La maladie de Crohn (MC) est une affection inflammatoire chronique du tube digestif dont l'étiologie reste mal connue. Les lésions iléales de patients atteints de MC sont anormalement colonisées par des souches pathogènes de Escherichia coli appartenant au pathovar AIEC pour Adherent-Invasive E. coli. Ces souches adhérent et envahissent fortement les cellules épithéliales intestinales. Elles sont également capables de se multiplier fortement en macrophages et d'induire une sécrétion élevée de TNF-α. L'objectif de ce travail est d'analyser les systèmes de régulation de la souche AIEC de référence LF82 impliqués dans l'expression maximale de virulence au sein la lumière intestinale et/ou en conditions intracellulaires. Nous avons étudié la co-régulation de l'expression des pili de type 1 et des flagelles en partant de l'observation qu'un mutant n'exprimant plus de flagelles perd de façon concomitante sa capacité à synthétiser des pili de type 1. Nous avons pu montrer que cette co-régulation complexe met en jeu la concentration intracellulaire en di-GMP cyclique et en protéine de type-histone Fis. Ces systèmes de régulation transcriptionnelle permettent une expression maximale des pili de type 1 qui, en conditions intestinales, confèrent aux AIEC un avantage par rapport à la flore commensale. L'annotation et l'analyse du génome de la souche AIEC LF82 a permis de mettre en évidence l'existence d'îlots de pathogénicité, des gènes spécifiques codants de potentiels facteurs de virulence mais également des mutations ponctuelles, de type pathoadaptatives, dans des gènes de virulence connus permettant vraisemblablement aux souches AIEC de coloniser la muqueuse intestinale de patients génétiquement prédisposés à développer une MC.

Les emplois de service requièrent des interactions interpersonnelles soutenues avec des clients qui se montrent souvent exigeants envers les organisations et, surtout, les employés. Afin de favoriser la satisfaction et la fidélisation des clients, les organisations mettent en place des règles d'affichage émotionnel. Dans un contexte de service à la clientèle, de telles règles exigent de la part des employés qu'ils expriment des émotions positives et suppriment leurs émotions négatives (Adelmann, 1995; Ashforth & Humphrey, 1993; Brotheridge & Grandey, 2002; Grandey, 2000; Hochschild, 1983; Morris & Feldman, 1996a; Sutton & Rafaeli, 1988). En conséquence, les employés doivent réguler leurs émotions afin de rendre conforme leur expression émotionnelle à de telles règles. En d'autres mots, les employés doivent s'engager dans un processus de travail émotionnel. Pour ce faire, trois stratégies de régulation émotionnelle sont discutées dans les écrits, lesquelles sont reprises dans la présente thèse: la stratégie de profondeur, la stratégie de surface et l'expression authentique des émotions. Jusqu'à maintenant, les études se sont attardées à identifier certains antécédents de ces stratégies de régulation émotionnelle (traits de personnalité, identification à l'emploi, demandes situationnelles et autonomie au travail) ainsi que leurs conséquences sur les employés (épuisement professionnel et attitudes au travail) et les organisations (roulement du personnel) (voir Bono & Vey, 2005), mais ont laissé en plan l'investigation de la dynamique des stratégies de régulation entre elles. Pourtant, l'étude qualitative de Sutton (2004) démontre que de nombreux employés utilisent au moins deux stratégies de régulation émotionnelle dans le cadre de leurs fonctions. Cependant, cette étude ne permet pas de déterminer quelles stratégies sont les plus susceptibles d'être combinées entre elles et selon quelle intensité. L'objectif général de cette thèse est donc de mieux comprendre le processus du travail émotionnel en tant qu'exigence de prestation de service, d'investiguer l'impact d'antécédents organisationnels et d'en évaluer les conséquences sur les employés. La présente thèse met d'abord l'accent sur l'identification de styles de régulation émotionnelle, soit la combinaison dynamique de diverses stratégies de régulation émotionnelle selon le contexte de travail. Considérant que le travail émotionnel constitue des actes motivés (Rubin, Tardino, & Munz, 2005) quatre styles de régulation émotionnelle ont été prédits en se basant sur la théorie de l'autodétermination (Deci & Ryan, 1985,2000). L'hypothèse générale était que plus les employés sont autodéterminés dans la régulation de leurs émotions, plus ils adoptent un style de régulation basé sur l'authenticité et la régulation de profondeur. Les résultats, basés sur des mesures auto rapportées recueillies auprès de deux échantillons, soutiennent l'existence de deux styles correspondant à cette description. Le