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Modelos lineares mistos em dados longitudionais com o uso do pacote ASReml-R / Linear Mixed Models with longitudinal data using ASReml-R package

Renata Alcarde 10 April 2012 (has links)
Grande parte dos experimentos instalados atualmente é planejada para que sejam realizadas observações ao longo do tempo, ou em diferentes profundidades, enfim, tais experimentos geralmente contem um fator longitudinal. Uma maneira de se analisar esse tipo de conjunto de dados é utilizando modelos mistos, por meio da inclusão de fatores de efeito aleatório e, fazendo uso do método da máxima verossimilhança restrita (REML), podem ser estimados os componentes de variância associados a tais fatores com um menor viés. O pacote estatístico ASReml-R, muito eficiente no ajuste de modelos lineares mistos por possuir uma grande variedade de estruturas para as matrizes de variâncias e covariâncias já implementadas, apresenta o inconveniente de nao ter como objetos as matrizes de delineamento X e Z, nem as matrizes de variâncias e covariâncias D e , sendo estas de grande importância para a verificação das pressuposições do modelo. Este trabalho reuniu ferramentas que facilitam e fornecem passos para a construção de modelos baseados na aleatorização, tais como o diagrama de Hasse, o diagrama de aleatorização e a construção de modelos mistos incluindo fatores longitudinais. Sendo o vetor de resíduos condicionais e o vetor de parâmetros de efeitos aleatórios confundidos, ou seja, não independentes, foram obtidos resíduos, denominados na literatura, resíduos com confundimento mínimo e, como proposta deste trabalho foi calculado o EBLUP com confudimento mínimo. Para tanto, foram implementadas funções que, utilizando os objetos de um modelo ajustado com o uso do pacote estatístico ASReml-R, tornam disponíveis as matrizes de interesse e calculam os resíduos com confundimento mínimo e o EBLUP com confundimento m´nimo. Para elucidar as técnicas neste apresentadas e salientar a importância da verificação das pressuposições do modelo adotado, foram considerados dois exemplos contendo fatores longitudinais, sendo o primeiro um experimento simples, visando a comparação da eficiência de diferentes coberturas em instalações avícolas, e o segundo um experimento realizado em três fases, contendo fatores inteiramente confundidos, com o objetivos de avaliar características do papel produzido por diferentes espécies de eucaliptos em diferentes idades. / Currently, most part of the experiments installed is designed to be carried out observations over time or at different depths. These experiments usually have a longitudinal factor. One way of analyzing this data set is by using mixed models through means of inclusion of random effect factors, and it is possible to estimate the variance components associated to such factors with lower bias by using the Restricted maximum likelihood method (REML). The ASRemi-R statistic package, very efficient in fitting mixed linear models because it has a wide variety of structures for the variance - covariance matrices already implemented, presents the disadvantage of having neither the design matricesX and Z, nor the variance - covariance matrices D and , and they are very important to verify the assumption of the model. This paper gathered tools which facilitate and provide steps to build models based on randomization such as the Hasse diagram, randomization diagram and the mixed model formulations including longitudinal factors. Since the conditional residuals and random effect parameters are confounded, that is, not independent, it was calculated residues called in the literature as least confounded residuals and as a proposal of this work, it was calculated the least confound EBLUP. It was implemented functions which using the objects of fitted models with the use of the ASReml-R statistic package becoming available the matrices of interests and calculate the least confounded residuals and the least confounded EBLUP. To elucidate the techniques shown in this paper and highlight the importance of the verification of the adopted models assumptions, it was considered two examples with longitudinal factors. The former example was a simple experiment and the second one conducted in three phases, containing completely confounded factors, with the purpose of evaluating the characteristics of the paper produced by different species of eucalyptus from different ages.
