrito Federal (SEDF). / Cryptococcus neoformans é um basidiomiceto caracterizado pela presença de cápsula polissacarídica. Esse fungo é o agente patogênico da criptococose, uma doença oportunista que leva a mais de 180.000 mortes anuais. Até o presente, não foram identificadas, nesse patógeno, proteínas de reparo ao dano de DNA O6-alcilguanina (O6-alcilG), gerado pela alcilação da posição O6 de guaninas. O6-alcilG leva a erro de pareamento de bases nitrogenadas, causando mutação. Análises de bioinformática (FungiDB, UniProt, BLAST e Clustal Omega) da sequência de DNA CNAG_02105 de C. neoformans sugeriram que essa sequência poderia codificar Atl1 (Alkyltransferase-like protein), proteína de reparo a O6-alcilG. Uma vez que o hospedeiro humano não possui Atl1, uma Atl1 de C. neoformans poderia representar um alvo para fármacos de ação seletiva sobre esse fungo. Neste trabalho, buscou-se obter uma linhagem de C. neoformans mutante para o gene putativo ATL1 (CNAG_02105), com o objetivo de caracterizar seus principais atributos de virulência e fenótipos. As linhagens atl1Δ não apresentaram diferenças na termotolerância, expansão da cápsula polissacarídica, melanização da parede celular, produção de urease, desenvolvimento do ciclo sexual e virulência em Galleria mellonella quando comparadas às linhagens controle. Não foram detectadas alterações de fenótipo de crescimento de atl1Δ em condições de estresse osmótico, estresse de parede celular e estresse oxidativo. Também não foi identificada sensibilidade aumentada do mutante ao agente genotóxico hidroxiureia, à exposição à radiação UV, a fluconazol e a diferentes pHs. Por outro lado, as linhagens atl1Δ apresentaram hipersensibilidade ao agente alcilante EMS (etil metanossulfonato), mas não a MMS (metil metanossulfonato) ou ENU (etil nitrosoureia). O EMS gera O6-etilguanina, dano de DNA que é reparado pela proteína Atl1. Coletivamente, a bioinformática e as análises experimentais sugerem que CNAG_02105 codifica uma putativa Atl1 em C. neoformans. / Cryptococcus neoformans is a basidiomycete characterized by the presence of a polysaccharide capsule. This fungus is the pathogenic agent of cryptococcosis, an opportunistic disease that leads to more than 180,000 annual deaths. To date, no repair proteins to the DNA damage of O6-alkylguanine (O6-alkylG), generated by alkylation of the position O6 of guanines. O6-alkylG leads to mismatch of nitrogenous bases, causing mutation. Bioinformatics analyzes (FungiDB, UniProt, BLAST and Clustal Omega) of the C. neoformans DNA sequence CNAG_02105 suggested that this sequence could encode Atl1 (Alkyltransferase-like protein), an O6-alkylG repair protein. Since the human host does not have Atl1, an Atl1 of C. neoformans could represent a target for selective action drugs on this fungus. In this work, we aimed to obtain a C. neoformans mutant srain for the putative ATL1 gene (CNAG_02105), in order to characterize its main virulence attributes and phenotype. The strains atl1Δ did not present differences in thermotolerance, polysaccharide capsule expansion, cell wall melanization, urease production, sexual cycle development and virulence in Galleria mellonella when compared to control strains. No changes in atl1Δ growth phenotype were detected under conditions of osmotic stress, cell wall stress and oxidative stress. No increased sensitivity of the mutant to the genotoxic hydroxyurea agent, exposure to UV radiation, fluconazole and different pHs was also identified. On the other hand, the atl1Δ strains showed hypersensitivity to EMS (ethyl methanesulfonate), but not to MMS (methyl methanesulphonate) or ENU (ethyl nitrosourea). EMS generates O6-ethylguanine, DNA damage that is repaired by the Atl1 protein. Collectively, bioinformatics and experimental analyzes suggest that CNAG_02105 encodes a putative Atl1 in C. neoformans.

