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Investigação da variação no número de cópias  genômicas (CNVs) em pacientes com anomalias congênitas e atraso de desenvolvimento neuropsicomotor (ADNPM) pela técnica de MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) / Investigation of the copy number variation (CNVs) in patients with congenital anomalies (CA) and mental retardation (MR) using the MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) technique

Roberta Lelis Dutra 04 September 2014 (has links)
INTRODUÇÃO: Os desequilíbrios genômicos constituem causa frequente de abortamento, anomalias congênitas (AC) e atraso de desenvolvimento neuropsicomotor (ADNPM). O aprimoramento de novas técnicas de diagnóstico citogenômico, como por exemplo, a MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) e a triagem ampla do DNA utilizando arrays, mostraram que a alteração no número normal de cópias genômicas (CNVs) influencia na patogenicidade dos fenótipos em diversas síndromes. OBJETIVOS: Com isso, os objetivos do presente estudo foram identificar CNVs em pacientes com MC e ADNPM utilizando a técnica de MLPA e, a partir dos resultados alterados, aplicar da técnica de array para a identificação de possíveis rearranjos complexos, além de associar as alterações moleculares encontradas com o fenótipo dos pacientes. MÉTODOS: Participaram do estudo 416 pacientes com MC e ADNPM. As amostras de DNA foram analisadas utilizando a técnica de MLPA com kits comerciais para as principais síndromes de microdeleções (P064) e regiões subteloméricas (P036 e P070). Dois kits de MLPA específicos para as regiões 7q11.23 (P029) e 22q11.2 (P250) também foram utilizados para complementar a identificação de CNVs atípicas. Entre os casos que apresentavam alterações pela técnica de MLPA, 15 pacientes foram submetidos à técnica de array, utilizando três diferentes plataformas: Agilent SurePrint G3 Genoma Humano microarray 180 K, HumanCytoSNP-12 BeadChip, CytoScan(TM) HD array 6.0 Affymetrix®. RESULTADOS: A análise molecular pela técnica de MLPA possibilitou a detecção de microdeleções e/ou microduplicações em 97 pacientes sendo que: em 46 pacientes foi possível encontrar alterações utilizando apenas o kit P064 (microdeleções), em 34 pacientes utilizando apenas os kits P036 e P070 (regiões subteloméricas) e em quatro pacientes só foi possível identificar a alteração utilizando outro kit de MLPA (P250), específico para alterações genômicas em 22q11.2. Rearranjos complexos, envolvendo mais de três cromossomos, foram observados em 10 pacientes. DISCUSSÃO: A MLPA permitiu detectar CNVs em 97/416 pacientes (23,3%), sendo uma técnica ideal para ser aplicada em pacientes com sinais fenotípicos inespecíficos. Algumas alterações genômicas encontradas estão relacionadas também com alterações específicas, como a presença de malformação cardíaca ou convulsões. E em outros casos a alta variabilidade fenotípica pode ser associada a um conjunto de CNVs consideradas patogênicas. Além disso, a inclusão de outra técnica de triagem, com maior cobertura do genoma permitiu detectar rearranjos complexos antes não observados mesmo em síndromes bem descritas como as síndromes de midrodeleções 7q11.23 e 22q11.2. CONCLUSÃO: A MLPA com kits combinados, por possuir maior abrangência de regiões detectadas e menor custo, é uma ferramenta valiosa para ser utilizada como um teste de triagem diagnóstica / INTRODUCTION: Genomic imbalances are the most common cause of miscarriage, congenital anomalies (CA) and mental retardation (MR). With the improvement of new cytogenomics diagnostic techniques, such as the MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) and the array techniques, it have been shown that changes in the normal gene copy number influence the pathogenic variability of phenotypes in different syndromes. AIMS: The aims of the present study were to identify CNVs in patients with CM and RM using the MLPA technique and, from the abnormalities results, to apply the array methodology for the identification of complex rearrangements. Furthermore, the study aimed to associate the alterations found by molecular techniques with the phenotype of patients. METHODS: 416 patients with CM and RM participated in the study. The samples were analysed by MLPA technique with commercial kits for the main microdeletion syndromes (P064) and subtelomeric regions (P036 and P070). Two more MLPA kits for specific regions 7q11.23 (P029) and 22q11.2 (P250) were used to confirm the altered results and to complement some results with the identification of atypical abnormalities. From the patients who presented abnormalities by MLPA technique, 15 underwent by microarray-based comparative genomic hybridization (CGH-array) technique, using three different platform: Agilent SurePrint G3 Human Genome microarray 180 kb, HumanCytoSNP -12 BeadChip, CytoScan(TM) HD ® and Affymetrix 6.0. RESULTS: The molecular analysis by MLPA technique allowed the detection of microdeletions and/or microduplications in 97 patients. In 46 patients it was possible to find genomic alteration using only MLPA kit P064 and in 34 patients using only the subtelomeric kits P036 and P070. For four patients it was only possible to identify the genomic abnormalities using another specific MLPA kit (P250), involving the 22q11.2 region. Complex rearrangements involving more than three chromosomes were detected in 10 patients. DISCUSSION: The MLPA technique was capable of detecting CNVs in 97/416 (23,3%) of patients, being an ideal technique to be applied in patients with non-specific signs phenotypic. Some genomic alterations found are, also related to specific changes, such as the presence of cardiac malformation or convulsions. In other cases, the high phenotypic variability may be associated to certain group of pathogenic CNVs. Moreover, the inclusion of additional screening method, with greater coverage, allowed the detection of complex rearrangements not seen before even in syndromes as well described microdeletions syndromes on 7q11.23 and 22q11.2 regions. CONCLUSION: The MLPA technique can be a valuable tool used as a molecular screening test, because it has greater coverage and lower cost of detected regions
