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Análise molecular dos polimorfismos associados à hipolactasia primária do tipo adulto em dispépticos funcionais e controles assintomáticos

Wortmann, André Castagna January 2014 (has links)
Dispepsia funcional e hipolactasia primária do tipo adulto (HPTA) são duas condições altamente prevalentes na prática clínica. Ambas podem coexistir ou até mesmo serem confundidas devido à sobreposição de alguns dos seus sintomas, principalmente a sensação de distensão abdominal. No entanto, a literatura é escassa em relação a estudos que tenham avaliado a associação entre a dispepsia funcional e a HPTA. O presente trabalho tem o objetivo investigar a associação entre a HPTA e a dispepsia funcional, através da análise molecular da HPTA em pacientes dispépticos funcionais e controles assintomáticos. Pacientes dispépticos funcionais (conforme os critérios de Roma III) e voluntários assintomáticos foram convidados para participar do estudo. Indivíduos com genótipo CC do polimorfismo de nucleotídeo único -13910C/T eram considerados portadores de HPTA. Os sintomas dispépticos (dor em abdômen superior, náuseas, vômitos, sensação de distensão abdominal e saciedade precoce) foram avaliados através de um questionário validado (Porto Alegre Dyspeptic Symptoms Questionnaire). Foram incluídos 408 indivíduos no estudo (197 dispépticos funcionais e 211 controles). HPTA foi identificada em 88 (44,7%) dispépticos funcionais e 107 controles (50,7%) (P=0,468). No grupo dos dispépticos funcionais, os escores dos sintomas dispépticos foram comparados entre os pacientes classificados como portadores de HPTA e aqueles classificados como “não portadores de HPTA”. Foi observado maior escore da sensação de distensão abdominal em dispépticos funcionais com HPTA do que em dispépticos sem HPTA (P=0,014). Não foram observadas diferenças entre os grupos em relação aos escores dos demais sintomas. Em conclusão, a ausência de diferença na frequência de HPTA entre todos os dispépticos funcionais e o grupo de indivíduos assintomáticos indica que não há uma associação entre a HPTA e a dispepsia funcional como um todo. No entanto, o maior escore da sensação de distensão abdominal entre os dispépticos funcionais com HPTA sugere um papel da HPTA em uma parcela dos pacientes com dispepsia funcional. / Functional dyspepsia and Adult Type Hypolactasia (ATH) are frequent conditions that may coexist or even be confounded. There may be some overlap between their symptoms, especially abdominal bloating. Studies on this association are scarce. The aim of the study is to investigate the association between functional dyspepsia and ATH, through molecular analysis of ATH in functional dyspeptics and asymptomatic individuals. Patients with functional dyspepsia according to Rome III criteria and volunteers for blood donation were invited to participate in the study. A CC genotype por -13910C/T SNP was diagnostic of ATH. Five symptoms of functional dyspepsia (upper abdominal pain, nausea, vomiting, abdominal bloating and early satiety) were evaluated using a validated questionnaire (Porto Alegre Dyspeptic Symptoms Questionnaire). A total of 408 subjects were included in the study (197 functional dyspeptics and 211 controls). Eighty-eight dyspeptic patients (44.7%) had ATH, compared to 107 individuals (50.7%) in the control group (P=0.468). In the group of dyspeptic patients, mean scores of symptoms were compared between those classified as ATH and non-ATH. Dyspeptic patients with ATH had higher scores for abdominal bloating, compared to non-ATH patients (P=0.014). The scores of the other dyspeptic symptoms were not statistically different between those two groups. In conclusion, the similar frequency of ATH in patients with functional dyspepsia and asymptomatic individuals indicate an absence of association between functional dyspepsia and ATH. However, our data of higher bloating scores among functional dyspeptics with ATH suggest a possible role of ATH in a subset of patients with functional dyspepsia.
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O envolvimento do marcador inflamatório Heme Oxigenêse-1 na carciinogênese experimental de esôfago

Kruel, Cleber Rosito Pinto January 2004 (has links)
Sabe-se que o refluxo crônico pode induzir lesão mucosa, estimular a proliferação de células e promover tumorigênese no esôfago distal. Ainda não é sabido por que apenas uma parcela dos pacientes com refluxo esofágico progrediram para uma metaplasia intestinal (Esôfago de Barrett) e adenocarcinoma. O estresse oxidativo parece exercer um papel importante nessa progressão . Assim sendo, examinamos o padrão de expressão da enzima Heme Oxigenase-1 (HO-1), enzima indutora do estresse oxidativo, em peças de esôfago obtidos de um estudo experimental com ratos que avaliou o papel do refluxo gástrico e duodenoesofágico na carcinogênese esofágica. Métodos: Uma amostra de três (3) peças de esôfago de cada grupo de ratos submetidos a tratamentos diferentes tiveram a expressão da enzima Heme Oxigenase-1 avaliada através de imunohistoquímica. Os ratos foram divididos nos seguintes grupos: (1) cardioplastia para induzir refluxo predominantemente gástrico, (2) anastomose esofagoduodenal para induzir refluxo duodenal, (3) sem tratamento, (4) cardioplastia+dietilnitrosamina (DEN), (5) anastomose esofagoduodenal +DEN, (6) DEN. Resultados: Não houve desenvolvimento de câncer ou metaplasia intestinal nos animais que não foram expostos ao refluxo de conteúdo duodenal. A expressão de HO-1 foi observada apenas em ratos submetidos à anastomose esofagoduodenal (Grupos 2 e 5) e a análise da média de intensidade de fluorescência demonstrou uma diferença significante de expressão de HO-1 (4,8 e 4,6 vezes respectivamente) comparando-se ao controle (Grupo 3) (p<0,05). O alvo principal para expressão da HO-1 foram as células inflamatórias dentro do tumor ou em áreas subepiteleiais. Os ratos expostos ao refluxo gástrico não desenvolveram tumores ou expressaram a HO-1. Conclusões: A esofagite de refluxo induzida por refluxo esofágico com conteúdo duodenal provocou estresse oxidativo considerável e pode desempenhar um papel importante na carcinogênese esofágica. O refluxo gástrico não foi suficiente para induzir estresse oxidativo neste modelo experimental.
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Investigação sorológica e molecular de toxoplasma gondii em doadores de sangue

Nakashima, Fabiana 14 December 2015 (has links)
Submitted by Fabíola Silva (fabiola.silva@famerp.br) on 2016-06-20T21:04:05Z No. of bitstreams: 1 fabiananakashima_tese.pdf: 1263029 bytes, checksum: ea1d05d8998fac5ccacd5e04039e5c2a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T21:04:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fabiananakashima_tese.pdf: 1263029 bytes, checksum: ea1d05d8998fac5ccacd5e04039e5c2a (MD5) Previous issue date: 2015-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP / Introduction: Toxoplasma gondii, which causes toxoplasmosis, is an intracellular protozoan that has several transmission routes, among them the transfusion. Objective: To investigate by serological and molecular methods the T. gondii infection in blood donors to assess the risk of transmission via transfusion. Methods: We selected 750 individuals able to donate blood. These individuals were submitted to an interview about their lifestyle habits and a collection of peripheral blood. The immunosorbent assay (ELISA) was used to investigate the presence of anti-T. gondii IgM and IgG classes, and the Nested PCR and qQPCR, the parasitaemia. Positive samples in the molecular methods were submitted for genotyping by the Multilocus Nested PCR RFLP method. Donors with positive molecular result and no positive serology were recalled to investigate seroconversion by ELISA and Indirect Immunofluorescence (IIF). In addition, recipients of blood components with molecular suspected parasitemia were screened. Of these, aliquots were separated from peripheral blood prior to transfusion and after transfusion (± 20 days), which were also analyzed by serological methods (ELISA and IIF) and molecular (PCR, qPCR Mulitplex nested PCR and RFLP). Results: Three hundred and fifty-seven (47.6%) donors had positive result and 393 (52.4%) showed no positive result for the presence of anti-T. gondii IgG class. Twenty-seven (3,6%) showed positive result for IgM and 723 (96.4%) non-reactive. The variables associated with infection by T. gondii were: advanced age (P < 0.0001), consumption of raw milk (P = 0.001), consumption of raw and underare beef and pork meat (P = 0.003), to reside in the countryside (P = 0.004), frequent presence of mechanical vectors in the residence (cockroach, mouse and fly P = 0.02; mice, P = 0.03), lower education (1st grade incomplete, P <0.0001 and 1st grade complete, P = 0.002) and low family income (P = 0.002). No sample was positive by qPCR, but 40 (11%) were positive by Nested PCR and positive serology. However, these samples did not show amplification when undergoing to genotyping. The four cases screened did not show positive results to molecular analysis and no recalled donor presented seroconversion. Conclusion: We concluded that the studied population of blood donors is exposed to various risk factors associated with infection by T. gondii, and it is likely that the high frequency of anti-T. gondii IgG class found in this study is related to this exposure. The results show that there is no molecular evidence of parasitaemia in the studied donors, thus the risk of transmission of this infection via blood transfusion is low or zero in this region. In addition, the failure of genotyping and the non-occurrence of seroconversion of reanalyzed donors suggest that the positivity found in some samples analyzed by Nested PCR, were related to false-positive results. / Introdução: Toxoplasma gondii, causador da toxoplasmose, é um protozoário intracelular que apresenta várias vias de transmissão, dentre elas a transfusional. Objetivo: Investigar por métodos sorológicos e moleculares, a infecção por T. gondii em doadores de sangue para avaliar o risco de transmissão via transfusional. Casuística e métodos: Foram selecionados 750 indivíduos aptos à doação de sangue. Estes indivíduos foram submetidos a uma entrevista sobre seus hábitos de vida e a uma coleta de sangue periférico. Com o ensaio imunoenzimático (ELISA) foi investigada a presença de anticorpos anti-T. gondii das classes IgM e IgG, e por Nested PCR e qPCR a parasitemia. As amostras positivas nos métodos moleculares foram submetidas à genotipagem pelo método Multilocus Nested PCR RFLP. Os doadores com resultados moleculares positivos e sorologias não reagentes foram reconvocados para investigar a soroconversão por ELISA e imunofluorescência indireta (IFI). Além destes, os receptores dos hemocomponentes com suspeita molecular de parasitemia foram rastreados. Destes, foram separadas alíquotas de sangue periférico, antes da transfusão e após a transfusão (±20 dias), as quais também foram analisadas pelos métodos sorológicos (ELISA e IFI) e moleculares (Nested PCR, qPCR e Mulitplex Nested PCR RFLP). Resultados: Trezentos e cinquenta e sete (47,6%) doadores apresentaram resultado reagente e 393 (52,4%) apresentaram resultado não reagente para a pesquisa de anticorpos anti-T. gondii da classe IgG. Vinte e sete (3,6%) apresentaram resultado reagente para IgM e 723 (96,4%) não reagente. As variáveis associadas a infecção por T. gondii foram: média de idade avançada (P < 0,0001), consumo de leite cru (P = 0,001), consumo de carne crua e mal passada de bovino e suíno (P = 0,003), residir na zona rural (P = 0,004), presença frequente de vetores mecânicos na residência (barata, rato e mosca P = 0,02; ratos, P = 0,03), menor grau de escolaridade (1º grau incompleto, P < 0,0001 e 1º grau completo, P = 0,002) e a baixa renda familiar (P = 0,002). Nenhuma amostra foi positiva pela qPCR, mas 40 (11%) apresentaram resultado positivo pela Nested PCR e sorologia reagente. Entretanto, estas amostras ao serem submetidas a genotipagem, não apresentaram amplificações. Os quatro casos rastreados também não apresentaram resultados positivos nas análises moleculares e nenhum doador reconvocado apresentou soroconversão. Conclusão: Concluímos que a população de doadores de sangue estudada está exposta a vários fatores de riscos associados a infecção por T. gondii e, é provável que a elevada frequência de anticorpos anti-T. gondii da classe IgG encontrada neste trabalho esteja relacionada a esta exposição. Os resultados demonstram que não há evidências moleculares de parasitemia nos doadores estudados, portanto o risco de transmissão desta infecção via transfusional é baixo ou nulo para esta região. Além disto, o insucesso da genotipagem e a não ocorrência de soroconversão dos doadores reanalisados sugerem que a positividade, encontrada em algumas amostras analisadas por Nested PCR, tratavam-se de resultados falso-positivos.
