Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-27T14:40:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ImunoexpressaoProteinaPten.pdf: 721291 bytes, checksum: 03e5ed9580eb970d3aead1e730a43890 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-04-11T15:25:33Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ImunoexpressaoProteinaPten.pdf: 721291 bytes, checksum: 03e5ed9580eb970d3aead1e730a43890 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-11T15:25:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_ImunoexpressaoProteinaPten.pdf: 721291 bytes, checksum: 03e5ed9580eb970d3aead1e730a43890 (MD5) Previous issue date: 2016-06-03 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O Carcinoma de Células Escamosa Oral (CCEO) é a neoplasia maligna mais comum que afeta a cavidade oral, sendo responsável por mais de 90% dos casos diagnosticados neste sítio anatômico. Apesar dos recentes avanços no tratamento, a taxa de sobrevivência de 5 anos ainda gira em torno de 30-50%. Mecanismos moleculares que esclarecem a agressividade de lesões ajudam na identificação de quimioterápicos que possam ser utilizados para melhorar a taxa de sobrevida. O objetivo deste estudo foi investigar a imunoexpressão da proteína PTEN através da técnica de imuno-histoquímica (IHC) em amostras de pacientes com carcinoma epidermoide de boca (CEB) e relacioná-la com características clínico-patológicas, grau histológico e sobrevida e, ao lado disso, avaliar a presença de deleção alélica através da técnica de FISH. Nossos resultados mostraram que em um total de 119 casos de carcinoma epidermoide, 31 casos foram negativos para expressão de PTEN e 88 casos foram positivos, sendo 15 (17,05%) bem diferenciados, 43 (48,86%) moderadamente diferenciados e 30 (34,09%) pouco diferenciados. Considerando as características clinico-patológicas não foram encontradas correlações estatísticas significantes com a expressão de PTEN por IHC. Em relação à sobrevida foi observado que pacientes com infiltração linfononal (N) = 2 ou 3 cm tem risco 4 vezes maior de ir a óbito do que um paciente com N = 0 ou 1 cm. Por fim, houve associação significativa entre expressão por IHC negativa e o resultado da técnica de FISH no que diz respeito a deleção e entre expressão por IHC positiva e o resultado da técnica de FISH não deletado. / Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC) is the most common malignant neoplastic that affects the oral cavity, accounting for 90% of all cases diagnosed in this anatomic site. Despite the recent advances in the treatment, the survival rate varies from 30 to 50%. Molecular mechanisms which elucidates the agressive behaviour of these lesions help to identify new chemotherapeutics that might be used in the treatment in order to improve the survival rates. The aim of this study was investigating the imunoexpression of PTEN protein through the immunohistochemical technique (IHC) in CEB samples and relate them with clinicopathological features, histological grades and survival and in addition, evaluate the presence of allelic deletion through the Fluorescent In Situ Hybridization technique (FISH). Our results showed that a total from 119 cases of CEB, 31 cases were negative to expression of protein PTEN and 88 cases were positive for PTEN, from which 15 (17,05%) were well differentiated, 43 (48,86%) moderately differentiated and 30 (34,09%) were poorly differentiated. Considering the clinicophatological features, there were not statistically significant correlations with the IHC expression of PTEN. Regarding the survival rates, it was observed that patients presenting lymph node infiltration (N) = 2 or 3 has 4 times greater risk of dying than those presenting N = 0 or 1. Finally, there was a significant association between expression by IHC negative and the result of FISH technique regarding the deletion, and between the positive PTEN expression and the non-deleted result of FISH technique.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-10-29Bitstream added on 2014-06-13T20:16:56Z : No. of bitstreams: 1 dorigam_jcp_me_jabo.pdf: 312165 bytes, checksum: 46d86105f14153865d709bdd2aef73a2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo desta pesquisa foi modelar o máximo potencial e deposição de nitrogênio de frangos de corte, de ambos os sexos, em função da idade e estimar as exigências de lisina digestível para diferentes deposições de proteína e eficiência de utilização da lisina. Foi conduzido um ensaio de balanço de nitrogênio para cada período (6 a 21, 22 a 37 e 38 a 53 dias). Cada ave foi alojada em uma gaiola metabólica e cada ensaio teve duração de 15 dias (cinco de adaptação e dois períodos de coleta de cinco dias). Foram utilizadas em cada ensaio 84 aves (42 machos e 42 fêmeas) distribuídas num delineamento inteiramente casualizado com sete tratamentos e seis repetições. Os tratamentos foram sete dietas variando os níveis de proteína de 61 a 364 g/kg na matéria seca, com a lisina limitante (4,91 g de lisina/ 100g de PB) pela técnica da diluição. A partir da aplicação de modelos não lineares foram determinados a máxima deposição de nitrogênio (NDmaxT) e a exigência de nitrogênio para mantença. Estes dados foram utilizados na modelagem da exigência de lisina. Assumindo 60% do