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Diversidade genética, estrutura genética espacial e fluxo gênico da erva-mate (Ilex paraguariensis A. St. Hil.) em dois fragmentos florestais na área de entorno do Parque Nacional do Iguaçu / Genetic diversity, spatial genetic structure and gene flow of yerba mate (Ilex paraguariensis A. St. Hil.) in two forest fragments on at area around of the Iguassu National ParkDiaz, Vinicius Sandri 13 November 2012 (has links)
A erva-mate, Ilex paraguariensis, é uma espécie dioica, clímax com ampla área de distribuição natural. A despeito de sua importância econômica e ecológica são escassos os estudos de conservação e genética da espécie. O objetivo geral do trabalho foi estudar a diversidade genética, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico por dispersão de sementes em duas populações naturais de I. paraguariensis na área do entorno do Parque Nacional do Iguaçu, com uso de marcadores moleculares microssatélites. Foram encontrados baixos níveis de diversidade genética em oito loci analisados, com divergência genética maior entre do que dentro das populações. A I. paraguariensis apresentou baixa densidade populacional, com 0,27 a 0,29 árvores por ha-1 e distribuição espacial agregada, entretanto não foi observado evidência de estrutura genética espacial. A média da distância da dispersão de pólen foi de 393 m e a dispersão de sementes atingiu distância próximas a 2.000 m. Os resultados obtidos, sugerem que a base genética da espécie não é ampla, o que pode dispor a I. paraguariensis a um estado crítico de conservação, devido a de erosão genética provocada pela destruição de seus ambientes naturais. / The yerba mate, Ilex paraguariensis, is a species dioecious, climax with wide natural range. Despite their economic and ecological importance are few studies of genetics and conservation of the specie. The overall objective this work was to study the genetic diversity, spatial genetic structure and gene flow by seed dispersal in two natural populations of I. paraguariensis around the National Park of Iguassu, using microsatellite molecular markers. It found low levels of genetic diversity at eight loci analyzed, and greater genetic divergence between populations than within population. The I. paraguariensis showed low population density with 0.27 to 0.29 trees per ha-1 and spatial clustered distribution, however was not observed evidence of spatial genetic structure. The average distance of pollen dispersal was 393 m and seed dispersal reached near 2,000 m. The results suggest that the genetic basis of species is not large, which may carry the I. paraguariensis to critical state of conservation due to genetic erosion caused by the destruction of their natural environments.
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Comparação de algoritmos usados na construção de mapas genéticos / Comparison of algorithms used in the construction of genetic linkage mapsMollinari, Marcelo 23 January 2008 (has links)
Mapas genéticos são arranjos lineares que indicam a ordem e distância entre locos nos cromossomos de uma determinada espécie. Recentemente, a grande disponibilidade de marcadores moleculares tem tornado estes mapas cada vez mais saturados, sendo necessários métodos eficientes para sua construção. Uma das etapas que merece mais atenção na construção de mapas de ligação é a ordenação dos marcadores genéticos dentro de cada grupo de ligação. Tal ordenação é considerada um caso especial do clássico problema do caixeiro viajante (TSP), que consiste em escolher a melhor ordem entre todas as possíveis. Entretanto, a estratégia de busca exaustiva torna-se inviável quando o número de marcadores é grande. Nesses casos, para que esses mapas possam ser construídos uma alternativa viável é a utilização de algoritmos que forneçam soluções aproximadas. O objetivo desse trabalho foi avaliar a eficiência dos algoritmos Try (TRY), Seriation (SER), Rapid Chain Delineation (RCD), Recombination Counting and Ordering (RECORD) e Unidirectional Growth (UG), além dos critérios PARF (produto mínimo das frações de recombinação adjacentes), SARF (soma mínima das frações de recombinação adjacentes), SALOD (soma máxima dos LOD scores adjacentes) e LMHC (verossimilhança via cadeias de Markov ocultas), usados juntamente com o algoritmo de verificação de erros RIPPLE, para a construção de mapas genéticos. Para tanto, foi simulado um mapa de ligação de uma espécie vegetal hipotética, diplóide e monóica, contendo 21 marcadores com distância fixa entre eles de 3 centimorgans. Usando o método Monte Carlo, foram obtidas aleatoriamente 550 populações F2 com 100 e 400 indivíduos, além de diferentes combinações de marcadores dominantes e codominantes. Foi ainda simulada perda de 10% e 20% dos dados. Os resultados mostraram que os algoritmos TRY e SER tiveram bons resultados em todas as situações simuladas, mesmo com presença de elevado número de dados perdidos e marcadores dominantes ligados em repulsão, podendo ser então recomendado em situações práticas. Os algoritmos RECORD e UG apresentaram bons resultados na ausência de marcadores dominantes ligados em repulsão, podendo então ser recomendados em situações com poucos marcadores dominantes. Dentre todos os algoritmos, o RCD foi o que se mostrou menos eficiente. O critério LHMC, aplicado com o algoritmo RIPPLE, foi o que apresentou melhores resultados quando se deseja fazer verificações de erros na ordenação. / Genetic linkage maps are linear arrangements showing the order and distance between loci in chromosomes of a particular species. Recently, the availability of molecular markers has made such maps more saturated and efficient methods are needed for their construction. One of the steps that deserves more attention in the construction of genetic linkage maps is the ordering of genetic markers within each linkage group. This ordering is considered a special case of the classic traveling salesman problem (TSP), which consists in choosing the best order among all possible ones. However, the strategy of exhaustive search becomes unfeasible when the number of markers is large. One possible alternative to construct such maps is to use algorithms that provide approximate solutions. Thus, the aim of this work was to evaluate the efficiency of algorithms Try (TRY), Seriation (SER), Rapid Chain Delineation (RCD), Recombination Counting and Ordering (RECORD) and Unidirectional Growth (UG), as well as the criteria PARF (product of adjacent recombination fractions), SARF (sum of adjacent recombination fractions), SALOD (sum of adjacent lod scores) and LMHC (likelihood via hidden Markov chains), used with the RIPPLE algorithm for error verification, in the construction of genetic linkage maps. For doing so, a linkage map of a hypothetical diploid and monoecious plant species was simulated, containing 21 markers with fixed distance of 3 centimorgans between them. Using Monte Carlo methods, 550 F2 populations were randomly simulated with 100 and 400 individuals, together with different combinations of dominant and codominant markers. 10 % and 20 % of missing data was also included. Results showed that the algorithms TRY and SER gave good results in all situations, even with presence of a large number of missing data and dominant markers linked in repulsion phase. Thus, these can be recommended for analyzing real data. The algorithms RECORD and UG gave good results in the absence of dominant markers linked in repulsion phase and can be used in this case. Among all algorithms, RCD was the least efficient. The criterion LHMC, applied with the RIPPLE algorithm, showed the best results when the goal is to check ordering errors.
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Associação de polimorfismo microssatélite no gene GH em Tambaqui (Colossoma macropomum) com características fenotípicas e expressão gênica / Association of microsatellite polymorphism in the GH gene in Tambaqui (Colossoma macropomum) with phenotypic characteristics and gene expressionMarques, Mariana Florencio 25 June 2018 (has links)
O objetivo do trabalho foi verificar se existe associação dos polimorfismos de lócus microssatélites com o desempenho e expressão gênica. Após genotipagem, os alelos 122 e 130 foram observados, com frequência de 0,94 e 0,06. A frequência gênica foi de 0,88 para animais 130/130 e de 0,12 para indivíduos 122/130. Não houve diferença para os dados fenotípicos entre animais de genótipos diferentes, embora o grupo de animais heterozigoto tenha apresentado uma leve superioridade. A taxa de expressão do Gh não é estatisticamente diferente entre os genótipos observados, porém o grupo homozigoto teve uma taxa de expressão de mRNA maior e mesmo assim menores valores de peso e comprimento, sugerindo uma correlação. O par de iniciadores desenhado amplificou e genotipou com eficiência o locus STR nos animais estudados. A falta de qualidade da água e o manejo inadequado dos animais podem ser os causadores das alterações histopatológicas encontradas no fígado dos animais estudados. Os peixes podem ser via de contaminação humana, devido ao seu consumo como alimento, portanto, medidas de controle devem ser iniciadas para minimizar esse processo. Estudos mais aprofundados com maior controle ambiental, maior variabilidade alélica, maior número amostral e análise de outros genes de interesse associados, seriam interessantes para complementar e enriquecer o presente trabalho. / The objective of this study was to verify if there is association of polymorphisms of microsatellite loci with the performance and gene expression. After genotyping, alleles 122 and 130 were observed, with a frequency of 0,94 and 0,06. The gene frequency was 0,88 for 130/130 animals and 0,12 for 122/130 individuals. There was no difference for phenotypic data among animals of different genotypes, although the group of heterozygous animals presented a slight superiority. The expression rate of GH is not statistically different among the observed genotypes, but the homozygote group had a higher mRNA expression rate and even lower values of weight and length, suggesting a correlation. The pair of primers designed amplified and efficiently genotyped the STR locus in the animals studied. The lack of water quality and inadequate management of the animals may be the cause of the histopathological changes found in the liver of the animals studied. Fish can be a way of human contamination, due to their consumption as food, therefore, control measures must be initiated to minimize this process. Further studies with greater environmental control, greater allelic variability, greater sample size and analysis of other associated genes of interest, would be interesting to complement and enrich the present work.
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Análise comparativa da embriogênese somática em Citrus sinensis, var. valência, e Citrus limonia, var. limão cravo. / Comparative analysis of somatic embryogenesis in citrus sinensis, var. valencia, and citrus limonia, var. rangpur lime.Moraes, Joanne Neves 25 September 2003 (has links)
A embriogênese somática é uma técnica alternativa com potencial aplicação na propagação clonal de plantas, além de ser uma excelente ferramenta para estudos básicos e análise dos eventos moleculares e bioquímicos que ocorrem durante a embriogênese vegetal. Contudo, apesar de várias pesquisas relativas a embriogênese somática, a falta de conhecimento sobre os fatores que controlam o fenômeno, comprova que existem ainda muitos pontos a serem entendidos sobre o processo. Deste modo, o presente estudo foi concebido com o intuito de estudar a embriogênese somática de duas espécies de citros, as quais apresentam diferentes graus de eficiência na produção de embriões somáticos. Inicialmente, buscou-se avaliar comparativamente o processo de embriogênese somática de duas espécies de citros, observando-se as diferenças estruturais através de análises histológicas e histoquímicas, e as diferenças na expressão do gene AtSERK1 nos calos, através de hibridização in situ. Para instalação dos experimentos, foram utilizados calos provenientes de nucelos de duas espécies, Citrus sinensis L. Osbeck, variedade Valência, e Citrus limonia Osbeck, variedade limão Cravo. Amostras de calos em meio de multiplicação, em meio de obtenção de embriões, e embriões somáticos nas diferentes fases de desenvolvimento foram coletados para observações anatômicas e histoquímicas através de microscopia óptica e realização de estudo da expressão gênica através de hibridização in situ. Com relação à morfologia, os principais resultados obtidos demonstraram que existem diferenças anatômicas e histoquímicas entre calos de limão Cravo e Valência. Em relação à expressão gênica, os resultados evidenciaram a expressão do gene AtSERK1 em calos das duas espécies de citros, tanto em meio de multiplicação, com sacarose, como em meio de indução, com maltose, indicando que o potencial embriogênico já está instalado no calo em meio de multiplicação. Pode-se concluir também que este gene é conservado entre Arabidopsis e Citrus. Desenvolveram-se, também, experimentos para estudar os efeitos de alguns tratamentos (frio, dessecação, agrupamentos celulares) na otimização da indução e sincronização da embriogênese somática de C. sinensis, var. Valência. Neste sentido, calos nucelares de laranja Valência, procedentes do meio de multiplicação foram mantidos no mesmo meio líquido em agitador orbital a 200 rpm durante 24h e posteriormente peneirados de acordo com os tratamentos. As peneiras utilizadas apresentaram malhas de 150 µm (P1), 300 µm (P2) e 600 µm (P3). Além do efeito das peneiras também foram observados os efeitos de exposição ao frio (4 o C por quatro semanas, ausência de luz) e dessecação (27 o C, em placas de Petri na ausência de meio de cultura, seis dias, ausência de luz), sendo posteriormente mantidos em B.O.D., a 26 ± 1 o C e intensidade luminosa de 300 lux. Os resultados obtidos permitiram concluir que em relação ao desenvolvimento e produção de embriões somáticos o fator peneira foi superior ao fator estresse na freqüência embriogênica. O desenvolvimento de embriões somáticos em Citrus sinensis ocorre mais eficientemente a partir de agrupamentos celulares de tamanhos específicos. / Somatic embryogenesis is an alternative technique with potential application for clonal propagation of plants, and an excellent tool for basic studies and analysis of the molecular and biochemical events that occur during embryogenesis. However, although many studies have been done, the factors that control somatic embryogenesis are not completely understood. Thus, the present study proposes to evaluate aspects of somatic embryogenesis of two citrus species, which differ in efficiency for the production of somatic embryos. Initially, a comparison of the embryogenic process was done in terms of structural and histochemical analysis and evaluation of the expression of the gene AtSERK1 in callus cultures through in situ hybridization. For the experiments, callus cultures obtained from nucelli of two species, Citrus sinensis L. Osbeck, cv. Valencia, and Citrus limonia Osbeck, cv. Rangpur lime were used for anatomical and histochemical observations, callus samples from cultures in multiplication medium, in embryo induction medium, and somatic embryos in different stages of development were collected. Callus and embryo samples were also collected for analysis of gene expression through in situ hybridization. The anatomical and histochemical analysis showed differences between Rangpur lime and Valencia callus cultures. The in situ hybridization results evidenced the expression of the gene AtSERK1 in cultures of both citrus species, and also in both culture conditions: multiplication medium, with sucrose, and embryo induction medium, with maltose, indicating that the embriogenic potential is already installed in the callus cultures in multiplication medium. The results also lead to the conclusion that the gene is conserved between Arabidopsis thaliana and Citrus. Experiments aiming to synchronize the somatic embryogenesis formation in C. sinensis, cv. Valencia, were installed testing the effect of cold, desiccation and cell cluster size on somatic embryo formation. For that, callus cultures of Valência sweet orange were cultivated in liquid medium in an orbital shaker, at 200 rpm, for 24h, and sieved through the following screens: 150 µm (P1), 300 µm (P2) and 600 µm (P3). The cell aggregates were then exposed to cold (4 o C, for four weeks, in the dark) and desiccation (27 o C, in Petri plates without culture medium, six days, in the dark) treatments, and cultured in incubators at 26 ± 1 o C and 300 lux of light intensity. The results lead to the conclusion that the separation of cultures in clusters of different sizes and the stress treatments were effective for synchronization and embryogenesis frequency. The size of cell clusters was the most important factor.
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Bridging genomics and quantitative genetics of Eucalyptus: genome-wide prediction and genetic parameter estimation for growth and wood properties using high-density SNP data / Conectando a genômica à genética quantitativa de Eucalyptus: predição genômica e estimação de parâmetros genéticos para crescimento e propriedades de madeira usando alta densidade de SNPsLima, Bruno Marco de 25 April 2014 (has links)
Convergence of quantitative genetics and genomics is becoming the way that fundamental genetics and applied breeding will be carried out in the next decades. This study bridges the quantitative genetics of complex growth and wood properties traits with genomic technologies towards a more innovative approach to tree breeding. Planted forests play a major role to fulfill the growing world demand for wood products and energy. Eucalypts stand out for their high productivity and versatile wood resulting from the advanced breeding programs associated to clonal propagation and modern silviculture. Despite their fast growth, breeding cycles still take several years and wood properties assessment is limited to a sample of trees in the late stages of selection due to the costs involved in wood phenotyping, not exploitingthe range of genetic variation in wood properties. In this study, we examined fifteen traits including growth and wood chemical and physical properties in 1,000 individuals sampled from an elite Eucalyptus breeding population. Near-infrared spectroscopy (NIRS) models were developed and used for high-throughput phenotyping of wood traits.Highdensity data for 29,090 SNPs was used to obtain accurate pedigree-record-free estimates of trait variance components, heritabilities, genetic and phenotypic correlations, based on a realized relationship matrix, comparing them to pedigree-based estimates. To the best of our knowledge, this is the first study to do this in plants. NIRS predictions were accurate for wood chemical traits and wood density, and variably successful for physical traits. Heritabilities were medium for growth (0.34 to 0.44), high for wood chemical traits (0.56 to 0.85) and variable for wood physical traits (0.11 to 0.63). High positive correlations among growth traits and negative between cellulose and lignin content were observed, while correlations between wood chemical and physical traits and between growth and wood quality traits were low although significant. Phenotypes and SNP markers were then used to build genomic predictive models using a marker density higher than any previous genomic selection study in trees (1 SNP/21 kbp). Two models (RR-BLUP and Bayesian LASSO) that differ regarding the assumed distribution of marker effects were used for genomic predictions. Predictions were compared to those obtained by phenotypic BLUP. Predictive abilities very similar by the two models and strongly correlated to the heritabilities. Accurate genomic-enabled predictions were obtained for wood chemical traits related to lignin, wood density and growth, although generally 15 to 25% lower than those achieved by phenotypic BLUP prediction. Nevertheless, genomic predictions yielded a coincidence above 70% in selecting the top 30 trees ranked by phenotypic selection for growth, wood density and S:G ratio, and 60% when tandem selection was applied. The results of this study open opportunities for an increased use of highthroughput NIRS phenotyping and genome-wide SNP genotyping in Eucalyptus breeding, allowing accurate pedigree-record-free estimation of genetic parameters and prediction of genomic breeding values for yet to be phenotyped trees. These applications should become routine in tree breeding programs for the years to come, significantly reducing the length of breeding cycles while optimizing resource allocation and sustainability of the breeding endeavor. / A convergência da genética quantitativa com a genômica está se tornando a maneira pela qual a genética fundamental e aplicada serão conduzidas nas próximas décadas. Este estudo buscou conectar a genética de fenótipos complexos de crescimento e propriedades de madeira às tecnologias genômicas, em uma abordagem inovadora para o melhoramento florestal. Florestas plantadas têm papel fundamental para satisfazer a crescente demanda mundial por produtos madeireiros e energia. O eucalipto,com sua alta produtividade e madeira versátil, é resultado de programas avançados de melhoramento associados à propagação clonal e silvicultura moderna. Apesar de seu rápido crescimento, ciclos de melhoramento ainda levam muitos anos e a avaliação detalhada de propriedades da madeira é limitada a apenas uma amostra das árvores em estágios avançados de seleção, devido aos altos custos de fenotipagem, não explorando assim toda a variação genética disponível. Neste estudo, examinamos quinze caracteres, incluindo crescimento e propriedades químicas e físicas da madeira, em 1000 indivíduos amostrados de uma população elite de melhoramento. Modelos de espectroscopia de infravermelho próximo (NIRS) foram desenvolvidos e utilizados para fenotipagem de alto desempenho de propriedades de madeira. Genotipagem de alta densidade com 29.090 SNPs foi utilizada para obter estimativas acuradas de componentes de variância, herdabilidades e correlações genéticas baseadas em uma matriz de parentesco realizado, ou seja,sem o uso de pedigree. Este é o primeiro estudo de que temos conhecimento a fazer isso em plantas. Predições NIRS foram precisas para caracteres químicos da madeira e densidade, e apresentaram sucesso variável para caracteres físicos. As herdabilidades foram médias para crescimento (0,34 a 0,44), altas para caracteres químicos de madeira (0,56 a 0,85) e variáveis para caracteres físicos da madeira (0,11 a 0,63). Altas correlações positivas entre caracteres de crescimento e negativas entre celulose e lignina foram observadas, enquanto correlações entre caracteres químicos e físicos da madeira foram baixas, porém significativas. Fenótipos e marcadores SNP foram em seguida utilizados na construção de modelos preditivos com a maior densidade de marcadores já utilizada em estudos de seleção genômica em espécies florestais (1 SNP/21 kpb). Dois modelos de predição (RR-BLUP e LASSO Bayesiano)foram usados nas predições genômicas e comparados ao BLUP fenotípico. Os modelos apresentaram capacidades preditivas similares, fortemente correlacionadas às herdabilidades. Predições genômicas precisas foram obtidas para caracteres relacionados à lignina, densidade e crescimento, embora geralmente 15 a 25% menores do que as predições obtidas por BLUP fenotípico. Contudo, predições genômicas alcançaram coincidências acima de 70% na seleção das melhores 30 árvores ranqueadas pela seleção fenotípica para crescimento, densidade e relação S:G, e de 60% quando seleção em tandem foi aplicada. Os resultados deste estudo abrem enormes oportunidades para o uso combinado de fenotipagem NIRS e genotipagem com SNPs no melhoramento do eucalipto, permitindo estimativas acuradas de parâmetros genéticos e a predição de valores genéticos genômicos para plantas jovens ainda não fenotipadas. Estas aplicações deverão se tornar rotineiras nos programas de melhoramento florestal nos próximos anos, reduzindo significativamente a duração dos ciclos de seleção e, consequentemente, otimizando a alocação de recursos e a sustentabilidade do melhoramento.
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Diagnóstico, caracterização molecular e epidemiologia de Trypanosamas de ungulados. / Diagnosis, molecular characterization and epidemiology of Trypanosame of ungulates.Perez, Herakles Antonio Garcia 18 May 2012 (has links)
Trypanosamas de diversas espécies podem infectar mamíferos de interesse econômico em todo o mundo. Trypanosoma vivax, T. evansi, T. equiperdum, T. congolense, T. b. brucei e T. simiae geram importantes doenças em ungulados na África, Ásia e Américas Central e do Sul; enquanto T. theileri e espécies relacionadas são pouco patogênicas. Compreender a epidemiologia e as interações parasita-vector-hospedeiro requer estudos de estrutura populacional, filogeográficos e de diversidade e relações filogenéticas entre isolados. Sequências de microssatelites e dos genes SSUrRNA, gGAPDH, CatL, ITS, SL, 5S, Cytb e ESAG6 mostraram ampla diversidade biológica e diferenciaram genótipos com associação geográfica e restrição de hospedeiros em T. theileri e espécies relacionadas. T. evansi mostrou importante heterogeneidade de sequências no gene ESAG6, enquanto populações de T. vivax muito divergentes foram observadas em regiões preservadas e com transmissão cíclica quando comparadas com a microheterogeneidade biológica de áreas de transmissão mecânica. / Trypanosames can infect diverse species of mammals of economic interest worldwide. Trypanosoma vivax, T. evansi, T. equiperdum, T. congolense, T. brucei brucei and T. simiae cause important diseases in ungulates in Africa, Asia and Central and South America, while T. theileri and related species are of low pathogenicity. Understanding the epidemiology and host-parasite-vector interactions requires studies of population structure, phylogeography and diversity and phylogenetic relationships among isolates. Microsatellite loci and sequences from genes SSUrRNA, gGAPDH, CatL, ITS, SL, 5S, Cytb and ESAG6 revealed high biological diversity and allowed differentiation of genotypes with geographic structure and host-restriction event in T. theileri and related species. T. evansi showed significant heterogeneity in ESAG6 sequences, while populations of T. vivax widely divergent were observed in pristine regions and cyclical transmission compared to the microheterogeneity showed by isolates from mechanical transmission areas.
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Diversidade genética, estrutura genética espacial e fluxo gênico da erva-mate (Ilex paraguariensis A. St. Hil.) em dois fragmentos florestais na área de entorno do Parque Nacional do Iguaçu / Genetic diversity, spatial genetic structure and gene flow of yerba mate (Ilex paraguariensis A. St. Hil.) in two forest fragments on at area around of the Iguassu National ParkVinicius Sandri Diaz 13 November 2012 (has links)
A erva-mate, Ilex paraguariensis, é uma espécie dioica, clímax com ampla área de distribuição natural. A despeito de sua importância econômica e ecológica são escassos os estudos de conservação e genética da espécie. O objetivo geral do trabalho foi estudar a diversidade genética, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico por dispersão de sementes em duas populações naturais de I. paraguariensis na área do entorno do Parque Nacional do Iguaçu, com uso de marcadores moleculares microssatélites. Foram encontrados baixos níveis de diversidade genética em oito loci analisados, com divergência genética maior entre do que dentro das populações. A I. paraguariensis apresentou baixa densidade populacional, com 0,27 a 0,29 árvores por ha-1 e distribuição espacial agregada, entretanto não foi observado evidência de estrutura genética espacial. A média da distância da dispersão de pólen foi de 393 m e a dispersão de sementes atingiu distância próximas a 2.000 m. Os resultados obtidos, sugerem que a base genética da espécie não é ampla, o que pode dispor a I. paraguariensis a um estado crítico de conservação, devido a de erosão genética provocada pela destruição de seus ambientes naturais. / The yerba mate, Ilex paraguariensis, is a species dioecious, climax with wide natural range. Despite their economic and ecological importance are few studies of genetics and conservation of the specie. The overall objective this work was to study the genetic diversity, spatial genetic structure and gene flow by seed dispersal in two natural populations of I. paraguariensis around the National Park of Iguassu, using microsatellite molecular markers. It found low levels of genetic diversity at eight loci analyzed, and greater genetic divergence between populations than within population. The I. paraguariensis showed low population density with 0.27 to 0.29 trees per ha-1 and spatial clustered distribution, however was not observed evidence of spatial genetic structure. The average distance of pollen dispersal was 393 m and seed dispersal reached near 2,000 m. The results suggest that the genetic basis of species is not large, which may carry the I. paraguariensis to critical state of conservation due to genetic erosion caused by the destruction of their natural environments.
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Estudo dos aspectos demográficos da onça-parda (Puma concolor) na Estação Ecológica de Itirapina no estado de São Paulo por meio da análise de amostras não invasivasRodríguez, Karla Verónica Chávez 25 February 2013 (has links)
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Previous issue date: 2013-02-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Landscape fragmentation and habitats loss caused by human activities have led to a decline cougar populations (Puma concolor). Delimiting populations and establish rates of migration between them is essential to understanding its dynamics and therefore planning conservation measures. The present study propose to use molecular techniques with noninvasive samples to evaluate the status of a population of P. concolor inhabiting in a patch of 32km2 of São Paulo State. The population size was of 6 individuals and its density ranged between 4.6 and 1.8/100km2. In addition, this population was analyzed together with other individuals of P. concolor collected in the northeast region of the state. Bayesian clustering methods were used to identify genetic populations, and Bayesian multilocus genotyping method to estimate migration rates, in order to determinate possible source-sink dynamics. Finally, two subpopulations separated by the highway SP-310 were identified. The results showed that the subpopulation located on the east of the highway behaved as source population and the another one found on west as a sink. Future researches of P. concolor populations must aim to determinate the populations structures and thereby facilitate the establishment of effective action plans for the conservation of the species. / A contínua fragmentação e perda de habitats ocasionados pela ação humana têm levado ao declínio de populações de onça-parda (Puma concolor). Delimitar as populações, e estabelecer as taxas de migração entre elas é essencial para entender a dinâmica populacional e, consequentemente, planejar medidas conservacionistas. No estudo foram utilizadas técnicas moleculares com amostras não invasivas para avaliar uma população de P. concolor em um fragmento de cerrado de 32km2 no estado de São Paulo, o qual apresentou um tamanho populacional de 6 indivíduos e uma densidade que variava entre 4,6 e 1,8/100km2. Adicionalmente, esta população foi analisada em conjunto com outros indivíduos de P. concolor coletados na região nordeste do estado. O método de cluster Bayesiano foi utilizado para o estabelecimento de populações genéticas, e o método Bayesiano de genótipos multiloci para estimar as taxas de migração a fim de determinar uma possível dinâmica fontesumidouro. Finalmente, foram identificadas duas subpopulações, que tinham com barreira a rodovia SP-310. A partir dos resultados constatou-se que a subpopulação localizada ao leste da rodovia se comportava como população fonte e a subpopulação ao oeste como sumidouro. Futuras pesquisas acerca populacionais de P. concolor deverão visar a determinação da estrutura populacional e desse modo favorecer o estabelecimento de planos de ação eficientes para a conservação da espécie
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Novos alvos moleculares para detec??o de genotipagem de toxoplasma gondiiCosta, Maria Eduarda de Souza Menezes da 27 January 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-01-27 / O Toxoplasma gondii ? um parasito mundialmente distribu?do, que pode causar desde sintomas parecidos com a gripe at? problemas neurol?gicos. As cepas do T. gondii apresentam grande variabilidade gen?tica na Am?rica do Sul, sendo fundamental a an?lise de sequ?ncias para auxiliar no diagn?stico confi?vel e para classifica??o dos diferentes gen?tipos. O objetivo deste trabalho foi desenvolver dois m?todos moleculares, um para detec??o e o outro para genotipagem do T. gondii, possibilitando a identifica??o de todas as cepas conhecidas e a gera??o de dados que possam ser correlacionados com a virul?ncia. Inicialmente, foi utilizado o programa MUSCLE para alinhamento de 685 sequencias nucleot?dicas obtidas do GenBank, em seguida os alinhamentos foram analisados no programa MEGA 6.0 para determina??o de sua variabilidade gen?tica. O gene GRA7 foi selecionado como alvo para os iniciadores, que foram desenhados em regi?es conservadas do gene utilizando os programas Geneious 9.0 e Primer BLAST. O protocolo de amplifica??o utilizando-se os primers para o gene GRA7 foi ent?o comparado com outros protocolos padronizados para amplifica??o do gene B1 e do elemento repetitivo de 529 pb, que s?o os marcadores mais utilizados para o diagn?stico do T. gondii. Para o desenvolvimento do sistema de genotipagem foram selecionados os genes ROP5, ROP18 e GRA7, que est?o relacionados ao mecanismo de virul?ncia melhor descrito em T. gondii. O sistema de genotipagem desenvolvido se baseia na an?lise de polimorfismos presentes em fragmentos sob sele??o positiva desses genes, que permite identificar cepas pertencentes as linhagens clonais e cepas at?picas. Utilizando-se essa nova abordagem para a sele??o de marcadores, ser? necess?rio investigar um n?mero de regi?es do genoma consideravelmente menor que o utilizado pelo m?todo utilizado tradicionalmente, simplificando o processo. Concluindo, o desenho de primers em regi?es conservadas do gene GRA7 permitiu o desenvolvimento de um sistema de detec??o utilizando PCR com excelente positividade e sensibilidade, principalmente para detec??o de cepas at?picas do T. gondii. Ainda, a genotipagem baseada na detec??o de polimorfismos em genes de virul?ncia permitiu a diferencia??o genot?pica das diferentes cepas de forma mais simples que a t?cnica de RFLP utilizada atualmente.
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Caracterização de espécies brasileiras de Adesmia DC. por RAPDDias, Paula Menna Barreto January 2003 (has links)
Dentro do gênero Adesmia, as técnicas moleculares ainda não foram empregadas na caracterização de germoplasma e na análise da diversidade genética das espécies brasileiras que compôem o gênero. Portanto os objetivos deste trabalho foram: caracterizar, com a utilização de marcador molecular do tipo RAPD, as espécies brasileiras do gênero Adesmia DC; com base nestas informações estabelecer relações de diversidade genética entre as espécies e os acessos analisados; relacionar dados de diversidade com dados morfológicos e de reprodução.
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