Orientador: João Meidanis / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-09-11T21:07:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fortuna_ViniciusJose_M.pdf: 2317520 bytes, checksum: 52e18a1fcb2b671c1296276814c65290 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Uma das principais formas de se medir a distância evolutiva entre espécies é avaliando-se quão transformado um genoma foi em relação a outro. Tais transformações são conhecidas como rearranjos de genoma. Neste trabalho estaremos analisando o rearranjo chamado de transposição, evento que troca de posição dois blocos consecutivos de genes de um mesmo cromossomo. Mais especificamente, buscamos encontrar o número mínimo de transposições que transforma um cromos somo em outro, valor conhecido como distância de transposição. Matematicamente, consideramos os cromossomos como permutações e o problema de se transformar uma permutação em outra pode ser visto como uma ordenação. Em nosso estudo, introduzimos uma operação de remoção de elementos, ferramenta ainda pouco explorada no estudo da distância de transposição, mas que nos possibilitou obter um limite superior para a distância de transposição. Também sugerimos novas formas de se utilizar a remoção de elementos e a análise de subseqüências de permutações. Como forma de se tentar obter novos conhecimentos sobre o problema da distância de transposição, consideramos a variação do problema em que somente transposições de prefixo são permitidas. Zanoni Dias propôs um algoritmo polinomial que transforma qualquer permutação de comprimento n em sua reversa em f3n/41 passos, porém sem uma prova completa. Modificamos esse algoritmo, mantendo o número de passos, e apresentamos uma prova completa da correção do algoritmo modificado. Ainda no problema de distância de transposição de prefixo, analisamos as permutações cujas distâncias se igualam ao limite inferior de distância de pontos de quebra. Tais permutações são fáceis de serem ordenadas por transposições de prefixo em tempo polinomial, pois possuem ordenação ótima única e bem definida. Ao final chegamos à conclusão que as permutações que são fáceis de se ordenar no problema de transposições de prefixo também são fáceis no problema de transposições, o que prova que a variação do problema auxilia no estudo do problema original / Abstract: One of the main ways of measuring the evolution distance among species is to evaluate how large chunks have moved when comparing two genomes. Such changes are know as genome rearrangements. In this work we analyze a rearrangement event called transposition that changes the position of two consecutive blocks of genes in a chromosome. More specifically, we look for the minimum number of transpositions needed to transform a chromosome into another. This value is called the transposition distance. Mathematically, chromosomes are regarded as permutations and changing one genome into another can be seen as a sorting problem. In our study, we introduce an operation of element removal from permutations, which has not been fully explored, but allowed us to find an upper bound for the transposition distance. We also suggest new ways of making use of element removal and the analysis of permutation subsequences. In the hope of obtaining new knowledge about the problem of transposition distance, we considered the variation of the problem where we allow prefix transpositions only. Zanoni Dias developed a polynomial algorithm that changes any permutation into its reverse using f3n/41 steps, but without a proof of its correctness. We have modified this algorithm, keeping the number of steps, and presented a complete proof of the correction of the modified algorithm. Still about the prefix transposition distance, we have analyzed those permutations whose distance equals the breakpoint lower bound. Such permutations are easily sorted by prefix transpositions in polynomial time, since they have a unique and well-defined optimum sorting. Finally, we concluded that the permutations that are easily sorted in the prefix transposition problem are also easily sorted in the transposition problem, which proves that the variation of the problem helps the study of the original problem / Mestrado / Mestre em Ciência da Computação

Os processos ecológicos e biogeográficos podem influenciar a composição de espécies em comunidades. A ecologia diz respeito às interações entre espécies e o ambiente enquanto que a biogeografia está relacionada à ocupação dos ambientes pelas espécies pertencentes ao pool regional. A dispersão fornece oportunidade para que as espécies ocupem diferentes ambientes, mas o modo como as espécies interagem entre si e com o ambiente é crucial para a permanência da espécie em uma taxocenose. Dentro desse contexto, este estudo busca entender qual processo, ecológico, histórico ou ambos tem influenciado na estrutura de comunidades de serpentes neotropicais com diferentes tipos de vegetação (áreas florestadas e abertas) usando métodos filogenéticos e fenotípicos. Nós detectamos diferentes padrões de estrutura filogenética nas comunidades da Amazônia (disperso) e dos Campos Sulinos (agregado). No entanto, é possível perceber que comunidades de baixas latitudes tendem a ter estrutura dispersa e comunidades de altas latitudes tendem a ter estrutura agregada. O mesmo padrão foi observado através da análise fenotípica. Além disso, dentre os atributos mensurados o tamanho do corpo é o único que está associado com o tipo de vegetação. Este resultado pode ser uma consequência da maior proporção de espécies arborícolas em taxocenoses florestadas. Essas espécies geralmente são maiores que as terrícolas e as fossoriais. Espécies que utilizam o mesmo habitat são morfologicamente similares. A influência da biogeografia nas comunidades de serpentes é um resultado da distribuição de espécies das três principais linhagens de serpentes da região Neotropical. As espécies de Colubridae e Dipsadinae contribuem mais para a riqueza de espécies em latitudes mais baixas enquanto que Xenodontinae contribui mais nas taxocenoses de altas latitudes. Isto pode explicar o padrão filogenético disperso encontrado nas comunidades de baixa latitude