No Brasil, a ferrugem, causada pelo fungo Puccinia psidii Winter, se destaca como a mais importante doença da cultura do eucalipto, principalmente na região Sudeste do país. O uso de genótipos resistentes é o principal método de controle da doença, o que torna essencial o conhecimento das bases genéticas da resistência para a seleção de genótipos resistentes. Neste estudo, uma progênie F1 de 90 irmãos completos foi utilizada para identificar marcadores ligados a genes de resistência a este patógeno. A severidade da doença foi avaliada em quatro épocas ao longo de uma epidemia por meio de escala diagramática e os dados foram utilizados para o cálculo da área sob a curva de progresso da doença (AUDPC) para cada indivíduo. O delineamento experimental foi de blocos incompletos em dois ambientes e os valores de AUDPC foram analisados por meio de modelos mistos, excluindo-se a variação ambiental. Um mapa genético foi construído com base em marcadores microssatélites, AFLP e TRAP através de uma análise multiponto. O mapeamento de QTL seguiu duas abordagens: mapeamento por intervalos (IM) e mapeamento por intervalos compostos (CIM). No mapa de ligação foram posicionados 117 marcadores microssatélites, 10 TRAP e 33 AFLP, distribuídos por 11 grupos de ligação, totalizando 1075 cM com distância média de 6,7 cM entre marcadores. A análise de IM identificou um QTL (LOD=7,7) no grupo de ligação 3, representando 28,5% da variação em AUDPC na progênie observada. Já a análise CIM detectou dois QTL, ambos no grupo de ligação 3. A posição do primeiro QTL coincidiu com aquela do QTL identificado na análise por IM, porém com maior valor de LOD (10,3), explicando 39,5% da variação em AUDPC. O segundo QTL (LOD=3,4), cujo valor probabilístico máximo distou 39,0 cM do primeiro QTL, explicou 6,9% da variação fenotípica. Os alelos de resistência nos dois QTL se encontram em repulsão, com efeito aditivo negativo (=-0,60) e ausência de dominância no primeiro QTL e efeito aditivo positivo (=0,29) e dominância completa (=-0,23) no segundo QTL. Os marcadores ligados aos dois QTLs têm potencial utilização na seleção assistida, com conseqüente aumento na eficiência durante a seleção de genótipos resistentes. / In Brazil, the eucalyptus rust, caused by Puccinia psidii Winter, stands out as the most important disease of eucalypts, mainly in southeastern Brazil. The use of resistant genotypes is the main control method, which makes the understanding of the genetic basis of resistance essential to the selection of resistant genotypes. In this study, an F1 progeny of 90 plants was used to identify markers linked to resistance genes to this pathogen. Four disease severity assessments were conducted during an epidemic with a diagrammatic scale and the data were used to calculate the area under the disease progress curve (AUDPC) for each plant. The experimental design consisted of incomplete blocks in two environments. AUDPC values were analyzed using mixed models, excluding the environmental variation between locations. A genetic map was constructed based on microsatellite, AFLP and TRAP markers based on a multipoint analysis. QTL mapping was done based on two approaches: interval mapping (IM) and composite interval mapping (CIM). The linkage map consisted of 117 microsatellite, 10 AFLP and 33 TRAP markers, placed over 11 linkage groups, totalizing 1075 cM with an average distance of 6.7 cM between markers. IM analysis identified a QTL (LOD = 7.7) on linkage group 3, accounting for 28.5% of the phenotypic variation in AUDPC. The CIM analysis detected two QTL, both on linkage group 3. The position of the first QTL coincided with that of the QTL identified in the IM analysis, but with a higher LOD (10.3), accounting for 39.5% of the variation. The second QTL (LOD = 3.4), whose maximum probability value was placed 39.0 cM away from the first QTL, accounted for 6.9% of the phenotypic variation. The resistance alleles in the two QTL are linked in repulsion with negative additive effect ( =- 0.60) and lack of dominance in the first QTL and positive additive effects (=0.29) and complete dominance (=-0.23) in the second. The markers linked to the two QTL have potential use in assisted selection, thus increasing the efficiency of selection of resistant genotypes.

