Resumo: Visando contribuir para o melhor entendimento do papel dos polimorfismos em genes de citocinas na susceptibilidade para hanseníase, foi conduzido um estudo de associação do tipo caso-controle investigando polimorfismos de base única (SNPs) nas regiões promotoras dos genes IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G e -3575T>A) e TNF (TNF-308G>A) e no gene LTA (LTA+80C>A e LTA252A>G). Amostras de DNA genômico foram obtidas de 545 pacientes com hanseníase e 380 controles, provenientes do Estado de São Paulo. As genotipagens foram feitas pelas técnicas de PCR e polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP). Para as análises estatísticas foram calculadas as freqüências alélicas, de genótipos e de portadores para cada polimorfismo avaliado. As freqüências de haplótipos foram estimadas por meio do método de máxima verossimilhança. Desvios da lei do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram testados empregando testes de Qui-quadrado. Modelos de regressão logística com cálculo de odds ratio (OR) e p-valor com ajustes para as co-variáveis gênero e etnia foram utilizados nas comparações das freqüências entre casos e controles. Em análise isolada, os polimorfismos TNF-308G>A e LTA252A>G não apresentaram associação significativa com a doença, já para o polimorfismo LTA+80C>A, os genótipos AA e CA mostraram-se marginalmente associados com OR de proteção (0,68 e 0,80, respectivamente e mesmo p-valor corrigido=0,07) para hanseníase per se. Confirmando ainda o sentido desta associação, a análise de carreador para o polimorfismo no locus LTA+80 mostrou associação com proteção para hanseníase per se para os carreadores do alelo A (OR=0,78; p-valor corrigido=0,04). Na análise de haplótipos, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G foi também associado com proteção (OR=0,74; p-valor corrigido=0,02). Para a região promotora do gene IL10, o SNP - 819C>T foi ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: To the better understanding of the role of genetic polymorphisms at cytokines genes on leprosy susceptibility, we conducted a case-control association study investigating single nucleotide polymorphisms (SNPs) located at promoter region of IL10 (-819C>T, -1082A>G, -2763A>C, -2849A>G and -3575T>A) and TNF genes (TNF-308G>A) and LTA gene (LTA+80C>A e LTA252A>G) gene. Genomic DNA samples were obtained from 545 leprosy patients and 380 controls, from State of São Paulo. Genotyping were done by PCR followed by restriction fragments length polymorphisms (RFLP) analyses. For statistical analyses were calculated allelic, genotypes and carriers frequencies for each polymorphism. The haplotypes frequencies were estimated using maximum-likelihood estimation method. Chisquare tests for deviation from Hardy-Weinberg equilibrium were also performed. Logistic regression models for odds ratio (OR) and p-value calculations, with adjusting for the ethnicity and gender covariates, were performed in comparisons of frequencies. Isolated, TNF-308G>A and LTA252A>G were not significantly associated to the disease, while the CC and CA genotypes to LTA+80C>A locus were marginally associated with protection (0.68 e 0.80, respectively and identical corrected p-value=0.07) for leprosy per se. In the same line, carrier analysis for LTA+80 locus showed association with protection for leprosy per se for allele A carriers (OR=0.78; corrected p-value=0.04). In the haplotype analysis, LTA+80A/LTA+252A/TNF-308G was also associated to protection (OR=0.74; corrected p-value=0.02). From IL10 promoter region analysis, -819C>T SNP was associated with susceptibility to leprosy per se to TT (OR=1.58; p-value=0.05) and CT genotypes (OR=1.36; p=0.05). This association could be confirmed in the carriers analysis for -819T allele (OR=1.40; p-value=0.02 and OR=1.39; corrected pvalue= 0.03). From haplotypic analysis for IL10 ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Ana Carla Pereira / Coorientador: Vânia Nieto Brito de Souza / Banca: Cynthia Chester Cardoso / Banca: Maria Sueli Parreira de Arruda / Mestre

Resumo: O cancro cítrico é uma doença de importância mundial para o cultivo de laranjas e seu agente causador é a bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri. Embora todos os genes presentes nessa bactéria já tenham sido sequenciados, grande parte destas sequências não apresenta qualquer informação experimental sobre a contribuição para o sucesso da instalação do patógeno na planta hospedeira. Por outro lado, torna-se cada vez mais evidente que várias bactérias fitopatogênicas utilizam mecanismos de adaptação de origem genética que podem induzir efeitos fisiológicos na planta e adequar o ambiente de tal forma que permita a ocorrência da doença. Dentre estes mecanismos, está a possibilidade da bactéria produzir substâncias que se assemelhem a hormônios vegetais, como a auxina (AIA). O objetivo deste trabalho foi desenvolver metodologia genômica de busca para investigar se há genes que codificam para a produção de compostos iguais ou semelhantes a este hormônio em X. axonopodis pv. citri e se a sua participação no processo de patogênese é fundamental para o sucesso da infecção. Para tal, foi produzida coleção de mutantes genéticos funcionais aleatoriamente em X. axonopodis pv. citri, com posterior submissão desta mesma coleção a teste de produção de auxina utilizando o reagente Salkowski. Após produção e análise de grupo de mutantes dirigidos e coleção de aproximadamente 14200 mutantes aleatórios não foi detectada linhagem defectiva para a produção de AIA ou composto semelhante. Os resultados obtidos neste estudo, no entanto, mostram que a biossíntese do composto em X. axonopodis pv. citri é dependente do triptofano e que existe uma concentração ótima deste aminoácido a ser adicionado no meio de cultura para que a bactéria realize a biossíntese. Este é o primeiro estudo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The citrus canker is a disease of global significance for the cultivation of oranges and its causative agent is the bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri. Although all the genes present in this bacterium have been sequenced, most of