Made available in DSpace on 2018-09-11T12:33:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_12561_Lara Barreto.pdf: 1115334 bytes, checksum: 9ed6b553f7dfd7d433b43d903e2de25d (MD5) Previous issue date: 2018-05-18 / O presente trabalho busca examinar as mudanças informais da Constituição pela interpretação judicial e os possíveis limites para ocorrência do fenômeno. Diferentemente da mudança formal da Constituição, as mutações constitucionais não possuem previsão expressa no texto constitucional, mas ocorrem como meio de adaptação às mudanças ocorridas na sociedade. Isto porque, as normas constitucionais, em razão da sua estrutura e abertura semântica possibilitam essa interação com a realidade. Partindo-se da premissa de que a norma constitucional é diferente do seu texto, sendo composta do âmbito normativo, os fatos relevantes que circundam aquela norma e do programa normativo (resultado da interpretação dos dados linguísticos), como consequência do processo de concretização. Nesse sentido, de acordo com Friedrich Müller, a concretização é a criação da norma jurídica no caso concreto. Com isso, as mutações constitucionais ocorrem quando há alteração no âmbito normativo no momento da concretização da norma. A análise se desenvolverá a partir da perspectiva histórica e doutrinária do objeto de estudo, identificando a insuficiência de exame acerca dos limites da alteração informal da Constituição. A partir do método dedutivo de pesquisa, isto é, de uma premissa geral para alcançar uma resposta específica, utiliza-se da revisão bibliográfica sobre a matéria e decisões judiciais pertinentes para estudar o instituto. Desse modo, intenta-se oferecer parâmetros para as mudanças informais da Constituição, de modo a preservar a estabilidade do ordenamento jurídico em observância dos preceitos e garantias fundamentais. Palavras-chave: Constitucional; Mutação Constitucional; Processo Constitucional; Concretização Constitucional; Friedrich Müller

Orientador: Joyce Maria Annichino Bizzacchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-07-28T15:02:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sanchez_YajairaAnayansiSingh_M.pdf: 3379773 bytes, checksum: e17058ecd9e6c695cd4f240c4256a6e4 (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: A proteína C é o componente central de um importante sistema natural de regulação antitrombótico. É uma glicoproteína plasmática dependente da vitamina K que age degradando proteoliticamente os fatores procoagulantes V e vm ativados. Além disso, a proteína C estimula a fibrinólise através da fonnação de um complexo com o inibidor do ativador do plasminogênio. A deficiência hereditária de proteína C é uma causa importante de doença tromboembólica venosa. Os primeiros relatos sobre esta deficiência sugeriam que a herança era autossômica dominante. Contudo, posteriormente a hipótese de uma herança autossômica recessiva, em que somente os homozigotos ou duplo heterozigotos desenvolvem trombose foi proposta. Por um longo período as bases moleculares para essas observações contlitantes não foram esclarecidas, apesar da hipótese de que em famílias com trombose a interação de outro defeito genético que interfere com o gene da proteína C, ou da associação com outros defeitos que predispõem à trombofilia devem estar presentes. O gene da proteína C está localizado no cromossomo 2 na posição q13-qI4. Composto por 9 exons e 8 introns, abrange aproximadamentellkD, e origina um RNAm de 1,6 a 1,8kb. Segundo dados do último database de mutações no gene da proteína C publicado em 1996 por Reistma et aI., foram descritas 160 mutações. Dentre estas, 135 eram diferentes mutações de ponto, sendo 79% mutações missense, 8% mutações no sítio de splicing, 6.6% mutações silenciosas e 6% mutações nonsense. Delas, 32% ocorreram em diIíucIeotídeos CpG, que são considerados hipermutáveis (hotspot). Foram também descritas 8 diferentes inserções, 12 pequenas deleções e uma grande deleção. Além disso, 4 polimorflsmos foram descritos. Neste trabalho foram estudados 6 pacientes com deficiência de proteína C que apresentaram trombose venosa. Outras deficiências que predispõem à trombose também foram avaliadas. Todos os exons e regiões intrônicas flanqueadoras do gene da proteína C foram estudados utilizando uma estratégia que combinava reação em cadeia da polimerase (PCR), análise de polimorfismo de conformação em hélice simples (SSCP) e eletroforese em gel sensível à conformação (CSGE) para o rastreamento de mutações. Os ftagmentos amplificados de PCR que apresentaram um padrão eletroforético alterado em relação aos controles normais nas análises por SSCP ou CSGE foram sequenciados para a determinação precisa das alterações moleculares. A análise pelo método de PCR-CSGE se mostrou mais eficaz no rastreamento de alterações moleculares que a análise pelo método de PCR-SSCP. Com essa metodologia foram detectadas mutações em 83% dos pacientes, identificando-se 5 mutações de ponto, incluindo uma mutação silenciosa, além de um polimorfismo para vários dos pacientes. Apenas uma dessas mutações ainda não foi descrita na literatura. A primeira, detectada em 2 pacientes não relacionados, é decorrente de uma transversão c~ T (posição 6182), que substitui o aminoáciqo Arg 157 por um codon de terminação prematura (stop), no exon 7. Este exon codifica a r~gião do peptídeo de ativação. Esta alteração r,esulta na exclusão do alelo mutante ou na síntese de uma proteína truncada que pode ou não ser secretada. A segunda, é uma transversão G~A (posição 6246), que substitui o aminoácido Arg 178 por GIn, no exon 7. Esta mutação afeta as interações entre os aminoácidos, causando uma mudança confonnacional, e rápida degradação, e conseqüente redução na secreção da proteína. A terceira, uma substituição A~G na região promotora (posição -1533), afeta a eficiência transcricional, uma vez que a mesma ocorre dentro de uma seqüência consenso de ligação com o HNF-3 (futor nuclear dos hepatócitos). A última, decorre de uma transversão