Salmonella spp. foi isolada em 20% (18) amostras de água de regiões portuárias (Portos de Belém/PA, Fortaleza/CE, Itaguaí/RJ, Paranaguá/PR, Recife/PE, Rio Grande/RS e Santos/SP) e em 19% (04) amostras de moluscos bivalves. Dentre os 214 isolados de Salmonella spp. em amostras de água (206) e bivalves (8), o sorotipo S. Saintpaul O:4 [B] foi o mais freqüente (53/214). Na avaliação dos isolados quanto à suscetibilidade a 14 antimicrobianos, 204 (95,3%) apresentaram resistência até a dez agentes antimicrobianos. O método de PCR foi utilizado para caracterizar os sorogrupos de Salmonella spp. (A-D1, B, e C2-C3), sendo eficiente em 93,6% dos isolados. A presença de Salmonella spp., inclusive multiresistentes, em áreas portuárias reflete em risco para saúde pública. Programas de vigilância ambiental, epidemiológica e sanitária poderiam ser contempladas nas áreas portuárias, evitando o transporte de Salmonella spp., através da água de lastro de navios e que podem atingir áreas de balneabilidade ou aqüicultura. / Salmonella spp. was isolated in 20% (18) samples of port regions water (Ports of Belém/PA, Fortaleza/CE, Itaguaí/RJ, Paranaguá/PR, Recife/PE, Rio Grande/RS and Santos/SP) and in 19% (04) samples of mollusk bivalves. Amongst the 214 isolated of Salmonella spp. in water samples (206) and bivalves (8), serotype S. Saintpaul O: 4 [B] was most frequent (53/214). In the evaluation of these isolated to the susceptibility for the 14 antimicrobial agents profile, 204 (95.3%) had presented resistance until ten agents. The PCR method was used to characterize the serogroups of Salmonella spp. (A-D1, B, and C2-C3), being efficient in 96,3% of the isolated ones. The presence of Salmonella spp., also multiresistant, in port areas reflects at risk for public health. Programs of environment survey, epidemiological and sanitary could be contemplated in the port areas, preventing the transport of Salmonella spp. through at the ballast water of ships and that they can reaching recreational or aquaculture areas.

O HBoV é um novo parvovírus que foi isolado pela primeira vez em 2005 nas secreções respiratórias de pacientes humanos que tiveram pneumonia. Desde então, é associado a doenças do trato respiratório superior e doença gastrointestinal em pacientes adultos e pediátricos, desde a sua descoberta na Suécia e posteriormente em diversos países no Mundo. Quase todos os estudos foram realizados em amostras de secreção do trato respiratório, normalmente, de crianças com menos de 2 anos de idade e a maioria com infecção respiratória. As taxas de prevalência variam de 1,5% a 19% nos diferentes países. A Análise filogenética deste novo vírus demonstrou que tratava-se de um parvovirus, mais estreitamente relacionado ao parvovírus bovino e ao minuto vírus canino e por isso foi denominado de Bocavírus Humano. A variabilidade genética do HBoV é baixa e estudos filogenéticos indicam que duas linhagens circulam paralelamente ao redor do mundo. Entretanto, como ainda é um vírus relativamente novo, devem se feitos estudos mais detalhados de suas variantes. Em nosso estudo, com a finalidade de determinar a prevalência e conhecer a variabilidade genética do HBoV circulante, foram analisados de janeiro de 2008 a fevereiro de 2010, 935 amostras de aspirado de nasofaringe de crianças com menos de 2 anos de idade, com doença respiratória aguda, internadas no Hospital da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo. Pela técnica de PCR, obtivemos 47 (4,7%) amostras positivas para HBoV e dessas 27 amostras apresentaram coinfecção com outros vírus respiratórios, 45 amostras foram seqüenciadas na região da VP1/VP2 de um fragmento de 658 nt. A análise filogenética, quando comparada com seqüência do genBank representativas de vários países, mostrou a circulação, em nossa amostragem, de grupos de HBoV semelhantes aos que circulam no Japão e Taiwan. A variabilidade genética entre as nossas amostras foram inferiores a 1%, tanto entre si como quando comparadas com as amostras do genBank. / HBoV is a new parvovirus which was first isolated in 2005 from respiratory secretions from human patients who had pneumonia. It has been associated with respiratory and gastrointestinal diseases in adult and pediatric patients since its discovery in Sweden and later in several countries worldwide. Almost all studies were performed on samples of secretions from the respiratory tract, usually in children under 2 years of age. Prevalence rates vary from 1.5% to 19% in different countries. The phylogenetic analysis of this new virus showed that it was a parvovirus, more closely related to bovine parvovirus and canine minute virus, and therefore called Human Bocavirus. The genetic variability of HBoV is low and phylogenetic studies indicate that there are two strains circulating alongside around the world. However, as it is still a relatively new virus, more detailed studies of its variants should be carried out. In our study, 935 samples of nasopharyngeal aspirate from children under 2 years old with acute respiratory disease, patients at Santa Casa de Misericordia Hospital, São Paulo, were analyzed from February 2008 to February 2010 in order to determine the prevalence and genetic variability of HBoV stock. Using the PCR method, we obtained 47 (4.7%) positive samples for HBoV from which 27 showed coinfection with other respiratory viruses; 45 samples from a fragment of 658 nt were sequenced in the VP1/VP2 region. The phylogenetic analysis, when compared with GenBank sequences representing several countries, showed the presence in our samples of groups of HBoV similar to those circulating in Japan and Taiwan. Genetic variation in our samples were below 1%, both among themselves and when compared with samples from GenBank.

