Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-28T10:35:13Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2102906 bytes, checksum: 1d6cf0128dbe4ca270f59076d042246f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-28T10:35:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2102906 bytes, checksum: 1d6cf0128dbe4ca270f59076d042246f (MD5) Previous issue date: 2016-08-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A floresta Amazônica é a maior e mais diversa floresta tropical do mundo, localizada em nove países da América do Sul, sendo a maior parte presente em território brasileiro, nas regiões Norte e Centro-Oeste. Até a década de 1970, a Amazônia brasileira era pouco explorada, porém após criação de projetos para ocupação e desenvolvimento do local, iniciou-se a migração para essas regiões, e regiões de floresta foram transformadas em áreas de cultivo agrícola e pastagem. Assim, o presente trabalho teve o objetivo de acessar a diversidade viral em amostras de solo de floresta e pastagem da bacia do Rio Mutum Paraná, no estado de Rondônia, por meio do sequenciamento do metagenoma e microscopia eletrônica de transmissão (MET) de concentrado viral. Entretanto, para isso foi feita a padronização de metodologias para o estudo da diversidade viral em amostras de solo e avaliação do efeito de diferentes sistemas de fertilização sobre diversidade viral em solos de áreas de cultivo agrícola, localizados na área da Universidade Federal de Viçosa. Os resultados da padronização de metodologias para concentração viral por ultracentrifigação, polietilenoglicol (PEG) e membrana HA, mostraram que esta última apresentou os resultados mais satisfatórios, quando a diversidade viral foi acessada por meio de RAPD e MET. O material preparado para o MET foi o que teve menor background, ao passo que a concentração viral por PEG foi a que apresentou os piores resultados para a amostra de solo analisada. Os resultados obtidos no estudo do efeito dos diferentes fertilizantes utilizados mostraram por meio de RAPD e MET que a combinação dos fertilizantes orgânico e inorgânico aumentam a diversidade viral. Em relação às amostras de solo de floresta e pastagem da bacia do Rio Mutum Paraná, a análise taxonômica das sequências do metagenoma pelo MetaVir mostraram que o solo de pastagem apresentou maior número de famílias virais. Em ambas as amostras, os vírus de DNA dupla fita foram os mais abundantes. Dentre os vírus caudados, as famílias Myoviridae e Siphoviridae foram as mais abundantes para as duas amostras analisadas. As análises morfológicas pelo MET mostraram que as amostras de floresta apresentaram maior diversidade morfológica viral, com relação às amostras de pastagem. / The Amazon rainforest is the largest and more diverse tropical forest in the world, located in nine countries of South America, in which most part of it is located in Brazilian territory, in the North and Midwest regions. Until the 1970’s the Brazilian Amazon was little explored, however after creation of occupation and local development projects, migration to these areas began, and the forest was converted to agricultural areas and pasture. Thus, this work aimed to get access to viral diversity in soil samples of forest and pasture from Mutum Paraná river basin, in Rondônia state, by metagenome sequencing and transmission electron microscopy (TEM) of viral concentrate. However, firstly standardization of methodologies for study of viral diversity in soil samples and evaluatation of the effect of different fertilization systems on viral diversity in agricultural areas, located at Federal University of Viçosa were done. The results from standardization of viral concentration methods by ultracentrifugation, polyethylene glycol (PEG) and HA membrane, showed that the last method had better results, after random amplified polymorphic DNA (RAPD) reaction and TEM analysis. The material obtained after concentration showed less background. On the other hand, viral concentration using PEG had worse results for the soil sample analyzed. The results obtained in the study of the effect of different fertilizers over viral diversity showed by RAPD and TEM that the combination of organic and inorganic fertilizers increase viral diversity. In relation to forest and pasture soils from Mutum Paraná river basin, the taxonomic analysis from metagenome sequences using MetaVir showed that pasture have more viral families. Both samples dsDNA viruses were more abundant. Among tailed viruses, Myoviridae and Siphoviridae families are more abundant in both samples. Morphological analysis by TEM showed that the forest samples had greater morphological diversity, in relation to pasture samples. / Dissertação liberada do sigilo em 22 de agosto de 2018. Anexo da liberação na pasta do (a) aluno(a).

