Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2547.pdf: 7728668 bytes, checksum: aa7babf43bec1cbb85cf66f2711088db (MD5) Previous issue date: 2009-03-13 / Financiadora de Estudos e Projetos / Bioprospective studies of endophytic microorganisms for biotechnological applications are essentials to discovery new substances, which can be used in different areas. Endophytes represent an excellent source of bioactive natural products with chemical structure and biological activities diverses. An endophytic microorganism, isolated from leaves of Prunus spp. (Cerrado of Sao Carlos, SP, Brazil), showed antagonic potential against important pathogen in Public Health. The endophytic microorganism was phenotipic and genetic identified like a Paenibacillus polymyxa and it was given the strain designation RNC-D. The fresh brut extract showed maximum antimicrobial potency of 800 AU.mL-1 against Escherichia coli ATCC 25922 (48 hours of culture) and Staphylococcus aureus ATCC 25923 (120 hours of culture). The bioactive substances contained on extract kept bioactivity after enzymatic assay with proteases and lipase, pH variation from 2.0 to 9.0, thermic treatment using low (-80, - 20 ºC) and high temperatures (100, 121 ºC) against both microorganisms tested. The molecular weight of bioactive substances against E. coli was estimated by ultrafiltration as smaller than 1 kDa, while the bioactive compounds against S. aureus have the molecular weight between 1 and 2 kDa. It was possible to separate the bioactive substances contained in the extract produced by P. polymyxa RNC-D using chromatographic technique (HPLC). Three new molecules, with molecular weight 403, 420 and 425 Da were identified in bioactive peak (eluted in 22% of solution 20 mM TRIS + 1 M NaCl) against E. coli using LC-MS. This research will be continued to determinate the antimicrobial spectrum of the purified molecules, as well as to evaluate the potential application areas. / Estudos bioprospectivos de microrganismos endofíticos para aplicações biotecnológicas são fundamentais na descoberta de novas substâncias, as quais podem ser utilizadas em diferentes áreas. Por habitarem nichos biológicos únicos, endófitos representam excelente fonte de produtos naturais bioativos com estrutura química e atividade biológica diversas. Um microrganismo endofítico, isolado de folhas de Prunus spp. (Cerrado de São Carlos SP, Brasil), apresentou potencial antagônico contra importante patógeno em saúde pública. O endofítico foi identificado fenotípica e genotipicamente como Paenibacillus polymyxa e denominado RNC-D. O extrato bruto fresco apresentou potencial antagônico máximo de 800 UA.mL-1 contra Escherichia coli ATCC 25922 (48 horas da cultura) e Staphylococcus aureus ATCC 25923 (120 horas da cultura). As substâncias bioativas contidas no extrato mantiveram a bioatividade após tratamento enzimático utilizando proteases e lipase. O extrato concentrado manteve-se biologicamente ativo quando exposto a temperaturas elevadas (100 e 121ºC) e baixas temperaturas (-20 e -80 ºC); da mesma maneira, a bioatividade do extrato não foi alterada em valores de pH entre 2,0 e 9,0, contra ambos os microrganismos testados. A massa molar das substâncias bioativas contra E. coli foi estimada por ultrafiltração como menor que 1 kDa, enquanto que, para S. aureus, a estimativa da massa dos compostos foi maior que 1 e menor que 2 kDa. Através de técnica cromatográfica (HPLC) foi possível a separação das substâncias bioativas contidas no extrato produzido por P. polymyxa RNC-D. Três novas moléculas, com massas molares de 403, 420 e 425 Da foram identificadas por LC-MS em pico bioativo (eluído em HPLC a 22% de solução 20 mM TRIS + 1 M NaCl) contra E. coli. O estudo prosseguirá na determinação do espectro antimicrobiano das novas substâncias bioativas purificadas, bem como na avaliação de possíveis áreas de aplicação.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2709.pdf: 3171268 bytes, checksum: 320be443904ef1fb906616e8df53a4eb (MD5) Previous issue date: 2009-04-29 / Fundo Paulista de Defesa da Citricultura / The citrus canker disease is caused by a phytopathogenic bacterium Xanthomonas citri ssp. citri (Xac). The common symptoms are defoliation, twig die-back and premature fruit drop. The infection process of this bacterium is not totally elucidated although it has been reported that peptidases are involved in the infection and virulence process. The genome sequencing of the bacterium Xanthomonas citri ssp. citri enabled the detection of a gene that encodes an enzyme cysteine peptidase like, possibly involved in infection. Aiming to characterize this enzyme and determine its possible involvement in the infection process were performed: expression in recombinant Pichia pastoris, purification of protein and enzyme studies for characterization were done. The kinetic characterization of recombinant enzyme was performed through the hydrolysis of synthetic substrates Z-Leu-Arg-MCA and Z-Phe-Arg-MCA (Z = Carbobenzoxy; MCA = 7-amido-4-methylcoumarin), as well as the use of substrates with intramolecular fluorescence suppression AbzKVRSSKQEDDnp, AbzKLRSSKQ-EDDnp and AbzKIRSSKQ-EDDnp (ABZ = Ortoaminobenzoic acid; EDDnp = Ethylene diamine [2,4-dinitrophenyl]). The best catalytic efficiency (Kcat/Km) of the enzyme was found using the substrate AbzKIRSSKQ-EDDnp that has a isoleucine residue at position P2, showing that the recombinant enzyme (HISCPXAC) prefer aliphatic amino acid residue in this position. Inhibitory experiments of enzyme activity were performed using different cysteine peptidase inhibitors including CaneCPI-1, CaneCPI-2, CaneCPI-3, CaneCPI-4 and E-64 (L- transepoxysuccinyl-leucylamido-[4- guanidino]butane), resulting in a constant of inhibition (Ki) of 84.64, 0.088, 0.10, 0.012 and 1.214 nM respectively. The polyclonal antibody anti- HISCPXAC was produced in mouse and Western blotting analysis revealed that the antibody was able to recognize the recombinant purified cysteine peptidase and also the native cysteine peptidase from Xanthomonas citri ssp. citri strain 306 cultivated in media inductor of pathogenicity. The same antibody did not recognize the protein in a Xac knockout strain for the cysteine peptidase gene. Our results suggest that the cysteine peptidase from Xanthomonas citri ssp. citri may be involved in the bacteria infection and/or virulence. / Uma das doenças que afeta a citricultura é o cancro cítrico, causada pela bactéria fitopatogênica Xanthomonas citri subsp. citri (Xac). Os sintomas mais comuns desta doença são a desfolhamento, morte dos galhos e queda prematura dos frutos. O processo de infecção dessa bactéria não foi totalmente elucidado, porém, já existem relatos do envolvimento de peptidases no processo de infecção e virulência. O seqüenciamento do genoma da bactéria Xanthomonas citri subsp. citri, possibilitou a detecção de um gene que codifica uma enzima do tipo cisteíno peptidase, possivelmente envolvida no processo de infecção. Com o objetivo de caracterizar esta enzima e verificar seu possível envolvimento no processo de infecção foram realizadas: a expressão recombinante em Pichia pastoris, purificação da proteína e estudos de caracterização enzimática. A caracterização cinética da enzima recombinante foi realizada, por meio da hidrólise dos substratos sintéticos Z-Leu-Arg-MCA e Z-Phe-Arg-MCA (Z= Carbobenzoxicarbonil; MCA= 7-amino-4-metil-coumarina), assim como dos substratos com supressão intramolecular de fluorescência AbzKVRSSKQ-EDDnp, AbzKLRSSKQ-EDDnp e AbzKIRSSKQ-EDDnp (Abz= ácido orto-amino benzóico; EDDnp= N-[2,4-dinitrofenil]-etilenodiamino). A melhor eficiência catalítica (Kcat/Km) da enzima foi verificada com o uso do substrato AbzKIRSSKQ-EDDnp, o qual possui um resíduo de isoleucina na posição P2, indicando que a enzima recombinante (HISCPXAC) tem uma preferência por resíduos de aminoácidos alifáticos nesta posição. Foram realizados também experimentos de inibição da atividade enzimática com diferentes inibidores de cisteíno peptidases incluindo CaneCPI-1, CaneCPI-2, CaneCPI-3, CaneCPI-4 e E-64 (transepoxi-succinil-L-leucilamido-(4-guanidino) butano), resultando nas constantes de inibição (Ki) de 84.64, 0.088, 0.10, 0.012 e 1.214 nM, respectivamente. Além disso, foram produzidos anticorpos policlonais anti-HISCPXAC e análises de Western blotting revelaram que esse anticorpo reconheceu a cisteíno peptidase recombinante purificada e também a cisteíno peptidase nativa de Xanthomonas citri subsp. citri cepa 306 cultivada em meio indutor de patogenicidade. Os mesmos anticorpos não foram capazes de reconhecer a proteína em uma cepa de Xac que possui o gene da cisteíno peptidase interrompido (knockout), a qual, em estudos anteriores, se mostrou ser menos virulenta que a Xac 306. Os presentes resultados sugerem que a cisteíno peptidase em estudo pode estar envolvida no processo de infecção e/ou virulência de Xanthomonas citri subsp. citri.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3077.pdf: 1013486 bytes, checksum: ee8a035d6af18bb56670ddc61408b1ab (MD5) Previous issue date: 2010-06-18 / Embrapa Instrumentação Agropecuária / Tendo em vista a escassez literária referente a frutos de açaí (Euterpe oleracea - Mart.), este trabalho foi desenvolvido com ênfase anatômica, recorrendo a técnicas usuais de microscopia de luz e microtomografia de raios-X. Foi descrita a flor masculina e principalmente o desenvolvimento dos frutos de açaí em diferentes estádios de maturação. Durante a maturação destes foi observada a presença de compostos fenólicos presentes no parênquima externo, no caso, antocianinas. As células do endocarpo, que inclusive se projetam para dentro do endosperma, também acumulam compostos fenólicos. Na região intermediária do mesocarpo há um parênquima de reserva, contendo glóbulos lipídicos. Internamente a este, há uma grande quantidade de monostelos (sistema vascular) e, externamente, uma camada de esclerênquima. Após a colheita dos frutos observou-se que sua exposição à temperatura ambiente após 24 horas pode causar efeitos prejudiciais a sua estrutura. Tais alterações causadas pela desidratação dos tecidos foram analisadas através da microtomografia de raios- X. Este método foi eficaz e não destrutivo, preservando a integridade das amostras. Pela técnica de microscopia de luz, haveria dúvida se as alterações seriam causadas pela desidratação ou se seriam artefato de técnica. Nos tecidos dos frutos submetidos à desidratação foram identificadas rupturas e retrações, que causaram efeitos irreversíveis a estrutura interna, com perda de aproximadamente 5% de massa fresca. Ambos os métodos utilizados para a identificação estrutural dos frutos de açaí foram eficazes. As técnicas de microscopia de luz contribuíram para o melhor reconhecimento dos tecidos durante a posterior análise pela microtomografia de raios-X. Através das observações