O Mycobacterium tuberculosis é intrinsecamente resistente a diversos antimicrobianos. Esta resistência é devida, principalmente, ao envelope hidrofóbico da célula bacteriana que atua como uma barreira efetiva para diversos compostos. Outros determinantes da sua resistência intrínseca incluem enzimas hidrolíticas e bombas de efluxo de drogas. A resistência adquirida em isolados clínicos de M. tuberculosis é principalmente devida a mutações em genes que codificam alvos para os fármacos ou em seus ativadores. Apesar disso, um número entre 5–30% das cepas resistentes não têm caracterizado o seu mecanismo de resistência, considerando-se o sistema de efluxo como uma das possibilidades para esta resistência. O efluxo é o resultado da atividade de proteínas transportadoras envolvidas na extrusão de substâncias (incluindo todas as classes de relevantes antimicrobianos clínicos) de dentro da célula para o meio externo. O principal objetivo deste trabalho foi comparar a Concentração Mínima Inibitória (CMI) em condições de diferentes tratamentos (presença e ausência de inibição do sistema de efluxo) e os resultados obtidos com o seqüenciamento dos genes rpsL e rrs. Para isso foram testados 79 isolados de M. tuberculosis, destes, 43 (54%) isolados apresentaram mutações; 38 (48%) diminuíram a CMI na presença de inibidores do sistema de efluxo, sendo que isso ocorreu tanto em isolados resistentes ou sensíveis, mutados ou não-mutados. Em três isolados resistentes a estreptomicina não foram identificadas alterações nos genes rpsL e rrs e na presença de inibidores do sistema de efluxo a resistência foi diminuída. A diminuição da CMI nesses isolados resistentes, embora sem mutação, indica uma possível participação do sistema de efluxo. Nas cepas mutadas, o mecanismo de efluxo, estaria aumentando a tolerância do isolado à concentração da droga. Estas últimas possuiriam dois mecanismos de resistência atuantes (mutação nos genes alvo do fármaco e superexpressão das proteínas de membrana responsáveis pelo efluxo de drogas). / Mycobacterium tuberculosis is naturally resistant to many antimicrobials. This resistance is due mainly to the hydrophobic cell envelope acting as an effective permeability barrier for many compounds. Other determinants ones of its intrinsic resistance include hydrolytic enzymes and efflux pumps of drugs. The acquired resistance in clinical isolates of M. tuberculosis is mainly due to mutations in genes that encode targets for drugs substances or in their activators. Even so, in 5-30% of the resistant strains the resistance mechanism is not known and the efflux system has been considered as one of the possibilities for this resistance. Efflux is the result of the activity of transport proteins involved in extrusion of substances (including all classes of clinically relevant antimicrobials) from the interior of the cells into the external environment. The main goal of this study is to compare the Minimal Inibitory Concentration (MIC) in different conditions (with or without efflux system inhibitors) and the sequencing data of the rpsL and rrs genes. For that we have analized 79 M. tuberculosis isolates, and from these, 43 (54%) presented mutations; 38 (48%) decreased the MIC in presence of efflux system inhibitors. This decrease in MIC occurred in resistant or sensitive isolates, with or without mutations. Three resistant isolates did not present any mutations in rpsL and rrs genes and in presence of efflux system inhibitors the resistance decreased. The decrease of MIC in these resistant isolates, although without mutation, indicates participation of the efflux system. In the mutated isolates the efflux system could increase the tolerance to drug concentration. In these isolates two resistance mechanisms must be acting (mutation on the drug target genes and over-expression of membrane proteins responsible for the drug efflux).

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências Médicas, Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, 2015. / A Síndrome de Robinow se caracteriza por dismorfias faciais associadas a encurtamento mesomélico e genitália hipoplásica. Defeitos de segmentação costovertebral que incluem fusões de costelas também podem ser observados e permitem distinguir os pacientes com a forma autossômica recessiva da síndrome daqueles com a forma autossômica dominante. A forma recessiva é causada por mutações no gene ROR2 (related orphan receptor 2), sendo que apenas dezenove diferentes mutações foram descritas em pacientes com a síndrome. O objetivo desse trabalho foi identificar novas mutações no gene ROR2 em pacientes com a Síndrome de Robinow autossômica recessiva. Foram selecionados onze pacientes originários do Brasil, Estados Unidos, Índia e Turquia com características clínicas da forma recessiva da síndrome. O sequenciamento foi realizado a partir de amostras de sangue e saliva por sequenciamento Sanger, ou por sequenciamento de nova geração na plataforma Ion PGM. Em um paciente a mutação foi detectada por MLPA. Identificamos 13 diferentes mutações sendo que 10 ainda não haviam sido descritas na literatura. A comparação dos dados clínicos dos pacientes estudados com as frequências dos sinais clínicos proposta por Mazzeu e cols. (2007) revelou frequência semelhante para a maioria dos sinais clínicos com exceção da fusão de costelas, ausente no paciente 5, a língua bífida presente em todos os 11 pacientes, o lábio superior fino que teve uma frequência de 72% e anteriormente era de 26% e a má-oclusão dentária que teve uma frequência de 60% enquanto que a frequência descrita anteriormente era de 93%. Assim, a descrição clínica detalhada de pacientes com diagnóstico confirmado molecularmente contribuiu para a definição das frequências dos principais sinais clínicos nessa forma da síndrome. Observamos também uma maior gravidade das manifestações esqueléticas nos pacientes com mutações que alteram o quadro de leitura mostrando assim que pode haver correlação entre o tipo de mutação e o fenótipo dos afetados. O conjunto de novas mutações detectadas no trabalho colaboram para um melhor entendimento da fisiopatologia da síndrome. / Robinow syndrome is characterized by facial dysmorphisms, mesomelic limb shortening and hypoplastic genitalia. Costovertebral segmentation defects including rib fusions may be present and allow the distinction between the autosomal recessive and the autosomal dominant forms. Recessive form is caused by mutations in ROR2 gene (related orphan receptor 2) and only 19 different mutations have been described in the literature in patients with the syndrome. The main goal of this work was to identify new mutations in ROR2 in patients with RRS. Eleven patients with clinical signs of RRS from Brazil, United States, India and Turkey have been selected. Sequencing was performed from either blood or saliva samples by Sanger sequencing or Next generation sequencing using Ion PGM platform. In one patient the mutation was detected by MLPA. We identified 13 different mutations, 10 not previously described in the literature. Comparison of clinical data from our patients and the frequencies of clinical signs proposed by Mazzeu e cols., (2007) revealed similar frequencies for most clinical signs except for rib fusions, absent in patient 5; bifid tongue, present in all 11 patients; thin upper lip that had a frequency of 72% compared to 26% in the previous report and dental malocclusion that showed a frequency of 60% and the previous frequency was 93%. Therefore, a detailed clinical description of patients with a molecularly confirmed diagnosis contributed to the definition of frequencies of the main clinical signs of the syndrome. We also observed a more severe skeletal phenotype in patients with frameshift mutations showing that genotype and phenotype may correlate. The group of new mutations detected in the present work contribute to a better understanding of the physiopathology of the syndrome.

O Mycobacterium tuberculosis é intrinsecamente resistente a diversos antimicrobianos. Esta resistência é devida, principalmente, ao envelope hidrofóbico da célula bacteriana que atua como uma barreira efetiva para diversos compostos. Outros determinantes da sua resistência intrínseca incluem enzimas hidrolíticas e bombas de efluxo de drogas. A resistência adquirida em isolados clínicos de M. tuberculosis é principalmente devida a mutações em genes que codificam alvos para os fármacos ou em seus ativadores. Apesar disso, um número entre 5–30% das cepas resistentes não têm caracterizado o seu mecanismo de resistência, considerando-se o sistema de efluxo como uma das possibilidades para esta resistência. O efluxo é o resultado da atividade de proteínas transportadoras envolvidas na extrusão de substâncias (incluindo todas as classes de relevantes antimicrobianos clínicos) de dentro da célula para o meio externo. O principal objetivo deste trabalho foi comparar a Concentração Mínima Inibitória (CMI) em condições de diferentes tratamentos (presença e ausência de inibição do sistema de efluxo) e os resultados obtidos com o seqüenciamento dos genes rpsL e rrs. Para isso foram testados 79 isolados de M. tuberculosis, destes, 43 (54%) isolados apresentaram mutações; 38 (48%) diminuíram a CMI na presença de inibidores do sistema de efluxo, sendo que isso ocorreu tanto em isolados resistentes ou sensíveis, mutados ou não-mutados. Em três isolados resistentes a estreptomicina não foram identificadas alterações nos genes rpsL e rrs e na presença de inibidores do sistema de efluxo a resistência foi diminuída. A diminuição da CMI nesses isolados resistentes, embora sem mutação, indica uma possível participação do sistema de efluxo. Nas cepas mutadas, o mecanismo de efluxo, estaria aumentando a tolerância do isolado à concentração da droga. Estas últimas possuiriam dois mecanismos de resistência atuantes (mutação nos genes alvo do fármaco e superexpressão das proteínas de membrana responsáveis pelo efluxo de drogas). / Mycobacterium tuberculosis is naturally resistant to many antimicrobials. This resistance is due mainly to the hydrophobic cell envelope acting as an effective permeability barrier for many compounds. Other determinants ones of its intrinsic resistance include hydrolytic enzymes and efflux pumps of drugs. The acquired resistance in clinical isolates of M. tuberculosis is mainly due to mutations in genes that encode targets for drugs substances or in their activators. Even so, in 5-30% of the resistant strains the resistance mechanism is not known and the efflux system has been considered as one of the possibilities for this resistance. Efflux is the result of the activity of transport proteins involved in extrusion of substances (including all classes of clinically relevant antimicrobials) from the interior of the cells into the external environment. The main goal of this study is to compare the Minimal Inibitory Concentration (MIC) in different conditions (with or without efflux system inhibitors) and the sequencing data of the rpsL and rrs genes. For that we have analized 79 M. tuberculosis isolates, and from these, 43 (54%) presented mutations; 38 (48%) decreased the MIC in presence of efflux system inhibitors. This decrease in MIC occurred in resistant or sensitive isolates, with or without mutations. Three resistant isolates did not present any mutations in rpsL and rrs genes and in presence of efflux system inhibitors the resistance decreased. The decrease of MIC in these resistant isolates, although without mutation, indicates participation of the efflux system. In the mutated isolates the efflux system could increase the tolerance to drug concentration. In these isolates two resistance mechanisms must be acting (mutation on the drug target genes and over-expression of membrane proteins responsible for the drug efflux).

Introdução: As Mucolipidoses II e III (MLII e MLIII) são doenças lisossômicas raras causadas pela deficiência da GlcNac-1-fosfotransferase (fosfotransferase), enzima envolvida na síntese do marcador M6P responsável pelo direcionamento de várias enzimas lisossomais para o lisossomo. A fosfotransferase é codificada pelos genes GNPTAB e GNPTG. O gene GNPTAB codifica as subunidades e da enzima; mutações neste gene provocam tanto a MLII, forma mais grave, quanto a MLIII, forma mais atenuada da doença. O gene GNPTG codifica a subunidade ; mutações neste gene provocam a MLIII. Objetivos: Identificar as mutações no gene GNPTAB presentes em pacientes brasileiros com MLII e MLIII. Metodologia: Os pacientes com diagnóstico bioquímico de ML II/III foram identificados pelo Laboratório de Referência para EIM do HCPA (LREIM-HCPA), Brasil, de 1983 até 2009. Treze pacientes não relacionados (MLII:6, MLIII:5, ML tipo não definido: 2), filhos de casais não-consanguíneos, e oriundos de várias regiões do Brasil, foram incluídos no estudo. Informações clínicas foram obtidas a partir do banco de dados do LREIMHCPA, sendo que o tipo de ML e a altura foram fornecidos pelo médico assistente. Amostras de sangue periférico foram coletadas para extração de DNA genômico. Os 21 exons que compreendem o gene GNPTAB, e respectivas regiões flanqueadoras, foram amplificados a partir de sequências específicas de oligonucleotídeos projetadas para este trabalho. A sequência do gene GNPTAB utilizada como referência para o sequenciamento foi a GenBank NM_024312.3. Resultados: Com a estratégia utilizada, foi possível a identificação de ambas as mutações patogênicas em 6/13 pacientes, e de apenas uma mutação patogênica em cinco pacientes. Em dois pacientes, ambos com MLIII, não foram identificadas mutações patogênicas. Em todos os pacientes foi encontrada pelo menos uma variante não-patogênica, sendo a mais frequente a c.