El desarrollo de la agricultura en la actualidad evoluciona hacia sistemas sostenibles de gestión de plagas en los que los plaguicidas orgánicos de síntesis dejan de ser esenciales en la lucha contra plagas, tendiéndose a reducir su empleo, como en los métodos de gestión integrada de plagas, o a eliminarlos totalmente, como en la agricultura ecológica. En su lugar aparecen metodologías relacionadas con el conocimiento de la fisiología de los insectos, como la confusión sexual, o con la comprensión y manejo del agrosistema, como la lucha biológica. Actualmente en Europa se propugna la gestión de plagas siguiendo distintas normativas que priorizan los métodos de manejo no contaminantes y la protección de la biodiversidad. Sin embargo, existen pocos trabajos en los que se evalúa el efecto de los diferentes sistemas de manejo de plagas sobre la fauna auxiliar y la biodiversidad en cultivos arbóreos mediterráneos. Con el objetivo de evaluar el efecto del sistema de manejo de plagas del cultivo sobre la abundancia de artrópodos y la diversidad de especies beneficiosas hemos muestreado periódicamente entre 2006 y 2008 en la comarca de La Ribera Alta (Valencia) 41 parcelas de tres cultivos frutales, caqui, cítricos y nectarina, cultivadas mediante dos sistemas de cultivo, ecológico y convencional. Del total de parcelas, 14 eran de caqui, de las cuales 9 eran de cultivo convencional y 5 ecológicas, 15 de cítricos (9 convencionales y 6 ecológicas) y 12 de nectarina (9 convencionales y 3 ecológicas). Como métodos de muestreo se ha empleado el aspirador, las trampas amarillas pegajosas y el embudo de Berlese. Los órdenes de artrópodos más abundantes en general en todos los cultivos y sistemas de cultivo han sido himenópteros, dípteros y hemípteros. Las familias de fitófagos más abundantes en cultivo ecológico han sido la de los trípidos en los tres cultivos, mientras que en cultivo convencional los trípidos son mayoritarios en nectarina, los tefrítidos en caqui y los afídidos / Laborda Cenjor, R. (2012). Comparación de la abundancia y biodiversidad de artrópodos auxiliares entre parcelas de cultivo ecológico y convencional, en plantaciones de cítricos, caqui y nectarina [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/16875

Una gran cantidad de biomasa residual con posible uso energético e industrial puede ser extraida de las operaciones de gestión de los árboles ornamentales de las ciudades. La rentabilidad del aprovechamiento de estos recursos está condicionada por la cantidad de biomasa existente en los ecosistemas urbanos. Esta investigación se ha centrado en la cuantificac ión directa e indirecta de los residuos biomásicos de la poda de árboles urbanos ornamentales. Las especies estudiadas fueron Morus alga, Platanus hispanica, Sophora japonica, Phoenix camariensis dactilifera las cuales son ampliamente utilizadas como vegetación ornamental en los países mediterráneos. Modelos matemáticos para la predicción de la cantidad residual de poda disponible han sido desarrollados para cada especie a partir de parámetros dendrométricos de fácil medición, tales como diámetro del tallo a altura del pecho, diámetro de copa o altura total, resultando coeficientes de determinación entre 0.67 y 0.96. Estas ecuaciones pueden ser utilizadas para los inventarios urbanos y la aplicación de los modelos logísticos. Por otra parte, se han analizado técnicas de escaneado con láser terrestre (TLS) para mejorar las estimaciones de los parámetros dedrométicos de árboles existentes, y relacionarlos también con esta bi0omasa residual obtenida. Para ello se han calculado los volúmenes aparentes de la copa con 4 métodos diferentes: global convex hull para la nube de puntos que forma toda la copa, convex hull por capas de 5 cm de altura en el plano XY, triangulación por secciones planas XY y discretización de la nube de puntos en los pequeños elementos de volumen (voxel). Finalmente, la biomasa residual de cada especie fue clasificada y caracterizada de acuerdo con las normas UNE incluyendo análisis de las dimensiones de los materiales obtenidos, densidad, humedad, poder calorífico, contenido de carbono, nitrógen o y azufre. Modelos para la predicción del poder calorífico superior a partir de la composición el / Sajdak, M. (2012). INDIRECT METHODS FOR RESIDUAL BIOMASS MEASUREMENT COMING FROM PRUNING OPERATIONS OF URBAN FORESTS [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/17940

Tesis por compendio / [ES] Phytophthora es uno de los géneros fitopatógenos más relevantes y agresivos en la agricultura y silvicultura. Muestreos realizados en la última década han revelado una gran cantidad de interacciones entre especies de Phytophthora y plantas, desconocidas con anterioridad. La introducción de nuevos patógenos de suelo, como Phytophthora en los bosques de Fagaceae, modifica la comunidad microbiana presente en la rizosfera, con importantes consecuencias ambientales y económicas. El género Quercus es uno de los géneros de Fagaceae más extendidos en Europa, y Quercus ilex es la especie dominante en España. El vínculo entre la dispersión de Phytophthora en los ecosistemas naturales y las actividades del ser humano, ha sido previamente estudiado. Numerosos muestreos en viveros y espacios públicos, mostraron la presencia de gran diversidad de especies de Phytophthora que podían suponer una amenaza para la producción y los ecosistemas naturales. En este contexto, se realizó un muestreo de viveros ornamentales y forestales en cuatro comunidades autónomas españolas, centrándose en los posibles síntomas asociados a Phytophthora en diferentes hospedantes e incluyendo muestras de agua de los viveros. Los resultados mostraron 17 filotipos de Phytophthora que afectan a 22 especies vegetales incluidas en 19 géneros. Algunas de estas interacciones se citaron por primera vez en España. Entre los patógenos de suelo aislados en los viveros, se identificó una gran cantidad de formas asexuales tipo Cylindrocarpon en las raíces de hospedantes leñosos. Se caracterizó una colección de aislados mediante estudios morfológicos y moleculares. Se identificaron 12 especies pertenecientes a los géneros Cylindrodendrum, Dactylonectria e Ilyonectria en hospedantes pertenecientes a 15 géneros y otras cuatro nuevas especies se describieron. El estudio demostró la prevalencia de este grupo fúngico asociado con plántulas de diversos hospedantes que muestran síntomas de decaimiento en viveros forestales. Se evaluó la susceptibilidad de Q. ilex a la inoculación con ocho especies de Phytophthora obtenidas de muestreos en viveros. Las especies más agresivas fueron Phytophthora cinnamomi, Phytophthora cryptogea, Phytophthora gonapodyides, Phytophthora plurivora y Phytophthora psychrophila, seguidas de Phytophthora megasperma, mientras que Phytophthora quercina y Phytophthora nicotianae fueron las especies menos agresivas. Los resultados obtenidos en el ensayo de patogenicidad confirmaron que todas las especies de Phytophthora evaluadas podrían representar una amenaza para los encinares. En este contexto, se realizó un estudio para verificar la presencia y / o detección de especies de Phytophthora en dos áreas de España (dehesas del sudoeste y bosque del noreste) utilizando diferentes métodos de aislamiento y detección. El aislamiento directo y el método de trampeo vegetal en muestras obtenidas a partir de encinas con y sin decaimiento, identificaron Phytophthora cambivora, P. cinnamomi, P. gonapodyides, P. megasperma y Phytophthora pseudocryptogea en las dehesas, mientras que, en el bosque del noreste, no se aisló Phytophthora spp. Los análisis estadísticos indicaron que no había una relación significativa entre la frecuencia de aislamiento de las especies de Phytophthora y la expresión de los síntomas de la enfermedad en las encinas de las dehesas. Además, P. quercina se detectó con mayor frecuencia que P. cinnamomi en las dos áreas estudiadas utilizando sondas TaqMan de PCR a tiempo real. Se evaluaron seis masas de Q. ilex ubicadas en tres comunidades autónomas de España mediante “Next Generation Sequencing” (NGS) para tener un mayor conocimiento sobre la diversidad de Phytophthora spp. en los bosques de encinas. Se detectaron 37 filotipos de Phytophthora pertenecientes a los clados 1 al 12, excepto los clados 4, 5 y 11, lo que demuestra una gran diversidad de Phytophthora en los encinares estudiados. Los filotipos más abundantes fueron P. quercina, P. psychrophila, P. cinnamomi y P. plurivora. / [EN] Phytophthora is one of the most relevant and aggressive plant pathogenic genus in agriculture and forestry. Due to the increasing environmental threat of invasive plant pathogens, monitoring new areas in the last decade has revealed a large number of new Phytophthora species-plant host interactions. The introduction of soilborne pathogens, such as Phytophthora in Fagaceae forests modifies the microbial community present in the rhizosphere with relevant environmental and economic consequences. The genus Quercus is one of the most extended Fagaceae genera in Europe, and Q. ilex is the dominant tree in Spain. The link between Phytophthora dispersion in natural ecosystems and human derived activities has been previously studied. Numerous sampling in nurseries and public spaces revealed a great diversity of Phytophthora species that compromised production and threated natural ecosystems. In this context, sampling ornamental and forest nurseries in four Spanish regions was carried out focusing on possible symptoms associated to Phytophthora on different hosts and including water samples from the nurseries. The results showed 17 Phytophthora phylotypes affecting 22 plant species included in 19 plant genera and some of them reported for the first time in Spain. Among the soilborne pathogens isolated in the nurseries, a large number of Cylindrocarpon-like asexual morphs were identified from the roots of woody hosts. A collection of Cylindrocarpon-like isolates recovered from Spanish nurseries was characterised by morphological and molecular studies. Twelve species belonging to the genera Cylindrodendrum, Dactylonectria and Ilyonectria were identified from damaged roots of 15 different host genera and other four species were newly described. The study demonstrated the prevalence of this fungal group associated with seedlings of diverse hosts showing decline symptoms in forest nurseries in Spain. The susceptibility of Quercus ilex to the inoculation with eight Phytophthora species obtained from nurseries was evaluated. The most aggressive species were Phytophthora cinnamomi, Phytophthora cryptogea, Phytophthora gonapodyides, Phytophthora plurivora and Phytophthora psychrophila followed by Phytophthora megasperma, while Phytophthora quercina and Phytophthora nicotianae were the least aggressive species. Results obtained in the pathogenicity test confirmed that all Phytophthora species tested could represent a threat to holm oak ecosystems. In this context, a study to verify the presence and/or detection of Phytophthora species was conducted in two holm oak areas of Spain (southwestern dehesas and northeastern woodland) using different isolation and detection methods. Direct isolation and baiting methods in declining and non-declining holm oak trees revealed Phytophthora cambivora, P. cinnamomi, P. gonapodyides, P. megasperma, and Phytophthora pseudocryptogea in the dehesas, while in the northeastern woodland, no Phytophthora spp. were recovered. Statistical analyses indicated that there was not a significant relationship between the Phytophthora spp. isolation frequency and the disease expression of the holm oak stands in the dehesas. Phytophthora quercina and P. cinnamomi TaqMan real-time PCR probes showed that P. quercina was detected in a higher frequency than P. cinnamomi in both studied areas. A better understanding of the Phytophthora spp. diversity in holm oak forests was assessed using Next Generation Sequencing (NGS) in six Q. ilex stands located in three regions in Spain. Thirty-seven Phytophthora phylotypes belonging to clades 1 to 12, except for clades 4, 5 and 11, were detected in this study, demonstrating a high diversity of Phytophthora species in holm oak Spanish forests. The most abundant phylotypes were P. quercina, P. psychrophila, P. cinnamomi and P. plurivora. In summary, this Thesis demonstrated a high diversity of Phytophthora and Cylindrocarpon-like species in Spanish nurseries, reporting new pathogen-plant host in / [CA] Phytophthora és un dels gèneres fitopatògens més rellevants i agressius en l'agricultura i la silvicultura. Mostrejos realitzats en l'última dècada han revelat una gran quantitat d'interaccions desconegudes fins ara entre espècies de Phytophthora i plantes. La introducció de nous patògens del sòl, com Phytophthora en els boscos de Fagaceae, modifica la comunitat microbiana present en la rizosfera, amb importants conseqüències ambientals i econòmiques. El gènere Quercus és un dels gèneres de Fagaceae més estesos a Europa, i Quercus ilex és l'espècie dominant a Espanya. El vincle entre la dispersió de Phytophthora en els ecosistemes naturals i les activitats de l'ésser humà, ja ha sigut estudiat prèviament. Nombrosos mostrejos en vivers i espais públics, van mostrar la presència d'una gran diversitat d'espècies de Phytophthora que podien suposar una amenaça per a la producció i els ecosistemes naturals. En aquest context, es va realitzar un mostreig de vivers ornamentals i forestals en quatre comunitats autònomes espanyoles, centrant-se en els possibles símptomes associats a Phytophthora en diferents hostes i incloent mostres d'aigua dels vivers. Els resultats van mostrar 17 filotipus de Phytophthora que afecten 22 espècies vegetals incloses en 19 gèneres. Algunes d'aquestes 'interaccions es van citar per primera vegada a Espanya. Entre els patògens del sòl aïllats en els vivers, es va identificar una gran quantitat de formes asexuals tipus Cylindrocarpon en les arrels de plantes llenyoses. Es va caracteritzar una col·lecció d'aïllats mitjançant estudis morfològics i moleculars. Es van identificar 12 espècies pertanyents als gèneres Cylindrodendrum, Dactylonectria i Ilyonectria en hostes pertanyents a 15 gèneres i altres quatre noves espècies es van descriure. L'estudi va demostrar la prevalença d'aquest grup fúngic associat amb plàntules de diversos hostes que mostren símptomes de decaïment en vivers forestals espanyols. Es va avaluar la susceptibilitat de Q. ilex a la inoculació amb huit espècies de Phytophthora obtingudes de mostrejos en vivers. Les espècies més agressives van ser Phytophthora cinnamomi, Phytophthora cryptogea, Phytophthora gonapodyides, Phytophthora plurivora i Phytophthora psychrophila, seguides de Phytophthora megasperma, mentre que Phytophthora quercina i Phytophthora nicotianae van ser les espècies menys agressives. Els resultats obtinguts en l'assaig de patogenicitat van confirmar que totes les espècies de Phytophthora avaluades podrien representar una amenaça per als ecosistemes d'alzines. En aquest context, es va realitzar un estudi per a verificar la presència i / o detecció d'espècies de Phytophthora en dues àrees d'Espanya (deveses del sud-oest i bosc del nord-est) utilitzant diferents mètodes d'aïllament i detecció. L'aïllament directe i el mètode de parany vegetal en mostres obtingudes a partir d'alzines, amb i sense decaïment, van identificar Phytophthora cambivora, P. cinnamomi, P. gonapodyides, P. megasperma i Phytophthora pseudocryptogea en les deveses, mentre que, en el bosc del nord-est, no es va aïllar Phytophthora spp. Les anàlisis estadístiques van indicar que no hi havia una relació significativa entre la freqüència d'aïllament de les espècies de Phytophthora i l'expressió dels símptomes de la malaltia en les alzines en les deveses. A més, P. quercina es va detectar amb major freqüència que P. cinnamomi en les dues àrees estudiades utilitzant sondes TaqMan de PCR a temps real. Es van avaluar sis masses de Q. ilex situades en tres comunitats autònomes d'Espanya mitjançant "Next Generation Sequencing" (NGS) per a tindre un major coneixement sobre la diversitat de Phytophthora spp. en els boscos d'alzines. Es van detectar 37 filotipus de Phytophthora pertanyents als clades 1 al 12, excepte els clades 4, 5 i 11, la qual cosa demostra una gran diversitat d'espècies de Phytophthora en els alzinars estudiats. Els filotipus més abundants van ser P. quercina, P. psychrophila, P. cinnamomi i P. plurivora. / Mora Sala, B. (2020). Detection and identification of Phytophthora spp. in woody plant nurseries and holm oak forests [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/153808 / Compendio

Tesis por compendio / In recent years the increase of global plant trade and human movement has promoted the risk of introduction of invasive plants and exotic pathogens. Biological invasions operate globally and are considered to be the second cause of biodiversity loss after direct habitat alteration and destruction. In this context, Phytophthora is one of the most important and aggressive plant pathogen in agriculture and forestry. Early detection and identification of its pathways are of high importance to minimize the threat that they pose to natural ecosystems. Different molecular-based methods, including real-time PCR and Next Generation Sequencing, have been developed and applied for the detection of plant pathogens in environmental samples. These methods allow fast and accurate pathogen detection and identification even when the inoculum amount is low. Therefore, the main objective of this thesis was the development of a new method for Phytophthora detection in environmental samples starting from extraction of environmental DNA (eDNA) from different sources (soil, roots and water) and different ecosystems. Different studies have applied High Throughput Sequencing (HTS) for the detection of Phytophthora species in soil samples, but not, to date, for water. In the Chapter 3, genus-specific primers were adapted to assess Phytophthora species diversity in natural ecosystems using high-throughput amplicon pyrosequencing of eDNA from soil and water environments, based in the polymorphic and widely accepted barcoding target Internal Transcribed Spacer 1 (ITS1). The assay was validated with a control reaction with DNA of pure cultures. The objectives raised and developed of this study were: a) as main objective, development and application of HTS (High Throughput Sequencing) of Phytophthora-specific PCR amplicons to investigate the presence of Phytophthora in soil samples from different plant communities in natural forests, plantations and aquatic environments in the north of Spain; b) optimization of the conditions for emPCR amplification in order to obtain the best results in the pyrosequencing run; c) development of a bioinformatics pipeline for NGS data, focusing in the optimization of a barcoding threshold value to separate Molecular Operational Taxonomic Units (MOTUs). Different score coverage threshold values were tested for optimal Phytophthora species separation in the bioinformatics analyses. Clustering at 99 % was the best criteria to separate most of the Phytophthora species. Multiple Molecular Operational Taxonomic Units (MOTUs) corresponding to 36 distinct Phytophthora species were amplified in the environmental samples. Pyrosequencing of amplicons from soil samples revealed low Phytophthora diversity (13 species) in comparison with the 35 species detected in water samples. Thirteen of the MOTUs detected in rivers and streams did not show significant matches to sequences in international sequence databases, revealing that eDNA pyrosequencing is a useful strategy to assess Phytophthora species diversity in natural ecosystems. Once the technique was developed and validated, another objective was proposed in Chapter 2, focused on the oak decline. The evergreen holm oak (Quercus ilex) is the most representative tree species in the Iberian Peninsula and the main tree in oak-rangeland ecosystems (dehesas). Oak decline in non-calcareous soils in south-western Spain has been associated with Phytophthora cinnamomi for decades. However, other Phytophthora species such as P. quercina and P. psychrophila have been associated with Quercus decline in the eastern part of Spain where calcareous soils are predominant. With the aim of investigating the involvement of Phytophthora spp. in oak decline in eastern Spain, two forests in different geographical areas (Alcoi and Vallivana) were selected as sampling sites. Soil and root samples were analysed in parallel by amplicon pyrosequencing and real-time PCR. Metabarcoding analyses showed Phytophthora / En los últimos años, el aumento del comercio mundial de plantas y el movimiento humano ha promovido el riesgo de introducción de plantas invasoras y patógenos exóticos. Las invasiones biológicas operan a nivel mundial y se consideran como la segunda causa de pérdida de biodiversidad después de la alteración y destrucción directas del hábitat. En este contexto, Phytophthora es uno de los patógenos vegetales más importantes y agresivos en la agricultura y la silvicultura. La detección temprana y la identificación de sus vías son de gran importancia para minimizar la amenaza que representan para los ecosistemas naturales. Se han desarrollado y aplicado diferentes métodos moleculares para la detección de patógenos de plantas en muestras ambientales. Estos métodos permiten una detección e identificación de patógenos rápida y precisa incluso cuando la cantidad de inóculo es baja. Por lo tanto, se propone un nuevo método mejorado para su detección en muestras ambientales a partir de la extracción de ADN ambiental (eDNA) de diferentes fuentes (suelo, raíces y agua) y diferentes ecosistemas. El objetivo del primer capítulo fue aplicar HTS (High Throughput Sequencing) para investigar la presencia de Phytophthora en diferentes comunidades de plantas en bosques naturales, plantaciones y ambientes acuáticos en el norte de España. El eDNA se extrajo del suelo y del agua de los ríos y arroyos de los bosques de Fagus sylvatica y Abies alba y de plantaciones de Chamaecyparis lawsoniana y Pseudotsuga menziesii en el norte de España (bosque de Irati y Villanúa). Se diseñó y aplicó un ensayo específico para la detección de Phytophthora mediante la secuenciación masiva de amplicones basado en la región ITS1. Diferentes valores de threshold se analizaron para la separación óptima de especies de Phytophthora en los análisis bioinformáticos. El agrupamiento al 99% fue el mejor criterio para separar la mayor parte de las especies de Phytophthora. Múltiples Unidades Operacionales Taxonómicas Moleculares (MOTU) correspondientes a 36 especies distintas de Phytophthora se amplificaron en las muestras ambientales. La pirosequenciación de amplicones de muestras de suelo reveló una diversidad baja de Phytophthora (13 especies) en comparación con las 35 especies detectadas en muestras de agua. Trece de los MOTU detectados en los ríos y arroyos no mostraron homología con secuencias depositadas en las bases de datos, lo que revela que la pirosequenciación del ADN ambiental es una estrategia útil para evaluar la diversidad de especies Phytophthora en los ecosistemas naturales. Una vez que la técnica fue desarrollada y validada, se propuso otro objetivo enfocado en el decaimiento de la carrasca. La carrasca (Quercus ilex) es la especie arbórea más representativa de la Península Ibérica y el árbol principal de las dehesas. El decaimiento de la carrasca en suelos no calcáreos en el suroeste de España se ha asociado con Phytophthora cinnamomi durante décadas. Sin embargo, otras especies de Phytophthora como P. quercina y P. psychrophila se han asociado con el declive de Quercus en la parte oriental de España donde predominan los suelos calcáreos. Con el objetivo de investigar la implicación de Phytophthora spp. en el declive de la carrasca en el este de España, se seleccionaron dos bosques en diferentes zonas geográficas (Alcoi y Vallivana) como lugares de muestreo. Las muestras de suelo y raíz se analizaron por pirosequenciación de amplicones. Los resultados de la secuenciación masiva mostraron la diversidad de especies de Phytophthora, y reveló que un taxón nunca aislado de Phytophthora, llamado provisional Phytophthora taxon ballota, fue la especie predominante en ambas áreas. Además, se desarrolló un ensayo de PCR a tiempo real, basado en los resultados de la pirosequenciación, para la detección de este taxón de Phytophthora nunca aislado, y también para la detección de P. quercina / En els últims anys, l'augment del comerç mundial de plantes i el moviment humà ha promogut el risc d'introducció de plantes invasores i patògens exòtics. Les invasions biològiques operen a nivell mundial i es consideren de com la segona causa de pèrdua de biodiversitat després de l'alteració i destrucció directa de l'hàbitat. En aquest context, Phytophthora és un dels mes importants patògens vegetals i agressius en l'agricultura i la silvicultura. La detecció primerenca i la identificació de les seves vies resulten de gran importància per a minimitzar l'amenaça que representen per als ecosistemes naturals. S'han desenvolupat i aplicat diferents mètodes moleculars per a la detecció de patògens de plantes en mostres ambientals. Aquests mètodes permeten una detecció i identificació de patògens ràpida i precisa fins i tot quan la quantitat d'inòcul és baixa. Per tant, es proposa un nou mètode millorat per a la seva detecció en mostres ambientals a partir de l'extracció d'ADN ambiental (eDNA) de diferents fonts (sòl, arrels i aigua) i diferents ecosistemes. L'objectiu del primer capítol va ser aplicar HTS (High Throughput Sequencing) per investigar la presència de Phytophthora en diferents comunitats de plantes en boscos naturals, plantacions i ambients aquàtics al nord d'Espanya. L'eDNA es va extraure del sòl i de l'aigua dels rius i rierols dels boscos de Fagus sylvatica i Abies alba i de plantacions de Chamaecyparis lawsoniana i Pseudotsuga menziesii al nord d'Espanya (bosc d'Irati i Villanúa). Es va dissenyar i va aplicar un assaig específic per a la detecció de Phytophthora mitjançant la seqüenciació massiva de amplicons basat en la regió ITS1. Diferents valors de threshold es van analitzar per a la separació òptima d'espècies de Phytophthora en les anàlisis bioinformàtics. L'agrupament al 99% va ser el millor criteri per separar la major part de les espècies de Phytophthora. Múltiples Unitats Operacionals Taxonòmiques Moleculars (MOTU) corresponents a 36 espècies diferents de Phytophthora es van amplificar en les mostres ambientals. La piroseqüenciació d'amplicons de mostres de sòl va revelar una diversitat baixa de Phytophthora (13 espècies) en comparació amb les 35 espècies detectades en mostres d'aigua. Tretze dels MOTU detectats en els rius i rierols no van mostrar homologia amb seqüències dipositades en les bases de dades, el que revela que la pirosequenciació de l'ADN ambiental és una estratègia útil per avaluar la diversitat d'espècies de Phytophthora en els ecosistemes naturals. Una vegada que la tècnica va ser desenvolupada i validada, es va proposar un altre objectiu enfocat en el decaïment de la carrasca. La carrasca (Quercus ilex) és l'espècie arbòria més representativa de la Península Ibèrica i l'arbre principal de les deveses. El decaïment de la carrasca en sòls no calcaris al sud-oest d'Espanya s'ha associat amb Phytophthora cinnamomi durant dècades. No obstant això, altres espècies de Phytophthora com P. quercina i P. psychrophila s'han associat amb el declivi de Quercus a la part oriental d'Espanya on predominen els sòls calcaris. Amb l'objectiu d'investigar la implicació de Phytophthora spp. en el declivi de la carrasca a l'est d'Espanya, es van seleccionar dos boscos en diferents zones geogràfiques (Alcoi i Vallivana) com a llocs de mostreig. Les mostres de sòl i arrel es van analitzar per piroseqüenciació d'amplicons. Els resultats de la seqüenciació massiva van mostrar la diversitat d'espècies de Phytophthora, i va revelar que un taxó mai aïllat de Phytophthora, anomenat de forma provisional Phytophthora taxon ballota, va ser l'espècie predominant en les dues àrees. A més, es va desenvolupar un assaig de PCR a temps real, basat en els resultats de la piroseqüenciació, per a la detecció d'aquest taxó de Phytophthora mai aïllat, i també per a la detecció de P. quercina. Els assajos de qPCR es van aplicar en mo / Catalá García, S. (2017). Development of DNA massive sequencing techniques and Real-Time PCR for the detection, identification and quantitation of Phytophthora spp. in environmental samples [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/90644 / Compendio

El pie negro de la vid está causado por las especies fúngicas Cylindrocarpon liriodendri y C. macrodidymum. Estos patógenos afectan a las plantas de vid en los viveros y en las plantaciones jóvenes, principalmente de menos de cinco años de edad. En esta Tesis se ha caracterizado una colección de 82 aislados de Cylindrocarpon españoles, obtenidos de plantas de vid con síntomas de pie negro procedentes de viveros y de viñedos jóvenes. Los aislados fueron identificados mediante el estudio de las secuencias de las regiones BT1 del gen de la ß-tubulina e ITS del ADN ribosómico; y el análisis estadístico multivariante de las variables fenotípicas: morfología de las colonias, producción de conidios y crecimiento miceliar a diferentes temperaturas. Así, 26 de los aislados correspondieron a la especie C. liriodendri y 56 a C. macrodidymum. Barbados enraizados del portainjerto cultivar R 110 se inocularon con aislados representativos de C. liriodendri o C. macrodidymum. Todas las plantas inoculadas desarrollaron los síntomas típicos del pie negro confirmando la patogenicidad de ambas especies a vid. La técnica de análisis "Inter-Simple Sequence Repeat" se utilizó para estudiar la diversidad genética en C. liriodendri y C. macrodidymum. Los resultados mostraron diversidad genética en ambos patógenos siendo ésta mucho mayor en la especie C. macrodidymum. A su vez, los ensayos de patogenicidad efectuados con aislados seleccionados de ambas especies en plántulas de semillas obtenidas del cultivar Tempranillo, demostraron que C. macrodidymum presenta también variabilidad en virulencia. Todos los aislados de C. liriodendri y C. macrodidymum fueron caracterizados para determinar la posible presencia de micovirus. Sin embargo, con el método de extracción utilizado, que se basa en cromatografía en celulosa, no se detectó ARN de doble cadena en ninguno de ellos. Respecto al control, los ensayos efectuados in vitro demostraron que tanto los tratamientos con f / Alaniz Ferro, SM. (2008). Caracterización y control de Cylindrocarpon SPP.agente causal del pie negro de la vid [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/2422

Se han realizado 43 experiencias durante 1998, 1999 y 2000 en parcelas de mandarina extratemprana para comparar dos métodos de control de Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae) mediante tratamientos convencionales con fitosanitarios y mediante trampeo masivo con trampas atrayentes (Frutect). Parcelas comerciales se dividieron en dos partes de 1 ha aproximadamente sometiendo a cada parte a un método de control, convencional o trampeo masivo. En 8 de las parcelas se dispuso también de una tercera zona de superficie similar no tratada. También se ha estudiado la evolución estacional y la distribución en la parcela del tefrítido y el efecto sobre la fauna auxiliar de ambos tratamientos. Hemos observado que la evolución estacional de C. capitata es distinta según sea la combinación de trampa y atrayente que se utilice para su detección. La proporción de sexos en las capturas varía a lo largo del año, obteniéndose en septiembre el máximo porcentaje de hembras. La evolución estacional de las hembras grávidas sigue una pauta diferente a la de machos y hembras no grávidas. Asimismo hay mayor proporción de hembras grávidas en la parcela antes de recolectar la fruta que después de hacerlo. Al determinar la evolución estacional de C. capitata con trampas hay que tener en cuenta que el nivel de capturas está influenciado tanto por los tratamientos como por la recolección. Para el seguimiento de la plaga pensamos que resulta más adecuada la trampa Frutect con ceralure o la Tephritrap con tripack que la Nadel con trimedlure. Comprobamos que las capturas de C. capitata en subparcelas de trampeo masivo son de 2 a 3 veces inferiores a las obtenidas tanto en subparcelas de tratamiento convencional con fitosanitarios como en subparcelas testigo sin tratar. Esta diferencia se mantiene a lo largo de todo el seguimiento. / Alonso Muñoz, D. (2004). La mosca de la fruta Ceratitis capitata (Diptera: tphritidae) en parcelas de cítricos: Evolución estacional, distribución espacial y posibilidad de control mediante trampeo masivo [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/6861

El Pepino mosaic virus (PepMV) es un Potexvirus que fue descrito por primera vez en pepino dulce (Solanum muricatum Ait.) en Perú (Jones et. Al., 1980). En 1999 se detectó en Holanda, infectando a tomate (Van der Vlugt et al., 2000) mostrando una variada sintomatología. Desde entonces, el PepMV se ha expandido rápidamente por las principales áreas productoras de tomate del Mundo. Este virus se ha convertido en uno de los principales problemas en la producción de tomate en Europa donde produce importantes pérdidas económicas. La rápida expansión del PepMV en las zonas afectadas ha estado facilitada por su eficaz transmisión mecánica con las operaciones de cultivo y mediante los insectos polinizadores (Lacasa et al., 2003), sin embargo no se ha detectado la existencia de ninguna especie de insecto capaz de actuar como vector del mismo. El PepMV podría permaneces en el campo de una cosecha a la siguiente infectando a la flora arvense que podría actuar como reservorio de la enfermedad. Asimismo se ha comprobado la transmisión por semilla que podría constituir la forma de dispersión del virus a la larga distancia (Córdoba et. A., 2007). Actualmente se conocen diferentes aislados del virus que afectan al tomate. En primer momento, debido a las diferencias biológicas y moleculares observadas entre el aislado del PepMV que infectaba a tomate y el original de pepino dulce, distintos autores consideraron el aislado de tomate como un aislado diferente, denominándolo aislado tipo tomate (Van der Vlugt y Beredsen, 2002). Estudios posteriores demostraron que los aislados de PepMV de Europa, América del Norte y Canadá comparados con el aislado original de pepino dulce presentaban diferencias evidentes en sintomología, así como estructura poblacional del PepMV en cultivo de tomate en España, analizando y secuenciando tres zonas distintas del genoma del virus. / Alfaro Fernández, AO. (2009). Epidemiología y variabilidad patogénica del virus del mosaico del pepino dulce (Pepino mosaic virus). Nuevas enfermedades asociadas a su presencia (torrao o cribado) [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/7027

El presente trabajo evalúa los resultados de la aplicación de la técnica de biofumigación, considerada como la adición al suelo de restos de cultivo aprovechando el efecto de las sustancias volátiles desprendidas durante su descomposición, y de su combinación con otras técnicas compatibles entre las que se encuentra la solarización. Se estudia la eficacia de las técnicas en el control de bacterias fitopatógenas. Para ello se seleccionaron dos de las bacterias fitopatógenas cuya presencia supondría elevados riesgos en los cultivos, principalmente hortícolas, y que podrían ver mermado su rendimiento. Las bacterias seleccionadas fueron Ralstonia solanacearum y Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis. La selección se realizó considerando dos criterios: el primero de ellos es la inclusión de ambas bacterias en la lista A2 de patógenos de cuarentena por la EPPO por lo que su presencia se hace potencialmente peligrosa exigiendo tratamientos drásticos y soluciones rápidas. El segundo de los criterios seguidos se basó en la ineficacia de los tratamientos químicos empleados en su control, en especial del BM, y ante la necesidad de búsqueda de alternativas menos nocivas para el medioambiente. Una vez elegidas las bacterias, y teniendo en cuenta que ambas habían presentado focos de infección en diferentes áreas de cultivo de tomate, se planteó la necesidad de estudiar detenidamente los efectos de las técnicas de control seleccionadas buscando su eliminación en asociación con los restos de cosecha, por lo que toda la parte experimental se diseñó para su realización en condiciones controladas, de invernadero y laboratorio, antes de poder aplicarlas en campo. Previo al diseño de las técnicas de biofumigación y biosolarización, se llevó a cabo un estudio del comportamiento de los aislados bacterianos en el cultivo seleccionado permitiendo graduar la agresividad y virulencia de los aislados proporcionados e identificar de forma precisa la sintomatología. / Zanón Alonso, MJ. (2009). Efecto de la biofumigación y biosolarización en el control de agentes fitopatógenos [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/7322

El Pepino mosaic virus (PepMV) fue descrito por primera vez en 1980 por Jones y colaboradores, infectando a cultivos de Solanum muricatum de la zona costera de Perú. Esta nueva entidad viral, aunque infectaba al tomate, sólo le producía infecciones asintomáticas. Al inicio de 1999, el PepMV apareció en Holanda, infectando a tomate protegido (Van der Vlugt et al., 2000) y mostrando una variada sintomatología: mosaicos dorados o verde claro-verde oscuro, filiformismo y abullonado de las hojas, estrías amarillas en tallo, necrosis en hojas y manchado de los frutos maduros. Desde 1999 este virus se ha extendido por las principales zonas productoras de tomate del planeta: Alemania, Reino Unido, Bélgica, España, Francia, Italia, Estados Unidos, Canadá, Austria, Marruecos, Finlandia, Suecia, Noruega, Dinamarca, Ucrania, Polonia, Hungría, Chile y China. De forma casi simultánea a la aparición del PepMV en España, durante el final del otoño y principio del invierno de la campaña 1998/1999, en las zonas productoras de tomate de Murcia, se produjo de manera súbita e inesperada el marchitamiento de un gran número de plantas. El síndrome que se denominó como "Muerte súbita" o "colapso" comenzó a presentarse en invernaderos en avanzado estado de crecimiento apareciendo rodales de plantas con un ligero decaimiento de la parte apical que se hacia más notorio durante las horas centrales del día, cuando la temperatura en el interior del recinto alcanzaba los valores máximos diurnos y la humedad relativa descendía. Las plantas parecían recuperarse al final del día pero el marchitamiento volvía a aparecer en días posteriores, agravándose los síntomas que terminaban con el colapso de la mayor parte de las plantas afectadas. Los casos de marchitamientos no agudos lograban recuperarse al emitir nuevas raicillas, pero la productividad de las plantas se veía gravemente comprometida ya que las plantas quedaban retrasadas. / Córdoba Sellés, C. (2010). El virus del mosaico del pepino dulce (Pepino mosaic virus) afectando al cultivo del tomate (Solanum lycopersicum): Caracterización y Epidemiología [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/7586

La Albufera de Valencia, por su alto valor paisajístico y ambiental, es uno de los humedales más importantes de la península ibérica. Declarada Parque Natural en 1986 está incluida también en la lista de zonas húmedas de importancia internacional para las Aves (Convenio RAMSAR). El agua es el principal recurso del parque y su ciclo natural determina la vida de éste. En este sentido desde la expansión del cultivo del arroz a principios del pasado siglo, la evolución del humedal ha quedado condicionada al complejo sistema de regadío que controla las entradas y salidas de agua del lago. El manejo del arrozal supone el paso de aguas superficiales desde las parcelas superiores a las de inferior cota, hasta llegar a los denominados ¿tancats¿ (unidades hidrológicas características de la zona, formadas por parcelas de arroz a cota inferior a la lámina de agua del lago y situadas en el anillo circundante a éste). Los problemas a los que se ha enfrentado el Parque en las últimas décadas se refieren principalmente a la calidad del agua y sus implicaciones con la salinidad del suelo. Aunque el parque ha sido objeto de diversidad de estudios, ni se han definido sus suelos ni tampoco se ha realizado un estudio exhaustivo de la relación de las aguas freáticas y superficiales respecto a la salinidad. Es por ello que nace el presente trabajo de investigación que pretende caracterizar y evaluar la calidad de las aguas y los suelos del Parque desde el punto de vista espacial y temporal con respecto a la salinidad. Para ello se ha establecido un plan de trabajo en cuatro líneas de actuación que corresponden al control de las aguas superficiales y freáticas de 133 piezómetros instalados, el control de 54 acequias que aportan aguas a las parcelas de arroz, el control del nivel freático y de lámina libre en los piezómetros y, por último, el estudio de los suelos. Los diferentes análisis realizado son pH y Conductividad Eléctrica (CE), Na+ , K+ , Cl- , SO4 -2 , HCO3 - , CO3 -2 , Ca+2, Mg+2, Total de Sólidos Disueltos (TDS), Relación de Adsorción de Sodio (RAS) para aguas; y textura, materia orgánica, carbonatos, color, Conductividad Eléctrica del extracto de saturación CEe, pH del extracto, además del valor n, la humedad de saturación y los elementos gruesos, hierro, además de calcular del extracto de saturación los cationes y aniones principales en suelos. El estudio de la evolución durante 32 meses de la calidad de las aguas en los 133 piezómetros y las 54 acequias han permitido establecer que la zona norte del lago sufre salinización por la influencia de la capa freática elevada que está íntimamente relacionada con la distancia al lago y la cota además de con el ciclo del cultivo del arroz. La salinidad en las muestras de acequias y las de lámina libre presentan valores de CE aceptables para el uso en el arroz, habiéndose detectado una salinización de estas por el efecto de la capa freática fluctuante y la salinidad de los suelos. La clasificación taxonómica de los suelos se agrupan en tres subórdenes: Aquents, Fluvents y Salids. Con todos los resultados expuestos se ha caracterizado dos recursos importantísimos en el humedal cuyo conocimiento era parcial o nulo puesto que no existían datos de cotas piezométricas ni de calidad de agua ni variables edáficas a tanto detalle y con una densidad de muestreo tan alta. / Moreno Ramón, H. (2013). Evaluación espacio-temporal de las aguas y suelos de la zona colindante al lago de la Albufera de Valencia: Intento de recuperación [Tesis doctoral]. Editorial Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/32827