La segmentation du rhombencéphale désigne le processus de subdivision rostro-caudale du cerveau postérieur embryonnaire en 7 compartiments cellulaires, appelés rhombomères (r), qui constituent des unités de développement et d'expression génique. Le facteur de transcription à doigts à zinc Krox20 joue un rôle central dans ce processus en couplant la formation et la spécification des rhombomères 3 et 5. Trois éléments régulateurs contrôlant l'expression de Krox20 ont été caractérisés. Les éléments B et C, actifs respectivement dans r5 et r3-r5, sont impliqués dans le démarrage de l'expression de Krox20 dont l'amplification et le maintien sont ensuite assurés par l'élément autorégulateur A. L'élément C constitue donc une clé d'investigation pour élucider les mécanismes responsables de l'expression régionalisée de Krox20 dans r3. Afin de poursuivre la caractérisation du contrôle transcriptionnel de Krox20 dans r3, j'ai entrepris une analyse fonctionnelle des séquences de l'élément C par mutagénèse et mis en évidence plusieurs blocs nécessaires à son activité. J'ai également établi le répertoire transcriptomique exhaustif, quantitatif et différentiel du rhombencéphale murin en début de segmentation par RNA-Seq et j'ai pu ainsi identifier plusieurs régulateurs de l'activité de l'élément C. Enfin, j'ai réalisé l'analyse du mutant murin d'excision de l'élément C et révélé de nouvelles propriétés du contrôle transcriptionnel de Krox20, dont la coopération en cis entre les éléments A et C. Ces travaux illustrent comment la combinaison de différentes approches permet d'élucider un mécanisme de régulation transcriptionnel complexe jouant un rôle essentiel dans la spécification cellulaire

La Ferrédoxine:NADP oxydoréductase (FNR), codée par le gène petH, est une enzyme qui catalyse la production du NADPH dans les cellules photoautotrophes, ainsi que sa consommation dans les cellules hétérotrophes. Alors que le gène petH est unique chez la cyanobactérie Synechocystis sp. PCC6803, deux isoformes de FNR sont synthétisées FNRL et FNRS. Il a été montré que FNRS était le produit d'une initiation de traduction interne dans le même cadre de lecture que FNRL. Durant ma thèse, j'ai découvert un mécanisme grâce auquel un gène peut coder deux isoformes. Tout d'abord, j'ai montré que chaque isoforme pouvait être codée par un transcrit spécifique. En effet, en conditions standards (où FNRL s'accumule) deux ARNm avec des séquences "leader" similaires (32 et 53 bases) sont transcrits alors qu'en conditions de carence en azote (où FNRS s'accumule) un ARNm portant une séquence "leader" plus longue (126 bases) est transcrit. Des fusions transcriptionnelles du promoteur lac de Escherichia coli avec les différentes régions transcrites de petH, nous ont montré que cette régulation pourrait être accomplie par des structures secondaires adoptées par la région leader des ARNm. De telles structures pouvant activer l'initiation de traduction de FNRS et inhiber celle de FNRL. La cartographie des complexes d'initiation de traduction montre que dans l'ARNm le plus long le complexe se trouve dans la région initiatrice de FNRL, alors que dans les ARNm plus courts celui-ci est localisé dans la région initiatrice de FNRS. Ainsi, nous avons mis en évidence un nouveau mécanisme de régulation génétique chez Synechocystis permettant la synthèse de deux isoformes à partir d'un seul gène.

Par cette étude, nous montrons que la phosphorylation d'Eg5 par Eg2 n'est pas importante pour sa fonction dans la formation du fuseau mitotique dans l'extrait d'oeuf de Xénope. Au contraire, la phosphorylation d'Eg5 par Cdk1 est nécessaire pour son attachement aux microtubules. Cet attachement permettra par la suite l'assemblage du fuseau mitotique. En plus de confirmer de précédentes études, ces résultats indiquent que le site de phosphorylation de Cdk1 n'est pas seulement conservé parmi les membres des Kinésines 5, mais également que son mécanisme de régulation est conservé. Bien que des expériences plus approfondies soient nécessaires afin de caractériser les propriétés motrices d'Eg5 par l'intermédiaire de notre expérience de "microtubule-gliding" dans l'extrait de Xénope, nos expériences réalisées avec des chimères d'Eg5 ont souligné l'importance des propriétés motrices intrinsèques à Eg5 qui sont cruciales pour la formation du fuseau mitotique. En effet, aucune de ces chimères n'a pu rétablir la formation du fuseau mitotique. De plus, ces expériences ont fourni la première preuve expérimentale que la classification des Kinésines en différentes sous-familles selon la conservation de séquence de leur domaine moteur a également abouti à les classer selon leurs différentes fonctions.

