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Supressão de estímulo nociceptivo na articulação temporomandibular de ratos fêmeas usando piperina / Experimental model for suppression of nociceptive stimuli in the TMJ of rats with piperine

Martins, Ana Paula Varela Brown, 1979- 09 September 2011 (has links)
Orientador: Célia Marisa Rizzatti-Barbosa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-18T23:42:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Martins_AnaPaulaVarelaBrown_M.pdf: 940853 bytes, checksum: de21757c90409e59f1f2606a96299cf4 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: As articulações temporomandibulares (ATM) podem ser afetadas por alterações articulares e/ou musculares que podem progredir e iniciar mudanças degenerativas, culminando em osteoartrite (OA). A liberação de mediadores químicos, durante processo inflamatório na ATM, pode modular a condução dos estímulos nociceptivos e promover a expansão e agravamento do campo neuroinflamatório na sensibilização central. Portanto, para melhor compreender e investigar o processo inflamatório e suas vias de condução da dor na disfunção temporomandibular (DTM), este estudo teve como objetivo desenvolver um modelo experimental para supressão da condução de estímulo nociceptivo gerado na região da ATM de ratos fêmeas Wistar usando piperina (Piper nigrum), bem como determinar a concentração necessária de piperina para produzir tal efeito. Para isso, foram utilizados 20 ratos fêmeas, divididos em 4 grupos (n=5), que tiveram injetadas na sua ATM direita 25?l de uma das seguintes soluções: salina fisiológica, 4, 6 ou 8?g de piperina diluídas, individualmente, em 100ml de solução de 10% de álcool etílico, 10% de Tween 80 e 80% de solução fisiológica estéril. Após 8 a 12 dias, todas as ratas, na fase estro do ciclo hormonal receberam, na mesma ATM, a aplicação de 25?l de nova solução de 2?g piperina, que agiu como agente irritante, diluída como previamente citado, e foram imediatamente avaliadas quanto aos comportamentos nociceptivos de coçar a região orofacial com uma das patas e/ou de deslocar repetida e descoordenadamente a cabeça. Estes dados foram quantificados sob a forma de tempo gasto pelo animal coçando a região orofacial, de número de vezes em que deslocou a cabeça, e da soma destes comportamentos, considerando que o comportamento de deslocamento da cabeça seguiu um padrão uniforme de 1 segundo de duração, cada deslocamento foi expresso com 1 segundo. Os dados coletados foram submetidos à análise de variância (ANOVA, um critério) e teste de Bonferroni (post-hoc, ?=0.05). Para os animais que receberam injeção prévia de solução fisiológica estéril, 4, 6 ou 8?g/100ml de piperina, a média (± desvio padrão) do tempo gasto (em segundos) coçando a cabeça foi de 54.2 (±7.29), 63.4 (±12.82), 55.4 (±9.95), e 30.8 (±4.2), respectivamente; a média do número de vezes em que houve deslocamento da cabeça foi de 39 (±7.17), 47.6 (±4.91), 38.8 (±3.76), e 25.6 (±2.8), respectivamente; por fim, a média da soma dos comportamentos foi de 93.2 (± 8.45), 111 (± 10.79), 94.2 (± 9.4), e 56.4 (± 4.18), respectivamente. A injeção prévia de 8 x 10 -3 ?g/ml de piperina da ATM provou reduzir, significativamente, os comportamentos nociceptivos avaliados, quando associados, em comparação ao grupo injetado com solução fisiológica estéril. Portanto, a injeção de solução de piperina na concentração 8 x10-3 ?g/ml na ATM de ratos mostrou-se eficaz na redução da condução de estímulos nociceptivos em comparação à solução salina fisiológica / Abstract: Temporomandibular joints (TMJ) may be affected by articular and/or muscle alterations that can progress and initiate degenerative changes, culminating in osteoarthritis (OA). The release of chemical mediators, during inflammation in the TMJ, can modulate the conduction of nociceptive stimuli and promote the expansion and aggravation of the neuroinflammatory field in central sensitization, which in turn, seems to contribute to the impairment of sites other than the origin of the inflammatory process. So, to better understand and investigate the inflammatory process and its pain pathways in temporomandibular disorders (TMD), this study aimed to develop a model for suppression of the nociceptive stimulus generated in the TMJ region of Wistar rats using piperine (Piper nigrum), and to determine the necessary concentration of piperine to produce such effect. For that, 20 female rats were divided into 4 groups (n=5), and they had their right TMJ injected with 25?l of one of the following solutions: saline, 4, 6 or 08?g/100ml of piperine. After 8 to 12 days, rats in the estrous phase of the hormonal cycle had the same TMJ injected with a new piperine solution (25?l, 2?g/100ml) which acted as irritant, and were immediately evaluated for the nociceptive behaviors of rubbing the orofacial region with one the paws and/or of flinching the head repetitively and uncoordinatedly and the sum of this behaviors, considering that the flinching of the head behavior followed a uniform pattern of 1 second in duration, each flinching was expresses as 1 second. These data were quantified in terms of time spent rubbing the orofacial region, of number of times of head flinches, and of the sum of both behaviors. Data collected were submitted to analysis of variance (ANOVA, one-way) and Bonferroni's test (post-hoc, ?=0.05). For the animals that received previous injection of saline, 4, 6 or 8?g/100ml of piperine solutions, the means (± standard deviations) for time (in seconds) spent rubbing the orofacial region were 54.2 (±7.29), 63.4 (±12.82), 55.4 (±9.95), e 30.8 (±4.2), respectively; for the number of head flinches, the means were 39 (±7.17), 47.6 (±4.91), 38.8 (±3.76), e 25.6 (±2.8), respectively; finally, the means for the sum of both behavior were 93.2 (± 8.45), 111 (± 10.79), 94.2 (± 9.4), e 56.4 (± 4.18), respectively. Previous injection of the TMJ with8x10-3 ?g/ml of piperine solution has proved to reduce the sum of the nociceptive behaviors, compared to injection of saline solution. Therefore, the injection of piperine solution at concentration of 8 x 10-3 ?g/ml in the TMJ of rats has shown to be effective in the reduction of the conduction of nociceptive stimuli compared to saline solution / Mestrado / Protese Dental / Mestre em Clínica Odontológica
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Nikkeis na Amazônia paraense: discursos na imprensa (1953-1959) / Nikkeis in the Amazon of Pará: Discourses in the press (1953-1959)

Garcia Neto, Alfredo Jorge Hesse 02 October 2018 (has links)
Este trabalho pretende apresentar a situação dos imigrantes japoneses e seus descendentes na região amazônica, durante a década de 50, particularmente no Estado do pará, onde houve maiores reflexos (positivos e negativos) de sua presença. Pretende-se assim, iniciar um debate sobre o impacto desses nikkeys tanto na região quanto no Brasil como um todo, e entender a profundidade destas influências nos âmbitos econômicos, políticos e sociais. / This article intends to present the situation of Japanese immigrants and their descendants in the Amazon region during the 1950s, particularly in the states of Amazonas and Pará, where there were more positive and negative effects of their presence. The aim is to begin a debate about the impact of these nikkeys in the region as well as in Brazil as a whole, and to understand the depth of these influences in the economic, political and social spheres.
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Extração e microencapsulamento de extratos de interesse biológico provenientes de pimenta-do-reino (Piper nigrum L.) e de pimenta rosa (Schinus terebinthifolius R.)

Andrade, Kátia Suzana January 2015 (has links)
Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Alimentos, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2015-11-24T03:09:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 336256.pdf: 1942137 bytes, checksum: f93a3b95d85ec45f029bc3ac89db2fbd (MD5) Previous issue date: 2015 / O comércio de especiarias está em constante crescimento, e as pimentas figuram entre as mais apreciadas em todo mundo. A pimenta-do-reino (Piper nigrum L.) e a pimenta rosa (Schinus terebinthifolius R.) são objetos de estudo neste trabalho, pois além de serem produzidas e comercializadas no Brasil e em diversas partes do mundo, apresentam importantes atividades biológicas, tais como antitumoral, anti-inflamatória, antioxidante, entre outras. Assim, o objetivo deste trabalho foi empregar diferentes técnicas para a obtenção de extratos de pimenta-do-reino e de pimenta rosa, avaliando o potencial antioxidante de cada um, a fim de definir uma única matéria-prima de interesse para a qual ensaios de extração com propano subcrítico, estudo de equilíbrio de fases e encapsulamento em biopolímero fossem realizados. Nas extrações a baixa pressão os solventes hexano, etanol e acetato de etila foram utilizados. Na tecnologia supercrítica as condições de pressão variam de 150 a 300 bar, com temperaturas entre 35 °C e 55 °C. A atividade antioxidante dos extratos foi avaliada segundo os métodos DPPH e ABTS, bem como pelo teor de compostos fenólicos totais, determinado pela metodologia de Folin-Ciocalteu. Ao fim das etapas de extração e avaliação de atividade antioxidante, a pimenta rosa foi selecionada para dar continuidade ao trabalho, não somente pelos satisfatórios rendimentos de extração e potencial biológico, mas principalmente pela escassez de estudos que envolvam essa matéria-prima, contribuindo para o diferencial deste trabalho. Nas extrações com propano subcrítico obtiveram-se altos rendimentos, comparados à extração com CO2 supercrítico, porém os extratos não apresentaram forte potencial antioxidante, o que nos sugere um estudo que avalie outras atividades biológicas, ou ainda aplicações como aromatizantes, devido ao seu acentuado odor característico. O estudo do equilíbrio de fases do sistema composto por extrato de pimenta rosa + diclorometano + CO2 apresentou transições de fases do tipo líquido-vapor, bastante semelhantes às do sistema binário diclorometano + CO2 descrito na literatura. A síntese de partículas pela técnica de emulsificação e extração de solvente proporcionou a formação de partículas de tamanho micrométrico, com formato esférico e morfologia de microesferas. A eficiência do processo de encapsulamento de extrato de pimenta rosa em PLA variou de 34,3% a 74,1%.<br> / Abstract : The spice commerce is constantly growing, and peppers are among the most appreciated worldwide. The black pepper (Piper nigrum L.) and pink pepper (Schinus terebinthifolius R.) are subjects of study in this work, because they are produced and marketed in Brazil and all over the world, and have important biological activities, such as antitumor, anti-inflammatory, antioxidant, among others. The objective of this work was to use different techniques for obtaining black pepper and pink pepper extracts, evaluating the antioxidant potential of each one, in order to define a single raw material of interest for which the extraction with subcritical propane, phase equilibrium study and encapsulation in biopolymer were performed. At low pressure techniques of extraction, hexane, ethanol and ethyl acetate were used as solvents. In supercritical fluid extraction pressure conditions ranged from 150 to 300 bar and temperatures between 35 °C and 55 °C. The antioxidant activity of the extracts was evaluated according to the DPPH and ABTS methods and the content of phenolic compounds, verified by the Folin-Ciocalteu method. After the stages of extraction and evaluation of antioxidant activity, pink pepper was selected to continue the work, not only for satisfactory yields of extraction and biological potential, but mainly by the scarcity of studies involving this raw material, contributing to the differential of this work. In the extractions with subcritical propane were obtained high yields compared to extraction with supercritical CO2, but the extracts did not show strong antioxidant potential, which suggests a study evaluating other biological activities, or as flavoring applications, due to its strong odor typical. The phase behavior of the system composed by pink pepper extract +dichloromethane + CO2 presented liquid-vapor phase transitions, very similar to the binary system dichloromethane + CO2, described in the literature. The synthesis of particles by the emulsification technique and solvent extraction led the formation of micrometer-sized particles with spherical shape and morphology of the microspheres. The encapsulation efficiency of pink pepper extract in PLA ranged from 34.3% to 74.1%.
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Secagem de pimenta-do-reino preta (Piper nigrum L.) em secador de leito fixo

Alves, Danilo Aparecido Serafim 27 August 2015 (has links)
Submitted by Izabel Franco (izabel-franco@ufscar.br) on 2016-09-30T18:14:44Z No. of bitstreams: 1 DissDASA.pdf: 1287795 bytes, checksum: 30f3928149e2c50db5cced83a69f621f (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-04T17:29:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissDASA.pdf: 1287795 bytes, checksum: 30f3928149e2c50db5cced83a69f621f (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-04T17:29:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissDASA.pdf: 1287795 bytes, checksum: 30f3928149e2c50db5cced83a69f621f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-04T17:29:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissDASA.pdf: 1287795 bytes, checksum: 30f3928149e2c50db5cced83a69f621f (MD5) Previous issue date: 2015-08-27 / Não recebi financiamento / The black pepper is the most important spice commercialized globally, with Brazil being one of the main producers in the world. Yet few studies to optimize the production of this commodity process have been found in the literature. The objective of this work was to study the drying the black pepper grains. The physicochemical characterization of the material with varying humidity, measuring linear dimensions (mean Sauter diameter, minimum, average and maximum diameter, and perimeter) was performed, as well as surface area, volume, sphericity, and also the bulk density, real and bulk, porosity and grain. Drying experiments were conducted in a hothouse at different temperatures. Assays were carried out a fixed-bed dryer for determination of the thin layer. Drying kinetics experiments were performed on a thin layer in a dryer with forced convection temperature ranging from 50 to 70 °C, and air velocity of 1.0, 2.0 and 4.0 m/s. With these data, there have been adjustments of Lewis, Page and Overhults equations, and the Forward model with simplifying assumptions for the diffusivity. The results obtained show that the diffusive model was the most suitable. It also promoted the essential oil extraction of the grains and the results are consistent with the literature. / A pimenta do reino preta é a mais importante especiaria comercializada mundialmente, sendo o Brasil um dos maiores produtores no mundo. Mesmo assim, poucos estudos para otimização do processo produtivo dessa commodity poucos foram encontrados na literatura. O objetivo desse trabalho foi estudar a secagem dos grãos de pimenta-do-reino preta. Foi realizada a caracterização físico-química do material com umidades variadas, medindo-se as dimensões lineares (diâmetro de Sauter, diâmetros mínimo, médio e máximo, e perímetro), da área superficial, volume, esfericidade, e ainda a massa específica aparente, real e bulk, e as porosidades dos grãos. Realizaram-se experimentos de secagem em estufa a diferentes temperaturas. Foram realizados ensaios no secador de leito fixo para determinação da camada fina. Os experimentos de cinética de secagem foram realizados em camada fina, em um secador de convecção forçada com temperatura variando de 50 a 70ºC, e com velocidade do ar de 1,0, 2,0 e 4,0 m/s. Com esses dados, fizeram-se ajustes das equações de Lewis, Page e Overhults, e do modelo Difusivo com hipóteses simplificadoras para a difusividade. Os resultados obtidos mostram que o modelo difusivo foi o mais adequado. Também foi realizada a extração do óleo essencial dos grãos e os resultados estão compatíveis com os da literatura.
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Manejo de fusariose em pimenta-do-reino cv. Bragantina

Gomes Filho, José 29 September 2017 (has links)
The Black pepper (Piper nigrum L.) is a spice of great economic value, consumed worldwide. In Brazil, its production has been limited by the fusariosis, the main disease of the crop, caused by the fungus Fusarium solani f. sp. piperis, causing the reduction of the plantations in the field and until the plant death. Considering the difficulties and limitations in controlling this disease, the search for new alternative control methods has become quite promising in the country's producing areas. Thus, the objective of this work was to evaluate the effect of essential oils, plant extracts and organic matter in the control of fusariosis in black pepper. Two in vitro experiments were carried out at the Phytopathology Laboratory of the Agricultural Sciences Center of the Federal University of Alagoas (CECA / UFAL): the first evaluated the effect of essential oils of neem, spearmint, copaiba, eucalyptus, coconut and garlic in different (6 x 4) + 2. The second one, which evaluated the effect of the crude aqueous extracts (EBA) at the concentrations of 5, 10, 10, 15, 25 and 50 μL.mL-1, 15 and 20%, with a completely randomized experiment in a factorial scheme (5 x 4) + 2, both with six replicates, on the inhibition of mycelial growth of the pathogen in BDA medium. From the best "in vitro" results, an experiment was carried out with Pepper worm seedlings inoculated with F. solani mycelium discs, which were sprayed with 20 mL of the essential oils of mint and neem at doses of 50 and 75 μL.mL-1 and with the crude aqueous extracts of caetano-melon and cassava in concentrations of 10 and 15%. The fungicide was brushed in the stems of the pulp-shaped plants at a dose of 0.2 g. 100 mL-1. The design was completely randomized, with ten treatments and five replicates. In another experiment, organic residues of coconut husk, cassava husk, eucalyptus leaves, neem and black pepper were evaluated at a dose of 25, 50, 75 and 100 g.Kg-1 were incorporated into the soil for the control of fusariosis in pepper plants, being evaluated at 30, 60 and 90 days after inoculation of the pathogen with a suspension of 1.8 x 10-6 con/mL. The data were submitted to analysis of variance and regression and the means were compared by the Tukey test at the 5% probability level. Essential oils of peppermint and neem (50 and 75 μL.mL-1) and extracts of melon-de-cassetane and cassava (10 and 15%) provided the highest percentages of mycelial inhibition (91.61, 100, 41.74, 45.96, 61.01, 57.61, 51.53 and 55.48%), respectively. The EBA of caetano melon (15%) and the essential oil of mint (75 μL.mL-1), promoted the lowest disease rate, with 24 and 28% respectively. Organic residues of cassava husk and neem leaves were the most efficient in the control of fusariosis at 30, 60 and 90 days. / A cultura da pimenta-do-reino (Piper nigrum L.), é uma especiaria de grande valor econômico, consumida mundialmente. No Brasil sua produção vem sendo limitada pela fusariose, principal doença da cultura, provocada pelo fungo Fusarium solani f. sp. piperis, causando a redução dos plantios no campo e até a morte da planta. Considerando as dificuldades e limitações no controle desta doença, a busca por novos métodos de controle alternativos vem se tornando bastantes promissores nas áreas produtoras do país. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de óleos essenciais, extratos vegetais e matéria orgânica no controle da fusariose em pimentado-reino. Foram instalados dois experimentos “in vitro” no Laboratório de Fitopatologia do Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal de Alagoas (CECA/UFAL): o primeiro avaliou o efeito de óleos essenciais de nim, hortelã, copaíba, eucalipto, coco e alho em diferentes doses de 25, 50, 75 e 100 µL.mL-1, em delineamento inteiramente casualizado em esquema fatorial (6 x 4) + 2. O segundo, avaliou o efeito dos extratos brutos aquosos (EBA) nas concentrações de 5, 10, 15 e 20%, com experimento inteiramente casualizado em esquema fatorial (5 x 4) + 2, ambos com seis repetições, sobre a inibição do crescimento micelial do patógeno em meio BDA. A partir dos melhores resultados “in vitro” foi realizado um experimento com mudas de pimenta-do-reino inoculadas com discos de micélio de F. solani, que foram pulverizadas com 20 mL dos óleos essenciais de hortelã e nim, nas doses de 50 e 75 µL.mL-1 e com os extratos brutos aquosos de melão-de-são caetano e mandioca nas concentrações de 10 e 15%. O fungicida foi pincelado nos caules das plantas em forma de pasta na dose de 0,2 g.100 mL-1. O delineamento foi inteiramente casualizado, com dez tratamentos e cinco repetições. Em outro experimento, avaliou-se os resíduos orgânicos de casca de coco, casca de mandioca, folhas de eucalipto, nim e de pimenta-do-reino nas doses de 25, 50, 75 e 100 g.Kg-1 incorporadas ao solo para o controle da fusariose em mudas de pimenta-do-reino, sendo avaliadas aos 30, 60 e 90 dias após a inoculação do patógeno com uma suspensão de 1,8 x 10-6 con/mL. Os dados foram submetidos à análise de variância e de regressão e as médias comparadas pelo teste de Tukey ao nível de 5% de probabilidade. Os óleos essenciais de hortelã e nim (50 e 75 µL.mL-1) e os extratos de melão-de-são caetano e mandioca (10 e 15%) proporcionaram os maiores percentuais de inibição micelial (91,61, 100, 41,74, 45,96, 61,01, 57,61, 51,53 e 55,48%), respectivamente. O EBA de melão-de-são caetano (15%) e o óleo essencial de hortelã (75 µL.mL-1), promoveram os menores índice de doença, com 24 e 28% respectivamente. Os resíduos orgânicos de casca de mandioca e folhas de nim foram os mais eficientes no controle da fusariose aos 30, 60 e 90 dias.
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Método de identificação de genes taxonomicamente restritos em dados de RNA-seq em organismo não modelo

OLIVEIRA, Lorena Silva de 28 September 2015 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T13:52:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_MetodoIdentificacaoGenes.pdf: 963765 bytes, checksum: 9cb1e27661c2b5e611915be85e11786d (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-27T13:31:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_MetodoIdentificacaoGenes.pdf: 963765 bytes, checksum: 9cb1e27661c2b5e611915be85e11786d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T13:31:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_MetodoIdentificacaoGenes.pdf: 963765 bytes, checksum: 9cb1e27661c2b5e611915be85e11786d (MD5) Previous issue date: 2015-09-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A pimenta do reino (Piper nigrum) é uma planta de alto interesse biotecnológico, alvo de pesquisas tanto para a exploração do metabolismo quanto para o melhoramento relacionado a problemas fitopatológicos, além do entendimento da evolução das angiospermas basais, grupo ancestral ao qual ela pertence. O avanço nos métodos de sequenciamento de nova geração proporcionou o acesso ao patrimônio genético de plantas não modelo possibilitando a abertura de novas perspectivas biotecnológicas. A identificação de genes não homólogos restritos a certas espécies, denominados genes taxonomicamente restritos (GTRs), é um alvo biotecnológico prioritário, especialmente em espécies e grupos divergentes e ancestrais. Este trabalho tem por objetivo estabelecer um método de identificação de GTRs a partir de dados de RNA-seq e de validar a abordagem num conjunto de dados de pimenta do reino. O método consiste na filtragem de transcritos em várias etapas, de forma que os transcritos anotados e os falsos positivos são retirados, e os dados restantes sem informações moleculares são classificados como potenciais GTRs. A aplicação da abordagem em dados de transcriptoma de pimenta do reino (35.631 transcritos) resultou em 22.661 transcritos anotados por similaridade. Os transcritos não anotados nessa primeira análise foram processados na ferramenta TRAPID, obtendo 12.895 transcritos não anotados. A avaliação dos transcritos para detecção de falsos positivos resultou em 245 transcritos verdadeiros, que foram analisados quando a presença de RNA não codificante, sendo encontrados 204 transcritos sem identificação. Ao final da aplicação do método restaram 71 transcritos não anotados com regiões codificantes de proteínas, assinalados como potenciais GTRs. A caracterização desses potenciais GTRs em pimenta do reino pode fornecer novas informações sobre o mecanismo molecular dessa espécie e talvez elucidar vias para o estabelecimento de cultivares tolerantes a doenças. / Black pepper (Piper nigrum) is a biotechnologically interesting plant, research target for both metabolism exploration and improvement related to phytopathological problems, in addition to understanding the evolution of basal angiosperms, ancestral group to which it belongs. With the technological revolution, the next generation sequencing offered access to genetic heritage of non model plants enabling the opening of new biotechnological perspective. The identification of non homologous genes restricted to certain species, called taxonomically restricted genes (TRGs), is a primary biotechnological target, especially in species and groups that are divergent and ancestral. This study aims to establish a method for TRGs identification from RNA-seq data and to validate the approach a dataset for black pepper. The method consists in filtering the transcripts in several stages, so that the annotated transcripts and false positives are removed, and the remaining data without molecular information are classified as potential TRGs. The application of this approach to a black pepper transcriptome dataset (35,631 transcripts) resulted in 22,661 transcripts annotated by similarity. The transcripts that were not annotated in this first analysis were processed in the TRAPID tool, resulting in 12,895 transcripts not annotated. The evaluation of transcripts for false positive detection resulted in 245 true transcripts that were analyzed for the presence of non-coding RNA, resulting in 204 unidentified transcripts. At the end of the method application 71 non annotated transcripts remained with coding regions of protein, indicating potential TRGs. The characterization of these potential TRGs in black pepper can provide new information about the molecular mechanism of this specie and perhaps elucidate pathways for the establishment of cultivars tolerant to disease.
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Mutagênese e tecnologia in vitro no melhoramento genético da pimenta-do-reino (Piper nigrum L.). / Mutagenesis and in vitro technology in the genetic improvement of black pepper (Piper nigrum L.).

Lemos, Oriel Filgueira de 28 February 2003 (has links)
O presente trabalho teve por objetivo desenvolver tecnologia in vitro e associá-la à mutagênese, e avaliar plantas V 5 e V6 quanto aos caracteres agronômicos de produção em área de ocorrência da doença fusariose, visando ao melhoramento genético da pimenta-do-reino para obtenção de plantas tolerantes e/ou resistentes à doença fusariose. A aplicação das técnicas in vitro iniciou-se através da obtenção de plantas doadoras de explantes, a partir de estacas em casa-de-vegetação e, de sementes e embriões zigóticos in vitro. O processo de micropropagação foi desenvolvido a partir de gemas de plantas obtidas in vitro através do estabelecimento de condições adequadas de cultivo em meios de cultura apropriados para multiplicação de gemas, enraizamento e obtenção de "plantlets", e de tipo de substrato para aclimatação e formação de mudas. Após a definição deste processo, gemas de plantas de casa-de-vegetação foram submetidas a diferentes tratamentos de assepsia e as sobreviventes micropropagadas. Seleção in vitro foi estabelecida ao cultivar isolados patogênicos do fungo Fusarium solani f. sp. piperis em meio Czapek-Dox e, através da curva de crescimento foi estabelecido o período de 28 dias de cultivo mais adequado para obtenção de filtrado da cultura do fungo. Diferentes concentrações de filtrado e formas de esterilização foram testadas em meio de cultura de multiplicação de gemas e determinou-se a concentração de 55% do filtrado do fungo (v/v) sob a esterilização por duas autoclavagens, adequada para causar 100% de mortalidade de gemas susceptíveis à doença. Simultaneamente, testes de radiossensitividade foram desenvolvidos através da irradiação gama em gemas in vitro e a dose de 20Gy foi escolhida para indução de mutações. As gemas irradiadas que passaram por vários ciclos de multiplicação e sobreviveram ao agente seletivo, filtrado de cultura do fungo, estão sendo clonadas para serem submetidas à seleção artificial com esporos do fungo em casa-de-vegetação, seleção natural em campo de ocorrência da doença e avaliação agronômica. Testes indicaram, a concentração de 2x10 6 esporos/ml em suspensão e a aplicação no solo do fungo adequada para seleção em casa-de-vegetação. As plantas V5 e V6 avaliadas em campo quanto a mortalidade e caracteres de produção apresentaram performance semelhante às plantas da cultivar original quanto à média de comprimento de espiga (8,4 cm), peso (4,42g) e número de frutos (40 frutos) por espiga, peso de 100 frutos (10,67g) e rendimento de pimenta preta (> 30%). Entretanto, melhores resultados para a média de produção de pimenta verde (3.290g) e sobrevivência em área de ocorrência da fusariose. As análises por componentes principais e variáveis canônicas apresentaram divergência genética entre as plantas originadas por estacas que sofreram irradiação gama e aquelas da cultivar original. / The purposes of the present work were to develop in vitro technology, associating it with mutagenesis, and to evaluate the V5 and V6 plants based on agronomical characters of production in Fusarium incidence areas, aiming at the genetic improvement of black pepper to obtain tolerant and/or resistant plants to the disease. The use of in vitro techniques started with the production of explant donor plants from greenhouse-grown cuttings and from seeds and in vitro zygotic embryos. The micropropagation process was developed using young shoots of in vitro plants by establishment of proper growing conditions in culture media for multiplication, rooting and production of plantlets, and by determining a suitable substrate type for acclimatization and growing of plantlets. After the process was defined, young shoots obtained from greenhouse grown plants underwent different aseptic treatments and the surviving plantlets were micropropagated. In vitro selection was carried out by cultivating pathogenic isolates of Fusarium solani f. sp. piperis in Czapek-Dox medium and, by using a growing curve, the most suitable growing period (28 days) for obtaining the fungus culture filtrate was defined. Different filtrate concentrations and sterilization techniques were tested in culture medium for young shoot multiplication. A concentration of 55% (v/v) of fungus filtrate under sterilization by double autoclavation was considered adequate to cause 100% mortality of fusariosis susceptible young shoots. Simultaneously, radiosensitivity tests were carried out through gamma irradiation of in vitro young shoots and dose of 20Gy was selected for mutation induction. Irradiated young shoots which underwent several multiplication cycles and survived the selective agent, fungus culture filtrate, are being cloned in order to be submitted to artificial selection with the fungus spores in greenhouse, to natural selection in a disease incidence area and to agronomical evaluation. These tests indicated that the concentration of 2x10 6 spores/ml in suspension and the application of the fungus on soil were appropriate for greenhouse selection. The V5 and V6 plants evaluated in field conditions for mortality and production characters showed similar performance to the original cultivar plants regarding average height (8.4 cm), weight (4.42g) and number of fruits (40 fruits) per spike, weight of 100 fruits (10.67g) and black pepper yield (>30%). However, better results were observed for average green pepper production (3,290g) and survival rates in a fusariosis incidence area. Analyses of principal components and canonic variables evidenced genetic divergence between plants grown from gamma-irradiated cuttings and the original cultivar ones.
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Proteína PR-4 de pimenteira-do-reino (piper nigrum l.): expressão heteróloga em sistema bacteriano e avaliação funcional

SILVA, Diehgo Tuloza da 06 February 2015 (has links)
Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T13:41:03Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ProteinaPr4Pimenteira.pdf: 1646990 bytes, checksum: 1e96ba54fdcdb21bc7aa6c3c948a6055 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-03T15:02:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ProteinaPr4Pimenteira.pdf: 1646990 bytes, checksum: 1e96ba54fdcdb21bc7aa6c3c948a6055 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-03T15:02:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ProteinaPr4Pimenteira.pdf: 1646990 bytes, checksum: 1e96ba54fdcdb21bc7aa6c3c948a6055 (MD5) Previous issue date: 2015-02-06 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Proteínas Relacionadas à Patogênese (PR) são induzidas em resposta ao ataque de patôgenos. Proteínas PR são agrupadas em 17 famílias, PR-1 a PR-17. Atividades antifúngicas e enzimáticas foram descritas para algumas dessas proteínas. Entre elas, a família PR-4 compõe as classes I e II de quitinases de plantas. Um clone de cDNA que codifica uma PR-4 da classe II, nomeada PnPR-4, foi isolado, em estudos anteriores, de Piper nigrum L. (pimenteira do reino). Esta é uma importante cultura para Brasil, principalmente no estado do Pará, no entanto sua produção tem diminuído devido à doença conhecida como podridão da raiz (Fusariose) causada pelo fungo Fusarium solani f. sp. Piperis. Neste trabalho, o cDNA da PnPR-4 foi usado para a produção da proteína recombinante, chamada de PnPR-4. O quadro de leitura aberta (ORF) da PnPR-4, foi amplificado por meio de ensaio de PCR e, em seguida a ORF foi ligada ao vetor de expressão pET-29(a) e introduzido, por eletroporação, em E. coli Rosetta (DE3). Nas células transformadas, a produção da proteína de interesse foi induzida por IPTG 1mM à 37°C por 5h. Após a produção, a atividade enzimática da proteina recombinante PnPR-4 foi avaliada pela detecção da atividade enzimática de quitinase em gel de poliacrilamida após eletroforese. A atividade foi avaliada em pH: 5.0 e pH:7.8 para demonstra a estabilidade da proteína recombinante. A massa molecular da PnPR-4 foi de 13.5 kDa, estando de acordo com outras PR-4 produzidas pelo sistema de expressão heterologa em sistema bacteriano. No ensaio de atividade enzimática, a PnPR-4 apresentou atividade quitinolitica, tanto em pH:5.0 ou pH:7.8. Esta é uma característica de chitinases de plantas, atividade em uma ampla faixa de pHs. Onde, a atividade ótima ocorre entre pH: 3.0 e 5.0. Na proteína recombianante, o pH ótimo foi 5.0, no entato ela teve atividade em pH 7.8, demonstrando a estabilidade da enzima. Estes resultados mostram que o sistema bacteriano de expressão heteróloga é eficaz para a produção da proteína recombinante PnPR-4, que é uma enzima com atividade quitinolitica e altamente estável. Assim, a PnPR-4 é uma nova enzima que pode ser usado em biotecnologia vegetal no combate contra fungos patogênicos da planta. / Pathogenesis-related (PR) proteins are plant proteins that are induced in response to pathogen attack. PR proteins are grouped into 17 independent families, PR-1 to PR-17. Antifungal and enzymatic activities have been described for some of these proteins. Among them, the PR-4 family comprises class I and II of plant chitinases. cDNA clone that encode a PR-4 of the class II, designated as PnPR-4, was previously isolated, in others studies, from Piper nigrum L. (black pepper). This is an important crop for Brazil, mainly in Pará state, however its production has decreased because root rot (Fusariose) disease caused by fungus Fusarium solani f. sp. Piperis. In this study, PnPR-4 cDNA clone was used for production of the recombinant protein, named PnPR-4, by bacterial expression system. Open Read Frame (ORF) of the PnPR-4 protein, was amplified from the cDNA clone by PCR assays, then ORF was linked in the expression vector pET-29(a) and introduced, by eletroporation, into E. coli Rosetta (DE3). The production of target protein, in transformed cells, was induced by 1 mM IPTG, at 37°C for 5h. After production, enzymatic activity of recombinant PnPR-4 was evaluated by Detection of Chitinase Activity after Gel Electrophoresis Polyacrylamide. Activity was evaluated in pH: 5.0 and pH: 7.8 for showing the stability of the recombinant protein. Molecular mass of Recombinant protein, PnPR-4, was 13.5kDa, according with others PR-4 produced by heterologous expression in bacterial system. In assay of enzymatic activity, PnPR-4 presented chitinolytic activity, both in pH: 5.0 or 7.8. This is a characteristic of plant quitinases, activity in a broad range of pHs. Where, optimal activity occurs between pH: 3.0 and 5.0. For PnPR-4, the optimal pH was 5.0, however in pH: 7.8 the recombinant protein had activity, demonstrating the stability of enzyme. These results showing that bacterial system of heterologous expression is effective for production of the recombinant protein PnPR-4, that it is an enzyme with chitinolytic activity and highly stable. Thus, PnPR-4, is now, a new enzyme which can be used in plant biotechnology in the combat against plant's pathogenic fungi.
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Mutagênese e tecnologia in vitro no melhoramento genético da pimenta-do-reino (Piper nigrum L.). / Mutagenesis and in vitro technology in the genetic improvement of black pepper (Piper nigrum L.).

Oriel Filgueira de Lemos 28 February 2003 (has links)
O presente trabalho teve por objetivo desenvolver tecnologia in vitro e associá-la à mutagênese, e avaliar plantas V 5 e V6 quanto aos caracteres agronômicos de produção em área de ocorrência da doença fusariose, visando ao melhoramento genético da pimenta-do-reino para obtenção de plantas tolerantes e/ou resistentes à doença fusariose. A aplicação das técnicas in vitro iniciou-se através da obtenção de plantas doadoras de explantes, a partir de estacas em casa-de-vegetação e, de sementes e embriões zigóticos in vitro. O processo de micropropagação foi desenvolvido a partir de gemas de plantas obtidas in vitro através do estabelecimento de condições adequadas de cultivo em meios de cultura apropriados para multiplicação de gemas, enraizamento e obtenção de "plantlets", e de tipo de substrato para aclimatação e formação de mudas. Após a definição deste processo, gemas de plantas de casa-de-vegetação foram submetidas a diferentes tratamentos de assepsia e as sobreviventes micropropagadas. Seleção in vitro foi estabelecida ao cultivar isolados patogênicos do fungo Fusarium solani f. sp. piperis em meio Czapek-Dox e, através da curva de crescimento foi estabelecido o período de 28 dias de cultivo mais adequado para obtenção de filtrado da cultura do fungo. Diferentes concentrações de filtrado e formas de esterilização foram testadas em meio de cultura de multiplicação de gemas e determinou-se a concentração de 55% do filtrado do fungo (v/v) sob a esterilização por duas autoclavagens, adequada para causar 100% de mortalidade de gemas susceptíveis à doença. Simultaneamente, testes de radiossensitividade foram desenvolvidos através da irradiação gama em gemas in vitro e a dose de 20Gy foi escolhida para indução de mutações. As gemas irradiadas que passaram por vários ciclos de multiplicação e sobreviveram ao agente seletivo, filtrado de cultura do fungo, estão sendo clonadas para serem submetidas à seleção artificial com esporos do fungo em casa-de-vegetação, seleção natural em campo de ocorrência da doença e avaliação agronômica. Testes indicaram, a concentração de 2x10 6 esporos/ml em suspensão e a aplicação no solo do fungo adequada para seleção em casa-de-vegetação. As plantas V5 e V6 avaliadas em campo quanto a mortalidade e caracteres de produção apresentaram performance semelhante às plantas da cultivar original quanto à média de comprimento de espiga (8,4 cm), peso (4,42g) e número de frutos (40 frutos) por espiga, peso de 100 frutos (10,67g) e rendimento de pimenta preta (> 30%). Entretanto, melhores resultados para a média de produção de pimenta verde (3.290g) e sobrevivência em área de ocorrência da fusariose. As análises por componentes principais e variáveis canônicas apresentaram divergência genética entre as plantas originadas por estacas que sofreram irradiação gama e aquelas da cultivar original. / The purposes of the present work were to develop in vitro technology, associating it with mutagenesis, and to evaluate the V5 and V6 plants based on agronomical characters of production in Fusarium incidence areas, aiming at the genetic improvement of black pepper to obtain tolerant and/or resistant plants to the disease. The use of in vitro techniques started with the production of explant donor plants from greenhouse-grown cuttings and from seeds and in vitro zygotic embryos. The micropropagation process was developed using young shoots of in vitro plants by establishment of proper growing conditions in culture media for multiplication, rooting and production of plantlets, and by determining a suitable substrate type for acclimatization and growing of plantlets. After the process was defined, young shoots obtained from greenhouse grown plants underwent different aseptic treatments and the surviving plantlets were micropropagated. In vitro selection was carried out by cultivating pathogenic isolates of Fusarium solani f. sp. piperis in Czapek-Dox medium and, by using a growing curve, the most suitable growing period (28 days) for obtaining the fungus culture filtrate was defined. Different filtrate concentrations and sterilization techniques were tested in culture medium for young shoot multiplication. A concentration of 55% (v/v) of fungus filtrate under sterilization by double autoclavation was considered adequate to cause 100% mortality of fusariosis susceptible young shoots. Simultaneously, radiosensitivity tests were carried out through gamma irradiation of in vitro young shoots and dose of 20Gy was selected for mutation induction. Irradiated young shoots which underwent several multiplication cycles and survived the selective agent, fungus culture filtrate, are being cloned in order to be submitted to artificial selection with the fungus spores in greenhouse, to natural selection in a disease incidence area and to agronomical evaluation. These tests indicated that the concentration of 2x10 6 spores/ml in suspension and the application of the fungus on soil were appropriate for greenhouse selection. The V5 and V6 plants evaluated in field conditions for mortality and production characters showed similar performance to the original cultivar plants regarding average height (8.4 cm), weight (4.42g) and number of fruits (40 fruits) per spike, weight of 100 fruits (10.67g) and black pepper yield (>30%). However, better results were observed for average green pepper production (3,290g) and survival rates in a fusariosis incidence area. Analyses of principal components and canonic variables evidenced genetic divergence between plants grown from gamma-irradiated cuttings and the original cultivar ones.
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Influência dos metabólitos secundários de Piper divaricatum da região amazônica no controle do Fusarium solani f. sp. piperis causador da fusariose em pimenta do reino

MEIRELES, Erisléia das Neves 18 September 2014 (has links)
Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-02-06T17:32:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_InfluenciaMetabolitosSecundarios.pdf: 1817847 bytes, checksum: d25a743608990ad0021991921bb81c1d (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-02-09T12:11:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_InfluenciaMetabolitosSecundarios.pdf: 1817847 bytes, checksum: d25a743608990ad0021991921bb81c1d (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-09T12:11:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_InfluenciaMetabolitosSecundarios.pdf: 1817847 bytes, checksum: d25a743608990ad0021991921bb81c1d (MD5) Previous issue date: 2014 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A cultura de pimenta do reino (Piper nigrum L.) é uma das principais atividades agrícolas no estado do Pará e sofre sérios danos ocasionados pela fusariose, doença restrita ao Brasil. O presente trabalho avaliou a atividade antifúngica in vitro de óleos essenciais de espécies de Piper ricos em fenilpropanóides frente a Fusarium solani f. sp. piperis, agente causal da fusariose. A inibição do crescimento micelial pelo método de difusão em Agar na concentração de 5 mg.Ml-1 foi considerada: baixa para P. aduncum (20,3%) e P. krukoffii (31,4%); moderada para P. callosum (55,7%) e P. marginatum (70,3%) e alta para P. divaricatum (93,3%). Os componentes majoritários identificados por CG-EM foram: dilapiol (92,0%), safrol (78,0%), metileugenol (75,2%) e eugenol (7,9%), apiol (80,0%), Z-isoosmorizol (44,0%) e E-anetol (22,0%), respectivamente. O óleo de P. divaricatum e seus compostos majoritários apresentaram valores CIM de 0,75 mg.mL-1. A avaliação dos efeitos combinados do eugenol e metileugenol apontou o eugenol como principal responsável pela atividade. / The culture of black pepper (Piper nigrum L.) is one of the main agricultural activities in Pará State and it suffers serious damages caused by fusariosis, disease restrict in Brazil. This paper evaluated the antifungal activity in vitro of essential oils of species of Piper rich in phenylpropanoid before the Fusarium solani f. sp. piperis, which causes the fusariosis. The inhibition of mycelial growth by the method of agar dissemination in concentration of 5 mg.mL-1 was considered: decrease to P. aduncum (20.3%) and P. Krukoffii (31.4%); moderated to P. callosum (55.7%) and P. marginatum (70.3%) and high to P. divaricatum (93.3%). The major components identified by CG-EM were dilapiol (92.0%), safrole (78.0%), methyleugenol (75.2%) and eugenol (7.9%), apiol (80.0%), Z-isoosmorizol (44.0%) and E-anethole (22.0%), respectively. The oil of P. divaricatum and its major compounds present CIM values of 0.75 mg.mL-1. The evaluation of the effects combined of eugenol and methyl eugenol pointed eugenol as the main responsible by the activity.

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