-41-39delGGC (16/26 alelos). A mutação c.3503_3504delTC (p.L1168QfsX5) foi a mais frequente na amostra estudada (n= 7/26 alelos). Considerando regiões codificantes e não-codificantes, quatro novas mutações estão sendo descritas: c.2269_2273delGAAAC (exon 13), c.2808A>G (exon 14), c.323+20delT (intron 3) e c.365+96_97delGT (intron 4). Mutações sem sentido e deleções com alteração na fase de leitura parecem estar relacionadas ao fenótipo grave enquanto, mutações de sentido trocado, estão relacionadas ao fenótipo atenuado. Discussão/Conclusões: Este é o primeiro estudo do gênero realizado em pacientes brasileiros com MLII/III. Assim como é descrito em pacientes de outras populações, o gene GNPTAB apresentou grande heterogeneidade alélica e a mutação patogênica mais frequente encontrada foi a c.3503_3504delTC. Desta forma, sugere-se que a análise de DNA dos pacientes brasileiros com MLII/III seja iniciada pela pesquisa dessa mutação. Como a estratégia empregada detectou 17/26 dos alelos patogênicos, novas análises deverão ser realizadas para os pacientes que apresentam o genótipo parcialmente ou não estabelecido, incluindo a análise do GNPTG. Palavras-chaves: GNPTAB. Mucolipidose. Doenças Lisossômicas. M6P. Doença da Célula de Inclusão. Polidistrofia Pseudo-Hurler. / Introduction: Mucolipidosis II and III (MLII and MLIII) are rare lysosomal diseases caused by a deficiency of GlcNac-1-phosphotransferase (phosphotransferase), the enzyme responsible for the synthesis of marker M6P, which directs several lysosomal enzymes to the lysosome. Phosphotransferase is codified by the GNPTAB and the GNPTG genes. The GNPTAB gene codifies subunits and of the enzyme; mutations in this gene cause both MLII, the most severe form, and MLIII, the most attenuated form of the disease. The GNPTG gene codifies subunit ; mutations in this gene cause MLIII. Objectives: To identify mutations in the GNPTAB gene that are present in Brazilian patients with MLII and MLIII. Methodology: Patients with a biochemical diagnosis of ML II/III were identified at the Reference Laboratory of Inborn Errors of Metabolism of HCPA, Brazil, from 1983 to 2009. Thirteen unrelated patients (MLII: 6, MLIII: 5, undefined ML: 2), born to nonconsanguineous couples and from several regions of Brazil were included in the study. Clinical information was obtained from the database of the LREIM-HCPA, and the type of ML and height of patients were obtained with the assistant physician. Peripheral blood samples were collected for extraction of genomic DNA. The 21 exons that comprise the GNPTAB gene and their respective flanking regions were amplified from the specific sequences of primers designed for this study. The sequence of the GNPTAB gene used as reference for sequencing was GenBank NM_024312.3. Results: As a result of the strategy used, it was possible to identify both pathogenic mutations in 6/13 patients and only one pathogenic mutation in five patients. In two patients, both with MLIII, no pathogenic mutations were identified. At least one non-pathogenic variant was found in all patients, and the most frequently found was c.-41-39delGGC (16/26 alleles). Mutation c.3503_3504delTC (p.L1168QfsX5) was the most frequently found pathogenic mutation in the sample studied (n= 7/26 alleles). As to codifying and noncodifying regions, four novel mutations are being described herein: c.2269_2273delGAAAC (exon 13), c.2808A>G (exon 14), c.323+20delT (intron 3), and c.365+96_97delGT (intron 4). Nonsense mutations and frameshift mutations seem to be related to the severe phenotype, while inverse mutations are related to the attenuated phenotype. Discussion/Conclusions: This is the first study of its kind conducted in Brazilian patients with ML II/III. As it is described in patients of other populations, the GNPTAB gene presented great allelic heterogeneity, and the most frequently found pathogenic mutation was c.3503_3504delTC. Thus, we suggest the DNA analysis of Brazilian patients with MLII/III to be initiated by testing this mutation. As the strategy applied herein detected 17/26 of the pathogenic alleles, new analyses should be conducted for the patients who present a partial or unestablished genotype, including the analysis of the GNPTG gene. Key words: GNPTAB. Mucolipidosis. Lysosomal Disease. M6P. I-cell Disease. Pseudo-Hurler Polydystrophy.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2015-11-17T03:10:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 335889.pdf: 1632074 bytes, checksum: 11da9ea08683144287d48d52a331c49a (MD5) Previous issue date: 2015 / As leucemias agudas (LA) compreendem um grupo heterogêneo de doenças caracterizadas pela rápida e incontrolada expansão clonal de células progenitoras do sistema hematopoiético. Segundo a OMS, características imunofenotípicas, citogenéticas e moleculares, além de outras associações, estão relacionadas ao prognóstico e contribuem para a estratificação das LAs, que é baseada na citogenética e na incidência de mutações gênicas, como as mutações no gene NPM1 e FLT3. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a associação das mutações nos genes NPM1 e FLT3 (DIT e D835) com outros parâmetros laboratoriais e clínicos em casos de LA, atendidos pelo Serviço de Hematologia (HUUFSC), no período de janeiro de 2012 a setembro de 2014. Entre as 57 amostras encaminhadas ao LOEH, 42 estavam de acordo aos critérios de inclusão. A análise das amostras em relação a essas alterações foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Para avaliar a presença de mutações no gene NPM1, foi realizado o sequenciamento da região de interesse. Entre os pacientes diagnosticados com leucemia mieloide aguda (LMA), 30,7% apresentaram a mutação no gene FLT3 (FLT3-DIT: 19,2% e FLT3- D835: 11,5%). Nos pacientes diagnosticados com o subtipo leucemia linfoide aguda (LLA) apenas um caso (7,1%) apresentou a mutação FLT3-D835. Não foi observado associação entre a presença dessas mutações com o subtipo de LA. Porém, observou-se que a presença da mutação foi mais incidente em pacientes com LMA. Os resultados mostram que nos casos onde foi detectada a mutação FLT3-DIT, os pacientes apresentaram tanto pior progressão clínica da doença (P=0,006) quanto menor taxa de sobrevida global (P=0,002). Ainda mais, foi possível observar valores para leucometria, atividade da enzima LDH e porcentagem de blastos maiores em relação àqueles sem a presença da mutação. Esses resultados sugerem que a presença de mutações FLT3-DIT são preditivos de mau prognóstico e atuam de forma independente, pois não foi possível observar associação com os demais fatores prognósticos. Em relação mutação FLT3-D835, não foi possível encontrar associação entre esta variável e os demais parâmetros analisados. Na análise da mutação NPM1 entre os pacientes incluídos no estudo, nenhum apresentou mutações compatíveis às descritas na literatura. No entanto, foi possível detectar uma nova mutação no gene NPM1 em amostras de três pacientes. Apesar do número pequeno de casos, pode-se observar que os pacientes apresentaram fatores prognósticos desfavoráveis como o percentual do número de blastos, leucocitose em dois dos três casos, e foram a óbito antes da primeira remissão. Esses dados sugerem que essa mutação pode ser considerada de mau prognóstico, como as mutações no gene NPM1 do tipo não-A. Entretanto, a avaliação prognóstica requer maior número de casos avaliados para sua elucidação. Esses resultados mostram, que diferentes mutações no gene NPM1 podem não ser raras, e requerem a análise da sequência alvo completa. Assim, outros tipos de alteração podem ser detectadas. No geral, o presente estudo destaca a importância de incluir a investigação de marcadores moleculares na avalição prognóstica dos pacientes portadores de LA no momento do diagnóstico, a fim de que a escolha do protocolo terapêutico seja o mais apropriado.<br> / Abstract : Acute leukemias (ALs) are a heterogeneous group of diseases characterized by a fast and uncontrolled clonal proliferation of hematologic progenitor cells. According to the current classification proposed by WHO, the prognosis is defined by immunophenotypic, cytogenetic and molecular characteristics, which contribute to the stratification of ALs, which is based on cytogenetic and on the incidence of gene mutations, as mutations in NPM1 and FLT3. Thus, the aim of this study was to evaluate the prognostic impact of the association between mutations in NPM1 and FLT3 (DIT and D835) genes with other laboratory and clinical parameters in patients with AL before the first therapy. Patients attended the Hematology Department (UFSC-HU) from January 2012 to September 2014. Among the 57 samples sent to (LOEH), 42 were according to the inclusion criteria. The analysis of the mutations in the samples was performed by polymerase chain reaction (PCR). To assess the presence of mutations in NPM1 gene, it was further carried out the sequencing of the region of interest. Among the patients diagnosed with acute myeloid leukemia (AML) included in this study, 30.7% had mutations in the FLT3 gene (FLT3-DIT: 19.2% and FLT3-D835: 11.5%). Among the patients diagnosed with acute lymphocytic leukemia (ALL), only one patient (7.1%) had a mutation FLT3-D835. There was no association between the presence of these mutations and the LA subtype. However, it was observed that the presence of the mutation was more prevalent in patients with AML. The results show that when the mutation FLT3-DIT was observed, patients had a worse clinical progression (P=0.006) and a reduced overall survival rate (P=0.002). Moreover, patients