A Brucella canis é a espécie de Brucella que acomete os cães, acarretando problemas reprodutivos e prejuízos econômicos aos proprietários de canis comericias, além do risco que representa para os manipuladores e os proprietários dos cães, os quais podem adquirir a infecção pelo contato com os animais infectados e/ou materiais contaminados por B. canis. Vários métodos de diagnósticos foram desenvolvidos com o intuito de diagnosticar a brucelose nos cães, no entanto cada teste apresenta um desempenho diferente em relação à sensibilidade, especificidade, rapidez e praticidade na identificação dos cães acometidos. Estudos indicam que a PCR em tempo real tende a apresentar maior sensibilidade e especificidade, além da rapidez na execução. Diante disso o objetivo deste trabalho foi desenvolver, padronizar e validar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina causada por B. canis utilizando amostras de sangue total de cães. Um total de 56 cães de canis comercias e animais domiciliados, foram submetidos à hemocultura, sorodiagnóstico, PCR convencional (PCRc) e PCR em tempo real (PCRtr) e posteriormente os resultados obtidos em cada teste foram comparados por meio do coeficiente Kappa. Na padronização das reações de PCRtr foram testados três conjuntos de primers e sondas (PCRtr-A, B e C), utilizando-se diferentes temperaturas de annealing e concentrações de primers. A PCRtr-B teve melhor desempenho sob temperatura de annealing de 59° C, utilizando 900 nM de primers tendo detectado um maior número de cães positivos em relação à hemocultura e PCRc. Porém o teste não se apresentou confiável, uma vez que ocorreram reações inespecíficas em amostras provenientes de cães não infectados, sugerindo uma baixa especificidade do teste. Portanto, as técnicas de hemocultura e PCRc apresentaram melhor desempenho do que a PCRtr avaliada para o diagnóstico de B. canis. / Brucella canis is the species that affects dogs, causing reproductive problems and economic losses mainly for the owners of commercial kennels, besides the risk that it represents for the manipulators and the owners of dogs that can acquire the infection by the contact with infected animals or contaminated materials. Several diagnostic methods have been developed for the diagnosis of the infection in dogs. However, the performance of the tests vary regarding sensitivity, specificity, speed and practicality for the identification of infected dogs. Studies indicated that the real-time PCR (rtPCR) might show higher sensitivity and specificity, as well as speed of execution. Therefore, the objective of this study was to develop, standardize and validate a rtPCR assay for the diagnosis of canine brucellosis caused by B. canis using whole blood samples from dogs. A total of 56 dogs from commercial kennels and domiciled animals were tested through blood culturing, serological test, conventional PCR (cPCR) and rtPCR, and subsequently the results obtained in each test were compared using the Kappa coefficient. During the standardization of the rtPCR, three sets of primers and probes (rtPCR-A, B and C) were tested using different annealing temperatures and primer concentrations. rtPCR-B showed better performance under the annealing temperature of 59° C and using 900 nM of primers having detected a higher number of positive dogs when compared to blood culturing and PCRc. However, the test was considered not reliable to be used in canine brucellosis diagnosis, since non-specific reactions occurred in samples from uninfected dogs, suggesting a low specificity of the test. Therefore, the blood culturing and cPCR techniques showed a better performance than the developed rtPCR assay to be used in the diagnosis of B. canis infection in dogs.

As leishmanioses são protozooses de alta prevalência em regiões tropicais como o Brasil, transmitidas por vetores flebotomíneos, cujos reservatórios são compostos por diferentes espécies animais. No vetor, os parasitos assumem uma forma flagelada indistinguível entre as espécies e outros tripanossomatídeos. A doença apresenta amplo espectro pela existência de varias espécies de leishmânias e por diferenças na susceptibilidade individual dos hospedeiros. Tanto para o prognóstico individual como também nas investigações epidemiológicas, levando-se em conta futuras medidas de controle desta doença, a identificação espécie especifica é de crucial importância. Um fator importante na rede causal é a determinação da preferência alimentar dos vetores, permitindo assim a intervenção adequada no controle da doença e de seus reservatórios. Atualmente, técnicas moleculares como a PCR, permitem diagnosticar a infecção, identificar a espécie infectante no vetor e seus hospedeiros,assim como o hábito alimentar dos flebotomíneos. Observou-se um aumento significativo de notificações de leishmaniose tegumentar e visceral no Estado do Mato Grosso do Sul, sendo que até o presente momento, pouco se conhece a respeito de sua etiologia. Neste sentido, em colaboração com pesquisadores do Mato Grosso do Sul e por meio da técnica de PCR, temos como objetivo: determinar a infecção natural dos flebotomíneos capturados em campo; identificar as espécies de leishmânias provenientes de amostras humanas e caninas e isoladas em hamster; padronizar reação que determine a fonte alimentar de flebotomíneos; em Campo Grande e Bela Vista. Para a identificação de leishmânia, foi utilizada como alvo seqüências de mini exon e nos casos positivos para subgênero Viannia utilizou-se a técnica de RFLP. Para identificação de fonte alimentar foi utilizado como alvo regiões conservadas do gene citocromo b. Na capital Campo Grande, a captura foi realizada no período de 2003 a 2005. Entre os anos de 2003 - 2004 a taxa mínima de infecção (TM) foi de 1,6%, sendo identificado L.(V.) braziliensis, já para o período de 2004 - 2005 a TM foi de 0,38%, para L.(L.) amazonensis, cuja maioria das espécies pertencia à Lu. longipalpis. Cinco amostras humanas provenientes de Campo Grande e outros municípios e isolados em hamster foram identificadas como L.(V.) braziliensis. No município de Bela Vista, no período entre 2004-2006, a maioria das espécies capturadas pertencia à espécie Bi. flaviscutelata. Destes, foi possível identificar TM de 0,6% de L. (L.) amazonensis e taxa de 0,24% para outros tripanossomatídeos. De um total de 10 amostras de cães isoladas em hamsters, 2 foram identificadas como L.(L.) amazonensis. A PCR para identificação de fonte alimentar foi capaz de identificar sangue de humano, galinha, camundongo, cavalo, gambá, capivara, porco, cachorro doméstico e cachorro do mato. Para validação da técnica, foram utilizados flebotomíneos capturados em Campo Grande (MS). Verificou-se que 68% dos insetos capturados alimentaram-se em galinha. Acreditamos que os resultados advindos deste projeto possam contribuir no desenho de futuras medidas de controle desta doença no Estado do Mato Grosso do Sul. / Leishmaniases protozooses have a high incidence in tropical regions such as Brazil and they are transmitted by sand fly vectors, their reservoirs consisting of different animal species. Flagellate forms in the vector are indistinguishable among the leishmania species as well as among other trypanosomatides. The disease presents a large spectrum due to the several leishmania species and also to different individual susceptibilities of hosts. Both for the individual prognosis as well as for epidemiological investigations in the future control measures of the disease the specific species identification is of crucial importance. An important factor in the causal net of the disease is knowledge of the vectors food source preferences, thus allowing an adequate intervention to control the spreading of the disease as well as of the reservoirs. Nowadays molecular techniques such as PCR allow an infection diagnosis, identification of the parasite infection in the vectors and hosts as well as the sand flies feeding habits. A significant increase of tegument and visceral leishmaniasis notifications was detected in Mato Grosso do Sul State (MS) and so far little is known about their etiology. In collaboration with Mato Grosso do Sul researchers we aim at the following goals, applying PCR techniques: determine the natural infections of field captured sand flies; identify leishmania species originating from human and canine isolates in hamsters; standardize the reaction to determine feeding source from sand flies captured in Campo Grande and Bela Vista. For leishmania species identification mini-exon sequences were used as target and in cases positive for Viannia subgenus the RFLP was applied. For food source identification citochrome b gene conserved regions were used as targets. Captures in Campo Grande were performed between 2003 to 2005. Between the years 2003 -2004 the minimum infection rate (MR) of 1.6% was found for L.(V.) braziliensis, while for the period 2004-2005 MR for L.(L.) amazonensis was 0.38% and the majority of sandfly species were identified as Lu. longipalpis. Five human isolates from Campo Grande and other municipalities were identified as L.(V.) braziliensis. The majority of specimens captured in Bela Vista municipality between 2004-2006 were Bi. flaviscutelata. From these a MR of 0.6% were identified as L .(L.) amazonensis and 0.24% for other Kinetoplastidia species. From a total of 10 canine isolates 2 were identified as L.(L.) amazonensis. Standardization of PCR for food source identification was capable to distinguish the origin of several blood sources: human, chicken, mouse, horse, opossum, capybara, pig, domestic and bush dogs. Sandflies captured in Campo Grande (MS) were used to validate the technique. A percentage of 68% from these captures had fed on chicken. We believe that results shown in this project may contribute to the design of future control measures of this disease in the State of Mato Grosso do Sul.

The Human Papillomavirus (HPV) is a virus of the Papillomaviridae family and its genome consists of DNA. It is the main cause of viral sexual transmission. Cervical cancer or uterine colon cancer is the second most common occurrence among women worldwide. Recent studies have proven that some types of HPV are mainly responsible for the development of this type of cancer. In accordance to its oncogenic activity this viral group was divided in low and high risk types. Brazil does not have a representative amount of data related to the prevalence of HPV infection. The incidence data of the virus is obtained through the analysis of carriers of the invasive carcinoma of uterine colon, cervical intraepithelial neoplasias, and others types of infections associated. Molecular assays have been showing throughout the years an excellent sensitivity and specificity in the detection of the HPV s DNA. Nowadays, in situ hybridization techniques are being used as method of choice for the detection of the viral DNA. In many studies, the Polymerase Chain Reaction (PCR) with the application of the primers MY09 and MY11 have shown efficiency in viral tracking, consequently, the development of molecular diagnostics allow monitoring of the disease, decreasing mortality rates caused by cancer of the cervix. The DNA sequencing is an efficient methodology used for the molecular characterization of the viral types, which allows the accomplishment of the alignment for similarity of the sequences obtained through others that were already identified and deposited in the GenBank. The current study s purpose was to identify the different types of HPV and the presence of co-infections through PCR and sequencing of a hyper-variable region of the L1 gene. The studied sample consisted of 515 female volunteers, which 111 (21.55%) presented the incidence of the HPV DNA. Within the acquired specimens, 50% were considered high oncogenic risk (the major incidence was types 16 and 58) and 7.21% had multiple infection. The determination of the base sequencing of the L1 gene is essential to the identification of the viral type. However, the sequencing of the complete gene and both DNA chains become financially unviable for the majority of the specialized laboratories. A practical approach applied in this study was to determine the sequencing of a specific region of the L1 gene with 450pb, where the identification of the HPV became possible by following this methodology. The techniques used showed the necessity of the application of a more sensible and specific viral diagnosis, which contributes to the viral infection control and to the reduction of the mortality rate caused by cervical cancer. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / O Papilomavírus Humano (HPV) é um vírus da família Papillomaviridae e possui o seu genoma constituído de DNA. É o causador da transmissão sexual viral de maior frequência. O câncer cervical ou câncer de colo de útero possui a segunda maior ocorrência nas mulheres de todo o mundo. Estudos recentes têm comprovado que alguns tipos de HPV são os principais responsáveis pelo desenvolvimento deste tipo de câncer. De acordo com a sua atividade na carninogênese esse grupo viral foi dividido em tipos de baixo e de alto risco oncogênico. O Brasil ainda não possui uma quantidade representativa de dados relacionados à prevalência de infecção por HPV, os dados de incidência do vírus são obtidos através da análise de portadores de carcinoma invasivo de colo uterino, neoplasias intraepiteliais cervicais e outros tipos de infecções associadas. Ensaios moleculares vêm mostrando ao longo dos anos uma alta sensibilidade e especificidade na detecção do DNA do HPV. Atualmente são utilizadas técnicas de hibridização como método de escolha para a detecção do DNA viral. Em muitos estudos a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) com a aplicação dos primers MY09 e MY11 demonstrou eficiência no rastreamento viral, consequentemente, o desenvolvimento desse diagnóstico molecular possibilitaria o monitoramento da doença, diminuindo as taxas de mortalidade causada pelo câncer de colo do útero. O sequenciamento de DNA é uma metodologia eficiente para a caracterização molecular dos tipos virais, permitindo a realização do alinhamento por similaridade das sequencias obtidas com outras já identificadas e depositadas no GenBank. O presente trabalho teve como propósito identificar os diferentes tipos de HPV e a presença de co-infecções, através de PCR e sequenciamento de uma região hipervariável do gene L1. A amostra estudada foi composta de 515 voluntárias das quais 111 (21,55%) apresentaram a presença do DNA do HPV. Entre os espécimes encontrados 50% são considerados de alto risco oncogênico (maior incidência dos tipos 16 e 58) e 7,21% possuíam infecção múltipla. A determinação das sequencias de base do gene L1 é fundamental para a identificação do tipo viral. Entretanto o sequenciamento do gene completo e em ambos os sentidos da cadeia de DNA se tornam inviáveis financeiramente para a maioria dos laboratórios especializados. Uma abordagem prática aplicada no estudo foi determinar a sequencia de uma região específica do gene L1 contendo 450pb, sendo possível a identificação do HPV seguindo essa metodologia. As técnicas utilizadas mostraram a necessidade da aplicação de um diagnóstico viral mais sensível e específico, contribuindo para o controle da infecção viral e para a diminuição da incidência e da mortalidade causadas pelo câncer cervical.

A Brucella canis é a espécie de Brucella que acomete os cães, acarretando problemas reprodutivos e prejuízos econômicos aos proprietários de canis comericias, além do risco que representa para os manipuladores e os proprietários dos cães, os quais podem adquirir a infecção pelo contato com os animais infectados e/ou materiais contaminados por B. canis. Vários métodos de diagnósticos foram desenvolvidos com o intuito de diagnosticar a brucelose nos cães, no entanto cada teste apresenta um desempenho diferente em relação à sensibilidade, especificidade, rapidez e praticidade na identificação dos cães acometidos. Estudos indicam que a PCR em tempo real tende a apresentar maior sensibilidade e especificidade, além da rapidez na execução. Diante disso o objetivo deste trabalho foi desenvolver, padronizar e validar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina causada por B. canis utilizando amostras de sangue total de cães. Um total de 56 cães de canis comercias e animais domiciliados, foram submetidos à hemocultura, sorodiagnóstico, PCR convencional (PCRc) e PCR em tempo real (PCRtr) e posteriormente os resultados obtidos em cada teste foram comparados por meio do coeficiente Kappa. Na padronização das reações de PCRtr foram testados três conjuntos de primers e sondas (PCRtr-A, B e C), utilizando-se diferentes temperaturas de annealing e concentrações de primers. A PCRtr-B teve melhor desempenho sob temperatura de annealing de 59° C, utilizando 900 nM de primers tendo detectado um maior número de cães positivos em relação à hemocultura e PCRc. Porém o teste não se apresentou confiável, uma vez que ocorreram reações inespecíficas em amostras provenientes de cães não infectados, sugerindo uma baixa especificidade do teste. Portanto, as técnicas de hemocultura e PCRc apresentaram melhor desempenho do que a PCRtr avaliada para o diagnóstico de B. canis. / Brucella canis is the species that affects dogs, causing reproductive problems and economic losses mainly for the owners of commercial kennels, besides the risk that it represents for the manipulators and the owners of dogs that can acquire the infection by the contact with infected animals or contaminated materials. Several diagnostic methods have been developed for the diagnosis of the infection in dogs. However, the performance of the tests vary regarding sensitivity, specificity, speed and practicality for the identification of infected dogs. Studies indicated that the real-time PCR (rtPCR) might show higher sensitivity and specificity, as well as speed of execution. Therefore, the objective of this study was to develop, standardize and validate a rtPCR assay for the diagnosis of canine brucellosis caused by B. canis using whole blood samples from dogs. A total of 56 dogs from commercial kennels and domiciled animals were tested through blood culturing, serological test, conventional PCR (cPCR) and rtPCR, and subsequently the results obtained in each test were compared using the Kappa coefficient. During the standardization of the rtPCR, three sets of primers and probes (rtPCR-A, B and C) were tested using different annealing temperatures and primer concentrations. rtPCR-B showed better performance under the annealing temperature of 59° C and using 900 nM of primers having detected a higher number of positive dogs when compared to blood culturing and PCRc. However, the test was considered not reliable to be used in canine brucellosis diagnosis, since non-specific reactions occurred in samples from uninfected dogs, suggesting a low specificity of the test. Therefore, the blood culturing and cPCR techniques showed a better performance than the developed rtPCR assay to be used in the diagnosis of B. canis infection in dogs.

As leishmanioses são protozooses de alta prevalência em regiões tropicais como o Brasil, transmitidas por vetores flebotomíneos, cujos reservatórios são compostos por diferentes espécies animais. No vetor, os parasitos assumem uma forma flagelada indistinguível entre as espécies e outros tripanossomatídeos. A doença apresenta amplo espectro pela existência de varias espécies de leishmânias e por diferenças na susceptibilidade individual dos hospedeiros. Tanto para o prognóstico individual como também nas investigações epidemiológicas, levando-se em conta futuras medidas de controle desta doença, a identificação espécie especifica é de crucial importância. Um fator importante na rede causal é a determinação da preferência alimentar dos vetores, permitindo assim a intervenção adequada no controle da doença e de seus reservatórios. Atualmente, técnicas moleculares como a PCR, permitem diagnosticar a infecção, identificar a espécie infectante no vetor e seus hospedeiros,assim como o hábito alimentar dos flebotomíneos. Observou-se um aumento significativo de notificações de leishmaniose tegumentar e visceral no Estado do Mato Grosso do Sul, sendo que até o presente momento, pouco se conhece a respeito de sua etiologia. Neste sentido, em colaboração com pesquisadores do Mato Grosso do Sul e por meio da técnica de PCR, temos como objetivo: determinar a infecção natural dos flebotomíneos capturados em campo; identificar as espécies de leishmânias provenientes de amostras humanas e caninas e isoladas em hamster; padronizar reação que determine a fonte alimentar de flebotomíneos; em Campo Grande e Bela Vista. Para a identificação de leishmânia, foi utilizada como alvo seqüências de mini exon e nos casos positivos para subgênero Viannia utilizou-se a técnica de RFLP. Para identificação de fonte alimentar foi utilizado como alvo regiões conservadas do gene citocromo b. Na capital Campo Grande, a captura foi realizada no período de 2003 a 2005. Entre os anos de 2003 - 2004 a taxa mínima de infecção (TM) foi de 1,6%, sendo identificado L.(V.) braziliensis, já para o período de 2004 - 2005 a TM foi de 0,38%, para L.(L.) amazonensis, cuja maioria das espécies pertencia à Lu. longipalpis. Cinco amostras humanas provenientes de Campo Grande e outros municípios e isolados em hamster foram identificadas como L.(V.) braziliensis. No município de Bela Vista, no período entre 2004-2006, a maioria das espécies capturadas pertencia à espécie Bi. flaviscutelata. Destes, foi possível identificar TM de 0,6% de L. (L.) amazonensis e taxa de 0,24% para outros tripanossomatídeos. De um total de 10 amostras de cães isoladas em hamsters, 2 foram identificadas como L.(L.) amazonensis. A PCR para identificação de fonte alimentar foi capaz de identificar sangue de humano, galinha, camundongo, cavalo, gambá, capivara, porco, cachorro doméstico e cachorro do mato. Para validação da técnica, foram utilizados flebotomíneos capturados em Campo Grande (MS). Verificou-se que 68% dos insetos capturados alimentaram-se em galinha. Acreditamos que os resultados advindos deste projeto possam contribuir no desenho de futuras medidas de controle desta doença no Estado do Mato Grosso do Sul. / Leishmaniases protozooses have a high incidence in tropical regions such as Brazil and they are transmitted by sand fly vectors, their reservoirs consisting of different animal species. Flagellate forms in the vector are indistinguishable among the leishmania species as well as among other trypanosomatides. The disease presents a large spectrum due to the several leishmania species and also to different individual susceptibilities of hosts. Both for the individual prognosis as well as for epidemiological investigations in the future control measures of the disease the specific species identification is of crucial importance. An important factor in the causal net of the disease is knowledge of the vectors food source preferences, thus allowing an adequate intervention to control the spreading of the disease as well as of the reservoirs. Nowadays molecular techniques such as PCR allow an infection diagnosis, identification of the parasite infection in the vectors and hosts as well as the sand flies feeding habits. A significant increase of tegument and visceral leishmaniasis notifications was detected in Mato Grosso do Sul State (MS) and so far little is known about their etiology. In collaboration with Mato Grosso do Sul researchers we aim at the following goals, applying PCR techniques: determine the natural infections of field captured sand flies; identify leishmania species originating from human and canine isolates in hamsters; standardize the reaction to determine feeding source from sand flies captured in Campo Grande and Bela Vista. For leishmania species identification mini-exon sequences were used as target and in cases positive for Viannia subgenus the RFLP was applied. For food source identification citochrome b gene conserved regions were used as targets. Captures in Campo Grande were performed between 2003 to 2005. Between the years 2003 -2004 the minimum infection rate (MR) of 1.6% was found for L.(V.) braziliensis, while for the period 2004-2005 MR for L.(L.) amazonensis was 0.38% and the majority of sandfly species were identified as Lu. longipalpis. Five human isolates from Campo Grande and other municipalities were identified as L.(V.) braziliensis. The majority of specimens captured in Bela Vista municipality between 2004-2006 were Bi. flaviscutelata. From these a MR of 0.6% were identified as L .(L.) amazonensis and 0.24% for other Kinetoplastidia species. From a total of 10 canine isolates 2 were identified as L.(L.) amazonensis. Standardization of PCR for food source identification was capable to distinguish the origin of several blood sources: human, chicken, mouse, horse, opossum, capybara, pig, domestic and bush dogs. Sandflies captured in Campo Grande (MS) were used to validate the technique. A percentage of 68% from these captures had fed on chicken. We believe that results shown in this project may contribute to the design of future control measures of this disease in the State of Mato Grosso do Sul.

O HBoV é um novo parvovírus que foi isolado pela primeira vez em 2005 nas secreções respiratórias de pacientes humanos que tiveram pneumonia. Desde então, é associado a doenças do trato respiratório superior e doença gastrointestinal em pacientes adultos e pediátricos, desde a sua descoberta na Suécia e posteriormente em diversos países no Mundo. Quase todos os estudos foram realizados em amostras de secreção do trato respiratório, normalmente, de crianças com menos de 2 anos de idade e a maioria com infecção respiratória. As taxas de prevalência variam de 1,5% a 19% nos diferentes países. A Análise filogenética deste novo vírus demonstrou que tratava-se de um parvovirus, mais estreitamente relacionado ao parvovírus bovino e ao minuto vírus canino e por isso foi denominado de Bocavírus Humano. A variabilidade genética do HBoV é baixa e estudos filogenéticos indicam que duas linhagens circulam paralelamente ao redor do mundo. Entretanto, como ainda é um vírus relativamente novo, devem se feitos estudos mais detalhados de suas variantes. Em nosso estudo, com a finalidade de determinar a prevalência e conhecer a variabilidade genética do HBoV circulante, foram analisados de janeiro de 2008 a fevereiro de 2010, 935 amostras de aspirado de nasofaringe de crianças com menos de 2 anos de idade, com doença respiratória aguda, internadas no Hospital da Santa Casa de Misericórdia de São Paulo. Pela técnica de PCR, obtivemos 47 (4,7%) amostras positivas para HBoV e dessas 27 amostras apresentaram coinfecção com outros vírus respiratórios, 45 amostras foram seqüenciadas na região da VP1/VP2 de um fragmento de 658 nt. A análise filogenética, quando comparada com seqüência do genBank representativas de vários países, mostrou a circulação, em nossa amostragem, de grupos de HBoV semelhantes aos que circulam no Japão e Taiwan. A variabilidade genética entre as nossas amostras foram inferiores a 1%, tanto entre si como quando comparadas com as amostras do genBank. / HBoV is a new parvovirus which was first isolated in 2005 from respiratory secretions from human patients who had pneumonia. It has been associated with respiratory and gastrointestinal diseases in adult and pediatric patients since its discovery in Sweden and later in several countries worldwide. Almost all studies were performed on samples of secretions from the respiratory tract, usually in children under 2 years of age. Prevalence rates vary from 1.5% to 19% in different countries. The phylogenetic analysis of this new virus showed that it was a parvovirus, more closely related to bovine parvovirus and canine minute virus, and therefore called Human Bocavirus. The genetic variability of HBoV is low and phylogenetic studies indicate that there are two strains circulating alongside around the world. However, as it is still a relatively new virus, more detailed studies of its variants should be carried out. In our study, 935 samples of nasopharyngeal aspirate from children under 2 years old with acute respiratory disease, patients at Santa Casa de Misericordia Hospital, São Paulo, were analyzed from February 2008 to February 2010 in order to determine the prevalence and genetic variability of HBoV stock. Using the PCR method, we obtained 47 (4.7%) positive samples for HBoV from which 27 showed coinfection with other respiratory viruses; 45 samples from a fragment of 658 nt were sequenced in the VP1/VP2 region. The phylogenetic analysis, when compared with GenBank sequences representing several countries, showed the presence in our samples of groups of HBoV similar to those circulating in Japan and Taiwan. Genetic variation in our samples were below 1%, both among themselves and when compared with samples from GenBank.

A partir de 280 isolados fúngicos de cana-de-açúcar, 18 cepas foram avaliadas quanto á presença de genes da policetídeo sintase por meio da técnica do PCR. Estes fungos foram identificados taxonomicamente por uma abordagem polifásica, classificando-os dentro de quatro ordens e nove gêneros. A avaliação da atividade biológica demonstrou a presença de metabolitos com propriedades antibióticas quando enfrentados a micro-organismos patogênicos. Segundo a análise de correspondência múltipla, esta atividade poderia estar associada com a local de isolamento dos fungos. Foram detectadas 36 seqüências similares a genes PKS a partir de 17 destes fungos. A análise filogenética do domínio KS, conduzida pelo método de neighbor-joining, indicou que 16 seqüências se acomodaram dentro do grupo monofilético dos PKS envolvidos na produção de policetídeos não reduzidos e as outras 10 seqüências se acomodaram dentro do grupo monofilético dos PKS envolvidos na produção de policetídeos reduzidos. A análise do domínio CMT também apontou que as seqüências podiam se acomodaram em grupos de PKS dependendo do grau de redução do policetídeo, todas as seqüências CMT se relacionaram com PKS envolvidos na produção de policetídeos reduzidos. As análises dos modelos estruturais também demonstraram que as seqüências estavam altamente relacionadas com estruturas protéicas da família das enzimas de condensação, destacando a presença de uma hélice característica que carrega o resíduo de cisteína, responsável pela atividade de condensação. Extratos orgânicos obtidos de cultivos dos fungos foram avaliados parar detectar a presença de compostos tipo lovastatina. Por meio de cromatografia CCDS, detectaram-se bandas de 10 extratos com o mesmo deslocamento que a lovastatina padrão, mas apenas 6 destas foram confirmados por CLAE. O isolado A. flavus CBMAI 1023, foi selecionado para a realização de experimentos de produção a maior escala onde foi possível isolar e caracterizar um novo policetídeo. / From a group of 280 sugarcane-derived fungi 18 strains were assessed for the presence of polyketide synthase genes by PCR approaches. These fungi were identified taxonomically by a polyphasic approach classifying into four orders and nine genres. Biological activity tests showed the presence of antibiotic metabolites against pathogenic microorganisms and the relationship of this activity might be linked with the fungal isolate location by multiple correspondence analyses. 36 sequences similar to PKS genes fragments were detected from 17 of these fungi. A neighbor-joining phylogenetic analysis of the KS domain showed that 16 sequences fit on the monophyletic group of PKS evolved with production of non reduced polyketides, and the other 10 sequences fit on the monophyletic group of PKS evolved with the production of reduced polyketides. CMT domain analysis also pointed that the sequences fit with groups of PKS depending on polyketide reduction grade, all ten related to PKS evolved with the synthesis of reduced polyketides. Protein structural analysis also pointed out that these sequences are closely related with proteins from condensing enzyme family, highlighting the presence of a characteristic helix elbow that bears the cysteine residue responsible for the condensation activity. The fungi were also tested for their capacity of producing lovastatin compounds where chromatographic TLC detected bands from 10 extracts with the same dislocation compared to a lovastatin, but only 6 were confirmed by HPLC. The A. flavus CBMAI (1023) were selected for upscale production experiments, from where it was possible isolate and characterize a new polyketide compound.

O vírus linfotrópico das células T humanas tipo 1 (HTLV-1), é responsável por patologias como a mielopatia associada ao HTLV-1 ou paraparesia espástica tropical (HAM/TSP) e a leucemia/linfoma das células T do adulto (ATL) dentre outras. As vias de replicação até hoje demonstradas, não suportam a hipótese de um estado virêmico. Neste estudo, a detecção de partículas virais plasmáticas foi executada, por PCR em Tempo Real e Nested PCR em 190 amostras de pacientes infectados pelo HTLV-1(assintomáticos ou com HAM/TSP), em acompanhamento, no Instituto de Infectologia Emílio Ribas. 12 indivíduos (8%) testados por PCR em tempo real (n=150) e 6 indivíduos (18%) testados por Nested PCR (n=33, dado que sete amostras foram excluídas da análise) apresentaram RNA do HTLV-1 detectável no plasma. Em conclusão, foi possível identificar RNA plasmático do HTLV-1, tanto em pessoas assintomáticas quanto com HAM/TSP. Esta detecção abre novas possibilidades de discussão sobre a replicação do HTLV-1 e das vias de transmissão, sugerindo maiores investigações para elucidar o assunto. / The human T-cell lymphotropic virus type1 (HTLV-1) is responsible for some pathologies such as HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) and Adult T-cell Leukemia/ Lymphoma (ATL) among others. Its ways of replication so far presented do not support the hypothesis of a viremic stage. In this study, the detection of the plasmatic viral load was performed by real time PCR and Nested PCR in 190 samples from HTLV-1 infected individuals (Either Asymptomatic or HAM/TSP cases) following up at Instituto de Infectologia Emílio Ribas. 12 individuals (8%) tested by Real time PCR (n= 150) and 6 individuals (18%) tested by Nested PCR (n= 33, given that 7 samples were excluded from the analysis) presented detectable HTLV-1 RNA in the plasma. In conclusion, it was possible to indentify HTLV-1 plasmatic RNA in asymptomatic carriers as well as in HAM/TSP cases. This detection opens new possibilities of discussion about HTLV-1 replication and transmission pathways, suggesting further investigation for clarifying this matter.