Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2692.pdf: 5081574 bytes, checksum: 0403cbfc056a6ef26ddbae9e26772bec (MD5) Previous issue date: 2009-07-01 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Tribe Euglossini consists of relatively large bees, with metallic skin and bright color. Their extremely long tong enables them to use nectar resources that are inaccessible to other bees. Equipped with high capacity of dispersal, they are able to survive in disturbed environments, and compose even 25% of bees diversity in some forests. As important pollinators of many Angiosperms, especially Orchidaceae, they are fundamental to maintaining the stability of plant communities. Some species of the tribe are abundant in cities, in particular, Euglossa cordata. The genetic variability of five urban populations of this species was estimated by López-Uribe (2006) in adults caught while they were collecting nectar in flowers of Thevetia peruviana. The lack of structure found from nuclear loci (allozymes) and significant population structure for the 16S mitochondrial region are evidences that males and females showed different patterns of dispersion, where females are philopatrics while males are dispersers. To corroborate this hypothesis, this study aimed to determine the genetic structure of populations of E. cordata collected in flowers of T. peruviana in cities along a north/south transect of the State of São Paulo using mitochondrial and nuclear genetic data. The genetic differentiation found in the examined 12 populations was significant for the data sequence of mitochondrial cytb region (Fst=0.15; P<0.05), unlike observed for nine microsatellite loci (Fst=0.008; P>0.05). Allozymes loci were analyzed with the primary purpose of checking the individuals species; most polymorphisms showed that the populations are homogeneous, similar to the microsatellite data. Thus, our data from nuclear genes strongly suggest that there is no evidence of population structure in E. cordata, whereas mitochondrial data suggest structured population and that geographical proximity influence the events of colonization. Our results indicate that dispersal and colonization in E. cordata are characteristic attributes of males and females, respectively. / A tribo Euglossini é constituída por abelhas relativamente grandes, que possuem tegumento metálico, de coloração brilhante. Sua língua é extremamente longa, o que possibilita utilizar recursos de néctar inacessíveis a outras abelhas. Dotadas de alta capacidade de dispersão, são capazes de sobreviver em ambientes perturbados, além de constituírem até 25% da diversidade de abelhas em algumas matas. São importantes polinizadores de diversas Angiospermas, especialmente de Orchidaceae, sendo fundamentais para a manutenção da estabilidade das comunidades vegetais onde se encontram. Algumas espécies da tribo são abundantes nas cidades, em particular, Euglossa cordata. A variabilidade genética de cinco populações urbanas desta espécie foi estimada por López-Uribe (2006) em adultos coletados em flores de Thevetia peruviana durante a coleta de néctar. A ausência de estruturação verificada a partir de locos nucleares alozímicos e a significativa estruturação populacional para a região 16S mitocondrial indicavam que machos e fêmeas apresentavam padrão de dispersão distinto, em que as fêmeas eram filopátricas, enquanto os machos eram os dispersores. Para corroborar esta hipótese, este trabalho teve como objetivo determinar por meio de marcadores genéticos mitocondriais e nucleares a estrutura genética de populações de E. cordata coletadas em flores de T. peruviana em cidades ao longo de um transecto norte/sul do Estado de São Paulo. A diferenciação genética encontrada para 12 populações analisadas foi significativa para os dados de seqüência da região mitocondrial cytb (Fst=0,15; P<0,05), ao contrário do observado para nove locos microssatélites (Fst=0,008; P>0,05). Locos alozímicos também foram analisados, com o intuito principal de verificar a espécie dos indivíduos; a maioria dos polimorfismos demonstraram que as populações são homogêneas, semelhantemente aos dados de microssatélites. Assim, nossos dados de genes nucleares indicam fortemente que não há indícios de estruturação populacional em E. cordata, enquanto que os dados mitocondriais parecem indicar estruturação populacional e que a proximidade geográfica influencia os eventos de colonização. Neste sentido, os dados indicam que dispersão e colonização em E. cordata são atributos característicos de machos e fêmeas, respectivamente.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3211.pdf: 5663637 bytes, checksum: 169e00e4d09b566764997fff0cb32822 (MD5) Previous issue date: 2010-08-26 / Financiadora de Estudos e Projetos / Euglossine bees (Hymenoptera: Apidae) are important pollinators in the Neotropical region. These bees are widely studied by collecting males in attractive baits, but there are few reports from females. In this work, we studied Euglossini bees using molecular tools, collecting bees in nests and adults in flowers at different levels, individual, nest and population. In Chapter 1, we use a non-lethal strategy for obtaining DNA from antenna conducting mark-recapture experiments. We found by a chi-square test the same chance to recapture the two groups of bees (with intact antennae vs removal antennae); this result suggests that the removal did not affect the survivor of bees. The DNA extracted from the antennas was successfully used for microsatellite analysis. In Chapter 2, we determine the sociogenetic structure of nests using microsatellite loci. Genetic analysis of Euglossa cordata, Euglossa townsendi and Eufriesea violacea nests revealed that brood is usually explained by a single mating, which corroborates the literature. In chapter 3, we used mitochondrial genes to verify the genetic structure of populations of Eg. cordata. The sequencing of mitochondrial genes cyt b and COI by direct PCR product showed high variation in several positions, showing two peaks or the mismatch between forward and reverse sequence. This result suggests the occurrence of heteroplasmy, and then, we have cloned these products. The clones showed even greater intra-individual variation, suggesting the occurrence of associated numts and heteroplasmy. Due to this variation, we could not establish the genetic structure of urban populations in Eg. cordata, although there is some evidence of interpopulation differentiation for mitochondrial haplotypes. In conclusion, this work has made contributions to a better understanding of the biology of Euglossine bees; employing molecular tools, we bring new information about familial and population genetics of this group of bees. / As abelhas da tribo Euglossini (Hymenoptera: Apidae) sao polinizadores importantes da regiao Neotropical. Sao abelhas muito estudadas gracas as facilidades de obtencao de machos mediante o uso de iscas-odores; no entanto, poucos sao os estudos com femeas. Este trabalho teve o objetivo de estudar as abelhas euglossineas com o uso de ferramentas moleculares, coletando ninhos e adultos em flores para uma analise ao nivel do individuo, familia e populacao. No capitulo 1 e descrita uma estrategia nao letal para obtencao de DNA a partir da realizacao de experimentos de marcacao e recaptura coletando antenas de adultos de Euglossa cordata e Eulaema nigrita amostrados em flores de Thevetia peruviana. Foi demonstrada igual chance de recaptura nos dois grupos (antenas intactas vs. antenas seccionadas) pelo teste de qui-quadrado, sugerindo nao afetar a sobrevivencia das abelhas cujas antenas foram seccionadas. As antenas retiradas foram amplificadas com sucesso para microssatelites, confirmando a utilidade deste material como fonte de DNA para analises geneticas. No capitulo 2 e descrita a estrutura sociogenetica intranidal com a utilizacao de locos microssatelites. A analise genetica de ninhos de Eg. cordata, Eg. townsendi e Eufriesea violacea revelou que as progenies sao explicadas pelo acasalamento monandrico da femea, o que vem corroborar dados da literatura. No capitulo 3, utilizando genes mitocondriais, sao descritos os esforcos para verificacao da estrutura genetica das populacoes de Eg. cordata. O sequenciamento dos genes mitocondriais cyt b e COI por produto direto de PCR exibiu elevada variacao em varios sitios, apresentando dois picos numa mesma posicao ou a nao correspondencia entre as fitas forward e reverse, sugerindo a ocorrencia de heteroplasmia. Foi, entao, realizada a clonagem e nos clones foi detectada variacao intraindividual nas sequencias cyt b e COI, o que sugere a ocorrencia associada de numts e de heteroplasmia. A presenca desta variacao, cujo significado ainda esta por ser completamente elucidado, nao permitiu determinar a estrutura genetica das populacoes urbanas de Eg. cordata, embora haja indicios de diferenciacao interpopulacional para os haplotipos mitocondriais. Concluindo, este trabalho contribuiu para um maior entendimento da biologia da tribo Euglossini, do ponto de vista intranidal e populacional, com a utilizacao de ferramentas moleculares.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissTJS.pdf: 1038590 bytes, checksum: 222b2f50297a16e8b3a03a156c873ddc (MD5) Previous issue date: 2002-10-07 / Os quelônios em geral são importantes na economia de populações tradicionais da região amazônica por serem muito apreciados na culinária local, e pela utilização de seus subprodutos como ovos e gordura, na fabricação de cosméticos e adornos, sendo seu comércio uma alternativa financeira para esta região. No Brasil o gênero Podocnemis está representado por quatro espécies, entre elas a espécie Podocnemis sextuberculata conhecida vulgarmente como iaçá, pitiú, e cambéua. Pode ser encontrada nos rios Solimões, Amazonas, e Branco. Este trabalho teve como objetivos principais caracterizar a variabilidade e a estrutura genética de três populações de iaçá, coletadas na Reserva Federal de Abufari (AM), Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (AM), e na Comunidade de Terra Santa (PA). Foi utilizado como marcador genético nesse estudo uma seqüência parcial do gene mitocondrial ND1 com um total de 415 pares de bases. A análise constituiu-se de 64 indivíduos, sendo 29 de Abufari, 11 de Mamirauá e 24 de Terra Santa. Observou-se, um total de dez haplótipos, seis na população de Abufari, três na população de Mamirauá e quatro na população de Terra Santa. Houve a predominância de um haplótipo comum, haplótipos raros e vários singletons . A taxa média de sítios polimórficos foi 0,058. A taxa de sítios polimórficos por população foi: 0,019 em Abufari, 0,022 em Mamirauá e 0.019 em Terra Santa. Estes dados sugerem que as três populações possuem o mesmo grau de variabilidade genética. Não existe diferenciação genética entre as três populações analisadas (FST = 0,023 p< 0.05) e o fluxo gênico é alto (Nm=20,65). Os resultados são compatíveis com os estudos ecológicos sobre esta espécie. Os iaçás possuem grande capacidade migratória e a pressão de caça parece ainda não ter afetado sua estrutura populacional. O monitoramento genético dessas populações naturais na região Amazônica torna-se, portanto de grande relevância como suporte para projetos de manejo e conservação específicos para cada espécie de quelônios.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissDB.pdf: 1333714 bytes, checksum: 01ac75387f03acb9626e80a5f4529331 (MD5) Previous issue date: 2003-07-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Symphyta is a suborder of Hymenoptera, which presents primitive characters, like absence of constriction at the base of the abdomen. Symphyta larvae are phytophagous and feed gregariously, causing damage to agricultural crops, ornamental plants and forests stands, especially in temperate zones. In this group researches focus mainly on ecological aspects related to pests control. There are few data about population genetic structure, and studies about genetic variability exhibit disagreeable data. This study attempts to elucidate some aspects of the biology of Digelasinus diversipes, a Neotropical Symphyta with active larvae from November until March which host in Eugenia glazioviana (Myrtacea) trees, where cocoon masses can be found. Genetic variability and population structure were measured by allozymic analyses through starch gel electrophoresis. Cocoon masses were collected in 2000 and 2001, in two areas of the Estação Ecológica Jataí (Luiz Antônio, SP 21º25 S, 47º50 W). Field observations evidenced i) Digelasinus diversipes larvae disperse during foraging, among neighboring trees; ii) larvae from different ovipositions associate to cocoon mass communal construction, observation corroborated by the low relatedness coefficient among individuals of cocoon mass; iii) adults are shortlived; males are smaller than females, which emerge with all eggs matured for fecundation and/or oviposition; iv) the secondary sex ratio, measured by individuals emerged at laboratory, are female-biased. Electrophoretic analyses reveal high levels of average heterozigosity (Hobs = 0.094±0.025SE) for this species, contrasting with previous data for other Hymenopteran species. There were no significant levels of inbreeding inside samples, but the population was structured, suggesting low levels of gene flow, a consequence of their low dispersal ability. / Symphyta é uma Subordem de Hymenoptera cujos representantes são caracterizados por apresentarem caracteres primitivos, como a ausência da constrição abdominal. As larvas de Symphyta são fitófagas e se alimentam de forma gregária, o que faz com que algumas espécies, principalmente as de clima temperado, provoquem danos em florestas, agriculturas e plantas ornamentais. Neste grupo, as pesquisas enfocam principalmente os aspectos ecológicos relacionados ao controle de pragas. Pouco se conhece sobre a estrutura genética de suas populações e os estudos sobre variabilidade genética apontam níveis discordantes dentro do grupo. Neste trabalho, foram estudados alguns aspectos da biologia de D. diversipes, um sínfita neotropical com larvas ativas de novembro a março que tem como planta hospedeira Eugenia glazioviana (Myrtaceae), onde os aglomerados de casulos são encontrados. A variabilidade genética e a estrutura populacional foram determinadas por análise alozímica em eletroforese em gel de amido. Os agregados foram coletados na Estação Ecológica Jataí, (Luiz Antônio, SP 21º25 S, 47º50 W) nos anos de 2000 e 2001 em duas áreas da reserva. Observações de campo evidenciaram; i) as larvas de Digelasinus diversipes se dispersam durante a alimentação, migrando entre as árvores vizinhas; ii) larvas de diferentes posturas se associam para a construção comunal dos aglomerados, observação corroborada pelo baixo valor de parentesco entre os indivíduos do agregado. Os adultos são efêmeros; os machos menores que as fêmeas, que nascem com seus ovos prontos para a fecundação e/ou oviposição. A razão sexual secundária, obtida com indivíduos emergidos em laboratório, é enviesada em favor das fêmeas. As análises eletroforéticas demonstraram heterozigosidade média (Hobs = 0,094± 0,025EP) elevada para a espécie, diferentemente do que ocorre para outros himenópteros. Não foram observados níveis significativos de endogamia nas amostras estudadas, mas a população mostrou-se estruturada, sugerindo fluxo gênico reduzido como conseqüência da baixa capacidade de dispersão.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-09Bitstream added on 2014-06-13T20:46:47Z : No. of bitstreams: 1 zaganini_rl_dr_botib.pdf: 2927308 bytes, checksum: 11e49aa72205c405399cf15d738d9d2d (MD5) / Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva,... / Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-18Bitstream added on 2015-05-14T16:59:00Z : No. of bitstreams: 1 000822497.pdf: 618015 bytes, checksum: 10e49b7cf4610742761f400fa33c5d06 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus), maior psitacídeo do mundo, é uma espécie considerada em vulnerabilidade de extinção (IUCN) principalmente devido à perda de habitat e ao tráfico ilegal. Para estabelecer estratégias que visem a conservação da espécie considerar a composição genética de suas populações é muito importante. Comumente para o estudo da diversidade genética e estrutura genética populacional são utilizados marcadores moleculares que podem ser prospectados no genoma, dentre os quais destacam-se os locos microssatélites. Atualmente, entretanto, não há locos microssatélites polimórficos espécie-específícos identificados em A. hyacinthinus. Esta espécie pode ser encontrada em três regiões possivelmente isoladas, o que evidencia a necessidade de medidas de manejo integradas para a preservação do pool gênico da espécie. Assim, os objetivos principais desse trabalho foram: (i) desenvolver primers para locos microssatélites em A. hyacinthinus, e (ii) analisar a diversidade e a estrutura genética populacional da espécie. Como resultado seis locos espécie-específicos foram prospectados (AnH6, AnH10, AnH17, AnH33, AnH23 e AnH34), dos quais cinco mostraram-se polimórficos em A. hyacinthinus. Além disso, os seis pares de primers mostraram potencial aplicabilidade para estudos populacionais em outras sete espécies de psitacídeos neotropicais. Nas análises populacionais, A. hyacinthinus apresentou um baixo índice de variabilidade genética em comparação à reportada para outros psítacídeos. Esse resultado indica que a baixa variabilidade encontrada não deve ter relação com a utilização restrita de locos heterólogos em trabalhos anteriores, pois foram utilizados tanto locos espécie-específicos quanto locos heterólogos nas análises do presente estudo, sugerindo que esta é uma característica intrínseca da espécie. Além disso, considerando-se a análise de estruturação ... / Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), the largest parrot in the world, is considered vulnerable to extinction (IUCN) mainly due to habitat loss and illegal trade. To establish strategies for the conservation of the species must be regarded the genetic makeup of their populations. Commonly for the study of genetic diversity and population genetic structure are used molecular markers, highlighting specially the microsatellite loci, which in turn need to be isolated for population studies. However, currently there is no polymorphic microsatellite loci identified in A. hyacinthinus. Additionally, the species is distributed in three apparently isolated areas, thus requiring integrated management in order to preserve the gene pool of the species. Thus, the main objectives of this study were: (i) the development of primers for microsatellite loci in Anodorhyncus hyacinthinus, and (ii) the analysis of the diversity and population genetic structure of all areas of occurrence of the species. Six loci species-specific prospected were obtained (AnH6, AnH10, AnH17, AnH23, AnH33 and AnH34) and five of these primers proved to be polymorphic. In addition, these six pairs of primers showed potential applicability for population studies after they were tested in seven Neotropical parrot species. Regarding the population analyzes using both specific and heterologous loci, A. hyacinthinus presented a low level of genetic variability compared to other parrots, thereby indicating that the low variability found should not be related to the use of only heterologous loci in previous studies, suggesting that this is an intrinsic characteristic of this species. Moreover, considering in the analysis of genetic structure by Bayesian clustering of microsatellite data it could not be found genetic structure between subpopulations of four regions [North Pantanal (NP), South Pantanal (SP), Para (PA) and northeast (NE)]. In contrast, Rst indices indicated ...

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:27:02Z : No. of bitstreams: 1 000843759.pdf: 1198801 bytes, checksum: a7d728ac692d7c1e17e88074d6859d76 (MD5) / O complexo de manchas da bainha do arroz engloba três doenças causadas por diferentes espécies de Rhizoctonia: a queima-da-bainha (causada R. solani AG-1 IA), a mancha agregada da bainha (R. oryzae-sativae) e a mancha da bainha (R. oryzae). Distinguir os agentes causais é um passo crítico para manejá-los eficazmente. Em levantamento recente efetuado em cinco áreas de cultivo de arroz no Vale do Paraíba, Brasil, e nos Llanos na Colômbia, R. oryzae-sativae, o patógeno da mancha agregada da bainha, foi a espécie predominante em ambos os países. Neste estudo, nosso principal objetivo foi determinar a estrutura genética das populações de R. oryzae- sativae do arroz no agroecossistema da região do Vale do Paraíba e nos Llanos Colombianos. Inferiu-se sobre o fluxo gênico entre populações do patógeno, dentro e entre os países, e sobre o modo reprodutivo predominante. Nosso segundo objetivo foi determinar o potencial de duas populações brasileiras de R. oryzae-sativae em adaptar-se a espécies forrageiras do gênero Urochloa. Uma vez que essas espécies de forrageiras são cultivadas em áreas adjacentes ou em rotação com arroz, podem estar exercendo elevada pressão de seleção sobre as populações de R. oryzae- sativae. Análises da estrutura genética de populações foram baseadas na genotipagem de isolados de quatro populações do patógeno usando cinco marcadores microssatélites. Populações próximas e distantes apresentaram indícios de fluxo gênico. Evidências de reprodução sexuada nas populações do patógeno e a baixa fração clonal, indicaram a predominância de um sistema reprodutivo recombinante. É provável que basidiósporos desempenhem papel mais importante no ciclo da doença do que se supunha anteriormente. Isolados das duas populações brasileiras de R. oryzae-sativae foram patogênicos e apresentaram variação na agressividade à Urochloa spp., porém com baixos índices de herdabilidade,... / The rice sheath-blight complex comprises three diseases caused by different Rhizoctonia species: sheath blight (caused by R. solani AG-1 IA), aggregated sheath spot (R. oryzae-sativae), and sheath spots (R. oryzae). To be able to distinguish among the causal agents is a critical step in order to manage them effectively. In a recent survey in five rice cropping areas from the Paraíba Valley region, Brazil, and from the Llanos in Colombia, R. oryzae-sativae (the aggregated sheath spot pathogen) was the predominant species on both countries. In this study, our primary objective was to determine the genetic structure of populations of R. oryzae-sativae from rice paddy fields sampled from the Paraiba Valley and the Colombian Llanos. We inferred about gene flow among populations within and between countries and the pathogen's main reproductive mode. The second objective was to infer the potential of the two brazilian populations of R. oryzae-sativae to adapt and become pathogen of forage pastures of the genus Urochloa. Once these forage species are intensively cropped in adjacent areas or under rotation with rice, they might be exerting strong selection pressure on R. oryzae-sativae populations. Population structure analyses were based on genotyping fungal isolates from four populations of the pathogen using five microsatellites markers. Gene flow was detected among geographically close and distant populations. Evidences of sexual reproduction and low clonal fraction found in the populations, indicated the predominance of a mixed reproductive system. It is plausible that basidiospores play a more important role on the disease cycle than previously thought. Isolates from the two brazilian populations of R. oryzae-sativae were pathogenic and varied on aggressiveness to Urochloa spp. However, low levels of heritability for aggressiveness were detected, indicating a yet limited adaptation to Urochloa spp

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:27:01Z : No. of bitstreams: 1 000843674.pdf: 2444912 bytes, checksum: a4d2c1b7a344bcd75cb87ab093f77f2d (MD5) / No início dos anos 90, o fungo Rhizoctonia solani AG-1 IA emergiu como um patógeno importante associado à queima foliar e podridão do coleto em pastagens do gênero braquiária (Urochloa spp.), na América do Sul. Este fungo surgiu pela primeira vez na Colômbia em áreas onde o cultivo de arroz (um hospedeiro altamente suscetível ao fungo) foi substituído por Urochloa, em resposta ao aumento da demanda por pecuária extensiva. Urochloa é uma forrageira de extrema importância para a pecuária da América Latina tropical. Descrito na primeira parte de nosso estudo, um amplo levantamento foi realizado na Amazônia nos estados do Pará, Rondônia, Roraima, e nos Cerrados de Mato Grosso e em áreas de várzeas do Vale do Paraíba, em São Paulo, entre 2012 e 2013. Nossas descobertas revelaram que Rhizoctonia solani AG-1 IA predominou como patógeno associado à queima-da-folha da braquiária no bioma Amazônico Brasileiro, especialmente em Rondônia. Na segunda parte de nosso estudo, descrevendo a estrutura genética de populações de R. solani AG-1 IA que infectam braquiária, arroz ou soja, testou-se a hipótese de que a emergência desse patógeno ocorreu devido a troca ou pulo de hospedeiros, dada a sobreposição geográfica de espécies hospedeiras. Para estudar a estrutura genética das populações, um total de 335 isolados de R. solani AG-1 IA foram coletados de campos de U. brizantha, de Urochloa híbrido Mulato, de arroz ou de soja, na Colômbia ou no Brasil. Esses isolados foram genotipados usando nove loci microssatélites. Padrões históricos de migração entre populações hospedeiro-distintas indicaram a origem provável das populações atuais que infectam braquiária na Colômbia, a partir de população que originalmente infectava o arroz. No Brasil, em contraste, não foi possível estabelecer o mesmo padrão claro assimétrico de migração histórica, uma vez que a migração entre as populações brasileiras de... / The fungus Rhizoctonia solani AG-1 IA emerged in the early 1990s as an important pathogen causing leaf blight and collar rot on pastures of the genus Urochloa (signalgrass) in South America. This pathogen first emerged in Colombia in areas where rice, a host highly susceptible to the fungus, was replaced with Urochloa in response to increased demand for extensive livestock farming. Urochloa is an extremely important forage grass crop for livestock farming in tropical Latin America. Described in the first part of our study, a broad survey was conducted in the Amazon in Pará, Rondônia, Roraima states and in Mato Grosso Cerrado areas, and paddy plains in the Paraíba Valley, in São Paulo, between 2012 and 2013. Our findings revealed that R. solani AG-1 IA was the predominant pathogen associated with the leaf blight on Urochloa in the Brazilian Amazon biome, especially in Rondônia. In the second part of our study, describing the population genetic structure of different host and regional populations of R. solani AG-1 IA infecting Urochloa, rice and soybean, we tested the hypothesis that the emergence of this pathogen occurred due to host shift or jump as a result of geographical overlapping of the host species. To study the genetic structure of populations, a total of 335 R. solani AG-1 IA isolates were sampled from fields of U. brizantha, Urochloa hybrid Mulato, rice and soybeans in Colombia and Brazil. These isolates were genotyped using nine microsatellite loci. The historical patterns of migration of populations from different hosts indicated that the populations currently infecting Urochloa in Colombia most likely originated from a population that originally infected rice. In contrast, in Brazil a similar clear asymmetric pattern of historical migration was not established because the migration rates among Brazilian R. solani AG-1 IA populations from Urochloa, soybean and rice were all symmetric in magnitude (average 20 migrants ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:19Z : No. of bitstreams: 1 000799160.pdf: 880064 bytes, checksum: 14ae5d673f01845508368f93f576c2fa (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / FAPESP: 09/18326-4

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-25Bitstream added on 2015-03-03T12:07:17Z : No. of bitstreams: 1 000811896.pdf: 967104 bytes, checksum: 63037b124f0b61a187940925ad4979e2 (MD5) / A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... / A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ...