Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1959. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references (leaves 78-83).

Submitted by AYDIR CECILIA MARINHO MONTEIRO null (aydircecilia@hotmail.com) on 2016-10-30T22:55:48Z No. of bitstreams: 1 Tese (versão final).pdf: 3741275 bytes, checksum: a56941e558bffd4fb2e51986a89824c4 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-04T17:30:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 monteiro_acm_dr_bot.pdf: 3643091 bytes, checksum: 5dae4f73de940fc181da5d34fc678e3b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-04T17:30:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 monteiro_acm_dr_bot.pdf: 3643091 bytes, checksum: 5dae4f73de940fc181da5d34fc678e3b (MD5) Previous issue date: 2016-10-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A rápida e precisa identificação de micro-organismos causadores de infecções da corrente sanguínea é uma das funções mais importantes do laboratório de microbiologia clínica. Com o objetivo de diminuir o tempo gasto para se identificar esses micro-organismos, vários equipamentos foram desenvolvidos, entre eles o sistema VITEK® 2, usado na rotina de diversos laboratórios de microbiologia clínica para a identificação de isolados de amostras clínicas. Inúmeros micro-organismos são isolados de hemoculturas e as bactérias pertencentes ao grupo dos cocos Gram-positivos aeróbios são os principais agentes etiológicos das infecções de correntes sanguíneas, principalmente em pacientes mantidos em unidades de terapia intensiva (UTIs). Este trabalho comparou sistemas de identificação de espécies de micro-organismos isolados a partir de hemoculturas e acompanhou os pacientes com hemoculturas positivas para Estafilococos coagulase-negativa (ECN). A partir dessas hemoculturas positivas coletadas de 216 pacientes foram isolados e identificados 400 microorganismos, dentre eles 5 bacilos Gram-positivos, 15 leveduras, 165 bacilos Gram-negativos e 215 cocos Gram-positivos. Essa identificação foi realizada pelo sistema VITEK® 2 e os resultados foram comparados com os obtidos em provas fenotípicas convencionais e nos métodos genotípicos. Os pacientes com hemoculturas positivas para ECN foram acompanhados durante sua permanência no hospital com a coleta de seus dados clínicos dos prontuários. O sistema automatizado VITEK® 2 identificou corretamente 94,7% das amostras, os cartões YST e GN apresentaram 100% de identificações corretas das leveduras e dos bacilos Gram-negativos, respectivamente, ao passo que o GP identificou corretamente 92,6% dos cocos Gram-positivos. A sensibilidade apresentada pelo sistema VITEK® 2 e a análise estatística permitem concluir que esse equipamento é uma opção viável na rotina de laboratórios de microbiologia clínica para a identificação de micro-organismos. A análise multivariada para o desfecho óbito no estudo de coorte dos pacientes que apresentaram hemocultura positiva para ECN revelou associações positivas com AIDS e com hemocultura positiva para S. hominis, enquanto o uso de meropenem mostrou associação negativa. Na análise do desfecho múltiplas hemoculturas positivas para ECN, foi verificada associação positiva com pacientes em choque que necessitavam de droga vasoativa. Isso sugere que a gravidade da sepse (choque) é um preditor da significância clínica de ECN com o isolamento em mais de uma hemocultura, um dos critérios mais utilizados para valorização clínica desses micro-organismos quando isolados da corrente sanguínea. A análise da curva de sobrevida dos pacientes incluídos na coorte revelou que pacientes com hemocultura positiva para a espécie S. hominis apresentaram menor sobrevida quando comparados com pacientes com hemoculturas para outras espécies de ECN, indicando a importância dessa espécie na gravidade das infecções da corrente sanguínea. / The rapid and accurate identification of microorganisms which cause bloodstream infections is one of the major roles of the clinical microbiology laboratory. Aiming at reducing the time spent in identifying such microorganisms, several devices have been developed, including the VITEK® 2 system, which is routinely used in a number of clinical microbiology laboratories for identifying isolates from clinical specimens. A lot of microorganisms are isolated from blood cultures; bacteria belonging to the group of aerobic Gram-positive cocci are the main etiological agents of bloodstream infections, especially in patients kept in intensive care units (ICUs). The objectives of this study were to compare the performance of (manual and automated) species identification systems for microorganisms isolated from blood cultures by evaluating the performance of VITEK® 2 system and also to conduct a cohort study of patients who had blood cultures positive for Coagulase-negative staphylococci (CoNS) in order to address two outcomes: isolation of CoNS in more than one blood culture as opposed to a single blood culture and the factors associated with patient prognosis. Four hundred microorganisms isolated from blood cultures were identified: 5 Gram-positive bacilli, 15 yeasts, 165 Gram-negative bacilli, and 215 Gram-positive cocci. This identification was carried out by the VITEK® 2 system and the results were compared with those obtained from conventional phenotypic tests and genotypic methods. Patients with blood cultures positive for CoNS were followed during their stay in hospital with collecting the clinical data from their medical records. The automated VITEK® 2 system accurately identified 94.7% of the specimens. The YST and GN ID cards had 100% accurate identifications of the yeasts and the Gram-negative bacilli respectively, whereas the GP ID card accurately identified 92.6% of the Gram-positive cocci. The susceptibility of the VITEK® 2 system and the statistical analysis allow the conclusion that this instrument is a viable option in the routine of clinical microbiology laboratories for microorganism identification. The multivariate analysis for death as the outcome in the cohort study of patients with CoNS positive blood culture revealed positive associations with AIDS and with blood culture positive for S. hominis, while the use of meropenem showed a negative association. In analyzing the outcome of multiple blood cultures positive for CoNS, a positive association was observed in patients with shock (requiring vasoactive drugs). It suggests that the sepsis (shock) severity is a predictor of CoNS clinical significance with the isolation in more than one blood culture, which is one of the most commonly used criteria for clinical recovery of the microorganisms when isolated from the bloodstream. The analysis of the survival curve of patients included in the cohort revealed that patients with blood cultures positive for S. hominis species showed lower survival compared to patients with blood cultures for other species of CoNS, which indicates the importance of this species in the severity of bloodstream infections. / FAPESP: 2012/15366-8

Orientador: Maria de Lourdes Ribeiro de Souza Cunha / Resumo: A rápida e precisa identificação de micro-organismos causadores de infecções da corrente sanguínea é uma das funções mais importantes do laboratório de microbiologia clínica. Com o objetivo de diminuir o tempo gasto para se identificar esses micro-organismos, vários equipamentos foram desenvolvidos, entre eles o sistema VITEK® 2, usado na rotina de diversos laboratórios de microbiologia clínica para a identificação de isolados de amostras clínicas. Inúmeros micro-organismos são isolados de hemoculturas e as bactérias pertencentes ao grupo dos cocos Gram-positivos aeróbios são os principais agentes etiológicos das infecções de correntes sanguíneas, principalmente em pacientes mantidos em unidades de terapia intensiva (UTIs). Este trabalho comparou sistemas de identificação de espécies de micro-organismos isolados a partir de hemoculturas e acompanhou os pacientes com hemoculturas positivas para Estafilococos coagulase-negativa (ECN). A partir dessas hemoculturas positivas coletadas de 216 pacientes foram isolados e identificados 400 microorganismos, dentre eles 5 bacilos Gram-positivos, 15 leveduras, 165 bacilos Gram-negativos e 215 cocos Gram-positivos. Essa identificação foi realizada pelo sistema VITEK® 2 e os resultados foram comparados com os obtidos em provas fenotípicas convencionais e nos métodos genotípicos. Os pacientes com hemoculturas positivas para ECN foram acompanhados durante sua permanência no hospital com a coleta de seus dados clínicos dos prontuários. O sis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-04Bitstream added on 2014-06-13T20:09:26Z : No. of bitstreams: 1 gattijunior_p_me_jabo.pdf: 375413 bytes, checksum: 84c43699cec0d037bc0f63dba9fc7f0c (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste trabalho foi avaliar os riscos para a saúde pública apresentado por tilápias, produzidas em cativeiro, comercializadas em supermercados na região nordeste de São Paulo. Para tal, análises microbiológicas foram realizadas, em 40 amostras de tilápias in natura e em 50 filés de tilápias. No peixe in natura foi analisado a água de enxaguadura da pele e o trato gastrintestinal. Os números mais prováveis de coliformes totais e termotolerantes foram determinados assim como a contagem Staphylococcus coagulase positivo e a presença de Salmonella spp. de acordo com a American Public Health Association (APHA). Os resultados obtidos foram analisados utilizando valores logarítmicos e as médias comparadas pelo teste de Tukey, com nível de 5% de probabilidade. A pele foi o tecido com maior nível de contaminação em relação ao trato gastrintestinal e músculo de tilápia in natura. O número de amostras com presença de coliformes totais e termotolerantes na água de enxaguadura da pele foi, respectivamente, 72,5% e 60%, no trato gastrintestinal 25% e 12,5% e no músculo 17,5% e 5%. A carga bacteriana foi significativamente maior no filé em relação ao músculo. Em duas amostras de filé foram verificados Staphylococcus coagulase positivo, uma acima dos parâmetros microbiológicos estabelecidos pela Resolução RDC nº 12/2001 da ANVISA. Salmonella spp. não foi detectada em nenhuma amostra analisada. As amostras de peixes estavam em boas condições para consumo, com exceção de duas amostras de filé. Os filés apresentaram maior contaminação que o músculo da tilápia in natura. Indicadores de poluição fecal demonstraram que a pele foi o órgão com maior contaminação / The objective of this work was to evaluate the risks to public health of consumption of tilápia fish growed in captivity and commercialised in supermarkets in the Northwest region of São Paulo state. In order to accomplish with the objective the researcher undertook analysis in 40 samples of fresh tilápias and in 50 fillets of the fish. In the fresh fish