En Guinée, le constat a été établi par divers auteurs que l’intensification de l’exploitation des ressources démersales sur ces dernières décennies a induit une baisse générale de leur abondance. Cette intensification est supposée avoir induit également des modifications de la structure multi-spécifique et fonctionnelle des assemblages de poissons de cette zone, mais peu d’études ont permis d’en juger jusqu’ici, la plupart des travaux antérieurs sur ces ressources ayant concerné des approches strictement mono-spécifiques et des approches strictement taxonomiques. Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse est de contribuer à un diagnostic écosystémique plus complet de l’état actuel des ressources marines guinéennes et de déterminer en particulier si la diversité taxonomique et fonctionnelle des assemblages de poissons a été affectée par la pêche.Les données de campagnes de chalutages scientifiques collectées sur le plateau continental guinéen entre 1985 et 2012, les statistiques sur les captures de pêche et dix-sept traits fonctionnels liés aux fonctions de locomotion et d’acquisition de nourriture de 50 espèces de poissons démersaux sont étudiés à travers divers indicateurs de diversité pour analyser l’impact de la pêche.Les résultats montrent que l’intensification de la pêche a eu des effets significatifs sur certaines caractéristiques générales du peuplement en question. Depuis 1985, on observe ainsi une baisse de la densité et du niveau trophique moyen des poissons ainsi qu’un turnover des dominances, par lequel les espèces principales, à forte valeur commerciale, caractérisées par des masses corporelles importantes et une croissance lente sont progressivement remplacées par des espèces de plus petites tailles à moindre valeur commerciale et à croissance rapide. On observe également une baisse significative de la richesse fonctionnelle dont l’évolution conforte les résultats obtenus à partir des évaluations taxonomiques et confirme que l’écosystème côtier du plateau continental est perturbé en lien avec la pression de pêche. / In Guinea, was highlighted by various authors that the intensification of the exploitation of demersal resources over recent decades has led to a general decline in abundance. This intensification is supposed to have also induces changes in the specific and multi-functional structure of the fish assemblages of this zone, but few studies have Judging far, most previous work on these resources with relevant strictly mono-specific approaches and strictly taxonomic approaches. In this context, the aim of this thesis is to contribute to a more complete ecosystem diagnosis of the current state of the Guinean marine resources and in particular whether the taxonomic and functional diversity of fish assemblages was affected by fishing. Data from scientific trawl surveys collected on Guinean continental shelf between 1985 and 2012, statistics on catches of fishing and seventeen functional traits related to locomotion functions and food purchase 50 groundfish species are studied diversity through various indicators to analyze the impact of fishing.The results show that the intensification of fishing has had significant effects on certain general characteristics of the population in question. Since 1985, we thus observed a drop in the density and the mean trophic level of fish and a turnover of dominance, whereby major species of high commercial value, characterized by substantial body masses and slow growth are gradually replaced by species of smaller sizes at lower commercial value and rapid growth. There is also a significant decrease in functional richness whose evolution confirms the results obtained from the taxonomic assessments and confirms that the coastal ecosystem of the continental shelf is disrupted in connection with fishing pressure.

L’étude historique des pratiques de pêche à la ligne représente un champ de recherche privilégié pour l’utilisation conjointe du social et de l’environnemental. Dans les années 1960 les pêcheurs à la ligne font preuve d’une véritable conscience écologique. Mais cet état de fait n’est pas du « donné » mais du « construit ». La question centrale consiste donc à se demander si un siècle avant l’apparition de l’écologie politique en France, il y a eu une sensibilisation aux problèmes environnementaux par la pratique d’une activité qui met les citoyens aux prises avec le problème de la qualité de leur environnement proche ? Entre le deuxième tiers du XIXe siècle et les années 1940, la pêche à la ligne a évolué : d’une pratique élitiste à une activité de plus en plus populaire. Dans cette évolution, le rôle des hommes et des femmes et des différentes catégories socio-économiques a varié selon les époques et les régions. Les facteurs, les rythmes et la géographie de la prise de conscience des pêcheurs à la ligne de la nécessité de protéger leur environnement sont différents selon les espaces envisagés. Certaines régions, telles que le nord de la France, ont connu un développement précoce de la pêche à la ligne. Cette multitude de réseaux sociaux a donné naissance à un nouveau rapport des hommes à leur environnement, doublé de sociabilités inédites. / By the 1960s, anglers in France had come to display a real environmental consciousness. The aim of this thesis is to show this consciousness had a long history. Anglers in France, a century before the rise of political ecology, exhibited a growing sensibility to environmental problems that came directely from their experiences of the quality of their surroundings as they fished. In this thesis, I show that between 1829 and 1941, the practise of angling evolved from an elitist to a more working-class form of leisure. I also examine how the respective roles of men and women of different social classes changed over time and acoording to place. In addition, I explore the factors, rhythms and geography of this new environmental awareness. It gave rise to some unexpected developments with, for example, the working classes playing a major role in the movement of the protection of nature in France.

Les interactions entre aquaculture et pêche captive, et la viabilité comme approche de gestion du risque dans l'exploitation des écosystèmes. / The world of fisheries is complex, dynamic and contested. At the core of fishery management lie technical challenges but also fundamental socioeconomic issues such as valuation and ownership. So far, as for other natural resources, fisheries resources have been largely over exploited and alarms from the scientific community on rapidly declining stocks and species disappearance have been repeatedly published. In what follows, I first strive to explain the repeated failures to manage fisheries in a sustainable way. In this perspective, I overview existing management instruments and the weaknesses of fisheries governance. Next, I raise the main challenges faced by the aquaculture industry to take over on capture fisheries, as a sustainable source of food security. This leads us to an introduction to the two first chapters of this dissertation, which focuses on the economic and ecological impacts of the expansion of aquaculture, and its implications for the capture fishery sector. Finally, I expose the complexity of managing harvested ecosystems under uncertainty, in practice. Thus, I present the third chapter of this dissertation which puts forward a theoretical management framework grounded in viability theory to deals with risk, ecosystem dynamics and conflicting sustainability objectives. In particular, I examine the different analytical possibilities provided by this framework to handle uncertain dynamics.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le homard d’Amérique, Homarus americanus, supporte la pêche commerciale la plus importante dans l’Est du Canada et est donc devenue une espèce prioritaire en terme de gestion et de conservation. Cette thèse vise à acquérir des connaissances importantes sur la reproduction et l’adaptation locale des populations de H. americanus à l’aide d’une approche pluridisplinaire alliant génomique des populations et écologie marine. Dans un premier temps, nous avons cherché à définir des unités génétiques et évaluer leur correspondance avec les 41 unités de gestion actuelles. Nos résultats ont révélé la présence de deux entités régionales (nord/sud) composées de 11 populations génétiquement distinctes à plus fine échelle. Nous avons aussi démontré qu’il était possible d’obtenir de fort succès d’assignation à l’échelle régionale, ce qui permet d’envisager un outil de traçabilité. Ensuite, nous avons évalué l’impact des facteurs environnementaux tels que la distribution spatiale, la circulation océanique et la température de surface de la mer sur la distribution des unités génétiques précédemment définies. Nous avons alors démontré que les courants océaniques avaient une plus forte influence sur la divergence neutre des populations que la distribution spatiale. D’autre part, nous avons découvert que la température minimale annuelle avait une influence significative sur la divergence adaptative, et que ce signal persistait même après avoir soustrait l’influence de la distribution spatiale à cette relation. Finalement, nous avons exploré l’influence du sexe ratio et des marqueurs sexuels sur les analyses de structuration génétique d’une espèce marine faiblement structurée, ici le homard d’Amérique. Grâce aux 12 marqueurs sexuels identifiés, nous avons pu révéler le système de détermination sexuelle présent chez cette espèce et caractériser les bases moléculaires de ce déterminisme. Dans l’ensemble, les résultats de cette thèse illustrent le potentiel des outils génomiques dans la mise en place d’une gestion durable du homard d’Amérique dans les eaux canadiennes. / The American lobster, Homarus americanus, supports the largest commercial fishery in Eastern Canada and has therefore become a priority species in terms of conservation and management. This thesis aimed to gain important knowledge about the genetic structure and adaptive potential of H. americanus using a multidisciplinary approach, combining population genomics and marine ecology. Our first goal was to identify genetic units and assess their correspondence to the 41 management units presently in use. Our results revealed the presence of two regional entities (north/south), with at a finer scale, 11 genetically distinguishable populations. We also demonstrated that it was possible to identify the origin of individuals blindly, with an average of 90% individuals correctly reassigned to the regional genetic unit where they were sampled. This high assignment success, unexpected for a marine species, could be used as a relevant traceability tool. Next, we assessed the impacts of environmental factors such as spatial distribution, ocean circulation and sea surface temperature on the previously identified genetic structure. We showed that ocean currents had a greater effect on the putatively neutral genetic structure than spatial distribution. On the other hand, annual minimum temperature appeared to explain a significant portion of the putatively adaptive genetic variation, and this signal persisted even after subtracting the influence of the spatial distribution. Finally, we explored the influence of sex ratio and sex-linked markers on the analyses of genetic structure of high gene flow species, here the American lobster. We found 12 sex-linked markers from which we inferred a probable genetic mechanism of sex determination of the American lobster and characterized its molecular basis. Overall, the results of this thesis illustrate the potential of a genomic approach as a new tool for the sustainable management of American lobster in Canadian waters.

La protection du territoire forestier de l'île d'Anticosti en contexte d’inscription sur la Liste du patrimoine mondial de l'UNESCO ravive le débat concernant la légitimité de l’aménagement des ressources renouvelables au sein de certains types d’aires protégées. Par une méthodologie qualitative, il a été possible d’établir que la création d’une aire protégée d’utilisation durable sur le territoire des pourvoiries de l’ouest de l’île d’Anticosti est perçue comme étant une avenue pertinente et socialement acceptable auprès du réseau de co-construction constitué dans le cadre de ce projet de recherche. Une foresterie commerciale de restauration écologique et d’aménagement cynégétique est perçue comme étant compatible avec le système socio-écologique des pourvoiries de l’île d’Anticosti en contexte de création d’une APUD. L’élaboration d’une nouvelle formule de conservation est perçue comme étant une opportunité de développer une structure de gouvernance inclusive des organisations locales ainsi que de réviser certaines pratiques du Plan général d’aménagement intégré des ressources du milieu forestier de l’île d’Anticosti (PGAIR), dont les coupes hors-blocs, perçues comme étant une menace à ce système socio-écologique. Malgré certaines divergences d’opinions concernant la venue du statut d’APUD dans le projet de loi 46, Loi modifiant la Loi sur la conservation du patrimoine naturel et d’autres dispositions, le système de protection et de gestion de l’île d’Anticosti présenté au Centre du patrimoine mondial de l’UNESCO, impliquant la création d’une APUD, cristallise le besoin d’une nouvelle formule d’aire protégée au Québec. Ainsi, nous croyons que les fondements de la conception du réseau d’aires protégées de l’île d’Anticosti ont le potentiel de servir de cadre de référence afin de moderniser le réseau des aires protégées du Québec et ainsi établir les traditions de conservation de l’environnement du futur. / The protection of the forests of Anticosti Island in the context of the inscription of the island to the UNESCO World Heritage List relaunches the debate on the legitimacy of forest management within certain types of protected areas. Using a qualitative methodology, it was possible to establish that the creation of a protected area with sustainable on the territory of the outfitters on the western part of Anticosti Island is perceived as a relevant and socially acceptable project by the co-construction network formed during this research project. Thru this study, ecological restoration forestry and hunting management are seen as compatible with the socioecological system of outfitters on Anticosti Island in the context of the creation of a protected area with sustainable use. The development of a new conservation formula is also seen as an opportunity to develop an inclusive governance structure for local organizations as well a way to revise certain forest practices proposedby the present general integrated forest management plan of the island of Anticosti, such as unfenced cut blocks,perceived as a threat to this socio-ecological system.Despite certain opposing views concerning the future status of protected area with sustainable use, proposed inthe Quebec government’s Bill 46, An Act to amend the Natural Heritage Conservation Act and other provisions,the protected area network on Anticosti island presented to the UNESCO World Heritage Center crystallizes the need for a new form of protected area in Quebec. We believe that the design principles of the network of protected areas on Anticosti Island have the potential to serve as a reference to modernize the network of protected areas in Quebec and establish the conservation traditions of the future.

Le but de ce projet consistait à développer des produits antimicrobiens naturels à base de bactériocines de bactéries lactiques et d'évaluer leur potentiel pour la biopréservation des produits marins prêts à consommer. Dans un premier temps, une nouvelle bactériocine de classe lia, la divergicine M35 produite par Carnobacterium divergens isolée de moules fumées, a été purifiée et caractérisée sur le plan biochimique et moléculaire. La divergicine M35 possède une séquence de 43 acides aminés et une masse moléculaire de 4518.75 Da. Elle possède un pouvoir anti-Listeria marqué contre de nombreuses souches de Listeria monocytogenes. À l'inverse, elle demeure inactive contre des souches de Lactococcus, Lactobacillus, Enterococcus, Bifldobacterium et Escherichia. Par la suite, les paramètres de production de la divergicine ont été déterminés dans un milieu de grade alimentaire à base d'hépatopancréas de crabe des neiges, un sous-produit de l'industrie halieutique. D'une part, les résultats obtenus ont permis de mettre en évidence le potentiel du milieu hépatopancréas de crabe à permettre la croissance de G divergens M35 aux températures de réfrigération. D'autre part, une production de divergicine M35 satisfaisante et comparable au milieu MRS7m a été obtenue dans les mêmes conditions expérimentales. En dernier lieu, différentes stratégies d'addition de la divergicine M35 (culture productrice, divergicine M35 pure ou sous forme de bio-ingrédient actif issu du surnageant de culture concentré du milieu hépatopancréas de crabe) ont été comparées afin de valider l'activité anti-Listeria de la divergicine M35 dans le saumon fumé à froid entreposé à 4°C durant 21 jours. Un effet antimicrobien supérieur sur L. monocytogenes a été obtenu dans les filets contenant G divergens M35 après 10 jours d'entreposage, comparativement à ceux traités avec la divergicine pure ou le bio-ingrédient. G divergens M35 n'a causé aucune altération des caractéristiques organoleptiques et sensorielles des filets de saumon par rapport aux filets témoins non-inoculés. Aussi, les niveaux de bases azotées volatiles totales et d'aminés biogènes étaient inférieurs à la norme permise en fin de période de conservation. Ainsi, ce projet de recherche a démontré le potentiel d'application de la divergicine M35 pour la bio-préservation des produits marins prêts à consommer envers L. monocytogenes . / The aim of this research was to develop natural food-grade bacteriocins as antimicrobial ingredients and to evaluate their bio-preservative potential against Listeria monocytogenes in ready-to-eat seafood. Carnobacterium divergens M35 was isolated from a commercial sample of frozen smoked mussels and was shown to produce a new class Ha bacteriocin named divergicin M35. The purification procedure allowed the recovery of 10% of the bacteriocin present in the culture supernatant with purity higher than 99%. Divergicin M35 had a molecular mass of 4518.75 Da and an amino acid sequence of 43 amino acids. It showed powerful anti-listerial activity, especially against numerous isolates of L. monocytogenes but not against strains of Lactococcus, Lactobacillus, Enterococcus, Bifidobacteria and Escherichia. The optimal parameters for the growth of C. divergens M35 and the production of divergicin M35 were then determined in various synthetic media and in snow crab hepatopancreas-based medium, a natural food grade by-product of crustacean processing. Snow crab hepatopancreas-based medium allowed growth of C. divergens M35 and divergicin M35 production, especially at refrigerated temperatures.The obtained results suggest that snow crab hepatopancreas-based medium could replace the more expensive MRS successfully for the production of food-grade bacteriocins, especially those produced by fish-acclimatized bacteria. Afterwards, purifïed divergicin M35, divergicin M35 bio-ingredient or C. divergens M35-producing divergicin strain were applied on cold-smoked wild salmon fillets to evaluate and compare their potential to inhibit the growth of L. monocytogenes during 21 days at 4°C. An increased reduction in L. monocytogenes viable count was obtained with C. divergens M35 treated samples till 10 days of storage as compared to purifïed divergicin M35 or divergicin bio-ingredient. Compared with un-inoculated samples, the addition of C. divergens M35 did not affect color and texture of salmon fillets throughout the storage period. Total volatile base nitrogen and levels of biogenic amines remained below the maximum acceptable in fish appreciation. Overall, the results of this study showed clearly the potential application of C. divergens M35 culture as well as divergicin M35 bio-ingredient for the inactivation of L. monocytogenes in ready-to-eat seafood.

Le lac Tonle Sap (TSL) est l'un des plus grands lacs du monde et est connu comme un hot-spot de la biodiversité en Asie du Sud-Est. En raison de la grande diversité ainsi que de la productivité élevée de poissons, le lac contribue à un apport important en protéines pour la population cambodgienne. Cette étude vise principalement à étudier (1) la dynamique spatiale et temporelle de la composition des communautés de poissons, (2) les effets des facteurs environnementaux sur la distribution des espèces et (3) l'effet de l'abolition des lots de pêche sur la biomasse, les communautés de poissions et le structure des poissons. En utilisant des méthodes statistiques multivariées sur les données de poissons et de variables environnementales, je suis en mesure de mettre en évidence les principales conclusions suivantes: * Les communautés de poissons du TSL étaient composées de deux assemblages de poissons: l'assemblage du nord, principalement caractérisé par des poissons noirs, et l'assemblage du sud, principalement lié aux poissons blancs, gris et estuariens. Les assemblages de poissons de la période 1994-1995 étaient représentés par l'abondance de tous les groupes fonctionnels, c'est-à-dire les poissons noirs, blancs et gris, et pour la période de 1996 à 1999, les assemblages étaient liés aux poissons blancs et gris. * Les distributions des abondances espèces de poissons n'étaient pas homogènes dans le TSL. De plus, les aires de distributions des espèces étaient différentes et étaient régies par des combinaisons distinctes de caractéristiques de l'habitat et de facteurs climatiques. * H. lobatus et H. siamensis peuvent coexister ensemble, mais la synchronisation et la migration de H. lobatus conduisent toujours à celles de H. siamensis. Ces résultats suggèrent que la population de H. lobatus est plus sensible aux variations d'impulsion de flux que celles de H. siamensis. Ceci indique que les variations des impulsions d'écoulement sont les principaux déterminants responsables de la dynamique temporelle de chaque espèce.[...] / Tonle Sap Lake (TSL) is one of the world's largest lakes and is a biodiversity hotspot in Southeast Asia. It supports high fish productivity which sustains protein supply for millions of people in the region. This study aims to investigate (1) spatial and temporal dynamics of fish community composition, (2) the effects of environmental factors on fish distribution and (3) effects of fishing lot abolishment on fish biomass, community and structure in TSL. By using multivariate statistical methods on fish and environmental data, the thesis highlights that: * There were two fish assemblages in TSL: the northern assemblage, mostly characterised by black fishes, and the southern assemblage, mainly linked to white, grey and estuarine fishes. Fish assemblages from earlier years (1994 and 1995) were represented by the abundances of all functional groups, i.e. black, white and grey fishes, and from 1996 to 1999, the assemblages were linked only to white and grey fishes. * Fish species distributions were not homogeneous within TSL. In addition, species distribution areas were different and were governed by distinct combinations of the local habitat characteristics and regional climatic factors. * H. lobatus and H. siamensis can co-occur together, but synchronisation and migration of H. lobatus always lead those of H. siamensis. These results suggest that the population of H. lobatus is more responsive to flow pulse variations than those of H. siamensis.[...]

Entre 1760 et 1858, les Mi'gmaq de Sainte-Anne-de-Restigouche font face à une redéfinition du mode d'occupation et d'exploitation du territoire gaspésien et de ses ressources naturelles. Le peuplement, le développement de la pêche commerciale au saumon, la diminution des stocks et l'ingérence accrue de l'État dans la gestion de cette ressource génèrent un phénomène de concurrence autour de la rivière Ristigouche. Le présent mémoire a pour objectif d'étudier la réaction des Mi'gmaq à la remise en question d'une manière éprouvée de subvenir à leurs besoins collectifs. La pêche au saumon constitue une part importante du mode de vie traditionnel des Mi'gmaq et un apport alimentaire majeur pour la communauté. Le saumon est aussi, par le troc ou la vente, une source de revenus permettant de pallier la diminution du gibier et de combler par l'achat de denrées les périodes de disette. La réaction des Mi'gmaq à la compétition entourant l'exploitation des pêcheries de saumon est symptomatique des heurts qui surviennent en Gaspésie. Deux cultures, deux conceptions divergentes de l'exploitation des ressources naturelles s'affrontent: la logique de subsistance des Mi'gmaq reposant sur la consommation des ressources disponibles au fil des saisons sur un vaste territoire cohabite difficilement avec une exploitation intensive réalisée dans un objectif de rentabilité commerciale. Le saumon est utilisé ici comme enjeu révélateur des tensions qui s'installent autour de la rivière Ristigouche. Il nous permet d'éclairer sous un nouveau jour la réaction des Mi'gmaq de Sainte-Anne-de-Restigouche aux transformations rapides de leur environnement. Nous soutenons que dans un contexte défavorable au maintien de leur mode de subsistance, les Mi'gmaq ne sont pas restés passifs. Cette étude met en évidence les réactions des Mi'gmaq aux changements et les formes prises par leur résistance. Nous considérons que cette résistance s'articule essentiellement en trois phases. Les réactions les plus courantes des Mi'gmaq au cours de la période que nous qualifions d'affirmation (1760-1786) sont l'envoi de pétitions, de plaintes et de requêtes aux autorités, ainsi que l'affirmation des limites du territoire de chasse et de pêche qu'ils revendiquent. Ces actions se poursuivent de 1787 à 1826, cependant, nous assistons à une montée de l'exaspération et de l'agressivité, à l'endroit des pêcheurs eurocanadiens rivaux, perceptible par des gestes de grabuge et d'intimidation. De 1827 à 1858, les Mi'gmaq doivent diversifier leurs sources de subsistance. Nous constatons pourtant que bon nombre des emplois choisis, tels ceux de guide ou de bûcheron, s'inscrivent aisément dans un mode de vie nomade. Il y a visiblement persistance de certaines pratiques traditionnelles, du nomadisme et de la pêche au saumon. Enfin, la résistance se poursuit par l'envoi de pétitions, par l'utilisation des outils légaux coloniaux, par l'occurrence de gestes de grabuge et par l'envoi d'une délégation à Londres. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Mi'gmaq, Mi'kmaq, Micmac, Ristigouche, Restigouche, Listuguj, Saumon, Pêche, Résistance, Histoire amérindienne, Gaspésie, Baie des Chaleurs.

La participation des pêcheurs artisanaux a longtemps été écartée de la gestion institutionnelle des activités halieutiques marines côtières dans la zone intertropicale, notamment au sein des États centralisés d'Amérique Centrale. L'objectif majeur de cette thèse était de déterminer le potentiel de cogestion des activités halieutiques artisanales au sein du Golfo Dulce (Pacifique Sud du Costa Rica). La réflexion s'organise en deux parties. La première est consacrée à l'étude de la gestion des activités halieutiques artisanales exploitant les ressources marines côtières, ressources communes, dans les pays en développement tropicaux, et la seconde, à une étude de cas du Golfo Dulce. Dans un premier temps, le secteur halieutique artisanal costaricain a été caractérisé, notamment au travers de son évolution historique et de sa gestion déconcentrée et pluri-institutionnelle. Les différentes modalités de participation des pêcheurs artisanaux à la gestion de leurs activités halieutiques sont illustrées par plusieurs études de cas (Cahuita, Marino-Ballena, Palito, Tárcoles, Golfo Dulce). Dans un second temps, les pratiques de pêche et le profil socio-économique des pêcheurs artisanaux des trois communautés de Bahía Pavones (sud-est du Golfo Dulce) ont été caractérisés. L'activité de pêche artisanale y repose sur huit espèces, dont les deux principales, Lutjanus gutattus (vivaneau rose) et L. peru (vivaneau garance) seraient surexploitées. La participation des pêcheurs artisanaux aux organisations locales est importante malgré un déficit de confiance envers ces dernières. Enfin, la comparaison des différentes études de cas a mis en évidence l'existence de huit conditions nécessaires au développement d'un processus de cogestion d'activités halieutiques artisanales au Costa Rica. Au sein de l'Aire Marine de Pêche Responsable du Golfo Dulce, malgré la volonté des pêcheurs artisanaux de participer à une pêche durable, c'est la manipulation de ces derniers par divers acteurs qui entrave le processus de cogestion.