<p>La distribution quantique de clés est une technique cryptographique permettant l'échange de clés secrètes dont la confidentialité est garantie par les lois de la mécanique quantique. Le comportement particulier des particules élémentaires est exploité. En effet, en mécanique quantique, toute mesure sur l'état d'une particule modifie irrémédiablement cet état. En jouant sur cette propriété, deux parties, souvent appelées Alice et Bob, peuvent encoder une clé secrète dans des porteurs quantiques tels que des photons uniques. Toute tentative d'espionnage demande à l'espion, Eve, une mesure de l'état du photon qui transmet un bit de clé et donc se traduit par une perturbation de l'état. Alice et Bob peuvent alors se rendre compte de la présence d'Eve par un nombre inhabituel d'erreurs de transmission.</p> <p>L'information échangée par la distribution quantique n'est pas directement utilisable mais doit être d'abord traitée. Les erreurs de transmissions, qu'elles soient dues à un espion ou simplement à du bruit dans le canal de communication, doivent être corrigées grâce à une technique appelée réconciliation. Ensuite, la connaissance partielle d'un espion qui n'aurait perturbé qu'une partie des porteurs doit être supprimée de la clé finale grâce à une technique dite d'amplification de confidentialité.</p> <p>Cette thèse s'inscrit dans le contexte de la distribution quantique de clé où les porteurs sont des états continus de la lumière. En particulier, une partie importante de ce travail est consacrée au traitement de l'information continue échangée par un protocole particulier de distribution quantique de clés, où les porteurs sont des états cohérents de la lumière. La nature continue de cette information implique des aménagements particuliers des techniques de réconciliation, qui ont surtout été développées pour traiter l'information binaire. Nous proposons une technique dite de réconciliation en tranches qui permet de traiter efficacement l'information continue. L'ensemble des techniques développées a été utilisé en collaboration avec l'Institut d'Optique à Orsay, France, pour produire la première expérience de distribution quantique de clés au moyen d'états cohérents de la lumière modulés continuement.</p> <p>D'autres aspects importants sont également traités dans cette thèse, tels que la mise en perspective de la distribution quantique de clés dans un contexte cryptographique, la spécification d'un protocole complet, la création de nouvelles techniques d'amplification de confidentialité plus rapides à mettre en œuvre ou l'étude théorique et pratique d'algorithmes alternatifs de réconciliation.</p> <p>Enfin, nous étudions la sécurité du protocole à états cohérents en établissant son équivalence à un protocole de purification d'intrication. Sans entrer dans les détails, cette équivalence, formelle, permet de valider la robustesse du protocole contre tout type d'espionnage, même le plus compliqué possible, permis par les lois de la mécanique quantique. En particulier, nous généralisons l'algorithme de réconciliation en tranches pour le transformer en un protocole de purification et nous établissons ainsi un protocole de distribution quantique sûr contre toute stratégie d'espionnage.</p> <p>Quantum key distribution is a cryptographic technique, which allows to exchange secret keys whose confidentiality is guaranteed by the laws of quantum mechanics. The strange behavior of elementary particles is exploited. In quantum mechnics, any measurement of the state of a particle irreversibly modifies this state. By taking advantage of this property, two parties, often called Alice and bob, can encode a secret key into quatum information carriers such as single photons. Any attempt at eavesdropping requires the spy, Eve, to measure the state of the photon and thus to perturb this state. Alice and Bob can then be aware of Eve's presence by a unusually high number of transmission errors.</p> <p>The information exchanged by quantum key distribution is not directly usable but must first be processed. Transmission errors, whether they are caused by an eavesdropper or simply by noise in the transmission channel, must be corrected with a technique called reconciliation. Then, the partial knowledge of an eavesdropper, who would perturb only a fraction of the carriers, must be wiped out from the final key thanks to a technique called privacy amplification.</p> <p>The context of this thesis is the quantum key distribution with continuous states of light as carriers. An important part of this work deals with the processing of continuous information exchanged by a particular protocol, where the carriers are coherent states of light. The continuous nature of information in this case implies peculiar changes to the reconciliation techniques, which have mostly been developed to process binary information. We propose a technique called sliced error correction, which allows to efficiently process continuous information. The set of the developed techniques was used in collaboration with the Institut d'Optique, Orsay, France, to set up the first experiment of quantum key distribution with continuously-modulated coherent states of light.</p> <p>Other important aspects are also treated in this thesis, such as placing quantum key distribution in the context of a cryptosystem, the specification of a complete protocol, the creation of new techniques for faster privacy amplification or the theoretical and practical study of alternate reconciliation algorithms.</p> <p>Finally, we study the security of the coherent state protocol by analyzing its equivalence with an entanglement purification protocol. Without going into the details, this formal equivalence allows to validate the robustness of the protocol against any kind of eavesdropping, even the most intricate one allowed by the laws of quantum mechanics. In particular, we generalize the sliced error correction algorithm so as to transform it into a purification protocol and we thus establish a quantum key distribution protocol secure against any eavesdropping strategy.</p>

La production et la maintenance de contenus géographiques se fait souvent grâce à la mise en commun de contributions diverses. La mise à jour des données de l'IGN s'appuie ainsi sur l'intégration de données de partenaires ou la prise en compte d'alertes d'évolution du terrain. C'est également le cas des contenus libres produits par des projets communautaires comme OpenStreetMap. Un aspect problématique est la gestion de la qualité d'un contenu géographique collaboratif, particulièrement de leur cohérence afin de permettre que des prises de décision s'appuient dessus. Cette cohérence est liée à l'homogénéité de la représentation de l'espace, ainsi qu'à la préservation d'informations importantes non explicites mais qui peuvent être retrouvées sur les entités décrites grâce à leurs géométries. Ce travail de thèse propose un modèle baptisé Coalla pour l'édition collaborative d'un contenu géographique avec gestion de la cohérence. Ce modèle comporte trois contributions : 1) l'identification et la définition des éléments que doit comporter un vocabulaire formel visant à faciliter la construction d'un contenu géographique collaboratif ; 2) un processus d'aide à la construction à la volée d'un vocabulaire formel à partir de spécifications formelles des bases de données IGN et à des vocabulaires collaboratifs existants, et 3) une stratégie d'évaluation et de réconciliation des contributions afin de les intégrer d'une façon cohérente au contenu central. Notre modèle Coalla a été implémenté dans un prototype

Ce mémoire de maîtrise comprend une recherche basée sur l’œuvre dramatique ¡Ay, Carmela !, du dramaturge et directeur du théâtre espagnol contemporain, José Sanchis Sinisterra. Mise en scène pour la première fois en 1987, ¡Ay, Carmela ! est considérée une des plus importantes créations théâtrales représentées depuis l’après-guerre espagnole. Reconnue à l’échelle internationale, ¡Ay, Carmela ! illustre les conséquences de la guerre civile espagnole (1936-1939). À travers l’étude de la structure temporelle et spatiale, ainsi que de l’analyse des caractéristiques des personnages de cette pièce dramatique, le présent travail de recherche essaie de démontrer que les manifestations de la récupération de la mémoire historique se reflètent dans ¡Ay, Carmela !, de telle sorte que la pièce peut être considérée comme précurseur artistique de la « Loi de la mémoire historique » (Ley 52/2007, également appelée la Declaración de reparación y reconocimiento personal). On y retrouve ainsi une forte critique du pacte de silence de la transition démocratique espagnole (1975-1978). Ce travail a comme base méthodologique les outils théoriques de la sémiologie théâtrale (Bobes, García Barrientos, Rubiera) et aussi les écrits de P. Ricœur y de J. Derrida, sur le fonctionnement des mécanismes de la mémoire, de l’oubli et du pardon. Cette recherche se conclut avec une brève étude comparative entre l’œuvre de Sinisterra et l’adaptation cinématographique ¡Ay, Carmela! du réalisateur Carlos Saura. / This MA thesis embodies a research undertaken relative to the play ¡Ay, Carmela !, written by José Sanchis Sinisterra, a Spanish playwright and theatrical director. Staged for the first time in 1987, ¡Ay, Carmela ! is considered one of the most important dramas created since the post-war era. This work, which gained international recognition, perfectly illustrates the consequences of the Spanish Civil War (1936-1939). By examining both time and space, as well as analyzing the characters of this play, the present research intends to prove that the manifestations through which historical memory is recuperated throughout the play ultimately transform it into the forerunner to the “Historical Memory Law” (Ley 52/2007, also known as the “Declaración de reparación y reconocimiento personal”). Moreover, this thorough examination of the play will demonstrate within it a strong critique of the Pact of Silence signed during the Democratic Transition (1975-1978). Two main methodological approaches will be used to do so: that of theatre semiotics (specifically the theories of Bobes, García Barrientos, Rubiera) as well as comparisons to the writings of P. Ricœur y de J. Derrida, which will help support the ideas related to the memory, the forgetting and the forgiveness. Finally, this Master’s thesis will end with a short comparative study between the aforementioned play and the movie ¡Ay, Carmela!, directed by Carlos Saura.

Ce mémoire est une étude d’un cas de rapprochement entre deux pays. Pendant la guerre de Crimée, la Grande-Bretagne s’allia à la France du Second Empire. Ennemie traditionnelle, la France est toujours considérée comme une menace. La coopération forcée entre les deux pays, résultat des circonstances, est à la base de la présente recherche. Des milliers de militaires et de civils des deux pays travaillèrent ensemble pendant deux ans. Les correspondances britanniques révèlent une fraternisation plus importante que ce qui est relevé dans l’historiographie. D’après les théories de Gordon Allport sur la diminution des préjugés, toutes les conditions nécessaires à un rapprochement se retrouvaient en Crimée. Les étapes, définies par Allport, qui mènent à cette fraternisation se perçoivent aussi dans les lettres personnelles. Ce rapprochement eut des conséquences sous-estimées : les Britanniques se comparèrent aux Français et leur fierté céda la place à une importante autocritique. Cela déclencha des controverses dans l’armée et dans les journaux dès le début de la guerre, longtemps avant les scandales de l’hiver 1854-1855. / In the Crimean war, Great-Britain made an alliance with the Second French Empire, the traditional enemy, still considered as a threat; this cooperation, forced by circumstances, forms the basis of this research. Thousands of soldiers and civilians from both countries worked together for two years. The British personal letters reveal a fraternization between both cultures that is more important than the one mentioned in the historiography. According to Gordon Allport’s theories on the diminution of prejudices, all the necessary conditions for reconciliation could be found in Crimea. The steps leading to the fraternization, defined by Allport, are also perceptible in the personal letters. This reconciliation had under-estimated consequences: British soldiers and civilians started comparing themselves with the French and their pride gave place to an important self-criticism. This led to scandals in the army and the newspapers from the very beginning of the war, long before the scandals of the winter 1854-1855.

Le présent mémoire est consacré à l'étude de l'obligation faite à l'État canadien de consulter les autochtones lorsqu'il envisage de prendre des mesures portant atteinte à leurs droits et intérêts. On s'y interroge sur le sens que peut avoir cette obligation, si elle n'inclut pas celle de s'entendre avec les autochtones. Notre étude retrace d'abord l'évolution de l'obligation de consulter dans la jurisprudence de la Cour suprême du Canada, pour se pencher ensuite sur l'élaboration d'un modèle théorique du processus consultatif. En observant la manière dont la jurisprudence relative aux droits ancestraux a donné naissance à l'obligation de consulter, on constate que c'est en s'approchant au plus près de l'idée d'autonomie gouvernementale autochtone - soit en définissant le titre ancestral, droit autochtone à la terre elle-même - que la Cour a senti le besoin de développer la consultation en tant que véritable outil de dialogue entre l'État et les Premières nations. Or, pour assurer la participation réelle des parties au processus de consultation, la Cour a ensuite dû balancer leur rapport de forces, ce qu'elle a fait en admettant le manque de légitimité du pouvoir étatique sur les autochtones. C'est ainsi qu'après avoir donné naissance au processus de consultation, la jurisprudence relative aux droits ancestraux pourrait à son tour être modifiée substantiellement par son entremise. En effet, l'égalité qu'il commande remet en question l'approche culturaliste de la Cour aux droits ancestraux, et pourrait l'amener à refonder ces droits dans le principe plus égalitaire de continuité des ordres juridiques autochtones. Contrairement à l'approche culturaliste actuelle, ce principe fait place à la reconnaissance juridique de l'autonomie gouvernementale autochtone. La logique interne égalitaire du processus de consultation ayant ainsi été exposée, elle fait ensuite l'objet d'une plus ample analyse. On se demande d'abord comment concevoir cette logique sur le plan théorique. Ceci exige d'ancrer la consultation, en tant qu'institution juridique, dans une certaine vision du droit. Nous adoptons ici celle de Lon Fuller, riche de sens pour nos fins. Puis, nous explicitons les principes structurants du processus consultatif. Il appert de cette réflexion que l'effectivité de la consultation dépend de la qualité du dialogue qu'elle engendre entre les parties. Si elle respecte sa morale inhérente, la consultation peut générer une relation morale unique entre les autochtones et l'État canadien. Cette relation de reconnaissance mutuelle est une relation de don. / In this essay, we study the Canadian State's duty to consult Aboriginal peoples when it purports to infringe on their rights and interests. We start with the following question: What meaning, if any, does the duty to consult have, if it does not include a duty to reach a consensus ? Our study is divided in two parts. First, we trace the evolution of the duty to consult in the decisions of the Supreme Court of Canada. Secondly, we discuss a theoretical model for the consultation process. Our study of the genesis and subsequent evolution of the duty to consult reveals that this duty gains some ambit when the Court is called upon to define the notion of aboriginal title - the type of aboriginal right that cornes closest to full aboriginal self-government on a piece of land. In its effort to construct the consultation process, the Court soon realizes that if it wants both parties to really engage in it, it has to balance their relationship, something the Court does by admitting the State's lack of legitimate authority over the Aboriginals. But affirming the equal status of both parties in the consultation process leads to further consequences than the mere effectiveness of that process. Aboriginal equality does not fit weIl within the Court's cultural approach to aboriginal rights. The common law doctrine of continuity of the aboriginal legal orders is more congenial to that equality, as it leads naturally to the legal recognition of a measure of aboriginal autonomy within Canada. Thus, after giving birth to the consultation process, the law of aboriginal rights could itself be substantially modified through the logical implications of its own offspring. Having exposed the egalitarian logic inherent to the consultation process, we proceed to study that logic in further detail. We ground our quest for the inherent structure of consultation in a larger understanding of the law itself, which proceeds from Lon Fuller' s view of law as facilitating human interaction. We then discuss the principles that give content to a consultation process directed to achieve reconciliation. Effective consultation depends on the quality of the dialogue that it generates. Appropriately conceived and implemented, the consultation process between Aboriginal peoples and the State embodies a unique moral relationship, one of mutual recognition, capturing the' spirit of giving'.

Avant-propos: La résolution de conflits s’est installée dans les cursus universitaires comme une discipline à part entière sinon comme une orientation au sein de plusieurs sciences sociales. En effet, ce champ d’étude fait de plus en plus l’objet de réflexions en sciences politiques, en sociologie, en anthropologie, etc, et ce, de par l’interdisciplinarité des questionnements qui en relèvent. Toutefois, la dimension religieuse, souvent considérée comme source de conflits, est quasi inexistante lorsqu’il est question d’approches de résolution. Nous nous proposons donc d’examiner la solha, une pratique proche orientale au sein de laquelle le fait religieux est une composante essentielle à la réconciliation escomptée. Note concernant la translittération: Les termes provenant de l’arabe feront l’objet d’une translittération phonétique basée sur le français. Notez que les translittérations en langue française sont différentes de celle en langue anglaise. Par exemple, le terme solha trouvera son équivalent anglais dans le terme sulha (d’où la différence d’orthographe entre le contenu de cette étude et les citations qui proviennent d’articles anglophones). De plus, notez que le genre (féminin, masculin) des termes translittérés reprendra celui de la langue d’origine, l’arabe. Ainsi, solha sera féminin, jaha aussi, etc… Finalement, pour des raisons de clarté, les termes translittérés seront tous en italique dans le texte. / La solha (« réconciliation » en arabe) est une méthode de résolution de conflits millénaire provenant du milieu tribal proche oriental. Bien au delà du simple règlement de litige, cette réconciliation vise à rétablir l’harmonie au sein des tissus sociaux déchirés. Habilitée à traiter toutes sortes de conflits, de la simple forme pénale aux cas criminels les plus complexes (cycles de vengeances et de vendetta), la solha s’est adaptée à des milieux très différents. La cause principale de son efficacité semble être l’universalité de ses principes fondamentaux (le pardon, la nécessité d’une réinsertion sociale du coupable, la satisfaction des victimes, etc.) ainsi que l’adéquation de ses rituels de réconciliation aux mœurs des populations qui la pratiquent. Ce mémoire cherche à approfondir notre compréhension de cette approche traditionnelle afin d’enrichir nos connaissances et moyens en termes de résolution de conflits contemporains. A cette fin, seront isolés les éléments fondamentaux qui font l’efficacité de cette méthode. Ceux-ci constitueront un modèle théorique minimal de la solha qui permettra d’entamer, à ce stade de l’étude, une réflexion quant à la possibilité de transposer de tels acquis à des milieux d’interventions nouveaux. / The sulha (“reconciliation” in Arabic) is a thousand years old conflict resolution method used in the near east tribal world. Far beyond a simple mediation, its objective is a solid reconstruction of the destroyed social network. Habilitated to deal with all kinds of conflicts, from simple penal cases to long lasting vendettas, the sulha process has proven its usefulness in very different social milieu. The most evident reason for this success has been its dual composition: fundamental principles that seem universal (forgiveness, social reinsertion of the guilty, satisfaction of the victims, etc.) and adaptive rituals that fit into people’s customs. This thesis seeks to enrich our knowledge and means in terms of conflict resolution by trying to reveal the mechanisms that make this method so efficient. The main objective is to compose a basic theoretical model of the sulha that would open a reflection about the possibility of transposing this model to new intervention contexts.

[Français] Une fraction importante des génomes eucaryotes est constituée de Gènes Répétés en Tandem (GRT). Un mécanisme fondamental dans l’évolution des GRT est la recombinaison inégale durant la méiose, entrainant la duplication locale (en tandem) de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents. Différents algorithmes ont été proposés pour inférer une histoire de duplication en tandem pour un cluster de GRT. Cependant, leur utilisation est limitée dans la pratique, car ils ne tiennent pas compte d’autres événements évolutifs pourtant fréquents, comme les inversions, les duplications inversées et les délétions. Cette thèse propose différentes approches algorithmiques permettant d’intégrer ces événements dans le modèle de duplication en tandem classique. Nos contributions sont les suivantes: • Intégrer les inversions dans un modèle de duplication en tandem simple (duplication d’un gène à la fois) et proposer un algorithme exact permettant de calculer le nombre minimal d’inversions s’étant produites dans l’évolution d’un cluster de GRT. • Généraliser ce modèle pour l’étude d’un ensemble de clusters orthologues dans plusieurs espèces. • Proposer un algorithme permettant d’inférer l’histoire évolutive d’un cluster de GRT en tenant compte des duplications en tandem, duplications inversées, inversions et délétions de segments chromosomiques contenant un ou plusieurs gènes adjacents. / [English] Tandemly arrayed genes (TAGs) represent an important fraction of most genomes. A fundamental mechanism at the origin of TAG clusters is unequal crossing-over during meiosis, leading to the duplication of chromosomal segments containing one or many adjacent genes. Such duplications are called tandem duplications, as the duplicated segment is placed next to the original one on the chromosome. Different algorithms have been proposed to infer the tandem duplication history of a TAG cluster. However, their applicability is limited in practice since they do not take into account other frequent evolutionary events such as inversion, inverted duplication and deletion. In this thesis, we propose different algorithmic approaches allowing to integrate these evolutionary events in the original tandem duplication model of evolution. Our contributions are summarized as follows: • We integrate inversion events in a tandem duplication model restricted to single gene duplications, and we propose an exact algorithm allowing to compute the minimum number of inversions explaining the evolution of a TAG cluster. • We generalize this model to the study of orthologous TAG clusters in different species. • We propose an algorithm allowing to infer the evolutionary history of a TAG cluster through tandem duplication, inverted duplication, inversion and deletion of chromosomal segments containing one or many adjacent genes.

Au terme de la Grande Guerre (1914-1918), rares sont ceux et celles qui ne rêvent pas d’un monde nouveau. Après quatre années de souffrance et d’angoisse, la paix s’impose comme une pulsion de vie qui touche toutes les populations impliquées dans le conflit, en premier lieu celles qui ont connu les combats sur leur propre territoire. Un nombre record de mouvements pour la paix émerge des cendres de la guerre, dont plusieurs sont spécifiquement féminins. Pour ces femmes, privées du droit de vote et donc exclues de la vie politique au sens traditionnel, ces mouvements apparaissent comme autant de nouveaux espaces d’actions politiques. À travers leur lutte pacifiste, elles investissent le champ politique et social, avec des débats qui n’ignorent aucune des grandes questions de l’entre-deux-guerres. C’est donc dans cette perspective que les femmes prennent parole : même si elles n’ont pas connu comme les hommes les champs de bataille, elles ont aussi souffert pendant le conflit et revendiquent le droit de « refaire le monde ». Ces quelques femmes sont toutefois longtemps restées dans l’ombre : doublement ignorées en raison de leur pacifisme et de leur sexe. L’historiographie de l’entre-deux-guerres en France a en effet longtemps négligé leur travail dans l’établissement de la paix et dans les relations internationales. Cette thèse cherche donc à combler un vide laissé par une historiographie trop longtemps axée seulement sur les hommes politiques et liant de façon trop stricte l’action politique et le droit de vote. À partir de l’analyse de cinq associations pacifistes féminines – la Section française de la Ligue internationale des femmes pour la paix et la liberté (SFLIFPL), la Ligue des femmes contre la Guerre (LFCG), l’Union féminine pour la Société des Nations (UFSDN), l’Union fraternelle des femmes contre la guerre (UFFCG) et la Ligue internationale des mères et des éducatrices pour la paix (LIMEP) – notre recherche propose une nouvelle analyse des affaires internationales en abordant les questions de la paix, de la réconciliation franco-allemande et du désarmement au féminin. Elle met également en lumière les discours sur le rôle et la place des femmes dans la société de l’entre-deux-guerres et cherche à comprendre comment les pacifistes contournent leur exclusion des affaires politiques et légitiment leurs démarches dans la construction de la société d’après-guerre. / Few people came out of the Great War (1914-1918) without dreaming of a better world. After four years of suffering and anguish, peace appears as a driving force for the populations that have been affected by the war, notably for those who have experienced its consequences first hand. A record number of peace movements emerged from the ashes of the war, many of which were specifically feminine. Deprived of the right to vote and therefore excluded from political life in a traditional sense, these movements created new grounds for women’s political action. Through their pacifism, they invested the political and social fields, and debated all the major issues of the interwar period. It is in this perspective that women speak out: even if they have not seen the battlefields like men, they have also suffered during the conflict and claim their right to “create a new world”. These few women have long been left in the shadows: ignored because of their pacifism and their gender. The historiography of the interwar period in France has indeed neglected their work in the establishment of peace and in international relations. This thesis seeks to fill a void left by a historiography focused solely on political men and which links too strictly political actions and the right to vote. Looking at five women’s peace associations – the Section française de la Ligue internationale des femmes pour la paix et la liberté (SFLIFPL), the Ligue des femmes contre la guerre (LFCG), the Union féminine pour la Société des Nations (UFSDN), the Union fraternelle des femmes contre la guerre (UFFCG), and the Ligue internationale des mères et des éducatrices pour la paix (LIMEP) – this research offers a new analysis of international relations giving a gendered analysis of peace, reconciliation and disarmament. It also focuses on the discourse on women’s role and place in the after-war society and seeks to understand how these pacifists worked around their exclusion from political life to enter a field traditionally reserved to men.

Les gènes, qui servent à encoder les fonctions biologiques des êtres vivants, forment l'unité moléculaire de base de l'hérédité. Afin d'expliquer la diversité des espèces que l'on peut observer aujourd'hui, il est essentiel de comprendre comment les gènes évoluent. Pour ce faire, on doit recréer le passé en inférant leur phylogénie, c'est-à-dire un arbre de gènes qui représente les liens de parenté des régions codantes des vivants. Les méthodes classiques d'inférence phylogénétique ont été élaborées principalement pour construire des arbres d'espèces et ne se basent que sur les séquences d'ADN. Les gènes sont toutefois riches en information, et on commence à peine à voir apparaître des méthodes de reconstruction qui utilisent leurs propriétés spécifiques. Notamment, l'histoire d'une famille de gènes en terme de duplications et de pertes, obtenue par la réconciliation d'un arbre de gènes avec un arbre d'espèces, peut nous permettre de détecter des faiblesses au sein d'un arbre et de l'améliorer. Dans cette thèse, la réconciliation est appliquée à la construction et la correction d'arbres de gènes sous trois angles différents: 1) Nous abordons la problématique de résoudre un arbre de gènes non-binaire. En particulier, nous présentons un algorithme en temps linéaire qui résout une polytomie en se basant sur la réconciliation. 2) Nous proposons une nouvelle approche de correction d'arbres de gènes par les relations d'orthologie et paralogie. Des algorithmes en temps polynomial sont présentés pour les problèmes suivants: corriger un arbre de gènes afin qu'il contienne un ensemble d'orthologues donné, et valider un ensemble de relations partielles d'orthologie et paralogie. 3) Nous montrons comment la réconciliation peut servir à "combiner'' plusieurs arbres de gènes. Plus précisément, nous étudions le problème de choisir un superarbre de gènes selon son coût de réconciliation. / Genes encode the biological functions of all living organisms and are the basic molecular units of heredity. In order to explain the diversity of species that can be observed today, it is essential to understand how genes evolve. To do this, the past has to be recreated by inferring their phylogeny, i.e. a gene tree depicting the parental relationships between the coding regions of living beings. Traditional phylogenetic inference methods have been developed primarily to construct species trees and are solely based on DNA sequences. Genes, however, are rich in information and only a few known reconstruction methods make usage of their specific properties. In particular, the history of a gene family in terms of duplications and losses, obtained by the reconciliation of a gene tree with a tree species, may allow us to detect weaknesses in a tree and improve it. In this thesis, reconciliation is applied to the construction and correction of gene trees from three different angles: 1) We address the problem of resolving a non-binary gene tree. In particular, we present a linear time algorithm that solves a polytomy based on reconciliation. 2) We propose a new gene tree correction approach based on orthology and paralogy relations. Polynomial-time algorithms are presented for the following problems: modify a gene tree so that it contains a given set of orthologous genes, and validate a set of partial orthology and paralogy relations. 3) We show how reconciliation can be used to "combine'' multiple gene trees. Specifically, we study the problem of choosing a gene supertree based on its reconciliation cost.

La production et la maintenance de contenus géographiques se fait souvent grâce à la mise en commun de contributions diverses. La mise à jour des données de l'IGN s'appuie ainsi sur l'intégration de données de partenaires ou la prise en compte d'alertes d'évolution du terrain. C'est également le cas des contenus libres produits par des projets communautaires comme OpenStreetMap. Un aspect problématique est la gestion de la qualité d'un contenu géographique collaboratif, particulièrement de leur cohérence afin de permettre que des prises de décision s'appuient dessus. Cette cohérence est liée à l'homogénéité de la représentation de l'espace, ainsi qu'à la préservation d'informations importantes non explicites mais qui peuvent être retrouvées sur les entités décrites grâce à leurs géométries. Ce travail de thèse propose un modèle baptisé Coalla pour l'édition collaborative d'un contenu géographique avec gestion de la cohérence. Ce modèle comporte trois contributions : 1) l'identification et la définition des éléments que doit comporter un vocabulaire formel visant à faciliter la construction d'un contenu géographique collaboratif ; 2) un processus d'aide à la construction à la volée d'un vocabulaire formel à partir de spécifications formelles des bases de données IGN et à des vocabulaires collaboratifs existants, et 3) une stratégie d'évaluation et de réconciliation des contributions afin de les intégrer d'une façon cohérente au contenu central. Notre modèle Coalla a été implémenté dans un prototype / Geographic content production and maintenance is often done through a combination of various contributions. Thus, updating IGN geographic data relies on integrating data from partners or by involving field change alerts. This is also the case of free content produced by community projects such as OpenStreetMap. An important problem is quality management of collaboratively produced geographic content, in particular consistency management. This allows for decision-making which is based on this content. Data consistency depends on how homogenous space representation is. Likewise, it depends on preserving important non-explicit information that can be found on the geometries of the entities described in the content. This Thesis proposes a model baptized Coalla for collaborative editing of geographic content with consistency management. The model has three contributions: 1) identifying and defining elements that should be included in a formal vocabulary to facilitate the construction of collaborative geographic content, 2) user assistance process to help users build on the fly a formal vocabulary extracted from formal IGN databases specifications and existing collaborative vocabularies, and 3) a strategy for evaluating and reconciling user contributions in order to coherently integrate them into the content. Our model Coalla has been implemented in a prototype