Para evaluar el uso de malato como aditivo en el pienso de corderos de engorde, se realizaron dos trabajos experimentales. En el primero de ellos se llevaron a cabo dos experimentos (1.1 y 1.2) a fin de evaluar los efectos del malato (Rumalato?, 160 g/kg malato sódico y 840 g/kg malato cálcico) y de la fuente de almidón en corderos en cebo intensivo. En el primer experimento (1.1) se utilizaron 73 corderos de raza Ripollesa (7 sem.) distribuidos en 8 lotes homogéneos (2 por tratamiento) para evaluar los efectos sobre el crecimiento y las características ruminales al sacrificio. Los corderos fueron alimentados ad libitum con paja de cebada y concentrado granulado, el cual varió según la adición o no de malato (0 o 2 g/kg) y la fuente principal de almidón (trigo o una mezcla de mandioca y cebada). Los tratamientos fueron: T (trigo sin malato), T+M (trigo con malato), MC (mandioca y cebada sin malato) y MC+M (mandioca y cebada con malato). En el segundo experimento (1.2) se utilizaron 8 corderos machos de raza Manchega (13,2 kg PV), alojados en cajas de digestibilidad, en un diseño en doble cuadrado Latino 4 × 4 para evaluar los efectos del malato y de la fuente de almidón (mismos tratamientos experimentales que en el caso anterior) sobre la digestibilidad de nutrientes, el pH y la consistencia de las heces, y los balances de energía y nitrógeno. En conclusión, los resultados de este primer estudio indican que el malato (2 g/kg concentrado) aumentó la GMD, especialmente en dietas a base de trigo, pero no mejoró el IC, la superficie de absorción ruminal, ni la digestibilidad y el balance de nutrientes.En el segundo trabajo experimental se realizaron también 2 experimentos (2.1) y 2.2) para evaluar los efectos de dosis crecientes (0, 3, 6, y 9 g/kg concentrado) de malato (Rumalato?, 850 g/kg de E 296 DL- ácido málico) en el concentrado de corderos en crecimiento. En el primer experimento (2.1) se usaron setenta y ocho corderos de cebo de razas Manchega y Lacaune a partir del destete (6 sem.) distribuidos en 8 lotes homogéneos (2 por tratamiento) para evaluar los efectos de la dosis de malato sobre los parámetros productivos. Los animales recibieron a voluntad, agua, paja de cebada y los concentrados experimentales. En el segundo experimento (2.2) se utilizaron treinta corderas de reposición de las razas Manchega y Lacaune (10 sem.) distribuidas en 4 grupos homogéneos, recibiendo los mismos tratamientos que en el anterior, para evaluar el pH, la concentración de N amoniacal (NH3-N) y la de ácidos grasos volátiles (AGV) en el rumen. En conclusión, en este segundo estudio la adición de malato (? 3 g/kg concentrado) aumentó el consumo de paja, pero redujo el de concentrado y el IC, sin afectar el crecimiento de los corderos. Este resultado contrasta con el obtenido en el primer estudio, en que el malato, bajo otra forma química y con otros ingredientes, mejoró la GMD, pero no el IC. Por tanto, se puede decir que, de forma general, la suplementación con malato puede tener efectos positivos sobre alguno de los parámetros productivos, pero dichos efectos son variables y difíciles de predecir, en función de las circunstancias concretas de cada caso. / Two studies were conducted to test the use of malate as a feed additive in fattening lambs. In the first study, two experiments (1.1 and 1.2) were carried out to evaluate the main effects of malate (Rumalato?, 160 g/kg disodium malate and 840 g/kg calcium malate) and starch source in the concentrate of fattening lambs on growth performance, ruminal traits, digestibility and nutrient balance. In the first experiment (1.1), 73 Ripollesa breed lambs (7 wk of age) were fed ad libitum with pelleted concentrates and barley straw, and used in a 2 × 2 factorial arrangement to evaluate effects on growth performance and ruminal traits at slaughter. Four types of concentrate were prepared according to malate addition (0 vs. 2 g/kg) and starch source (wheat vs. a mixture of manioc and barley). Treatments were: W (wheat without malate), W+M (wheat with malate), MNB (manioc-barley without malate) and MNB+M (manioc-barley with malate). In the second experiment (1.2), 8 individualized male Manchega lambs, under the same treatments than in exp. 1, were used in a double 4 × 4 Latin square design to evaluate nutrient digestibility and energy and nitrogen (N) balance. As a conclusion, the results obtained in this first study showed that malate (2 g/kg in concentrate) was useful for increasing ADG in wheat based diets, but did not provide additional benefits on feed efficiency, ruminal traits, digestibility and nutrient balance in intensively fattened lambs. In the second study, two experiments (2.1 and 2.2) were designed to evaluate the effects of increasing levels (0 3, 6 and 9 g/kg concentrate) of malate (Rumalato?, 850 g/kg of E 296 DL-Malic acid and 15 g/kg of calcium carbonate and sodium bicarbonate as excipient) in growing lambs. Lambs were fed ad libitum with barley straw and pelleted concentrates. In the first experiment (1.2), a total of seventy-eight Manchega and Lacaune weaned lambs (6 wk) were used in a completely randomized block design to evaluate growth performance. In the second experiment (2.2), a total of thirty female Manchega and Lacaune lambs (10 wk) were fed the same diets under the same design used in the first experiment to evaluate ruminal pH, ruminal ammonia nitrogen (NH3-N) concentration, and total and individual volatile fatty acid (VFA) concentration. As a conclusion of this second study, including increasing levels of malate (? 3 g/kg concentrate) in intensive fattening diets may result in lower consumption of concentrate, higher straw intake and reduced FCR. This result doesn't agree with the observed in the first study, under other experimental conditions, where feeding malate increased ADG but had no effect on FCR. Therefore, as a general conclusion, is possible to say that malate may have some positive effect on productive parameters, but the final response is difficult to predict.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3067.pdf: 3124482 bytes, checksum: 1b3dfc28c4bcee4b3d0072ea2a186976 (MD5) Previous issue date: 2010-06-02 / Universidade Federal de Sao Carlos / Mdh-1 enzyme locus coding for cytoplasmic malate dehydrogenase has three common alleles Mdh-1100 (F), Mdh-180 (M) e Mdh-165 (S) and it has been extensively used as racial marker in populational studies of Apis mellifera. Additional isoforms are detected by electrophoretic analysis during ontogenetic development of A. mellifera, indicating differential expression of this locus, and a large set of evidences suggests that Mdh-1 alleles are under temperature-mediated selection. In this work, we proposed to study molecular aspects of this locus aiming to understand the nature of observed polymorphism and possible mechanisms leading to the formation of additional isoforms. Our results suggest Mdh-1100 as the ancestral allele that gave origin to alleles Mdh-180 and Mdh-165, and electrophoretic mobility differences of allelic products may be attributed to the substitution of a single aminoacid in each variant. Regarding genic expression during development, we re able to determine that both loci Mdh-1 and Mdh-2, coding for mitochondrial malate dehydrogenase, have high expression in larval and late pupal stages, and present a significant decrease in expression during transitional stages between larva and pupa. We also determined that additional isoforms are characteristic of pupae fat body and hemolymph, not being detected in other tissues, appearing at late larval stage and starting to disappear with beginning of pupal pigmentation. We were not able to identify the causes promoting the formation of the new isoforms, but our results suggest that this phenomenon is not due to alternative splicing or expression of a stage- and tissue-specific gene. / O loco enzimático Mdh-1, codificante da malato desidrogenase citoplasmática, possui três alelos comuns Mdh-1100 (F), Mdh-180 (M) e Mdh-165 (S) e tem sido extensivamente utilizado como um marcador racial nos estudos de população de Apis mellifera. Análises eletroforéticas demonstram o surgimento de isoformas adicionais durante o desenvolvimento ontogenético de A. mellifera, indicando que o loco apresenta expressão diferencial, e um amplo conjunto de evidências sugere que os alelos deste loco estão sob ação da seleção natural mediada pela temperatura. Neste trabalho, nos propusemos a estudar aspectos moleculares deste loco com o objetivo principal de entender a natureza do polimorfismo observado e os possíveis mecanismos que levam à formação das isoformas adicionais. Nossos resultados sugerem que o alelo Mdh-1100 é ancestral e originou os outros alelos Mdh-180 e Mdh-165, e que a diferença na mobilidade eletroforética dos produtos destes alelos pode ser atribuída à alteração de um único aminoácido em cada uma das variantes. Em relação à expressão gênica durante o desenvolvimento, pudemos determinar que tanto o loco Mdh-1 quanto o loco Mdh-2, codificante da malato desidrogenase mitocondrial, apresentam elevada expressão durante a fase de larva e no final da fase de pupa, e uma significativa redução durante a transição de larva a pupa. Também determinamos que as isoformas adicionais são características do corpo gorduroso e da hemolinfa, não sendo encontradas em outros tecidos, e surgem no final da fase larval e começam a desaparecer com o início da pigmentação das pupas. Não pudemos identificar as causas que promovem o aparecimento dessas novas isoformas, porém, nossos resultados sugerem que o fenômeno não deve ser devido a splicing alternativo ou expressão de um novo gene estágio- e tecido-específicos.

CICYT (PB95-0695)

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-11-03T12:46:00Z No. of bitstreams: 2 Disssertação - Fausto Guimarães Costa - 2015.pdf: 7717372 bytes, checksum: 0c97192720a82947f88e00adcc4dc90b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-11-03T12:47:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Disssertação - Fausto Guimarães Costa - 2015.pdf: 7717372 bytes, checksum: 0c97192720a82947f88e00adcc4dc90b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T12:47:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Disssertação - Fausto Guimarães Costa - 2015.pdf: 7717372 bytes, checksum: 0c97192720a82947f88e00adcc4dc90b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-04-16 / Paracoccidioidomycose / A Paracoccidioidomicose...

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-02-21T00:14:46Z No. of bitstreams: 1 JulianaGabrielaSilvaDeLima_DISSERT.pdf: 2326207 bytes, checksum: 72dd0aa19271777e0700d9c307ad79e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-03-03T21:38:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JulianaGabrielaSilvaDeLima_DISSERT.pdf: 2326207 bytes, checksum: 72dd0aa19271777e0700d9c307ad79e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-03T21:38:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JulianaGabrielaSilvaDeLima_DISSERT.pdf: 2326207 bytes, checksum: 72dd0aa19271777e0700d9c307ad79e7 (MD5) Previous issue date: 2016-09-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Durante o desenvolvimento p?s-germinativo, o d?ficit h?drico e concentra??es t?xicas de sais podem afetar processos dos tecidos cotiledonares, como o crescimento, a atividade de enzimas e a mobiliza??o das reservas lip?dicas, al?m de gerar um desequil?brio redox celular. No entanto, os estudos geralmente relatam altera??es metab?licas ao longo do desenvolvimento sob estresses aplicados apenas no momento da embebi??o. Visto isso, o objetivo desde estudo foi avaliar as mudan?as fenol?gicas e fisiol?gicas ocasionadas pelos estresses h?drico, induzido por polietilenoglicol (PEG-8000), e salino, induzido por NaCl, aplicados no momento da embebi??o ou durante a fase de transi??o semente-pl?ntula. Adicionalmente, o estudo tamb?m teve como finalidade caracterizar a atividade das enzimas APX, CAT e SOD e a express?o das enzimas APX, CAT, ICL e MLS das pl?ntulas de c?rtamo de pl?ntulas submetidas aos estresses apenas durante a fase de transi??o semente-pl?ntula. Verificou-se que as pl?ntulas sofreram altera??es fenol?gicas e fisiol?gicas diferentes de acordo com o momento de aplica??o do NaCl e do PEG. Os tratamentos realizados durante a transi??o semente-pl?ntula afetaram em menor grau o crescimento das ra?zes, a taxa e o ?ndice de velocidade de germina??o do que a aplica??o de NaCl e PEG no momento da embebi??o. Entretanto, o efeito do PEG sob os par?metros fenol?gicos e fisiol?gicos avaliados foi mais severo em rela??o ao observado para o NaCl independentemente do momento de aplica??o dos tratamentos. Interessantemente, durante a transi??o semente-pl?ntula, os teores de H2O2 e de lip?deos peroxidados nas pl?ntulas controle sofreram intenso aumento durante o estabelecimento. Por?m, ambos os estresses induziram diminui??es nos teores de clorofilas, carotenoides, H2O2 e lip?deos peroxidados, quando comparado ao controle, apesar das plantas submetidas aos tratamentos apresentarem consider?vel diminui??o na atividade da SOD e CAT. Estas redu??es tamb?m ocorreram a n?vel transcricional, uma vez que n?o houve express?o da CAT durante o tratamento com NaCl, sendo observada apenas 72 h ap?s o tratamento com PEG. J? a atividade e express?o da APX se mantiveram altas nas pl?ntulas tratadas, assim como a express?o da MLS. A partir disto, conclu?mos que condi??es estressantes especificamente durante a transi??o semente-pl?ntula podem interferir no processo de sinaliza??o induzido por H2O2 necess?rio ao completo estabelecimento, ocasionando atrasos no in?cio do metabolismo fotossint?tico. Al?m disso, o sistema da APX pode ter um importante papel na manuten??o deste processo. / During seed?s post-germinative development, drought and toxic ionic concentrations affect physiological and metabolic processes of cotyledonary tissues, such as growth, enzyme activity and mobilization of lipid reserves, as well as contribute to a cellular redox imbalance. However, studies generally report metabolic changes throughout the development under stress conditions applied only at the time of soaking. Therefore, this study aimed to evaluate the phenological and physiological changes caused by Poliethyleneglycol induced-osmotic stress (PEG-8000) and NaCl induced-salt stresses applied during soaking or during seed-to-seedling transition. In addition, the present work characterizes the activity of APX, CAT and SOD enzymes and APX, CAT, ICL and MLS mRNA expression of safflower seedlings subjected to stress applied only at the seed-to-seedling transition stage. It was observed that seedlings suffered phenological and physiological changes according to application time of NaCl and PEG treatments. During the seed-to-seedling transition, stress conditions affected root growth, germination rate and germination speed index in lower levels than when they are applied at the time of soaking. PEG-induced osmotic stress exerts more severe effects on the evaluated phenological and physiological parameters, regardless of application time. Interestingly, during seed-to-seedling transition, the H2O2 and lipid peroxidation levels in control seedlings showed an intense increase during establishment. Conversely, both stresses induced decreases in chlorophyll, carotenoids, H2O2, and peroxidized lipid levels when comparing to control, even though stressed plants presented marked reductions in SOD and CAT activities. These reductions were also at the transcriptional level, since CAT mRNA expression was only observed after 72 h of PEG treatment and not observed at all during NaCl treatment. On the other hand, APX activity and expression remained high during both treatments, as well as MLS mRNA expression. Taking into account all the obtained results, we conclude that specific stress conditions during seed-to-seedling transition may interfere in the H2O2 signalization needed to complete establishment, causing delays on the beginning of photosynthetic metabolism. Also, it seems that APX system may have an important role in maintenance of this process.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-18T17:34:04Z No. of bitstreams: 2 Tese - Benedito R Neto da Silva Neto - 2013.pdf: 6956298 bytes, checksum: 49e69215087afc3b1ae2471385d29585 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-11-18T17:34:16Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Benedito R Neto da Silva Neto - 2013.pdf: 6956298 bytes, checksum: 49e69215087afc3b1ae2471385d29585 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-18T17:34:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Benedito R Neto da Silva Neto - 2013.pdf: 6956298 bytes, checksum: 49e69215087afc3b1ae2471385d29585 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-05-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The thermally dimorphic fungal pathogen Paracoccidioides is the agent of paracoccidioidomycosis. This disease is characterized by a granulomatous inflammation with clinical forms ranging from a benign localized infection to a disseminated one. The triazole drugs are broad-spectrum antifungal agents and are currently used to treat infections caused by various pathogenic yeast and molds. The mechanism of action of azoles has been elucidated in some fungi, although little is known in Paracoccidioides. Here we aim to investigate the mechanism of action of itraconazole on Paracoccidioides by using Representational Difference Analysis from Paracoccidioides yeast cells grown in the absence and presence of itraconazole for 1 and 2 h. Among the Paracoccidioides genes up-regulated by itraconazole were those mainly involved in cellular transport, metabolism/energy, transcription, cell rescue, defense and virulence. ERG11, ERG6, ERG3, ERG5 and ERG25 were up-regulated when evaluated in a timely manner. In vivo infection experiment in mice corroborated in vitro results. The glyoxylate cycle and its key enzymes isocitrate lyase and malate synthase (MLS) play a crucial role in the pathogenicity and virulence of various fungi such as the human pathogens. Here, we describe a study conducted to develop rational ligands as candidates to inhibit receptor PbMLS. The important step in the search for ligands for this receptor based on structural homology, molecular docking and molecular dynamics involving scanning virtual (virtual screening) through the program AutoDock Vina. Identified from the database of natural compounds (ZINC data bank) potential candidate ligands to inhibit the activity of PbMLS when compared to the original binder. This process led us to monoterpene indole alkaloids of the genus Palicourea (Rubiaceae) comprises about 230 species from shrubs and small trees distributed mainly in tropical regions. From the molecular docking fifteen compounds were tested as to its effectiveness in inhibiting the activity of PbMLS. The specific activity of PbMLS was affected by the compounds. Four indol alkaloids showed ability to reduce the enzyme activity. Since PbMLS is a linked surface protein that behaves as an anchorless adhesin, and PbICL is here described as adhesin, we also investigated if those compounds inhibit the adhesion of the protein to extracellular. Twodimensional gel electrophoresis we used to investigate the proteins expressed differentially during treatment with itraconazole and amphotericin B. Gels of three independent biological replicates were digitalized and the images were analyzed using the ImageMaster 2D Platinum 6.0 software (GE Healthcare). Spot intensities were normalized and the statistics analyses were estimated by one-way ANOVA. The spots of interest were excised, in-gel digested with trypsin, and the peptides were then analyzed by MS and/or MS/MS and and sequenced. The results obtained here should assist in understanding the mode of action of drugs in Paracoccidioides, and outline studies identifying compounds with antifungal activity. / O fungo patógeno termodimórfico Paracoccidioides é o agente da paracoccidioidomicose. Esta doença é caracterizada por uma inflamação granulomatosa onde as formas clínicas vão da infecção localizada benigna a uma uma disseminada. As drogas triazólicas são antifúngicos de amplo espectro e são usadas atualmente para tratar infecções causadas por vários fungos patogênicos e fungos. O mecanismo de ação dos azólicos foi elucidado em alguns fungos, embora pouco se sabe em Paracoccidioides. Aqui, em primeiro lugar pretendemos investigar o mecanismo de ação do itraconazol em Paracoccidioides usando análise de diferença representacional de Paracoccidioides células de levedura crescidas na ausência e na presença de itraconazol por 1 e 2 horas. Entre os genes Paracoccidioides up-regulados pelo itraconazol foram os envolvidos, principalmente no transporte celular, metabolismo/energia, transcrição, defesa e virulência. ERG11, ERG6, ERG3, ERG5 e ERG25 foram regulados quando avaliados de forma temporal. Experimentos de infecção em camundongos corroborou resultados in vitro. O ciclo do glioxilato e suas enzimas chave isocitrato liase (ICL) e malato sintetase (MLS) desempenham um papel fundamental na patogenicidade e virulência de vários fungos, assim como patogênese em humanos. Neste trabalho, descrevemos um estudo realizado para desenvolver ligantes racionais como candidatos pra inibir o receptor PbMLS. Apresentamos um passo importante na busca de ligantes para este receptor baseando-se em homologia de estruturas, dinâmica molecular e acoplamento molecular envolvendo varredura virtual (virtual screening) por meio do programa AutoDock Vina. Identificamos a partir de banco de compostos naturais (data bank ZINC) potenciais ligantes candidatos a inibir a atividade de PbMLS quando comparados ao ligante original. Este processo nos conduziu aos alcalóides indólicos monoterpênicos do gênero Palicourea (Rubiaceae) que compreende cerca de 230 espécies entre arbustos e pequenas árvores distribuídas, principalmente, nas regiões tropicais.A partir da ancoragem molecular quinze compostos foram testados quanto à sua eficácia na inibição da atividade de PbMLS. A atividade específica de PbMLS foi afetado pelos compostos. Quatro alcalóides indólico mostraram capacidade de reduzir a atividade da enzima. Desde que PbMLS é uma proteína associada à superfície que se comporta como uma adesina ancorada também foi investigado se os compostos inibem a adesão da proteína às matrizes extracelulares. O processo de eletroforese em gel bidimensional foi utilizado para investigar as proteínas diferencialmente expressas durante o tratamento com itraconazol e anfotericina B. Gel de três réplicas biológicas independentes foram digitalizadas e as imagens foram analisadas usando o software 6.0 Platinum 2D ImageMaster (GE Healthcare). Intensidades dos spots foram normalizados e foram estimadas as análises estatísticas por ANOVA one-way. Os spots de interesse foram excisadas do gel digerida com tripsina e os péptidos foram analisados por MS e / ou MS / MS e sequenciados. Os resultados obtidos aqui devem ajudar na compreensão do mecanismo de ação de drogas em Paracoccidioides, e delinear estudos de identificação de compostos com atividade antifúngica.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2016-11-22T16:54:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Raisa Melo Lima - 2016.pdf: 5394977 bytes, checksum: 7066675bd31ee0e72d9ecd420ea0d1e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-11-30T15:46:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Raisa Melo Lima - 2016.pdf: 5394977 bytes, checksum: 7066675bd31ee0e72d9ecd420ea0d1e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-30T15:46:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Raisa Melo Lima - 2016.pdf: 5394977 bytes, checksum: 7066675bd31ee0e72d9ecd420ea0d1e7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-10-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic mycosis endemic in Brazil, where are recorded about 80% of cases worldwide, and has Paracoccidioides sp. as the etiologic agent. Malate synthase (MLS) is an important enzyme related to the fungal metabolism, once it is essential in the glyoxylate cycle, a secondary metabolic pathway of the citric acid cycle exclusive to microorganisms and plants. Its absence in humans makes this enzyme an interesting subject to study, mainly in rational drug design. From recent in vitro studies, several interacting proteins of MLS (receiver) were classified, but the modes of interaction and key regions involved in protein-protein interfaces (PPIs) have not yet been described. In this work, six (6) binding proteins (BPs) were selected to describe the IP's of MLS. Their tridimensonal structures, as well as MLS, were predicted by homology modeling using I-TASSER server, and subsequent molecular dynamics simulations (MD). The most common conformational modes of each protein were obtained by cluster analysis of the trajectories generated by MD. Molecular docking simulations using Gramm-X were then performed for the conformational modes of MLS against the BP's, resulting in a total of 36 complexes. Based on the higher frequency of some small fragments of proteins observed in the IPP's, 57 peptides with sizes between 5 and 20 residues, were initially selected from 5 regions of MLS which are considered more frequent in protein-protein interaction. FlexPepDock simulations were performed to optimize the atomic coordinates of the peptide complexed with MLS, and concomitantly, PepFOLD simulations were performed to evaluate the stability of each peptide in solution. Based on the lower energy score of peptides linked to MLS, and the stability of their structures in solution (MLS-free), 6 peptides were selected as promising ligands to MLS mode 1. The stability and patterns of interactions of these peptides were evaluated in detail. / A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica endêmica no Brasil, onde são registrados cerca de 80% dos casos mundiais, e possui como agente etiológico o fungo Paracoccidioides spp. A Malato sintase (MLS) é uma importante enzima relacionada ao metabolismo fúngico, uma vez que é essencial no ciclo do glioxilato, uma via metabólica importante de produção de glicose para parede celular, sendo exclusiva de micro-organismos e plantas. Sua ausência em humanos a torna um alvo interessante de estudo, principalmente, no desenho racional de fármacos. A partir de recentes estudos in vitro, várias proteínas que interagem com a PbMLS (receptor) foram classificadas, porém os modos de interação e as regiões chaves envolvidas nas interfaces proteína-proteína (IPP’s), não foram ainda descritas. Neste trabalho, 6 (seis) proteínas ligantes (PL) foram selecionadas para verificar suas interações com PbMLS. As estruturas tridimensionais dessas proteínas, bem como de PbMLS, foram preditas por homologia, usando o servidor I-TASSER. Simulações de dinâmica molecular (DM) foram realizadas pelo programa GROMACS, e os modos das conformações mais representativas de cada proteína foram determinados baseando-se nas análises de agrupamentos a partir das trajetórias geradas por DM. Simulações de ancoragem molecular com GRAMM-X foram então realizadas entre os modos conformacionais de PbMLS contra os obtidos de PL’s, resultando num total de 36 complexos. Baseado na frequência maior de alguns pequenos fragmentos de proteínas, observados nas IPP’s, 57 peptídeos de tamanhos entre 5 e 20 resíduos de aminoácidos, foram inicialmente selecionados a partir de 5 regiões da PbMLS consideradas mais frequentes na interação proteína-proteína. Simulações com FlexPepDock foram realizadas para otimizar as coordenadas atômicas dos peptídeos complexados com MLS e, concomitantemente, simulações com PepFOLD foram realizadas para avaliar a estabilidade de cada peptídeo em solução. Com base nos mais baixos scores de energia dos peptídeos ligados a MLS bem como na estabilidade de suas estruturas não ligadas em solução , 5 peptídeos foram selecionados como promissores ligantes ao modo 1 de MLS. A estabilidade e os padrões de interações destes peptídeos são avaliados em detalhes.

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TaffarelMT_DISSERT.pdf: 2213102 bytes, checksum: 779f70cd3a9747e4f3a386630bd3d1cc (MD5) Previous issue date: 2013-04-09 / Funda??o de Apoio ? Pesquisa do Estado do Rio Grande do Norte / Oilseeds are a high-value natural resource, due to its use as a substitute for petroleum. However, the storage time can reduce seed viability and oil quality. Therefore, scientific efforts have been made to provide a increment of storage time, germination rates and plant establishment of high-value oilseeds. The seedling establishment depends of the plant pass over the functional transition stage, characterized by a metabolic change from heterotrophic condition to autotrophic one. The storage oil mobilization is performed by β-oxidation process and the glyoxylate cycle. Also, the functional transition involves acclimation to photosynthetic condition, which generally includes the participation of antioxidant system and the reactive oxygen species, the latter are produced in various reactions of primary and secondary metabolism. In the present study, Catalase was inhibited during the functional transition of sunflower and safflower, after were performed many analyzes to elucidate the effects caused on the SOD and APX antioxidant systems. Also, were checked the changes in expression pattern of the glyoxylate cycle enzymes markers, ICL and MLS. It was observed that after CAT inhibition, the SOD and APX antioxidant systems allow the seedling establishment. Besides, was verified that both oilseeds can be accelerate the reverse mobilization and the photosynthetic establishment when Catalase activity has dramatically decreased / As sementes oleaginosas armazenam ?leos, um recurso natural de alto valor econ?mico devido a sua aplicabilidade como substituto aos derivados do petr?leo. Por?m, o tempo de armazenamento pode inviabilizar a semente provocando a redu??o da qualidade do ?leo e perda da viabilidade da semente. Por este motivo, esfor?os cient?ficos t?m sido realizados para proporcionar um maior tempo de armazenamento e incrementar taxas de germina??o e estabelecimento destas plantas com alto valor econ?mico. O estabelecimento da pl?ntula depende da capacidade do vegetal transpassar a etapa de transi??o funcional, caracterizada pela mudan?a do estado heterotr?fico para o autotr?fico. O consumo das reservas de ?leo depende das vias de β-oxida??o e do ciclo do glioxilato. No entanto, o processo de transi??o envolve a aclimata??o do vegetal ? condi??o de organismo fotossintetizante, que em geral conta com a participa??o fundamental do sistema antioxidante do vegetal devido ? produ??o de esp?cies reativas de oxig?nio em v?rias rea??es do metabolismo prim?rio e secund?rio. Neste estudo, a Catalase foi inibida durante a transi??o funcional de girassol e c?rtamo para analisar os efeitos provocados nos sistemas antioxidantes de APX e da SOD e verificar as modifica??es no padr?o de express?o das enzimas marcadoras do ciclo do glioxilato, ICL e MLS. Constatou-se que diante da inibi??o da Catalase o sistema antioxidante da APX e da SOD permitem o estabelecimento da pl?ntula. Verificou-se tamb?m que as duas oleaginoasas parecem acelerar a mobiliza??o de reservas e o estabelecimento fotossint?tico quando a Catalase tem a atividade drasticamente reduzida

A resposta metabólica do bagre Genidens genidens de três estuários (rios Grande, Indaiá e Escuro) do município de Ubatuba SP foi estudada comparativamente em relação ao impacto da atividade humana na região. Encéfalo, fígado e músculo epaxial foram utilizados para determinar a atividade específica das enzimas lactato desidrogenase (LDH), malato desidrogenase (MDH) e arginase, como prováveis marcadoras desse impacto. As diferenças entre os níveis teciduais de LDH dos bagres coletados nos três estuários não foram significativamente diferentes, provavelmente devido a sua capacidade adaptativa, associada à sazonalidade das concentrações de oxigênio nas águas estuarinas. Os níveis de arginase hepática e muscular dos bagres coletados nos estuários dos rios Escuro e Indaiá, respectivamente, foram diferentes em relação aos dois outros estuários. Comportamento semelhante a esse foi constatado em relação aos níveis da enzima MDH, marcadora do potencial gerador de ATP desses tecidos. Nesse sentido, os níveis de arginase e MDH do fígado e músculo epaxial podem estar refletindo o esforço adaptativo metabólico desse bagre às condições ambientais dessas regiões estuarinas. / The metabolic response of catfish Genidens genidens of the three estuaries (Grande, Indaia and Escuro rivers) in the municipality of Ubatuba - SP was studied in comparison to the impact of human activity in the region. Brain, liver and epaxial muscle were used to determine the specific activity of the enzymes lactate dehydrogenase (LDH), malate dehydrogenase (MDH) and arginase, as probable markers of that impact. The differences between the tissues levels of LDH of the catfishes collected in the three estuaries were not significantly different, probably due to its adaptive capacity, associated with the seasonality of the oxygen concentrations in estuarine waters. Arginase levels of liver and muscle of the catfishes collected in estuaries of rivers Escuro and Indaia, respectively, were different in the relation to the other two estuaries. Behavior was similar to that observed in the levels of the enzyme MDH, marker of the potential generator of ATP of those tissues. Accordingly, the levels of arginase and MDH of the liver and epaxial muscle might reflect the effort of that adaptive metabolic catfish to environmental conditions such estuarine areas.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert part 1 Benedito.pdf: 5001631 bytes, checksum: 7d51091e361c98586e384be80ebe9178 (MD5) Previous issue date: 2009-05-11 / The pathogenic fungus Paracoccidioides brasiliensis causative of Paracoccidioidomycosis (PCM), a pulmonary mycose acquired by inhalation of fungal airborne propagules, which may disseminate to several organs and tissues leading to a severe form of the disease. Adhesion and invasion to host cells are essential steps involved in the internalization and dissemination of pathogens. Inside host, P. brasiliensis use the glyoxylate cycle for intracellular survival. Here, we provide evidence that malate synthase of P. brasiliensis (PbMLS) is localized on the cell wall, and is secreted. PbMLS was overexpressed in Escherichia coli, and polyclonal antibody against this protein was obtained. By using Confocal Laser Scanning Microscopy and Western blot analysis, PbMLS was detected in the cytoplasm and the cell wall of the yeast phase of P. brasiliensis of mother and bud yeast cells. PbMLSr and the respective polyclonal antibody produced against this protein inhibited the interaction of P. brasiliensis to in vitro cultured epithelial cells A549. These observations indicated that cell wall-associated MLS of P. brasiliensis could be mediating the binding of fungal cells, thus contributing to the adhesion of fungus to host tissues and to the dissemination of infection. / O fungo de patogênico Paracoccidioides brasiliensis agente causador da Paracoccidioidomicose (PCM), uma micose pulmonar adquirida pela inalação de propágulos aéreos do fungo que pode se disseminar a vários órgãos e tecidos levando a uma forma severa da doença. Dentro do hospedeiro, P. brasiliensis usa o ciclo do glioxalato (CG) para sobrevivência intracelular. Adesão e invasão das células do hospedeiro são passos essenciais envolvidos na internalização e disseminação do patógeno. Aqui, nós evidênciamos que malato sintase de P. brasiliensis (PbMLS) é secretada, e é localizada na parede da célula. PbMLS foi superexpressa em Escherichia coli, e o anticorpo policlonal contra esta proteína foi obtido. Usando Microscopia Laser Confocal (CLSM) e análise de Western blot, PbMLS foi encontrada no citoplasma e na parede da célula na fase leveduriforme de P. brasiliensis nas células mãe e broto. PbMLSr e o respectivo anticorpo policlonal produzido contra esta proteína inibiram a interação de P. brasiliensis com células epiteliais A549 cultivads in vitro. Estas observações indicariam que MLS associada à parede da célula de P. brasiliensis pode estar mediando a ligação do fungo às células, contribuindo assim com a adesão do fungo aos tecidos hospedeiros e para a disseminação da infecção.