Espera-se que a água esteja dentro de um padrão de qualidade após passar pelos processos de tratamento, que deve ser mantido durante a distribuição chegando aos pontos de consumo em condições de jamais prejudicar a saúde humana e animal. Contudo, há vários problemas de saúde que mundialmente vêm sendo associados ao suprimento público de água, fato que tem exigido um controle de qualidade cada vez mais rigoroso. Apesar dos recursos analíticos disponíveis, que facilitam a detecção e quantificação de agentes físicos, químicos e microbiológicos potencialmente perigosos à saúde, há grande dificuldade em estabelecer parâmetros de qualidade e definir índices toleráveis daquilo que se consideram como agentes potencialmente perigosos à saúde. Muitas doenças veiculadas pela água são causadas por bactérias principalmente do grupo entérico, cuja presença é determinada através de indicadores como os coliformes totais e termotolerantes. Outros microrganismos patogênicos podem estar presentes e não serem detectados por não estarem associados a estes indicadores. Como somente uma pequena quantidade de bactérias pode ser cultivada, como demonstrado pela avaliação direta de fragmentos de genomas, tornou-se evidente que em várias situações muitas espécies microbianas embora presentes deixem de ser detectadas. Como ainda não se dispõe de informações suficientes a este respeito, este trabalho teve o objetivo de comparar métodos de identificação de bactérias cultiváveis e incultiváveis que possam comprometer a qualidade da água, analisando-se amostras coletadas ao longo do sistema de abastecimento da cidade de Piracicaba, desde a captação e processo de tratamento, distribuição e estocagem residencial da água de abastecimento, o que permitiria avaliar possíveis fontes de contaminação ao longo do trajeto nas redes de distribuição até os pontos de consumo. Amostras foram coletadas nas épocas de chuvas e seca para avaliar a qualidade da água de abastecimento e os resultados mostram que as bactérias presentes no sistema de abastecimento da cidade é 61,29% maior como estimado por SSCP em relação aos métodos de cultivo testados, sendo que o cultivo em meio R2A apresentou contagens medias superiores ao cultivo em meio TSA. Bactérias patogênicas potenciais como Shigela flexneri e Sphingomonas sp. mostraram resistência aos processos de tratamento e purificação da água, sendo identificadas em muitos pontos no sistema de abastecimento de água da cidade e nas amostras dos reservatórios domiciliares. Bactérias como Salmonella typhi, Salmonella sp. e Staphylococcus aureus foram identificadas apenas em amostras coletadas na rede, ou seja, não detectadas na amostra do ponto de captação, indicando uma provável contaminação no trajeto de distribuição da água tratada. Contudo uma maior preocupação é voltada aos reservatórios domiciliares, pois algumas amostras apresentaram uma concentração de cloro abaixo do limite mínimo exigido em Portaria e, também, a presença de microrganismos patogênicos potenciais como os pertencentes ao Grupo Entérico. Estes dados revelam que apesar do eficiente sistema de tratamento da cidade, existem microrganismos que resistem aos processos de tratamento disseminando-se pela rede e que há possíveis focos de contaminação na rede de distribuição da água, podendo comprometer a qualidade da água disponível ao consumo publico. / It is expected that the water be within the quality standards after being through the treatment processes, which must be maintained along its distribution system up to the consumption points under the same conditions. However, there are several health problems worldwide associated to the public water supply. This fact has required a more and more rigorous quality control. It is difficult to set quality parameters and to define tolerant levels of what is considered as agents potentially dangerous to health, even if the analytical resources used to detect and quantify these chemical, physical, and microbiological agents are available. Bacteria, mainly from the enteric group, cause many diseases disseminated through water. Its presence is determined by using indicators, such as, total and thermo-tolerant coliforms. Other pathogenic microorganisms can be present in water without being detected, because they are not associated to those indicators. Just a small amount of bacteria can be cultivated, as demonstrated by direct evaluation of genome fragments. It is evident that in several situations many microbial species are not detected, even being present in the environment. As there is not enough information available, this work aimed to compare the identification methods of cultivated and non-cultivated bacteria that can damage the water quality. The samples were collected along the water supply system from Piracicaba, São Paulo, from the collection site, treatment process, and distribution to domestic reservoirs in order to check possible sources of contamination throughout the distribution system up to the consumption points. Samples were collected in the rainy and dry seasons to evaluate the quality of water supply. The results demonstrated that the population of bacteria present in the supply system from the city is 61.29% higher than that estimated by SSCP. In relation to the cultivation methods under testing, R2A medium presented higher average counting when compared to TSA medium. Potentially pathogenic bacteria, such as, Shigela flexneri and Sphingomonas sp., demonstrated resistance to water treatment and purification processes. These microorganisms were identified in several points along the city water supply system and in the samples collected from the domestic reservoirs. Bacteria, such as, Salmonella typhi, Salmonella sp. and Staphylococcus aureus were identified only in some samples collected along the distribution system, that is, they were not detected in the samples from the collecting point. This fact indicates that there might have been a contamination along the distribution of treated water. However, an important concern is towards the domestic reservoirs, because some samples presented a lower concentration of Chlorine than the minimum amount required by law, and the presence of potentially pathogenic microorganisms from the enteric group. These data reveal that, despite the efficiency of the water treatment system in the city, there are microorganisms resistant to the treatment processes, and they are disseminated through the distribution pipes. There might be possible contamination focuses along the distribution pipes that can damage the quality of water available to the public consumption.

