Distillers dried grains with solubles (DDGS) is a byproduct of distillation. Its increased availability has led to research into overcoming the nutritional limitations of its high non-starch polysaccharide (NSP) content for use in monogastric animal feed. The purpose of this study was to examine the effects of two factors (the inclusion of DDGS and/or inclusion of a carbohydrase mixture) on the richness and abundance of swine gastrointestinal bacteria. The carbohydrase mixture was expected to aid digestion, leading to increased nutritional availability for the host while simultaneously shifting dominant communities within the gut microbiome. Ileal cannulated pigs (n = 8, BW = 64.3 +/-0.5 kg) were allotted to 4 dietary treatments in a replicated 4 x 4 Latin square design. Treatments resulted in changes to bacterial richness, and diets containing DDGS increased the 16S rDNA abundance of members of Bacteroides (P < 0.0001), Ruminococcus (P < 0.0001), the Clostridium coccoides group (P <0.0001), and the Clostridium leptum subgroup (P = 0.005). Significant interactions between diet and carbohydrases were determined for total bacteria in the ileal digesta (P = 0.01) and feces (P = 0.02), Bacteroides (P = 0.003), and the Clostrdium leptum subgroup (P = 0.03). The DDGS diet with the inclusion of the carbohydrases was able to maintain, or increase the abundance of fiber degrading bacteria while theoretically increasing nutrition for the host. / Master of Science in Life Sciences

La enfermedad celíaca (EC) es una enteropatía de carácter autoinmune en la que intervienen factores genéticos y ambientales. Es la enfermedad crónica intestinal más frecuente, y aunque puede presentarse a cualquier edad y con una gran variedad de síntomas, los casos típicos suelen manifestarse durante la infancia y cursar con síntomas gastrointestinales. En individuos genéticamente susceptibles a desarrollar la enfermedad la ingesta del gluten de la dieta causa una inflamación crónica en el intestino delgado que conduce a pérdidas en la integridad y la función de la mucosa intestinal. Los cambios histológicos que se generan en la mucosa de los enfermos celíacos pueden provocar la atrofia de las microvellosidades intestinales lo que conlleva malabsorción de nutrientes y manifestaciones intestinales y/o extraintestinales. El único tratamiento que existe para los celíacos es una dieta estricta exenta de gluten durante toda la vida. El mantenimiento de esta recomendación dietética es complejo debido a la presencia de gluten en la mayoría de los alimentos elaborados, de modo que los pacientes siguen expuestos al gluten y algunos continúan teniendo sintomatología, principalmente gastrointestinal, y mayores riesgos de salud. Como consecuencia se han abierto diversas líneas de investigación con el fin de desarrollar terapias complementarias y/o alternativas a la dieta sin gluten. Además del gluten y las características genéticas de los individuos, en el desarrollo de la EC intervienen otros factores como el tipo de lactancia o la incidencia de infecciones durante la infancia. Estos factores que pueden influir en la microbiota intestinal y en el desarrollo del sistema inmunitario. En los últimos años se ha demostrado que los pacientes celíacos presentan alteraciones en su microbiota intestinal en comparación con sujetos sanos. El objetivo de esta tesis ha sido avanzar en la caracterización de las alteraciones de la composición de la microbiota intestinal asociadas de forma primaria o secundaria a la EC, y establecer la posible función de los grupos microbianos relevantes en la patogénesis de la enfermedad. El estudio de las funciones de componentes específicos de la microbiota en la patogénesis y el riesgo de sufrir la enfermedad podrían permitir el posterior desarrollo de estrategias de intervención nutricional basadas en probióticos y/o prebióticos para mejorar el estado de salud de estos pacientes o reducir el riesgo de padecer la enfermedad. En el primer capítulo (estudios 1 y 2) se analizaron las poblaciones bacterianas fecales y duodenales de niños con EC y se compararon con las de controles mediante la utilización de la técnica de electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE). Mediante el uso de esta técnica se detectaron cambios en la diversidad y composición de las poblaciones bacterianas entre los grupos de individuos en estudiados. El siguiente capítulo se basó en la caracterización de algunos de los grupos bacterianos relevantes en la EC, bien por las diferencias detectadas a nivel cuantitativo respecto a controles o bien por su posible acción como patógenos oportunistas, mediante el uso de técnicas dependientes de cultivo. Se aislaron representantes de las poblaciones fecales de enterobacterias, estafilococos y bacteroides de individuos celíacos y controles y se identificaron a nivel de especie. Las especies dominantes se caracterizaron con el fin de determinar la presencia/ausencia de factores de virulencia. En estos estudios (estudios 3, 4 y 5) se observó que los individuos celíacos mostraban una mayor abundancia de las especies Escherichia coli, Staphylococcus epidermidis y Bacteroides fragilis que los controles, y en general estas especies presentaban mayor cantidad de genes que codifican factores de virulencia que los clones aislados del grupo control. Además se aislaron e identificaron bacterias cultivables asociadas a la mucosa duodenal de pacientes celíacos y controles con el fin de establecer posibles diferencias. En este estudio (estudios 6) se observó que los pacientes con EC presentaban una menor abundancia de miembros de la familia Streptococcaceae y una mayor abundancia de miembros de las familias Enterobacteriaceae y Staphylococcaceae, y en particular de Klebsiella oxytoca, S. epidermidis y Staphylococcus pasteuri. El último capítulo (estudio 7) se planteó con el fin de caracterizar el proceso de colonización intestinal de especies de Bacteroides en recién nacidos con riesgo de desarrollar la EC y determinar su relación con factores ambientales y genéticos. Para ello se monitorizó por DGGE las poblaciones de bacteroides de recién nacidos sanos con riesgo genético a desarrollar la EC. Los resultados determinaron que el genotipo de los recién nacidos sanos puede influir en los patrones de colonización de las poblaciones de Bacteroides y por lo tanto en el riesgo a desarrollar la enfermedad. / Sánchez Sánchez, E. (2013). Caracterización molecular de la microbiota de individuos celíacos [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/32059

