Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-08T16:37:29Z No. of bitstreams: 1 Laura Leandro da Rocha.pdf: 1419772 bytes, checksum: 81999c16deb201b3630158eccfcb1ddf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-08T16:37:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Laura Leandro da Rocha.pdf: 1419772 bytes, checksum: 81999c16deb201b3630158eccfcb1ddf (MD5) Previous issue date: 2009-11-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The aim of the present study was develop a panel of microsatellites for testing paternity in goats as an aid for conservation and improvement programs for local breeds. A total of 381 animals from 10 goat populations [six local Brazilian ecotypes/breeds (Azul, Canindé, Graúna, Marota, Moxotó and Repartida) and four exotic breeds currently used in Brazil (Alpine, Anglo-Nubian, Boer and Saanen) were genotyped. Nine multiplex systems were performed, totaling 27 microsatellites.Polymorphism information content (PIC), probability of exclusion (PE) of the markers and Hardy- Weinberg (HW) equilibrium were estimated for the populations and the probability of identity was determined. For the system with 27 microsatellites, the combined PE was 0.999991 and 0.999999 (PE1 and PE2) and the 21 microsatellites exhibited PIC > 0.60; four microsatellites were monomorphic in some populations. Significant deviations from HW equilibrium (P< 0.05) were found for the markers; CSSM66 was deviated from HW equilibrium in the greatest number of populations (8). Nine markers were selected to make up the panel, eight of which were common to both groups (local and exotic goats); the BM1818 marker was the most informative in the local populations and the BM6506 marker was the most informative in the exotic populations. Combined PE with the group of eight microsatellites was 0.9943 and 0.9997 (PE1 and PE2). Based on the calculation of the probabilities of exclusion within the populations, it was possible to discriminate one individual from among a million (106). The results indicate the possibility of employing few microsatellites in the investigation of paternity in goats with a satisfactory degree of reliability and minimal cost. / O presente trabalho teve como objetivo desenvolver um painel de microssatélites para teste de paternidade em caprinos como auxílio a programas de conservação e melhoramento das raças locais.Foram genotipados 381 animais de 10 populações caprinas sendo seis raças ou ecotipos locais brasileiros (Azul, Canindé, Graúna, Marota, Moxotó e Repartida) e quatro raças exóticas utilizadas atualmente no Brasil (Alpina, Anglo-Nubiana, Boer e Saanen). Realizou-se nove sistemas multiplex,totalizando 27 microssatélites. Foram estimados o PIC, as probabilidades de exclusão dos marcadores e o equilíbrio de Hardy-Weinberg nas populações e, em seguida, determinada a probabilidade de identidade. Para o sistema de 27 microssatélites a probabilidade de exclusão combinada foi de 0,999991 e 0,999999 (PE1 e PE2) e, 21 microssatélites apresentaram PIC > 0,60, onde quatro apresentaram-se monomórficos em algumas populações. Verificaram-se desvios do equilíbrio de Hardy-Weinberg significativos (P< 0,05) para os marcadores, sendo o CSSM66, o que apresentou maior número de populações (8) com desvio. Para compor o painel foram escolhidos 9 marcadores dos quais oito foram comuns aos dois grupos estudados (caprinos locais e exóticos), sendo o BM1818 mais informativo nas populações locais e, o marcador BM6506 nas populações exóticas. A probabilidade de exclusão combinada com o grupo dos oito microssatélites foi de 0,9943 e 0,9997 (PE1 e PE2). Baseado no cálculo das probabilidades de identidade dentro das populações foi possível discriminar um indivíduo entre um milhão (106). Os resultados indicaram a possibilidade de empregar poucos microssatélites na investigação de paternidade em caprinos, com grau de confiabilidade considerado bom, minimizando custos.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2017-05-16T13:53:09Z No. of bitstreams: 1 Regina Cely Benecio da Silva.pdf: 1919366 bytes, checksum: cdb5728624f53470f1e2dc26e936d882 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-16T13:53:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Regina Cely Benecio da Silva.pdf: 1919366 bytes, checksum: cdb5728624f53470f1e2dc26e936d882 (MD5) Previous issue date: 2007-02-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / A total of 290 sheep of breed Morada Nova (MN), Cariri (Ca),Dorper (D) and Cara Curta (CC) and Barriga Negra (BN) genetic groups of Paraíba State it was investigated to quantify the genetic variability inter and intra-population through protein polymorphisms and microsatelite. The blood samples were collected and the plasm used in the analyses of isoelectric focusing of the albumin (Alb) and transferrin (Tf); the eritrocites to analyse malic enzyme (EM), peptidase-B (Pep-B), fosfogliconato desidrogenase (PGD), diaforase I and II (DIA-I and DIA-II) and hemoglobin (Hb) by conventional eletroforese and the leucocites were used in DNAanalyses. The results showed that 73% of the investigated locos were polimorphic. The albumin (Alb), Peptidase-B (Pep-B) and diaforase-II (DIA-II) loci was monomorphic. The markers investigated in this work was efficient and could be considered very informative for the identification and investigation of paternity of the studied genetic groups. Based on GST values , the EM, Tf, DIA-I and Hb locos had the most contribution in differentiation among the five populations. In despit of many more advanced techniques, the proteins polymorphisms presentes useful information in genetic characterization studies. The dendrogram built starting from the genetic distances with base in the five loci of proteins and three microsatellities structured the five populations, presenting two main clusters: one containing the four native breed and another with the exotic breed. Morada Nova and Cara Curta breed presented the largest genetic similarity. The Barriga Negra and Cariri group in spite of they share the same cluster they meet distant to each others native groups and Dorper breed, suggesting belong to different groups. / Um total de 290 ovinos das raças Morada Nova (MN), Cariri (Ca) e Dorper (D) e dos grupos genéticos Cara Curta (CC) e Barriga Negra (BN), do estado da Paraíba, foi investigado visando quantificar a variabilidade genética inter e intra-populacional, através de polimorfismos de proteínas e microssatélites. As amostras sanguíneas foram coletadas ao acaso e o plasma usado nas análises de focalização isoelétrica da albumina (Alb) e transferrina (Tf); os eritrócitos, para análises da enzima málica (EM), peptidase-B (Pep-B), fosfogliconato desidrogenase (PGD), diaforase I e II (Dia-I e Dia-II) e hemoglobina (Hb) por eletroforese convencional e, os leucócitos foram usados nas análises de DNA. Os resultados obtidos revelaram que 73% dos locos investigados foram polimórficos. Os locos da albumina (Alb), peptidase-B (Pep-B) e diaforase-II (DIA-II) foram monomórficos. O conjunto de marcadores investigados neste trabalho foi eficiente e pode ser considerado muito informativo para a identificação e investigação de paternidade nos estudos de grupos genéticos. Com base nos valores de GST, os locos EM, Tf, DIA-I e Hb, foram os que mais contribuíram nas estimativas de diferenciação entre as cinco populações. Tais resultados mostram que apesar de existir técnicas mais avançadas, os polimorfismos de proteínas continuam apresentando informações úteis nos estudos de caracterização genética. O dendrograma construído a partir das distâncias genéticas com base nos cinco locos de proteínas e três microssatélites estruturou as cinco populações, apresentando dois clusters principais: um agrupando as quatro raças nativas e, o outro, a raça exótica. Dentre as raças nativas, Morada Nova e Cara Curta foram as que apresentaram as maiores similaridades. Os animais Barriga Negra e Cariri apesar de compartilharem o mesmo cluster encontram-se distantes entre si e das demais populações nativas e da raça Dorper, sugerindo pertencer a grupos distintos.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-21T11:32:31Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciano Medina Macedo - 2009.pdf: 2515834 bytes, checksum: e30a9d4d1538ea85e265eedf8a8e2396 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-21T11:32:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciano Medina Macedo - 2009.pdf: 2515834 bytes, checksum: e30a9d4d1538ea85e265eedf8a8e2396 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T11:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Luciano Medina Macedo - 2009.pdf: 2515834 bytes, checksum: e30a9d4d1538ea85e265eedf8a8e2396 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2009-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / In this work a genetic map and QTL mapping were built for growth and wood quality characters in a interspecific hybrids progeny of Eucalyptus. Samples of genomic DNA were isolated from 200 individuals belonging to a interspecific hybrids progeny. A screening of 300 pairs microsatellite loci (SSR) primers was done and from those 76 loci were selected to compose 19 tetraplex combinations, based in presence of valid polimorfism for QTL mapping and in quality of allele’s amplification. Among the 76 loci appraised in multiplex system, 14 presented significant distortion of segregation in χ2 test using "Criterion of Bonferroni" with 5% of significance, and they were excluded of mapping analyses. Using LOD 3 and recombination fraction of 0.40, 12 linkage groups compatible with described in other mapping works in Eucalyptus were identified. An integrated genetic map was obtained with total length of 1240 cM and medium distance among marks of 22 cM, It provides a covering genomic of approximately 75% in relation to genome size of Eucalyptus gender. A part of density appraised by pilodyn apparatus, all others characters showed QTL association through variance analysis (single marks analysis). For growth characters, four loci were associated to seven QTL and 19% for genotypic variation of diameter, 18% for height and 10% for volume these QTL were capable to explain. Among wood quality characters evaluated by NIRS, three QTL were capable to explain 17% of genotypic variance for density, while for yield cellulose, four QTL together were capable to explain 7,5% of this variance. For the characters related with lignin properties also evaluated by NIRS, were identified three QTL capable to explain 9% of genotypic variation for lignin quantity, and two QTL were capable to explain 6% of genotypic variation for siringil/guaiacil relationship. Most of identified QTL for different characters appraised in this work coincided with linkage groups and as well the amount of variance of QTL detected by other authors, which carried out QTL mapping for these same characters. Although comparatively the SAM showed inferior efficiency in relation to fenotypic selection, it can be useful for optimization of futures field experiments into progenies which QTL mapping already was accomplished, where only best genotypes can be stablished in field instead to whole progeny. The application of SAM in forest breeding programs is possible to be used in early selection starting from second breeding generation, using QTL information of crosses mapped in these breeding programs. However, QTL used for SAM should be robust in progenies where they were mapped, like as QTL identified in linkage group 9 for character DAP in this dissertation, that beside consistence datas in progeny DG x GL2, were capable to explain the same amount of variability for QTL mapped by Kirst et al. (2007) (12%), which used different genetic markers and techniques for QTL mapping. These results prove