Espera-se que a água esteja dentro de um padrão de qualidade após passar pelos processos de tratamento, que deve ser mantido durante a distribuição chegando aos pontos de consumo em condições de jamais prejudicar a saúde humana e animal. Contudo, há vários problemas de saúde que mundialmente vêm sendo associados ao suprimento público de água, fato que tem exigido um controle de qualidade cada vez mais rigoroso. Apesar dos recursos analíticos disponíveis, que facilitam a detecção e quantificação de agentes físicos, químicos e microbiológicos potencialmente perigosos à saúde, há grande dificuldade em estabelecer parâmetros de qualidade e definir índices toleráveis daquilo que se consideram como agentes potencialmente perigosos à saúde. Muitas doenças veiculadas pela água são causadas por bactérias principalmente do grupo entérico, cuja presença é determinada através de indicadores como os coliformes totais e termotolerantes. Outros microrganismos patogênicos podem estar presentes e não serem detectados por não estarem associados a estes indicadores. Como somente uma pequena quantidade de bactérias pode ser cultivada, como demonstrado pela avaliação direta de fragmentos de genomas, tornou-se evidente que em várias situações muitas espécies microbianas embora presentes deixem de ser detectadas. Como ainda não se dispõe de informações suficientes a este respeito, este trabalho teve o objetivo de comparar métodos de identificação de bactérias cultiváveis e incultiváveis que possam comprometer a qualidade da água, analisando-se amostras coletadas ao longo do sistema de abastecimento da cidade de Piracicaba, desde a captação e processo de tratamento, distribuição e estocagem residencial da água de abastecimento, o que permitiria avaliar possíveis fontes de contaminação ao longo do trajeto nas redes de distribuição até os pontos de consumo. Amostras foram coletadas nas épocas de chuvas e seca para avaliar a qualidade da água de abastecimento e os resultados mostram que as bactérias presentes no sistema de abastecimento da cidade é 61,29% maior como estimado por SSCP em relação aos métodos de cultivo testados, sendo que o cultivo em meio R2A apresentou contagens medias superiores ao cultivo em meio TSA. Bactérias patogênicas potenciais como Shigela flexneri e Sphingomonas sp. mostraram resistência aos processos de tratamento e purificação da água, sendo identificadas em muitos pontos no sistema de abastecimento de água da cidade e nas amostras dos reservatórios domiciliares. Bactérias como Salmonella typhi, Salmonella sp. e Staphylococcus aureus foram identificadas apenas em amostras coletadas na rede, ou seja, não detectadas na amostra do ponto de captação, indicando uma provável contaminação no trajeto de distribuição da água tratada. Contudo uma maior preocupação é voltada aos reservatórios domiciliares, pois algumas amostras apresentaram uma concentração de cloro abaixo do limite mínimo exigido em Portaria e, também, a presença de microrganismos patogênicos potenciais como os pertencentes ao Grupo Entérico. Estes dados revelam que apesar do eficiente sistema de tratamento da cidade, existem microrganismos que resistem aos processos de tratamento disseminando-se pela rede e que há possíveis focos de contaminação na rede de distribuição da água, podendo comprometer a qualidade da água disponível ao consumo publico. / It is expected that the water be within the quality standards after being through the treatment processes, which must be maintained along its distribution system up to the consumption points under the same conditions. However, there are several health problems worldwide associated to the public water supply. This fact has required a more and more rigorous quality control. It is difficult to set quality parameters and to define tolerant levels of what is considered as agents potentially dangerous to health, even if the analytical resources used to detect and quantify these chemical, physical, and microbiological agents are available. Bacteria, mainly from the enteric group, cause many diseases disseminated through water. Its presence is determined by using indicators, such as, total and thermo-tolerant coliforms. Other pathogenic microorganisms can be present in water without being detected, because they are not associated to those indicators. Just a small amount of bacteria can be cultivated, as demonstrated by direct evaluation of genome fragments. It is evident that in several situations many microbial species are not detected, even being present in the environment. As there is not enough information available, this work aimed to compare the identification methods of cultivated and non-cultivated bacteria that can damage the water quality. The samples were collected along the water supply system from Piracicaba, São Paulo, from the collection site, treatment process, and distribution to domestic reservoirs in order to check possible sources of contamination throughout the distribution system up to the consumption points. Samples were collected in the rainy and dry seasons to evaluate the quality of water supply. The results demonstrated that the population of bacteria present in the supply system from the city is 61.29% higher than that estimated by SSCP. In relation to the cultivation methods under testing, R2A medium presented higher average counting when compared to TSA medium. Potentially pathogenic bacteria, such as, Shigela flexneri and Sphingomonas sp., demonstrated resistance to water treatment and purification processes. These microorganisms were identified in several points along the city water supply system and in the samples collected from the domestic reservoirs. Bacteria, such as, Salmonella typhi, Salmonella sp. and Staphylococcus aureus were identified only in some samples collected along the distribution system, that is, they were not detected in the samples from the collecting point. This fact indicates that there might have been a contamination along the distribution of treated water. However, an important concern is towards the domestic reservoirs, because some samples presented a lower concentration of Chlorine than the minimum amount required by law, and the presence of potentially pathogenic microorganisms from the enteric group. These data reveal that, despite the efficiency of the water treatment system in the city, there are microorganisms resistant to the treatment processes, and they are disseminated through the distribution pipes. There might be possible contamination focuses along the distribution pipes that can damage the quality of water available to the public consumption.