NDmaxT e a eficiência de utilização média de lisina para os cálculos, as concentrações ótimas de lisina estimadas foram 1,07 e 0,96% (6 a 21 dias), 1,01 e 0,93% (22 a 37 dias), 0,90 e 0,72% (38 a 53 dias) para machos e fêmeas, respectivamente (correspondente a 50, 120 e 160 g de consumo diário de ração, respectivamente). A análise dos dados permitiu concluir que o uso de modelos não lineares na estimativa da exigência dos aminoácidos é um procedimento vantajoso por refletir quantitativamente a eficiência de utilização do aminoácido sobre a deposição de proteína com a idade / The aim of this study was to model the response of fast-growing broilers (Cobb 500) and estimate the digestible lysine requirements considering the age, sex, daily protein deposition and efficiency of lysine utilization. For this, a nitrogen balance trial was conducted for each period (6 - 21, 22 – 37, and 38 - 53 days). Each broiler was housed in a metabolic cage and each trial lasted 15 days (five for adaptation and two consecutive periods of five days of collection). Each trial had 84 broilers (42 males and 42 females) assigned in a completely randomized design with seven treatments and six replications. Treatments consisted of seven diets with protein levels ranging from 61 to 364 g/kg in the dry matter, with the limiting lysine (4.91 g lysine / 100g de CP) provided by the dilution technique. From the application of nonlinear models were determined the maximum nitrogen deposition (NDmaxT) and the nitrogen requirement for maintenance. These data were used to model the lysine requirement. Taking 60% NDmaxT and the average utilization efficiency of lysine for calculations, optimal concentrations of lysine estimated were 1.07 and 0.96% (6-21 days), 1.01 and 0.93% (22-37 days), 0.90 and 0.72% (38-53 days) for males and females, respectively (corresponding to 50, 120 and 160 g daily feed intake, respectively). The model applied allowed estimation of digestible lysine requirement consistent with the published data and the flexibility of the model allows to make recommendations for each protein deposition and consumption observed in the field

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4644.pdf: 10384990 bytes, checksum: c8ab8c109d1671b477c700f556bd68bc (MD5) Previous issue date: 2011-08-26 / Universidade Federal de Minas Gerais / The thioredoxin peroxidase (Tpx) is a group of antioxidant proteins that has been widely studied due to its role in the decomposition of different peroxides such as H2O2, peroxynitrite and organic peroxides. The ability of peroxide decomposition by Tpx is related to the presence of a conserved cysteine called peroxidatic cysteine (CysP). Most Tpx has a second cysteine (resolving cysteine - CysR) which forms a disulfide with CysP after peroxide decomposition. In addition to the peroxidase activity, some Tpx have molecular chaperone activity and are also involved in signaling of cell growth induced by hydroperoxides. It has been demonstrated that the Tpx cytosolic isoform of Schizosaccharomyces pombe is able to interact directly with MAPK (Sty1) via mixed disulfide, which is stabilized when the CysR is replaced by a serine residue. Saccharomyces cerevisiae have a nuclear isoform of Tpx (nTPx) and review of the literature shows the importance of this protein in maintaining the telomere silencing and decomposition of organic peroxides in the nucleus. Scale proteomic studies using mass spectrometry and two-hybrid indicate the nTPx association with MAP kinases. However, despite its location and participation in biological processes of relevance, works related to nTPx are scarce. Scale proteomics studies reported the physical interaction between nTPx and Mec3, Gts1, Pc1 and Dog2. These proteins are related to cell signaling or maintenance of telomeric silencing. However, no specific studies were performed to confirm these interactions and if they are established by mixed disulfides. This study aimed to evaluate the interactions previously described in the literature between nTPx and Mec3, Pcl1, Dog2 and Gts1 through the expression and purification of these proteins and in vitro evaluation of interactions as well as in vivo tests using two-hybrid. Several efforts were made with different approaches, nevertheless it was impossible overexpression of Mec3, Pcl1, Dog2, indicating a toxic effect of these proteins on the strains used. Furthermore, we found great success in overexpression of nTPx and nTpxC112S (8 mg and 10 mg per liter of cell culture) in Eschericchia coli strain BL21 (DE3) C43. This is the first time that these proteins were expressed in native form. It was also possible to overexpress the Gts1 protein in the same strain. These results could lead for new approaches in future studies in order to determine these threedimensional structures, by methods such as X-ray crystallography or nuclear magnetic resonance (NMR). Finally, the results obtainedusing the technique of two-hybrid yeast confirmed the interaction in vivo among nTPx and Mec3, Gts1, Dog2. However, opposing the results described in the literature, no interaction was detected between nTPx and PCL1, emphasizing the necessity of specific experiments in addition to the large-scale ones. / As tiorredoxinas peroxidases (TPx), constituem