G~T, (posição 3190), substituindo o aminoácido Gly 83 por Cys, no exon 5. Este exon codifica o primeiro domínio EGF. Esta mutação, que ainda não foi descrita na literatura, provavelmente afeta as interações entre aminoácidos, causando alterações na estrutura terciária, e redução na secreção da proteína. Es+..as &'terações devem ser as responsáveis pela deficiência hered.it:árúl de proteína C, pois segregam com a deficiência nos familiares estudados, e 3 delas já foram descritas como a causa da doença em outros pacientes. Nossos resultados indicam que na deficiência de proteína C é freqüente a ocorrência de mutações recorrentes, pois 4 mutações já haviam sido descritas em outros países, em famílias com essa deficiência, e 2 delas ocorreram em sítios hipermutáveis, de dimeros CpG, no exon 7. A determinação das alterações moleculares no gene da proteína C é uma importante ferramenta para o esclarecimento de àiagnósticos duvidosos de deficiência de proteína C e para a investigação da relação estrutura e função da proteína C / Abstract: Protein C is the central component of an important natural system of antithrombotic regulation. 1t is a pIasmatic vitamin-K dependent glicoprotein that acts degrading proteolitycal1y the procoagulant active factors V and vrn. In addition, protein C stimulates fibrinolysis through the fonnation of a complex with plasminogen activator inhibitor (PAI). The hereditary protein C deficiency is an important cause of venous thromboembolic disease. The first reports about protein C deficiency suggested that it had a dominant autossomic hereditary pattem. Nevertheless, subsequentlyan hypothesis of a recessive autossomic pattem in which only homozygotes and double heterozygotes would develop thrombosis was proposed. For a long time, the molecular basis for these conflicting observations were not elucidated, in spite ofthe hypothesis that in thrombofilic families other genetic defects which interfere with protein C gene or the association with other defects which predispose to thrombofilia might be presents. The gene which controIs the synthesis of protein C is locatedin chromosome 2, at position q13-q14. 1t spans 9 exons and 8 introns comprising a.region over llkb, which originates a rnRNA of 1.6 to 1.8kb. According to the protein C gene mutation database published by Reitsma et al.,1996; 160 mutations were described. Among these, 135 were different point mutations, 79% were miss~nse mutations, 8% were splice site mutations, 6.6% were silent mutations and 6% were nonsense mutations. Thirty two percent occurred in CpG dinucleotides, which are considered mutation hotspots. Eight different insertions, twelve short and one large deletion were descnDed. In addition, four polymorphisms were also described. In this work, 6 patients with protein C deficiency who developed venous thrombosis were studied. Other defiCÍenCÍes which predispose to thrombosis were also evaluated. All the nine exons and exon-intron boundaries of the proteinC gene were studied using a strategy which combines polymerase chain reaction (PCR), nonradioactive single-strand confonnational polymorphism (SSCP) and onfonnation-sensitive-gel electrophoresis (CSGE) ana1ysis for mutation screening. The PCR amplified fragments which revealed an altered pattem related to normal controls on SSCP or CSGE ana1ysis were sequenced to precise determination ofthe molecular alterations. The strategy which combines PCR-SCGE resulted more effective to detect alterations than the PCR SSCP strategy. This metodology allowed to detect mutations in 83% of studied patients: 5 point mutations, inc1uding a silent mutation, apart ftom a polymorphism in some patients. Only one of these mutations was not previously descnlJed. T.ae first one was detected in two unrelated patients, a C~T substitution (position 6182), that generated a premature stop codon at Arg 157, in exon 7. This exon code for the activation peptide. This mutation results in exclusion ofthe mutant allele or in a truncated protein. The second one, a G~A substitution (position6246), converted Arg178 to Gln, in exon 7. This alteration affects aminoacids interactions leading to a confonnational change withincreased degradation, that impair protein secretion. The third is a A~G substitution (position -1533), in the promoter region. This alteration affects transcriptional efficiency, since it occurs within HNF-3 (hepatocite nuclear factor) binding site consensus sequence. Finally, a G~T substitution (position 3190), converted Gly 83 to Cys, in exon 5. Tbis exon code for the first EGF domain. This mutation was not described, and could atfects aminoacids interactions, leading to terciary structure alterations and subsequent decrease of protein secretion. These alterations must be responsibles for the hereditary protein C deficiency, because they segregate with deficiency in families, and 3 of them were previously described as the cause of the disease in other patients. Our results indicate that in protein C deficiency the incidence of recurrent mutations is high1y ftequent, since 4 mutations were previously described in families with protein C deficiency in other countries and 2 of them involved the hypermutable region of CpG dimmers, in exon 7. The determination of the molecular alterations in the protein C gene is an important tool to elucidate doubtfu1 diagnostics of protein C deficiency and to investigate the relation between structure and function of protein C / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientadores : Carmen Silvia Passos Lima, Fernando Ferreira Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-01T03:25:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ortega_ManoelaMarques_M.pdf: 23206386 bytes, checksum: c6fcb05f44cb787685781ee33213e524 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: O mieloma múltiplo (MM) é uma doença neoplásica caracterizada pelo acúmulo de plasmócitos na medula óssea (MO) com conseqüente osteólise, comprometimento da hematopoese e da síntese das imunoglobulinas normais e com a produção de imunoglobulina monoclonal ou de seus fragmentos. A sobrevida observada para pacientes com a doença varia de alguns meses a dez anos ou mais, o que impõe a busca de fatores prognósticos para a identificação de grupos que devam receber tratamento mais agressivo para o controle da doença. As anormalidades do cariótipo foram descritas, em geral, como fatores com valor prognóstico desfavorável. Por outro lado, não se encontram suficientemente estabelecidos os valores prognósticos das anormalidades numéricas do cromossomo 17 e das deleções e mutações do gene p53 em pacientes com MM. Frente ao exposto, estes constituíram os objetivos deste estudo. Para cumprir tais objetivos, foram avaliados 60 pacientes com MM no período de março de 1999 a dezembro de 2000. A avaliação das anormalidades numéricas do cromossomo 17 foi realizada por meio da análise citogenética convencional e do método de hibridização in situ com fluorescência (FISH), enquanto que a avaliação das deleções do gene foi realizada por meio do método FISH. As mutações do gene p53 foram investigadas por meio da reação em cadeia da polimerase, do polimorfismo de conformação em hélice simples e de seqüenciamento. Não foram identificadas mutações do gene p53 em qualquer dos pacientes incluídos no estudo. Em contraste, as deleções do gene, predominantemente monoalélicas, foram identificadas em 15,7% deles. Observamos ainda, que os pacientes com a deleção do gene p53 apresentaram menor probabilidade de sobrevida do que aqueles sem a deleção do gene (P= 0,0006). A mediana dos tempos de sobrevida global de pacientes do primeiro grupo foi menor do que a observada em pacientes do segundo grupo (7,5 e 17,0 meses, respectivamente; P= 0,05). Frente a estes resultados, pudemos concluir que a deleção do gene p53 constituiu um fator preditivo de menor sobrevida, em nossos casos / Abstract: Multiple myeloma (MM) is a neoplastic disease characterized by the accumulation of plasma cells in the bone marrow (BM) with consequent osteolysis, comprimising hematopoiesis and the synthesis of normal immunoglobins and the production of monoclonal immunoglobin or its fragments. The survival observed for patients with the disease varies from a few months to ten years or more, which makes the search for prognostic factors for the identification of groups which require more aggressive treatment for the control of the disease. Abnormalities of the karyotype have been described, in general, as factors with desfavorable prognostic value. On the other hand, the prognostic values of the numerical abnormalities of chromosome 17, and of the deletions and mutations of the p53 gene have not been sufficiently established as prognostic values in patients with MM. Thus, these were the objectives of this study. To view these objectives, 60 patients with MM were evaluated in the period of March, 1999 to December, 2000. The evaluation of the numerical abnormalities of chromossome 17 was performed by cytogenetic analysis and by the fluorescence in situ hybridization method (FISH), whilst the evaluation of p53 deletions was performed by FISH. The evaluation of p53 gene mutations was carried out using polymerase chain reaction, single strand conformation polymorphism and the sequencing. No mutations in the p53 gene were detected in any of the patients enroled in the study. In contrast, deletions of the gene, predominantly monoallelic, were identified in 15.7% of them. Furthermore, we observed that patients with p53 deletions demonstrated a lower probability of survival than those without gene deletion (P= 0.0006). The median survival time of the patients of the first group was lower than that observed in the second group of patients (7.5 and 17.0 months, respectively; P= 0.05). From these results, we may conclude that deletion of the p53 gene constituted a predictive factor of shorter survival, in our cases / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientadores: Edi Lucia Sartorato, Andrea Trevas Maciel-Guerra / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T16:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alexandrino_Fabiana_M.pdf: 4858887 bytes, checksum: 47680e4ebdc473f1a2e7becfdfcc3682 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: A deficiência auditiva neurossensorial está presente em cerca de 1 em cada 1000 crianças e, em muitos casos, é dificil estabelecer sua origem. Isso se deve a sua grande diversidade etiológica, e também ao fato do ouvido interno ser inacessível a procedimentos diagnósticos discriminantes. Embora não se saiba com exatidão o número de Zoei envolvidos na surdez com etiologia não esclarecida, é certo que mutações no gene GJB2 (Cx26) estão envolvidas em 50% dos casos de surdez pré-lingual não-sindrômica de herança autossômica recessiva. Alguns indivíduos com deficiência auditiva neurossensorial apresentam mutações no gene GJB2 em apenas um dos alelos, sendo de grande importância esclarecer se o fenótipo observado nesses casos seria devido à interação entre diferentes conexinas expressas no aparelho auditivo resultando em um efeito dominante negativo, afetando a função da proteína normal. Diferentes genes e mutações são apontados fteqüentemente como causa de deficiência auditiva em diferentes populações na medida em que mais indivíduos vão sendo estudados. Assim, outro gene também da família de conexinas, GJB3, que codifica a conexina 31 (Cx31), está relacionado como causa de surdez não-sindrômica principalmente com padrão de herança autossômico dominante. O estudo de mutações no gene GJB3 (conexina 31), tem como objetivo esclarecer alguns casos de perda auditiva nos quais não foram identificadas mutações no gene GJB2 (conexina 26), aumentando a possibilidade de realizar o aconselhamento genético da família, além de proporcionar melhor esclarecimento a respeito do complexo mecanismo que envolve a audição humana. É importante ressaltar que há grande variação no grau de comprometimento de capacidade