these sequences have no experimental information regarding the contribution to the successful installation of the pathogen on the host plant. On the other hand, it has been clearly demonstrated that several pathogenic bacteria use adaptative mechanisms that can induce physiological effects in plants and adjust the environment in a way that allows the occurrence of the disease. Among these mechanisms there is the possibility the bacteria produce substances that are similar to plant hormones such as auxin (IAA). The objective of this study was to develop a screening methodology to investigate the presence of genes that code for a compound identical or similar to auxins in X. axonopodis pv. citri as well as if it plays a role during the pathogenesis process. The main goal of this study was to produce a collection of random and directed genetic mutant strains of X. axonopodis pv. citri for the screening of auxin production by using the Salkowski reagent. After production and analysis of the group of mutants, including a collection of approximately 14,200 random mutant strains, defective production of IAA or similar compound was not detected. On the other hand, the results of this study show that such compound mimics effects of hormonal properties in X. axonopodis pv. citri and is dependent of tryptophan. In addition, it is shown that there is an optimum concentration of this amino acid to be added in the culture medium for the bacteria to carry out biosynthesis. To our knowledge, this is the first study to investigate systematically the production of auxin-like compounds in Xanthomonas axonopodis pv. citri. / Orientador: Alexandre Morais do Amaral / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Nelson Wulff / Banca: Dario Abel Palmieri / Mestre

Resumo: Os ecossistemas costeiros são considerados de grande importância sócio-econômica, política e cultural, pois possuem alta produtividade que suporta uma ampla gama de atividades econômicas e de lazer. Possuem elevado valor paisagístico, atraindo inúmeros habitantes e, assim, contribuem ao desenvolvimento das cidades litorâneas. Além disso, oferecem suporte às comunidades biológicas com manutenção de muitas espécies residentes ou que utilizam a zona costeira como berçário para reprodução, beneficiando a biodiversidade como um todo. Sendo uma região que sofre grande pressão antrópica, a Zona Costeira está sujeita a inúmeros impactos causados por atividades humanas, tais como as portuárias, industriais e de exploração de petróleo. Essas geram impactos por lançarem diversos poluentes, entre eles os hidrocarbonetos e metais que podem ter efeito deletério na biota local. No ambiente marinho, o compartimento mais afetado em relação a essa contaminação é o sedimento em função dos derivados de petróleo que atingem as águas costeiras possuírem maior densidade, nele se depositando. Atualmente existe uma grande preocupação com os impactos gerados por atividades antrópicas em ecossistemas litorâneos e muitos estudos têm sido feitos em busca de alternativas para avaliar e remediar tais impactos. Uma delas consiste no uso de micro-organismos tanto como indicadores da contaminação por poluentes quanto para a diminuição da contaminação, processo popularmente conhecido como biorremediação. Deste modo, o presente estudo teve como objetivos: 1) avaliar o efeito da presença de hidrocarbonetos na abundância de bactérias heterotróficas, cianobactérias e leveduras em sedimentos e águas estuarinas de duas regiões distintas, dos Estuários de Santos e do Rio Itanhaém, tanto no que diz respeito às características ambientais... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Coastal ecosystems have great socio-economic, political and cultural importance, as well as high productivity which support a wide range of economic activities and leisure. They have high landscape value thus attracting numerous people contributing to the development of coastal cities. Moreover, its high productivity supports biological communities and maintenance of many species living or using the coastal zone as a nursery for breeding, benefiting whole biodiversity. Being a region that suffers high anthropogenic pressure, the Coastal Zone is subject to numerous impacts caused by human activities such as port activities, industrial and oil exploration. These generate impacts on the environment by launching several pollutants, including hydrocarbons and metals that can have deleterious effects on local biota. The most affected marine environment is the sediment due to oil products that reach coastal waters have a higher density and end up being deposited in sediments. Nowadays there is great concern about the impacts generated by human activities on coastal ecosystems and many studies have been done in search of alternatives to evaluate and remedy such impacts. One alternative is the use of micro-organisms both as indicators of contamination by pollutants and for reduction of contamination, a process popularly known as bioremediation. Thus, this study aimed to evaluate the effect of the presence of hydrocarbons in the abundance of heterotrophic bacteria, cyanobacteria and yeast on sediment and estuarine waters of two distinct regions: The Estuaries of Santos and Itanhaém River are located in the metropolitan area of Santos, Sao Paulo State; and to isolate microorganisms with emphasis on yeasts, for further evaluation of its potential both as bioindicators of hydrocarbon contamination and bioremediation of estuarine sediments in order to contribute... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Fernando Carlos Pagnocca / Coorientador: Ana Júlia Fernandes Cardoso de Oliveira / Banca: Hilda de Souza Lima Mesquita / Banca: Marcelo Antonio Amaro Pinheiro / Mestre

Orientador: Iveraldo dos Santos Dutra / Coorientador: Elerson Gaetti Jardim Junior / Banca: Ana Carolina Borsanelli / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Resumo: As doenças periodontais provocam inflamações dos tecidos de proteção e sustentação dos dentes. Na gengivite e gengivite necrosante, que são percursores da periodontite, a inflamação está associada à formação do biofilme bacteriano e à resposta imune do hospedeiro. O objetivo geral do presente trabalho foi avaliar a eficácia da virginiamicina no controle da gengivite e gengivite necrosante em bezerros, com destaque para o monitoramento da microbiota subgengival associada à doença e da condição periodontal que caracterizam essas enfermidades. Dez bezerros, randomizados e distribuídos em dois grupos, foram mantidos sob o mesmo manejo em pastejo rotacionado em área recém-reformada de Panicum maximum var. Massai e Mombaça. Por 18 semanas consecutivas, um dos grupos (Grupo Virginiamicina, n=5) recebeu via top-dressing, diariamente, 340 mg de Virginiamicina, enquanto o Grupo Controle (n=5) não recebeu o produto. A avaliação clínica da cavidade bucal do Grupo Controle (n=5) e do Grupo Virginiamicina (n=5), foi realizada semanalmente, enquanto que a coleta de material para a avaliação microbiológica foi quinzenal. Na avaliação microbiológica, pela reação da cadeia da polimerase (PCR) utilizou-se os iniciadores de vinte e cinco microrganismos: Actinomyces israelii, Actinomyces naeslundii, Archae, Eikenella corrodens, Campylobacter spp., Fusobacterium nucleatum, Fusobacterium necrophorum, Mollicutes, Parvimonas micra, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Porphyromo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Periodontal diseases cause inflammation of the protective and supporting tissues of the teeth. In gingivitis and necrotizing gingivitis, which are precursors of periodontitis, inflammation is associated with the formation of the bacterial biofilm and the immune response of the host. The general objective of the present study was to evaluate the efficacy of virginiamycin in the control of gingivitis and necrotizing gingivitis in calves, with emphasis on the monitoring of the subgengival microbiota associated with the disease and the periodontal condition that characterize these diseases. Ten calves, randomized and distributed in two groups, were kept under the same management in rotational grazing in a newly reformed area of Panicum maximum var. Massai and Mombasa. For 18 consecutive weeks, one of the groups (Virginiamycin group, n = 5) received topical dressing daily 340 mg of Virginiamycin, while the control group (n = 5) received no product. The clinical evaluation of the oral cavity of the Control Group (n = 5) and the Virginiamicina Group (n = 5) was performed weekly, while the material collection for the microbiological evaluation was biweekly. In the microbiological evaluation, primers of twenty-five microorganisms were used: Actinomyces israelii, Actinomyces naeslundii, Archae, Eikenella corrodens, Campylobacter spp., Fusobacterium nucleatum, Fusobacterium necrophorum, Mollicutes, Parvimonas micra, Porphyromonas asaccharolytica, Porphyromonas endodontalis, Porphyromona... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Marcia Justino Rossini Mutton / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Francisco Vicente Gaiotto Cleto / Resumo: Na produção de cachaça, a presença de micro-organismos contaminantes é prejudicial à qualidade da bebida, estes deterioram os colmos e metabolizam os açúcares presentes para a produção de compostos indesejáveis. O objetivo do trabalho foi avaliar a ação da clarificação do caldo e a utilização do extrato de sementes de moringa na redução de micro-organismos contaminantes da fermentação alcoólica e a atividade antimicrobiana do extrato sobre duas matérias-primas diferentes, recém-processada e colmos armazenados por 24h, além dos reflexos dos componentes e caracterização das cachaças. O delineamento experimental foi realizado em parcelas subdivididas com três repetições, empregando-se 3 tratamentos principais: Caldo "in natura", caldo caleado e caldo caleado com extrato de semente de moringa como floculante. Os tratamentos secundários foram constituídos por colmos recém-colhidos e armazenados por 24 horas. Foram realizadas análises físico-quimicas e microbiológicas ao longo do processo de produção, além de análises dos componentes e caracterização das cachaças. A utilização do extrato de semente de moringa na clarificação do caldo resulta em redução significativa de 41,66% na microbiota total do caldo extraído. A matéria-prima não armazenada apresentou menor quantidade de bactérias lácticas e leveduras presente no processo fermentativo. As concentrações dos coeficientes de congêneres diminuiram 5,27% empregando-se o processo de caleagem e 10% com o uso do extrato de sementes de ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In the production of cachaça, the presence of contaminating microorganisms is detrimental to the quality of the beverage, they deteriorate the stalks and metabolize the sugars present for the production of undesirable compounds. The objective of this work was to evaluate the action of broth clarification and the use of the moringa seed extract in the reduction of microorganisms contaminating the alcoholic fermentation and the antimicrobial activity of the extract on two different raw materials, freshly processed and stored stems For 24 hours, besides the component reflexes and characterization of the cachaças. The experimental design was carried out in subdivided plots with three replicates, using 3 main treatments: "In natura" broth, calyx broth and calyx broth with moringa seed extract as flocculant. Secondary treatments consisted of freshly harvested stalks and stored for 24 hours. Physicochemical and microbiological analyzes were carried out throughout the production process, as well as component analysis and characterization of cachaças. The use of the moringa seed extract in broth clarification results in a significant reduction of 41.66% in the total microbiota of the extracted broth. The non-stored raw material showed less lactic acid bacteria and yeast present in the fermentation process. The concentrations of the congeners coefficients decreased 5.27% using the chalking process and 10% with the use of the moringa seed extract as natural flocculant in both raw materials. The reduction of the compounds is due to the lower formation of the higher alcohols in the cachaças. It is concluded that the Moringa oleifera Lamarck seed extract presents antimicrobial