um grupo de proteínas antioxidantes que vêm sendo bastante estudadas pela sua atuação na decomposição de diversos tipos peróxidos, como o H2O2, peroxinitritos e peróxidos orgânicos. A capacidade de decomposição de peróxidos pelas TPx está relacionada a presença de uma cisteína conservada denominada de cisteína peroxidásica (CysP). A maioria das TPx possuem uma segunda cisteína (cisteína de resolução - CysR) a qual forma um dissulfeto com CysP após a decomposição de um peróxido. Adicionalmente, à atividade peroxidásica, algumas TPx possuem atividade de chaperona molecular e também estão envolvidas em processos de sinalização de crescimento celular induzidos por hidroperóxidos. Já foi demonstrado que a isoforma citosólica de TPx de Schizosaccharomyces pombe é capaz de interagir diretamente com uma MAPK (Sty1) através da formação de um dissulfeto misto entre as proteínas, que é estabilizado quando a CysR é substituída por um resíduo de serina. Entretanto, nenhuma interação deste tipo foi descrita para outros organismos. Em Saccharomyces cerevisiae ocorre uma isoforma de TPx no núcleo (nTPx) e a revisão da literatura demonstra a relevância desta proteína na manutenção do silenciamento dos telômeros e decomposição de peróxidos orgânicos no núcleo. Estudos em escala proteômica utilizando espectrometria de massa e duplo híbrido indicam a associação de nTPx com MAP quinases, entretanto, apesar de sua localização e participação em processos biológicos de relevância, trabalhos relacionados com nTPx são escassos. Estudos em escala proteômica relataram a interação física entre nTPx e as proteínas Mec3, Gts1, Pcl1 e Dog2 relacionadas a sinalização celular ou manutenção do silenciamento telomérico. No entanto, não foram efetuados estudos pontuais visando confirmar estas interações como também averiguar a possibilidade das interações entre nTPx e as proteínas supracitadas serem estabelecidas através de dissulfetos mistos. Este trabalho teve por objetivo a avaliação de interações previamente descritas na literatura entre nTPx e Mec3, Pcl1 e Dog2 por meio da expressão e purificação destas proteínas e avaliação in vitro de interações como também in vivo através de ensaios de duplo híbrido. Diversos esforços com diferentes abordagens foram efetuados, entretanto não foi possível a superexpressão de Mec3, Pcl1, Dog2, indicando um efeito tóxico destas proteínas sobre as linhagens utilizadas. Por outro lado, obtivemos grande sucesso na superexpressão de nTPx e nTpxC112S (8 mg e 10 mg por litro de cultura de células) em linhagens de Eschericchia coli BL21 (DE3) C43, o que representa a primeira vez que estas proteínas foram expressas sem trucamentos. Também foi possível expressar na mesma linhagem a proteína Gts1. Estes resultados abrem a possibilidade de estudos posteriores visando a determinação de suas estruturas tridimensionais, por metodologias como cristalografia de raios-X ou ressonância magnética nuclear (RMN). Por fim, os resultados de interação in vivo utilizando a técnica de duplo híbrido em levedura, confirmaram a interação entre nTPx e Mec3, Gts1 e Dog2. Entretanto ao contrario dos resultados descritos na literatura, não foi detectada interação entre nTPx e Pcl1, reforçando que experimentos pontuais são necessários em adição aos experimentos de larga escala.

Orientador: Maria Alice Rostom de Mello / Banca: Eliete Luciano / Banca: Renato Rocha / Banca: Julio Wilson dos Santos / Banca: Ricardo José Gomes / Resumo: A desnutrição protéica é, ainda, hoje, grave problema médico-social nos países em desenvolvimento. Assim, é de grande interesse o desenvolvimento de procedimentos mais efetivos no seu tratamento. Isso inclui o emprego do exercício físico bem como de novas fontes de proteína na alimentação. O presente estudo visou avaliar os efeitos da spirulina como fonte protéica, associada ou não ao exercício físico, sobre o crescimento e o metabolismo protéico muscular de ratos em recuperação da desnutrição protéica. Foram utilizados ratos Wistar, jovens (30 dias), separados nos seguintes grupos, de acordo com a fonte e a quantidade de proteína na dieta: I- Caseína 17% dos 30 aos 150 dias de idade; II- Spirulina 17% dos 30 aos 150 dias de idade; III- Caseína 6% dos 30 aos 150 dias de idade; IV- Caseína 6% dos 30 aos 90 dias e Spirulina 17% dos 91 aos 150 dias de idade; V- Caseína 6% dos 30 aos 90 dias e Caseína 17% dos 91 aos 150 dias de idade. Aos 91 dias, metade dos animais de cada grupo foi submetida ao treinamento físico de natação, 1 hora/dia, 5 dias/semana, durante 8 semanas, com sobrecarga equivalente à transição metabólica aeróbio/anaeróbio determinada pelo teste do lactato mínimo. No músculo sóleo foram determinados peso e teores de proteína total e de DNA para inferir sobre o crescimento. Como índices do metabolismo protéico muscular, foram avaliadas as taxas de síntese (incorporação de 14C fenilalanina) e degradação (liberação de tirosina) de proteínas bem como a expressão da proteína miosina (western blotting). A spirulina provou ser uma fonte protéica adequada para animais submetidos ou não à desnutrição... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: As we enter the 21st century and the new millennium, malnutrition remains the single most important factor impairing health and productivity of large human populations, mainly in the developing countries. For this reason, the exploration of alternative alimentary protein sources became a matter of generalized interest and may be, or not, associated to physical exercise. The present study verified the effects of the blue green alga spirulina as the dietary source of protein, associated or not to physical exercise, on growing and protein metabolism in skeletal muscle of young rats recovering from malnutrition. Young male wistar rats were separated into groups, according to diet protocol: Casein 6% from 30 to 150 days old; Spirulina 17% from 30 to 150 days; Casein 17% from 30 to 150 days; Casein 6% from 30 to 90 days and Spirulina 17% from 91 to 150 days and Casein 6% from 30 to 90 days and Casein 17% from 91 to 150 days. At 91 days, 50% of the animals of each group was submitted to swimming physical training, 1 hour/day, 5 days/week, during 8 weeks, supporting overload equivalent to aerobic/anaerobic metabolic transition determined by lactate minimum test. Spirulina proved to be an adequate protein source for animals submitted or not to protein malnutrition. This quality could be demonstrated by the maintenance of body length and weight of young animals fed the balanced diet containing spirulina. Considering the analysis of the muscle protein metabolism, the rates of protein synthesis and the expression... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Nilva Kazue Sakomura / Coorientador: Luciano Hauschild / Banca: Angela Sunder / Banca: Izabelle Auxiliadora Molina de Almeida Teixeira / Resumo: O objetivo desta pesquisa foi modelar o máximo potencial e deposição de nitrogênio de frangos de corte, de ambos os sexos, em função da idade e estimar as exigências de lisina digestível para diferentes deposições de proteína e eficiência de utilização da lisina. Foi conduzido um ensaio de balanço de nitrogênio para cada período (6 a 21, 22 a 37 e 38 a 53 dias). Cada ave foi alojada em uma gaiola metabólica e cada ensaio teve duração de 15 dias (cinco de adaptação e dois períodos de coleta de cinco dias). Foram utilizadas em cada ensaio 84 aves (42 machos e 42 fêmeas) distribuídas num delineamento inteiramente casualizado com sete tratamentos e seis repetições. Os tratamentos foram sete dietas variando os níveis de proteína de 61 a 364 g/kg na matéria seca, com a lisina limitante (4,91 g de lisina/ 100g de PB) pela técnica da diluição. A partir da aplicação de modelos não lineares foram determinados a máxima deposição de nitrogênio (NDmaxT) e a exigência de nitrogênio para mantença. Estes dados foram utilizados na modelagem da exigência de lisina. Assumindo 60% do NDmaxT e a eficiência de utilização média de lisina para os cálculos, as concentrações ótimas de lisina estimadas foram 1,07 e 0,96% (6 a 21 dias), 1,01 e 0,93% (22 a 37 dias), 0,90 e 0,72% (38 a 53 dias) para machos e fêmeas, respectivamente (correspondente a 50, 120 e 160 g de consumo diário de ração, respectivamente). A análise dos dados permitiu concluir que o uso de modelos não lineares na estimativa da exigência dos aminoácidos é um procedimento vantajoso por refletir quantitativamente a eficiência de utilização do aminoácido sobre a deposição de proteína com a idade / Abstract: The aim of this study was to model the response of fast-growing broilers (Cobb 500) and estimate the digestible lysine requirements considering the age, sex, daily protein deposition and efficiency of lysine utilization. For this, a nitrogen balance trial was conducted for each period (6 - 21, 22 - 37, and 38 - 53 days). Each broiler was housed in a metabolic cage and each trial lasted 15 days (five for adaptation and two consecutive periods of five days of collection). Each trial had 84 broilers (42 males and 42 females) assigned in a completely randomized design with seven treatments and six replications. Treatments consisted of seven diets with protein levels ranging from 61 to 364 g/kg in the dry matter, with the limiting lysine (4.91 g lysine / 100g de CP) provided by the dilution technique. From the application of nonlinear models were determined the maximum nitrogen deposition (NDmaxT) and the nitrogen requirement for maintenance. These data were used to model the lysine requirement. Taking 60% NDmaxT and the average utilization efficiency of lysine for calculations, optimal concentrations of lysine estimated were 1.07 and 0.96% (6-21 days), 1.01 and 0.93% (22-37 days), 0.90 and 0.72% (38-53 days) for males and females, respectively (corresponding to 50, 120 and 160 g daily feed intake, respectively). The model applied allowed estimation of digestible lysine requirement consistent with the published data and the flexibility of the model allows to make recommendations for each protein deposition and consumption observed in the field / Mestre