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Avaliação tomográfica do acometimento das pequenas vias aéreas nas doenças intersticiais do pulmão / Tomographic evaluation of the small airways in the interstitial lung diseases

Marcelo Jorge Jacó Rocha 14 August 2007 (has links)
A patogênese da fibrose pulmonar idiopática (FPI), forma mais comum de pneumonia intersticial idiopática, não é bem conhecida. Os estudos histopatológicos evidenciam uma extensa lesão do epitélio alveolar com destruição intensa dos pneumócitos tipo e exposição e perda de integridade da membrana basal subjacente, impedindo a reepitelização e rendotelização alveolar, com conseqüente proliferação de fibroblastos e deposição de matriz extracelular. O fator etiológico responsável por essa resposta fibrosante ainda não é conhecido. Em doenças como a síndrome do desconforto respiratório agudo (SDRA) e a lesão pulmonar induzida pela ventilação mecânica, o papel da abertura e fechamento cíclicos das pequenas vias aéreas já está bem estabelecido. Esse estudo tem como objetivo avaliar a presença de colapso alveolar e de pequenas vias aéreas em pacientes com FPI através de tomografia computadorizada (TC) de tórax multislice. As tomografias foram realizadas em 3 diferentes momentos do ciclo respiratório - na capacidade pulmonar total (CPT), na capacidade residual funcional (CRF) e no volume residual (VR) - inicialmente em ar ambiente (O2 a 21%) e as duas últimas etapas, CRF e VR, foram repetidas após 10 minutos de ventilação com O2 a 100%. Admitimos que o surgimento de colapso alveolar após a manobra com O2 a 100% se deve ao fechamento das pequenas vias aéreas seguido de atelectasia de absorção. Foi utilizado o programa Osiris para análise quantitativa das densidades pulmonares e um programa em linguagem LabVIEW 6.0 para quantificação da massa de pulmão não aerado (colapsado) cuja densidade situa-se entre -100 e + 100 UH. A casuística foi composta por 18 pacientes com diagnóstico histológico e/ou clínico de FPI e 12 controles sem doença respiratória conhecida. Os indivíduos do grupo controle foram mais idosos (63 x 70 anos), não havendo diferença quanto à história de tabagismo. A atenuação média do parênquima pulmonar foi maior no grupo fibrose na CPT, CRF 21% e VR 21%. Quando analisamos a massa de pulmão não aerado, o grupo fibrose apresentou valores significativamente maiores do que o grupo controle em todos os volumes respiratórios avaliados em ar ambiente e após O2 a 100%. A avaliação da massa de pulmão não aerado no VR e na CRF após ventilação com O2 a 100%, em comparação com os mesmos volumes pulmonares em ar ambiente, mostrou aumento do colapso tanto em pacientes quanto em controles, não havendo diferença entre os grupos quando se comparou o aumento absoluto da massa de pulmão não aerado após essa manobra. Entretanto, no grupo de pacientes com FPI, houve aumento significativo da massa de pulmão não aerado à medida que se reduziram os volumes pulmonares em ar ambiente, alteração essa não encontrada no grupo controle. Podemos concluir que a ventilação com O2 a 100% causou colapso de vias aéreas tanto nos pacientes quanto no grupo controle. Nos pacientes com FPI, foi evidenciado colapso alveolar durante a ventilação em ar ambiente, colapso esse quase totalmente revertido (88%) após uma manobra de inspiração máxima até a CPT, o que demonstra seu potencial de reversibilidade / The pathogenesis of idiophatic pulmonary fibrosis (IPF), the most common form of idiopathic interstitial pneumonias, is not completely understood. It is related to a type I pneumocyte injury with loss of basement membrane integrity and failure of normal re-epithelialization and re-endothelialization leading to fibroblast proliferation and extra cellular matrix deposition. However, the etiology of this fibroproliferative response is unknown. In ARDS and ventilator-induced lung injury, it has been postulated that the pulmonary injury is caused by the cyclic opening and closing of collapsed airways. Our aim is to measure the collapsed areas of the lung (alveolar and small airways collapse) using a multislice computed tomography (CT) in a group of patients with IPF. They were submitted to a CT scan of the thorax in 5 different situations: at total lung capacity (TLC), functional residual capacity (FRC) and residual volume (RV) at 21% O2 as well as at FRC and RV after breathing 100% O2 for 10 minutes. We assumed that the gain in collapsed areas after 100% O2 corresponds to trapped areas with airways closure and absorption atelectasis. We employed the Osiris Software program to the quantitative analysis of CT attenuation of lung tissue and a program written in LabVIEW to measure the mass of nonaerated lung tissue (- 100 to +100 HU). Eighteen IPF patients and twelve controls without respiratory disease were studied. The control group was older than IPF group (70 x 63 years, respectively) and the smoking history was not different between both groups. The mean lung attenuation was higher in IPF patients at TLC, 21% FRC and 21% RV. When we analyzed the mass of nonaerated lung tissue, the IPF group showed significantly higher values in all respiratory maneuvers (TLC, FRC and RV) at 21% O2 and 100% O2. Both groups presented an increase in collapsed areas when exposed to 100% at RV and FRC and this increment was of similar magnitude. However, only IPF patients had an increase in the mass of nonaerated lung tissue when the lung volume was reduced from TLC to FRC and from FRC to RV during air breathing. We concluded that patients and controls had airways collapse after 100% O2 breathing. In contrast, only IPF patients demonstrated alveolar collapse during air breathing which was almost completed reversible after TLC maneuver
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Estudo da hidrolaparoscopia transvaginal com novo instrumental de acesso à cavidade pélvica / Transvaginal hydrolaparoscopy with a new instrument to access pelvic cavity

