INTRODUÇÃO: A obesidade é um grave problema de saúde pública, sendo definida como o acúmulo excessivo de gordura, possivelmente decorrente do desequilíbrio, por um longo período, entre a quantidade de energia ingerida e o gasto energético. OBJETIVO: Investigar a contribuição dos polimorfismos dos genes CD40, ICAM-1, VCAM, E-selectina, LIGHT, RAGE e CX3CR1 na associação com a obesidade. CASUÍSTICA E MÉTODOS: O estudo foi realizado no Instituto Dante Pazzanese de Cardiologia (IDPC) e no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo (HU/USP), com 199 indivíduos (40 com peso normal, 55 com sobrepeso e 104 obesos) brasileiros, sem vínculo genético, de etnias branca, parda, negra e amarela, de ambos os sexos (55 homens e 144 mulheres), com idade entre 30 e 68 anos. Foi realizado o estudo dos polimorfismos dos genes CD40 (rs1883832) C>T, CX3CR1 (rs3732379) C>T, CX3CR1 (rs3732378) G>A, E-selectina (rs5368) C>T, ICAM-1 (rs1799969) G>A, ICAM-1 (rs281432) C>G, LIGHT (rs344560) G>A, LIGHT (rs2291668) C>T, RAGE (rs2070600) G>A, RAGE (rs2236493) C>T e VCAM (rs3176878) C>T, por pirossequenciamento, a análise da expressão dos genes LIGHT, CX3CR1, RAGE e ICAM-1, pela PCR em tempo real, e as dosagens das formas solúveis de PAI-1, IL-6, TNF-α, resistina, adiponectina e leptina, utilizando o sistema LUMINEX. RESULTADOS: As frequências alélica e genotípica dos polimorfismos estudados CD40 (rs1883832) C>T, CX3CR1 (rs3732379) C>T, CX3CR1 (rs3732378) G>A, E-selectina (rs5368) C>T, ICAM-1 (rs1799969) G>A, ICAM-1 (rs281432) C>G, LIGHT (rs344560) G>A, LIGHT (rs2291668) C>T, RAGE (rs2070600) G>A, RAGE (rs2236493) C>T e VCAM (rs3176878) C>T não apresentaram associação significativa com a obesidade. Foi encontrada associação na análise da expressão do CX3CR1 com a obesidade e também foi encontrada associação do polimorfismo ICAM-1 (rs281432) G>C com a expressão do gene RAGE em indivíduos com peso normal. CONCLUSÕES: Não houve associação dos polimorfismos CD40 (rs1883832) C>T, CX3CR1 (rs3732379) C>T, CX3CR1 (rs3732378) G>A, E-selectina (rs5368) C>T, ICAM-1 (rs1799969) G>A, ICAM-1 (rs281432) C>G, LIGHT (rs344560) G>A, LIGHT (rs2291668) C>T, RAGE (rs2070600) G>A, RAGE (rs2236493) C>T e VCAM (rs3176878) C>T com a obesidade, mas houve associação da expressão do gene CX3CR1 com a obesidade. Houve, também, associação do polimorfismo ICAM-1 (rs281432) G>C com a expressão do gene RAGE em indivíduos de peso normal. / Background: Obesity is a serious health problem and it is defined as an excessive fat accumulation which is caused by an imbalance between the amount of energy intake and energy expenditure over a long period. Objective: The main objective of this study was to investigate the contribution of CD403 ICAM-1, VCAM, E-selectin, LIGHT, RAGE e CX3CR1 gene polymorphisms and its association with obesity. Material and Methods: The study was realized at Dante Pazzanese Institute of Cardiology and University Hospital of São Paulo University. There were included 199 individuals (40 normal weight, 55 overweight and 104 obese), all Brazilian, with no genetic link, from all ethnics in both genders (55 men and 144 women), aged between 30 and 68 years. The study of CD40 (rs1883832) C>T, CX3CR1 (rs3732379) C>T, CX3CR1 (rs3732378) G>A, E-selectin (rs5368) C>T, ICAM-1 (rs1799969) G>A , ICAM-1 (rs281432) C>G, LIGHT (rs344560) G>A, LIGHT (rs2291668) C>T, RAGE (rs2070600) G>A, RAGE (rs2236493) C>T and VCAM (rs3176878) C>T were conducted by pyrosequencing. The analysis of LIGHT, CX3CR1, RAGE and ICAM-1 gene expression were performed by real-time PCR and the measurements of PAI-1, IL- 6, TNF-a, resistin, leptin and adiponectin soluble forms using LUMINEX system. Results: The allele and genotype frequency of CD40 (rs1883832) C>T, CX3CR1 (rs3732379) C>T, CX3CR1 (rs3732378) G>A, E-selectin (rs5368) C>T, ICAM-1 (rs1799969) G>A , ICAM-1 (rs281432) C>G, LIGHT (rs344560) G>A, LIGHT (rs2291668) C>T, RAGE (rs2070600) G>A, RAGE (rs2236493) C>T and VCAM (rs3176878) C>T gene polymorphisms showed no significant association with obesity. There was found association in the analysis of CX3CR1 expression with obesity and it was found association of ICAM-1 gene polymorphism (rs281432) G>C with RAGE gene expression in the normal weight group. Conclusion: There was no association of CD40 (rs1883832) C>T, CX3CR1 (rs3732379) C>T, CX3CR1 (rs3732378) G>A, E-selectin (rs5368) C>T, ICAM-1 (rs1799969) G>A , ICAM-1 (rs281432) C>G, LIGHT (rs344560) G>A, LIGHT (rs2291668) C>T, RAGE (rs2070600) G>A, RAGE (rs2236493) C>T and VCAM (rs3176878) C>T gene polymorphisms with obesity. However, it was found association of CX3CR1 gene expression with obesity and an association of ICAM-1 (rs281432) G>C gene polymorphism with RAGE gene expression in normal weight individuals.

Dentre os genes conhecidos por influenciarem a variação normal de pigmentação de olhos, pele e cabelos em humanos, o gene MC1R (receptor de melanocortina 1) é o mais bem caracterizado até o momento. A atuação do MC1R ocorre pela produção de uma proteína transmembrana nos melanócitos, responsável pela regulação da produção de melanina nos mesmos. Sabe-se que a atuação do MC1R determina a proporção entre eumelanina (coloração castanha/preta) e feomelanina (coloração amarela/vermelha) presente nos melanócitos. O presente trabalho tem como objetivo analisar os SNPs conhecidos do gene MC1R com o propósito de se avaliar a influência da diversidade deste gene em características como a presença de sardas e variação da pigmentação dos olhos, pele e cabelos em humanos. Foram analisados 29 SNPs conhecidos da região codificadora do gene MC1R em 131 indivíduos da região de Ribeirão Preto, SP. A extração do DNA foi feita pela técnica de salting-out. A região codificadora do gene MC1R (951pb) foi amplificada em uma única reação de PCR, a qual foi seqüenciada em um analisador genético ABI-PRISM 310 por eletroforese capilar, utilizando-se os mesmos primers empregados para a amplificação. Dos 29 SNPs avaliados, 22 deles mostraram variação nas amostras estudadas, sendo que metade deles demonstrou estar associados a características de pigmentação. Observou-se um conjunto de SNPs associados claramente à fenótipos relacionados à feomelanina (+1645 A, +1858 T e +2260 C), enquanto outros se relacionam à ocorrência de eumelanina (+1558 G, +2322 G, +2346 A). A reconstrução de haplótipos gerou 31 haplótipos, sendo que quatro deles estavam associados à pele escura e dois outros tinham freqüências significativamente baixas em pele clara. Um haplótipo se associou a olhos verdes, enquanto dois outros tiveram associação com olhos castanho escuros. Cores escuras de cabelo se relacionaram à seis haplótipos distintos enquanto cabelos ruivos estavam associados à dois e um outro associado à cabelos loiros. Por fim, a ocorrência de sardas foi significativamente relacionada à três haplótipos. O presente trabalho apresenta associações significativas entre SNPs individuais e pigmentação de olhos, cabelos e pele, sendo que nossos dados confirmam que tal gene também desempenha papel relevante na variação de pigmentação na população brasileira. / Among the known genes influencing eye, skin and hair normal pigmentation variation, the MC1R (melanocortin l-receptor) gene is the best characterized so far. The activity of MC1R occurs due the production of a transmembrane protein in melanocytes, responsible for regulating the production of melanin. It is known that the performance of MC1R determines the ratio of eumelanin (brown color I black) and pheomelanin (yellow I red) present in melanocytes. This study aims to analyze known SNPs of the MC1R gene in order to evaluate the influence of this gene diversity on features like freckles and pigmentation variation of eyes, skin and hair in humans. We analyzed 29 known SNPs in the coding region of MC1R gene in 296 individuals from the region of Ribeirao Preto, Brazil. DNA extraction was performed using the salting-out technique. The MC1R gene coding region (951pb) was amplified in a single PCR reaction, which was sequenced on a ABI PRISM-310 genetic analyzer by capillary electrophoresis, using the same primers used for amplification. Of the 29 SNPs evaluated, only 22 showed variation in the samples studied, half of them showing to be associated with pigmentation characteristics. We observed a set of SNPs clearly associated to pheomelanin (+1645 A, +1831 T,+1858 T e +2260 C), while others related to eumelanin occurrence (+1558 G, +2322 G, +2346 A).Haplotype reconstruction generated 31 haplotypes. Four of them were associated with dark skin and two had significantly low frequencies in fair skin. One haplotype was associated with green eyes, while two other had aSSOciation with dark brown eyes. Darker hair color was associated with six different haplotypes, whereas red hair was associated with two and blonde hair with one haplotype. Finally, the absence or presence of freckles was significantly related to three haplotypes. Our study shows significant associations between individual SNPs and eyes, hair and skin pigmentation. The results presented here confirm that this gene also plays a relevant role in the pigmentation variation in the Brazilian population.