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / Inibidores de proteases vegetais sÃo proteÃnas de baixa massa molecular, geralmente presentes em altas concentraÃÃes nos tecidos de armazenamento, particularmente em sementes de plantas pertencentes à famÃlia Fabaceae. Neste estudo, um inibidor de proteases pertencente à famÃlia Bowman-Birk (LzaBBI) foi purificado a partir do extrato salino de sementes de Luetzelburgia auriculata. ApÃs fervura desse extrato salino, o inibidor foi purificado por cromatografia de afinidade em matriz de anidrotripsina-Sepharose 4B, seguido de cromatografia em matriz de troca iÃnica (DEAE Sepharose) e cromatografia em fase reversa. Em condiÃÃes redutoras, ou nÃo, o LzaBBI apresentou massa molecular aparente de 17,3 kDa, e uma Ãnica cadeia polipeptÃdica. Sua sequÃncia NH2-terminal possui alta similaridade com inibidores do tipo Bowman-Birk de leguminosas. O LzaBBI permaneceu estÃvel apÃs fervura a 98 ÂC por 120 min, bem como apÃs incubado na faixa de pHs entre 2 a 11. AlÃm de possuir relevante estabilidade estrutural, de importÃncia para futuras aplicaÃÃes biotecnolÃgicas, apresentou efeito negativo no crescimento da bactÃria Staphylococcus aureus, quando em baixas concentraÃÃes. / Plant protease inhibitors are proteins of low molecular weight, usually present in high concentrations in storage tissues, particularly in seeds of species belong to the Fabaceae family. In this study, a Bowman-Birk protease inhibitor (LzaBBI) was purified from the saline extract of the Luetzelburgia auriculata seeds After boiling of this saline extract, the inhibitor was purified by affinity chromatography on Sepharose 4B-anhydrotrypsin, followed by ion exchange chromatography on DEAE Sepharose and reverse phase chromatography. Under reducing conditions or not, LzaBBI showed an apparent molecular mass of 17.3 kDa and a single polypeptide chain. The NH2-terminal sequencing of the LzaBBI showed high similarity with other Bowman-Birk inhibitors of legumes. LzaBBI remained stable after boiling at 98 ÂC for 120 min and also remained stable with trypsin inhibitory activity after incubation in pH buffers with pHs varying from 2 to 11. In addition to its relevant structural stability, of importance in future biotechnological applications, LzaBBI showed negative impact on the Staphylococcus aureus development when at low doses.

Orientadores: Maria Julia Marques, Humberto Santo Neto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T12:44:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pertille_Adriana_D.pdf: 3109380 bytes, checksum: b99b5c31b8c138b7d403dd2de4f6629c (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: A distrofia muscular de Duchenne (DMD) é caracterizada pela falta de distrofina, proteína estrutural do sarcolema que promove a sua estabilização. Em ausência de distrofina, ocorre aumento da permeabilidade ao cálcio e conseqüente mionecrose. Músculos como tibial anterior, sóleo, diafragma e esternomastóide sofrem ciclos de mionecrose e regeneração muscular. Por outro lado, os músculos extra-oculares (EO) não apresentam degeneração, sendo protegidos da falta da distrofina. A atividade das proteínas ligadas ao Ca++ pode ser um dos mecanismos envolvidos para explicar tal proteção. Nossos resultados revelaram aumento significativo do conteúdo da calmodulina (CaM) e quinase da cadeia leve de miosina (MLCK) no músculos EO mdx quando comparado ao controle. A quantidade da calpaína 1 dos músculos EO distróficos foi igual ao controle, confirmando a ausência do processo de degeneração muscular. Também verificamos se alterações no padrão de distribuição dos receptores de acetilcolina (ACh) e dos terminais nervosos, observadas em junções neuromusculares distróficas, são decorrentes da falta da distrofina ou da regeneração da fibra muscular. O padrão de distribuição dos receptores ACh nos músculos retos e oblíquos distróficos, não mostraram alteração quando comparados ao controle. No músculo retrator do bulbo mdx (parcialmente afetado pela distrofia) 56% dos receptores apresentaram padrão de distribuição alterado. Nossos resultados sugerem que a distrofina ou o complexo distrofina-glicoproteínas (CDG), não estão diretamente envolvidos na organização dos receptores nos músculos EO / Abstract: Duchenne muscular dystrophy (DMD) is characterized by the lack of dystrophin, structural protein that provides stability to the sarcolemma. In the absence of dystrophin, causes increased calcium permeability, leading to myonecrosis. Tibialis anterior, soleus, diaphragm and stermomastoid muscles undergoes myonecrosis and regeneration cycles. However, extraocular muscles (EO) do not show degeneration and are spared of the lack of dystrophin. We investigated whether this protection is related to an activated of calcium-binding proteins. Ours results showed significantly increased of calmodulin (CaM) and of the myosin light chain kinase (MLCK) in the mdx EO compared to control muscles. Calpain quantity in the dystrophic EO was equal of the control, confirmed the lack of the degeneration muscular processed. We also investigated whether changes in acetylcholine (Ach) receptor distribution at the neuromuscular junction and the nerve terminal, showed in the dystrophic neuromuscular junction, which could be correlated to the lack of dystrophy or the muscle fiber regeneration. Distribution ACh receptor in the dystrophic rectus and oblique exhibited no changes compared to control. In mdx retractor bulbi (partial affected by the dystrophy) 56% of the receptor exhibited distribution altered. Taken together, the results suggest the dystrophin or the dystrophin-glycoprotein complex does not influence the distribution of acetylcholine receptors at the neuromuscular junction of spared EO / Doutorado / Anatomia / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Roberto Herminio Moretti / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-13T17:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tomikawa_MariMatsuoka_M.pdf: 1329078 bytes, checksum: 42c41def14ca408db9e99f7b1e8bcddd (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Produtos comerciais a base de extrato hidrossolúvel de soja em combinação com sucos de frutas têm obtido êxito no mercado, como alternativa proteica com benefícios funcionais. No entanto, a quantidade de proteína de soja nessas associações é relativamente baixa no mercado nacional, de 0,6 a 3,0%. O presente trabalho constituiu no desenvolvimento uma sobremesa a base de soja com características semelhantes aos queijos petit suisse, com teor de proteína de soja acima dos produtos a base de extrato hidrossolúvel de soja combinados com sucos de frutas encontrados hoje no mercado brasileiro, e com características sensoriais aceitas pelo consumidor. As sobremesas de soja foram desenvolvidas a partir da coagulação do extrato hidrossolúvel de soja sulfato de cálcio (CaSO4.2H2O) em concentrações de variando de 0,25 a 1%, acréscimo de goma guar em concentrações de 0,02 a 0,2% e ajuste de pH (4,0 a 4,4) com ácido lático 85%. O efeito dessas variáveis foi avaliado sobre a composição física e química, o conteúdo de cálcio, o rendimento em proteína e a firmeza das sobremesas de soja obtidas nos ensaios experimentais. Todas as variáveis foram influenciadas significativamente (p=0,05) pela concentração de CaSO4.2H2O. O teor de sólidos totais e o conteúdo de cálcio elevaram-se com o aumento da concentração de coagulante. O teor de proteína e lipídios e a firmeza apresentaram forte correlação entre si, com tendência crescente com o aumento da concentração de CaSO4.2H2O até 0,88%, seguido de um declínio dos valores dessas variáveis com o acréscimo de coagulante até 1% CaSO4.2H2O. Somente a acidez foi influenciada significativamente pelo pH, e a interação do pH com a goma guar teve efeito negativo significativo no rendimento em proteína. Nem a goma guar nem as outras interações das variáveis independentes tiveram influência significativa sobre as variáveis dependentes. Os ensaios escolhidos para a avaliação sensorial, pela composição físico-química e qualidade aparente que apresentaram, foram o ensaio com 0,88% CaSO4.2H2O; 0,05% goma guar e pH 4,3 (ensaio 6), e o ensaio com 0,63% CaSO4.2H2O, 0,02% goma guar e pH 4,2 (ensaio 11). As amostras diferiram significativamente somente no atributo 'textura', sendo o ensaio 6 mais aceito sensorialmente pelos provadores, caracterizando-se como a melhor formulação para o desenvolvimento da sobremesa de soja tipo petit suisse, dentro dos limites experimentais / Abstract: Commercial products produced from soymilk in combination with fruit juices has been successful in the market, being an alternative protein source with functional benefits. However, protein content in these soybean associations is relatively low in the national market, about 0.6 to 3.0%. The present study was the development of a soy-based dessert with similar features of petit suisse cheeses, with higher soy-protein content than the products from soymilk in combination with fruit juices found actually in the brazilian market, and with acceptable sensory characteristics by the consumer. The soy desserts were made from soymilk coagulation with calcium sulphate concentrations (CaSO4.2H2O) ranging from 0.25 to 1%, with addition of guar gum at 0.02 to 0.2% concentrations and pH correction (4.0 to 4.4) with lactic acid 85%. The effect of these variables CaSO4.2H2O, guar gum and pH) were evaluated on the physical and chemical composition, the calcium content, the protein recovery (yield in protein) and the firmness of the soy desserts obtained from the experimental trials. All variables were significantly influenced (p = 0.05) by the concentration of CaSO4.2H2O. The total solids and calcium content increased with increasing coagulant concentration. The protein and lipids content and the firmness, showed a strong relationship between them. The protein content and the firmness trend was toward an increase with increasing concentration of CaSO4.2H2O up to 0.88%, followed by a descrease at 1% CaSO4.2H2O. Only the titrable acidity was affected by pH. The pH and guar gum interaction had significant negative effect on yield in protein. Neither guar gum nor any other interactions of the independent variables, had significant influence on the dependent variables. The tests chosen for the sensory evaluation, by the physico-chemical composition and better quality apparent, were the test with CaSO4.2H2O, 0.05% guar gum and pH 4.3 (test 6), and the test with 0.63% CaSO4.2H2O, 0.02% guar gum and pH 4.2 (test 11). The samples showed difference only on the attribute of 'texture', with test 6 being the most accepted test for the sensory panelists, electing it as the best formulation for the development of soybean dessert like petit suisse cheese, within the experimental limits / Mestrado / Mestre em Tecnologia de Alimentos