activity on the total microbiota of the raw material, reduction of lactic bacteria during the fermentation process and lower formation of higher alcohols in the cachaça. The ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-21T13:28:23Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 638556 bytes, checksum: 84a9003cb538a9d04443e771daaf0e4b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T13:28:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 638556 bytes, checksum: 84a9003cb538a9d04443e771daaf0e4b (MD5) Previous issue date: 2016-11-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os Micro-organismos Eficientes (EM), inoculantes formados por fungos e bactérias isolados de matas, podem influenciar a germinação de sementes e o crescimento de plantas. Não foram encontrados trabalhos identificando a composição microbiana desses inoculantes, assim, foram realizados dois experimentos com os seguintes objetivos: Experimento 1: analisar, pela técnica de PCR-DGGE, o perfil da comunidade microbiana em três inoculantes EMs de três origens, a eficiência no crescimento e na composição química de capim-marandu, cultivado em solo acrescido ou não de esterco bovino, e o perfil microbiano desse inoculante no ambiente de cultivo; Experimento 2: analisar a diversidade por sequenciamento Illumina MiSeq e caracterizar taxonomicamente fungos e bactérias de três inoculantes EM de origens distintas, além de avaliar a respectiva eficiência na germinação de sementes de capim-marandu. No experimento 1, as plantas foram cultivadas em vasos mantidos em casa de vegetação, em esquema fatorial 2 x 4, com cinco repetições, consistindo de solo sem ou com esterco bovino e três tipos de EM (EM1, EM2 e EM3) + controle sem inoculação, totalizando 40 unidades experimentais. O EM1 é de origem comercial e os outros dois de origem caseira, produzidos na região de Muriaé (EM2) e Viçosa (EM3), ambas localizadas na Zona da Mata de Minas Gerais. Nos tratamentos que receberam o esterco foram adicionados 90 g deste na superfície do solo e naqueles que receberam EM foram realizadas três aplicações de 34 mL, a cada 30 dias. Aos 60 e 100 dias de experimento foram avaliadas características de crescimento e químicas do capim-marandu. O perfil de bactérias e fungos dos inoculantes EM e do solo foi obtido conforme a técnica PCR-DGGE. No experimento 2, o DNA dos três inoculantes EM foi extraído, seguido de amplificação por PCR do gene rRNA 16S e da região ITS de fungos e do sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq. Testes de germinação foram conduzidos no delineamento Inteiramente Casualizado (DIC), com esquema fatorial 3 x 3 x 2 + 1 (controle positivo) + 2 (controles negativos) e quatro repetições de 50 sementes. Os tratamentos consistiram em: pré-tratamentos com três tipos de EM (EM•1®, EM 2 e EM3) em três concentrações (1% em água; 2% em água e 100% de EM) e dois tempos de imersão (5 min e 24 h); pré-tratamentos com ácido sulfúrico 18% por 15 min e com água (5 min e 24 h). Houve maior crescimento das plantas nos tratamentos com esterco. Na ausência de esterco o EM2 foi destaque por melhorar algumas características das plantas, incluindo comprimento da parte aérea (CPA) e diâmetro do colmo (DC) no primeiro corte e CPA no segundo corte. Nos tratamentos com o esterco, as características agronômicas, analisadas aos 60 e 100 dias de experimento, não foram afetadas, entretanto, houve pronunciado aumento no teor de proteína bruta (PB) ao utilizar o EM2. Dependendo da origem, inoculantes EM diferem quanto a estrutura da comunidade de fungos e bactérias. A presença e a ausência de esterco no solo determinaram o perfil bacteriano e fúngico, com efeito pronunciado na comunidade fúngica dos solos com EMs 1 e 2. O grupo de bactérias foi o mais abundante nos EMs, seguido pelos fungos. EMs 2 e 3 não compartilharam unidades taxonômicas operacionais (OTUs) de fungos, no entanto, algumas UTOs bacterianas foram compartilhadas por todos os EMs. Muitas dessas bactérias são promotoras de crescimento vegetal e produzem fitormônios, o que pode justificar a eficiência destes inoculantes na germinação de sementes. Pré-tratamentos de sementes de capim-marandu com os três EMs resultaram em maior porcentagem de germinação (%G) e índice de velocidade de germinação (IVG) quando o EM foi utilizado na concentração 1 e 2%. A imersão das sementes por 5 min foi mais eficiente comparada a imersão por 24h. A %G e o IVG das sementes tratadas com ácido sulfúrico não diferiram dos tratamentos com EM, mas ambos foram superiores ao controle. / Effective Microorganisms (EM), inoculant formed by fungi and bacteria isolated from forests, can influence seed germination and plant growth. No experiments were found to identify the microbial composition of these inoculants, so two experiments were carried out with the following objectives: Experiment 1: to analyze by the PCR-DGGE technique the profile of the microbial community in three inoculants EMs from three origins, the efficiency in the growth and chemical composition of palisade grass, cultivated in soil with or without bovine manure, and the microbial profile of this inoculant in the growing environment; Experiment 2: to analyze diversity by Illumina MiSeq sequencing and taxonomically characterize fungi and bacteria of three EM inoculants of different origins, in addition to evaluating their efficiency in the germination of palisade grass seeds. In experiment 1, the plants were grown in pots kept in a greenhouse, in a 2 x 4 factorial scheme, with five replicates, consisting of soil without or with bovine manure and three types of EM (EM1, EM2 and EM3) + control without inoculation, totalizing 40 experimental units. EM1 is of commercial origin and the other two of home origin, produced in the region of Muriaé (EM2) and Viçosa (EM3), both located in the Zona da Mata of Minas Gerais. In the treatments that received manure, 90 g of this was added to the soil surface and in those receiving EM, three 34 mL applications were performed every 30 days. At 60 and 100 days of experiment were evaluated growth and chemical characteristics of the palisade grass. The bacteria and fungi profiles of the EM and soil inoculants were obtained according to the PCR-DGGE technique. In experiment 2, DNA from the three EM inoculants was extracted, followed by PCR amplification of the 16S rRNA gene and the ITS region of fungi and sequencing on the Illumina MiSeq platform. Germination tests were conducted in a completely randomized design (CRD), with factorial scheme 3 x 3 x 2 + 1 (positive control) + 2 (negative controls) and four replicates of 50 seeds. The treatments consisted of: pre-treatments with three types of EM (EM•1®, EM2 and EM3) in three concentrations (1% in water, 2% in water and 100% EM) and two immersion times (5 min and 24 h); Pre-treatments with 18% sulfuric acid for 15 min and with water (5 min and 24 h). There was higher plant growth in manure treatments. In the absence of manure EM2 was highlighted by improving some plant characteristics, including shoot length (SL) and stalk diameter (SD) in the first cut and SL in the second cut. In the treatments with the manure, the agronomic characteristics, analyzed at 60 and 100 days of experiment, were not affected, however, there was a pronounced increase in crude protein (CP) content when using EM2. Depending on the origin, inoculants EM differ in the community structure of fungi and bacteria. The presence and absence of manure in the soil determined the bacterial and fungal profile, with a pronounced effect on the fungal community of soils with EMs 1 and 2. The group of bacteria was the most abundant in the EM, followed by fungi. EMs 2 and 3 did not share fungus operative taxonomic units (OTUs), however, some bacterial UTOs were shared by all EMs. Many of these bacteria are promoters of plant growth and produce phytonutrients, which may justify the efficiency of these inoculants in seed germination. Pre-treatments of palisade grass seed with the three EM resulted in a higher percentage of germination (%G) and germination speed index (GSI) when EM was used in the concentration 1 and 2%. The seed immersion for 5 min was more efficient compared to immersion for 24 hours. The %G and GSI of the seeds treated with sulfuric acid did not differ from the EM treatments, but both were superior to the control.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-05T12:34:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1390535 bytes, checksum: d9ba23ff906398ead21fa995e0392ba0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-05T12:34:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1390535 bytes, checksum: d9ba23ff906398ead21fa995e0392ba0 (MD5) Previous issue date: 2015-05-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os fungos endofíticos são micro-organismos que vivem no interior das plantas, colonizando os espaços intercelulares de todos os órgãos e tecidos, sem causar aparentemente qualquer dano ao hospedeiro. Alguns fungos endofíticos apresentam atividade antagonista a fitopatógenos, por meio da competição por nutrientes e espaço ou pela produção de antimicrobianos. Além de poderem exercer diversas funções importantes em benefício do hospedeiro, os fungos endofíticos são potencialmente úteis na agricultura e indústria como fonte de substâncias de interesse econômico, como enzimas, substâncias antimicrobianas entre outros compostos bioativos relacionados com o metabolismo fúngico. Estudos vêm demostrando que a planta Glycine max representa um reservatório para espécies fúngicas endofíticas, incluindo decompositoras, produtoras de compostos bioativos, biocontroladoras de patógenos e espécies fitopatogênicas. O presente trabalho teve como objetivos: (I) isolar fungos endofíticos de folhas e raízes de G. max, identificá-los por meio do ITS-PCR, que correspondente ao sequenciamento dos espaçadores de transcrito interno (ITS) e por taxonomia morfológica; (II) estudar a diversidade dos fungos isolados em meio de cultura e por meio de eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE); (III) avaliar a atividade de fungos biocontroladores isolados de G. max contra fitopatógenos selecionados (Phomopsis sp., Sclerotinia sclerotorium, Fusarium oxysporium, Fusarium solani e Colletotrichum trucatum); (IV) extrair os metabólitos de um fungo endofítico selecionado no teste de biocontrole de fitopatógenos (Guignardia mangiferae) e analisar os compostos antimicrobianos por meio de fracionamento em coluna de sílica gel; (V) avaliar as diferenças existentes entre isolados do fungo endofítico G. mangiferae coletados de dois diferentes hospedeiros (G. max e Vaccinium virgatum) e regiões geográficas (Brasil e Nova Zelandia) em relação ao perfil metabólico e metaboloma. O trabalho foi iniciado com o isolamento de fungos endofíticos de G. max, que foram caracterizados com base em características morfológicas e moleculares (regiões ribossomais ITS1, 5.8 e ITS2). Foram isolados 229 fungos de G. max, sendo 187 isolados nas folhas e 42 nas raízes. Fungos como Ampelomyces sp., Cladosporium cladosporioides, Colletotricum gloeosporioides, Diaporthe helianthi, G. mangiferae, Phoma sp. foram isolados mais frequentemente das folhas, enquanto que nas raízes houve predominância dos fungos F. oxysporum, F. solani e Fusarium sp. Na análise dos fungos isolados, os índices de riqueza correspondentes ao índice de Simpson, Shannon e equitabilidade apresentaram os maiores valores para as folhas em relação às raízes, enquanto o índice de dominância foi maior nas raízes. Entretanto, a avaliação por meio do perfil de bandas gerados por meio da técnica PCR-DGGE, indicou que a riqueza era maior nas raízes do que nas folhas. Por meio dos testes de cultura pareada entre os fungos endofíticos isolados de G. max e fungos fitopatogênicos, foi observado que 38, 20% dos isolados inibiram o crescimento de um ou mais fitopatógenos, sendo um isolado da espécie G. mangiferae capaz de inibir o crescimento de S. sclerotorium e Phomopsis sp. O Fungo G. mangiferae foi então selecionado para a análise de seus metabólitos e após a extração metabólica, a atividade antifúngica de G. mangiferae foi perdida. Entretanto foi constatada atividade antibacteriana contra Staphylococcus aureus e Lactococcus lactis. Essa fração contendo atividade antibacteriana foi analisada por LC-MS e não foram detectadas massas moleculares específicas para compostos antibacterianos já descritos e isolados de G. mangiferae (ácido guignárdico e guignardone I). Na análise de perfil metabólico e metaboloma por meio de GC-MS e LC-MS entre os dois isolados de G. mangiferae, isolados de diferentes hospedeiros e regiões geográficas, variações metabólicas foram verificadas entre os dois isolados, tanto pela análise dos cromatogramas de íons quanto nos compostos detectados e por meio da análise dos componentes principais. Por meio do perfil metabólico e intensidade relativa de cada íon específico detectado entre os dois isolados da espécie G. mangiferae, foi possível verificar que o fungo F75 (G. max, Brasil) produziu em maior quantidade o hormônio vegetal GABA e 2,3-butanodiol (composto usado na produção de borracha sintética, solventes e drogas farmacêuticas), enquanto o isolado ICMP 15453(V. virgatum, Nova Zelândia) apresentou uma maior produção para o antifúngico benzofurano. Além disso, foi detectado uma grande quantidade de ácido fumárico e málico em ambos os isolados. Esses resultados demonstram que existe uma grande diversidade na comunidade fúngica endofítica associada a G. max e que alguns dentre os fungos endofíticos são potencialmente promissores como controladores de fungos fitopatógenos e produtores de compostos antimicrobianos, bioativos e de interesse industrial. Além disso, foi verificado que a mesma espécie isolada de hospedeiros e regiões diferentes apresenta variações em seus metabolismos. / The endophytic fungi are microorganisms that live inside the plants, colonizing the intercellular spaces of all organs and tissues, without apparently causing any damage to the host. Some endophytic fungi show activity as phytopathogens controller, through competition for nutrients and space or for the production of antibiotics. In addition fungi perform several important functions to the host, the endophytic fungi are potentially useful in agriculture and industry to become a viable alternative for obtaining substances of economic interest, such as enzymes, antibiotics, and other bioactive compounds related to the fungal metabolism. Studies have demonstrated that plant Glycine max is a reservoir for endophytic fungal species and between these species there are decomposers, producers of bioactive compounds, biocontrollers of pathogens and phytopathogenic species. This study aimed to (I) isolate endophytic fungi G. max leaves and roots, identify them by ITS-PCR, which corresponds to the internal transcribed spaces (ITS) and morphological taxonomy; (II) to study the diversity of fungi isolated in culture medium and by denaturing gradient gel elecrophoresis (DGGE); (III) to evaluate the activity of G. max isolated biocontrollers fungi against phytopathogens (Phomopsis sp., Sclerotinia sclerotorium, Fusarium oxysporium, Fusarium solani and Colletotrichum trucatum); (IV) to extract metabolites of the endophytic fungus selected in biocontrol of phytopathogens test (Guignardia mangiferae) and to analyze the antimicrobial compounds by fractionation on silica gel column; (V) to evaluate the differences between isolates of endophytic fungus G. mangiferae collected from different hosts (G. max and Vaccinium virgatum) and geographical regions (Brazil and New Zealand) in relation to the metabolic profile and metabolome. The study was initiated with the isolation of endophytic fungi from G. max, which were characterized based on morphological and molecular characteristics (ribosomal regions ITS1, 5.8 and ITS2). 229 fungi were isolated from G. max, 187 being isolated in leaves and 42 in roots. Fungi as Ampelomyces sp., Cladosporium cladosporioides, Colletotricum gloeosporioides, Diaporthe helianthi, G.mangiferae and Phoma sp. were more frequently isolated from the leaves while the roots predominated fungi like F. oxysporum, F. solani and Fusarium sp. In the analysis of fungi isolated, the richness, Simpson, Shannon and equitability indeces showed the highest values for the leaves in relation to the roots, while the dominance indices were higher in the roots. However, the evaluation through band profile generated by PCR-DGGE technique showed that the richness has been higher in roots than in leaves. Through the paired culture tests between endophytic fungi isolated from G. max and phytopathogenic fungi it was observed that 38.20% were able to inhibit the growth of phytopathogens, one isolated from the species G. mangiferae was able to inhibit the growth of S. sclerotorium and Phomopsis sp. The fungus G. mangiferae was selected for the analysis of metabolites and after the metabolic extraction, the antifungal activity of G. mangiferae was lost. However it was detected antibacterial activity against Staphylococcus aureus and Lactococcus lactis. This fraction containing antibacterial activity was analyzed by LC-MS and specific compounds described and isolated from G. mangiferae (guignardic acid and guignardone I) have not been detected in antibacterial fraction. In the metabolic profile and metabolome analysis by GC-MS and LC-MS between the two isolates of G. mangiferae isolated from different hosts and geographic regions, metabolic changes were observed between the two isolated both through the ion chromatograms and the principal components analysis. Through the metabolic profile and relative intensity of each specific ions detected between two isolates species of the G. mangiferae, the fungus F75 (G. max, Brazil) produced the largest amount of plant hormone GABA and 2,3-butanediol (compound used in synthetic rubber production, solvents and pharmaceutical drugs) while ICMP 15453 (V. virgatum, New Zealand) isolate had a higher production for the antifungal benzofuran. In addition, has been detected a large production of fumaric and malic acid in both isolates. These results demonstrate that there is a great diversity in fungal community associated with G. max and that these endophytic fungi are potentially promising as biocontrollers of phytopathogens and producers of antimicrobial and bioactive compounds. In addition, we find that the same species isolated from different hosts and regions have variations in their metabolisms.