Thesis advisor: Gabor T. Marth / Thesis advisor: Eric F. Tsung / My work is part of an effort in Dr. Gabor Marth's population genetics lab to extend the work of Marth's 2004 Genetics paper "The allele frequency spectrum in genome-wide human variation data reveals signals of differential demographic history in three large world populations" by applying its methods to new datasets. My contribution toward this end has been to create computer code (in Perl and Bash) to quantify ascertainment bias and determine proxy ancestral alleles in human genome-wide polymorphic data for post-doctoral fellow Dr. Eric Tsung's use in the determination of human demographic history. The final results of my efforts will be part of a poster by Dr. Tsung (with myself as a second author) displayed at the 2007 Biology of Genomes Symposium at Cold Spring Harbor Laboratory in Cold Spring Harbor, New York. Our goal is to turn that poster into a paper (on which I will be an author) for submission for publication in a major scientific research periodical and which will also be available in the future at http://bioinformatics.bc.edu/marthlab/ascertainmentancestral/. / Thesis (BS) — Boston College, 2007. / Submitted to: Boston College. College of Arts and Sciences. / Discipline: Biology. / Discipline: College Honors Program.

Uma das principais causas da disfunção erétil (DE) pode ser relacionada com o déficit de óxido nítrico (NO) no corpo humano. O principal componente para a produção do NO é o aminoácido L-arginina que é utilizado pelas enzimas óxido nítrico sintase neuronal (nNOS), endotelial (eNOS) e induzida (iNOS) para sua produção. A dimetilarginina assimétrica (ADMA) atua como inibidor endógeno dos três subtipos de NOS citadas acima e é metabolizada pelas enzimas dimetilarginina dimetilaminohidrolase 1 e 2 (DDAH1 e DDAH2). Diversos estudos têm relacionado a alteração na expressão ou atividade das enzimas DDAH bem como alterações em seus genes, com distúrbios onde a sinalização de NO é prejudicada. Os objetivos deste estudo foram investigar a associação de variantes genéticas dos genes DDAH1 (rs1554597 e rs18582) e DDAH2 (rs805304 e 805305) com a predisposição à disfunção erétil (DE), scores de função erétil e concentrações plasmáticas de nitrito e ADMA. Também verificar se estes marcadores bioquímicos estão relacionados aos scores de função erétil. Foram selecionados 130 pacientes com DE clínica e 98 participantes controles saudáveis sem DE. A função erétil dos voluntários foi avaliada através do questionário Índice Internacional de Função Erétil (IIEF). Os genótipos dos rs1554597, rs805304 e rs805305 foram obtidos através da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) seguida de digestão enzimática, e do rs18582 apenas por técnica de PCR alelo específica. No grupo Pacientes, foram encontradas associações do gene DDAH1 com as concentrações plasmáticas de ADMA: o rs1554597 teve os genótipos TT e TC associados positivamente (TT: ? 0,13 e P = 0,008; TC: ? 0,09 e P = 0,016;) e o genótipo CC associado negativamente (? -0,22 e P <0,001); já o rs18582 teve o genótipo GG associado positivamente (? 0,22 e P <0,001) e o genótipo AA associado negativamente (? -0,16 e P = 0,001); o haplótipo TG foi associado positivamente (? 0,12 e P = 0,016) e o haplótipo CA negativamente (? -0,18 e P = 0,002). Com relação ao nitrito, associações dos haplótipos do gene DDAH2 foram encontradas, o haplótipo CC foi associado negativamente (? -0,03 e P = 0,045) e o haplótipo AG foi associado positivamente (? 0,03 e P = 0,045).O rs18582 teve o genótipo GG associado positivamente com as concentrações plasmáticas de nitrito, no modelo aditivo (? 0,15 e P = 0,009) e no modelo dominante (? 0,08 e P = 0,009), e os genótipos GA ou AA associados negativamente com as concentrações plasmáticas de nitrito, apenas no modelo dominante (? -0,08 e P = 0,009). Não foi encontrada nenhuma outra associação significativa no estudo / One of the main causes for erectile dysfunction (ED) is related to nitric oxide (NO) deficiency in human body. The main substrate for NO synthesis is the amino acid L-arginine, which is processed by NO synthases (NOS) from three subtypes for its production: neuronal (nNOS), endothelial (eNOS) and inducible (iNOS). Asymmetric Dimethylarginine (ADMA) acts as an endogenous inhibitor of the three subtypes of NOS and is metabolized by enzymes dimethylarginine dimethylaminohydrolase types 1 and 2 (DDAH1 and DDAH2). Several studies associate the altered expression or activity of DDAH enzymes, as well as their genes, with diseases with hampered NO signaling. The