Le succès de l'encyclopédie Wikipédia a inspiré de nombreuses expériences. Des logiciels wikis, semblables à celui sur lequel repose Wikipédia, ont été installés dans diverses entreprises dans l'objectif d'y faciliter le travail collaboratif. En se déplaçant à l'intérieur de l'entreprise, les principes de régulation de Wikipédia ont été modifiés de façon à correspondre à ceux de l'entreprise. Cette thèse pose trois questions : 1) Quel est le modèle hybride de régulation de ces wikis d'entreprise ? 2) Pourquoi ne parvient-il pas à fonctionner ? 3) Pourquoi les wikis continuent-ils cependant d'être utilisés au sein des entreprises ? Elle propose, pour y répondre, de rendre compte du modèle hybride d'espace documentaire conçu et testé dans le cadre du partenariat de recherche entre l'Université de Technologie de Troyes et l'Agence Nationale pour la gestion des Déchets Radioactifs (Andra). Ce modèle repose sur deux niveaux de régulation : (i) une régulation par la prédéfinition des tâches inspirée du fonctionnement de l'Andra et (ii) une régulation par la discussion inspirée de celui de Wikipédia. Ce modèle, cependant, ne parvient pas à fonctionner car la régulation par la discussion est incompatible avec le principe d'organisation de l'Andra qui consiste à maximiser le temps que chaque agent passe à la réalisation de tâches individuelles. Cet échec, cependant, ne conduit pas à un abandon du wiki. La structure hypertextuelle de ce dernier permet en effet de faciliter la navigation au sein des collections de documents. La thèse s'achève par une réflexion sur la représentativité du cas étudié.

Chez les métazoaires, la transcription est inactive durant les étapes précoces du développement embryonnaire. Chez Drosophila melanogaster, des études récentes de l'activation du génome zygotique (AGZ) ont mis en évidence l'implication de quelques acteurs moléculaires (Zelda, STAT92E), mais les mécanismes régulateurs généraux restent à découvrir. En appliquant des méthodes bioinformatiques à l'analyse de données à haut débit de différentes sources, j'ai recherché de nouveaux éléments cis-régulateurs impliqués dans l'AGZ. Tout d'abord, par l'analyse de données transcriptomiques, j'ai sélectionné un groupe de gènes activés pendant l'AGZ. L'analyse de leurs régions non codantes a mis en évidence six motifs, dont trois correspondent à des motifs connus (Zelda, Trl et TTK). La recherche systématique de ces motifs m'a permis de prédire des modules cis-régulateurs (CRMs) potentiels pour lesquels j'ai défini un environnement chromatinien spécifique en analysant des profils d'occupation de (co-) facteurs de transcription pertinents et d'histones modifiées (ChIP-seq) ainsi que des profils d'ouverture de la chromatine. L'ensemble de ces résultats m'a permis de définir un modèle de régulation de l'AGZ et de sélectionner des régions candidates pour une validation expérimentale.

Les systèmes de transduction du signal et les transporteurs ABC contribuent de façon conjointe à la réponse adaptative des bactéries aux changements d'environnement. Trois modules, associant un phosphorelais et un transporteur ABC, ont été répertoriés chez B. subtilis et sont impliqués dans la réponse à différents antibiotiques: BceRSAB, PsdRSAB et YxdJKLM. Ils sont caractérisés par une histidine kinase possédant une boucle extracytoplasmique courte et appartenant à la famille des Intramembrane Sensing - Histidine Kinase (IM-HK) et par un transporteur ABC possédant une Membrane Spanning Domain (MSD) à boucle extracytoplasmique exceptionnellement longue. En utilisant une approche phylogénomique, il a été établi que ce type de modules était restreint aux Firmicutes, où ils sont apparus et se sont largement répandus. De plus, cette analyse met en lumière une histoire évolutive très dynamique impliquant de nombreux transferts horizontaux, duplications et pertes de gènes, conduisant à un répertoire de modules Bce-like très varié chez ce phylum. Grâce à une analyse phylogénétique fine, il a été proposé une classification de ces modules en six sous-familles bien définies. Des études fonctionnelles ont été réalisées sur des membres de la sous-famille IV comprenant le module de résistance à la bacitracine BceRSAB de B. subtilis, dont l'expression des gènes codant pour le transporteur requiert, en présence de l'antibiotique, le système de transduction du signal aussi bien que le transporteur lui-même. Les résultats de ces études montrent que d'autres membres de la sous-famille IV, YtsCD de B. licheniformis et BceAB de B. halodurans, sont également impliqués dans la résistance à la bacitracine. Ils suggèrent aussi que dans ces modules le transporteur ABC est le premier senseur de la présence de l'antibiotique et qu'il active le système de transduction une interaction entre une sous unité du transporteur et la kinase du module. De plus, en présence de bacitracine, l'expression des gènes codant pour le transporteur BceAB ainsi que la résistance à cet antibiotique requièrent la présence de la boucle de la MSD BceB ce qui démontre l'importance de cette boucle aussi bien au niveau fonctionnel que structural. Par ailleurs, l'étude que nous avons réalisée suggère que le mécanisme original de régulation des gènes du transporteur BceAB de B. subtilis pourrait être généralisé à tous les modules équivalents présents chez les Firmicutes. Ces modules constitueraient ainsi un mécanisme important de résistance aux antibiotiques peptidiques chez les bactéries de ce phylum qui comprend de nombreux pathogènes.

À partir des années quatre-vingt-dix, une relation étroite est établie entre les politiques nationales environnementales et les politiques commerciales, et débouche rapidement sur un débat international portant sur le commerce et l'environnement. Un des aspects fondamentaux de ce débat est lié à l'impact des différences de rigueur environnementale entre les pays sur la compétitivité et la localisation des firmes. Cet aspect a déjà été amplement étudié et porte le nom d'Hypothèse de Pollution Haven, mais n'a pas encore été explicitement démontré. Un second aspect, moins examiné dans la littérature, est celui de l'effet de ces différences réglementaires sur les niveaux de pollution. Dans cette thèse, qui s'articule autour de quatre chapitres, ces deux aspects sont étudiés. Le premier chapitre dresse une image précise des politiques environnementales à travers le monde, leur hétérogénéité constituant le fondement de l'hypothèse de pollution haven. Le deuxième chapitre propose une modélisation théorique mettant en évidence l'impact de la régulation environnementale sur le choix de localisation des firmes. Le troisième chapitre se concentre sur l'estimation empirique du modèle théorique développé, et fait ressortir un effet significatif des politiques environnementales sur les décisions de localisation des firmes françaises. Le dernier chapitre présente une évaluation empirique de l'impact des différents mécanismes en jeu sur les émissions de pollution. Il apparaît alors qu'une augmentation des investissements directs à l'étranger s'accompagne dans les pays hôtes d'une augmentation des émissions polluantes et d'une diminution de l'intensité polluante.

L'entrée ou non d'un investisseur privé dans une industrie de réseaux est notamment fonction de l'analyse stratégique de l'environnement extérieur de la firme et de ses incertitudes. S'agissant d'un environnement extérieur régulé/libéralisé par un régulateur indépendant, l'incertitude majeure de l'investisseur privé est relative au comportement de ce régulateur sectoriel quant à l'adoption et à l'application des réglementations économiques annoncées. La compréhension et l'anticipation du comportement du régulateur indépendant permettent à l'investisseur privé de limiter cette incertitude environnementale et de décider d'entrer ou non dans l'industrie concernée. Sur la base d'une analyse néo-institutionnelle des politiques de libéralisation des industries de réseaux, une grille d'analyse du risque réglementaire associé à l'entrée est proposée à l'usage des investisseurs privés. Cette grille est ensuite testée empiriquement dans le cas de l'entrée des opérateurs virtuels dans l'industrie européenne des services de communications mobiles.

Dans les organismes photosynthétiques, la ferrédoxine:NADP oxydoréductase (FNR) fournit le NADPH nécessaire à l'assimilation du CO2, mais elle réduit aussi la ferrédoxine (Fd) à partir du NADPH. La cyanobactérie Synechocystis sp. PCC6803 contient deux isoformes de FNR : une forme courte (FNRS, 34 kDa) et une forme longue (FNRL, 46 kDa) qui est liée au phycobilisome (PBS), un complexe collecteur de lumière. Nous avons purifié un sous-complexe du PBS qui contient la FNRL (FNRL-PC) et comparé les propriétés enzymatiques de FNRL-PC à FNRS. Par rapport à FNRS, FNRL-PC présente des affinités plus faible/forte pour le NADPH/la Fd, conformément aux prédictions des activités relatives des deux isoformes. La plupart des différences observées sont attribuées à l'encombrement stérique amené par la phycocyanine dans FNRL-PC. En conditions de turnover multiple, les deux isoformes catalysent de la même manière la réduction de NADP+ et de plus le transfert d'électrons (TE) depuis Fdred est limitant à force ionique élevée. Lors d'études in vivo, nous avons observé une augmentation de l'oxydation du NADPH par TE respiratoire ou cyclique chez un mutant ne contenant que la FNRS et chez le type sauvage à faible CO2. Les mesures ont montré clairement que FNRS est impliqué dans ce TE alternative et nous proposons que FNRS constitue le module déshydrogénase de NDH-1. La localisation de la FNR et/ou la présence de substrats semblent être essentiels dans les rôles respectifs des isoformes de FNR in vivo. Des études futures devraient nous donner une vue plus complète des processus de TE in vivo et clarifier le rôle du TE dépendant du NADPH et favorisé par FNRS dans la réduction du pool de PQ

Lors d'une infection par le virus Lambda, une bactérie peut suivre l'une ou l'autre de deux voies très différentes : la lyse, où le virus se multiplie, tue l'hôte et est relâché dans l'environnement, ou la lysogénie, où l'ADN viral est intégré dans le chromosome de l'hôte et celui-ci devient immunisé à une surinfection. La "décision" entre la lyse et la lysogénie est prise aléatoirement, mais les probabilités de suivre chacune des deux voies dépend du nombre de virus infectant la cellule en même temps et de son état physiologique : un faible nombre de virus par bactérie, un milieu riche ou des cellules en phase de croissance exponentielle favorisent la lyse, alors que les conditions opposées favorisent la lysogénie. Cela est rendu possible par un ensemble de cinq gènes, sous quatre promoteurs, interagissant les uns avec les autres et avec des protéines de l'hôte. Des paires de gènes codant pour des protéines fluorescentes ont été insérés dans le génome de Lambda. En mesurant les niveaux de fluorescence de bactéries individuelles, nous pouvons déterminer, au cours de la décision, les taux d'expression de gènes de ce réseau et leurs corrélations deux à deux. En variant systématiquement les conditions de croissance, nous pouvons ainsi obtenir une description riche de la dynamique, notamment du rôle du bruit stochastique et de son contrôle, de ce réseau de régulation naturel. Enfin, nous avons complété un programme informatique développé au laboratoire de façon à pouvoir comparer le réseau de Lambda à des réseaux générés sur ordinateur et ayant le même comportement. Cela aidera à mieux comprendre la structure particulière de ce réseau.

Les canaux potassiques forment la classe de canaux ioniques dont la diversité structurale et fonctionnelle est la plus grande. Trois grandes familles de canaux potassiques ont été identifiées, dont celle des canaux potassiques à deux domaines P, qui compte 15 membres. Ces canaux génèrent des courants « de fond », qui sont impliqués dans la régulation de l'excitabilité cellulaire et en particulier les épilepsies, l'anesthésie, la neuroprotection ou encore la dépression. Une étude approfondie des mécanismes régulant leur activité est nécessaire pour comprendre leurs rôles. Nous avons étudié l'environnement protéique du canal TREK1 et nous avons montré l'existence d'une interaction entre le canal et une protéine cytosolique associée aux microtubules Mtap2. Cette association augmente l'expression du canal à la membrane plasmique sans en modifier les paramètres biophysiques. Cette protéine est la seconde protéine associée à TREK1 décrite. Toutes deux sont capables de se fixer simultanément sur le canal et d'additionner leurs effets plaçant ainsi le canal au cœur d'un complexe multiprotéique. Ces résultats montrent combien l'environnement protéique des canaux est important pour leur activité. Nous avons aussi montré que le canal TWIK1 est localisé dans un compartiment subapical proche de la membrane plasmique. Il est en fait inséré dans la membrane puis très vite internalisé et envoyé dans les endosomes de recyclage. La sortie de ce compartiment et l'insertion à la membrane plasmique est déclenchée par l'activation de récepteurs couplés à la protéine Gi. Cette activation serait le signal physiologique permettant d'accroitre la quantité de canaux TWIK1 à la membrane plasmique.

L'apparition des marchés financiers dans le paysage économique et financier des États membres de l'espace OHADA vers la fin des années 1990 a débouché sur la nécessité de mettre sur pied des règles et des structures d'encadrement à la fois nouvelles et fonctionnelles. Soucieux de faire des marchés financiers des facteurs clés de leurs politiques de développement, les pouvoirs publics se sont très tôt imposés comme des maillons incontournables des processus de création et de fonctionnement de ces marchés. Cette omniprésence des pouvoirs publics a contribué à l'émergence d'un schéma novateur et sans précédant, à savoir la mise sur pied de marchés financiers et d'organes d'encadrement à vocation communautaire. Toutefois, pour atteindre l'efficacité recherchée, les nouvelles structures d'encadrement doivent trouver à s'articuler avec les dispositifs juridiques et institutionnels existant tant aux niveaux régionaux qu'aux niveaux nationaux. De même, un juste équilibre doit être trouvé entre les intérêts légitimes des investisseurs étrangers et les ambitions de développement économique des États concernés.

Les progrès fulgurants de ces dix dernières années réalisés dans les domaines de la microinformatique et de la microfluidique associés au génie génétique (PCR et séquençage) ont permis un changement d'échelle dans la quantité des données acquises au cours d'une même expérience. La transcriptomique est directement issue de ces avancées technologiques. Ce mémoire présenté pour l'obtention d'une Habilitation à Diriger des Recherdes porte sur l'analyse du transcriptome de la bactérie intracellulaire obligatoire des pucerons, Buchnera aphidicola. Dans la première partie, les principales méthodes d'analyses statistiques différentielles et d'intégration des données transcriptomiques sont présentées sous la forme d'une analyse bibliographique. La deuxième partie est consacrée au développement d'outils bioinformatiques : ROSO, un logiciel d'optimisation des sondes oligonucléotidiques, la puce Buchnera et SITRANS, un système d'information pour la gestion et la publication des données d'expression. Enfin, la dernière partie est consacrée à la caractérisation du transcriptome de Buchnera en condition de stress trophique de son hôte, le puceron du pois Acyrthosiphon pisum. La régulation transcriptionnelle chez les bactéries symbiotiques intracellulaires à génome réduit est encore actuellement très mal connue. Cette question sera abordée chez Buchnera tout d'abord au niveau évolutif par l'étude de la relation entre l'expression des gènes et leur organisation dans le génome, puis au niveau fonctionnel, par la caractérisation de la réponse de la bactérie à une diminution de la quantité d'acides aminés essentiels dans le substrat nutritif du puceron, combinée à un stress osmotique.