Orientador: Jorg Kobarg / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto e Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T00:02:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bressan_GustavoCosta_D.pdf: 16510013 bytes, checksum: 30f3887b16b18caf89b81d091caca8d7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: A proteína Ki-1/57 foi descoberta através da reação cruzada do anticorpo monoclonal Ki-1 em células do linfoma de Hodgkin. Foi demonstrado previamente que Ki-1/57 sofre fosforilação por PKCs e metilação por PRMT1, uma arginino metiltransferase que modula diversas proteínas ligadoras a RNA. Nesse trabalho, é mostrada a interação de Ki-1/57 com sondas de RNA e com proteínas envolvidas no controle de splicing de pré-mRNA. O seu envolvimento no controle de splicing foi confirmado em ensaios de cotransfecção em células de mamíferos. Análises de microscopia de confocal mostraram a localização da construção EGFP-Ki-1/57 em diferentes corpúsculos nucleares de forma dependente da metilação celular. Essas regiões compreendem nucléolos, speckles, corpos de Cajal e GEMS, conhecidamente envolvidas na biogênese, maturação ou armazenamento de complexos de processamento de RNA/pré-RNA no núcleo. Análises a partir de construções truncadas sugeriram o N-terminal de Ki-1/57 como importante para a interação com proteínas reguladoras de splicing e localização nos corpúsculos nucleares, enquanto o C-terminal como necessário e suficiente para a ligação a RNA poliuridina e localização citoplasmática. Por outro lado, essas duas regiões pareceram atuar em conjunto no processamento do gene E1A. Similarmente a hnRNPQ, Ki-1/57 e outras proteínas funcionalmente relacionadas, SFRS9 é mostrada como alvo de metilação por PRMT1. A inibição da metilação resultou em um aumento do número de células apresentando localização da construção EGFP-SFRS9 no interior de nucléolos, mostrando a importância dessa modificação para a localização subnuclear de SFRS9. As características estruturais de Ki-1/57 também foram investigadas através de diferentes abordagens. Análises por SAXS, gel filtração analítica e ultracentrifugação analítica indicaram uma estrutura bastante alongada e flexível para a construção C-terminal 6xhis-(122-413)Ki-1/57. Ensaios de proteólise limitada também sugeriram uma baixa composição de núcleos hidrofóbicos estáveis e compactos. A capacidade de Ki-1/57 em sofrer enovelamento induzido após a interação com ligantes também foi monitorada em experimentos de dicroísmo circular. Embora não tenha sido observada nenhuma alteração estrutural após a incubação de 6xhis-(122-413)Ki-1/57 com o RNA poliuridina, a adição de TFE foi capaz de promover pequenos ganhos de elementos de estrutura secundária regular. Esses dados, juntamente com predições computacionais, sugerem que Ki-1/57 é uma nova proteína intrinsecamente desordenada, o que pode explicar o elevado número de diferentes proteínas parceiras que ela é capaz de interagir. / Abstract: The Ki-1/57 protein has been discovered through the cross reactivity of the monoclonal antibody Ki-1 in Hodgkin lymphoma cells. Previously, it was demonstrated that Ki-1/57 undergoes phosphorylation by PKCs and methylation by PRMT1, an arginine methyltransferase that modulates many RNA binding proteins. Here, the interaction of Ki-1/57 with RNA polyuridine and proteins involved in pre-mRNA splicing control are shown. Its involvement in splicing regulation was confirmed by cotransfection assays in mammalian cells. Confocal microscopy analyses revealed the localization of EGFP-Ki-1/57 at different nuclear bodies, depending on the cellular methylation status. These regions include nucleoli, speckles, Cajal bodies and GEMS, which are all known to be involved in biogenesis, maturation or storing of RNA/pre-mRNA processing complexes in the nucleus. Analysis from experiments with truncated forms of Ki-1/57 suggested its N-terminus as important for its interaction with splicing proteins and localization at nuclear bodies. In turn, its C-terminus was seen as necessary and sufficient for the cytoplasmic localization and polyuridine RNA binding. However, these two regions seemed to be required working together for an efficient splicing activity on E1A gene. Similarly to hnRNPQ, Ki-1/57 and others functionally related proteins, SFRS9 is shown here as a target for methylation by PRMT1. The inhibition of this activity resulted in increase in the number of cells showing EGFP-SFRS9 in the nucleoli, suggesting the importance of methylation for the subnuclear localization of SFRS9. The structural characteristics of Ki-1/57 also have been investigated through different approaches. Analyses by SAXS, analytical gel filtration and analytical ultracentrifugation techniques suggested a very elongated and flexible structure for the C-terminal construct (122-413)Ki-1/57. Also, limited proteolysis analysis suggested a low composition of stable and compact hydrophobic cores. The ability of Ki-1/57 in suffering binding-induced folding was also investigated. Although no structural modification has been observed after incubating (122-413)Ki-1/57 with a polyuridine RNA, the addition of the TFE probe was able to promote a small gain of regular secondary structural elements. These findings, together with different computational predictions, pointed out that Ki-1/57 is a novel intrinsically unstructured protein. This could explain the wide array of protein partners with which it is able to interact. / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Ana Carolina de Mattos Zeri, Nilson Ivo Tonin Zanchin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T05:56:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_JulianaFerreirade_D.pdf: 4266971 bytes, checksum: b6c93b83027283390194f44df501c5b2 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Proteínas da família SBOS (Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome) ocorrem largamente na natureza e s.