CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPEMIG - Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A agregação de parasitas em determinados indivíduos da população de hospedeiros está associada à exposição e à suscetibilidade diferenciais, que variam de acordo com o sexo, o tamanho corporal, a condição reprodutiva, o comportamento de uso do espaço (que influencia a probabilidade de capturas e recapturas em diferentes locais) e os fatores ambientais. Desse modo, o objetivo desse estudo foi avaliar a influência de tais fatores sobre a infecção de Eimeria spp. (endoparasita intestinal) em Gracilinanus agilis, um marsupial didelfídeo semélparo neotropical. O local de coletas foi um fragmento de cerrado sentido restrito na Estação Ecológica do Panga, MG, entre 2011 a 2015. Foi utilizado um método de capturamarcação- recaptura para os hospedeiros e avaliada a prevalência e a abundância do parasita, por meio de análises fecais laboratoriais. A abundância e a prevalência de Eimeria spp. foram associadas, principalmente, à condição reprodutiva dos indivíduos, com ambos os sexos apresentando maior prevalência e alta abundância parasitária durante o final do período reprodutivo, que coincide com a época chuvosa. Machos apresentaram mais parasitas do que as fêmeas durante a estação seca, época de início do período reprodutivo, no qual o acasalamento ocorre. Não foi comprovada a hipótese de que a maior abundância de parasitas nos machos seria decorrente de seu maior deslocamento espacial. No entanto, o número de recapturas de G. agilis correlacionou-se significativamente com a abundância de Eimeria spp. Esse padrão pode ser explicado pelo maior contato do marsupial com suas próprias fezes, as quais transmitem os parasitas, como também pelo aumento do estresse ocasionado pelo aprisionamento na armadilha, que afeta negativamente a eficiência do sistema imunológico. Assim, a presença e a abundância de Eimeria spp. ao longo do período reprodutivo em ambos os sexos, parece estar mais associada com a susceptibilidade do hospedeiro do que com sua exposição, visto que não houve relação entre mobilidade e infecção. Porém, as medidas de deslocamento nesse estudo devem ser avaliadas com cautela, dado o baixo número de recapturas utilizado para estimativa do uso do espaço em G. agilis. / The aggregation of parasites in certain individuals of the host population is associated with differential exposure and susceptibility, which vary according to sex, body size, reproductive condition, space use behavior (which influences the probability of catches and recaptures in different locations) and environmental factors. Thus, the objective of this study was to evaluate the influence of such factors on the infection of Eimeria spp. (intestinal endoparasite) in Gracilinanus agilis, a semelparous didelphid neotropical marsupial. The collection site was a restricted-sense cerrado fragment at the Panga Ecological Station, MG, between 2011 to 2015. A capture-mark-recapture method was used for the hosts identification and the prevalence and abundance of the parasite were evaluated by means of laboratory fecal analyzes. The abundance and prevalence of Eimeria spp. were associated mainly with the reproductive status of the individuals, with both sexes presenting higher prevalence and high parasitic abundance during the end of the reproductive period, which coincides with the rainy season. Males had more parasites than females during the dry season, when the breeding season begins, in which mating occurs. The hypotheses wasn’t confirmed that the highest abundance on males would be due to their greater spatial displacement. However, the number of recaptures of G. agilis was significantly correlated with the abundance of Eimeria spp. This pattern can be explained by the greater contact of the marsupial with its own feces, which transmit the parasites, as well as by the increased stress caused by the entrapment, that negatively influences the immunological system efficiency. Thus, the presence and abundance of Eimeria spp. during the reproductive period in both sexes seems to be due to behavioral differences that define distinctions in susceptibility to infection rather than host exposure, once we failed to find any correlation between host mobility and Eimeria infection. However, our estimates of G. agilis use of space shoud be viewed with caution, due to the low number of recaptures which could lead to underestimates, and consequently disrupts any existing relationship between these variables. / Dissertação (Mestrado)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Rickettsiosis is a human disease caused by bacteria of the genus Rickettsia, and its main vector ticks (Ixodidae), which are also considered reservoirs of the Spotted Fever Group rickettsiae in Brazil. Small mammals are frequent hosts for immature stages of rickettsial diseases vector ticks, and it is known that some species of small mammals are hosts amplifiers for Rickettsia sp..The aim of this study was to determine seropositivity against five species of Rickettsia and tick fauna of small mammals captured in periurban region of Uberlândia, MG, Brazil. For this purpose, 416 small mammals representing 13 species of wild rodents and marsupials were captured between the months of July 2011 to August 2012. Of these, 48 were infested with ticks of the genus Amblyomma and Ixodes, and 70 (16.8%) of the animals were seropositive for Rickettsia spp.. Our results indicate the circulation of four species of Rickettsia, R. rickettsii, R. parkeri, R. rhipicephali and R. bellii, in the periurban area of Uberlândia. The first two Rickettsia species are considered pathogenic to man and thus a more thorough investigation to confirm the species of bacteria and epidemiological aspects related to these Rickettsia spp. is the detection locations. / Riquetsiose é uma doença causada em humanos por bactérias do gênero Rickettsia, e tem como principais vetores os carrapatos, que são considerados também reservatórios de riquétsias do grupo da febre maculosa no Brasil. Frequentemente os estágios imaturos de carrapatos vetores de riquetsioses têm pequenos mamíferos como hospedeiros, e sabe-se que algumas espécies de pequenos mamíferos são hospedeiros amplificadores para Rickettsia sp.. O objetivo deste trabalho foi determinar a sororreatividade contra cinco espécies de riquétsias e a fauna de carrapatos de pequenos mamíferos na região periurbana de Uberlândia, MG, Brasil. Foram capturados, entre julho de 2011 a agosto de 2012, 416 animais representando 13 espécies de roedores silvestres e marsupiais. Destes, 48 estavam infestados com carrapatos dos gêneros Amblyomma e Ixodes, e 70 (16,8%) dos animais foram soropositivos para Rickettsia spp.. Nossos resultados indicam a circulação de quatro espécies de riquétsias, R. rickettsii, R. parkeri, R. rhipicephali e R. bellii, próximo à área urbana do município de Uberlândia. As duas primeiras espécies são consideradas patogênicas ao homem, evidenciando a necessidade de se realizar uma investigação mais minuciosa tanto para a confirmação das espécies de bactérias circulantes, quanto para a compreensão do ambiente que mantém as riquétsias nos locais de detecção. / Mestre em Imunologia e Parasitologia Aplicadas

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-02Bitstream added on 2014-06-13T18:59:59Z : No. of bitstreams: 1 neves_cl_me_rcla.pdf: 579299 bytes, checksum: 4e0eb889aafa2deb8e85b3bfdbcfb15a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As armadilhas convencionais são amplamente utilizadas em estudos com pequenos mamíferos não-voadores, mas geralmente acarretam um viés de amostragem. Além disso, efeitos da qualidade do microhabitat e da sazonalidade podem influenciar a estimativa da diversidade. 2. Nós comparamos dois métodos de amostragem de pequenos mamíferos: armadilhas de captura viva e de queda, sendo a riqueza de espécies e número de indivíduos variáveis resposta. Os levantamentos de campo foram realizados em uma área contínua de Mata Atlântica. Os efeitos das variáveis de microhabitat e da sazonalidade sobre capturabilidade também foram investigados. 3. As armadilhas de queda capturaram maior número de espécies e indivíduos durante a estação chuvosa, quando comparadas com armadilhas de captura viva. Portanto, as armadilhas de queda foram o melhor método para estimar a riqueza e abundância de pequenos mamíferos, principalmente de espécies semi-fossoriais. 4. Nossos resultados mostraram a importância de considerar o esforço amostral despendido em armadilhas de captura vida e de queda ao se comparar a eficiência de captura entre elas. O uso da abundância relativa resolveu problemas de sub e de superestimativa da capturabilidade em cada tipo de armadilha. 5. Embora o microhabitat seja considerado um importante fator que pode influenciar o número de indivíduos em determinada área de estudo, não encontramos influência do mesmo na capturabilidade de armadilhas de captura viva e de queda na comunidade de pequenos mamíferos. No entanto, verificamos que as estações de captura que apresentaram maior área basal de samambaias e de árvores mortas capturaram mais indivíduos de Brucepattersonius soricinus, Oligoryzomys nigripes e Akodon montensis. 6. Concluímos, portanto que a maioria dos inventários de pequenos mamíferos em regiões tropicais não conseguiu captar a riqueza... / 1onventional traps are widely used in studies of non-volant small mammals, but usually lead to sampling bias. Also, microhabitat quality and seasonality effects may influence the estimate of diversity. 2. We compared two small mammal sampling methods: live and pitfall traps. Species richness and number of individuals were our response variables, and field surveys were carried out in a continuous area of the Brazilian Atlantic Forest. Effects of microhabitat variables and seasonality on trappability were also investigated. 3. Pitfall traps captured more number of species and more individuals during the wet season, when compared with live traps. Therefore, pitfall-traps were a better method for estimating the richness and abundance of small mammals, especially semi-fossorial species. 4. Our results showed the importance of considering the sampling effort dispended in live and pitfall traps when comparing the capture efficiency between them. The use of weighted abundance solved trappability problems of underestimation and overestimation in each trap type to capture small mammals. 5. Although the microhabitat is considered an important factor that can influence the number of individuals in the study area, we found no influence of microhabitat on trappability of live and pitfall traps on small mammal community. However, we found that the trap stations with higher basal area of dead trees and ferns captured more individuals of Brucepattersonius soricinus, Oligoryzomys nigripes, and Akodon montensis. 6. We conclude that most small mammal inventories in tropical regions failed to capture the true species richness. Several species considered “rare” and underlisted as data deficient in IUCN criterion could be in fact common

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Studies on communities of small mammals (rodents and marsupials) show different patterns on both selection and use of space in relation to diet, age, and seasonality, among others. To evaluate these standards, spool-and-line technique can provide information about the movement, vertical stratification and the use of shelters and nests by animals. The aim of this study was to evaluate the usage area and selection of microhabitat by Gracilinanus agilis (Didelphimorphia) and Wiedomys pyrrhorhinus (Rodentia) in Monumento Natural Grota do Angico (MNGA), between the cities of Canindé de São Francisco and Poço Redondo, both in Sergipe state. The study was conducted by using Sherman traps to capture the animals, and spool-and-line technique to characterize the movement of these animals in two areas of shrub caatinga vegetation of MNGA, between December/2014 and September/2015. For each individual, data were obtained on the daily home range (AUD), tortuosity of the movement (TORT), index of vertical use (VU) and ground use (%SOLO). The sample for microhabitat selection and availability was performed with ground and canopy cover data and vertical foliar obstruction only to dry period. We evaluated 44 routes (27 G. agilis and 17 W. pyrrhorhinus) representing 2451.42 m of traced line. No differences were found in the movement variables between the dry and rainy seasons for both species (p> 0.0919). Males and females of G. agilis and W. pyrrhorhinus also did not show difference for these variables (p> 0.0643). Comparing the two species, the only difference was on the vertical use (p = 0.0050). Only W. pyrrhorhinus females showed microhabitat selection during daily movement (p <0.0001). Regarding the daily home range (AUD), G. agilis presented, in general, a larger area than W. pyrrhorhinus. Low values of tortuosity (TORT) could be associated with the low population density of these species in the area. The difference in the vertical use (VU) was expected since G. agilis is reported as a scansorial species while W. pyrrhorhinus is preferably arboreal. In general, the absence of habitat selection by sampled environmental variables suggests that G. agilis and W. pyrrhorhinus may be performing this selection on the mesohabitat scale. / Estudos sobre comunidades de pequenos mamíferos (roedores e marsupiais) demonstram diferentes padrões na utilização e seleção do espaço em relação à dieta, idade e sazonalidade, entre outros. Para avaliar estes padrões, a utilização de carretéis de rastreamento pode fornecer informações sobre a movimentação, estratificação vertical e o uso de abrigos e ninhos pelos animais. O presente trabalho teve por objetivo avaliar a área de uso e seleção de microhabitat por Gracilinanus agilis (Didelphimorphia) e Wiedomys pyrrhorhinus (Rodentia) no Monumento Natural Grota do Angico (MNGA), entre os municípios de Canindé de São Francisco e Poço Redondo em Sergipe. O estudo foi conduzido através da utilização de armadilhas Sherman, para a captura dos indivíduos, e de carretéis de rastreamento para a caracterização do movimento desses animais em duas áreas de caatinga arbustiva arbórea do MNGA entre dezembro/2014 e setembro/2015. Foram obtidos dados sobre a área de uso diário (AUD), tortuosidade do movimento (TORT), uso do estrato vertical (VU) e uso do solo (%SOLO) para cada indivíduo. A amostragem da seleção e disponibilidade de microhabitat foi realizada com dados de cobertura do solo e de copa e obstrução foliar vertical apenas para a seca. Foram avaliados 44 trajetos (27 de G. agilis e 17 de W. pyrrhorhinus), totalizando 2.451,42 m de linha rastreada. Não foram encontradas diferenças nas variáveis de movimento entre as estações seca e chuvosa para as duas espécies (p>0,0919). Machos e fêmeas de G. agilis e de W. pyrrhorhinus também não apresentaram diferenciação nessas variáveis (p>0,0643). Comparando-se as duas espécies, houve diferença apenas no uso do estrato vertical (p=0,0050). Apenas as fêmeas de W. pyrrhorhinus evidenciaram selecionar o microhabitat durante o movimento diário (p<0,0001). Em relação ao tamanho da área de uso (AUD), G. agilis apresentou, no geral, uma área maior que W. pyrrhorhinus. Baixos valores de tortuosidade (TORT) encontrados podem ser associados à baixa densidade populacional dessas espécies na área. A diferença na utilização do estrato vertical (VU) era esperada, uma vez que G. agilis é reportado como uma espécie escansorial enquanto W. pyrrhorhinus é preferencialmente arborícola. A ausência, no geral, de seleção do habitat pelas variáveis ambientais amostradas sugere que G. agilis e W. pyrrhorhinus podem estar realizando essa seleção na escala de mesohabitat.