it was also analysed the washing water of the skin and of the gastrointestinal tract. It were determined, in accordance to the American Public Health Association (APHA), the number of total and thermotolerant fecal coliforms as well as the number of coagulase-positive Staphylococcus and presence of the bacteria Salmonella spp. The results were analyzed using logarithmic values and means compared by Tukey test with 5% of probability. The skin was the tissue with higher levels of contamination comparing with the gastrointestinal tract and muscle of the fresh tilapia. The percentage of samples with total and thermotolerant fecal coliforms in the skin washing water was 72.5% and 60% respectively; 25% and 12.5% in the gastrointestinal tract and 17.5% and 5% in the muscles. Bacterial presence was significantly higher in fillets comparing to muscles. Moreover, it was noticed presence of coagulase-positive Staphylococcus in two samples of fillet; one of them showed levels above of the microbiological parameters established by the RDC resolution no. 12/2001 ANVISA. Additionally, it was not identified presence of Salmonella spp in any of the samples analyzed. Generally, the studied samples were in good condition for human consumption, except for two samples of fillets. Fillets presented higher levels of contamination comparing with muscles of the fresh tilapia. Fecal pollution indicators have proved that the skin was the organ with higher levels of contamination

Vancomicina é o antimicrobiano de escolha no tratamento de bacteremias causadas por estafilococos resistentes à meticilina. No entanto, estudos recentes têm reportado que a vancomicina apresenta atividade reduzida contra Staphylococcus aureus resistentes à meticilina com concentrações inibitórias mínimas (CIMs) próximas do limite do ponto de corte de suscetibilidade, conforme critérios do CLSI, indicando falha terapêutica. Entretanto, existem poucos estudos à respeito dos Staphylococcus sp. coagulase negativa resistentes à meticilina (SCoNRM). Ademais, para determinação da CIM, deveria ser utilizado o método de referência microdiluição em caldo (MDC), mas a maioria dos laboratórios clínicos utiliza a técnica de Etest ou sistemas automatizados. Alguns estudos com S. aureus demonstraram discrepâncias entre MDC e Etest, contudo não existem dados referentes aos SCoN. Os objetivos deste estudo foram avaliar a correlação entre as CIMs de vancomicina determinadas pelas técnicas de MDC e Etest em 130 SCoNRM isolados de hemocultura, bem como verificar a relação entre valores de CIM e falha terapêutica entre pacientes com bacteremia por SCoNRM tratados com este antimicrobiano. A maioria dos resultados de CIM por MDC (98,5%) foram ≤1,0 mg/mL, enquanto o Etest apresentou 72,3% de CIM ≥ 1,5 mg/mL. As CIMs de vancomicina obtidas por Etest foram, em geral, uma a duas diluições maiores do que as CIMs obtidas por MDC. Os resultados indicam que a técnica de Etest gera valores de CIM consistentemente maiores do que os obtidos por MDC nos SCoNRM. Apenas 37 (28,5%) dos 130 pacientes com hemocultura positiva para SCoNRM apresentaram dados clínicos compatíveis com bacteremia. A maioria dos pacientes com bacteremia comprovada (n=24) apresentaram CIMs de vancomicina ≥1,5 mg/mL, sendo que 13 pacientes (35,1%) obtiveram CIM < 1,5 mg/mL. Este estudo não observou relação estatisticamente significativa entre valores de CIM de vancomicina que pudessem ser associados com falha terapêutica em pacientes com bacteremia por SCoNRM. / Vancomycin is the first-line therapy for methicillin-resistant staphylococci bacteremia. However, recent studies have reported that vancomycin demonstrates reduced activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus bacteremia, with vancomycin MICs at the high end of the CLSI susceptibility range indicating treatment failure. There is, however, little data considering methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci (MRCoNS) bacteremia. Besides, the reference method that should be used for MIC determination is the broth microdilution (BMD), but many clinical laboratories use the commercial Etest technique or automated systems. Some reports have showed a growing number of vancomycin MIC discrepancies between BMD and Etest method for S. aureus, but there are no studies about CoNS. The aims of this study were to evaluated the correlation between the vancomycin MIC determined by the Etest and the BMD method for a total of 130 MRCoNS bloodstream isolates as well as to examine the relationship between vancomycin MICs and failure among patients with MRCoNS bacteremia treated with vancomycin. The vast majority (98.5%) of MIC results by BMD were ≤1.0 mg/mL in contrast to MIC by Etest which majority (72.3%) was ≥1.5 mg/mL. The vancomycin MICs obtained by the Etest for the same isolates were, in general, one to twofold higher than those obtained by the BMD method. The results indicate that the Etest provides vancomycin MIC values consistently higher than those obtained by BMD method for MRCoNS. Only 37 (28.5%) out of the 130 patients with a positive MRCoNS bloodstream culture met the eligibility criteria to be considered bacteremic. The majority of these patients (n = 24, 64.9%) presented vancomycin MIC ≥ 1.5 mg/mL, in opposite to 13 patients (35.1%) with MIC < 1.5 mg/mL. This study did not observe any statistical significative relationship between vancomycin MIC and treatment failure.

Nas últimas décadas, os Staphylococcus coagulase-negativo, têm sido considerados como patógenos verdadeiros, sendo um dos principais grupos bacterianos responsáveis pelas infecções relacionadas a assistência a saúde (IRAS). O presente estudo teve como objetivo geral: avaliação da relação entre a resistência a oxacilina e a produção de biofilme de amostras Staphylococcus coagulase-negativo de origem comunitária e hospitalar. Neste sentido, foram desenvolvidos os seguintes objetivos específico: identificar ao nível de espécie os Staphylococcus coagulase-negativo; analisar por técnica fenotípica (Ágar vermelho do Congo) a produção de slime; avaliar quantitativamente, a produção de biofilme; correlacionar a produção de polissacarídeos extracelulares (slime) com a produção de biofilme; avaliar a relação da resistência a oxacilina como indicador da presença do gene mecA; avaliar a relação entre a concentração inibitória mínima e a concentração bactericida mínima para oxacilina; pesquisar a presença dos genes mecA, icaAD e atlE, pela técnica de PCR. Foi estudado um total de 150 amostras, sendo 50 isoladas de fômites, 50 isoladas de sangue e 50 isoladas de comunidade. Independente da origem, foram identificadas 14 espécies de Staphylococcus coagulase-negativo, sendo mais frequentes S. epidermidis 42,6%, S. haemolyticus 13,3% e S. cohnii cohnii 10,7%. A análise geral da expressão fenotípica de slime mostrou que 64% das amostras avaliadas eram produtoras de slime. Das 150 amostras testadas neste estudo, 95,3% foram produtoras de biofilme. Ao considerarmos a análise da quantificação do biofilme em relação às origens das amostras estudadas não encontramos diferenças significativas e a maioria das amostras foi considerada moderadamente produtora de biofilme. O gene mecA foi detectado em 6 amostras comunitárias, 34 amostras de fômites e 34 amostras de sangue. Não houve diferença significativa entre as amostras de fômites e sangue. Porém, houve diferença significativa entre as amostras de origem comunitária e as de origem hospitalar - fômites e sangue (p < 0,0001). Ao compararmos as três origens de isolamento quanto a presença do gene atlE observamos que houve diferença significativa (p = 0,0012) entre elas. Sendo, as amostras isoladas de sangue, as que apresentaram maior número de amostras que possuíam o gene atlE (n = 18). Das 150 amostras testadas observamos a presença do gene icaAD em 46% amostras comunitárias, 56% amostras de fômites e 60% amostras de sangue, não encontramos diferença significativa (p = 0,5750). Observamos uma correlação entre a resistência a oxacilina e a produção de slime, pois as amostras de origem hospitalar (fômites e sangue) apresentaram altos níveis de resistência a oxacilina e em sua grande maioria foram produtoras de slime. A espécie S. epidermidis foi a mais isolada e deve-se ressaltar que, quando comparada com as outras espécies, apresentou altos níveis de resistência a oxacilina, sendo a maioria produtora de slime e biofilme. / In recent decades, coagulase-negative Stapphylococci have been considered as true pathogen, one of the major bacterial groups responsible for hospital infection. The present study aimed to: assess the relationship between oxacillin resistance and biofilm production samples coagulase-negative Stapphylococci of community and hospital. In this sense, we have developed the following specific objectives: to identify to species level coagulase-negative Staphylococci; analyze by phenotypic test (Congo red Agar) slime production, evaluate quantitatively the biofilm production; correlate the production of extracellular polysaccharides (slime) with biofilm production; evaluate the relationship of resistance to oxacillin as an indicator of the presence of the mecA gene; evaluate the relationship between minimal inhibitory concentration and minimum bactericidal concentration for oxacillin; investigate the presence of the mecA gene, atlE and icaAD, by PCR. We studied a total of 150 samples, 50 were isolated from fomites, 50 from community and 50 isolated from blood. Regardless of origin, 14 species of coagulase-negative Stapphylococci were identified , being more frequent 42.6% S.epidermidis, 13.3% S. haemolyticus and 10.7% S. cohnii cohnii. A general analysis of the phenotypic expression of slime showed that 64% of the samples were slime producers. Of the 150 samples tested in this study, 95.3% produced biofilm. When we consider the analysis of quantification of biofilm in relation to the origins of the samples studied we did not find significant differences and most of the samples were considered moderately biofilm producers. The mecA gene was detected in 6 community samples, 34 samples of fomites and 34 blood samples. There was no significant difference between the samples of blood and fomites. However, there was significant differences between the samples from the community and nosocomial - fomites and blood (p <0.0001). Comparing the three origins insulation as the presence of the gene atlE we observed a significant difference (p = 0.0012) between them. Being the isolated blood samples which showed the highest number of samples that had the gene atlE (n = 18). From the 150 tested samples we observed the presence of the gene icaAD 46% in community samples, 56% samples from fomites and 60% of blood samples, we found no significant difference (p = 0.5750). We observed a correlation between oxacillin resistance and slime production, because the nosocomial (fomites and blood) samples showed high levels of resistance to oxacillin and mostly were slime producers. The species S. epidermidis were the most isolated and it should be noted that, compared with other species, it showed high levels of resistance to oxacillin, mostly producing slime and biofilm.

Submitted by THAYSSA DUARTE COSTA null (thayssadc@uol.com.br) on 2016-03-14T20:30:14Z No. of bitstreams: 1 definitivo.pdf: 1376505 bytes, checksum: 3ea1cff27dcacca6fb6d638b154c38c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-03-15T13:25:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_td_me_jabo.pdf: 1376505 bytes, checksum: 3ea1cff27dcacca6fb6d638b154c38c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-15T13:25:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_td_me_jabo.pdf: 1376505 bytes, checksum: 3ea1cff27dcacca6fb6d638b154c38c1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A criação racional de peixes desempenha um importante papel na economia brasileira e a existência de áreas de lazer para a população acaba promovendo a pesca como uma atividade esportiva, recreativa ou de caráter cultural para a região. Porém, as negligências sanitárias nos pesque-pague aumenta a possibilidade de veiculação de doenças transmitidas pela ingestão desses peixes. Há ainda a preocupação quanto aos antimicrobianos, pois o uso indiscriminado e/ou errôneo destes favorece a seleção de micro-organismos resistentes. Com base nos fatos mencionados o presente estudo teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica e verificar o perfil de sensibilidade antimicrobiana dos isolados de tilápia (Oreochromis spp.) oriundas de pesqueiros da microrregião centro-leste do Estado de São Paulo, Brasil. Para tanto, verificou-se o atendimento as exigências microbiológicas da legislação vigente - RDC n°12/ANVISA - para pescado fresco (peixe inteiro e filés), além da enumeração de coliformes termotolerantes e verificação da presença de Listeria spp., bem como avaliar a sensibilidade antimicrobiana dos isolados. Foram realizadas nove colheitas, quinzenalmente, em dois pesque-pague (Azul e Vermelho) e após o abate e filetagem no próprio estabelecimento, os 18 peixes inteiros e os 18 filés foram transportados para o laboratório para análises, durante o período de setembro/2014 a fevereiro/2015. Os resultados mostraram que, de acordo com a legislação vigente, apenas 11 (30,55%) amostras atendem ao estabelecido, sendo as amostras de filé apenas 4 (22,23%) obtidas do pesque-pague Azul e 3 (16,67%) do Vermelho seriam consideradas próprias para o consumo; já para amostras de peixe inteiro, nenhuma do pesque pague Azul estava apta para o consumo e do pesque-pague Vermelho 4 (22,23%) estariam aptas. O número mais provável de coliformes termotolerantes variou de <0,3x10(0) a 1,1x10(3) NMP.g(-1) nos filés e 0,9x10(0) a >1,1x10(3) NMP.mL(-1) nos peixes inteiros. Foram encontrados nas amostras 13 (36,12%) isolados de Listeria spp., sendo 6 (46,15%) dos filés e 7 (53,85%) dos peixes inteiros; e a confirmação da presença de Listeria monocytogenes ocorreu em 2 (15,38%) filés e 3 (23,07%) peixes inteiros. Dos cinco antibióticos testados em comum com o grupo de isolados estudados, a ciprofloxacina e a gentamicina se destacaram no controle dos Gram-negativos, enquanto que a ciprofloxacina, o florfenicol e a tetraciclina se destacaram nos Gram-positivos. Os dados levantados servem de alerta às autoridades, visto que houve a presença de micro-organismos cotados pela legislação e presença de patógenos nas amostras, além de resistência a antimicrobianos usados tanto na veterinária quanto na medicina humana, demonstrando necessidade de fiscalização nos locais. / The creation of fish plays an important role in the brazilian economy and the existence of recreational areas for the population ends up promoting fishing as a sport activity, recreational or cultural character to the region. However, health oversights in fish-pay increases the possibility of airing of diseases transmitted by ingestion of these fish. On the basis of the facts mentioned, this study aimed to assess the microbiological quality and check the profile of antimicrobial sensitivity of isolated from tilapia (Oreochromis spp.) from fishing grounds of east-central microregion of the State of São Paulo in Brazil. For both, it was found the microbiological requirements of care legislation - RDC n° 12 ANVISA - for fresh fish (whole fish and fillets), in addition to the enumeration of coliforms termotolerantes and checking for the presence of Listeria spp., as well as assess the antimicrobial sensitivity of isolated. Nine crops were held, biweekly, in two fish-pay (Blue and Red) and after slaughter and filleting at the establishment, the 18 whole fish and fillets 18 were transported to the laboratory for analysis during the period of setembro/2014 since fevereiro/2015. The results showed that, in accordance with the current legislation, only 11 (30.55%) samples meet the established, being the only fillet samples 4 (22.23%) obtained from Blue fish-pay and 3 (16.67%) of Red would be considered fit for consumption; to whole fish samples, none of the net pay was fit for consumption Blue and the Red fish-pay 4 (22.23%) would be suitable. The most probable number of coliform termotolerantes ranged from <0,3x10(0) to 1,1x10(3) MNP.g(-1) in fillets and 0,9x10(0) to >1,1x10(3) NMP.mL(-1) in the whole fish. Were found in samples 13 (36.12%) isolates of Listeria spp., being 6 (46.15%) of fillets and 7 (53.85%) of whole fish; and the confirmation of the presence of Listeria monocytogenes occurred in 2 (15.38%) fillets and whole fish 3 (23.07%). Of the five antibiotics tested in common with the group of isolates studied, ciprofloxacin and gentamicin stood out in the control of Gram-negative, while the ciprofloxacin, florfenicol and tetracycline have excelled in Gram-positives. The data collected serve to alert the authorities, since the presence of micro-organisms listed by the law, and the presence of pathogens in samples, in addition to antimicrobial resistance used in veterinary medicine as in human medicine, demonstrating the need for monitoring in places.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-09Bitstream added on 2014-06-13T18:08:11Z : No. of bitstreams: 1 lorenzon_cs_me_jabo.pdf: 230149 bytes, checksum: d9f1485e99a4471e89d6e1d273b98a86 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo deste trabalho foi determinar o número de coliformes totais, termotolerantes, Staphylococcus coagulase positivo e a presença de bactéria do gênero Salmonella no músculo, no tecido superficial, no trato gastrintestinal de peixes e na água de cultivo de pesque-pagues situados na microbacia do Córrego Rico, região nordeste do estado de São Paulo. Não foi detectado Staphylococcus coagulase positivo em nenhuma amostra de água e peixe. Na contagem de Staphylococcus sp. a água de enxaguadura da pele apresentou números que variam de 1,0 x 102 a 3,3 x 105 UFC.mL-1; no músculo de 1,0 X 102 a 6,7 x 103 UFC.g-1; no trato gastrintestinal de 1,0 x 103 a 2,9 x 105 UFC.g-\ e na água de cultivo de < 20 a 3,3 x 102 UFC.mL-1. O número mais provável (NMP) de coliformes totais na pele variou de 1,5 x 103 a > 1,1 x 104 NMP.100mL-1; no músculo variou de 2,0 x 10 a> 1,1 x 103 NMP.g-1; no trato gastrintestinal variou de 2,6 x 103 a> 1,1 x 104 NMP.g-1; e na água de cultivo variou de 4,2 x 104 a> 2,4 x 105 NMP.100mL-1. Para coliformes termotolerantes a água de enxaguadura da pele variou de < 3,0 x 10 a 1,4 x 103 NMP.IOOmL-1; no músculo variou de < 3 a 6 NMP.g-1; no trato gastrintestinal variou de 1,2 X 103 a 5,1 x 103 NMP.g-1; e na água de cultivo variou de 3,8 x 102 a 2,0 x 104 NMP.100mL-1. Não houve diferença estatística (P>0,05) entre as populações de microrganismos pesquisados na água, pele e trato gastrintestinal o que reflete a relação direta entre a presença dos microrganismos na água e nesses dois locais analisados. No que se refere à musculatura verifica-se que existe diferença (P<0,05) entre a população de microrganismos na água e na musculatura, sendo na musculatura sempre menor. Foi isolada Salmonella sp. em uma amostra de músculo e em duas amostras de trato gastrintestinal. O pescado pode ser veículo de contaminação cruzada, tendo como... / The aim of this work was to determine the number of total coliforms, thermotolerant, Staphylococcus coagulase positive and the presence of bacteria of the genus Salmonella in the muscle, in the surface tissue, in the gastrointestinal tract of fish and pond water of fee- fishing located in Cón-ego Rico microwatershed, northeast region of São Paulo state. Staphylococcus coagulase positive was not detected in any sample of pond water and fish. In the Staphylococcus sp. counts the surface tis sue ranged from 1,0 x 102 to 3,3 X 105 UFC.mL-1; in the musc1e from 1,0 x 102 to 6,7 x 103 UFC.g-1; in the gastrointestinal tract of fish from 1,0 x 103 to 2,9 X 105 UFC.g-1; and in pond water from < 20 to 3,3 X 102 UFC.mL¬1. The most probable number (NMP) of total coliforms in the surface tissue ranged from 1,5 x 103 to > 1,1 X 104 NMP.100mL-1; in the muscle from 2,0 x 10 to > 1,1 X 103 NMP.g-1; in the gastrointestinal tract offish from de 2,6 x 103 to> 1,1 X 104 NMP.g-1; and in pond water from 4,2 x 104 to > 2,4 X 105 NMP.1 00mL-1 . In thermotolerant coliforms the surface tissue ranged from < 3,0 x 10 to 1,4 X 103 NMP.100mL-1; in the musc1e from < 3 to 6 NMP.g-1; in the gastrointestinal tract of fish from de 1,2 x 103 to 5,1 X 103 NMP.g-1; and in pond water from 3,8 x 102 to 2,0 X 104 NMP.100mL-1. There was no statistical difference (P>0,05) among the studied populations of microorganisms in water, skin and gastrointestinal tract that reflects the relationship between the presence of microorganisms in water and in these two tissues analyzed. Conceming the musc1e there is difference (P<0,05) among the population of microorganisms in water and muscle, in which muscles were always smaller. Salmonella sp. was isolated in a sample of muscle and in two samples of gastrointestinal tract. The fish ean be a vehic1e of cross contamination, and the gastrointestinal tract and skin as a source of microorganisms... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Laudicéia Giacometti Lopes / Banca: Maria da Glória Buzinaro / Resumo: O objetivo deste trabalho foi determinar o número de coliformes totais, termotolerantes, Staphylococcus coagulase positivo e a presença de bactéria do gênero Salmonella no músculo, no tecido superficial, no trato gastrintestinal de peixes e na água de cultivo de pesque-pagues situados na microbacia do Córrego Rico, região nordeste do estado de São Paulo. Não foi detectado Staphylococcus coagulase positivo em nenhuma amostra de água e peixe. Na contagem de Staphylococcus sp. a água de enxaguadura da pele apresentou números que variam de 1,0 x 102 a 3,3 x 105 UFC.mL-1; no músculo de 1,0 X 102 a 6,7 x 103 UFC.g-1; no trato gastrintestinal de 1,0 x 103 a 2,9 x 105 UFC.g-\ e na água de cultivo de < 20 a 3,3 x 102 UFC.mL-1. O número mais provável (NMP) de coliformes totais na pele variou de 1,5 x 103 a > 1,1 x 104 NMP.100mL-1; no músculo variou de 2,0 x 10 a> 1,1 x 103 NMP.g-1; no trato gastrintestinal variou de 2,6 x 103 a> 1,1 x 104 NMP.g-1; e na água de cultivo variou de 4,2 x 104 a> 2,4 x 105 NMP.100mL-1. Para coliformes termotolerantes a água de enxaguadura da pele variou de < 3,0 x 10 a 1,4 x 103 NMP.IOOmL-1; no músculo variou de < 3 a 6 NMP.g-1; no trato gastrintestinal variou de 1,2 X 103 a 5,1 x 103 NMP.g-1; e na água de cultivo variou de 3,8 x 102 a 2,0 x 104 NMP.100mL-1. Não houve diferença estatística (P>0,05) entre as populações de microrganismos pesquisados na água, pele e trato gastrintestinal o que reflete a relação direta entre a presença dos microrganismos na água e nesses dois locais analisados. No que se refere à musculatura verifica-se que existe diferença (P<0,05) entre a população de microrganismos na água e na musculatura, sendo na musculatura sempre menor. Foi isolada Salmonella sp. em uma amostra de músculo e em duas amostras de trato gastrintestinal. O pescado pode ser veículo de contaminação cruzada, tendo como... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this work was to determine the number of total coliforms, thermotolerant, Staphylococcus coagulase positive and the presence of bacteria of the genus Salmonella in the muscle, in the surface tissue, in the gastrointestinal tract of fish and pond water of fee- fishing located in Cón-ego Rico microwatershed, northeast region of São Paulo state. Staphylococcus coagulase positive was not detected in any sample of pond water and fish. In the Staphylococcus sp. counts the surface tis sue ranged from 1,0 x 102 to 3,3 X 105 UFC.mL-1; in the musc1e from 1,0 x 102 to 6,7 x 103 UFC.g-1; in the gastrointestinal tract of fish from 1,0 x 103 to 2,9 X 105 UFC.g-1; and in pond water from < 20 to 3,3 X 102 UFC.mL¬1. The most probable number (NMP) of total coliforms in the surface tissue ranged from 1,5 x 103 to > 1,1 X 104 NMP.100mL-1; in the muscle from 2,0 x 10 to > 1,1 X 103 NMP.g-1; in the gastrointestinal tract offish from de 2,6 x 103 to> 1,1 X 104 NMP.g-1; and in pond water from 4,2 x 104 to > 2,4 X 105 NMP.1 00mL-1 . In thermotolerant coliforms the surface tissue ranged from < 3,0 x 10 to 1,4 X 103 NMP.100mL-1; in the musc1e from < 3 to 6 NMP.g-1; in the gastrointestinal tract of fish from de 1,2 x 103 to 5,1 X 103 NMP.g-1; and in pond water from 3,8 x 102 to 2,0 X 104 NMP.100mL-1. There was no statistical difference (P>0,05) among the studied populations of microorganisms in water, skin and gastrointestinal tract that reflects the relationship between the presence of microorganisms in water and in these two tissues analyzed. Conceming the musc1e there is difference (P<0,05) among the population of microorganisms in water and muscle, in which muscles were always smaller. Salmonella sp. was isolated in a sample of muscle and in two samples of gastrointestinal tract. The fish ean be a vehic1e of cross contamination, and the gastrointestinal tract and skin as a source of microorganisms... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Nas últimas décadas, os Staphylococcus coagulase-negativo, têm sido considerados como patógenos verdadeiros, sendo um dos principais grupos bacterianos responsáveis pelas infecções relacionadas a assistência a saúde (IRAS). O presente estudo teve como objetivo geral: avaliação da relação entre a resistência a oxacilina e a produção de biofilme de amostras Staphylococcus coagulase-negativo de origem comunitária e hospitalar. Neste sentido, foram desenvolvidos os seguintes objetivos específico: identificar ao nível de espécie os Staphylococcus coagulase-negativo; analisar por técnica fenotípica (Ágar vermelho do Congo) a produção de slime; avaliar quantitativamente, a produção de biofilme; correlacionar a produção de polissacarídeos extracelulares (slime) com a produção de biofilme; avaliar a relação da resistência a oxacilina como indicador da presença do gene mecA; avaliar a relação entre a concentração inibitória mínima e a concentração bactericida mínima para oxacilina; pesquisar a presença dos genes mecA, icaAD e atlE, pela técnica de PCR. Foi estudado um total de 150 amostras, sendo 50 isoladas de fômites, 50 isoladas de sangue e 50 isoladas de comunidade. Independente da origem, foram identificadas 14 espécies de Staphylococcus coagulase-negativo, sendo mais frequentes S. epidermidis 42,6%, S. haemolyticus 13,3% e S. cohnii cohnii 10,7%. A análise geral da expressão fenotípica de slime mostrou que 64% das amostras avaliadas eram produtoras de slime. Das 150 amostras testadas neste estudo, 95,3% foram produtoras de biofilme. Ao considerarmos a análise da quantificação do biofilme em relação às origens das amostras estudadas não encontramos diferenças significativas e a maioria das amostras foi considerada moderadamente produtora de biofilme. O gene mecA foi detectado em 6 amostras comunitárias, 34 amostras de fômites e 34 amostras de sangue. Não houve diferença significativa entre as amostras de fômites e sangue. Porém, houve diferença significativa entre as amostras de origem comunitária e as de origem hospitalar - fômites e sangue (p < 0,0001). Ao compararmos as três origens de isolamento quanto a presença do gene atlE observamos que houve diferença significativa (p = 0,0012) entre elas. Sendo, as amostras isoladas de sangue, as que apresentaram maior número de amostras que possuíam o gene atlE (n = 18). Das 150 amostras testadas observamos a presença do gene icaAD em 46% amostras comunitárias, 56% amostras de fômites e 60% amostras de sangue, não encontramos diferença significativa (p = 0,5750). Observamos uma correlação entre a resistência a oxacilina e a produção de slime, pois as amostras de origem hospitalar (fômites e sangue) apresentaram altos níveis de resistência a oxacilina e em sua grande maioria foram produtoras de slime. A espécie S. epidermidis foi a mais isolada e deve-se ressaltar que, quando comparada com as outras espécies, apresentou altos níveis de resistência a oxacilina, sendo a maioria produtora de slime e biofilme. / In recent decades, coagulase-negative Stapphylococci have been considered as true pathogen, one of the major bacterial groups responsible for hospital infection. The present study aimed to: assess the relationship between oxacillin resistance and biofilm production samples coagulase-negative Stapphylococci of community and hospital. In this sense, we have developed the following specific objectives: to identify to species level coagulase-negative Staphylococci; analyze by phenotypic test (Congo red Agar) slime production, evaluate quantitatively the biofilm production; correlate the production of extracellular polysaccharides (slime) with biofilm production; evaluate the relationship of resistance to oxacillin as an indicator of the presence of the mecA gene; evaluate the relationship between minimal inhibitory concentration and minimum bactericidal concentration for oxacillin; investigate the presence of the mecA gene, atlE and icaAD, by PCR. We studied a total of 150 samples, 50 were isolated from fomites, 50 from community and 50 isolated from blood. Regardless of origin, 14 species of coagulase-negative Stapphylococci were identified , being more frequent 42.6% S.epidermidis, 13.3% S. haemolyticus and 10.7% S. cohnii cohnii. A general analysis of the phenotypic expression of slime showed that 64% of the samples were slime producers. Of the 150 samples tested in this study, 95.3% produced biofilm. When we consider the analysis of quantification of biofilm in relation to the origins of the samples studied we did not find significant differences and most of the samples were considered moderately biofilm producers. The mecA gene was detected in 6 community samples, 34 samples of fomites and 34 blood samples. There was no significant difference between the samples of blood and fomites. However, there was significant differences between the samples from the community and nosocomial - fomites and blood (p <0.0001). Comparing the three origins insulation as the presence of the gene atlE we observed a significant difference (p = 0.0012) between them. Being the isolated blood samples which showed the highest number of samples that had the gene atlE (n = 18). From the 150 tested samples we observed the presence of the gene icaAD 46% in community samples, 56% samples from fomites and 60% of blood samples, we found no significant difference (p = 0.5750). We observed a correlation between oxacillin resistance and slime production, because the nosocomial (fomites and blood) samples showed high levels of resistance to oxacillin and mostly were slime producers. The species S. epidermidis were the most isolated and it should be noted that, compared with other species, it showed high levels of resistance to oxacillin, mostly producing slime and biofilm.