Os microrganismos endofíticos são aqueles, cultiváveis ou não, que habitam o interior da planta hospedeira sem causar danos aparentes ou estruturas externas visíveis. Essa interação microrganismos-planta é intrínseca a determinadas espécies de plantas e/ou bactérias. Nas últimas décadas os estudos de microrganismos endofíticos têm sido realizados em diversas plantas hospedeiras, sendo esses estudos direcionados principalmente para a diversidade e características benéficas induzidas, inclusive o controle biológico de doenças. A doença causada pelo fungo Ceratocystis fimbriata é considerada emergente no setor florestal. O Brasil está entre os maiores produtores mundiais de eucalipto e a expansão do setor juntamente com o cultivo clonal tem acarretado o aumento da incidência de patógenos. O surgimento de novas doenças exige estudos relacionados tanto a interação do agente patogênico com hospedeiro quanto de todos os componentes do patossistema. Neste contexto, os microrganismos endofíticos têm sido descritos como potenciais controladores biológicos de doenças. Dessa forma, o presente trabalho teve por objetivos avaliar a interação de C. fimbriata com a comunidade bacteriana associada à Eucalyptus sp. Adicionalmente, foi estudada a possível transferência desses endófitos via sementes e o padrão de colonização de Pantoea agglomerans em plântulas. Foi observado que plantas não infestadas por C. fimbriata apresentaram maior densidade bacteriana no rizoplano (20,66 x 104 UFC.cm2 -1 de raiz), enquanto que para a comunidade endofítica, a maior densidade foi observada em plantas infectadas pelo fungo (25,13 x 104 UFC.g-1 de raiz). As análises por ARDRA possibilitaram a obtenção de 8 e 13 ribotipos nas comunidades endofítica de raiz e do rizoplano, respectivamente. Os ribotipos mais freqüentes foram identificados como Bacillus cereus. As análises de diversidade por meio de DGGE das comunidades do rizoplano e endofítica de raiz mostraram que a infestação pelo fungo interfere na colonização de Eucalyptus. Foi observado também que bactérias endofíticas estão presentes no interior de sementes de Eucalyptus spp. em uma densidade de 0,33 a 1,83 X 102 UFC.g-1, para as espécies E. camandulensis e E. urophylla, respectivamente. A densidade bacteriana endofítica de plântulas obtidas de sementes desinfectadas superficialmente variaram entre 0,27 X 102 a 0,87 X 102 UFC.g-1, para E. citriodora e o híbrido E. robusta x E. grandis, respectivamente. Em algumas espécies de Eucalyptus não foram isoladas bactérias endofíticas das sementes e plântulas. Os resultados mostraram que algumas espécies de bactérias endofíticas podem ser transmitidas verticalmente por sementes. P. agglomerans inoculada nas sementes foi capaz de colonizar as plântulas após a germinação da semente, indicando que esta pode ser uma das formas utilizadas pelos microrganismos para colonizar e se estabelecer na planta hospedeira. Assim, os resultados obtidos neste trabalho mostram ainda que possa existir interação entre a presença de C. fimbriata e a comunidade bacteriana endofítica e do rizoplano de Eucalyptus. Foi possível observar também que estas bactérias endofíticas que são transmitidas por meio de sementes, permitindo que plântulas previamente inoculadas com bactérias benéficas possam ser produzidas antes de serem levadas a campo. / The endophytic microorganisms are those, cultivated or not, that inhabit the interior of the plant host without causing apparent damages or visible external structures. This interaction microorganisms-plant is specific to certain species of plants and/or bacteria. In the last few years studies of endophytic microorganisms have been carried out in several plant hosts, being these studies focused mainly to diversity and biotechnological potential, such as biological control of disease. The disease caused by the phytopathogenic fungi Ceratocystis fimbriata is considered emerging by the reforestation companies. Brazil is one of the largest world eucalyptus producers and the increasing of the eucalyptus production associated to clonal reproduction has allowed the increase in pathogen incidence. Studies that evaluate the interaction between pathogens and the microbial community associated to the host plant may allow understanding how disease symptoms come up. Endophytic microorganisms have been described as potential biological control of diseases and therefore, the aims of the present work were to i) study the interaction between C. fimbriata and the bacterial community associated to the Eucalyptus sp.; ii) evaluate the bacterial dissemination by seeds; iii) evaluate the colonization profile of Pantoea agglomerans in seedlings after seed inoculation. It was observed that the highest bacterial density on the rhizoplane (20.66 x 104 CFU.cm2 -1 of root) was observed in C. fimbriata uninfectedplants, while for endophytic community the highest density was observed in C. fimbriata infected plants (25.13 x 104 CFU.g-1 of root). The ARDRA analyses showed that the bacterial community of eucalyptus is composed by 8 and 13 ribotypes on rhizoplane and inside the roots (endophytic), respectively. The most frequent ribotypes were identified as Bacillus cereus. The DGGE analyses of diversity of endophytic and rhizoplane community showed that fungi infection shift the colonization of Eucalyptus associated bacteria. The bacterial community inside Eucalyptus spp. seeds ranged from 0.33 to 1.83 X 102 CFU.g-1, for E. camandulensis and E. urophylla, respectively. After seed germination the endophytic bacterial density in seedlings ranged from 0,27 X 102 to 0,87 X 102 CFU.g-1, for E. citriodora and the hybrid E. robusta x E. grandis, respectively. Although, endophytic bacteria have been isolated from seeds, for some plant species, bacteria were not isolated from seedlings. Also, some bacteria may be vertically transmitted from seed to seedlings, but some is specific for seeds. Seed inoculation of P. agglomerans resulted in seedlings colonized by these bacteria, suggesting that these bacteria could be seed transmitted. The results obtained in the present study show that the fungi C. fimbriata inside the Eucalyptus host can shift the endophytic and rhizoplane bacterial diversity. Also, these endophytic bacteria could be transmitted vertically by seeds, allowing that seeds previously inoculated with beneficial bacteria may result in protected plants before planting in the field.

Bactérias endofíticas são aquelas que habitam o interior de tecidos vegetais, sem causar dano aparente aos mesmos, além de desempenhar funções importantes no processo de adaptação das plantas. Especial interesse tem sido dado a tais bactérias devido ao seu potencial no controle biológico. Por isso, é muito importante estudar a diversidade genética de endófitos, além de avaliar o impacto da introdução de endófitos geneticamente modificados no ambiente. Estudos vêm sendo feitos nesse sentido, mas não com bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivos estudar a diversidade genética de bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae isoladas de plantas de cacau, cana-de-açúcar, citros, eucalipto e soja, utilizando diferentes técnicas moleculares. Análises por ARDRA e seqüenciamento do rDNA 16S identificaram 20 haplótipos e revelaram que os isolados pertenceram aos gêneros Enterobacter, Erwinia e Pantoea, sendo este último o mais freqüente. Tais estudos revelaram ainda que a diversidade dos isolados variou de acordo com a planta hospedeira. A técnica de BOX-PCR foi também utilizada para avaliar a diversidade dos isolados. Um total de 23 diferentes OTUs (operational taxonimic units) obtidas indicaram que o total de isolados avaliados compreenderam pelo menos 23 espécies diferentes. Dois isolados foram transformados com pPAgfp, um plasmídio contendo os genes de resistência ao antibiótico ampicilina e o gene gfp, que codifica a proteína verde fluorescente. Tais isolados foram inoculados em plântulas de Catharantus roseus (vinca) e foi feito reisolamento de bactérias endofíticas em dois períodos diferentes após a inoculação. O impacto desta inoculação na diversidade da comunidade microbiana natural de vinca foi avaliado utilizando-se a técnica de ARDRA, a qual mostrou que os endófitos expressando gfp colonizaram as raízes e caules das plantas inoculadas, sem causar qualquer sintoma de doença. Além disso, os colonizadores endofíticos não levaram à diminuição da diversidade da população microbiana natural de vinca. Os resultados obtidos poderão contribuir para a compreensão sobre a interação entre Enterobacteriaceae endofítica e planta hospedeira, além de ajudar a responder questões sobre o papel ecológico dos endofíticos e seu potencial biotecnológico. / Endophytic bacteria have been defined as those that reside within living plant tissues, or extracted from inner plant parts without causing apparent damage to them. They also are able to play an important role in the process of plant adaptation. There is an increasing interest to endophytic bacteria and its potential in the biological control and many studies has been done in order to evaluate the diversity and the impact of endophytes and genetically modified endophytes (GME) released into environment. In this way, information about the diversity of endophytic bacteria has been obtained, except for bacteria exclusively from Enterobacteriaceae family belonged to different host plants. Thus, the aim of the present work was study the diversity of Enterobacteriaceae bacteria isolated from citrus, cocoa, eucalypti, soybean and sugar cane by different molecular approaches. The 16S rDNA of each isolate was amplified by PCR and the isolates were grouped into 20 clusters by analysis of restriction patterns of the PCR-amplified 16S rDNA (ARDRA). These analysis showed a variety of organisms, with 5 different genera encountered: Pantoea was most frequently encountered followed by Enterobacter and Erwinia, which isolates presented the great bacterial diversity according to host plants. Through cluster analysis of the BOX-PCR technique profiles, 23 different OTUs (Operational Taxonomic Units) were distinguished, the presence of 23 OTUs could indicate that isolates comprised at least 23 different species. Two isolates were transformed with pPAgfp, a plasmid harboring the ampicillim resistance gene and the gfp gene, which encodes for the green fluorescent protein. These two isolates were inoculated in seedlings of Catharantus roseus (vinca) and re-isolation of endophytic was performed in two times after inoculation. The impact of endophytes inoculation was evaluated by using the ARDRA technique. It showed that endophytes expressing gfp colonized roots and shoots of inoculated plants without causing any symptom of disease. Besides, the endophytes colonizers do not decreased the diversity of the vinca’s natural microbiota. The results obtained here provided important insights into the endophytic Enterobacteriaceae-host relationship that will be useful for further answer basic questions about the ecological role of the endophytes and its biotechnological potential.

O gênero Porphyra (Rhodophyta) apresenta uma considerável importância econômica, sendo extensivamente cultivado e consumido como alimento. O gênero é representado por mais de 70 espécies e apresenta ampla distribuição geográfica, desde regiões tropicais até polares. Sua taxonomia, baseada em poucos caracteres da fase macroscópica do seu ciclo de vida, é ainda bastante problemática. Para tentar entender melhor a taxonomia e a história evolutiva de Porphyra foram utilizadas metodologias de biologia molecular e características da fase conchocelis do ciclo de vida. Verificou-se que caracteres da fase microscópica podem ser utilizados para complementar os conhecimentos taxonômicos tradicionais. Para tentar elucidar a posição filogenética do gênero Porphyra na divisão Rhodophyta e, dentro do gênero, entre espécies do Atlântico, o gene nuclear que codifica para o RNA ribossomal da subunidade pequena do ribossomo (rDNA 18S) foi amplificado através de PCR, clonado e completamente sequenciado. Foram utilizadas três espécies de Porphyra da Nova Escócia (Canadá) e duas de São Paulo (Brasil). As sequências obtidas foram alinhadas com as de alguns eucariontes e de outras algas vermelhas, incluindo uma sequência publicada de \"Porphyra umbilicalis\" da França. As árvores filogenéticas foram construídas através dos métodos de parcimônia, distancia e máxima verossimilhança. As analises mostraram que o gênero Porphyra é monofilético para as cinco espécies estudadas e constitui um dos ramos mais antigos dentro das algas vermelhas já analisados. O gênero Porphyra, subclasse Bangiophycidae, apresentou uma diferença substancial em relação aos gêneros da subclasse Florrideophycidae, sustentando assim, a divisão de Rhodophyta em duas subclasses pela taxonomia tradicional. Entre os eucariontes, Porphyra divergiu ao mesmo tempo que o nuclemorfo de Cryptomonas. O alto grau de divergência genética encontrada entre espécies de Porphyra, além de indicações do registo fóssil, na literatura, sugerem que o gênero é bastante primitivo dentro das algas vermelhas. Surpreendentemente, a sequência publicada para \"Porphyra umbilicalis\" apresentou mais de 99% de identidade com uma espécie de Palmaria que pertence à subclasse Florideophycidae; neste caso, a biologia molecular serviu para comprovar a identificação errônea do exemplar cuja sequência foi publicada. Durante a análise filogenética, verificou-se a ocorrência de um intron do grupo ICI nos genes rDNA 18S de Porphyra spiralis var. amplifolia. Esse intron ocorre na mesma posição que os introns do grupo IC1 nos rDNA 18S dos fungos Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei e da alga verde Chlorella ellipsoidea, e apresenta identidade de sequências nos domínios P1 e P2, fora da região conservada, com o intron de Pn. Carinii. Três variantes, diferindo do tamanho da seqüencia do domínio P1, foram observados em três populações com distribuição geográfica diferente. O variante maior pode se auto-processar (\"self-splice\") in vitro. Quadros abertos de leitura estão presentes nos introns, mas não correspondem a nenhum gene conhecido. Introns estão presentes no rDNA 18S de outras espécies de Porphyra, que também podem apresentar variantes do rDNA 18S sem introns / The red algas genus Porphyra has considerable economic importance, and some species are extensively cultivated for human food. The genus is represented by more than 70 species, and occurs worldwide. Its taxonomy, based mainly on morphological characters of the macroscopic phase of its life-cycle is still unsettled. Alternatives to try to understand better the taxonomy and evolutive history of the genus were ascertained. It was verified that characters of the microscopic, filamentous phase, of the life-cycle of Porphyra may be used to complement the traditional taxonomic studies. To try to elucidate the phylogenetic position of Porphyra relative to the other red algae, and within the genus, among isolates from different locations, nuclear-encoded small-subunit ribosomal RNA genes (18S rDNAs) were PCR-amplified, cloned and completely sequenced. Three species of Porphyra from Nova Scotia and two species from Brasil were aligned with 18S sequences of other eukaryotes, including one published sequence of \"Porphyra umbilicalis\" from France. Phylogenetic trees were constructed by parsimony, distance and maximum-likelihood procedures. Analysis of our data revealed that these Porphyra species represented one of the deepest branches so far discovered within red algae. There was a great degree of primary sequence difference between Porphyra (subclass Bangiophycidae), and the other red algae belonging to the subclasses Florideophycidae. These results support the division of red algae into two subclasses by traditional taxonomy. Among eukaryotes Porphyra diverges at the same point as the Cryptomonas nucleomorph. The great among of sequence divergence, and the fossil record suggest that Porphyra, my indeed, be a very primitive red alga. Surprisingly, the 18S RNA sequence of the French \"Porphyra umbilicalis\" does not fit in our Porphyra category; instead, it has more than 99% identity with a species of Palmaria belonging to the subclass Florideophycidae. Therefore it was concluded that \"P. umbilicalis\" with the published sequence was actually a Palmaria palmate that was misidentified. During the phylogenetic analysis it was found that a group IC1 intron occurs in nuclear 18S rRNA genes of Porphyra spiralis var. amplifolia. This intron occurs at the same position of the group IC1 introns in 18S rDNAs of the fungus Pneumocystis carinii, Protomyces inouyei and the green alga Chlorella ellipsoidea, and shares primary-structural identity with the Pn. Carinii intron in domains P1 and P2, outside the conserved core. Three size-variants, differing in amount of optimal sequence in P1, exist and are differentially distributed in geographically distinct populations. The largest variant can self-splice in vitro. Open reading frames are present, but do correspond to known genes. Introns are present in the 18S rDNAs of several other Porphyra species, that may also have intronless rDNA copies

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Michelle Orane Schemberger.pdf: 2128012 bytes, checksum: 6410629ac444b4a8a7f1f63731248268 (MD5) Previous issue date: 2009-09-28 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / In this study, the fraction of the heterochromatin of the Apareiodon sp. chromosome W was isolated by microdissection with subsequent amplification by DOP-PCR. The sequences obtained were used in the procedure of the fluorescence in situ hybridization in Parodontidae species chromosomes. This probe was named WAp. Then, with this marker and others available, the study presented a molecular cytogenetic analysis in Parodontidae species present in different Brazilian hydrographic basin. The species analyzed were: Apareiodon sp., A. ibitiensis, A. vladii, A. piracicabae, A. vittatus, A. affinis, P. hilarii, P. moreirai, P. nasus and P. pongoensis. The results reveal closeness of the location of 18S rDNA marker found in Parodon species compared to the sister group Anostomidae. Still, it has been viewed a high identity chromosome pair bearing the rDNA 5S sites in all Parodontidae studied. Mapping of repetitive DNAs WAp and pPh2004 by fluorescence in situ hybridization in chromosomes of some species of Parodontidae permitted deduce the origin and differentiation of sex chromosome system ZZ/ZW from a inversion allocating proximal region WAp sites of a chromosome metacentric pair. These results allowed inferring that the sex chromosome system multiple ZZ/ZW1W2 of A. affinis can originate from one system ZW similar to that found in ancient populations of species P. hilarii. Thus, this work contributes to the understanding of development and diversification of the genome of some species of Parodontidae, mainly to the comprehension of the origin and sex chromosome differentiation. / Neste estudo, a fra??o heterocrom?tica do cromossomo W de Apareiodon sp. foi isolado por microdissec??o com posterior amplifica??o por DOP-PCR. As seq??ncias obtidas foram utilizadas no procedimento de hibrida??o in situ fluorescente em cromossomos de esp?cies de Parodontidae. Esta sonda foi denominada WAp. Assim, de posse deste marcador e de outros j? dispon?veis o trabalho apresentou uma an?lise de citogen?tica molecular em exemplares da fam?lia presentes em diferentes bacias hidrogr?ficas brasileiras. Foram analisadas as esp?cies: Apareiodon sp., A. ibitiensis, A. vladii, A. piracicabae, A. vittatus, A. affinis, P. hilarii, P. moreirai, P. nasus e P. pongoensis. Os resultados evidenciaram a proximidade da localiza??o do marcador do rDNA 18S encontrado em esp?cies de Parodon em compara??o ao grupo irm?o Anostomidae. Ainda, foi visualizado um alta identidade do par cromoss?mico portador dos s?tios de rDNA 5S em todos Parodontidae estudados. Com o mapeamento dos DNAs repetitivos WAp e pPh2004 por hibrida??o in situ fluorescente nos cromossomos de algumas esp?cies de Parodontidae foram lan?adas hip?teses de origem e diferencia??o do sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW a partir de uma invers?o alocando s?tios WAp em regi?o proximal de um par cromoss?mico metac?ntrico. Esses resultados permitiram inferir tamb?m que o sistema de cromossomos sexuais m?ltiplos ZZ/ZW1W2 de A. affinis pode ter origem de um sistema ZW similar ao encontrado em popula??es ancestrais da esp?cie P. hilarii. Assim, este trabalho contribui para o entendimento da evolu??o e diversifica??o do genoma de algumas esp?cies de Parodontidae, principalmente para o esclarecimento da origem e diferencia??o dos cromossomos sexuais.

Made available in DSpace on 2017-07-21T20:00:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Patricia Barbosa.pdf: 1571215 bytes, checksum: daac7b661ca93cbfd05ca0e7cda85213 (MD5) Previous issue date: 2013-02-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The most part of the eukaryote genomes is constituted for repetitive DNA or multiple copies DNA, which has already been considered as “junk”, may be associated to the heterochromatin. In this study three Astyanax scabripinnis populations from Pindamonhangaba and Guaratinguetá (SP, Brazil) rivers and stream and one population from Maringá (PR, Brazil) were analyzed about the nucleolar organizing region (NORs), As51 satellite DNA, 18S and 5S rDNA location. Moreover, repetitive sequences were isolated and mapped through Cot-1 technique, which showed homology with UnaL2, a LINE type retrotransposon. The fluorescent in situ hybridization (FISH), with the isolated built retrotransposon probe, evidenced disperse labeled and stronger in centromeric and telomeric chromosomes regions, co-located and interspersed with the 18S DNAr and As51, proven by the fiber-FISH technique. The B chromosome of those populations showed very conspicuous labeled with the LINE probe, also co-located with the As51 sequences. The NORs were actives in a single site of a homologue pair in all three populations, with no evidence that the transposable elements and repetitive DNA have influence in its regulation at the performed analyzes level. / A maior parte do genoma dos eucariotos é constituída por DNA repetitivo ou DNA de múltiplas cópias, o qual já foi considerado “lixo”, podendo estar associado à heterocromatina. Neste estudo foram analisadas três populações de Astyanax scabripinnis provenientes de rios e córregos de Pindamonhangaba e Guaratinguetá (SP, Brasil) e uma população da cidade de Maringá (PR, Brasil) quanto a localização das regiões organizadoras de nucléolo (RONs), DNA satélite As51, DNA ribossomal (DNAr) 18S e DNAr 5S. Ainda, foram isoladas e mapeadas sequências repetitivas por meio da técnica de Cot-1, que mostrou homologia com UnaL2, retrotransposon do tipo LINE. A hibridação in situ fluorescente (FISH), com sonda construída para o retrotransposon isolado, evidenciou marcações dispersas e mais concentradas em regiões centroméricas e teloméricas dos cromossomos, co-localizadas e interespaçadas com DNAr 18S e As51, comprovada pela técnica de fiber-FISH. O cromossomo B das populações mostrou marcações bastante conspícuas com a sonda LINE, também co-localizada com sequências As51. As RONs apresentaram-se ativas em sítios únicos de um par homólogo nas três populações, não havendo indícios de que elementos transponíveis e DNA repetitivo tenham influência na sua regulação ao nível das análises realizadas.

Submitted by Angela Maria de Oliveira (amolivei@uepg.br) on 2017-10-19T19:19:13Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Rafael Bonfim de Almeida.pdf: 1398729 bytes, checksum: b49f522af530568d079f7e0bdc9a7372 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-19T19:19:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) Rafael Bonfim de Almeida.pdf: 1398729 bytes, checksum: b49f522af530568d079f7e0bdc9a7372 (MD5) Previous issue date: 2013-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A grande quantidade de dados filogenéticos que vêm sendo disponibilizados, principalmente de caráter molecular, com os avanços de técnicas de obtenção, amplificação e sequenciamento de moléculas de DNA, RNA e proteínas, oferece uma nova perspectiva para a resolução de relações filogenéticas de grupos problemáticos. Porém, esta crescente quantidade de dados necessita de estratégia de integração e análise conjunta tanto entre os dados moleculares a per se quanto com outros dados anteriores, como dados morfológicos, citogenéticos, etológicos, entre outros. Uma alternativa recente para essa integração e metanálise filogenética é a abordagem de construção de super árvores, que consiste no princípio de agrupamento de filogenias independentes menores que possuem táxons terminais em comum em uma filogenia maior, construída com maior número de caracteres, com maior número de táxons terminais, sendo, portanto uma importante ferramenta para inferências mais acuradas quanto à sistemática, evolução, biologia, etologia, biogeografia e citogenética já que oferece uma perspectiva mais ampla do grupo em estudo. Neste estudo, dois grupos problemáticos quanto à sistemática filogenética foram escolhidos e analisados sob a perspectiva da abordagem de construção de super árvore. Para a subfamília Galerucinae sensu lato foi realizada uma filogenia molecular para espécies de Alticinae com ênfase na tribo Oedionychini a partir do alinhamento das sequências do segmento de expansão 2 (D2) do gene nuclear para 28S rDNA (28S-D2) e o gene mitocondrial para a subunidade I do Citocromo Oxidase C (COI), sendo essa filogenia juncionada com sequências associadas a bancos de dados e utilizadas em estudos filogenéticos anteriores. Posteriormente essa filogenia molecular foi integrada a uma super árvore construída para Galerucinae sensu lato. A super árvore recuperou a monofilia de Galerucinae com um grupo Alticinae parafilético. Para a ordem Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) foi construída uma super árvore baseada tanto em dados morfológicos quanto dados moleculares, contendo todas as famílias do grupo na topologia final. A topologia final recuperou a monofilia de Siluriformes, com Diplomystidae sendo o silurídeo mais basal e grupo-irmão do restante dos Eusiluroidei. / The large amount of phylogenetic data that are being available, with predominance of molecular, with the recent advances in techniques to obtainment, amplification and sequencing of DNA molecules, RNA and proteins, offer a new perspective for solving phylogenetic relationships of problem groups. However, this increased amount of data requires integration strategies and combined analysis of data, gathering the molecular per se with other previous data, such as morphological, cytological, ethological, and others. A recent alternative for this integration and phylogenetic meta-analysis is the Supertree Construction approach, that in principle consists in a gathering of independent smaller phylogenies that have some terminal taxa in common into a larger phylogeny, built with more characters, major number of terminal taxa, being an important tool for more accurate inferences about the systematics, evolution, biology, ethology, biogeography, cytogenetics, and others, once it offers a broader perspective of the study group. In this study, two problematic groups about their phylogenetic systematics were selected and analyzed under the perspective of the Supertree Construction approach. For subfamily Galerucinae sensu lato was performed a molecular phylogeny for Alticinae species with emphasis on the segment Oedionychini, based on alignment of the sequences of expansion segment 2 (D2) of nuclear 28S rDNA gene (28SD2), and the mitochondrial gene for the subunit I of cytochrome oxidase c (COI), being this phylogenies gather with other data used in previous phylogenetic studies. Later, this molecular phylogeny was incorporated into a supertree, constructed for Galerucinae sensu lato. The supertree recovered the monophyly of a Galerucinae group, and paraphyletic Alticinae. To order Siluriformes (Teleostei: Ostariophysi) was built a supertree based on both, morphological and molecular data, containing all families recognized for the group. The final topology recovered the monophyly of Siluriformes with Diplomystidae being the most basal catfish and sister group of the rest of Eusiluroidei.

Made available in DSpace on 2017-07-10T14:38:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Simone Cristina Girardi.pdf: 4377774 bytes, checksum: 366158b7c208a2a4a26392aebcbc096b (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Pimelodidae is a family of fishes of South America, and although several taxonomic and molecular studies have been conducted, the phylogenetic relationships among the genera are not still fully understood. In order to provide data to assist in the understanding of the relationships within this family, cytogenetic studies were performed in two species of Iheringichthys and seven species of Pimelodus from three river systems. The specimens were collected in the Piquiri River, Upper Paraná River basin; in the Iguaçu River, downstream to the Iguaçu Falls in the Middle Paraná River basin; in the Iguaçu River, Lower Iguaçu River basin and in the Ijuí River, Upper Uruguay River basin. The analysis showed the presence of 2n=56 chromosomes for all species, corroborating the hypothesis of this basal diploid number for the family. The AgNORs, confirmed by 18S rDNA-FISH, were localized in the terminal position on long arm of a chromosome pair for all analyzed species, which has been reported for all species of Pimelodidae and may indicate a basal trait for the family. The heterochromatin distribution pattern found herein is similar to those described for other Pimelodidae, and allowed us to differentiate most of the species, becoming an important marker. The location of 5S rDNA sequences in Iheringichthys species allowed their differentiation, and can be used as a taxonomic marker. In Pimelodus species, it was verified a variation in the number and position of 5S rDNA sites. In P. britskii and P. maculates, sites of 5S rDNA and 18S were found in synteny, which may indicate a derived condition for these species, considering that they are the only for pimelodids species till now studied that have this feature. The results of this study provided data that contribute to the knowledge of the evolutionary history of the species for Pimelodidae; establishing phylogenetic relationships and assisting in the identification of these species. / Pimelodidae é uma família de peixes da região Neotropical, e embora vários estudos taxonômicos e moleculares tenham sido realizados, as relações filogenéticas entre seus gêneros ainda não são totalmente compreendidas. Com o intuito de fornecer dados para auxiliar no entendimento das relações dentro desta família, foram realizados estudos citogenéticos em duas espécies de Iheringichthys e em sete espécies de Pimelodus de três sistemas hidrográficos. Os exemplares foram coletados no rio Piquiri, Bacia do Alto rio Paraná; no rio Iguaçu, jusante às Cataratas do Iguaçu na Bacia do Médio rio Paraná; no rio Iguaçu, Bacia do Baixo rio Iguaçu e no rio Ijuí, Bacia do Alto rio Uruguai. As análises mostraram a presença de 2n=56 cromossomos em todas as espécies, reforçando a hipótese de número diplóide basal para a família. As AgRONs, confirmadas pela FISH-DNAr 18S, foram localizadas na região terminal do braço longo de um par de cromossomos em todas as espécies estudadas, sendo que posição terminal desta região é observada em todas as espécies de Pimelodidae e pode indicar um caracter basal da família. O padrão de distribuição de heterocromatina encontrado é semelhante ao observado em outros Pimelodidae, e permitiu diferenciar a maioria das espécies, sendo um importante marcador. A localização das sequências de DNAr 5S nas espécies de Iheringichthys permitiu diferenciá-las, podendo ser utilizado como marcador taxonômico. Em Pimelodus, variação quanto ao número e posição de sítios do DNAr 5S foi observada. Em P. britskii e P. maculatus os sítios de DNAr 5S e 18S foram localizados em sintenia, o que pode indicar uma condição derivada para estas espécies, visto que são as únicas espécies de Pimelodidae que apresentam esta característica até o momento. Os resultados do presente estudo fornecem dados que contribuem para o conhecimento da história evolutiva das espécies de Pimelodidae, permitem estabelecer relações filogenéticas e auxiliam na identificação destas espécies.

Multicellular organisms are not single individuals but carry a complex natural microflora with them. This complex's diversity and function can be considered a distinct ecosystem. Traditional methods of isolation and identification miss >90% of the actual diversity. This study uses the gut microflora of the Madagascar hissing roach, Gromphadorhina portentosa, as a model to examine this ecosystem. Isolated cultured bacteria were used to establish methods for identifying members of the microflora based on ribosomal RNA sequences. Universal primers for Eubacterial, Archaeal, and Eukaryotic 16s/18s rRNA were then used for PCR amplification of total DNA isolated from gut contents. Sequences from isolates were compared using BLAST, ClustalW, and other programs to recognize the isolates' identities and place them using a phylogenetic tree analysis. Eubacterial, Archaeal, and Eukaryotic organisms were found present in the hissing roach gut which can serve as a model ecosystem since it houses Eubacterial, Archaeal, and Eukaryotic organisms.