Este estudo enfocou a importância do contexto de ambientes alterados do entorno para a distribuição de diferentes grupos de espécies de pequenos mamíferos não-voadores em paisagens fragmentadas de Mata Atlântica. Na primeira abordagem (capítulo 2), usando a distribuição de pequenos mamíferos em remanescentes florestais e nos quatro principais habitats alterados de uma paisagem de Mata Atlântica, investigamos (1) como o poder explanatório dos modelos que descrevem a distribuição das espécies em fragmentos florestais varia entre as variáveis da estrutura da paisagem que incorporam ou não a qualidade da matriz e (2) a importância da escala espacial para analisar a influência da estrutura da paisagem. Usamos amostragem padronizada nos remanescentes e habitats alterados para gerar dois índices de qualidade de habitat, correspondentes à abundância e à ocorrência de pequenos mamíferos. Para cada remanescente, calculamos a quantidade de habitat e a conectividade em diferentes escalas espaciais, considerando ou não a qualidade dos habitats ao redor. A incorporação da qualidade da matriz aumentou o poder explanatório dos modelos para todas as escalas espaciais para metade das espécies que ocorreram na matriz, mas apenas quando consideramos a distância entre as manchas de habitat (conectividade). Os resultados indicam a importância da matriz para a dinâmica de paisagens fragmentadas e sugere que índices relativamente simples podem melhorar nosso entendimento sobre a distribuição das espécies, e poderiam ser aplicados na modelagem, monitoramento e manejo de paisagens tropicais complexas. Na segunda abordagem (capítulo 3), testamos duas hipóteses relacionadas à importância do contexto da paisagem para a diversidade biológica encontrada em áreas agrícolas usando os pequenos mamíferos da Mata Atlântica como modelo: (1) que o contexto em que cultivos agrícolas estão inseridos, em particular a quantidade de florestas remanescentes, determina a assembléia de pequenos mamíferos encontrada nestas áreas produtivas; (2) que essas respostas ao contexto são escala-dependentes, sendo observadas em escalas espaciais mais amplas. Para tanto, amostramos 36 sítios em áreas agrícolas em duas paisagens fragmentadas de Mata Atlântica com diferentes proporções de florestas nativas remanescentes, os quais foram selecionados de forma a abranger ampla variação na quantidade e agregação de áreas abertas no entorno imediato. Construímos e comparamos 12 modelos candidatos que diferem quanto à contribuição dos efeitos do contexto em escala espacial ampla e em escala local, incluindo todas as combinações possíveis entre essas variáveis, a interação das variáveis medidas em diferentes escalas, e um modelo nulo. De acordo com as expectativas iniciais, as espécies restritas a biomas florestais foram mais comuns e bem distribuídas em áreas agrícolas circundadas por maiores quantidades de floresta em escala ampla. No entanto, as espécies invasoras e não-restritas a biomas florestais dominaram as áreas agrícolas das duas paisagens estudadas, independentemente da quantidade de floresta remanescente em escala ampla, tendo respondido principalmente, mas de maneira oposta, ao contexto em escalas menores. Os resultados indicam que: (1) a resposta diferencial entre os grupos de espécies é condicionada por diferenças nos requerimentos de habitat entre eles; (2) a manutenção de espécies mais exigentes em áreas agrícolas depende de estratégias de manejo que considerem a escala da paisagem; (3) mesmo áreas de agricultura convencional podem ser importantes para a conectividade da paisagem para espécies exigentes, desde que inseridas em contexto de maior quantidade de matas remanescentes; (4) o controle das populações de espécies invasoras que podem atuar como reservatórios de patógenos causadores de doenças no homem e pestes na agricultura depende de manejo em escala local, pelo menos em paisagens onde as áreas agrícolas são predominantes. / This study focused on the importance of the context of altered habitats in the neighborhoods to the distribution of different groups of species of non-flying small mammals in fragmented landscapes of the Atlantic forest. In the first approach (chapter 2), using the distribution of small mammals in forest remnants and in the four main altered habitats in an Atlantic forest landscape, we investigated 1) how explanatory power of models describing species distribution in forest remnants varies between landscape structure variables that do or do not incorporate matrix quality and 2) the importance of spatial scale for analyzing the influence of landscape structure. We used standardized sampling in remnants and altered habitats to generate two indices of habitat quality, corresponding to the abundance and to the occurrence of small mammals. For each remnant, we calculated habitat quantity and connectivity in different spatial scales, considering or not the quality of surrounding habitats. The incorporation of matrix quality increased model explanatory power across all spatial scales for half the species that occurred in the matrix, but only when taking into account the distance between habitat patches (connectivity). Results indicate the importance of the matrix for the dynamics of fragmented landscapes and suggest that relatively simple indices can improve our understanding of species distribution, and could be applied in modeling, monitoring and managing complex tropical landscapes. In the second approach, (chapter 3), we aimed at testing two hypotheses related to the importance of landscape context to the biological diversity found in areas of agriculture using Atlantic forest small mammals as a model: (1) that the context in which the areas of agriculture are inserted, in particular the quantity of remnant forests, determines the assemblage of small mammals found in those productive areas; (2) that those responses to the context are scale-dependent, being observed at larger spatial scales. To accomplish that, we sampled 36 sites in areas of agriculture in two fragmented Atlantic forest landscapes presenting different proportions of native forest remnants, which were selected aiming at including the widest variation in quantity and aggregation of open anthropogenic areas in the local neighborhood. We built and compared 12 candidate models which differed in relation to the contribution of the effects of context at large and local spatial scales, including all possible combinations between these variables, the interaction of the variables measured at different scales, and the null model. According to our initial expectations, the species that are restricted to forest biomes were the commonest and best-distributed ones, in areas of agriculture surrounded by higher quantities of forest at the large scale. However, the invasive species and the species that are not restricted to forest biomes dominated the areas of agriculture in the two studied landscapes, independently from the quantity of remnant forest at the large scale, and they responded mainly, but in the opposite way, to the context at smaller scales. The results indicate that: (1) the differential response between the groups of species is conditioned by differences in habitat requirements between them; (2) the maintenance of more demanding species in agricultural lands depends on management strategies which consider the landscape scale; (3) even areas of conventional agriculture can be important to the connectivity of the landscape for the most demanding species, as far as they are inserted in a context of higher quantities of remnant forest; (4) the control of the populations of invasive species that can act as reservoirs of pathogens that cause disease in men, and that can be pests in agriculture, depends on the management at local scale, at least in landscapes where the areas of agriculture predominate.

Através da amostragem de 28 sítios em diferentes estádios de regeneração em uma área de Mata Atlântica contínua, procuramos nesta dissertação contribuir para o entendimento dos mecanismos relacionados às mudanças faunísticas observadas durante o processo de regeneração em florestas tropicais, e, assim, melhor compreender o valor das florestas secundárias para a conservação da biodiversidade tropical. Para isso, na primeira parte da dissertação investigamos a influência da regeneração sobre características de estrutura da floresta e disponibilidade de alimento consideradas importantes para diversos grupos da fauna. Encontramos maior profundidade do folhiço, volume de galhadas e disponibilidade de frutos de uma abundante palmeira de sub-bosque nas florestas mais maduras, enquanto que nas áreas em estádio mais inicial de regeneração encontramos maior conexão da vegetação, biomassa de artrópodes no solo e disponibilidade de frutos no total e da espécie de planta mais abundante no sub-bosque. Essas modificações podem estar relacionadas às mudanças na fauna observadas durante a regeneração florestal. As espécies que dependem de características só encontradas nas matas mais maduras, como espaços abertos para movimentação, maior complexidade do chão da floresta, ou determinados recursos alimentares poderiam encontrar limitações em áreas em estádios mais iniciais de regeneração, ao passo que espécies que não dependem desses recursos poderiam se beneficiar da maior disponibilidade total de alimentos, ou da maior conexão da vegetação para movimentação, encontradas nessas áreas. Na segunda parte do trabalho, avaliamos a influência da regeneração e de características estruturais e de disponibilidade de alimento sobre espécies endêmicas (especialistas de floresta) e não-endêmicas (generalistas de habitat) de pequenos mamíferos terrestres. Como previsto, observamos que um grupo de espécies (generalistas de habitat) prolifera nas áreas mais jovens, enquanto que o outro grupo (especialistas de floresta) foi mais comum, embora de maneira mais sutil, nas áreas mais maduras. Esses padrões foram em parte explicados pelas