Este trabalho teve por objetivo esclarecer a identidade de duas espécies próximas a Doryctobracon areolatus (Szépligeti) e de uma relacionada a Opius bellus Gahan, mencionada na literatura nacional como Opius sp. aff. bellus, por meio da morfometria geométrica e da análise das regiões do ITS2 do rDNA e 28S rDNA D2. As medidas das asas de D. areolatus, Doryctobracon sp. 1 e Doryctobracon sp. 2, O. bellus e Opius sp. aff. bellus, provenientes de diversas localidades brasileiras, foram estudadas por meio da morfometria geométrica. A avaliação de 20 pontos anatômicos nas asas, por meio de análise multivariada revelou a existência de variabilidade interpopulacional em 11 populações de D. areolatus, provenientes de localidades das cinco regiões brasileiras. O estudo morfométrico ainda revelou que Doryctobracon sp. 1 (estigma claro) e Doryctobracon sp. 2 (estigma escuro) diferem entre si e também de D. areolatus (Szépligeti). No entanto, entre os espécimes de O. bellus Gahan e Opius sp. aff. bellus, os resultados apontaram a coespecificidade desses indivíduos. Com base no tamanho do centróide, os resultados apontam a existência de dimorfismo sexual em relação ao tamanho das asas, ou seja, as fêmeas possuem asas relativamente maiores que as dos machos. Nas análises moleculares, os resultados indicaram a ocorrência de variabilidade intraespecífica, com relação ao tamanho do fragmento entre as populações de D. areolatus provenientes dos estados do AP, SP, GO e TO com a utilização dos dois marcadores moleculares (ITS2 e 28S rDNA D2). Porém, entre os espécimes de Doryctobracon sp. 1 (estigma claro) e de Doryctobracon sp. 2 (estigma escuro), essas regiões não variaram quanto ao tamanho, mas diferiram na composição das sequências, revelando que correspondem realmente a duas espécies. Portanto, houve congruência entre os resultados morfométricos e moleculares para essas espécies de Doryctobracon. Entre os espécimes identificados como Opius bellus e Opius sp. aff. bellus, a região do ITS2 indicou a ocorrência de variabilidade intrapopulacional, semelhante à interpopulacional, com elevada similaridade entre as morfoespécies analisadas. No entanto, a região do 28S rDNA D2 apresentou elevada similaridade entre as sequências obtidas, fortalecendo as indicações de que os espécimes considerados como O. bellus Gahan e Opius sp. aff. bellus, na realidade, pertencem à uma única espécie, conclusão também sustentada pelas análises morfométricas. / This study aimed to elucidate the identity of two-closely related species of Doryctobracon areolatus (Szépligeti) and a closely related species of Opius bellus Gahan, commonly referred to as Opius sp. aff. bellus, by using geometric morphometry and molecular analysis (ITS2 rDNA and 28S rDNA D2 regions). The analysis based on 20 landmarks through the multivariate analysis (CVA) revealed the existence of interpopulation variability in the wing morphology of 11 populations of D. areolatus, from five Brazilian regions. The morphometric study also showed that specimens of Doryctobracon sp. 1 (clear stigma) and Doryctobracon sp. 2 (dark stigma) were distinct between themselves and also from D. areolatus (Szépligeti). However, specimens of O. bellus Gahan and Opius sp. aff. bellus were found to be cospecifics. Analysis based on the centroid size indicated the existence of sexual dimorphism in relation to the size of the wings, ie, females had relatively larger wings than males. The molecular analysis indicated intraspecific variability in the size of the fragment between populations of D. areolatus from Amapá, São Paulo, Goiás and Tocantins states for both of the molecular markers used (ITS2 and 28S D2 rDNA). But these markers had similar sizes for Doryctobracon sp. 1 (stigma clearly) and Doryctobracon sp. 2 (dark stigma), with a very different base composition, indicating the existence of two distinctive species. Both molecular and morphometric analysis gave similar results. Among the specimens identified as Opius bellus and Opius sp. aff. bellus, analysis of the ITS2 region indicated the intrapopulation variability was similar to the interpopulation, with high similarity between the morphospecies analyzed. However, the region of the 28S D2 rDNA showed high similarity between the sequences obtained, reinforcing the indication that the specimens taken as O. bellus Gahan and Opius sp. aff. bellus in fact, belong to the same species, which was also supported by morphometric analysis.

Com o aumento da produtividade na área agropecuária, houve um aumento na busca por sistemas de produção mais eficientes e competitivos. Neste contexto, o melhoramento genético animal tem proporcionado avanços na obtenção de produtos de origem animal, principalmente na seleção de touros. A superioridade genética de touros para produção de leite não pode ser medida diretamente nos animais, assim, o valor genético é medido pelo desempenho de produção de leite de suas filhas pelo teste de progênie. A seleção de touros pelo teste de progênie pode ser considerada como método ideal quando temos características de baixa herdabilidade, populações grandes e um grande número de progênies, que hoje são obtidas pelo uso de inseminação artificial. O correto parentesco entre reprodutores é um pré-requisito para um eficiente programa de melhoramento genético animal. Muitas das questões de parentesco podem ser resolvidas pelos testes convencionais, como grupos sanguíneos e proteínas do soro. Entretanto em alguns casos, esses polimorfismos não são suficientes para esclarecer a correta paternidade e, em função disso outros métodos passaram a ser utilizados, como os marcadores moleculares microssatélites. Esta metodologia tem sido descrita para resolver com maior eficiência os casos de verificação e determinação de parentesco, inclusive em bovinos, devido ao alto polimorfismo que apresenta, aliado a resultados de clara interpretação. Para a investigação de paternidade, foram utilizados os marcadores microssatélites BM8246, BMS963, CSFM50, INRA112. Foram verificadas as paternidades de nove touros da raça Gir leiteiro em teste de progênie, calculada a taxa de erro de paternidade e o efeito que esta teria na estimativa do valor genético dos touros. Foi verificado que das 74 filhas analisadas, houve exclusão para 27 delas, correspondendo a um erro de 36% na identificação de paternidade. No entanto, a mudança observada na classificação dos touros devido à correção das paternidades incorretas e consequente mudanças nos valores genéticos dos touros, não foi significativa quando as duas avaliações foram comparadas pelo método de correlação de Spearman. / Increased production in agribusiness has intensified the search for more efficient and competitive production systems. In animal production, advances are achivied primarily through sire selection. Genetic superiority of bulls for milk production cannot be directly measured in the animal; therefore, genetic value is measured by the milk production of its daughters by a progeny test. Selection of bulls by the progeny test could be considered an ideal method when the following characteristics are present: low hereditability, large productions and a large number of progenies. However, the method presents two drawbacks that limit its use: 1) high cost and 2) increase in generation intervals. Nevertheless, these obstacles can be overcome when a large number of progenies are obtained with artificial insemination (A.I.). Correct relationship among sires is essential for an efficient animal-breeding program. Many questions about relationship can be solved by conventional tests, such as blood type and serum proteins. In some cases these polymorphisms are not enough for accurate results; consequently, other methods are used such as microsatelitte molecular markers. This methodology has been described to determine and verify parentage including bovines with high efficiency due to its greater polymorphism and easily interpreted results. Microsatelitte markers BM8246, BMS963, TEXAN15, BMS483, CSFM50, INRA112 were used to investigate paternity. Paternity of nine Gir dairy sires participating in a progeny test was verified. The paternity error rate was calculated and its effect on estimation of the genetic value of the sires determined. Of the 74 daughters analyzed 27 were excluded, which corresponds to a 36% error in paternity identification. However, the change observed in bull classification due to correction of inaccurate paternity and consequent changes of genetic value of the sires was not significant when the two evaluations were compared by the correlation method of Spearman.

O CBC é o câncer mais comum hoje, causado pela UV que ao atingir a pele origina mutações no DNA que se não reparadas podem levar a tumorigênese. Este estudo avalia seqüências repetitivas (microssatélites e RAPD) na busca de marcadores moleculares e de genes envolvidos no surgimento deste tipo de tumor. Os padrões foram obtidos por PCR utilizando como molde DNA genômico de tumores, pele normal e leucócitos. Foram avaliados 34 tumores. Alterações nos microssatélites foram correlacionadas com o CBC esclerodermiforme e nos RAPD (OPB-08) com tumores micronodulares. Alterações de microssatélites e RAPDs apresentam correlação com o maior número de lesões em um mesmo paciente. Indicando um acompanhamento mais atento de pacientes mais alterados. A busca de novos genes envolvidos no CBC identificou DENND1A no cromossomo 9, putativamente menos expresso em cânceres de pele, porém com relação indeterminada com a carcinogênese e BANP/SMAR1, supressor tumoral que atua na via do p53, afeta a transcrição da ciclina D1 e inibe a sinalização da via TGFb promovendo a carcinogênese / BCC is the most common cancer today, caused by UV that generates mutation on the DNA of skin cells, which if not repaired may lead to tumorigenesis. This study evaluates repetitive sequences (microsatellites and RAPD) searching for molecular markers and genes involved in the development of this tumor. The patterns were obtained by PCR using as template genomic DNA from 34 tumors, normal skin and leucocytes. Microsatellite alterations are correlated with sclerosing BCC and RAPDs with micronodular BCC (OPB-08). Alterations in microsatellites and RAPD are correlated with an increase in the number of tumors in a patient. This indicates a more careful follow up for the more altered patients. The search for new genes involved with BCC identified DENND1A on chromosome 9, putatively less expressed in skin cancers, whose relation to carcinogenesis is undetermined and BANP/SMAR1, a tumor suppressor acting on the p53 pathway, affecting cyclin D1 transcription and inhibiting TGFb signaling pathway, promoting carcinogenesis

O objetivo da pesquisa foi selecionar isolados de Metarhizium anisopliae patogênicos para cigarrinha-da-raiz, Mahanarva fimbriolata, e caracterizá-los morfológica e geneticamente, por meio de técnicas de análise de DNA (RAPD). A seleção foi feita em laboratório, utilizando ninfas coletadas a campo que foram pulverizadas com o fungo e mantidas nas raízes de mudas de cana-de-açúcar. A mortalidade corrigida, ao quinto dia após a inoculação, variou de 10,5 a 60%. Verificou-se que todos os isolados apresentaram coloração das colônias variando de verde acinzentado ao verde escuro, com crescimento de 28mm para o isolado IBCB-353 à 38mm para o isolado IBCB-348. O comprimento dos conídios não teve influência na patogenicidade e variou de 5,465µm para o isolado IBCB-345 a 7,970µm para o isolado ESALQ 1301 sendo que todos pertencem à subespécie anisopliae. Constatou-se a presença de RNA de fita dupla em onze dos vinte isolados, mas não houve relação entre a presença desta banda e sua patogenicidade para M. fimbriolata. Foi possível separar os isolados em dois grupos (A e B) com 72,5% de similaridade, sendo observada a composição de dois subgrupos (B1 e B2), com 77,5% de similaridade, dentro do grupo B. A alta similaridade entre os dois grupos e dentro de cada um deles, indicou que os isolados pertencem à mesma subespécie, reforçando o que foi concluído com a caracterização morfológica. O método utilizado confirma a grande diversidade genética da espécie M. anisopliae, porém, não reflete sua similaridade de patogenicidade a ninfas de M. fimbriolata, pois os dois isolados mais patogênicos (IBCB-384 e ICBC-348) foram dispostos em grupos diferentes. Não se observou um padrão específico de agrupamento entre isolados oriundos da mesma região ou hospedeiro, ou seja, a diversidade genética parece ser independente do local de origem do fungo, como seria esperado com um patógeno que, em geral, tem revelado alto grau de especialização ao hospedeiro. / This research was carried out to evaluate the pathogenicity of isolates of the entomopatogenic fungus Metarhizium anisopliae against the spittlebug, Mahanarva fimbriolata, and to characterize them morphologically and genetically through RAPD method. The selection was made under laboratory condition, using nymphs collected at field. The fungus was sprayed on the nymphs by a Potter tower (15 pounds/pol2) and then, they were maintained in roots of sugar-cane seedlings. The mortality was evaluated 5 days after the inoculation, ranging from 10.5 to 60%. The colonies’ color varied from grayish green to dark green and the colonies diameter ranged from 28mm (isolate IBCB-353) to 38mm (isolate IBCB-348). The conidia length ranged from 5.465µm for the isolate IBCB-345 to 7.970µm for the isolate ESALQ 1301. With those results it could be concluded that all the studied strains belong to the subspecies anisopliae. The size did not have influence in the pathogenicity of the isolate. It was evidenced presence of double-stranded RNA (virus) in eleven out of the twenty isolates tested, but it did not have relation between the presence of the virus and its pathogenicity for M. fimbriolata. It was possible to separate isolates in two groups (A and B) with 72.5% of similarity, being observed the composition of two sub-groups (B1 and B2), with 77.5% of similarity, inside of group B. The high similarity between the two groups and inside of each one indicated that the isolates belong to the same subspecies, confirming what it was concluded with the morphologic characterization. The used method confirms the great genetic diversity of species M. anisopliae, however, does not reflect its similarity of pathogenicity the nymphs of M. fimbriolata, therefore the two isolated most pathogenic (IBCB-384 and ICBC-348) were located in different fenetic groups. In the present study a specific standard of grouping between isolated deriving of the same region or host was not observed, or either, the genetic diversity seems to be independent on the fungus origin, as it would be expected from a pathogen that, in general, shows high degree of specialization to the host.

[Truncated abstract] Zinc deficiency in crops is the most widespread micronutrient deficiency, with about 50% of the cereal-growing areas worldwide containing low levels of plant-available Zn. Zinc plays multiple key roles in different metabolic and physiological processes; its deficiency in crops reduces not only grain yield, but also the nutritional quality of grains. Insufficient micronutrient intake, particularly Zn and Fe, afflicts over 3 billion people in the world, mainly in developing countries. Increasing the amount of Zn in food crops can contribute to improving the Zn status of people. Furthermore, Zn-dense seeds have agronomic benefits, resulting in greater seedling vigour, bigger root system and higher crop yield when sowed to soils with low plant-available Zn. Enhancing nutrient content and nutritional quality of crops for human nutrition is a global challenge currently, but it was mostly ignored during the breeding process in the past. There is a significant genotypic variation for seed Zn accumulation in several crops (including barley) which could be exploited in the breeding programs to produce genotypes with higher seed Zn concentration and content. However, the progress in Zn efficiency until now has mainly relied on conventional plant breeding approaches that have had limited success. Therefore, reliable alternative methods are required. Enhancing mineral nutrition through plant biotechnology may be a sustainable and beneficial approach in developing Zn-dense seeds in the staple crops. ... This DNA band was sequenced and converted into a simple sequence-specific PCR-based marker, which was designated as SZnR1 (seed Zn-regulator1). The developed marker is very easy to score, is inexpensive to run and amenable for a large number of plant samples. The successful development of SZnR1 molecular marker linked to chromosome region associated with seed Zn concentration and content using MFLP in this study illustrates the advantage of this technique over some other DNA fingerprinting methods used for identification of molecular markers for marker-assisted selection (MAS). In conclusion, the greater Zn efficiency of Sahara over Clipper under sufficient Zn supply may be attributed to its higher uptake of Zn. It appears that soil-based pot experiments under controlled condition may offer potential improvements over field experiments in screening for seed Zn accumulation. Shoot and seed Zn concentration and content can be used to diagnose the Zn statues of barley genotypes, and may be a useful selection criterion for Zn efficiency in large populations like doubled-haploid populations aimed at developing molecular markers for Zn efficiency. Identified QTLs influencing seed Zn concentration were repeatable in the field and glasshouse conditions, suggesting their robustness across environments as well as their value in marker-assisted selection. The developed PCR-based marker SZnR1 and other molecular markers associated with the QTLs on the short and long arms of chromosome 2H have the potential to be used for marker-assisted selection in breeding for Zn-dense seed in barley.

Blumeria graiminis f. sp. hordei (powdery mildew) is an obligate biotroph infecting hordeum vulgare (barley). It is one of the most devastating pathogens of barley, decreasing barley yield in great extent. In order to decrease barley loss, numerous studies are being conducted for overcoming the disease from the sides of both pathogen and host. However the pathogen is evolving very rapidly preventing the effective use of pesticides such as fungisides or development of resistant barley varieties by crossing race-specific resistance varieties, varieties having R genes, with susceptible but high yield producing varieties. In order to understand the mechanism of pathogen-host interactions, and producing enduring solutions for the problem of yield loss in barley molecular tools need to be used. In this thesis study, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) molecular marker method is used in order to reveal the molecular characterization of Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei varieties collected from &Ccedil / ukurova region in Turkey. Thirty-nine samples were analyzed with eigth universal races, of which virulence genes are studied. AFLP studies were conducted on LI-COR 4300 DNA Analyzer system. Bioinformatics analysis was performed with NTSYS program. By the help of this Numerical Taxonomic System, similarity, dissimilarity, clustering, dendograms, two-dimensional scatter plots, and three-dimensional perspective plots were obtained. By the light of these analyses Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei varieties together with universal races are grouped into three clusteres. In conclusion, studying Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei isolates and comparing them with universal races is a unique study in terms of characterizing the Turkish Bgh isolates for the first time, and can be used as a frontier study for studying Resistance genes, by reverse genetic tools.

Entre as doenças que trazem preocupações e podem causar prejuízos no setor canavieiro em todo o Brasil, destaca-se a ferrugem marrom, causada pelo fungo Puccinia melanocephala H. & P. Sydow. Essa doença ocorre em todas as regiões canavieiras do mundo, desde a Ásia e a África, de onde o complexo \"Sacharum spp.\" é originário, até as Américas e Oceania. No Brasil, a ferrugem foi detectada, pela primeira vez em 1986, no município de Capivari-SP e logo em seguida em Pernambuco e Alagoas. Desde o primeiro surgimento no Brasil, a ferrugem tem sido mantida sob controle, com grande parte das cultivares apresentando resistência. O conhecimento acerca da estrutura populacional de P. melanocephala é necessário para desenvolver estratégias satisfatórias no controle desta doença e no desenvolvimento de cultivares resistentes. A variabilidade genética entre isolados pode ser avaliada por meio de marcador molecular microssatélite e os dados podem ser usados para monitorar as populações do patógeno. Este trabalho teve como objetivo avaliar, por meio do desenvolvimento de uma biblioteca enriquecida em locos de microssatélites, a variabilidade genética entre isolados de P. melanocephala bem como avaliar a patogenicidade de isolados de diferentes regiões produtoras de cana-de-açúcar. Primeiramente, os 44 isolados de ferrugem da cana foram identificados por microscopia utilizando estruturas morfológicas dos urediniósporos. Desse total, 34 foram identificadas como P. melanocephala e 10 como Puccinia kuehnni. Por meio da construção da biblioteca enriquecida com locos microssatélites foram desenvolvidos 21 locos para ferrugem marrom, e desse total, 16 apresentaram amplificações satisfatórias e somente quatro foram polimórficos. A variabilidade genética dos isolados de P. melanocephala foi relativamente alta (HT = 0,650). A análise de agrupamento não permitiu a separação dos isolados de P. melanocephala de acordo com sua região de origem. Os índices de diversidade (DST = -0,039) e divergência (GST = -0,061) genética observados sugerem que a variabilidade genética está igualmente distribuída nas regiões estudadas, ocorrendo uma única população heterogênea. As regiões de origem dos isolados utilizadas para avaliação de patogenicidade não apresentaram variações significativas na agressividade. Os resultados obtidos no presente trabalho evidenciam que o melhoramento genético da cana-de-açúcar para resistência a ferrugem marrom deve ser conduzido em locais com clima favorável a ocorrência do patógeno, que possivelmente representam a diversidade genética presente em diferentes regiões de cultivo / Among the diseases that bring concerns and can cause losses in the sugarcane industry in Brazil, stands out the brown rust, caused by the fungus Puccinia melanocephala H. & P. Sydow. This disease occurs in all sugarcane regions of the world, from Asia and Africa, where the complex \"Sacharum spp.\" originates, to the Americas and Oceania. In Brazil, the rust was detected for the first time in 1986 in the region of Capivari-SP and soon after in the Pernambuco and Alagoas. Since the first appearance in Brazil, the rust has been brought under control, with most of the cultivars showing resistance. The knowledge about the population structure of P. melanocephala is necessary to develop suitable strategies to control this disease and the development of resistant cultivars. The genetic variability between isolates can be assessed by means of microsatellite molecular markers and data can be used to monitor populations of the pathogen. The aim of this work was to develop a library enriched for microsatellite loci in P. melanocephala and assessment of pathogenicity of isolates from three different sugarcane regions producing. First, the 44 sugarcane rust isolates were identified by microscopy using morphological structures of urediniospores. Of this total, 34 were identified as P. melanocephala and 10 as P. kuehnni. Through the construction of the library enriched with microsatellite loci were developed 21 loci brown rust of those, 16 had satisfactory PCR amplifications and only four were polymorphic. The genetic variability of isolates of P. melanocephala was relatively high (HT = 0.650). The cluster analysis did not allow the separation of isolates of P. melanocephala according to their region of origin. The index of the genetic diversity (DST = -0.039) and genetic divergence (GST = -0.061) suggest that genetic variability is equally distributed in the regions studied, occurring only a heterogeneous population. The regions of origin of isolates used for pathogenicity assessment did not show significant variations in aggressiveness. The results obtained in this work show that the genetic improvement of sugarcane for resistance to brown rust should be conducted in areas with favorable weather for the occurrence of the pathogen, which may represent the genetic diversity present in different sugarcane regions

My diploma thesis deals with genetic variability of entomopathogenic fungi of the Isaria genus encountered in the Czech Republic. Individual representative of the genus can be found in soil where they attack all developmental stages of insects, giving preference to larvae and pupae. The Isaria fungi find application first and foremost where plants have to be provided biological protection. In case of mitosporic fungi is the precise identification very difficult, taxonomy is often unclear in many genera, including the genus Paecilomyces/Isaria to demonstrate their polyphyletic nature. The fungi are classified primarily with reliance on morphological studies. The most common markers used to identify fungi are the shapes and sizes of their conidia and the biological properties (germination of spores, tests of biological efficiency). Identification made in consideration of the morphological markers is inaccurate and very variable. To overcome those accuracies, there are very useful molecular DNA markers, which can be relevant in ecology, biology and in fungi genetics. This paper relies on applying the ITS region (Internal Transcribed Spacer) as a molecular marker. ITS regions are partial constituent rDNA carrying no code - that is why the regions are likely to accumulate evolutionary changes in the DNA sequence, which makes them suitable for extensive use in taxonomic analyses of many organisms. The study results in a phylogenetic trees constructed by comparing different sequences of ITS regions obtained from the samples of entomopathogenic fungi of the Isaria genus gathered in the Czech Republic during the monitoring stage 2013 to 2014. Thereunder detection of Isaria sp. occurring in the Czech Republic.