premier style a été libellé « style authentique », alors que le deuxième a été nommé « style flexible ». La distinction entre ces deux styles réside sur le fait que les employés adoptant le premier style n'ont pas recours à la régulation de surface, alors que les employés du deuxième style y ont parfois recours selon le contexte d'interaction avec les clients. Inversement, l'hypothèse générale prédisait que les employés ayant une motivation moins autodéterminée devraient réguler leurs émotions selon une stratégie de surface (style suppresseur), ou encore n'auront recours à aucune des stratégies de régulation (style non régulateur). Deux styles correspondant à cette description ont également été confirmés, supportant ainsi l'hypothèse générale. En outre, il était prédit que plus un style de régulation se base sur l'authenticité et la stratégie de profondeur, plus les conséquences sont positives pour les employés. Cette hypothèse a été confirmée à l'aide d'indicateurs d'attitudes au travail (satisfaction au travail, engagement organisationnel et intention de quitter). Plus spécifiquement, des conséquences positives ont généralement été associées aux employés adoptant un style « authentique » ou « flexible », alors que l'inverse a été identifié pour les styles « suppresseur » et « non régulateur ». En somme, il semble que les styles « authentique » et « flexible » s'avèrent être adaptatifs pour les employés, alors que les styles « suppresseur » et « non régulateur » peuvent être considérés comme étant non adaptatif pour eux. Dans un deuxième temps, la présente thèse cherchait à évaluer, d'une part, l'impact de facteurs organisationnels et celui de la motivation autodéterminée des employés à réguler leurs émotions sur l'adoption de styles adaptatifs ou non adaptatifs. D'autre part, l'objectif était d'évaluer les conséquences des styles de régulation sur les orientations de service à la clientèle des employés et sur l'épuisement professionnel. L'hypothèse générale voulait que lorsque les employés perçoivent que leur organisation est juste envers eux et qu'elle favorise leur autonomie, alors ils endossent plus facilement la nécessité de réguler leurs émotions dans le cadre de leurs fonctions. Hormis la relation non significative entre l'autonomie et la motivation des employés à réguler leurs émotions, cette hypothèse a été supportée. Il était également postulé que la motivation autodéterminée des employés à réguler leurs émotions favorise l'adoption d'un style de régulation émotionnelle adaptatif. Les résultats supportent cette prédiction. Il était également prédit que les styles adaptatifs de régulation émotionnelle conduisent à l'adoption de comportements de service et à une meilleure santé psychologique. Cette portion de l'hypothèse est également confirmée. Les styles de régulation adaptatifs conduisent à l'adoption de comportements de service orientés vers la qualité de l'interaction client et de comportements orientés vers la résolution de problèmes. Ces deux orientations envers le service à la clientèle obtiennent des effets différenciés importants. Alors que les comportements orientés vers la qualité de l'interaction avec les clients diminuent les symptômes d'épuisement professionnel, les comportements orientés vers la résolution de problèmes sont à double tranchant. D'une part, ils augmentent le sentiment d'accomplissement personnel, mais, d'autre part, ils augmentent l'épuisement émotionnel des employés. La présente thèse permet de mieux comprendre comment les employés régulent leurs émotions au travail, en mettant l'emphase sur la dynamique existante entre les stratégies de régulation émotionnelle. Plus spécifiquement, la thèse met en évidence quatre styles de régulation émotionnelle, lesquels reflètent diverses combinaisons de stratégies de régulation émotionnelle. La thèse met également en évidence une plus grande compréhension du processus de travail émotionnel en démontrant le rôle primordial de facteurs organisationnels qui influencent l'endossement des employés quant à la nécessité à réguler leurs émotions. Même si l'autonomie n'a pas semblé exercer une influence sur cet endossement, la marge de manoeuvre dont bénéficient les employés influence le recours à des styles de régulation émotionnelle adaptatifs pour eux. De tels styles basés sur l'authenticité et la régulation de profondeur exercent un effet protecteur contre l'épuisement professionnel des employés et favorisent l'adoption de comportements de service susceptibles de contribuer au succès de l'organisation. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Régulation émotionnelle, Travail émotionnel, Motivation, Attitudes au travail, Épuisement professionnel, Climat de travail.

