Spatial Transcriptomics (ST) is a microarray-based RNA sequencing technology that allows for genome-wide transcriptome profiling of tissue sections with spatialresolution, which was published in Science by Ståhl and Salmén et al in 2016. Polyadenylated transcripts are captured on a microarray surface through hybridizationwith a barcoded DNA oligo that carries the information necessary to infer spatialposition and transcript uniqueness from the output sequencing reads. The ST protocolutilizes Unique Molecular Identifiers (UMIs) to remove PCR duplicates and obtain reliable estimates of gene counts. However, errors gradually accumulate in the UMIpool as a consequence of enzymatic conversion steps and these errors ought to be addressed computationally in data processing steps to produce reliable gene countestimates.In this thesis, we used ERCC reference RNAs and a set of custom-made DNA oligosas spike-ins in the ST protocol to explore sources of technical variation under controlled experimental conditions. An exploratory analysis of the spike-in data gave new insights into the chemistry which could guide future improvements of the protocol. We also developed a new strategy to bin read alignments before gene quantification and showed that this strategy produces a more reliable output. Finally, we developed an in silicosimulation of the ST library preparation to provide a framework that can be used toevaluate the performance of various computational processing strategies. The simulation was then used to benchmark a set of duplicate removal algorithms used toquantify gene expression.This master thesis project was carried out at SciLifeLab at the division of GeneTechnology under supervision of José Fernandez Navarro. / Spatial Transcriptomics (ST) är en teknologi som utvecklades av Ståhl och Salmén etal (2016) och som används för att analysera RNA från vävnadssnitt. Metoden användersig av ett mikrochip som kan fånga upp polyadenylerade molekyler från vävnaden med hjälp av oligo(dT)-prober som är riggade på ytan. Varje yt-prob innehåller en positionsspecifiksekvens som kan användas för att bestämma från vilken position på ytan enRNA-molekyl fångats och ger därmed en möjlighet att analysera transkriptomet överhela vävnadssnittet. Genom att kombinera denna teknologi med högupplöst ljusfältsmikroskopiär det möjligt att skapa en tvådimensionell representation av genuttrycksom direkt kan kopplas till vävnadens morfologi. På varje DNA-oligo finns förutompositions-specifika sekvenser dessutom en kortare sekvens, en så kallad UMI somanvänds för att avlägsna PCR-duplikat. Dessa sekvenser kan signifikant förbättra estimaten av genuttryck, men är känsliga för mutationer och fel som uppstår under de flertalet enzymatiska reaktioner som utnyttjas i ST-protokollet. Fel som uppstår i UMIsekvensen hanteras med data-baserade algoritmer och kräver en noggrann strategi för att generera en precis biologisk representation.I detta projekt användes ett sett av standardiserade RNA-molekyler (ERCC) samtskräddarsydda DNA-oligos som ett substitut för biologiskt material för att utvärderakällor till teknisk variation som har en direkt inverkan på estimeringen av genuttryck.Vi utvecklade även en ny strategi för att gruppera RNA-sekvenser och visar hur denna strategi producerar mer pålitliga resultat. Slutligen presenterar vi en in silico-simuleringav hela ST-metoden som kan användas som ett ramverk för att testa nya algoritmer för att kvantifiera genuttryck. Med detta ramverk utförde vi en riktmärkning av olikaalgoritmer som används för att eliminera PCR-duplikat och selekterade därefter en robust algoritm baserat på resultaten från simuleringen.Detta projekt utfördes på SciLifeLab på avdelningen för genteknologi underhandledning av José Fernandez Navarro.

Förgasning av biomassa är en åtråvärd process då det erbjuder en mängd olika slutprodukter såsom; värme, kraft, biometan, väte etc. Dessa fås från de bildade produkterna från förgasningen, dvs. H2, CO, CO2, CH4 och H2O(g). Det är emellertid även känt att processen producerar orenheter under förgasningssteget såsom NH3, H2S, HCl, tjära och partiklar. En lösning för att avlägsna tjära är genom katalytisk tjärsprickning som sker under höga temperaturer direkt efter förgasaren. Huvudproblemet med detta är att den katalysator som används är känslig gentemot H2S ty gasen deaktiverar katalysatorn. På grund av detta bör H2S avlägsnas före den katalytiska tjärsprickningen. Då förgasaren och den katalytiska tjärsprickningen sker under höga temperaturer, är det önskvärt att avlägsna H2S vid höga temperaturer. Syftet med denna uppsats är att utveckla en experimentelluppställning för avlägsnandet av H2S vid 800°C. Utöver detta, genomfördes det även en dimensionell analys för att förstå hur olika parametrar påverkar omvandlingshastigheten hos metalloxiden, samt utseendet på genombrottskurvan.Från resultaten visade sig att det var möjligt att utveckla en experimentelluppställning för avlägsnande av H2S vid 800°C. Dock bör parametrar som påverkar tryckfallet tas i beaktning för framtida experiment. Dessa parametrar är; bredd på reaktorn, läng på sorbentbädden, partikelstorlek samt magnituden på flödet. Det fattade beslutet för denna studie var att minska på flödet samt öka partikelstorleken. När det kommer till den dimensionella analysen av omvandlingshastigheten, visade det sig att en ökning av kontrollparametern 𝜑 ledde till en ökning av omvandlingshastigheten vilket skedde vi ökande temperatur, partikelstorlek och koncentration av gasreaktanten. Därtill visades det även att diffusion var det fenomen som var hastighetsstyrande. Detta bekräftar SCM, och innebär att den kemiska reaktionen kan försummas vid den dimensionella analysen av genombrottskurvan. Från denna analys visade det sig att när kontrollparametern 𝛽 ökades, minskades diffusionsbegränsningarna och den givna genombrottskurvan blev mer idealiskt. Därför minskade 𝛽 vid ökande Mn-innehåll då det ökar diffusionsbegränsningarna. Dock hade detta ingen signifikant effekt på 𝛽. För de kurvor som hade 𝛽~1, var både konvektion och diffusion är hastighetsstyrande