objectives of this study were to investigate the association of genetic variants of DDAH1 (rs1554597 and rs18582) and DDAH2 (rs805304 and 805305) with vulnerability to develop ED, with altered scores of erectile function and with altered plasma concentrations of nitrite and ADMA. We also investigated whether these biochemical markers associated with erectile function scores and ED risk. We selected 130 patients with clinical ED and 98 healthy controls without ED. Erectile function was assessed through the International Index for Erectile Function (IIEF) questionnaire. Genotypes for rs1554597, rs805304 and rs805305 were obtained with polymerase chain reaction (PCR) followed by enzyme restriction (RFLP), while rs18582 was determined using Allele-Specific oligonucleotide PCR (ASO-PCR). At patients group, we found association of variants in DDAH1 gene with plasma ADMA levels: TT and TC genotypes of rs1554597 were associated with increases in ADMA (TT: ? 0.13 e P = 0.008; TC: ? 0.09 e P = 0.016;), while CC genotype was associated with decreases in ADMA (? 0.22 e P <0.001); regarding rs18582, GG genotype associated with increases in ADMA (? 0.22 e P <0.001), while AA genotype associated negatively (? -0.16 e P = 0.001); besides, haplotype TG was also associated with ADMA increases (? 0.12 e P = 0.016), while CA haplotype associated negatively with ADMA levels (? -0.18 e P = 0.002). Regarding nitrite, associations of the haplotypes of the DDAH2 gene were found, the haplotype CC was negatively associated (? -0,03 and P = 0,045) and the haplotype AG was positively associated (? 0,03 and P = 0,045) .O rs18582 had the GG genotype positively associated with plasma nitrite concentrations in the additive model (? 0.15 and P = 0.009) and in the dominant model (? 0.08 and P = 0.009), and negatively associated genotypes GA or AA with plasma nitrite concentrations, only in the dominant model (? -0.08 and P = 0.009). We found no further significant associations in our study

Ce travail de thèse s’articule en deux parties. Dans une première partie (aspects descriptifs, cohortes SU.VI.MAX et NutriNet-Santé), nous avons mis en évidence différents facteurs influençant le statut en vitamine D, parmi lesquels certains sont modifiables et pourraient ainsi faire l’objet de recommandations de santé publique (exposition solaire modérée, activité physique, maintenance d’un poids normal). Sur la base de ces déterminants, nous avons développé le score VDIP permettant d’identifier de manière simple en pratique clinique des adultes à risque d’insuffisance en vitamine D. Enfin, l’étude des connaissances liées à la vitamine D dans un large groupe d’adultes issus de la population générale a mis en évidence une certaine confusion par rapport aux sources de vitamine D et à ses effets santé établis ou non.Dans une seconde partie (aspects étiologiques, étude cas-témoin nichée dans la cohorte SU.VI.MAX), nous avons mis en évidence qu’un statut plus élevé en vitamine D (parmi des concentrations plasmatiques en 25(OH)D faibles à modérées telles qu’observées dans cette étude) pourrait être associé à une diminution de risque de cancer du sein, de cancer de la prostate et de cancers liés au tabac. Ces associations seraient toutefois modifiées par différents facteurs individuels comme le statut pondéral ou la consommation d’alcool (cancer du sein en particulier). L’étude des différents polymorphismes génétiques a permis de confirmer les résultats observés avec le statut en vitamine D.Dans un contexte où la vitamine D suscite une attention grandissante, les résultats de cette thèse contribuent à mieux connaître les facteurs influençant le statut en vitamine D, à fournir un aperçu détaillé des connaissances/croyances concernant la vitamine D en population générale et fournissent de nouveaux éléments pour une meilleure compréhension du rôle de la vitamine D dans l’étiologie des cancers. Ces travaux pourraient ainsi participer, à terme, à l’optimisation des recommandations de santé publique pour l’amélioration du statut en vitamine D de la population et pour la prévention primaire des cancers. / Two main parts structured this PhD thesis. In the first part (descriptive work, SU.VI.MAX and NutriNet-Santé cohorts), we identified factors that influenced vitamin D status, some of which being modifiable (e.g. moderate sun exposure, physical activity, normal weight) and as such constitute interesting targets for public health policies. Using these determinants, we developed the VDIP score in order to simply identify adults at risk of vitamin d insufficiency. Finally, the study dealing with vitamin D-related knowledge showed that the primary sources of vitamin D-related information were the physicians and the media and that some confusion existed regarding the sources and the proven/unproven health effects of vitamin D.In a second part (etiological work, nested case-control study, SU.VI.MAX cohort), we showed that a higher vitamin D status (within the low-to-moderate range of plasma 25(OH)D concentrations observed in this study) may be associated with a decreased risk of breast, prostate and tobacco-related cancers. These associations were modified by individual factors such as weight status and alcohol intake (in particular breast cancer). The studied genetic polymorphisms confirmed the associations observed with vitamin D status.In a context where vitamin D arouses considerable interest, these results may contribute to a better understanding of the factors that influence vitamin D status, to a better insight of what people know and believe regarding vitamin D and to a better understanding of the role of vitamin D in the etiology of cancer. These PhD findings could eventually contribute to the optimization of public health nutritional recommendations for the improvement of vitamin D status in the population and for cancer primary prevention.

Orientador: Erick da Cruz Castelli / Resumo: O gene KIR2DL4 codifica um importante receptor de células Natural Killer (NK). O único ligante de KIR2DL4 conhecido é a molécula HLA-G, expressa principalmente na placenta, modulando a ação das células NK durante a gestação. O gene KIR2DL4 parece ser bastante variável, quando considerado os bancos de dados que armazenam suas sequências conhecidas, porém não está claro o nível de diversidade deste gene em populações reais e heterogêneas. Polimorfismos presentes no gene KIR2DL4 poderiam influenciar a interação entre KIR2DL4 e HLA-G, modificando a ação das células NK. Neste estudo exploramos a variabilidade genética de KIR2DL4 em 157 indivíduos oriundos do Estado de São Paulo/Brasil. Devido à alta similaridade de sequências entre os genes KIR, erros de genotipagem são esperados quando se utiliza sequenciamento de segunda geração. Por este motivo, desenvolvemos uma abordagem para classificar cada leitura com base em sequências KIR conhecidas, endereçando-as ao gene mais provável. Também utilizamos o painel SNPforID 34-plex para avaliar a ancestralidade dessas amostras. Considerando o segmento completo desse gene, indo da região 5’URR até a 3’UTR, com aproximadamente 13kb, o gene KIR2DL4 se mostrou pouco polimórfico, com 152 pontos de variações identificados (MAF 1%). Esses pontos de variação estão organizados em 32 haplótipos estendidos que codificam 13 proteínas diferentes. Foram encontrados 11 haplótipos na região promotora, sendo que 8 possuem MAF maior que 1%. Na região codif... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: KIR2DL4 is the most unusual Killer Cell Immunoglobulin-Like receptor (KIR) family member in terms of structure, expression, and signaling properties. The only known KIR2DL4 ligand is HLA-G, and polymorphisms might disrupt this interaction. KIR2DL4 variability is not well explored in admixed populations. Here we explored KIR2DL4 exon variability in 157 individuals from the State of São Paulo/Brazil. Because of sequence similarity with other KIR genes, it is expected genotyping errors when using secondgeneration sequencing. We developed an approach to score each read based on known KIR sequences, addressing them to the most likely locus. We evaluated the SNPforID 34-plex panel to assess ancestry. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population, such as Brazilian, counting with 157 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 13-kb, KIR2DL4 gene was conserved with few different and frequent sequences. Overall, 152 variable sites were detected, arranged in 32 haplotypes codifying 13 protein. We found 11 promoter haplotypes, 8 with a frequency greater than 1%. In the coding region we detected 70 haplotypes, four of which correspond to 50% of the coding sequences (KIR2DL4 * 0080204, * 008105, * 001, * 005). In the 3'UTR region, 14 haplotypes were identified with MAF greater than 1%. The KIR2DL4 coding region was the most variable segment. We observed that KIR2DL4 variability is strongly influenced by the sample ancestry background. K... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Flávia Lombardi Lopes / Resumo: O melhoramento genético em bovinos visa a seleção de características para facilitar o manejo, a qualidade da carne, a resistência a doenças e a adaptação ao meio ambiente. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) podem gerar grandes efeitos sobre essas características fenotípicas. Os microRNAs são pequenos RNAs não-codificadores que atuam como reguladores da expressão pós-transcricional através de sua ligação a mRNAs alvo. No presente estudo, realizamos o cruzamento de dados entre ~56 milhões de SNPs contra todas as seqüências conhecidas de miRNA bovino e analisamos in silico, seus possíveis efeitos. Seguindo a predição dos alvos, mostramos que 82% dos alvos foram alterados como consequência dos SNPs que ocorrem na região de seed de miRNAs maduros. Em seguida, identificamos variações na Energia Livre Mínima (MFE) que representam a capacidade de alterar a estabilidade das moléculas e, consequentemente, a maturação dos miRNAs. Também encontramos 129 SNPs em miRNAs, que alteraram sua predição com alvos, ocorrendo em regiões de QTL e, por último, a análise dos escores de conservação evolutiva para cada locus de SNP sugeriu que eles têm uma função biológica conservada através do processo evolutivo. Nossos resultados sugerem que os SNPs em microRNAs têm o potencial de alterar os fenótipos bovinos e são de grande valor para a pesquisa de melhoramento genético, bem como para a produção. / Abstract: Genetic improvement of cattle is aimed at selection of characteristics to facilitate the handling, quality of the meat, resistance to diseases and adaptation to the environment. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) can generate large effects on these phenotypic characteristics. MicroRNAs are small non-coding RNAs that act as regulators of posttranscriptional expression through their binding to target mRNAs. In the present study, we scanned ~56 million SNPs against all known bovine miRNA sequences and analyzed in silico, their possible effects. Following target prediction, we show that 82% of targets were altered as a consequence of SNPs that occur in the seed region of mature miRNAs. Next, we identified variations in the Minimum Free Energy (MFE) which represent the capacity to alter molecule stability and, consequently, the maturation of the miRNAs. We have also found 129 SNPs in miRNAs, with altered target prediction, occurring in QTL regions and, lastly, analysis of evolutionary conservation scores for each SNP locus suggested that they have a conserved biological function through the evolutionary process. Our results suggest that SNPs in microRNAs have the potential to alter bovine phenotypes and are of great value for genetic improvement research, as well as production. / Mestre

A disfunção erétil (DE) é uma doença relacionada com a sinalização deficiente de óxido nítrico (NO). O NO é produzido a partir da L-arginina pelas enzimas óxido nítrico sintase neuronal (nNOS), endotelial (eNOS) e induzida (iNOS). A dimetilarginina assimétrica (ADMA) é um inibidor endógeno dos três subtipos existentes de NOS, e é metabolizada principalmente pelas enzimas dimetilarginina dimetilaminohidrolase 1 e 2 (DDAH1 e DDAH2). Vários estudos têm associado alterações em genes, expressão ou atividade das enzimas DDAH com distúrbios em que a sinalização de NO é prejudicada. O objetivo deste estudo foi avaliar se o nível de resposta ao tratamento da DE com sildenafil pode estar associado a polimorfismos dos genes DDAH1 (rs1554597 e rs18582) e DDAH2 (rs805304 e rs805305) e, também, aos haplótipos formados por estes polimorfismos. Foram selecionados 70 pacientes com DE pós-prostatectomia (DEPP) e 70 pacientes com DE clínica (DEC). A função erétil dos voluntários foi avaliada através do questionário Índice Internacional de Função Erétil (IIEF). Para avaliação da resposta ao sildenafil, foram calculadas a diferença entre as pontuações pré e pós-tratamento (?IIEF) e a percentagem atingida da máxima resposta possível (?IIEF%) de cada paciente. Também, os pacientes de cada grupo foram divididos em bons e maus respondedores ao sildenafil de acordo com a mediana dos valores de ?IIEF%. Os genótipos dos rs1554597, rs805304 e rs805305 foram obtidos pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) seguida de digestão enzimática, e do rs18582 pela técnica de PCR alelo específica. O software PHASE 2.1 foi utilizado para estimar os haplótipos em cada grupo. Os resultados mostraram que o alelo variante A do rs18582 apresentou tendência para associação com piores respostas ao sildenafil no grupo DEC (P=0,058). No grupo DEPP, portadores dos alelos variantes A do rs805304 e G do rs805305 foram associados a melhores respostas ao sildenafil (?IIEF, P=0,007; ?IIEF%, P=0,025; e score IIEF pós-tratamento, P=0,014). Não foram encontradas outras associações significativas. Estes resultados mostram que os marcadores genéticos rs805304 e rs805305 do DDAH2 podem influenciar as respostas ao sildenafil em pacientes com DE. / Erectile dysfunction (ED) is a disease related to deficient nitric oxide (NO) signaling. NO is produced from L-arginine by three isoforms of the enzyme nitric oxide synthase: neuronal (nNOS), endothelial (eNOS) and induced (iNOS). Asymmetric dimethylarginine (ADMA) is an endogenous inhibitor of the three existing NOS subtypes, and is metabolized primarily by dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 and 2 (DDAH1 and DDAH2) enzymes. Several studies have associated changes in genes, expression or activity of DDAH enzymes with disorders in which NO signaling is impaired. The aim of this study was to evaluate whether the response to ED treatment with sildenafil may be associated with polymorphisms of the DDAH1 (rs1554597 and rs18582) and DDAH2 genes (rs805304 and rs805305), as well as the haplotypes formed by these polymorphisms. We selected 70 patients with postprostatectomy ED (PPED) and 70 patients with clinical ED (CED). The erectile function of the volunteers was assessed using the International Index for Erectile Function (IIEF) questionnaire. To evaluate the response to sildenafil, the difference between the pre- and post-treatment scores (?IIEF) and the percentage reached from the maximum possible response (?IIEF%) of each patient were calculated. Also, patients from each group were divided into good and bad responders to sildenafil according to the median values of ?IIEF%. The genotypes of rs1554597, rs805304 and rs805305 were obtained by the polymerase chain reaction (PCR) technique followed by enzymatic digestion, and rs18582 by the allele-specific PCR technique. The PHASE 2.1 software was used to estimate the haplotypes in each group. The results showed that the variant A allele of rs18582 showed a tendency to be associated with a greater chance of worse responses to sildenafil in the DEC group (P=0,058). In the DEPP group, carriers of the variant alleles A of rs805304 and G of rs805305 were associated with better responses to sildenafil (?IIEF, P=0,007; ?IIEF%, P=0,025; and post-treatment IIEF score, P=0,014). No other significant associations were found. These results show that the genetic markers rs805304 and rs805305 of DDAH2 may influence the responses to sildenafil in patients with ED.

No Brasil, leishmanioses são causadas por 7 espécies de Leishmania. Assim, um diagnóstico diferencial se torna relevante. Este trabalho tem como objetivos avaliar condições de armazenamento de amostras, métodos de extração de DNA e desenvolver protocolos de diagnóstico de leishmanioses. O tratamento de amostras com tampão NET produziu os melhores resultados e os métodos de extração não influenciaram a qualidade dos testes. Com os alvos testados por PCR, os melhores resultados foram alcançados com a utilização do 18S e o emprego da técnica de nested PCR com esse alvo aumentou a sensibilidade de detecção. A utilização de PCR multiplex com alvos 18S e g6pd foi capaz de detectar parasitas e discriminar seu subgênero. A aplicação da técnica HRM sobre mutações do 18S foi precisa na discriminação de L. chagasi e mutações no gene g6pd permitiram a discriminação de L. amazonenses, L. braziliensis e subgênero L. (Viannia). Este trabalho propõe protocolos de conservação de amostras, extração de DNA e ensaios de identificação de Leishmania, testados em amostras padronizadas. / In Brazil, leishmaniasis is caused by 7 Leishmania species. Thus, a differential diagnosis becomes relevant. This work aims are to evaluate samples storage conditions, methods of DNA extraction and develop diagnostic protocols for leishmaniasis. Treatment of samples with NET buffer produced the best results and extraction methods did not affect the quality of PCR tests. Regarding PCR targets tested, the best results were achieved using 18S gene and the use of nested PCR increased detection sensitivity. The use of multiplex PCR targeting 18S and g6pd genes enabled Leishmania detection and subgenus discrimination. The implementation of HRM technique on 18S mutations was accurate to discriminate L. chagasi and mutations in the g6pd allowed discrimination of L. amazonenses, L. braziliensis and L. (Viannia) subgenus. This work proposes sample conservation and DNA extraction protocols for Leishmania detection, tested on standard sampling protocols, and identification using HRM technique.