realizadas nas imagens microtomográficas, considerou-se que os efeitos poderiam interferir no processo de despolpamento dos frutos de açaí. Assim os frutos foram submetidos aos processos de desidratação, hidratação e posterior extração do mesocarpo. Foram obtidos valores máximos de rendimento em frutos que tiveram variação de massa fresca com aproximadamente -3% e posteriormente reidratados. Valores próximos de -5% desestruturaram significativamente o mesocarpo, diminuindo os valores de rendimento. Contudo, as desidratações amenas com variação de massa fresca de aproximadamente -3% e posterior imersão dos frutos em água até saturação aumentam consideravelmente os valores de rendimento, obtendo-se assim valores máximos de massa despolpada. / Tendo em vista a escassez literária referente a frutos de açaí (Euterpe oleracea - Mart.), este trabalho foi desenvolvido com ênfase anatômica, recorrendo a técnicas usuais de microscopia de luz e microtomografia de raios-X. Foi descrita a flor masculina e principalmente o desenvolvimento dos frutos de açaí em diferentes estádios de maturação. Durante a maturação destes foi observada a presença de compostos fenólicos presentes no parênquima externo, no caso, antocianinas. As células do endocarpo, que inclusive se projetam para dentro do endosperma, também acumulam compostos fenólicos. Na região intermediária do mesocarpo há um parênquima de reserva, contendo glóbulos lipídicos. Internamente a este, há uma grande quantidade de monostelos (sistema vascular) e, externamente, uma camada de esclerênquima. Após a colheita dos frutos observou-se que sua exposição à temperatura ambiente após 24 horas pode causar efeitos prejudiciais a sua estrutura. Tais alterações causadas pela desidratação dos tecidos foram analisadas através da microtomografia de raios- X. Este método foi eficaz e não destrutivo, preservando a integridade das amostras. Pela técnica de microscopia de luz, haveria dúvida se as alterações seriam causadas pela desidratação ou se seriam artefato de técnica. Nos tecidos dos frutos submetidos à desidratação foram identificadas rupturas e retrações, que causaram efeitos irreversíveis a estrutura interna, com perda de aproximadamente 5% de massa fresca. Ambos os métodos utilizados para a identificação estrutural dos frutos de açaí foram eficazes. As técnicas de microscopia de luz contribuíram para o melhor reconhecimento dos tecidos durante a posterior análise pela microtomografia de raios-X. Através das observações realizadas nas imagens microtomográficas, considerou-se que os efeitos poderiam interferir no processo de despolpamento dos frutos de açaí. Assim os frutos foram submetidos aos processos de desidratação, hidratação e posterior extração do mesocarpo. Foram obtidos valores máximos de rendimento em frutos que tiveram variação de massa fresca com aproximadamente -3% e posteriormente reidratados. Valores próximos de -5% desestruturaram significativamente o mesocarpo, diminuindo os valores de rendimento. Contudo, as desidratações amenas com variação de massa fresca de aproximadamente -3% e posterior imersão dos frutos em água até saturação aumentam consideravelmente os valores de rendimento, obtendo-se assim valores máximos de massa despolpada.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5330.pdf: 10406044 bytes, checksum: 695afbbdb7dfb4b1b7234ade1618ebae (MD5) Previous issue date: 2013-07-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Xyloglucanases (Xghs) are important enzymes involved in xyloglucan modification and degradation. Xanthomonas campestris (Xcc) is a phytopathogenic bacterium which produces a large number of glycosyl hydrolases (GH), but has only one family 74 GH (Xcc-Xgh). A Xcc-Xgh xyloglucan-specific endo-β-1,4-glucanase from family GH74 has been cloned from the Xanthomonas campestris by expression cloning in E. coli. The recombinant enzyme was purified by resin another Ni-NTA column and gel permeation chromatography. The recombinant Xcc-Xgh is stable at pH of 5.3 and temperature below 40°C; the specific activity this enzyme were determined such as 9.31U/mg protein. This enzyme was purified and crystallized. Diffraction datasets were collected for native enzyme and its two complexs with glucose at maximum resolution of 2.0, 2.1 and 2.7 Å, respectively. Data were indexed in the hexagonal crystalline system with unit-cell parameters a=b=153.4 and c=84.9 Å. Data scaling indicated that crystals belong to either space group P61 or its enantiomorph P65. Translation search in molecular replacement calculations solved the space group ambiguity (P61) and the structure refinement is currently in progress. That elucidation of the three-dimensional structure by SAXS and Crystallography of this enzyme will increase our understanding of structure function relationships of the GH74 family members and might provide new structural insights about xyloglucanases mode of action on xyloglucan polysaccharides. / Xiloglucanases (Xghs) são enzimas envolvidas na degradação da parede celular vegetal pela modificação do polissacarídeo xiloglucano. Xanthomonas campestris (Xcc) é uma bactéria fitopatogênica que produz um grande número de hidrolases de glicosídeos (GH) e apenas uma GH da família 74. Uma xiloglucanase Xcc-Xgh da família GH 74 foi clonada e expressa de forma heteróloga em E. coli. A enzima recombinante foi purificada por cromatografia de afinidade Ni-NTA e separação por exclusão