La scoliose idiopathique de l’adolescence (SIA) est une déformation tridimensionnelle complexe du rachis affectant majoritairement les filles. L’atteinte progressive est surtout esthétique avec, notamment, une déformation de la cage thoracique résultante. L’asymétrie mammaire est une préoccupation fréquente chez ces jeunes filles. Se définissant comme une différence de forme, de position ou de volume des seins ou des complexes aréolo-mamelonnaires, l’asymétrie mammaire est courante chez les femmes, mais habituellement mineure et non visible. Il demeure incertain dans la littérature si l’asymétrie mammaire est plus fréquente chez les scoliotiques. De plus, très peu d’études ont évalué la relation entre la scoliose et l’asymétrie mammaire. De façon instinctive, on serait porté à croire que ce ne sont pas les seins qui sont asymétriques, mais plutôt la déformation du thorax en rotation qui donne cette impression. Les seins représentent un des organes les plus difficiles à mesurer étant donné leur grande variabilité. Plusieurs méthodes de mesure ont été décrites. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) est considérée l’outil le plus précis pour définir la glande mammaire et plus particulièrement, sa délimitation sur la cage thoracique. Ce projet consiste à quantifier l’asymétrie mammaire, représentée par une différence de volume entre les deux seins, chez une cohorte de jeunes filles présentant une SIA significative, en utilisant l’IRM comme outil de mesure. Ensuite, une méthode de mesure automatisée, à partir de la topographie surfacique 3D, est proposée. Les résultats obtenus avec cette méthode sont confrontés à ceux de l’IRM. L’influence de la posture sur le volume mammaire est également étudiée à partir de ces deux modalités différentes. Pour réaliser ces objectifs, une cohorte de 30 patientes scoliotiques a été recrutée sur la base de leur courbure thoracique et de leur maturité osseuse et mammaire. Deux imageries de tronc ont été effectuées : la topographie surfacique 3D et la résonance magnétique. Dans un premier temps, la sommation des images segmentées acquises par IRM nous a permis de mesurer de façon très précise le volume mammaire. Notre cohorte présente une asymétrie mammaire moyenne statistiquement significative de 8.32%. 66.6% des patientes présentent une asymétrie ≥ 5%. Par ailleurs, le sein gauche est plus volumineux chez 65.5% des patientes. Une faible corrélation non-significative existe entre les volumes mammaires et l’angle de Cobb ainsi que la gibbosité thoracique. Par la suite, une méthode de mesure automatisée, développée à partir de l’environnement mathématique Matlab, est appliquée directement sur les reconstructions 3D. En bref, elle consiste à identifier les contours des seins pour les exciser afin d’exposer la cage thoracique puis, à soustraire le thorax complet du thorax sans seins pour déterminer les volumes mammaires. Les volumes mammaires acquis par la méthode automatisée sont, de manière attendue, de plus petites tailles que ceux obtenus à l’IRM. Une forte corrélation est établie entre les volumes mammaires obtenus par les deux différentes techniques de mesure. Bien que statistiquement significatives, les asymétries mammaires (r= 0.614, p< .001) ne sont pas aussi fortement corrélées entre elles que les volumes. Le sein droit (r=0.805) présente une corrélation plus élevée que le sein gauche (r=0.747). Finalement, l’influence de la posture est étudiée à partir des maillages 3D de l’IRM (décubitus ventral) et de la topographie surfacique 3D (position debout). D’excellentes corrélations sont confirmées entre les volumes mammaires ; r= 0.896 et r= 0.939, respectivement pour les volumes mammaires gauches et droits. Ce projet a permis de démontrer, pour la première fois, qu’il est possible de calculer le volume mammaire de façon objective et précise avec l’IRM, chez une cohorte scoliotique. Grâce à la précision des repères anatomiques, l’IRM nous a permis de revisiter une croyance populaire dans la communauté de la scoliose. Celle soutenant que l’asymétrie mammaire ressentie par les patientes n’est qu’une perception. Ces nouvelles données nous permettrons de conseiller les jeunes filles avec la SIA, concernant leurs préoccupations sur l’asymétrie de leurs seins. Nous avons confirmé que la méthode de mesure automatisée est réalisable cliniquement et pourrait être utilisée pour prédire les volumes obtenus à l’IRM. Par ailleurs, c’est le premier outil de mesure de volumétrie mammaire complètement automatisé à notre connaissance. Les volumes mammaires obtenus debout et en décubitus ventral sont comparables. / Adolescent idiopathic scoliosis (AIS) is a complex tridimensional deformation of the spine affecting primarily girls. The progressive course is mostly aesthetic with, in particular, a resulting rib cage deformity. Breast asymmetry is a frequent concern expressed by these girls. Defined as a difference in shape, position or volume of the breasts or the nipple complex, breast asymmetry is common in women but usually minor and not visible. It remains unknown in the literature if breast asymmetry is more frequent in scoliotics. Moreover, very few studies have evaluated the relationship between scoliosis and breast asymmetry. It is commonly believed that it is not the breasts that are asymmetric, but rather the trunk rotation giving this perception. The breasts represent one of the most challenging organs to measure due to their great variability. Many measuring methods have been described. Magnetic resonance imaging (MRI) is considered the most precise tool to define the mammary gland and its delimitation on the rib cage. This study aims at measuring objectively breast asymmetry, as described by a volume difference between the breasts, in a cohort of young girls presenting with significant AIS, using the MRI as a measuring tool. Then, an automated measuring method, applied on the 3D surface topography, is proposed. The results obtained with this method are confronted to those of the MRI. The influence of posture on breast volume is also examined from the two different modalities. To achieve these objectives, a cohort of 30 scoliotic patients was enrolled on the basis of their thoracic curvature and their bone and breast maturity. Two torso imaging were performed: 3D surface topography and MRI. Initially, the sommation of segmented images acquired by MRI enabled us to measure very precisely breast volume. The statistically significant mean breast asymmetry was found to be 8.32%. 66.6% of the patients presented an asymmetry ≥ 5%. A weak positive non-significant correlation exists between breast volumes and Cobb angle as well as thoracic gibbosity. Thereafter, an automated measuring method, developed from the numeric environment Matlab, is applied directly on the 3D reconstructions. In short, it consists in identifying the breasts contours to excise them in order to expose the rib cage, then subtracting from the complete thorax, the thorax without breasts to determine the breast volumes. The breast volumes acquired by the automated method are, as expected, smaller than those obtained with MRI. A strong correlation is established between breast volumes obtained from the two different techniques. Although statistically significant, breast asymmetries (r= 0.614, p< .001) are not as strongly correlated therebetween as are breast volumes. The right breast (r=0.805) presents a higher correlation than the left breast (r=0.747). Finally, the influence of posture is studied from the meshes obtained from MRI (prone) and 3D surface topography (standing position). Excellent correlations are confirmed between breast volumes; r= 0.896 and r= 0.939, respectively for the left and right breast volumes. This project enabled us to demonstrate, for the first time, that it is possible to measure breast volume objectively and accurately in a cohort of scoliotic patients. As a result of the anatomic landmarks precision, the MRI allowed us to revisit a common belief in the scoliosis community, which states that breast asymmetry expressed by patients, is in fact a perception. These new data will help us counsel our young girls with AIS, regarding their concerns with the asymmetry of their breasts. We have confirmed that the automated measuring method is clinically feasible and could be used to predict MRI volumes. Furthermore, it is the first breast volumetric measuring tool completely automatic, to our knowledge. Also, the breast volumes obtained in standing and in prone are comparable.

