In 2004, the government of Panama created Ecoparque Panama with the aim of conserving unique habitat and curbing urbanization on the western slope of the Panama Canal. A lack of baseline ecological research in the area prompted the Panamanian National Environmental Authority and the U.S. Forest Service International Institute of Tropical Forestry to fund a camera-trap study to catalog and determine relative abundance of predator and prey species in the Panama Canal region. These infrared-triggered camera-traps allowed researchers to study elusive wildlife that may otherwise remain undetected. Using techniques adapted from previous research, infrared and motion-triggered camera-traps were purposively placed in the 4 km2 Ecoparque (U.S. Forest Service spelling: Eco-Park) Panama study area to gather data on two cervid species, white-tailed deer (Odocoileus virginianus) and red brocket deer (Mazama americana). The study was conducted over a five month period (December 2005-April 2006). Data collected were analyzed using SPSS and Stastix statistical software. Results in the form of inferred relative abundances and densities show that populations currently appear to be within the local carrying capacity. Cervid management recommendations of this study include the continued moratorium on deer hunting and strengthening of the legal protection of the red brocket deer. Given the lack of previous data, the conclusions drawn from this preliminary study will be the foundation for future research in Panama.

O veado-mateiro (M. americana) é a maior espécie do gênero Mazama. A taxonomia da espécie suscita dúvidas quanto ao número de subespécies ou até quanto ao desdobramento destas em espécies. Em amplo estudo citotaxonômico foram encontradas variações cromossômicas em uma relação geográfica coerente. Esse fato sugere a existência de diversas espécies dentro do grupo M. americana. Com base nesta hipótese, identificamos o período de atividade entre duas dessas variantes, na busca de diferenças ecológicas que pudessem afetar o isolamento reprodutivo dessas duas populações. Além de ser um relevante dado da história natural das espécies, o conhecimento do período de atividade pode ser utilizado como ferramenta para minimizar os esforços em trabalhos de campo. Para tanto este estudo empregou armadilhas fotográficas por dois meses na estação chuvosa e dois meses na estação seca no Parque Nacional do Iguaçu, no Estado do Paraná e na Floresta Nacional do Jamari, no Estado de Rondônia. As armadilhas fotográficas foram dispostas em pontos previamente identificados nas potenciais rotas de deslocamento dos animais (carreiros e riachos). Tanto a população de M. americana do Parna Iguaçu, quanto à da Flona do Jamari, não apresentaram diferenças significativas no período de atividade. Aparentemente as duas populações apresentam hábitos catemerais, estando ativas durante todo o ciclo circadiano (24h). Em relação à sazonalidade encontramos maior atividade para M. americana na Amazônia na estação chuvosa (73,33% dos registros fotográficos), enquanto o padrão de atividade da população da Mata Atlântica apresentou semelhanças nas duas estações. Apesar da diferença nos padrões de atividade em relação à sazonalidade das duas populações, este estudo não caracterizou nenhuma diferença ecológica relevante que pudesse levar ao desenvolvimento de fatores de isolamento reprodutivo entre essas duas populações potencialmente simpátricas. Outra informação relevante registrada neste estudo, apesar de não ter sido o foco desta dissertação, foi de que outra espécie de cervídeo simpátrica à M. americana na Amazônia, M. nemorivaga, apresentou-se ativo apenas durante o dia, com 61,35% das fotos registradas no período entre 12:00 e 18:00h. Este mesmo período do dia é justamente o período em que M. americana apresentou seu menor índice de registros fotográficos apenas 8,32%. Também foram caracterizadas diferenças nos padrões de atividade das duas espécies amazônicas em relação à sazonalidade. A freqüência de fotos de M. nemorivaga foi semelhante na chuva e na seca. Enquanto M. americana apresentou maior atividade no período chuvoso. / The red brocket deer (M. americana) is the largest species in the genus Mazama. The taxonomy of the species raises doubts as to the number of subspecies included or even as to the development of these into species. In an extensive cytotaxonomic study, chromossomal variations were found within a coherent geographical context. This fact suggests the existence of several species within the M. americana group. Based on this hypothesis, we identified the activity period for two of these variants, in the hope of discovering the ecological distinctions that could affect the reproductive isolation of these two populations. Besides being a relevant fact in the natural history of species, knowledge of the activity period can be used as a tool to minimize efforts in fieldwork. To this end, we employed camera trapping for two months in the rainy season and two months in the dry season in the Iguaçu National Park, in the state of Paraná, and in the Jamari National Forest, in the state of Rondônia. The camera phototraps were set up at sites previously identified in the potential movement routes of the animals (trails and streams). Neither the M. americana population of the Iguaçu National Park nor that of the Jamari National Forest showed any significant differences between each other in the activity period. Apparently both populations possess cathemeral habits, and are active during the entire circadian rhythm (24 hrs). As to seasonal aspects, we registered greater activity of the Amazon M. americana during the rainy season (73.33% of photographic records), while the activity pattern of the Atlantic forest population showed similar results for both seasons. In spite of the difference in seasonal activity patterns between the two populations, this study did not identify any relevant ecological distinction that could lead to the development of reproductive isolation factors between these two potentially sympatric populations. Another relevant data reported in the study, though not the main focus of this paper, was that another cervine species, sympatric to M. americana in the Amazon region, M. nemorivaga, was only active during the day period, with 61.35% of the pictures being recorded between 12 o’clock noon and 6 p.m. This time frame is precisely the same period in which the M. americana had the lowest rate of photographic shots registered, only 8.32%. Differences in activity patterns between the two Amazonian species were also recorded in relation to seasonal aspects. The frequency of photos taken of M. nemorivaga during the rainy season was similar to that of the dry period. In contrast, data for M. americana indicated they have a higher level of activity during the rainy time of year.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-21Bitstream added on 2014-06-13T20:19:16Z : No. of bitstreams: 1 salviano_mb_me_jabo.pdf: 2171806 bytes, checksum: 708a5f60d73e3222397411ea4a47e2c5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A espécie Mazama americana tem sido bastante estudada nas áreas de ecologia, genética e reprodução devido às recentes dúvidas quanto à validade de seu táxon. Estudos citogenéticos e moleculares demonstram que atualmente este táxon é composto de uma espécie que apresenta até seis citótipos diferentes. Instituições voltadas à conservação classificam este táxon como “Dados insuficientes”, devido às incertezas taxonômicas. Este trabalho teve como objetivo avaliar a fertilidade dos animais resultantes de cruzamentos intra e intercitótipos para inferir sobre a existência de isolamento reprodutivo entre os citótipos e conclusões acerca da existência de espécies novas. Foram avaliados o sêmen, histologia testicular, perfil de metabólitos fecais de testosterona e a meiose de sete animais, sendo dois puros (cruzamento intracitótipo), três híbridos de mesma linhagem evolutiva e dois híbridos de linhagens evolutivas diferentes. Os resultados mostram que os animais puros tiveram melhores desempenhos reprodutivos seguidos pelos animais híbridos entre citótipos de mesmas linhagens evolutivas, que foram sugestivos de subfertilidade. Os animais de linhagens evolutivas diferentes apesar de apresentarem atividade estereidogênica foram azoospérmicos o que nos permite concluir que dentro do táxon existem pelo menos duas espécies diferentes com possibilidade de duas subespécies dentro de cada ramo filogenético. Estes resultados implicam na necessidade de novas caracterizações taxonômicas, inclusive para que sejam estruturados planos de ação para conservação de espécies que pudessem estar correndo risco de extinção / Mazama americana (Mammalia, Cervidae), has been widely studied in ecologic, genetic and reproductive areas given recent doubts about its taxonomic validity. Cytogenetic and molecular studies showed that currently this taxon is composed by a species with up to six different cytotypes. The World Conservation Union IUCN classified this taxon as “data deficient” given the taxonomic uncertain of this species. This research aimed to evaluate the fertility of of intra and intercytotypic breeding products in order to conclude about the occurrence of novel species. Semen analysis, testicular histology, fecal testosterone metabolites and meiosis of seven breeding products, being two of them pure (intracytotipic breeding), three hybrids from the same evolutive lineage and two hybrids from different evolutive lineages. Results show that pure products have better reproductive performances, being the hybrids from the same evolutive lineage suggestive of subfertility. The hybrid products from different evolutive lineages were azoospermics, despite their steroid activity. These results show the occurrence of almost two different species and the possibility of almost four subspecies. It implies the necessity of new taxonomic review, which will aid in the design of action plans for the conservation of endangered species

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Luiz Renato de França / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Resumo: A espécie Mazama americana tem sido bastante estudada nas áreas de ecologia, genética e reprodução devido às recentes dúvidas quanto à validade de seu táxon. Estudos citogenéticos e moleculares demonstram que atualmente este táxon é composto de uma espécie que apresenta até seis citótipos diferentes. Instituições voltadas à conservação classificam este táxon como "Dados insuficientes", devido às incertezas taxonômicas. Este trabalho teve como objetivo avaliar a fertilidade dos animais resultantes de cruzamentos intra e intercitótipos para inferir sobre a existência de isolamento reprodutivo entre os citótipos e conclusões acerca da existência de espécies novas. Foram avaliados o sêmen, histologia testicular, perfil de metabólitos fecais de testosterona e a meiose de sete animais, sendo dois puros (cruzamento intracitótipo), três híbridos de mesma linhagem evolutiva e dois híbridos de linhagens evolutivas diferentes. Os resultados mostram que os animais puros tiveram melhores desempenhos reprodutivos seguidos pelos animais híbridos entre citótipos de mesmas linhagens evolutivas, que foram sugestivos de subfertilidade. Os animais de linhagens evolutivas diferentes apesar de apresentarem atividade estereidogênica foram azoospérmicos o que nos permite concluir que dentro do táxon existem pelo menos duas espécies diferentes com possibilidade de duas subespécies dentro de cada ramo filogenético. Estes resultados implicam na necessidade de novas caracterizações taxonômicas, inclusive para que sejam estruturados planos de ação para conservação de espécies que pudessem estar correndo risco de extinção / Abstract: Mazama americana (Mammalia, Cervidae), has been widely studied in ecologic, genetic and reproductive areas given recent doubts about its taxonomic validity. Cytogenetic and molecular studies showed that currently this taxon is composed by a species with up to six different cytotypes. The World Conservation Union IUCN classified this taxon as "data deficient" given the taxonomic uncertain of this species. This research aimed to evaluate the fertility of of intra and intercytotypic breeding products in order to conclude about the occurrence of novel species. Semen analysis, testicular histology, fecal testosterone metabolites and meiosis of seven breeding products, being two of them pure (intracytotipic breeding), three hybrids from the same evolutive lineage and two hybrids from different evolutive lineages. Results show that pure products have better reproductive performances, being the hybrids from the same evolutive lineage suggestive of subfertility. The hybrid products from different evolutive lineages were azoospermics, despite their steroid activity. These results show the occurrence of almost two different species and the possibility of almost four subspecies. It implies the necessity of new taxonomic review, which will aid in the design of action plans for the conservation of endangered species / Mestre

O veado-mateiro (M. americana) é a maior espécie do gênero Mazama. A taxonomia da espécie suscita dúvidas quanto ao número de subespécies ou até quanto ao desdobramento destas em espécies. Em amplo estudo citotaxonômico foram encontradas variações cromossômicas em uma relação geográfica coerente. Esse fato sugere a existência de diversas espécies dentro do grupo M. americana. Com base nesta hipótese, identificamos o período de atividade entre duas dessas variantes, na busca de diferenças ecológicas que pudessem afetar o isolamento reprodutivo dessas duas populações. Além de ser um relevante dado da história natural das espécies, o conhecimento do período de atividade pode ser utilizado como ferramenta para minimizar os esforços em trabalhos de campo. Para tanto este estudo empregou armadilhas fotográficas por dois meses na estação chuvosa e dois meses na estação seca no Parque Nacional do Iguaçu, no Estado do Paraná e na Floresta Nacional do Jamari, no Estado de Rondônia. As armadilhas fotográficas foram dispostas em pontos previamente identificados nas potenciais rotas de deslocamento dos animais (carreiros e riachos). Tanto a população de M. americana do Parna Iguaçu, quanto à da Flona do Jamari, não apresentaram diferenças significativas no período de atividade. Aparentemente as duas populações apresentam hábitos catemerais, estando ativas durante todo o ciclo circadiano (24h). Em relação à sazonalidade encontramos maior atividade para M. americana na Amazônia na estação chuvosa (73,33% dos registros fotográficos), enquanto o padrão de atividade da população da Mata Atlântica apresentou semelhanças nas duas estações. Apesar da diferença nos padrões de atividade em relação à sazonalidade das duas populações, este estudo não caracterizou nenhuma diferença ecológica relevante que pudesse levar ao desenvolvimento de fatores de isolamento reprodutivo entre essas duas populações potencialmente simpátricas. Outra informação relevante registrada neste estudo, apesar de não ter sido o foco desta dissertação, foi de que outra espécie de cervídeo simpátrica à M. americana na Amazônia, M. nemorivaga, apresentou-se ativo apenas durante o dia, com 61,35% das fotos registradas no período entre 12:00 e 18:00h. Este mesmo período do dia é justamente o período em que M. americana apresentou seu menor índice de registros fotográficos apenas 8,32%. Também foram caracterizadas diferenças nos padrões de atividade das duas espécies amazônicas em relação à sazonalidade. A freqüência de fotos de M. nemorivaga foi semelhante na chuva e na seca. Enquanto M. americana apresentou maior atividade no período chuvoso. / The red brocket deer (M. americana) is the largest species in the genus Mazama. The taxonomy of the species raises doubts as to the number of subspecies included or even as to the development of these into species. In an extensive cytotaxonomic study, chromossomal variations were found within a coherent geographical context. This fact suggests the existence of several species within the M. americana group. Based on this hypothesis, we identified the activity period for two of these variants, in the hope of discovering the ecological distinctions that could affect the reproductive isolation of these two populations. Besides being a relevant fact in the natural history of species, knowledge of the activity period can be used as a tool to minimize efforts in fieldwork. To this end, we employed camera trapping for two months in the rainy season and two months in the dry season in the Iguaçu National Park, in the state of Paraná, and in the Jamari National Forest, in the state of Rondônia. The camera phototraps were set up at sites previously identified in the potential movement routes of the animals (trails and streams). Neither the M. americana population of the Iguaçu National Park nor that of the Jamari National Forest showed any significant differences between each other in the activity period. Apparently both populations possess cathemeral habits, and are active during the entire circadian rhythm (24 hrs). As to seasonal aspects, we registered greater activity of the Amazon M. americana during the rainy season (73.33% of photographic records), while the activity pattern of the Atlantic forest population showed similar results for both seasons. In spite of the difference in seasonal activity patterns between the two populations, this study did not identify any relevant ecological distinction that could lead to the development of reproductive isolation factors between these two potentially sympatric populations. Another relevant data reported in the study, though not the main focus of this paper, was that another cervine species, sympatric to M. americana in the Amazon region, M. nemorivaga, was only active during the day period, with 61.35% of the pictures being recorded between 12 o’clock noon and 6 p.m. This time frame is precisely the same period in which the M. americana had the lowest rate of photographic shots registered, only 8.32%. Differences in activity patterns between the two Amazonian species were also recorded in relation to seasonal aspects. The frequency of photos taken of M. nemorivaga during the rainy season was similar to that of the dry period. In contrast, data for M. americana indicated they have a higher level of activity during the rainy time of year.

Mazama americana é conhecido popularmente como veado-mateiro, existindo diversos outros nomes que designa o mesmo cervídeo, habitante de florestas e proximidades de rios, podendo ser encontrado em quase todo o território nacional. A espécie é distinguida por meio da coloração do pelo, marrom avermelhada, e demais características, como região posterior arqueada, corpo robusto, cauda curta, orelhas médias, rosto alongado e membros delgados que lhes conferem agilidade. São considerados herbívoros frugívoros e seletivos, preferindo as partes das plantas de maior conteúdo energético e de fácil digestibilidade. Os veados-mateiros não estão inclusos na lista dos animais ameaçados de extinção, contudo as alterações antrópicas no ambiente natural dos animais silvestres podem contribuir com a diminuição da população desses animais, assim como a diversidade parasitária, principalmente, a agropecuária, em que bovinos e pequenos ruminantes têm sido criados extensivamente, em pastos nativos e florestas naturais. Diversas espécies de helmintos, como cestódeos, trematódeos, protozoários e, principalmente nematódeos podem ser encontrados parasitando ruminantes domésticos e silvestres. Já foram observados parasitando cervos, as seguintes espécies de helmintos: Haemonchus contortus, Haemonchus similis, Trichostrongylus axei, Trichostrongylus colubriformis, Cooperia punctata, Cooperia pectinata, Physocephalus lassancei, Physocephalus sexalatus, Pygarginema verrucosa, Mammonogamus sp, Strongyloides sp, Capillaria sp, Trichuris sp., Thelazia californiensis e Monodontus sp. Contudo, dos estudos realizados com parasitos de cervos, a maioria tratam da descrição e redescrição das espécies, embora, a determinação dos indicadores de infecção aprimora o conhecimento da relação parasito-hospedeiro. O conhecimento da fauna helmintológica de cervos é de suma importância para determinar a possibilidade de transmissão desses agentes pra animais domésticos e ao homem, bem como na necessidade de realização de monitoramentos periódicos por meio de testes de diagnósticos, visando o conhecimento da magnitude das infecções causadas por esses agentes e orientar possíveis programas de prevenção e controle de parasitos de hospedeiros silvestres. O trabalho objetivou conhecer a fauna helmintológica e os indicadores de infecções de veados-mateiros (M. americana) capturados nos municípios de Axixá do Tocantins e Araguaína. Para tanto, foram utilizados seis cervos adultos, cinco machos e uma fêmea, eutanasiados e necropsiados a campo, onde realizou-se a incisão e lavagem de cada segmento anatômico do trato digestório separadamente. Os conteúdos obtidos das lavagens foram fixados em solução de formol-acético, adequadamente envasados e encaminhados ao Laboratório de Higiene e Saúde Pública da Universidade Federal do Tocantins para identificação das espécies e determinação dos indicadores de infecção. Os parasitos foram separados por gênero e sexo e, posteriormente, estudados para identificação das espécies. Dos seis cervos necropsiados, três apresentavam infecção, dos quais foram coletados 477 nemátodeos e um cestódeo. As espécies de nematódeos observadas foram H. similis, H. contortus, T. axei e C. punctata, sendo os maiores valores dos indicadores de infecção para C. punctata e H. similis. Já a espécie de cestódeo observada foi Moniezia expansa. As mesmas espécies que são relatadas parasitando ruminantes domésticos, além disso, os cervos podem albegar parasitos transmissíveis ao homem, e por isso, de suma importância em saúde pública. / Mazama americana is better known as Red Brocket Deer. There are many other names designating the same species of deer which live in forests and nearby rivers. It can be found in almost everywhere inside the national territory. The species is distinguished by its reddish brown color and other characteristics such as posterior arcuate region and robust body, short tail, middle ear, face and elongated slender members which give them flexibility. They are considered frugivorous and selective grazers that prefer parts of plants of higher energy content and easy digestibility. The Red Brocket Deer is not included in the list of endangered animals, but the anthropogenic changes in the natural environment of wild animals may contribute to the population decline of these animals as well as the parasite diversity, mainly from agriculture, where cattle and small ruminants have been created extensively on native pastures and natural forests. Several species of helminths, such as flatworms, trematodes, protozoa and especially nematodes can be found parasitizing domestic and wild ruminants. The following helminth species were observed parasitizing deer: Haemonchus contortus, Haemonchus similis, Trichostrongylus axei, Trichostrongylus colubriformis, Cooperia punctata, Cooperia pectinata, Physocephalus lassancei, Physocephalus sexalatus, Pygarginema verrucosa, Mammonogamus sp, Strongyloides sp, Capillaria sp, Trichuris sp., Thelazia californiensis e Monodontus sp. However the studies of parasites deer are only concerned in describing and redescribing species, although the determination of infection indicators improves the knowledge of the host-parasite relationship. Knowledge of helminth fauna of deer is very important to determine the possibility of transmitting these agents to domestic animals and humans as well as is the need to conduct periodic monitoring through diagnostic tests to aknowledge the magnitude of the infections caused by these agents and guide possible programs to prevent and control parasites of wild hosts. The study aimed to understand the helminth fauna and indicators of brocket deer infections (M. americana) captured in Axixá municipalities of Tocantins and Araguaína. Therefore, six adult deer were used, five males and one female, euthanized and necropsied in situ, where the incision and washing of each anatomical segment of the digestive tract was made separately. The contents obtained from washings were preserved in formalin-acetic acid solution and properly packaged and sent to the Laboratory of Hygiene and Public Health of the Federal University of Tocantins for species identification and determination of infection indicators. Parasites were separated by gender and sex and later studied for species identification. Of the six autopsied deer, three had infection, of which 477 were collected nematodes and flatworms. The species of nematodes observed were H. similis, H. contortus, T. axei e C. punctata, with the highest values of the infection indicators for C. punctata e H. similis. The kind of flatworm observed was Moniezia expansa. The same species are reported parasitizing domestic ruminants, in addition deer can host human infecting parasites, and therefore, are of great importance to public health.

Submitted by LOUISE HELENA MARTINS MARAN null (louise.maran@outlook.com) on 2016-06-28T16:37:01Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Definitivo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-06-29T18:55:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 maran_lhmm_me_jabo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T18:55:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 maran_lhmm_me_jabo.pdf: 2004003 bytes, checksum: 2157b94fbd9ba1934694a695aea03633 (MD5) Previous issue date: 2016-05-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Estudos recentes com a espécie Mazama americana apontam duas linhagens cromossômicas dentro deste possível complexo de espécies crípticas e entre elas verificou-se a existência de eficiente barreira reprodutiva por isolamento pós-zigótico. No entanto, o efeito das pequenas diferenças cromossômicas entre populações é ainda pouco esclarecido, não sendo claro se seriam polimorfismos intraespecíficos, diferenças subespecíficas ou específicas. Marcadores moleculares permitem investigar se ocorreu fluxo entre estas populações e se este fluxo ainda ocorre no presente, auxiliando na elucidação dos processos evolutivos que ocorreram na diferenciação cromossômica e qual o real efeito dessas variações no isolamento e especiação no táxon. Diante do exposto, o presente trabalho estudou as relações filogenéticas entre variantes cromossômicas, com alto número diplóide, de M. americana com o objetivo de compreender melhor a história evolutiva da espécie e verificar a existência de unidades evolutivamente significativas dentro deste complexo específico, contribuindo para o delineamento de programas de conservação da espécie. As relações filogenéticas da espécie foram examinadas utilizando genes mitocondriais (citocromo b, citocromo oxidade I, região controladora D-loop e NADH dehigrogenase subunit 5), com 44 indivíduos de veados-mateiro provenientes de diferentes localidades do Brasil. Os resultados encontrados não corroboram a existência de unidades evolutivamente significativas dentro do grupo amostrado. A topologia encontrada nas árvores filogenéticas não mostram agrupamentos por citótipos, mas sim uma polifilia dos clados das árvores filogenéticas. / Recent studies on the species Mazama americana point two chromosomal lineages within red brocket deer and among them there was the existence of effective reproductive barrier post-zygotic isolation. However, the effect of these small chromosomal differences between these populations is not clearly established, it is not clear whether they would be intraspecific polymorphisms, subspecific or specific diferences. The molecular markers allow to investigate if there was flows occurred between these populations and whether these flows still occur in the present, helping to unravel the evolutionary processes that have occurred on chromosome differentiation and what the actual effect of these changes in isolation and speciation in the taxon. Given the above, this research project studied the phylogenetic relationships among chromosomal variants of M. americana with the aim of elucidating the evolutionary history of the species and verify the existence of evolutionarily significant units within this particular complex, contributing to the design of programs conservation of the species. The phylogenetic relationships of the species were examined using mitochondrial genes (cytochrome-b, cytochrome oxidase I, control region D-loop and NADH dehidrogenase subunit 5), with 44 individuals of red brocket deer from different locations in Brazil. The results do not support the existence of distinct evolutionary units within the sampled groups. The topologies found in phylogenetic tree show no groupings cytotypes but a polyphyly of clades of the phylogenetic tree. / CNPq: 132063/2014-0

Submitted by ANALORENA CIFUENTES RINCÓN null (lorenacifuentesmvz@gmail.com) on 2016-12-05T19:02:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Lorena (Versão final)2.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) Dissertação Lorena (Versão final)2.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-12-06T15:42:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 cifuentesrincon_a_me_jabo.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-06T15:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 cifuentesrincon_a_me_jabo.pdf: 4872200 bytes, checksum: 6e585a9162115d6ddb21dc9ffd88b0ee (MD5) Previous issue date: 2016-08-05 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A espécie Mazama americana (veado-mateiro) é conhecida como a maior espécie pertencente ao gênero Mazama, e também um dos cervídeos mais abundantes e amplamente distribuídos na floresta Neotropical. A espécie já passou por diferentes classificações taxonômicas ao longo do tempo devido a potencial existência de diversas espécies dentro do que hoje é conhecido como M. americana. É considerada um complexo de espécies crípticas, pois apresenta alta taxa de paralelismo morfológico entre indivíduos com uma variação cromossômica coerente em termos geográficos, sugerindo a existência de unidades evolutivamente distintas. Assim, o objetivo do trabalho foi propor um neótipo para M. americana a partir da caracterização morfológica, citogenética e molecular de um topótipo, no sentido de fazer uma descrição emendada da espécie a partir de uma visão integrativa, permitindo assim a comparação com outros padrões já descritos na literatura considerados M. americana. Para tanto, um indivíduo foi coletado na localidade tipo da espécie (Guiana Francesa), e caracterizado por técnicas de morfologia tradicional (medidas cranianas, coloração da pele, biometria corporal) e morfometria geométrica, assim como por análises citogenéticas (banda C, banda G, coloração Ag-NOR, coloração convencional de Giemsa) e moleculares (análises filogenéticas de genes mitocondriais e nucleares). Os resultados corroboram evidências da existência de um complexo de espécies dentro do que hoje se considera M. americana, já que, segundo os seus padrões citogenéticos, o topótipo não se enquadra em nenhuma variante da espécie até agora conhecida. Molecularmente, as análises indicam a existência de pelo menos duas espécies diferentes dentro deste táxon. A similaridade morfológica é clara dentro de todas as variantes, comprovando mais uma vez que as unidades taxonômicas do veado-mateiro são muito difíceis de se diferenciar só pelos caracteres morfológicos. Deste modo, no presente trabalho, é proposto um neótipo o qual é o ponto de partida para a descrição de novas espécies e possível mudança completa na nomenclatura do gênero Mazama. / The red brocket deer species, Mazama americana, is known as the largest species of the genus Mazama, and also one of the most abundant deer and widely distributed in Neotropical forests. This species has undergone different taxonomic classifications over time due to the potential existence of several species within what is currently known as M. americana, which is considered as a complex of cryptic species. Individuals included in this species show a high morphological convergence between them with a consistent chromosomal variation in geographical terms, suggesting the existence of different evolutionary units. The objective of this study, therefore, was to obtain the morphological, cytogenetic and molecular profile of a M. americana topotype to gain an exact description of the species and be able to compare them with other standards already described in the literature for M. americana. For this purpose, an individual was collected at the type locality of this species (French Guiana) and characterized by traditional morphological techniques (cranial measurements, skin color, body biometrics), geometric morphometry, cytogenetic analysis (Band C, Band G Ag-NOR staining, conventional Giemsa staining) as well as molecular analysis (phylogenetic analyzes of mitochondrial and nuclear genes). Among highlights of the results, cytogenetic analysis showed a pattern that does not fit into any of the Mazama americana variants until now known. Similarly, the molecular analysis revealed the existence of, at least, two different species within this taxon, being clear the morphological similarity in all variants, proving once again that the red brocket variants are impossible to differentiate only by morphological characters. All these results, therefore, corroborate the existence of several species within M. americana species, contributing largely to the taxonomy of this species, as well as to the description of new species within the genus Mazama and the generation of a new holotype.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-07Bitstream added on 2014-06-13T19:53:59Z : No. of bitstreams: 1 gualberto_af_me_jabo.pdf: 464930 bytes, checksum: 799ea2a9f048c84fac80100f93c28e4f (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O veado-mateiro (Mazama americana) é a maior espécie do Gênero Mazama, e encontra distribuído geograficamente por quase toda a região neotropical. Animais originários do Estado de Rondônia têm apresentado importantes diferenças citogenéticas em relação ao padrão de outras populações, o que suscita necessidade de estudos mais aprofundados para definição da sua posição filogenética. O presente estudo objetivou identificar as diferentes populações de veado-mateiro desta região, verificando a existência de mais de uma espécie no local. Para tanto, foram obtidos 51 fragmentos de tecido de animais caçados por indígenas e pela população local em todas as regiões do Estado dos quais 33 tiveram seu DNA extraídos, amplificados (região de 480pb do citocromo b) e seqüenciados de forma satisfatória. Estas seqüências foram alinhadas e comparadas, gerando 21 haplótipos que se encontram distribuídos de forma aleatória pelas diversas regiões de coleta. Estes haplótipos serviram de base para a elaboração de redes de distância e árvores filogenéticas que quando analisadas sugeriram a existência de espécies crípticas dentro do que hoje se denomina Mazama americana no Estado de Rondônia. / The red brocket deer is the largest species of Mazama genus and it is distributed in almost all Neotropical regions. Individuals originated from Rondônia state in Brazil have been presented important cytogenetic differences when compared with populations of other regions of country; however more studies are necessary to define correct phylogenetic position of species. The objective of present study was performed the identification of different populations of red brocket deer from Rondônia state by verification of occurrence of more than one species on mentioned region. For this, 51 fragments of tissues from hunted animals were obtained with Indians and local people of all regions of Rondônia state. In 31 fragments of tissues the DNA was successful extract, amplified (480 bp region of cytochrome b) and sequenced. These sequences were aligned and compared creating 21 haplotypes, which are distributed in a randomly way thru the different regions of sampling. The haplotypes were used to elaborate distance nets and phylogenetic trees, which when analyzed suggested the existence of cryptic species on Mazama americana species that occurs in Rondônia state.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-05-27Bitstream added on 2014-06-13T19:33:20Z : No. of bitstreams: 1 carnelossi_eag_me_jabo.pdf: 5963862 bytes, checksum: c9072ade5521cd6b029cd77e62872e7a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O veado-mateiro (Mazama americana) possui uma ampla distribuição geográfica na região neotropical. Estudos citogenéticos com a espécie revelam variações cromossômicas (citótipos) que apontam sua divisão em outras espécies. Neste trabalho, foram examinadas as relações filogenéticas desta espécie, analisando parte dos genes mitocondriais (citocromo-b e região controladora D-loop), dos genes nucleares (Beta e Kapa caseínas e do exon I do gene IRBP) e um fragmento do gene, presente no cromossomo Y, chamado SRY, para amostras de 19 indivíduos provenientes de diferentes regiões do Brasil. Os genes nucleares da kapa e beta caseína e do SRY, mostraram-se monomórficos, não sendo possível a obtenção de sequências para o gene IRBP. As inferências filogenéticas pelos genes mitocondriais revelam duas linhagens evolutivas, a dos indivíduos das populações da Bacia do Rio Paraná e a dos indivíduos do oeste da Bacia do Rio Amazonas. Também houve uma correlação entre os diferentes cariótipos e as distintas linhagens moleculares encontradas. Além disso, pode-se sugerir a ocorrência de convergência evolutiva entre estes grupos, bem como um possível caso de simpatria ou de retenção de polimorfismo ancestral nos indivíduos do leste da Amazônia. / The red brocket deer (Mazama americana) has a wide distribution in Neotropics. In this regard, cytogenetic studies in this species revealed chromosomic variations (cytotypes) which strongly suggest that red brockets can be divided into other species. In the present study, we examined phylogenetic relationships of 19 samples of individuals from different areas of Brazil through mitochondrial (cytochrome b and control region D-loop), nuclear (b-casein, k-casein, and first exon of the IRBP) and SRY gene analysis. The sequence analysis showed that b- and k-caseins as well as SRY nuclear genes were monomorphic, whereas IBRP gene sequencing was not possible. Phylogenetic inferences concerning mitochondrial gene analysis demonstrated two evolutionary lineages, one from Parana River Basin (southeast Brazil) and other from west of Amazon River Basin (northwest Brazil). Moreover, we found correlation between different karyotypes and distinct molecular lineages.