La non-reproductibilité numérique apparait dans divers domaines d'application de la simulation HPC. En effet, les différentes distributions d'un calcul parallèle peuvent mener à des résultats numériques différents, à cause des particularités de l'arithmétique flottante. Le besoin de reproductibilité numérique est motivé pour le débogage, le test et la validation des codes de calcul scientifique. Nous nous intéressons aux simulations par éléments finis en hydrodynamique implémentées dans le logiciel openTelemac qui est largement utilisé pour des applications industrielles et scientifiques. Nous identifions et analysons les sources de cette non-reproductibilité. Nous définissons et implementons comment récupérer la reproductibilité numérique de deux modules d'openTelemac. Nous mesurons que le sur-coût en terme de temps de calcul de la version reproductible est tout à fait raisonnable en pratique. / HPC simulations in various scientific domains suffer from failures of numerical reproducibility because of floating-point arithmetic peculiarities. Different distributions of a parallel computation may yield different numerical results. Numerical reproducibility is a requested feature to facilitate the debug, the validation and the test of industrial or large software. In this thesis, we focus on the openTelemac software that implements finite element simulation for industrial and scientific hydrodynamics. We identify and analyze the sources of this reproducibility failure. We define and implement how to recover numerical reproducibility in two openTelemac modules. We also measure that the running time extra-cost of the reproducible version is reasonable enough in practice.

Comme la représentation théâtrale est une forme d’art fugitive qui, en raison de son caractère performatif, possède son propre monde fictionnel, la question de l’oposition entre représentation et réalité occupe une place centrale dans les études théâtrales. Ainsi, les œuvres scèniques d’un metteur en scène comme Frank Castorf représentent des objets d’analyse particulièrement appropriés. Parce que Castorf met d’abord l’accent sur le moment présent et la réalité de la représentation théâtrale, il est légitime de se demander quelle est la part qu’occupe la représentation d’un monde fictionel dans ses spectacles. Ce travail vise précisément à identifier l’importance qu’accorde Castorf à la performativité dans deux adaptations théâtrales des romans de Dostoïevski Les démons et l’Idiot. Comme notre société donne une place grandissante aux médias reproductibles tels que la télévision et le cinéma, et que l’être humain tend toujours davantage à se méditiaser lui-même, le théâtre comme toutes les autres formes d’art s’en trouve transformé. C’est dans cette optique que ces deux adaptations théâtrales ont donné lieu à d’autres manifestations artistiques, soit deux films et deux livres. Cet ouvrage retrace également le processus de re-représentation, c’est-à-dire du passage d’un média à un autre, dans le but d’analyser l’interrelation entre ces œuvres ainsi que de comprendre les raisons qui ont poussé le metteur en scène et son théâtre, la Volksbühne Berlin, à transposer d’abord des romans en spectacle de théâtre pour ensuite en faire des films et des livres. De plus, malgré son utilisation croissante au théâtre, la vidéo représente encore pour certains puristes un envahisseur à bannir. Elle introduirait la perte de l’essence du théâtre : le caractère performatif, qui consiste en une rencontre du public et des acteurs dans un même espace-temps. Par contre, les images vidéo-projetées en direct peuvent conserver une part de performativité puisqu’elles sont susceptibles d’influer sur le spectateur, et inversement. En prenant comme exemple l’Idiot de Frank Castorf, ce travail montre comment les caméras et leur dispositif de transmission en direct ont la capacité de se substituer aux principaux objets du spectacle théâtral : les acteurs. / As a theatre performance is a volatile piece of art, as it has a performative character, and therefore possesses its own fictional world, the two concepts “representation” and “reality” are of meaning in theater studies. In this context, the works of the Berliner theater director Frank Castorf represent particularly rich research objects. Because Castorf give a lot of value to the present and the reality of the performance, it is to ask: what role does the representation of a fictional world play in the productions of Castorf? This work aims to first identify how important the performativity for Castorf in two theater adaptations of Dostoevsky's novels is for the stage, Die Dämonen und Der Idiot. Since man mediates his own phenomenon more and more and since in this context, the reproducible media like television or cinema has an overwhelming and increasing importance in our consumer society, the theater, like other art forms, has changed. For this reason, the two theatrical adaptations were transferred to other media, that is, in films and books. This work describes the process of "re-representation", i.e. the transition from one medium to another. Here will be analyzed the connections between the various works of art and the motivations of the Berliner director and his theater, The Volksbühne Berlin, to “repurpose” the novels in plays and plays in movies and books. Moreover, despite their increasing integration in theater, video projections are still seen by certain number of puristas as invaders to be proscribed because of their threat to theatre’s essence: performativity as the encounter between actors and an audience in the same space, at the same time. However, live video-projection images can maintain a performative nature since they are likely to generate mutual influences between themselves and the members of the audience. By analyzing Frank Castorf’s Der Idiot, this thesis shows how cameras and their transmission devices have the capacity to be substituted to the main objects of the theatrical show: actors. / Da eine Theateraufführung ein flüchtiges Kunstwerk ist, weil sie einen performativen Charakter hat und deswegen ihre eigene fiktionale Welt besitzt, ist das Begriffspaar Darstellung/Wirklichkeit in der Theaterwissenschaft von Bedeutung. In diesem Zusammenhang stellen die Theaterwerke des Berliner Regisseurs Frank Castorf besonders komplexe Forschungsgegenstände dar. Weil Castorf der Gegenwart und der Wirklichkeit der Aufführung eine große Bedeutung beimisst, stellt sich die Frage, welchen Platz die Darstellung einer fiktionalen Welt in den Inszenierungen Castorfs einnimmt. Diese Arbeit geht zunächst um den Platz des Performativen in zwei Theaterbearbeitungen von Dostojewskis Romanen Die Dämonen und Der Idiot für die Volksbühne Berlin. Da der Mensch sich mehr und mehr medialisiert und in diesem Kontext die reproduzierbaren Medien wie das Fernsehen oder das Kino, eine überwältigende und steigende Bedeutung in unserer Konsumgesellschaft haben, wird das Theater wie die anderen Kunstformen, verändert. Aus diesem Grund wurden die beiden Theaterbearbeitungen in andere Medien übertragen, in diesem Fall in Film und Literatur. Diese Arbeit beschreibt den Vorgang der „Re-repräsentation“, das heißt den Übergang von einem Medium zu einem anderen. Dabei werden die Verbindungen zwischen den verschiedenen Kunstwerken und die Motivation Castorfs analysiert, die Romane in Theaterstücke und die Theaterstücke in Filme sowie in Bücher zu übertragen. Darüber hinaus stellt das Video noch heute für einige Puristen – trotz einer steigenden Nutzung der Videotechnik auf der Theaterbühne – einen Fremdkörper dar, der von der Bühne verbannt werden muss. Er würde die Essenz des Theaters bedrohen: den performativen Charakter, der im gleichzeitigen Zusammentreffen von Akteuren und Zuschauern in einem gleichen Raum besteht. Allerdings können die Live-Videoübertragungen den performativen Charakter des Theaters teilweise bewahren, da sie das Publikum beeinflussen können; und umgekehrt. In dieser Arbeit wird durch die Analyse des Stückes Der Idiot von Castorf gezeigt dass die Kameras und ihr Live-Übertragungssystem das wesentliche Element der Theateraufführung ersetzen können: die Schauspieler.

L’interaction d’une impulsion laser, courte (~ 10 - 100 fs) et ultra-intense (> 10^18 W/cm²), avec un plasma sous-dense (< 10^19 cm^-3) peut accélérer, de manière compacte, une fraction des électrons du plasma jusqu’à des énergies relativistes (~ 100 - 300MeV). Ce phénomène, nommé accélération plasma par sillage laser (APSL), pourrait avoir de nombreuses applications telles que le futur collisionneur d’électrons a ultra-hautes énergies. Cependant, cela requiert au préalable des développements supplémentaires afin que l’APSL produise des paquets d’électrons stables et reproductibles avec une excellente qualité, c’est-à-dire de faibles émittances longitudinale et transverses.Au cours de cette thèse, une étude expérimentale de la stabilité et de la reproductibilité des paquets d’électrons auto-injectes a été réalisée dans des tubes capillaires diélectriques, de longueur 8-20mm et de rayon interne 76-89 µm, contenant du H2 pur a une densité électronique de (10 +/- 1, 5)x10^18 cm^-3. Des paquets d’électrons auto-injectes ont été produits, a une cadence de deux tirs par minute, avec une charge accélérée au-delà de 40 MeV de (66+/-7) pC, une énergie moyenne de (65+/-6) MeV, une divergence de (9+/-1) mrad et une fluctuation de pointe de 2,3 mrad. Trois sources de fluctuations et de dérives des propriétés des paquets d’électrons ont été discutées : dérive d’énergie laser, modification du gradient montant de densité électronique et fluctuations du pointé laser. Des contraintes sur le régime de fonctionnement ont été proposées afin d’améliorer la stabilité et la reproductibilité de la source laser-plasma d’électrons.Un mécanisme alternatif d’injection d’électrons dans l’onde de plasma a également été examiné : l’injection induite par ionisation. Une étude expérimentale a montré que les paquets d’électrons accélérés dans un mélange de 99%H2 + 1%N2 ont une charge deux fois plus importante qu’en présence de H2 pur. De plus, une injection plus précoce a été observée pour le mélange de 99%H2 + 1%N2, indiquant que les premiers électrons sont captures selon le mécanisme d’injection induite par ionisation. Une étude complémentaire, utilisant des simulations Particle-In-Cell avec le code WARP, confirment les résultats expérimentaux et suggèrent que l’auto-injection est supprimée par l’injection induite par ionisation. / The interaction of a short (~ 10 - 100 fs) and ultra-intense (> 10^18 W/cm²) laser pulse with an underdense (< 10^19 cm^-3) plasma can accelerate, in a compact way, a fraction of the electrons of the plasma toward relativistic energies (~ 100 - 300MeV). This mechanism, called laser wakefield acceleration (LWFA), might have various applications such as the future ultra-high energy electron collider. Prior to this, additional investigations are needed to ensure, through LWFA, a stable and reproducible generation of electron bunches of high quality, i.e. low transverse and longitudinal emittances.In this thesis, the stability and the reproducibility of the electron self-injection were experimentally investigated in 8-20mm long, dielectric capillary tubes, with an internal radius of 76-89 µm, and filled with pure H2 at an electronic density of de (10 +/- 1.5)x10^18 cm^-3. Electron bunches were produced, at a rate of two shots per minute, with an accelerated charge above 40 MeV of (66+/-7) pC, a mean energy of (65+/-6) MeV, a divergence of (9+/-1) mrad, and a pointing fluctuation of 2.3 mrad. Three sources were identified for the fluctuations and drifts of the electron bunch properties: laser energy drift, change of the electron number density upramp, and laser pointing fluctuations. Restrictions on the operating regime were proposed in order to improve the stability and the reproducibility of the laser-plasma electron source.An alternative mechanism of electron injection into the plasma wave was also investigated: the ionization-induced injection. An experimental study demonstrated that electron bunches generated in a mixture of 99%H2 + 1%N2 have twice more accelerated charge than in the case of pure H2. Moreover, the earlier onset of electron injection was observed for the mixture 99%H2 + 1%N2, indicating that the first electrons were trapped under the mechanism of ionization-induced injection. Particle-In-Cell simulations performed with the code WARP confirm the experimental results and suggest that the self-injection was inhibited by the ionization-induced injection.