with this mutation had higher values of white blood cell count, LDH enzyme activity and blasts percentage in relation to those without the mutation. The results suggest that the presence of FLT3-DIT mutations are predictive of a worse prognosis, but they act independently, since it was not observed an association with the other prognostic factors. Regarding NPM1 mutation, none of the patients included in this study showed mutations according to the described in the literature. However, by sequencing analysis, it was possible to detect a new mutation in NPM1 gene in three patient samples. Despite the small number of patients, it may be noted that all three cases had unfavorable prognostic factors such as the percentage of blasts, high white blood cell count in two of the three cases, and all of them died before the first remission. These data suggest that this mutation can be considered as poor prognosis, such as mutations in NPM1 gene non-A type. However, the prognostic evaluation of this new mutation requires a larger number of cases to be fully elucidated. These results show that different mutations in NPM1 gene may not be rare, and require analysis by sequencing of the complete target sequence.Thus, other typesof changes can be detected. Overall, the present study highlights the importance of including the investigation of molecular markers in prognostic evaluation of patients with AL at the diagnosis, so the most appropriate treatment protocol can be chosen.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:13Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-16T20:46:25Z No. of bitstreams: 1 Domingos Ramon Moreau da Cunha Lasp-HIV1-Restool Desenvolvimento de uma ferramenta de bionformática para análise de resistencia do HIV-1 aos antirretrovirais.pdf: 2043486 bytes, checksum: 1cd7e640420b0a4675e14d21f7f04c9d (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-16T20:46:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Domingos Ramon Moreau da Cunha Lasp-HIV1-Restool Desenvolvimento de uma ferramenta de bionformática para análise de resistencia do HIV-1 aos antirretrovirais.pdf: 2043486 bytes, checksum: 1cd7e640420b0a4675e14d21f7f04c9d (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / As terapias antirretrovirais (TARV) trouxeram um grande benefício para os pacientes infectados pelo HIV, porém não conseguem impedir totalmente o surgimento de formas virais resistentes, causadas principalmente pela elevada taxa mutacional do vírus. O desenvolvimento de resistência do HIV aos antirretrovirais é um fator limitante para o sucesso da TARV. Os portadores de vírus resistentes, além de não responderem adequadamente ao tratamento, podem também transmitir estes vírus mutantes, representando grave problema de saúde pública. O acúmulo de mutações de resistência aos antirretrovirais representa um desafio importante na melhoria do tratamento de pacientes com vírus multirresistentes. Atualmente, dois tipos de métodos estão estabelecidos para avaliação da resistência ou sensibilidade do HIV aos antirretrovirais: os testes fenotípicos e genotípicos de resistência. As análises de resistência do HIV aos antirretrovirais, avançaram muito nos últimos anos com o desenvolvimento dos algoritmos para avaliação de resistência. Atualmente, uma série de sistemas de interpretação de resistência fenotípica e genotípica do HIV aos antirretrovirais estão disponíveis na Internet. Estes sistemas identificam respectivamente os níveis de sensibilidade in vitro aos antirretrovirais e mutações associadas à resistência em sequêcias virais, e retornam o perfil de resistência do HIV, funcionando portanto, como importantes ferramentas para utilização em análises de resistência. No presente trabalho, foi desenvolvida uma ferramenta de bioinformática para análise de resistência do HIV-1 aos antirretrovirais, chamada de LASP-HIV1-ResTool. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool é capaz de otimizar a análise de dados genômicos do HIV-1, é de fácil manuseio e está disponível no site da unidade de bioinformática do LASP/CPqGM/FIOCRUZ, Bioafrica e IOC/FIOCRUZ para domínio público. Esta ferramenta pode acessar um banco de dados com seqüências gênicas previamente armazenadas, extrair informações relativas à resistência aos antirretrovirais, comparar sequências de HIV-1 dos bancos de dados públicos, identificando mutações nos genes que codificam a transcriptase reversa e a protease e associar esses dados a resistência a cada antirretroviral utilizado nas terapias anti-HIV/AIDS. Adicionalmente, a ferramenta possibilita localizar sítios pós-traducionais e traçar um perfil de distribuição das sequências armazenadas no banco de dados local, tanto por resistência, quanto por sítios pós-traducionais, para servirem de parâmetro de comparação com as sequências iv submetidas pelos usuários da ferramenta. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool apresenta uma tabela de quantidade e percentual de sequências brasileiras do HIV-1, dispostas por subtipo e outra tabela apresentando a quantidade e o percentual de seqüências das regiões Protease e Trasncriptase Reversa do HIV-1 armazenadas no Banco de Dados. Os usuários da ferramenta podem analisar sequências do banco de dados que compõe a ferramenta ou submeter suas próprias sequências de HIV-1 no formato FASTA. Durante o processamento das sequências, o sistema identifica a sequência através do número de acesso e localiza a posição inicial da sequência dentro da região gênica escolhida. Em seguida identifica a fase de leitura correta e realiza a conversão da sequência de nucleotídeos em sequência de aminoácidos. Inicia-se então o processo de localização de todas as mutações ocorridas, tanto na sequência de ácido nucléico como na sequência de aminoácido. O sistema então apresenta uma tabela apenas com as mutações que conferem a resistência do HIV-1 contra o antirretroviral. Além disso, exibe o grau de resistência de cada mutação e indica, ao final da tabela, se a amostra de HIV-1 submetida na análise é susceptível, apresenta resistência intermediária ou se é resistente ao antirretroviral. O sistema exibe dois gráficos que relacionam: a quantidade de sítios pós-traducionais em função do total de sequências submetidas e os padrões de resistência aos antirretrovirais (susceptível, intermediária e resistente) em função do total de sequências. Além de apresentar um gráfico de barras mostrando a quantidade de ocorrências de cada mutação de resistência no conjunto de sequências analisadas. A ferramenta LASP-HIV1-ResTool também gera uma página em formato XML contendo os dados das análises do usuário, que podem ser salvas em um arquivo. Os arquivos XML podem ser importados de outras ferramentas tais como: planilhas eletrônicas, programas de análise estatística e sistemas gerenciadores de bancos de dados. Para validação da aplicabilidade da ferramenta LASP-HIV1-ResTool foram utilizadas 111 amostras correspondentes a região gênica da protease e da transcriptase reversa derivadas da genotipagem da resistência do HIV-1 provenientes de pacientes infectados, que apresentavam falha virológica a TARV. Quando comparados os dados obtidos na ferramenta LASP-HIV1-ResTool com os dados obtidos através das análises realizadas com a ferramenta de Stanford, pode-se observar a similaridade entre os resultado. Por outro lado, pode-se observar diferenças entre os resultados das análises realizadas com a ferramenta LASP-HIV1-ResTool quando comparados com a ferramenta o sistema RENAGENO. / The antiretroviral therapy (HAART) has brought a great benefit to HIV-infected patients, but can not completely prevent the emergence of resistant viral forms, mainly caused by the high mutation rate of the virus. The development of HIV resistance to antiretroviral drugs is a limiting factor for the success of HAART. The patients with resistant virus, that do not respond adequately to treatment, may also transmit this virus mutants, representing a serious public health problem. The accumulation of resistance mutations to antiretroviral drugs represents a major challenge in improving the treatment of multiresistant virus. Currently, two types of methods are established to assess resistance or susceptibility of HIV to antiretroviral drugs: the phenotypic and genotypic resistance. However, the analysis of HIV resistance to antiretrovirals, have advanced greatly in recent years with the development of algorithms for evaluation of resistance. Currently, a number of systems for interpretation of HIV resistance to antiretrovirals, using algorithms, are available on the Internet. These systems identify the mutations associated with resistance, in amino acids sequences and return the viral resistance profile of HIV, acting therefore as, important tools for use in resistance analysis. In this study, we developed a bioinformatics tool for analysis of HIV-1 resistance to antiretrovirals. This tool is easy to use, will be available at the bioinformatics unit of LASP / CPqGM / FIOCRUZ, Bioafrica and IOC / FIOCRUZ in public domain and is able to optimize the analysis of genomic data of HIV-1. This tool can access a database of gene sequences previously stored, extract information, compare HIV-1 sequences from public databases, identifying mutations in genes that encode reverse transcriptase and protease, and associate that data with resistance to the individual anti -retroviral therapies used in anti-HIV/AIDS. Additionally, the tool allows locate post-translational sites and establish a distribution profile of the sequences stored in local databases, both for resistance and by post-translational sites to serve as parameter for comparison with the sequences submitted by users of the tool.