Orientador: Maria Luiza Moretti, Rogerio de Jesus Pedro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T09:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Padoveze_MariaClara_D.pdf: 5321715 bytes, checksum: 9f035f988b4d968c0058fa69239476fb (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Pacientes com HIV/Aids são potencialmente uma população de maior risco para aquisição de Infecções Hospitalares (IH) quando comparados a outros grupos de pacientes hospitalizados. Dados da literatura indicam que a infecção mais comum nestes pacientes é a Infecção da Corrente Sanguínea (ICS) e o principal agente etiológico é o Staphylococcus aureus. O presente estudo desenvolveu-se em duas fases. Na primeira fase foi realizada uma avaliação das IH ocorridas em pacientes HIV-positivos comparando com pacientes HIV-negativos internados na Enfermaria de Moléstias Infecciosas (MI) do Hospital das Clínicas (HC) da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Na segunda fase foi realizada a pesquisa de colonização por S. aureus em pacientes HIV-positivos atendidos ambulatorialmente na Unidade de Pesquisa Clínica (UPC) da Disciplina de Moléstias Infecciosas da Faculdade de Ciências Médicas da UNICAMP. Foram coletadas três amostras de swab nasal em dias diferentes em pacientes sem história de internação prévia por até 2 anos antes do início do seguimento. As amostras de S. aureus obtidas da pesquisa de colonização nasal foram genotipadas utilizando-se a técnica de "Pulsed-Fiel Gel Electrophoresis" (PFGE). Potenciais fatores associados com a colonização nasal por S. aureus foram avaliados. Os resultados da Fase I revelaram que os pacientes HIV-positivos apresentaram maiores taxas de IH quando comparados com o grupo de controle. Os pacientes HIV-positivos foram submetidos a maior número de cateteres venosos centrais-dia e sondagens vesicais de demora-dia do que os pacientes HIVnegativos internados na mesma unidade. A localização topográfica mais freqüente foi a ICS e o principal agente etiológico identificado foi o S. aureus. A aquisição de S. aureus em pacientes HIV-positivos foi significantemente maior do que nos demais pacientes. Os resultados da Fase II demonstraram uma taxa de colonização nasal por S. aureus de 63,1% nos pacientes incluídos na pesquisa (70 em 111). Os padrões de colonização identificados foram: a) colonização ausente, com três amostras negativas (36%); b) colonização transitória, com apenas uma amostra positiva (25%) e c) colonização persistente, com duas ou três amostras positivas (39%). Utilizando técnica de PFGE, a colonização persistente foi subcategorizada em: c1) persistente simples, que apresenta o mesmo perfil genômico entre as amostras (24%); c2) persistente múltipla, que apresenta diferentes perfis genômicos entre as amostras (7%) e c3) persistente combinada, que apresenta duas amostras com perfil genômico idêntico e uma amostra com perfil genômico diferente (8%). O fator de risco associado com a colonização nasal por S. aureus foi a classificação clínica e laboratorial de Aids, segundo os critérios do Centers for Disease Control and Prevention (CDC). O uso de antimicrobianos no momento da coleta ou até 6 meses antes foi associado com resultados negativos para a pesquisa de S. aureus. Não foram identificados fatores especificamente associados com os diferentes tipos de Colonização identificados / Abstract: Patients with HIV/AIDS have potentially higher risk for Nosocomial Infection (NI) acquisition comparing other hospitalized groups of patients. In reviewing literature, the most common infection in these patients is the Blood Stream Infection (BSI) and the Staphylococcus aureus is the principal etiologic agent. The present study was developed in two phases. Phase I was developed at the Infectious Diseases Ward (IDW) in the Hospital das Clínicas (HC) from Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) evaluating NI developed among patients who were HIV-positive and comparing to NI developed among patients who were HIV-negative. Phase II objective was to study the S. aureus nasal colonization from HIV-positive outpatients without history of hospitalization within two years before the beginning of the follow-up of this study and was developed at the Unidade de Pesquisa Clínica (UPC) of de Infectious Diseases Department from UNICAMP. Three samples of nares swabs were collected in different days. The DNA profiles of the samples of S. aureus obtained from patients were analyzed by using Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE). Potential risk factors associated to the nasal colonization for S. aureus were accessed. Phase I results showed that HIV-positive patients had higher rates of NI than HIV-negative patients. The HIV-patients were more likely to have a central venous catheter or urinary catheter than HIV-negative patients cared for in the same ward. The most frequent NI site was the BSI and the S. aureus was the principal identified etiologic agent. HIV-positive patients were more likely to have S. aureus infection compared to the HIV-negative patients. Results from Phase II detected the presence of S. aureus nasal colonization in 70 of 111 enrolled HIV-patients (63,1%). Nasal colonization