auditiva devido a mutações nos diferentes genes de conexinas, dificultando o aconselhamento genético e o estabelecimento e o estabelecimento de um prognóstico para outros casos na família. Sendo assim, é sugerido o estudo mutações de no gene GJB3, nos casos onde foram encontradas mutações somente em um dos alelos do gene GJB2, poderia esclarecer alguns fenótipos observados. Portanto, o rastreamento de mutações no gene GJB3 em indivíduos com surdez neurossensorial de etiologia não esclarecida, em casos com padrões de herança recessivo ou dominante e em casos esporádicos contribuiria com mais informações essenciais ao aconselhamento genético / Abstract: Deafness is one of the most common sensory defects in the general population and its prevalence increases with age. In developed countries about 60% of hearing loss cases are due to genetic factors. In Brazil the majority of cases of hearing loss are due to environmental factors. However, the proportion of genetic causes tends to increase as a result of improvement in health care, and thus modify daily medical practice in the etiologic investigation of deafuess. Recent years have seen tremendous progress localizing and cloning genes associated with inherited hearing loss. Most of cases inherited are nonsyndromic, and approximately 80% of these genes are autosomal recessive, 18% autosomal dominant, and 2% X-linked or mitochondrial inherited. Several connexin genes have been found mutated in patients with non-syndromic and syndromic deafness indicating an important role these proteins in the auditory system. Mutations in the connexin 26 (GJB2) lead to hearing impairment in most ofpopulations alI over the countries. This gene is responsible for approximateIy 80% ofthe non-syndromic recessive deafness. The GJB3 gene (Cx31) has recently been found as deafuess gene. Mutations in the connexin 31 have been detected either in erythrokeratodermia variabilis and non-syndromic autosomal recessive or dominant deafness. To determine the contribution of connexin 31 to sporadic deafness, we ana1ysed the entire gene of connexin 31 in 67 families with non-syndromic hearing impairment. We reported three amino acid changes, YI77D, 49deIK and R32W, and two nuc1eotides variants, which represents a silent mutation. The R32W substitution has been previously described, and its invo lvement in hearing impairment remains uncertain.We presume that mutations in connexin 31 gene are an infrequent cause of non syndromic deafness / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciencias Biomédicas

Antecedentes: As mutações de resistência transmitida do vírus da imunodeficiência humana aos antirretrovirais (TDRM) podem afetar a efetividade da primeira linha dos esquemas empíricos da terapia antirretroviral (TARV). Acredita-se que sua prevalência esteja aumentando no mundo, porém não há resumo claro e conciso da prevalência das TDRM no Brasil e também não se conhece o impacto financeiro que a implantação do teste de genotipagem para detecção de TDRM causaria no sistema de saúde brasileiro. Métodos: Foram realizadas buscas eletrônicas nas bases de dados Medline, Embase, Lilacs e Cochrane CENTRAL (até dezembro de 2015) para identificar estudos observacionais que relatam a prevalência de TDRM do HIV no Brasil e para identificar ensaios clínicos randomizados ou estudos observacionais para avaliar o risco de falha virológica (FV) entre pacientes portadores de HIV virgens de tratamento com e sem TDRM. Foi realizada metanálise de efeitos aleatórios das razões de risco (RR). A heterogeneidade foi avaliada pelo teste de inconsistência (I2) e suas fontes foram investigadas em análise de sensibilidade de subgrupos na meta-análise quando adequado. Para a realização do impacto orçamentário foi desenvolvida uma coorte simulada aberta através de um modelo de Markov. O modelo consistiu de 3 estados: (1) casos incidentes de HIV ( "gerador de paciente" estado); (2) Teste de genotipagem e (estado onde ocorrem os custos) e (3) Saída do modelo (estado absortivo). A duração do ciclo foi de um mês e o horizonte de tempo foi de 5 anos. Não foram aplicados descontos. O número de indivíduos que entram no modelo por ciclo foi projetado a partir de um modelo de regressão derivado de uma série temporal de 10 anos de casos incidentes de HIV. Resultados: Na revisão sistemática da prevalência, 58 estudos atenderam aos critérios de inclusão da revisão sistemática. Cinquenta e sete relataram TDRM para todas as principais classes de drogas e um foi limitado a inibidores da protease (IP). Apenas as mutações atualmente sob vigilância (Stanford, 2015) foram contabilizadas. A meta-análise revelou uma prevalência de TDRM de 8,9% (IC 95% 7,6 a 10,4) (I2 = 10,6%), considerando mutação a qualquer classe de drogas. Os valores para TDRM específicas para NRTI, NNRTI e PI foram de 4,7% (IC 95% 3,7 a 5,9; I2 = 0%); 3,7% (IC 95% 2,9 a 4,6; I2 = 0%) e 2,8% (IC 95% 2,4 a 3,3; I2 = 0%), respectivamente. Entre os subgrupos, a prevalência de TDRM foi menor nos doadores de sangue (5,8%; 95% CI 3,8 a 12,2; I2 = 13%) e maior em homens que fazem sexo com homens (16,9%; IC95% 10,9 a 25,3; I2 = 0% ) e em usuários de drogas injetáveis (13,7%; IC95% 10,3 a 18,1; I2 = 0%). A região com a maior prevalência de TDRM foi a região Sudeste (11,2%; IC95% 9,2-18,6; I2 = 8,6%). No estudo do impacto das mutações de resistência transmitida do HIV aos antirretrovirais na resposta ao primeiro tratamento antirretroviral foram encontrados 28 estudos observacionais (23 de coorte e 5 estudos caso-controle) e nenhum ensaio clínico randomizado relatando taxas de FV entre pacientes portadores de HIV virgens de tratamento com e sem TDRM. O RR de FV para ter qualquer TDRM foi de 1,93 (IC 95% 1,44 a 2,59) em uma meta-análise de 21 estudos de coorte que forneceram informações suficientes (I2 = 82%). Para NRTI, NNRTI e IP, as estimativas de RR em meta-análise foram de 2,58 (IC 95% 1,30 a 5,16); 4,20 (2,21 a 7,96) e 2,92 (1,20 a 7,10), respectivamente. A heterogeneidade diminuiu substancialmente para os subgrupos de classes de drogas (I2 = 65%, 56% e 58%, respectivamente). A avaliação da qualidade metodológica indicou ausência de ajuste abrangente para fatores de confusão em quatro dos 28 estudos e a análise do gráfico de funil indicou uma baixa probabilidade de viés de publicação. As projeções do modelo de regressão linear para incidência anual esperada de HIV entre os anos de 2016 e 2020 variaram de 41022 a 42788 casos, respectivamente. Com 100% incorporação do teste de genótipagem para casos incidentes de HIV desde o início do modelo, o impacto orçamentário acumulado em 5 anos para este cenário foi estimado em R$ 108.244.403,3 (U$ 29.255.244,14). Conclusão: A estimativa pontual para a prevalência geral de TDRM no Brasil é de 8,9%. Isto é comparável às taxas de prevalência observadas em outros países com elevada cobertura da TARV. As evidências disponíveis indicam que as TDRM aumentam o risco de falha virológica entre pacientes portadores de HIV virgens de tratamento. A aplicação universal do teste de genotipagem para casos incidentes de HIV resultaria em um aumento anual aproximado de 22 milhões de reais (5,9 milhões de dólares) para o sistema de saúde público brasileira. / Background: HIV transmitted drug resistance mutations (TDRM) could impact the effectiveness of empirical first-line regimens of high active antiretroviral therapy (HAART). Its prevalence is thought to be increasing worldwide, however there is no clear and concise summary of TDRM prevalence in Brazil. Economic evaluations on HIV genotype test for detection of transmitted drug resistance mutations (TDRM) are scarce and the budget impact for the Brazilian public healthcare system has not been estimated. Methods: We did electronic searches on Medline, Embase, Lilacs and Cochrane CENTRAL (up to December 2015) to identify observational studies reporting the prevalence of HIV TDRM in Brazil and to identify randomized clinical trials or observational studies reporting the risk of virologic failure (VF) among treatment naïve HIV patients with and without TDRM. To provide an updated summary prevalence measurement of TDRM among Brazilian treatment naïve adult HIV patients. We performed single-arm random effects meta-analyses of prevalence rates. Ninety-five percent confidence intervals (95% CI) were calculated. Heterogeneity was assessed by the inconsistency test (I2) and its sources were investigated by subgroup and meta-analysis level sensitivity analyses whenever appropriate. To estimate the budget impact of universal HIV genotype test for incident HIV cases in 5 years in Brazil, we developed a Markov model open cohort. The model consisted of three states: (1) HIV incident cases ("patient generator" state); (2) Genotype test and (cost incurring state) and (3) Exit model (absorbing state). Cycle length was one month and time horizon was 5 years. No discounts were applied. The number of individuals entering the model per cycle was projected from a regression model derived from a 10 years period time-series of HIV incident cases. Results: Fifty-eight studies matched criteria to be included in the prevalence systematic review. Fifty-seven reported TDRM for all major drug classes and one was limited to protease inhibitor (PI) TDRM. Only major mutations currently under surveillance (Stanford, 2015) were accounted. Meta-analysis revealed a pooled TDRM prevalence of 8.9% (95% CI 7.6 to 10.4) (I2= 10.6%), considering mutation to any drug class. For NRTI, NNRTI and PI specific TDRM figures were 4.7% (95% CI 3.7 to 5.9) (I2= 0%), 3.7% (95% CI 2.9 to 4.6) (I2= 0%) and 2.8% (95% CI 2.4 to 3.3; I2= 0%), respectively. Among subgroups, TDRM prevalence was lower in blood donors (5.8%; 95% CI 3.8 to 8.8; I2= 3.1%) and higher in men who had sex with men (16.9%; 95% CI 10.9 to 25.3; I2= 0%) and injecting drug users (13.7%; 95% CI 10.3 to 18.1; I2= 0%). The Brazilian territory with the highest TDRM prevalence was the Southeast region (10.9%; 95% CI 8.9 to 13.3; I2= 9.8%). In the study of the impact of HIV TDRM in response to the first antiretroviral treatment we found 28 observational studies (23 cohort, three case-cohort and two case-control studies) and no randomized clinical trial reporting VF rates among treatment naïve HIV patients with and without TDRM. RR of VF for having any TDRM was 1.93 (95% CI 1.44 to 2.59) in a meta-analysis of 21 cohort studies that provided sufficient information (I2=82%). For NRTI, NNRTI and PI, metaanalysis RR estimates were 2.58 (95% CI 1.30 to 5.16), 4.2 (2.21 to 7.96) and 2.92 (1.2 to 7.10), respectively. Heterogeneity decreased substantially for drug class subgroup meta-analyses (I2=65%, 56% and 58%, respectively). Quality assessment indicated absence of extensive adjustment to confounding in four out of 28 studies and funnel plot analysis indicated a low probability of publication bias. Linear model projections for expected annual incidence of HIV between years 2016 and 2020 varied from 41022 to 42788 cases, respectively. With 100% uptake of universal genotype test for incident cases of HIV from model start, annual budget impact estimates were: BRL 21,197,526.48 (USD 5,729,061.21) for 2016; BRL 21,420,723.6 (USD 5,789,384.75) for 2017; BRL 21,650,120.64 (USD 5,851,383.95) for 2018; BRL 21,873,317.76 (USD 5,911,707.50) for 2019 and BRL 22,102,714.8 (USD 5,973,706.70) for 2020. The accumulated 5-years budget impact for this scenario was estimated in BRL 108,244,403.3 (USD 29,255,244.14). Both deterministic and probabilistic sensitivity analyses were performed. Conclusion: The point estimate for the overall prevalence of TDRM in Brazil is 8.9%. This is comparable to prevalence rates observed in other countries with high coverage of HAART. Available evidence indicates that TDRM increases the risk of VF among treatment naïve HIV patients. Universal HIV genotype test for incident HIV cases would result in an approximate annual increase of 22 million BRL (5.9 million USD) for the Brazilian public healthcare system.

A fibrose cística (FC) é a doença autossômica recessiva mais comum em euro-descendentes, com uma incidência estimada de 1 caso a cada 2.500 nascimentos. A FC é uma doença multissistêmica, caracterizada principalmente por doença pulmonar progressiva, disfunção pancreática exócrina e concentração elevada de eletrólitos no suor. O gene associado a essa doença é denominado CFTR e se localiza no cromossomo 7, sendo dividido em 27 éxons. Até o momento, mais de 1.600 variações de sequência foram identificadas no gene CFTR, sendo que a mutação F508del é a mais frequente entre os pacientes de FC. No Brasil, a frequência da F508del não é tão elevada, devido provavelmente à miscigenação e, consequentemente, o locus CFTR apresenta maior heterogeneidade alélica. Este fato dificulta o diagnóstico molecular dos pacientes com FC e metodologias de varredura para a detecção de mutações precisam ser utilizadas. O objetivo deste trabalho foi identificar alterações em regiões codificantes do gene CFTR em pacientes com FC provenientes da região sul do Brasil, através de análise de dissociação em alta resolução (HRM) e sequenciamento de DNA. Onze éxons e regiões adjacentes foram analisados por HRM e 10 alterações de sequência diferentes foram detectadas (R75Q, R334W, F508del, 1717-1G>A, G542X, R553X, 1812-1G>A, A561E, G576A e N1303K). Além disso, uma alteração denominada L453X, ainda não descrita na literatura, foi identificada em um paciente de FC através do sequenciamento do éxon 9 do CFTR. A região polimórfica (TG)nTm presente no íntron 8 foi caracterizada e nenhum paciente apresentou a variante alélica contendo 5T. Através da estratégia utilizada, 30 dos 52 alelos mutantes (57,7%) nos 26 pacientes incluídos nesse estudo foram identificados. O genótipo de 7 (26,9%) pacientes foi definido e alteração em um dos alelos mutantes foi identificada em 16 (61,6%) pacientes. Portanto, a aplicação do método HRM foi eficaz para identificação de variações de sequência em regiões do gene CFTR na amostra estudada. O método pode ser expandido para análise de toda a região codificante desse gene e, posteriormente, ser usado como metodologia de escolha para diagnóstico molecular de pacientes com suspeita clínica de FC, seja em casos sintomáticos como em programas de triagem neonatal. / Cystic fibrosis (CF) is the most common autosomal recessive disease in euro-descendents with an estimated incidence in 1 case in each 2,500 live births. CF is a multisystem disease, characterized mainly by progressive obstructive pulmonary disease, pancreatic insufficiency, and high electrolytes levels of electrolytes in sweat. The gene responsible for CF, named CFTR, is located on chromosome 7 and is organized into 27 exons. Up to date, more than 1,600 sequence variations have been reported in CFTR, and the F508del mutation is the most frequent worldwide. In Brazil, F508del frequency is lower than in other countries probably due to population admixture. This indicates that CFTR locus can be more heterogeneous. Therefore, CF molecular diagnosis can be very hard and new methods for mutation scanning would be useful to improve this task. The aim of this work was to identify allelic variants in CFTR coding regions of CF patients from South Brazil through high-resolution melting (HRM) analysis and DNA sequencing. Eleven exons and adjacent regions were analyzed by HRM, and 10 different sequence variants were identified (R75Q, R334W, F508del, 1717-1G>A, G542X, R553X, 1812-1G>A, A561E, G576A and N1303K). A novel variant (L453X) was detected in CFTR gene through exon 9 DNA sequencing, besides these known mutations. The polyvariant (TG)nTm region at intron 8 was also analyzed and 5T allelic variant was not present in any allele. The strategy described above was able to identify 30 out of 52 CF mutant alleles (57.7%) in 26 patients. Genotype of 7 (26.9%) patients was defined and mutation in one mutant allele was identified in 16 (61.6%) patients. Therefore, application of HRM analysis was efficient to detect sequence variations in specific regions of CFTR gene in this sample population. The methodology can be expanded to cover the whole coding region of this gene. Subsequently, this methodology can be adapted to be applied in the molecular diagnosis of symptomatic CF cases as well as samples from neonatal screening programs.

O degrane é uma das principais características que tornam o arroz vermelho daninho. A compreensão da regulação do degrane em arroz vermelho permitirá o desenvolvimento de procedimentos de biotecnologia que reduzam os problemas causados por esta planta daninha. O objetivo geral deste trabalho foi determinar a variabilidade e a regulação gênica do degrane de sementes em arroz vermelho. Os objetivos específicos foram i) caracterizar fenotipicamente o degrane das sementes em cultivares de arroz, genótipos de arroz silvestre, e ecótipos de arroz vermelho; ii) caracterizar a expressão dos genes conhecidos relacionados ao degrane em populações contrastantes; iii) analisar a variabilidade nucleotídica de genes relacionados direta e indiretamente ao degrane nestas populações; iv) identificar novas sequências gênicas expressas diferencialmente em ecótipos com diferentes níveis de degrane. Os genótipos avaliados apresentaram elevada variabilidade do degrane que variou de 20 a 270 gf. O gene qSH1 comumente relacionado com o degrane não possui efeito nos genótipos avaliados. A expressão relativa dos genes OsCPL1 e OsXTH8 apresentou uma relação direta com o nível de degrane. Já a expressão relativa do gene OsCel9D apresentou uma relação inversa aos níveis de degrane. A variabilidade nucleotídica do gene Os08g0512400 a 1271 bases upstream mostrou que os genótipos com o nucleotídeo T possuem em geral elevado degrane, enquanto que os genótipos com o nucleotídeo A apresentam baixo degrane. Além disso, a variação nucleotídica do exon 5 do gene Os01g0849100 apresentou dois SNPs, nas posições 2981 e 3057, que estão relacionados ao degrane. A metodologia SSH identificou 154 clones diferencialmente expressos que podem estar relacionados ao degrane em arroz. Destes clones, 61% apresentam funções conhecidas relacionadas ao processamento e armazenamento da informação, sinalização, processos celulares e metabolismo. Além de genes conhecidos como OsCPL1, os genes OsXTH8, OsCel9D, Os08g0512400 e Os01g0849100 também estão relacionados ao degrane de sementes em arroz. / Seed shattering is one of the main traits that make the red rice a weed. Better understanding of seed shattering regulation in red rice can be used to develop biotechnological procedures to reduce the problems of this weed. The main objective of this study was to determine the variability and genetic regulation of seed shattering in red rice. The specific objectives were i) to characterize the seed shattering in rice cultivars, wild rice and red rice ecotypes; ii) to characterize the expression of known genes related to seed shattering in contrasting rice genotypes; iii) to analyze the nucleotide variability of genes directly and indirectly related to seed shattering in these genotypes, and iv) identify new gene sequences differentially expressed in ecotypes with different levels of seed shattering. The evaluated genotypes presented large variability of seed shattering, which ranged from 20 to 270 gf. The gene qSH1, commonly related to seed shattering had no effect on the evaluated genotypes. The expression of the genes OsCPL1 and OsXTH8 was directly related with seed shattering. Otherwise, the expression of the gene OsCel9D was inversely related with seed shattering. The gene Os08g0512400 was polymorphic at 1271 bases upstream, where, in general, the genotypes with the T nucleotide had high seed shattering, and with the A nucleotide had low seed shattering. In addition, the exon 5 of the gene Os01g0849100 presented two SNPs at positions 2981 and 3057, which may be related to seed shattering. The SSH study identified 154 clones genes differentially expressed that may be related to seed shattering. The sequencing and analysis of these clones indicated that 61% of then have known functions related to processing and storage of information, signaling, cellular processes and metabolism. The variability of seed shattering in red rice is related with several genes. In addition to the know gene OsCPL1, the genes OsXTH8, OsCel9D, Os08g0512400 and Os01g0849100 are also related to seed shattering in rice.

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:13:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9517_1.pdf: 1475575 bytes, checksum: 406ed6c670c74f251013d1791839dbae (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / O uso constante de inseticidas em programas de saúde pública tem sido a principal medida para o controle de insetos vetores de doenças epidêmicas em países tropicais e subtropicais. Anualmente toneladas de inseticidas sintéticos, sobretudo os organofosforados, são lançadas ao meio ambiente na tentativa de controlar o crescimento populacional dos vetores. Os larvicidas são compostos capazes de matar larvas que se desenvolvem em reservatórios grandes ou pequenos, naturais ou artificiais de água, muitas vezes própria ao consumo humano. Os compostos dilapiol e espinosade são classificados como larvicidas, sendo o dilapiol um óleo essencial extraído da espécie vegetal Piper aduncum e o espinosade uma combinação de dois metabólitos produzidos pela bactéria Saccharopolyspora spinosa. O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos genotóxicos do dilapiol e do espinosade, por meio do teste de mutação e recombinação somática (SMART) de asa de Drosophila melanogaster. Na metodologia foi utilizado o cruzamento padrão, sendo as larvas com 72h de vida submetidas durante 48h à exposição crônica a três diferentes concentrações não letais do dilapiol (3,2, 16 e 80 μm/mL) e do espinosade (0,32, 0,96 e 1,6 μg/mL). Para avaliação do efeito genotóxico, as frequências das manchas de pelos mutantes nas asas dos indivíduos tratados foram comparadas com os respectivos controles negativos. Os resultados indicam que ambos compostos tiveram atividade toxico-genética positiva, em todas as concentrações testadas, exceto o espinosade a 0,96 μg/mL. A atividade genotóxica se deu, principalmente, à indução de recombinação e, em menor escala, à mutação somática, verificada apenas para o espinosade. Os resultados aqui apresentados contribuem para o conhecimento dos riscos genotóxicos do uso destes dois inseticidas, que merecem ainda mais estudos, feitos em outros modelos experimentais e outras condições e metodologias para que sejam considerados seguros para a saúde humana e o meio ambiente

Mucopolissacaridose tipo VI é uma doença lisossômica causada pela deficiência de arilsulfatase B. A incidência de MPS VI é muito baixa, geralmente menos de 1 caso para cada 1.000.000 recém-nascidos. Até o presente momento, 133 mutações e 13 polimorfismos foram identificados no gene da arilsulfatase B. Entretanto, a maioria dos alelos mutantes ou está presente somente em um indivíduo ou em poucos pacientes, o que demonstra a grande heterogeneidade alélica da MPS VI. No município de Monte Santo, Nordeste do Brasil, foram identificados treze pacientes com MPS VI. O objetivo deste trabalho foi identificar a(s) mutação(ões) presente(s) nos pacientes com MPS VI de Monte Santo/BA e os heterozigotos nas famílias; definir haplótipos utilizando SNPs para identificação de uma possível origem comum do alelo mutado nesta população e permitir aconselhamento genético eficiente, bem como orientações sobre a doença aos familiares com indivíduos afetados. Os 13 pacientes com MPS VI apresentavam a mutação p.H178L em homozigose e o mesmo haplótipo para os SNPs intragênicos. Nas viagens realizadas até o município durante este trabalho foram coletadas 236 amostras de sangue dos familiares, a mutação p.H178L foi detectada em 98 (20,8%) alelos, sendo 41,5% da amostra composta por indivíduos heterozigotos. Com base em dados atuais, a prevalência de MPS VI nesta região é estimada em 1:5.000 recémnascidos. As análises dos heredogramas indicam a presença de vários indivíduos com chance de 25% ou até 50% de serem heterozigotos. Monte Santo é uma região pequena e isolada e, os altos índices de endogamia fazem com que o alelo p.H178L permaneça frequente nesta região. Estes resultados, juntamente com a análise dos heredogramas, sugerem um efeito fundador, o que reforça a necessidade de um programa abrangente de genética comunitária para esta área, incluindo uma triagem neonatal e estudos com os membros das famílias para promover um aconselhamento genético. / Mucopolysaccharidosis type VI is a lysosomal disease caused by deficiency of arylsulfatase B. The incidence of MPS VI is very low, usually less than 1 case for every 1,000,000 newborns. To date, 133 mutations and 13 polymorphisms were identified in the arylsulfatase B gene. However, the majority of mutant alleles are present only in one individual or in a few patients, demonstrating the allelic heterogeneity of MPS VI. In the county of Monte Santo, northeast Brazil, thirteen patients with MPS VI were identified. The objective of this study was to characterize the mutation(s) present(s) in MPS VI patients from Monte Santo/BA and to detect heterozygous within the families. We also aimed to define haplotypes using SNPs to identify a possible common origin of the mutant allele in this population and allow efficient genetic counseling and assistance regarding the disease to families with affected individuals. The 13 MPS VI patients showed the p.H178L mutation in homozygosis and the same haplotype for intragenic SNPs. During field trips to Monte Santo along this study we collected 236 blood samples from family members, p.H178L mutation was detected in 98 (20.8%) alleles, and 41.5% of the samples were heterozygous individuals. Based on current data, the prevalence of MPS VI in this region is estimated at 1:5,000 newborns. Pedigree analysis indicates the presence of many individuals with a 50% and 25% chance of being heterozygous. Monte Santo is a small, isolated region and the high levels of inbreeding allows for p.H178L allele to remain common in this region. These results, together with the analysis of pedigrees suggest a founder effect, which reinforces the need for a comprehensive program of community genetics in this area, including a neonatal screening and studies of family members to promote a genetic counseling.

O degrane é uma das principais características que tornam o arroz vermelho daninho. A compreensão da regulação do degrane em arroz vermelho permitirá o desenvolvimento de procedimentos de biotecnologia que reduzam os problemas causados por esta planta daninha. O objetivo geral deste trabalho foi determinar a variabilidade e a regulação gênica do degrane de sementes em arroz vermelho. Os objetivos específicos foram i) caracterizar fenotipicamente o degrane das sementes em cultivares de arroz, genótipos de arroz silvestre, e ecótipos de arroz vermelho; ii) caracterizar a expressão dos genes conhecidos relacionados ao degrane em populações contrastantes; iii) analisar a variabilidade nucleotídica de genes relacionados direta e indiretamente ao degrane nestas populações; iv) identificar novas sequências gênicas expressas diferencialmente em ecótipos com diferentes níveis de degrane. Os genótipos avaliados apresentaram elevada variabilidade do degrane que variou de 20 a 270 gf. O gene qSH1 comumente relacionado com o degrane não possui efeito nos genótipos avaliados. A expressão relativa dos genes OsCPL1 e OsXTH8 apresentou uma relação direta com o nível de degrane. Já a expressão relativa do gene OsCel9D apresentou uma relação inversa aos níveis de degrane. A variabilidade nucleotídica do gene Os08g0512400 a 1271 bases upstream mostrou que os genótipos com o nucleotídeo T possuem em geral elevado degrane, enquanto que os genótipos com o nucleotídeo A apresentam baixo degrane. Além disso, a variação nucleotídica do exon 5 do gene Os01g0849100 apresentou dois SNPs, nas posições 2981 e 3057, que estão relacionados ao degrane. A metodologia SSH identificou 154 clones diferencialmente expressos que podem estar relacionados ao degrane em arroz. Destes clones, 61% apresentam funções conhecidas relacionadas ao processamento e armazenamento da informação, sinalização, processos celulares e metabolismo. Além de genes conhecidos como OsCPL1, os genes OsXTH8, OsCel9D, Os08g0512400 e Os01g0849100 também estão relacionados ao degrane de sementes em arroz. / Seed shattering is one of the main traits that make the red rice a weed. Better understanding of seed shattering regulation in red rice can be used to develop biotechnological procedures to reduce the problems of this weed. The main objective of this study was to determine the variability and genetic regulation of seed shattering in red rice. The specific objectives were i) to characterize the seed shattering in rice cultivars, wild rice and red rice ecotypes; ii) to characterize the expression of known genes related to seed shattering in contrasting rice genotypes; iii) to analyze the nucleotide variability of genes directly and indirectly related to seed shattering in these genotypes, and iv) identify new gene sequences differentially expressed in ecotypes with different levels of seed shattering. The evaluated genotypes presented large variability of seed shattering, which ranged from 20 to 270 gf. The gene qSH1, commonly related to seed shattering had no effect on the evaluated genotypes. The expression of the genes OsCPL1 and OsXTH8 was directly related with seed shattering. Otherwise, the expression of the gene OsCel9D was inversely related with seed shattering. The gene Os08g0512400 was polymorphic at 1271 bases upstream, where, in general, the genotypes with the T nucleotide had high seed shattering, and with the A nucleotide had low seed shattering. In addition, the exon 5 of the gene Os01g0849100 presented two SNPs at positions 2981 and 3057, which may be related to seed shattering. The SSH study identified 154 clones genes differentially expressed that may be related to seed shattering. The sequencing and analysis of these clones indicated that 61% of then have known functions related to processing and storage of information, signaling, cellular processes and metabolism. The variability of seed shattering in red rice is related with several genes. In addition to the know gene OsCPL1, the genes OsXTH8, OsCel9D, Os08g0512400 and Os01g0849100 are also related to seed shattering in rice.