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Padrão da ocupação da baleia-franca-austral (Eubalaena australis) em enseadas do litoral catarinense e influencia das anomalias climáticas em sua taxa de natalidade

Seyboth, Elisa January 2013 (has links)
Dissertação(mestrado) - Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós–Graduação em Oceanografia Biológica, Instituto de Oceanografia, 2013. / Submitted by Cristiane Gomides (cristiane_gomides@hotmail.com) on 2013-11-19T11:38:07Z No. of bitstreams: 1 elisa.pdf: 1223620 bytes, checksum: b663448fea1aa40da19e4272a5aab6d2 (MD5) / Approved for entry into archive by Angelica Miranda (angelicacdm@gmail.com) on 2013-11-20T21:35:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 elisa.pdf: 1223620 bytes, checksum: b663448fea1aa40da19e4272a5aab6d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-20T21:35:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 elisa.pdf: 1223620 bytes, checksum: b663448fea1aa40da19e4272a5aab6d2 (MD5) Previous issue date: 2013 / A vulnerabilidade dos mamíferos marinhos a ameaças que comprometam a manutenção de suas populações é uma das razões que os levam a ser alvo de pesquisas que visam sua conservação. A baleia-franca-austral, Eubalaena australis, é uma dessas espécies, sendo que a caça foi uma forte ameaça a todas as suas populações. No Brasil, sua principal concentração reprodutiva ocorre no litoral de Santa Catarina, onde indivíduos da espécie são observados anualmente entre os meses de julho e novembro. Esses indivíduos pertencem a uma população compartilhada entre Brasil e Argentina e que se recupera a taxas significativas. Esforços vêm sendo realizados a fim de preservar essa importante área para a espécie, porém faz-se necessário um melhor conhecimento acerca do seu uso de habitat na região, bem como de fatores que podem influenciar a taxa relativa de nascimentos de indivíduos, a qual possui forte relação com a recuperação populacional. O objetivo do presente trabalho foi testar a influência de variáveis temporais e ambientais na distribuição da espécie no litoral sul de Santa Catarina e avaliar a influência de anomalias climáticas em sua taxa relativa de nascimentos através de Modelos Lineares Generalizados e correlação cruzada, respectivamente. Os resultados sugerem que tanto grupos de fêmeas com filhotes quanto de adultos desacompanhados preferem enseadas amplas, com declive suave e parecem evitar enseadas com grandes ângulos de inclinação quando ventos intensos da direção leste atuam sobre elas. O sucesso reprodutivo dos indivíduos parece influenciado por anomalias climáticas, relacionadas principalmente à temperatura superficial da água do mar, que afetam a disponibilidade de alimento em sua área de alimentação, no entorno das ilhas Geórgias do Sul. / Vulnerability to threats that can compromise population maintenance is one of the reasons why many marine mammal species are targeted for conservation research. The southern right whale, Eubalaena australis, is one such species, and hunting was a strong threat to all of their populations. On the Brazilian coast, its main reproductive site is located along the Santa Catarina State, where individuals of the species are observed annually between July and November. These individuals belong to a population shared between Brazil and Argentina, which recovers at significant rates. Efforts have been made to preserve this important area for the species, but the habitat use of right whales in the region needs to be better known, as well as factors that may be influencing their relative birth rates, which are strongly related to population recovery. The objective of this study was to test the influence of temporal and environmental variables on species distribution at the southern coast of Santa Catarina and whether climate anomalies influence their relative birth rate using Generalized Linear Models and cross correlation, respectively. Our results suggest that both cowcalf and unaccompanied adult groups prefer large bays with gentle slope and they seem to avoid bays with great inclination angles when strong east winds are acting on them. The reproductive success of individuals appears to be influenced by climate anomalies, mainly the ones related to sea surface temperature, which affect food availability on the species feeding area, in the vicinity of South Georgia Islands.
