LIMA, Ila Fernanda Nunes. Genes codificadores de fatores de virulência, inflamação e avaliação nutricional da infecção intestinal associada com Escherichia coli enteroagregativa em crianças de Fortaleza, Ceará, Brasil. 2008. 199 f. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2008. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-06-11T15:45:07Z No. of bitstreams: 1 2008_tese_ifnlima.pdf: 17350919 bytes, checksum: 7661f8c395d7bfa6ec9e1982884b96fc (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-06-12T14:04:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_tese_ifnlima.pdf: 17350919 bytes, checksum: 7661f8c395d7bfa6ec9e1982884b96fc (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-12T14:04:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_tese_ifnlima.pdf: 17350919 bytes, checksum: 7661f8c395d7bfa6ec9e1982884b96fc (MD5) Previous issue date: 2008 / Enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) is a pathotype of diarrheagenic E. coli, which has increasingly been identified as an etiological agent of diarrheal disease. This purpose of this study is to determine the prevalence of EAEC and examine the importance of some virulence-related genes in the severity of the diarrheal disease caused by this microorganism, and further evaluate the impact of these infections on intestinal inflammation and the nutritional status of poor children from Fortaleza, Ceara. Children aged 2 to 36 months, with and without an occurrence of diarrhea in the previous 14 days, had their anthropometric data evaluated and their stools collected. Diagnosis of EAEC was done by polymerase chain reaction (PCR) of the aaiC (chromosomal) and aatA (plasmidial) genes. Positive samples were further analyzed for the presence of the virulence genes aggR (transcription regulator), aap (dispersin), pic (enterotoxin), pet (enterotoxin) and astA (enterotoxin). The nucleotide sequence of aggR gene was also analyzed by sequencing. Aliquots of stool samples were quantified for lactoferrin (LFF) and cytokines (IL-4, IL-10, TNF-α e IFN-γ) by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). This study analyzed 83 children with diarrhea (cases) and 83 children without diarrhea (controls). EAEC was found in the same proportion in both groups (41.0%). Children with diarrhea presented with significantly reduced skin thickness, body mass index and weight-for-age (WAZ) and weight-for-height (WHZ) z-scores. However, the presence of the bacteria was not associated with changes in the analyzed anthropometric measures. Among the positive samples for EAEC, there was no difference in the presence of the isolated virulence genes in the children with or without diarrhea. Observing the frequencies of these genes in combination, EAEC strains carrying the aggR, aap, pic, pet and astA genes together were isolated in significantly higher frequencies from sick children when compared to EAEC strains expressing only aggR, aap, pic, and astA (excluding pet). Nucleotide sequence analysis of the aggR gene presented 27 polymorphisms of a single nucleotide (SNPs), distributed among five case samples and three control samples. More than 80.0% of studied children had intestinal inflammation characterized by elevated levels of LFF, regardless of the presence of illness and EAEC. All children with diarrhea associated with EAEC presented with high concentrations of LFF. Basal levels of fecal cytokines were observed among children from both groups. Variability in the presence of the evaluated virulence factors confirms the heterogeneity of EAEC strains. The combination of the virulence related genes expressed showed that pet has an association with illness caused by EAEC. The infection by this bacterium did not cause significant impact on the anthropometric index analyzed. The high concentrations of LFF observed suggest that there may be additional factors triggering the inflammatory process. / Escherichia coli enteroagregativa (EAEC) é um patótipo de E. coli que tem sido cada vez mais identificado como agente etiológico das doenças diarréicas. Esse trabalho teve como objetivos determinar a prevalência de EAEC e investigar a importância de alguns genes associados à virulência no grau de severidade das doenças diarréicas causadas pelo microorganismo, além de avaliar o impacto dessas infecções na inflamação intestinal e no estado nutricional de crianças carentes de Fortaleza, Ceará. Crianças na faixa etária entre 2 e 36 meses, com histórico ou não de diarréia nos últimos 14 dias, tiveram suas medidas antropométricas avaliadas e suas amostras fecais coletadas. O diagnóstico de EAEC foi realizado por reação de polimerase em cadeia (PCR) dos genes aaiC (cromossomal) e aatA (plasmidial). Amostras positivas foram pesquisadas quanto à presença dos genes de virulência aggR (regulador transcricional), aap (dispersina), pic (enterotoxina), pet (enterotoxina) e astA (enterotoxina). A sequência nucleotídica do gene aggR foi analisada através de seqüenciamento. Alíquotas fecais foram submetidas à quantificação de lactoferrina (LFF) e citocinas (IL-4, IL-10, TNF-α e IFN-γ) através de reação imunoenzimática (ELISA). Esse estudo analisou 83 crianças com diarréia (casos) e 83 crianças sem diarréia (controles). EAEC foi encontrada na mesma proporção entre ambos os grupos (41,0%). Crianças com diarréia apresentaram redução significativa na espessura da prega cutânea, índice de massa corporal e escores-z peso-por-idade (WAZ) e peso-por-altura (WHZ), mas a presença da bactéria não foi associada com alterações nos índices antropométricos analisados. Entre as amostras positivas para EAEC, não houve diferença quanto à presença isolada dos fatores de virulência pesquisados nas crianças que desenvolveram ou não diarréia. Avaliando as freqüências desses genes em combinação, cepas de EAEC expressando os genes aggR, aap, pic, pet e astA foram isoladas em freqüência superior significativa de crianças doentes quando comparadas com cepas de EAEC expressando somente aggR, aap, pic e astA (excluindo o gene pet). A análise da seqüência codificadora do gene aggR apresentou 27 polimorfismos em um único nucleotídeo (SNPs), distribuídos entre cinco amostras caso e três controles. Mais de 80,0% das crianças estudadas apresentaram inflamação intestinal caracterizada por elevados níveis de LFF, independente da presença de diarréia e EAEC. Todas as crianças com diarréia associada com EAEC apresentaram altas concentrações de LFF. Níveis basais de citocinas fecais foram observados entre crianças de ambos os grupos. A variabilidade na presença dos fatores de virulência pesquisados ratifica a heterogeneidade das cepas de EAEC. A combinação de genes codificadores de fatores de virulência mostrou que a presença do pet está associada com a doença causada por EAEC. A infecção pela bactéria não causou impacto significativo nos índices antropométricos analisados. As elevadas concentrações observadas de LFF sugerem a existência de fatores adicionais desencadeadores do processo inflamatório.