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Avaliação da técnica de Nested PCR em tubo único com dois genes alvos para detecção de Vibrio Cholerae o1 diretamente do meio de cultura / Evaluation of Nested PCR in a single tube with two target genes for detection of Vibrio cholerae o1 directly from the culture medium

Mendes, Carina Lucena January 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2012-05-07T14:44:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000068.pdf: 816656 bytes, checksum: c8740fc970374a5b1d5b8e0e1ab000ba (MD5) Previous issue date: 2007 / A cólera é uma doença bacteriana historicamente conhecida por seu potencial de provocar epidemias, tendo levado milhares de indivíduos à morte. É causada pelo bacilo Gramnegativo Vibrio cholerae O1 toxigênico. No Brasil, apesar de grandes avanços no que se refere a prevenção, a infecção ainda persiste e, embora não seja causa de alta mortalidade, sua presença é motivo de preocupação para a rede de Saúde Pública local. A infecção colérica é endêmica no nordeste brasileiro e está relacionada, principalmente, a condições sanitárias precárias. O diagnóstico clássico da infecção é a cultura bacteriana, complementada pela detecção da toxina colérica, o que retarda o resultado do exame. O objetivo principal deste trabalho foi avaliar a técnica de nested PCR em tubo único com dois genes alvos (MSTNPCR) na detecção de V. cholerae O1 diretamente do meio de cultura. Utilizando DNA, a técnica foi capaz de amplificar até 1 pg de V. cholerae O1, além de ter possibilitado a detecção do vibrião diretamente do meio de cultura líquido, sem prévia extração de DNA, apresentando limite de detecção de três Unidades Formadoras de Colônia. Além disso, a MSTNPCR mostrou-se específica para V. cholerae O1 quando testada com vários microrganismos diferentes. Um kit diagnóstico foi montado e estocado a -20 ºC, permanecendo estável durante os quatro meses em que foi testado. A MSTNPCR descrita neste trabalho pode ser útil no diagnóstico da infecção colérica e em investigações epidemiológicas, complementando os resultados obtidos com a cultura bacteriana
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Estudo molecular e comparado de linhagens de Shigella sonnei e Shigella flexneri, isoladas de casos de shiguelose das regiões metropolitanas de Campinas e Ribeirão Preto, São Paulo, Brasil / Molecular and comparative study of Shigella sonnei and Shigella sonnei and Shigella flexneri strains, isolated from shiguellosis in Campinas and Ribeirão Preto metropolitam areas, São Paulo, Brazil

Angelini, Michelle 06 January 2009 (has links)
Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T11:08:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Angelini_Michelle_D.pdf: 4094056 bytes, checksum: b80e9ba086ee8f30b823ce5b5718f3c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: As bactérias do gênero Shigella spp. são responsáveis por infecções intestinais endêmicas e epidêmicas denominadas shigueloses. As shigueloses, transmitidas por via fecal-oral, principalmente através das mãos e água contaminadas, são responsáveis por 10% dos casos de diarréia entre crianças até cinco anos de idade em países em desenvolvimento. Estima-se que, anualmente, 1,1 milhões de pessoas morram de infecções causadas por Shigella. No Brasil, estudos revelam que as shigueloses estão entre as principais causas de diarréia. O presente trabalho teve por objetivo analisar a análise clonal comparativa de 119 linhagens de Shigella spp., entre elas 57 S. flexneri e 62 S. sonnei, isoladas de diferentes casos de shiguelose ocorridos nas regiões metropolitanas de Campinas e Ribeirão Preto, Estado de São Paulo, pelos métodos de PCR da seqüência consenso intergênica repetitiva enterobacteriana (ERIC-PCR), de PCR de elementos extragênicos palindrômicos repetitivos (REP-PCR), análise do padrão de macro-restrição em gel de eltroforese com campo pulsado e análise da presença de integrons. A maior parte dos casos de shiguelose estudados aconteceram no verão, estação de maior precipitação de chuvas. Do total de casos, 57,9% das infecções causadas por S. sonnei e 64,4% das causadas por S. flexneri afetaram crianças com menos de 5 anos de idade. Pela análise de ERIC e REP-PCR foram caracterizados grupos de identidade entre as linhagens isoladas em ambas regiões. Pela análise de PFGE caracterizaram-se os genótipos circulantes nas regiões. Não foi possível determinar uma correlação entre a presença dos integrons, o perfil de resistência a antimicrobianos e os resultados obtidos pelos métodos utilizados neste trabalho nas linhagens de S. sonnei pesquisadas. / Abstract: The bacteria of the genus Shigella spp. are responsible for endemic and epidemic intestinal infections called shigellosis. The shigellosis, transmitted by fecal-oral route, mainly through the hands and contaminated water, are responsible for 10% of cases of diarrhea among children under five years of age in developing countries. It is estimated that annually 1.1 million people die from infections caused by Shigella. In Brazil, studies show that shigellosis are among the main causes of diarrhea. The present study was carried out to examine the clonal variation of 119 strains of Shigella spp., including 57 S. flexneri and 62 S. sonnei, isolated from different cases of shigellosis occurred in the metropolitan regions of Campinas and Ribeirão Preto, São Paulo state, by ERIC-PCR, REP-PCR, and PFGE methods and by integrons profile analysis. Most of shigellosis cases happened in summer, season of highest precipitation of rain. Of the total cases, 57.9% of infections caused by S. sonnei and 64.4% of infections caused by S. flexneri affected children under 5 years of age. By analysis of ERIC and REP-PCR groups were characterized for identity between the strains isolated in both regions. By the analysis of PFGE circulating genotypes were characterized in the regions. It was not possible to determine a correlation among the presence of integrons, the profile of resistance to antibiotics and the results obtained by the methods used in this work in strains of S. sonnei investigated. / Doutorado / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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Comparação entre BDNA e PCR na detecção da carga viral do HIV-1

Passos, Daniela Ferreira January 2013 (has links)
Introdução: A AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida) é caracterizada por uma disfunção grave no sistema imunológico causada por uma infecção por HIV (Human Immunodeficiency Virus). A quantificação da viremia (carga viral) é uma ferramenta muito útil no monitoramento dos pacientes infectados pelo HIV, sendo um marcador de progressão da doença e eficácia do tratamento. A estimativa incorreta da carga viral pode levar à decisão terapêutica equivocada, portanto métodos acurados de quantificação se fazem necessários. Diversas técnicas comerciais estão disponíveis para a quantificação da carga viral do HIV-1: a maioria destas se baseiam na detecção de ácidos nucléicos e outras na detecção de enzimas e antígenos. O grau de automação varia nas diferentes técnicas assim como os procedimentos de isolamento, amplificação e detecção. A correlação e a concordância entre estas técnicas têm sido estudadas e há relatos de discordância entre os valores de carga viral produzidos por diferentes métodos. O conhecimento sobre o efeito das variações entre as técnicas se faz necessário para assegurar a interpretação adequada dos resultados. A interpretação dos resultados correta é particularmente importante quando estes estão próximos a pontos de corte utilizados para definições de rebote viral e falha virológica. Objetivos: O objetivo deste estudo é comparar as técnicas de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0) para quantificação do HIV-1. Métodos: 1000 amostras recebidas no HIV/GUM Research Laboratory do Chelsea and Westminster Hospital para quantificação da carga viral do HIV-1 durante os meses de Dezembro de 2009 e Janeiro de 2010 foram testadas pelos métodos de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Resultados: Uma superquantificação sistemática foi observada nos resultados testados por PCR. Esta superquantificação ficou evidente nos resultados entre 50 e 250 cópias. Uma concordância elevada foi observada na análise dos pontos de corte de 500 e 1000 copias/mL. Uma correlação linear forte foi observada entre estas técnicas na análise das amostras que obtiveram resultados dentro do limite comum de detecção de ambas as técnicas, porém o nível de concordância foi insatisfatório. Conclusão: A superquantificação observada nos resultados obtidos pelo Cobas AmpliPrep TaqMan HIV- 1 v2.0 em relação ao bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 é provavelmente o resultado de uma sensibilidade aumentada desta técnica. Nós recomendamos cautela quando resultados de duas metodologias diferentes são comparados, especialmente quando se comparam metodologias convencionais com aquelas baseadas em PCR em tempo real. / Introduction: AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) is characterised by a severe immune dysfunction caused by the HIV (Human Immunodeficiency Virus). The HIV viral load quantification is an essential tool to monitor HIV-infected patients. The HIV quantification is a disease progression marker and it is a key indicator in treatment efficacy. Inaccurate viral RNA values may subsequently lead to inappropriate treatment decisions hence accurate quantification methods are necessary. Several different methodologies are available to quantify the HIV viral load: a number of them are based on nucleic acid detection and others in detection of enzymes and antigens. Automation is also variable among these methods in addition to differences in isolation, amplification and detection. Several studies have been carried out to evaluate their correlation and agreement and some have evidenced discordant viral load values assessed by different assays. The knowledge about these differences should be taken in to account when analysing viral load results, particularly when low-level viraemia is concerned or those close to endpoints employed for definition of virological failure. Objectives: In this study, two methods to quantify viral load are evaluated: one is based on real-time PCR (AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) and the other is based on branched-DNA technology (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Methods: 1000 plasma samples received at the HIV/GUM Research Laboratory within Chelsea and Westminster Hospital for HIV-1 viral load quantification between December 2009 and January 2010 were tested by both Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 and Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 methods. Results: Results obtained show that Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 PCR systematically overquantifies the viral loads results when compared to bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0. Conclusion: The overquantification by Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 over bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 is likely to be a result of its increased sensitivity. We recommend caution when comparing results from different methodologies, especially when a conventional assay and a real-time PCR assay are concerned.
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Otimização de ferramentas moleculares baseadas em multiplex PCR para inclusão de controles de qualidade amostral no diagnóstico das leishmanioses / Development of molecular tools multiplex PCR-based for the inclusion of sample quality controls in the diagnosis of leishmaniasis

Albuquerque, Suênia da Cunha Gonçalves de January 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2015-11-11T12:04:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 23.pdf: 6208595 bytes, checksum: 560226dd418c8b7cdf79aa7955f3ab5c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / A detecção precoce das leishmanioses e a rápida instituição do tratamento são de suma importância para os indivíduos e comunidades afetadas, visto que pacientes contribuem para a manutenção do ciclo da doença. Diante das limitações apresentadas pelos métodos tradicionais de diagnóstico, a PCR tem se apresentado como ferramenta promissora para a detecção dos casos. No entanto, perdas de DNA durante o processo de purificação podem afetar mais significativamente o material genético dos parasitos, gerando resultados falso-negativos. Este estudo teve como objetivo desenvolver e avaliar dois protocolos de triplex PCR para investigar possíveis causas de negatividade no diagnóstico molecular das formas visceral (LV) e tegumentar (LT) das leishmanioses. Pares de primers para detecção de um controle interno (gene G3PD) e dois controles externos (DNA genômico de M. pachydermatis e plasmídeo comercial pUC18 foram adaptados a protocolos de PCR convencionais validados para a detecção de L. infantum e L.(V.) braziliensis e duas reações triplex foram otimizadas. Dados de sensibilidade (S), especificidade (E) e eficiência (e) dos novos sistemas foram calculados em 186 amostras de sangue coletadas de cães em áreas endêmicas, utilizando como referência protocolos de PCR e PCR em tempo real (qPCR) consagrados na literatura / A concordância entre os novos testes e os testes de referência foi determinada pelo cálculo do índice de Kappa. A tríplex PCR para o diagnóstico da LV mostrou S = 78.68 por cento, E= 85.29 por cento e e= 81.05 por cento com boa concordância (K = 0.60, p < 0.0001) com o conjunto de resultados PCR/qPCR. Para o diagnóstico da LT observou-se S = 97.29 por cento, E = 79.16 por cento, e = 90.16 por cento, com K = 0.78, (p < 0.0001) indicando excelente nível de concordância entre os testes. As novas ferramentas apresentadas podem ser aplicadas para aumentar a acurácia no diagnóstico das leishmanioses, contribuindo para a rápida implementação do tratamento e, reduzindo a longo prazo os índices de mortalidade e morbidade das leishmanioses
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Comparação entre BDNA e PCR na detecção da carga viral do HIV-1

Passos, Daniela Ferreira January 2013 (has links)
Introdução: A AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida) é caracterizada por uma disfunção grave no sistema imunológico causada por uma infecção por HIV (Human Immunodeficiency Virus). A quantificação da viremia (carga viral) é uma ferramenta muito útil no monitoramento dos pacientes infectados pelo HIV, sendo um marcador de progressão da doença e eficácia do tratamento. A estimativa incorreta da carga viral pode levar à decisão terapêutica equivocada, portanto métodos acurados de quantificação se fazem necessários. Diversas técnicas comerciais estão disponíveis para a quantificação da carga viral do HIV-1: a maioria destas se baseiam na detecção de ácidos nucléicos e outras na detecção de enzimas e antígenos. O grau de automação varia nas diferentes técnicas assim como os procedimentos de isolamento, amplificação e detecção. A correlação e a concordância entre estas técnicas têm sido estudadas e há relatos de discordância entre os valores de carga viral produzidos por diferentes métodos. O conhecimento sobre o efeito das variações entre as técnicas se faz necessário para assegurar a interpretação adequada dos resultados. A interpretação dos resultados correta é particularmente importante quando estes estão próximos a pontos de corte utilizados para definições de rebote viral e falha virológica. Objetivos: O objetivo deste estudo é comparar as técnicas de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0) para quantificação do HIV-1. Métodos: 1000 amostras recebidas no HIV/GUM Research Laboratory do Chelsea and Westminster Hospital para quantificação da carga viral do HIV-1 durante os meses de Dezembro de 2009 e Janeiro de 2010 foram testadas pelos métodos de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Resultados: Uma superquantificação sistemática foi observada nos resultados testados por PCR. Esta superquantificação ficou evidente nos resultados entre 50 e 250 cópias. Uma concordância elevada foi observada na análise dos pontos de corte de 500 e 1000 copias/mL. Uma correlação linear forte foi observada entre estas técnicas na análise das amostras que obtiveram resultados dentro do limite comum de detecção de ambas as técnicas, porém o nível de concordância foi insatisfatório. Conclusão: A superquantificação observada nos resultados obtidos pelo Cobas AmpliPrep TaqMan HIV- 1 v2.0 em relação ao bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 é provavelmente o resultado de uma sensibilidade aumentada desta técnica. Nós recomendamos cautela quando resultados de duas metodologias diferentes são comparados, especialmente quando se comparam metodologias convencionais com aquelas baseadas em PCR em tempo real. / Introduction: AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) is characterised by a severe immune dysfunction caused by the HIV (Human Immunodeficiency Virus). The HIV viral load quantification is an essential tool to monitor HIV-infected patients. The HIV quantification is a disease progression marker and it is a key indicator in treatment efficacy. Inaccurate viral RNA values may subsequently lead to inappropriate treatment decisions hence accurate quantification methods are necessary. Several different methodologies are available to quantify the HIV viral load: a number of them are based on nucleic acid detection and others in detection of enzymes and antigens. Automation is also variable among these methods in addition to differences in isolation, amplification and detection. Several studies have been carried out to evaluate their correlation and agreement and some have evidenced discordant viral load values assessed by different assays. The knowledge about these differences should be taken in to account when analysing viral load results, particularly when low-level viraemia is concerned or those close to endpoints employed for definition of virological failure. Objectives: In this study, two methods to quantify viral load are evaluated: one is based on real-time PCR (AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) and the other is based on branched-DNA technology (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Methods: 1000 plasma samples received at the HIV/GUM Research Laboratory within Chelsea and Westminster Hospital for HIV-1 viral load quantification between December 2009 and January 2010 were tested by both Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 and Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 methods. Results: Results obtained show that Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 PCR systematically overquantifies the viral loads results when compared to bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0. Conclusion: The overquantification by Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 over bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 is likely to be a result of its increased sensitivity. We recommend caution when comparing results from different methodologies, especially when a conventional assay and a real-time PCR assay are concerned.
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Comparação entre BDNA e PCR na detecção da carga viral do HIV-1

Passos, Daniela Ferreira January 2013 (has links)
Introdução: A AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida) é caracterizada por uma disfunção grave no sistema imunológico causada por uma infecção por HIV (Human Immunodeficiency Virus). A quantificação da viremia (carga viral) é uma ferramenta muito útil no monitoramento dos pacientes infectados pelo HIV, sendo um marcador de progressão da doença e eficácia do tratamento. A estimativa incorreta da carga viral pode levar à decisão terapêutica equivocada, portanto métodos acurados de quantificação se fazem necessários. Diversas técnicas comerciais estão disponíveis para a quantificação da carga viral do HIV-1: a maioria destas se baseiam na detecção de ácidos nucléicos e outras na detecção de enzimas e antígenos. O grau de automação varia nas diferentes técnicas assim como os procedimentos de isolamento, amplificação e detecção. A correlação e a concordância entre estas técnicas têm sido estudadas e há relatos de discordância entre os valores de carga viral produzidos por diferentes métodos. O conhecimento sobre o efeito das variações entre as técnicas se faz necessário para assegurar a interpretação adequada dos resultados. A interpretação dos resultados correta é particularmente importante quando estes estão próximos a pontos de corte utilizados para definições de rebote viral e falha virológica. Objetivos: O objetivo deste estudo é comparar as técnicas de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0) para quantificação do HIV-1. Métodos: 1000 amostras recebidas no HIV/GUM Research Laboratory do Chelsea and Westminster Hospital para quantificação da carga viral do HIV-1 durante os meses de Dezembro de 2009 e Janeiro de 2010 foram testadas pelos métodos de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Resultados: Uma superquantificação sistemática foi observada nos resultados testados por PCR. Esta superquantificação ficou evidente nos resultados entre 50 e 250 cópias. Uma concordância elevada foi observada na análise dos pontos de corte de 500 e 1000 copias/mL. Uma correlação linear forte foi observada entre estas técnicas na análise das amostras que obtiveram resultados dentro do limite comum de detecção de ambas as técnicas, porém o nível de concordância foi insatisfatório. Conclusão: A superquantificação observada nos resultados obtidos pelo Cobas AmpliPrep TaqMan HIV- 1 v2.0 em relação ao bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 é provavelmente o resultado de uma sensibilidade aumentada desta técnica. Nós recomendamos cautela quando resultados de duas metodologias diferentes são comparados, especialmente quando se comparam metodologias convencionais com aquelas baseadas em PCR em tempo real. / Introduction: AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) is characterised by a severe immune dysfunction caused by the HIV (Human Immunodeficiency Virus). The HIV viral load quantification is an essential tool to monitor HIV-infected patients. The HIV quantification is a disease progression marker and it is a key indicator in treatment efficacy. Inaccurate viral RNA values may subsequently lead to inappropriate treatment decisions hence accurate quantification methods are necessary. Several different methodologies are available to quantify the HIV viral load: a number of them are based on nucleic acid detection and others in detection of enzymes and antigens. Automation is also variable among these methods in addition to differences in isolation, amplification and detection. Several studies have been carried out to evaluate their correlation and agreement and some have evidenced discordant viral load values assessed by different assays. The knowledge about these differences should be taken in to account when analysing viral load results, particularly when low-level viraemia is concerned or those close to endpoints employed for definition of virological failure. Objectives: In this study, two methods to quantify viral load are evaluated: one is based on real-time PCR (AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) and the other is based on branched-DNA technology (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Methods: 1000 plasma samples received at the HIV/GUM Research Laboratory within Chelsea and Westminster Hospital for HIV-1 viral load quantification between December 2009 and January 2010 were tested by both Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 and Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 methods. Results: Results obtained show that Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 PCR systematically overquantifies the viral loads results when compared to bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0. Conclusion: The overquantification by Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 over bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 is likely to be a result of its increased sensitivity. We recommend caution when comparing results from different methodologies, especially when a conventional assay and a real-time PCR assay are concerned.
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Ocorrência de Plasmodium e suas consequências em gestantes residentes em áreas de baixa transmissão de malária no Estado de São Paulo / -

Hristov, Angelica Domingues 24 July 2014 (has links)
Estudos relacionados à malária autóctone em regiões de baixa transmissão no Brasil ganham cada vez mais relevância científica e epidemiológica, pois revelam a manutenção desse cenário em regiões de Mata Atlântica remanescente. No sudeste do Estado de São Paulo, a ocorrência de surtos no município de Juquitiba tem sido foco de pesquisas sobre a prevalência de Plasmodium na população, com registros de casos assintomáticos. Relatos de ocorrência da doença ou da presença de anticorpos antiplasmodiais em gestantes nessa região não haviam sido descritos anteriormente. Embora infecções por P. falciparum em gestantes tenham sido amplamente abordadas na literatura, a interação entre P. vivax e P. malariae com esta coorte imunodeprimida foi pouco explorada até o momento. Nesse estudo nós monitoramos trimestralmente a circulação de Plasmodium em gestantes atendidas em cinco Unidades de Saúde de Juquitiba. Para isso foi empregado o diagnóstico por gota espessa e metodologias moleculares sensíveis para detecção do parasito, além de ensaios imunológicos para avaliação de parâmetros imunes humorais. Desse modo, foram detectadas infecções por P. vivax e P. malariae em gestantes, incluindo casos assintomáticos. A alta prevalência de anticorpos IgG nesta população mostrou importante exposição das gestantes ao Plasmodium. Em regiões com perfil semelhante ao apresentado neste estudo, o diagnóstico de malária poderia ser indicado no seguimento pré-natal / Studies related to autochthonous malaria in low transmission areas in Brazil have acquired scientific and epidemiological relevance, since they suggest continued transmission in remaining Atlantic Forest regions. In the Southeast of São Paulo State, outbreaks in the municipality of Juquitiba has been focus of studies on the prevalence of Plasmodium in the population, with reports of asymptomatic cases. Data on the occurrence of the disease or presence of antiplasmodial antibodies in pregnant women in this region were not described previously. Although P. falciparum infections in pregnant women have been widely addressed in the literature, the interaction of P. vivax and P. malariae with this immunocompromised cohort were poorly explored to date. In this study, we monitored quarterly the circulation of Plasmodium in pregnant women in five health facilities in Juquitiba. For this purpose, we performed diagnosis by thick blood film and sensitive molecular protocols for parasite DNA detection, as well immunological assays in order to evaluate humoral immune parameters. Through these tools, it was possible to detect infections due to P. vivax and P. malariae in pregnant women, including asymptomatic cases. The high prevalence of IgG antibodies showed a significant exposure of this population to Plasmodium. In regions with a similar profile presented in this study, the diagnosis of malaria might be indicated in prenatal care

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