Orientador: Fabio Porto-Foresti / Resumo: Os cromossomos B são cromossomos adicionais de natureza dispensável e estão amplamente distribuídos entre os genomas dos eucariotos. Sua estrutura, origem, função, manutenção e comportamento são particulares nos diferentes grupos de uma maneira espécie-específica. Dentre os peixes portadores de cromossomos B da região Neotropical podemos destacar a espécie Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), sendo uma espécie de grande ocorrência na bacia do rio de La Plata. Citogeneticamente, essa espécie apresenta um número diploide composto por 54 cromossomos dos tipos meta/submetacêntrico e apresenta um interessante sistema de microcromossomos B, que pode ocorrer variação interindividual de zero a nove supranumerários, além de apresentar polimorfismo, sendo encontrados três variantes morfológicas (acrocêntrica, metacêntrica e submetacêntrica). P. lineatus pode ser considerada uma espécie modelo de peixe Neotropical para estudos concernentes à origem, comportamento e evolução dos cromossomos B, devido à facilidade de captura, manejo, elevada frequência de supranumerários, além de ter sido utilizada em vários estudos pioneiros relacionados a estrutura, herança e origem dos Bs nos peixes. Entretanto, ainda pouco se sabe sobre a ocorrência dos cromossomos B em P. lineatus ao longo da bacia do rio de La Plata, onde esta espécie esta amplamente distribuída, pois a maioria dos estudos foram conduzidos na população do rio Mogi Guaçu. Diante disto, o presente estudo teve como objetivo estud... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: B chromosomes are additional chromosomes of a dispensable nature and are widely distributed among eukaryotic genomes. Their structure, origin, function, maintenance and behavior are particular in the different groups in a species-specific manner. Among the fish with B chromosomes of Neotropical region we can highlight a species Prochilodus lineatus (Valenciennes, 1836), being a species of great occurrence in the La Plata River basin. Cytogenetically, this species presents a diploid number of 54 chromosomes of the meta/submetacentric types and presents an interesting system of microchromosomes B, which can occur interindividual variation from zero up to nine supernumeraries, besides presenting polymorphism, being found three morphological variants (acrocentric, metacentric and submetacentric). P. lineatus can be considered a model species of Neotropical fish for studies concerning the origin, behavior and evolution of B chromosomes, due to the ease of capture, handling, high frequency of supernumerary, and has been used in several pioneering studies related to the structure, inheritance and origin of Bs in fish. However, little is known about the occurrence of B chromosomes in P. lineatus along the La Plata basin, where this species is widely distributed, since most of the studies were conducted in the Mogi Guaçu River population. Therefore, the present study had as objective to study the occurrence of supernumerary in neotropical fish, besides carrying out a study on the dist... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Os metais presentes no material particulado lançado pelas emissões veiculares, quando em grandes concentrações podem apresentar toxicidade aos organismos vegetais e animais. Metais de transição, são na maioria das vezes indutores da formação de radicais livres nos sistemas biológicos, causando uma consequente peroxidação de moléculas orgânicas. A peroxidação de lipídios é uma evidência da injúria causada por radicais livres. Os objetivos deste trabalho são verificar o impacto ambiental causado por tráfego automotivo com caracterização da concentração de metais tóxicos em diferentes compartimentos ambientais em áreas próximas a estradas e a sua correlação com a formação de lipoperóxidos na citada espécie. Foram capturados indivíduos de Ctenomys minutus (em três locais e nas quatro estações do ano) com auxílio de armadilha do tipo Oneida-Victor n° zero e anestesiados com Zoletil. De cada animal foi retirado 1 a 2 ml de sangue de cada animal para quantificação de subprodutos da lipoperoxidação Em cada ponto de amostragem foram retiradas alíquotas de pêlos e pelotas fecais do animal, de vegetação da qual o animal se alimenta e de solo para formação de amostras compostas representativas do ponto de coleta. Foi dosada a concentração de Cd, Ni, Pb e Zn via atomização eletrotérmica em Forno de Grafite ou via atomização em Espectrofotômetro de Chama. Em relação aos aspectos ambientais, o estudo possibilitou a avaliação do grau de contaminação de metais tóxicos em compartimentos do ambiente em estudo, assim como a avaliação de alguns efeitos biológicos causados pelas emissões veiculares em Ctenomys minutus.