for S. aureus were classified as: a) absent: patients having three negative results, in 36% of the cases; b) transient: patients having one positive results, in 25% of the cases; and c) persistent: patients having two or three positive results, in 39% of the cases. By using PFGE, the last category were subdivided into: c1) simple persistent, patients having two or three positive samples with the same DNA profile, in 24% of cases; c2) multiple persistent, patients having positive samples with different profiles, in 7% of cases, and, c3) combined persistent, patients having two positive samples with the same profile and one positive sample with different profile, in 8% of cases. Clinical and laboratorial classification of AIDS, using Centers for Disease Control and Prevention (CDC) criteria, was identified as the risk factor for S. aureus nasal colonization. The antibiotics use at the moment of collection of nasal swab or 6 months before were associated with negative results for S. aureus. No specific risk factors were associated with different types of colonization / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientadores: Jose Roberto Guimarães, Antonio Roberto Siviero / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo / Made available in DSpace on 2018-08-05T17:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Burbarelli_RodrigoCarminatti_M.pdf: 837636 bytes, checksum: a680551b3d7d19e7c9c5a552bce15c34 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Neste projeto avaliou-se a influência da aplicação de efluente de lagoa de estabilização anaeróbia e água no solo, alterações em sua flora microbiana e principalmente alterações na qualidade das águas subterrâneas. Isso se deu por meio de análises de indicadores microbiológicos de poluição e alguns parâmetros físico-químicos, tanto do solo quanto da água subterrânea. O efluente da lagoa de estabilização foi aplicado no solo de duas formas, diretamente e também após receber aplicação de cloro para a remoção de microrganismos. A técnica de aplicação utilizada foi a de sulcos rasos, como forma de pós-tratamento do efluente. Visou-se o reuso agrícola do efluente, ou seja, a utilização da água para irrigação e dos nutrientes presentes nesse efluente, principalmente nitrogênio e fósforo, pela cultura de milho (Zea mays). Além disso, a carga orgânica remanescente no efluente favorece o metabolismo microbiano no solo, onde pode ocorrer a conversão da matéria orgânica complexa em formas químicas mais simples, acessíveis à planta. Este sistema possui a vantagem de reduzir e, em alguns casos eliminar o uso de fertilizantes industrializados. Além de suprir a demanda de água requerida no manejo de culturas agrícolas, protege os corpos d¿água receptores da deterioração causada pelo lançamento deste efluente. Os parâmetros microbiológicos monitorados no solo foram fungos totais e bactérias heterotróficas ou totais e os parâmetros físico-químicos foram pH no início e final do experimento e umidade do solo coletado. Com relação à água subterrânea e efluente da lagoa anaeróbia, os parâmetros microbiológicos monitorados foram coliformes totais, Escherichia coli, Streptococcus faecalis e bactérias heterotróficas durante a primeira safra. Na segunda e terceira safras passou-se a monitorar ovos de helmintos e cistos de protozoários, também os parâmetros físico-químicos pH e condutividade elétrica. Os dados colhidos durante o desenvolvimento do projeto foram comparados com os índices estabelecidos pela legislação vigente e aspectos de saúde. Esse trabalho é parte do edital do projeto temático CT-HIDRO 2001, financiado pelo CNPQ e pelo Fundo Setorial de Recursos Hídricos. Projeto este que envolve várias faces da engenharia sanitária/ambiental. Os resultados desta pesquisa recomendam a desinfecção dos efluentes para uso na forma de irrigação ou reuso / Abstract: The present project the influence of stabilization ponds effluent and water application on soil and changes in its microflora but the main aim was the evaluation of groundwater quality. This research took place by the assessment of microbiological indicators of pollution and a little physicochemical parameters both in soil and groundwater. The effluent application on soil happened directly and after desinfection by chlorine to microbial removal. The technique of application of effluent used was the shallow ruts like a post treatment and reuse of its nutrients like nitrogen and phosphorus in maize crops (Zea mays). Furthermore the organic matter that remains on in the effluent improves the microbial metabolism in soil converting this complex organic matter to simple chemical forms assessable to crops. The main advantage of this system is reduce or eliminate the use of fertilizer and water supply necessity protecting the water bodies of degradation. Soil was controlled by microbiological analyses of total fungi and total bacteria and physicochemical analyses of moisture and pH in the beginning and the end of the experiment. Groundwater quality was assessed by microbiological analises: Escherichia coli, Streptococcus faecalis (Enterococos) and heterophic bacteria in the first harvest. In the second and third harvest was assess by physicochemical analyses: pH and electrical condutctivity. Besides helminth eggs and protozoan cists like a new microbiological analysis. The presents work data was compared to the present legislation and heal aspects. This work is part of a licence of the project CT-HIDRO 2001 financed by CNPq and Fundo Setorial de Recursos Hídricos. This project involves many faces of environmental engeneering. The results reached in this work suggests that the desinfection of efluente is necessary to the use of this water in irrigation and reuse / Mestrado / Saneamento e Ambiente / Mestre em Engenharia Civil