Wastewater treatment plants (WWT P ) are often the cause of malodor. The com-pounds which are the main causes of the odor is hydrogen sulfide (H2S), ammonia (NH3), mercaptans (RSH) and volatile organic compounds (V OC) [1]. The odorous air can be analyzed to determine the concentration of the odorants. The odorous can also be analyzed by measuring the odor. The odor is measured, a test panel of people smells the odorous air and determines how many times greater the concentration of the odorants is compared to the odor threshold which is the concentration at which a compound or a mixture is detectable by smell [3].Measurements were done at three systems for air purification at three different locations, the Vimmerby WWT P , the Alvim WWT P and Renova’s biological waste treatment facility in Gothenburg. The odor was measured at the inlet and the outlet and the concentration of H2S and ozone (O3) were measured at all the sampling points of the systems. The system at Vimmerby consisted of three CIF s followed by an UV-reactor and an AC-reactor. In Alvim there were two system which used UV and AC. The system at Renova consisted of a barrier filter followed by UV and AC.The system at the Vimmerby WWT P had a conversion rate between 87-97% of H2S. The CIF s had conversions between 50-64% of the H2S. H2S was not detected at any of the other systems. O3 was only detected at Renova where ground level O3 was present at the inlet, 0.16 ppm. The concentration increased to 0.20 ppm after the UV-reactor. The activated carbon could adsorb all the incoming O3.The odor at the Vimmerby WWT P was determined to 27500 Ou/m3 at the inlet and 19071 Ou/m3 at the outlet. The odor conversion over the system was 31%. The odor conversion at the Alvim WWTP was 99.8%. With an odor of 5490 Ou/m3 at the inlet and 11 Ou/m3 at the outlet. The ingoing air at the system at Renova had an odor of 434 Ou/m3 and was reduced to 36 Ou/m3 at outlet. The odor conversion at Renova was 92%.To increase the accuracy of the measurements he time between the sampling and measurements should have been minimized. The test panels should also have been larger and the panelists should have been screened in advance, so results from panelists which were over and under sensitive to odors were not included in the final results.

Introduction: Clostridium thermocellum is considered a model organism for consolidated bioprocessing, due to its ability to hydrolyze lignocellulosic biomass more efficiently than many other organisms and to produce ethanol.In order to meet the industrial requirements of ethanol yield and titer, metabolic engineering efforts have been made resulting in a strain that successfully displays increased ethanol yield with reduced amount of some byproducts.However, the ethanol yield in this engineered strain still does not meet the industrial requirements and significant amounts of amino acids are still produced. To attempt to decrease the level of amino acid excretion intended to improve the ethanol yield in C. thermocellum, it is essential to understand its metabolism and how it is affected by different cultivation conditions and mediumcompositions. This study aimed to gain an insight in how carbon- and nitrogenlimitation affect amino acid excretion in C. thermocellum, with the hypothesisthat excess of carbon and nitrogen yields more amino acid excretion. Methods: Mass-balance based calculations of rates and yields were used to analyze the metabolism of a wild-type of C. thermocellum (DSM 1313) grownanaerobically in carbon- or nitrogen-limiting chemostats. For this, Low-Carbonmedium containing, respectively, cellobiose (5 g/L) and urea (0.15 g/L) as the limiting nutrient was used. Both cultivations were performed at 55 °C, pH 7.0and 400 RPM shaking at a dilution rate of 0.1 h-1.Conclusions: Considering yields of total amino acids excreted in both limitations, it was hypothesized that C. thermocellum exploited the amino acid excretion to maintain carbon balance around the pyruvate node caused by excess of the carbon. Based on yield of valine excreted in particular, it was hypothesized that amino acid excretion was used to maintain redox balance in the metabolism of C. thermocellum, where malate shunt could play a major role.However, results of the Carbon-limitation did not allow any conclusion of nitrogen excess having an effect on amino acid excretion in C. thermocellum.