SANTIAGO,S.P. Estudo de polimorfismos de genes de reparo do DNA em lesão de fita simples e sua associação com aspectos clínicos e laboratoriais de portadores de síndrome mielodisplásica, 2015. 76 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza,2015 / Submitted by Ivone Sousa (ppgcm.ufc@gmail.com) on 2017-08-02T13:51:15Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_sps.pdf: 1634505 bytes, checksum: 2c0be85cb65dbcfc46ac2c970cd10bab (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-08-03T12:31:55Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_sps.pdf: 1634505 bytes, checksum: 2c0be85cb65dbcfc46ac2c970cd10bab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-03T12:31:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_sps.pdf: 1634505 bytes, checksum: 2c0be85cb65dbcfc46ac2c970cd10bab (MD5) Previous issue date: 2015-12-16 / Myelodysplastic Syndrome (MDS) is a group of clonal diseases of hematopoietic progenitor cells, characterized by peripheral cytopenia (s), dysplasia of one or more myeloid cell lines and increased risk of developing acute myeloid leukemia. The pathogenesis of SMD involves DNA damage in hematopoietic stem cells likely to be affected by single-stranded DNA damage and the Nucleotide Excision Repair (NER) as one of the main mechanisms to ensure the genomic stability of cells -trunk. This case-control study of candidate genes proposed to evaluate the association of the polymorphisms XPA rs1800975, XPC rs2228000, XPD rs1799793 and XPF rs1800067 with the clinical variables of patients with Myelodysplastic Syndrome. This analysis used real-time quantitative PCR as a technique for genotyping between bone marrow samples from 95 MDS patients from the Walter Cantídio University Hospital and peripheral blood samples from 94 healthy elderly volunteers. For the polymorphism XPC rs2228000, we obtained, in relation to hemoglobin, in the genotypic distribution, that the CT genotype is associated with a higher odds ratio of hemoglobin levels below 8.0 g / dL (p = 0.010, OR 3.385, CI 1.343- 8,529); (P = 0.027, OR 2.75, CI 1.125-6.722) and in the dominant heterozygosis model (p = 0.013). In the present study, the genotype CC was associated with a higher odds ratio of Hb ≥ 8g / dL in the dominance model , OR 3.333, CI: 1.293-8.591); In relation to neutrophil counts we have that the mutant TT genotype has a higher odds ratio of neutrophil counts below 800 / mm3 (p = 0.017, OR 8,750, CI 1,470-52,098), that the CC genotype is associated with the highest ratio (P = 0.032, OR 2,833, CI 1,096-7,327) and in the homozygous model (p = 0.013, OR 17,500, CI 1,828-167,558) and that the combination CC + CT Of the recessive model was also associated with a higher odds ratio of neutrophils ≥ 800 / mm³ (p = 0.025, OR 12,500, CI 1,381-113,177). We also found that for genotype XPD rs1799793 the GG genotype is associated with a lower odds ratio of SMD in the dominance model (p = 0.009, OR 0.445, CI 0.242-0.816) and in the dominant heterozygosis model (p = 0.010, OR 0.440 , IC 0.235-0.825), and the same genotype seems to have a lower odds ratio for bone marrow ring sideroblast counts ≥ 15% in three different models: genotype distribution (p = 0.027, OR 0.980, CI 0.013-0.768) , Dominance (p = 0.027, OR, 4,643, CI 1,195-18,034) and dominant heterozygosity (p = 0.022, OR 5,000, CI 1,265-19,762). We did not find a significant association between the XPF polymorphisms rs1800067 and XPA rs1800975 and the clinical variables for patients with MDS. This study suggests that polymorphisms of DNA repair genes by nucleotide excision are associated with clinical features of patients with myelodysplastic syndrome. / A Síndrome Mielodisplásica (SMD) é um grupo de doenças clonais das células progenitoras hematopoéticas, caracterizadas por citopenia(s) periférica(s), displasia de uma ou mais linhagens celulares mielóides e aumento do risco de desenvolvimento de leucemia mielóide aguda. A patogênese da SMD envolve danos no DNA nas células-tronco hematopoéticas acometidos provavelmente pelos danos de fita simples no DNA tendo o processo de reparo por excisão de nucleotídeos (Nucleotide excision repair – NER) como um dos principais mecanismos para garantir a estabilidade genômica das células-tronco. Este estudo de caso-controle de genes candidatos propôs avaliar a associação dos polimorfismos XPA rs1800975, XPC rs2228000, XPD rs1799793 e XPF rs1800067 com as variáveis clínicas de pacientes com Síndrome Mielodisplásica. Esta análise utilizou PCR quantitativo em tempo real como técnica de genotipagem entre amostras de medula óssea de 95 pacientes com SMD, oriundos do Hospital Universitário Walter Cantídio, e amostras de sangue periférico de 94 idosos voluntários sadios. Para o polimorfismo XPC rs2228000 obtivemos, em relação a hemoglobina, na distribuição genotípica, que o genótipo CT é associado a maior razão de chances de apresentar níveis de hemoglobina abaixo de 8,0g/dL (p= 0,010, OR 3,385, IC 1,343-8,529); por sua vez, o genótipo CC associa-se a maior razão de chances de Hb ≥ 8g/dL no modelo de dominância (p= 0,027, OR 2,75, IC 1,125-6,722) e no modelo de heterozigose dominante (p= 0,013, OR 3,333, IC: 1,293-8,591); em relação a contagem de neutrófilos temos que o genótipo mutante TT tem maior razão de chances de contagem de neutrófilos abaixo de 800/mm3 (p= 0,017, OR 8,750, IC 1,470-52,098), que o genótipo CC associa-se a maior razão de chances de neutrófilos ≥ 800/mm3 no modelo de dominância (p= 0,032, OR 2,833, IC 1,096-7,327) e no modelo de homozigose (p= 0,013, OR 17,500, IC 1,828-167,558) e que a combinação CC+CT do modelo de recessividade também associou-se com maior razão de chances de neutrófilos ≥ 800/mm³ (p= 0,025, OR 12,500, IC 1,381-113,177). Constatamos ainda que para o polimorfismo XPD rs1799793 o genótipo GG se associa a menor razão de chances de SMD no modelo de dominância (p= 0,009, OR 0,445, IC 0,242-0,816) e no modelo de heterozigose dominante (p= 0,010, OR 0,440, IC 0,235-0,825), e o mesmo genótipo parece ter menor razão de chances de contagem de sideroblastos em anel em medula óssea ≥ 15% em três modelos distintos: de distribuição genotípica (p= 0,027, OR 0,980, IC 0,013-0,768), de dominância (p= 0,027, OR 4,643, IC 1,195-18,034) e de heterozigose dominante (p= 0,022, OR 5,000, IC 1,265-19,762). Não obtivemos associação significante entre os polimorfismos XPF rs1800067 e XPA rs1800975 e as variáveis clínicas para os pacientes com SMD. Este estudo sugere que os polimorfismos de genes de reparo do DNA por excisão de nucleotídeos são associados a características clínicas de pacientes com Síndrome Mielodisplásica.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-29 / Objetivos: Este trabalho teve como objetivos determinar as frequencias alelicas e genotipicas de SNPs dos genes APOA1 (rs670, rs5069, ENSSNP498814 e rs12721026), APOC3 (rs5128, rs4520 e rs2854117), APOA4 (rs5110 e rs675), APOA5 (rs1729408, rs662899 e rs315506), LPL (rs328 e rs327) e PPARƒÑ (rs180026 e rs4553778), e verificar as associacoes desses polimorfismos e de seus haplotipos com doencas complexas, bem como com niveis sericos lipidicos e proteicos na populacao de idosos do Estudo Longitudinal do Envelhecimento. Metodos: As doencas estudadas foram: doenca cardiovascular, hipertensao arterial, obesidade, diabetes tipo 2, depressao, demencia e neoplasia. Os niveis sericos analisados foram: triglicerides, colesterol total, HDL, LDL, VLDL, glicemia em jejum e hemoglobina glicosilada. A genotipagem foi realizada por meio da tecnica de PCR-RFLP. Os programas SPSS, Haploview e SNPSTATS foram utilizados para as analises estatisticas. Resultados: Nossos achados mostraram associacao do alelo -75G (rs670) a hipertensao; do alelo +83C (rs5069) a hipertensao na presenca de DCV e a obesidade; do alelo His (rs5110) a obesidade e a depressao; do alelo SNP4T (rs1729408) a neoplasia; e do alelo H+ (rs327) a DCV. Alem disso, tambem foi verificada a associacao do haplotipo 7 a obesidade e a depressao; . do haplotipo 5 a obesidade; do haplotipo 16 a depressao; e do haplotipo 17 e neoplasia. Nossos resultados mostraram associacao entre niveis sericos de HDL e os haplotipos 11, 12 e 14. O haplotipo 4 foi associado a elevados niveis sericos de glicemia em jejum. Conclusoes: A populacao estudada possui frequencias alelicas semelhantes as de populacoes Europeias. Nossos resultados sugerem que polimorfismos e haplotipos de genes envolvidos no metabolismo lipidico sao biomarcadores de alteracoes nesses niveis sericos, que podem ser fatores de risco para essas doencas complexas. RESUMO . Parte B Objetivos: Este trabalho teve como objetivos avaliar o efeito da trimetilacao do residuo 27 de lisina da cauda da histona H3 (H3K27me3) no promotor IV do gene BDNF sobre o controle de sua expressao em pacientes suicidas em relacao ao uso de drogas antidepressivas. Metodos: Amostras de cortex prefrontal de cerebros provenientes do Brain Bank da McGill University foram classificados em tres grupos: controle (N=9), suicidio com toxicologia negativa para drogas . SSD (N=12) e suicidio com toxicologia positiva para drogas . SCD (N=8). A expressao do transcrito IV do gene BDNF foi avaliada por meio de qRT-PCR. Alem disso, as amostras foram submetidas ao procedimento de imunoprecipitacao da cromatina (ChIP), com anticorpo especifico para H3k27me3, e, em seguida, foi quantificado o nivel de H3K27me3 no promotor IV do gene BDNF por meio de qRT-PCR. ANOVA (post hoc Tukey.s) e teste t-Student¡¯s foram utilizados na analise estatistica, por meio do pacote SPSS 16.0. Resultados: Nao houve diferenca significante no nivel de expressao do transcrito IV do gene BDNF entre os grupos SCD e controle (p=0,133). Nossos achados mostraram que o grupo SCD apresentava maiores niveis de H3K27me3 em relacao ao grupo SSD (p=0,004) e ao grupo controle (p=0,009). Alem disso, foi observado que os niveis de H3K27me3 do grupo SSD nao diferiram do grupo controle (p=0,995). Conclusoes: O aumento do nivel de H3K27me3 no promotor IV do gene BDNF associado ao uso de antidepressivos nao esta associado a sua expressao em cortex prefrontal de pacientes suicidas, sugerindo que deve haver outros mecanismos epigeneticos envolvidos na depressao maior e suicidio que regulem a expressao do gene BDNF. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Orientador: Alvimar José da Costa / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Welber Daniel Zanetti Lopes / Banca: Gilson Pereira de Oliveira / Banca: Carlos Noriyuki Kaneto / Resumo: As perdas potenciais pelas infecções por nematódeos em bovinos no Brasil foram estimadas em $7,1 bilhões por ano. Indiscutivelmente, deve-se fazer o uso criterioso das drogas disponíveis, assim como o desenvolvimento de novas formulações, para enfrentar a problemática da resistência anti-helmíntica. O método atualmente empregado para o teste de medicamentos é invasivo e, portanto, enfrenta dificuldades em se adequar aos novos modelos em bem-estar animal. Outras técnicas utilizadas são as contagens de ovos de nematódeos por grama de fezes (OPGs) pré e pós-tratamento, que apresentam resultados não confiáveis para este propósito. Com fins científicos, emprega-se a PCR convencional ou a PCR em tempo real, técnicas quali e semi- quantitativa, respectivamente. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre a comunidade parasitária das larvas em terceiro estádio após coproculturas e a composição do bioma de nematódeos adultos presentes no trato gastrointestinal. As proporções das larvas foram avaliadas por meio da tradicional morfologia e o novo método de sequenciamento "Nemabioma", enquanto as contagens e classificações dos vermes adultos foram realizadas pelos clássicos métodos morfológicos. Neste experimento, utilizaram-se sete bovinos mestiços, naturalmente infectados, entre oito e 12 meses de idade. Contagens de OPG foram realizadas a cada dois dias, do 14 ao 28 dia do estudo. As culturas de larvas foram realizadas utilizando-se as amostras de fezes colhidas nos dias 14, 1... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The potential detrimental effects of cattle nematode infections in Brazil have been estimated at USD 7.1 billion a year. It is undeniable, the necessity of appropriate drug use and the development of new formulations, to face the problematic of anthelmintic drug resistance. The current method for testing new drugs is both invasive and represents threats against recent animal welfare models. Other approaches currently used are Fecal Egg Counts (FECs) pre and post treatment, which are not reliable. Occasionally, conventional and real-time PCR are employed, which are non-quantitative and semi-quantitative techniques respectively. The objective of this study was to evaluate the relationship between the parasite community present in cultured fecal samples, and the composition of adult worms present in the gastrointestinal tract. Species proportions in larvae were assessed with the traditional morphological analysis and a recently developed "Nemabiome" sequencing assay, while the adult species proportions were assessed with classical morphological approaches. To this end, an experiment using natural infected bovines was designed. Seven crossbred calves were selected from eight to 12 months of age. FECs were done every 2 days, from the 14th to the 28th day of the study. Cultures of larvae were performed using fecal samples extracted on days +14, +16, +20, +24 and +28. The L3's were always extracted after 10 days of culture. The animals were necropsied on day +28 for collection and s... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Robson Carlos Antunes / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Nedênia Bonvinos Staluzza / Banca: Leonardo Augusto Fonseca Pascoal / Banca: Ana Carolina Portella Silveira / Resumo: Os genes MC4R, FABP3, DGAT1 e LEPR são de grande importância no estudo das características reprodutivas de suínos, uma vez que, estão relacionados com ingestão alimentar, taxa de crescimento, redução da gordura subcutânea e lactação. Neste sentido, objetivou-se identificar geneticamente polimorfismos do tipo SNP nos genes MC4R (SNPg.1578C>T), FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) e LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) em suínos da raça Piau e em duas linhagens maternas comerciais industriais de suínos europeus e chineses. Para isso, foi extraído DNA a partir de sangue periférico de um grupo de 304 suínos. Mediante ARMS-PCR Multiplex, foram amplificados fragmentos específicos que, posteriormente, foram genotipados em sequenciador automático para a realização da eletroforese com corantes fluorescentes. Foram encontrados SNP no gene MC4R (SNPg.1578C>T) e FABP3 (SNPg.-240T>C) para os três grupos genéticos analisados com as três variações genotípicas (CC, TT, CT e TT, TC, CC, respectivamente). O SNP (SNPg.9422C>T) do gene DGAT1 apresentou as três variações genotípicas no grupo genético de suínos europeus (CC, CT e TT). Entretanto, para os grupos genéticos Piau e europeus com raças chinesas apresentaram apenas as duas variações genotípicas de homozigotos (CC e TT). Para o gene LEPR (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) os grupos genéticos europeus com raças chinesas e Piau apresentaram os genótipos GG, AA e o grupo genético com raças europeias apresentou as duas variações genotípicas de homozigoto (GG e AA) e apenas um animal apresentou o genótipo heterozigoto (AG e TA). Os polimorfismos dos genes FABP3 (SNPg.-240T>C), DGAT1 (SNPg.9422C>T) apresentaram frequências genotípicas altas para os alelos C em relação aos alelos T e no gene MC4R (SNPg.1578C>T) apresentou menor frequência. Para os polimorfismos do gene LEPR (SNPg.5396A>G e SNPg.5395T>A) apresentou-se fixado nas populações estudadas... / Abstract: The MC4R, FABP3, DGAT1 and LEPR genes are great importance in the study of traits of swine breeding, since they are related to feed intake, growth rate, reduction of subcutaneous fat and lactation. The aim of this study was to identify SNP in MC4R(SNPg.1578C> T), FABP3 (SNPg.