Tesis por compendio / [EN] Celiac disease (CD) is a chronic enteropathy triggered by cereal gluten proteins in genetically predisposed individuals. The etiology is strongly associated with the genes of the human leukocyte antigen (HLA) encoding the DQ2/DQ8 molecules. Most CD patients carry this genotype but this is also present in the 40% of the general population and only a small percentage develops the disease. Thus, the HLA-DQ genotype is necessary but not solely responsible for the disease development. Gluten is the main environmental trigger but its intake neither fully explains the onset nor its clinical manifestations. Other environmental factors (e.g. early feeding practices, infections, intestinal microbiota) have been associated with the risk of developing CD. The only treatment for CD patients is the adherence to a gluten free diet (GFD), but the compliance with this dietary strategy is complicated because gluten is present in many foods. Therefore, the identification of modifiable environmental factors that contribute to CD onset is critical for the development of strategies to reduce its incidence. Observational studies in CD patients revealed imbalances in the intestinal microbiota which could contribute to the pathogenesis of the disease. It has been proposed that these imbalances are not only a secondary consequence of the disease but could also be a predisposing factor. To understand whether gut microbiota imbalances play a role in CD onset and pathogenesis, in vitro, animal and human prospective and intervention studies have been conducted in the context of the present PhD Thesis. The global aim of this Thesis has been to improve the understanding of the role played by intestinal microbiota in the pathogenesis and risk of CD, and the possibilities of contributing to disease prevention and treatment by modulating gut microbiota composition. Chapter 1 includes two in vitro studies investigating the influence of components of the gut microbiota (bifidobacteria and enterobacteria) on the maturation and functions of immunocompetent cells (dendritic cells), and on gluten toxicity in the intestinal epithelium (Caco-2 cells). We have observed that some Bifidobacterium strains are able to reduce the activation of dendritic cells and ameliorate the toxicity of gluten on intestinal epithelial cells. In Chapter 2 the effects of the administration of Bifidobacterium longum CECT 7347 was evaluated in an in vivo model of gluten induced enteropathy in newborn rats, resulting in a reduced proinflammatory cytokine production in the small intestine and CD4+T cell numbers in peripheral blood. Chapter 3 includes two observational studies in humans to unravel whether breast-feeding and human milk composition and/or the host genotype (HLA-DQ) are related to the microbiota, thereby influencing the later development of CD. We concluded that both factors may contribute to the early intestinal colonization of the infant's gut, influencing the Bifidobacterium spp. numbers. Human milk composition also varies in CD and non-CD mothers, modifying the supply of bifidobacteria and protective immune factors to the offspring. Finally, in Chapter 4 we have studied the potential beneficial effects of the administration of B. longum CECT 7347 in addition to the GFD to children with newly diagnosed CD. This study demonstrates that the bifidobacteria slightly reduces serum inflammatory markers and restored the gut microbiota composition. / [ES] La enfermedad celíaca (EC) es una enteropatía crónica de carácter autoinmune que sufren individuos genéticamente predispuestos tras la ingesta de gluten. La etiología está asociada con los genes del sistema "Antígeno Leucocitario Humano" (HLA) que codifican las moléculas DQ2/DQ8. Los pacientes con EC presentan este genotipo, sin embargo este también está presente en ¿40% de la población general y sólo un pequeño porcentaje desarrolla la enfermedad. Por lo tanto, el genotipo HLA-DQ resulta necesario pero no suficiente para que se desarrolle la enfermedad. El gluten es el principal desencadenante pero su ingesta tampoco explica su desarrollo ni sus manifestaciones clínicas. Otros factores ambientales (p.e. la lactancia, infecciones, microbiota intestinal) se han asociado con el riesgo de desarrollar la EC. El único tratamiento para los pacientes celíacos es el seguimiento de una dieta exenta de gluten (DEG), sin embargo su cumplimiento es complicado debido a que el gluten está presente en la mayoría de los alimentos procesados. Por ello, la identificación de factores ambientales modificables que contribuyan al desarrollo de la enfermedad, resulta fundamental para desarrollar estrategias que permitan reducir su incidencia. Estudios observacionales realizados en pacientes con la EC, han demostrado la existencia de desequilibrios en su microbiota intestinal, que podrían contribuir a la patogénesis de la enfermedad. Se ha propuesto que estos desequilibrios no son sólo una consecuencia secundaria de la EC, sino que podrían ser un factor predisponente. Para entender si la microbiota está implicada en el desarrollo y patogénesis de la EC, en la presente Tesis se han desarrollado estudios in vitro, con animales y estudios prospectivos y