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-04-20T18:48:45Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lara Cristina Pereira da Silva Pacheco - 2013.pdf: 3446955 bytes, checksum: 0699ff2edcae2a475f78f2834bf8ffe2 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-04-20T18:50:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lara Cristina Pereira da Silva Pacheco - 2013.pdf: 3446955 bytes, checksum: 0699ff2edcae2a475f78f2834bf8ffe2 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-20T18:50:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lara Cristina Pereira da Silva Pacheco - 2013.pdf: 3446955 bytes, checksum: 0699ff2edcae2a475f78f2834bf8ffe2 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-03-18 / The nitrogen is one of the nutrients that is more affected by Tillage System and that most limits both crop development and crop productivity. Several factors can modify the N dynamics in areas under Tillage System, however, a factor that has been little investigated is the use of desiccants for formation of stubble on the soil. The desiccant can affect various processes of the nitrogen cycle and, thus, affect the availability of N in agroecosystems. In this context, the aim of this study was to evaluate: 1 - The ammonia emission by plants and soil after application of desiccants in Pennisetum glaucum, and 2 - The effects of herbicides application on Urochloa ruziziensis and Pennisetum in total-N, mineral-N, activity and microbial biomass in soil. Herbicide application on Pennisetum glaucum increases losses of NH3-N by the plant and does not affect the volatilization of NH3-N by soil. Glyphosate reduced content of N in Pennisetum glaucum and all herbicides have reduced the content of nitrogen in the soil when millet was used as cover culture. The same effect on the total N was not observed with Urochloa straw. The herbicides effects on mineral-N were highly variable. Herbicide application in both experiments did not affect the microbial biomass of the soil, while the basal respiration was increased by the application of paraquat on Urochloa ruziziensis. / O nitrogênio é um dos nutrientes cuja dinâmica é mais influenciada pelo Sistema Plantio Direto (SPD) e o que mais limita o desenvolvimento e a produtividade da maioria das culturas. Diversos fatores podem modificar a dinâmica do N em áreas sob SPD, no entanto, um fator que tem sido muito pouco investigado é o uso de herbicidas dessecantes para formação da palhada sobre o solo. Os herbicidas dessecantes podem afetar diversos processos do ciclo do nitrogênio e, com isso, afetar a disponibilidade de N nos agroecossistemas. Neste contexto, objetivou-se com este trabalho avaliar: 1 - A emissão de amônia pela planta e pelo solo após aplicação de herbicidas dessecantes em Pennisetum glaucum; e 2 - O efeito de herbicidas dessecantes aplicados em Pennisetum glaucum e Urochloa ruziziensis nos teores de N-total, de N-mineral, na atividade e no carbono da biomassa microbiana do solo. A aplicação de herbicidas em Pennisetum glaucum aumentou as perdas de N-NH3 pela planta e não afetou a volatilização de N-NH3 pelo solo. O herbicida glyphosate reduziu o conteúdo de N em Pennisetum glaucum e todos os herbicidas reduziram o conteúdo de nitrogênio no solo, quando utilizou-se o milheto como cultura de cobertura. O mesmo efeito sobre o N-total não foi observado com palha de braquiária. O efeito dos herbicidas no N-mineral foi muito variável. A aplicação dos herbicidas em ambos os experimentos não afetou o carbono da biomassa microbiana do solo, enquanto a respiração basal foi aumentada pela aplicação de paraquat em Urochloa ruziziensis.

O uso da vinhaça de cana-de-açúcar na fertirrigação de solos agrícolas, além de ser uma boa opção para o descarte do resíduo, gera vantagens econômicas. Embora, há anos, este tipo de efluente seja amplamente aplicado em áreas agrícolas, pouco se sabe sobre seus riscos ecológicos para os organismos do solo. Neste estudo, os efeitos de duas vinhaças provenientes de usinas destilatórias diferentes (VA e VB), e outra derivada de uma destilação em laboratório (VC), sobre a fauna e microbiota do solo, foram avaliados em dois Latossolos (LV e LVA) e em um Solo Artificial Tropical (SAT). Concentrações crescentes das vinhaças foram aplicadas nos três solos para avaliar os efeitos sobre a reprodução e comportamento de espécies da fauna, bem como os efeitos dos efluentes sobre a biomassa microbiana de carbono (BMC), respiração basal (C-CO2), atividade da enzima desidrogenase (DHA), colonização de raízes de cana-de-açúcar por fungos micorrízicos arbusculares (FMA) e estrutura da comunidade bacteriana foram avaliados nos Latossolos LV e LVA. Para a fauna do solo, as vinhaças das usinas destilatórias foram consideradas as mais tóxicas, uma vez que os solos tratados com estes efluentes foram evitados pelas minhocas e colêmbolos, assim como a reprodução de todas as espécies foi reduzida em pelo menos um, entre os solos testados. A vinhaça originada em laboratório não causou fuga nos organismos testados e somente reduziu a reprodução de minhocas e enquitreídeos em SAT e LVA, respectivamente. Os ácaros foram os organismos menos sensíveis à presença das vinhaças. O crescimento (BMC) e metabolismo microbiano (C-CO2) aumentaram na presença de todas as vinhaças, assim como também houve incremento na colonização dos FMA nas raízes, em LVA. Entretanto, a estrutura da comunidade bacteriana foi alterada na presença das vinhaças, ocorrendo, inclusive, reduções da riqueza e diversidade, bem como aumentos da dominância de alguns grupos bacterianos no solo LV. A toxicidade das vinhaças para a fauna foi atribuída, principalmente, ao alto teor de sais, em especial ao potássio. Contudo, sugeriu-se que os aumentos no crescimento e metabolismo microbiano foram decorrentes do aumento da matéria orgânica e de outros nutrientes, adicionados ao solo pelas vinhaças. As alterações na colonização dos FMA nas raízes de cana-de-açúcar e na estrutura da comunicade bacteriana também podem ter sido influenciadas pelo acrécimo de nutrientes no solo, ou foram respostas a elementos ou substâncias poluidores presentes nas vinhaças, como, por exemplo, o excesso de potássio, ou outros aditivos utilizados durante a fermentação. Estes resultados indicam que critérios de proteção para organismos do solo devem ser considerados na derivação das doses de vinhaça de cana-de-açúcar aplicadas em solos tropicais. / The use of vinasse of cane sugar in ferti-igation of agricultural soils is a good option for disposal of this waste and generates economic advantages. This type of waste has been applied to agricultural soil for many years; however, there is little information about its ecotoxicological risks on soil organisms. In this study, the effects of two vinasse from different distillerie plants (VA and VB), and another from a laboratory distillation (VC) on the soil fauna and soil microorganisms were evaluated in two Oxisols (LV and LVA) and in a Tropical Artificial Soil (TAS). Increasing concentrations of these vinasses were applied to the soils to assess the effects on the behavior and reproduction of fauna species, and the effects of the effluents on microbial biomass carbon (MBC), basal respiration (C-CO2), dehydrogenase activity (DHA), colonization by mycorrhizal fungi (AMF) and on the structure of the bacterial community were evaluated in the Oxisols. For the soil fauna, the vinasses from commercial distilleries proved to be the most toxic: earthworms and collembolans avoided the soils that were contaminated with these vinasses, and the reproduction of all organisms was reduced in at least one of the soils. The vinasse from the laboratory did not promote any avoidance behavior in the tested organisms and only reduced the reproduction of earthworms and enchytraeids in TAS and LVA soil, respectively. Mites were the least sensitive organisms to the vinasses. Microbial growth (MBC) and metabolism (C-CO2, DHA) increased in the presence of all the vinasses, and there was an increase in the AMF colonization of sugar-cane roots. The structure of the soil bacterial community was significantly modified by all the vinasses, with richness and diversity reductions, and increases of the dominance of bacterial groups. For the soil fauna the toxicity was attributed mainly to the high salt contents, especially to the potassium content in the vinasses. However, the increases in microbial growth and metabolism were attributed to the additional organic carbon and other nutrients added into the soils by the wastes. Changes in colonization by AMF and on the bacterial community may also have been influenced by the nutrient increase; however, these were especially considered microbial responses to the polluting elements/substances in the vinasses, as high potassium content, antibiotics or other substances added during the fermentation process. These results indicate that protection criteria for soil organisms should be considered during the derivation of the application limits of sugarcane vinasse in tropical soils.

Neste trabalho foram reativadas 51 linhagens fúngicas isoladas a partir da ascídia Didemnum ligulum. Após a reativação, as linhagens foram cultivadas em meio de cultura líquido (250 mL), a partir dos quais foram obtidos os respectivos extratos brutos. Os extratos foram avaliados em bioensaio de atividade citotóxica, em três linhagens de células tumorais. Observou-se que 14 extratos apresentaram atividade citotóxica. Os extratos foram avaliados por HPLC-UV-MS para determinação do perfil químico. Após esta análise, a linhagem DLM2-12, identificada como Penicillium citrinum, foi selecionada para crescimento em meio de cultura líquido em quantidade suficiente para se realizar o isolamento dos metabólitos secundários do extrato de seu meio de cultura. O extrato de 250 mL do meio de cultura de P. citrinum foi submetido a diferentes métodos de separação cromatográfica. Estas separações permitiram o isolamento e identificação da citrinina (47) como sendo majoritária. Para isolamento de outros compostos presentes no extrato, a linhagem foi cultivada em maior escala (8 L) e obtido o extrato de seu meio de cultura. O novo extrato foi submetido a separações cromatográficas em gel de Sephadex LH-20, sílica gel e sílica gel derivatizada com grupo cianopropila, bem como purificações por HPLC. Estas separações permitiram o isolamento e identificação de três quinolonas, as quinolactacinas C (50) e B (53) e a quinolactacina E (51), inédita na literatura, um ácido tetrâmico, o penicilenol A (54) e duas antraquinonas, a citreoroseína (57) e a emodina (61). As antraquinonas citreoroseína (57) e emodina (61) foram submetidas aos bioensaios de atividade antiviral, antimicrobiana, Leishmanicida e citotóxica. A citreoroseína (57) apresentou atividade contra as linhagens virais BVDV, HSV1 e aMPV e apresentou atividade citotóxica ativa frente à linhagem celular HCT-116 sendo inativa frente às linhagens celulares HL-60, SF295, OVCAR-8, K562, HCT-8, MDA-MB435 e MVF-7. A emodina (61) apresentou atividade contra as linhagens virais BVDV, HSV1, aMPV e hepatite C, atividade antimicrobiana, atividade Leishmanicida, atividade citotóxica frente às linhagens celulares HL-60, HCT-116, SF295, OVCAR-8, K562 e HCT-8 sendo inativa frente às linhagens celulares MDA-MB435 e MVF-7. / The present investigation describes the isolation of secondary metabolites from the culture medium of a marine-derived strain of the fungus Penicillium citrinum. Initially, 51 fungal strains isolated from the ascidian Didemnum ligulum and preserved in stereilized sea water were re-activated in Petri dishes. After reactivation, the strains were grown in 250 mL of liquid culture medium. All media were extracted with EtOAc and, after evaporation, aliquots of the extracts were evaluated in a cytotoxicity assay on three tumor cell lines. It was observed that 14 extracts showed cytotoxic activity. These 14 extracts were analyzed by HPLC-UV-MS in order to investigate their corresponding chemical profile. As a result, the DLM2-12 strain, identified as Penicillium citrinum, was selected for semi-preparative growth in liquid culture medium in sufficient quantity to accomplish the isolation of secondary metabolites. A first growth in 250 mL of culture medium yielded an extract which was subjected to various chromatographic separations, to give citrinin (42) as the major compound. An additional growth of P. citrinum DLM2-12 in a larger volume (8 L) yielded an extract which was subjected to chromatographic separations on Sephadex LH-20, cyanopropyl-bonded silica gel, and by reversed-phase HPLC. These separations gave, after the identification of pure compounds: a) three quinolones, quinolactacins C (51) and B (54) and a new quinolactacin (52), unreported in the literature; b) the tetramic acid penicilenol A (55), and; c) two anthraquinones, citreorosein (57) and emodin (61). The anthraquinones 57 and 61 were evaluated in antiviral, antimicrobial, antileishmanial and cytotoxic assays. Citreorosein (57) displayed activity against the viral strains BVDV, HSV1 and aMPV and showed cytotoxicity against the HCT-116 cell line, being inactive against HL-60, SF295, OVCAR-8, K562, HCT-8, MDA-MB435 and MVF-7 cell lines. Emodin (61) displayed activity against the viral strains BVDV, HSV1, AMPV and hepatitis C, as well as antimicrobial, leishmanicidal, as well as cytotoxic activity against HL-60, HCT-116, SF295, OVCAR-8, K562 and HCT-8 cancer cell lines, being inactive against MDA-MB435 and MVF-7 cell lines.

O objetivo geral deste estudo foi avaliar o efeito da mastite subclínica sobre a composição e a qualidade higiênica do leite de tanque de rebanhos leiteiros. Especificamente, objetivou-se avaliar o efeito da contagem de células somáticas (CCS) do leite cru de rebanhos leiteiros sobre as concentrações de gordura, proteína, sólidos totais e extrato seco desengordurado e sobre a contagem bacteriana total (CBT), contagem de psicrotróficos (CP) e contagem de coliformes (CC) do leite cru. Foram selecionados 230 rebanhos leiteiros localizados no Sul de Minas Gerais e Oeste de São Paulo, com base na média geométrica da CCS de cinco análises do mês anterior ao início das coletas. Estes rebanhos foram classificados de acordo com a CCS em três grupos: baixa (< 250.000 células/mL), média (> 250.000 e < 750.000 células/mL) e alta CCS (> 750.000 células/mL). Após a seleção dos rebanhos, amostras de leite de tanque foram coletadas quinzenalmente, por um período de três meses, totalizando 1380 amostras, que foram submetidas às análises de composição, CBT, CP e CC. Foi observado menor CBT e CC nos rebanhos com menor CCS, no entanto, rebanhos de média e alta CCS apresentaram maiores teores de gordura, proteína e sólidos totais. Foi observada média correlação entre CBT e CP (r = 0,6215) e entre CP e CC (r = 0,3692). Entre os indicadores de higiene e a composição do leite foram observadas correlações baixas e negativas entre CBT e gordura (r = -0,0585), CP e gordura (r = -0,0688) e CP e ST (r = - 0,0662). Os rebanhos com CCS < 250.000 células/mL apresentam maior qualidade higiênica do leite de tanque, no entanto, quanto à composição, rebanhos com maior CCS apresentaram maiores teores de gordura e proteína. / The general objective of this study was to evaluate the effect of subclinical mastitis on composition and hygienic quality in bulk tank milk of dairy herds. The specific objectives were to evaluated the effect of somatic cell count (SCC) of raw milk on contents of fat, protein, total solids and nonfat dry milk and on total bacterial count (TBC), psychrotrophic count (PC) and total coliform count (CC). A total of 230 dairy farms located in South of Minas Gerais and West of São Paulo were selected, based on SCC geometric mean obtained from five monthly analysis preceding the beginning of the study. These dairy farms were classified in three groups according to SCC: low (< 250,000 cells/mL), medium (> 250,001 and < 750,000 cells/mL) and high SCC (> 750,001 cells/mL). After herd selection, bulk milk samples were collected fortnightly during three months totalizing 1380 samples, which were subjected to analysis of composition, TBC, PC and CC. A decrease of TBC and CC was observed in herds with low SCC, however, herds with medium and high SCC had increase on - fat, crude protein and total solids contents. A medium correlation was observed among TBC and PC (r = 0.6215), and also among PC and CC (r = 0.3692). Based on hygiene indicators and the milk composition, it was observed a low and negative correlation among TBC and fat (r = -0.0585), PC and fat (r = -0.0688) and PC and total solids (r = -0.0662). Dairy herds with low SCC had higher hygienic quality of bulk tank milk, however, considering the composition, herds with higher SCC showed higher milk fat and protein concentration.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-04-28T10:46:28Z No. of bitstreams: 1 julianafrancamonteirodemendonca.pdf: 2542669 bytes, checksum: 4bb85fe6239ae04615793a019786fe59 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-05-02T01:07:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 julianafrancamonteirodemendonca.pdf: 2542669 bytes, checksum: 4bb85fe6239ae04615793a019786fe59 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-02T01:07:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 julianafrancamonteirodemendonca.pdf: 2542669 bytes, checksum: 4bb85fe6239ae04615793a019786fe59 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Em muitos casos, o leite e seus derivados são responsáveis por causar doenças transmitidas por alimentos pela veiculação de micro-organismos, como Salmonella spp. e Staphylococcus aureus. A contaminação desses produtos pode ocorrer, principalmente, devido ao processamento térmico ineficiente ou à falta de observação das práticas de higiene e limpeza durante as diversas etapas do processo produtivo, como na manipulação do alimento ou, até mesmo, após o tratamento térmico. Assim, a identificação rápida de patógenos presentes em alimentos é de extrema importância, tanto para a garantia da qualidade dos produtos, quanto em casos de surtos. Nestes casos o uso de métodos altamente sensíveis e específicos para detectar patógenos alimentares se torna indispensável. Uma das técnicas que tem sido utilizada para este fim é a PCR em Tempo Real (qPCR), devido a sua rapidez e eficiência na identificação de patógenos em alimentos. Contudo, uma das grandes desvantagens dessa técnica é a sua incapacidade em diferenciar o DNA de células viáveis e inviáveis dos patógenos. Para suplantar tal ponto, o brometo de etídeo monoazida (EMA) pode ser usado para detectar somente células viáveis. O EMA é um intercalante de DNA que pode entrar seletivamente em células com membrana danificada (consideradas inviáveis) e se ligar covalentemente ao seu DNA, quando exposto à luz halógena, inibindo sua amplificação durante a qPCR. Desse modo, o objetivo do presente trabalho foi estabelecer um protocolo para detecção em multiplex de células viáveis de Salmonella spp. e S. aureus em culturas puras e em Queijo de Coalho pelo uso do EMA combinado à qPCR. O protocolo estabelecido foi eficaz para a identificação de células viáveis de Salmonella spp., tanto em culturas puras quanto em Queijo de Coalho. Entretanto, foi observado que a diferenciação de células viáveis e inviáveis de S. aureus pelo uso do EMA não foi eficiente. Portanto, não foi possível realizar a detecção de células viáveis dos patógenos em multiplex em culturas puras e em Queijo de Coalho. Além disso, observou-se que o protocolo estabelecido, combinando a técnica de qPCR aliada ao uso do EMA, foi capaz de detectar concentrações tão baixas de células viáveis de Salmonella typhimurium quanto 101 UFC/10g de Queijo de Coalho. Contudo, somente foi possível diferenciar estatisticamente as médias dos valores de Cycle threshold (Ct) em concentrações de células superiores a 103 UFC/10 g de queijo. O protocolo desenvolvido é, portanto, uma ferramenta útil para a vigilância de alimentos, uma vez que fornece identificação rápida e específica de células viáveis de Salmoenlla spp. em Queijo de Coalho. / In many cases, milk and milk products are responsible to