L'un des problèmes fondamentaux de test pour les systèmes à événements discrets (SEDs) est l'identification d'un état final, c'est-à-dire, étant donné un système dont l'état courant est inconnu, trouver une séquence d'événements d'entrée pouvant le conduire à un état connu. Les séquences de synchronisation (SS), sans information de sortie, sont une solution classique à ce problème. Dans cette thèse, nous étudions la détermination des SS pour des systèmes modélisés par des réseaux de Petri synchronisés (SynPN) non bornés, une classe de réseaux de Petri avec des entrées. Dans la première partie de cette thèse, nous développons deux méthodes: 1) construction d'une représentation finie, appelée improved modified coverability graph (IMCG), pour d'écrire exactement l'espace d'états infini d'un 1-place-unbounded SynPN; 2) conversion d'un 1-place-unbounded SynPN en un automate pondéré (WA) fini et sauf équivalent. Les deux graphes sont ainsi potentiellement des outils puissants pour déterminer les SS pour une telle sous-classe de réseaux de Petri. Dans la seconde partie de cette thèse, nous développons des algorithmes de calcul pour deux problèmes de synchronisation de localisation dans le cas où l'IMCG ou le WA sont déterministes : synchronisation sur un seul nœud et synchronisation sur un sous-ensemble de nœuds de ces deux graphes. L'avantage de ces algorithmes de calcul est de réduire le calcul sur les graphes globaux (IMCG ou WA) à celui du plus petit sous-graphe: la composante fortement connectée ergodique peut réduire l'effort de calcul mais peut également être appliquée lorsque le IMCG ou le WA équivalent déterministes ne sont pas fortement connexes / One of the fundamental testing problems for discrete event systems (DESs) is the identification of a final state, i.e., given a system whose current state is unknown, find an input sequence that can drive it to a known state. Synchronizing sequences (SSs), without output information, are one conventional solution to this problem. In this thesis, we address the computation of SSs for systems modeled by unbounded synchronized Petri nets (SynPNs), a class of Petri nets with inputs. In the first part of this thesis, we utilize two methods: 1) construct a finite representation, called improved modified coverability graph (IMCG), to exactly describe the infinite state space of a 1-place-unbounded SynPN; 2) convert a 1-place-unbounded SynPN into an equivalent finite location weighted automaton (WA) with safety conditions. Both graphs are thus, potentially, useful tools to compute SSs for such subclass of nets. In the second part of this thesis, we develop computation algorithms for two location synchronization problems in the case either the IMCG or the WA is deterministic: synchronization into a single node and synchronization into a subset of nodes of these two graphs. The advantage of these computation algorithms consists in reducing the computation on the global graphs (IMCGs or WAs) to the one on the smaller subgraph: the ergodic strongly connected component (SCC), which can reduce the computational effort and furthermore can also be applied when the converted deterministic IMCG or WA is not strongly connected

L’apprentissage par renforcement profond a mené à de nombreux résultats prometteurs dans l’apprentissage des jeux vidéo à partir de pixels, dans la robotique pour l’apprentissage de compétences généralisables et dans les soins de santé pour l’apprentissage de traitement dynamiques. Un obstacle demeure toutefois: celui du manque d’efficacité dans le nombre d’échantillons nécessaires pour obtenir de bons résultats. Pour résoudre ce problème, notre objectif est d’améliorer l’efficacité de l’apprentissage en améliorant les capacité d’acquisition de nouvelles données, un problème d’exploration. L’approche proposée consiste à : (1) Apprendre un ensemble diversifié d’environments (donnant lieu à un changement de dynamique) (2) Apprendre une politique capable de mieux s’adapter aux changements dans l’envi- ronnement, à l’aide du méta-apprentissage. Cette méthode peut avoir des impacts bénéfiques dans de nombreux problèmes du monde réel tels que la découverte de médicaments, dans laquelle nous sommes confrontés à un espace d’actions très grand. D’autant plus, la conception de nouvelles substances thérapeutiques qui sont fonctionnellement intéressantes nécessite une exploration efficace du paysage de la recherche. / Deep reinforcement learning has led to promising results in learning video games from pixels, robotics for learning generalizable skills, and healthcare for learning dynamic treatments. However, an obstacle remains the lack of efficiency in the number of samples required to achieve good results. To address this problem, our goal is to improve sample efficiency by improving the ability to acquire new data, an issue of exploration. The proposed approach is to: (1) Learn a diverse set of environments (resulting in a change of dynamics) (2) earn a policy that can better adapt to changes in the environment using meta-learning This method can benefit many real-world problems, such as drug discovery, where we face a large action space. Furthermore, designing new therapeutic substances that are functionally interesting requires efficient exploration of the research landscape

Nous avons mené une recherche de développement dans laquelle ont été élaborées deux séquences didactiques visant le développement de la compétence scripturale et intégrant des outils technologiques : la première porte sur le dépliant promotionnel et se destine aux élèves de premier cycle du secondaire; la seconde concerne la lettre de motivation et vise le deuxième cycle du secondaire. Pour concevoir des séquences pertinentes et appuyées théoriquement par des principes et des orientations didactiques, une recension des écrits les concernant a été menée à partir d’un corpus constitué d’ouvrages écrits principalement par des didacticiens du français ainsi que d’articles des périodiques Repères et Pratiques – deux revues propres à la didactique du français. Ce corpus contenait 50 documents publiés principalement entre 1995 et 2015 qui ont été analysés à l’aide de fiches documentaires. Une attention particulière a été portée aux fonctionnalités des outils technologiques sélectionnés dans les séquences didactiques – soit le logiciel Antidote et les plateformes d’écriture collaborative Padlet et Google Documents – ainsi qu’à leurs apports et limites pour l’enseignement et l’apprentissage de l’écriture, puisque nous voulions faire des propositions pertinentes pour leur intégration dans l’enseignement de l’écriture. Les séquences didactiques proposées reposent ainsi sur des principes et des orientations didactiques leur conférant leur pertinence. / We conducted a development research in which were created two teaching sequences that aim at developing writing skills by integrating technological tools. The first sequence is themed around a promotional brochure and targets students of the first cycle of high school; the second sequence is built around the creation of a letter of motivation and aims students of the second cycle of high school. To create relevant sequences that are theoritically supported by didactical principles, we reviewed the litterature from a corpus of papers written mainly by French didacticians and from articles published in Repères and Pratiques, two reviews dedicated to French didactic. This corpus was made up of 50 papers written principally between 1995 and 2015 and were analyzed with the use of fact sheets. Special attention was given the functionalities of the selected technological tools - the software Antidote, the collaborative writing platforms Padlet and Google Documents - and to their contributions and limitations on teaching and learning how to write, as our goal consisted of proposing ways to integrate them in the teaching of writing. The presented teaching sequences are thus built around didactical principles and seek to give added value to those technological tools.

Récemment, la chimie des phosphoramidites s’est montrée efficace et polyvalente en tant que plateforme pour accéder à des poly(phosphodiester)s à séquence définies abiotiques. Grâce à cette stratégie, les monomères peuvent être placés dans la chaîne à des positions choisies, ouvrant la voie à de nombreuses possibilités pour la préparation de macromolécules fonctionnelles. Ici, la méthode phosphoramidite a été explorée pour la synthèse de polymères dits numériques, qui contiennent des séquences de monomères encodées binairement. Des polymères dont les longueurs de chaînes et les séquences numériques sont contrôlées ont été préparés en utilisant une stratégie phosphoramidite classique impliquant des groupements protecteurs diméthoxytrityles, ou bien un procédé photocontrôlé faisant intervenir des groupements nitrophénylpropyloxycarbonyles clivables à la lumière. En outre, plusieurs stratégies pour modifier l’information contenue dans les chaînes latérales ont été étudiées dans cette thèse. Une modification binaire post-polymérisation à travers deux cycloadditions alcyne-azoture catalysées par le cuivre(I) consécutives a été examinée pour optimiser les chaînes latérales des poly(phosphodiester)s à séquences définies. De plus, la libération photocontrôlée de différents motifs éthers ortho-nitrobenzyliques latéraux a été étudiée. Ces fonctions ont permis la conception d’oligo(phosphodiester)s numériques dont les séquences d’information peuvent être effacées ou révélées grâce à la lumière. / Phosphoramidite chemistry has recently been evidenced to be an efficient and versatile platform to access sequence-defined abiotic poly(phosphodiester)s. Using this strategy, monomers can be placed at defined positions positions in a chain, thus opening up wide possibilities for the preparation of functional macromolecules.Here, the phosphoramidite platform was explored to synthesize so-called digital polymers, which contain monomer-coded binary sequences. Polymers with controlled chain lengths and digital sequences were prepared using either a standard phosphoramidite strategy involving dimethoxytrityl protective groups or a photo-controlled process involving light-cleavable nitrophenylpropyloxycarbonyl protective groups. Additionally, several strategies to modify the side chain information were investigated in this thesis. A binary post-polymerization modification by means of sequential copper(I)-catalyzed alkyne-azide cycloadditions was investigated for tuning the side chain functionality of sequence-defined poly(phosphodiester)s. Moreover, the photo-controlled release of several ortho-nitrobenzylic ether side chain motifs was studied. These moieties allowed the design of digital oligo(phosphodiester)s whose sequence information can be erased or revealed with light as a trigger.

Cette thèse porte sur la problématique de reconnaissance automatique de systèmes dynamiques. Une méthodologie basée sur des modèles de séquences d'états est employée : les états permettent de décrire le système à un instant particulier tandis que des transitions permettent au système d'évoluer au cours du temps. Dans le cadre de la thèse, deux nouvelles méthodes de représentation et de reconnaissance de séquences d'états basées sur le Modèle des Croyances Transférables, modèle non probabiliste de raisonnement incertain basé sur les fonctions de croyance, sont proposées. La première méthode est déterministe et inspirée des travaux en Intelligence Artificielle, la seconde est stochastique et basée sur une généralisation aux fonctions de croyance des modèles de Markov cachés initialement développés dans la théorie des probabilités. Ces algorithmes, dont le cadre formel est générique, ont été intégrés dans un système de reconnaissance de mouvements humains dans les vidéos d'athlétisme que nous avons mis en place en collaboration avec l'Université de Crète dans le cadre du Réseau d'Excellence Européen SIMILAR. Les méthodes de reconnaissance de séquences ont été évaluées sur une base de 74 vidéos et comparées aux modèles de Markov cachés probabilistes.

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif. / The explosion of sequence number allows for phylogenomics, the study of species relationships based on large multi-gene alignments, to flourish. Without any doubt, phylogenomics is essentially an efficient way to eliminate the problems of single gene phylogenies due to stochastic errors, but numerous problems remain despite obvious progress realized in modeling evolutionary process. In this PhD-thesis, we are trying to characterize some consequences of a poor model fit and to study their impact on the accuracy of the phylogenetic inference. In contrast to heterotachy, the variation in the amino acid substitution process over time did not attract so far a lot of attention. We demonstrate that this heterogeneity is frequently observed within animals, but also that its existence can interfere with the quality of phylogenomic inference. In absence of an adequate model, the elimination of heterogeneous columns, which are poorly handled by the model, can eliminate an artefactual reconstruction. In a phylogenomic framework, the sequencing strategies often result in a situation where some genes are absent for some species. The issue about the impact of the quantity of empty cells was recently relaunched, but the majority of studies on missing data is performed on small datasets of simulated sequences. Therefore, we were interested on measuring the impact in the case of a large alignment of real data. With a reasonable amount of missing data, it seems that the accuracy of the inference is influenced rather by the choice of the model than the incompleteness of the alignment. For example, the addition of an incomplete sequence that breaks a long branch can at least partially re-establish an artefactual phylogeny. Because, model violations are always representing the major limitation of the accuracy of the phylogenetic inference, the improvement of species and gene sampling remains a useful alternative in the absence of an adequate model. Therefore, we developed a sequence-selection software, which allows the reproducible construction of datasets, based on the quantity of data, their evolutionary speed and their compositional bias. During this study, we did realize that the human expertise still furnishes an indispensable knowledge. The various analyses performed in the course of this PhD thesis agree on the primordial importance of the model of sequence evolution.

L’imagerie par résonance magnétique (IRM) est un outil important pour l’investigation qualitative et quantitative de la physiologie du cerveau. L’investigation de l’activité neuronale à l’aide de cette modalité est possible grâce à la détection de changements hémodynamiques qui surviennent de manière concomitante aux activités de signalisation des neurones, tels l’augmentation régionale du débit sanguin cérébral (CBF) ou encore la variation de la concentration de désoxyhémoglobine dans les vaisseaux veineux. Pour étudier la formation de contrastes fonctionnels qui découlent de ces phénomènes, deux séquences de pulses ont été développées en vue d’expériences en IRM fonctionnelle (IRMf) visant l’imagerie du signal oxygéno-dépendant BOLD ainsi que de la perfusion. Le premier objectif de cette thèse fut le développement d’une séquence de type écho-planar (EPI) permettant l’acquisition entrelacée d’images en mode échos de gradient (GRE-EPI) ainsi qu’en mode échos de spins (SE-EPI) pour l’évaluation de la performance de ces deux méthodes d’imagerie au cours d’une expérience en IRMf BOLD impliquant l’utilisation d’un stimulus visuel chez 4 sujets adultes sains. Le deuxième objectif principal de cette thèse fut le développement d’une séquence de marquage de spins artériels employant un module de marquage fonctionnant en mode pseudo-continu (pCASL) pour la quantification du CBF au repos. Cette séquence fut testée chez 3 sujets adultes en bonne santé et sa performance fut comparée à celle d’une séquence similaire développée par un groupe de recherche extérieur. Les résultats de l’expérience portant sur le contraste BOLD indiquent une supériorité de la performance du mode GRE-EPI vis-à-vis celle du mode SE-EPI en termes des valeurs moyennes du pourcentage de l’ampleur d’effet et du score t associés à l’activité neuronale en réponse au stimulus. L’expérience visant la quantification du CBF démontra la capacité de la séquence pCASL développée au cours de ce projet de calculer des valeurs de la perfusion de la matière grise ainsi que du cerveau entier se retrouvant dans une plage de valeurs qui sont physiologiquement acceptables, mais qui demeurent inférieures à celles obtenues par la séquence pCASL développée par le groupe de recherche extérieur. Des expériences futures seront effectuées pour optimiser le fonctionnement des séquences présentées dans ce mémoire en plus de quantifier l’efficacité d’inversion de la séquence pCASL. / Magnetic resonance imaging (MRI) is an important tool for the qualitative and quantitative investigation of brain physiology. The investigation of neuronal activation using this modality is made possible by the detection of concomitantly-arising hemodynamic changes in the brain’s vasculature, such as localized increases of the cerebral blood flow (CBF) or the variation of the concentration of paramagnetic deoxyhemoglobin in venous vessels. To study the formation of functional contrasts that stem from these changes in MRI, two pulse sequences were developed in this thesis to carry out experiments in blood oxygenation level dependent (BOLD) and perfusion functional MRI (fMRI). The first objective laid out in this work was the development of an echo planar imaging (EPI) sequence permitting the interleaved acquisition of images using gradient-echo EPI and spin-echo EPI to assess the performances of these imaging techniques in a BOLD fMRI experiment involving a visual stimulation paradigm in 4 healthy adult subjects. The second main objective of this thesis was the development of a pseudo-continuous arterial spin labelling (pCASL) sequence for the quantification of cerebral blood flow (CBF) at rest. This sequence was tested on 3 healthy adult subjects and compared to an externally-developed pCASL sequence to assess its performance. The results of the BOLD fMRI experiment indicated that the performance of GRE-EPI was superior to that of SE-EPI in terms of the average percent effect size and t-score associated with stimulus-driven neuronal activation. The CBF quantification experiment demonstrated the ability of the in-house pCASL sequence to compute values of CBF that are within a range of physiologically-acceptable values while remaining inferior to those computed using the externally-developed pCASL sequence. Future experiments will focus on the optimization of the sequences presented in this thesis as well as on the quantification of the pCASL sequence’s labelling efficiency.

Le complexe Burkholderia cepacia (Bcc) englobe 17 espèces retrouvées dans les infections pulmonaires d'individus atteints de mucoviscidose. Les bactéries de ce complexe sont présentes dans les sols, la rhizosphère de grandes cultures, les eaux usées et peuvent également être rencontrées dans le cadre d'infections nosocomiales. En France, les espèces B. multivorans et B. cenocepacia (Bcen) sont les espèces majoritaires au niveau des infections de patients atteints de mucoviscidose. Divers clones épidémiques ont été décrits au sein de l’espèce Bcen dont le clone ET12 associé au "syndrome cepacia". En 2004, une épidémie nosocomiale impliquant un clone du Bcc est survenue dans un hôpital de l’Ain. Durant ce travail, l’origine de ce clone (B&B), sa classification au sein du Bcc et certains phénomènes génétiques liés à son émergence ont été étudiés. Cela a permis d’identifier ce clone comme appartenant à l’espèce Bcen et une forte proximité de celui-ci avec la lignée ET12. L’étude des facteurs transcriptionnels de la famille σ70 au sein du Bcc a mis en évidence une structure génétique similaire entre la lignée ET12 et ce clone, mais différente de celle observée chez les autres espèces du Bcc. L’analyse d’éléments génétiques répétés de la famille des séquences d’insertion (IS) a cependant permis d’observer une organisation génomique distincte de la lignée ET12. Celle-ci a été reliée à des phénomènes d’instabilité génétique notamment à des phénomènes d’acquisition d’éléments génétiques mobiles de type îlot génomique. L’ensemble de ce travail a permis de caractériser un ensemble de phénomènes génétiques pouvant expliquer l’émergence de clones épidémiques tels que le clone B&B. / The Burkholderia cepacia complex (Bcc) comprises 17 species found in lung infections of individuals with cystic fibrosis. The bacteria of this complex are present in the soil, the rhizosphere of field crops, wastewater and may also be encountered in nosocomial infections. In France, the B. multivorans and B. cenocepacia species are the major species in infections of cystic fibrosis patients. Various epidemic clones have been described within the B. cenocepacia species whose ET12 clone associated with "cepacia syndrome". In 2004, a nosocomial outbreak involving a clone of Bcc occurred in a French hospital. During this outbreak, origin of this clone (B&B clone), its classification within the Bcc and several genetic events associated with its emergence have been studied. These investigations have identified this clone as belonging to the species B. cenocepacia with a strong proximity with the ET12 lineage. The study of transcriptional factors of σ70 family within the Bcc has revealed a similar genetic structure between the ET12 lineage and this clone, but different from that observed in other species of Bcc. Analysis of genetic elements repeated family of insertion sequences (IS), however, allowed to observe a distinct genomic organization of the ET12 lineage. It has been linked to phenomen of genetic instability including acquisition of mobile genetic elements like genomic island (GI). All of this work has helped to characterize a set of genetic events may explain the emergence of epidemic clones such as clone B&B.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

L’objectif de ce travail est d’étudier l’ensemble des déterminants comme la manifestation d’un fonctionnement psychologique spécifique de l’interprétation à l’épreuve. La séquence consécutive des déterminants cotés est comparée avec la séquence des déterminants issue des réponses reprises pour faire une histoire avec les réponses données. De cette comparaison quatre aménagements principaux se présentent : -la répétition égale ou presque de la séquence malgré le fait que la deuxième suite est issue d’un ordre différent des réponses et des planches que celui de la passation initiale ; -une séquence proche ; -un rassemblement par groupes de pareils déterminants ; -des séries comparées différentes. Chacun des types est en rapport avec quelques traits psychologiques distinctifs, notamment la répétition égale et le rassemblement. Si dans certains cas la suite se répète malgré le changement de l’ordre initial des planches, cela veut dire que la séquence consécutive représente un fonctionnement spécifique caractéristique de l’interprétation. D’autres rapports des déterminants avec les narrations sont établis, notamment celui des proportions relatives de l’ensemble des déterminants avec la thématique et les liens parmi les épisodes. Quelques différences interprétatives et de réactivité à la couleur sont constatées entre les sexes. À partir des comparaisons faites il est proposé que les déterminants représentent un niveau sémantique de base d’influence cognitive et en rapport avec les processus émotionnels composé d’objets, liaisons, construction des justifications et transformations, et qualités acquises dans la construction d’un sens. / The purpose of this paper is to study the determinants as the manifestation of a psychological functioning specific to the interpretation of the test. The consecutive sequence of determinants of the initial classification is compared with the sequence of determinants resulting from responses used to make a story. Four principal organizations of determinants appear when this comparison is made: the repetition of the same or nearly the same sequence despite the fact that the second series results from a different order of the plates and responses; a sequence similar to the initial one; block grouping of equal determinants; different series of determinants.Each of these organizations is related to some distinctive psychopathological traits, in particular in the cases of equal repetition and block grouping. The fact that the initial classification may be repeated despite the change in the order of the responses and plates makes it clear that the consecutive sequence of determinants represents a specific psychological process proper to the interpretation, relatively independent from the stimulus. Other relationships of determinants with the narratives are stablished, including the different proportions of the totality of determinants to the subject of the stories, and the linkings among episodes.As a result of the comparisons made, the author proposes that the sequence of determinants represents a basic semantic level linked to the cognitive organization relative to emotional processes. This interpretative level is related to the constructions of objects, links, justifications, transformations, and qualities acquired in the course of the building up of meaning.