de intervención en humanos. El objetivo de esta Tesis ha sido avanzar en el conocimiento de la función que la microbiota intestinal desempeña en la patogénesis de la EC, así como, acerca de las posibilidades de tratar o prevenir esta enfermedad mediante la modulación de la composición de la microbiota intestinal. El Capítulo 1 incluye dos estudios in vitro en los que se ha estudiado la influencia de componentes de la microbiota intestinal (bifidobacterias y enterobacterias) en la maduración y las funciones de células inmunocompetentes (células dendríticas), y en la toxicidad del gluten en el epitelio intestinal (células Caco-2). Hemos observado que algunas cepas de Bifidobacterium son capaces de reducir la activación de las células dendríticas y de reducir la toxicidad del gluten sobre el epitelio intestinal. En Capítulo 2 incluye el estudio de los efectos de la administración de B. longum CECT 7347 en un modelo de enteropatía inducida por gluten en ratas recién nacidas, observándose una reducción de citoquinas proinflamatorias en el intestino y de células T CD4+ en sangre periférica. El Capítulo 3 incluye dos estudios observaciones en humanos en los que se ha investigado si la lactancia y composición de la leche materna y/o el genotipo (HLA-DQ) están relacionados con la microbiota y, si así, podrían influir en el desarrollo de la EC. Concluimos que ambos factores contribuyen a la colonización intestinal del niño en los primeros meses de vida, afectando especialmente al número de Bifidobacterium spp. La composición de la leche maternal varía entre madres celíacas y sanas, lo que podría modificar el aporte de bifidobacterias y factores inmunológicos protectores al lactante. Por último, en el Capítulo 4 incluye el estudio del potencial efecto beneficioso de la administración de B. longum CECT 7347 junto con la DEG en niños recién diagnosticados de EC. Este estudio demuestra que la bifidobacteria ligeramente reduce los marcadores inflamatorios en sangre periférica y contribuye a restablecer la composición de la microbiota intestinal. / [CA] La malaltia celíaca (MC) és una enteropatia crònica provocada per les proteines del gluten de cereals en individus predisposats genèticament. L'etiologia està fortament associat amb els gens de l'antigen leucocitari humà (HLA). Pacients amb MC porten aquest genotip però també està present en aproximadament el 40% de la població general i només un petit percentatge (1-3%) es desenvolupa la malaltia. Per tant, HLA-DQ genotip és necessària, però no l'únic responsable. El gluten és el principal desencadenant ambiental però la seva ingesta no explica completament l'inici ni les seves manifestacions clíniques. Altres factors ambientals, com la microbiota intestinal, s'han associat amb el risc de desenvolupar CD. Els estudis observacionals en pacients amb MC van revelar desequilibris en la microbiota intestinal que podria contribuir a la patogènesi de la malaltia. S'ha proposat que aquests desequilibris no només són una conseqüència secundària de la malaltia, però també podria ser un factor predisponent. Per entendre si els desequilibris microbiota intestinal podrien tenir un paper en l'aparició de CD, un estudi prospectiu amb el nen en risc la família està en marxa. L'únic tractament per als pacients amb EC és l'adherència a una dieta lliure de gluten, però el seu compliment és complicada a causa del gluten està present en molts aliments. La identificació de factors ambientals modificables que contribueixen a l'aparició de CD és fonamental per a les estratègies de desenvolupament que porten a una reducció de la incidència. Aquest pot ser el cas per als components de la microbiota intestinal, l'adquisició podria ser modulada per factors ambientals i dietètics. L'objectiu global de la tesi és desentranyar els coneixements actuals sobre el paper exercit per la microbiota intestinal en la patogènesi de l'EC, i les possibilitats de contribuir a la prevenció i tractament de la malaltia mitjançant la modulació de la composició de la microbiota intestinal En el Capítol 1 hem estudiat l'ús de models in vitro de la influència de la microbiota intestinal durant la maduració i funcions del sistema immunològic (cèl·lules dendrítiques), i les interaccions entre el gluten i intestinal intestí i la resposta de l'epiteli intestinal resultant d'aquesta interacció. Hem observat que alguns ceps de Bifidobacterium són capaços de reduir l'activació del sistema immune i millorar la resposta nociva de l'epiteli intestinal a l'estimulació amb gluten. En el Capítol 2 hem estudiat els efectes de l'administració d'una soca de Bifidobacterium (B. longum CECT 7347) per a un model animal de rates nounades. El tractament amb els bacteris es va associar amb una reducció en la producció de citocines proinflamatòries i la resposta immune de cèl·lules T CD4 +. En el Capítol 3 es va descriure que alguns genètic (HLA-DQ genotip) i factors ambientals (llet materna) influeixen en la colonització intestinal primerenca, especialment en Bifidobacterium spp., que poden influir en l'aparició de CD més tard. Finalment, en el Capítol 4 s'ha estudiat l'efecte probiòtic de l'administració de B. longum CECT 7347 en nens acabats diagnosticats d'EC i el seu paper en el restabliment de la salut intestinal. / Olivares Sevilla, M. (2015). Influence of intestinal microbiota in celiac disease pathogenesis and risk [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/58768 / Premios Extraordinarios de tesis doctorales / Compendio

Irritable Bowel Syndrome (IBS) is a gut-brain-axis disorder with a prevalence of 5.8% in Canada and 3.8% globally. Despite evidence suggesting complex interactions among neural, immune, and epithelial cells, influenced by factors such as diet, microbiota, and stress, the pathophysiology of IBS remains incompletely understood. Key knowledge gaps include the irregular nature of symptoms and the specific bacterial taxa responsible for symptom generation. Therefore, this thesis aims to perform an integrated analysis of a longitudinal study to investigate the relationship between IBS symptom dynamics, gut microbiota composition, and metabolite profiles, to determine whether temporal changes in microbiota predict or drive IBS symptoms. Clustering analysis identified distinct patterns in symptom occurrence and progression, categorizing samples into clusters that captured changes in both gut and mood symptoms, and distinguishing between symptom flares and remission. Subjects with constipation-predominant IBS exhibited consistently higher levels of symptoms while diarrhea-predominant IBS subjects showed varying symptom levels among abnormal stool weeks and normal stool weeks. Examining parallel changes in symptom scores and microbiota beta diversity over time, we found a significant correlation between the two in only 25% of IBS subjects in our cohort. This suggests a potential link between microbiota composition and symptom variability in specific subsets of patients, highlighting the heterogeneity in the microbiota-symptom relationship. Integrated microbiota-metabolite analysis revealed signatures linked to IBS subtypes, with bacteria such as Lachnoclostridium and Olsenella ,and metabolites like chenodeoxycholic acid among others identified as key nodes in network analysis. In conclusion, this study offers comprehensive insights into the episodic nature and heterogeneity of IBS, revealing dynamic symptom patterns and persistent burdens across subtypes. The findings highlight the complex relationship between microbiota composition changes and symptom variation, as well as the microbiota-metabolite axis in IBS patients. / Thesis / Doctor of Philosophy (Medical Science)

Background: Chronic rhinosinusitis (CRS) is a heterogeneous disease characterized by persistent sinonasal inflammation and sinus microbiome dysbiosis. The basis of this heterogeneity is poorly understood. We sought to address the hypothesis that a limited number of compositionally distinct pathogenic bacterial microbiota exist in CRS patients and invoke discrete immune responses and clinical phenotypes in CRS patients. Results: Sinus brushings from patients with CRS (n = 59) and healthy individuals (n = 10) collected during endoscopic sinus surgery were analyzed using 16S rRNA gene sequencing, predicted metagenomics, and RNA profiling of the mucosal immune response. We show that CRS patients cluster into distinct sub-groups (DSI-III), each defined by specific pattern of bacterial co-colonization (permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA); p = 0.001, r(2) = 0.318). Each sub-group was typically dominated by a pathogenic family: Streptococcaceae (DSI), Pseudomonadaceae (DSII), Corynebacteriaceae [DSIII(a)], or Staphylococcaceae [DSIII(b)]. Each pathogenic microbiota was predicted to be functionally distinct (PERMANOVA; p = 0.005, r(2) = 0.217) and encode uniquely enriched gene pathways including ansamycin biosynthesis (DSI), tryptophan metabolism (DSII), two-component response [DSIII(b)], and the PPAR-gamma signaling pathway [DSIII(a)]. Each is also associated with significantly distinct host immune responses; DSI, II, and III(b) invoked a variety of pro-inflammatory, T(H)1 responses, while DSIII(a), which exhibited significantly increased incidence of nasal polyps (Fisher's exact; p = 0.034, relative risk = 2.16), primarily induced IL-5 expression (Kruskal Wallis; q = 0.045). Conclusions: A large proportion of CRS patient heterogeneity may be explained by the composition of their sinus bacterial microbiota and related host immune response-features which may inform strategies for tailored therapy in this patient population.

As células dendriticas (DC) da lamina própria constituem um grupo heterogêneo de células essenciais na homeostase do intestino. Nos últimos anos, estudos vem mostrando participação do complexo mTORC2 na regulação de células da imunidade inata. Desta forma, usando animais deficientes em mTORC2 nas DCs nos investigamos o papel deste complexo sob a funcoes das DCs num modelo de colite ulcerativa. Observamos que a ausência de mTORC2 nas DCs diminui a inflamação intestinal e prejudica a migração dessas células para os linfonodos. Consequentemente, estes animais também apresentam redução no numero de linfócitos Th17, Treg e T CD8&#43IFNg&#43. Estes resultados parecem ser independentes da composição da microbiota intestinal. In vitro, células dendriticas derivadas da medula ossea (BMDCs) deficientes em mTORC2 não mostraram deficiência na regulação positiva de CD80 e MHC-II quando estimuladas, mas mostraram menor produção de TNF-a e IL-6. Estas células também apresentaram menor capacidade na diferenciação de Th17. Nossos resultados indicam que mTORC2 participa na regulação das funções das DCs, especialmente na migração e produção de citocinas pos estímulos lnflamatorios. / Dendritic cells from lamina propria encompass a heterogeneous group of cells which play a key role in intestinal homeostasis. In the past few years, it has been shown the participation of mTORC2 in regulating innate immune cells. In our study, we used mTORC- deficient DCs to investigate the role of this complex in DCs functions in ulcerative colitis model. Absence of mTORC2 in DCs reduces the intestinal inflammation, impairs DCs migration which in turn decreases the number of Th17, Tregs and CD8&#43IFNg&#43 T cells. These results seem to be independent of gut microbiota composition. Our in vitro results showed that bone marrow-derived DCs (BMDCs) deficient in mTORC2 can upregulate CD80 and MHC-II after stimulus but present decreased production of TNF-a and IL-6. Those cells also showed deficiency in Th17 differentiation. Our results suggest that mTORC2 play pivotal role in DCs functions highlighting migration and cytokine production.

A microbiota intestinal (MI) é formada por milhões de microrganismos presentes no trato gastrointestinal, especialmente no cólon. Recentemente, estudos tem sugerido que o treinamento físico aeróbio pode modificar a composição desta MI, por exemplo, aumentando a abundância de bactérias comensais, as quais positivamente influenciam o organismo do hospedeiro. Entretanto, algumas lacunas existem: estudos foram realizados majoritariamente em animais e estes apresentaram associação com outros modelos de dietas e doenças; em humanos, estudos observacionais não apontaram causalidade do treinamento físico e os poucos estudos com intervenção possuíam influência de outras variáveis, as quais estiveram associadas com tais mudanças. Assim, dificulta isolar e compreender o efeito do treinamento físico sobre a MI humana. Portanto, a partir de um delineamento controlado, o objetivo desse estudo foi investigar o efeito do treinamento físico aeróbio realizado em intensidade moderada sobre a composição da microbiota intestinal em humanos. Para isso, foram recrutados homens sedentários, entre 18 a 40 anos, universitários, com padrões alimentares semelhantes, não obesos e com ausência de quaisquer doenças, os quais foram randomizados em grupo controle (GC) e grupo treino (GT). Todos passaram pelas seguintes coletas: aplicação de questionários, coleta de sangue e fezes, avaliação da composição corporal e teste de esforço progressivo máximo, no pré- e pós-intervenção. Os voluntários do GT foram treinados em bicicletas ergométricas por 10 semanas (3x/semana; 50 minutos/dia; 60-65% VO2pico). A análise dos dados referentes à microbiota intestinal foram processados pelo software QIIME 2.0, as análises estatísticas foram realizadas pelo QIIME 2.0 e visualizadas no site do QIIME (https://view.qiime2.org/). Outras análises estatísticas foram realizadas no programa SPSS versão 25 por meio de análise de variância com medidas repetidas, utilizando \"grupo\" e \"tempo\" como fatores ou pelo teste Kruskal-Wallis. O nível de significância foi p<0,05. Após 10 semanas de intervenção houve aumento significante da capacidade aeróbia nos voluntários treinados, a qual promoveu aumento significante da família Lachnospiraceae e das espécies Roseburia sp. e Bacteroides ovatus. Em contrapartida houve redução do gênero Faecalibacterium e das espécies Lachnospira sp e Bilophila sp. Não foram detectadas diferenças nos índices de \'alfa\' e \'beta\' diversidade. Após o treinamento físico, o GT apresentou maior abundância de bactérias comensais em comparação ao GC, tais como, Faecalibacterium, Roseburia, Lachnospira e Akkermansia, enquanto que o GC apresentou aumento de bactérias ligadas à obesidade. A \'alfa\' diversidade, bem como, a abundância relativa da família Lachnospiraceae e do gênero Akkermansia se mostraram positivamente associados ao VO2pico. Deste modo, conclui-se que 10 semanas de treinamento físico foi eficiente em modificar a composição da MI em homens sedentários e minizar possíveis interferências negativas do comportamento sedentário / Gut microbiota (GM) is composed by million of microrganisms present in the gastrointestinal tract, especially in the distal gut. Recently, studies have suggested that aerobic training can modify the GM composition, for instance by increasing the commensal bacteria abundance, which positively influence the host organism. Nevertheless, some gaps exist: studies were conducted mostly in animal models in association with other design of diets and diseases; in humans, cross-sectional studies did not point to causality of training, and the few intervention studies were influenced by other variables, which have been associated with such changes. So, it is difficult to isolate and understand the aerobic training effect on the human GM. Therefore, from a controlled design, the objective of this study was to investigate the effect of aerobic training at moderate intensity on the human GM composition. For this, healthy and sedentary men, between 18 to 40 years old, university students, with similar diet habits and non-obese were recruited, and then were randomized in control group (CG) and training group (TG). The volunteers went through the following sample collections: questionnaires, blood and faeces samples, body composition and maximum progressive test, at pre and post intervention. TG volunteers were trained on stationary bicycles for 10 weeks (3x/week, 50 minutes/day, 60-65% VO2peak). The microbial data were conducted in QIIME 2.0 and statistical analyses were performed in QIIME 2.0 and visualized by QIIME view. Whereas other data was conducted in SPSS software version 25 by repeated measures of variance analysis with \"group\" and \"time\" as factors or Kruskal-Wallis test. The level of significance was p<0.05. After 10 weeks of intervention, there was a significant increasing in aerobic capacity in TG, which promoted a significant increasing in the relative abundance of Lachnospiraceae family and Roseburia sp. and Bacteroides ovatus species. In contrast, there was a reduction of the Faecalibacterium genus and Lachnospira sp. and Bilophila sp. species. No differences were detected in \'alfa\' and \'beta\' diversity. At post-intervention, TG showed a greater abundance of commensal bacteria, such as Faecalibacterium, Roseburia, Lachnospira and Akkermansia in comparison with CG, while CG presented an increase of bacteria related to obesity. The \'alfa\' diversity as well as the relative abundance of the Lachnospiraceae family and Akkermansia genus were positively associated with VO2peak. Thus, it was concluded that 10 weeks of aerobic training was efficient in modifying the GM composition in sedentary men and in minimizing possible negative interferences of the sedentary behavior

Introdução: A Síndrome do Intestino Curto (SIC) é definida como um conjunto de sinais e sintomas conseqüentes de alterações nutricionais e metabólicas secundária a insuficiência intestinal funcional e/ou orgânica, como nos casos de grandes ressecções do intestino delgado. Ressecções intestinais eliminam sítios de colonização, alteram a área de absorção e, o uso freqüente de antibióticos devido a infecções recorrentes, presença de alimentos não digeridos no cólon, trânsito acelerado e diarréia, nestes mesmos pacientes, podem contribuir para a alteração da microbiota intestinal. Objetivo: Caracterizar a microbiota intestinal de pacientes portadores da Síndrome do Intestino Curto atendidos na Unidade Metabólica e do HCFMRP/USP. Casuística e Métodos: Foram recrutados os pacientes portadores de síndrome do intestino curto atendidos na Unidade Metabólica do HCFMRP/USP (uso de terapia nutricional parenteral). Para o grupo controle foram recrutados indivíduos sadios e eutróficos da comunidade e pareados segundo sexo e idade. Foram avaliadas amostras de fezes e exames bioquímicos, estes últimos foram somente dos pacientes. A avaliação do consumo alimentar foi feita por meio do inquérito Diário Alimenta e a avaliação do estado nutricional a partir de medidas antropométricas. Para detecção de cepas patogênicas foram realizados cultivos e testes bioquímicos específicos em meio aeróbio para determinação de espécies da família Enterobacteriaceae. Em cada cepa de E. coli isolada foram aplicados anti-soros para determinação de possível patogenicidade. Metodologia molecular também foi utilizada para determinação do perfil da microbiota intestinal bacteriana: sequenciamento de bibliotecas de DNAr 16S e PCR para detecção de genes característicos de cepas patogênicas de E. coli. Resultados: Verificou-se a presença de subnutrição protéico-calórica no grupo Paciente mesmo com terapia nutricional para recuperação deste estado nutricional. Quanto a microbiota, observou-se maior diversidade de Gram negativas, porém menor quantidade por grama de fezes da família Enterobacteriaceae em pacientes com SIC. Porém a análise molecular mostrou a manutenção na proporção de espécies bacterianas, equivalente a microbiota intestinal saudável. Conclusão: Apesar da subnutrição, retirada maciça do intestino delgado, uso freqüente de antibióticos, depressão do sistema imune, presença de alimentos não digeridos no trato gastrintestinal e transito intestinal acelerado, a relação e proporção entre as espécies bacterianas intestinais permanecem similares à normalidade. / Introduction The short bowel syndrome (SBS) is defined as a set of signs and symptoms resulting from nutritional and metabolic changes after major small bowel resections. Intestinal resections eliminate colonization sites and alter the absorption area. Besides, the frequent use of antibiotics due to recurrent infections, the presence of undigested food remaining in the intestinal tract, rapid transit and diarrhea in these same patients may contribute to the change of intestinal microbiota. Objective: To characterize the intestinal microbiota of patients with short bowel syndrome treated at the Metabolic Unit and HCFMRP / USP. Materials and Methods: We recruited all the patients with short bowel syndrome treated at the Metabolic Unit of HCFMRP / USP (use of parenteral nutrition therapy). The control group was composed by healthy individuals matched by age and sex. Samples of feces and biochemical tests from the patient group were evaluated. The control group had no biochemical tests, only feces samples to be analysed. The nutritional status was evaluated through anthropometric measurements and the assessment of food intake through food diary survey. The pathogenic strains from Enterobacteriaceae were detected by cultivation and specific biochemical tests in aerobic environment. In each strain of isolated E. coli antisera were applied for determination of pathogenicity. PCR analysis was also used to determine the profile of intestinal bacterial microbiota: sequencing libraries of 16S rDNA and PCR for detection of genes characteristic of pathogenic strains of E. coli. Results: Although receiving periodic parenteral nutrition the Patient group had protein-calorie malnutrition. In regards to the microbiota there was greater diversity, but lower concentration of the family Enterobacteriaceae in patients with SBS. However, the molecular analysis showed the a proportion of bacterial species equivalent to the intestinal flora from the control group. Conclusion: Although the protein-calorie malnutrition, massive resection of the small intestine, frequent use of antibiotics, immune system depression, presence of undigested food in the gastrointestinal tract and rapid intestinal transit rate, the ratio and the proportion of the intestinal bacterial species remain similar to normal.

Atualmente muitas espécies nativas de pássaros são consideradas raras no Brasil, pois são capturadas de forma indiscriminada por traficantes de animais e são então comercializadas, fazendo com que sejam encontradas cada vez mais em menor quantidade em seus habitats naturais. Animais confiscados do tráfico têm sido submetidos a programas de soltura ou relocação, atentando-se para que os mesmos não representem risco à população nativa. Passeriformes silvestres, saudáveis ou doentes, podem carrear uma grande diversidade de microorganismos e, portanto, o conhecimento sobre o status sanitário de animais apreendidos do tráfico que serão submetidos a programas de soltura, permite uma avaliação quanto à possibilidade destes animais atuarem como portadores de agentes patogênicos bem como atua como elemento esclarecedor da epidemiologia de doenças transmissíveis, aspecto fundamental para a preservação da saúde animal e também humana. O presente estudo procurou avaliar a ocorrência e frequência de bactérias aeróbias e anaeróbias facultativas bem como de fungos em suabes obtidos de cloacas de passeriformes silvestres apreendidos do tráfico e que serão submetidos a programas de soltura. Foram realizados testes de suscetibilidade in vitro dos isolados de E. coli frente a diferentes antimicrobianos utilizando-se o método de disco difusão, bem como a pesquisa de diversos genes codificadores de fatores de virulência nos mesmos através reação em cadeia da polimerase. A maior parte dos passeriformes (62,5%) avaliados apresentou uma microbiota cloacal constituída por bactérias aeróbias e/ou anaeróbias facultativas e/ou fungos, sendo que os microorganismos mais frequentemente isolados foram Staphylococcus spp. (15,0%), Micrococcus spp. (11,5%), Escherichia coli (10,7%) e Klebsiella spp. (10,7%). Observou-se uma maior ocorrência de bactérias Gram positivas seguidas por bactérias Gram negativas e fungos. A frequência de bactérias Gram negativas (28,4% do total de amostras coletadas) foi bastante representativa. Foram isolados 14 gêneros de bactérias, 03 gêneros de leveduras e 04 de fungos filamentosos. As 27 estirpes de E.coli isoladas apresentaram multirresistência aos antimicrobianos, sendo que ampiclina e amoxicilina+ácido clavulânico foram os antimicrobianos frente os quais observou-se maior índice de resistência (100%) por parte dos isolados, enquanto que cloranfenicol foi o antimicrobiano frente o qual observou-se maior índice de sensibilidade (100%). Somente um dos isolados de E.coli foi positivo para presença do gene codificador de fímbria S (sfa), podendo ser compatível com perfil de E. coli patogênica aviária (APEC) ou E. coli uropatogênica (UPEC). Nenhum dos isolados apresentou características condizentes com E.coli enteropatogênica (EPEC). Considerando-se a reduzida ocorrência dos genes codificadores de fatores de virulência estudados pode-se concluir que os passeriformes apreendidos do tráfico representam baixo risco potencial no tocante à transmissão de estirpes de EPECs, APECs e UPECs para outros animais ou mesmo para o ser humano. Por outro lado deve-se considerar o risco potencial de transmissão intra ou interespécies de E. coli multirresistentes aos antimicrobianos bem como a introdução destes micro-organismos no ambiente. Os riscos de disseminação de Salmonella spp., Cryptococcus spp e Candida spp. são pouco prováveis quando considerados programas de soltura. / Currently, many native bird species are considered rare in Brazil, once they are indiscriminately captured by animal traffickers and then are sold, which makes them increasingly found in smaller quantities in their natural habitats. Confiscated animals have been submitted to relocation programs attempting to ensure that they do not pose a risk to the native population. Wild passerines, healthy or sick, may carry a wide variety of microorganisms and therefore, knowledge on health status of confiscated animals which will be relocated, allows an assessment as to whether these animals act as carriers of pathogens to native populations as well as clarifies the epidemiology of diseases, which is fundamental to the preservation of animal and human health. This study aimed to investigate the occurrence and frequency of aerobic and facultative anaerobic bacteria and fungi in cloacal swabs of wild confiscated passerines which will be submitted to relocation programs. In vitro susceptibility testing of E. coli strains to differet antimicrobials as well as an investigation of the presence of virulence genes in these isolates using the polymerase chain reaction were performed. Most of the animals investigated (62.5%) presented a cloacal microbiota composed by aerobic and/or facultative anaerobic bacteria and/or fungi. The microorganisms most frequently isolated were: Staphylococcus spp. (15.0%), Micrococcus spp. (11.5%), Escherichia coli (10.7%) and Klebsiella spp. (10.7%). The frequencies of isolations of Gram positives bacteria were higher (P <0.05) than those of Gram negatives and also higher (P <0.05) than fungi. The frequencies of isolations of Gram negatives bacteria (28.4% from the total of samples) were very representative. Fourteen genera of bacteria, 03 genera of yeasts and 04 of filamentous fungi were isolated. The occurrence of multidrug resistance was observed for 100% of the E. coli isolates. All ,E. coli strains were resistant to ampicillin and amoxicillin plus clavulanic acid and were sensitive to chloramphenicol. One E.coli isolate was positive for the presence of the gene encoding S fimbriae (sfa), may be a strain profile compatible with UPEC or APEC. None of the E. coli isolates resembled EPEC. Considering the reduced occurrence of genes encoding virulence factors it was concluded that confiscated passerines represent low potential risk regarding the transmission of EPECs, APECs or UPECs strains to other animals or even humans. Furthermore, the potential risk of intra or interspecies transmission of E. coli multiresistant to antimicrobials must be considered as well as the introduction of these micro-organisms in the environment. The risks regarding dissemination of Salmonella spp., Cryptococcus spp and Candida spp. are unlikely when relocation programs are considered.

Os médicos veterinários que trabalham com répteis frequentemente são indagados pelos proprietários sobre os tipos de doenças que estes animais podem transmitir, bem como sobre as medidas profiláticas que devem ser implementadas para prevenir a transmissão de doenças. Desta forma, o conhecimento sobre os patógenos que estes animais albergam passa a ser importante para orientação dos proprietários quanto aos cuidados adequados que devem ser adotados com estes animais. Os microrganismos que compõem a microbiota podem se tornar patogênicos para seus hospedeiros quando os mesmos encontram-se debilitados, bem como a eliminação contínua destes microrganismos (pelas fezes, por exemplo) por répteis aparentemente saudáveis ou mesmo doentes, pode representar um importante problema para pessoas que tenham contato com eles. Crianças, idosos e indivíduos imunossuprimidos ou imunocomprometidos são bastante suscetíveis às infecções após manipulação de répteis criados como pet. Considerando-se que os répteis participam de forma crescente do mercado de animais criados como pet, suas características microbiológicas devem ser pesquisadas, visando evitar que eles adoeçam ou venham a óbito devido à ocorrência de doenças infecciosas e não transmitam zoonoses para aqueles que os manipulam. Este trabalho teve como objetivos o estudo da microbiota bacteriana e fúngica presente na cloaca de jabutis (Geochelone carbonária) criados em domicílio e análise do potencial risco a saúde humana. Foram realizados exames microbiológicos de swabs de cloaca de 100 jabutis-piranga visando a pesquisa de bactérias aeróbias, anaeróbias facultativas e fungos filamentosos e leveduras. Foram isolados 18 gêneros de bactérias, 06 gêneros de leveduras e 03 gêneros de fungos filamentosos. Os gêneros de microrganismos isolados com maior freqüência foram: Escherichia sp. (67%), Klebsiella spp. (54%), Bacillus spp. (42%), Candida spp. (42%), Citrobacter spp. (33%), Staphylococcus spp. (29%), Corynebacterium spp. (15%) e Aeromonas spp. (15%), dentre outros com menor freqüência. A freqüência de isolamentos de E. coli (67%) foi semelhante à de Klebsiella spp. (54%) e maior (P<0,05) do que as frequências de isolamentos de todos os outros microrganismos. Todos os microrganismos isolados podem representar risco para a saúde humana, devendo-se atentar para os cuidados com répteis criados como animais pet, particularmente quanto aos aspectos de higiene relacionados aos mesmos, visando assim a prevenção destes riscos. / Veterinarians who work with reptiles are frequently asked by owners about diseases that these animals can transmit, as well about the preventative measures that should be taken to prevent the transmission of diseases. Therefore, knowledge about pathogens that inhabit these animals and represent a potential zoonotic risk are very important in order to allow veterinarians to give proper recommendations about husbandry and preventative methods. Children, elderly people, and imunocompromised individuals are increasingly susceptible to infections after reptile pet manipulation. The microorganisms which form the microbiota can become pathogenic for their host if the host is debilitated. Transmission of these microorganisms from healthy or sick reptiles can be hazardous for people that have contact with them. Considering that reptiles are increasing obtained as pet, their microbiota should be investigated in order to prevent transmission of disease to people who manipulate them. The purposes of this paper were to evaluate the bacterial and fungal microbiota in the companion tortoise (Geochelone carbonaria) and to analyze the potential public health risk. One hundred samples of feaces from cloaca were obtained from jabutis-piranga and microbiological examinations were made for the presence of aerobic and facultative anaerobic bacteria, filamentous fungi and yeasts. Eighteen genus of bacteria, six genus of yeasts, and three genus of fungi were identified. The most frequently isolated genus were: Escherichia sp. (67%), Klebsiella spp. (54%), Bacillus spp. (42%), Candida spp. (42%), Citrobacter spp. (33%), Staphylococcus spp. (29%), Corynebacterium spp. (15%) and Aeromonas spp. (15%). The number of isolated E. coli (67%) was similar to that of Klebsiella sp. (54%), and was greater than (P<0.05) the total number of other species isolated. All isolated microorganisms present a public health risk. Therefore, care should be taken when obtaining these reptiles as pets, especially with regards to husbandry and proper hygiene in order to prevent the risk of contamination with the microbiota.