variáveis mensuradas, principalmente a disponibilidade de recursos alimentares. Aparentemente, as espécies generalistas estão se beneficiando da maior disponibilidade de alimentos encontrada nas áreas em estádio mais inicial de regeneração, enquanto que as especialistas possuem maior capacidade de ocupação das áreas mais maduras, onde esses recursos são mais escassos. Portanto, esses resultados sugerem um compromisso (trade-off) entre capacidade competitiva e capacidade de utilização de recursos 101 abundantes, como prevê o mecanismo de nicho sucessional, proposto inicialmente para explicar a sucessão de espécies vegetais. As características encontradas nas florestas mais jovens favoreceram a proliferação de espécies de pequenos mamíferos terrestres generalistas de habitat. Entretanto, o efeito positivo da regeneração florestal sobre as espécies especialistas, de maior interesse para a conservação, foi menos acentuado, de forma que as florestas secundárias abrigaram uma assembléia de pequenos mamíferos terrestres rica, podendo, portanto, representar um importante instrumento de aumento de área e conectividade em paisagens altamente modificadas, como as encontradas na Mata Atlântica. Entretanto, esses resultados não reduzem o valor das florestas maduras, principalmente em paisagens fragmentadas e para grupos mais sensíveis da fauna. Essas florestas devem ser protegidas, assim como deve ser garantida (e se preciso auxiliada) a regeneração das florestas secundárias, para que possam adquirir em longo prazo as condições necessárias à manutenção das espécies e dos grupos de espécies da fauna mais severamente afetados pela secundarização das florestas tropicais. / By sampling 28 sites in different regeneration stages in a continuous Atlantic forest area, in this master thesis we aimed to contribute to the understanding of the mechanisms associated with the wildlife changes observed during tropical forest regeneration, and thereby better understand the value of secondary forests for the conservation of tropical biodiversity. In the first part of the thesis we investigated the influence of regeneration on aspects of forest structure and food availability considered to be important to several wildlife groups. We found deeper leaf litter, and higher woody debris volume and fruit availability of an abundant understorey palm in the older-growth areas, while in areas in earlier stages we found higher vegetation connection, higher ground-dwelling arthropod biomass, total fruit availability, and availability of fruits of the most abundant understorey plant species. These modifications may be related to the wildlife changes observed during forest regeneration. Species that rely on features only found in older-growth forests, such as open space for movement, higher complexity of the forest floor, or certain food resources, could find limitations in younger forests, whereas species which do not depend on these resources could benefit from the higher total food availability, or higher 102 vegetation connection for movements, found in these areas. In the second part of the study, we assessed the effect of regeneration and of structural attributes and food availability on endemic (forest specialist) and non-endemic (habitat generalist) terrestrial small mammal species. As expected, we found that a group of species (habitat generalists) proliferate in younger areas, while the other group (forest specialists) is more common, although more subtly, in older-growth areas. These patterns were partly explained by the measured variables, especially food availability. Apparently, the generalist species are benefiting from the increased food availability found in younger forests, while specialist species have greater ability to occupy older-growth areas, where these resources are scarcer. Therefore, our data suggest a trade-off between competitive ability and ability to use abundant resources, as predicted by the successional niche mechanism, initially proposed to explain the succession of plant species. The characteristics observed in younger forests favored the proliferation of habitat generalist terrestrial small mammals. However, the positive effect of forest regeneration on specialist species, of more conservation concern, was less pronounced, so that the secondary forests harbored a rich terrestrial small mammal assemblage, and may therefore be an important tool to increase the area and connectivity in highly modified landscapes, such as those found in the Atlantic forest. However, these results do not diminish the value of old-growth forests, especially in fragmented landscapes and for more sensitive wildlife groups. These forests should be protected, as well as the regeneration of the secondary forests should be guaranteed (and assisted, if necessary), so that these areas could acquire in the long term the necessary conditions to maintain the species and the groups of species most adversely affected by the secondarization of the tropical forests.

Les réservoirs de Borrelia burgdorferi jouent un rôle clé pour assurer sa transmission dans l’environnement. Récemment, de nouveaux acaricides, comme le fluralaner, présentant une efficacité élevée contre les tiques et une longue durée d’action, ont été commercialisés sur le marché des médicaments vétérinaires. Cibler les réservoirs de B. burgdorferi, comme les souris du genre Peromyscus, avec le fluralaner permettrait : d’abord, d’en altérer le cycle endémique; ensuite, de réduire la densité de tiques infectées dans l’environnement ; et, ultimement, de réduire le risque de transmission de la maladie de Lyme (ML). En premier lieu, l’efficacité du fluralaner à tuer des larves de l’espèce Ixodes scapularis infestant des souris du genre Peromyscus a été démontrée en laboratoire. Lors d’infestations expérimentales, des doses de 12,5 et 50 mg/kg ont tué > 90 % des larves d’I. scapularis dans les 4 jours suivant l’administration du traitement. Cependant, cette efficacité a été réduite à moins de 5 % dans les 30 premiers jours. En second lieu, dans le cadre d’une étude controllée non randomisée, des appâts de fluralaner ont été administrés répétitivement à une population de micromammifères sauvages à des densités de 2,1 ou 4,4 appâts/1000 m2 pendant 3 à 4 ans. L’efficacité du traitement à réduire l’infestation des micromammifères a, au préalable, été évaluée. Les densités de 2,1 et 4,4 ont respectivement réduit de 68 % et 86 % le nombre de larves infestant les souris du genre Peromyscus. Seule la densité de 4,4 a réduit significativement le nombre de nymphes de 72 %. Après quoi, l’effet des deux densités d’appâts sur le cycle endémique de B. burgdorferi a été évalué par le biais de 3 paramètres : 1- la prévalence de Peromyscus spp. infectées (PIM), 2- la densité de nymphes en quête (DON), 3- la prévalence de nymphes infectées par B. burgdorferi (NIP). La prévalence d’infection des souris par B. burgdorferi a chuté de 60 à 37 % après deux années de déploiements du traitement. Le traitement a provoqué une réduction de la DON de 45 à 63 % dans les zones traitées. Aucun effet n’a été observé sur le dernier paramètre. En troisième lieu, la pharmacologie du fluralaner a été caractérisée chez des souris du genre Peromycus dans une étude réalisée en laboratoire. Les données recueillies ont été utilisées pour simuler et interpréter différents scénarios de traitement de souris Peromyscus spp. pour une durée équivalente aux pics d’activités des larves et des nymphes d’I. scapularis. Les simulations ont permis d’identifier un jeu de scénarios qui conféreraient une protection contre les tiques pendant toute la saison d’activité des stades immatures d’I. scapularis. L’étude de la pharmacologie des acaricides chez les espèces ciblées et la modélisation de la pharmacocinétique représentent des étapes cruciales pour développer ce type d’intervention. Cette thèse a permis d’entreprendre le développement d’une approche ciblant les réservoirs de B. burgdorferi en utilisant une molécule de la famille des isoxazolines. L’approche décrite a montré le potentiel d’altérer le cycle endémique de B. burgdorferi et de réduire la densité de nymphes infectées dans l’environnement. Plus généralement, en intégrant des études sur la pharmacologie du fluralaner en laboratoire et des études terrains, elle permet d’initier la réflexion quant à l’importance d’avoir un cadre de développement commun pour structurer la recherche autour de ce type d’approches. / Reservoirs of Borrelia burgdorferi play a key role in ensuring its transmission in the environment. Recently, new acaricides, such as fluralaner, with high efficacy against ticks and a long duration of action have been commercialized in the veterinary drug market. Targeting B. burgdorferi reservoirs, such as Peromyscus spp. mice, with fluralaner would yield the following benefits: first, alter its transmission in the environment; second, reduce the density of B. burgdorferi-infected ticks in the environment; and, ultimately, reduce the risk of Lyme disease (LD). Firstly, the efficacy of fluralaner for killing Ixodes scapularis larvae infesting Peromyscus mice was demonstrated in a laboratory setting. Doses of 12.5 and 50 mg/kg showed > 90% efficacy at killing I. scapularis larvae infesting Peromyscus spp. mice within 4 days of treatment during experimental infestations. However, efficacy was reduced to less than 5% beyond 30 days. Secondly, in a non-randomized controlled study, fluralaner baits were repeatedly administered to a wild population of small mammals at densities of 2.1 or 4.4 baits/1000m2 over a period of 3 to 4 years. First, the treatment's efficacy at reducing small mammal infestation was evaluated. Densities of 2.1 and 4.4 baits/1000m2 reduced the number of larvae infesting Peromyscus mice by 68% and 86% respectively. Only the density of 4.4 baits/1000m2 significantly reduced the number of nymphs by 72%. Next, the effect of the both bait densities on the B. burgdorferi endemic cycle was evaluated through 3 parameters: i- the prevalence of B. burgdorferi-infected Peromyscus spp. mice (PIM), ii- the density of questing nymphs (DON), and iii- the prevalence of B. burgdorferi in questing nymphs (NIP). Mouse infection by B. burgdorferi decreased from 60 to 37% following two years of treatment deployment. The treatment reduced the DON by 45-63% in the treated areas but no effect was observed on B. burgdorferi prevalence in the NIP. Thirdly, fluralaner pharmacology was characterized in Peromycus mice in a laboratory setting. The data collected were used to simulate and interpret different treatment scenarios for Peromyscus mice over a period corresponding to the peak activities of I. scapularis larvae and nymphs. The simulations identified a set of treatment scenarios that confer protection against ticks for an entire season of I. scapularis activity. The results indicate that investigation of acaricide pharmacology in target species and pharmacokinetic modeling are critical steps in the development of this type of intervention. This thesis initiated the development of an approach targeting B. burgdorferi reservoirs using a molecule of the isoxazoline family. This approach showed potential for disrupting the endemic cycle of B. burgdorferi and reducing the density of B. burgdorferi-infected nymphs in the environment. More broadly, by integrating studies on fluralaner pharmacology in laboratory and field settings, this work has initiated a reflection on the importance of establishing a general development framework to structure research around this type of approach.

Estimates of animal abundance or density are fundamental quantities in ecology and conservation, but for many species such as rare, small mammals, obtaining robust estimates is problematic. In this thesis, I combine elements of two standard abundance estimation methods, capture-recapture and distance sampling, to develop a method called trapping point transects (TPT). In TPT, a "detection function", g(r) (i.e. the probability of capturing an animal, given it is r m from a trap when the trap is set) is estimated using a subset of animals whose locations are known prior to traps being set. Generalised linear models are used to estimate the detection function, and the model can be extended to include random effects to allow for heterogeneity in capture probabilities. Standard point transect methods are modified to estimate abundance. Two abundance estimators are available. The first estimator is based on the reciprocal of the expected probability of detecting an animal, ^P, where the expectation is over r; whereas the second estimator is the expectation of the reciprocal of ^P. Performance of the TPT method under various sampling efforts and underlying true detection probabilities of individuals in the population was investigated in a simulation study. When underlying probability of detection was high (g(0) = 0:88) and between-individual variation was small, survey effort could be surprisingly low (c. 510 trap nights) to yield low bias (c. 4%) in the two estimators; but under certain situations, the second estimator can be extremely biased. Uncertainty and relative bias in population estimates increased with decreasing detectability and increasing between-individual variation. Abundance of the Key Largo woodrat (Neotoma floridana smalli), an endangered rodent with a restricted geographic range, was estimated using TPT. The TPT method compared well to other viable methods (capture-recapture and spatially-explicit capture-recapture), in terms of both field practicality and cost. The TPT method may generally be useful in estimating animal abundance in trapping studies and variants of the TPT method are presented.

The Amazon rainforest harbors the planet's highest biodiversity among terrestrial ecosystems; however, the biology and ecology of most of its species are unknown. Niche partitioning is considered a key factor allowing species co-existence, especially for morphological similar species such as spiny rats of the genus Proechimys. I examined the extent to which habitat differentiation, species body mass, and diet could explain the community composition of small mammals at a site in the southeastern Amazon. Moreover, I radio-tagged sympatric species of Proechimys spp. and Mesomys stimulax (an arboreal spiny rat) to obtain detailed autoecology information, including habitat use and use of space. I found support for niche partitioning among species and associated small mammal species with distinct successional phases of gap dynamics. I also observed among Proechimys spp. a typical polygynous organization: females appeared to be territorial against females of any species of their genus; but male territories overlapped with those of several females. Mesomys stimulax showed evidence of monogamy and possible sociality, although sample sizes were small. To identify the importance of small mammals as seed disperser of Brazil nut seeds, I conduct experiments using a combination of fluorescent powder, seed exclosures, and track plates in forests with and without Brazil nut groves, and in forests with and without Brazil nut harvesting. Among small mammals, only Proechimys spp. removed, dispersed, and preyed upon Brazil nut seeds. Proechimys spp. sometimes scatterhoarded these seeds, and hence have the potential to play a significant role in recruiting new Brazil nut trees. I also trapped small mammals and measured forest structures on the same sites used for the seed dispersal experiment, to determine the ecological effects of Brazil nut harvest on small mammal communities; however, my results showed little evidence of changes associated with the seed exploitation. My results highlight the importance of habitat heterogeneity in structuring small mammal communities, and indicate that forest management practices that alter habitats, such as partial logging, also can be expected to alter small mammal composition and diversity. Proechimys spp. have the potential to play an important role in the ecological restoration of intensive exploited Brazil nut groves.

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