LOPES, Eva Dayana Oliveira Rios. Efeito da água produzida nos atributos microbiológicos do solo sob cultivo de plantas no semiárido. 2013. 55 f. Dissertação (Mestrado em ecologia e recursos naturais)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-05-19T20:20:06Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_edorlopes.pdf: 951633 bytes, checksum: eb905fc184592cb0c4bc4f03338b7291 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T20:14:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_edorlopes.pdf: 951633 bytes, checksum: eb905fc184592cb0c4bc4f03338b7291 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T20:14:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_edorlopes.pdf: 951633 bytes, checksum: eb905fc184592cb0c4bc4f03338b7291 (MD5) Previous issue date: 2013 / Environmental degradation and water restrictions in semiarid regions undertake agricultural production and reinforce the need for water management to maintain crop productivity. Researchers suggest the use of produced water, obtained in the process of oil extraction, as alternative of irrigation, especially in areas close to oil fields with water scarcity. However, there have been limitations on application this water due to the common presence of salts, metals and toxic compounds that may to impact negatively the soil. This study aimed to evaluate soil microbiological attributes in areas under cultivation of bioenergy plants irrigated with different waters (underground and produced water) and compare them with controls uncultivated and native vegetation soils. Experiments with species of sunflower and castor beans irrigated with water collected from underground (AC), produced water treated with simple filtering (APF), produced water treated by reverse osmosis (APO) and uncultivated soil (NCNI) were conducted on Belém farm, Aracati, Ceará state, Brazil. The surface layer of soil (0-10 cm) was collected in the ranks of pre-planting and planting during the growing and flowering plants, and evaluated by the population density of filamentous fungi and cultivable bacterias, organic carbon (COT), microbial biomass carbon (CBM), basal respiration (RB), metabolic quotient (qCO2) and enzyme activity. The results of this study revealed that treatment with APF and APO affect differently soil attributes, with the first positively changing the number of microorganisms and enzyme activity, while the second reduces dehydrogenase and populations of fungi and bacterias of soil. However, treatments with AC and APF had similar effects on indicators studied. Differences were not found between treatments when analyzed soil parameters of management COT, CBM, RB and qCO2 in first crop cycle. The values of most microbiological indicators evaluated were similar in native forest and areas cultivated with bionergy plants irrigated. / A degradação ambiental e as restrições hídricas de regiões semiáridas comprometem a produção agrícola e reforçam a necessidade de manejo da água para manutenção da produtividade das culturas. Pesquisas sugerem o uso de água produzida, obtida no processo de extração do petróleo, como alternativa de irrigação, especialmente em áreas próximas aos campos petrolíferos com escassez de água. No entanto, têm-se limitações da aplicação dessa água devido à presença comum de sais, compostos tóxicos e metais que podem impactar negativamente o solo. Este estudo teve por objetivo avaliar atributos microbiológicos do solo cultivado com oleíferas irrigadas com diferentes águas (subsolo e água produzida) e compará-los com solos controles não cultivados e sob vegetação nativa. Experimentos com espécies de girassol e mamona irrigadas com água captada do subsolo (AC), água produzida tratada com filtragem simples (APF), água produzida tratada por osmose reversa (APO) e solo não cultivado (NCNI) foram conduzidos na fazenda Belém, Aracati, Ceará. O solo rizosférico da camada superficial (0-10 cm) foi coletado nos períodos pré-plantio e durante as fases de crescimento e florescimento das culturas, e avaliado através das variáveis densidade populacional de fungos filamentosos e bactérias cultiváveis, carbono orgânico (COT), carbono da biomassa microbiana (CBM), respiração basal (RB), quociente metabólico (qCO2) e atividade enzimática. A partir dos resultados pôde-se concluir que tratamentos com APF e APO afetam de forma distinta os atributos do solo, com o primeiro alterando positivamente o número de micro-organismos e a atividade enzimática, enquanto o segundo reduz a desidrogenase e as populações de fungos e bactérias do solo. A irrigação com AC e APF teve efeitos semelhantes sobre os indicadores estudados. Não foram detectadas diferenças entre tratamentos de manejo do solo quando analisados os parâmetros COT, CBM, RB e qCO2 no primeiro ciclo das culturas. Os valores da maioria dos indicadores microbiológicos avaliados foram similares na mata nativa e nas áreas cultivadas com oleíferas irrigadas.

