Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-03-18T13:46:49Z No. of bitstreams: 2 TESE Jackeline Gomes da Silva Araujo.pdf: 1816435 bytes, checksum: 302ef3838fff12047ef9cfd5cdd9cc4d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-18T13:46:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Jackeline Gomes da Silva Araujo.pdf: 1816435 bytes, checksum: 302ef3838fff12047ef9cfd5cdd9cc4d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / O Circovírus Suíno (CVS) é um vírus de DNA fita simples, que pertence à família Circoviridae, com genoma de 1,7kilobases. Apresenta dois tipos principais, o CVS1 e o CVS2. O CVS1 não é patogênico, enquanto que o CVS2 está associado a um conjunto de doenças como a Síndrome Multissistêmica do Definhamento de Suínos (SMDS). Estes tipos virais possuem a proteína Rep, essencial para replicação e a proteína Cap, formadora do capsídeo. A pCap possui epítopos imunoreativos e imunodominantes e tem sido utilizada como um antígeno tanto para o diagnóstico, quanto para aplicação vacinal, contra infecções causadas pelo CVS2. Pichia pastoris é uma levedura metilotrófica que utiliza metanol como única fonte de carbono e tem sido utilizada para expressar genes heterólogos por apresentar vantagens como, a realização de modificações pós-traducionais e sua fácil manipulação. Objetivou-se nesse estudo expressar o gene Cap códon-otimizado do CVS2 para expressar em Pichia pastoris, visando a produção secretória da pCap e sua aplicação como antígeno recombinante em imunoensaios. Para tanto, a construção pPICZαA/CVS2Capo obtida após clonagem gênica foi inserida no genoma da levedura por eletroporação e o sistema foi induzido com metanol, sob o controle do promotor AOX1, por 72h. Os clones expressos positivamente foram identificados em Colony blot e Dot blot, após a reação dos clones com anticorpo-antiHis. A rCap foi detectada com massa molecular de ~39 kDa em sobrenadante da P. pastoris por SDS-PAGE e Western blot. Neste último, a detecção foi feita pelo reconhecimento da rCap por anticorpos anti-CVS2 de soros de animais com histórico de SMDS. A rCap testada em ELISA indireto contra soros de animais sabidamente negativos e positivos, previamente determinados pela imunoperoxidase (IP), mostrou alta eficiência discriminatória com alta razão positivo/negativo de 597. Após análise preliminar de parâmetros concordantes e discordantes, entre o IP e ELISA, observou-se uma alta concordância entre eles. Os resultados representam a efetiva produção da rCap pela via secretória de P. pastoris, com sugestiva preservação dos epítopos imunoreativos na mesma. Isto demonstra a viabilidade do sistema eucarioto de expressão utilizado e o potencial uso da rCap para detecção de anticorpos anti-CVS2 como ferramenta auxiliar no diagnóstico de doenças causadas pelo CVS2 como a SMDS.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-10-14T17:39:52Z No. of bitstreams: 1 Luciana Cavalcanti Arruda Coutinho.pdf: 1249795 bytes, checksum: d8c5b0923169bdb4b101bcf96c920d9f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-14T17:39:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luciana Cavalcanti Arruda Coutinho.pdf: 1249795 bytes, checksum: d8c5b0923169bdb4b101bcf96c920d9f (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 / Equine Infectious Anemia (EIA) is an important lentivirose in horses, characterized by a chronic and degenerative profile, causing many economic losses. It is considered that animals exposed to the virus and underwent serological evidence, when considered positive, remain so throughout life, which justifies the great concern and disease surveillance. The aim of this study was to use Pichia pastoris yeast cells for protein production of p26 gag region of Equine Infectious Anemia Virus (EIAV) for diagnostic purposes. The p26 gene of EIAV was optimized through the codon usage strategy to be expressed in cells of the Pichia pastoris yeast. The insert was cloned into pPICZαA expression vector after appropriate enzymatic digestion. P. pastoris transformed with the construction pPICZαAp26 were induced to express the p26 recombinant protein under the regulation of AOX1 promoter by adding methanol to the culture medium. The p26 recombinant protein was identified by RT-PCR and Dot blotting assay using anti-His antibody. Further studies are needed to optimize bioprocesses involved in this system in order to obtain a stable, purified and useful antigen for diagnostic purposes. / A Anemia Infecciosa Equina (AIE) é uma importante lentivirose em equídeos, caracterizada por causar um quadro crônico e degenerativo, trazendo muitos prejuízos econômicos. Considera-se que animais expostos aos vírus e submetidos à prova sorológica, quando considerados positivos, assim permanecerão por toda vida, fato que justifica a grande preocupação e vigilância da doença. Neste trabalho objetivou-se utilizar células da levedura Pichia pastoris para produção da proteína p26 da região gag do vírus da anemia infecciosa equina (VAIE) para fins de diagnóstico. O gene da proteína p26 do VAIE foi sintetizado e otimizado por meio da utilização de códons preferenciais para ser expresso em célula da levedura Pichia pastoris. O inserto foi subclonado em vetor de expressão pPICZαA após digestão enzimática apropriada. Células de P. pastoris transformadas com a construção pPICZαAp26 foram induzidas a expressarem a proteína recombinante p26 sob regulação do promotor AOX1 através da adição de metanol ao meio de cultura. A análise quanto à produção da proteína recombinante e sua identificação foram realizadas através de RT-PCR e Dot blotting utilizando anticorpo anti-His.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-10-18T13:57:04Z No. of bitstreams: 1 Luiz Cosme da Silva Junior.pdf: 2139311 bytes, checksum: 61623be0472d19428bedbc6968b00716 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-18T13:57:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luiz Cosme da Silva Junior.pdf: 2139311 bytes, checksum: 61623be0472d19428bedbc6968b00716 (MD5) Previous issue date: 2013-02-25 / Aujeszky's disease (AD) is caused by Suid Herpesvirus 1 (SHV1) and affects a wide variety of animals, the pig being the most important host. The DA has caused considerable direct and indirect economic losses to the pig industry worldwide, from the impact on production. The use of control measures using diagnostic test able to differentiate infected animals from vaccinated animals and removal of positive animals in the squad is key to controlling the spread of the virus. The use of vaccines for the gE gene deleted of SHV1 has been used to decrease clinical signs and virus transmission. Although some epitopes gE gene has already been cloned into the Pichia pastoris expression system, relative to the portion extramembranares epitopes using synthetic sequence (gEs) yeast codon optimized for this has not yet been cloned in this system. In this work this sequence was cloned and expressed in P. pastoris, which produced the recombinant antigen gEr. The gEs was cloned in strains X-33 and KM71H this yeast. The two strains were induced to express cloned gEr. The recombinant protein was detected in both clones by colony blot and visualized on SDS-PAGE gel, revealing a protein of approximately 50 kDa. / A Doença de Aujeszky (DA) é causada pelo Herpesvírus Suino 1 (SHV1), que acomete uma ampla variedade de animais, sendo o suíno o hospedeiro principal. A DA tem causado consideráveis perdas econômicas diretas e indiretas à indústria suinícola mundial, decorrentes do impacto na produção. O emprego de medidas de controle utilizando teste diagnóstico capaz de diferenciar os animais infectados dos animais vacinados e a retirada dos animais positivos do plantel é fundamental para controlar a disseminação do virus. O uso de vacinas deletadas para o gene gE do SHV1 tem sido utilizada para diminuir os sinais clínicos e a transmissão do vírus. Apesar de alguns epítopos do gene gE já terem sido clonados no sistema de expressão Pichia pastoris, a porção referente aos epítopos extramembranares, utilizando sequência sintética (gEs) códon otimizada para esta levedura, ainda não foi clonada neste sistema. Neste trabalho essa sequência foi clonada e expressa em P. pastoris, que produziu o antígeno recombinante gEr. O gEs foi clonado nas linhagens X-33 e KM71H dessa levedura. As duas linhagens clonadas foram induzidas a expressar gEr. A proteína recombinante foi identificada em ambos os clones por colloning blot e visibilizada em gel SDS-PAGE, revelando uma proteína de aproximadamente 50 kDa.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:51:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo2827_1.pdf: 3255075 bytes, checksum: 22005ee118cfc8ca27010124cd458070 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Leveduras vêm sendo utilizadas como sistemas de expressão para produção de proteínas de interesse biotecnológico. Dentre as diversas aplicações das proteínas heterólogas, as produzidas com finalidade terapêutica e para diagnóstico clínico vêm recebendo grande destaque, como por exemplo, a lectina frutalina e a oncoproteína E7 do Papilomavírus Humano (HPV). A frutalina, lectina extraída das sementes da fruta-pão, tem sido descrita como importante ferramenta no diagnóstico do câncer devido ao seu tropismo com células tumorais. Enquanto, a oncoproteína viral do HPV, E7, por ser encontrada em células tumorais relacionadas à infecção pelo HPV, torna-se um importante alvo para o desenvolvimento de vacinas profiláticas e terapêuticas contra esta infecção. Neste trabalho utilizamos as leveduras Pichia pastoris KM71H e Pichia pastoris GS115 como sistemas de expressão para a produção das proteínas frutalina e E7 do HPV16, respectivamente. A influência da fonte de carbono e do estresse iônico na produção da enzima β-galactosidase pela Kluyveromyces lactis DSM 3795 foi avaliada em diferentes condições de cultivo. Neste trabalho os níveis de frutalina recombinante (13,4 mg.L-1), obtidos pelo processo de batelada alimentada, foi 4 vezes maior que em testes com frascos aerados e a suplementação com elementos traços permitiu o aumento de 2.5 vezes na produção da proteína recombinante. Enquanto, o gene de E7 do HPV16 foi corretamente clonado e integrado ao genoma da P.pastoris GS115, sendo produzido 218,9mg.L-1 da proteína E7 com o peso molecular de 27KDa. A avaliação da influência da fonte de carbono e do estresse iônico na atividade da enzima β-galactosidase pela K. lactis DSM 3795 permitiu selecionar a lactose como a fonte de carbono ideal, pois favoreceu maior atividade específica da enzima (271,0 U.mg-1). Enquanto que, os cátions Na+, K+, Mg2+ potencializaram a atividade da enzima (410,4; 440,1; and 734.71 U.mg-1, respectivamente), o Ca2+ inibiu parcialmente a produção da β-galactosidase. Por fim, apesar da P. pastoris ter se mostrado um sistema eficiente para a produção de proteína heterólogas, ela ainda apresenta algumas limitações. Dessa maneira, o desenvolver estratégias que permitam a otimização de vetores para a produção dessas proteínas, representa um importante alvo no desenvolvimento de produtos para o diagnóstico, prevenção e tratamento do câncer

Os produtos de modificação de lipoproteínas de baixa densidade (LDL) como a subfração eletronegativa [LDL(-)] desempenham um importante papel na progressão da aterosclerose. O acúmulo massivo de LDL modificada captada por macrófagos resulta em células espumosas que liberam mediadores inflamatórios e contribuem para a aterogênese. O scFv (single chain fragment variable) é um fragmento de anticorpo recombinante que contém o sítio completo de ligação ao antígeno. Diante do papel da LDL(-) na aterogênese e da necessidade de novas intervenções terapêuticas que possam inibir o acúmulo de lipídeos em macrófagos, este trabalho objetivou a expressão do scFv anti-LDL(-) 2C7 em Pichia pastoris, bem como a avaliação do efeito deste fragmento de anticorpo sobre a formação de células espumosas em cultura de macrófagos RAW 264.7. O vetor inicial de expressão pPIgLE apresentava como estratégia de detecção e purificação o fusionamento com a proteína A. No entanto, a alta imunogenicidade da proteína A inviabilizaria o estudo da proteína de fusão em cultura de macrófagos, o que determinou a substituição da estratégia de purificação anterior pela cromatografia com resina de níquel através da inserção de hexahistidina na região C-terminal da proteína. A análise de sequenciamento confirmou a presença da inserção e das regiões determinantes de complementariedade. O cassete de expressão com hexahistidina foi inserido no vetor pPIgLE de P. pastoris e transformado na linhagem SMD1168 (Invitrogen®). Testes preliminares de expressão em pequena escala permitiram a análise entre sete clones diferentes, demonstrando uma banda correspondente ao peso molecular de 28 KDa em SDS-PAGE, confirmado por Western Blot. A separação do scFv 2C7 através de resina de níquel obteve uma proteína pura, conforme foi analisado em SDS-PAGE corado com prata. A afinidade do scFv 2C7 a 9 LDL(-) foi confirmada por Dot Blot. O ensaio de captação de LDL(-) demonstrou que o scFv 2C7 foi eficaz na redução de células espumosas e este efeito foi acompanhado pela diminuição na expressão gênica de CD36, TLR-4 e COX-2. Baseado nestes dados, o scFv 2C7 demonstra uma propriedade importante para uma futura intervenção terapêutica para a aterosclerose. / The modification products of low-density lipoprotein (LDL), as the electronegative subfraction [LDL(-)], play an important role in the progression of atherosclerosis. The massive accumulation of modified LDL uptake by macrophages results in foam cells that release inflammatory mediators and contribute to atherogenesis. The scFv (singlechain fragment variable) is a recombinant antibody fragment that contains the complete site antigen-binding. Considering the role of LDL(-) in atherogenesis and the need for new therapeutic interventions that may inhibit the accumulation of lipids in macrophages, this study aimed the expression of anti-LDL(-) 2C7 scFv in Pichia pastoris and the evaluation of the effect of this recombinant antibody fragment on foam cells formation in cultured RAW 264.7 macrophages. The pPIgLE expression initial vector presented as a strategy for detection and purification the fusion with protein A. However, the high immunogenicity of the protein impairs the study of the fusion protein in cultured macrophages, leading to the replacement of the previous strategy of purification by chromatography with nickel resin by inserting hexahistidine tag at the C-terminus of the protein. The sequence analysis confirmed the presence of insertion and the complementary determining regions. The expression cassete with hexahistidine was inserted into the pPIgLE vector of P. pastoris and transformed in the SMD1168 strain (Invitrogen®). Preliminary tests of expression in small-scale allowed the analysis of seven different clones, showing a band corresponding to the molecular weight of 28KDa on SDS-PAGE, confirmed by Western Blot. The separation of 2C7 scFv by the nickel resin yield a pure protein, as it was shown by SDS-PAGE stained with silver. The affinity of 2C7 scFv was confirmed by Dot Blot. The assay of LDL(-) uptake showed that the 2C7 scFv was effective in reducing foam cells and this effect was determined by the decrease in gene expression of CD36, TLR-4 and COX-2. Based on these data, the 2C7 scFv demonstrates an important property for future therapeutic intervention for atherosclerosis

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:04:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6203_1.pdf: 1326366 bytes, checksum: 5cd77ce2de56aff15acaf6fb51f8cd1f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2007 / Os papilomavírus constituem um grupo de pequenos vírus de DNA de dupla fita caracterizados por induzirem a formação de lesões que são em geral benignas, podendo regredir naturalmente ou se transformar em tumores malignos. Dentre eles se encontra o papilomavírus bovino (BPV). Até o momento são bem caracterizados seis diferentes tipos de BPV (BPV de 1-6) e recentemente outros dois novos tipos (BPVs 7 e 8) foram descritos. Na região Nordeste do Brasil, em especial no Estado de Pernambuco (região da Zona da Mata), a incidência de papilomatose bovina é muito alta provocando grandes perdas econômicas para os criadores. No momento não há tratamento com eficácia comprovada. A proteção contra infecção é conferida por anticorpos neutralizantes direcionados proteína estrutural L1. Estes anticorpos podem ser eficientemente induzidos por imunização com virus-like particles (VLP), que se formam espontaneamente após a expressão de L1 em vetores recombinantes. A levedura metilotrófica Pichia pastoris emergiu como um sistema heterólogo, eficiente e de baixo custo para a produção de proteínas. Neste trabalho foi avaliada a produção da proteína L1 de BPV-4 por células de P. pastoris. O gene L1 foi amplificado e clonado no vetor de expressão pPICZA (Invitrogen). As células de P. pastoris foram transformadas com pPICZAL1B4. Os transformantes de P. pastoris obtidos foram analisados para expressão do gene L1 por RT-PCR e Dot blot. Os transformantes analisados mostraram transcrição do gene L1 e conseqüente produção da proteína

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El objetivo general de la presente tesis doctoral es el desarrollo de herramientas para la obtencion, produccion y aplicacion de dos enzimas glicosidicas: �¿-L-arabinofuranosidasa proveniente del hongo Aspergillus niger (Abf) y �À-D-glucosidasa (Bgl), proveniente de la levadura Candida molischiana. Estas hidrolasas se emplean en la liberacion de azucares en procesos de conversion de biomasa y en la industria alimentaria, pero tambien en la sintesis de aminoglicosidos, glicoconjugados y oligosacaridos, compuestos de alto valor anadido para la industria quimico-farmaceutica. Las enzimas se han expresado en la levadura metilotrofica Pichia pastoris, y se han purificado para caracterizar sus propiedades bioquimicas. Asimismo, se ha comprobado su capacidad para catalizar reacciones de transglicosilacion con alto rendimiento. En relacion a su produccion, se ha establecido y validado un modelo basado en restricciones del metabolismo de Pichia pastoris, evaluando su consistencia mediante analisis de flujos metabolicos posibilistico. El modelo permite estimar la tasa de crecimiento y la distribucion de flujos intracelulares a partir de unos pocos flujos extracelulares medidos experimentalmente. Adicionalmente, el modelo se ha extendido para estimar la productividad de proteina recombinante, y se ha empleado para analizar diferentes condiciones de cultivo de las cepas transgenicas que sobreproducen las enzimas Abf y Bgl. Finalmente, las enzimas se han inmobilizado en organosilicas bimodales de la familia UVM-7. Los biocatalizadores resultantes se han caracterizado bioquimica y fisico-quimicamente y se han evaluado en diferentes aplicaciones de interes biotecnologico. / Tortajada Serra, M. (2012). Process development for the obtention and use of recombinant glycosidases: expression, modelling and immobilisation [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/16800 / Palancia

This thesis focuses on the study of the influence of selected parameters on the course of microbial cultivation and evaluation of bioprocess. It is divided into two parts. The first part deals with the production of mutant forms of the protein cryptogein yeast Pichia pastoris. The theoretical part summarizes the findings of the yeast P. pastoris and its expression. It also deals with cryptogein that induces defense reactions in plants. In the experimental part was produced mutant cryptogein X24, in which the concentration of each fraction and the ability to transfer sterols. The second part of this thesis is focused on aerobic and anaerobic oxidation of elemental sulfur by Acidithiobacillus ferrooxidans. In the theoretical section, our knowledge on A. ferrooxidans, its metabolism and the importance of ATP in cell metabolism was summarized. In the experimental part, the above bioprocess was monitored using pH, biomass concentration, the rate of oxidation of elemental sulfur the cellular ATP content.

Producing pharmaceuticals in Escherichia coli inevitably comes with an extensive purification process. This is because many of the native proteins of E. coli are immunogenic to humans, especially the heat and pH resistant endotoxins located in the membrane of E. coli. These native proteins drive up the cost of the purification, which led to a request from the biopharmaceutical company Affibody AB. They want a review on the possibilities of producing their unique Affibody®-molecules in a new, less problematic host cell. Based on a previous bachelor project, Affibody AB chose Pichia pastoris as the candidate. P. pastoris is a methylotrophic yeast that is increasing in use when it comes to producing pharmaceuticals. In this review, multiple ways of utilizing P. pastoris are presented. The process proposals are based on 4 different promoters, pAOX1, pAOX2, pFLD1 and the pGAP. The AOX1- and AOX2-promoters and the FLD1-promoter are inducible promoters that require an inducer-molecule. An inducible promoter presents the best control of the process. The GAP-promoter is a constitutive promoter, meaning that the gene is expressed continuously. A constitutive promoter provides a process which requires fewer steps and ingredients. If the Affibody®-molecules were to be produced with P. pastoris as the host cell, the products would contain less immunogenic substances. Further, P. pastoris is also a very effective option when it comes to producing protein extracellularly. This would ultimately lead to a purification process that requires less resources.