Les travaux présentés dans cette thèse s'inscrivent dans le cadre bio-informatique de l'analyse des génomes. Plus particulièrement, ces travaux concernent l'expression des gènes et les éléments régulateurs, présents dans l'ADN, qui participent à la modulation de cette expression.<br />Le problème de la recherche de ces éléments régulateurs peut être envisagé sous l'angle informatique de la recherche de motifs approchés particuliers.<br /><br />La recherche de motifs régulateurs est une question difficile du fait de la faible spécificité des motifs recherchés. Pour pouvoir y répondre, il faut prendre en compte différentes formes d'information. En particulier, il est pertinent de prendre en compte la conservation entre espèces (génomique comparative), la conservation entre séquences génomiques partageant des éléments de régulation (gènes co-régulés) ou encore, dans certains cas, la conservation spatiale des sites de fixation.<br /><br />Dans ce cadre, nous proposons une méthode permettant de tirer parti, à la fois de la conservation spatiale, et de la conservation entre espèces. Cette approche se compose d'un algorithme de recherche locale et d'évaluateurs statistiques adaptés au problème de la recherche de motifs sur-représentés localement lorsque l'environnement de recherche est hétérogène, c'est-à-dire pour des séquences pouvant provenir d'organismes différents ou de régions différentes du génome. Ces travaux ont été mis en oeuvre dans un logiciel appelé TFM-Explorer, que nous avons évalué avec succès sur des données issues du génome humain, de la souris et du rat.

Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste responsable d'infections graves chez les personnes immunodéprimées, les grands brûlés et les patients atteints de la mucoviscidose. Cette pathogénicité repose sur de nombreux facteurs de virulence dont le système de sécrétion de type III (SSTT).Nous avons observé une protéine précédemment identifiée, PsrA, nécessaire pour la pleine activation de l'expression du SSTT chez P. aeruginosa. Les analyses par retard de migration électrophorétique de fragments du promoteur de l'operon régulateur exsCEBA ont montré que la protéine recombinante PsrA pourrait se fixer sur celui-ci. Le mutant DpsrA a montré une diminution marquée de la sécrétion des effecteurs de type III et une faible résistance à la bactéricidie par des cellules de type phagocytaires, PLB-985. L'ensemble des résultats suggèrent que PsrA est un nouvel activateur qui est impliqué dans l'expression du SSTT en augmentant le niveau de la transcription d'exsCEBA.Dans un second temps, nous avons mis en évidence qu'un signal inhibiteur, de type quorum sensing inconnu et produit dans la phase stationnaire de la culture, peut réprimer l'expression du SSTT in vitro. L'analyse de milliers de mutants de transposition a montré que la production de ce signal dépend du tryptophane, qui est le précurseur de nombreux métabolites dont l'acide d'indole-3-acétic (IAA). IAA-Na et un autre membre de cette famille de molécules, le acide 1-naphthalenacétique (NAA-K) aux concentrations millimolaires peuvent en effet inhiber l'expression et la sécrétion du SSTT. L'identification précise de ce signal nécessite des investigations plus poussées.

Les régulateurs de croissance et facteurs environnementaux régulent le développement et la croissance des plantes, ce qui affecte la biomasse et le rendement des cultures. Un déterminant important de la biomasse est l'étendue de la ramification, c'est-à-dire l'élongation des branches latérales. Les strigolactones (SL), des régulateurs de croissance dérivés de caroténoïdes et produits de la voie MORE AXILLARY BRANCHING (MAX), sont des régulateurs négatifs du développement des bourgeons axillaires. Les gènes AtMAX1 à AtMAX4 chez Arabidopsis codent pour des protéines impliquées dans la synthèse et la régulation de ces molécules. Parallèlement, une autre protéine, nommée BRANCHED1 (BRC1), est impliquée dans l'arrêt du développement des bourgeons, et il a été suggéré que son action se trouvait en aval de la voie MAX. D'autre part, une étude récente a démontré que l'expression constitutive du gène TRITICUM AESTIVUM VERNALIZATION1 (TaVRN1) du blé chez Arabidopsis affecte la ramification. Ce gène code pour un facteur de transcription à boîte MADS (MADS-box). TaVRN1 se lie à des motifs CArG de la région promotrice de AtMAX4, et provoque une augmentation de l'expression de AtMAX4. TaVRN1 fait partie du clade APETALA1/SQUAMOSA, tout comme les gènes APETALA1 (AtAP1), FRUITFUL (AtFUL) et CAULIFLOWER (AtCAL) chez la plante-modèle Arabidopsis thaliana, toutefois seul le membre AtAP1 de ce clade est surexprimé en présence de TaVRN1. Dans ce travail, nous avons procédé à une analyse détaillée des régions promotrices des gènes AtBRC1, AtMAX2 et AtMAX4, ainsi que du gène codant pour le MADS-box AtAP1. Cette analyse nous a permis d'identifier de nombreux éléments de régulation situés dans la région proximale des promoteurs (800 pb), dont des motifs CArG et CArG consensus chez AtBRC1 et AtMAX4 auxquels nous avons porté une attention particulière. Des analyses de gels de retardement effectuées avec des sondes contenant ces CArG et avec les protéines recombinantes AtAP1, AtFUL, et TaVRN1 (comme contrôle) indiquent qu'AtAP1 et TaVRN1 ont la capacité de se lier aux différents motifs CArG et CArG consensus des gènes AtAP1, AtBRC1 et AtMAX4. Ceci suggère qu'AtAP1 est un orthologue de TaVRN1 chez Arabidopsis. Nos résultats suggèrent aussi qu'AtAP1 est un FT MADS ayant la capacité de s'autoréguler et de moduler l'expression des gènes AtMAX4 et AtBRC1. Ces gènes étant impliqués dans le développement des branches latérales, ceci suggère que la dominance apicale est un phénomène qui dépend de facteurs de régulation MADS et plus spécifiquement d'AtAP1. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Arabidopsis thaliana, APETALA1, bourgeons axillaires, BRANCHED1, branches latérales, croissance, développement, dominance apicale, MADS, MAX, motif CArG

La régulation du trafic dans un carrefour à feux concerne en général deux objectifs distincts: la fluidification ou la résorption de congestion. Dans le premier cas, on évite de se retrouver dans une situation de trafic très dense en essayant d'ajuster les durées de commutations des feux en fonction de la demande d'affluence au carrefour: c'est une action a priori. Dans le second cas, on est confronté à un trafic saturé (état de congestion). Dans ce cas, il faudra agir a posteriori.Dans ce travail, nous nous intéressons essentiellement à un travail en amont (action a priori) permettant d'éviter la congestion en forçant les files d'attente à ne pas dépasser le niveau du trafic correspondant à l'optimum opérationnel des lignes. Plus précisément, après avoir modélisé le système, nous proposons une commande par retour d'état basée sur le concept d'invariance positive des ensembles et permettant d'atteindre l'objectif. Deux approches sont utilisées: La première fait appel aux inégalités matricielles Linéaires (LMI). La deuxième approche utilise le concept de la (A-B)-invariance issu de la généralisation du théorème de Farkas. Ensuite, nous enrichissons ces deux approches par la technique des réseaux de neurones pour estimer les flux d'entrée au carrefour afin de garantir la faisabilité en temps réel de la commande proposée. Enfin, les résultats de ces travaux sont appliqués sur un carrefour réel du boulevard Anatole France afin de montrer leur intérêt.

Ce travail de thèse porte sur la gestion énergétique des bâtiments par l'application de la programmation dynamique. Cet algorithme d'optimisation permet de développer des commandes prédictives, c'est à dire un ensemble de commandes à appliquer pendant une période donnée pour réduire la consommation énergétique du bâtiment ou améliorer le confort thermique des habitants.Un premier cas d'étude développe le cas du pilotage du chauffage d'un bâtiment pour effacer sa consommation en période de pointe électrique ou de pointe d'émission de CO2.Un second cas d'étude s'intéresse à une période de forte chaleur estivale ou le pilotage des protections solaires et de la ventilation mécanique contrôlée permet l'amélioration du confort thermique des occupants. Le pilotage des ouvertures (porte, fenêtre) est également étudié avec une comparaison de la régulation obtenue avec une régulation mise en place sur une maison test "Air et Lumière".Enfin la dernière partie du travail s'intéresse à la prévision des données climatiques locales grâce aux méthodes des chaînes de Markov et des réseaux de neurones artificiels. L'influence des erreurs de prévision sur la mise en place d'une stratégie d'effacement de la consommation de pointe dans le bâtiment est également étudiée.

Ce mémoire vise à caractériser les modalités de régulations mises en œuvre par des citoyens vivant à proximité d'un dépotoir et à comprendre les éléments des environnements social et physique qui peuvent influencer le recours à ces modalités. Le cadre théorique proposé montre la pertinence d'une recherche qui s'ancre dans une perspective systémique par une compréhension des environnements, mais aussi des interactions entre les éléments de ces environnements. Après avoir abordé les stresseurs persistants, nous proposons le concept d'inconfort comme alternative à la notion de stress puisqu'il correspond davantage à la situation étudiée. En réponse aux stresseurs, un processus de régulation s'active ; soit la mise en œuvre de modalités de régulation spontanées, mais aussi à la structuration de ces modalités en stratégies d'ajustement qui résulte d'une analyse de la situation. Ces stratégies peuvent alors devenir des schèmes de réponse quasi automatiques. Au processus de régulation à un stresseur persistant, nous indiquons l'importance des différents éléments qui composent le système et qui se trouvent en interaction dans une perspective systémique. De cette façon, nous détaillons les éléments de l'environnement physique, mais aussi de l'environnement social qui sont présents par les relations qu'entretient un individu avec les membres de la famille, mais aussi ceux de la communauté. Au final, les facteurs sociodémographiques permettent aussi de situer la complexité de ce processus. La méthodologie consiste en une analyse de contenu des transcriptions d'entretiens semi-dirigés à l'aide du logiciel d'aide à l'analyse sémantique Sémato. Ce logiciel permet de situer le discours des participants en rapport à celui des autres et de faire émerger les récurrences et les facteurs sociodémographiques qui peuvent influencer le recours aux modalités de régulation et leur structuration en stratégies d'ajustement. Au terme de notre analyse, nous avons observé que des éléments déclencheurs engendrent plusieurs types de modalités dans le discours des participantes et participants. Ces modalités qui sont surtout associées à des changements de comportement et à des modifications dans les interactions sociales rappellent que les nuisances associées au dépotoir sont présentes au quotidien et sur de longues périodes obligeant une régulation constante. L'environnement social est celui qui est le plus sollicité dans ce contexte. L'apport des membres de l'entourage fournit des ressources supplémentaires autant dans le soutien social que dans l'offre de nouvelles modalités. Le traitement des données fait ressortir des éléments non identifiés par d'autres auteurs, par exemple : les craintes, les questionnements ainsi que l'absence d'inconfort comme élément du processus de régulation. Nos analyses pointent aussi la pertinence d'une prise en compte de facteurs sociodémographiques et de santé. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : interaction, environnement, ajustement, régulation, soutien social

Cette étude porte sur l'amélioration de la qualité de la tomate séchée par microondes assistés par air chaud (MOAC). Le principal but recherché est la préservation de la qualité de la tomate séchée en évitant notamment l'apparition de tâches noires qui souvent surviennent lors d'un chauffage microondes suite à une surchauffe locale du produit quand il devient sec. Pour ce faire, un système de séchage microondes assistés par air chaud avec la capacité de contrôler automatiquement la puissance spécifique a été développé sous labView®. Après une première étude où la puissance microondes appliquée est maintenue constante, une seconde stratégie de séchage MOAC, avec deux modes différents de régulation de la puissance spécifique, a été mise en oeuvre. Ces modes consistent à ajuster la puissance microondes appliquée à la masse du produit, représentative de la quantité d'eau restante. Dans le premier mode, l'adaptation est faite toutes les secondes (ajustement "continu") alors que dans le second mode, la puissance a été ajustée seulement chaque cinq minute (ajustement intermittent). L'ajustement permet de travailler avec un rapport puissance appliquée sur masse résiduelle du produit (puissance spécifique) constant. Tous les paramètres du procédé incluant la puissance appliquée on été enregistrés chaque seconde. De même, la température et la masse du produit sont mesurées chaque seconde. Le produit final a été caractérisé en réalisant des mesures de couleur, de texture, de structure ainsi que de taux résiduel de lycopène. La première étude sur le séchage MOAC réalisée à puissance constante (puissance spécifique variable), a produit des tomates avec des points chauds par endroit et plus de la moitié de la teneur en lycopène de la tomate est dégradée. En revanche, les tomates séchées par MOAC utilisant les deux modes de régulation du séchage, présentent une meilleure qualité en termes de couleur et de structures comparées à deux tomates séchées commerciales de référence (d'origine italienne et ivoirienne). Par ailleurs, l'observation de la structure des tomates par Microscopie Electronique à Balayage (MEB), a permis d'expliquer les changements observés au niveau de la texture de la tomate séchée. D'un point de vue chimique, le taux résiduel de lycopène de la tomate séchée par les modes de régulation (1 et 2) est situé respectivement entre 64,78 et 55,63% pour les puissances et températures d'air basses (3W/g-30°C) et entre 30,91 et 28,75% pour les puissances et températures d'air élevées (7W/g-50°C), contre 30,56 et 22,30% pour les tomates commerciales d'origine italienne et ivoirienne.

Les conflits entre les noms de domaine et les marques de commerce surgissent essentiellement par manque de coordination entre le système d'enregistrement des noms de domaine et celui des marques. Les marques sont enregistrées par des autorités publiques gouvernementales et les droits qui en découlent ne peuvent s'exercer que sur le territoire du pays d'origine. Le système d'enregistrement des noms de domaine, basé sur la règle "du premier arrivé, premier servi", ne connaît pas de limites géographiques et ignore le principe de spécialité propre aux marques de commerce. L'absence de lien entre ces deux systèmes a permis, l'enregistrement comme noms de domaine par des tiers, de marques de commerce de renom suscitant la confusion quant aux origines des sites. Le nom de domaine constitue un nouveau signe distinctif se situant à la frontière de la régulation technique et du contenu et représente le cadre idéal pour étudier les fondements légitimes de l'intervention du droit dans le cyberespace. En effet, le système des noms de domaine se construit autour de choix et de contraintes techniques dont les concepteurs n'imaginaient pas qu'ils deviendraient la source d'un important contentieux. Les noms de domaine, portes d'accès au réseau, font l'objet d'une tentative de régulation qui concilie les forces contraires de l' ''aterritorialité'' des noms de domaine, avec la "territorialité" des marques de commerce. Cette régulation repose sur la synergie entre l'architecture technique, les normes sociales, l'autoréglementation, le marché et la loi et se présente comme un laboratoire d'idées pour une définition de la régulation de l'Internet. La problématique des noms de domaine et des marques de commerce, constitue une application pratique de cette "corégulation" et amorce ainsi une évolution juridique, facteur de construction du droit sur l'Internet. / Conflicts between domain names and trademarks law, mainly arise from the lack of coordination between their registration processes. The choice and registration of domain names is not subject to any formal regulation and is established on a "first-come first-serve" basis and trademarks are instead subject to a statutory system. Moreover, an important difference between trademarks and domain names is the scope of their reach. Domain names have an instantaneous transnational presence, while trademark law depends on a legislative territory. When a trademark holder wishes to establish himself on the Internet, the holder is sometimes confronted with the fact that someone has already registered a domain name using his own mark. Domain names, as new commercial identifiers, are gateways to web sites and have become one of the most contentious legal issues on the Internet. Therefore, it is of the utmost importance to study the legal interactions in cyberspace in order to find solutions on how they should be handled. The Domain Name System (DNS) is an ideal framework to do so. The current controversy over the Internet’s DNS raises important questions about how the Internet should be administered and governed. A Governance, resulting from the synergy between the technical architecture, social norms, self-regulation, contracts and the law, is not unique to cyberspace. However, the conflict between domain names and trademarks c1early shows the need to search for new directions and develop policy cooperation (or regulated self regulation) in order to predict, establish and monitor the rules governing the Internet.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal