Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-15T20:31:31Z No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:37:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:53:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:53:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) Previous issue date: 2011-11-17 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.)S.A. Mori, is a native forest species from rain forest mainly used for timberspecificallyfor producing mainstays, poles and fenceposts andalso ship factories. The species components are fungicide and antimicrobial and antioxidant chemicals. This work evaluated diversity and genetic structure of natural populations of E. coriacea, using ninemicrosatellite loci developedthrough an enriched genomic library. Of the 96 positive clones sequenced, 81 contained repetitive sequences, of which 49 (65%) were appropriate for design of primers in the flanking regions and 24 sequences were selected for primer pair design using the Software Primer 3. Twelve microsatellite primersamplifiedand were polymorphic, being nine used to estimategenetic parameters of six populations of matamatá-amarelo as follows: Highway BR-429, Rondônia-RO (n=31), Federal University of AmazonasState(UFAM) -Manaus-AM (n=36), Adolpho Ducke Reserve, Manaus-AM (n=32), Experimental Farm of the Federal University of AmazonasState(UFAM), Coari-AM (n=33), Santa Helena Farm and Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) and Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). There is a great genetic variability for the genotypes of E. coriacea, with mean of 16,2 allelesper loci andtotal diversity(HT) equal to0,77. Nine loci presented 14 common alleles and 30 intemediate-frequency alleles, 102allelesscattered among population, being 41 private, 47 sporadical and 14 spread out. The observed estimates ofheterozygosity (HO) were smaller than 0,5 for most loci,varying from 0,07 (Ec15) to 0,75 (Ec36). The expected estimates of heterozyigosity(HE) varied from 0,13 (Ec15) to 0,92 (Ec24). The values of HOwere smaller than the values of HEin most loci, except lociEc37 in Rondôniapopulation. Differences between HOand HEfor most loci indicate deficiency of heterozygote. The Fischer test showed that 85,2% of loci do not join the HWEthe populations. The coefficients of inbreeding(f) varied between populations, being largerinDuckeReserve (0,53) andsmaller inUFAM (0,29), with mean of0,4, showing inbreeding in populations. The number of alleles for all loci was larger for the Maués population (105) and smaller in Rondônia (54). The high index for diversity estimated byHEe HOwere similar to most populations, varying between 0,33/0,44 (HO/HE) and 0,46/0,83 (HO/HE), being the HOsmaller in Rondônia population and larger in UFAM and Parintins andHEsmaller in theRondôniapopulation and larger forMaués. The AMOVA xix detected 87,5% of total variation inside populations and 12,5%. Genetic differentiation was detected (FST) between populations of Parintins and Maués (0,018),followed by UFAM andDucke Reserve (0,030), certainly dueto the high gene flow(Nm=13,4; 8,1, respectively). This relation was confirmed by dendrogram of genetic distances of NEI (1978), which shows two groups, one formed by formed by UFAM/Reserva Ducke and Parintins/Maués populations, followed by Rondônia andCoari, asdetected bythe STRUCTURE Program.The Mantel test showed relation between geographic and geneticdistance, showing distance isolation. The results indicate that nine microsatellite loci were efficient in evaluating geneticdiversity in six populations ofE. coriacea, showing that most genetic variation is found inside populations and the mild genetic structure was found between populations, being explained by distance isolation, possibly associate to mating patterns and population demography. / O matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.) S.A. Morié uma espécie florestal nativa da região tropical, utilizada principalmente na indústria madeireira para a fabricação de postes, mourões e esteios, além de ser utilizado em construções navais. A espécie apresenta constituintes com atividades farmacológicas antifúngicas e anti microbianas e compostos químicos que podem atuar como agentes antioxidantes. Este trabalho avaliou a diversidade e estrutura genética de populações naturais de E. coriacea, usando nove locos microssatélites desenvolvidos por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. Dos 96 clones positivos sequenciados, 81 apresentaram sequências repetidas, dos quais 49 (65%) foram apropriadas para o desenho dos primers nas regiões flanqueadas, e 24 sequencias foram selecionadas para os desenhos dospares de primers usando o Programa Oligo Explorer.Doze primers microssatélites amplificaram e foram polimórficos, dos quais nove foram usados para estimar os parâmetros genéticos de seis populações de matamatá-amarelo sendo: ao longo daRodovia BR-429, Rondônia-RO (n=31), Fragmento Florestal da Universidade Federal do Amazonas (UFAM) -Manaus-AM (n=36), Reserva Adolpho Ducke, Manaus-AM (n=32), Fazenda Experimental da UFAM, Coari-AM (n=33), Fazenda Santa Helena e Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) e Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). Existe alta variabilidade genética para os genótipos de E. coriacea, com média de 16,2 alelos por locos e diversidade total (HT) igual a 0,77. Os nove locos apresentaram 14 alelos comuns e 30 alelos intermediários, 102 alelos raros, sendo 41 privados, 47 esporádicos e 14 difundidos.As estimativas de heterozigosidade observadas (HO) foram menores que 0,5 para maioria dos locos, variando de 0,07 (Ec15) a 0,75 (Ec36). As heterozigosidades esperadas (HE) variaram de 0,13 (Ec15) a0,92 (Ec24). Os valores de HOforam inferiores aos valores de HEna maioria dos locos, com exceção doslocos Ec37 na população de Rondônia. Diferenças claras entre HOe HEpara maioria dos locos indicam deficiências de heterozigotos. O teste exato de Fisher revelou que 85,2% dos locos não aderem o EHW no conjunto de populações. Os coeficientes de endogamia (f) variaram entre populações, sendo maior na Reserva Ducke (0,53) e menor na UFAM (0,29), com média de 0,4, evidenciando endogamia nas populações. O número de alelos para todos os locos foi maior nas populações de Maués (105) e menor em Rondônia (54). Os altos índices de diversidade estimados pelasHEe HOforam semelhantes para a maioria das populações, variando entre 0,33/0,44 (HO/HE) a 0,46/0,83 (HO/HE), sendo a HOxvii menor na população de Rondônia e maiores na UFAM e Parintins e HEmenor para a população de Rondônia e o maior para Maués. A AMOVA detectou 87,5 % do total da variação dentro das populações e 12,5%. Detectou-se baixa diferenciação genética (FST) entre as populações Parintins e Maués (0,018), seguida da UFAM e Reserva Ducke (0,030), certamente devido ao alto fluxo gênico (Nm=13,4; 8,1, respctivamente). Este relacionamento foi confirmado pelo dendrograma de distância genética deNEI (1978), o qual evidencia dois grupos, um formado pelas populações de UFAM/Reserva Ducke e Parintins/Maués, e o segundo por Rondônia e Coari, assim como detectado peloPrograma STRUCTURE. Oteste de Mantel revelou relação entre distância geográfica e distância genética, indicando isolamento por distância. Os resultados indicam que os nove locos microssatélites foram eficientes em avaliar a diversidade genética nas seis populações de E. coriacea, mostrando que a maior parte da variação genética é encontrada dentro das populações e que a moderada estrutura genética encontrada entre, pode ser explicada pelo isolamento por distância, possivelmente associada aos padrões de reprodução e demografia da população.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-09-21T11:48:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly de Jesus Silva Maciel - 2016.pdf: 1521695 bytes, checksum: 28aafaf4cfd6bc606b92436f700782bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-21T13:51:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly de Jesus Silva Maciel - 2016.pdf: 1521695 bytes, checksum: 28aafaf4cfd6bc606b92436f700782bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T13:51:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly de Jesus Silva Maciel - 2016.pdf: 1521695 bytes, checksum: 28aafaf4cfd6bc606b92436f700782bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-09-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The success of the Brazilian forestry is due largely to the excellent adaptability of the Eucalyptus genus to our climate and soil conditions. The recent expansion of eucalypts to the North and Midwest regions of Brazil presents challenges such as the need for clones adapted to drought, high temperatures and nutrient deficient soils of Cerrado. Three clonal trials were installed in different regions of Goiás State to evaluate the adaptability and growth of 113 elite clones of Eucalyptus spp. The objective of this study was to estimate the genetic diversity and divergence among 90 of the clones used in three clonal trials installed in different regions of Goiás State. The clones were genotyped with nine microsatellite loci organized into four "multiplex" systems for PCR. The amplified fragments were separated on the ABI–3100 platform (Applied Biosystems). The genotyping was performed using the GeneMapper software (Applied Biosystems). Genetic diversity parameters were estimated using the GDA and Fstat programs. The parameters number of alleles (A), expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho), intrapopulation fixation index (f) and allelic richness were estimated for each microsatellite locus. The results showed that all loci used in this study were highly polymorphic, with an average of 16.78 alleles per locus. The EMBRA28 and EMBRA3 loci showed the highest number of alleles (24 and 22). In general, for most markers, the observed heterozygosity had similar estimates when compared to the expected heterozigosity under Hardy-Weinberg Equilibrium. As a result, the fixation index (f) did not differ significantly from zero. Analyses of genetic structure of the clones was performed using the software Structure (version 2.3.4), with K values ranging from 1 to 10, with 10 interactions each. Results indicated presence of three distinct genetic groups (K = 3). However, there was no clear relationship between the populations obtained and the different species of Eucalyptus used in the study. This result can be explained by the clone sample is originated from breeding programs where crosses may have admixed populations, disrupting some genetic structures. Most importantly, the molecular analyses indicate extraordinary genetic diversity within the clonal trials installed in Goiás. This genetic diversity can be exploited for breeding new genetic material adapted to the Cerrado conditions. / O sucesso do setor florestal brasileiro deve-se em grande parte à excelente adaptabilidade do gênero Eucalyptus ao nosso clima e condições do solo. A recente expansão do eucalipto para as regiões norte e central do Brasil requer pesquisas para que os clones se adaptem à seca, elevadas temperaturas e escassez de nutrientes nos solos do Cerrado. O objetivo deste estudo foi estimar a diversidade e divergência genética entre 90 dos clones utilizados em uma rede de testes clonais no estado de Goiás. Os clones foram genotipados com nove locos microssatélites organizados em quatro sistemas “multiplex” para PCR. Os fragmentos amplificados foram separados na plataforma ABI-3100 (Applied Biosystems). A genotipagem foi realizada utilizando o programa GeneMapper (Applied Biosystems). Os parâmetros de diversidade genética foram estimados usando os programas GDA e Fstat. Os parâmetros número de alelos (A), heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade observada (Ho), índice de fixação intrapopulacional (f) e riqueza alélica foram estimados para cada loco microssatélite. Os resultados mostraram que todos os locos utilizados neste estudo foram altamente polimórficos, com média de 16,78 alelos por loco. A genotipagem dos locos EMBRA28 e EMBRA3 mostrou o maior número de alelos (24 e 22). De maneira geral, para a maioria dos locos estudados, a heterozigosidade observada apresentou estimativas semelhantes à heterozigosidade esperada dentro das condições do Equilíbrio de Hardy-Weimberg. Como resultado, o índice de fixação (f) não diferiu significativamente de zero. A análise da estrutura genética dos clones foi realizada utilizando o programa Structure (versão 2.3.4), com valores de K variando de 1 a 10, com 10 iterações cada. Os resultados indicaram a presença de três grupos genéticos distintos (K = 3). Entretanto, não foi observada uma clara relação entre as populações obtidas e as diferentes espécies de Eucalyptus utilizadas no estudo. Esse resultado pode ser explicado pelo fato da amostra de clone ser originada de programas de melhoramento, onde os cruzamentos recombinam o material genético das populações, desfazendo algumas estruturas genéticas. De forma mais importante, as análises moleculares indicaram grande diversidade genética dentre os clones que estão sendo avaliados em Goiás. Esta diversidade genética pode ser explorada em um programa de melhoramento para obtenção de novos materiais genéticos adaptados às condições do Cerrado.

Este trabalho tem como objetivo a determinação da freqüência alélica de 12 microssatélites do cromossomo Y na população de Araraquara e da Grande São Paulo, tendo em vista a necessidade de ampliação dos dados referentes a estes marcadores devido a sua crescente aplicação em diferentes áreas, entre elas a forense na qual a utilização destes microssatélites torna-se muitas vezes a única ferramenta disponível para resolução de casos. Para isto foram tipados 200 indivíduos, que não apresentavam relação de parentesco, divididos em quatro grupos de acordo com autoclassificação de cor (branco, preto, pardo ou oriental). Foram coletadas destes indivíduos amostras de sangue ou saliva a partir das quais foi feita extração do DNA utilizando diferentes protocolos de acordo com o tipo de amostra, seguida da amplificação dos 12 locos do cromossomo Y através do PowerPlex® Y System (Promega) de acordo com instruções do fabricante. Os produtos da amplificação foram submetidos a eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante a 6%, no seqüenciador ABI377 (Applied Biosystems) para obtenção dos perfis de cada loco. Os quais foram analisados com a utilização do software GeneScan ver. 2.1 (Applied Biosystems). Foi realizado o cálculo das freqüências alélicas e diversidade gênica de cada loco, assim como da diversidade haplotípica e capacidade de discriminação para cada grupo e para a amostra total. A comparação entre os resultados obtidos demonstrou que a variação dentro de cada grupo é maior que a variação entre os grupos. Os resultados obtidos foram enviados ao banco de dados mundial do cromossomo Y (Y-STR Haplotype Reference Database). / The aim of this study is to determine the allelic frequency of 12 microsatellites of the Y chromosome in Grande São Paulo and Araraquara population, in face of the amplification necessity of these markers data due to the increasing application of these markers on different fields, including the forensic on which the use of them is sometimes the only way to solve crime cases. For this purpose it was typed 200 unrelated individuals divided according to self report in four groups based on color skin (white, black, mulatto or yellow). Blood or buccal swab samples were collected and submitted to DNA extraction with different protocols according to the kind of sample. Subsequent amplification of 12 Y-STR was proceeded using the PowerPlex® Y System (Promega) following the manufacture’s protocol. The amplification products were submitted to electrophoresis in 6% polyacrilamid gel on ABI377 sequencer (Applied Biosystems) to obtain the profile of each locus. The results were analyzed with GeneScan ver. 2.1 software (Applied Biosystems). The allelic frequency and gene diversity of each locus as well as the haplotypic diversity and discrimination capacity was calculated for each group and for total sample. The comparison among the results showed that the variation inside the groups is higher than between groups. The haplotypes observed on this sample were sent to Y-STR Haplotype Reference Database.

Anadenanthera é um gênero botânico pertencente à família Mimosaceae e endêmico da América Latina e Caribe. Compreende duas espécies arbóreas tropicais: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (angico, angico vermelho, angico branco, curupay) e Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo ou cohoba). As duas espécies são de ocorrência frequente na paisagem da região de Ribeirão Preto, apresentando-se em aglomerados quase monoespecíficos popularmente conhecidos como angicais. Visando contribuir para futuras medidas conservacionistas, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, o sistema de reprodução, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico contemporâneo de A. colubrina e A. peregrina em angicais da Região de Ribeirão Preto SP usando como ferramenta de análise um conjunto de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Para isso, foram construídas duas bibliotecas enriquecidas para microssatélites usando a espécie A. colubrina que resultaram em 20 marcadores SSR testados para a espécie e subsequentemente transferidos para A. peregrina. Desses 20 marcadores, 14 foram polimórficos em cada uma das espécies. Através dessa ferramenta molecular, foi possível realizar os estudos de diversidade genética, endogamia e distribuição genética espacial em A. colubrina e A. peregrina na região de Ribeirão Preto, que acusaram de uma maneira geral, muitas semelhanças entre as duas espécies, bem como entre os angicais de uma mesma espécie. A diferença mais marcante encontrada entre elas foi com relação a estrutura genética espacial, pois todos os angicais de A. colubrina apresentaram forte estruturação, enquanto que os de A. peregrina demonstraram ter uma dispersão aleatória dos indivíduos. O sistema reprodutivo e o fluxo de pólen nas duas espécies foi acessado usando sete marcadores moleculares microssatélites. Para essas análises foram genotipados indivíduos juvenis e adultos (totalizando 352 de A. colubrina e 355 de A. peregrina) presentes nos angicais Acol/PB, Aper/SP255 e Aper/Faz. Através das análises constatou-se que ambas as espécies tem sistema de acasalamento misto, embora A. colubrina tenha apresentado uma proporção maior de autofecundação (tm Acol = 0,619; tm Aper= 0,905). Também foram encontrados elevados índices de cruzamento entre parentes (tm-ts Acol = 0,159; tm-ts Aper = 0,216) e parentesco (coancestria), o que resultou num baixo tamanho efetivo populacional para ambas as espécies. As estimativas das taxas de cruzamentos multilocos individuais apresentaram grande variação nas duas espécies, mostrando a flexibilidade do sistema reprodutivo no gênero Anadenanthera. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,10 em A. colubrina e 1,24 em A. peregrina) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (2,61 em A. colubrina e 3,35 em A. peregrina), usando a estimativa indireta de correlação de paternidade. Análises de paternidade revelaram distâncias de dispersão de pólen em duas escalas para ambas as espécies. Dessa forma, ocorreram muitos cruzamentos locais, entre árvores próximas no mesmo angical, mas também foram encontradas grandes distâncias de dispersão de pólen. A média da distância de dispersão em A. colubrina foi de 299,88 m e de 214,369 m em A. peregrina. Alto fluxo de pólen oriundo de árvores externas aos angicais de ambas as espécies foi detectado, indicando que os grupos não são isolados reprodutivamente. Por outro lado, o fluxo gênico crítico foi também muito elevado nas estimativas, provavelmente devido ao baixo poder de exclusão que os locos apresentaram dentro dos angicias de ambas as espécies. / Anadenanthera is a genus of Mimosaceae that is endemic to Latin America and the West Indies and comprises two tropical tree species: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (popularly known as angico, angico vermelho, angico branco or curupay) and Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo or cohoba). Both species are commonly found in the Ribeirão Preto region, usually as nearly monospecific agglomerates known as angicais. To aid future conservationist measures, this work investigated the genetic diversity, gene flow, spatial genetic structure and contemporary mating system of A. colubrina and A. peregrina in the angicais of Ribeirão Preto Region SP by analyzing a sample of simple sequence repeat markers (SSR). Two microsatellites libraries were created from A. colubrina, providing 20 SSR markers that were tested for that species and later applied to A. peregrina. Fourteen out of the 20 markers were polymorphic between the species, allowing an examination of the genetic diversity, endogamy and spatial genetic structure in A. colubrina and A. peregrina in the Ribeirão Preto region, which revealed several similarities between the two species, as well as among the angicais of a single species. The most remarkable difference between the species was related to the spatial genetic structure, as all angicais of A. colubrina presented strong structuration, whereas those of A. peregrina exhibited an aleatory dispersion of individuals. The mating system and pollen flow in both species were analyzed through seven SSR. Adults and juveniles from the angicais Acol/PB, Aper/SP255 and Aper/Faz were genotyped for those analyses (352 specimens of A. colubrina and 355 of A. peregrina), revealing that both species undergo a mixed mating system, although A. colubrina presented a higher percentage of self-mating (tm Acol = 0.619; tm Aper= 0.905). High indices of mating among relatives (tm-ts Acol = 0.159; tm-ts Aper = 0.216) and coancestry were also found, resulting in a low effective population size for both species. A wide range in the estimate of the mutilocus breeding rate was found for both species, reflecting the plasticity of the mating system in the genus Anadenanthera. The effective number of pollen donors was very low for a single fruit (1.10 in A. colubrina and 1.24 in A. peregrina) and higher between fruits from the same tree (2.61 in A. colubrina and 3.35 in A. peregrina), using an indirect estimate of the paternity correlation. Paternity analyses revealed the distance of pollen dispersion on two different scales: many local outcrossings (between close trees from the same angical) in addition to long-distance pollen dispersion. The average dispersion distance was 299.88 m in A. colubrina and 214.369 m in A. peregrina. A high pollen flux from trees outside the angicais of both species was observed, indicating a lack of reproductive isolation. However, the gene flow was also very high, likely due to the low power of exclusion presented by loci from both species inside the angicais.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-17T13:43:36Z No. of bitstreams: 1 flaviarangeldesouza.pdf: 928380 bytes, checksum: cf3367ab259e0a080c36f809b17947c3 (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: on 2017-08-24T11:26:44Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-24T15:17:40Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-30T14:31:44Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:31:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-02-21 / O capim-elefante (Cenchrus purpureus) é uma gramínea perene utilizada na alimentação bovina, principalmente na bovinocultura de leite. Atualmente, devido a sua alta produção de biomassa, o capim-elefante tem sido utilizado como insumo energético na produção de energia térmica (combustão direta, carvão vegetal e resíduos), energia mecânica (álcool combustível e bio-óleos) e energia elétrica (pela combustão, gaseificação e queima de gases). A forma de propagação do capimelefante é preferencialmente vegetativa, através de estacas, e a espécie é conhecida por produzir sementes de baixa germinação, o que dificulta a expansão em grandes áreas. Dessa forma, torna-se necessário avançar no conhecimento a respeito da biologia reprodutiva e gerar conhecimento para auxiliar a seleção de genótipos superiores nos programas de melhoramento do capim-elefante. O objetivo deste trabalho foi estimar a taxa de cruzamento do capim-elefante a fim de entender o comportamento reprodutivo na espécie. Para este estudo, 18 indivíduos pertencentes ao Programa de Melhoramento de Capim-Elefante da Embrapa Gado de Leite foram selecionados, e sementes foram coletadas. 20 mudas descendentes de uma mesma planta foram escolhidas, tendo uma população final de 378 indivíduos. Foi inicialmente extraído o DNA de todos os indivíduos, e as regiões de interesse foram amplificadas por PCR. Testes foram realizados com dezenove marcadores microssatélites, e seis obtiveram sucesso na amplificação e na presença de bandas polimórficas. Foi gerado um dendrograma com os parentais para identificar relações de parentesco entre os indivíduos amostrados, que mostrou uma baixa similaridade, sendo a maioria dos parentais com índices menores do que 0,75. Além disso, a AMOVA revelou que 86% da variabilidade da população está presente dentro das progênies, resultado que está de acordo com espécies predominantemente alógamas. A alogamia foi confirmada com resultados da estimativa da taxa de cruzamento: a taxa multilocus, de 0,957; a taxa unilocus, de 0,900; a taxa de autofecundação, de 0,043, além de apresentar coeficiente de endogamia de -0,200 e correlação de paternidade de 0,045, demonstrando que há maior presença de heterose e que são poucos os indivíduos que são irmãos completos. Os resultados apresentados são importantes para o entendimento do tipo de cruzamento presente na espécie e auxiliarão na definição de novas estratégias nos programas de melhoramento. / The Napier grass (Cenchrus purpureum) is a perennial grass used as forage crop mainly in dairy cattle. Nowadays, the Napier grass has been used as energy feedstock, due to high biomass yield, producing thermal energy (direct combustion, charcoal and residues), mechanical energy (biofuels and bio-oils) and electrical energy (through gas combustion, gasification and burn). C. purpureum is, preferably, a vegetative propagation species, that reproduces through stems. Its seeds have low quality, making difficult its expansion in extensive areas. Thus, it is necessary to extend the knowledge about the reproductive biology and selection of superior genotypes in Napier grass breeding programs. The aim of this study was to estimate the outcrossing rate of Napier grass in order to understand the reproductive behavior of this species. For that, 378 individuals were selected and divided in 18 parental and its progenies groups. DNA was extracted from all individuals and selected microsatellite regions were amplified by PCR. A total of 19 microsatellite markers were tested and six were successful in the amplification of polymorphic DNA bands. A dendrogram was generated with parental individuals to identify the relationship among them and a low similarity (<0.75) was found. AMOVA revealed 86% of variability within progenies which correlates with species predominantly alogamic. The allogamy was confirmed through analysis of outcrossing rate: the multilocus rate (0.957), unilocus rate, (0.900), selfing rate (0.043), inbreeding coefficient (-0.200), and correlation of paternity (0.045). These results indicate that heterosis is present and few individuals share the same parental origin. These findings are important to understand the outcrossing rate in this species and may help to define new strategies in breeding programs.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Aeglidae are Decapoda crustaceans endemic from the neotropical region of South America. They are the only anomuran family entirely restricted to freshwater, occurring mainly in streams. Requirement for well conserved habitat has restricted the populations to springs, as an effect of the constant degradation of continental aquatic ecosystems. In the central region of Rio Grande do Sul state, the species Aegla longirostri, besides suffering the effects of habitat fragmentation, is subjected to a mountainous geographic barrier, which has been separating the basins of River Guaíba and River Uruguay for about 11 my. Microsatellite loci are molecular markers with high levels of heterozigosity which have been widely used in population genetics studies. Microsatellite markers previously isolated from A. longirostri genome were characterized and the levels of heterozigosity and allelic diversity were calculated for each locus. A total of seven polymorphic microsatellite loci were used to verify genetic variability among four different populations from central region of Rio Grande do Sul state concerned the two basins described above. Results show a great genetic differentiation among all populations and not only between populations isolated by the geographic barrier. Factors as lack of larval stage and low dispersion capacity are possibly contributing to such differentiation level. Anthropic actions, resulting in alteration of aquatic environments, can also be a more recent