Polimorfismos em genes codificando proteínas envolvidas no reconhecimento de microrganismos e na resposta imune contra patógenos podem influenciar na quantidade ou na função da proteína produzida em resposta ao estímulo bacteriano. Existem evidências de que alguns destes polimorfismos genéticos modificam a resposta do paciente à sepse. No presente estudo, foram estudados polimorfismos presentes em genes que, sabidamente ou supostamente, apresentam um efeito biológico importante na sepse com o objetivo de identificar marcadores associados com a sepse e com a evolução clínica favorável ou com a morte. Entre esses polimorfismos estão aqueles presentes nos genes TNF_, TNFß, IL1RN, HSP70, IL6, IL10, CD14, TLR4, TLR2. As técnicas utilizadas compreenderam PCR em tempo real usando sondas com marcação fluorescente (VIC e FAM), PCR usual, digestão com enzimas de restrição e eletroforese. Os 97 pacientes com sepse, sepse grave e choque séptico estudados foram tratados na UTI do Hospital de Base de São José do Rio Preto. Também foram estudadas amostras de 207 indivíduos saudáveis coletadas no Hemocentro do mesmo hospital. Os polimorfismos IL6-597, HSP70-2 e o haplótipo do gene IL6 apresentaram valores estatisticamente significativos. Os dados obtidos sugerem que os polimorfismos IL6-597 e o haplótipo IL6 -174/-1753/- 2954/-597 estão associados com a evolução clínica da sepse, enquanto o polimorfismo do gene HSP70 está associado com bacteremia. A associação de polimorfismos em pacientes com sepse deverá ser avaliada em um maior número de pacientes no Brasil para ampliar nosso conhecimento sobre variantes genéticas e seus efeitos no curso clínico da sepse. Associações de polimorfismos com sepse e susceptibilidade a infecção podem ser no futuro utilizadas como marcadores moleculares para prognóstico. / Polymorphisms in genes codifying proteins involved in the recognition of microorganisms and in the answer of pathogens can influence the amount or the function of the protein produced in response to bacterial incentive. There are evidences that some of these genetic polymorphisms modify the patient\'s answer to sepsis. In the present study, we studied polymorphisms present in genes that, knowingly or supposedly, has an important biological effect in sepsis with the objective of identifying markers associated with sepsis and with the favorable clinical evolution or with the death. Among those polymorphisms they are those presents in the genes TNF, TNF, IL1RN, HSP70, IL6, IL10, CD14, TLR4, TLR2. The used techniques were Real time PCR using fluorescent probes (VIC and FAM), PCR, digestion with restriction enzymes and electrophoresis. The 97 patients with sepsis, severe sepsis and septic shock studied were those treated in INTENSIVE CARE UNIT of the Base´s Hospital of Sao Jose do Rio Preto. And 207 healthy individuals\' samples were collected in Hemocentro of the same hospital. The polymorphisms of the genes IL6-597, HSP70-2 and the haplotype of the gene IL6 presented estatistical significant values. The polymorphism IL6-597 and the haplotype IL6 - 174/-1753/-2954/-597 can be associated with the clinical evolution of sepsis, while the polymorphism of the gene HSP 70 can be associated with bacteremia. The association of polymorphisms in patients with sepsis will have to be evaluated in bigger samples of patients in Brazil to extend our knowledge on genetic variants and its effect in the clinical course of sepsis. Associations of polymorphisms with sepsis and susceptibility to infection can be in the future used as molecular marker for prognostic.