-240T> C), DGAT1 (SNPg.9422C> T) and LEPR (SNPg.5396A> G; SNPg.5395T> A) genes in pigs of Piau breed and two commercial industrial maternal lineages of European and Chinese pigs. For this, DNA was extracted from peripheral blood of 304 pigs. By ARMS-PCR Multiplex, specific fragments were amplified and genotyped in automated sequencer to perform electrophoresis marked with fluorescent dyes. SNP were identified in the MC4R (SNPg.1578C>T) and FABP3 (SNPg.-240T> C) genes the three genotypic variations (CC, TT, CT and TT, TC, CC, respectively) were identified in all genetic groups analyzed. The SNP (SNPg.9422C> T) of DGAT1 gene presented the three genotypic variations (CC, CT and TT) in the European genetic group. However, for the Piau and Europeans with Chinese genetic groups showed only the two homozygous genotypic variations (CC and TT). For LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A), the European genetic group with Chinese and Piau breeds showed the GG, AA genotypes and the European breeds genetic group showed two genotyps, homozygous variations (GG, AA) and only one heterozygous animal (AG, TA). Polymorphisms of FABP3 (SNPg.-240T>C) and DGAT1 (SNPg.9422C>T) genes showed high genotypic frequency for the C allele when compared to T allele and the MC4R gene (SNPg.1578C>T) showed less frequently. For polymorphisms in the LEPR gene (SNPg.5396A>G; SNPg.5395T>A) had set up in the populations studied, showing low variability within the population. All polymorphisms evaluated by analysis of variance were associated (P <0.05) with the reproductive traits and only the DGAT1 gene was associated (P <0.05) with the production for average weight at weaning and the total litter ... / Doutor

A Síndrome dos Ovários Policísticos (PCOS) é uma endocrinopatia freqüente em mulheres em idade reprodutiva, sendo caracterizada por uma variedade de manifestações clínicas, incluindo resistência à insulina (RI). A adiponectina está associada com a sensibilidade à insulina e as variantes do gene desta adipocina podem estar envolvidas com aspectos fisiopatológicos da RI. No estudo 1, o objetivo foi verificar possíveis associações entre polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) do gene da adiponectina (SNPs G276T, T45G, C11377G e G11391A) e a composição corporal, presença de comorbidades relacionadas à obesidade, bem como perfil hormonal e metabólico, em 80 mulheres com PCOS e 37 controles da região sul do Brasil. A análise genotípica foi avaliada por PCR convencional e digestão enzimática para os SNPs T45G e G276T, localizados no éxon 2 e íntron 2, respectivamente, e PCR em tempo real para os SNPs da região promotora, C11377G e G11391A. As pacientes com PCOS eram mais jovens do que as participantes do grupo controle (21,30 ± 6,01 e 29,86 ± 5,15 anos, p=0,0001). Pressão arterial sistólica e diastólica (p<0,03), escore de Ferriman para hirsutismo (p=0,0001) e relação cintura/quadril (p=0,002) foram mais elevados nas mulheres com PCOS, bem como triglicerídeos, colesterol total e LDLc comparado às controles (p<0,02). Os níveis de insulina em jejum, HOMA, testosterona e IAL foram também significativamente maiores em mulheres com PCOS e a concentração de SHBG mostrou-se significativamente menor do que nas controles (p=0,0001). A freqüência dos genótipos do SNP G276T para mulheres com PCOS foi de 52,6% G/G, 33,3% G/T, 14,1% T/T e para controles foi de 27% G/G, 62,2% G/T, 10,8% T/T. Para o SNP T45G a freqüência dos genótipos T/T, T/G e G/G foi de 79,5%, 17,9% e 2,6%, respectivamente, em mulheres com PCOS, e de 62,2%, 37,8% e 0%, respectivamente, nas controles. Ambos os SNPs foram associados à PCOS, sendo o genótipo polimórfico G/T+T/T do SNP G276T menos freqüente em mulheres com PCOS (p=0,010; Odds ratio: 2,992; 95% Intervalo de Confiança: 1,278-7,006) comparado a controles, enquanto que para o SNP T45G o genótipo selvagem mostrou-se mais freqüente em mulheres com PCOS (p=0,048). Na amostra estudada as freqüências dos SNPs foram similares às freqüências observadas em outras populações. Em relação aos polimorfismos da região promotora, para o SNP C11377G a freqüência genotípica foi de 52,2% para C/C, 36,2% para C/G e 11,6% para G/G em pacientes com PCOS, e em controles foi de 64,9% para C/C, 32,4 para C/G e 2,7% para G/G. A freqüência dos genótipos do SNP G11391A foi G/G 89%, G/A 9,6% e A/A 1,4% em mulheres com PCOS; e G/G 75,7%, G/A 24,3% e A/A 0% em mulheres sem a síndrome. Foram consideradas alterações polimórficas a presença de genótipos C/G+G/G para o SNP C11377G e o genótipo C/C como ausência de polimorfismo. Para o SNP G11391A considerou-se G/A+A/A a presença de polimorfismo e G/G a ausência de alteração polimórfica. Todos os SNPs estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Os SNPs da região promotora do gene da adiponectina não mostraram associação com a PCOS, e não houve diferença estatisticamente significativa entre os genótipos nas variáveis clínicas, antropométricas, metabólicas e hormonais em ambos os grupos. Para o estudo 2, foi utilizada uma linhagem de camundongos obesos Neo-Zelandeses (New Zealand Obese mouse ou NZO mouse), modelo poligênico de obesidade, RI e hiperinsulinemia. As fêmeas apresentam também fertilidade reduzida. Por apresentarem características similares às observadas em pacientes com PCOS, estabeleceu-se a hipótese que estes camundongos poderiam ser um modelo promissor para o estudo da síndrome, que pudesse expressar tanto as características reprodutivas quanto metabólicas da PCOS. Os objetivos deste estudo foram caracterizar as alterações metabólicas relacionadas com resistência insulínica, os aspectos morfológicos da estrutura ovariana e os níveis de hormônios reprodutivos em fêmeas de camundongos obesos, em três diferentes etapas da vida: jovens, adultos e de meia idade, e em animais controles. As fêmeas de camundongos foram pesadas e submetidas ao teste de tolerância à insulina, e à coleta de sangue para dosagens hormonais. Os ovários foram removidos para a análise histológica. Como esperado, as fêmeas NZO apresentaram maior peso corporal (p=0,001), aumento dos níveis de glicose (p=0,007) e insulina (p=0,001) basais, bem como RI, comparado a controles. Nas NZO observou-se também um aumento no volume ovariano, menor número de corpus lúteos e número mais elevados de folículos totais (p=0,0001), representados principalmente por folículos atrésicos (p=0,03), e associados com níveis diminuídos de LH e aumentados de Estradiol, em relação as controle. Concluímos que fêmeas de camundongos obesos apresentaram ambas as características, ovariana e metabólica da PCOS humana, sugerindo ser um modelo adequado na investigação de mecanismos patofisiológicos ligados a alterações metabólicas com anormalidades reprodutivas. / Polycystic ovary syndrome (PCOS) is the most common endocrine disorder in women of reproductive age. It is characterized by many clinic manifestations, including insulin resistance (IR). Adiponectin is associated to insulin sensitivity and adiponectin polymorphisms might be related to pathophysiological aspects of IR in PCOS. In study 1, we aimed to verify the association between Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) of the adiponectin gene (SNPs G276T, T45G, C11377G and G11391A) and the body composition, obesity-associated comorbities and the hormonal and clinical profile, in 80 women with PCOS and 37 controls from south of Brazil. Genotypic analyses were evaluated by Conventional PCR and Cleavage for the G276T and T45G polimorphisms and Real Time PCR for the SNPs C11377G and G11391A. PCOS patients were younger than controls (21.30 ± 6.01 and 29.86 ± 5.15 years old, p=0.0001). Systolic and diastolic blood pressure (p<0.03), Ferriman score for hirsutism (p=0.0001) and waist/hip ratio (p=0.002) were higher in PCOS group as well as TG, CT and LDLc compared to control group (p<0.02). Fasting insulin levels, HOMA-IR index, testosterone concentrations and FAI were also significantly greater in PCOS women, but SHBG concentration was lower (p=0.0001). Genotype frequency for SNP G276T in women with PCOS was 52.6% G/G, 33.3% G/T, 14.1% T/T and for controls was 27% G/G, 62.2% G/T, 10.8% T/T. In SNP T45G the frequency for genotypes T/T, T/G and G/G was 79.5%, 17.9% and 2.6%, respectively, in PCOS women, and 62.2%, 37.8% e 0%, respectively, in controls. Both SNPs G276T and T45G were associated to PCOS, being less frequent in this group compared to controls (p=0.010 and p=0.048, respectively). Our study showed similar genotypic frequency distribution compared to other populations. For the SNP C11377G, genotypic frequency distribution was 52.2% for C/C, 36.2% for C/G and 11.6% for G/G in women with PCOS, and in controls it was 64.9% for C/C, 32.4 for C/G and 2.7% for G/G. Genotypic frequency distribution of SNP G11391A was G/G 89%, G/A 9.6% and A/A 1.4% in women with PCOS; and G/G 75.7%, G/A 24.3% and A/A 0% in healthy women. Polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium. SNPs C11377G and G11391A of the adiponectin gene were not associated to PCOS or other clinical, anthropometric, metabolic and hormonal variables in both groups. In the study 2, we studied New Zealand Obese (NZO) mice, a polygenic model of obesity, IR and hyperinsulinemia. Importantly NZO mice are poor breeders; Since they display similar metabolic features of human PCOS we hypothesized they might be a suitable model to study PCOS further. The aim of this study was to assess sex hormone levels and ovarian structure in female NZO and lean C57BL/6J control mice in three different ages: young, adult and middle age. Twenty-five NZO and twenty female control mice at three different ages (young, adult and aged) were studied. The animals were weighed, an insulin tolerance test (ITT) was carried out and the blood was collected for hormonal level measurement. The ovaries were removed for histological analysis. As expected, NZO mice presented higher BW (p=0.001), increased basal plasma glucose (p=0.007) and insulin levels (p=0.001), as well as insulin resistance compared with control mice. NZO mice showed an increased ovarian volume, reduced numbers of corpora lutea, higher total follicles numbers (p=0.0001), but an increased amount of atretic follicles (p=0.03) associated with reduced plasma luteinising hormone levels and increased estradiol levels. In conclusion, NZO mice presented both the ovarian and metabolic features of human PCOS suggesting that they are suitable for investigating pathophysiological mechanisms linking metabolic alterations with reproductive defects.