Cette thèse de doctorat a pour objectif de mieux comprendre le développement de la régulation des émotions chez des nourrissons de mères adolescentes au cours de leurs premiers mois et d'examiner le rôle des interactions avec leur mère dans l'acquisition de telles compétences. La régulation des émotions est une composante essentielle de l'adaptation psychologique, même chez le nourrisson. Il apparaît donc crucial d'identifier les facteurs qui peuvent favoriser ou compromettre le développement de la régulation des émotions dès la petite enfance. La qualité des interactions de l'enfant avec ses proches et la qualité des pratiques parentales joueraient un rôle crucial dans ce processus (Holodynski & Friedlmeier, 2006). Les réactions du parent aux expressions d'émotion de son nourrisson pourraient, par exemple, influencer le type d'émotion exprimée par l'enfant et les comportements qu'il utilise pour réguler ses états affectifs. De faibles compétences parentales, des relations affectives perturbées entre parent et enfant pourraient donc constituer d'importants facteurs de risque pour les nourrissons. Selon diverses recherches, les enfants de mères adolescentes seraient particulièrement vulnérables à cet égard. Le premier article porte sur les expressions d'émotion et sur les comportements de régulation des émotions de nourrissons de mères adolescentes lors de séances d'interaction avec leur mère et lorsqu'ils sont seuls à 4 mois et à 10 mois. Leurs expressions d'émotion et leurs comportements de régulation des émotions sont comparés à ceux de nourrissons de mères adultes. Les expressions d'émotion et les comportements de leurs mères sont également comparés. Quarante mères adolescentes et 47 mères adultes et leurs nourrissons ont participé aux deux séances d'observation en laboratoire. Les comportements de régulation des émotions des nourrissons (regards, gestes de communication, manipulation d'objets, etc.) ont été encodés de même que les comportements des mères avec leur bébé lors des séances d'interaction (regards, proximité, contacts physiques, etc.). Nous avons aussi encodé les expressions faciales d'émotion des nourrissons et celles de leur mère à l'aide du système Max (Izard, 1983). Les résultats révèlent de grandes similitudes entre les groupes mais aussi quelques différences. Les nourrissons de mères adolescentes présentent des réactions affectives plus intenses à 4 mois que les bébés de mères adultes. Par contre, ils sont moins nombreux à manifester des réactions négatives lorsqu'ils sont seuls à 10 mois. On ne note aucune différence dans le nombre de comportements de régulation auxquels les bébés des deux groupes ont recours. Des différences apparaissent, par contre, dans le type de comportements utilisés et dans l'effet de ces comportements sur les expressions d'émotion des bébés. L'analyse des comportements maternels révèle, par ailleurs, que les mères adolescentes touchent davantage leur bébé que les adultes. Elles le regardent cependant moins à 10 mois. Le deuxième article a pour objectif d'examiner les réactions des mères adolescentes aux expressions d'émotion et aux comportements de régulation des émotions de leur nourrisson et de les comparer aux réactions des mères adultes. Nous comparons également les réactions des bébés aux expressions affectives de leur mère et à ses comportements. Les mères (50 adolescentes et 57 adultes) et leur nourrisson participent à deux séances d'interaction face à face, la première lorsque le nourrisson est âgé de 4 mois et la seconde à 10 mois. Les analyses révèlent peu de différences entre les groupes. Les mères adolescentes montrent plus d'expressions neutres que les mères adultes en réaction aux expressions négatives de leur bébé à 10 mois. Elles réagissent également aux gestes de communication non verbale de leur bébé à 10 mois par des expressions neutres alors que les mères adultes y répondent parfois par des expressions négatives. On note aussi des différences dans les expressions faciales et dans les comportements maternels concomitants à ceux des nourrissons. L'ensemble des résultats obtenus suggère que les mères adolescentes tentent davantage de renforcer les expressions positives de leur bébé alors que les mères adultes s'efforcent plutôt de susciter des réactions positives chez leur bébé lorsqu'il montre une expression neutre. On observe aussi plus de comportements inappropriés chez les mères adolescentes lorsque leur bébé manifeste des expressions négatives. Leurs bébés réagissent aussi davantage à leurs comportements inappropriés par des expressions négatives. On ne peut conclure, à la lumière des résultats obtenus, que les nourrissons de mères adolescentes présentent plus de problèmes de régulation de leurs émotions que les nourrissons de mères adultes. Néanmoins, les réactions d'un certain nombre d'entre eux lorsqu'ils sont seuls à 10 mois mériteraient de faire l'objet d'une investigation plus approfondie. Une attention particulière devrait aussi être portée aux réactions de leur mère à leurs expressions d'émotion négative. Nos résultats mettent aussi bien en évidence la complexité des interactions entre mères et nourrissons et la nécessité de porter plus d'attention aux variations individuelles et aux facteurs qui y sont associés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Mère adolescente, nourrisson, interaction mère-enfant, émotion, régulation des émotions, expression faciale, développement affectif.

La protéine L-isoaspartate méthyltransférase (PIMT) répare les protéines endommagées par la formation de résidus L-isoaspartates anormaux. Elle est majoritairement exprimée et active dans le cerveau. Or, la déficience en PIMT est largement associée à différentes maladies neurologiques tandis qu'une élévation de son niveau d'expression semble jouer un rôle protecteur. La PIMT est communément caractérisée comme une protéine monomérique du cytosol. Nous nous intéressons particulièrement aux mécanismes qui régulent son expression et son activité. Les dérivés réactifs de l'oxygène (DRO) peuvent agir comme des messagers secondaires des voies de signalisation physiologiques, par contre, l'accumulation de ceux-ci peut causer des dommages oxydatifs et contribuer fortement à l'altération des processus cellulaires. En raison de divers facteurs, les cellules cérébrales peuvent être plus vulnérables face à une augmentation des DRO (stress oxydatif). Pourtant, il existe peu d'information concernant la régulation de la PIMT par les DRO dans le cerveau. Par ailleurs, les mitochondries sont les principales sources de DRO intracellulaires et leur association avec les désordres neurologiques est de plus en plus rapportée. Malgré le fait que la PIMT est aussi présente et active dans les mitochondries, aucune étude n'a encore examiné la régulation de son express ion dans ces organites. L'objectif de cette thèse était de démontrer que les DRO régulent l'expression de la PIMT. Dans un premier volet, nous avons investigué les effets des DRO sur l'express ion de la PIMT. Le phénylarsine oxyde (PAO) est une molécule dérivée de l'arsenic qui altère les protéines en oxydant les résidus cystéines vicinales (voisines sur la chaîne polypeptidique). En premier lieu, nous rapportons que la synthèse de la PIMT est rapidement stimulée par le traitement des cellules d'astrocytomes humains U87 avec le PAO. Nous avons aussi confirmé que l'augmentation de l'express ion de la PIMT par le PAO était dépendante de protéines possédant des cystéines vicinales. De manière importante, nous avons observé que l'augmentation de l'expression de la PIMT corrélait avec la formation de DRO induite par le PAO. De façon convaincante, nous avons pu démontrer que la formation des DRO et la stimulation de l'express ion de la PIMT par la PAO étaient bloquées par l'agent antioxydant N-acétylcystéine ainsi que par l'inhibition de la NADH/NADPH oxydase avec le chlorure de diphenyleneiodonium. De plus, nous avons montré que l'inhibition de l'express ion de la PIMT par siRNA accroissait significativement la formation des DRO induits par le PAO, indiquant que la PIMT agissait indirectement comme une protéine antioxydante. Dans un deuxième volet, nous avons caractérisé la PIMT associée aux mitochondries. Nous avons trouvé que la PIMT est exprimée sous une forme monomérique, dimérique et multimérique dans les fractions mitochondriales des cellules de neuroblastomes humains, les SH-SY5Y. L'analyse par électrophorèse bidimensionnelle a révélé deux isoformes spécifiques de la PIMT dans les fractions mitochondriales. Lorsque nous avons traité les cellules avec le carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP), un agent découplant qui perturbe l'activité mitochondriale, l'expression et l'activité des monomères de PIMT ont diminué alors que l'expression et l'activité des multimères de PIMT ont été stimulées. De manière significative, l'assemblage des multimères de PIMT est le résultat de monomères de PIMT liés par des ponts disulfures car le traitement des multimères avec un agent réducteur comme le dithiothréitol les transforme en monomères de PIMT. L'acide ascorbique, un antioxydant, bloque significativement la formation des multimères de PIMT induite par le CCCP, validant que les DRO contribuent à la multimérisation de la PIMT. De plus, on a trouvé que le CCCP conduit à l'accumulation des résidus aspartates endommagés sélectivement au niveau des protéines avec un haut poids moléculaire. Il est particulièrement intéressant de noter que l'élévation de l'activité catalytique des multimères de la PIMT par le CCCP a été drastiquement inhibée par l'agent réducteur dithiothréitol. Ces résultats indiquent que les monomères de PIMT sont généralement inactifs après les traitements au CCCP et que l'activation des multimères de PIMT est essentiellement dépendante de la formation des liens disulfures entre monomères de PIMT. Cette thèse rapporte la régulation de la PIMT par les DRO et démontre que cette enzyme de réparation est une nouvelle protéine antioxydante. En plus, elle met en évidence que les DRO contribuent à la multimérisation et l'activation de la PIMT dans les mitochondries. Ces travaux de recherche mettent en lumière un nouveau champ d'étude sur la PIMT. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : protéine L-isoaspartate méthyltransférase, dérivés réactifs de l’oxygène, mitochondries, liens disulfures, multimères

Les plantes sont des organismes sessiles, ce qui implique qu'elles doivent passer à travers tous les stades de leur développement au même endroit peu importe les conditions environnementales. La transition de la phase végétative (production de tiges et feuilles) à la phase reproductive (production de fleurs) est une étape cruciale de ce développement. Les facteurs environnementaux tels que la durée de l'ensoleillement, la température, les nutriments et la disponibilité en eau sont des déterminants importants de cette transition, et donc de la floraison. En zones tempérées, la majorité des espèces végétales ont développé des mécanismes d'adaptation leur permettant d'optimiser leur développement en fonction des conditions de température et d'ensoleillement. Des pertes agricoles importantes peuvent être encourues si ces conditions ne sont pas optimales. Le blé est une des espèces céréalières essentielles à cause de son utilisation quotidienne directe et indirecte dans la nourriture de la population humaine mondiale et des animaux. Cette céréale est composée essentiellement de cultivars d'hiver et de cultivars de printemps. Les cultivars d'hiver sont semés en automne et récoltés en début d'été, donc traversant tout l'automne et l'hiver avec le risque de pertes dues au gel. Les cultivars de printemps sont semés au printemps et récoltés en fin d'été avec le risque de pertes dues au gel d'automne et aux attaques d'insectes ravageurs plus abondants à ce moment. La floraison du blé d'hiver requiert une exposition prolongée aux températures basses, un processus appelé vernalisation. Chez le blé hexaploïde (Triticum aestivum L.), le processus de vernalisation est régi par une des voies génétiques qui impliquent trois gènes principaux qui codent pour des facteurs de transcription, Triticum aestivum VERNALIZATION1 (TaVRN1), Triticum aestivum VERNALIZATION2 (TaVRN2) et Triticum aestivum FLOWERING LOCUS T like 1 (TaFT1), également appelé TaVRN3. TaVRN1 et TaVRN3 sont des activateurs de la floraison tandis que TaVRN2 est un répresseur de la floraison. Afin de comprendre la fonction et la régulation de chacun de ces trois gènes dans la floraison du blé hexaploïde, j'ai utilisé une approche génomique (biopuce) combinée à des outils bioinformatiques (analyse de données et de séquences) et une approche de génétique moléculaire (régulation de l'expression génique, épigénétique, et mutagène). Dans une première étude, j'ai testé si VRN2 peut agir comme un répresseur de la floraison chez une espèce de plante différente des céréales tempérées. Pour atteindre cet objectif, nous avons exprimé de façon constitutive chez Arabidopsis thaliana le gène du blé TaVRN2. Les plantes transgéniques obtenues n'ont montré aucune altération de leur morphologie, mais leur date de floraison a été considérablement retardée par rapport aux plantes contrôles. Ces résultats indiquent que TaVRN2, bien que n'ayant pas d'orthologue connu chez les Brassicaceae, agit comme un répresseur de la floraison chez ces espèces. Des études sur la tolérance au gel ont révélé que les plantes transgéniques ont une tolérance au gel plus élevée que les plantes contrôles. Dans l'ensemble, ces données suggèrent que le gène TaVRN2 pourrait moduler des voies de régulation qui régissent le temps de floraison et l'induction de la tolérance au gel. Des études d'expression de la transcription indiquent que l'expression de TaVRN-A1 et TaFT-A1 chez le blé d'hiver est induite par la vernalisation. En utilisant la méthode d'immunoprécipitation sur la chromatine (IPCh ou ChIP) nous avons démontré que cette régulation à la hausse est associée à une augmentation du niveau de méthylation de l'histone-3-lysine-4-triméthylation (H3K4Me3) impliquée dans la régulation épigénétique alors qu'on ne note pas de changement du niveau de l'histone-3-lysine-27-triméthylation (H3K27Me3) à la région promotrice de TaVRN-A1 et TaFT1-A1. Cependant pour les deux marqueurs, leur niveau d'expression est maintenu comparable à la région promotrice TaVRN-B2. H3K4me3 est un marqueur d'activation de la transcription alors que H3K27Me3 est un marqueur de répression de la transcription. Des résultats d'analyses de séquences de promoteur de chaque gène obtenus avec l'utilisation d'outils bioinformatiques révèlent la présence d'éléments cis ciblés par des facteurs de transcription communs chez les espèces de plante qui exigent la vernalisation pour fleurir. Ces données suggèrent l'implication de ces éléments cis ciblés durant la vernalisation. Ces promoteurs possèdent également des éléments de réponse au Polycomb et au Trithorax qui lient les groupes de protéines Polycomb et Trithorax, pour maintenir les états de transcription réprimé ou actif des gènes de développement importants. L'ensemble de ces données indique que la transition de la floraison induite par la vernalisation chez le blé est régulée de façon épigénétique et est médiée par la méthylation des histones au niveau des promoteurs de TaVRN1, TaFT1 et TaVRN2. Ceci peut représenter une partie de la mémoire cellulaire de vernalisation chez le blé. Afin d'étudier l'impact de l'absence du gène VRN1 sur des gènes associés à la floraison, nous avons utilisé une approche génomique basée sur une analyse du transcriptome des plantes d'un mutant mvp-1 (maintained vegetative phase) contenant une délétion de gènes incluant VRN1. Les résultats de cette analyse indiquent que cette délétion conduit à la régulation de 368 gènes. Parmi les gènes hautement régulés, on compte ceux associés à la réponse aux pathogènes (PR) et aux jasmonates. Ces résultats suggèrent que cette délétion dans les plantes du mutant mvp-1 causant l'absence de floraison est associée à l'activation de la réponse moléculaire du mécanisme de défense modulée par la biosynthèse de l'hormone méthyl jasmonate (MeJA). Pour confirmer l'implication du MeJA dans la floraison, nous avons mesuré la teneur en MeJA dans les plantes homozygotes du mutant mvp-1 et des plantes de type sauvage. Le contenu en MeJA était six fois plus élevé dans les plantes du mutant mvp-1 en comparaison du contenu du MeJA dans les plantes de type sauvage. Un traitement avec 150 µM de MeJA sur du blé de printemps hexaploïde (cv Manitou) montre un retard de floraison de deux semaines et une croissance réduite des plantes traitées. Ce retard dans la floraison était associé à la répression significative du gène Triticum aestivum FLOWERING LOCUS T like 1 (TaFT1) supportant ainsi le rôle possible du MeJA dans le contrôle de la floraison. Les résultats obtenus dans le cadre de ces travaux de doctorat montrent l'importance du rôle des gènes VRN1, VRN2 et VRN3 ainsi que de l'hormone MeJA dans la mise en place des mécanismes d'adaptation pour mieux synchroniser la floraison et le développement du blé face aux changements environnementaux. En perspective, cette étude offre des avenues prometteuses afin d'améliorer des stratégies agricoles et la productivité céréalière. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Acclimatation au froid, Biopuce, Blé, Épigénétique, Facteurs de transcription, Floraison, Immunoprécipitation de chromatine, Mutant, Photopériode, Transgénique, Tolérance au gel, Vernalisation.

La question du "juste prix" est fréquemment posée lors de débats sur les services d'eau potable, principalement dans le contexte de la délégation de service public. Nous soutenons ici la thèse que le "juste prix" du service d'eau délégué basé sur des déterminants objectifs n'existe pas, mais que la notion de "juste processus" de définition du prix doit lui être substituée. A partir d'études statistiques sur les bases de données les plus détaillées en France, nous cherchons à savoir si la notion de "juste prix du service délégué" est basée sur des déterminants de prix objectifs comme le patrimoine du service, la complexité d'exploitation ou la concurrence. Nous cherchons aussi à caractériser statistiquement des déterminants des évolutions de prix lors de la négociation, à partir des offres initiales. Les meilleurs résultats que nous obtenons ne permettent d'expliquer approximativement le prix que pour une petite majorité des services. Des études cas réels de négociations pour plusieurs délégations de services d'eau potable nous montrent que la singularité de chaque service d'eau ne réside pas uniquement dans le contexte technique et concurrentiel, mais aussi dans le déroulement d'une négociation commerciale. Certains leviers peuvent être utilisés dans certains contextes pour permettre un meilleur résultat de la négociation : il est de rigueur de préparer la négociation commerciale, la stratégie dépendant des éléments issus du bilan du contexte. Localement, une implication plus forte des abonnés aboutit notamment à la crédibilisation d'alternatives et à l'émergence d'objectifs de négociation. De manière complémentaire, une structure nationale pourrait soutenir les élus en fournissant des références de comparaison, en mutualisant les bonnes pratiques et parallèlement éviter certains opportunismes au travers d'une régulation par coup de projecteur.

Rim101p est un facteur de transcription qui est activé par cleavage N-terminale à pH alcalin. Il régule ainsi la réponse au pH et joue aussi un rôle majeur dans la pathogenèse de la levure Candida albicans. Mon projet est d'identifier et d'étudier des gènes de surface régulés par Rim101p qui ont une fonction dans l'interaction hôte-levure.<br />Une analyse du transcriptome suite à l'induction d'une forme tronquée et constitutivement active de Rim101p nous avait permis d'identifier et de classer 133 gènes qui semblent être des cibles de Rim101p. Les données des microarrays ont été confirmées pour 20 gènes par PCR quantitative, en utilisant des conditions plus physiologiques. <br />Plusieurs adhésines de la famille des gènes ALS (Agglutinin-Like-Sequence) qui comporte 8 gènes semblent être régulé par Rim101p. Certaines jouent un rôle important dans la formation des biofilms et ainsi dans la virulence de C.albicans. Malgré la grande ressemblance des gènes au niveau de leur séquence nous avons pu confirmer le rôle de Rim101p dans la régulation d'au moins deux gènes ALS (ALS1 et ALS4) dans une analyse de la famille entière en PCR quantitative avec des oligos gène-spécifiques. <br />Pour analyser la régulation de ces gènes au niveau de leur promoteur, des fusions avec le gène rapporteur « LacZ » ont été intégré dans le génome de C. albicans et l'activité de la Β-Galactosidase a été quantifiée en fonction du pH et de la présence ou absence de Rim101p. Nous avons abandonné ce projet car les résultats n'étaient pas reproductibles et cohérents avec les quantifications directes des transcripts. <br />Finalement nous avons utilisé une souche qui porte une version étiquetée de Rim101 avec l'étiquette V5 pour essayer de mettre en évidence par in vivo chromatine immunoprécipitation (ChIP) que les promoteurs sont des cibles directes de Rim101p. Nos résultats indiquaient un enrichissement <br />Dans un dernier projet, nous avons essayé de mettre en évidence par des approches d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) que les promoteurs étient des cibles directes de Rim101p en utilisant une souche qui exprimait une version de Rim101p étiquetée avec l'épitope V5. Nous avons observé un plus grand nombre des promoteurs cibles dans les échantillons pris à pH alcalin que dans ceux pris à pH acides. Toutefois, ces résultats n'étaient pas très solides, car la reproductibilité était faible et nous avons occasionnellement observé un enrichissement similaire pour des promoteurs non-régulés utilisés comme contrôles dans ces expériences.

La ville est un habitat ‘neuf', dynamique et encore peu étudié, le plus souvent sous l'angle des communautés d'espèces et peu sous celui des populations. Souvent traité comme une matrice hostile au vivant, cet habitat est pourtant propice à la colonisation et au maintien d'espèces comme la pie bavarde. Ce travail traite des causes et des conséquences de la colonisation et de l'établissement récents de la pie en France dans les paysages urbanisés. Elle part d'une question locale sur le contrôle des populations dans les parcs urbains (Département de la Seine-Saint-Denis) car la pie est un prédateur de passereaux au nid et ses forts effectifs en ville inquiètent. Mais si globalement les effectifs de pies sont en croissance en ville, ils seraient aussi en déclin à la campagne. Les 2 objectifs de cette thèse ont donc été de comprendre ce contraste d'évolution des populations entre ville et campagne et d'évaluer l'impact de la pie sur la conservation des autres espèces d'oiseaux.<br />Nous montrons l'influence de l'habitat le long d'un gradient urbain sur le fonctionnement spatial et la démographie des populations de pies. La croissance des effectifs en ville implique une meilleure fécondité et la disparition locale des populations à la campagne serait due à une baisse de la survie des populations. A la campagne, nos résultats tendent à prouver les effets négatifs du piégeage. Nous montrons aussi les effets de la qualité de l'habitat notamment au travers de la nourriture apportée par l'homme en ville. En revanche, la corneille noire, une espèce en croissance et le principal compétiteur et prédateur de la pie, n'aurait pas impact sur la dynamique d'évolution des pies en France.<br />Quelles implications pour la gestion des populations de cette espèce considérée comme ‘nuisible' ? Quelles sont les conséquences de l'expansion rapide de la pie dans les parcs urbains sur l'avifaune native ? Testé par un retrait expérimental de pies, nous ne montrons pas d'impact de ce prédateur sur les populations et les communautés d'oiseaux. A l'avenir, si le contrôle des populations de pies était nécessaire, nous présentons les meilleures stratégies de piégeage afin de permettre un contrôle local des effectifs sans compromettre la conservation de cette espèce en France.

Le travail décrit dans cette thèse a commencé à un moment où peu de données génétiques sur Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus (L. bulgaricus) étaient disponibles. Le séquençage du génome de la souche ATCC 11842, en collaboration avec le Génoscope, était en cours. La première partie de cette thèse décrit le travail effectué sur l'annotation et l'analyse du génome. Cette dernière suggère que L. bulgaricus est en voie de spécialisation à une niche écologique restreinte, le milieu lait. Elle révèle également que L. bulgaricus possède peu de systèmes de régulation et de résistance aux stress environnementaux. Ces résultats nous ont conduit à faire l'hypothèse que L. bulgaricus serait un bon modèle pour identifier les mécanismes essentiels pour l'adaptation à l'acidité (ATR). La deuxième partie de la thèse décrit les études menées sur l'ATR de L. bulgaricus par différentes approches complémentaires. Les résultats transcriptomiques mettent en évidence que l'expression de 20% des régulateurs ainsi que celle de 50% des transporteurs d'ions de L. bulgaricus est modifiée par l'ATR. En revanche, aucun des 5 facteurs s ni des 5 systèmes à deux composants du génome ne présente une expression variable. L'analyse protéomique par électrophorèse bidimensionnelle révèle 19 protéines dont l'abondance est affectée par l'ATR, parmi lesquelles les protéines chaperons et des protéines impliquées dans la biosynthèse des acides gras. L'ensemble des résultats suggère que l'ATR de L. bulgaricus fait intervenir de multiples régulateurs, des phénomènes d'atténuation de la transcription, et des régulations posttranscriptionnelles et post-traductionnelles. Ces résultats préliminaires nécessitent cependant des analyses complémentaires pour déterminer quelle partie des réponses visualisées est réellement à la base de la résistance accrue à l'acidité acquise après adaptation.

Accurate translation of genetic information necessitates the tuned expression of a large group of genes. Amongst them, controlled expression of the enzymes catalyzing the aminoacylation of tRNAs, the aminoacyl-tRNA synthetases (aaRS), is essential to insure translational fidelity. Here, it is shown that expression of AspRS is regulated in Saccharomyces cerevisiae by a feedback mechanism, that necessitates the binding of AspRS to its messenger RNA. The correlation between AspRS expression and mRNAAspRS and tRNAAsp concentrations, as well as the presence of AspRS in the nucleus, suggest an original regulation mechanism. It is proposed that the surplus of AspRS, not sequestered by tRNAAsp, is imported in the nucleus where it binds to mRNAAspRS and thus inhibits its accumulation. <br />We have established the folding of the 300-nucleotides long 5' end of mRNAApRS and identified the structural signals involved in the regulation process. We propose that the mRNAAspRS fragment folds in two independent and symmetrically structured domains spaced by two single-stranded connectors. Domain I displays a tRNAAsp anticodon-like stem-loop structure that is restricted in domain II to a short double-stranded helix. The overall mRNA structure, based on enzymatic and chemical probing, support a model where each monomer of yeast AspRS binds one individual domain and recognizes the mRNA structure like it recognizes its cognate tRNAAsp.<br />Finally, the consequences of an increased concentration of AspRS in the cell have been tested. In vitro, high AspRS concentrations lead to mis-aspartylation of tRNAAsn and tRNAGlu. In vivo, the design of a reporter gene conferring an antibiotic resistance, dependent on mischarged tRNAs, did not allow to detect any cross aminoacylation. However, the proteomic analysis of yeasts overexpressing AspRS pointed out the conditions of AspRS accumulation in the cell by detecting the presence of an additional control mechanism at the post-translational level.