As origens das populações e o processo de povoamento das Américas são questões bastante controversas e, por isso, têm sido amplamente estudadas. O gene LDLR (low density lipoprotein receptor), que está localizado no braço curto do cromossomo 19 (p13.1-p13.3) e possui 18 éxons, bem como uma porção 3’UTR onde ocorrem dois elementos Alu completos (chamados de U e D) e um parcial, foi escolhido para esclarecer esses e outros problemas de evolução e variação genética humana. O objetivo geral deste trabalho foi verificar o que esta região hipervariável, especificamente na sua porção U, nos indicaria sobre a história evolutiva das populações ameríndias. Para este trabalho foram analisadas amostras de DNA de indivíduos nativos da Mongólia (n=24), da Sibéria (n=26), das Américas do Norte (n=11), Central (n=26) e do Sul (n=16), totalizando 14 populações e 103 indivíduos. Essas amostras foram amplificadas pela técnica de PCR (polymerase chain reaction), utilizando-se primers específicos para o segmento hipervariável U e, posteriormente, foram elas seqüenciadas automaticamente. Quatorze sítios polimórficos foram encontrados, classificáveis em sete haplótipos, sendo que o sítio 3809 apresentou uma transversão de C para G não descrita na literatura. A estimativa geral de diversidade nucleotídica (π) foi de 0.62%, considerada alta para um marcador autossômico. Verificou-se uma certa uniformidade haplotípica entre a Ásia e a América, mas com a diferenciação maior ocorrendo entre a Mongólia e a América+Sibéria. Não foi detectada diferenciação significativa entre nativos sul e centro-americanos. De um modo geral, o estudo desse marcador confirmou uma provável origem asiática para as populações ameríndias e apoiou a hipótese de uma única onda de migração no processo de povoamento pré-histórico das Américas.

A Doença de Machado-Joseph (DMJ) ou Ataxia Espinocerebelar 3 (SCA3) é uma doença neurodegenerativa, herdada de modo autossômico dominante. Está associada a uma expansão (CAG)n na região codificadora do gene MJD1, localizado na região cromossômica 14q32.1. A idade de início dos sintomas, entre pacientes brasileiros, ocorre em média aos 32 (12) anos, geralmente após o início da vida reprodutiva; deste modo, a maioria dos portadores tem sua prole antes de manifestarem os sintomas da doença. Para avaliar a capacidade de um determinado genótipo em produzir descendência, criou-se o conceito de valor adaptativo genético, que é uma medida simples de sucesso reprodutivo. Quanto maior a prole de um genótipo, mais fácil seria a sua manutenção no pool gênico da população. O objetivo deste trabalho foi analisar o valor adaptativo genético das famílias com DMJ e compará-lo com dados obtidos a partir do Censo de 2000 do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE). A amostra estudada compreendeu 828 indivíduos (415 afetados) de 82 famílias com diagnóstico molecular de DMJ, originárias do Rio Grande do Sul (RS), com história reprodutiva conhecida e nascidos a partir de 1903. A prevalência estimada da doença foi de 3,5:100.000 habitantes na nossa região. O número médio de filhos das mulheres da população do RS e das mulheres com DMJ, em 2000, foi 1,90 e 2,93 ± 2,3, respectivamente, e esta diferença foi estatisticamente significativa (p<0,001). Se o valor adaptativo da população for considerado 1,0, o da DMJ seria de 1,54. Entretanto, a melhor alternativa para analisar o valor adaptativo é a que avalia o número médio de filhos das mulheres eméritas – com mais de 45 anos ou já falecidas – pois essas já completaram seu período reprodutivo. Embora o número médio de filhos das eméritas com DMJ fosse de 3,89±2,52 e o das mulheres eméritas da população geral fosse de 3,52 filhos, essa diferença não foi significante. Ao contrário, quando se comparou o número médio de filhos das mulheres afetadas com o de suas parentes assintomáticas, houve diferença estatisticamente significativa (p<0,001): tanto na comparação independentemente da idade – 2,93±2,3 e 1,66±1,6, respectivamente – quanto entre as mulheres eméritas – 3,89±2,5 e 2,68±2,0,respectivamente. Se o valor adaptativo das consangüíneas assintomáticas, aos 45 anos, for considerado 1,0, o das portadoras de DMJ, aos 45 anos, seria de 1,45. Esses resultados demonstram um aumento no valor adaptativo genético dos pacientes com DMJ, tanto quando comparados com a população do estado do RS, como com seus parentes assintomáticos. A ausência de significância estatística na comparação entre as mulheres eméritas com DMJ e as da população pode ter decorrido do pequeno tamanho amostral no grupo de doentes (n=112); ou pode indicar um aumento da fecundidade no início da vida reprodutiva das DMJ, característica que desapareceria posteriormente. O aumento da fecundidade encontrado em pacientes com DMJ foi semelhante ao já descrito anteriormente nas portadoras de Doença de Huntington (DH) e na Ataxia Espinocerebelar 1 (SCA1), também doenças neurodegenerativas, quando foram comparadas às suas parentes não portadoras. Especulamos a possibilidade de haver pleiotropismo antagonístico nos genes envolvidos por essas mutações. Esse conceito sugere que um gene pode conferir efeitos benéficos no início da vida (desenvolvimento e maturação sexual rápidos, com aumento da fecundidade e do valor adaptativo do indivíduo que o porta), trazendo efeitos deletérios em fases mais tardias (como os sintomas de uma doença neurodegenerativa e a apoptose neuronal). Em conclusão, a presença da mutação DMJ conferiu um valor adaptativo aumentado às suas portadoras eméritas, quando comparadas às suas parentes não portadoras eméritas, a mesma tendência aparecendo nas comparações feitas com a população geral. / Machado-Joseph Disease (MJD), also known as Spinocerebellar Ataxia 3 (SCA3) is an autosomal dominant neurodegenerative disorder. MJD is associated to a (CAG)n expansion at the MJD1 gene coding region, located at chromosome region 14q32.1. The average age of onset is 32 (12) years among Brazilian patients, usually after the start of their reproductive period, so that most carriers have their offspring before the disease starts. In order to evaluate the capacity of a determined genotype in producing descendants, the genetic fitness concept was created, which is a simple measure of reproductive success. The larger the offspring of a genotype, the easier it would be to maintain itself in the genic pool of a certain population. The aim of the present work was to analyze the genetic fitness of MJD families and to compare it to data obtained from the 2000 Brazilian Census, provided by the Brazilian Institute of Geography and Statistics (IBGE). 824 individuals (415 affected) were studied, belonging to 82 families with a molecular diagnosis of MJD, and proceeding from the state of Rio Grande do Sul (RS). Only individuals with known reproductive history, and born after 1903 were included. From the obtained data, the disease prevalence was estimated at 3.5:100,000 inhabitants in our region. The average number of children (NC) from the women’s population in RS and MJD families, in 2000, were of 1.90 and 2.93 ± 2.3, respectively, with a statistically significant difference (p<0.001). If the population fitness is considered as 1,0, MJD fitness would be 1.54. However, the best alternative to analyze fitness is by evaluating the average NC from emeritus women, with more than 45 years or deceased: in other words, from individuals who have already completed their reproductive period. Although the average NC of emeritus women with MJD was 3.89±2.52 and of emeritus women from the population was 3.52 children, this difference was not significant. In contrast, when the mean NC from affected women was compared with the one of their asymptomatic relatives, a statistically significant difference was found (p<0.001), such as in the comparison independent of age: 2.93±2.3 and 1.66±1.6, respectively. Among the emeritus women, the average NC were of 3.89±2.5 and 2.68±2.0, in affected and asymptomatic groups, respectively (p<0.001). If the fitness of the asymptomatic relatives, at 45 years, is considered as 1,0, that of MJD carriers, at the same age, would be 1.45. These results showed an increase in genetic fitness of MJD patients, when compared with their asymptomatic relatives. The absence of statistical significance in a comparison between emeritus, MJD and population women, could have occurred due to the smallness of the sample size from the affected group (n=112), or it could indicate an increased fecundity at the beginning of MJD reproductive life, a characteristic that would disappear later. The increased fitness found in MJD patients was similar to that described before in Huntington Disease (HD) and Spinocerebellar Ataxia 1 (SCA1) carrier women, also neurodegenerative disorders, when compared to their non-carrier relatives. We speculate the possibility of antagonistic pleotropism acting in genes with these mutations. This concept suggests that a gene can, at the beginning of life, confer benefits (fast development and sexual maturation, with a heightened fecundity and fitness of the affected individual), and still bring deleterious effects in more delayed phases (as the symptoms of a neurodegenerative disease and neuronal apoptosis). In conclusion, the presence of the MJD mutation conferred an increased fitness to the emeritus carriers, when compared to their non-carrier relatives, and the same trend appeared in the comparisons made with the population of our State.

Os microssatélites ou Short Tandem Repeats (STRs) são marcadores moleculares que caracterizam-se por altos níveis de heterozigozidade, dispersão uniforme, alto nível de reprodutividade, codominância e possibilidade de genotipagem por métodos rápidos e simples. Devido a estas características, estes marcadores têm sido amplamente utilizados em genética de populações, estudos evolutivos e análises forenses. Na presente tese, foram utilizados STRs autossômicos e de cromossomos sexuais (X e Y) para a avaliação da estrutura genética da população do Rio Grande do Sul (RS). Grupos ameríndios brasileiros foram também investigados, como uma das populações parentais importantes para a formação da atual população do RS. Para tanto, foram avaliados os sistemas D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX e TH01 (autossômicos); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 e DXS10011 (do cromossomo X) e DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, e DYS385 (do cromossomo Y). As amostras utilizadas foram amplificadas através da técnica de reação em cadeia da polimerase, a partir de primers com fluorórofos incorporados. Os produtos de amplificação foram posteriormente determinados por intermédio de separação em eletroforese capilar. Os resultados obtidos a partir de STRs autossômicos demonstraram a ausência de subestruturação quando a população do Rio Grande do Sul foi comparada com populações 6 de outras regiões do país. As análises de mistura racial exibiram um padrão caracterizado pela predominância da contribuição européia, seguida por ameríndia e africana. As estimativas de miscigenação por regiões do Estado revelaram que a porção oeste do Rio Grande do Sul exibiu os maiores níveis de contribuição ameríndia, se comparados com o restante do Estado. As análises de relacionamento genético, obtidas a partir de dados produzidos na presente tese e também de outras populações, demonstraram que a população do Rio Grande do Sul apresenta maior proximidade genética com a Argentina do que com alguns Estados brasileiros. Em relação às análises realizadas a partir de microssatélites do cromossomo Y, nossos resultados, corroborando estudos prévios, demonstraram uma forte predominância da contribuição européia para a população do Estado, seguida por níveis insignificantes de contribuição africana e ausência de contribuição ameríndia. Os resultados obtidos por intermédio dos marcadores de cromossomo X, para amostras do Rio Grande do Sul e de um pool de amostras de ameríndios, revelaram maiores níveis de desequilíbrio de ligação para o grupo ameríndio, sendo provavelmente reflexos da estruturação populacional relacionada à ação de gargalo de garrafa e à deriva genética. Os níveis de desequilíbrio de ligação encontrados para a amostra sulina foram de menor intensidade, e provavelmente correlacionados à miscigenação. Outrossim, as análises realizadas a partir destes marcadores demonstraram ainda uma maior proximidade das distribuições alélicas da amostra do Rio Grande do Sul com populações européias; enquanto que, para o grupo ameríndio, os resultados revelaram uma maior similaridade com as populações asiáticas. Os dados obtidos na presente Tese confirmam alguns resultados encontrados a partir de análises com outras populações brasileiras, mas também trazem novas informações, que devem ser investigadas em outras amostras populacionais, a fim de que se estabeleça o seu real significado. / Microsatelites or Short Tandem Repeats (STR) are molecular markers characterized by high levels of heterozygozity, uniform dispersal among the human genome, codominance and possibility of genotyping by fast and simple laboratory methods. Due to these characteristics, these markers have been widely used in population genetics, evolution studies and forensic genetics. In the present work, we used autosomes, as well as X-STRs and Y-STRs, to evaluate the genetic structure of the Rio Grande do Sul (RS) population. Amerindian groups were also investigated, due to their importance, as a parental group, for the formation of the present RS population. For this purpose, markers D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, FGA, vWA, CSF1PO, TPOX and TH01 (autosomic); DXS9895, DXS7132, DXS6800, DXS9898, DXS6789, DXS7133, DXS7130, HPRTB, GATA31E08, DXS7423 and DXS10011 (from the X chromosome) and DYS19, DYS389I/II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS437, DYS438, DYS439, and DYS385 (from the Y chromosome ) were used. The samples were amplified by PCR with fluorescent primers, and the PCR products were then analyzed by capillary electrophoresis. Regarding the autosomic STR results, no substructuring was observed between Rio Grande do Sul and other Brazilian regions. The admixture analysis revealed a pattern characterized by the predominance of European, followed by Amerindian and African contributions. The admixture estimates from the western region of Rio Grande do Sul 8 showed a higher Amerindian contribution, if compared with the rest of the state. Genetic relationship analyses, undertaken from the comparisons of the data obtained herein and from other populations, demonstrated that Rio Grande do Sul inhabitants are genetically closer to Argentineans than to other Brazilians. The Y-STR analysis, as in previous studies, showed a higher predominance of European contribution for the patrilineages from Rio Grande do Sul, followed by negligible levels of African contribution and absence of Amerindian contribution. The X-STR results, obtained for a sample from Rio Grande do Sul and another composed by a pool of Amerindian tribes, revealed higher levels of linkage disequilibrium for the latter, probably determined by population structure, derived from bottleneck events and random genetic drift. The levels of linkage disequilibrium found for the RS sample are probably determined by admixture events. Moreover, the X-STR analysis demonstrated a higher proximity from the allelic distributions of the RS population with European populations; whereas, for the Amerindians, our results revealed a closer similarity with the allelic distributions of Asian populations, as expected. The data obtained in the present work corroborate previous results found in other Brazilian populations. However, they also bring new information, which should be investigated in other samples, to verify its real significance.

Orientador: Vítor Fernandes Oliveira de Miranda / Banca: Fábio Pinheiro / Banca: Alessandro de Mello Varani / Banca: Maurício Bacci Junior / Banca: Rinaldo Cesar de Paula / Resumo: Utricularia foliosa e U. gibba são espécies pertencentes à seção Utricularia e apresentam ampla distribuição e variabilidade morfológica. A ocorrência das duas espécies no Brasil e Cuba, a grande distância geográfica entre as regiões, assim como, as diversas barreiras e eventos demográficos ocorridos na região Neotropical podem ter desencadeado processos evolutivos nas espécies que poderiam ser elucidados mediante estudos genéticos de dinâmica populacional. Além destes estudos, trabalhos polínicos também constituem uma importante ferramenta para estabelecer diferenças entre espécies. Partindo destas considerações, o presente estudo teve como objetivos analisar a diversidade genética de populações de U. foliosa e U. gibba do Brasil e Cuba utilizando caracteres moleculares para posteriormente estabelecer relações entre as áreas de distribuição assim como inferir padrões demográficos e filogeográficos para ajudar compreender a história evolutiva de cada espécie. Além disso, caracterizar a morfologia polínica dos táxons de Lentibulariaceae que ocorrem na região ocidental de Cuba. Os resultados mostraram que U. foliosa possui altas taxas de diversidade genética, o que poderia estar condicionado pelo fluxo genético entre populações. As duas espécies mostraram compartilhamento de haplótipos entre as populações e as áreas geográficas (Brasil-Cuba), o que pode estar condicionado por recentes processos de dispersão influenciados pelo habitat aquático onde ocorrem. Por outro lado, a mor... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Utricularia foliosa and U. gibba are species that belong to the section Utricularia and present a wide distribution and morphological variability. The occurrence of the two species in Brazil and Cuba, the geographic distance between the regions, as well as the different barriers and demographic events occurred in the Neotropical region may have caused evolutionary processes in the species that could be elucidated by genetic studies of population dynamics. Besides these studies, pollen analysis also constitutes a important tool to establish differences between these species. Based on these considerations, the present study aimed to analyze the genetic diversity of U. foliosa and U. gibba populations present in Brazil and Cuba using molecular characters to later establish relationships between the distribution areas as well as to infer demographic and phylogeographic patterns that may help to understand the evolutionary history of each species, and to characterize the pollen morphology of the Lentibulariaceae taxa that occur in western Cuba. The results showed that U. foliosa has high rates of genetic diversity, which could be conditioned by the genetic flow between populations. The two species showed shared haplotype between populations and geographical areas (Brazil-Cuba), which may be conditioned by recent dispersal processes influenced by the aquatic habitat where they occur. On the other hand, the pollen morphology of the family Lentibulariaceae in the western region of Cuba showed variation between Genlisea, Pinguicula and Utricularia, being is described for the first time for the genus Pinguicula ser. Albidae, the presence of endo-apertures with fastigia. / Doutor

Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Helvécio Della Coletta Filho / Banca: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Banca: Eduardo Seite Gomide Mizubuti / Resumo: A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... / Abstract: A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ... / Mestre

Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-21T23:15:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_FelipeAokiGoncalves.pdf: 4019040 bytes, checksum: f74776a8e1e4eb45c987837446b58d50 (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - As datas da capa e da página de rosto estão diferentes (uma está fevereiro e outra abril/2018) - Na capa, excluir o texto "Dissertação apresentada..." - Na página de rosto falta o cabeçalho da universidade - No Resumo e no Abstract faltam as palavras-chave e Keywords. Em caso de dúvidas entre em contato pelo email repositoriounesp@reitoria.unesp.br. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-23T13:48:49Z (GMT) / Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-27T00:34:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4850341 bytes, checksum: d57d8babaceaadcbca57c2bb4fd7152e (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - Erro de grafia/digitação no título da capa e na página de rosto. O termo "Tillandsia aeranthos (Lois.)" está sem a letra D. Observe que o arquivo digital deve estar idêntico ao trabalho impresso. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-27T16:27:13Z (GMT) / Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-28T08:53:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4851233 bytes, checksum: 00282da22e9621485fa889dc2eeab49a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Previous issue date: 2018-05-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O continente sul-americano é o mais biodiverso da Terra, sendo palco da interação de complexos processos climáticos e geológicos que moldaram sua biota de forma muito heterogênea. Um crescente numero de estudos estudos de filogeografia de especies Sul Americanos tem auxiliado no entendimento das respostas evolutivas envolvidas em tal diversificação. A família Bromeliaceae é caracterizada por extensa radiação adaptativa, apresenta heterogeneidade de estratégias reprodutivas e padrões distintos de fluxo gênico e estrutura genética. Tillandsia aeranthos (Lois.) L.B. Smith é uma bromeliácea epífita que habita matas ciliares por toda região dos Pampas. Sua ocorrência em densas populações ao longo de ambientes geograficamente distintos a torna um bom modelo para a estudos sobre a influência de fatores geoclimáticos e ecológicos no padrão de distribuição da variabilidade genética e decorrentes processos de especiação ou manutenção da integridade da espécie. Esta dissertação foi dividida em dois manuscritos a fim de fornecer dados e análises úteis para a compreensão da evolução desta espécie neotropical. No Capítulo 1 foi realizada a amplificação heteróloga em Tillandsia aeranthos e Tillandsia recurvata de marcadores microssatélites nucleares previamente desenvolvidos para outras espécies de Bromeliaceae. Conjuntos de sete e seis marcadores apresentaram índices satisfatórios de polimorfismos em T. aeranthos e T. recurvata, respectivamente. A análise dos dados em duas populações de 20 indivíduos de cada espécie apresentou resultados compatíveis com sistemas reprodutivos distintos de cada espécie: fecundação cruzada predominante em T. aeranthos e auto-fecundação predominante em T. recurvata. No Capítulo 2 investigamos os padrões de variabilidade e estrutura genética e sistema reprodutivo de Tillandsia aeranthos ao longo da distribuição geográfica da espécie. Um total de 203 indivíduos de 13 localidades foi analisado a partir de sete marcadores microssatélites nucleares; 12 indivíduos tiveram 13 regiões universais plastidiais sequenciadas; e 74 indivíduos com 543 flores foram submetidos a experimentos de polinização manual. Os dados de microssatélites nucleares apontam altos níveis de diversidade genética em T. aeranthos (HE=0,806; HO=0,745) apesar de todas as regiões plastidiais sequenciadas terem sido monomórficas, sem diferenciação haplotípica. Foi observada também baixa diferenciação populacional (FST=0,031) sem correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas das populações (isolamento-por-distância). Sinais moderados de eventos recentes de gargalo genético foram detectados em somente quatro das 13 populações, indicando que a maior parte das populações apresentou estabilidade demográfica durante o último máximo glacial. Os experimentos de manipulação polínica evidenciaram auto-incompatibilidade total em T. aeranthos. Em conclusão, os resultados demonstram altos níveis de diversidade genética e estabilidade demográfica na espécie, com fluxo gênico ocorrendo sem barreiras geográficas evidentes dentro da área de ocorrência de Tillandsia aeranthos. / South America is the most biodiverse subcontinent of the planet, bearing interactions between complex geoclimatic processes that heterogeneously molded its biota. An increasing number of Phylographic studies in South American species have helped us to understand the evolutionary responses that gradually formed such great biodiversity. Bromeliaceae is a family of herbaceous plants characterized by extreme adaptive radiation, its species present a wide range of reproductive strategies and distinct patterns of gene flow and genetic structure. Tillandsia aeranhos (Lois.) L.B. Smith is an epiphyte that inhabits mainly riparian forests of the Pampas biome. It occurs in dense populations across distinct habitats and topographic profiles, which makes it a good model species in studies about the influence of geo-climatic and ecologic factors over patterns of genetic variability and structure, as well as subsequent evolutionary processes of speciation or species cohesion maintenance. This dissertation presents two manuscripts aiming to provide data and analysis that will allow a better comprehension of T. aeranthos evolutionary history. In Chapter 1, we performed cross-amplifications of several nuclear microsatellite loci developed for other bromeliad species in Tillandsia aeranthos and T. recurvata. Sets of seven and six markers amplified satisfactorily and were polymorphic in T. aeanthos an T. recurvata respectively. The following analysis were carried in two populations of 20 individuals for each species and results were in accordance to opposite breeding sytems of each species: predominant cross-pollination in T. aeranthos and predominant self-pollination in T. recurvata. In Chapter 2, we investigated patterns of genetic diversity, phylogeographic structure and breeding system in T. aeranthos across most of its geographic distribution. Altogether, 203 individuals were analyzed from seven microsatellite markers; 12 individuals were analyzed from 13 chloroplast regions; and controlled pollinatin experiments were carried in 74 individuals bearing 543 flowers. Nuclear microsatellite data suggests very high levels of genetic diversity (HE=0,806; HO=0,74). Contrastingly, all chloroplast regions were monomorphic, with no haplotype differentiation. Genetic structure was very low (FST=0,031)) and isolation-by-distance hypothesis was refuted. Moderated signs of recent bottleneck events were detected in four out of 13 populations, suggesting that most populations were demographically stable since the last glacial maximum. Controlled pollination experiments showed complete self-incompatibility in T. aeranthos. In conclusion, our results sow high levels of genetic diversity and demographic stability in the species, with gene flow occurring freely without evidence of geographic barriers across the species geographic distribution. / FAPESP: 2016/03777-4 / FAPESP: 2014/15586-6

Fatores genéticos e ambientais são apontados como fatores causais para explicar as diferenças no desenvolvimento de problemas de saúde entre grupos étnicos. O conceito de raça/etnia é definido, assim como as indicações de seu uso. Diabetes melito (DM) como um estado de doença com uma marcada variabilidade étnico-racial é utilizado como exemplo de análise. Através de estudo transversal avaliou-se a prevalência das complicações vasculares em uma amostra de pacientes com DM tipo 2. Um total de 864 pacientes, incluindo 656 brancos, 104 mulatos e 104 pretos, classificados por auto-definição, foram avaliados através de protocolo padrão para doença arterial coronariana (DAC), doença vascular periférica (DVP), acidente vascular cerebral (AVC), retinopatia diabética (RD), nefropatia diabética (ND) e neuropatia diabética sensório-motora distal (NSMD). Pacientes brancos e mulatos eram mais velhos que os pacientes pretos (61,0 ± 9,3 vs. 60,1 ± 10,3 vs. 56,0 ± 10,3 anos; P <0,001), embora o tempo de duração do DM fosse semelhante entre os grupos (14,8 ± 8,2 vs. 14,2 ± 6,7 vs. 13,3 ± 7,0 anos; P = 0,169). Parâmetros antropométricos (índice de massa corporal e medida da cintura), prevalência de síndrome metabólica, hipertensão arterial sistêmica, níveis de hemoglobina glicada, também foram similares entre os grupos. Em relação às complicações crônicas do DM, brancos, mulatos e pretos apresentaram-se com uma prevalência similar de DVP, AVC e NSMD. Mulatos e pretos, quando comparados com brancos, apresentaram uma maior prevalência de DAC (45,4% vs. 60,4% vs. 39,2% ; P=0,004). As prevalências de microalbuminúria (22,4%, 21,2 e 22,1%; P= 0,906) e macroalbuminuria (16,2%, 19,2% and 13,5%; P= 0,915) foram similares entre os grupos. Doença renal avançada (diálise) (9% vs. 8,7% vs. 18,3%; P=0,012) e RDP (21,5% vs. 15,4% vs. 34,6%; P=0,005) foram mais freqüentes em pretos. Estas diferenças se mantiveram após ajustes para possíveis fatores de confusão. Concluindo, em pacientes com DM tipo 2 com o mesmo tipo de assistência médica, controle pressórico e metabólico, foi observada uma prevalência maior de DAC, RDP e doença renal avançada em pacientes pretos. Os mecanismos pelos quais estas diferenças ocorrem não são claros e componentes genéticos e/ou ambientais devem ser melhor explorados. Entretanto, até que este melhor entendimento seja disponível, uma abordagem mais agressiva na avaliação e manejo dos fatores de risco para as complicações do DM nos indivíduos pretos deve ser pensada.

Considerando a importância do comportamento meiótico e da recombinação para regular os níveis de variabilidade genética, realizamos o primeiro estudo sobre a meiose masculina e feminina de seis membros do grupo da Drosophila willistoni, um dos mais representativos da família Drosophilidae na região Neotropical. Como ponto de partida, foi necessário padronizar condições técnicas para tal, adaptando protocolos pré-existentes e estabelecidos por outros autores para espécies procedentes do Hemisfério Norte, como a cosmopolita Drosophila melanogaster e a D. ananassae. A qualidade dos preparados e a resolução por nós encontradas para as espécies do grupo willistoni, foi muito superior às obtidas para D. melanogaster, sendo comparável com a excelência das figuras meióticas propiciadas pela D. ananassae. Apesar do baixo número de células em divisão (cerca de 45% dos machos, em média) detectadas, conseguimos caracterizar as fases da divisão meiótica em primórdios das gônadas de larvas macho de D. willistoni e o padrão de sinapse do par sexual e dos autossomos. Inicialmente, foi realizada a análise de duas diferentes populações, cuja prole apresenta sinais de instabilidade genética (como hipermutabilidade e atrofia gonadal), sob condições de cultivo em temperaturas fisiológica e restritiva. Em machos de ambas as linhagens (exceto em uma delas, onde observou-se um indivíduo aneuplóide XO), e nos machos da primeira geração de cruzamento entre as duas populações, não foram observadas irregularidades meióticas nem aberrações cromossômicas, tanto sob temperatura fisiológica, quanto restritiva. Análise posterior da população híbrida, mantida em laboratório, entretanto, permitiu a detecção de quebras, de pontes anafásicas, e de figuras compatíveis com quiasmas no segundo par cromossômico No braço esquerdo do cromossomo II (o chamado IIL) nesta população híbrida, segregam três inversões, a IILF (sub-terminal) e as inversões IILD+E, (na região mediana). Analisando paralelamente as configurações dos cromossomos politênicos interfásicos das glândulas salivares larvais e os meióticos dos primórdios das gônadas de cada larva macho individualmente, observou-se que sempre que ocorreram pontes anafásicas, os indivíduos eram heterozigotos para pelo menos a inversão IILF, e que as quebras detectadas no segundo cromossomo ocorreram na região subterminal de um dos braços. Estes achados fazem supor que nestes machos, estaria havendo recombinação dentro da alça de inversão formada em heterozigotos para a inversão IILF, o que necessita ser testado através de dados genéticos, em estudos futuros. Em machos de uma população natural desta espécie, também observou-se figuras compatíveis com quiasmas na parte terminal do mesmo braço esquerdo do segundo cromossomo, onde segrega a inversão IILH. Já a meiose de machos de uma população de cada uma das espécies crípticas D. paulistorum, D. tropicalis, D. equinoxialis, D. insularis e da não críptica D. nebulosa, mostrou-se regular, não sendo encontradas evidências de não-disjunções, quebras e pontes anafásicas, como em D. willistoni, apesar de todas elas apresentarem polimorfismo cromossômico para inversões paracêntricas (embora menor). O estudo futuro de novas populações deverá esclarecer se a D. willistoni suporta ou não, maiores níveis de recombinação em machos do que as outras espécies, e se estes achados podem ser interpretados como uma estratégia da D. willistoni (considerada como ancestral às outras) para manter altos níveis de polimorfismo, sem perdas gaméticas importantes, nem comprometimento da estabilidade de seu sistema genético A meiose de fêmeas de Drosophila willistoni e de D. paulistorum também foi caracterizada em linhagens igualmente polimórficas, de ambas as espécies. A detecção citológica de recombinação, entretanto, não foi possível, devido à peculiaridade dos cromossomos de oócitos, de assumirem a forma de cariossomo, altamente compactada justo nas fases de prófase I.