porque estas comunidades são compostas principalmente por espécies de duas linhagens diferentes enquanto que as comunidades de altas latitudes são basicamente compostas por uma única linhagem (o que resultaria em um padrão filogenético agregado). Isso pode explicar também a pequena diferença morfológica entre as comunidades de latitude maior devido à inércia filogenética. Nossos resultados destacam a importância da biogeografia na estruturação de comunidades, corroborando a atual hipótese de que a biogeografia é mais importante para moldar a estrutura de comunidades do que os fatores ecológicos / Both ecological and biogeographical process can influence assemblages\' composition. Ecology may affect interactions among species and their environment while biogeography affects species\' immigration from regional species\' pool. Immigration provides an opportunity to arrive in different localities but the way in which species interact with their environment is a crucial factor in order for a species to thrive. This study aims to understand which processes, ecological, historical or both, have influenced the structure of Neotropical snakes\' assemblages in different vegetation types (forested and open areas), using a phylogenetic and phenotypic approach. We detected different patterns of phylogenetic structure in assemblages from Amazonian rainforest (evenness) and Brazilian Campos Grasslands (clustered) but it is also possible to perceive that assemblages from lower latitudes are evenly structured and assemblages from higher latitudes are clustered, the same being true when we consider their phenotypic structure. Moreover, considering all measured traits body size is the only feature related to vegetation type (open and forested areas). This result may be a consequence of the microhabitat used by a high proportion of species - since arboreal and semi-arboreal species are primarily encountered in forested areas (when compared to open areas), and these species are normally larger than terrestrial and/or fossorial species. Furthermore, species within use the same habitat have similar morphologies. The influence of biogeography in snakes\' assemblages is a result of the species\' distribution from major snakes\' lineages in Neotropics. The lineages Colubridae and Dipsadinae contribute more to assemblages\' richness at lower latitude whereas Xenodontinae contributes more at higher latitudes. This may explain the phylogenetic evenness pattern encountered in assemblages from lower latitudes, since these assemblages are composed mainly by species from two different lineages, while assemblages from higher latitudes are basically composed by one lineage. Although the difference among species\' morphology is smaller in assemblages from higher latitudes due probably to evolutionary constraints. Our results highlight the importance of biogeography in shaping assemblage structure, corroborating the current hypothesis that biogeography is more important in shaping assemblages than ecology

A presente Dissertação apresenta dados sobre dois estudos complementares: a filogenia do gênero Paroaria (Aves: Passeriformes: Oscines; Capítulo 2) e a filogeografia de Paroaria dominicana (Capítulo 3). O estudo filogenético do gênero Paroaria utilizou como fonte de dados seqüências do ND2 (1041 pb) obtidas a partir de indivíduos das cinco espécies desse gênero (exceto P. baeri com 925 pb) e de seis espécies de diferentes tribos da subfamília Emberizinae como grupos externos. As reconstruções filogenéticas obtidas indicam que: 1) táxons da atual tribo Emberizini não formam um grupo monofilético; 2) Gubernatrix cristata pertence à tribo Thraupini; 3) dentre as espécies amostradas, G. cristata é a mais próxima ao gênero Paroaria; 4) o gênero Paroaria é monofilético; 5) o gênero Paroaria está dividido em dois clados principais: (P. coronata, P. dominicana) e (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). Para auxiliar a interpretação dos resultados, as distribuições dos registros das espécies do gênero Paroaria foram obtidas por meio da compilação de informações de localidades de coleta de onze instituições. O clado (P. coronata, P. dominicana) sugere que as florestas abertas dos arredores do Chaco e da Caatinga estão relacionadas. Já o clado (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) sugere relação entre as matas ciliares do Cerrado, da Amazônia, do Pantanal e dos arredores do Chaco. Estimativas de datas de divergências sugerem que as diversificações mais antigas dentro do gênero Paroaria ocorreram no período Plioceno, enquanto apenas a mais recente ocorreu no Pleistoceno inferior. Eventos paleogeográficos e paleoclimáticos poderiam estar associados às diversificações. Já o estudo filogeográfico da espécie P. dominicana utilizou como fonte de dados seqüências do ND3 (351 pb) e do primeiro domínio da região controladora (391 pb) obtidas a partir de 51 indivíduos dessa espécie. A espécie irmã P. coronata foi selecionada como grupo externo. Porém, devido a problemas laboratoriais ela foi substituída por P. capitata em algumas matrizes. Testes de neutralidade foram aplicados aos dados e sugerem que: 1) há fuga do modelo de populações em equilíbrio neutro causada por seleção positiva (fase pré ou pós-fixação) ou seleção negativa atuando concomitantemente ou não a uma expansão populacional recente; e 2) a não utilização do grupo externo mais adequado causou saturação nos dados, prejudicando a realização de inferências mais precisas sobre as forças causadoras do padrão de polimorfismos encontrado. Com isso, análises de demografia histórica e de tamanho populacional efetivo foram comprometidas. As análises de estrutura populacional indicam que: 1) a espécie P. dominicana não apresenta estruturação populacional para o DNAmt; 2) essa espécie deve ser tratada como uma única Unidade de Manejo; e 3) o rio São Francisco e os tipos de Caatinga não constituem barreiras geográfica e ecológica para essa espécie, respectivamente. / This Masters Thesis comprises two complementary studies: phylogeny of the genus Paroaria (Aves: Passeriformes; Oscines; Chapter 2) and phylogeography of Paroaria dominicana (Chapter 3). The phylogeny of the genus Paroaria is based on complete ND2 (1041 bp) sequences from all five Paroaria species (except P. baeri with 925 bp) and from six species from different tribes of the subfamily Emberizini as outgroups. The results indicate that: 1) the current tribe Emberizini is not monophyletic; 2) Gubernatrix cristata should be placed within the tribe Thraupini; 3) among the outgroups sampled, G. cristata is the closest to genus Paroaria; 4) genus Paroaria is monophyletic; and 5) genus Paroaria is comprised of two major clades: (P. dominicana, P. coronata) and (P. baeri (P. gularis, P. capitata)). To help interpreting the results, the distribution of sampling localities of the genus Paroaria was compiled from eleven institutions. The clade (P. dominicana, P. coronata) indicates an association between the open forests of Caatinga and around the Chaco. The clade (P. baeri (P. gularis, P. capitata)) suggests that the riparian forests of Cerrado, Amazon, Pantanal and around the Chaco are related. Date estimates of diversification indicate that the oldest splits within the genus occurred during the Pliocene, and only the youngest diversification occurred during the early Pleistocene. Paleogeographic and paleoclimate events could be related to these diversifications. The phylogeography of the species P. dominicana is based on sequences from of ND3 (351 bp) and first domain of the control region (391 bp) from 51 individuals. The sister species P. coronata was used as outgroup. However, due to technical problems it was replaced by P. capitata in some data matrices. Neutrality tests results suggest that: 1) there is departure from the neutral equilibrium population model due to negative or positive selection (pre or post fixation phases) acting simultaneously or not with a recent population expansion; and 2) the use of a non-sister outgroup caused saturation of the data, jeopardizing more precise inferences on the forces shaping the polymorphism pattern found. Therefore, historical demography and effective population size analyses could not be performed. The population structure analyses suggest that: 1) the species P. dominicana is not geographically structured based on mtDNA data; 2) this species can be considered as a single Management Unit; and 3) the São Francisco river and the types of Caatinga are not geographic and ecological barriers for this species, respectively.

As abelhas das orquídeas ocorrem na região Neotropical e são assim conhecidas porque os machos polinizam as orquídeas. Em razão da carência de estudos no cerrado brasileiro, o presente trabalho teve como objetivos verificar a abundância e a riqueza de espécies de abelhas Euglossini na floresta de galeria do Parque Nacional de Chapada dos Guimarães e na mata seca de calcário da Província Serrana de Mato Grosso. Durante o período de maio de 2003 a julho de 2005 foram capturados 498 machos, distribuídos pelos cinco gêneros da tribo. A floresta de galeria foi o sítio que apresentou maior diversidade e riqueza de espécies (H= 2,9, Dmg= 8,609), seguida da mata seca de calcário da dolina Água Milagrosa (H?= 2,14, Dmg= 1,608) e da Fazenda Jacobina (H= 2,02, Dmg= 2,918). Das 56 espécies registradas, apenas dez foram comuns aos três ambientes. Das espécies novas registradas, e ainda não descritas, 19 espécies pertencem ao gênero Euglossa Latreille, 1804 e sete pertencem ao gênero Eufriesea Cockerell, 1908. A matriz de dados original usada por ENGEL (1999) foi expandida com a adição de oito novos caracteres, e sua análise resultou em uma única topologia, com 39 passos, CI=0.66, RI=0.78. Três clados principais foram encontrados para o gênero Exaerete Hoffmannsegg, 1817: grupo frontalis (Ex. frontalis, Ex. smaragdina e Ex. lepeletieri), sendo as demais espécies pertencentes ao grupo dentata, subdividido em dois distintos clados, subgrupo dentata (Ex. azteca e Ex. dentata) e subgrupo trochanterica (Ex. trochanterica e Ex. guaykuru). Parte do material testemunha encontra-se depositado na coleção entomológica do Departamento de Biologia da Universidade de São Paulo FFCLRP-USP (RPSP), os holótipos encontram-se depositados no Museu de Zoologia da USP (MZUSP), e o restante na coleção do autor. / Orchid bees occur in the Neotropics and are known as such because the males pollinate the orchid flowers. Due to the lack of research into the Brazilian cerrado, this study aimed to report the abundance and richness of the orchid bee species found in the gallery forest of the Veú de Noiva valley in the Chapada dos Guimarães National Park and in the dry forests of the Província Serrana of Mato Grosso state. From May 2003 to July 2005, 498 male euglosine bees, belonging to five genera, were collected. The gallery forest site presented the highest levels of diversity and species richness indices (H= 2.9, Dmg= 8.609), followed by the karst of the Água Milagrosa sinkhole (H= 2.14, Dmg= 1.608) and the Jacobina Farm (H= 2.02, Dmg= 2.918). Of the 56 species recorded, only ten were common to all three environments. As regards the new species recorded, but not yet described, 19 species belong to Euglossa Latreille, 1804 and seven belong to Eufriesea Cockerell, 1908. The original data matrix used by ENGEL (1999) was amplified with the addition of eight new characters, two new taxa, and its analysis resulted in a single topology of length 39, CI=0.66, and RI=0.78. The relationships among the Exaerete species can be summarized as: (((E. smaragdina + (E. frontalis + E. lepeletieri)) + ((E. trochanterica + E. guaykuru) + (E. azteca + E. dentata))). Three principal clades were found for the Exaerete Hoffmannsegg, 1817 genera: frontalis group (Ex. frontalis, Ex. smaragdina, and Ex. lepeletieri), with the remaining species belonging to the dentata group, itself split into two distinctive clades the dentata subgroup (Ex. dentata and Ex. azteca) and the trochanterica subgroup (Ex. trochanterica and Ex. guaykuru). Voucher specimens of the research material were deposited in the collection of the São Paulo University Biology Department (FFCLRP-USP: RPSP), the holotypes were deposited in the collection of the São Paulo University Zoology Museum (MZUSP), and the rest in the author\'s collection.

Engraulinae, uma sub-família de Engraulidae, inclui onze gêneros e cerca de 90 espécies com hábitos marinhos, estuarinos e dulcícolas, distribuídas nas américas do Sul, Central e do Norte, exceto Encrasicholina e Engraulis, o primeiro restrito ao Indo-Pacífico e o segundo com distribuição global. Anchoviella, um gênero de Engraulinae, que pertence ao grupo de manjubas do Novo Mundo, possui 15 espécies descritas, mas, como sugerido por diversos autores, a maioria das espécies do gênero apresenta problemas taxonômicos que necessitam ser revisados. O monofiletismo de Engraulinae é sustentado por quatro sinapomorfias relacionadas a morfologia geral do corpo, padrão de canais sensoriais cefálicos e características do esqueleto caudal e arcos branquiais. O presente estudo tem dois objetivos principais: i) elaborar a análise filogenética de Engraulinae com base na análise de dados morfológicos, a fim de evidenciar padrões de evolução dos grupos na sub-família, ii) elaborar a revisão taxonômica de Anchoviella. Foram elencados 103 caracteres de morfologia externa e interna de todos os gêneros pertencentes a Engraulinae. O monofiletismo de Engraulinae e Engraulini não foi corroborado no presente estudo, assim como o da maioria dos gêneros incluídos na subfamília, com exceção de Anchovia, que formou um clado monofilético com alto suporte de Bremer. Proposto como o mais derivado em Engraulinae em estudos filogenéticos anteriores, o gênero Encrasicholina foi incluído em um dos grandes clados da família obtidos no presente estudo, juntamente com espécies de Stolephorus, Engraulis e Anchoa. Pterengraulis atherinoides é o clado mais derivado em Engraulidae, com Lycengraulis grossidens e Anchoa spinifer também situados entre os táxons mais derivados da família. Além disso, a obtenção de um grande clado com espécies pertencentes a Amazonsprattus scintilla, Anchoviella e Anchoa reforça as hipóteses de relacionamento próximo entre Amazonsprattus scintilla e Anchoviella. A revisão taxonômica de Anchoviella revelou 13 espécies válidas e duas espécies dulcícolas não descritas. Entretanto, de acordo com o resultado obtido na análise filogenética, apenas três dessas espécies deveriam ser mantidas em Anchoviella enquanto as demais espécies formariam um novo gênero incluindo Amazonsprattus scintilla. / Engraulinae, a subfamily of Engraulidae, includes eleven genera and about 90 species with marine, estuarine and freshwater habits, distributed in South, Central and North America, except Encrasicholina and Engraulis, the first one restricted to the Indo-Pacific and the second, with a global distribution. Anchoviella, one genus of Egraulidae, that belongs to the New World Anchovies group, is represented by 15 described species but, according to many authors, most species of the genus are poorly described and in need of revision. The monophyly of Engraulinae is supported by four synapomorphies related to general morphology of the body, pattern of sensory cephalic canals and characteristics of the caudal skeleton and branchial arches. The present study has two main goals: i) to analyse the phylogenetic relationships within Engraulinae based on morphological data, aiming to highlight evolution patterns within the groups of the subfamily, ii) to perform the taxonomic revision of Anchoviella based on the analysis of 103 external and internal morphological characters of all the genera within Engraulinae. The monophyly of Engraulinae and Engraulini was not herein corroborated, as well as the monophyly of most of the genera within the subfamily, except Anchovia, that was included in a monophyletic clade with a strong Bremer support. Proposed as the most derived genus within the Engraulinae in previous studies, the genus Encrasicholina was herein included within one of the major clades of the family, together with species of Stolephorus, Engraulis and Anchoa. Pterengraulis atherinoides is the more derived taxon within the Engraulidae, together with Lycengraulis grossidens and Anchoa spinifer, also included within the more derived taxa of the family. Moreover, one major clade with species belonging to Amazonsprattus scintilla, Anchoviella and Anchoa was obtained, reinforcing the hypothesis of a close relationship among Amazonsprattus scintilla and Anchoviella and among Anchoa and Anchoviella. The taxonomic revision of Anchoviella revealed the existence of 13 valid species and two undescribed freshwater species. However, according to the results obtained through the phylogenetic analysis undertaken, only three among these species should be maintained within Anchoviella, while the other species would form a new genus including Amazonsprattus scintilla.

O histórico da classificação das Scrophulariaceae inclui muitos tratamentos que diferem na delimitação da família. Algumas propostas incluíram grupos que atualmente correspondem a famílias, como Globulariaceae, Lentibulariaceae, Orobanchaceae, Plantaginaceae e Selaginaceae. A tribo Gratioleae, tradicionalmente incluída em Scrophulariaceae, nos últimos anos vem sendo considerada um grupo de Plantaginaceae. Contudo, em trabalho recente a tribo Gratioleae foi promovida para o nível de família (G ratiolaceae). Como até o momento o posicionamento dos gêneros em Gratiolaceae tem-se baseado somente em caracteres morfológicos, pretendeu-se neste trabalho estabelecer os relacionamentos de afinidade dentro da família com base em critérios da filogenia molecular. Outro objetivo foi avaliar a monofilia de seus gêneros constituintes. O estudo compreendeu a obtenção de sequências de DNA mitocondrial (NAD) e do cloroplasto (rps16 e trnL-trnL-F). Inferências filogenéticas foram realizadas com base nas sequências de DNA por meio dos critérios de máxima parcimônia e probabilidades posteriores (análise bayesiana). A congruência das topologias obtidas com análises filogenéticas de parcimônia baseadas em sequências de regiões de DNA individuais foi avaliada por meio do teste ILD. Os resultados apóiam propostas de estudos filogenéticos anteriores de exclusão de Gratiolaceae de quatro gêneros: Capraria, Limosella, Lindenbergia e Stemodiopsis. Com isso, Gratiolaceae assume a condição monofilética, sendo constituída pelos gêneros Achetaria, Bacopa, Conobea, Dopatrium, Gratiola, Hydrotriche, M ecardonia, Otacanthus, Philcoxia, Scoparia, Stemodia e Tetraulacium. Dentre eles, além de Tetraulacium (gênero monoespecífico), outros gêneros monofiléticos e bem sustentados são Gratiola,Mecardonia e Scoparia. Os resultados sugerem a combinação de Achetaria e Otacanthus num único gênero. Essa proposta foi também sugerida com base em caracteres morfológicos e palinológicos. No clado de Scoparia, observa-se uma correlação entre o posicionamento das espécies e sua distribuição geográfica. A espécie com posição basal no clado (S. dulcis) apresenta distribuição mais ampla, seguida de S. montevidensis com distribuição mais restrita, abrangendo os estados do sul e chegando ao Mato Grosso e parte da Amazônia. S. pinnatifida e S. ericacea, em posição mais derivada no clado, apresentam distribuição restrita ao sul do Brasil. Bacopa é um gênero parafilético, havendo necessidade de inclusão de Conobea scoparioides para se conseguir a monofilia. Conobea multifida é filogeneticamente relacionada a Scoparia e a um grupo de espécies de Stemodia. As análises não permitiram o estabelecimento confiável de relacionamentos entre Tetraulacium o os demais gêneros. Gratiola é um gênero monofilético e fortemente relacionado a Achetaria, Otacanthus e a um grupo de espécies de Stemodia. Stemodia mostrou-se polifilético nas análises, com as seguintes relações de afinidades filogenéticas: S. vandellioides -M ecardonia; S. stellata -Philcoxia; (S. durantifolia, S. glabra, S. maritima, S. microphylla, S. veronicoides) (Achetaria, Otacanthus); (S. foliosa, S. trifoliata e S. verticillata) (Scoparia, Conobea multifida). S. maritima é a espécie tipo do gênero e somente S. durantifolia e S. glabra emergiram no mesmo clado que S. maritima. S. microphylla e S. veronicoides formam um clado fortemente sustentado e apoiado também por sinapomorfias morfológicas. / The history of Scrophulariaceae has been characterized by different treatments regarding the circumscription of the family. Some proposals have included in the family groups currently recognized as belonging to families such as Globulariaceae, Lentibulariaceae, Orobanchaceae, Plantaginaceae e Selaginaceae. Tribe Gratioleae, traditionally included in Scrophulariaceae, inrecent yearshas been assumed as a member of Plantaginaceae. However, a recent study raised this tribe to family status (Gratiolaceae). Affinity relationships among Gratiolaceae genera have so far been established on bases of morphological characters. The aim of the present work was to establish affinity relationships inside the family on bases of molecular phylogeny criteria and to test the monophyly of the constituent G ratilaceae genera. Sequences of mitochondrial NAD and plastid rbcL and trnL-trnL-F were obtained. Phylogenetic inferences were obtained based on DNA sequences and maximum parsimony and bayesian analysis. The congruence of topologies based on individual DNA regions were evaluated by means of the ILD test. The results obtained give support to previous studies which proposed exclusion from Gratiolaceae of four genera: Capraria, Limosella, Lindenbergia e Stemodiopsis. In this way, family Gratiolaceae is monophyletic and comprises the genera Achetaria, Bacopa, Conobea, Dopatrium, Gratiola, Hydrotriche, M ecardonia, Otacanthus, Philcoxia, Scoparia, Stemodia e Tetraulacium. Among these, in addition to Tetraulacium (a monospecific genus), other monophyleti and strongly supported genera are Gratiola, Mecardonia e Scoparia. The results suggest merging Achetaria and Otacanthus into a single genus. The same treatment has been suggested based on morphologic and palynologic characters. In the Scoparia clade a correlation is apparent between the position of species and its geographic distribution. The species with basal position (S. dulcis) has wide distribution, followed by S. montevidensis, with narrower distribution, covering the southern states and reaching M ato Grosso and part of Amazon. S. pinnatifida and S. ericaceae, in more derived condition, have distributions restricted to the south of Brazil. Bacopa is a paraphyletic genus, inclusion of Conobea scoparioides being required to reach monophyly. Conobea multifida is phylogenetically related to Scoparia and a group of Stemodia. The analysis failed to allow a reliable establishment of relationships between Tetraulacium and other genera. Gratiola is monophyletic and strongly linked to Achetaria, Otacanthus and a group of Stemodia. The latter genus is polyphyletic, the following phylogenic links having been observed: Stemodia vandellioides -M ecardonia; S. stellata -Philcoxia; (S. durantifolia, S. glabra, S. maritima, S. microphylla, S. veronicoides) (Achetaria, Otacanthus); (S. foliosa, S. trifoliata e S. verticillata) (Scoparia, Conobea multifida). S. maritima is the type species in the genus and only S. durantifolia and S. glabra emerged in the same clade with S. maritima. S. microphylla and S. veronicoides comprise a strongly supported clade, which is further supported by.

Este estudo foi baseado em seqüências de autolimpeza e em métodos probabilísticos para compor as seqüências de comportamento. Foi testada a posição filogenética de membros da Ordem Falconiformes e Ciconiiformes. Sete táxons foram estudados: a garça-branca-grande, Ardea(=Casmerodius) alba, Família Ardeidae; harpia, Harpia harpjya, Família Accipitridae; gavião-do-rabo-branco, Buteo albicaudatus, Família Accipitridae; abutre-careca, Trigonoceps occipitalis, Família Accipitridae; abutre-do-coqueiro, Gypohierax angolensis, Família Accipitridae; gavião-pinhé, Milvago chimacima, Família Falconidae; urubu-comum, Coragyps atratus, Família Cathartidae. Para a análise das seqüências comportamentais foram adicionados outros sete táxons de outro estudo (Harpia foi contada apenas uma vez). As seqüências de autolimpeza para as treze espécies totalizaram 3.190, que foram usadas como caracteres filogenéticos. A análise filogenética das seqüências comportamentais resultou em uma única árvore mais parcimoniosa (CI= 0,51 e RI= 0,44). O cladograma obtido apresentou bons escores no teste Bootstrap, mas não apresentou um arranjo muito claro entre os ramos. É possível que dificuldades ao se registrar eventos comportamentais possam ter causado os problemas na topologia do cladograma. Baseando-se nessa hipótese foram excluídas três espécies que apresentaram maior incongruência na topologia. Um novo cladograma foi obtido (CI= 0,69 e RI= 0,47). A última análise propõe que Falconiformes não é um grupo monofilético; Cathartidae e Threskiornitidae são táxons estreitamente relacionados a Falconiformes. Ardea foi considerada como grupo externo e não relacionado a Threskiornitidae. Em suma, Falconiformes é apresentado como um táxon contido em Ciconiiformes; Cathartidae não é um grupo basal, ao contrário, é um grupo mais recente e grupo-irmão de Threskiornitidae. As duas espécies de abutres aparecem como grupos divergentes. / This study was based on self-grooming sequences, and probabilistic methods to compose sequences of behavior. The phylogenetic position of members of Orders Falconiformes and Ciconiiformes was inferred. Seven taxa were studied: the Great Egret, Ardea (= Casmerodius) alba, Family Ardeidae; Harpy Eagle, Harpia harpyja, Family Accipitridae; the White-tailed Hawk, Buteo albicaudatus, Family Accipitridae; the White-headed Vulture, Trigonoceps occipitalis, Family Accipitridae; the Palm-nut Vulture, Gypohierax angolensis, Family Accipitridae; Yellow-headed Caracara, Milvago chimachima, Family Falconidae; and American Black Vulture, Coragyps atratus, Family Cathartidae. For the analysis of behavioral sequences seven other taxa (Harpia was presented twice) of previous study were added. The total numbers of sequences of self-grooming for thirteen species arrive at 3,190, which were used as phylogenetic characteres. The sequences composed the behavioral characters for the phylogenetic analysis, and resulted in only one more parsimonious tree (CI= 0,51, RI= 0,44). The cladogram presents good scores in bootstrap analysis but displayed a not very clear arrangement among the branches. It is possible that the difficulties in acquiring behavioral acts caused the problems seen in the cladogram. Based on this hypothesis three species (more incongruent) were excluded and a new most parsimonious tree (CI= 0,69 and RI= 0,47) was got. The last analysis support that Falconiformes is not a monophyletic group; the Cathartidae and Threskiornitidae are closely related taxa of Falconiformes. Ardea was considered as out-group and are not included as close to Threskiornitidae. In addition, Falconiformes is presented as a Ciconiiformes taxon; Cathartidae is not a basal group, on the contrary, is the most recent group and also the sister group to Threskiornitidae. The two species of Old World Vultures appear as divergent groups.

O gênero Metalibitia Roewer, 1912 é revisado pela primeira vez e uma análise cladística foi feita para testar seu monofiletismo e suas relações internas, além disso, a chave de identificação das espécies e a descrição de uma espécie nova são apresentadas. Uma nova classificação é proposta baseada nos resultados da análise cladística. São reconhecidas nove espécies válidas das 11 espécies nominais, sendo duas sinonímias propostas: Metalibitia maculata (Roewer, 1914) e Metalibitia arenosa (Mello-Leitão, 1939) em Metalibitia argentina (Sørensen, 1884) e uma nova espécie é descrita, Metalibitia/ sp. n. (localidade-tipo: município de Abunã, Porto Velho, Rondônia, Brasil). A matriz de dados utilizada na análise cladística possui dez espécies de Metalibitia e oito terminais como grupo externo, compreende 65 caracteres baseados na morfologia masculina, sendo 18 pertencentes às estruturas morfológicas externas presentes no escudo dorsal e tergitos livres, dos quais dois são caracteres referentes à coloração; 20 referentes à genitália masculina; 21 pertencentes às pernas; cinco pertencentes ao pedipalpo e um referente à quelícera. A análise resultou em duas árvores igualmente parcimoniosas com 198 passos (C.I.= 0,50; R.I.= 0,56), sendo aqui apresentada a árvore de consenso com 204 passos (C.I.= 0,49; R.I.= 0,54), cuja otimização aplicada foi ACCTRAN. Metalibitia constitui um grupo monofilético, sustentado por três sinapomorfias de genitália masculina não homoplásticas e não-ambíguas: espinhos apicais retos na placa ventral do pênis, presença de prolongamento membranoso na região lateral mediana da placa ventral do pênis e inserção da glande na região mediana da placa ventral. Há a formação de dois clados no gênero e dois subclados, estes diferenciados principalmente pela quantidade de tubérculos do trocanter IV. / The genus Metalibitia Roewer, 1912 is revised for the first time and a cladistic analysis was performed to test its monophyletism and its internal relationships, a dicotomic key of species was presented and a new species was described. A new classification based on cladistic analysis is proposed. Nine species are considered as valid of the 11 nominal species currently recognized, being synonymyzed Metalibitia maculate (Roewer, 1914) and Metalibitia arenosa (Mello-Leitão, 1939) as Metalibitia argentina (Sørensen, 1884) and a new species is described (type-locality: Abunã, Porto Velho, Rondônia, Brazil). The cladistic analysis was performed with 10 species of Metalibitia and outgroup is composed of eight species. The character matrix comprises 65 morphological characters from males, being 18 belonging to external morphology features on dorsal scute and free tergites, including two features regarding to color, 20 to male genital, 21 to legs, 5 to pedipalp and one to chelicerae. The analysis resulted in two trees equally parsimonious with 198 steps (C.I.= 0.50; R.I.= 0.56), the strict consensus tree with 204 steps (C.I.= 0.49; R.I.= 0.54), and the ACCTRAN otimization was applied. Metalibitia is a monophyletic group, supported for three synapomorphies of the male genitalia non-homoplastics and unambiguous: straight apical setae on the ventral plate of the penis, membranous prolongation on region median lateral on ventral plate of the penis and insert of the penis glans on median region of the ventral plate. Two main groups and two subclades were obtained in genus, whose mainly separation is based on the tubercles of the trochanter IV.

Nesta Tese foram descritos padrões de diversificação de pássaros que ocorrem na Amazônia e na Mata Atlântica, os quais permitiram fazer inferências sobre os processos que podem ter influenciado a evolução das biotas residentes nestes biomas. Nós produzimos sequências de genes mitocondriais e nucleares para fazer inferências sobre a biogeografia histórica destes biomas. A Tese foi dividida em seis capítulos. Nos capítulos 1 a 4 os táxons Basileuterus leucoblepharus, Myrmotherula gularis e o complexo Synallaxis ruficapilla foram estudados para se entender a diversificação da Mata Atlântica. Estes estudos revelaram que os ciclos glaciais do fim do Pleistoceno tiveram importante papel na diversificação destes táxons. Ainda, atividades tectônicas ocorridas durante o Quaternário possivelmente contribuíram para a diversificação do complexo S. ruficapilla. No capítulo 5 o complexo Thamnomanes caesius/T. schistogynus foi analisado visando inferir a história evolutiva da Amazônia. Os resultados deste estudo mostraram que tanto a origem recente dos rios amazônicos (do Plioceno ao Pleistoceno) quanto os ciclos glaciais possivelmente foram responsáveis pela diversificação deste grupo. No capítulo 6 o grupo Suboscines foi estudado para compreender a dinâmica das conexões históricas entre as florestas Amazônica e Atlântica. Os resultados mostraram que os contatos históricos entre estes dois biomas correspondem a duas conexões espaço-temporais distintas: uma mais antiga durante o Mioceno através da porção sul da diagonal seca da América do sul, e uma mais recente durante o Plioceno e o Pleistoceno através da Caatinga e Cerrado no Nordeste do Brasil. Os dados desta Tese permitiram testar o papel de algumas hipóteses concorrentes na diversificação da Amazônia e da Mata Atlântica. A hipótese dos rios parece ter contribuído para a diversificação da Amazônia. A hipótese dos refúgios florestais possivelmente teve um papel crucial da diversificação da biota da Mata Atlântica. A hipótese dos refúgios também não pode ser rejeitada como um das forças que deu origem à biota da Amazônia que observamos atualmente. Eventos tectônicos e mudanças climáticas contribuíram para conexões históricas entre a Amazônia e Mata Atlântica / This PhD Dissertation describes patterns of diversification of species of passerines that occur in the Amazon and the Atlantic Forest and that allowed making inferences on the processes that may have influenced the evolution of the organisms that live in these forests. We generated sequences of mitochondrial and nuclear genes to study the historical biogeography of these biomes. This work includes six chapters. In chapters 1 to 4 we analyzed Basileuterus leucoblepharus, Myrmotherula gularis, and the Synallaxis ruficapilla complex in order to depict the diversification within the Atlantic Forest. These studies revealed that late Pleistocene glacial cycles played an important role on the diversification of these taxa. Furthermore, tectonic activities in the Quaternary may have contributed for the diversification of the S. ruficapilla complex. In chapter 5 we analyzed the Thamnomanes caesius/T. schistogynus complex in order to infer about the diversification in the Amazon. The results of this study showed that both the recent origin of Amazonian rivers (Pliocene to Pleistocene) as glacial cycles could be responsible for the diversification of these organisms. In chapter 6 we analyzed the New World suboscines in order to depict the historical connection dynamics between the Amazon and the Atlantic Forest. Our results pointed to two distinct spatiotemporal pathways connecting these forests in the past: (1) older connections during the Miocene through southern South America dry diagonal; (2) younger connections during the Pliocene to Pleistocene through Cerrado and Caatinga in northeastern Brazil. The results of this PhD Dissertation allowed us to test the role of concurrent hypotheses of diversification in the Amazon and the Atlantic Forest. The riverine hypothesis seems to have contributed to the evolution of the Amazonian biota. The refuge hypothesis seems to be the main force of diversification of organisms from the Atlantic Forest. Moreover, we could not reject the refuge hypothesis as a force of diversification of organisms that occur in the Amazon forest. Tectonic events and climate changes played important roles in the historical connection between the Amazon and the Atlantic Forest

O gênero Anacardium L. é composto por um número relativamente pequeno de espécies arbóreas e arbustivas, dentre elas Anacardium occidentale L., única espécie cultivada e distribuída em todo o mundo tropical. O Brasil é o provável centro de origem, com dois centros de diversidade identificados. Neste trabalho, duas regiões gênicas comumente empregadas (ITS1 e trnL) foram utilizadas para avaliar a diversidade intra e interespecífica do gênero. Há evidências de variação intraespecífica principalmente para a região ITS1, que dificulta as reconstruções filogenéticas, uma vez que relativamente pouca variação interespecífica foi detectada para as espécies avaliadas. Para a região trnL, há uma evidência de que essas regiões podem identificar diferenças entre os centros de diversidade do gênero. Os agrupamentos observados nas árvores sugerem o mesmo tipo de agrupamento já descrito na literatura por taxonomia numérica. No entanto, mais dados devem ser avaliados para testar essa evidência. / The genus Anacardium L. is composed by a relatively small number of species, being A. occidentale the only species that is cultivated and distributed in all tropical regions. Brasil is probably the center of origin, with two different diversity centers. Here, two genic regions commonly used (ITS1 e trnL) were employed to evaluate the diversity present between and within species of the genus. The results showed evidences of the existence of intraspecific variation, mainly for the ITS1 region, which can difficult the phylogenetic reconstructions, since small variation was observed among the analysed species. The trnL region showed an evidence that this region could be used to discriminate the two diversity centers. The groups obtained suggest the same groups observed in the literature by numerical taxonomy. However more data is necessary to test those evidences.