La validité des contrôles microbiologiques, réalisés dans l'objectif d'assurer la sécurité sanitaire des aliments, nécessite notamment l'obtention de résultats d'analyse fiables. La fiabilité des résultats implique l'utilisation de méthodes validées, mises en œuvre par un laboratoire compétent. Les essais inter-laboratoires permettent de s'assurer, du moins en partie, du respect de ces deux conditions. Cependant, en raison de limites expérimentales, ces essais ne sont pas aussi largement pratiqués dans le domaine de la microbiologie des aliments qu'ils ne le sont dans d'autres domaines analytiques. Dans un premier temps, une revue des documents de référence permet d'établir un état des lieux. Cette revue concerne les trois objectifs que l'on peut assigner à des essais interlaboratoires, à savoir l'évaluation de méthodes d'analyse, celle des laboratoires, et la caractérisation de matériaux de référence. Les documents de portée générale, puis ceux spécifiques de l'analyse des aliments, sont pris en compte, et leur degré d'applicabilité à l'analyse microbiologique des aliments est envisagé. Les référentiels et pratiques propres au domaine d'intérêt traité sont finalement présentés, et les déviations par rapport aux documents généraux analysées. Sur cette base, sont présentées les conditions de mise en œuvre de deux types d'essais interlaboratoires, soit la validation de méthodes dans le cadre d'un projet européen du 4ème Programme Cadre de Recherche & Développement d'une part, et l'évaluation de laboratoires par le biais d'essais d'aptitude pour les Laboratoires Nationaux de Référence sur le lait d'autre part. Les difficultés relatives au protocole expérimental, et liées aux spécificités de la microbiologie, sont mises en exergue. Les modes d'exploitation des résultats, en fonction des objectifs et de la nature, qualitative ou quantitative, de la détermination, sont expliqués. En ce qui concerne la caractérisation de la performance des méthodes d'analyse, l'utilisation de statistiques robustes pour estimer la fidélité des méthodes quantitatives est discutée, ainsi que la façon de caractériser la fidélité comme la justesse des méthodes qualitatives. Sur ces aspects, des perspectives d'amélioration sont envisagées. L'intérêt de l'organisation des essais inter-laboratoires en microbiologie des aliments est ensuite abordé. Celui-ci réside dans l'utilisation que l'on peut faire de ces essais comme éléments incontournables de validation d'une méthode d'analyse et d'évaluation d'un laboratoire afin, d'une part, de crédibiliser ou d'améliorer les méthodes d'analyse normalisées au niveau international, et d'autre part d'estimer l'incertitude de mesure attachée aux résultats d'analyse. Quant aux limites de ces essais, essentiellement d'ordre expérimental, elles tiennent surtout à la nature vivante de l'analyte, et concernent des questions de représentativité.

Comme la représentation théâtrale est une forme d’art fugitive qui, en raison de son caractère performatif, possède son propre monde fictionnel, la question de l’oposition entre représentation et réalité occupe une place centrale dans les études théâtrales. Ainsi, les œuvres scèniques d’un metteur en scène comme Frank Castorf représentent des objets d’analyse particulièrement appropriés. Parce que Castorf met d’abord l’accent sur le moment présent et la réalité de la représentation théâtrale, il est légitime de se demander quelle est la part qu’occupe la représentation d’un monde fictionel dans ses spectacles. Ce travail vise précisément à identifier l’importance qu’accorde Castorf à la performativité dans deux adaptations théâtrales des romans de Dostoïevski Les démons et l’Idiot. Comme notre société donne une place grandissante aux médias reproductibles tels que la télévision et le cinéma, et que l’être humain tend toujours davantage à se méditiaser lui-même, le théâtre comme toutes les autres formes d’art s’en trouve transformé. C’est dans cette optique que ces deux adaptations théâtrales ont donné lieu à d’autres manifestations artistiques, soit deux films et deux livres. Cet ouvrage retrace également le processus de re-représentation, c’est-à-dire du passage d’un média à un autre, dans le but d’analyser l’interrelation entre ces œuvres ainsi que de comprendre les raisons qui ont poussé le metteur en scène et son théâtre, la Volksbühne Berlin, à transposer d’abord des romans en spectacle de théâtre pour ensuite en faire des films et des livres. De plus, malgré son utilisation croissante au théâtre, la vidéo représente encore pour certains puristes un envahisseur à bannir. Elle introduirait la perte de l’essence du théâtre : le caractère performatif, qui consiste en une rencontre du public et des acteurs dans un même espace-temps. Par contre, les images vidéo-projetées en direct peuvent conserver une part de performativité puisqu’elles sont susceptibles d’influer sur le spectateur, et inversement. En prenant comme exemple l’Idiot de Frank Castorf, ce travail montre comment les caméras et leur dispositif de transmission en direct ont la capacité de se substituer aux principaux objets du spectacle théâtral : les acteurs. / As a theatre performance is a volatile piece of art, as it has a performative character, and therefore possesses its own fictional world, the two concepts “representation” and “reality” are of meaning in theater studies. In this context, the works of the Berliner theater director Frank Castorf represent particularly rich research objects. Because Castorf give a lot of value to the present and the reality of the performance, it is to ask: what role does the representation of a fictional world play in the productions of Castorf? This work aims to first identify how important the performativity for Castorf in two theater adaptations of Dostoevsky's novels is for the stage, Die Dämonen und Der Idiot. Since man mediates his own phenomenon more and more and since in this context, the reproducible media like television or cinema has an overwhelming and increasing importance in our consumer society, the theater, like other art forms, has changed. For this reason, the two theatrical adaptations were transferred to other media, that is, in films and books. This work describes the process of "re-representation", i.e. the transition from one medium to another. Here will be analyzed the connections between the various works of art and the motivations of the Berliner director and his theater, The Volksbühne Berlin, to “repurpose” the novels in plays and plays in movies and books. Moreover, despite their increasing integration in theater, video projections are still seen by certain number of puristas as invaders to be proscribed because of their threat to theatre’s essence: performativity as the encounter between actors and an audience in the same space, at the same time. However, live video-projection images can maintain a performative nature since they are likely to generate mutual influences between themselves and the members of the audience. By analyzing Frank Castorf’s Der Idiot, this thesis shows how cameras and their transmission devices have the capacity to be substituted to the main objects of the theatrical show: actors. / Da eine Theateraufführung ein flüchtiges Kunstwerk ist, weil sie einen performativen Charakter hat und deswegen ihre eigene fiktionale Welt besitzt, ist das Begriffspaar Darstellung/Wirklichkeit in der Theaterwissenschaft von Bedeutung. In diesem Zusammenhang stellen die Theaterwerke des Berliner Regisseurs Frank Castorf besonders komplexe Forschungsgegenstände dar. Weil Castorf der Gegenwart und der Wirklichkeit der Aufführung eine große Bedeutung beimisst, stellt sich die Frage, welchen Platz die Darstellung einer fiktionalen Welt in den Inszenierungen Castorfs einnimmt. Diese Arbeit geht zunächst um den Platz des Performativen in zwei Theaterbearbeitungen von Dostojewskis Romanen Die Dämonen und Der Idiot für die Volksbühne Berlin. Da der Mensch sich mehr und mehr medialisiert und in diesem Kontext die reproduzierbaren Medien wie das Fernsehen oder das Kino, eine überwältigende und steigende Bedeutung in unserer Konsumgesellschaft haben, wird das Theater wie die anderen Kunstformen, verändert. Aus diesem Grund wurden die beiden Theaterbearbeitungen in andere Medien übertragen, in diesem Fall in Film und Literatur. Diese Arbeit beschreibt den Vorgang der „Re-repräsentation“, das heißt den Übergang von einem Medium zu einem anderen. Dabei werden die Verbindungen zwischen den verschiedenen Kunstwerken und die Motivation Castorfs analysiert, die Romane in Theaterstücke und die Theaterstücke in Filme sowie in Bücher zu übertragen. Darüber hinaus stellt das Video noch heute für einige Puristen – trotz einer steigenden Nutzung der Videotechnik auf der Theaterbühne – einen Fremdkörper dar, der von der Bühne verbannt werden muss. Er würde die Essenz des Theaters bedrohen: den performativen Charakter, der im gleichzeitigen Zusammentreffen von Akteuren und Zuschauern in einem gleichen Raum besteht. Allerdings können die Live-Videoübertragungen den performativen Charakter des Theaters teilweise bewahren, da sie das Publikum beeinflussen können; und umgekehrt. In dieser Arbeit wird durch die Analyse des Stückes Der Idiot von Castorf gezeigt dass die Kameras und ihr Live-Übertragungssystem das wesentliche Element der Theateraufführung ersetzen können: die Schauspieler.

L'objet de ce travail était l'étude de l'oxydation d'un alliage aluminium-5% magnésium à l'état liquide sous oxygène, par analyse thermogravimétrique, en s'appuyant sur celle du magnésium à l'état solide. Dans la plupart des cas, la vitesse absolue d'une réaction est proportionnelle au produit de la réactivité de croissance et de la fonction d'espace caractérisant les dimensions des zones réactionnelles mises en jeu dans le mécanisme de croissance. Nous avons vérifié que c'est le cas de la réaction étudiée ici c'est-à-dire la formation de l'oxyde de magnésium. Les mécanismes de formation de la magnésie dépendent de la pression partielle d'oxygène fixée dans l'enceinte réactionnelle, l'allure des courbes cinétiques ainsi que les morphologies des oxydes formés étant très différentes selon la pression d'oxygène. Sous de faibles pressions partielles, la réaction a lieu en phase gaz après évaporation du magnésium. Dans le cas de l'alliage, un mécanisme de formation de l'oxyde en phase gaz a été proposé. Ce modèle permet de rendre compte de l'influence de la pression partielle sur la vitesse de formation par unité de surface d'évaporation de la magnésie. Dans le domaine de fortes pressions d'oxygène et pour le magnésium solide, une modélisation physico-chimique décrivant les mécanismes de croissance de la magnésie et prévoyant l'évolution au cours du temps de la fonction d'espace a été proposée et validée par confrontation aux résultats expérimentaux. Dans le cas de l'alliage, les courbes cinétiques obtenues dans des conditions isothermes et isobares se sont révélées non reproductibles. Une méthodologie d'étude, basée sur l'utilisation de la méthode des décrochements, a rendu possible la modélisation de la croissance de l'oxyde. En effet, cette méthode a permis de déterminer l'origine de la non reproductibilité des courbes cinétiques, à savoir l'évolution aléatoire de la fonction d'espace, et d'obtenir les variations de la réactivité de croissance avec la pression d'oxygène. En nous appuyant sur la modélisation proposée pour le magnésium, nous avons proposé un modèle physico-chimique décrivant les mécanismes de croissance de l'oxyde et rendant compte de l'influence de la pression d'oxygène

Objectifs : Développer un traitement HIFU (High-Intensity Focused Ultrasound) des anomalies placentaires au moyen d’un transducteur torique. Les essais ont été menés à partir d’un modèle ex-vivo, puis la faisabilité, l’efficacité et l’innocuité du traitement a été évaluée sur un modèle de guenons gestantes. Les premières applications thérapeutiques envisagées à l’échelle humaine, concernent le traitement du syndrome transfuseur-transfusé (STT) et les accrétions placentaires pour lesquelles un protocole d’essai clinique a été établi. Matériels et méthodes : Un transducteur torique fonctionnant à 3 MHz et muni d’une cellule d’imagerie échographique intégrée fonctionnant à 7,5 MHz ont été utilisés. Des simulations numériques de séquences de traitement HIFU ont été menées à partir d’une étude préliminaire sur la caractérisation acoustique du tissu placentaire humain. Ces séquences ont été testées au cours d’une étude ex-vivo sur des placentas humains. Deux modèles ex-vivo ont été conçus. Dans un premier temps, un modèle de traitement extracorporis. Dans un second temps, des traitements HIFU ont été réalisés à des distances variables du transducteur, par modification de la taille du ballonnet, afin de simuler un traitement per-césarienne. Le transducteur était placé au contact de la face foetale du placenta afin de simuler la séreuse utérine. A partir des résultats issus de ces essais ex-vivo, un protocole in-vivo sur des guenons gestantes a été mené afin de valider la faisabilité, l’efficacité et l’innocuité de la réalisation de lésions HIFU dans le placenta de guenons gestantes de manière totalement non-invasive. La qualité du monitoring échographique était évaluée au cours des trois études, et corrélée à l’analyse macroscopique. Une étude histologique a également été menée. Résultats : L’atténuation placentaire a été mesurée à partir de 12 échantillons placentaires humains pour un âge gestationnel compris entre 17 et 40 semaines d’aménorrhées (SA). L’atténuation augmentait en fonction de l’âge gestationnel et était compris entre 0,072 et 0,098 Np.cm-1.MHz-1. Lors d’un premier essai ex-vivo, 33 échantillons placentaires humains ont été inclus et soumis à une séquence HIFU, le temps d’insonification était de 55 secondes, la puissance acoustique utilisée était de 90 Watts. Au total, vingt-cinq lésions élémentaires étaient produites pour un diamètre et une profondeur moyens respectifs de 7,1 ± 3,2 et de 8,0 ± 3,1 millimètres. Huit lésions HIFU ont également été produites à partir de la juxtaposition de 6 tirs, pour un diamètre et une profondeur moyenne respectifs de 23,0 ± 5,0 et 11,0 ± 4,7 millimètres. Aucune lésion située en amont de la lésion produite n’a été observée pour une épaisseur de paroi abdominale similaire à celle d’une guenon gestante (10,8 ± 1,7 millimètres). Dans un second temps, 8 placentas humains pour un âge gestationnel compris entre 39 et 40 SA, ont été soumis à une séquence de traitement HIFU sans interposition de paroi abdominale. Le temps d’exposition était de 75 secondes pour une puissance acoustique de 90 Watts. Les lésions placentaires ont été produites à 2 (n=4), 6 (n=4), 7 (n=4) et 8 (n=7) millimètres de la surface du placenta. Au total, 19 lésions placentaires ont été produites, pour un diamètre et une profondeur moyenne respectifs de 14,6 ± 2,1 et de 14,1 ± 2,3 millimètres. Au cours de l’étude in-vivo, 8 guenons ont été incluses pour un âge gestationnel moyen de 72 ± 4 jours. Les puissances acoustiques utilisées étaient de 65, 80, 110 et 120 Watts pour un temps de traitement de 30, 15, 20 et 20 secondes respectivement. Au total 6 lésions placentaires ont été produites à l’issu de 13 insonifications pour des diamètres moyens de 6,4 ± 0,5 mm, 7,8 ± 0,7 mm et une profondeur moyenne de 3,8 ± 1,5 mm [etc…] / Objectives: To develop a High-intensity Focused Ultrasound (HIFU) treatment for placental abnormalities. Trials were first conducted using an ex-vivo model. Then the safety, feasibility and efficacy were demonstrated using a pregnant monkey model. The first therapeutic applications for human concern the treatment of the twin-to-twin transfusion syndrome (TTTS) and placenta accreta, for which, a clinical trial has already been established. Materials and Methods: A toroidal HIFU transducer, with an integrated ultrasound imaging probe was used. Numerical simulations have allowed identifying HIFU treatment parameters based on a preliminary experiment measuring the acoustic attenuation of human placentae. These HIFU parameters were tested during an ex-vivo study on human placentae. Two models were used. First, an extracorporis model of treatment was developed. Second, a percesarean model was developed. HIFU lesions were performed at different distances from the transducer, by adjusting the quantity of water between the transducer and tissues. The transducer was placed in contact with the fetal side of the placenta in order to simulate the uterine serosa. Using the results of these studies, an in-vivo study was conducted in a pregnant monkey model. The aim was to evaluate the feasibility, the efficacy and the harmlessness of the HIFU treatment applied to the placenta non invasively. The ultrasound monitoring was assessed during these three studies, and was correlated to the macroscopic examination. A histological study was also performed. Results: The placental attenuation was measured using 12 placental samples for a gestational age from 17 to 40 weeks of gestation (WG). The attenuation coefficient increased according to the gestational age, and was ranged from 0,072 to 0,098 Np.cm-1.MHz-1. During the first experimental ex-vivo study, 33 human placental samples were included and treated with HIFU. The treatment parameters were an exposure time of 55 seconds and an acoustic power of 90 Watts. Twenty-five HIFU singles lesions were created with an average diameter and depth of 7.1 ± 3.2 and 8.0 ± 3.1 millimeters, respectively. Eight HIFU lesions were also created by juxtaposing 6 single HIFU lesions. The average diameter and depth of these juxtaposed lesions were 23.0 ± 5.0 and 11.0 ± 4.7 millimeters, respectively. No secondary lesion was observed in overlying abdominal tissues. The thickness of these intervening tissues was similar to a pregnant monkey (10.8 ± 1.7 millimeters). In a second set of experiments, 8 human placentae for a gestational age ranging between 39 and 40 weeks were treated without intervening tissues. The time of exposure was 75 seconds and the acoustic power was 90 Watts. The placental lesions were created at 2 (n=4), 6 (n=4), 7 (n=4) and 8 (n=7) millimeters from the surface of the placenta. In total, 19 placental lesions were created with an average diameter and depth of 14.6 ± 2.1 and 14.1 ± 2.3 millimeters, respectively. Eight pregnant monkeys were included in the in-vivo experiments. The average gestational age was 72 ± 4 days. The placenta was treated non-invasively with acoustic powers of 65, 80, 110 and 120 Watts for a time of exposure of 30, 15, 20 and 20 seconds, respectively. In total, 6 placental lesions were created from 13 insonifications. The average diameters and depths of these lesions were 7.8 ± 0.7 and 3.8 ± 1.5 mm, respectively. No significant variation in maternal or fetal parameters was observed. All placental lesions appear hyperechoic in sonograms and well correlated with the macroscopic measurements. The ultrasound monitoring was better invivo when compared with ex-vivo results. The histological examination demonstrated a well delimited lesion of coagulation in all cases

Le réglage des heuristiques d'optimisation de compilateur pour de multiples cibles ou implémentations d’une même architecture est devenu complexe. De plus, ce problème est généralement traité de façon ad-hoc et consomme beaucoup de temps sans être nécessairement reproductible. Enfin, des erreurs de choix de paramétrage d’heuristiques sont fréquentes en raison du grand nombre de possibilités d’optimisation et des interactions complexes entre tous les composants matériels et logiciels. La prise en compte de multiples exigences, comme la performance, la consommation d'énergie, la taille de code, la fiabilité et le coût, peut aussi nécessiter la gestion de plusieurs solutions candidates. La compilation itérative avec profil d’exécution (profiling feedback), le réglage automatique (auto tuning) et l'apprentissage automatique ont montré un grand potentiel pour résoudre ces problèmes. Par exemple, nous les avons utilisés avec succès pour concevoir le premier compilateur qui utilise l'apprentissage pour l'optimisation automatique de code. Il s'agit du compilateur Milepost GCC, qui apprend automatiquement les meilleures optimisations pour plusieurs programmes, données et architectures en se basant sur les caractéristiques statiques et dynamiques du programme. Malheureusement, son utilisation en pratique, a été très limitée par le temps d'apprentissage très long et le manque de benchmarks et de données représentatives. De plus, les modèles d'apprentissage «boîte noire» ne pouvaient pas représenter de façon pertinente les corrélations entre les caractéristiques des programme ou architectures et les meilleures optimisations. Dans cette thèse, nous présentons une nouvelle méthodologie et un nouvel écosystème d’outils(framework) sous la nomination Collective Mind (cM). L’objectif est de permettre à la communauté de partager les différents benchmarks, données d’entrée, compilateurs, outils et autres objets tout en formalisant et facilitant la contribution participative aux boucles d’apprentissage. Une contrainte est la reproductibilité des expérimentations pour l’ensemble des utilisateurs et plateformes. Notre cadre de travail open-source et notre dépôt (repository) public permettent de rendre le réglage automatique et l'apprentissage d’optimisations praticable. De plus, cM permet à la communauté de valider les résultats, les comportements inattendus et les modèles conduisant à de mauvaises prédictions. cM permet aussi de fournir des informations utiles pour l'amélioration et la personnalisation des modules de réglage automatique et d'apprentissage ainsi que pour l'amélioration des modèles de prévision et l'identification des éléments manquants. Notre analyse et évaluation du cadre de travail proposé montre qu'il peut effectivement exposer, isoler et identifier de façon collaborative les principales caractéristiques qui contribuent à la précision de la prédiction du modèle. En même temps, la formalisation du réglage automatique et de l'apprentissage nous permettent d'appliquer en permanence des techniques standards de réduction de complexité. Ceci permet de se contenter d'un ensemble minimal d'optimisations pertinentes ainsi que de benchmarks et de données d’entrée réellement représentatifs. Nous avons publié la plupart des résultats expérimentaux, des benchmarks et des données d’entrée à l'adresse http://c-mind.org tout en validant nos techniques dans le projet EU FP6 Milepost et durant un stage de thèse HiPEAC avec STMicroelectronics. / Tuning general compiler optimization heuristics or optimizing software for rapidly evolving hardware has become intolerably complex, ad-hoc, time consuming and error prone due to enormous number of available design and optimization choices, complex interactions between all software and hardware components, and multiple strict requirements placed on performance, power consumption, size, reliability and cost. Iterative feedback-directed compilation, auto-tuning and machine learning have been showing a high potential to solve above problems. For example, we successfully used them to enable the world's first machine learning based self-tuning compiler, Milepost GCC, which automatically learns the best optimizations across multiple programs, data sets and architectures based on static and dynamic program features. Unfortunately, its practical use was very limited by very long training times and lack of representative benchmarks and data sets. Furthermore, "black box" machine learning models alone could not get full insight into correlations between features and best optimizations. In this thesis, we present the first to our knowledge methodology and framework, called Collective Mind (cM), to let the community share various benchmarks, data sets, compilers, tools and other artifacts while formalizing and crowdsourcing optimization and learning in reproducible way across many users (platforms). Our open-source framework and public optimization repository helps make auto-tuning and machine learning practical. Furthermore, cM let the community validate optimization results, share unexpected run-time behavior or model mispredictions, provide useful feedback for improvement, customize common auto-tuning and learning modules, improve predictive models and find missing features. Our analysis and evaluation of the proposed framework demonstrates that it can effectively expose, isolate and collaboratively identify the key features that contribute to the model prediction accuracy. At the same time, formalization of auto-tuning and machine learning allows us to continuously apply standard complexity reduction techniques to leave a minimal set of influential optimizations and relevant features as well as truly representative benchmarks and data sets. We released most of the experimental results, benchmarks and data sets at http://c-mind.org while validating our techniques in the EU FP6 MILEPOST project and during HiPEAC internship at STMicroelectronics.

La 5-azacytidine (AZA) est un médicament approuvé pour le traitement des leucémies myéloïdes aiguës des patients qui ne sont pas éligibles à une greffe de cellules souches hématopoïétiques. Bien que l’AZA est augmenté significativement le pronostic des patients, le mécanisme d’action précis de l’AZA demeure nébuleux. En plus de son activité d’hypométhylation, il a été montré que l’AZA a aussi des effets immunologiques. Des études précédentes suggèrent que ces réponses immunitaires sont causées par des modifications du répertoire de peptides présentés par le CMH-I (MAPs), dont l’expression de MAPs dérivés de rétroéléments endogènes (EREs) et des cancer-testis antigens (CTAs). Ces gènes sont généralement réprimés par la méthylation de l’ADN. Dans cette thèse, nous avons testé cette hypothèse à l’aide de séquençage à haut débit et de spectrométrie de masse appliqués à quatre lignées cellulaires d’AML différentes. Notre approche protéogénomique d’avant-garde a révélé que l’AZA induit la présentation de MAPs dérivés de CTAs, mais pas d’EREs, malgré le fait que ces deux groupes de séquences soient surexprimés au niveau transcriptomique. Ces résultats indiquent que les réponses des lymphocytes T observées chez les patients suite au traitement à l’AZA dépendent probablement des MAPs dérivés des CTAs, et non pas des EREs. Les EREs stimulés par l’AZA ont tout de même un impact sur la réponse immunitaire en formant des ARN double-brins menant à une activation de l’immunité innée. L’incorporation de l’AZA et l’inhibition subséquente de la DNMT2 mène cependant à des agrégats protéiques et à l’autophagie, qui dégrade les transcrits EREs et limite leur surexpression. Nous avons démontré que les effets immunologiques de l’AZA peuvent être amplifiés par un traitement combiné de l’AZA et d’inhibiteurs de l’autophagie. De plus, le travail contenu dans cette thèse a montré que bien qu’elles soient un modèle expérimental pratique, les lignées cellulaires ont des limitations et doivent être utilisés avec prudence. Des différences majeures ont été observées entre des lignées cellulaires supposément identiques provenant de fournisseurs établis. Nos analyses ont permis de démontrer quelle lignée cellulaire était la plus similaire à la lignée parentale. Ainsi, ce travail fourni des recommandations pour améliorer les lignes directrices d’utilisation des lignées cellulaires en recherche. / 5-azacytidine (AZA) is approved for the treatment of acute myeloid leukemia (AML) patients ineligible for hematopoietic cell transplantation. Although AZA treatment has substantially improved patient outcomes, there remains a lack of clear understanding of the mechanisms driving these responses. In addition to its hypomethylating activity, AZA has been shown to have immunological effects. Previous reports suggest that these immune responses occur due to alterations in the repertoire of MHC-I-associated peptides (MAPs), including the expression of MAPs deriving from endogenous retroelements (EREs) and cancer-testis antigens (CTAs). These genes are typically silenced by methylation. With this thesis, we aimed to test this hypothesis using high-coverage RNA sequencing and mass spectrometry in four different AML cell lines. Our state-of-the-art proteogenomic approach uncovered that AZA treatment induced MAPs deriving from CTAs, but not EREs, despite both being upregulated at the RNA level. This indicates that T-cell responses post-AZA treatment are more likely to be dependent on CTA- than ERE-derived MAP presentation. AZA-induced EREs produced at the RNA level still contributed to immune responses by forming double-stranded RNA leading to a state of viral mimicry. However, AZA incorporation into RNA and subsequent DNMT2-inhibition led to protein aggregation and autophagy responses. These responses were responsible for degrading EREs, which limited their upregulation. We further demonstrate that the immune effects of AZA can be enhanced by the combination of AZA with autophagy inhibitors. Additionally, the work in this thesis has shown that although a practical model, cell lines have their caveats and must be used with caution. This work has highlighted the grave discrepancies between supposedly identical cell lines supplied by established repositories. Moreover, our analyses determine which of the two is closer to the parental cell line. Finally, this work provides recommendations for improving the current guidelines for cell line-based research.

Introduction : L’évaluation clinique du contrôle neuromusculaire des muscles du tronc est criante en réhabilitation et en entraînement. L’objectif principal de cette étude a été d’évaluer la reproductibilité intra et inter-évaluateur d’un test clinique le soulèvement actif de la jambe tendue (SAJT) chez une population active et saine. Méthode : Chaque sujet (18 joueurs de tennis) a été testé à deux reprises par 2 physiothérapeutes avec le SAJT. Résultats : La reproductibilité intra-évaluateur s’est avérée élevée à très élevée (ICC = 0.81 à 0.93) tandis la reproductibilité inter-évaluateur s’est avérée cliniquement non viable. Conclusion : À notre connaissance, le SAJT est le premier test clinique reproductible évaluant le contrôle neuromusculaire du tronc avec des compensations musculaires et cinétiques chez des sujets actifs et sains. Une formation plus importante des évaluateurs aurait certainement amélioré la reproductibilité inter-évaluateur. / Introduction: The clinical assessment of the trunk muscles neuromuscular control is lacking in rehabilitation and in conditioning. The main goal of this study was to assess the intra and inter-rater reliability of a clinical test, the active straight leg raise (ASLR), on an active and healthy population. Method: Each subject (18 tennis players) was tested twice by 2 physiotherapists with the ASLR. Results: The intra-rater reliability turned out to be high to very high (ICC = 0.81 à 0.93) while the inter-rater reliability came out clinically unsustainable. Conclusion: To our knowledge, the ASLR is the first reliable clinical test to assess the core neuromuscular control based on muscular and kinetic compensation observations with active and healthy subjects. A more exhaustive training of the assessors would definitely improve the inter-rater reliability.