Made available in DSpace on 2016-01-07T13:41:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 jonathan_oliveira_ioc_mest_2014.pdf: 2250142 bytes, checksum: 1ef72016a6815c4200fb3797c82d3e75 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A Mata Atlântica é um dos biomas de maior biodiversidade e um dos mais ameaçados, principalmente pelo processo de fragmentação florestal. Roedores e marsupiais formam o grupo mais diversificado dentre os mamíferos e exercem influência no dinamismo de florestas neotropicais, sendo bons indicadores de alterações na paisagem. Além disso, este grupo é de grande interesse para saúde humana, pois diversas espécies estão envolvidas em ciclos zoonóticos. Os roedores em particular, são hospedeiros específicos dos hantavírus, e o acompanhamento do seu ciclo de transmissão em áreas silenciosas para hantavirose contribui para estudos epidemiológicos sobre a doença. Os objetivos desse estudo foram: a) levantar a fauna de pequenos mamíferos de áreas fragmentadas de Mata Atlântica predominantemente na região noroeste fluminense; b) identificar os indivíduos por taxonomia integrativa; c) avaliar a influência de variáveis geográficas e de habitat na composição de espécies; d) avaliar a infecção por hantavírus nos roedores capturados e a preferência de habitat das espécies infectadas. Foram capturados 128 roedores e 81 marsupiais em 11 fragmentos florestais e em áreas de matriz alterada nos municípios de Cambuci, Miracema, Sumidouro e Varre-sai A identificação taxonômica dos animais capturados foi feita por morfologia externa, cariotipagem e análises moleculares para os gêneros Trinomys, Calomys, Oligoryzomys e Akodon. A composição de espécies foi relacionada ao tamanho, forma e grau de isolamento dos fragmentos florestais, distância entre fragmentos e também a características do habitat (complexidade e heterogeneidade) por regressão múltipla de matrizes de similaridade. A similaridade na composição de espécies nos fragmentos e nos municípios foi então avaliada por dendrogramas de dissimilaridade. As amostras sorológicas dos roedores capturados foram submetidas ao teste imunoenzimático (ELISA) para detectar a infecção por hantavírus. A preferência do hábitat da única espécie sororreativa para infecção por hantavírus (Akodon 2 cursor) foi avaliada por modelo linear generalizado utilizando as variáveis de habitat (os três primeiros componentes de uma análise de componentes principais) como variáveis independentes e a abundância de A. cursor nas estações de captura como variável dependente. A composição de espécies de pequenos mamíferos não foi influenciada pelos descritores geográficos e de hábitat. No dendrograma gerado pela similaridade na composição de espécies nos fragmentos observou-se que fragmentos que continham apenas espécies mais generalistas agruparam-se separadamente dos que continham ao menos uma espécie especialista Similarmente, paisagens amostradas que eram mais conservadas agruparam-se separadamente daquelas mais perturbadas. Akodon cursor, única espécie sororreativa, prefere áreas com dossel mais aberto e mais baixo, com sub-bosques abertos e com mais caules herbáceos e lenhosos, mostrando que esta espécie está adaptada a ambientes alterados. A ocorrência de circulação de hantavírus neste roedor e sua preferência por habitat alterado,sinaliza a importância da continuidade nos estudos sobre a circulação de hantavírus no estado do Rio de Janeiro, especialmente em áreas estudadas onde a paisagem encontra-se fragmentada e composta por espécies em sua maioria generalistas / he Atlantic rainf orest is one of the species’ richest biomes and one of the most threate ned, mainly by forest fragmentation. Marsupials and rodents are most diverse group among the mammals and influence the dynamics of N eotropical forests, being g reat indicators of landscape changes. Furthermore, this group is important to human health,becaus e s ome species are involved in zoonotic cycles . Some rodents , in particular , ar e specific hosts for hantaviru s; the monitoring of such species and the parasite transmission cycle in silent areas for hantavirus contributes to epidemiolog ical studies of the disease. The objectives of this study were: a) to perform an inventory of sm all mammal s in fragmented A tlantic f orest areas predominantly in the northwest region of the Rio de Janeiro state ; b) to identify specimens by integrative taxonomy; c) to evaluate the influence of geographic variables and habitat characteristics in species composition; d) to evaluate the hantavirus infection in rodents and to investigate habitat preference of the infected species. T he captured animals were identified by external mo rphology, karyotyp e and molecular analy s es for the genus Trinomys , Calomys , Akodon and Oligoryzomys . The influence of fragment size, shape and degree of isolation , distance between fragmentsand habitat features (complexity and heterogeneity) on species com position was tested using a multiple regression of dissimilarity matrices . S pecies composition in fragments and fragmented landscapes as a whole was then evaluated by cluster analysis using Jaccard similarity index and Wad’s method of linkage . The serum sa mples of rodents were subjected to enzyme - linked immuno no sorbent assay (ELISA) to detect hantavirus infection. The habitat preference of Akodon cursor (the only species infected with hantavirus) was tested by generalized linear model with habitat features (the first three principal components of a Principal Component Analysis) as independent variables and A. cursor abundance in capture stations as the dependent variable . We obtained 128 rodents and 81 marsupials captured in 11 forest fragments and areas in the disturbed matrix in the municipalities of Cambuci, Miracema, Sumidouro e Varre - sai . The species composition of small mammals was not influenced by any geographic and habitat descriptors. In the dendrogram generated by the similarity in species composit ion in fragments , we observed t hat fragments containing only generalist species w ere clustered separately from those that had at least one specialist species. Similarly, conserved landscapes clustered separately from disturbed ones . A kodon cursor prefer red areas with more open and low canopy height, with open understory , more herbaceous cover and woody stems, showing that this species is adapted to disturbed habitats. The oc currence of hantavirus circulation in this rodent and its preference for altered hab itat, signals the importance of monitoring studies about the this zoonosis in the s tate of Rio de Janeiro, especially in areas where the landscape is fragmented and composed of generalist species

Submitted by Alberto Vieira (martins_vieira@ibest.com.br) on 2018-01-12T15:51:33Z No. of bitstreams: 1 617462.pdf: 9301397 bytes, checksum: 507a0d494160adf0b5d975c1297dee3e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-12T15:51:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 617462.pdf: 9301397 bytes, checksum: 507a0d494160adf0b5d975c1297dee3e (MD5) Previous issue date: 2003-10 / FUJB / CAPES / A heterogeneidade espacial e a variação temporal das características bióticas e abióticas do ambiente influenciam a distribuição de diversas espécies animais. Portanto, as interações entre as condições climáticas e a estrutura do ambiente são importantes em qualquer estudo que busque avaliar a dinâmica e os processos ecológicos de uma região. O objetivo desse estudo é avaliar as variações espacial e temporal do microclima, seus efeitos sobre o microhabitat e consequentemente sobre a dinâmica das populações de pequenos mamíferos, numa área de Mata Atlântica. Foi também proposto um método de avaliação da heterogeneidade microclimática nesse tipo de floresta tropical. Para medir as variáveis de microclima (temperatura, umidade e luminosidade), foram usados registradores automáticos, ou seja, aparelhos de leitura programada de parâmetros climáticos. Para caracterizar o microhabitat foram medidas oito variáveis propostas em Freitas et al. (2002). O método desenvolvido e testado é eficiente no estudo do ambiente de pequenos mamíferos que vivem nessa camada de ar junto ao solo. Os resultados mostram diferenças espaciais e temporais das variáveis estudadas, onde a variação espacial do microclima pôde ser atribuída às diferenças de altitude e estruturais locais, e, sua variação temporal afeta a dinâmica do microhabitat. Foram encontrados modelos de preferência de microhabitat para os marsupiais Didelphis aurita (generalista com boa capacidade de manutenção local) e Metachirus nudicaudatus (sub-bosque desenvolvido e menor capacidade de manutenção local), enquanto Marmosops incanus apresentou correlação com o microclima, ocorrendo com populações maiores nos locais mais altos da área de estudo, com temperaturas mais amenas e maior umidade relativa. / The spacial heterogeneity and the temporal variation of the biotics and abiotics characteristics of the environment influence the distribution of animal species. Therefore, the interactions between the climatic conditions and the structure of the environment are important in any study that evaluate the dynamics and the ecological processes of a region. The aim of this study is to evaluate the space and time variations of the microclimate, its effect on the microhabitat and consequentely on the dynamics of the populations of small mammals, in an area of Atlantic Forest. Also a method of evaluation of the microclimate variables (temperature, humidity and luminosity) was developed, where were used data loggers, a programmed reading equipment of climatic parameters. To characterize the microhabitat were measured eight variables proposed in Freitas et al. (2002). The developed and tested method is efficcient in the study of environment of small mammals that live in this layer of air near the ground. The results show spacial and temporal differences of the studied variables, where the spacial variatuon of the microclimate could be attributed to the differences of altitude and in the local structural, and, its temporal variation affects the dynamics of the microhabitat. Models of habitat preference were found for the marsupials Didelphis aurita (generalist with good capacity of local maintenance) and Metachirus nudicaudatus (developed understory and lesser capacity of local maintenance), while Marmosops incanus presented correlation with the microclimate, occurring with bigger populations in the highest places of the study area, with lower temperatures and higher relative humidity.

Essa dissertação de mestrado objetivou avaliar a importância dos corredores ripários para a fauna em uma paisagem fragmentada de Mata Atlântica. Em quatro sistemas compostos por fragmento - corredor fragmento avaliamos tanto a assembléia de pequenos mamíferos (capitulo 2) como a qualidade do habitat através da estrutura da vegetação e da disponibilidade de recurso alimentar para a fauna (capitulo 3). No capitulo 2 comparamos a assembléia de pequenos mamíferos entre áreas abertas do entorno, corredores ripários, bordas e interiores de fragmentos. Verificou-se uma forte segregação na distribuição das espécies entre áreas abertas da matriz e os habitats florestados. Todas as espécies endêmicas só foram capturadas nos habitats florestais, enquanto que a matriz de áreas abertas abrigou uma assembléia de pequenos mamíferos composta exclusivamente por espécies não endêmicas ao bioma Mata Atlântica e apenas duas espécies não-endêmicas ocuparam todos os habitats. Observou-se ainda, que as flutuações temporais na abundância das espécies não diferiram entre habitats, ou seja, as diferenças que encontramos na distribuição das espécies não dependeram da sessão de captura. Além disso, a riqueza e abundância das espécies endêmicas foram maiores nos ambientes florestais em comparação a matriz aberta, enquanto que a abundância das espécies não-endêmicas foi maior na matriz comparada aos interiores de fragmentos. As duas espécies endêmicas mais abundantes na área de estudo ocorreram apenas nos habitats florestais, e a abundância das duas foi menor nas bordas do que nos interiores e, em um caso, também do que nos corredores. Por outro lado, a abundância de uma das três espécies não-endêmicas mais comuns foi maior nas bordas do que nos interiores. Assim concluímos os corredores ripários funcionam como elemento conector para a fauna endêmica de pequenos mamíferos da Mata Atlântica, amenizando os efeitos deletérios da fragmentação. No capitulo 3, ao avaliar a qualidade do habitat entre os corredores ripários, e bordas e interiores de fragmentos secundários, observamos que a oferta de recursos alimentares (artrópodes e frutos) para a fauna, assim como a estrutura da vegetação, em termos da estratificação da densidade da folhagem, não variou entre os diferentes tipos de habitat florestal. Nesse sentido, nossos resultados sugerem que, ao contrário do observado em florestas tropicais primárias, em florestas tropicais secundárias não há um efeito de borda claro sobre a qualidade do habitat em termos de estrutura da vegetação ou disponibilidade de alimento para a fauna nem mesmo em estruturas lineares como os corredores. Os resultados apresentados nos dois capítulos evidenciam a importância da manutenção dos corredores ripários para a conservação, em paisagens fragmentadas de Mata Atlântica, da fauna de um dos grupos mais diversificados de mamíferos. / This master thesis aimed to evaluate the importance of riparian corridors for the fauna in an Atlantic Forest fragmented landscape. In four systems composed by fragment corridor fragment, we evaluate both the small mammal assemblage (chapter 2) and the habitat quality measured through the vegetation structure and food resources availability for the fauna (chapter 3). In chapter 2 we compared small mammal assemblages among open areas of the surrounding matrix, riparian corridors, edges and interiors of forest fragments. We verified a strong segregation in species distribution between the open matrix and the forested habitats. Endemic species were captured only in forested habitats, while the open areas of the matrix harbored a small mammals assemblage composed exclusively by species non-endemic to the Atlantic Forest biome, and only two non-endemic species occupied all habitat types. We also observed that temporal fluctuations in species abundance did not differ among habitats, that is, observed differences in species distribution were not dependent on capture session. Moreover, richness and abundance of endemic species were higher in forested habitats than in the open areas of matrix, while the abundance of nonendemic species was higher in the matrix than in the interior of forest fragments. The two most abundant endemic species occurred only in forested habitats and their abundance was lower at edges compared to forest interiors and, for one of them, also compared to riparian corridors. On the other hand, the abundance of one of the three most common non-endemic species was higher at edges than in interiors. We conclude that riparian corridors function as a connector element for the endemic small mammals of the Atlantic Forest, minimizing the deleterious effects of habitat fragmentation. In chapter 3, through the evaluation of habitat quality in riparian corridors, edges and interiors of second-growth fragments, we observed that food resource availability (arthropods and fruits) for the fauna, as well as the vegetation structure, measured as foliage vertical stratification, did not differ among the three forested habitats. Thus, our results suggest that, contrary to the observed in primary tropical forests, there is no clear edge effects on vegetation structure or on food resources availability for the fauna in secondary forest fragments even in linear habitats such as corridors. The results reported in these two chapters highlight the importance of the maintenance of riparian corridors for the conservation, in fragmented landscapes of the Atlantic Forest, of one of the most diverse group of mammals.

Até a metade do século passado o gênero Ornithonyssus Sambon (Acari: Macronyssidae) no Brasil estava representado por 12 espécies, sendo 7 espécies de pequenos mamíferos terrestres, 1 espécie de morcego e 4 espécies de aves. Nos anos 80 as espécies brasileiras de Ornithonyssus de roedores e marsupiais foram sinonimizadas e reduzidas a quatro somente, O. bacoti (Hirst), O. matogrosso (Fonseca), O. pereirai (Fonseca) e O. wernecki (Fonseca). O presente estudo reuniu informações sobre a morfologia dessas espécies a partir de tipos e material depositados na Coleção Acarológica do Instituto Butantan, bem como, de espécimes recentemente coletado em pequenos mamíferos terrestres. Para dar suporte à morfologia, estudos de biologia molecular foram conduzidos a fim de esclarecer o status taxonômico desse gênero. Adicionalmente foi investigada a presença de bactérias do gênero Rickettsia no material coletado. Os caracteres morfológicos foram estudados através de microscopia óptica e eletrônica de varredura. Para a taxonomia molecular o DNA foi extraído e a região 16SrDNA do gene mitocondrial foi seqüenciada, incluindo espécimes dos Estados Unidos e Peru. Na pesquisa de Rickettsia foi utilizada a técnica da PCR para dois genes, citrato sintase (gltA) e proteína externa de membrana A (ompA), além de seqüências obtidas do gene gltA para análises de distância. Os estudos de morfologia e molecular sugerem a ausência de O. bacoti no Brasil, e a incerteza da validade de registros na América Latina. Das sinonímias previamente propostas, nenhuma delas é válida com exceção de O. lutzi (Fonseca) que é de fato sinonímia de O. monteiroi (Fonseca). As outras 6 espécies brasileiras de Ornithonyssus, O. brasiliensis, O. matogrosso, O. monteiroi, O. pereirai, O. vitzthumi (Fonseca) e O. wernecki, estão taxonomicamente confirmadas, e uma chave dicotômica ilustrada para a identificação dessas espécies, foi proposta. A presença de Rickettsia foi detectada em 45 (57%) e em 3 (3,8%) das 79 amostras de ácaros testadas para os genes gltA e ompA, respectivamente. A análise de distância das 17 seqüências obtidas para o gene gltA revelou similaridade da maioria das amostras com o Grupo da Febre Maculosa. A alta porcentagem de positividade encontrada para Rickettsia foi inesperada, uma vez que a taxa no vetor (carrapato) naturalmente infectado, é baixa. This fact suggest / Until meddle of last Century the Ornithonyssus Sambon genus (Acari: Macronyssidae) in Brazil was represented by 12 species, with 7 species from small wild land mammals, 1 species from bat, and 4 species from birds. Unfortunately in the 80\'s the Brazilian species of Ornithonyssus from rodents and marsupials were synonymyzed and reduced into four species only, O. bacoti (Hirst), O. matogrosso (Fonseca), O. pereirai (Fonseca), and O. wernecki (Fonseca). The present study joins information about their morphology from types and material deposited at the Coleção Acarológica do Instituto Butantan as well as from specimens recently collected on small wild land mammals. Molecular biology was conducted to clarify the taxonomic status of this genus in order to support the morphology studies. In addition, the presence of bacteria of the genus Rickettsia in the collected material was investigated. The morphologic characters were studied under optical and scanning electron microscopy. The DNA was extracted and the region of the mitochondrial gene 16SrDNA was sequenced for the molecular taxonomy, including specimens from North America and Peru. It was used the PCR technique for two genes, citrato sintase (gltA) and outer membrane protein A (ompA) in the rickettsial research, besides of the sequences from gltA gene to analyze the distance between them. The morphology and molecular studies suggest the absence of O. bacoti in Brazil, and the validity of the records from Latin America is uncertainness. From those synonymies, no one of them is valid, except for O. lutzi (Fonseca) that is in fact a synonym of O. monteiroi (Fonseca). The other six Brazilian species of Ornithonyssus, O. brasiliensis, O. matogrosso, O. monteiroi, O. pereirai, O. vitzthumi (Fonseca) and O. wernecki, are taxonomically confirmed, and a dichotomic key for these species is proposed. Among the 79 mite samples the rickettsial infection was detected in 45 (57%) and 3 (3.8%), to gltA and ompA genes, respectively. The distance between 17 analyzed sequences to gene gltA showed similarity to the Maculosa Fever Group for most of them. The high percentage of positiveness was not expected once the naturally infected vector rate (ticks) is low. This fact suggests new hypothesis about the enzootic cycle maintenance and rickettsial transmission.

A fauna de pequenos mamíferos e de carrapatos da Reserva Florestal do Morro Grande, Cotia, SP, foi investigada assim como microrganismos associados a eles. Coletas foram realizadas bimestralmente, e resultaram na captura de 158 pequenos mamíferos silvestres e cães, distribuídos em 126 roedores de 10 espécies, 26 marsupiais de 3 espécies, um tapiti, além de 6 cães domésticos inspecionados. Destes hospedeiros foram recolhidos 327 carrapatos de 9 espécies de 4 gêneros, e larvas de Amblyomma sp. Novos registros de hospedeiros foram acrescentados para as espécies I. aragaoi, I. loricatus, I. schulzei e de espécie morfologicamente semelhante a I. fuscipes. Simultaneamente, fizemos a pesquisa de exemplares em vida livre na vegetação por arraste e busca visual. Um total de 597 exemplares foram recolhidos e identificados, representando 9 espécies de 3 gêneros, além de larvas do gênero Amblyomma. Na sorologia por RIFI, com exceção dos cães domésticos que foram todos negativos, a soro reatividade apresentada para pequenos mamíferos silvestres sugere a circulação de cepas de Rickettsia naquela região. Dos 102 animais testados, 39 foram soro positivos e em 6 amostras nós sugerimos provável antígeno homólogo para R. bellii (3), R. rickettsii (2) e R. rhipicephali (1). Encontramos na quase totalidade dos espécimes adultos de I. aragaoi uma Rickettsia próxima à cepa endosiombionte de I. scapularis, e em uma fêmea de A. sculptum, sequências parciais do gene ompA foram similares a R. parkeri isoladas de A. triste no Brasil e na Argentina. Sequências geradas a partir de um fragmento do gene 18S rRNA de Hepatozoon sp. foram obtidas de amostras dos carrapatos I.c.f. fuscipes e I. schulzei, coletados sobre o roedor A. montensis. Outro hemoprotozoário encontrado foi um genótipo de Babesia sp. proveniente de pools de larvas e de ninfas de A. incisum, coletados em vida livre. Na investigação da presença de bactérias do gênero Coxiella, 14 amostras de diferentes espécies do gênero Amblyomma (A. aureolatum, A. brasiliense, A. incisum, A. naponense e A. sculptum) foram positivas, e as análises de homologia utilizando o marcador molecular 16S rDNA foram compatíveis com Coxiella endosimbiontes de carrapatos. / The fauna of small mammals and ticks of the reserved forest of Morro Grande (RFMG) was assessed and investigated, as well as associated infectious microorganisms. Sample collections were performed bimonthly, and resulted in 158 wild small mammals and dogs inspected, distributed in 126 rodents of 10 different species, 26 marsupials of 3 different species, a Tapiti, and also 6 domestic dogs. 327 ticks were collected from the mentioned hosts; these ticks were representatives of 9 species of 4 different genera, and Amblyomma sp. larvae. New hosts records were appended for 4 species of the genus Ixodes; I. aragaoi, I. loricatus, I. schulzei and a I. fuscipes simile species. Simultaneously, free roaming ticks were collected from the vegetation by dragging a flannel through the forest and visual search. A total of 597 ticks were collected and identified belonging to 9 species of 3 genera, as well as Amblyomma genus larvae. Serology arrays using RIFI technique were performed, and with exception of the domestic dogs that all were negative, the serum reactivity showed in the wild small mammals demonstrated the circulation of Rickettsia strains in the studied region. 39 animals of the 102 tested were positive and 6 samples had strong evidences of being homologous antigens for R. bellii (3), R. rickettsii (2), and R. rhipicephali (1). Molecular research of microorganisms in ticks showed that almost all the adult individuals of I. aragaoi were positive for a Rickettsia similar to an endosymbiont strain of I. scapularis, and in a female of A. sculptum partial sequences the gene of ompA were similar to R. parkeri isolated from A. triste in Brasil and Argentina. Sequences obtained from a fragment of the gene 18S rRNA of Hepatozoon sp. amplified from samples of the tick species I.c.f. fuscipes and I. schulzei, collected from a rodent A. montensis. Another Hemo-protozoon found was a genotype of Babesia sp. from pools of A. incisum larvae and nymphs, collected in the vegetation. For the bacteria of the genus Coxiella, 14 samples of different species of the genus Amblyomma (A. aureolatum, A. brasiliense, A. incisum, A. naponense and A. sculptum) were positive, and the similarity analyses using the 16S rDNA molecular marker were compatible with Coxiella endosymbiont of ticks.

Orientador: Wesley Rodrigues Silva / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T17:36:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Baumgarten_LeandroClaudio_D.pdf: 2505570 bytes, checksum: 605fa921efad6929c5d1ccf17fe35faa (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Aves de rapina são pouco estudadas no Brasil e existem poucas informações sobre os padrões de dinâmica populacional das espécies que ocorrem no país, assim como os fatores que os influenciam. Com o objetivo de caracterizar a dinâmica populacional de rapineiros e como ela é influenciada pela abundância de presas, foi realizado um acompanhamento de 36 meses das populações de aves de rapina e pequenos mamíferos no Parque Nacional das Emas (Mineiros-GO). Além disto, foram coletadas informações sobre os padrões de atividade das presas para caracterizar mais claramente sua disponibilidade para predadores. A amostragem das presas foi realizada em nove estações de captura, cada uma com 24 armadilhas "pitfall" e a abundância de rapineiros foi a avaliada por censo de carro. Foram realizadas 12 coletas de dados com intervalos de dois meses entre si. Não foi verificada variação de abundância em nenhuma das espécies de aves de rapina entre anos, ao longo do estudo, no entanto a maioria delas apresentou grandes flutuações sazonais. Os dados obtidos sugerem que estas variações foram causadas principalmente pela movimentação das aves para dentro e fora da reserva. Para os pequenos mamíferos não foi encontrada variação sazonal significativa, mas durante 2001 foi registrado um grande aumento na abundância das três espécies mais comuns. A espécie de roedor mais abundante, Bolomys lasiurus, apresentou dinâmicas diferenciadas entre algumas estações de captura. Apesar da considerável variação de abundância das presas não foi detectada uma resposta numérica das aves de rapina no PARNA das Emas ao longo dos três anos de estudo. A comparação deste estudo com outros disponíveis na literatura, sugere que amostragens feitas em áreas mais extensas teriam dificuldade em detectar respostas predatórias, porque não seriam capazes de discriminar pequenas concentrações locais das aves de rapina causadas por aumentos pontuais de disponibilidade de presas / Abstract: Birds of prey are poorly studied in Brazil, and there is few information on patterns of population dynamics of species occurring in the country, as well as factor influencing them. We sample bird of prey and small mammals populations for 36 months aiming to describe raptor population dynamics and how it is influenced by prey abundance in Emas National Park (Mineiros - GO). Furthermore, we collect data on prey daily activity patterns to evaluate their availability for predators. Prey monitoring was performed in nine trapping sites, each one with 24 pitfall traps, raptor sampling was evaluated using car census. We did 12 one-month fieldtrips with two months apart. We did not detected abundance variation among years for any raptor species, although most of them showed seasonal fluctuations. Data gathered suggests these population changes were caused mostly by movements to and from the reserve. We did not find any seasonal fluctuations of small mammals, but we record a major increase of abundance for three of the commonest species. The most abundant species, Bolomys lasiurus, showed different population dynamics among trapping sites. We did no detected numerical response of birds of prey in Emas National Park along this three-year sampling. We compare these data with other studies available, and we suggest that sampling performed in larger areas would hardly detect predatory responses, because it would not be able to discern small local concentrations of raptors caused by increase in prey availability / Doutorado / Ecologia / Doutor em Biologia

Studies on vertical stratification of small mammals in the Cerrado biome are scarce and, therefore, this study has the aim to check the community composition of small mammals in relation to the vertical stratum utilization in gallery forest and cerradão of south-western Brazil. The captures were carried out during the months of August/September, November/December 2006 and February/March, May/June 2007. The traps were set in three transaction lines with 10 capture stations each one. Each station had a trap on the ground, other in the understory (2.0 to 3.0 m in height) and another in the canopy (8 to 10 m) in each environment, totalling 60 stations.. With an effort of 3600 traps-night 11 species of small mammals were captured, which were distributed differentially regarding the environments and the utilization of the vertical strata. Species presented habitat high segregation on physiognomies, only Rhipidomys macrurus presented in two environments. As for use of vertical strato for the Correspondence analysis Caluromys philander was the only notable in the canopy, Cryptonanus agricolai, Marmosa murina and, Oecomys bicolor were in the understory, and Gracilinanus agilis and Nectomys rattus were only sampled on the ground. In relation the faunistic and environments parameters formed two groups, where C agricolai and G. Agilis were associated to cerradão, dry season and number of tree and C. philander, M. Murina, N. rattus and O. bicolor were associated to gallery forest, stratification, number of branch and lianas. The Cerrado biome presents distinct fauna of small mammals associated with the two main forest physiognomies in it: gallery forest and cerradão. The utilization of traps in different strata increased the species richness, showing that they are distributed in different vertical strata of the forest, utilizing the complexity of the environment which enables them to coexist. / Estudos sobre estratificação vertical por pequenos mamíferos no Cerrado são escassos. Este estudo objetivou verificar a composição da comunidade de pequenos mamíferos em relação à utilização do estrato vertical em áreas de floresta de galeria e cerradão no sudoeste do Brasil. As capturas foram realizadas durante os meses de agosto/setembro, novembro/dezembro de 2006 e fevereiro/março, maio/junho de 2007. As armadilhas foram dispostas em três transecções com 10 estações de captura cada, sendo que cada estação compreendeu uma armadilhas no solo, uma no subbosque (2,0 a 3,0 m de altura) e uma no dossel (8 a 10 m) em cada ambiente, totalizando 60 estações de capturas. Com um esforço de 3600 armadilhas-noite foram capturadas 11 espécies de pequenos mamíferos, que estiveram distribuídas diferencialmente em relação aos ambientes e à utilização do estrato vertical. As espécies apresentaram forte segregação de hábitat, onde apenas Rhipidomys macrurus esteve presente nos dois ambientes. Quanto ao uso do estrato vertical, pela análise de Correspondência, Caluromys philander foi a única espécie que se destacou no dossel, Cryptonanus agricolai, Marmosa murina, e Oecomys bicolor, e se destacaram no sub-bosque, e Gracilinanus agilis e Nectomys rattus se destacaram ao nível do solo. Em ralação aos parâmetros faunísticos e ambientais formaram-se dois grupos , onde C. agricolai e G. agilis estiveram associados ao cerradão, estação seca e número de árvores e C. philander, M. murina, N. rattus e O. bicolor estiveram associados a floresta de galeria, estratificação, número de ramos e número de lianas. O bioma Cerrado apresenta distintas faunas de pequenos mamíferos associadas às duas formações florestais: floresta de galeria e o cerradão. A utilização de armadilhas em diferentes estratos aumenta a riqueza de pequenos mamíferos, mostrando que as espécies estão distribuídas em diferentes camadas verticais da floresta, utilizando a complexidade do ambiente o que possibilita a coexistência de um número maior de espécies.

Human activities have being responsible for the global environmental changes, resulting in an increase number of incident of vector- and rodent-borne diseases worldwide. Rodents and arthropods-borne viruses are important globally emerging and re-emerging viruses and most of them are RNA viruses. Efficient and early diagnosis of these infections are very important to prevent their spread, to improve clinical management of the patients, as wells to protect livestock and domestic animals. Currently, available diagnostic methods such as immunoassays, polymerase chain reaction and virus isolation can detect only one or few viruses in a single assay. The DNA microarray platform has emerged as diagnostic tool suitable for high throughput screening of pathogenic agents. The aim of this study was to develop a DNA microarray platform (RoboArboVirusChip) for detecting rodent- and arthropod-borne viruses, which belong to seven families: Bunyaviridae (genera Orthobunyavirus, Nairovirus and Phlebovirus), Flaviviridae (genus Flavivirus), Togaviridae (genus Alphavirus), Reoviridae (genera Orbivirus, Seadornavirus and Coltvivirus), Rhabdoviridae (genera Vesiculovirus and Ephemerovirus), and Asfarviridae (genus Asfarvirus). Specific oligonucleotide probes of 60-mer (n=4209) targeting 412 virus species and generic probes of 25-35-mer (n=87) targeting viruses at the genus level were designed. A total of 17 reference viruses belonging to the Bunyaviridae, Flaviviridae, Rhabdoviridae and Togaviridae families were used to standardize RoboArboVirusChip. All reference viruses were specifically detected without any cross hybridization; however, the generic probes were not able to identify the viruses at the genus level. The RoboArboVirusChip was able to specifically identify four viruses contained in three different mixtures: i) virus of different families, ii) virus of the Flavivirus genus, and iii) the Dengue virus (DENV) serotypes. The four DENV serotypes were use to evaluate the sensitivity of the RoboArboVirusChip, which was able to detect a minimum of 25 RNA copies/mL of the viruses, confirming its high sensitivity. The applicability of the RoboArboVirusChip to detect viruses in clinical samples was tested with serum samples obtained from dengue suspected cases (four positive cases and 40 negative cases). DENV was detected in the four positive serum samples, while in the 40 negative serum samples, it was not detected any virus. The results obtained in this study suggest that the RoboArboVirusChip platform could be a useful tool for early diagnosis of robovirus and arbovirus infections during epidemic outbreaks, helping in the rapid implementation of disease containment strategies / As atividades humanas têm sido responsável por mudanças ambientais globais, resultando num aumento do número de casos de doenças transmitidas por vetores e roedores em todo o mundo. Os vírus transmitidos por roedores e artrópodes são vírus emergentes e re-emergentes de importância global, sendo que a maioria deles são vírus de RNA. O diagnóstico eficiente e precoce dessas infecções são muito importantes para evitar a sua propagação, para melhorar o manejo clínico dos pacientes e também, para proteger o gado e os animais domésticos. Atualmente, os métodos de diagnóstico disponíveis, tais como os imunoensaios, a reação em cadeia da polimerase e o isolamento viral podem detectar apenas um ou poucos vírus em um único ensaio. A plataforma de microarranjo de DNA tem surgido como uma ferramenta de diagnóstico apropriada para o monitoramento em larga escala de agentes patogênicos. O objetivo deste estudo foi desenvolver uma plataforma de microarranjo de DNA (RoboArboVirusChip) para a detecção de vírus transmitidos por roedores e artrópodes, os quais pertencem a sete famílias: Bunyaviridae (gêneros Orthobunyavirus, Nairovirus e Phlebovírus), Flaviviridae (gênero Flavivirus), Togaviridae (gênero Alphavirus), Reoviridae (gênero Orbivirus, Seadornavirus e Coltvivirus), Rhabdoviridae (géneros Vesiculovirus e Ephemerovirus), e Asfarviridae (gênero Asfarvirus). Sondas oligonucleotídicas de 60-mer (n=4209) específicas contra 412 espécies virais, e sondas genéricas de 25-35-mer (n=87) para detecção de vírus a nível do gênero foram desenhados. Um total de 17 vírus de referência, pertencentes às famílias Bunyaviridae, Flaviviridae, Rhabdoviridae e Togaviridae foram utilizados para padronizar o RoboArboVirusChip. Todos os vírus de referência foram detectados especificamente sem apresentação de hibridação cruzada, porem as sondas genéricas não foram capazes de detectar os vírus a nível do gênero. O RoboArboVirusChip foi capaz de identificar especificamente quatro vírus contidos em diferentes misturas: i) vírus de diferentes famílias, ii) vírus pertencentes ao gênero a Flavivirus, e iii) os sorotipos do vírus da dengue (DENV). Os quatro sorotipos do DENV foram utilizados para determinar a sensibilidade do RoboArboVirusChip, o qual foi capaz de detectar um mínimo de 25 copias de RNA/mL. A aplicabilidade do RoboArboVirusChip para detectar vírus em amostras clínicas foi avaliada testando amostras de soro de pacientes com suspeita de dengue (quatro casos positivos e 40 casos negativos). Os resultados obtidos neste estudo sugerem que o RoboArboVirusChip poderá ser uma ferramenta útil para o diagnóstico precoce da infecção causada por robovírus e arbovírus, auxiliando na rápida implementação de estratégias de contenção das doenças causadas por esses vírus

Orientador: Eleonore Zulnara Freire Setz / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T19:20:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sakane_KarinaKoibuchi_M.pdf: 3375558 bytes, checksum: b467da20c9db67f87557bc52b120d3bb (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A distribuição de espécies pode ser influenciada por diversos fatores. Pequenos mamíferos são bons modelos para estudos de distribuição e uso de espaço. São abundantes, de fácil captura, utilizam o espaço de diferentes formas e apresentam hábitos alimentares diversos. Realizamos o presente estudo na Reserva Biológica da Serra do Japi, Jundiaí-SP e tivemos como principais objetivos: (I) Investigar a riqueza de espécies presente na área e realizar um resumo da ecologia e história natural de cada espécie capturada (II) Analisar, ao longo de um gradiente altitudinal, a influência de diferentes fatores (temperatura, disponibilidade de alimentos, cobertura de solo, obstrução de dossel e obstrução vertical) na riqueza e abundância de espécies (III) Investigar a influência dos mesmos fatores citados anteriormente na composição de espécies. Na Reserva Biológica da Serra do Japi foram capturadas 11 espécies: Akodon sp., Oligoryzomys nigripes, Brucepattersonius sp., Delomys sublineatus, Thaptomys nigrita, Juliomys pictipes, Blarinomys breviceps, Didelphis aurita, Monodelphis scalops, Gracilinanus microtarsus e Monodelphis sp.n. A Reserva apresenta espécies que atuam como bons indicadores de qualidade ambiental e espécies endêmicas da Mata Atlântica, reforçando a sua importância na conservação. A riqueza foi significativamente maior na altitude intermediária. A única variável que apresentou influência significativa na riqueza, abundância e composição de espécies foi a cobertura por galhos caídos e arbustos de até 1 m (cobertura do solo). A maior porcentagem de cobertura do solo aumenta número de abrigos disponíveis, permitindo maior diferenciação de nicho e coexistência de diferentes espécies. Galhos caídos e arbustos ainda podem estar relacionados à redução de efeitos da competição e da predação / Abstract: Many factors can influence the distribution of species. Small mammals are good models for studies of distribution and use of space. They are abundant, easy to capture, use space differently and have different types of diets. This study was conducted in the Biological Reserve of Serra do Japi, Jundiaí-SP and had as aims: (I) Investigate the richness and get a summary of the ecology and natural history of each species of Reserve (II) research the influence of different factors (temperature, food availability, ground cover, canopy and vertical obstruction) in richness and abundance of species along a altitudinal gradient (III) Investigate the influence of the same factors mentioned before in the composition of small mammals. We found 11 species: Akodon sp., Oligoryzomys nigripes, Brucepattersonius sp., Delomys sublineatus, Thaptomys nigrita, Juliomys pictipes, Blarinomys breviceps, Didelphis aurita, Monodelphis scalops, Gracilinanus microtarsus and Monodelphis sp.n. The Biological Reserve of Serra do Japi has species that act as good indicators of environmental quality and also has endemic species of the Atlantic Forest. The richness was significantly higher the intermediate altitude. The only variable that showed significant influence on richness, abundance and species composition was fallen twigs and branches up to 1 m (ground cover). The highest percentage of ground cover increases the available resources, allowing niche differentiation and coexistence of different species. Fallen twigs and branches can also be related to decrease the effects of competition and predation / Mestrado / Ecologia / Mestra em Ecologia

Este trabalho teve como objetivo investigar a recuperação da fauna durante a sucessão florestal, através de duas abordagens distintas. No primeiro capítulo, visando a identificação das lacunas e oportunidades para o avanço do tema, realizamos uma revisão de artigos sobre sucessão em comunidades animais em florestas neotropicais analisados criticamente quanto: (1) às regiões e grupos estudados, (2) à qualidade dos trabalhos com relação a adequação do delineamento amostral, (3) aos padrões observados (diversidade, biomassa e estrutura), e (4) à base teórica utilizada. Foram encontrados e analisados 33 trabalhos, os quais focaram em poucos grupos da fauna, principalmente aves, mamíferos e formigas. No geral, a maioria dos trabalhos é descritiva, não explicitando expectativas sobre os padrões e mecanismos responsáveis pela recuperação da fauna, não apresenta delineamento amostral adequado, principalmente no que se refere à justificativa da alocação dos sítios de amostragem com relação a fatores de confusão, e quantifica de maneira categórica, e muitas vezes imprecisa e arbitrária, a sucessão. As lacunas identificadas nesta revisão apontam a limitação do conhecimento atual sobre os padrões e mecanismos associados à sucessão em comunidades animais em florestas neotropicais, o que conseqüentemente implica na falta de informações que embasem a elaboração de planos de manejo e restauração destas florestas. Já o segundo capítulo refere-se à investigação empírica da recuperação da comunidade de pequenos mamíferos entre estádios sucessionais em uma área contínua de Mata Atlântica. Verificamos a congruência das modificações observadas na riqueza, composição e estrutura da comunidade estudada com as expectativas geradas pelos dois principais mecanismos propostos na literatura: (1) substituição de espécies causada por demandas conflitantes (trade-offs), associada ao gradiente de produtividade primária líquida e disponibilidade de recursos durante a sucessão, ou (2) aumento de diversidade causado pela possibilidade de partição de nicho, associado ao aumento da biomassa e da complexidade da vegetação, e da diversidade de recursos durante este processo. Embora a riqueza, estrutura e composição da comunidade não tenham sido influenciadas pela sucessão, houve uma mudança na abundância de parte das espécies da comunidade, com algumas aumentando e outras diminuindo das matas mais jovens para as mais tardias. Nossos resultados indicam que a hipótese de demandas conflitantes é mais plausível para explicar a recuperação da fauna de pequenos mamíferos durante a sucessão florestal / This study aims at investigating fauna recovery during forest succession using two distinct approaches. In the first chapter, in order to identify the gaps and opportunities for advancing our understanding of this subject, we carried out a review of articles on succession in animal communities in neotropical forests, which were critically analyzed in relation to: (1) the study regions and study groups, (2) the quality with respect to the adequacy of the sampling design, (3) the observed patterns (diversity, biomass and structure), and (4) the theoretical basis. We found and analyzed 33 studies, which focused on a few wildlife groups, especially birds, mammals, and ants. In general, most studies are descriptive, with no explicit expectations about the patterns and mechanisms responsible for wildlife recovery, lack adequate sampling design, especially concerning the justification for the allocation of sampling sites with respect to confounding factors, and quantify succession into categories, which are often imprecise and arbitrary. The gaps identified in this review indicate the limitation of our current knowledge on the patterns and mechanisms associated with succession in animal communities in neotropical forests, which consequently implies in the lack of information for developing management and restoration plans for these forests. The second chapter refers to an empirical investigation on the recovery of small mammal communities across successional stages in a continuous area of Atlantic Forest. We verified the congruence of the observed changes in community richness, composition and structure with the expectations generated by the two main mechanisms proposed in the literature: (1) species replacement caused by trade-offs, associated with the gradient in net primary productivity and resource availability during succession, or (2) increase in diversity caused by the possibility of niche partitioning, associated with increased vegetation biomass and complexity, and increased resource diversity during this process. Although community richness, structure and composition were not influenced by succession, there was a change in the abundance of some species, with some increasing and others decreasing from younger to older forests. Our results indicate that the hypothesis on trade-offs is more plausible to explain the recovery of small mammal communities during forest succession