ão bastante conservadas, apresentando ortólogas em Archaea e eucariotos. Estudos de análises genômica e biofísica tem relacionado a SBOS com o metabolismo de RNA e biosíntese de ribossomos. O gene ortólogo da SBOS de Archaea está localizado em um operon conservado que contém genes do processamento de RNA; estudos de perfil de expressão gênica tem agrupado o gene da proteína SBOS de Saccharomyces cerevisiae, Sdo1p, com fatores do processamento de rRNA e estudos de análise proteômica identificaram a interação da proteína Sdo1p com fatores da biossíntese de ribossomos; ortólogas de planta contém um C-terminal estendido apresentando motivo de ligação a RNA. Mutações identificadas no gene SBDS tem sido relacionadas com a síndrome Shwachman-Oiamond (80S), uma doença caracterizada por insuficiência exócrina pancreática e disfunção na medula óssea, cujos pacientes apresentam grandes chances de desenvolver leucemia. SOS representa, portanto, um importante modelo para entender os processos envolvidos no desenvolvimento da leucemia. O objetivo principal desse trabalho consistiu na caracterização estrutural e funcional de proteínas da família SBOS. Foram realizados ensaios de cristalização com ortólogas ; da SBOS de Archaea, levedura, tripanossoma e humana. A SBOS de Pyrococcus abyssi foi cristalizada, porém os cristais difrataram a baixa resolução (3,50 A). A ' caracterização da SBOS ortóloga de Trypanosoma cruzi (TcSBOS) mostrou que esta, proteína contém uma região C-terminal estendida. Ensaios de proteólise limitada,' dicroismo circular e espectroscopia por Ressonância Magnética Nuclear (RMN) indicaram que a região adicional da TcSBOS se comporta como um fragmento de proteína intrinsicamente desenovelado, responsável pela interação da TcSBOS com RNA, verificada por ensaios de Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA). Também foi realizada a determinação da estrutura da ortóloga humana (HsSBOS) em solução por espectroscopia de RMN. A proteína HsSBOS é composta de três domínios bem estruturados, apresentando mobilidade conformacional entre os domínios N-terminal e central. Experimentos de titulação de RNA, novamente utilizando-se RMN, possibilitaram a confirmação da interação direta da SBOS humana com RNA. A região de ligação ao RNA foi identificada no N-terminal da proteína, região bastante conservada na família e considerada o principal alvo das mutações relacionadas à doença SDS / Abstract: The Shwachman-Bodian-Oiamond syndrome (SBOS) protein family occurs widely in nature and is highly conserved, with orthologues in Archaea and eukaryotes. Genomic and biophysical studies have suggested involvement of this protein in RNA metabolism and in ribosome biogenesis. Archaeal SBOS orthologue genes are located within highly conserved operons that include RNA-processing genes; transcriptional profiling analysis has clustered the yeast ortholog protein Sdo 1 p with rRNA processing factors and proteomic analysis have identified potential interactions between Sd01 p and ribosome biogenesis factors; several plant SBOS orthologues contain extended C-terminal region with putative RNA binding motif. Mutations in the SBDS gene are associated to the Shwachman-Oiamond syndrome (SOS), arare multisystem disorder characterized by exocrine pancreatic insufficiency, bone marrow dysfunction, and an increased risk of acute myeloid leukemia. SOS therefore represents an extremely useful model for understanding leukaemogenesis. The objective of the present work was the structural and functional characterization of the SBOS protein family. SBOS orthologues from Archaea, yeast, trypanosomatid and human were assayed for crystallization. The Archaeal SBOS orthologue, PaUPF0023 in Pyrococcus abyssi, was crystallized, but the crystals 'diffracted to a relatively low resolution (3.50 A). Characterization of the Trypanosoma cruzi SBOS ortholog (TcSBOS) by using limited proteolysis, circular dichroism and NMR analyses indicated that the C-terminal additional region of TcSBOS behaves as a natively unfolded protein segment, responsible for TcSBOS-RNA interaction activity in electrophoretic mobility shift assays. We have also determined the solution structure and backbone dynamics of the human SBOS protein using NMR spectroscopy. The overall structure of human SBOS comprises three well-folded domains with conformational exchange in the linker between the N-terminal and the central domains. RNA titration experiments using NMR spectroscopy provide evidence that human SBOS interacts with RNA via the N-terminal domain, a conserved region in the SBOS family and the most frequent target for SOSassociated mutations / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular