INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) resulta de uma deleção de aproximadamente 1.5 Mb na região 7q11.23. A haploinsuficiência ocasiona alterações do desenvolvimento neurológico assim como malformações em múltiplos sistemas. OBJETIVOS: Testar utilidade de marcadores polimórficos para o diagnóstico da síndrome, determinar a proporção de pacientes com microdeleção, comparar características clínicas entre pacientes com e sem microdeleção e investigar origem parental. MÉTODOS: Selecionamos 32 pacientes com avaliação clínica para SWB atendidas no ICr. Critérios de inclusão: presença de dismorfismo craniofacial acompanhado ou não de alterações cardiovasculares, comportamento característico ou hiperacusia. Para a genotipagem do trio - afetado, mãe e pai, utilizamos os marcadores D7S1870, Eln 17/éxon18 e Hei. Análise em gel de poliacrilamida à 7% com imagens digitalizadas. RESULTADOS: Os marcadores D7S1870, Hei e Eln17/éxon18 foram 78% informativos e 22% não informativos. O marcador mais informativo foi o D7S1870 69%, seguido do Hei 55% e ELN 17/éxon18 em 43%. Houve microdeleção em 56% e ausência em 22%. A origem parental da deleção foi 9 materna e 8 paterna. As alterações craniofaciais e cardiovasculares não tiveram diferenças estatisticamente significantes entre portadores e não portadores da microdeleção. O comportamento amigável resultou numa diferença estatística muito significante (p=0,006) onde 88% tinham e 28% não tinham microdeleção. A hiperacusia teve diferença estatística significante (p=0,020) presente em 55% dos pacientes com microdeleção. CONCLUSÃO: Os dados obtidos demonstraram que os marcadores utilizados são úteis no diagnóstico da SWB e acessível para utilização em serviço público. / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS) results of ~1.5 Mb commonly deleted region chromosome 7q11.23 in 90-95% of all clinically typical cases. The clinical manifestations can be variable and is a developmental disorder with multisystem manifestations caused by haploinsufficiency for contiguous genes in this region. OBJECTIVE: Polimorphic markers were tested to determine the proportion of patients with and without microdeletion, to compare the clinical features and to establish the parental origin of the deletion. METHODS: 32 probands with WBS ascertained according to well-established diagnostic criteria. Genotyping using polimorphic markers D7S1870, Eln 17/éxon18 and Hei was performed on DNA from the patients and their available parents. RESULTS: The three markers were informative in 78% and non informative in 22%. The best marker was D7S1870 with 69%, followed by Hei in 55% and ELN 17/éxon18 in 43%.The microdeletion was present in 56% and absent in 22%. Craniofacial and cardiovascular alterations did not have significant statistical differences between probands with or without microdeletion. Two following characteristics (friendly personality and hyperacusia) were more frequent in the deleted group and these differences were statistical significant (p=0,006 and 0,02 respectively). CONCLUSIONS: Polimorphic markers used here demonstrated its viability and utility for the confirmation diagnosis of SWB in a public service.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2015-10-14T12:58:54Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-10-15T13:46:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-15T13:46:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_IsolamentoMicrossatelitesEspecies.pdf: 871091 bytes, checksum: fb70b27bf298c90182fbfacb17aa112b (MD5) Previous issue date: 2004 / Aborda isolamento de microssatélites de espécies madeireiras no contexto da sustentabilidade genética no manejo florestal com o objetivo de isolar e caracterizar uma bateria de marcadores microssatélites para espécies arbóreas da Floresta Amazônica: Jacaranda copaia, Bagassa guianensis e Dipteryx odorata. Estes estudos vem sendo realizados como parte do projeto Dendrogene, e as análises genéticas populacionais posteriores fornecerão subsídios para conservação e manejo sustentável destas espécies.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Em um programa de melhoramento genético varios fatores influenciam na seleção de cultivares, basicamente pelo elevado número de genótipos em avaliação e pela reduzida capacidade experimental em fases iniciais do programa. Nesse contexto, o presente trabalho foi dividido em quatro partes. O primeiro estudo objetivou identificar locais chaves para avaliação e seleção de genótipos de soja nas nas macrorregiões 1 (M1) e 2 (M2), em gerações com pouca disponibilidade de semente. O conjunto de dados consistiu em 22 genótipos de soja cultivados em 23 locais por 3 anos. As análises GGL + GGE e G vs. GE foram usadas. As localidades Chapada-RS e Maracaju-MS foram os locais mais representativos e discriminantes macrorregiões 1 e 2, respectivamente. A identificação das localidades chave é fundamental para a avaliação, onde o número de locais de ensaio pode se resumir a um único local por macrorregião sojícola. O segundo estudo teve como objetivo avaliar a precisão experimental de diferentes métodos de análise estatística para ensaios com elevado número de genótipos de soja. Foram usados dados de produtividade de grãos de 324 genótipos de soja, avaliados em 6 repetições. Os dados foram analisados considerando os delineamentos de blocos ao acaso, látice triplo e uso do método de Papadakis. Os indicadores de precisão experimental do método de Papadakis são mais favoráveis, quando comparados com os delineamentos de blocos ao acaso e látice triplo. Pode-se usar duas repetições e analisar os dados, usando o delineamento de blocos completamente casualizados ou método Papadakis, sem redução da precisão experimental. No terceiro estudo foi avaliado o desempenho produtivo, a adaptabilidade e a estabilidade de cultivares modernas de soja, em ensaios multiambientes. Foram avaliados 46 cultivares em oito ambientes, nas microrregiões de adaptação 102, 201 e 202, na safra 2014/2015. Ocorreu interação genótipo x ambiente complexa, com alterações do ranqueamento de cultivares entre os locais. Dentre os genótipos avaliados a cultivar NA 5909 RG, parental das RILs no ensaio GWS, esteve presente entre genótipos de maiores médias produtivas, apresentando também elevada adaptabilidade e estabilidade. O quarto estudo teve três objetivos: avaliar a precisão da SG na soja; identificar o efeito da estrutura intrapopulação na precisão da seleção genômica; e, comparar a eficiência da seleção fenotípica e genômica na soja. Foi utilizado o modelo BayesB com validação cruzada para dados fenótipicos e genótipicos de 324 genótipos de soja. Avaliou-se a precisão do GS para caracteres fenotípicos com dados genotípicos de 5403 marcadores SNPs. Os resultados indicaram que a precisão genotípica foi semelhante, considerando, ou não, a estrutura da população. Se observou que a estrutura da população não afetou significativamente a precisão dos modelos para os caracteres avaliados. Constatou-se que com esta metodologia torna-se possível reduzir pela metade o tempo de seleção e aumentar a eficiência de seleção em 123% para produtividade de grãos. / In a breeding program, several factors influence the selection of cultivars, mainly due to the high number of genotypes under evaluation and the reduced experimental capacity in the initial phases of the program. In this context, the present study was divided into four parts. The first one aimed to identify the core locations for evaluation and selection of soybean genotypes in the macro-regions 1 (M1) and 2 (M2), in generations with low seed availability. The data set consisted of 22 soybean genotypes grown in 23 sites for three years. The GGL + GGE and G analyses versus the GE analysis were used. The locations Chapada-RS and Maracaju-MS were the most representative sites and discriminant macro-regions 1 and 2, respectively. Identification of the core location is fundamental to evaluation, since it is where the number of test sites can be summarized to a single site by soybean growing macro-region. The second study aimed to evaluate the experimental accuracy of different statistical methods used to analyze the assays with large numbers of soybean genotypes. The grain yield data from 324 soybean genotypes, evaluated in six replicates, were used. The data were analyzed by using the randomized block design, triple lattice design, and Papadakis method. The experimental accuracy indicators of the Papadakis method were more favorable when compared to those of the randomized block and triple lattice designs. Two replicates could be used when analyzing the data without reducing experimental accuracy: a randomized complete block design or the Papadakis method. In the third study, the productive performance, adaptability, and stability of modern soybean cultivars were evaluated in multi-environment assays. A total of 46 cultivars were evaluated in eight environments, in the adaptation micro-regions 102, 201, and 202, during the 2014/2015 harvest. Genotype × complex environment interactions occurred with changes in the ranking of cultivars between the sites. Among the genotypes evaluated, the cultivar NA 5909 RG, parental to the RILs in the genome-wide selection (GWS) assay, was considered to be among the genotypes with higher mean productivities, and it also showed high adaptability and stability. The fourth study had three objectives: to evaluate the accuracy of genomic selection in soybean, to identify the effect of intra-population structure on the accuracy of genomic selection, and to compare the efficiencies of the phenotypic and genomic selections in soybean. The BayesB model with cross validation was used for analyzing the phenotype data from the 324 soybean genotypes. The accuracy of GS for phenotypic characters with genotypic data of 5403 SNP molecular markers was also evaluated. The results indicated that the genotypic accuracy was similar, irrespective of consideration of the population structure. It was observed that the population structure did not significantly affect the accuracy of the models for the traits evaluated. It was verified that with this methodology it is possible to halve the selection time and increase the selection efficiency by 123% for grain yield.

Several approaches using molecular biology techniques and the social sciences has been employed in order to clarify the involvement of Africans and their descendants in the history of Brazil. The African presence in America dates back to the sixteenth century when men and women were sold as slaves to serve as manpower in the colonies of Europe. It is estimated that since that time more than 15 million people have been brought forcibly to the Americas, 40% had Brazil as a destination. These Africans and their descendants started swapping genes with Europeans and Indians who inhabited the region. However, is not yet known in detail the participation of Africans in shaping history and genetics of population. Difficult access to detailed history of Africans and their descendants in Brazil is due largely to lack of documents and other historical data and geography, and only recently modern techniques of molecular biology have allowed a detailed analysis of the origin and migration of peoples. Quilombo communities are remnants of Quilombo, which were groups of runaway slaves and freedmen, located in remote and inaccessible. Quilombo is a Bantu word which means warrior camp in the forest. This study aimed to determine the polymorphism of 11 microsatellite markers on the Y chromosome in the maroon communities of the State of Alagoas. We analyzed 11 microsatellite loci of 211 men in nine maroon communities of the State of Alagoas, identified 108 haplotypes. The haplotype diversity varied from 0.7464 ± 0.0907 (Muquém) to 0.9794 ± 0.0594 (Carrasco), suggesting that there is significant founder effect in these communities. Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that populations have maroon marked heterogeneity, with 25.4% of the variation due to differences among the 74.6% and intrapopulation differences. The ancient African lineages, Amerindian and European is quite varied, noting that some populations are genetically closer to European and other populations of African populations. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / Diversas abordagens utilizando técnicas de biologia molecular e de ciências sociais tem sido empregadas com a finalidade de esclarecer a participação dos africanos e seus descendentes na historia do Brasil. A presença do africano na América remonta ao século XVI, quando homens e mulheres foram comercializados como escravos para servirem de mão-de-obra nas colônias européias. Estima se que desde essa época mais de 15 milhões de pessoas tenham sido trazidas forçadamente para o continente americano, sendo que 40% delas tiveram o Brasil como destino. Esses africanos e seus descendentes iniciaram troca de genes com europeus e índios que já habitavam a região. No entanto, ainda não se conhece em detalhes a participação dos africanos na formação histórica e genética da população brasileira. A dificuldade de acesso à historia detalhada dos africanos e seus descendentes no Brasil se deve em grande parte a escassez de documentos e outros dados histórico-geográficos, e só recentemente técnicas modernas de biologia molecular permitiram uma análise detalhada da origem e migração dos povos. Quilombolas são comunidades remanescentes dos quilombos, que eram agrupamentos de escravos fugitivos e libertos, localizados em regiões isoladas e de difícil acesso. Quilombo é um termo Banto, que quer dizer acampamento guerreiro na floresta. O presente trabalho teve como propósito a determinação do polimorfismo de 11 marcadores microssátelites do cromossomo Y nas comunidades quilombolas do Estado de Alagoas. Foram analisados 11 locos de microssatélites de 211 homens em nove comunidades quilombolas do Estado de Alagoas, sendo identificado 108 haplótipos. A diversidade haplotípica variou de 0,7464±0,0907 (Muquém) a 0.9794±0,0594 (Carrasco), sugerindo que não existe efeito fundador significativo nessas comunidades. A análise da variância molecular (AMOVA) revelou que as populações quilombolas apresentam acentuada heterogeneidade, com 25,4% da variação devido a diferenças interpopulacionais e 74,6% a diferenças intrapopulacionais. As linhagens ancestrais africanas, ameríndias e européias é bastante variado, observando-se que algumas populações se aproximam geneticamente de populações européias e outras de populações africanas.

The slave trade across the Atlantic brought an estimated four million Africans to Brazil since the beginning of the XVI century until mid-XIX century, thus contributing to the significant miscegenation of Brazil s population. The current genetic condition is a result of the interbreeding process between the Native American (Amerindian), European populations and the African population. Presently, despite this population s elevated heterogeneity, small isolated groups can still be found, as is the case of the Quilombolas, who are the product of the resistant movement against slavery imposed by Portuguese colonization. With the objective of conducting research of the genetic composition and the origin of paternal lineages in nine Afro-descendent communities of Alagoas, Brazil, 15 Y-SNP markers were analyzed by applying the SNaPshot (Applied Biosystems) method. Utilizing the updated nomenclature of the Y-Chromosome Phylogenetic Tree, it was possible to identify nine haplogroups of the Y-Chromosome in a total of 209 individuals. The calculated genetic diversity ranged from 0.2000 to 0.7190, thus evidencing against a standardized composition of this population. As a result of patriarchal domination of the Portuguese economic model of colonization in Brazil, haplogroup R1b1b2*-M269, of European origin, was observed in all populations at a frequency of 5.26 - 79.17%. Haplogroup F*(xK)-M213 was found at a rate of 4.17% and 36.84%, suggesting an origin of European male ancestry in these individuals. Seven populations corresponded to haplogroup E1b1a1*-M2, of Sub-Saharan African descent, which presented a frequency above Alagoas population diversity, varying from 13.3% to 90.0%. However, Q1a3a*-M3, of the Amerindian group was observed in only 2 chromosomes. Sub-clades of Haplogroup E, of African descent, including E1b1b1b1*M81, E1b1b1a1*-M78 and E1b1b1c*-M123 were considerably frequent among the Portuguese. Applying AMOVA test, occurrences of heterogeneity among Alagoas Quilombola population (FST=0.23964, P=0,00000±0,00000) were verified, had a genetic intrapopulation variation of 23.96%. The study revealed no significant genetic variances between populations from Alagoas, Rio de Janeiro, Portugal and the Quilombola populations of Jacu, Palmeira dos Negros, Paus Pretos, Poços do Lunga and Carrasco. However, Cajá dos Negros, Muquém, Filus and Povoado Cruz presented distinct genetic constituents, thereby highlighting the hypothesis that the aforementioned communities were originally places of refuge for slaves. An analysis of hierarchies pertaining to Y-SNP markers improved the basis of knowledge of Afro-descendant populations in Alagoas, and in union with historical and anthropological facts and demographics, establishes itself as an important instrument in the field of population genetics. / O tráfico de escravos no Atlântico trouxe cerca de quatro milhões de africanos para o Brasil desde o início do século XVI até meados do século XIX, contribuindo para demasiada miscigenação da população brasileira. O cenário genético atual é resultante do processo de mistura entre a população nativa americana (ameríndios), as populações européias e de origem africana. Atualmente, apesar da elevada heterogeneidade desta população, pequenos grupos humanos isolados ainda podem ainda ser encontrados, como é o caso das populações remanescentes de quilombos, fruto da resistência ao regime escravista imposto na então colônia pelos portugueses. Objetivando estudar a composição genética e a origem das linhagens paternas em 9 comunidades afro descendentes de Alagoas, Brasil, foram analisados 15 marcadores Y-SNPs pelo método SNaPshot (Applied Biosystems), possibilitando a identificação de 9 haplogrupos do cromossomos Y em um total de 209 indivíduos, de acordo com a nomenclatura atualizada da Árvore Filogenética do Cromossomo Y. A estimativa de diversidade genética variou de 0,2000 a 0,7190, atestando não haver uniformidade na composição genética destas populações. De origem européia, o haplogrupo R1b1b2*-M269 foi observado em todas as populações, com frequências entre 5,26 - 79,17%, resultado da dominação patriarcal resultante do modelo econômico português de colonização do Brasil. O haplogrupo F*(xK)- M213 foi encontrado com frequências entre 4,17 e 36,84%, sugerindo origem européia aos ancestrais masculinos destes indivíduos. Sete populações apresentaram para o haplogrupo E1b1a1*-M2, de origem subsaariana, frequências acima das observadas na população miscigenada de Alagoas, variando entre 13,3% e 90,0%. Já Q1a3a*-M3, característico de ameríndios, foi observado apenas em 2 cromossomos. Foram observados ainda E1b1b1b1*-M81, E1b1b1a1*-M78 e E1b1b1c*-M123, ramos do haplogrupo E, de origem africana, porém apresentando frequências consideráveis entre os portugueses. Usando o teste de AMOVA, verificou-se a ocorrência de heterogeneidade entre as populações quilombolas de Alagoas (FST=0,23964, P=0,00000±0,00000), com variação genética interpopulacional de 23,96%. O estudo revelou não haver distâncias genéticas significativas entre as populações de Alagoas, Rio de Janeiro, Portugal e as populações quilombolas de Jacu, Palmeira dos Negros, Paus Pretos, Poços do Lunga e Carrasco, enquanto que Cajá dos Negros, Muquém, Filus e Povoado Cruz apresentam-se com distintas constituições genéticas, reforçando a hipótese de que estas comunidades foram originadas de locais de refúgio de escravos. As análises hierárquicas com marcadores Y-SNPs aprimoraram o conhecimento sobre as populações afro descendentes de Alagoas e, em conjunto com dados históricos, demográficos e antropológicos, constituem uma importante ferramenta na área da genética de populações.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T16:47:15Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1609840 bytes, checksum: a3f17f229d5897844df900b98a6be2c6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T16:47:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1609840 bytes, checksum: a3f17f229d5897844df900b98a6be2c6 (MD5) Previous issue date: 2005-08-01 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Visando contribuir com a padronização internacional da classificação de raças fisiológicas do fungo Uromyces appendiculatus, agente causal da ferrugem do feijoeiro comum, no presente trabalho foi realizada a caracterização de isolados do patógeno usando a nova série diferenciadora e o sistema binário de nomenclatura propostos no “3rd The Bean Rust Workshop”. Esses isolados, oriundos do estado de Minas Gerais, são utilizados nas avaliações dos genótipos resistentes a ferrugem desenvolvidos pelo programa de melhoramento do feijoeiro conduzido no BIOAGRO/UF V. O procedimento utilizado classificou 12 isolados em sete raças fisiológicas distintas: 21-3, 29-3, 53-3, 53-19, 61-3, 63-3 e 63-19. Espera-se que a adoção desse procedimento possa facilitar o intercâmbio de informações e o uso cooperativo dos resultados obtidos pelos diferentes grupos de pesquisa que, no mundo, estudam 0 U. appendiculatus. Com esta classificação, foram também identificadas fontes com amplo espectro de resistência: Mexico 309, Mexico 235 e PI 181996, as quais se mostraram incompatíveis com todos os isolados caracterizados. Em face à grande variabilidade apresentada por U. appendiculatus, e visando o controle genético eficiente e duradouro desse patógeno, outra meta do presente trabalho foi piramidar os genes de resistência Ur-5 (Mexico 309), Ur-I] (Belmidak RR-3, derivado de PI 181996) e Ur-ON (Ouro Negro) no background genético “carioca” do feijoeiro, utilizando o cultivar Rudá como genitor recorrente. Grãos do tipo carioca possuem maior aceitação pelo consumidor brasileiro. Para viabilizar a piramidação, a estratégia adotada foi o uso de marcadores moleculares, para estudos de fingerprinting e na seleção indireta dos genes. / Aiming to contribute to the international standardization of the classification of physiological races of the fungus Uromyces appendiculatus, the causal agent of common bean rust, this work characterized isolates of the pathogen using the new differential series and the binary nomenclature system recommended in the 3rd Bean Rust Workshop. These isolates were collected in the state of Minas Gerais, Brazil, and are used for the evaluation of bean rust resistant genotypes developed in the BIOAGRO/UF V breeding program. Twelve isolates were classified into seven physiological races: 21-3, 29-3, 53-3, 53-19, 61-3, 63-3 and 63-19. It is expected that the adoption of this classification procedure will facilitate the exchange of information among different research groups interested in common bean rust and its causal agent U. appendiculatus. The classification procedure also allowed the identification of resistance sources with ample resistance spectra: ‘Mexico 309’, ‘Mexico 235’ and ‘PI 181996’. These sources were incompatible with all the isolates analyzed. Considering the high variability of U. appendiculatus, and aiming the durable and efficient genetic control of this pathogen, in this work the following rust resistance genes were associated (pyramided) in the “carioca-type” genetic background Ruda: Ur- 5 (Mexico 309), Ur-I] (Belmidak RR-3, derived from PI 181996) and Ur-ON (Ouro Negro). Cultivars with “carioca-type” grains are preferred by the Brazilian consumer. Molecular markers were used for fingerprinting analyses and indirect selection during the pyramiding process in association with conventional breeding techniques, such as backcrossing and segregating generation advancement with genealogical control. SCAR markers 8119460 and SAE19890, and RAPD marker OPX11630, linked to Ur-5, Ur-I] and Ur-ON, respectively, were used to monitor the resistance alleles along the pyramiding process. The phenotypic selection of these three alleles was not possible because they present the same resistance spectra in relation to the isolates available in the BIOAGRO/UFV breeding program. F 3 seeds with pyramided Ur-5, Ur-I] and Ur-ON rust resistance alleles were obtained from F 2 plants harboring the three molecular markers, and also the “carioca-type” genetic background. Aiming to reach homozygosity for all three resistance loci, the F 3 population and subsequent generations will be conducted by a molecular-marker assisted genealogical breeding process. In addition to the activities already mentioned, the “carioca- type” cultivar BRSMG Talismã, which was recently recommended for commercial use in the Minas Gerais and Parana States, was evaluated as to its reaction to U. appendículatus isolates maintained in the fungal collection of BIOAGRO/UFV. It was also characterized with molecular markers 8119460, SAE19890 and OPXll630. The results demonstrate that ‘BRSMG Talismã” is susceptible to five of the 12 U. appendiculatus isolates tested. The three molecular markers analyzed were polymorphic between “BRSMG Talismã” and the resistance sources harboring the alleles Ur-5, Ur-I] and Ur-ON. That indicates the absence of these resistance alleles in cultivar BRSMG Talismã and that these markers can be used to monitor the possible simultaneous introgression of the resistance alleles in this cultivar.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-10-06T12:24:38Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2332592 bytes, checksum: ea191ac1bd1c0ec54857a55aff6e21f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T12:24:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2332592 bytes, checksum: ea191ac1bd1c0ec54857a55aff6e21f9 (MD5) Previous issue date: 2016-05-23 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Foram utilizados 5.796 registros de perfis parasitológico (ovos por grama de fezes - OPG) e histológico (contagem de eosinófilos sanguíneos – EOSI; e volume globular - VG), para obtenção da resposta à resistência ao parasitismo Haemonchus contortus ao longo do tempo, oriundos de 138 caprinos da raça Crioula com idades variando de 173 a 307 dias, pertencentes a empresa francesa INRA (Institut National de Recherche Agronomique) na Unité de Recherches Zootechniques (URZ) localizada em Guadalupe (Antilhas Francesa), coletados no período de 2009 a 2013. A primeira análise destes dados foi contrastar diferentes modelos estatísticos (repetibilidade - REP; e regressão aleatória - MRA) para uma avaliação genética relacionada à resistência de caprinos Crioulos infectados artificialmente com 10.000 larvas L3 de Haemonchus contortus, em 2 etapas (Desafio 1 - correspondente à imunização do animal ao parasita; e Desafio 2 - correspondente à resposta da imunização adquirida pelo animal após a primeira infecção artificial) e observados durante 56 dias. Para o MRA o ajuste ocorreu por meio de funções polinomiais de Legendre para a curva fixa (kf), efeito genético aditivo (ka) e de ambiente permanente (kp) considerando as ordens dois (função linear) e três (função quadrática) para descrever as estruturas de (co)variâncias em função do tempo. Por meio do software WOMBAT, os modelos (REP e MRA) foram comparados pelos critérios de informação de Akaike (AIC) e Bayesiano de Schwarz (BIC). Estes avaliadores de qualidade destacou no Desafio 1, os seguintes MRA com as ordens: 3,2,3 para OPG; 3,3,2 para EOSI e 2,2,3 para VG como sendo os mais plausíveis para descrever geneticamente a curva de resistência de caprinos Crioulos inoculados com Haemonchus contortus. Já para o Desafio 2, os MRA com as ordens: 3,2,3; 3,2,2 e 3,3, respectivamente para as características OPG, EOSI e VG foram ressaltado para a mesma finalidade. Na segunda análise destes dados para ambos os Desafios (1 e 2) foi realizada a identificação de genes associados aos mecanismos de resistência em caprinos Crioulos ao Haemonchus contortus, por meio um Estudo de Associação Genômica Ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS) para contagem de ovos por grama de fezes (OPG). Todos os animais avaliados neste estudo foram genotipados utilizando o chip Illumina goat SNP50 BeadChip (Illumina Inc. San Diego, CA) contendo 53.347 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism ou polimorfismo de nucleotídeos de base única). E após o controle de qualidade, os genótipos de todos os indivíduos passaram a ter 46.643 SNPs, onde foram incluídos no GWAS. As associações que mostraram significativas foram identificadas através de modelos lineares mistos e ajustados separadamente para cada Desafios (1 e 2) utilizando a função GWAS do pacote rrBLUP do software R. No Desafio 1 foram encontrados sete SNPs (no cromossomo 4, 6, 11 e 17) e no Desafio 2 foram reportados cinco SNPs (nos cromossomos 3, 8, 9 e 24). A anotação dos genes candidatos foi realizada nas posições destes marcadores significativos, onde o principal cromossomo em termos de número de genes anotados foi o seis (Desafio 1) e o oito (Desafio 2) para a característica de interesse OPG. Uma vez que a infecção de Haemonchus contortus provoca danos graves no intestino em animais infectados, resultando num processo de inflamação e também a perda de sangue (ou anemia), o uso destes genes anotados é grande importância, pois os mesmos podem ser analisados sob um ponto de vista para uma resposta imunológica integrada. / A total of 5.796 records of parasitological (fecal eggs count - FEC) and histological (counting blood eosinophils - EOSI, and packed cell volume - PCV) profiles were used to study the genetic resistance to Haemonchus contortus parasitism in Creole goats belonging to French company INRA (Institut National de Recherche Agronomique) in Unité de Recherches Zootechniques (URZ) located in Guadeloupe (French West Indies). The datasets were collected in the period between 2009 to 2013. The first analysis consisted in comparing statistical models (repeatability - REP, and random regression - MRA) for genetic evaluation related to the resistance of Creole goats artificially infected with 10.000 larvae L3 of Haemonchus contortus. The infection occurred in 2 steps (Challenge 1 - corresponding to the immunization of the animal to the parasite; and Challenge 2 - corresponding to the immunization response acquired by the animal after the first artificial infection). The MRA were fitted by Legendre polynomials assumed to the fixed curve (kf), additive genetic effect (ka) and permanent environmental (kp) considering the two orders (linear function) and three (quadratic function) to describe the structures of (co) variance as a function of time. The analyses were performed by using WOMBAT software, being the models compared through Akaike Information (AIC) and Bayesian Schwarz (BIC) Criteria. For Challenge 1, the following MRA with orders: 3,2,3 for FEC; 3,3,2 for EOSI e 2,2,3 for PCV were the most plausible to describe genetic variation in goats in relation to the resistance to Haemonchus contortus. For Challenge 2, the MRA with orders: 3,2,3; 3,2,2 e 3,3, respectively for the characteristics FEC, EOSI e PCV, presented the best fitting. The second analysis was performed to identify genes associated with resistance mechanisms in the Creole goats to Haemonchus contortus through Genome-Wide Association Study (GWAS) for fecal eggs count (FEC). All animals in this study were genotyped using the chip Illumina goat SNP50 BeadChip (Illumina Inc. San Diego, CA) containing 53,347 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism). Significant associations were identified by linear mixed models fitted separately for each Challenges (1 and 2) using the function rrBLUP of R software. At Challenge 1 were found seven significant SNPs (on chromosome 4, 6, 11 and 17); and at Challenge 2 were reported five significant SNPs (on chromosomes 3, 8, 9 and 24). Candidate gene annotation study was performed in the positions of these significant markers. Chromosome 6 was the most relevant in terms of the number of annotated genes, since a total of six (Challenge 1) and eight (2 Challenge) genes were associated to FEC. These genes are related to inflammation process and loss of blood (or anemia), which are symptoms of Haemonchus contortus infection. These identified genes can be submitted to future studies aiming to elucidate the integrated immune response to this parasitism.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2705.pdf: 4158508 bytes, checksum: e7be7fc76294b9361bf22b40ad1ada06 (MD5) Previous issue date: 2009-06-25 / Financiadora de Estudos e Projetos / The dynamics of use of land in urban and agricultural areas has led to destruction and fragmentation of ecosystems. It has been related to the increase of susceptibility of natural populations to extinction due to increase of isolation between populations and reduction of population size. To evaluate the effect of the recent habitat fragmentation on the genetic diversity of natural populations, we will analyze the diversity and genetic structure of populations of the wooly mouse opossum Micoureus paraguayanus (Marsupialia: Didelphimorphia) in the Parque Estadual Morro do Diabo (SP) and in bush fragments in its surroundings. For this purpose, we used the control region (D-Loop) to examine population structure and dynamics in fragmented forest habitats. We found low values of haplotypic and nucleotidic diversity when compared to values from previous works with marsupials in fragmented areas. We found values of diversity of 0.28 and 0.0022% respectively. Besides that, there was a correlation between continuous cultivated lands distance and number of exclusives haplotypes. The AMOVA test showed no genetic structure between fragments, however, Fst values indicated significant genetic differentiation to Santa Tereza and Ponte Branca when compared with all the others fragments. These are between the smallest areas evaluated in this study and the differentiation indicates that the recent fragmentation suffered by these patches could be responsible for the changes in the genetic composition of these populations. / A dinâmica de uso da terra em áreas urbanas e rurais tem levado à fragmentação de ecossistemas e suas conseqüências têm sido relacionadas ao aumento da susceptibilidade de populações naturais à extinção devido à redução do tamanho populacional e ao aumento do isolamento por distância entre populações. Para avaliar os efeitos que a fragmentação recente de habitat possui sobre a diversidade genética das populações naturais, nós analisamos a diversidade e estrutura genética do marsupial Micoureus paraguayanus em fragmentos remanescentes de Floresta Estacional Semi-Decidual na região do Pontal do Paranapanema (SP) através da análise da região controle (D-Loop) do DNA mitocondrial. Foram encontrados valores baixos para as diversidades haplotípica e nucleotídica quando comparados à outros valores citados na literatura para populações de outras espécies de marsupiais em declínio. Nós encontramos valores de diversidades haplotípica e nucleotídica de 0.28 e 0.0022% respectivamente. Além disso, foi encontrada uma correlação entre a distancia agropastoril contínua e o numero de haplótipos exclusivos nos fragmentos amostrados para este estudo. O teste AMOVA não detectou estruturação genética entre fragmentos, todavia, os valores de Fst mostram diferenciação significativa dos fragmentos Santa Tereza e Ponte Branca em relação aos demais. Estes estão entre os menores e mais alterados fragmentos avaliados e a sua diferenciação indica que o processo recente de fragmentação (cerca de 60 anos) já pode ter sido o responsável por mudanças na composição genética da população.

Orientadora: Regina Maria Barreto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: João Aristeu da Rosa / Banca: Leonor Gusmão / Banca: Rodrigo Rodenbusch / Resumo: A análise dos polimorfismos do DNA é a melhor ferramenta encontrada para resolução de casos de identificação humana, sendo os marcadores STRs (short tandem repeat) localizados em regiões autossômicas os principais e mais utilizados para esta finalidade. Apesar da indiscutível reprodutibilidade destes marcadores, quando são analisados em amostras degradadas podem não apresentar bons resultados, o que dificulta a resolução dos casos. Assim, há a necessidade de uma alternativa e, atualmente, a mais indicada é a utilização dos polimorfismos bialélicos. A análise do cromossomo sexual X também vem ganhando importância significativa no contexto forense, devido ao seu padrão de transmissão entre os genitores. Neste trabalho, caracterizamos as populações brasileiras do estado do Mato Grosso e do Distrito Federal pela análise de 32 polimorfismos de inserção/deleção no cromossomo X (X-InDels), tendo em vista que os dados destes polimorfismos nestas populações são ainda inéditos, e para que esses marcadores também possam no futuro auxiliar a resolução de casos forenses em nosso país. Para identificar a diversidade genética foram analisados os perfis genotípicos de 303 indivíduos não aparentados nascidos no estado do Mato Grosso e 179 indivíduos não aparentados e residentes em Brasília. Os resultados indicam que o painel dos 32 X-Indels é bastante eficiente para a sua finalidade, sendo que praticamente todos os marcadores se mostraram altamente informativos para as populações estudadas. O... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The analysis of DNA polymorphisms is the best tool found for solving cases of human identification, and the Short Tandem Repeat (STR) markers used in the autosomal regions are the main and most marker used for this purpose. Despite the undeniable reproducibility of these markers, when analyzed in degraded samples they may not present good results, which makes it difficult to solve the cases. Because of this, there is a need for an alternative tool and currently the most indicated is the use of the biallelic polymorphisms. In this way, the analysis of the sex chromosome X has gained significant importance in the forensic context, due to its pattern of transmission between the parents. In this work, we characterize the Brazilian populations of the state of Mato Grosso and the Federal District by the analysis of 32 insertion/deletion polymorphisms on the X chromosome (X-InDels), considering that the data of this polymorphism in these populations are still unpublished, and for that these markers may also in the future help the resolution of forensic cases in our country. To identify the genetic diversity, the genotypic profiles of 303 unrelated individuals born in the state of Mato Grosso and 179 unrelated individuals living in Brasília were analyzed. The results shows that the 32 X-Indels panel is very efficient to its purpose, being almost all markers highly informative for the studied populations. The Hardy-Weinberg equilibrium test was performed on the female samples from bot... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2063853 bytes, checksum: 00be6763da1445cc27e05bdb2481b0ad (MD5) Previous issue date: 2006-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Species of Eucalyptus are widely planted in continuous forests stands in our country. To increase the competitiveness of our Eucalyptus based forest industry it is imperative to continuously work toward improving the quality of our plantation forestry. The identification of genes or genomic regions controlling traits of interest has been one of the main molecular breeding approaches to this end. Several groups worldwide have started to identify QTLs for some productivity related traits. Most of these reports, however, have used dominant markers that do not allow data sharing and comparison among the various pedigrees and species. QTL information therefore remains restricted to the particular family used in the detection experiment. The use of codominant, multiallelic, highly polymorphic and transferable microsatellite markers, allows, on the other hand, a comparative mapping investigation across multiple pedigrees and even species of the genus. In this work QTLs were localized based on the genetic mapping of 235 microsatellites in a full-sib family of 188 individuals derived form a Eucalyptus grandis x E. urophylla cross. Microsatellite genotyping was carried out by fluorescence detection on the ABI 3100. Individuals were measured at age of three years for volume growth, wood density by pilodyn penetration as well as eleven other traits related to wood properties assessed by Near Infrared Spectroscopy (NIRS). Single marker analysis was carried out using GQMOL and QTLs were declared at a significance threshold of 1%. Composite interval mapping using QTLCartographer was also used after constructing both parental maps by the pseudo-testcross strategy using MapMaker. QTLs were identified for all 14 traits. Several QTLs for correlated traits mapped to the same genomic intervals. For comparative purposes, sib-pair analysis of Fulker and Cardon was also carried out on the integrated genetic map to detect QTL. A general agreement was seen between the two QTL interval mapping analyses. Finally, to contribute for an ongoing effort to anchor the genetic map to physical equivalents of the Eucalyptus genome, for 38 mapped microsatellites one or more BAC clones were identified by library screening. These BAC clones will be used for the construction of a physical map for future efforts of positional cloning of target genes. The use of BAC clones that belong to specific linkage groups as probes for FISH will also allow establishing the correct numbering of linkage groups based on cytogenetic chromosome numbering, information still lacking for species of Eucalyptus. / Espécies do gênero Eucalyptus são amplamente utilizadas em plantios florestais homogêneos em nosso país. Para aumentar a competitividade da eucaliptocultura nacional são necessárias ações contínuas que visem melhorar as características de nossas florestas. Uma estratégia para buscar regiões genômicas que contenham genes ou seqüências regulatórias envolvidos no controle de caracteres de interesse é o mapeamento genético. Vários grupos de pesquisa identificaram regiões genômicas associadas a caracteres de interesse em Eucalyptus via mapeamento genético. Esses trabalhos, em sua maioria, utilizaram marcadores dominantes, que dificultam o compartilhamento interexperimental dos dados fazendo com que o uso das informações de ligação marcador/característica fique restrito ao pedigree utilizado. A utilização de microssatélites, marcadores codominantes, multialélicos, altamente polimórficos, e transferíveis, permite, por outro lado, a análise comparativa de QTLs entre pedigrees e espécies do gênero. No presente trabalho foram localizados QTLs com base no mapeamento de 235 microssatélites em uma família de 188 irmãos- completos, proveniente de um cruzamento entre Eucalyptus grandis x E. urophylla. A detecção do polimorfismo dos microssatélites foi realizada via fluorescência na plataforma ABI 3100. Os indivíduos desta família foram avaliados aos três anos para altura e diâmetro das árvores, densidade da madeira via penetração do Pilodyn e mais onze caracteres relacionados à qualidade da madeira, os quais foram avaliados indiretamente por Espectrofotometria de Infravermelho Próximo (NIRS). Os marcadores foram testados individualmente quanto à ligação a QTLs através de uma análise de variância no programa GQMOL. Marcadores significativamente ligados a QTLs foram identificados para todas as características com um nível de significância de 1% para cada marca individual. Também foi realizado mapeamento de QTLs através da metodologia de intervalo composto no programa QTLCartographer. Para isso, foram construídos mapas de ligação para cada parental utilizando a estratégia de pseudo-cruzamento teste no programa MapMaker. Através dessa estratégia, foram identificados QTLs para todas as quatorze características. Muitos dos QTLs, principalmente para caracteres correlacionados, foram identificados de forma co-localizada. Para fins comparativos, também foram realizadas análises de QTLs por intervalo em mapa integrado através do método de Fulker e Cardon, que utiliza uma regressão linear onde a variável dependente é o quadrado da diferença fenotípica entre pares de irmãos e a variável independente é a proporção de alelos idênticos por descendência (IBD) nos diferentes intervalos do mapa genético. Em geral, houve concordância entre os QTLs identificados por ambas metodologias de mapeamento por intervalo. Por fim, visando contribuir para a ancoragem do mapa genético com correspondentes físicos do genoma, para 38 microssatélites mapeados foram identificados um ou mais clones de cromossomos artificiais de bactérias (BAC). Esses clones serão utilizados para a construção de um mapa físico no âmbito do Projeto Genolyptus, etapa fundamental para um possível esforço de clonagem posicional de genes que controlam características quantitativas. A utilização de clones BAC pertencentes a grupos de ligação específicos, como sondas de FISH, permitirá ainda o estabelecimento da correta numeração de grupos de ligação com base na numeração citogenética de cromossomos, informação indisponível até o momento para o gênero Eucalyptus.