cause foodborne illness through transmission of microorganisms, like Salmonella spp. and Staphylococcus aureus. The contamination of these products can mainly occur due inefficient thermal processing or the lack of practices of hygiene and cleaning during the various stages of the production process, like occur during food handling or, even, after the thermal treatment. The rapid identification of pathogens in foods is extremely important, both for the quality assurance of products, such as in cases of outbreaks. Thus, the use of highly sensible and specific methods to detect food pathogens becomes indispensable. One of the techniques has been used to this is the Real Time PCR (qPCR), due its quickness and efficiency to identify pathogens in foods. Nevertheless, one of the major disadvantages of this technique is its inability to differentiate the DNA of viable and nonviable cells of microorganisms. To overcome this drawback, the ethidium bromide monoazide (EMA) can be used to detect viable cells only. EMA is a DNA intercalating dye that can enter selectively in cells with damaged membrane (considered dead) and bind covalently to DNA when exposed to halogen light, inhibiting its amplification during qPCR. So, the aim of this work was establish a protocol to detect in multiplex viable cells of Salmonella spp. and Staphylococcus aureus in pure cultures and Coalho cheese by use of EMA combined to Real-time PCR technique. The protocol established is efficient to identify viable cells of Salmonella spp., both in pure culture as for Coalho cheese. However, was observed that the differentiation between viable and nonviable cells of S. aureus by use of EMA is not efficient. Therefore, is not possible to detect viable cells of these pathogens in multiplex in pure cultures and in Coalho cheese. Moreover, it was observed that the established protocol, combining the qPCR technique and EMA, was able to detect viable cells concentrations of Salmonella typhimurium as low as 101 CFU/10g of Coalho cheese. However, it could only statistically differentiate the means of Cycle threshold (Ct) values in cells concentrations above to 103 UFC/10 g of cheese. The developed protocol is, therefore, an useful tool for food surveillance, since it provides rapid and specific identification of viable cells of Salmonella spp. in Coalho cheese.

Orientador: Marcelo Brocchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T01:54:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gosse_JessicaThandara_M.pdf: 9918536 bytes, checksum: dc4c91a89de0bb62c2d5c3f1c2ea0b3c (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital quando for liberada / Abstract: The abstract is available with the full electronic document when available / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestra em Genética e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:29:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eliza Marques di Primio.pdf: 1694142 bytes, checksum: 431b2dfc0ca5ca9c2aa311391e7dfddf (MD5) Previous issue date: 2012-03-23 / Este estudo teve como objetivo avaliar a presença de estafilococos coagulase positiva, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Klebsiella spp e Pseudomonas spp em duas linhas de produção de alimentos de um hospital da cidade de Rio Grande RS e determinar o perfil de resistência e sensibilidade das cepas isoladas a antibióticos de uso comum. A pesquisa foi realizada mediante autorização da direção do referido hospital e aprovação pelo comitê de ética. Foram analisados 23 pontos de amostragem, em 4 repetições, totalizando 92 amostras: 16 de ambientes, 20 de utensílios, 12 de equipamentos, 16 de mãos de manipuladores, 4 de dietas via oral padrão, 8 de fórmulas infantis, 8 de dietas enterais, 4 de mamadeiras e 4 de superfícies de sondas dos pacientes internados. Para as determinações microbiológicas foram adotadas as recomendações propostas por Downes & Ito (2001), e estas realizadas no Laboratório de Análises de Alimentos da Faculdade de Nutrição e no Laboratório Genética de Micro-organismos do Instituto de Biologia, ambos pertencentes à Universidade Federal de Pelotas - RS. Os testes de resistência/sensibilidade aos antibióticos foram realizados de acordo com protocolo proposto pelo National Committee for Clinical Laboratory Standards (NCCLS, 2003) e Clinical end Laboratory Standards Institute (CLSI, 2011). Entre as 92 amostras analisadas, estafilococos coagulase positiva (ECP) foram enumerados em 44 (47,8%) e bacilos gram negativos em ágar MacConkey em 60 (65,2%) amostras. Em 45 (48,9%) amostras foi possível isolar Klebsiella spp e em 6 (11,5%) Escherichia coli. Não foram isoladas Listeria monocytogenes e enumeradas Pseudomonas spp nas amostras analisadas. Os antimicrobianos de menor eficiência para ECP foram oxacilina e penicilina-G e para Klebsiella spp ampicilina e cefalotina. Cabe ressaltar que foram encontradas cepas multirresistentes de ECP, Klebsiella spp e E.coli, as quais variaram a resistência de 2 até 8 antibióticos de uso comum. Do total de cepas isoladas, 37,4% apresentaram multirresistência, 32,1% mostraram-se resistentes a 1 dos antibióticos avaliados e 30,5% foram sensíveis a todos os antimicrobianos avaliados.