Biomass is a viable option to supply the need of renewable energy inthe future. However, the high cost of biomass processing makes the process not viable economically. For that reason, two one dimensionalparticle models that describe the mass and heat transfer of biomasswere developed and solved using the method of lines. The two modelsare based on the previous work of Park et al (Combustion and flame,2010). The first model neglects the importance of the convective fluxterm in the heat and mass balances. The second model considers the convective term, but a velocity expression that assumes constant pressurewas used. The results of the simulation show that the convectiveterm is insignificant for the mass loss and temperature profiles of athick particle. Experiments of biomass spheres were done to furthervalidate the results of the conduction and convection model. The experimentaldata is compatible with the results of the conduction and convection model.

SammanfattningSyftet med undersökningen har varit att få en större förståelse för hur pedagoger arbetar med naturvetenskap i verksamheten. Jag har valt att använda mig av en intervjustudie för att förstå hur fyra förskolelärare vid fyra olika förskolor i Södra Sverige arbetar med naturvetenskap och hur de tolkar den reviderade läroplanen. Forskningen pekar på att många pedagoger finner att naturvetenskap är underutvecklat och att många har negativa erfarenheter från sin egen skolgång och att det kan vara en bidragande orsak till att ämnet inte drivs på ett sätt som många pedagoger hade önskat. Samtliga fyra pedagoger menar att det är bara fantasin och kreativiteten som sätter stopp för hur ”du” kan göra ämnet naturvetenskap roligt och lustfyllt.

The aim of this thesis is to investigate how to lower the energy use in Campus Varberg. For this purpose, the thesis utilizes a case study methodology and the European commission’s Smart Readiness Indicator (SRI) as a tool to see what actions that could and should be taken in Campus Varberg to increase the score, resulting in a more energy efficient Campus. Results are indicating that sensors for occupant and daylight detection, and demand side management (DSM) of the heating, ventilation and air conditioning system (HVAC), and manual override of DSM are critical to increase energy efficiency and comfort in the building. A solar panel installation is recommended, and the expected gains are calculated. Unfortunately, the addition of an energy storage is not reasonable to install, because the expected production is lower than the current energy consumption, which limits Campus Varberg from proceeding further as a smart building. Overall, the SRI survey has proven to be a useful tool for identifying energy-saving opportunities and guiding the implementation of sustainable solutions in Campus Varberg, Sweden.  Keywords: Smart Readiness Indicator (SRI), system installations, energy efficiency & smart buildings.

Spruce and pine pellets consist of compressed biproducts from the forest industry. Since Sweden is one of the leading exporters of wood-based products, the production potential for pellets is therefore considerable. The purpose of the study is to make the cooling process of spruce and pine pellets more efficient. The goal is to identify the main parameters that affect the pellet quality by cooling the produced pellets with different temperatures and air velocities, and to test the pellets with different quality tests. This can lead to lower operating costs and improved pellet quality.The result shows that the effect of the cooling process on the pellets is a complex matter, and that even before the pellets reach the cooler, moisture levels differ during different times of the day. It makes it difficult to read patterns in the result because parameters that should be identical between runs are not. Despite that, the results indicate that companies do not always cool pellets optimally from a quality perspective and that there are opportunities for increasing pellet quality in pellets with a diameter over 8mm. The practical benefits of pellets with a higher quality includes: a higher strength during transport, slower and smoother burning time, and higher energy content per unit of volume. Pellet companies can also advertise that their pellets are of higher quality than other companies.

<p>Paper III in thesis as manuscript with title "Towards an understanding of preschool activities: being and becoming in a mathematical activity"</p>

Det här arbetet behandlar den situation som idag råder, gällande problematiken kring fallande intresse för naturvetenskapliga och tekniska utbildningar. Jag belyser hur det ser ut idag och vad forskning pekar på för olika lösningar för att öka intresset inom naturvetenskapliga ämnen i skolan. Ett exempel på en sådan lösning har genomförts på en svensk gymnasieskolas naturvetenskapliga program. Där har lärarna arbetat mer ämnesintegrerat, med tydligt fokus på programmålen för att stärka kärnkompetenserna. Det här försöket har jag studerat med stöd av en enkät för att mäta förändringar i elevernas attityder samt tagit del av lärarnas observationer. Resultaten visar att dessa elever efter avslutat projekt bland annat är mer källkritiska, tycker naturvetenskapliga ämnen är enklare och ser tydligare samband mellan problem i samhället och skolans undervisning i naturvetenskap, än parallellklassen som läst på traditionellt vis. Eleverna blir också mer positivt inställda till en fortsatt karriär inom områdena naturvetenskap och teknik. Implikationerna av projektet indikerar att om skolans mer övergripande mål, i detta fall kärnkompetenser och programmål, uppmärksammas i större utsträckning, kan det i högre grad bidra till uppsatta mål med skolans verksamhet och samtidigt medföra flera förändringar i elevers attityder till naturvetenskap och teknik som är prioriterade både inom forskning såväl som i skolmyndigheters utvecklingsprojekt. Därför diskuteras resultaten utifrån dessa implikationer.