that application of SAM is viable in breeding programs, and apart of peculiarities in each crossing, certain linkage groups are stable among different progenies for a same character. / Neste trabalho foi construído um mapa genético e realizado o mapeamento de QTL para caracteres de crescimento e qualidade da madeira em uma progênie de híbridos interespecíficos de Eucalyptus. Foram isoladas amostras de DNA genômico de 200 indivíduos pertencentes a uma progênie de híbridos interespecíficos. A partir de 300 pares de primers microssatélites (SSR), foram selecionados com base na presença de polimorfismo válido para o mapeamento de QTL e na qualidade de amplificação de seus alelos, 76 locos para compor 19 combinações tetraplex. Dentre os 76 locos avaliados em sistema multiplex, 14 apresentaram distorção de segregação significativa no teste χ2 perante o “Critério de Bonferroni” com nível de significância de 5% e foram excluídos das análises de mapeamento. Utilizando LOD 3 e fração de recombinação de 0,40, foram identificados 12 grupos de ligação compatíveis com os descritos em outros trabalhos de mapeamento em Eucalyptus. Foi obtido um mapa genético integrado com comprimento total de 1240 cM e distância média entre marcas de 22 cM, que proporciona uma cobertura genômica de aproximadamente 75% em relação ao tamanho do genoma deste gênero. Com exceção da densidade avaliada por pilodyn, todos os outros caracteres avaliados apresentaram associação a QTL por análise de variância (análise de marcas simples). Para os caracteres de crescimento, quatro locos estiveram associados a sete QTL, sendo que o montante da variação genotípica que estes QTL foram capazes de explicar foi de 19% para diâmetro, 18% para altura e 10% para volume. Dentre os caracteres de qualidade da madeira avaliados por NIRS, três QTL foram capazes de explicar 17% da variância genotípica para densidade, enquanto para o rendimento de celulose quatro QTL foram capazes de explicar juntos 7,5% desta variância. Para os caracteres relacionados com as propriedades da lignina também avaliados por NIRS, foram identificados três QTL capazes de explicar 9% da variação genotípica do caráter teor de lignina, e dois QTL capazes de explicar 6% da variação genotípica para a relação siringil/guaiacil. A maioria dos QTL identificados para os diferentes caracteres avaliados neste trabalho coincidiram com os grupos de ligação e o montante da variância representada com QTL identificados nos trabalhos de outros autores que realizaram mapeamento de QTL para os mesmos caracteres avaliados. Embora comparativamente a seleção assistida por marcadores moleculares tenha apresentado eficiência inferior em relação à seleção fenotípica, ela pode ser muito útil na otimização de futuros experimentos de campo de progênies para as quais já foi realizado o mapeamento de QTL, onde somente os genótipos com desempenho superior poderão ser avaliados em campo ao invés de toda a progênie. A aplicação de SAM em programas de melhoramento genético florestal é possível para a seleção precoce a partir da segunda geração de melhoramento, sempre que forem utilizadas informações de QTL mapeados nos cruzamentos realizados por estes programas de melhoramento. No entanto, estes QTL que serão utilizados para SAM, devem ser robustos nas progênies onde eles foram mapeados, tal como os QTL identificados nesta dissertação no grupo de ligação 9 para o caráter DAP, que além da consistência dos dados da progênie DG x GL2, foram capaz de explicar o mesmo montante da variabilidade com QTL mapeados para este caráter (12%) por Kirst et al. (2007), que utilizaram diferentes marcadores genéticos e técnicas de mapeamento de QTL. Estes dados comprovam que a aplicação da SAM é viável em programas de melhoramento, e que apesar das peculiaridades únicas de cada cruzamento, determinados grupos de ligação apresentam estabilidade de QTL entre diferente progênies para um mesmo caráter.

Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) tem sido uma das pragas mais importantes da cultura do milho no Paraguai e Brasil. Este trabalho foi realizado para subsidiar programas de manejo de resistência no Paraguai, reconhecendo-se a proximidade das fronteiras agrícolas desse país com Brasil e a alta capacidade de dispersão de S. frugiperda. Para tanto, foram realizados estudos de caracterização da suscetibilidade aos inseticidas lufenuron e flubendiamide e de diversidade genética e o fluxo gênico em populações de S. frugiperda coletadas nas principais regiões produtoras de milho do Paraguai e de dois Estados fronteiriços do Brasil (Mato Grosso do Sul e Paraná). O método de bioensaio para a caracterização das linhas-básica de suscetibilidade foi o de tratamento superficial da dieta artificial com o inseticida. As variações na suscetibilidade a lufenuron e flubendiamide entre as populações de S. frugiperda testadas foram baixas (< 4 vezes), comparando-se as populações das regiões Oriental e Ocidental do Paraguai que apresentam caraterísticas climáticas distintas ou entre as populações do Paraguai e do Brasil. Para o monitoramento da suscetibilidade de populações de S. frugiperda no Paraguai foram definidas as doses diagnósticas, baseada na DL99, de 0,16 &mu;g de lufenuron.cm-2 (equivalente a 10 &mu;g de lufenuron.mL-1 de água) e 2,84 &mu;g de flubendiamide.cm-2 (180 &mu;g de flubendiamide.mL-1 de água). Mediante o uso de 12 loci microssatélites, foram verificadas maior diversidade genética dentro das populações (87,70%) quando comparada entre as populações de cada país (9,91%) e entre países (2,39%). Sendo assim, não foi constatada alta estruturação genética entre as populações de S. frugiperda coletadas no Paraguai e Brasil. As populações do Paraguai mostraram-se mais distintas entre si quando comparadas com as populações do Brasil. Nossos resultados apontam baixa estruturação genética e moderado/alto fluxo gênico entre as localidades de coleta de populações de S. frugiperda e entre as populações do Paraguai e Brasil. Os resultados obtidos na presente pesquisa servirão para a implementação de um programa de manejo da resistência de S. frugiperda a inseticidas no Paraguai, com ênfase na necessidade de ações no âmbito regional considerando os estados fronteiriços do Brasil. / Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) has been one of the most important corn pests in Paraguay and Brazil. This research was conducted to collect information to insect resistance management programs in Paraguay considering the proximity of agricultural borders of this country with Brazil and the high dispersal capacity of S. frugiperda. We conducted studies to characterize the susceptibility to the insecticides lufenuron e flubendiamide and to evaluate the genetic diversity and gene flow among S. frugiperda populations collected from major corn-producing regions in Paraguay and two frontier States of Brazil (Mato Grosso do Sul and Paraná). The bioassay method to characterize the baseline susceptibility was the diet surface treatment with the insecticide. The variation in the susceptibility to lufenuron and flubendiamide among S. frugiperda populations tested was low (< 4-fold) by comparing populations from Estearn and Western regions of Paraguay with distinct climatic conditions or populations from Paraguay and Brazil. For susceptibility monitoring to lufenuron and flubendiamide in S. frugiperda populations in Paraguay, we defined the diagnostic doses based on LD99 of 0.16 &mu;g of lufenuron.cm-2 (equivalent to 10 &mu;g of lufenuron.mL-1 of water) and 2,84 &mu;g of flubendiamide.cm-2 (180 &mu;g of flubendiamide.mL-1 of water). Using 12 microsatellite loci, higher genetic diversity within populations (87.70%) than among populations within each country (9.91%) and between countries (2.39%). Thus, there was no high genetic structure between S. frugiperda populations collected in Paraguay and Brazil. The populations of S. frugiperda from Paraguay were more distinct among themselves when compared with the populations from Brazil. Our results suggest low genetic structure and moderate/high gene flow among different sampling locations of S. frugiperda populations as well as between populations from Paraguay and Brazil. The results obtained in this research will support the implementation of resistance management programs of S. frugiperda to inseticides in Paraguay with focus on the need of plan of actions at regional level considering the border States of Brazil.

As malformações cardíacas congênitas (MCCs) são as malformações mais comuns ao nascimento, representando uma importante causa de morbidade e mortalidade em recém-nascidos. Nos últimos anos, estudos utilizando testes citogenômicos têm permitido elucidar e compreender melhor as causas das MCCs. O objetivo geral desse estudo foi investigar a presença de CNVs em amostras de tecido obtidas post-mortem de portadores de malformações cardíacas congênitas sindrômicas; e os objetivos específicos consistiram em avaliar a frequência das CNVs, destacando as mais relevantes, comparar a presença de CNVs nos diferentes tecidos e realizar a correlação genótipo-fenótipo. Para isso, foram estudados um total de 52 casos de natimortos e recém-nascidos provenientes do Serviço de Verificação de Óbitos - FMUSP. Amostras de DNA extraídas da pele, diafragma e do coração foram avaliadas utilizando o kit AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification (Life Technologies(TM), USA) e a técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) com diferentes kits (MCR-Holland, Holanda). A técnica de FISH foi utilizada para a confirmação dos resultados obtidos em um dos casos estudados. Foram encontradas CNVs relevantes em 21 casos, incluindo trissomia do 18 (10 casos), trissomia do 21 (4 casos), trissomia do 13 (2 casos), trissomia do 16 (1 caso), monossomia do X em mosaico (1 caso), dup 4p16 (1 caso), dup 11q25 (1 caso) e del GATA4 éxon 6 (1 caso). A análise genômica se mostrou eficiente na investigação das bases genômicas e na caracterização das diferentes malformações em amostras post-mortem de portadores de MCC sindrômicas / Congenital heart defects (CHDs) are the most common birth defect and represent an important cause of morbidity and mortality in newborns. In recent years, studies using cytogenomic tests have enabled an improved understanding of the causes of CHD. The general objective of this study was to investigate the presence of CNVs in post-mortem tissue samples from patients with congenital syndromic cardiac malformations; and the specific objectives were to evaluate the frequency of CNVs, highlighting the most relevant ones, to compare the presence of CNVs in the different tissues and to perform the genotype-phenotype correlation. For this, a total of 52 stillbirth and newborn cases from the Death Verification Service (SVO), FMUSP were investigated. DNA samples from skin, diaphragm and heart tissues were evaluated using an AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification Kit (Life Technologies(TM), California, USA) and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) with different kits (MCRHolland, Amsterdam, The Netherlands). FISH was used to confirm the results of one of the studied cases. The results showed relevant copy number variations (CNVs) in 21 cases, including trisomy 18 (10 cases), trisomy 21 (4 cases), trisomy 13 (2 cases), trisomy 16 (1 case), mosaic monosomy X (1 case), dup 4p16 (1 case), dup 11q25 (1 case) and del GATA4 exon 6 (1 case). Genomic analysis was found to efficiently identify the genomic basis of, and characterize, various malformations found in postmortem samples from syndromic CHD carriers

O condor-dos-andes (Vultur gryphus) é uma ave carniceira da família dos abutres do novo mundo (Cathartidae) que habita ao longo da cordilheira dos Andes, cuja população tem diminuído no último século até ser considerada como espécie ameaçada. No Equador tem sido registrado aproximadamente 100 indivíduos em liberdade. Para evitar a extinção da espécie no país tem sido iniciado um programa de conservação envolvendo várias áreas das Ciências Biológicas, entre essas a genética de populações. Para descrever a situação genética do condor no Equador, amostras de sangue e penas de condores em cativeiro e silvestres, mais várias amostras de penas de muda de distintos locais onde habitam, foram coletadas e analisadas através de sete microssatélites heteroespecíficos amplificados no genoma do condor por PCR. Os resultados indicam que o grupo de 72 amostras, apresenta uma diversidade genética moderada a baixa nos loci estudados, apesar das grandes áreas onde está distribuído, porém as análises de variância molecular AMOVA e Hardy-Weinberg considerando como hipótese alternativa a deficiência de heterozigotos, indicam que não constituem uma população endogâmica. Estudos de estruturação populacional sugerem a falta de subpopulações inclusive entre amostras de lugares distantes. Sugere-se que se existir estruturação populacional esta deve ser do tipo isolamento por distância, para poder comprovar esta hipótese se propõe estender a pesquisa no futuro incluindo amostragem de locais muito distantes através da América Andina e diferentes marcadores. O grupo de marcadores foi também altamente útil para identificação genética de indivíduos através das penas anônimas coletadas no habitat, porém não resulta muito forte como prova de paternidade, precisando de marcadores mais polimórficos e melhor distribuídos pelo genoma. / The Andean Condor (Vultur gryphus) is a scavenger bird of the New World vultures (Cathartidae) that lives along the Andes Mountains. Its population has declined in the last century until being considered an endangered species. In Ecuador, approximately 100 birds have been registered in freedom. To avoid extinction in this country has been initiated a conservation program involving several areas of biological sciences, one of these, population genetics. In order to describe the genetic situation of the condor in Ecuador, blood and feather samples from captive and wild condors, plus several samples of molted feathers from different locations were collected and analyzed through seven heteroespecific microsatellite amplified in the condor genome by PCR. The results show that the group of 72 samples had a moderate to low genetic diversity in the amplified loci, despite the large areas where it is distributed. The analysis of molecular variance (AMOVA) and Hardy-Weinberg with heterozygote deficiency as alternative hypothesis denotes that sampled condors do not constitute an inbred population. Structuring analyzes suggest there is not subpopulations even among samples from distant places. If exist some kind of pop0ulation structure in the species, it could be like isolation by distance structured, but in order to prove this hypothesis, it is recommended to extend the research including samples from distant locations through Andean America and more powerful genetic markers. Those markers was also highly useful for the genetic identification of not assigned feathers collected in the habitat, but as paternity test require more polymorphic markers and better distributed throughout the genome.

O objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade de Metarhizium em um plantio de cana-de-açúcar e monitorar a eficácia e persistência do isolado ESALQ 1604 de M. anisopliae, após aplicação em campo, através de técnicas moleculares. Isolados foram recuperados de amostras de solo, raiz e cigarrinha-das-raízes infectadas de duas áreas de um canavial em Iracemápolis-SP, uma com aplicação do fungo (isolado ESALQ 5310) e colheita mecânica e outra sem aplicação e colheita manual antecedida por queimada. Os isolados de insetos foram recuperados de ninfas e adultos coletados 51, 42 e 1 dia (s) antes da aplicação do fungo e 7, 30, 60 e 90 dias após a aplicação. Isolados de solo e raiz foram obtidos 90 dias pré-aplicação do fungo e 30 e 90 dias pós-aplicação. A aplicação de M. anisopliae foi realizada em 09/01/15 com suspensão de 3,72x106 conídios viáveis/mL numa vazão de 150L/ha. Nas análises moleculares também foram incluídos 22 isolados provenientes das mesmas áreas coletados em 18/12/2012. A diversidade haplotípica de Metarhizium foi obtida pela genotipagem de 10 marcadores microssatélites para 213 isolados provenientes de amostras de solos, 22 de raízes e 73 de cigarrinha-das-raízes. A identificação específica dos fungos foi obtida pelo sequenciamento do gene 5\'-TEF de 57 isolados provenientes de solos, 6 de raízes e 14 de cigarrinha-das-raízes selecionados dentre os diferentes haplótipos gerados pelas análises dos marcadores microssatélites. Dentre os 310 isolados genotipados, foram obtidos 156 haplótipos do fungo, destes, 132 provenientes de isolados de solo, 17 de raízes e 20 de cigarrinha-das-raízes. A maior diversidade haplotípica foi encontrada nos solos h=0,989 e a menor em insetos h=0,779. A divergência genética entre isolados provenientes de insetos, solos e raízes foi significativa (&Phi;ST =0.303), sendo a maior proporção da variação dentro (69,6 %) do que entre (30,3 %) esses grupos. A mortalidade de cigarrinha-das-raízes por M. anisopliae antes da aplicação variou de 0 a 14,8% para ninfas e 7,3-18,1% para adultos. Sete dias após a aplicação, observou-se 50% de mortalidade confirmada de ninfas e 10,7% de adultos. O isolado aplicado em campo foi recuperado somente em cigarrinha-das-raízes e nas coletas 7, 30 e 60 dias pós-aplicação, compreendendo 50%, 50% e 70,5% de todos os insetos mortos por M. anisopliae, respectivamente. A população da praga reduziu após 90 dias e não foram observadas cigarrinhas infectadas nesta amostragem. No solo, foram encontradas as espécies M. robertsii (clados Mrob 1, Mrob 2 e Mrob 4), M. anisopliae (Mani 1 e Mani 2) e M. brunneum. Em raízes foram encontradas as espécies M. brunneum e M. anisopliae (Mani 2). Em adultos e ninfas de cigarrinha-das-raízes foram encontrados somente haplótipos de um único clado (Mani 2) de M. anisopliae, e o isolado ESALQ 5310 aplicado nos anos anteriores na área não foi recuperado. Os resultados obtidos neste trabalho revelam a grande diversidade haplotípica de Metarhizium spp. e o impacto das populações locais de M. anisopliae na regulação de cigarrinhas em cana-de-açúcar. / The aim of this study was to characterize the diversity of Metarhizium in a sugarcane plantation and to monitor the efficacy and persistence of the isolate ESALQ 1604 of M. anisopliae after field application, by molecular techniques. Isolates were recovered from samples of soil, root and infected spittlebugs of two areas in Iracemápolis-SP: one with application of the fungus (isolate ESALQ 5310) and mechanical harvesting and another without fungal application and manual harvest preceded by burning. The isolates from insects were recovered from nymphs and adults collected 51, 42 and 1 day (s) before application of the fungus and 7, 30, 60 and 90 days after application. Isolates of soil and root were obtained 90 days pre-application of the fungus and 30 and 90 days post-application. The application of M. anisopliae was carried out in 9/Jan/15 with suspension of 3,72 x 106 viable conidia/mL at a volume rate of 150 l/ha. In the molecular analyses, 22 isolates from the same areas collected in 18/12/2012 were also included. The haplotype diversity of Metarhizium was obtained by genotyping 10 microsatellite markers of 213 isolates from soil samples, 22 from roots and 73 from spittlebugs. The specific identification of fungi was obtained by sequencing the gene 5\'- TEF of 61 isolated from soil, 6 from root and 13 from spittlebug selected among the different haplotypes generated by analysis of microsatellite markers. Among 310 isolates genotyped, 156 haplotypes of the fungus were obtained, of these, 132 from soil isolates, 17 of root and 20 of spittlebug. The highest haplotype diversity was found in soil h=0.989 and the smallest in spittlebug h = 0.779. The genetic divergence among isolates from insect, soil and root was significant (&Phi;ST = 0.303), being the largest proportion of the variation within (69.6%) than among (30.3%) these groups. The mortality of spittlebugs by M. anisopliae before application ranged from 0 to 14.8% for nymphs and 7.3-18.1% for adults. Seven days after application, 50% of nymph mortality and 10.7% of adult mortality was observed. The isolate applied on the field was recovered only in spittlebugs and only 7, 30 and 60 days, post-application, and accounted for 50%, 50% and 70.5% of all insects killed by M. anisopliae, respectively. The pest population reduced after 90 days and no spittlebug infected was observed in this sample date. The species and clades found in isolates from soil were M. robertsii (clades Mrob 1, Mrob 2 and Mrob 4), M. anisopliae (Mani 1 and Mani 2) and M. brunneum. In roots the species found were M. brunneum and M. anisopliae (Mani 2). In adults and nymphs of spittlebug only haplotypes of a single clade (Mani 2) of M. anisopliae were found. The isolate ESALQ 5310 applied in previous years in the area was never recovered. The results obtained in this work revelead the great diversity of haplotype Metarhizium spp. and the impact of local populations of M. anisopliae on population regulation of spittlebugs in sugarcane.

Entre as doenças que trazem preocupações e podem causar prejuízos no setor canavieiro em todo o Brasil, destaca-se a ferrugem marrom, causada pelo fungo Puccinia melanocephala H. & P. Sydow. Essa doença ocorre em todas as regiões canavieiras do mundo, desde a Ásia e a África, de onde o complexo \"Sacharum spp.\" é originário, até as Américas e Oceania. No Brasil, a ferrugem foi detectada, pela primeira vez em 1986, no município de Capivari-SP e logo em seguida em Pernambuco e Alagoas. Desde o primeiro surgimento no Brasil, a ferrugem tem sido mantida sob controle, com grande parte das cultivares apresentando resistência. O conhecimento acerca da estrutura populacional de P. melanocephala é necessário para desenvolver estratégias satisfatórias no controle desta doença e no desenvolvimento de cultivares resistentes. A variabilidade genética entre isolados pode ser avaliada por meio de marcador molecular microssatélite e os dados podem ser usados para monitorar as populações do patógeno. Este trabalho teve como objetivo avaliar, por meio do desenvolvimento de uma biblioteca enriquecida em locos de microssatélites, a variabilidade genética entre isolados de P. melanocephala bem como avaliar a patogenicidade de isolados de diferentes regiões produtoras de cana-de-açúcar. Primeiramente, os 44 isolados de ferrugem da cana foram identificados por microscopia utilizando estruturas morfológicas dos urediniósporos. Desse total, 34 foram identificadas como P. melanocephala e 10 como Puccinia kuehnni. Por meio da construção da biblioteca enriquecida com locos microssatélites foram desenvolvidos 21 locos para ferrugem marrom, e desse total, 16 apresentaram amplificações satisfatórias e somente quatro foram polimórficos. A variabilidade genética dos isolados de P. melanocephala foi relativamente alta (HT = 0,650). A análise de agrupamento não permitiu a separação dos isolados de P. melanocephala de acordo com sua região de origem. Os índices de diversidade (DST = -0,039) e divergência (GST = -0,061) genética observados sugerem que a variabilidade genética está igualmente distribuída nas regiões estudadas, ocorrendo uma única população heterogênea. As regiões de origem dos isolados utilizadas para avaliação de patogenicidade não apresentaram variações significativas na agressividade. Os resultados obtidos no presente trabalho evidenciam que o melhoramento genético da cana-de-açúcar para resistência a ferrugem marrom deve ser conduzido em locais com clima favorável a ocorrência do patógeno, que possivelmente representam a diversidade genética presente em diferentes regiões de cultivo / Among the diseases that bring concerns and can cause losses in the sugarcane industry in Brazil, stands out the brown rust, caused by the fungus Puccinia melanocephala H. & P. Sydow. This disease occurs in all sugarcane regions of the world, from Asia and Africa, where the complex \"Sacharum spp.\" originates, to the Americas and Oceania. In Brazil, the rust was detected for the first time in 1986 in the region of Capivari-SP and soon after in the Pernambuco and Alagoas. Since the first appearance in Brazil, the rust has been brought under control, with most of the cultivars showing resistance. The knowledge about the population structure of P. melanocephala is necessary to develop suitable strategies to control this disease and the development of resistant cultivars. The genetic variability between isolates can be assessed by means of microsatellite molecular markers and data can be used to monitor populations of the pathogen. The aim of this work was to develop a library enriched for microsatellite loci in P. melanocephala and assessment of pathogenicity of isolates from three different sugarcane regions producing. First, the 44 sugarcane rust isolates were identified by microscopy using morphological structures of urediniospores. Of this total, 34 were identified as P. melanocephala and 10 as P. kuehnni. Through the construction of the library enriched with microsatellite loci were developed 21 loci brown rust of those, 16 had satisfactory PCR amplifications and only four were polymorphic. The genetic variability of isolates of P. melanocephala was relatively high (HT = 0.650). The cluster analysis did not allow the separation of isolates of P. melanocephala according to their region of origin. The index of the genetic diversity (DST = -0.039) and genetic divergence (GST = -0.061) suggest that genetic variability is equally distributed in the regions studied, occurring only a heterogeneous population. The regions of origin of isolates used for pathogenicity assessment did not show significant variations in aggressiveness. The results obtained in this work show that the genetic improvement of sugarcane for resistance to brown rust should be conducted in areas with favorable weather for the occurrence of the pathogen, which may represent the genetic diversity present in different sugarcane regions

As malformações cardíacas congênitas (MCCs) são as malformações mais comuns ao nascimento, representando uma importante causa de morbidade e mortalidade em recém-nascidos. Nos últimos anos, estudos utilizando testes citogenômicos têm permitido elucidar e compreender melhor as causas das MCCs. O objetivo geral desse estudo foi investigar a presença de CNVs em amostras de tecido obtidas post-mortem de portadores de malformações cardíacas congênitas sindrômicas; e os objetivos específicos consistiram em avaliar a frequência das CNVs, destacando as mais relevantes, comparar a presença de CNVs nos diferentes tecidos e realizar a correlação genótipo-fenótipo. Para isso, foram estudados um total de 52 casos de natimortos e recém-nascidos provenientes do Serviço de Verificação de Óbitos - FMUSP. Amostras de DNA extraídas da pele, diafragma e do coração foram avaliadas utilizando o kit AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification (Life Technologies(TM), USA) e a técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) com diferentes kits (MCR-Holland, Holanda). A técnica de FISH foi utilizada para a confirmação dos resultados obtidos em um dos casos estudados. Foram encontradas CNVs relevantes em 21 casos, incluindo trissomia do 18 (10 casos), trissomia do 21 (4 casos), trissomia do 13 (2 casos), trissomia do 16 (1 caso), monossomia do X em mosaico (1 caso), dup 4p16 (1 caso), dup 11q25 (1 caso) e del GATA4 éxon 6 (1 caso). A análise genômica se mostrou eficiente na investigação das bases genômicas e na caracterização das diferentes malformações em amostras post-mortem de portadores de MCC sindrômicas / Congenital heart defects (CHDs) are the most common birth defect and represent an important cause of morbidity and mortality in newborns. In recent years, studies using cytogenomic tests have enabled an improved understanding of the causes of CHD. The general objective of this study was to investigate the presence of CNVs in post-mortem tissue samples from patients with congenital syndromic cardiac malformations; and the specific objectives were to evaluate the frequency of CNVs, highlighting the most relevant ones, to compare the presence of CNVs in the different tissues and to perform the genotype-phenotype correlation. For this, a total of 52 stillbirth and newborn cases from the Death Verification Service (SVO), FMUSP were investigated. DNA samples from skin, diaphragm and heart tissues were evaluated using an AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification Kit (Life Technologies(TM), California, USA) and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) with different kits (MCRHolland, Amsterdam, The Netherlands). FISH was used to confirm the results of one of the studied cases. The results showed relevant copy number variations (CNVs) in 21 cases, including trisomy 18 (10 cases), trisomy 21 (4 cases), trisomy 13 (2 cases), trisomy 16 (1 case), mosaic monosomy X (1 case), dup 4p16 (1 case), dup 11q25 (1 case) and del GATA4 exon 6 (1 case). Genomic analysis was found to efficiently identify the genomic basis of, and characterize, various malformations found in postmortem samples from syndromic CHD carriers

As abelhas da tribo Euglossini, possuem elevada representatividade nas florestas tropicais (25% da comunidade apícola existente) distribuindo-se do sul dos EUA ao centro da Argentina, sendo restritas à região Neotropical. A espécie Euglossa pleosticta, com ocorrência relatada exclusivamente no território brasileiro, possui hábito de vida solitário e costuma estar presente em levantamentos realizados em remanescentes da Mata Atlântica. Pouco se sabe sobre sua estrutura populacional e os efeitos da fragmentação florestal sobre as mesmas. Sendo assim, a realização de um estudo populacional para esta espécie é algo relevante, uma vez que colabora para a compreensão dos efeitos da fragmentação florestal na variabilidade genética do grupo, sendo objetivo deste trabalho, caracterizar a variabilidade genética e morfológica desta espécie, utilizando ferramentas morfológicas (Morfometria Geométrica de asas e Assimetria Flutuante), e moleculares (DNA microssatélite e DNA mitocondriais). Sendo assim, trabalhamos com 293 amostras de E. pleosticta coletadas em três fragmentos de mata no Estado de São Paulo. Para as análises morfológicas, foram marcados 18 marcos anatômicos nas intersecções das nervuras das asas anterior direita de cada abelha. Nas análises de microssatélite, trabalhamos com oito loci heterólogos e para realizarmos as análises de DNA mitocondrial, analisamos 20 abelhas por localidade, amplificando segmentos do Citocromo B. Nas análises de Morfometria Geométrica e Microssatélites de DNA, as localidades estudadas formaram dois grupos, os quais corroboraram quanto às características de fitofisionomia, clima, altitude e distância geográfica compartilhadas entre as localidades. Nossos dados sugerem a presença de ecotipos localmente adaptados, o que pode ser explicado em função da plasticidade fenotípica, a qual é muito comum em insetos que vivem em ambientes variados. Na análise de Assimetria Flutuante, observamos valores significativos de assimetria flutuante e assimetria direcional para as três localidades estudadas. Já na análise de DNA mitocondrial, encontramos nove haplótipos, com diversidade nucleotídica (? = 0,01636) e diversidade haplotípica (Hd = 0,777), sendo apenas um destes haplótipos compartilhado (H2). O teste de Fst par a par indicou estruturação genética populacional, e na AMOVA a maior taxa de variação observada foi quando consideramos a estruturação de um único grupo com variação interpopulacional (61,9%). Os testes de Mantel realizados tanto para distância genética quanto para distância morfológica, não apresentaram correlação quando relacionadas com distância geográfica. A falta de concordância entre os marcadores moleculares, é algo que já foi relatado em outros trabalhos e pode ser explicado em função da diferente taxa de evolução dos mesmos, uma vez que o marcador mitocondrial é mais conservado quando comparado com o de microssatélite. Em conjunto, estes marcadores apontam para a formação de subpopulações localmente adaptadas (ecotipos) para a espécie de E. pleosticta, provavelmente em decorrência dos processos recentes de fragmentação de habitat. / The bees from Euglossini tribe have high representativeness in tropical forests (25% of existing bee community) and are distributed from the south of USA to the center of Argentina, being restricted to Neotropical region. The Euglossa pleosticta species, with occurrence reported exclusively in the Brazilian territory, has solitary behaviour and, according to some researches, use to be present in Atlantic forest remnants. Little is known about its population structure and the forest fragments effects over them. Therefore, the realization of a population study of this species is relevant, since it contributes to the comprehension of the forest fragmentation effects in the genetic variability of this group. The ultimate goal of this research was to characterize the genetic and morphological variability of this species, usinging morphological tools (Geometric Morphometrics of forewings and Fluctuation Asymmetry) and molecular tools (Microsatellite DNA and Mitocondrial DNA). Thus, we have worked with 293 samples of E. pleosticta, which were collected from three forest fragments in São Paulo state. For the morphological analyses, 18 landmarks were plotted in the vein intersections of the right forewing of each bee. On the Microsatellite DNA analysis, we have worked with eight heterologous loci and on the Mitocondrial DNA analysis, we amplified the Cytochrome B segments to 20 bees per locality. In the Geometric Morphometry and DNA Microsatellites analyzes, two groups were formed from the studied localities, which corroborated to the characteristics of phytophysiognomy, climate, altitude and geographic distance shared between the localities. Our data suggest the presence of locally adapted ecotypes, which can be explained by phenotypic plasticity, which is very common in insects living in different environments. In the Fluctuation Asymmetry analysis, we observed significant values of Fluctuation and Directional Asymmetry for all studied localities. In the mitochondrial DNA analysis, we found nine haplotypes with nucleotide diversity (? = 0.01636) and haplotypic diversity (Hd = 0.777), where only one was shared (H2). The Fst pairwise test indicated population genetic structuring and, in AMOVA, the highest rate of variation was observed when we considered the structuring of a single group with interpopulation variation (61.9%). The Mantel test performed for both genetic and morphological distances, did not present correlation when related to geographic distance. The disagreement between the molecular markers has already been reported in other studies and can be explained by the different rate of evolution of these markers, since the mitochondrial marker is more conserved when compared to the microsatellite. Together, these markers indicate the formation of locally adapted subpopulations (ecotypes) for the species E. pleosticta, probably due to the recent cases of habitat fragmentation.