De nombreuses études ont montré l'intérêt thérapeutique de molécules dérivant des microARN (inhibiteurs ou analogues) en cancérologie. Cependant avant d'espérer en faire de futurs médicaments, il est indispensable d'élaborer des systèmes permettant leur délivrance préférentielle dans les cellules cancéreuses. Dans ce travail, nous avons développé deux plateformes innovantes basées sur les microARN : la première utilise les propriétés optiques des quantum dots (QD) et est destinée à l'imagerie des microARN ; la seconde repose sur la sérum albumine humaine (SAH) et a une finalité de délivrance ciblée de microARN. La mise en place de ces plateformes a nécessité la synthèse d'une petite chimiothèque de bioconjugués lipidiques dérivés des microARN (inhibiteurs ou analogues), le but étant d'exploiter l'effet hydrophobe pour les fixer à la surface des QD (ancrage hydrophobe dans la paroi lipidique des QD) et de la SAH (interaction avec les sites de liaison aux acides gras). Dans les deux cas, différentes études incluant des caractérisations physico-chimiques (MET, DLS), des expériences in vitro (SPR) et in cellulo (microscopie de fluorescence, criblage fonctionnel, RTqPCR) ont montré la potentialité de ces nouvelles plateformes. / Exploitation of gene-silencing is a very promising strategy in human therapeutics. Several engineered small non coding RNAs (inhibitors or mimics) are already in preclinical and clinical trials. However a key impediment to the wider success of these approaches remains the specific delivery of RNA-derived molecules into cancerous cells. This work aimed at developing two innovative microRNA-based plateforms : the first one relying on quantum dots (QD) is dedicated to microRNA imaging and the second one based on human serum albumin (HSA) represents a new targeted delivery system. The implementation of both plateforms required the synthesis of a small library of microRNA derived lipidic bioconjugates (inhibitors or mimics), the aim being to exploit the hydrophobic effect for their loading on QD (hydrophobic anchoring in the hydrophobic QD surface) and on HSA (interaction with fatty acid binding sites). In both cases, different studies including physico-chemical caracterizations (TEM, DLS), in vitro (SPR) and in cellulo experiments (fluorescence microscopy, functional screening, RTqPCR) demonstrated the great promises held by these new plateforms.

Les méthodes non invasives d'évaluation des lésions tissulaires hépatiques les plus utilisées et les mieux validées sont l'élastométrie et le FibroTest. La stéatopathie non-alcoolique (NAFLD) est devenue la forme la plus fréquente de maladie hépatique. Différentes études suggèrent que la NAFLD est associée à un risque accru de mortalité, en particulier d'origine cardiovasculaire. Les objectifs de cette thèse étaient 1) de mieux définir certaines limites des méthodes non invasives d'évaluation de la fibrose hépatique; 2) d'évaluer la valeur pronostique du FibroTest et d'un biomarqueur de stéatose, le SteatoTest chez les patients ayant un diabète et/ou une dyslipidémie. Le travail réalisé a permis de montrer une variabilité interobservateur notable de l'élastométrie entre deux opérateurs expérimentés dans l'hépatite chronique virale C. La stéatose du foie, estimée par le SteatoTest, a été identifiée comme un facteur indépendant associé à la surestimation de la fibrose du foie par l'élastométrie chez les sujets ayant un diabète de type 2. Nous avons également mis en évidence une variabilité du test APRI et l'impact de l'activité nécrotico-inflammatoire sur ce test dont la formule comprend l'aspartate transaminase exprimée en multiple de la normale dans l'hépatite chronique virale C. Chez des patients à haut risque de NAFLD, nous avons pu démontrer la valeur pronostique à 10 ans du FibroTest et du SteatoTest, pour prédire la mortalité globale indépendamment des facteurs métaboliques. Le FibroTest était également prédictif de la mortalité d'origine hépatique et de l'incidence des complications cardiovasculaires et le SteatoTest de la mortalité d'origine cardiovasculaire / Several non-invasive methods have been proposed to replace liver biopsy. Transient elastography and FibroTest are the most widely used and best validated non-invasive methods to assess liver fibrosis. Subjects with metabolic disorders such as type-2 diabetes or dyslipidemia, have a high risk of non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD). Evidence was previously provided to indicate that NAFLD is associated with an increased risk of cardiovascular disease and overall mortality. The aims of this thesis were. 1) to evaluate the main limitations of non-invasive methods to assess liver fibrosis. 2) to evaluate the prognostic value of liver biomarkers, such as FibroTest and SteatoTest, in patients with type-2 diabetes and/or dyslipidemia. We demonstrated a marked interobserver variability of transient elastography between two experienced operators in chronic hepatitis C. Hepatic steatosis, estimated by SteatoTest, was identified as an independent factor associated with an overestimation of liver fibrosis by transient elastography in patients with type-2 diabetes. We could also show the variability of the APRI test, based on the expression of aspartate aminotransferase relative to the upper limit of normal and the risk of overestimating fibrosis stage by this test due to necro-inflammatory activity in chronic hepatitis C. We reported that FibroTest and SteatoTest had a 10-year prognostic value for prediction of overall mortality independently of metabolic factors in patients at high risk of NAFLD. FibroTest was also predictive of liver-related death and incidence of cardiovascular events. In addition, SteatoTest had a prognostic value for cardiovascular-related death.

L’objectif de ce travail était de rechercher des marqueurs sommeil et émotionnels du risque de dépression chez les mères et leurs enfants dits « à risque ». Après une description clinique des liens étroits entre sommeil, dépression, émotion et cognition chez les mères durant la grossesse et le post-partum ainsi que chez les enfants et les adolescents, nous présentons une première étude rétrospective du sommeil sur des enfants et adolescents nés de mères déprimées. Elle met en évidence des particularités macro-architecturales du sommeil en lien avec le risque dépressif chez les adolescents à risque. Nous présentons ensuite une étude prospective sur 302 dyades mère-enfant suivies de la naissance aux 36 mois de l’enfant. Notre but a été de décrire d’abord chez les mères, des anomalies du sommeil pendant la grossesse susceptibles d’indiquer un risque de dépression du post-partum et d’avoir un impact sur le développement de l’enfant. Cette large cohorte nous a ensuite permis d’étudier le lien entre altérations précoces du sommeil des enfants et particularités cognitives et émotionnelles à 36 mois. Nous avons également pu décrire chez les enfants à risque, âgés de 6 mois, des altérations macro et micro-architecturales du sommeil pouvant indiquer un risque de psychopathologie ultérieure via une altération de la neuroplasticité tôt au cours du développement ; et chez ces mêmes enfants à 36 mois, un biais négatif de reconnaissance émotionnelle, potentiel facteur de vulnérabilité de psychopathologie ultérieure, notamment dépressive. Le suivi de cette cohorte reste déterminant pour vérifier parmi les enfants à risque ceux qui développeront finalement un épisode dépressif majeur. / The main objective of this work was to search for markers in sleep and emotions level of risk of developing major depression in mothers and their children known as "at risk”. After a clinical description of close links between sleep, depression, emotion and cognition in mothers during pregnancy and the postpartum period and in children and adolescents, we conducted a retrospective study of the first children and adolescents sleep mothers with a personal history of depression. This study highlighted the macro-level architectural features related to depressive identifiable risk adolescents at risk. We then conducted a broader prospective study which involved 302 mother-child dyads followed from birth to 36 months of the child. Initially, our goal was to describe in mothers sleep abnormalities during pregnancy can indicate a risk of postpartum depression and more broadly to induce a number of consequences on the development of the child. Secondly this large cohort allowed us to link early alterations of child sleep with cognitive and emotional peculiarities to 36 months. We have also been able to describe in children 6 months to risk of depression, macro and micro-architectural deterioration of sleep may constitute a subsequent psychopathology risk factor via impaired neuroplasticity early in development; and in these same children 36 months through a negative emotional recognition constitutes a subsequent psychopathology vulnerability factor particularly depressed. The monitoring of this longer-term cohort remains crucial to observe children at risk among those who develop other sleep or emotional anomalies and ultimately a major depressive episode.

L’infection congénitale à cytomégalovirus (CMV) représente l’infection congénitale la plus fréquente et est la cause principale de retard mental acquis et de déficience auditive neurosensorielle d’origine infectieuse chez le nouveau-né. Le risque de transmission au fœtus en cas de primo-infection maternelle est de 30 à 40%, et d’environ 1.4% chez les femmes séropositives pour le CMV avant la grossesse. L’analyse de la littérature montre que de nombreuses questions subsistent dans le domaine du CMV congénital. Le screening sérologique des femmes enceintes n’est pas systématique, entre autres à cause des difficultés fréquentes d’interprétation sérologique et des possibilités limitées de prévention et de traitement de l’infection fœtale. L’amélioration du diagnostic sérologique de l’infection à CMV est donc une étape importante dans la prise en charge des femmes enceintes. Dans la première partie de notre travail, nous avons montré les bonnes performances des tests automatisés LIAISON®CMV IgG II, LIAISON®CMV IgM II and LIAISON®CMV IgG Avidity II tant en prospectif sur des échantillons de routine que sur des sérums sélectionnés avec date de primo-infection connue. Ces nouveaux tests sont donc utiles pour le diagnostic de la primo-infection à CMV et la détermination du statut immunitaire, avec l’avantage d’une automatisation complète. Cependant, dans 18% des cas, la mesure de l’avidité des IgG se situe dans une zone intermédiaire ne permettant pas de dater l’infection. Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons évalué les capacités des immunoblots Mikrogen recomLine CMV IgG and IgG Avidity à dater une infection primaire en utilisant des sérums pour lesquels la date de primo-infection à CMV est précisément connue, et montré que ces tests donnent une interprétation correcte dans 83.1%, un résultat incorrect dans 4.5% et un résultat non concluant dans 12.4% des cas. En particulier, la combinaison des tests Mikrogen montre une meilleure sensibilité à diagnostiquer une infection <14 semaines comparé au test VIDAS IgG Avidity (85.96% vs 76.92%). Sur un second panel d’échantillons avec une avidité des IgG VIDAS intermédiaire, ces nouveaux tests ont apporté une information complémentaire quant à la datation de la primo-infection dans 79% (70/89) des cas. L’impact clinique direct est prometteur :une analyse préliminaire sur 10 femmes enceintes de moins de 14 semaines d’âge gestationnel avec une sérologie difficile à interpréter, montre que ces tests ont permis d’éviter une amniocentèse chez 5 d’entre elles.Enfin, lorsqu’un diagnostic de primo-infection maternelle à CMV est posé ou suspecté chez une femme enceinte, nous manquons de marqueurs prédictifs de transmission materno-fœtale non invasifs pour la grossesse. Dans la troisième partie de notre travail, sur une cohorte de 150 femmes enceintes présentant une primo-infection, nous avons montré que la présence de CMV dans le sang et les urines maternelles est corrélée avec la transmission verticale et que la charge virale urinaire est plus élevée chez les femmes transmetteuses. Ces marqueurs virologiques peuvent être utiles dans l’évaluation du risque de transmission en cas de primo-infection maternelle mais nécessitent des études sur de plus larges cohortes afin de confirmer ces résultats et d’établir un seuil quantitatif. / Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les pathologies cardio-vasculaires (CVD) représentent la principale cause de morbidité et demortalité dans le monde. Le risque de CVD augmente avec l’âge, le tabagisme, le diabète, les dyslipidémies, l’obésité et l’insuffisance rénale. L’incidence et la prévalence des CVD nécessitent le développement de stratégies de prévention et de traitement, et la recherche de nouveaux biomarqueurs. Le récepteur aux produits de glycation avancée (RAGE) est impliqué dans plusieurs pathologies métaboliques ou inflammatoires. L’activation du RAGE par ses multiples ligands, i.e. produits de glycation avancée (AGE), protéines de la famille S100 et amphotérine (HMGB1) induit une cascade pro-inflammatoire. La forme soluble du RAGE (sRAGE) a été proposée comme biomarqueur du risque vasculaire, de la sévérité et du devenir des CVD, particulièrement chez les patients diabétiques ou insuffisants rénaux. Cependant, les données sont contradictoires et des corrélations positives et négatives sont observées pour une même pathologie. L’importance de l’axe ligand-RAGE dans les processus pathologiques et le large éventail de molécules se liant au RAGE (des protéines proinflammatoires aux auto-anticorps), justifient le présent travail. Au cours du présent travail, dans un premier temps, nous avons d’abord étudié les effets des ligands du RAGE et des auto-anticorps anti-sRAGE récemment décrit, sur la quantification du sRAGE en ELISA. Nous supposons que l’interaction entre le sRAGE et ces molécules pourrait perturber le dosage du sRAGE. Dans un deuxième travail, nous avons évalué les variations du taux de sRAGE et des auto-anticorps anti-sRAGE après chirurgie bariatrique d’une obésité morbide. Les ligands du RAGE (Nε-carboxyméthyllysine, S100A6, S100A12, S100B, HMGB1 et peptide β-amyloïde) se fixent au sRAGE en différents sites et pourraient potentiellement interférer dans sa quantification par l’intermédiaire d’un masquage d’épitope. Nous avons incubé ces ligands, à des concentrations physiologiques et pathologiques, avec du sRAGE recombinant et du sérum pour évaluer leur effet sur le dosage du sRAGE. Des auto-anticorps anti-sRAGE ont été identifiés et purifiés et leur effet sur le dosage de sRAGE a été évalué. La présence des ligands ou d’autoanticorps anti-sRAGE ne modifie pas le dosage du sRAGE recombinant ou sérique. L’obésité favorise les dyslipidémies, les perturbations glycémiques et l’inflammation, conditions au cours desquelles le RAGE pourrait jouer un rôle important. Nous avons étudié les variations des taux sériques du sRAGE et de ses auto-anticorps et leur évolution avec l’amélioration métabolique des sujets obèses après chirurgie bariatrique. Les patients ont été sélectionnés au sein d’une cohorte déjà établie (Patient présentant une obésité morbide et candidat à une chirurgie de bypass gastrique, ABOS, Lille). Les patients présentant des facteurs pouvant modifier les niveaux de sRAGE, tels qu’un traitement par statines, une insuffisance rénale chronique ou une hypertension,ont été exclus. Comparé au groupe contrôle, les taux de sRAGE et d’auto-anticorps étaientsignificativement plus élevés chez les patients obèses avant la chirurgie. Parallèlement à la baisse de l’indice de masse corporelle, les taux de sRAGE et d’anti-sRAGE ont été significativement diminués un an après la chirurgie. La baisse d’anti-sRAGE a été corrélée à l’augmentation des taux de HDL. Nous démontrons que les variations des taux de sRAGE constatées dans la littérature ne sont, à priori, pas dues à l’interaction des ligands du RAGE avec le sRAGE. D’autres hypothèses, comme la régulation de la formation et de la clairance du sRAGE, sont discutées. Nous avons, pour la première fois, démontré la présence d’auto-anticorps anti-sRAGE chez les patients obèses, et la diminution du taux de ces auto-anticorps après une chirurgie de bariatrique. Ces résultats suggèrent que l’obésité pourrait être responsable d’une réaction auto-immune contre le sRAGE. / Cardiovascular diseases (CVDs) are the leading cause of mortality and morbidity in the world. The risk of CVDs increases with age, tobacco, diabetes, dyslipidemia, obesity and kidney dysfunction. The incidence and prevalence of CVDs demands the development of efficient strategies for prevention and treatment, as well as new biomarkers. The receptor for advanced glycation end-products (RAGE) is implicated in several metabolic and inflammatory disorders. RAGE activation by its multiple ligands, i.e. advanced glycation end-products (AGEs), S100 proteins and amphoterin (HMGB1) induces pro-inflammatory events upon RAGE engagement. The soluble circulating form of RAGE (sRAGE) has been proposed as a biomarker of vascular risk, disease severity and outcome, especially in individuals with diabetes or kidney dysfunction. However, data is controversial since positive and negative correlations are observed for a same disease. Nevertheless, the importance of the ligand-RAGE axis in pathological processes and the wide range of RAGE-binding molecules (from pro-inflammatory proteins to autoantibodies), appreciates the present study.In this thesis, we first investigated effects of RAGE ligands and the recently described anti-sRAGE autoantibodies on sRAGE quantification. We hypothesized that interactions between sRAGE and these molecules could impair sRAGE quantification. On the second part, we evaluated the value of sRAGE and anti-sRAGE autoantibodies as biomarkers of metabolic improvement after bariatric surgery for morbid obesity. Patients were selected from the established cohort ABOS (Lille). RAGE ligands (N&#949;-carboxymethyllysine, S100A6, S100A12, S100B, HMGB1 and amyloid beta peptide) bind sRAGE at different sites and could potentially impair its quantification through epitope masking. We tested this hypothesis by incubating these ligands, from physiological to pathological concentrations, with recombinant sRAGE and serum to evaluate their effects on sRAGE quantification. Anti-sRAGE autoantibodies were identified and further purified and their effects on sRAGE measurement evaluated. The presence of ligands or anti-sRAGE autoantibodies did not impair recombinant or serum sRAGE quantification. Obesity is a condition of dyslipidemia, glycemia deregulation and inflammation where RAGE is believed to play an important role. We aimed then to investigate the levels of sRAGE and its autoantibodies according to metabolic improvement in obese subjects submitted to weight loss surgery. Patients were highly selected from a well established cohort (morbidly obese patients eligible for gastric bypass, ABOS, Lille). Patients under statins treatment, with kidney dysfunction or hypertension, factors that could affect sRAGE levels, were excluded. In obese patients, significant higher levels of sRAGE and anti-sRAGE autoantibodies were observed before weight-loss surgery. In parallel to body-mass Index, both sRAGE and anti-sRAGE titers were significantly decreased one year after surgery.We demonstrate that the variations of sRAGE levels among the literature are, most likely, not due to an interaction between RAGE ligands and sRAGE. Other hypothesis like the regulation of sRAGE formation and clearance are further discussed. We have, for the first time demonstrated the presence of anti-sRAGE autoantibodies in obese subjects and that their levels decrease after bariatric surgery. Although our data suggest that morbid obese status leads to an autoimmune reactions against sRAGE. Together, our findings argue against sRAGE as a good biomarker but suggest that anti-sRAGE autoantibodies may have a potential implication to evaluate metabolic risk and autoimmunity associated to RAGE

L’Holocène a été marqué par une variabilité plurimillénaire, ponctuée par une variabilité millénaire rapide. L’étude d’enregistrements à forts taux de sédimentation couplée à une approche multi-proxy s’avère indispensable pour comprendre la dynamique de la machine climatique au cours de l’Holocène à travers tous ses compartiments climatiques: cryosphère, océan, banquise, atmosphère et biosphère. Nous avons appliqué ce type d’approche multi-échelle et multi-proxy à deux enregistrements marins de la marge continentale Est Antarctique afin d’appréhender les variations climatiques d’une échelle plurimillénaire à séculaire au cours de l’Holocène dans l’environnent singulier de la zone marginale des glaces. Cette étude a permis de caractériser la réponse des différents compartiments climatiques en Antarctique aux variations d’ordre plurimillénaire à millénaire et de documenter la cohérence spatiale de ces changements à l’échelle de l’Antarctique grâce à une comparaison modèle-donnée. Cette approche a permis de souligner les forçages climatiques intervenant à l’échelle du forçage orbital et de documenter les connections inter sous-systèmes climatiques, mettant en lumière le rôle clé de la banquise. A l’échelle sub-Milankovitch, les compartiments climatiques affichent aussi des réponses synchrones mais les facteurs forçant restent à éclaircir. / The present Holocene interglacial period was affected by long-term and rapid millennial short-term climatic changes. Multi-proxy high-resolution studies are crucial to better understand the climatic system via all the sub-systems involved: crysophere, ocean, sea ice, atmosphere, and biosphere. A multi-scale and multi-proxy approach on two high resolution marine sediment cores off East Antarctica allowed us to provide accurate reconstructions of Milankovitch and sub-Milankovitch climatic variability of the sea ice zone. We characterized the response of climatic sub-systems to long- and short-term climatic changes and documented the spatial coherence of these changes over Antarctic thanks to coupled model-data comparison. This study highlights the forcing factors involved at Milankovitch timescales, the relationships linking the different climatic components and particularly the key role played by sea ice in the Earth climate. Forcing factors acting at the sub-Milankovitch timescales are less clear although sub-systems components display synchronous response.

La maladie de Huntington (MH) est une affection neurodégénérative héréditaire dont la mutation conduit à une expansion anormale d’un segment polyglutamine dans la protéine Huntingtine (Htt). La Htt mutée, bien qu’ubiquitaire dans le cerveau, conduit à une neurodégénérescence préférentielle du striatum. Cette atteinte pourrait en partie s’expliquer par la présence de produits de gènes sélectivement exprimés dans le striatum. Le laboratoire étudie depuis plusieurs années l’implication potentielle de marqueurs moléculaires du striatum dans la vulnérabilité des neurones de cette structure cérébrale vis-à-vis de la Htt mutée. Durant ma thèse, j’ai étudié plus spécifiquement trois de ces marqueurs du striatum: l’ARN long intergénique non-codant Abhd11os et les protéines µ-crystalline (CRYM) et doublecortin-like kinase 3 (DCLK3). Une étude préliminaire avait montré l’effet neuroprotecteur de ces marqueurs du striatum contre la toxicité induite par un fragment court de la Htt mutée dans un modèle murin aigu de la MH. J’ai donc étudié plus en détails les caractéristiques de ces "modificateurs" de la MH, ainsi que les mécanismes moléculaires potentiels permettant d’expliquer leur effet neuroprotecteur dans un contexte de la MH. J’ai également mené une expérience de thérapie génique en surexprimant le marqueur striatal DCLK3 dans un modèle transgénique de la MH. Cette étude nous a permis de valider le haut potentiel thérapeutique de cette protéine.L’élucidation précise des mécanismes d’action de ces modificateurs de la MH reste encore à résoudre, mais plusieurs pistes sont maintenant possiblement envisagées par rapport à leurs caractéristiques moléculaires. Outre la découverte de candidats neuroprotecteurs qui pourrait permettre de développer de nouvelles cibles thérapeutiques, cette étude a permis d’envisager de nouvelles hypothèses permettant d’expliquer la vulnérabilité striatale dans la MH et de donner une vue d’ensemble des voies sur lesquelles il serait possible d’agir pour induire des effets neuroprotecteurs dans ce contexte. / Huntington’s disease (HD) is a neurodegenerative disorder caused by the mutation of huntingtin (Htt) gene, which leads to an abnormal polyglutamine expansion in the Htt protein.Whereas mutant Htt (mHtt) is ubiquitously expressed in the brain, it preferentially affects the striatum. Our hypothesis is that genes products selectively expressed in the striatum could be involved in the high vulnerability of the striatum. From this hypothesis, numerous teams studied “markers of the striatum”, that are genes product enriched in the striatum whose expression are up- or down-regulated in HD compared to healthy condition.During my thesis, I studied three of these striatal markers: the long intergenic non-coding RNA Abhd11os, and the two proteins µ-crystallin (CRYM) and doublecortin-like kinase 3 (DCLK3). A preliminary study from the laboratory has shown that these three markers have neuroprotective effects against a toxic fragment of mHtt in vivo. So, the aims of my thesis were to further characterize these three ill-defined disease modifiers and to better understand the putative molecular mechanisms underlying their neuroprotective effects against mHtt.I also conducted a translational study on DCLK3, whose results validate the high therapeutic potential of this protein.The elucidation of the mechanisms underlying the neuroprotective effects of these disease modifiers against mHtt toxicity will require further studies, but new trails can be envisioned, according to their characteristics. My study has enlightened new therapeutic targets and more globally gives an overview of molecular mechanisms to modulate to induce neuroprotective effects in this context, leading to new hypothesis explaining striatal vulnerability in HD.

La persistance d'une infection par un même papillomavirus humain à haut risque oncogène (HPV-HR) est le principal facteur de risque d'apparition et de progression des lésions précancéreuses et cancéreuses du col de l'utérus. La recherche des lésions précancéreuses et l'introduction des tests basés sur la détection des HPV-HR dans le dépistage ont permis de réduire l'incidence du cancer du col de l'utérus dans les pays développés. Un des enjeux actuels réside dans l'identification de nouveaux marqueurs qui permettraient d'améliorer le dépistage. Dans ce contexte, les objectifs de cette thèse étaient d'explorer l'histoire naturelle de l'infection par HPV-HR au travers de facteurs tels que la charge virale, l'intégration, l'expression des oncogènes viraux ou encore la méthylation du promoteur viral à partir de prélèvements biologiques et d'évaluer l'intérêt de ces facteurs en pratique clinique. Après optimisation et validation d'outils de biologie moléculaire, l'analyse de frottis cervico-utérins représentatifs de la progression des lésions du col de l'utérus a permis de mieux comprendre l'histoire naturelle de l'infection transformante par HPV16. Nos données confirment la valeur diagnostique de la charge virale, indiquent une méthylation tardive du promoteur viral et suggèrent que les niveaux d'expression des gènes viraux ne sont pas suffisamment robustes pour présenter un intérêt clinique. D'autre part, nos travaux ont mis en évidence de potentielles analogies de comportement virologique entre génotypes apparentés. Enfin, la caractérisation de tumeurs du canal anal à l'aide de nos marqueurs viraux a permis d'identifier une signature moléculaire des cancers associés à HPV16. / The main risk factor of precancerous and cancerous cervical lesions is a persistent infection with the same high-risk HPV (HR-HPV). Screening based on precancerous lesions and HR-HPV detection considerably reduced cervical cancer incidence in developed countries. A current challenge remains the identification of new biomarkers in order to improve cervical cancer screening. This work was conducted with the purpose of (i) exploring HR-HPV infection natural history through viral factors such as viral load, integration, viral oncogene expression and viral promoter methylation and (ii) evaluating the clinical value of these potential markers. After optimization and validation of several molecular biology methods, the analysis of cervical smears representative of the full spectrum of cervical diseases allowed a better knowledge of transforming HPVI6-infection natural history. Our data confirm the potential diagnostic value of viral load. show that HPVI6 promoter methylation seems to be a late event in cervical carcinogenesis, and suggest that viral oncogene expression levels are not robust enough to be transferred to clinical practice. Moreover, our data highlight similar molecular behavior between closely related HR-HPV genotypes. Finally, the characterization of anal tumors with markers identified a molecular signature pattern of HPVI6-associated tumors

La dengue est une maladie virale des régions tropicales et subtropicales, transmise par les moustiques du genre Aedes. Le virus de la dengue (DENV) appartient à la famille des Flaviviridae, genre Flavivirus. Si la plupart des infections sont asymptomatiques ou se traduisent par un syndrome fébrile sans gravité, le virus peut aussi causer une maladie plus sévère caractérisée par une fuite plasmatique, avec ou sans hémorragie. Sans prise en charge adéquate, les formes les plus sévères peuvent évoluer vers un syndrome de choc, potentiellement mortel. Il n’existe pas de traitement spécifique de la dengue mais une réhydratation adaptée et débutée précocement permet de réduire la survenue de formes sévères de la maladie. Malheureusement, les symptômes initiaux de la dengue avant la survenue des éventuelles complications ne sont pas spécifiques et seul un diagnostic biologique basé sur la détection du génome viral, de l’antigène NS1 ou des anticorps anti-DENV dans le sang des patients permet de confirmer la nature exacte de l’infection. La dengue constitue à l’heure actuelle un problème majeur de santé publique du fait de son expansion mondiale et de l’augmentation annuelle du nombre de cas sévères. Pour assurer la surveillance épidémiologique et le contrôle de la maladie, il est indispensable de développer des outils diagnostiques performants et faciles à mettre en œuvre, à la fois utilisables par les médecins de toutes les structures médicales, des simples centres de soins de santé primaire aux centres de référence, et utilisables lors d’enquêtes épidémiologiques pour l’investigation de nouvelles épidémies. Le travail de cette thèse a porté sur plusieurs aspects de cette problématique. Dans une première partie, un test commercial de diagnostic rapide (TDR) permettant la détection simultanée de la NS1 et des IgG et IgM anti-DENV, a été évalué, en laboratoire spécialisé et sur le terrain, afin de comparer, à partir des mêmes échantillons, les performances du test dans deux situations différentes. La sensibilité s’est révélée plus faible lors de l’utilisation sur le terrain que lors de l’utilisation en laboratoire de référence. La majorité des discordances a été observées pour la détection des IgG et des IgM. L’impact de la mise à disposition du test sur la prise en charge des patients a également été évalué et il s’est avéré qu’au cours de cette étude les pédiatres cambodgiens ont ignorés les résultats du test rapide et ont préféré suivre leur instinct clinique.Un second volet a porté sur la faisabilité d’utiliser les urines et la salive en remplacement du sang veineux pour les tests employés en routine pour le diagnostic de la dengue. Les urines et la salive sont des fluides biologiques plus faciles à prélever que le sang veineux ce qui présente un avantage majeur pour les enquêtes épidémiologiques mais peut également secourir les médecins lorsqu’un prélèvement de sang veineux est difficile à obtenir, par exemple chez les enfants. Bien que les performances des différentes méthodes de diagnostic ne soient pas aussi bonnes avec de l’urine et la salive qu’avec du plasma, les résultats obtenus par PCR en temps réel et avec les ELISAs de détection des anticorps anti-DENV démontrent l’intérêt potentiel de ces deux fluides biologiques pour détecter les infections par le DENV lorsqu’il est difficile d’obtenir du sang veineux. Plusieurs TDR commerciaux développés pour permettre la détection de la NS1 et des anticorps anti-DENV (IgM, IgG et IgA) dans les urines et la salive ont été évalués mais les performances obtenues se sont révélées peu satisfaisantes.Une dernière partie du travail a été consacrée à l’étude de la protéinurie comme marqueur pronostic potentiel de sévérité de la dengue. Ce marqueur biologique ne s’est pas révélé être utile pour diagnostiquer précocement les formes sévères de la maladie. / Dengue is a viral disease transmitted by Aedes species mosquitoes, in tropical and subtropical regions. Dengue virus (DENV) belongs to the family Flaviviridae, genus Flavivirus. Although most DENV infections are asymptomatic or result in a self-limited febrile illness, severe diseases characterized by plasma leakage, with or without hemorrhage, can also occur. Patients with a severe dengue can rapidly progress into a life-threatening shock syndrome if no efficient clinical management is provided. There is no specific treatment available for dengue but an accurate and early fluid therapy substantially reduces the occurrence of severe forms of the disease. Dengue symptoms are typically non-specific until or unless complications develop. Only a biologic diagnosis based on DENV genome, NS1 antigen or anti-DENV antibodies detection enables to confirm dengue cases. Dengue is now a major public health problem due to both its geographical spread and the increase in the number of severe cases. New diagnostic tools are necessary to ensure epidemiological surveillance and control of the disease. These tools need to be effective and easy to use in every medical settings, from the smallest primary health centers to the biggest reference centers, and also usable for epidemiologic studies, e.g. for epidemic investigations. The work presented in this thesis was dedicated to this problematic.In a first part of the work, a rapid diagnostic test (RDT), designed to detect NS1 antigen, anti-DENV IgG and IgM, was evaluated, both in a specialized laboratory and in the field, in order to compare the test performances in two different settings, with the same samples. Interestingly, sensitivity was lower when the test was used in the field compared to the sensitivity of the test when performed in the specialized laboratory. Discordances were mainly observed for IgM and IgG detection. Impact of the use of the RDT on clinical management was also assessed during the field study and it revealed that Cambodian pediatricians ignored the results of the RDT and followed their clinical instinct.A second part of the work was dedicated to the assessment of the usefulness of urine and saliva for dengue diagnostic. Dengue diagnostic normally requires a venous blood sample that can be difficult to obtain in certain conditions such as in children or during epidemiological studies. Urine and saliva are easier to collect as the procedure is non-invasive. We showed that, although the performances of the different diagnostic methods were not as good in saliva and urine as in plasma specimens, the results obtained by qRT-PCR and by anti-DENV antibody ELISA could well justify the use of these two body fluids to detect dengue infection in situations when the collection of blood samples is difficult. Performances of commercial RDTs developed for NS1 and anti-DENV antibodies (IgM, IgG and IgA) detection in urine and saliva specimens were not satisfactory.In the last part of the thesis, the potential use of proteinuria as a prognostic marker of severity was assessed but it didn’t prove to be a useful marker for risk prediction.

Le cancer du sein est une maladie hétérogène, d’une part car la réponse à un traitement donné n’est pas toujours identique et d’autre part car la survie des patientes peut varier. Individualiser les traitements des patientes atteintes d’un cancer du sein demeure l’un des objectifs premiers des praticiens. La chimiothérapie néoadjuvante (CTNA) est le traitement standard pour le cancer du sein opérable. Un des bénéfices principaux de la CTNA est d’améliorer le taux de la conservation mammaire. Elle permet également d’identifier les non- répondeurs plus précocement afin de stopper un traitement inefficace. De plus, la CTNA est le seul moyen d’étudier les marqueurs prédictifs de la tumeur afin de personnaliser le traitement en fonction de chaque malade. La réponse complète histologique (RCH) sur la pièce opératoire après la CTNA est le seul facteur prédictif de la survie des patientes validé à l’heure actuelle. Ce travail, réalisé au Centre Jean Perrin, s’articule autour de 2 parties ayant pour objectif la personnalisation des traitements, plus spécifiquement dans la sous-population Luminale/HER2-. Dans la première partie, nous avons promu une étude prospective de phase II randomisée, ayant inclu des patientes atteintes d’un cancer du sein HER2- (80% luminal et 20% triple négative), avec pour objectif la comparaison du taux de RCH obtenu par l’emploi d’un traitement standard de CTNA: 3 cures de FEC100 suivi de 3 cures de Taxotère par rapport à un traitement adapté en fonction de la réponse clinique après 2 et 4 cures de FEC 100. Cette étude n’a pas montré de différence significative au niveau de la RCH entre les deux stratégies de traitement. Nous avons également réalisé une revue de la littérature sur la RCH, qui nous a permis de mieux comprendre que la RCH ne semblait pas être capable de prédire la réponse au traitement chez les patientes atteintes d’un cancer du sein luminal, ni même leur survie; ces patientes présentaient un taux de RCH faible. C’est pour cette raison que chez les patientes atteintes d’un cancer du sein luminal, nous avons orienté nos travaux dans la recherche d’autres bio-marqueurs prédictifs de la réponse à la chimiothérapie. Ceci pourrait nous permettre d’avoir une meilleure prise en charge des patientes atteintes de ce sous-type de cancer du sein. Dans la deuxième partie de ces travaux, nous avons donc réalisé une base de données de 128 patientes traitées par CTNA pour un cancer du sein RH+/HER2-. D’après l’analyse des résultats, l’envahissement ganglionnaire (N) évalué sur la pièce opératoire est un facteur pronostique indépendant. C’est pourquoi, chez les patientes présentant plus de 4 ganglions envahis, il pourrait être proposé un traitement prolongé par hormonothérapie adjuvante. Enfin, nous nous sommes intéressés aux infiltrations lymphocytaires dans le microenvironnement tumoral (TIL) et plus spécifiquement à l’infiltration lymphocytaire T cytotoxiques CD8 au niveau de la biopsie. Nous avons souhaité évaluer la valeur prédictive à la chimiothérapie de l’infiltration lymphocytaire. D’après nos premières analyses, le nombre de TIL et de CD8+ mesuré sur la biopsie est significativement associé à la taille tumorale résiduelle et à la RCH : plus le nombre de lymphocytes CD8 est élevé, plus la taille tumorale résiduelle est faible. Ces différents travaux soulignent l’importance de la caractérisation des sous-groupes de tumeurs mammaires afin de pouvoir adapter le traitement, dans le but d’améliorer la réponse et d’augmenter la survie des patientes. / Breast cancer (BC) is an heterogeneous disease notably because of a difference in patient’s response to a given treatment and also a difference in survival. Individualize therapies to treat BC patients remains one of main goal of physicians. Neoadjuvant chemotherapy (NACT) is the standard treatment for operable breast cancer. One of the main benefits of NACT is to improve the breast conservation rate. It permits also to identify earlier non-responders in order to stop an ineffective treatment. In addition, NACT is the only way to study the predictive tumor markers in order to tailor treatment for each patient. Pathological complete Response (pCR) assessed in surgery piece after NACT is the only predictor of patient’s survival validated to date. This work, carried out at Centre Jean Perrin, includes two parts with the aim of personalizing treatments, and more specifically in the Luminal/HER2- subpopulation. In the first part, we have promoted a prospective randomized phase II trial, which included HER2- BC patients (80% luminal and 20% triple negative). The aim of this study was pCR rate comparison obtained with use of a standard NACT treatment: 3 FEC100 courses followed by 3 cycles of Docetaxel to an adapted treatment according to clinical response after 2 and 4 FEC 100 cures. This study did not reveal significant pCR differences between the two treatment strategies. We have also conducted a literature review on pCR. This review allows us to better understand that pCR seems to not be able to predict response to treatment in luminal BC patients, nor their survival; few of these patients reaching a pCR. For this reason, in luminal BC patients, we have focused our researchs on other predictive biomarkers of response to chemotherapy. This could allow us to have a better medical care of patients having this subtype of BC. In the second part of this work, we have realised#a 128 patients database treated by NACT for their HR+/HER2- BC. According to results analysis, the number of involved nodes (N), measured on the surgery piece, is an independent prognostic factor. That is why, in patients presenting more than 4 involved nodes, we could propose an extended adjuvant hormone therapy. Finally, we have examined the tumor microenvironment infiltration lymphocyte (TIL) and specifically the CD8 cytotoxic T lymphocytes in tissue biopsy. We wanted to assess the predictive value of lymphocyte infiltration to chemotherapy. According to our first analysis, the TIL and CD8+ number on biopsy was significantly associated with residual tumor size and pCR: the larger number of CD8 lymphocytes, the smaller residual tumor size was. These studies emphasize the importance of characterizing subgroups of breast tumors in order to adapt the treatment and thus to improve the response and increase patients survival