Carlos Henrique Fontana Vieira 22 October 2004 (has links)
INTRODUÇÃO: A hidrolaparoscopia transvaginal (HLT) é uma técnica de exploração das estruturas tubo-ovarianas em pacientes inférteis sem alteração pélvica determinada. O procedimento consiste no acesso via vaginal da cavidade pélvica com trocarte e introdução de óptica que é acoplada ao sistema de videodocumentação. O exame é realizado em ambulatório com anestesia local. A visibilização é conseguida graças a hidroflotação das estruturas pélvicas provocada pela instilação de soro fisiológico ou solução de lactatoringer. Trata-se de uma das técnicas vídeo-endoscópicas ginecológica mais recentes descrita na literatura, ainda em fase de estudos. Este método permite o diagnóstico de afecções da pelve posterior como, endometriose, cistos ovarianos, aderências, hidrossalpinge, miomas e estudo da tuba distal em pacientes laqueadas. O estudo desenvolvido tem por objetivo avaliar a técnica operatória em si, assim como os achados através deste método e a segurança e eficácia de um novo um novo instrumental, mais particularmente uma agulha de Veress modificada, desenvolvida especificamente para este procedimento. Este instrumental difere de outros utilizados e descritos na literatura por apresentar um dispositivo de segurança em sua base que tem por finalidade fixar a parte interna da ponta da agulha, oferecendo maior segurança ao adentrar-se às cegas na cavidade pélvica através do fórnice vaginal posterior. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Para realização do estudo selecionou-se 38 pacientes laqueadas que apresentavam desejo de gravidez. Foram excluídas pacientes que apresentassem outra afecção pélvica e aquelas cujos parceiros apresentavam espermograma alterado com indicação de fertilização in vitro. O procedimento foi realizado com a paciente em posição ginecológica. Após a anti-sepsia da vulva e vagina procedeu-se à infiltração de 2 ml de lidocaína com vasoconstritor em porção mediana do fórnice vaginal posterior aproximadamente 1,5 cm abaixo da inserção da parede vaginal na cérvice uterina. Depois disto puncionava-se através do local previamente anestesiado com a agulha, objeto deste estudo, já envolta por uma cânula similar a um trocarte, até transpassar-se a parede vaginal e obter-se acesso à cavidade pélvica. Introduzia-se 100 ml de soro fisiológico ou solução de lactato-ringer com lidocaína 2% sem vasoconstritor diluída em uma proporção de 1/100. Após remover a agulha introduzia-se através da cânula uma óptica de 2,9 mm com ângulo de 30º acoplada a um sistema de vídeodocumentação; confirmava-se o acesso ao interior da cavidade e prosseguia-se a instilação de líquido e inspeção da mesma. RESULTADOS: 1) Obteve-se acesso à cavidade pélvica em 36 (94,7%) das pacientes. 2) A quantidade de líquido utilizada variou de 300 a 1500 ml. 3) O escore médio de dor foi de 2,3 na escala visual analógica de dor. O escore médio nas pacientes nas quais se utilizou quantidades 600ml foi de 2,7 e 1,7 respectivamente. 4) Os achados mais comuns durante o procedimento foram de aderências pélvicas velamentosas, além de hidrossalpinge e salpingectomia distal em alguns casos. 5) Não houve qualquer complicação nos 38 casos estudados. CONCLUSÕES: 1) O novo instrumental de hidrolaparoscopia transvaginal (agulhas de Veress modificada) é eficaz em acessar a cavidade pélvica, é seguro e de fácil manuseio. 2) A hidrolaparoscopia transvaginal é um método realizável em âmbito ambulatorial, reprodutível, bem tolerado, de baixo custo e com boa capacidade diagnóstica / INTRODUCTION: Transvaginal hydrolaparoscopy (THL) is a technique for pelvic exploration in patients without pelvic pathology. The procedure consists of accessing the pelvic cavity with a trocar and introduction of an optic coupled to a videodocumentation system. The exam is performed in outpatient under local anesthesia. Visualization is achieved through hydroflotation of the pelvis\'s structures, following instillation of saline or Ringer\'s lactate solution. It is one of the most recently described gynecological videoendoscopic techniques in the literature and still in trial phase. This method enables the diagnosis of alterations in the posterior pelvis, such as endometriosis; ovarian cysts; adhesions; hydrosalpinx; myomas; and evaluation of the distal tube in patient with tubal ligation. The objective of the study was to evaluate the technique itself, as well as the findings using this method and the efficiency of the new instrument, in particular the modified Veress needle that has been developed specifically for this procedure. This instrument differs from others described in the literature because it has a safety device in its base designed to fix the inner part of needle\'s tip, thereby offering greater safety during blind insertion into the pelvic cavity through the posterior fornix. MATERIAL AND METHODS: A total of 38 patients with tubal ligation were selected that had expressed the desire to become pregnant. Patients with other pelvic alteration and whose partner presented abnormal semen analisys with indication for in vitro fertilization were excluded. The procedure was performed in gynecologic position. After antisepsis of the vulva and vagina, 2 ml of lidocaine with adrenaline was perfomed of posterior fornix at midline, approximately 1.5 cm below the insertion of the vaginal wall in the uterine cervix. After this, the Veress needle previously covered with a cannula that is similar a trocar, was inserted through the anesthetized area until it reached the pelvic cavity. A hundred milliliter of saline or Ringer\'s lactate solution with 2% lidocaine, without adrenaline and diluted to 1:100 was introduced. After removal of the Veress needle, a rigid 2,9 mm endoscope with a 30º optical angle coupled to a videodocumentation system was inserted trough the cannula to confirm the access into pelvic cavity. The liquid has continued instilled and the inspection was undertaken. RESULTS: 1) the pelvic cavity was accessed in 36 (94.7%) patients; 2) the distention media volume used was 300 to 1500 ml; 3) the mean score for pain using the visual analog pain scale was 2.3. This score for the patients that received 600 ml was 2.7 and 1.7, respectively; 4) the most common findings during the procedure were filamentous pelvic adhesions, besides hydrosalpinx and distal salpingectomy in some cases 5) there were no complications in any of the 38 cases studied. CONCLUSIONS: 1)The new transvaginal hydrolaparoscopy instrument (modified Veress needle) is effective to access the pelvic cavity, safe and easy handle; 2) transvaginal hydrolaparoscopy is feasibility in outpatient basis and is reproducible, well tolerated, inexpensive and offers a good diagnostic capacity