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:19Z : No. of bitstreams: 1 000851881.pdf: 1966900 bytes, checksum: f12318e1992f89b39d28775a2373ebce (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Comunidades microbianas desempenham papéis cruciais em todos ecosistemas da Terra, uma vez que metabolizam compostos essenciais. Essa característica torna importantes alvos de pesquisas em diversas áreas como médica, ambiental, alimentícia e biotecnológica. Entretanto, somente 1% de todas espécies de micro-organismos conhecidos podem ser cultivadas in vitro, dificultando o estudo de suas funções e de sua classificação taxonômica. Com o surgimento de novas tecnologias de sequenciamento, o genoma inteiro de micro-organismos de um habitat pode ser experimentalmente extraído, mas em pequenos fragmentos (¡1500 pb), tornando o processamento dos dados um grande desafio. As ferramentas de análise de metagenômica mais utilizadas classificam as sequências por homologia. Entretanto, o tempo computacional aumenta exponencialmente conforme o tamanho dos fragmentos diminuem. Isso mostra uma necessidade evidente de métodos alternativos que possam analisar dados de metagenômica de maneira rápida e precisa. Esse estudo propõe um novo método de identificação de sequências de bactérias que analisa esses dados. Os genomas de 2164 linhagens de bactérias foram obtidos pelo GenBank e fragmentados em grupos de teste e controle. Cada grupo foi aleatóriamente fragmentado em sequências de 64, 128, 256, 512, 1024, 2048 e 4096 pares de base. As medidas de organização de sequências aplicadas nos fragmentos foram: conteúdo GC, abundância de dinucleotídeos e entropias de dipletes, tripletes e tetrapletes. Foram calculados a média e o desvio padrão dos valores das sequências controle para cada espécie, gênero e família de bactéria. Foram feitas combinações de medidas para classificar as sequências em famílias, gêneros e espécies. A performance da metodologia foi determinada por medidas de sensibilidade, especificidade, precição e média harmônica para conjuntos de... / Microbial communities play a crucial role in all ecosystems on Earth since they metabolize essential compounds. Given this relevant role they are investigated in Medicine, Biotechnology, Ecology, Food Sciences among other fields. However, only 1% of all known micro-organisms species can be cultivated in vitro. The unravelling of their functions and taxonomic classification demands the development of new approaches. With the advent of new sequencing strategies, the entire genome of microrganisms on a given habitat can be experimentally extracted, but the fragments obtained are small (<1500 bps), and the data processing remains a huge challenge. The most used metagenomic analysis tools classify the sequences by homology. However, the computational time grows exponentially as the read length decreases. There is an evident need for alternative methods that can analyze metagenomic data quickly and accurately. This study proposes a new bacteria sequences identification method to be used in metagenomic data. The genomes of 2164 bacterial strains were obtained from the GenBank and distributed into test and control sets. Each group was randomly fragmented into sequences of 64, 128, 256, 512, 1024, 2048, and 4096 base pair. The sequences organization measures applied in the reads were: GC content, dinucleotide abundance and diplets, triplets and tetraplets entropy. The average and standard deviation of the control sequences values of each species, genus and families of bacteria were calculated. Combinations of genomic signatures and entropy were performed allowing classifying bacteria sequences into family, genus and species. The performance of the proposed methodology was determined by measuring sensitivity, specificity, accuracy and harmonic mean for the test set. The results indicated that the GC content presented the best performance among the signatures investigated. We also considered combinations of features, the combination considering GC ... / FAPESP: 2013/1517-4

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:30:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:34:12Z : No. of bitstreams: 1 000857416.pdf: 1591098 bytes, checksum: 6fd4a38ebaddd22010dc5357625b6055 (MD5) / A microbiota bacteriana encontrada nos peixes vivos está diretamente relacionada à microbiota do ambiente, ou seja, os microrganismos presentes em sua superfície corporal, brânquias, trato gastrointestinal e musculatura estão relacionados aos mesmos do ambiente em que está inserido. Os peixes possuem naturalmente uma vasta gama de bactérias, que também podem ser comumente encontradas na água. Porém, as bactérias de origem fecal, como E.coli e Enterococos, não são habitantes comuns da flora intestinal dos peixes, sendo sua presença atrelada à contaminação por fezes humanas ou de outros animais de sangue quente na água de captura. Sendo assim, o monitoramento da qualidade microbiológica tanto da água, quanto dos organismos retirados dela para consumo humano, tornam-se necessários, já que podem causar prejuízo a saúde do homem, provocando problemas de saúde pública. O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade microbiológica do peixe (Eugerres brasilianus, Curvier 1830) e das águas do estuário do Rio Itanhaém, SP (Brasil). Três bactérias foram utilizadas para avaliar a qualidade microbiológica da água e dos peixes, duas de origem fecal humana, Escherichia coli e Enterococcus sp. e uma de origem não fecal, Staphylococcus aureus, todas obtidas pela técnica da membrana filtrante. Nos peixes foram avaliados suas brânquias e músculo. Os resultados obtidos mostraram que durante todo o período do estudo, as águas do rio Itanhaém apresentaram-se dentro dos limites estabelecidos pela legislação CONAMA 357/05, porém o uso de E.coli, demonstrou ser insuficiente para avaliar a qualidade da água, visto que a densidade de Enterococcus sp. foi alta durante todo o estudo em todos os pontos analisados. Na análise dos peixes, foram encontradas altas concentrações para as três bactérias utilizadas, com as brânquias se apresentando com maior número em relação ao músculo. De acordo com a legislação RDC 12/01,... / The bacterial microbiota found in live fish is directly related to the microbiota of the environmente, in the words, the microorganisms present in their body surface, gills, gastrointestinal tract and muscle are related to the same environment in which it is inserted. Fish naturally have a wide range of bacteria, which may also be commonly found in the water. However, the bacteria of fecal origin, such as E.coli and Enterococci, are not common inhabitants of the intestinal flora of fish, being his presence linked to contamination by human feces or other warm-blooded animals in the water capture. Thus, the monitoring of the microbiological quality of the water and the fish caught for human consumption, it is necessary, since they can cause harm to human health, causing public health problems. The objective of this study was to evaluate the microbiological quality of fish (Eugerres brasilianus, Curvier 1830) and waters of the estuary of the River Itanhaém, SP (Brazil). Three bacteria were used to assess the microbiological quality of water and fish, two of human fecal origin, Escherichia coli and Enterococci, and a source not fecal, Staphylococcus aureus, all obtained by membrane filtration. The fish were evaluated for their gills and muscle. The results showed that during the entire period of the study, the waters of the river Itanhaém presented within the limits set by legislation CONAMA resolution 357/05, however the use of E.coli, proved to be insufficient to assess the quality of the water, since the density of Enterococci was high throughout the study in all points analyzed. The analysis of fish, were found high concentrations for the three bacteria used, with the gills presenting with greater number in relation to the muscle. According to the RDC 12/05, the fish were evaluated during the study were unfit for consumption. In the proximity of the ETE-Anchieta, located to the left boarder of the river, the bacteria S.aureus was more ...