Les rhabdomyosarcomes embryonnaires et aléolaires (RMS) appartiennent aux tumeurs des tissus mous les plus fréquentes chez les enfants dont elles représentent 2/3 des cas. Plusieurs données suggèrent que la dérégulation des cellules progénitrices du muscle squelettique pourrait jouer un rôle dans l'émergence des cellules de RMS qui ont aussi bien perdu le contrôle de la régulation de la prolifération cellulaire que la capacité à se différencier.Néanmoins les mécanismes de développement des RMS restent à caractériser. La famille des IMPs et notamment IMP-2, protéines liant les ARN, sont à la fois fortement exprimées dans le muscle en régénération in vivo mais aussi dans les cellules de RMS.Au cours de ma thèse, j'ai pu mettre en évidence le rôle d'IMP-2 dans la motilité des cellules de RMS et dans les cellules musculaires ainsi que dans le contrôle de l'intégrité du cytosquelette de microtubules (MTs) et dans le remodelage des adhésions focales. En effet, IMP-2 est impliqué à la fois dans la régulation de l'expression de MuRF-3, une protéine lié àla stabilisation des MTs et de Pinch-2, un important médiateur de l'adhésion cellulaire.

Ce travail propose une articulation entre l'économie des conventions et la théorie de la régulation sur la question des dynamiques institutionnelles. Dans une première partie, nous procédons à une synthèse de chaque approche. Les deux courants s'accordent sur le rôle central du politique dans l'élaboration et la transformation des règles. Leur opposition principale porte sur la forme des arbitrages politiques. Dans une seconde partie, nous procédons à une synthèse des deux approches. Nous proposons d'abord une théorie de l'action commune aux deux courants. Celle-ci restitue un agent intervenant à la fois dans et sur les règles. Nous en déduisons ensuite une logique de coordination, qui ménage une place tant à la soumission aux règles qu'à leur critique et contournement, facteurs de changement.

L'inactivation du chromosome X est la réponse trouvée par l'évolution pour pallier à la divergence gonosomique entre mâle (XY) et femelle (XX). Ce phénomène sert donc à mettre les deux sexes sur un pied d'égalité en limitant la quantité de transcrits provenant des chromosomes X présents dans les cellules femelles. Au cours de mon doctorat, j'ai tenté de contribuer à l'étude des mécanismes de régulation transcriptionnelle, notamment l'activation, des deux acteurs principaux de l'inactivation: Xist et Tsix, son transcrit antisens. Pendant ces 4 anne��es, j'ai entrepris de cartographier le profil de fixation de plusieurs protéines le long du locus Xist/Tsix, dans le but de comprendre les mécanismes permettant une surexpression de Xist lors de la disparition de ses facteurs répressifs en cours de différenciation. J'ai donc pu établir un modèle de régulation transcriptionnelle de l'ARN non-codant Xist, impliquant plusieurs protéines connues pour leur rôle dans la régulation transcriptionnelle (CTCF et YY1) aussi bien que dans la formation de structures tridimensionnelles (la cohésine). La pertinence de ce modèle est renforcée par nos études montrant que de nombreux aspects de ce modèle sont conservés à travers l'évolution (notamment chez l'homme). J'ai également pu contribuer à la découverte de nouveaux activateurs de Tsix, certains facteurs de pluripotence se fixant au minisatellite DxPas34 afin de réguler l'élongation de la transcription de l'antisens. Ces résultats apportent donc d'importantes informations concernant les mécanismes régulant la mise en place du phénomène d'inactivation du chromosome X au cours du développement précoce de l'embryon.

Cette thèse est une étude systémique de la régulation de la transcription des gènes de la bactérie Buchnera aphidicola vivant en symbiose intracellulaire obligatoire avec le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Plusieurs études expérimentales antérieures sur ce modèle de symbiose attestent d'une part que la bactérie fournit à son hôte le complément nutritionnel qu'il ne trouve pas dans son alimentation, et d'autre part, que la bactérie adapte cette fourniture aux variations de la demande de son hôte, les mécanismes impliqués dans cette régulation demeurant relativement obscurs. Nous avons structuré notre analyse de la régulation de la transcription chez Buchnera en quatre parties. La première dresse l'inventaire de la machinerie transcriptionnelle de Buchnera. La deuxième partie analyse l'architecture génomique de Buchnera, i.e. l'organisation et l'évolution de sa carte opéronique. Pour cette étude, nous avons été amenés à développer une méthode bayésienne de prédiction d'opérons adaptée à Buchnera, ce qui nous a permis de proposer une nouvelle carte opéronique de la bactérie. La troisième partie porte sur les propriétés structurelles séquence-dépendantes du chromosome de Buchnera. Les résultats obtenus à l'Issue de cette approche ascendante, nous ont amené à construire un premier modèle de réseau de la régulation transcriptionnelle chez Buchnera. Enfin, la quatrième partie est un travail de modélisation suivant une approche descendante. Il s'agit du développement d'une méthode d'inférence de réseau de régulation à partir de données d'expression que nous avons appelée IGOIM. Cette méthode a été validée sur des jeux de données simulées et de la littérature.

Au Québec, nous assistons depuis bientôt cinq ans à la publication d'un ouvrage scientifique pour le moins controversé qui a pour effet de susciter bien des débats sur l'éducation. Le Palmarès des écoles secondaires, produit par l'Institut Économique de Montréal et publié par le magazine L'Actualité, semble gagner en popularité auprès des parents d'enfants en âge de fréquenter le secondaire et propose aux lecteurs une mise en rang des établissements en vertu de leur résultats aux épreuves uniformes du ministère de l'Éducation du Québec. Or, ce phénomène nous révèle une situation qui semble s'accélérer: la nécessité pour les établissements concernés de rendre leur «produit éducatif» non seulement performant mais aussi attrayant. Nous postulons au départ, tout comme certains auteurs (Ball et Van Zanten, 1998; Derouet, 1997; Meuret, 2003 de même que Lessard, Ollivier et Voyer, 1998), une transition du système éducatif vers un mode de régulation qui se rapproche plus d'une démocratie de consommation, dans lequel les parents consommateurs jouissent d'une liberté de choix en vertu d'un marché concurrentiel d'écoles qui rivalisent entre elles pour attirer les meilleurs élèves, que d'un système d'enseignement sous la forme traditionnelle de service public fournissant à tous une éducation de qualité. Conjointement à ce phénomène, nous repérons une montée des logiques décentralisatrices dans les systèmes d'enseignement qui favorisent les distinctions entre les écoles de même que le fossé entre les écoles dites «performantes» et les autres, qui offrent un cheminement dit «régulier». Le présent mémoire vise donc à élaborer la problématique sur les enjeux de la transition d'une régulation du système d'enseignement vers une nouvelle optique plutôt marchande et performante. L'analyse qualitative dont fait l'objet ce mémoire porte sur les résultats d'une enquête de terrain effectuée auprès d'écoles qui semblent dorénavant contraintes d'adopter des stratégies qui se rapprochent plus d'une mise en marché d'un produit que de l'élaboration d'un projet éducatif comme tel. L'analyse des discours institutionnels ainsi que des stratégies et actions entreprises par ces établissements nous permet en outre de répondre à la question de base, à savoir si, effectivement, il y a une intégration, ou plutôt une institutionnalisation de la régulation marchande à même les logiques décisionnelles des établissements à l'étude. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : éducation, marchand, régulation, néolibéral, concurrence, école, secondaire, performance, Québec, palmarès.

La formation du tube neural et l'induction de la crête neurale sont des processus importants qui se passent au cours de la neurulation. Le système nerveux central se forme à partir du tube neural, alors que le système nerveux périphérique, le squelette cranio-facial et les mélanocytes se forment à partir de la crête neurale. Cependant, plusieurs maladies génétiques liées au développement anormal du tube neural et de la crête neurale existent chez l'homme. Donc, notre équipe s'est intéressée à faire une recherche au niveau moléculaire dans ce domaine. Le développement du tube neural et des cellules de la crête neurale est influencé par la présence de plusieurs voies de signalisation y compris la voie Wnt. Nous avons focalisé notre étude sur la transcription du gène Pax3 qui code pour un facteur de transcription qui s'exprime dans le tube neural et les cellules pré-migratoires de la crête neurale. L'induction de Pax3, des cellules de la crête neurale ainsi que l'expression des gènes Cdx (Cdx1, Cdx2 et Cdx4) se font par la voie de signalisation Wnt. Le chevauchement de l'expression des gènes Pax3 et Cdx se passe lors de l'induction de la crête neurale à la plaque neurale postérieure aussi bien que pendant la formation du tube neural et des cellules de la crête neurale. Les résultats préliminaires par ChIP ont montré la présence physique de Flag-Cdx1 et Flag-EnRCdx1 sur le promoteur proximal de Pax3. Notre étude par RT-PCR sur la régulation de l'expression de Pax3 par les facteurs de transcription Cdx a démontré la régulation endogène de Pax3 par ces protéines dans les cellules Neuro2a. L'essai Luciférase montre l'induction de l'expression de Pax3 par la surexpression des protéines Cdx et la diminution de son expression par la surexpression du dominant négatif EnRCdx1 dans les cellules Neuro2a. Après avoir identifié les sites potentiels de liaison pour les protéines Cdx sur le promoteur proximal de Pax3, nous avons procédé à une délétion des différentes régions de ce promoteur. On a remarqué la forte induction du promoteur au niveau de NCE (Neural Crest Enhancer). Pourtant, la mutation en combinaison de ces sites n'a pas montré la diminution de l'activité de ce promoteur. Étant donné la présence d'un site potentiel de liaison pour Brn1 sur le promoteur proximal de Pax3, notre étude par l'essai Luciférase a mis en évidence une synergie entre les co-facteurs Cdx2 et Brn1 dans les cellules Neuro2a. Le même phénomène a été observé dans les cellules P19. Pourtant, la mutation du site de Brn1 n'a pas diminué l'activité du promoteur proximal de Pax3. En conclusion, nos résultats mettent en évidence la non fonctionnalité des sites de liaison pour les facteurs de transcription Cdx sur le promoteur proximal de Pax3 ainsi que la synergie entre la protéine Cdx2 et son co-facteur Brn1 dans les cellules Neuro2a ce qui suggère que la régulation directe de Pax3 par les protéines Cdx n'implique pas de liaison des Cdx à l'ADN. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Neurulation, tube neural, crête neurale, neuroectoderme, système nerveux, voie de signalisation Wnt, transcription, facteur de transcription

Le virus de l'immunodéficience bovine (VIB) est un rétrovirus qui partage des propriétés similaires avec les autres lentivirus, dont le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). L'expression des gènes lentiviraux dépend des protéines régulatrices virales Tat et Rev qui interviennent, dans le cycle de réplication virale, aux niveaux transcriptionnel et post-transcriptionnel, respectivement. Les longues répétitions terminales (LTR) du génome viral fournissent, quant à elles, les signaux d'initiation, d'amplification et de terminaison de la transcription. La protéine Tat, pour exercer son activité transactivatrice, interagit avec une séquence d'ARN appelée TAR ("transactivaton response element") présente sur tous les transcrits viraux. Tat recrute le facteur positif de l'élongation de la transcription b (pTEFb) au niveau du promoteur viral des LTR pour augmenter l'efficacité de transcription de l'ARN polymérase II. La protéine nucléaire Rev est impliquée dans le transport nucléo-cytoplasmique des ARN viraux mono- et non épissés. Récemment, une protéine hybride Tat/Rev constituée de 236 acides aminés (Tat 236) a été découverte à partir de virions isolés de la rate de lapins qui avaient été infectés trois ans auparavant, suggérant une évolution temporelle du virus in vivo. L'objectif de ce travail était de déterminer si des variations génétiques et/ou fonctionnelles pouvaient se retrouver dans d'autres parties du génome du variant du VIB impliquées dans la régulation de l'expression génique virale, notamment au niveau du LTR et du gène accessoire rev du VIB. Ainsi, en utilisant la technique d'amplification en chaîne des gènes (PCR), une séquence LTR mutante (LTRm) fut mise en évidence, démontrant la présence de trois mutations aux positions 191, 250 et 271 lorsque comparée à celle du LTR pré-infection obtenue du génome des virus ayant servi à l'infection des lapins. La séquence du LTR pré-infection était 100% identique à celle du LTR sauvage (LTRs) retrouvée dans la littérature. En utilisant un test de transactivation CAT in vitro avec la protéine Tat103 comme agent transactivateur, le LTRm démontra une activité promotrice d'au moins deux fois supérieure à celle obtenue avec le LTRs. Pour tenter d'associer ces mutations au nouveau caractère phénotypique de LTRm, des mutants de restauration furent développés par PCR-mutagenèse pour revenir au phénotype LTRs. L'ensemble des résultats obtenus suggère que les mutations en positions 250 et 271 seraient impliquées dans l'activité promotrice augmentée de LTRm. Finalement, l'analyse de séquences du gène rev pré- et post- infection a montré deux mutations aux positions 48 (Val → Ile) et 76 (Pro → Leu), la dernière étant localisée dans un domaine riche en arginine. Fait intéressant, la mutation à la position 76 avait aussi été rapportée auparavant dans la portion Rev de Tat236. Les résultats obtenus suggèrent une évolution temporelle du VIB dans le cours d'infections in vivo au niveau du LTR et du gène rev, similaire à celle antérieurement décrite pour le gène tat. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : lentivirus, région du LTR, gène rev, diversité génétique