factor contributing to the genetic diversity among the populations studied, since aeglids are very strict in relation to the water quality. / Os aeglídeos são crustáceos decápodos endêmicos da região Neotropical da América do Sul. São os únicos anomuros de água doce, habitantes principalmente de cursos d água. A exigência por um habitat conservado tem restringido as populações de Aegla às nascentes, como efeito da constante degradação ambiental dos ecossistemas aquáticos continentais. Na região central do estado do Rio Grande do Sul destacamos a ocorrência de populações de Aegla longirostri, que além dos efeitos de fragmentação de habitat, estão expostas a uma barreira geográfica de formação montanhosa, que há cerca de 11 milhões de anos separa as bacias dos Rios Uruguai e Guaíba. Locos de microssatélites são marcadores que apresentam altos níveis de heterozigosidade e têm sido amplamente utilizados em estudos de genética de populações. Marcadores microssatélites previamente isolados do genoma de A. longirostri foram caracterizados determinando-se os níveis de heterozigosidade e a diversidade alélica para cada loco. Dos oito locos de microssatélites analisados, sete se mostraram polimórficos e foram empregados em indivíduos de quatro diferentes populações da região central do estado do Rio Grande do Sul para analisar a variabilidade genética entre as populações de A. longirostri em ambas as bacias. Os resultados mostram uma grande diferenciação genética entre todas as populações e não somente entre as populações isoladas pela barreira geográfica. Possivelmente, fatores como ausência de fase larval durante o desenvolvimento destes crustáceos, aliada a uma baixa capacidade de dispersão, podem estar contribuindo para esta diferenciação. A ação antrópica, resultando em degradação do ambiente aquático, também pode ser um fator recente a contribuir para a diferenciação genética entre as populações estudadas, visto que os aeglídeos são bem exigentes em relação à qualidade da água onde vivem.

Orientadora: Profa. Dra. Cibele Biondo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Evolução e Diversidade, São Bernardo do Campo, 2018. / A queixada (Tayassu pecari) é uma espécie considerada vulnerável globalmente e criticamente ameaçada em áreas de Mata Atlântica, devido à pressão de caça e fragmentação de habitat. A fragmentação de habitat devido a atividades antrópicas pode acarretar em estruturação genética das populações, além perda de diversidade genética e aumento de endogamia, o que pode contribuir para o processo de extinção local. O presente estudo teve como objetivo estimar o status genético da população de queixadas da região do Pontal do Paranapanema, na Mata Atlântica de SP. Essa região foi altamente fragmentada por atividades antrópicas e, no momento da realização da amostragem para este trabalho, a espécie se encontrava em apenas três dos fragmentos remanescentes (Parque Estadual do Morro do Diabo ¿ PEMD, Fazenda Ponte Branca ¿ FPB e Fazenda Santa Mônica ¿ FSM). Atualmente, é considerada extinta na região. Foram analisadas 47 amostras de sangue, coletadas entre os anos de 1999 e 2005, que foram genotipadas para 11 locos de microssatélites. Observou-se uma estruturação genética das três localidades amostradas em duas subpopulações. Duas das três localidades foram agrupadas em uma única subpopulação (PEMD e FPB) e houve diferenciação genética significativa apenas entre duas delas (PEMD e FSM). Os índices de diversidade genética foram similares para as três localidades e não foram encontradas evidências significativas de endogamia. Esses resultados podem ser explicados de duas formas: 1) existência de fluxo gênico, mesmo que baixo, entre as localidades amostradas (principalmente entre PEMD e FPB); 2) diferenciação recente das subpopulações. Conforme esperado para populações fragmentadas, houve evidências de gargalo populacional recente nas três localidades. Os resultados aqui obtidos podem ser indicativos do papel da paisagem antropizada na estruturação de populações de queixadas mesmo em pequena escala, já que o mesmo não tem sido registrado para regiões mais conservadas. Desta forma, estas evidências podem servir de direcionamento para planos de manejos e ações conservacionistas para outras populações de queixadas que se encontram em condições semelhantes a esta, visando diminuir as chances de extinção local em outras regiões. / The white-lipped peccary (Tayassu pecari) is considered vulnerable throughout its distribution and it is critically endangered in the Atlantic Forest, due to hunting pressure and habitat fragmentation. Habitat fragmentation caused by anthropic activities usually lead to population genetic structure, loss of genetic diversity and higher levels of inbreeding, which contributes to local extinctions. In this study, we addressed the genetic status of a white-lipped peccary population from Pontal do Paranapanema region, located in the Atlantic Forest of São Paulo State in Brazil. This area was highly fragmented by anthropic activities and white-lipped peccaries were found only in three remnant fragments (Parque Estadual do Morro do Diabo ¿ PEMD, Fazenda Ponte Branca ¿ FPB e Fazenda Santa Mônica ¿ FSM) when they were sampled for this work. Currently, they are considered extinct in the region. A total of 47 blood samples were collected between 1999 and 2005 and were genotyped for 11 microsatellite loci. We found that the three fragments sampled were structured in two subpopulations, with two of them being grouped into a single subpopulation (PEMD and FPB). We observed significant genetic differentiation only between two fragments (PEMD and FSM). The genetic diversity indices were similar for the three fragments and no indicators of inbreeding were found. These results can be explained in two ways: 1) existence of gene flow, even if low, between fragments (mainly between PEMD and FPB); 2) recent differentiation of the subpopulations. As expected for fragmentated populations, we found evidence of a population bottleneck for all the fragments sampled. These results can be indicative of the role of anthropized landscape in the structuration of white-lipped peccary populations even on a small scale, since it has not been recorded for well conserved regions. These finds can serve to delineate management plans and conservation actions for other white-lipped peccary populations that are in similar conditions, aiming to reduce the chances of local extinction in other regions.

O veado-mão-curta (Mazama nana) é uma espécie de cervídeo que ocupa a região Sul do Brasil, norte da Argentina e leste do Paraguai, tendo sido severamente afetada pela redução drástica das áreas florestadas. Trata-se, também, da espécie de cervídeo neotropical menos estudada pela ciência. Frente a essa situação, o presente projeto propôs-se a entender como essa espécie se distribui em sua área de ocorrência, propôs áreas prioritárias para sua conservação e estimou a densidade de duas populações. Dada a raridade e a alta elusividade da espécie, propôs-se o uso de metodologias indiretas para se atingir o objetivo proposto. Assim, foram usadas metodologias baseadas na coleta de amostras fecais, extração do DNA e posterior análises molecular e genética. Foram coletadas amostras fecais com o auxílio de um cão farejador em unidades de conservação distribuídas ao longo do Sul do Brasil. Após a identificação da espécie por meio da amplificação de um fragmento do citocromo B e corte com enzimas de restrição (PCR/RFLP) e com os dados de localização das amostras, foram feitas modelagens de distribuição com o software Maxent. Foram escolhidas duas unidades de conservação, onde foram realizadas coletas de amostras fecais, baseadas em faixas, para possibilitar a estimativa da densidade de animais nestas populações. Estabeleceu-se a distribuição geográfica potencial de M. nana no Brasil para os Estados do Paraná, Santa Catarina, norte e centro do Rio Grande do Sul, extremo sul de São Paulo e Mato Grosso do Sul. Porção leste do Paraguai e, na Argentina para a província de Missiones. A densidade da espécie para a região norte do Parque Nacional do Iguaçu foi de 1,9 ind/km2 e para o Parque Estadual Vila Rica do Espírito Santo foi de 5,5 ind/km2. A população potencial da espécie foi de 152.991 indivíduos, sendo 15.524 indivíduos a população dentro das áreas protegidas. Sugere-se a manutenção do estado de conservação da espécie como Vulnerável, tanto na lista Brasileira como na lista Internacional de fauna ameaçada de extinção. / The Brazilian dwarf brocket (Mazama nana) is a deer species that occupies the forests of southern Brazil, north of Argentina and east of Paraguay. It has been greatly affected by the drastic reduction of forested areas. It is also the less studied neotropical deer. Considering this situation, this project aimed to shed light on the species distribution along its range, to indicate conservation priority areas and estimate the density of two populations. Given the rarity and high elusiveness of the species, it is proposed the use of indirect methods to achieve this goal. Fecal samples collection based methodologies were used, followed by DNA extraction and subsequent molecular and genetic analysis. Fecal samples were tracked and collected in protected areas spread over south Brazil, with the help of a scat detection dog. After species identification by PCR/RFLP and samples spatialization, species distribution modeling was carried out using Maxent software suit. Two protected areas were chosen for a faecal sampling based on transects, in order to estimate the population density. Potential geographical distribution of M. nana in Brazil was stablished at states of Paraná, Santa Catarina, northern and center Rio Grande do Sul, extreme South of São Paulo and Mato Grosso do Sul. Also at Eastern Paraguay and Missiones province in Argentina. Species density at the northern area of Iguaçu National Park was 1.9 ind/km2 and at the State Park of Vila Rica do Espírito Santo was 5.5 ind/km2. The species potential population was 152,991 individuals, including 15,524 individuals inside protected areas. It is suggested to maintain species conservation status as vulnerable on the Brazilian and on the International red list of threatened species.

Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) tem sido uma das pragas mais importantes da cultura do milho no Paraguai e Brasil. Este trabalho foi realizado para subsidiar programas de manejo de resistência no Paraguai, reconhecendo-se a proximidade das fronteiras agrícolas desse país com Brasil e a alta capacidade de dispersão de S. frugiperda. Para tanto, foram realizados estudos de caracterização da suscetibilidade aos inseticidas lufenuron e flubendiamide e de diversidade genética e o fluxo gênico em populações de S. frugiperda coletadas nas principais regiões produtoras de milho do Paraguai e de dois Estados fronteiriços do Brasil (Mato Grosso do Sul e Paraná). O método de bioensaio para a caracterização das linhas-básica de suscetibilidade foi o de tratamento superficial da dieta artificial com o inseticida. As variações na suscetibilidade a lufenuron e flubendiamide entre as populações de S. frugiperda testadas foram baixas (< 4 vezes), comparando-se as populações das regiões Oriental e Ocidental do Paraguai que apresentam caraterísticas climáticas distintas ou entre as populações do Paraguai e do Brasil. Para o monitoramento da suscetibilidade de populações de S. frugiperda no Paraguai foram definidas as doses diagnósticas, baseada na DL99, de 0,16 &mu;g de lufenuron.cm-2 (equivalente a 10 &mu;g de lufenuron.mL-1 de água) e 2,84 &mu;g de flubendiamide.cm-2 (180 &mu;g de flubendiamide.mL-1 de água). Mediante o uso de 12 loci microssatélites, foram verificadas maior diversidade genética dentro das populações (87,70%) quando comparada entre as populações de cada país (9,91%) e entre países (2,39%). Sendo assim, não foi constatada alta estruturação genética entre as populações de S. frugiperda coletadas no Paraguai e Brasil. As populações do Paraguai mostraram-se mais distintas entre si quando comparadas com as populações do Brasil. Nossos resultados apontam baixa estruturação genética e moderado/alto fluxo gênico entre as localidades de coleta de populações de S. frugiperda e entre as populações do Paraguai e Brasil. Os resultados obtidos na presente pesquisa servirão para a implementação de um programa de manejo da resistência de S. frugiperda a inseticidas no Paraguai, com ênfase na necessidade de ações no âmbito regional considerando os estados fronteiriços do Brasil. / Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) has been one of the most important corn pests in Paraguay and Brazil. This research was conducted to collect information to insect resistance management programs in Paraguay considering the proximity of agricultural borders of this country with Brazil and the high dispersal capacity of S. frugiperda. We conducted studies to characterize the susceptibility to the insecticides lufenuron e flubendiamide and to evaluate the genetic diversity and gene flow among S. frugiperda populations collected from major corn-producing regions in Paraguay and two frontier States of Brazil (Mato Grosso do Sul and Paraná). The bioassay method to characterize the baseline susceptibility was the diet surface treatment with the insecticide. The variation in the susceptibility to lufenuron and flubendiamide among S. frugiperda populations tested was low (< 4-fold) by comparing populations from Estearn and Western regions of Paraguay with distinct climatic conditions or populations from Paraguay and Brazil. For susceptibility monitoring to lufenuron and flubendiamide in S. frugiperda populations in Paraguay, we defined the diagnostic doses based on LD99 of 0.16 &mu;g of lufenuron.cm-2 (equivalent to 10 &mu;g of lufenuron.mL-1 of water) and 2,84 &mu;g of flubendiamide.cm-2 (180 &mu;g of flubendiamide.mL-1 of water). Using 12 microsatellite loci, higher genetic diversity within populations (87.70%) than among populations within each country (9.91%) and between countries (2.39%). Thus, there was no high genetic structure between S. frugiperda populations collected in Paraguay and Brazil. The populations of S. frugiperda from Paraguay were more distinct among themselves when compared with the populations from Brazil. Our results suggest low genetic structure and moderate/high gene flow among different sampling locations of S. frugiperda populations as well as between populations from Paraguay and Brazil. The results obtained in this research will support the implementation of resistance management programs of S. frugiperda to inseticides in Paraguay with focus on the need of plan of actions at regional level considering the border States of Brazil.

A análise filogenética e reconstrução dos caracteres químicos em espécies de Piper indicou clados especializados na produção de ácidos benzoicos/cromenos, amidas e lignóides. Os perfis químicos das espécies foram determinados pela análise dos extratos brutos por RMN de 1H combinados com análise de componente principal (PCA). Destacou-se a ocorrência de lignanas dibenzilbutirolactônicas e furofurânicas no clado Macrostachys, enquanto que para Schilleria foi observado o acúmulo preferencial de fenilpropanóides, lignanas tetraidrofurânicas e benzofurânicas. Espécies de localidades distintas classificadas como Piper solmsianum apresentaram diferentes perfis químicos e características morfológicas. A análise da variabilidade química e genética por PCA e microssatélites, respectivamente, indicou a segregação das populações de acordo com o local de coleta e apontou o potencial para o uso conjunto das técnicas para distinguir os espécimens de P. solmsianum. As sequências dos genes acetiltransferase, propenilfenol sintase e proteína dirigente forneceram as primeiras informações sobre os genes envolvidos na biossíntese de lignanas/fenilpropanoides em P. solmsianum. / The phylogenetic analysis and reconstruction of chemical characters in Piper species distinguished clades specialized in the production of benzoic acids/chromenes, amides and lignoids. The chemical profiles of these species were determined by analysis of crude extracts by 1H NMR combined with principal component analysis (PCA). It is remarkable that lignans of dibenzylbutyrolactone and furofurans type occur in Macrostachys while Schilleria contains dimers of propenylphenols such as tetrahydrofurans lignans and benzofuran neolignans. Piper solmsianum specimens collected from distinct sites showed differences in their morphology and chemical profiles. The assessment of chemical and genetic variability by PCA and microsatellites, respectively, indicated the segregation of populations according to the sampling site and pointed out to the potential use for the combined approaches to distinguish P. solmsianum specimens. The sequences of the genes acetyltransferase, propenylphenol synthase and dirigent protein provided the first information about the genes involved in the biosynthesis of lignans/phenylpropanoids in P. solmsianum.