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Modelos lineares generalizadas para series temporais com memoria longa / Generalized linear models for long memory time series

Borges, Cristiano Amâncio Vieira 15 August 2018 (has links)
Orientador: Mauricio Enrique Zevallos Herencia / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-15T13:14:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Borges_CristianoAmancioVieira_M.pdf: 2172730 bytes, checksum: 3a0a212a114d920caf7bafe3f7a04868 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A modelagem de séries temporais não gaussianas é um tema de alta relevância na análise de séries temporais. Utilizando-se de estimação por verossimilhança parcial, Kedem e Fokianos (2002) estenderam sistematicamente a metodologia dos Modelos Lineares Generalizados (MLG) para séries temporais em que tanto a série de interesse quanto as covariáveis são estocasticamente dependentes. Entretanto, a análise estatística de séries com memória longa (ML), seja na resposta ou nas covariáveis, não é discutida em detalhes. O primeiro objetivo desta dissertação é investigar, através de simulações, as propriedades dos estimadores de máxima verossimilhança parcial dos coeficientes do MLG quando utilizado para séries temporais com ML. O segundo objetivo consiste em um estudo sobre a qualidade das previsões obtidas para vários modelos ajustados a dados de séries com ML, utilizando a metodologia proposta por Kedem e Fokianos (2002). Os modelos considerados nesta dissertação são modelos para séries de contagens, séries binárias e séries categóricas ordinais. Finalmente, as metodologias são ilustradas através de aplicações em conjuntos de dados reais de finanças e de poluição do ar. / Abstract: Non-gaussian time series modeling is a high relevance issue of time series analysis. Kedem and Fokianos (2002) have used partial likelihood estimation to extend the Generalized Linear Models (GLM) methodology systematically to time series where the response and covariate data are both stochastically dependent. However, statistical analysis of time series with long memory (LM), whether in the response or in the covariates, is not discussed in detail. The first purpose of this paper is to investigate, via simulations, the properties of the partial maximum likelihood estimators of the GLM coefficients as used for modeling LM time series. As a second purpose, we have assessed the quality of the forecasts obtained from several adjusted models (using the methodology proposed by Kedem and Fokianos (2002)) as applied to data with LM series. The models we have chosen for our work include count series, binary series, and categorical ordinal time series models. Finally, the methodologies are illustrated with applications to financial and air pollution real data. / Mestrado / Series Temporais / Mestre em Estatística
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Necrose da gordura epipericárdica: análise clínica e radiológica de uma entidade pouco conhecida / Epipericardial fat necrosis: clinical and radiological analysis of?an unknown entity

Karina de Souza Giassi 08 November 2016 (has links)
Introdução: a necrose da gordura epipericárdica é uma entidade caracterizada por dor torácica súbita de forte intensidade e ventilatório-dependente em indivíduos previamente hígidos, com menos de 50 casos descritos na literatura. O achado característico na tomografia computadorizada de tórax é de uma lesão arredondada com atenuação de gordura e graus variáveis de densificação dos planos adiposos adjacentes localizada na gordura epipericárdica. O tratamento é sintomático com analgésicos e as alterações radiológicas tendem a regredir em poucas semanas. O aumento do número de casos, nos últimos anos, sugere que a entidade possa ser subdiagnosticada. O objetivo do estudo foi estimar a frequência da necrose numa população e comparar dados clínicos e laboratoriais com um grupo controle. Material e Métodos: 7463 tomografias computadorizadas de tórax realizadas no pronto atendimento de um hospital quaternário, de julho de 2011 a dezembro de 2014 foram avaliadas por um radiologista na busca de imagens compatíveis com necrose da gordura epipericárdica. Vinte pacientes foram selecionados e comparados com um grupo controle pareado por idade e sexo, numa proporção de 1:5 pacientes com dor torácica atípica, que também realizaram tomografia computadorizada de tórax neste período. Os dados clínicos e laboratoriais foram comparados por meio de modelos de regressão linear e os aspectos de imagem e os relatórios das tomografias dos pacientes com a necrose foram avaliados individualmente. A frequência da NGE nos pacientes que realizaram tomografia computadorizada de tórax no pronto atendimento por dor torácica foi estimada. O estudo obteve aprovação do Comitê de Ética. Resultados: a média de idade dos pacientes com a necrose foi 42 ± 13 anos e, desses, 25% mulheres (5 pacientes). A necrose esteve presente em 2.15% dos indivíduos que realizaram tomografia de tórax por dor torácica e em 0.26% de todos os pacientes que realizaram tomografia de tórax no pronto atendimento. A lesão é mais frequente do lado esquerdo (p = 0.01, IC = 0.56-0.94) e está associada à derrame pleural ipsilateral (p=0.01, IC 0.36-0.80) e atelectasia (p=0.01, IC 0.58-0.99) (p=0.01, IC 0.36-0.80). No contexto de dor torácica não coronariana, a necrose tem maior probabilidade de ocorrer na ausência de outros sintomas (p=0.005, IC -5.83, -1.27) e com o não uso de medicamentos (p= 0.01 e IC-3.33, -0.40). A análise dos relatórios das tomografias de tórax mostrou um aumento nas taxas de diagnóstico ao longo dos anos. Conclusão: pacientes com dor torácica atípica que não fazem uso de medicamentos e não possuem outros sintomas associados na ocasião do atendimento exibem maior probabilidade de apresentar necrose da gordura epipericárdica. A incidência da necrose na população estudada foi de 2.15%. O conhecimento da entidade contribui para a melhora da taxa de diagnóstico / Introduction: Epipericardial fat necrosis is characteryzed by an acute onset of pleuritic chest pain in previously healthy patients. There are less than 50 cases described in english literature. The diagnosis is made by chest tomography and the deffinitive finding is a small ovoid fat attenuation lesion with mild to moderate surrounding strandings inside the epipericardial fat. The treatment is symptomatic, by relieving the symptoms with analgesics, and the radiological findings tend to disappear in a few weeks. There is an important raise of the diagnosis in the last years, what suggests that epipericardial fat necrosis is probably underdiagnosed. The objective of the study is to estimate the frequency of the necrosis in a group of patients and to compare clinical and laboratorial data with a control group. Material and Methods: The Ethics Committee approved this study. The 7463 chest tomography were performed in the emergency department of a quaternary hospital from July 2011 to December 2014. One radiologist read the images of all chest tomography and sought for image findings compatible with epipericardial fat necrosis. Twenty patients were diagnosed with epipericardial fat necrosis and compared with a control group paired by age and sex. The control group consisted of 100 patients with non-coronary chest pain who performed a chest tomography in the same period. The clinical and laboratorial data were compared using linear regression models. The imaging findings and the radiology reports were evaluated. The frequency of epipericardial fat necrosis in this group of patients was estimated. Results: The mean age of the necrosis group was 42 ± 13 years (25% women). Epipericardial fat necrosis was present in 2.15% of the patients who performed a chest tomography because of chest pain and in 0.26% of all patients that performed a chest tomography for any reason in the emergency department in the period. Epipericardial fat necrosis is more frequent in the left side (p = 0.01, IC = 0.56-0.94). It is associated with ipsilateral pleural effusion (p=0.01, IC 0.36-0.80) and atelectasis (p=0.01, IC 0.58-0.99). Epipericardial fat necrosis is more likely to occur in the absence of other symptoms (p=0.005, IC -5.83, -1.27) and in patients who are not in use of any medication (p= 0.01 e IC-3.33, -0.40). The radiological reports demonstrated increased rates of the diagnosis of epipericardial fat necrosis over the years. Conclusion: Patients who are in the emergency department with isolated atipical acute chest pain and are not in use of medications are more likely to have epipericardial fat necrosis. The frequency of the necrosis in this population was 2.15%. The knowledge of the entity leads to an increased rate of radiological diagnosis
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Mecanismos de adaptação e ecologia evolutiva das abelhas das orquídeas (Hymenoptera: Apidae: Euglossini) / Adaptation mechanisms and evolutionary ecology of orchid bees (Hymenoptera: Apidae: Euglossini)

Alejandro Parra Hinojosa 16 December 2014 (has links)
Os insetos apresentam uma importante variedade de formas, tamanhos e comportamentos que são reflexo da altíssima capacidade adaptativa que possuem. Isso é resultado de mudanças ao longo do tempo que, dependendo se permanecem ou não de uma geração para outra, afetarão a sobrevivência, aptidão, reprodução e, em geral, capacidade das populações de se ajustar em um ambiente. Esse fenômeno de mudança é conhecido na área de ciências naturais como teoria da evolução e explica a grande diversidade que compreende o bioma. Entre os insetos, um exemplo de diversidade e adaptação são as abelhas. O principal agente polinizador do planeta tem caraterísticas únicas que evoluíram da adaptação à predação de pólen, o que lhes permitiu se diversificar junto com seus hospedeiros: as plantas com flor. Entre as abelhas, a tribo Euglossini (ou abelhas das orquídeas), é um caso particular devido ao comprimento das suas línguas, muitas vezes desproporcional que, em conjunto com outras habilidades intrínsecas dos insetos (voar e termorregular), fazem deles polinizadores muito específicos. Através da análise da variação e frequência desses traços foram estudadas duas gerações de várias populações simpátricas de abelhas das orquídeas no estado de São Paulo. Usando regressões lineares múltiplas e vários modelos lineares determinou-se que medidas que expressam a massa corporal em relação ao comprimento da língua apresentavam uma mudança no valor da média e da variância de uma geração para outra. De maneira similar, observou-se que esta variação ocorre junto com uma mudança importante na tipologia das interações com recursos vegetais por parte da comunidade. Este tipo de variação corresponde aos três processos de seleção natural conhecidos: disruptivo, estabilizador e direcional. A mudança destes traços fenotípicos de maneira drástica e rápida é provavelmente resultado da recorrente alteração do habitat, o que pode significar uma diminuição na estabilidade da interação abelha-planta com uma rápida divergência da aptidão entre gerações. / Insects show a variety of shapes, sizes and behaviour that reflect their high adaptive capacity. Their diversity is the result of changes over time that, depending on whether or not they are fixed between generations, affects survival, fitness, and in a general sense, the ability of the population to engage in an environment. This phenomenon known as the theory of evolution explains the great diversity that comprises the biome. Among insects, bees are an example of diversity and adaptability. The main pollinator agent on the planet has unique features that probably evolved from the adaptation to predation of pollen, which allowed them to diversify together with their hosts: the flowering plants. Among bees, the orchid bee tribe Euglossini, are particular due to the length of their tongues, often disproportionate, which together with other intrinsic abilities of insects (flying and thermoregulation), make them very specific pollinators. We analysed the frequency and variation these features in two generations of several sympatric populations of orchid bees from São Paulo State (Brazil). Using multiple linear regression and linear models we determined that mean and variance of body weight changes in relation to the length of the tongue from one generation to another. Similarly, we found that this variation is correlated with the interactions between the euglossine community and its plant resources. The phenotypical variation detected comprises the three processes in natural selection: disruptive, stabilizing and directional. Rapid and drastic changes in quantitative phenotypic traits are probably due iterant habitat modification. This overall variation may cause a decrease in the stability of the bee-plant interaction and could lead to rapid fitness divergences between generations.
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Melhoramento do resíduo de Wald em modelos lineares generalizados / Improvement of Wald residual in generalized linear models

Mariana Ragassi Urbano 18 December 2008 (has links)
A teoria dos modelos lineares generalizados é muito utilizada na estatística, para a modelagem de observações provenientes da distribuição Normal, mas, principalmente, na modelagem de observações cuja distribuição pertença à família exponencial de distribuições. Alguns exemplos são as distribuições binomial, gama, normal inversa, dentre outras. Ajustado um modelo, para vericar a adequação do ajuste, são aplicadas técnicas de diagnósticos e feita uma análise de resíduos. As propriedades dos resíduos para modelos lineares generalizados não são muito conhecidas e resultados assintóticos são o único recurso. Este trabalho teve como objetivo estudar as propriedades assintóticas do resíduo de Wald, e realizar correções para que sua distribuição se aproxime de uma distribuição normal padrão. Uma aplicação das correções para o resíduo de Wald foi feita para cinco conjuntos de dados. Em dois conjuntos, a variável resposta apresentava-se na forma de contagem, e para a modelagem utilizou-se a distribuição de Poisson. Dois outros conjuntos são provenientes de delineamentos experimentais inteiramente casualizados, com variável resposta contínua e para a modelagem utilizou-se a distribuição normal, e para o último conjunto, o interesse era modelar a proporção, e utilizou-se a distribuição binomial. Um estudo de simulação foi conduzido, utilizando-se o método de Monte Carlo, e concluiu-se, que com as correções realizadas no resíduo de Wald, houve uma melhora signicativa em sua distribuição, sendo que a versão melhorada do resíduo tem distribuição que aproxima mais de uma distribuição normal padrão. / The theory of generalized linear models is very used in statistics, not only for modeling data normally distributed, but in the modeling of data whose distribution belongs to the exponential family of distributions. Some examples are binomial, gamma and inverse Gaussian distribution, among others. After tting a model in order to check the adequacy of tting, diagnostic techniques are used. The properties of residuals in generalized linear models are not well known, and asymptotic results are the only recourse. This work aims to study the asymptotic properties of Wald residual, and to obtain corrections to make the distribution of the modied residuals closer to standard normal. An application of the corrections for Wald residuals was done to ve datasets. In two datasets the response variables were counts, and to model, was used the Poisson distribution. Other two datasets are provided from a completely randomized design with a continuous response, and to model, was used the normal distribution, and, in the last dataset the interest was to model the proportion and the binomial distribution was used. A Monte Carlo simulation, was performed showing that the distribution of the corrected Wald residuals, is more close to the standard normal distribution.
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Uso do melhor preditor linear não viesado (BLUP) em análises dialélicas e predição de híbridos. / Use of best linear unbiased prediction in diallel analysis and in prediction of single crosses.

Mariana Iemma 14 March 2003 (has links)
A obtenção de híbridos de milho está relacionada com o aumento de produtividade dessa cultura. Para isso, normalmente são realizados cruzamentos entre linhagens de diferentes grupos heteróticos, que são determinados pelos melhoristas de forma que seja maximizada a divergência entre eles. A escolha dos genitores a serem cruzados pode ser facilitada pelo uso de cruzamentos dialélicos. Os modelos usados para a análise dos dialélicos permitem a estimação de parâmetros úteis para a seleção dos genitores e o estabelecimento de grupos heteróticos, sendo que os efeitos genéticos normalmente podem ser considerados como aleatórios. A forma tradicional de análise inclui tais efeitos na matriz de incidência dos efeitos fixos e emprega o método dos mínimos quadrados ordinários, o que impossibilita a análise usando a metodologia dos modelos mistos. Os objetivos deste trabalho foram comparar os resultados das análises dialélicas obtidas considerando o modelo fixo e o modelo misto e avaliar a eficiência do melhor preditor linear não viesado (BLUP) para predição de cruzamentos não realizados entre linhagens de milho, utilizando informações de marcadores moleculares RFLP para a estimação da matriz de parentesco. Foram considerados dados de 80 híbridos interpopulacionais e 20 testemunhas comerciais, avaliados em um látice 10 x 10 em três locais. Esses híbridos foram obtidos pelo cruzamento entre 8 linhagens do grupo heterótico BR-105 e 10 do grupo BR-106, as quais foram genotipadas com marcador RFLP. A análise dialélica foi realizada segundo a metodologia que considera o modelo genético como fixo e usa o método dos mínimos quadrados ordinários, e também usando a metodologia de modelos mistos, assumindo que a capacidade geral de combinação (CGC) dos dois grupos heteróticos e a capacidade específica de combinação (CEC) representam efeitos aleatórios. Além disso, foi avaliada a predição de híbridos simples não realizados, com base na matriz de covariâncias genéticas entre o híbrido não realizado e os híbridos preditores, usando as informações do marcador RFLP. Como todos os híbridos foram obtidos, foi simulada a retirada de cada um deles do conjunto, sendo sua performance predita a partir dos 79 restantes. Os resultados mostraram que, na comparação entre as análises dialélicas obtidas com as duas metodologias, embora os valores da CGC das linhagens da população BR-106 e da CEC tenham baixa correlação entre as duas metodologias (r=-0,11 e r=-0,06, respectivamente), a classificação dos híbridos mais produtivos sofre poucas alterações (r=0,99) e não causa dificuldades na seleção. A eficiência do BLUP para predição de cruzamentos não realizados entre linhagens de milho, utilizando informações de marcadores moleculares para a estimação da matriz de parentesco, mostrou a existência de moderada correlação entre os valores dos BLUP’s da produção de grãos e os valores preditos a partir dos híbridos observados restantes (r=0,35), o que indica que essa metodologia tem capacidade em predizer a estimativa de valores não observados, porém com alguma imprecisão. Os mesmos resultados foram observados entre as capacidades específicas de combinação observadas e as preditas (r=0,30). Conclui-se que a metodologia de modelos mistos pode ser usada, desde que com ressalvas, dada as correlações moderadas. / The obtainment of maize single crosses is related with increasing in productivity. To do so, inbred lines derived of different heterotic groups are crossed. These groups are established in such a way that the genetic divergences among them are maximized. Using diallel crosses can facilitate the choice of the inbred lines to be crossed. The models used to perform these analyses allow estimating genetic parameters that are useful in the selection of parental lines and in determining the heterotic groups. In these models, generally, the genetic effects are considered as random. However, these analyses are usually performed considering these effects in the matrix of fixed effects, and obtaining the parameter estimates according to the ordinary least squares method, making impossible using mixed linear models theory. The aims of this research were to compare the results of diallel analyses obtained by using fixed and mixed models, and evaluate the efficiency of the best linear unbiased predictor (BLUP) in predicting non-realized single crosses. Eighty interpopulation hybrids and twenty commercial checks were evaluated in a 10 x 10 lattice design with two replications located in three environments. These single crosses were obtained by crossing eight and ten inbred lines from BR-105 and BR-106 heterotic groups, respectively. These eighteen lines were genotyped by using RFLP molecular markers and then the coefficient of parentage among them was estimated. The genetic parameters general (GCA) and specific (SCA) combining abilities were estimated through diallel analyses, considering the linear model as fixed and using the ordinary least squares as the estimation method. Besides, GCA and SCA were predicted using BLUP and assuming the genetic effects as random. Besides, the prediction of non-realized single crosses was evaluated. To do so, each one of the 80 realized hybrids was predicted based on information of the others 79 single crosses and using the genetic variance-covariance matrix estimated using RFLP information. According to the results, it was found poor correlation between estimatives and predictions obtained considering the model as fixed or mixed, for GCA within BR-106 population (r=-0.11) and for SCA (r=-0.06). However, the ranking of the single crosses for productivity did not change (r=0.99) and did not make selection process more difficult. The efficiency of BLUP in predicting unrealized single crosses was moderated since the correlation between observed and predicted values was r=0.35, indicating some imprecision in these predictions. Similar results were obtained when comparing observed and predicted SCAs (r=0.30). It was possible to conclude that BLUP can be useful in diallel analyses and in prediction of single crosses, but some caution have to be account since the correlations presented moderate values.
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Uma abordagem para análise de dados com medidas repetidas utilizando modelos lineares mistos / One approach to analyzing data with repeated measures using linear mixed models

Michele Barbosa 11 September 2009 (has links)
No presente trabalho propôs-se uma abordagem simples visando à escolha de um modelo linear misto a ser ajustado a dados com medidas repetidas. A construção do modelo envolveu a escolha dos efeitos aleatórios, dos efeitos fixos e da estrutura de covariâncias utilizando técnicas gráficas e analíticas. O uso do Teste da Razão de Verossimilhança e dos Critérios de Informação de Akaike - AIC e de Schwarz - BIC pode levar a escolhas diferentes da estrutura de covariâncias, o que pode influenciar os resultados das inferências feitas sobre os parâmetros de efeitos fixos. A abordagem foi aplicada a conjuntos de dados resultantes de estudos agropecuários utilizando o software livre R. Foram feitas comparações dos resultados obtidos de modelos implementados com o proc mixed do SAS e com a função lme() do R, observando as vantagens e restrições destes dois softwares. / In this present work was proposed a simple approach to know how to choose a linear mixed model that can be adjustable to data with repeated measures. The construction of the model involved the choice of random effects, the fixed effects and covariance structure, using graphical and analytical techniques. The use of the Likelihood Ratio Test and the Akaike Information Criteria - AIC and Schwarz - BIC can lead to different choices of the structure of covariance, which may influence the results of inferences made about the parameters of fixed effects. The approach was applied to data sets that was resulted from farming studies using the software R. Comparisons of the results of models implemented were made with the proc mixed of SAS and with the function lme() of R, noting the advantages and limitations of these two softwares.
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Estudo de expressão gênica em citros utilizando modelos lineares / Gene expression study in citrus using linear models

Diógenes Ferreira Filho 12 February 2010 (has links)
Neste trabalho apresenta-se uma revisão da metodologia de experimentos de microarray relativas a sua instalação e análise estatística dos dados obtidos. A seguir, aplica-se essa metodologia na análise de dados de expressão gênica em citros, gerados por um experimento de macroarray, utilizando modelos lineares de efeitos fixos considerando a inclusão ou não de diferentes efeitos e considerando ajustes de modelos para cada gene separadamente e para todos os genes simultaneamente. Os experimentos de macroarray são similares aos experimentos de microarray, porém utilizam um menor número de genes. Em geral, são utilizados devido a restrições econômicas. Devido ao fato de terem sido utilizados poucos arrays no experimento analisado neste trabalho foi utilizada uma abordagem bayesiana empírica que utiliza estimativas de variância mais estáveis e que leva em consideração a correlação entre as repetições do gene dentro do array. Também foi utilizado um método de análise não paramétrico para contornar o problema da falta de normalidade para alguns genes. Os resultados obtidos em cada um dos métodos de análise descritos foram então comparados. / This paper presents a review of the methodology of microarray experiments for its installation and statistical analysis of data obtained. Then this methodology is applied in data analysis of gene expression in citrus, generated by a macroarray experiment, using linear models with fixed effects considering the inclusion or exclusion of different effects and considering adjustments of models for each gene separately and for all genes simultaneously. The macroarray experiments are similar to the microarray experiments, but use a smaller number of genes. In general, are used due to economic restrictions. Because they have been used a few arrays in the experiment analyzed in this study it was used a empirical Bayes approach that uses estimates of variance more stable and that takes into account the correlation among replicates of the gene within array. A non parametric analysis method was also used to outline the problem of the non normality for some genes. The results obtained in each of the described methods of analysis were then compared.
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Modelos lineares generalizados e modelos de dispersão aplicados à modelagem de sinistros agrícolas / Generalized linear models and model dispersion applied to modelling agricultural claims

Keliny Martins de Melo Sousa 12 February 2010 (has links)
O presente trabalho tem por objetivo utilizar a abordagem dos modelos lineares generalizados e os modelos de dispersão no contexto do seguro agrícola. Os modelos lineares generalizados (MLG\'s) constituem uma extensão dos modelos lineares de regressão múltipla introduzida por Nelder e Wedderburn (1972), que inclui modelos cuja variável resposta pertence à família exponencial de distribuições. O MLG é formado por um componente aleatório, que possui distribuição pertencente à família exponencial, um componente sistemático, conectados por uma função de ligação. Jorgensen (1997) estende a utilização dos MLG para uma classe mais ampla de modelos probabilísticos, denominados modelos de dispersão. A estimação dos parâmetros foi baseada no método da máxima verossimilhança, e também, em função da amostra ser relativamente pequena, optou-se pelo método de bootstrap não-paramétrico. As duas abordagens foram aplicadas a dois conjuntos de dados de sinistros de 15 municípios do estado do Rio Grande do Sul. Os resultados mostraram que a precipitação acumulada tem influência na ocorrência de sinistros. Entretanto, na modelagem do montante do sinistro não foi encontrada nenhuma variável significativa. Usando o método de bootstrap, foi encontrada influência das variáveis precipitação acumulada e a temperatura média no numero de sinistros / The main objective of this work is to use the generalized linear models and dispersion models in the agricultural insurance context. The Generalized Linear Model (GLM) are an extension of the multiple regression linear models presented by Nelder e Wedderburn (1972). This approach include situations in which the response variable can be included in exponencial the family. The GLM is composed of a randomized component, a sistematic component and the link functions. JÁrgensen (1997) extend the application of the GLM for a more general class of probability models, called dispersion models. Both approaches were applied in two insurance datasets for 15 citys in Rio Grande do Sul. The parameters estimation was based in the maximum likelihood method, in addition, because of the relatively small sample, the non-parametric Bootstrap method was used. This study show, using GLM, that only the accumulated rainfall was statistically significant . However, any of the covariates was significant when modelling the amount of claims. In the analysis using Bootstrap method the accumulated rainfall and average temperature were significant when modelling the number of insurance clains.

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