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4293.pdf: 642637 bytes, checksum: 6b7a62fa5cf6f1f58e418c8414593c06 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Tenderness is the main trait appreciated by consumers of bovine meat, however Nellore animals that comprise the largest part of Brazilian cattle, have lower tenderness when compared with European animals. In this way, it is essential understand the variability of genes associated to tenderness as well as their mechanisms of allelic expression, considering that deviations of expression depending on the parental origin of the allele have been described for some genes, and these phenomena must be understood to be incorporated in animal breeding programs. Therefore, the aim of this study was to evaluate the variability of SNPs in candidate genes for tenderness and investigate the expression pattern of their alleles. For this purpose, genotypes of SNPs in CAST, CAPN1, DGAT1, leptin, KCNJ11 and IGFBP3 genes were determined in 30 sires, in which the genes DGAT1, leptin and IGFBP3 were not polymorphic. After this, polymorphic SNPs in population of sires were genotyped in their offspring by TaqMan® assay in real time PCR, followed by allelic expression analysis. In the expression analysis, to discriminate each allele of the gene it was utilized one SNP, or two in the case of KCNJ11. All genes presented biallelic expression in adult muscular tissue. However, with exception of CAPN1 for which the allelic expression difference was not significant, the allelic expression ratio was significantly different of 1 for SNP of CAST (1.3±0.03) and the two SNPs of KCNJ11 SNP 2126T>C (1.2±0.04) and SNP 2942C>T (1.46±0.04). Differential allelic expression (DAE) found in SNP 2126T>C of KCNJ11 and in CAST were not influenced by parental origin of allele, but the differences in allelic expression for SNP 2942C>T of gene KCNJ11 showed parental origin effect and influence by genotype of the other SNP of KCNJ11. It was conclude that the CAST, CAPN1 and KCNJ11 are polymorphic in this population, they are not imprinted, but CAST and KCNJ11 showed differential allelic expression. / A maciez é o principal atributo apreciado pelos consumidores da carne bovina, no entanto, animais da raça Nelore, que compõem a maior parte do rebanho brasileiro, apresentam carne menos macia, quando comparados a animais de origem europeia. Assim, é fundamental compreender a variabilidade de genes associados à maciez além de seus mecanismos de expressão alélica, já que desvios da expressão em função da origem parental do alelo têm sido descritos para alguns genes e tais fenômenos precisam ser compreendidos para serem incorporados nos programas de melhoramento animal. Portanto, o objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade de SNPs contidos em genes candidatos a influenciar a maciez da carne e compreender o padrão de expressão de seus alelos. Para isso, os genótipos para SNPs contidos nos genes CAST, CAPN1, DGAT1, leptina, KCNJ11 e IGFBP3 foram determinados em uma população de 30 touros, nos quais os genes DGAT1, leptina e IGFBP3 não se mostraram polimórficos. Os SNPs polimórficos na população de touros foram então genotipados na progênie, por ensaio TaqMan® em PCR em tempo real, seguida da avaliação da expressão alélica dos mesmos. Na análise de expressão utilizou-se um SNP para discriminar cada alelo do gene, ou dois SNPs, no caso do KCNJ11. O padrão de expressão de todos os genes foi bialélico no tecido muscular adulto. Entretanto, com exceção do CAPN1, para o qual a diferença de expressão alélica não foi significativa, as razões de expressão alélica foram significativamente diferentes de 1 para os genes CAST (1,3±0,03) e os dois SNPs analisados do KCNJ11 SNP 2126T>C (1,2±0,04) e SNP 2942C>T (1,46±0,04). A expressão alélica diferencial (EAD) encontrada no SNP 2126T>C do KCNJ11 e no CAST não foram influenciadas pela origem parental do alelo, mas a diferença de expressão alélica no SNP 2942C>T do gene KCNJ11 apresentou efeito de origem parental, além da influencia do genótipo do outro SNP do KCNJ11. Concluiu-se então que os genes CAST, CAPN1 e KCNJ11 são polimórficos na população, não são imprinted, mas os genes CAST e KCNJ11 apresentam expressão alélica diferencial.