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Rastreamento visual e refrativo em crianças pré-escolares de 4 a 6 anos de idade / Visual acuity and refractive screenings in preschool children between 4-6 years old

Villela, Flávio Fernandes 13 December 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O relacionamento com o mundo exterior é feito fundamentalmente através da visão, de modo que qualquer anormalidade na função visual das crianças pré-escolares pode levar à dificuldade no aprendizado e no relacionamento social, assim como queda de rendimento nas atividades físicas e intelectuais. O Sistema Único de Saúde ainda não se estruturou para o atendimento oftalmológico do pré-escolar e os rastreamentos visuais realizados nas escolas são, às vezes, a única chance de detecção dos problemas visuais nesta população. OBJETIVOS: Detectar erros de refração não corrigidos e fatores causadores de ambliopia em uma população de préescolares com 4 - 6 anos de idade, por meio de rastreamento visual (medida da AV com a tabela de Snellen) e refrativo (medida do erro refrativo sem e com cicloplegia com o Spot(TM) Vision Screener). MÉTODOS: 97 crianças préescolares matriculadas em creches municipais e estaduais foram submetidas a rastreamento visual (ponto de corte: AV monocular <= 0,7 e/ou diferença duas linhas de Snellen entre os olhos) e rastreamento refrativo (ponto de corte: hipermetropia >= 3,00 D, miopia >= 0,75 D e astigmatismo >= 0,75 D). Todas as crianças foram submetidas a exame oftalmológico completo e mensuração do erro refrativo com cicloplegia com o refrator automático Topcon KR 8000. RESULTADOS: O método de rastreamento visual com tabela optométrica de Snellen apresentou valores de sensibilidade e especificidade, respectivamente, 58,6% e 64,7%. O método de rastreamento refrativo com Spot(TM) Vision Screener apresentou valores de sensibilidade e especificidade, respectivamente, 92,8% e 35,2% (sem cicloplegia) e 96,4% e 29,4% (com cicloplegia). Os percentuais estimados do não encaminhamento para exame oftalmológico completo das crianças com erros de refração acima do ponto de corte estabelecido foram: 46,4% para o rastreamento visual, 17,9% para o rastreamento refrativo com Spot(TM) sem cicloplegia e de 3,6% com o Spot(TM) com cicloplegia. CONCLUSÃO: Na população avaliada, o método de triagem refrativa pelo Spot(TM) Vision Screener com cicloplegia foi o mais efetivo / BACKGROUND: Contacting the outside world is fundamentally made through vision, so that any abnormalities in visual function of preschool children can lead to difficulty in learning and social networking, as well as income decline in physical and intellectual activities. Brazilian Health System (SUS) has not yet structured to preschool eye care and visual scans performed in schools are sometimes the only chance of detection of visual problems in this population. PURPOSES: Detect uncorrected refractive errors and factors that lead to ambliopia in a population of preschool children 4-6 years of age by visual screening (as visual acuity with the Snellen chart) and refractive (measurement of refractive error, without cicloplegia and under cicloplegia, by photoscreener Spot(TM) Vision Screener). METHODS: 97 preschool children enrolled in state and municipal schools were subjected to visual screening (cut-off: monocular visual acuity <= 0.7 and / or difference of two lines in Snellen chart between both eyes) and refractive screening (cut-off: hyperopia >= 3.00 D, myopia >= 0.75 D and astigmatism >= 0.75 D). All children underwent complete eye examination and measurement of refractive errors under cycloplegia with auto-refractor Topcon KR 8000. RESULTS: Visual screening method using chart Snellen had values of sensitivity and specificity, respectively, 58.6% and 64.7%. Refractive screening method using photoscreener Spot(TM) Vision Screener showed values of sensitivity and specificity, respectively, 92.8% and 35.2% (without cycloplegia), and 96.4% and 29.4% (under cycloplegia). The estimated percentage of non-referral to complete ophthalmologic examination of children with refractive errors above the cut-off point were 46.4% for the visual screening, 17.9% for the refractive screening with Spot(TM) without cycloplegia and 3.6 % with Spot(TM) under cycloplegia. CONCLUSION: In this population, the refractive screening method by Spot(TM) Vision Screener under cycloplegia was the most effective
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Corregistro de imagens aplicado à construção de modelos de normalidade de SPECT cardíaco e detecção de defeitos de perfusão miocárdica / Image registration applied to construction of cardiac SPECT normality templates and detection of myocardial perfusion defects

Pádua, Rodrigo Donizete Santana de 03 February 2012 (has links)
A análise de imagens médicas auxiliada por computador permite a análise quantitativa das anormalidades e garante maior precisão diagnóstica. Esse tipo de análise é importante para medicina nuclear com Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT), pois no grupo de dados tridimensionais de imagens, padrões sutis de anormalidades muitas vezes são importantes achados clínicos. Porém, as imagens podem sofrer interferência de artefatos de atenuação da emissão de fótons por partes moles corporais, o que reduz sua acurácia diagnóstica. Desde que se possuam parâmetros de atenuação computados em um modelo que permita a comparação com imagens de um dado paciente, a interferência dos artefatos pode ser corrigida com ganho na acurácia diagnóstica, sem a necessidade de utilização de técnicas de correção que aumentem a dose de exposição à radiação pelo paciente. A proposta desse estudo foi a criação de um atlas de cintilografia de perfusão miocárdica, que foi obtido a partir de imagens de indíviduos normais, e o desenvolvimento de um algoritmo computacional para a detecção de anormalidades perfusionais miocárdicas, através da comparação estatística dos modelos do atlas com imagens de pacientes. Métodos de corregistro de imagens de mesma modalidade e outras técnicas de processamento de imagens foram estudados e utilizados para a comparação das imagens dos pacientes com o modelo apropriado. Pela análise visual dos modelos, verificou-se a sua validade como imagem representativa de normalidade perfusional. Para avaliação da detecção, a situação dos segmentos miocárdicos (normal ou anormal) indicada pelo algoritmo de detecção foi comparada com a situação apontada no laudo obtido pela concordância de dois especialistas, de modo a se verificar as concordâncias e discordâncias da técnica em relação ao laudo e se obter a significância estatística. Com isso, verificou-se um índice de concordância positiva da técnica em relação ao laudo de aproximadamente 50%, de concordância negativa próxima a 82% e de concordância geral próxima a 68%. O teste exato de Fisher foi aplicado às tabelas de contingência, obtendo-se um valor de p bicaudal inferior a 0,0001, indicando uma probabilidade muito baixa de as concordâncias terem sido obtidas pelo acaso. Melhorias no algoritmo deverão ser implementadas e testes futuros com um padrão-ouro efetivo serão realizados para validação da técnica. / The computer-aided medical imaging analysis allows the quantitative analysis of abnormalities and enhances diagnostic accuracy. This type of analysis is important for nuclear medicine that uses Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT), because in the group of three-dimensional data images, subtle patterns of abnormalities often are important clinical findings. However, images can suffer interference from attenuation artifacts of the emission of photons by soft parts of the body, which reduces their diagnostic accuracy. Since there are attenuation parameters computed in a template that allows for comparison with images of a given patient, the artifacts interference can be corrected with a gain in diagnostic accuracy, without the need of using correction techniques that increase the radiation exposure dose of the patient. The purpose of this study was to create an atlas of myocardial perfusion scintigraphy, which was obtained from images of normal individuals and the development of a computational algorithm for detection of myocardial perfusion abnormalities by statistical comparison of atlas templates with images of patients. Methods of image registration of same modality and other image processing techniques were studied and used for comparison of patient images with the appropriate template. By the visual analysis of the templates it was found its validity as a representative image of normal perfusion. For the detection evaluation, the situation of myocardial segments (normal or abnormal) indicated by the detection algorithm was compared with the situation indicated in the medical appraisal report obtained by agreement of two specialists in order to determine the agreement and disagreement of the technique regarding the medical appraisal report and obtaining the statistical significance. Thus, there was a positive agreement index of the technique regarding the medical appraisal report of approximately 50%, a negative agreement index close to 82% and a general agreement index near 68%. The Fisher exact test was applied to the contingency tables, yielding a two-sided p-value less than 0.0001, that indicates a very low probability of the agreements have been obtained by chance. Algorithm improvements should be implemented and further tests with an effective gold-standard will be conducted to validate the technique.
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"Modelos lineares generalizados para análise de dados com medidas repetidas" / "Generalized linear models for repeated measures regression analysis"

Maria Kelly Venezuela 04 July 2003 (has links)
Neste trabalho, apresentamos as equações de estimação generalizadas desenvolvidas por Liang e Zeger (1986), sob a ótica da teoria de funções de estimação apresentada por Godambe (1991). Essas equações de estimação são obtidas para os modelos lineares generalizados (MLGs) considerando medidas repetidas. Apresentamos também um processo iterativo para estimação dos parâmetros de regressão, assim como testes de hipóteses para esses parâmetros. Para a análise de resíduos, generalizamos para dados com medidas repetidas algumas técnicas de diagnóstico usuais em MLGs. O gráfico de probabilidade meio-normal com envelope simulado é uma proposta para avaliarmos a adequação do ajuste do modelo. Para a construção desse gráfico, simulamos respostas correlacionadas por meio de algoritmos que descrevemos neste trabalho. Por fim, realizamos aplicações a conjuntos de dados reais. / In this work, we consider the generalized estimation equations developed by Liang and Zeger (1986) focusing the theory of estimating functions presented by Godambe (1991). These estimation equations are an extension of generalized linear models (GLMs) to the analysis of repeated measurements. We present an iterative procedure to estimate the regression parameters as well as hypothesis testing of these parameters. For the residual analysis, we generalize to repeated measurements some diagnostic methods available for GLMs. The half-normal probability plot with a simulated envelope is useful for diagnosing model inadequacy and detecting outliers. To obtain this plot, we consider an algorithm for generating a set of nonnegatively correlated variables having a specified correlation structure. Finally, the theory is applied to real data sets.
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Avaliação tomográfica do acometimento das pequenas vias aéreas nas doenças intersticiais do pulmão / Tomographic evaluation of the small airways in the interstitial lung diseases

Rocha, Marcelo Jorge Jacó 14 August 2007 (has links)
A patogênese da fibrose pulmonar idiopática (FPI), forma mais comum de pneumonia intersticial idiopática, não é bem conhecida. Os estudos histopatológicos evidenciam uma extensa lesão do epitélio alveolar com destruição intensa dos pneumócitos tipo e exposição e perda de integridade da membrana basal subjacente, impedindo a reepitelização e rendotelização alveolar, com conseqüente proliferação de fibroblastos e deposição de matriz extracelular. O fator etiológico responsável por essa resposta fibrosante ainda não é conhecido. Em doenças como a síndrome do desconforto respiratório agudo (SDRA) e a lesão pulmonar induzida pela ventilação mecânica, o papel da abertura e fechamento cíclicos das pequenas vias aéreas já está bem estabelecido. Esse estudo tem como objetivo avaliar a presença de colapso alveolar e de pequenas vias aéreas em pacientes com FPI através de tomografia computadorizada (TC) de tórax multislice. As tomografias foram realizadas em 3 diferentes momentos do ciclo respiratório - na capacidade pulmonar total (CPT), na capacidade residual funcional (CRF) e no volume residual (VR) - inicialmente em ar ambiente (O2 a 21%) e as duas últimas etapas, CRF e VR, foram repetidas após 10 minutos de ventilação com O2 a 100%. Admitimos que o surgimento de colapso alveolar após a manobra com O2 a 100% se deve ao fechamento das pequenas vias aéreas seguido de atelectasia de absorção. Foi utilizado o programa Osiris para análise quantitativa das densidades pulmonares e um programa em linguagem LabVIEW 6.0 para quantificação da massa de pulmão não aerado (colapsado) cuja densidade situa-se entre -100 e + 100 UH. A casuística foi composta por 18 pacientes com diagnóstico histológico e/ou clínico de FPI e 12 controles sem doença respiratória conhecida. Os indivíduos do grupo controle foram mais idosos (63 x 70 anos), não havendo diferença quanto à história de tabagismo. A atenuação média do parênquima pulmonar foi maior no grupo fibrose na CPT, CRF 21% e VR 21%. Quando analisamos a massa de pulmão não aerado, o grupo fibrose apresentou valores significativamente maiores do que o grupo controle em todos os volumes respiratórios avaliados em ar ambiente e após O2 a 100%. A avaliação da massa de pulmão não aerado no VR e na CRF após ventilação com O2 a 100%, em comparação com os mesmos volumes pulmonares em ar ambiente, mostrou aumento do colapso tanto em pacientes quanto em controles, não havendo diferença entre os grupos quando se comparou o aumento absoluto da massa de pulmão não aerado após essa manobra. Entretanto, no grupo de pacientes com FPI, houve aumento significativo da massa de pulmão não aerado à medida que se reduziram os volumes pulmonares em ar ambiente, alteração essa não encontrada no grupo controle. Podemos concluir que a ventilação com O2 a 100% causou colapso de vias aéreas tanto nos pacientes quanto no grupo controle. Nos pacientes com FPI, foi evidenciado colapso alveolar durante a ventilação em ar ambiente, colapso esse quase totalmente revertido (88%) após uma manobra de inspiração máxima até a CPT, o que demonstra seu potencial de reversibilidade / The pathogenesis of idiophatic pulmonary fibrosis (IPF), the most common form of idiopathic interstitial pneumonias, is not completely understood. It is related to a type I pneumocyte injury with loss of basement membrane integrity and failure of normal re-epithelialization and re-endothelialization leading to fibroblast proliferation and extra cellular matrix deposition. However, the etiology of this fibroproliferative response is unknown. In ARDS and ventilator-induced lung injury, it has been postulated that the pulmonary injury is caused by the cyclic opening and closing of collapsed airways. Our aim is to measure the collapsed areas of the lung (alveolar and small airways collapse) using a multislice computed tomography (CT) in a group of patients with IPF. They were submitted to a CT scan of the thorax in 5 different situations: at total lung capacity (TLC), functional residual capacity (FRC) and residual volume (RV) at 21% O2 as well as at FRC and RV after breathing 100% O2 for 10 minutes. We assumed that the gain in collapsed areas after 100% O2 corresponds to trapped areas with airways closure and absorption atelectasis. We employed the Osiris Software program to the quantitative analysis of CT attenuation of lung tissue and a program written in LabVIEW to measure the mass of nonaerated lung tissue (- 100 to +100 HU). Eighteen IPF patients and twelve controls without respiratory disease were studied. The control group was older than IPF group (70 x 63 years, respectively) and the smoking history was not different between both groups. The mean lung attenuation was higher in IPF patients at TLC, 21% FRC and 21% RV. When we analyzed the mass of nonaerated lung tissue, the IPF group showed significantly higher values in all respiratory maneuvers (TLC, FRC and RV) at 21% O2 and 100% O2. Both groups presented an increase in collapsed areas when exposed to 100% at RV and FRC and this increment was of similar magnitude. However, only IPF patients had an increase in the mass of nonaerated lung tissue when the lung volume was reduced from TLC to FRC and from FRC to RV during air breathing. We concluded that patients and controls had airways collapse after 100% O2 breathing. In contrast, only IPF patients demonstrated alveolar collapse during air breathing which was almost completed reversible after TLC maneuver
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Corregistro de imagens aplicado à construção de modelos de normalidade de SPECT cardíaco e detecção de defeitos de perfusão miocárdica / Image registration applied to construction of cardiac SPECT normality templates and detection of myocardial perfusion defects

Rodrigo Donizete Santana de Pádua 03 February 2012 (has links)
A análise de imagens médicas auxiliada por computador permite a análise quantitativa das anormalidades e garante maior precisão diagnóstica. Esse tipo de análise é importante para medicina nuclear com Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT), pois no grupo de dados tridimensionais de imagens, padrões sutis de anormalidades muitas vezes são importantes achados clínicos. Porém, as imagens podem sofrer interferência de artefatos de atenuação da emissão de fótons por partes moles corporais, o que reduz sua acurácia diagnóstica. Desde que se possuam parâmetros de atenuação computados em um modelo que permita a comparação com imagens de um dado paciente, a interferência dos artefatos pode ser corrigida com ganho na acurácia diagnóstica, sem a necessidade de utilização de técnicas de correção que aumentem a dose de exposição à radiação pelo paciente. A proposta desse estudo foi a criação de um atlas de cintilografia de perfusão miocárdica, que foi obtido a partir de imagens de indíviduos normais, e o desenvolvimento de um algoritmo computacional para a detecção de anormalidades perfusionais miocárdicas, através da comparação estatística dos modelos do atlas com imagens de pacientes. Métodos de corregistro de imagens de mesma modalidade e outras técnicas de processamento de imagens foram estudados e utilizados para a comparação das imagens dos pacientes com o modelo apropriado. Pela análise visual dos modelos, verificou-se a sua validade como imagem representativa de normalidade perfusional. Para avaliação da detecção, a situação dos segmentos miocárdicos (normal ou anormal) indicada pelo algoritmo de detecção foi comparada com a situação apontada no laudo obtido pela concordância de dois especialistas, de modo a se verificar as concordâncias e discordâncias da técnica em relação ao laudo e se obter a significância estatística. Com isso, verificou-se um índice de concordância positiva da técnica em relação ao laudo de aproximadamente 50%, de concordância negativa próxima a 82% e de concordância geral próxima a 68%. O teste exato de Fisher foi aplicado às tabelas de contingência, obtendo-se um valor de p bicaudal inferior a 0,0001, indicando uma probabilidade muito baixa de as concordâncias terem sido obtidas pelo acaso. Melhorias no algoritmo deverão ser implementadas e testes futuros com um padrão-ouro efetivo serão realizados para validação da técnica. / The computer-aided medical imaging analysis allows the quantitative analysis of abnormalities and enhances diagnostic accuracy. This type of analysis is important for nuclear medicine that uses Single Photon Emission Computed Tomography (SPECT), because in the group of three-dimensional data images, subtle patterns of abnormalities often are important clinical findings. However, images can suffer interference from attenuation artifacts of the emission of photons by soft parts of the body, which reduces their diagnostic accuracy. Since there are attenuation parameters computed in a template that allows for comparison with images of a given patient, the artifacts interference can be corrected with a gain in diagnostic accuracy, without the need of using correction techniques that increase the radiation exposure dose of the patient. The purpose of this study was to create an atlas of myocardial perfusion scintigraphy, which was obtained from images of normal individuals and the development of a computational algorithm for detection of myocardial perfusion abnormalities by statistical comparison of atlas templates with images of patients. Methods of image registration of same modality and other image processing techniques were studied and used for comparison of patient images with the appropriate template. By the visual analysis of the templates it was found its validity as a representative image of normal perfusion. For the detection evaluation, the situation of myocardial segments (normal or abnormal) indicated by the detection algorithm was compared with the situation indicated in the medical appraisal report obtained by agreement of two specialists in order to determine the agreement and disagreement of the technique regarding the medical appraisal report and obtaining the statistical significance. Thus, there was a positive agreement index of the technique regarding the medical appraisal report of approximately 50%, a negative agreement index close to 82% and a general agreement index near 68%. The Fisher exact test was applied to the contingency tables, yielding a two-sided p-value less than 0.0001, that indicates a very low probability of the agreements have been obtained by chance. Algorithm improvements should be implemented and further tests with an effective gold-standard will be conducted to validate the technique.
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Avaliação da expressão da proteína p53 e do VEGF (Fator de Crescimento do Endotélio Vascular) em pacientes com adenocarcinoma de esôfago / Evaluation of p53 protein and VEGF (vascular Endothelial Growth Factor) expresion in patients with esophageal adenocarcinoma

Cavazzola, Leandro Totti January 2004 (has links)
O prognóstico dos pacientes com adenocarcinoma de esôfago é bastante prejudicado pelo seu diagnóstico tardio. Na tentativa de determinar fatores que possam alterar o prognóstico destes pacientes, o estudo da biologia molecular tem recebido grande importância. As mutações no gene de supressão tumoral TP53 estão entre as anormalidades genéticas mais comuns encontradas numa ampla variedade de tumores. A angiogênese é essencial para o crescimento e a metastatização de tumores sólidos. O Fator de Crescimento do Endotélio Vascular (VEGF, Vascular Endothelial Growth Factor), um fator de crescimento identificado recentemente com propriedades angiogênicas significativas, pode ser um importante regulador desta angiogênese tumoral. A associação entre as expressões da proteína p53 e do VEGF e o prognóstico tem sido pouco estudada. Foram estudados 46 pacientes com adenocarcinoma de esôfago submetidos à cirurgia de ressecção com intenção curativa. As expressões da proteína p53 e do VEGF foram observadas por análise imuno-histoqímica em 52,2% e 47,8% dos tumores, respectivamente. As expressões da proteína p53 e do VEGF coincidiram em 26% dos casos, e não foi encontrada correlação entre essa expressão. Nenhum dos fatores clinicopatológicos se correlacionaram significativamente com as expressões da proteína p53 ou do VEGF. Não houve associação significativa entre as expressões da proteína p53 e do VEGF e sobrevida a longo prazo. No presente estudo, a expressão da proteína p53 e do VEGF, embora em porcentagem similar à da literatura, não se correlacionou com o prognóstico em pacientes com adenocarcinoma de esôfago submetidos à cirurgia com intenção curativa. / The prognosis of patients with esophageal adenocarcinoma is negatively influenced by late diagnosis. In an attempt to determine the factors that might improve the prognosis of these patients, molecular biology has been of great importance. P53 tumor suppressor gene mutations are one of the most frequent genetic disorders found in a wide variety of tumors. Angiogenesis is essential for the growth and metastatic spread of solid tumors. The Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF), a recently identified factor with remarkable angiogenic properties, may play a central regulatory role in tumor angiogenesis. The association between p53 protein and VEGF expressions and prognosis has been underinvestigated. Forty-six patients with esophageal adenocarcinoma, submitted to curative resection, were studied. The expressions of p53 protein and VEGF were assessed by immunohistochemistry in 52.2% and 47.8% of tumors, respectively. P53 protein and VEGF expressions coincided in 26% of the cases, and no correlation between these expressions was observed. None of the clinicopathological factors showed a significant correlation with p53 protein or VEGF expressions. There was no significant association between p53 protein and VEGF expressions and long-term survival. In the present study, the expression of p53 protein and VEGF, albeit similar to the one reported in the literature, did not correlate with prognosis in esophageal adenocarcinoma patients submitted to curative resection.
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Validação do escore prognóstico de Cardiomiopatia Dilatada e Miocardite na infância e adolescência

Finkel, Sophia Akcelrud January 2010 (has links)
Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-09-28T18:20:38Z No. of bitstreams: 1 sophia_a_finkel_ipec_pesquisaclinicadi_0003_2010.pdf: 500098 bytes, checksum: c756ac0e91974fd12f72ab79a369e06c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-09-28T18:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sophia_a_finkel_ipec_pesquisaclinicadi_0003_2010.pdf: 500098 bytes, checksum: c756ac0e91974fd12f72ab79a369e06c (MD5) Previous issue date: 2010 / Instituto Estadual de Diabetes e Endocrinologia Luiz Capriglione. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundamento: A insuficiência cardíaca infantil é uma doença grave que apresenta alta taxa de morbidade e mortalidade e alto custo de internação. Entre as causas principais estão a cardiomiopatia dilatada e a miocardite. O transplante cardíaco é a terapia indicada para os casos refratários à terapêutica adequada. Existem fatores limitantes, como a falta de doadores compatíveis, rejeição e problemas relacionados à imunossupressão. Um escore prognóstico para cardiomiopatia dilatada e miocardite seria útil na indicação para transplante cardíaco. Objetivos: Validar o escore prognóstico proposto por Azevedo et al aplicado em crianças e adolescentes portadores de cardiomiopatia dilatada e miocardite. Métodos: Série histórica pediátrica de 54 casos de portadores de cardiomiopatia dilatada ou miocardite de ambos os sexos, diagnosticados entre 1990 e 2007. As variáveis estudadas foram: sexo, idade, diagnóstico clínico de cardiomiopatia dilatada ou miocardite, tipo de desfecho (sobrevivência ou óbito) e as variáveis que compõem o escore: classe funcional na apresentação (NYHA), índice cardiotorácico máximo durante a evolução, fração de ejeção do ventrículo esquerdo, presença de insuficiência mitral moderada/grave e de arritmia ventricular. Foi construída uma curva ROC a partir da soma dos valores de escore e confrontada com a curva ROC do trabalho original através do teste de comparação de curvas ROC. Resultados: as populações foram consideradas semelhantes quanto à idade, gênero e gravidade da doença. A área sob a curva do trabalho original foi de 0,881±0,028 e a da validação foi de 0,871±0,049. As áreas das duas curvas ROC são praticamente idênticas (p=0,77). Conclusão: Este estudo validou o escore proposto. A validação do escore permite predizer a evolução da criança e do adolescente portador de cardiomiopatia dilatada e de miocardite. O Escore poderá ser útil na indicação de transplante cardíaco neste grupo de pacientes. / Background: Pediatric heart failure is a serious illness that leads to high morbidity and mortality rates, besides of carrying a high treatment cost. Among the major etiology, dilated cardiomyopathy and myocarditis are highlight. Heart transplantation is the therapy for refractory heart failure. There are limiting factors, such as the lack of compatible donors, rejection and immunosuppression. A prognostic score would be useful in this indication. Objectives: To validate the score proposed by Azevedo et al applied in children and adolescents diagnosed with dilated cardiomyopathy and myocarditis. Methods: This is a cohort covering 54 patients with dilated cardiomyopathy or myocarditis, both genders, diagnosed between 1990 and 2007. The studied variables were gender, age, and myocarditis or dilated cardiomyopathy clinical diagnosis, outcome (survival or death), and the score variables: functional class (NYHA criteria) at presentation, maximum cardiothoracic index, left ventricular ejection fraction, mitral regurgitation grade III/IV and ventricular arrhythmia. A ROC curve was built based on score values sums and compared with original ROC trough ROC comparison test. Results: The cohort was considered similar in age, gender, and illness severity. Both ROC curve areas are practically identical (p=0.77). Conclusion: This study validated the proposed score. The score validation allows predicting child and adolescent with dilated cardiomyopathy and myocarditis outcome. This score may be useful to indicate cardiac transplantation for this patients group.

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