molecular. Essa enzima tem maior estabilidade funcional na temperatura 40 °C e pH 5,3; é específica para a hidrólise de xiloglucano e sua atividade específica determinada foi 9,31U/mg. Por meio de espalhamento de raios-X a baixo ângulo (SAXS) foi possível determinar para duas diferentes construções desta enzima, uma com mutação e outra sem mutação, as curvas de estabilidade térmica diferentes para cada uma delas; isso reforça a estreita relação entre estrutura e função da presente enzima. Após a cristalização, conjuntos de dados de difração foram coletados para a enzima na forma apo e dois complexos com glicose na resolução máxima de 2,0, 2,1 e 2,7 Å, respectivamente. Os dados foram indexados no sistema cristalino hexagonal, com os parâmetros de célula unitária a=b =153,4 Å e c=84,9 Å. Os resultados do escalonamento indicam que os cristais pertencem ao grupo espacial P61 ou o seu enantiômero P65. A determinação estrutural por substituição molecular deixou claro que o verdadeiro grupo espacial é P61. Os ligantes de glicose obtidos por soaking com glicose pura e produtos da hidrólise de xiloglucano podem estar correlacionados com a atividade catalítica desta enzima. A determinação da estrutura tridimensional, como também os resultados funcionais, contribuem para a compreensão da maquinaria molecular das enzimas membros da família GH 74 e lança novas perspectivas estruturais sobre o modo de ação das xiloglucanases em polissacarídeos de xiloglucano.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5379.pdf: 1563751 bytes, checksum: a689b7c58ac88ae31f43442e6f0ccee5 (MD5) Previous issue date: 2013-06-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / The use of fertilizers to increase agricultural production, combined to the high import rate of this resource by Brazil, has motivated scientific and technological development of high performance fertilizers. In this context, here we aimed at the synthesize hydroxyapatite nanoparticles (HAP) by coprecipitation method followed by hydrothermal treatment. HAP solubility obtained at different hydrothermal aging was evaluated to monitor the dependence of solubility in aqueous solution with particle size and crystallization condition. In order to control the release of phosphate ions from HAP, aiming at application in soil as a fertilizing resource, the methodology used was based on placing the nanoparticles inside sachets-like compartments. Such sachets are composed by polymeric films containing different percentages of thermoplastic starch (TPS) and pectin (PEC). The best composition of the blends was determined by investigating the degradation of sachets in aqueous solution. The solubility of the HAP nanoparticles was evaluated by measuring the concentration of phosphate ions in aqueous solution, using the molybdenum blue colorimetric method. The results showed that the nanoparticles without hydrothermal treatment presented high solubility, lower particle size and crystallinity. After storage inside the polymeric sachet, it was observed that both the nanoparticles with and without hydrothermal treatment have high solubility, which may be due to a decrease in the pH caused by polymer degradation. From these results it was concluded that the incorporation of HAP inside the polymeric sachets could be an alternative to minimize the effects of leaching and provide controlled release of phosphorus, since the polymers employed (starch and pectin) show high biodegradability. / A necessidade do emprego de fertilizantes minerais, para o aumento da produção agrícola, aliada ao alto índice de importação deste insumo pelo Brasil, tem motivado o desenvolvimento científico e tecnológico de fertilizantes com desempenho elevado. Neste contexto, o presente trabalho teve como objetivo a síntese de nanopartículas de hidroxiapatita (HAP) pelo método de coprecipitação, e o envelhecimento das mesmas por hidrotermalização. Avaliou-se também a solubilidade da HAP obtida na forma de pós em diferentes tempos de hidrotermalização, visando acompanhar a dependência da solubilidade em solução aquosa com os diferentes tamanhos de partículas e condições de cristalização. Com a finalidade de controlar a liberação de íons fosfato da HAP, visando posterior aplicação no solo como fertilizante, foi utilizada uma metodologia de armazenamento das nanopartículas em filmes de blendas poliméricas com diferentes porcentagens mássicas de amido termoplástico (TPS) e pectina (PEC). Estes filmes foram utilizados como sachês para acondicionar as nanopartículas de HAP. Para avaliar a melhor composição das blendas a ser empregada, investigou-se a degradação dos sachês em solução aquosa. A avaliação da solubilidade das nanopartículas de HAP foi realizada por intermédio da determinação da concentração de íons fosfato em meio aquoso, utilizando-se a metodologia do azul de molibdênio. Os resultados obtidos para a HAP, não armazenadas em sachê, indicaram que a maior solubilização foi obtida para as nanopartículas sem tratamento hidrotermal, as quais apresentaram menor tamanho de partículas e cristalinidade inferior às hidrotermalizadas. Após o armazenamento no interior do sachê TPS:PEC, observou-se que ambas as nanopartículas, com e sem tratamento hidrotermal, apresentaram elevada solubilidade, o que pode ser devido à diminuição do pH do meio, ocasionado pela degradação dos sachês poliméricos. A partir destes resultados foi possível concluir que a incorporação da HAP no interior de sachês poliméricos pode ser uma alternativa para minimizar os efeitos de lixiviação e proporcionar a liberação controlada de fósforo, uma vez que os polímeros empregados (amido e pectina) apresentam elevada biodegradabilidade.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5434.pdf: 780828 bytes, checksum: 48a9fc16b08390721a72c2c717a9c379 (MD5) Previous issue date: 2013-08-22 / Orchidaceae is one of the largest and diverse families of angiosperms, that is in almost every type of habitat, except tundras and deserts. They are considered of great ornamental importance, the genus Phalaenopsis has received a great prominence having increaed and its production enlarged in the Gross and inner market This way, the Brazilian floriculture market has a great demand in seedling production, requiring more studies and researches involving biotechnologycal techniques from the development of vases and containers on a prepared substrate, propagation techniques and acclimatization. And with in vitro culture, it is possible that the desirable plant coul be multiplied through several sucbultures, which enables an earlier and new cultivation available more quickly for commercial use. The luminosity is another factor that is gaining prominence in the productivity of orchids, the fact that the quality of light affects directly the growth and development of plants grown in vitro and/or ex vitro. The present work had as objective to anlyze the growth of in vitro and acclimatization in the two cultivations (cv. 6323 and cv. 6546) of orchid Phalaenopsis amabilis Blume, under different lighting spectra. Inicially it occurred the sowing the seedling in the cultivation enviroment MS that were enveloped with different cellophanes: yellow, blue, Green, red, and white. After 60 cultivation days it was performed an statistical evaluation on the seedling. Afterward, they were put in collective vases to the phase of acclimatization, and those ones stand for more three months. Through analyze the biometric data it can be observed that the growing in vitro and ex vitro of Phalaenopsis amabilis was influenced by many different spectra lights, considering that the various results of this influence from the genotype. It can be observed that the blue spectrum performed a great performance on cv. 6323 and on the Green spectrum cv. 6546. / Orchidaceae é uma das maiores e diversificadas famílias de angiospermas, que ocupam quase todo tipo de habitat, exceto tundras e regiões desérticas. São consideradas de grande importância ornamental, principalmente as do gênero Phalaenopsis que tem recebido grande destaque, e sua produção aumentada no mercado interno e externo. Dessa forma, o mercado florícola brasileiro teve uma grande demanda na produção de mudas, exigindo mais estudos e pesquisas biotecnológicas que envolvessem técnicas desde o desenvolvimento de vasos e recipientes, a substratos, formas de propagação e aclimatação. Nesse ínterim, com a cultura in vitro, é possível obter a partir de uma planta de interesses desejáveis, a multiplicação desta em vários subcultivos, que possibilita que uma nova cultivar esteja disponível mais rapidamente para uso comercial. A luminosidade é outro fator que vem ganhando destaque na produtividade de orquídeas frente à sua influência direta no crescimento e desenvolvimento de plantas cultivadas in vitro e/ou ex vitro. O presente trabalho teve como objetivo analisar o crescimento in vitro e a aclimatação de dois cultivares (cv. 6323 e cv. 6546) da orquídea Phalaenopsis amabilis, sob diferentes espectros luminosos. Inicialmente, ocorreu a semeadura da plântula em meio de cultura MS que foram envelopados com diferentes cores de celofane: amarelo, azul, verde, vermelho e o controle. Passados 60 dias de cultivo, foi feita a avaliação estatística das plântulas. Posteriormente, foram envasadas em vasos coletivos para a fase de aclimatação, as quais permaneceram por mais três meses. A partir dos dados biométricos analisados pode-se observar que o crescimento in vitro e ex vitro de Phalaenopsis amabilis foi influenciado pelos diferentes espectros luminosos, sendo os variados resultados desta influência decorrentes do genótipo. Pode se observar que o espectro azul exerceu maior influência sobre o cv. 6323 e o espectro verde sobre o cv. 65496.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5499.pdf: 3793809 bytes, checksum: a99ce532a5c0a65e0f17ef8ad90f5754 (MD5) Previous issue date: 2013-04-22 / Glaucoma is a leading cause of blindness in the elderly throughout the world. One of the most important diagnoses that is made in order to detect this pathology is a visual field perimetry, which measures the sensitivity of different portions of the retina to different light intensities. However, the available instruments in Brazil with quality considered within the "Gold Standard" are all imported and therefore the basis of all computational data, information essential to obtain a reliable report is also based on populations with ethnic and demographic characteristics distinct from the Brazilian population. In this project, the goal was to develop a database with emphasis on the Brazilian population for a computerized instrument that performs measurements of the visual field of the human eye. Practical results of this new database are presented and also a discussion of why it is more appropriate for the Brazilian population when compared to imported databases. / O glaucoma é uma das principais causas de cegueira em pessoas da terceira idade no mundo. Um dos principais diagnósticos que se faz para detecção desta patologia é a campimetria visual, que mede as diferentes sensibilidades da retina para estímulos luminosos de múltiplas intensidades. No entanto, os instrumentos disponíveis no Brasil com qualidade considerada dentro do Padrão Ouro (Gold Standard) são todos importados e portanto com base de dados computacional, informação imprescindível para obtenção de um laudo confiável, também baseada em populações com características étnicas e demográficas distintas da brasileira. Neste projeto o objetivo foi o desenvolvimento de um banco de dados com base na população brasileira para um instrumento de campimetria também nacional. Resultados práticos para esta nova base de dados são apresentados aqui e faz-se também uma discussão do porque ela é mais adequada para a população brasileira do que a base de dados de instrumentos importados.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6489.pdf: 6160107 bytes, checksum: 81c1fddd8e696b53fe5fd98c9174ba24 (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / The depletion of fossil fuels, the growing energy demand and the great need to reduce carbon emissions gradually increased the demand for new sources of renewable and clean energy. Bioethanol is obtained from the fermentation of lignocellulosic biomass, for example sugar cane, and can be considered a viable alternative. For this biomass can be used it is necessary to degrade the constituent molecules of the cell wall to fermentable sugars through the enzymes called cellulases. Among them there are three classes with different functions: the cellobiohydrolases, endoglucanases and β-glucosidases. In order to contribute to the viability and deployment of ethanol production technologies, purification of two β- glucosidases of the fungus Trichoderma harzianum was performed, named in this work as ThBgl1 e ThBgl2, as well as their biophysical and biochemical characterization. Clones in study were obtained by a cloning platform, expression and purification of recombinant proteins in high performance and expressed in bacteria Escherichia coli. Through the functional characterization of proteins under study it was found that they had the optimum pH in the range of 5.5 and optimum temperature around 40ºC. Results of enzyme kinetics showed that ThBgl1 has higher preference (specificity) by cellobiose, while in ThBgl2 cellobiose is a substrate having low specificity. In ThBgl2 specificity is higher by fucosideos. Furthermore, it was observed the occurrence of transglycosylation catalyzed by β-glucosidases in study and the action of some inhibitors on its enzymatic activity. The three-dimensional analysis of these proteins revealed the presence of the barrel tim typical of family 1 of glycoside hydrolases. / O esgotamento das fontes de combustíveis fósseis, a crescente demanda energética e a grande necessidade de redução da emissão de carbono fizeram com que aumentasse gradativamente a procura por novas fontes de energia renováveis e limpas. O bioetanol obtido da fermentação de biomassas lignocelulósicas, como o bagaço de cana-de-açúcar, pode ser considerado uma alternativa viável. Para que essa biomassa possa ser utilizada, faz-se necessário a degradação das moléculas constituintes da parede celular a açúcares fermentáveis por meio das enzimas chamadas celulases. Dentre elas existem três classes com diferentes funções: as celobiohidrolases, as endoglucanases e as β-glicosidades. Com o objetivo de contribuir para a viabilização e implantação de tecnologias de produção de etanol, foi realizada a purificação de duas β-glicosidases do fungo Trichoderma harzianum, denominadas nesse trabalho como ThBgl1 e ThBgl2, bem como sua caracterização bioquímica e biofísica. Os clones em estudo foram obtidos por meio de uma plataforma de clonagem, expressão e purificação de proteínas recombinantes em alto desempenho e expressos na bactéria Escherichia coli. Através da caracterização funcional das proteínas em estudo, verificou-se que elas apresentaram o pH ótimo na faixa de 5,5 e temperatura ótima em torno de 40ºC. Os resultados de cinética enzimática mostraram que ThBgl1 tem maior preferência (especificidade) por celobiose, enquanto na ThBgl2 a celobiose é um substrato com baixa especificidade. Na ThBgl2 a especificidade é maior por fucosídeos. Além disso, constatou-se a ocorrência de transglicosilação catalisada pelas β-glicosidases em estudo e a ação de alguns inibidores em sua atividade enzimática. A análise tridimensional dessas proteínas revelou a presença de um barril tim típico das hidrolases de glicosídeos da família 1.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2016-10-13T12:14:46Z No. of bitstreams: 1 DissMFO.pdf: 4743699 bytes, checksum: 0ed61a6d2874b421280f1f898f2d1a0c (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-21T13:08:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMFO.pdf: 4743699 bytes, checksum: 0ed61a6d2874b421280f1f898f2d1a0c (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-21T13:08:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMFO.pdf: 4743699 bytes, checksum: 0ed61a6d2874b421280f1f898f2d1a0c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-21T13:08:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMFO.pdf: 4743699 bytes, checksum: 0ed61a6d2874b421280f1f898f2d1a0c (MD5) Previous issue date: 2016-06-26 / Outra / The interest in knowing and observing animals increased the habit of keeping them in captivity, starting the creation of zoos around the world. They have being modernized through the time and acquiring a new concept in education and research, in which the conservation of the species is placed in the foreground. The research in captivity cover many areas of study, such as parasitology, pathology, genetics, and more, allowing closer contact with the animal and making it easier to access the information that is difficult to get in nature. However, the study of animal behavior stands out among these areas, as it collaborates with several researches, allowing a more detailed knowledge about the behavioral characteristics of the species, as described in this study. Populations of black lions tamarins (Leontopithecus chrysopygus) kept in captivity are targets of researches that aim to get more information about the species, helping their conservation. The preparation of a detailed behavioral catalog for the species was the objective of this article, emphasizing the description and analysis of reproductive and socio-reproductive behavior. Took part in the first stage of the study four couples of captive black lions tamarins in an extra section of the São Paulo Zoo. In the second stage, there were more four captives couples from the Conservation Center of Wild Fauna of the State of São Paulo (CECFAU), where two of them also belonged to the previous group. The observations lasted four months in each study area and were held from Ad libitum methods to make the ethogram (90 full observation hours) and focal animal with instant registration, with 30-minute sessions and 1-minute intervals for frequency analysis. It was also analyzed the use of the grounds of the using area (divided into quadrants) and the proximity of the animals, which have resulted in a high frequency of use of the upper quadrants in the sections of the Sao Paulo Zoo, as well as the holding area and plays in facilities of the CECFAU, being noticed, in both areas, the animals away from each other most of the time of the observation. Forty-five different behavioral acts were detected, divided into 11 behavioral categories to make the analysis of the frequencies easier. The categories most performed by the animals were Locomotion, Food and Physiological behavior for couples of the Sao Paulo Zoo, as well as for couples CECFAU, except for the category “Not visible” that showed high representativeness for this latter individuals, corroborating the frequency that the animals stay in holding area and burrows, where they were out of the observer's reach. In Reproductive and Socio-reproductive behaviors were observed "copulation", "smell genital”, "hold behind", "copulation simulation" and "genital markings". It is suggested non-invasive endocrine studies, by analyzing fecal metabolites concentrations that, associated with observations of behavior, can certainly help the reproductive study of the species. / O interesse em conhecer e observar animais fez com que o costume de mantê-los em cativeiro aumentasse, dando início à criação de zoológicos pelo mundo. Estes foram se modernizando ao longo do tempo e adquirindo um novo conceito em educação e pesquisa, em que a conservação das espécies é colocada em primeiro plano. A pesquisa em cativeiro engloba diversas áreas de estudo, tais como parasitologia, patologia, genética, entre outras, permitindo um contato mais próximo com o animal e facilitando o acesso a informações de difícil obtenção na natureza. Entretanto, o estudo do comportamento animal se destaca entre essas áreas, já que colabora com várias pesquisas possibilitando um conhecimento mais detalhado sobre as características comportamentais da espécie, assim como é descrito neste estudo. Populações de micos-leões-pretos (Leontopithecus chrysopygus) mantidos em cativeiro são alvos de pesquisas que têm por objetivo adquirir maiores informações sobre a espécie, contribuindo para a sua conservação. A elaboração de um catálogo comportamental detalhado para a espécie foi o objetivo deste trabalho, dando ênfase à descrição e análise dos comportamentos reprodutivos e sócio-reprodutivos. Participaram da primeira etapa do estudo quatro casais de micos-leões-pretos cativos no setor extra do Zoológico de São Paulo. Na segunda etapa, mais quatro casais cativos do Centro de Conservação da Fauna Silvestre do Estado de São Paulo (CECFAU), sendo dois deles também pertencentes ao grupo da etapa anterior. As observações tiveram duração de 4 meses em cada área de estudo e foram realizadas, a partir dos métodos Ad libitum, para a confecção do etograma (90 horas de observação total) e Animal focal com registro instantâneo, com sessões de 30 minutos e intervalos de 1 minuto, para as análises de frequência. Também foi analisada a utilização da área de uso do recinto (dividido em quadrantes) e a proximidade dos animais, que tiveram como resultado uma alta frequência da utilização dos quadrantes superiores nos recintos do Zoológico de São Paulo, bem como o cambiamento e toca nos recintos do CECFAU, sendo visualizado, em ambas as áreas, os animais distantes entre si na maioria do tempo de observação. Foram registrados 45 atos comportamentais diferentes, divididos em 11 categorias comportamentais visando facilitar a análise das frequências. As categorias mais executadas pelos animais foram Locomoção, Alimentação e Comportamentos Fisiológicos para os casais do Zoológico de São Paulo, bem como para os casais do CECFAU, com exceção para a categoria Não Visível que apresentou alta representatividade para estes últimos indivíduos corroborando com a frequência da permanência dos animais nos cambiamentos e tocas, onde ficaram fora do alcance do observador. Dentre os comportamentos Reprodutivos e Sócio-reprodutivos foram observados “cópula”, “cheirar genitália”, “segurar por trás”, “simulação de cópula” e “marcações genitais”. Sugere-se estudos endócrinos não invasivos, mediante a análise das concentrações de metabólitos fecais, que associada às observações dos comportamentos, certamente podem auxiliar o estudo reprodutivo da espécie.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2016-10-21T11:16:30Z No. of bitstreams: 1 DissLOL.pdf: 2360469 bytes, checksum: b98326ae018890796891604df0a3c7eb (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-11-08T18:38:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissLOL.pdf: 2360469 bytes, checksum: b98326ae018890796891604df0a3c7eb (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-11-08T18:38:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissLOL.pdf: 2360469 bytes, checksum: b98326ae018890796891604df0a3c7eb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-08T18:38:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissLOL.pdf: 2360469 bytes, checksum: b98326ae018890796891604df0a3c7eb (MD5) Previous issue date: 2015-05-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / The replacement of chemical products by renewable raw materials is an important factor for the emission control of CO2. Consequently, there is a great commercial interest in the conversion of ethanol into 1,3-butadiene. The 1,3-butadiene compound is used in the production of a variety of synthetic rubbers and one important example is butadiene-styrene rubber (SBR), which is used in the production of car tires. This work studied the modification of the acid-base properties of MgO/SiO2 bifunctional catalysts and the understanding of different methodologies used in the preparation of these materials for the conversion reaction of ethanol into 1,3-butadiene. MgO/SiO2 catalysts of varying amounts of magnesia/silica were prepared by four different methods: i) precipitation followed by the mixing of the oxides in a ball mill, ii) precipitation of MgO followed by its mixing with aerosil silica in a ball mill, iii) precipitation of MgO followed by the mechanical mixing of the oxides and iv) sol-gel. The catalysts were characterized by X-ray diffraction, CO2 Temperature Programmed Desorption, Scanning Electron Microscopy and Specific Surface Area. Catalytic tests showed that the highest selectivities for 1,3 -butadiene were observed for the (MgO/SiO2) coprecipitation method and oxides mixed in a ball mill. The TPD-CO2 results demonstrate the formation of basic sites with the addition of SiO2 to MgO and the density of basic sites presents a great variation in the ratio MgO: SiO2. The catalyst MgO/SiO2 (5:1) was the most active and selective for 1,3-butadiene. The addition of CaO or SrO these catalysts have not resulted in increased selectivity for the formation of butadiene, but observed an increase in the acid properties, possibly due to non-inclusion of these oxides in MgO lattice and later the formation of basic sites of the type MgO-Mg-O-Si. / A substituição de petroquímicos por produtos químicos obtidos a partir de matérias primas renováveis será um fator importante para o controle de emissão de CO2. Consequentemente, existe um grande interesse comercial na conversão do etanol em 1,3-butadieno também crescerá. O 1,3- butadieno é utilizado na produção de uma grande variedade de borrachas sintéticas. Um importante exemplo é a borracha de estireno-butadeino (SBR) usada na produção de pneus de automóveis. Neste trabalho foi estudada a modificação das propriedades ácido-base dos catalisadores bifuncionais de MgO/SiO2 e a compreensão de diferentes metodologias empregadas na preparação destes catalisadores aplicados na reação de conversão de etanol em 1,3- butadieno. Foram preparados catalisadores MgO/SiO2 com várias razões de magnésia/sílica preparados por quatro métodos de preparação diferentes, sendo estes: i) precipitação com mistura dos óxidos em um moinho de bolas; ii) precipitação do MgO misturado com sílica aerosil em um moinho de bolas; iii) precipitação com mistura mecânica dos óxidos e iv) sol-gel. Os catalisadores foram caracterizados por Difração de Raios X, Dessorção de CO2 à Temperatura Programada, Microscopia Eletrônica de Varredura e Área Superficial Específica. Os testes catalíticos mostraram que as maiores seletividades para o 1,3-butadieno foram observadas para os óxidos (MgO/SiO2) obtidos através do método de coprecipitação e misturados em moinho de bolas. Os resultados de TPD-CO2 demostram a formação de sítios básicos com adição de SiO2 ao MgO e a densidade de sítios básicos apresentam um ótimo, com variação da razão MgO:SiO2. O catalisador MgO/SiO2 (5:1) foi o mais ativo e seletivo para butadieno. A adição de CaO ou SrO nestes catalisadores não resultaram em um aumento de seletividade para a formação de butadieno, mas observa-se um aumento na propriedades ácidas, possivelmente devido a não inclusão destes óxidos no reticulado de MgO e posteriormente a formação de sítios básicos do tipo MgO-Mg-O-Si.