En plus de la triade de symptômes caractérisant l’autisme, ce trouble neurodévelopmental est associé à des particularités perceptives et motrices et, au niveau cérébral, par une connectivité atypique entre les différentes régions du cerveau. Au niveau anatomique, un des résultats les plus communs est la réduction du corps calleux. Toutefois, des effets directs de cette altération anatomique sur l’intégrité et l’efficacité du transfert interhémisphérique restent à être démontrés. Pour la présente thèse, trois différentes études investiguent différents aspects du traitement de l’information visuomotrice : le transfert interhémisphérique entre les régions bilatérales motrices et visuelles, la vitesse de traitement perceptif, et les habiletés motrices visuellement guidées. Dans la première étude, le paradigme visuomoteur de Poffenberger a été utilisé pour mesurer le temps de transfert interhémisphérique (TTIH). L’imagerie par résonnance magnétique fonctionnelle (IRMf) et structurale ainsi que l’imagerie de diffusion ont aussi été utilisées pour étudier les réseaux cérébraux impliqués dans la tâche de Poffenberger. Les autistes ont été comparés à un groupe d’individus à développement typique. La deuxième étude avait pour but d’investiguer la vitesse de traitement perceptif en autisme. Dans la troisième étude, deux tâches motrices (Purdue et Annett) ont été utilisées pour examiner la nature et l’importance des déficits moteurs. La tâche de Purdue inclut deux conditions bimanuelles utilisées comme indice additionnel d’intégration interhémisphérique. Dans les études 2 et 3, le groupe d’autistes a aussi été comparé à un groupe d’individus Asperger afin de voir si, et comment, les deux sous-groupes peuvent être distingués en ce qui concerne le traitement visuel et les déficits moteurs. Aucune différence entre les groupes n’a été observée en termes de TTIH. Les résultats de l’étude IRMf révèlent des différences d’activations corticales en lien avec la tâche de Poffenberger. Dans les groupes d’autistes et de typiques, l’efficacité de la communication interhémisphérique était associée à différentes portions du corps calleux (frontales/motrices chez les typiques, postérieures/visuelles chez les autistes). De façon globale, les résultats de cette étude démontrent un patron atypique de transfert interhémisphérique de l’information visuomotrice en autisme, reflétant un rôle plus important des mécanismes visuels dans le comportement sensorimoteur possiblement en lien avec une réorganisation cérébrale. Les résultats des études comportementales 2 et 3 indiquent que les autistes excellent dans la tâche mesurant la vitesse de traitement perceptif alors que les Asperger accomplissent la tâche à des niveaux similaires à ceux des typiques. La nature des déficits moteurs diffère aussi entre les deux sous-groupes; la dextérité et la coordination bimanuelle est affectée chez les individus Asperger mais pas chez les autistes, qui eux sont plus atteints au niveau de la rapidité unimanuelle. Les sous-groupes d’autistes et de syndrome d’Asperger sont caractérisés par des profils cognitifs différents dont les particularités perceptives et motrices font partie intégrante. / In addition to the triad of symptoms characterizing autism, this neurodevelopmental condition is characterized by visual and motor atypicalities and, at the cerebral level, by atypical connectivity between the different brain areas. Anatomically, one of the most replicated finding is a reduction of the corpus callosum. However, evidence of a direct effect of the corpus callosum reductions on integrity and efficiency of interhemispheric transfer is lacking. Three different studies were designed to investigate different aspect of visuo-motor processing: interhemispheric transfer between bilateral motor and visual brain areas, perceptual processing speed, visually guided motor performance. In the first study, the visuo-motor Poffenberger paradigm was used to measure interhemispheric transfer time (IHTT). Structural and functional magnetic resonance imaging (fMRI) and diffusion tensor imaging (DTI) were also used to study the brain networks involved in the Poffenberger task. Autistics were compared to typically developing individuals. The second study investigates whether perceptual processing speed (Inspection Time task) is atypical in autism. In the third study, two visually-guided motor tasks (the Purdue pegboard and Annett peg moving task) were used to verify the nature and magnitude of motor deficits. The Purdue task includes two bimanual conditions used as additional measures of interhemispheric communication integrity. Moreover, in studies 2 and 3, behavioral differences between autistic and Asperger individuals were investigated in order to see if and how the two subgroups can be distinguished in terms of perceptual processing and motor deficits. No group difference was observed in terms of IHTT. The fMRI results reveal a different pattern of cortical activations associated to the Poffenberger task. In the autism and typical groups, the efficiency of interhemispheric communication was associated with different portions of the corpus callosum (frontal/premotor in typicals, posterior/visual in autistics). These results demonstrate an atypical pattern of interhemispheric visuo-motor information transfer, possibly reflecting a more prominent role of visual mechanisms guiding sensorimotor behavior in autism, related to cerebral reorganizations. Results of the behavioral studies indicate that autistics have an excellent visual processing speed while Asperger individuals performed like typicals. Motor impairments also differed between the two subgroups; dexterity and bimanual coordination was impaired in Asperger individuals but not in autistics, who presented more difficulties in unimanual conditions. Autism and Asperger subgroups are characterized by different cognitive profiles in which visual processing and motor deficits are important factors.

L’ensemble de l’étude in vivo réalisée sur souris porteuses de glioblastome U87 démontre la faisabilité du ciblage magnétique pour accumuler les magnétoliposomes superparamagnétiques, ou MFLs, au niveau du glioblastome, tout en préservant le reste du tissu cérébral sain. L’étude révèle que le bénéfice apporté par l’action d’un gradient de champ magnétique produit par un aimant extracorporel repose sur un effet EPR (« enhanced permeation and retention » effect) amplifié. Les résultats sont étayés par la combinaison de plusieurs techniques (IRM, RPE, microscopie confocale de fluorescence, microscopie électronique). Concernant les mécanismes de transport empruntés par les magnétoliposomes pour atteindre les cellules tumorales, la voie d’endocytose non spécifique s’apparentant à un processus de macropinocytose est pressentie. Dans l’optique d’une application thérapeutique par hyperthermie, la capacité d’échauffement des magnétoliposomes a été pour la première fois explorée. Les résultats prouvent un comportement thermique des magnétoliposomes compatible avec les conditions d’un traitement par hyperthermie. Enfin, dans le cadre d’une étude portant sur le développement de cancers mécano-induits, l’application des magnétoliposomes a été élargie un autre organe non étudié à ce jour, le côlon. Ces travaux illustrent la problématique de la vectorisation magnétique au sein d’un organe situé dans une région interne de l’organisme. / First, the in vivo study on U87-glioblastoma bearing mice demonstrates the ability of magnetic targeting to accumulate magnetic-fluid-loaded liposomes (MFLs) into glioblastoma while sparing the rest of the healthy brain tissue. The enhancement of liposome local concentration by applying a magnetic field gradient produced by an external magnet is based on an amplified EPR effect (“enhanced permeation and retention” effect). The results were supported by combining several techniques (MRI, ESR, confocal fluorescence microscopy, electron microscopy). The investigations concerning the mechanisms of transport of the magnetoliposomes to reach the tumor cells suggest a non-specific endocytose pathway, presumably macropinocytosis. Secondly, in the context of a therapeutic application by hyperthermia the heat capacity of MFLs was explored. The results showed that the thermal behaviour of the magnetoliposomes depends on the containment state of the iron oxide nanocrystals and is compatible with the conditions of hyperthermia treatment. Finally, as part of a study concerning the development of mechanically induced cancers, application of MFLs was extended to target another organ not yet studied: the colon. This work especially illustrates the potential and related limits of magnetic targeting towards an organ located in an inner region of the body.

Environ 150.000 personnes souffrent en France d'une épilepsie partielle réfractaire à tous les médicaments. La chirurgie, qui constitue aujourd’hui le meilleur recours thérapeutique nécessite un bilan préopératoire complexe. L'analyse de données d'imagerie telles que l’imagerie par résonance magnétique (IRM) anatomique et la tomographie d’émission de positons (TEP) au FDG (fluorodéoxyglucose) tend à prendre une place croissante dans ce protocole, et pourrait à terme limiter de recourir à l’électroencéphalographie intracérébrale (SEEG), procédure très invasive mais qui constitue encore la technique de référence. Pour assister les cliniciens dans leur tâche diagnostique, nous avons développé un système d'aide au diagnostic (CAD) reposant sur l'analyse multivariée de données d'imagerie. Compte tenu de la difficulté relative à la constitution de bases de données annotées et équilibrées entre classes, notre première contribution a été de placer l'étude dans le cadre méthodologique de la détection du changement. L'algorithme du séparateur à vaste marge adapté à ce cadre là (OC-SVM) a été utilisé pour apprendre, à partir de cartes multi-paramétriques extraites d'IRM T1 de sujets normaux, un modèle prédictif caractérisant la normalité à l'échelle du voxel. Le modèle permet ensuite de faire ressortir, dans les images de patients, les zones cérébrales suspectes s'écartant de cette normalité. Les performances du système ont été évaluées sur des lésions simulées ainsi que sur une base de données de patients. Trois extensions ont ensuite été proposées. D'abord un nouveau schéma de détection plus robuste à la présence de bruit d'étiquetage dans la base de données d'apprentissage. Ensuite, une stratégie de fusion optimale permettant la combinaison de plusieurs classifieurs OC-SVM associés chacun à une séquence IRM. Enfin, une généralisation de l'algorithme de détection d'anomalies permettant la conversion de la sortie du CAD en probabilité, offrant ainsi une meilleure interprétation de la sortie du système et son intégration dans le bilan pré-opératoire global. / One third of patients suffering from epilepsy are resistant to medication. For these patients, surgical removal of the epileptogenic zone offers the possibility of a cure. Surgery success relies heavily on the accurate localization of the epileptogenic zone. The analysis of neuroimaging data such as magnetic resonance imaging (MRI) and positron emission tomography (PET) is increasingly used in the pre-surgical work-up of patients and may offer an alternative to the invasive reference of Stereo-electro-encephalo -graphy (SEEG) monitoring. To assist clinicians in screening these lesions, we developed a computer aided diagnosis system (CAD) based on a multivariate data analysis approach. Our first contribution was to formulate the problem of epileptogenic lesion detection as an outlier detection problem. The main motivation for this formulation was to avoid the dependence on labelled data and the class imbalance inherent to this detection task. The proposed system builds upon the one class support vector machines (OC-SVM) classifier. OC-SVM was trained using features extracted from MRI scans of healthy control subjects, allowing a voxelwise assessment of the deviation of a test subject pattern from the learned patterns. System performance was evaluated using realistic simulations of challenging detection tasks as well as clinical data of patients with intractable epilepsy. The outlier detection framework was further extended to take into account the specificities of neuroimaging data and the detection task at hand. We first proposed a reformulation of the support vector data description (SVDD) method to deal with the presence of uncertain observations in the training data. Second, to handle the multi-parametric nature of neuroimaging data, we proposed an optimal fusion approach for combining multiple base one-class classifiers. Finally, to help with score interpretation, threshold selection and score combination, we proposed to transform the score outputs of the outlier detection algorithm into well calibrated probabilities.

Breast cancer is a major global health problem and the most common form of cancer among women. Major advances in the technologies of imaging provide improved detection and sensitivity with fewer unnecessary biopsies. Commonly used imaging modalities include mammography, ultrasonography, magnetic resonance imaging (MRI), scintimammography, single photon emission computed tomography (SPECT) and positron emission tomography (PET). The current study is focused on breast MRI imaging, especially one of the most promising recent techniques, i.e. the Diffusion Weighted Imaging breast MRI (DWI). DWI is an unenhanced MRI technique, based on volume sequences on various b values (the b value identifies the measurement's sensitivity to diffusion and determines the strength and duration of the diffusion gradients) measuring the mobility of water molecules (Brownian motion) in vivo (in tissues) and provides different and potentially complementary information to Dynamic Contrast-Enhanced Magnetic Resonance Imaging (DCE-MRI) technique. As DWI based on the diffusive properties of water molecules, reflects their random motion resulting from thermal agitation. Water diffusion on breast can be quantified by measuring the mean diffusivity, which is the average of Apparent Diffusion Coefficient (ADC). The ADC can be calculated by making measurements at a low b factor, b1, and a higher b factor, b2. DWI allows the mapping of the diffusion process of molecules by the ADC map. ADC maps are calculated by collecting images with at least 2 different values, b1 and b2, of the b factor. The ADC map is a parametric image whose color scale or gray scale represents the ADC values of the voxels and is usually generated by proprietary or in house software. DWI apart from the 3D anatomical information, provides a noninvasive investigation of tissue vascularity, a novel contrast mechanism in MRI and has a high sensitivity in the detection of changes in the local biologic environment due to a pathologic process. Therefore, in addition to contrast enhancement-based characterization (DCE-MRI), measurement of the motion of water molecules in DWI provides an additional feature for lesion characterization that may further increase the specificity of MRI for classifying breast lesions. The diagnostic task that the current study deals with, accounts for the diagnosis of mass-like lesions in Diffusion Weighed Magnetic Resonance Imaging, based on low ADC values compared to high once in case of benign versus normal tissue. The hypothesis is that diffusivity of water molecules is restricted in environments of high cellularity, intracellular and extracellular edema, high viscosity, and fibrosis, such as malignant tumors, because these conditions become barriers to the movement of water molecules. Therefore, most of breast cancers show low ADC values compared with benign and normal tissue. Many studies have revealed the usefulness of ADC values in the differential diagnosis of breast lesions; however, the clinical effect remains limited because of the substantial overlap between benign and malignant lesions, which presents challenges for implementing a useful diagnostic ADC threshold. The majority of studies, similar to the current study, determined optimal cutoff levels of the ADC value between malignant and benign lesions by using ROC analysis, and ranged from 0.90 to 1.76 × 10-3 mm2/s while the sensitivity and specificity ranged from 63% to 100% and 46% to 97%, respectively. In addition, the methods for measuring ADC differ among reported studies, with the most representative method being the mean value of ADC (mean ± standard deviation) over a Region Of Interest representative of the breast lesion. The purpose of this study was to investigate the ability of histogram characteristics of Apparent Diffusion Coefficient (Apparent Diffusion Coefficient-ADC) to differentiate malignant from benign breast lesions in breast DWI. To this end the ADC maps of representative lesion ROIs were subjected to first order statistics analysis by calculating five first order textural features: Mean value, Standard Deviation, Kurtosis, Skewness and Entropy. This approach is intended to offer a more complete assessment of tumor texture and heterogeneity. The dataset analyzed is comprised of 92 histologically verified breast lesions, originating from 69 women with mammographically and/or ultrasonographically detected or palpable findings. Histology revealed 53 malignant lesions originating from 45 women and 39 benign lesions originating from 26 women. All of the breast MR examinations were performed with a 3T MR scanner, for b= 0, 900 s/mm2. Diagnostic performances of these parameters were compared by receiver operating characteristic (ROC) curve analysis. The mean of ADC of benign lesions [(1.470 ± 0.342) × 10-3 mm2/s] was found to be significantly higher than that of malignant tumours, [(0.965 ± 0.268) × 10-3 mm2/s, (p<0.00001)]. The standard deviation of ADC of benign lesions [(0.184 ± 0.999) × 10-3 mm2/s] was not significantly different from that of malignant tumours, [(0.192 ± 0.151) × 10-3 mm2/s, (p=0.6581)]. The skewness of ADC of benign [-0.303 ± 0.584] was significantly different than that of malignant tumours, 0.210 ± 0.725. (p = 0.0008)]. The kurtosis of ADC of benign [3.003 ± 1.065] was not significantly different from that of malignant tumours, [3.337 ± 1.334. (p=0.0987)]. The entropy of ADC of benign [4.794 ± 0.665] was significantly lower than that of malignant tumours, [5.569 ± 0.649, (p<0.00001)] The corresponding area under the empirical receiver operating characteristic curve was: 0.862 ± 0.042 (95% confidence interval: 0.754, 0.925) for mean of ADC, 0.705 ± 0.054 (95% confidence interval: 0.589, 0.800) for skeweness of ADC, 0.800 ± 0.046 (95% confidence interval: 0.691, 0.874) for entropy of ADC, resulting a good diagnostic performance of DWI for these parameters. On the other hand, an AUC of 0.527 ± 0.063 (95% confidence interval: 0.393, 0.640) and 0.601 ± 0.061 (95% confidence interval: 0.470, 0.707) for Standard deviation and kurtosis respectively, suggests a degree of overlap in ADC values between benign and malignant tumors. In an effort to identify optimal threshold values for differentiating benign versus malignant lesions these were selected to correspond to the points of highest accuracy of the ROC curves. In our study, we obtained two threshold values of mean ADC, both with an accuracy of 83.15%: 1.21 x 10-3 mm2/s with a sensitivity of 86.27% and specificity of 78.95%; and 1.32 x 10-3 mm2/s with a sensitivity of 92.16% and specificity of 71.05%. The threshold value of skeweness was -0.06 with an accuracy of 68.54%, a sensitivity of 66.03% and specificity of 66.67%. Finally, we found two threshold values of entropy, both with an accuracy of 76.40%: 5.17 with a sensitivity of 75.47% and specificity of 71.80%; and 5.21 with a sensitivity of 73.59% and specificity of 74.36%. In conclusion, results of the current study suggest the contribution of texture analysis methods in Diffusion-weighted MRI breast imaging for the quantification of tissue heterogeneity, providing important information for breast cancer diagnosis. Histogram analysis of ADC values in breast cancer has potential for differentiating benign and malignant tumors, providing information about the entire tumor. The mean, skewness and entropy of ADC are valuable parameters that are correlated with pathologic characterization of breast tumors. These 3 ADC parameters significantly elevated the quantitative diagnostic performance of breast DWI and would be effective parameters in distinguishing between malignant and benign breast lesions. Finally, future efforts will also focus on investigating the correlation of extracted texture features with histopathological findings, in order to verify the potential of the proposed texture analysis of ADC map in providing non-invasive prognostic factors of breast cancer. / Ο καρκίνος του μαστού είναι ένα σημαντικό παγκόσμιο πρόβλημα υγείας και η πιο διαδεδομένη μορφή καρκίνου στον γυναικείο πληθυσμό. Η ολοένα και πιο έγκαιρη διάγνωση του καρκίνου του μαστού έχει οδηγήσει σε σημαντική βελτίωση του ρυθμό θεραπείας της νόσου. Σημαντικές πρόοδοι στην τεχνολογία της απεικόνισης παρέχουν τη βελτιωμένη ανίχνευση και ευαισθησία του καρκίνου και οδηγούν σε όλο ένα και λιγότερες περιττές βιοψίες. Οι πιο συνηθισμένες μέθοδοι απεικόνισης, που χρησιμοποιούνται, περιλαμβάνουν την Μαστογραφία, την Υπερηχογραφία, την Μαγνητική Τομογραφία (MRI), την σπινθηρομαστογραφία, την Τομογραφία Εκπομπής Φωτονίων (SPECT) και την Τομογραφία Εκπομπής Ποζιτρονίων (PET). Η παρούσα μελέτη επικεντρώνεται στην τεχνολογία της Απεικόνισης Μαγνητικού Συντονισμού ειδικά σε μία πρόσφατη και ελπιδοφόρα τεχνική απεικόνισης του καρκίνου του μαστού, που ονομάζεται Απεικόνιση Σταθμισμένης Διάχυσης στη Τομογραφία Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού (Diffusion Weighted Imaging breast MRI (DWI)). Η DWI είναι μια MRI ακολουθία χωρίς χρήση σκιαγραφικής ουσίας, η οποία βασίζεται σε αλληλουχίες για διάφορες τιμές του παράγοντα διάχυσης b (η τιμή b προσδιορίζει την διαχυτότητα και καθορίζει την ένταση και τη διάρκεια των βαθμωτών πεδίων διάχυσης). Η DWI ποσοστικοποιεί την κινητικότητα των μορίων του νερού (Brownian κίνηση) in vivo (σε ιστούς) και παρέχει διαφορετικές και ενδεχομένως συμπληρωματικές πληροφορίες στην μαστογραφία μαγνητικής τομογραφίας με χρήση σκιαγραφικού (Dynamic Contrast-Enhanced Magnetic Resonance Imaging: DCE-MRI). Η DWI με βάση τις ιδιότητες διάχυσης των μορίων του νερού, αντανακλά την τυχαία κίνησής τους λόγω της θερμικής τους ενέργειας. Η διάχυση του νερού στον μαστό μπορεί να ποσοτικοποιηθεί με τη μέτρηση της μέσης διαχυτότητας, η οποία αναφέρεται ως Φαινόμενος Συντελεστής Διάχυσης (Apparent Diffusion Coefficient-ΑDC). Ο ADC υπολογίζεται ύστερα από μετρήσεις για δυο b τιμές, μια χαμηλή b1 και μια υψηλότερη b2 τιμή. Η DWI επιτρέπει την χαρτογράφηση της διάχυσης των μορίων του νερού μέσω του ADC χάρτη. Ο ADC χάρτης είναι μια παραμετρική εικόνα της οποίας η κλίμακα χρωμάτων ή κλίμακα των τόνων του γκρι, αντιπροσωπεύει τις ADC τιμές των voxels και συνήθως παράγεται από λογισμικό. Οι παραμετρικοί ADC χάρτες απεικόνισης DWI αναπαριστούν τη μικροδομή των ιστών για διάφορους συνδυασμούς τιμών της παραμέτρου b. Η DWI εκτός από 3D ανατομική πληροφορία, παρέχει μια μη επεμβατική διερεύνηση της αγγειοβρίθειας του ιστού, έναν νέο μηχανισμό αντίθεσης στην MRI, και χαρακτηρίζεται από υψηλή ευαισθησία στην ανίχνευση ενδεχόμενων αλλαγών στο τοπικό βιολογικό περιβάλλον, οι οποίες οφείλονται σε παθολογία. Ως εκ τούτου, εκτός από τον χαρακτηρισμό αλλοιώσεων βάση σκιαγραφικής ενίσχυσης (DCE - MRI), η ποσοτικοποίηση της κίνησης των μορίων του νερού στην DWI παρέχει επιπλέον στοιχεία για τον χαρακτηρισμό της αλλοίωσης, κάτι το οποίο μπορεί να αυξήσει περαιτέρω την ειδικότητα της MRI για την ταξινόμηση των αλλοιώσεων του μαστού. Το διαγνωστικό πρόβλημα το οποίο αντιμετώπισε/εστίασε η παρούσα διπλωματική εργασία, αφορά στο χαρακτηρισμό/διάγνωση χωροκατακτητικών αλλοιώσεων (mass-like) του μαστού στην Απεικονιση Μαγνητικου Συντονισμου Σταθμισμενης Διαχυσης (DWI) και την ποσοτικη αναλυση του Φαινομενου Συντελεστη Διαχυσης (ADC) για διαγνωση καρκινου του μαστου. Η ικανότητα διάχυσης των μορίων του νερού περιορίζεται σε περιβάλλον υψηλής κυτταροβρίθιας, ενδοκυττάριων και εξωκυττάριων οιδημάτων, υψηλού ιξώδους και ίνωσης, όπως συμβαίνει στους κακοήθεις όγκους, διότι οι παράγοντες αυτοί εμποδίζουν την κυκλοφορία των μορίων του νερού. Αποτέλεσμα αυτού είναι οι περισσότεροι καρκίνοι του μαστού να παρουσιάζουν χαμηλές ADC τιμές σε σύγκριση με τους καλοήθεις όγκους ή τον φυσιολογικό ιστό. Πολλές μελέτες έχουν δείξει τη χρησιμότητα των ADC τιμών στη διαφορική διάγνωση των αλλοιώσεων του μαστού. Εν τούτοις, το κλινικό αποτέλεσμα παραμένει περιορισμένο λόγω της σημαντικής επικάλυψης καλοήθων και κακοήθων αλλοιώσεων, γεγονός που αποτελεί πρόκληση για την εφαρμογή ενός χρήσιμου διαγνωστικού ορίου της μέσης ADC. Στη πλειοψηφία των μελετών, όπως και στη παρούσα μελέτη, τα βέλτιστα επίπεδα αποκοπής της ADC μεταξύ κακοήθων και καλοήθων αλλοιώσεων προσδιορίστηκαν με τη χρήση ROC ανάλυσης. Στις μέχρι τώρα μελέτες τα διαγνωστικά όρια της μέσης ADC κυμαίνονται από 0.90 έως 1.76 × 10-3 mm2 / s, με ευαισθησία και ειδικότητα να κυμαίνονται από 63% έως 100% και 46% έως 97%, αντίστοιχα. Γεγονός αποτελεί, επίσης, η διαφορετική μέθοδος υπολογισμού της ADC που ακολουθεί η κάθε μελέτη, με πιο συχνή μέθοδο, ο υπολογισμός της μέσης τιμής της ADC (μέση τιμή ± τυπική απόκλιση) σε μια περιοχή ενδιαφέροντος (ROI) μιας αλλοίωσης του μαστού. Σκοπός της παρούσας μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας ήταν να διερευνηθεί η ικανότητα των χαρακτηριστικών ιστογράμματος του Φαινόμενου Συντελεστή Διάχυσης (Apparent Diffusion Coefficient-ADC) να διαφοροποιούν κακοήθεις από καλοήθεις αλλοιώσεις του μαστού στην Απεικόνιση Μαγνητικού Συντονισμού Σταθμισμένης Διάχυσης (Diffusion Weighted MRI-DWI). Για το σκοπό αυτό, δημιουργήθηκε ο ADC παραμετρικός χάρτης ο οποίος αποτέλεσε τη βάση για την εφαρμογή μεθόδου ανάλυσης υφής εικόνας, και τον υπολογισμό πέντε χαρακτηριστικών υφής πρώτης τάξης: την μέση τιμή, την τυπική απόκλιση, την κύρτωση, την λοξότητα και την εντροπία. Η προσέγγιση αυτή θεωρήθηκε ότι θα προσφέρει μια πιο ολοκληρωμένη αξιολόγηση της υφής του όγκου και της ετερογένειας. Η προσέγγιση εφαρμόσθηκε σε κλινικό δείγμα 92 ιστολογικά αποδεδειγμένων αλλοιώσεων του μαστού, οι οποίες προέρχονται από 69 γυναίκες οι οποίες είχαν νωρίτερα ανιχνευθεί μέσω μαστογραφίας ή/και υπερηχογραφίας ή από ψηλαφητά ευρήματα. Η ιστολογική εξέταση αποκάλυψε 53 κακοήθεις αλλοιώσεις που προέρχονταν από 45 γυναίκες και 39 καλοήθεις αλλοιώσεις από 26 γυναίκες. Όλες οι εξετάσεις μαγνητικής τομογραφίας του μαστού έγιναν με σύστημα MRI 3T και για b=0 και 900 s/mm2. Η διαγνωστική απόδοση/επίδοση των παραμέτρων αυτών συγκρίθηκε με την ανάλυση λειτουργικού χαρακτηριστικού δέκτη (ROC analysis). Τα αποτελέσματα υποδεικνύουν τον σημαντικό ρόλο της ανάλυσης ADC ιστογράμματος χρησιμοποιώντας τα 5 παραπάνω χαρακτηριστικά υφής για την ταυτοποίηση των αλλοιώσεων του μαστού. Οι μετρήσεις της μέσης τιμής, της λοξότητας και της εντροπία της ADC των καλοήθων και κακοήθων αλλοιώσεων του μαστού είχαν στατιστικώς σημαντική διαφορά. Ειδικότερα, η μέση ADC τιμή των καλοήθων όγκων [(1.470 ± 0.342) × 10-3 mm2/s] ήταν σημαντικά υψηλότερη από εκείνη των κακοήθων, [(0.965 ± 0.268) × 10-3 mm2/s, (ρ < 0.00001)]. Η λοξότητα της ADC των καλοήθων όγκων [-0.303 ± 0.584], διέφερε σημαντικά από εκείνη των κακοήθων, [0.210 ± 0.725. (ρ= 0.0008)]. Και η εντροπία της ADC των καλοήθων όγκων [4.794 ± 0.665], ήταν σημαντικά χαμηλότερη από εκείνη των κακοήθων, [5.569 ± 0.649, (ρ < 0.00001)]. Ωστόσο, η τυπική απόκλιση και η κύρτωση της ADC των καλοήθων και κακοήθων αλλοιώσεων του μαστού δεν είχαν στατιστικώς σημαντική διαφορά. Συγκεκριμένα, η τυπική απόκλιση της ADC των καλοήθων όγκων ήταν [(0.184 ± 0.999) × 10-3 mm2/s] ενώ των κακοήθων ήταν [(0.192 ± 0.151) × 10-3 mm2/s, (ρ = 0.6581)] και η κύρτωση της ADC των καλοήθων όγκων ήταν [3.003 ± 1.065] ενώ των κακοήθων ήταν [3.337 ± 1.334, (ρ = 0.0987)]. Η περιοχή κάτω από την ROC καμπύλη (AUC) για τη μέση ADC τιμή ήταν 0.862 ± 0.042 (95% διάστημα εμπιστοσύνης: 0.754, 0.925), για την λοξότητα της ADC ήταν 0.705 ± 0.054 (95% διάστημα εμπιστοσύνης: 0.589, 0.800) και για η εντροπία της ADC ήταν 0.800 ± 0.046 (95% διάστημα εμπιστοσύνης: 0.691, 0.874), και είχαν ως αποτέλεσμα μια καλή διαγνωστική απόδοση/ επίδοση της DWI για τις παραμέτρους αυτές. Από την άλλη πλευρά, η AUC με 0.527 ± 0.063 (95% διάστημα εμπιστοσύνης: 0.393, 0.640) και με 0.601 ± 0.061 (95% διάστημα εμπιστοσύνης: 0.470, 0.707) για την τυπική απόκλιση και την κύρτωση, αντίστοιχα, υποδηλώνει ένα βαθμό επικάλυψης στις ADC τιμές μεταξύ καλοήθων και κακοήθων όγκων. Τα βέλτιστα κατώφλια αποκοπής για διαφοροποίηση καλοήθων έναντι κακοήθων αλλοιώσεων καθορίστηκαν με τον εντοπισμό των σημείων όπου η ακρίβεια ήταν μέγιστη στις καμπύλες ROC. Από τη συγκεκριμένη μελέτη, προέκυψαν δύο τιμές κατωφλίου αποκοπής της μέσης ADC, με την ίδια ακρίβεια 83.15%. Το πρώτο κατώφλι με τιμή 1.21 x 10-3 mm2/s χαρακτηρίζεται με ευαισθησία 86.27% και ειδικότητα 78.95%. Και το δεύτερο κατώφλι με τιμή 1.32 x 10-3 mm2/s χαρακτηρίζεται με ευαισθησία 92.16% και ειδικότητα 71.05%. Το κατώφλι για την λοξότητα της ADC ήταν στα -0.06 με ακρίβεια 68.54%, ευαισθησία 66.03% και ειδικότητα 66.67%. Τέλος, προέκυψαν δύο τιμές κατωφλίου αποκοπής της εντροπίας της ADC με την ίδια ακρίβεια ακρίβεια 76.40%. Το πρώτο κατώφλι με τιμή 5.17 χαρακτηρίζεται με ευαισθησία 75.47% και ειδικότητα 71.80%. Και το δεύτερο κατώφλι με τιμή 5.21 χαρακτηρίζεται με ευαισθησία 73.59% και ειδικότητα 74.36%. Συμπερασματικά, τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης δείχνουν τη συνεισφορά των μεθόδων ανάλυσης υφής εικόνας στη Απεικονιση Μαγνητικου Συντονισμου Σταθμισμενης Διαχυσης (DWI) του μαστού για την ποσοτικοποίηση της ετερογένειας του ιστού, παρέχοντας σημαντικές πληροφορίες για τη διάγνωση του καρκίνου του μαστού. Η ανάλυση ιστογράμματος των ADC τιμών στον καρκίνο του μαστού έχει τη δυνατότητα διαφοροποίησης καλοήθων και κακοήθων όγκων, παρέχοντας πληροφορίες για το σύνολο του όγκου. Η μέση τιμή, η λοξότητα και η εντροπία του ADC είναι πολύτιμες παράμετροι που συσχετίζονται με παθολογικό χαρακτηρισμό των όγκων του μαστού. Αυτές οι 3 ADC παράμετροι αύξησαν σημαντικά την ποσοτική διαγνωστική απόδοση της DWI του μαστού και πιθανότατα να είναι αποτελεσματικές παράμετροι όσον αφορά τη διάκριση μεταξύ καλοήθων και κακοήθων αλλοιώσεων του μαστού Μελλοντικές προσπάθειες πρόκειται να εστιάσουν στη διερεύνηση της συσχέτισης των εξαχθέντων χαρακτηριστικών υφής με ιστοπαθολογικούς δείκτες, με σκοπό την περαιτέρω επιβεβαίωση των προτεινόμενων προσεγγίσεων και ενδεχομένως την χρήση συγκεκριμένων χαρακτηριστικών υφής ως μη επεμβατικών προγνωστικών δεικτών καρκίνου του μαστού.

Exploiting signal sparsity has recently received considerable attention in a variety of areas including signal and image processing, compressive sensing, machine learning and so on. Many of these applications involve optimization models that are regularized by certain sparsity-promoting metrics. Two most popular regularizers are based on the l1 norm that approximates sparsity of vectorized signals and the total variation (TV) norm that serves as a measure of gradient sparsity of an image. Nevertheless, the l1 and TV terms are merely two representative measures of sparsity. To explore the matter of sparsity further, in this thesis we investigate relaxations of the regularizers to nonconvex terms such as lp and TVp "norms" with 0 <= p < 1. The contributions of the thesis are two-fold. First, several methods to approach globally optimal solutions of related nonconvex problems for improved signal/image reconstruction quality have been proposed. Most algorithms studied in the thesis fall into the category of iterative reweighting schemes for which nonconvex problems are reduced to a series of convex sub-problems. In this regard, the second main contribution of this thesis has to do with complexity improvement of the l1/TV-regularized methodology for which accelerated algorithms are developed. Along with these investigations, new techniques are proposed to address practical implementation issues. These include the development of an lp-related solver that is easily parallelizable, and a matrix-based analysis that facilitates implementation for TV-related optimizations. Computer simulations are presented to demonstrate merits of the proposed models and algorithms as well as their applications for solving general linear inverse problems in the area of signal and image denoising, signal sparse representation, compressive sensing, and compressive imaging. / Graduate

This thesis provides several nanomaterial systems that can be used as contrast agents in magnetic resonance imaging (MRI) and for optical fluorescence imaging. Nanoparticle systems described in this thesis fall under three categories: (a) graphene oxide-nanoparticle composites for MRI contrast agent application, (b) core-shell nanoparticles for MRI contrast agent application and (c) nanoparticle systems for both MRI and optical fluorescence imaging. In the case of graphene oxide based nano-composites, the following observations were made: (i) in the case of graphene oxide-Fe3O4 nanoparticle composite, it was observed that high extent of oxidation of the graphene oxide and large spacing between the graphene oxide sheets containing Fe3O4 nanoparticles provides the optimum structure for yielding a very high transverse proton relaxivity value, (ii) in the case of graphene oxide-Gd2O3 nanoparticle composite, it was observed that this composite exhibits high value for both longitudinal and transverse relaxivity values making it a potential materials for multi-contrast study of pathologies with a single agent, (iii) in the case of graphene oxide-CoFe2O4 nanoparticle composites, it was observed that an increase in the reflux time of the reaction mixture containing this composite led to appreciable variations in the proton relaxivity values. Transverse relaxivity value of the water protons increased monotonically with increase in the reflux time. Whereas, the longitudinal relaxivity value initially increased and then decreased with increase in the reflux time. In the case of coreshell nanoparticles for MRI contrast agent application two different core-shell systems were investigated. They are MnFe2O3-Fe3O4 core-shell nanoparticles and CoFe2O4-MnFe2O4 coreshell nanoparticles. Investigations of both the core-shell nanoparticle systems revealed that the proton relaxivity value obtained in the dispersion of the core-shell nanoparticles was considerably greater than the proton relaxivity value obtained in the presence of single phase nanoparticles of the core and shell phases. Very high value of transverse relaxivity in the case core-shell nanoparticles was due to the large magnetic inhomogeneity created by the core-shell nanoparticles in the water medium surrounding it. In the case of nanoparticle systems for both MRI and optical fluorescence imaging, two different systems were investigated. They were CoFe2O4-ZnO core-shell nanoparticles and Gd doped ZnS nanoparticles [Zn1-xGdxS, x= 0.1, 0.2 and 0.3] formed on graphene oxide sheets or coated with chitosan. In the case of CoFe2O4-ZnO core-shell nanoparticles it was observed that fluorescent CoFe2O4-ZnO core-shell nanoparticles with the unique geometry in which CoFe2O4 ferrite nanoparticles agglomerates were present within larger sized hollow ZnO capsules yields very high value of transverse proton relaxivity when compared to the proton relaxivity value exhibited by the individual CoFe2O4-ZnO coreshell nanoparticles. In the case of Gd doped ZnS nanoparticles, two different systems were synthesized and the values of the longitudinal and transverse proton relaxivity obtained were compared. These systems were (i) graphene oxide- Zn1-xGdxS (x= 0.1, 0.2 and 0.3) nanoparticle composites and (ii) chitosan coated Zn1-xGdxS (x= 0.1, 0.2 and 0.3) nanoparticles. It was observed that Gd doped ZnS nanoparticles in both cases exhibit both longitudinal and transverse relaxivity values. The relaxivity values showed a clear dependence on the composition of the nanoparticles and the nanoparticle environment (presence and absence of graphene oxide). It was also observed that Gd doped ZnS nanoparticle can be used for florescence imaging.

Diffuse optical tomography is a promising imaging modality that provides functional information of the soft biological tissues, with prime imaging applications including breast and brain tissue in-vivo. This modality uses near infrared light( 600nm-900nm) as the probing media, giving an advantage of being non-ionizing imaging modality. The image reconstruction problem in diffuse optical tomography is typically posed as a least-squares problem that minimizes the difference between experimental and modeled data with respect to optical properties. This problem is non-linear and ill-posed, due to multiple scattering of the near infrared light in the biological tissues, leading to infinitely many possible solutions. The traditional methods employ a regularization term to constrain the solution space as well as stabilize the solution, with Tikhonov type regularization being the most popular one. The choice of this regularization parameter, also known as hyper parameter, dictates the reconstructed optical image quality and is typically chosen empirically or based on prior experience. In this thesis, a simple back projection type image reconstruction algorithm is taken up, as they are known to provide computationally efficient solution compared to regularized solutions. In these algorithms, the hyper parameter becomes equivalent to filter factor and choice of which is typically dependent on the sampling interval used for acquiring data in each projection and the angle of projection. Determining these parameters for diffuse optical tomography is not so straightforward and requires usage of advanced computational models. In this thesis, a computationally efficient simplex Method based optimization scheme for automatically finding this filter factor is proposed and its performances is evaluated through numerical and experimental phantom data. As back projection type algorithms are approximations to traditional methods, the absolute quantitative accuracy of the reconstructed optical properties is poor .In scenarios, like dynamic imaging, where the emphasis is on recovering relative difference in the optical properties, these algorithms are effective in comparison to traditional methods, with an added advantage being highly computationally efficient. In the second part of this thesis, this hyper parameter choice for traditional Tikhonov type regularization is attempted with the help of Least-Squares QR-decompisition (LSQR) method. The established techniques that enable the automated choice of hyper parameters include Generalized Cross-Validation(GCV) and regularized Minimal Residual Method(MRM), where both of them come with higher over head of computation time, making it prohibitive to be used in the real-time. The proposed LSQR algorithm uses bidiagonalization of the system matrix to result in less computational cost. The proposed LSQR-based algorithm for automated choice of hyper parameter is compared with MRM methods and is proven to be computationally optimal technique through numerical and experimental phantom cases.

L’objectif de cette thèse est d’appliquer la théorie du contrôle optimal à la dynamique de systèmes quantiques. Le premier point consiste à introduire dans le domaine du contrôle quantique des outils de contrôle optimal initialement développés en mathématique. Cette approche a ensuite été appliquée sur différent types de systèmes quantiques décrit par une grande ou une petite dimension. La première partie du manuscrit introduit les différents outils de contrôles utilisés avec une approche adaptée à un public de physiciens. Dans la seconde partie, ces techniques sont utilisées pour contrôler la dynamique des spins en RMN et IRM. La troisième partie s’intéresse au développement de nouveaux algorithmes itératifs de contrôle optimal appliqués au contrôle par champ laser de la dynamique rotationnelle des molécules linéaires en phases gazeuse ainsi qu’au développement d’une stratégie de contrôle simple permettant de délocaliser une molécule dans un plan. La quatrième partie traite le contrôle en temps minimum d’un condensat de Bose-Einstein à deux composantes. La dernière partie permet de comparer qualitativement et quantitativement les différentes méthodes de contrôle optimal utilisées. Les seconde et troisième parties ont également bénéficier de l’implémentation expérimentale des solutions de contrôle optimal obtenues. / The goal of this thesis is to apply the optimal control theory to the dynamics of quantum systems.The first part aim at introducing the tools of optimal control in quantum control which were initially developedin mathematics. This approch has been applied on different kinds of quantum system with small and largedimensions. The first part of this manuscript introduces the optimal control tools which are used with a pointof view suited to a public of physicists. In the second part these techniques are used to control the dynamics ofspins in NMR and MRI. The third part deals with the development of new iterative algorithms applied to thecontrol by laser fields of the rotational dynamics of linear molecules in a gaz phases and the development of asimple control strategy allowing to delocalize a molecule in a plan. The fourth part treats the time-minimumcontrol of a two-component Bose Einstein condensate. The last part compares the different optimal controlmethods used qualitatively and quantitatively. The solution found in the second and third parts have been alsoapplied experimentally.

L'imagerie par résonance magnétique (IRM) est une modalité qui offre de bons contrastes et une bonne résolution spatiale, mais qui souffre d'un important problème de sensibilité. Pour répondre à cette problématique, le paradigme actuel est d'accroitre le champ magnétique des aimants d'IRM. Ceci mène toutefois à une explosion des coûts et à des contraintes accrues vis-à-vis des patients. L'approche que nous présentons est radicalement différente~: il s'agit de travailler à champ faible. Les antennes classiques n'étant pas assez sensibles pour recueillir le signal, l'idée est d'utiliser des SQIF. Ces derniers sont une nouvelle technologie d'antennes supraconductrices ultra-sensibles basées sur les réseaux de SQUID. Le projet vise à optimiser les capteurs SQIF et à les adapter pour la première fois à la RMN afin de mesurer un signal sur un aimant à 0.2~T.Pour ce faire, nous avons développé et étudié les performances de nouvelles architectures d'antennes SQIF afin de définir la géométrie la plus adaptée à la RMN. Nous avons également cherché à mieux comprendre comment le contexte d'utilisation de ces nouvelles antennes pouvait influencer leurs performances. Le jeu d'antennes le plus performant réalisé avait un facteur de transfert de 8.4~kVperT et un seuil de détection de 190~fTperHz. Il fut également observé que la présence d'un champ magnétique pendant le refroidissement de ces capteurs supraconducteurs dégradait leur réponse, phénomène à prendre en compte en RMN.Un Démonstrateur Super-QIF intégrant un SQIF dans l'IRM à 0.2~T fut conçu en tenant compte des contraintes géométriques et de l'environnement magnétique. Après sa fabrication, la température du cryostat était de 50~K, donc suffisante pour le bon fonctionnement des SQIF. Les premiers tests ont montrés que la présence du système ne perturbait pas le signal de RMN.Le démonstrateur est toujours en cours de développement et devrait permettre de mesurer un de RMN dans les mois à venir. À long terme, ces travaux pavent la voie à des applications des SQIF en IRM à champ terrestre. / Magnetic resonance imaging (MRI) is a modality that offers good contrasts and good spatial resolution, but suffers from a significant sensitivity problem. To address this issue, the current paradigm is to increase the magnetic field of MRI magnets. However, this leads to an explosion of costs and to increased constraints on patients. The approach we present is radically different: it involves working in a weak field. As conventional antennas are not sensitive enough to collect the signal, the idea is to use SQIF. These are a new ultra sensitive superconducting antenna technology based on SQUID networks. The project aims to optimize SQIF technology and adapt it to measure an NMR signal in a 0.2~T magnet.To do this, we developed and studied the performance of new SQIF antenna architectures in order to define the geometry most suitable for NMR. We also sought to better understand how the context of use of these new antennas could influence their performance. The best performing antennas set had a transfer factor of 8.4~kVperT and a detection threshold of 190~fTperHz. It was also observed that the presence of a magnetic field during the cooling of these superconducting sensors degraded their response, a phenomenon to be accounted for in NMR.The Super-QIF Demonstrator incorporating a SQIF in the 0.2~T MRI was designed considering the geometric constraints and the magnetic environment. After its assembly, the temperature of the cryostat was 50~K, therefore sufficient for the proper operation of SQIF. The first tests showed that the system presence did not disturb the NMR signal.The demonstrator is still under development and is expected to measure an NMR signal in the forthcoming months. In the long term, this work paves the way for applications of SQIF in Earth's field MRI.