Orientador: Edvaldo Aparecido Amaral da Silva / Coorientador: Olivier Leprince / Banca : Henk W.M Hilhorst / Banca: José Márcio Rocha Faria / Banca: Julia Buitink / Banca: Olivier H.L.Leprince / Resumo: Soja é uma das mais culturas oleaginosas usadas para alimentação animal e humana bem como para uma larga aplicação industrial. Dada a sua capacidade de fixar nitrogênio atmsférico, é fundamental para o desenvolvimento de uma agricultura sustentável. Produzir sementes altamente vigorosas é a chave para aumentar a eficiência da produção da cultura. Longevidade de semente é a capacidade de sobreviver no estado seco por períodos prolongados e representa uma importante característica de qualidade da semente. Nesta pesquisa o objetivo foi obter insights sobre processos moleculares que regulam a aquisição de longevidade em sementes de soja. Com o sequenciamento de nova geração da Illumina, o RNA foi sequenciado a partir de sete estágios diferentes durante a aquisição de longevidade, gerando entre 14 e 38 milhões de reads. Estes reads foram alinhados com os modelos de genes de Glycine max Wm82.a2.v1 preditos no genoma de soja. Transcritos diferencialmente expressos (DET) foram correlacionados com o aumento da longevidade. Análise de enriquecimento da ontologia do gene daqueles DET revelaram uma siginificante sobre representação de termos associados com resposta a estresse e processamento e modificação de RNA. Processo biológico fotossíntese foi relacionado à baixa longevidade. Heat Shock Factors (HSF) e vários fatores de transcrição associados com resposta a estresse biótico (WRKY e NFXL1) são genes candidatos com possíveis papéis na longevidade de semente e merecem uma caracterizaçã... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Soybean is one of the most important oil crop species used for food and feed as well as a range of industrial applications. However, producing highly vigorous seeds is a key lever to increase crop production efficiency. Low physiological seed quality, which is more prone to occur under tropical environment, leads to poor stand establishment and decreased in yields. Seed longevity is the ability to survive the dry state for prolonged periods of time and represents an important trait for seed quality. Here, the objective was to obtain insights into the mechanisms regulating the progressive acquisition of longevity. Using Illumina high-throughput sequencing, RNA was sequenced from seven different stages during the acquisition of longevity, generating between 14 and 38 million of reads. These reads were aligned to the Glycine max Wm82.a2.v1 gene model. Differentially expressed transcripts (DET) were correlated with the increase in seed longevity. Transcriptome and GO enrichment analyses of these DET revealed a significant over-representation of terms associated with response to stress and RNA processing and modification. Photosynthesis biological process was related to low seed longevity. HSF and several TF associated with biotic defense (WRKY3 and NLFX1) are candidate genes whose putative role in seed longevity deserve further characterization. We also performed the determination of the content of non-reducing soluble sugars, and we observed that the accumulation of non-reducin... (Complete abstract click electronic access below) / Résumé: Le soja est l'une des plus importantes espèces de cultures d'huile utilisée aussi bien en nourriture que dans diverses gammes d'applications industrielles. C'est pourquoi produire des graines vigoureuses est un levier essentiel pour augmenter efficacement de la production de la récolte. La qualité de graine physiologiquement faible, qui est plus à même de se produire sous un environnement tropical, mène à un pauvre établissement des plantes ainsi qu'à une diminution du rendement. La longévité d'une graine est la capacité de celle-ci à survivre à la sécheresse durant de longues périodes et représente une caractéristique importante sur la qualité d'une graine. Ici, l'objectif était d'obtenir une idée sur les mécanismes en régulant l'acquisition progressive de la longévité. En utilisant le séquençage à haut-débit, ARN a été séquencé en sept différentes étapes durant l'acquisition de longévité, générant entre 14 et 38 millions de reads. Ces reads ont été alignés sur les modeles de gene de Glycine max Wm82.a2.v1. Les transcripts différentiellement exprimés (DET) sont corrélée avec l'augmentation de la longévité de la graine. L'analise d'enrichissement via GO de ces DET ont révélé une importante surreprésentation des termes associés à la réponse au stress et traitement et modification de l'ARN. Le processu biologique Photosynthèse était liée à une faible longévité des semences. HSF (heat shock factor) et plusieurs facteurs de transcription associés à la défense biotique (WRKY 3 et ... (Résumé complet accès életronique ci-dessous) / Doutor

Orientador: Renate-Krause Sakate / Banca: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Daiana Bampi / Resumo: A alface pode ser infectada por diferentes tipos de vírus. O Lettuce mosaic virus- LMV foi por muitos anos considerado um dos mais frequentes e amplamente distribuídos mundialmente, podendo ocorrer em infecções simples e/ou mistas com Lettuce mottle virus, LeMoV, um provável sequivirus. A falta de informações a respeito dos aspectos biológicos e moleculares relacionados à classificação taxonômica e à transmissão do LeMoV, motivou a testar sua transmissão com afídeos e por sementes, avançar no sequenciamento do genoma viral e avaliar a incidência do vírus em importantes áreas produtoras de alface no estado de São Paulo. Em 2014, dentre um total de 118 plantas sintomáticas analisadas, 63 (53%) foram positivas para a presença de tospovírus, 11 (9%) foram positivas para LMV e, apenas 6 amostras (5%) foram positivas para LeMoV. Em 2015, 40 plantas (80%) estavam infectadas com tospovírus, e o LMV e LeMoV não foram detectados, indicando que o LeMoV não está limitando a produção de alface, pelo menos não durante o ano de 2014 e 2015. A transmissão desse vírus por sementes não foi verificada nas 832 sementes provenientes de plantas de alface infectadas com LeMoV, o que indica que este vírus provavelmente não seja transmitido por semente. Myzus persicae e Aphis gossypii não foram capazes de transmitir o LeMoV de uma planta de alface para outra. Quase toda a sequencia completa do genoma do LeMoV foi obtida e a presença de domínios conservados verificados na região da capa proteica (CP),... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / eng / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Teruo Hashimoto / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Resumo: Complexos de espécies crípticas são grupos de espécies estreitamente relacionadas, dificilmente distinguíveis por características morfológicas. Estes complexos são conhecidos em uma significativa variedade de organismos, principalmente plantas, insetos, fungos e peixes. Em peixes, complexos de espécies já foram identificados para representantes de diferentes ordens, como Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. No presente estudo, foram analisadas amostras de S. marmoratus coletadas em oito localidades brasileiras distintas com o uso de técnicas citogenéticas clássicas (coloração convencional com Giemsa, localização das regiões organizadoras de nucléolo pela marcação com nitrato de Prata - AgNO3 e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, DNAhis H3, elemento transponível Rex3 e sondas teloméricas). Além disso, análises moleculares foram realizadas utilizando dados de sequências de três genes mitocondriais (Citocromo B - CytB, Citocromo oxidase 1 - COI e DNAr 16S) de indivíduos com cariótipo conhecido. Considerando as amostras analisadas, números diploides distintos foram encontrados (42, 44 e 46 cromossomos) que, combinados com as fórmulas cariotípicas, resultam na distinção de cinco cariomorfos em S. marmoratus. A análise filogenética realizada confirma o status de complexo de espécies e revela que eventos múltiplos, possivelmente bidirecionais, seriam responsáveis pelo surgimento da variabilidade cariotípica neste grupo. O mapeamento físico do DNAr 5S revela que estes sítios se mantiveram conservados durante a história evolutiva de Synbranchus, enquanto que, de forma oposta, os sítios para DNAr 18S estão distribuídos de maneira polimórfica, com variações intrapopulacionais significativas, indicando que mecanismos evolutivos distintos estão agindo sobre a dispersão destas sequências. O mapeamento de ... / Abstract: Cryptic species complex are groups of species straightly related but hardly distinguished by morphological traits. These complexes are known to occur in a great variety of organisms, mainly plants, insects, yeasts and also fishes. Considering the fish group, species complex had already been identified in representatives from different orders, such as Characiformes, Gymnotiformes e Synbranchiformes. In the present study, samples of S. marmoratus collected at eight different Brazilian sites were analyzed, using classical cytogenetic techniques (conventional staining with Giemsa, localization of nucleolar organizer regions with Silver nitrate staining - AgNO3 and C-banding) and molecular (Fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3 DNAhis, transposable element Rex3 and telomeric probes). Besides that, molecular analyses were carried out using sequence data from three mitochondrial genes (Cytochrome B - CytB, Cytochrome oxidase 1 - COI and 16S) obtained for each individual with known karyotype. Considering the analyzed samples, distinct diploid numbers were found (42, 44 and 46 chromosomes) and, associated with karyotype formulae, resulted in the distinction of five karyomorphs in S. marmoratus. The phylogenetic analyses confirmed the status of a species complex and revealed that multiple and, possibly bidirectional events were responsible the karyotypic variability found in this group. The physical mapping of 5S rDNA reveals that these sites kept conserved during the evolutionary history of Synbranchus, contrary to 18S rDNA sites which are distributed in a polymorphic way, with sigficant intrapopulational variability, indicating that distinct evolutionary mechanisms may be acting upon the dispersion of these sequences. The mapping of H3 hisDNA revealed a dispersed pattern of distribution of these sites on the genome of all karyomorphs, frequently found as little clusters accumulated ... / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Rusbel Raul Aspilcueta-Borquis / Coorientador: Daniel Jordan de Abreu Santos / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Francisco Ribeiro de Araujo Neto / Banca: Leonardo de Oliveira Seno / Banca: Guilherme Costa Venturini / Resumo: Objetivou-se com o presente trabalho comparar diferentes métodos Bayesianos de predição genômica para as características de produção de leite (PL) e as porcentagens de gordura (%G) e proteína (%P) no leite de búfalas e, realizar um estudo de associação genômica ampla, a fim de identificar regiões cromossômicas e genes possivelmente relacionados às mesmas, utilizando informações de indivíduos genotipados e não genotipados. O número de animais com fenótipo foi 3.355, o arquivo de pedigree continha 15.495 animais, dos quais 322 foram genotipados com o 90 K Axiom® Buffalo Genotyping array. Os seguintes critérios de controle de qualidade dos SNPs foram utilizados: MAF < 0,05; Call Rate < 0,95 e Equilíbrio de Hardy-Weinberg p-value < 10-6. Em relação à amostra foi considerado call rate <0,90. Para as predições genômicas, os seguintes modelos Bayesianos foram utilizados: Bayes A (BA), Bayes B (BB), Bayes C (BC) e Bayes LASSO (BL). O fenótipo corrigido para os efeitos fixos (Y*) foi utilizado como variável resposta nas análises genômicas. A habilidade de predição dos diferentes modelos foi avaliada usando o método leave-one-out de validação cruzada. As acurácias de predição foram calculadas através da correlação de Pearson entre o valor genético genômico estimado (GEBV) e a variável resposta (Y*) para cada modelo e característica avaliados. Em relação ao estudo de associação genômica ampla, um processo iterativo foi realizado para calcular os pesos dos marcadores em função do quadrad... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to compare different Bayesian methods of genomic prediction for milk yield (MY), fat (%F) and protein (%P) percentages in dairy buffaloes in Brazil, and to perform a genome-wide association study for the purpose of identify chromosomal regions and genes possibly related to the these traits, using information from genotyped and non-genotyped individuals. The number of animals with phenotype was 3,355, the pedigree file contained 15,495 animals, of which 322 were genotyped. The animals were genotyped using a 90K SNP panel (Axiom® Buffalo Genotyping Array). The following criteria for quality control of SNPs were used: MAF < 0.05, Call Rate < 0.95 and Hardy-Weinberg Equilibrium p-value < 10-6 . In relation to the sample, a Call Rate <0.90 was used. Four methods for genomic prediction were used: Bayes A (BA), Bayes B (BB), Bayes C (BC) and Bayes LASSO (BL). Phenotypes for the fixed effects (Y*) were used as response variables. The predictive ability of the different models was evaluated using a leave-one-out cross-validation approach. The prediction accuracy was calculated by Pearson's correlation between estimated genomic genetic value (GEBV) and response variable (Y*) for each model. In relation to genome-wide association studies, an iterative process was performed to derive SNP weights as function of squares of SNP effects and allele frequencies (ssGWAS). In general, all Bayesian models showed similar prediction accuracy, ranging from 0.41 to 0.42, 0.3... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor