Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-06T17:16:31Z No. of bitstreams: 1 LUCAS VIERA DE SOUZA - DISSERTAÇÃO PPGCC 2012..pdf: 7997009 bytes, checksum: e5aaa6bb999df33f4638781b37b9dde5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-06T17:16:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LUCAS VIERA DE SOUZA - DISSERTAÇÃO PPGCC 2012..pdf: 7997009 bytes, checksum: e5aaa6bb999df33f4638781b37b9dde5 (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Capes / O avanço dos recursos computacionais dos aparelhos portáteis e a convergência de novas funcionalidades nestes dispositivos, tem criado novas oportunidades para o universo da computação pervasiva. Esses novos atributos, aliados a facilidade de conectividade entre eles e a disponibilização de serviços móveis, tem motivado o compartilhamento e a bilhetagem de recursos entre os usuários desses dispositivos. São exemplos de serviços: o compartilhamento de conteúdo multimídia, o controle de equipamentos eletrônicos e eletrodomésticos, o acesso à Internet, entre outros. Os aplicativos móveis que oferecem a bilhetagem de recursos, em sua maioria, apresentam apenas formas de cobrança online, com necessidade de uma conexão com a internet para a validação das transações. ne, com a necessidade de uma conexão com a Internet para a validação das transações. Outras aplicações apresentam uma forma de cobrança offline, porém são soluções que necessitam de um hardware específico para o seu funcionamento, o que inviabiliza a adoção de diversos dispositivos já presentes no mercado. Tendo em vista esses aspectos, neste trabalho é apresentada uma infraestrutura para o desenvolvimento de aplicações com suporte a bilhetagem em modo offline e sem a necessidade de um hardware específico para seu funcionamento. A validação do trabalho foi realizada a partir da implementação de um estudo de caso de um serviço de envio de mensagens SMS, que encaminha mensagens texto para dispositivos celulares a partir da transferência de arquivos, demonstrando o suporte oferecido pela infraestrutura para o desenvolvimento de aplicações móveis que oferecem bilhetagem de recursos. / The improvement of computational resources of mobile devices and the convergence of new features in these devices has created new opportunities for the world of pervasive computing. These new attributes, combined with ease of connectivity between them and the provision of mobile services has motivated the sharing of resources and billing between the users of these devices. Examples of services: the sharing of multimedia content, the electronics control and appliances, Internet access, others. Mobile applications that offer resource billing, most of them, have only online charging, with the need of an Internet connection to validate transactions. Other applications presents offline charging, but they are solutions that require specific hardware for its operation, which prevents the adoption of devices already on the market. Considering these aspects, this work presents an infrastructure for developing applications that supports service billing, which offers a new way of charging. The infrastructure allows billing in offline mode without the need for specific hardware to function. The work validation was performed by implementing a case study of a service for sending SMS messages, which sends text messages to mobile phones through file transfer, showing the support offered by the infrastructure for the development of mobile applications that provide the service billing.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-07-30T15:07:27Z No. of bitstreams: 1 OLYMPIO CIPRIANO DA SILVA FILHO - DISSERTAÇÃO PPGEE 2007..pdf: 1354330 bytes, checksum: 4271b1c8fe8556d562518fb586e85376 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-30T15:07:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OLYMPIO CIPRIANO DA SILVA FILHO - DISSERTAÇÃO PPGEE 2007..pdf: 1354330 bytes, checksum: 4271b1c8fe8556d562518fb586e85376 (MD5) Previous issue date: 2007-12-14 / Com o desenvolvimento tecnológico a computação está cada vez mais integrada ao cotidiano das pessoas. Esta integração faz parte de um novo paradigma da computação: o da Computação Pervasiva. Neste paradigma, a computação está sempre a disposição do usuário, em qualquer lugar, a qualquer momento, através de ambientes repletos de dispositivos computacionais embutidos em uma grande variedade de objetos do dia-a-dia das pessoas como, automóveis, telefones, etc. Nestes ambientes, os dispositivos interagem entre si através de serviços devendo ser capazes lidar com a grande variedade de protocolos de descoberta de serviços disponíveis. Ainda,essas interações entre os dispositivos podem ocorrer em ambientes sem infra-estrutura de redes de computadores e entre dispositivos que podem agir desonestamente. Neste trabalho, é desenvolvido um modelo para avaliar a confiança nos serviços nos ambientes pervasivos a partir de experiências e recomendações. Este modelo é implementado por um Gerenciador de Informação de Confiança o qual disponibiliza um mecanismo de tomada de decisão para realizar a seleção de clientes e provedores de serviço. Ainda, o Gerenciador de Informação de Confiança é integrado a um middleware para computação pervasiva, o Wings, possibilitando a descoberta de serviços confiáveis. Foram utilizadas simulações e uma aplicação de teste para avaliar o Gerenciador de Informação de Confiança e sua integração ao middleware Wings. A partir dos resultados obtidos observou-se que a solução apresentada se mostrou satisfatória para a utilização em ambientes pervasivos. / The development of technology is integrating computing to people every day life. This integration belongs to a new computing paradigm: the pervasive computing. In this paradigm, the computation is always available, in every place at any time, through environments crowd of computing devices embedded in a great variety of objects like cars,cell phones, etc. In these environments, devices interact through services and should be able to deal with different service announcement solutions available. These interactions can occur without computing network infrastructure andamong malicious devices. In this work, it is developed a model to evaluate service trust in pervasive environments from experiences and recommendations. This model is implemented by a Trust Information Manager that provides a mechanism to make trust based decision. This Trust Information Manager is integrated to a pervasive computing middle ware,called Wings, enabling trusted service discover. Simulations and a test application were used to evaluate theTrust Information Manager and its integration with the Wings middleware. From the results it could be seen that the presented solution is efficient and can be widely used in pervasive computing environments.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-27T17:25:48Z No. of bitstreams: 1 FREDERICO MOREIRA BUBLITZ - DISSERTAÇÃO PPGCC 2007..pdf: 904934 bytes, checksum: 8d563223d93f55292a39ac820e5c565d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-27T17:25:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FREDERICO MOREIRA BUBLITZ - DISSERTAÇÃO PPGCC 2007..pdf: 904934 bytes, checksum: 8d563223d93f55292a39ac820e5c565d (MD5) Previous issue date: 2007-07-20 / O desenvolvimento tecnológico tem proporcionado que os computadores se tornem cada vez mais compactos e mais poderosos, levando a computação a um novo paradigma: o de Computação Pervasiva. Neste paradigma, os computadores estão embutidos em objetos comuns ao cotidiano das pessoas (e.g.,roupas, telefones, automóveis, canetas, óculos e eletrodomésticos em geral), permitindo-os estar acessíveis em qualquer lugar e a qualquer momento, integrando-se à vida das pessoas, agindo em benefício delas. Tornar estes dispositivos integrados aos seres humanos, requer que as aplicações se adaptem em tempo de execução às alterações no ambiente e às necessidades dos usuários. Isto exige que o desenvolvedor de aplicações voltadas a ambientes pervasivos lide com questões que fogem à lógica de negócio de sua aplicação, principalmente no que diz respeito à obtenção de contexto,que é fundamental para obtenção desta adaptabilidade desejada. Neste trabalho, aborda-se a problemática supra mencionada, propondo-se uma infraestrutura capaz de fornecer mecanismos para a obtenção, representação e inferência sobre a informação contextual, tornando-as disponíveis a qualquer aplicação que possa fazer uso delas. Mais especificamente, esta infra-estrutura denominada Lotus, contempla em uma abordagem integrada todos os aspectos relacionados com a provisão de informação contextual. A viabilidade da infra-estrutura foi demonstrada por meio do desenvolvimento de duas aplicações, uma no domínio de comunidades virtuais móveis e outra no domínio de ambientes pervasivos, onde foi possível constatar que a Lotus torna a informação contextual disponível para as aplicações, permitindo que o desenvolvedor foque na lógica de negócio da aplicação. / Enabling applications to use any contextual information available in pervasive environment is a hard task from the perspective of the developers. In this work is described an approach to make that an easier task: The Lotus, which consists of an infra-structure for developing context-aware applications, providing mechanisms for acquiring, modeling, and delivering contextual information, enabling it to be shared by different applications. The feasibility of this infra-structure was established through development of a case study where was possible verify that Lotus made the contextual information available to the applications, enabling the developer to focuses on application business logic

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-20T19:51:20Z No. of bitstreams: 1 WALTER ONOFRE GUERRA FILHO - DISSERTAÇÃO PPGEE 2010..pdf: 1442017 bytes, checksum: 2700ceda08ac216bfed7a2ae43c575bc (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-20T19:51:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 WALTER ONOFRE GUERRA FILHO - DISSERTAÇÃO PPGEE 2010..pdf: 1442017 bytes, checksum: 2700ceda08ac216bfed7a2ae43c575bc (MD5) Previous issue date: 2010-03-17 / Atualmente, estima-se que até 72% das mortes ocorridas por causas naturais sejam causadas por doenças crônicas. Estas doenças têm evolução lenta e contínua, e seu tratamento pode durar muitos anos. Em geral, este longo tratamento exige um acompanhamento constante do paciente para ser eficaz. O problema é que o custo deste tipo de tratamento é muito alto. A forma atualmente mais aceita para tentar reduzir estes custos é alterar o paradigma de tratamento atual. Hoje, o paciente é visto como um receptor passivo do tratamento, enquanto neste novo modelo, ele é visto como um importante agente no cuidado de sua própria saúde. Este novo modelo é denominada autogerenciamento. Para que haja o autogerenciamento, o paciente deve usar os sensores recomendados pelos médicos e um dispositivo móvel para capturar estes dados e mostrá-los ao paciente, bem como os enviar ao centro médico. Este trabalho propõe uma infraestrutura baseada em componentes para facilitar a comunicação entre os sensores e as aplicações de nível de usuário do dispositivo móvel. / Nowadays, there are estimates that 72% of all deaths are because of chronic diseases. These diseases have a slow and continuos progression, and it’s treatment can take years. In most cases, the treatment requires a constant monitoring of the patient to be effective. The problem is that the costs of this kind of treatment are very high. The most accepted way to reduce theses costs is to change the care taking paradigm. Now, patient is seen as a passive receptor of the treatment, while in the new paradigm, he is seen as an important agent for he’s own healh. This new paradigm is called self-care. To implement this self-care paradigm, the patient must use the recommended sensors and a mobile device. This mobile device retrives the sensor’s information and show them to the patient, at the same time that sends it to the medical center. In this dissertation, a component-based infrastructure is proposed to make the communication between the sensors and the user-level applications on the mobile device easier.

Made available in DSpace on 2018-06-27T18:56:27Z (GMT). No. of bitstreams: 3 Jonas Bulegon Gassen.pdf: 799149 bytes, checksum: 2d5d71d3a957faa5f82feebbf14e88fc (MD5) Jonas Bulegon Gassen.pdf.txt: 183193 bytes, checksum: ac769c0da06ca7ce3b8154b94c90eaf6 (MD5) Jonas Bulegon Gassen.pdf.jpg: 3509 bytes, checksum: dfc698f4611f3e08f6acfc0f11a92b31 (MD5) Previous issue date: 2010-03-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / For a hospital environment can be called as "pervasive", it requires that all the entities that are present in this context (like people and equipment) are sinchronized to perform the daily common tasks. Inside these environments, the computational devices should be considered tools to access information and, therefore, they shouldn't be the focus of attention of the professional. Thus, they should be used naturally. For the system to behave in such a way, it is necessary that it adapts itself to the users contexts. One of the most indicated ways to represent these contexts is through ontologies, due to the great expressivity that they allow. However, environments such as proposed require an extremely dynamic system to represent the context in a coherent manner with the changes in this environment, because their professionals encounter a frequent changing of shifts and tasks in which they work with diferent patients and information from diferent sources. To this end, this dissertation proposes an architecture for a hospital pervasive that seeks to provide all the features mentioned above. / Para que um ambiente hospitalar possa vir a tornar-se pervasivo, necessita-se que as entidades presentes neste contexto (como pessoas e equipamentos) estejam em perfeita sincronia para a realização das tarefas comuns do dia-a-dia. Dentro destes ambientes, os dispositivos computacionais devem ser considerados ferramentas para o acesso à informação e, portanto, não devem ser foco de atenção dos profissionais. Desta forma, os mesmos devem ser utilizados de forma natural. Para que o sistema possa se comportar de tal forma, é necessário que o mesmo se adapte ao contexto dos usuários. Uma das maneiras mais indicadas para efetuar a representação destes contextos é através de ontologias, devido a grande expressividade que estas permitem. Entretanto, ambientes como o proposto necessitam de um sistema extremamente dinâmico para representar o contexto de forma coerente com as modificações ocorridas neste ambiente, pois seus profissionais contam com uma freqüente modificação de turnos e tarefas, onde os mesmos trabalham com diferentes pacientes e informações provenientes de diferentes fontes. Para tal, esta dissertação propõe uma arquitetura para um ambiente hospitalar pervasivo que busca prover todas as funcionalidades acima citadas.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Every year the queues in hospitals publics and privates grows due to, among others, the increasing of the world population and the delay in the patients service. This is a serious problem faced by administrators of hospitals which believe that it is increasingly difficult to offer services of quality to those who search for them. One of the ways to decrease these queues is through the development of homecare systems that allow the patient to receive the clinic treatment directly in his house. The development of these kind of systems would help to decrease the queues and consequently, would improve the attendance of those who goes to the hospitals looking for assistance. Considering this, this work has as main purpose to present the modelling of an architecture of a pervasive system to be applied in homecare environments. The pervasive systems developed from this modelling aim to improve the services provided by healthcare professionals in the treatment of patients that are located in their houses. The architecture proposed by the methodology uses concepts of pervasive computing to provide access to information anytime and wherever the user is, once that a homecare environment has a high level of dynamicity of the envolved. The knowledge representation of the homecare environment needed in the modelling of the architecture is made through ontologies due to the possibility of reuse of the information stored, as well as the interoperability of information among different computational devices. To validate the proposed methodology, we present two use cases, which are also used to demonstrate the workflow of the pervasive system of homecare. / A cada ano que passa as filas de hospitais públicos e privados crescem devido, entre outros fatores, ao aumento da população mundial e a demora no atendimento de pacientes. Este é um problema sério enfrentado por administradores de hospitais os quais acreditam ser cada vez mais difícil oferecer um serviço de qualidade a quem os procura. Uma das formas de diminuir estas filas é através do desenvolvimento de sistemas de homecare que possibilitam que o paciente receba um tratamento clínico diretamente em sua casa. O desenvolvimento de sistemas deste tipo ajudaria a diminuir as filas e, consequentemente, iria melhorar o atendimento daqueles que forem até os hospitais a procura de auxílio. Considerando isto, este trabalho tem como objetivo principal apresentar uma modelagem para uma arquitetura de um sistema pervasivo para ser aplicado em ambientes de homecare. Os sistemas pervasivos desenvolvidos a partir desta modelagem visam o aprimoramento dos serviços prestados por profissionais da saúde no tratamento de pacientes que encontram-se em suas casas. A metodologia proposta apresenta uma arquitetura que utiliza conceitos de computação pervasiva possibilitando acesso à informação a qualquer hora e independente do lugar onde estejam, uma vez que um ambiente homacare possui um alto grau de dinamicidade dos envolvidos. A representação do conhecimento existente no ambiente homecare necessária para a modelagem da arquitetura é feita através de ontologias devido possibilidadde de reuso das informações ali armazenadas, bem como a interoperabilidade de informações entre diferentes dispositivos computacionais. Para validação da metodologia proposta, são apresentados dois casos de estudos, os quais também são utilizados para demonstração do fluxo de funcionamento do sistema pervasivo de homecare.

Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-09-28T13:43:00Z No. of bitstreams: 1 ANTÔNIO DIAS DOS SANTOS JÚNIOR - DISSERTAÇÃO PPGCC 2013..pdf: 8158081 bytes, checksum: 790c106478af0576230e745f36a8b2d2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-28T13:43:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANTÔNIO DIAS DOS SANTOS JÚNIOR - DISSERTAÇÃO PPGCC 2013..pdf: 8158081 bytes, checksum: 790c106478af0576230e745f36a8b2d2 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / Capes / Os avanços alcançados na área de tecnologia da informação e comunicação trouxeram a possibilidade de realizar em casa o monitoramento da saúde, o que antes só podia ser feito em locais especializados, como clínicas e hospitais. O monitoramento realizado no conforto da casa dos indivíduos permite prover serviços para um maior número de pessoas, otimizando o uso de recursos humanos e financeiros. Porém, este sistema de monitoramento enfrenta problemas, sendo o principal deles a dificuldade de uso e a falta de motivação dos usuários. Embora já exista a possibilidade e viabilidade em usar sensores para monitoramento, essa é uma atividade que ainda não está integrada ao cotidiano das pessoas. Para resolver o problema de falta de motivação nos usuários, jogos eletrônicos vêm sendo fortemente utilizados como ferramenta motivadora. Entretanto, os jogos que tentam motivar o jogador a exercitar-se ou a ser monitorado geralmente requerem que o jogador habitue-se com um estilo de jogo que não é parte de seu cotidiano. As ações realizadas dentro do jogo não são parte de seus jogos preferidos. Neste trabalho apresenta-se um arcabouço de software para monitorar dados de saúde através de jogos eletrônicos. Sua forma de captura de dados permite criar jogos para monitoramento ainda mantendo a jogabilidade. A validação do arcabouço se deu com o desenvolvimento de dois jogos, os quais foram testados com 18 pessoas na faixa de idade de 19 a 27 anos do Laboratório Embedded, da Universidade Federal de Campina Grande, e do Instituto Federal de Alagoas. Os resultados indicaram que os jogos foram considerados divertidos pela maioria das pessoas, que também declararam que os incluiriam em sua rotina diária. Além disso, foi possível coletar os dados de saúde de maneira a utilizá-los para a detecção de doenças motoras. / Health monitoring, which could only be done in specialized places, such as clinics and hospitais, can now be performed at home thanks to the advances in Information and Communication Technologies. Monitoring health data in the comfort of one's homes allows the provision of services to a greater number of people, optimizing human and financial resources. However, this system faces problems such as difficulty of use and lack of motivation in users. Although it is feasible to use sensors to monitor people, this is still something not easy to integrate to their daily lives. To tackle the lack of motivation among people who need to be monitored, electronic games have been extensively used as a motivational tool. However, games that intend to motivate the player to exercise or to be monitored usually have a different gameplay than what the player would enjoy. This work presents a software framework to monitor health data through electronic games, allowing it to be acquired while keeping the playability. The framework was used for the development of two games, tested by 18 people with ages ranging from 19 to 27, from the Embedded Laboratory at the Federal University of Campina Grande, and Federal Institute of Alagoas. Results showed that most people found the games to be funny, and also stated that they would include the games in their daily routine. Also, it was possible to collect health data to be used in the detection of motor diseases.

A caracterização em larga escala do transcritoma de diferentes organismos revelou um cenário complexo da expressão gênica, levando a identificação de inúmeros transcritos produzidos ao longo dos genomas de eucariotos e procariotos. Esse fenômeno recebeu o nome de transcrição pervasiva e tem sido fonte de estudos na busca de novos RNAs com importâncias regulatórias e também transcritos envolvidos na tradução de proteínas ainda não caracterizadas. A abundância de dados de transcritômica e proteômica, além de informações completas a respeito do genoma, fazem do extremófilo halofílico Halobacterium salinarum, um organismo modelo ideal para os estudos da transcrição pervasiva. Esse micro-organismo pertence ao grupo Archaea, o último dos três domínios da vida a ser descrito e com características compartilhadas entre bactérias e eucariotos. Através do uso da técnica de differential RNA-seq (dRNA-seq), a qual permite a distinção entre transcritos primários e processados, identificamos 179 TSSaRNAs em H. salinarum, esses pequenos RNAs estão associados ao início de transcrição e ainda não haviam sido descritos em archaea. A aplicação do dRNA-seq em amostras de RNA extraídas ao longo da curva de crescimento permitiu a identificação de 4540 TSS no genoma de H. salinarum NRC-1. Parte desses inícios de transcrição está localizada upstream a genes conhecidos, permitindo a identificação de inícios de transcrição em 1545 genes. 59,2% desses inícios de transcrição estão localizados até 10 pb. de distância do códon de início de tradução, confirmando a ausência de regiões UTRs em grande parte dos genes. A análise de expressão, em diferentes condições, das regiões relacionadas a inícios de transcrição antisense a genes revelou que a maioria dessas regiões apresenta um perfil de expressão correlacionado com os genes na fita oposta, indicando um possível papel regulatório desses transcritos. De forma similar, a análise da expressão de inícios de transcrição intergênicos permitiu a identificação de 132 regiões diferencialmente expressas e que não estão relacionadas a nenhum outro elemento no genoma de H. salinarum NRC-1. A análise comparativa com dados de proteômica revela que algumas dessas regiões podem estar envolvidas com a produção de pequenas proteínas. Além disso, a identificação de 1365 inícios de transcrição internos a genes sugere que a produção de transcritos intragênicos (intraRNAs) seja um fenômeno amplamente distribuído no genoma desse halófilo. Experimentos de Northern blot confirmaram a produção de um transcrito correspondente a porção final do gene VNG_RS05220, e experimentos de Western blot revelaram que a tradução desses intraRNAs é responsável pela produção de pequenas proteínas correspondentes a domínios proteicos individuais, com importante papel funcional em condições específicas de crescimento. A análise de inícios de transcrição upstream a regiões codificantes de domínios similares em bactérias e outras archaea sugere que a produção de intraRNAs codificantes é um fenômeno amplamente distribuído em procariotos e pode ser responsável pelo aumento da diversidade do proteoma através da geração de isoformas de proteínas a partir de um único gene. Por fim, a análise de dados de RNA-seq, em conjunto com a busca por assinaturas conhecidas de término de transcrição em archaea, permitiu a identificação da posição final de 58 genes. Os dados obtidos a partir dos experimentos e análises realizados ajudam a traçar um panorama mais completo do transcritoma de H. salinarum NRC-1 e revelam a presença de novos transcritos que podem ser amplamente distribuídos em procariotos e apresentar importantes papéis funcionais. / The large-scale transcriptome characterization of different organisms revealed a highly complex scenario of gene expression, leading to the identification of numerous transcripts in the genomes of eukaryotes and prokaryotes. This phenomenon has been named pervasive transcription and has been an important source for the search of new RNAs with regulatory functions or involved in the translation of unknown proteins. The abundance of transcriptomic and proteomic data, as well as complete information regarding the genome, allowed the halophilic extremophile Halobacterium salinarum to be an ideal model organism for studies of pervasive transcription. This microorganism belongs to the Archaea group, the last one of the three domains of life to be described, which presents shared characteristics with bacteria and eukaryotes. The use of differential RNA-seq (dRNA-seq) approach, which allows the distinction between primary and processed transcripts, allowed the identification of 179 TSSaRNAs, small RNAs associated with the transcription initiation in H. salinarum. The application of dRNA-seq in RNA samples collected along the growth curve allowed the identification of 4540 transcription start sites (TSS) in H. salinarum NRC-1. Some of these transcription initiation are located upstream to known genes, enabling the identification of TSSs for 1545 genes. 59.2% of these positions are located up to 10 bp away from the translation initiation codon, confirming that most of genes are leaderless. The expression analysis of regions related to antisense TSS under different conditions revealed that most of these regions have a correlated expression profile with genes in the opposite strand, indicating a possible regulatory role. Similarly, analysis of the expression of intergenic TSS allowed the identification of 132 differentially expressed regions that are not related to any other element in H. salinarum NRC-1 genome. Integration with proteomic data reveals that some of these regions may be involved in the production of small proteins. The identification of 1365 TSS located within genes suggests that the production of intragenic RNAs (intraRNAs) is a widely distributed phenomenon in H. salinarum NRC-1 genome. Northern blot experiments confirmed the production of a transcript corresponding to the final portion of VNG_RS05220 gene and Western blot experiments also revealed that the translation of intraRNAs is responsible for producing small proteins corresponding to individual protein domains with important functional role in specific growth conditions. Analysis of TSS upstream to the coding regions of similar protein domains in bacteria and other archaea suggests that the production of coding intraRNAs is a widely distributed phenomenon in prokaryotes and may be responsible for the increased proteome diversity through the generation of protein isoforms from a unique gene. Finally, the RNA-seq data analysis, combined with a search for known signatures for transcription termination in archaea, allowed the identification of the final position of 58 genes. The present work help to give a more complete picture of H. salinarum transcriptional landscape and reveals the presence of new transcripts that can be widely distributed in prokaryotes, with important functional roles.

Made available in DSpace on 2016-03-22T17:26:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_II_Rodrigo Souza.pdf: 2679627 bytes, checksum: fb1826c3492ebc18a13d94730a1f75ac (MD5) Previous issue date: 2009-08-31 / Pervasive Computing is a new paradigm that states that the computational environment must be available to the user at any time and location. In this scenario, the applications are widely distributed, mobile and hosted on inherently open and dynamic environments. Moreover, the systems must have mechanisms that enhance the cooperation among users as well as among applications. These features strengthen the challenges related to the execution infrastructure for distributed systems and add new aspects that need to be considered. Existing coordination models employed in distributed systems are limited considering the demands of modern computing environments, specially regarding scalability, mobility and disconnection. This work presents the EXEHDA-TS, which is a distributed mechanism for coordinating applications in the Pervasive Computing with dynamic control of scalability and communication costs. The proposed software architecture allows a proactive coordination and information exchange among components of distributed applications, promoting scalability in a mobile environment. The EXEHDA-TS was modeled as a service and implemented as a prototype running on the pervasive environment managed by the middleware EXEHDA. The prototype was evaluated through case studies of the medical field, considering the challenges inherent to the project PERTMED, and it accomplished the requirements of the focused scenarios / A Computação Pervasiva ´e um novo paradigma que afirma que o ambiente computacional deve estar dispon´ıvel para o usu´ario, a qualquer momento e local. Nesse cen´ario, as aplicac¸ oes s ao amplamente distribu´ıdas, m´oveis e hospedadas em ambientes inerentemente abertos e din amicos. Al´em disso, os sistemas devem ter mecanismos que promovam a cooperac¸ ao entre os usu´arios, bem como entre as aplicac¸ oes. Essas caracter´ısticas reforc¸am os desafios relacionados `as infraestruturas de execuc¸ ao para sistemas distribu´ıdos e acrescentam novos aspectos que precisam ser considerados. Modelos de coordenac¸ ao existentes empregados em sistemas distribu´ıdos possuem limitac¸ oes considerando as demandas dos ambientes computacionais modernos, especialmente em relac¸ ao `a escalabilidade, `a mobilidade e `a desconex ao. Este trabalho apresenta o EXEHDA-TS, que ´e um mecanismo distribu´ıdo para a coordenac¸ ao de aplicac¸ oes na Computac¸ ao Pervasiva com controle din amico da escalabilidade e dos custos de comunicac¸ ao. A arquitetura de software proposta permite uma coordenac¸ ao e troca de informac¸ oes proativa entre os componentes das aplicac¸ oes distribu´ıdas, promovendo a escalabilidade em um ambiente m´ovel. O EXEHDA-TS foi modelado como um servic¸o e um prot´otipo foi implementado para ser executado no ambiente gerenciado pelo middleware EXEHDA. O prot´otipo foi avaliado atrav´es de estudos de caso da ´area m´edica, considerando os desafios inerentes ao projeto PERTMED, e atendeu `as exig encias dos cen´arios focados

Os avanços tecnológicos das últimas décadas têm motivado o desenvolvimento dos edifícios inteligentes, visando à criação de ambientes mais confortáveis e seguros para os ocupantes, economicamente vantajosos para os proprietários e ambientalmente corretos. Considerando-se que nestes ambientes emergem novas formas de interação entre os usuários e os sistemas prediais, as quais não são adequadamente tratadas por técnicas convencionais de modelagem, torna-se necessário o estudo de novas soluções que abordem essas interações. Assim, este trabalho apresenta a proposta de uma abordagem sistemática para modelar e simular os sistemas de controle de edifícios inteligentes. Considera-se o sistema de controle como um sistema orientado por eventos discretos, no qual a comunicação entre os dispositivos que o constituem é realizada por meio da troca assíncrona de mensagens. Nesta abordagem, é utilizada a rede de Petri colorida para especificar as funcionalidades do edifício inteligente e a interação entre os dispositivos que constituem o seu sistema de controle. Assim, fornece-se um procedimento estruturado para desenvolver modelos que facilita a especificação do algoritmo de controle dos subsistemas do edifício inteligente. Para avaliar as principais características do procedimento proposto, foi apresentado um exemplo de aplicação que aborda a integração das funcionalidades de um sistema de telefonia distribuído e um sistema de vigilância predial. A abordagem de modelagem possibilitou a identificação das funcionalidades dos dispositivos inteligentes que integram o sistema de controle em diferentes níveis de abstração e as interações que ocorrem durante o seu funcionamento. A realização deste trabalho contribui para o aprimoramento de novas abordagens para o desenvolvimento de sistemas de controle com arquiteturas heterárquicas. Estes sistemas são constituídos por dispositivos inteligentes colaborativos, que possuem um elevado grau de autonomia. / Technological advances in recent decades have motivated the development of intelligent buildings, aimed at creating environments more productive for the occupants, economically advantageous for the owners and environmentally correct. New ways of interaction between users and the buildings systems are emerging from these kinds of systems, which are not adequately treated by conventional modeling techniques. In this sense, it is necessary the study of new approaches which address these new functionalities. Thus, this work presents a proposal for a systematic approach to model and simulate the control system of the intelligent buildings. The control system is considered to be a discrete event system, where the communication between the devices that integrate it is oriented by means of asynchronous messages exchange. This approach uses the colored Petri nets in order to specify the functionalities of the building system and their devices interactions. The approach provides a structured procedure to develop models that facilitate the algorithm specification of the control system. In order to verify the main characteristics of the proposed procedure, it is presented an example that is a control system that integrates a distributed telephony system and a surveillance building system. The approach proposed enabled the identification of the main functionalities and interactions of the intelligent devices constituting the control system. The achievement of this thesis contributes to the development of new approaches to develop heterarchical control system architectures. This kind of system architectures is constituted by collaborative intelligent devices that have a high degree of autonomy.